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8.- Interpretación de la reaccion en cadena de la polimerasa

8.- Interpretación de la reaccion en cadena de la polimerasa

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Determinar la importancia de la reacción en cadena de la polimerasa y de esta manera mediante pruebas por ayuda de la técnica de electroforesis interpretar esta reacción y sus características.
Determinar la importancia de la reacción en cadena de la polimerasa y de esta manera mediante pruebas por ayuda de la técnica de electroforesis interpretar esta reacción y sus características.

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PRÁCTICA # 8“INTERPRETACIÓN DE LA REACCIÓN EN CADENA DE LA POLIMERASA”
OBJETIVO:
Determinar la importancia de la reacción en cadena de la polimerasa y de esta manera mediante pruebaspor ayuda de la técnica de electroforesis interpretar esta reacción y sus características.
INTRODUCCIÓN
La reacción en cadena de la polimerasa, ya más conocida como PCR, es una técnica que permite replicar entre cientos de miles y millones de veces, en el transcurrir de pocas horas e in vitro, pequeñascantidades de ADN.Uno de los aportes fundamentales de esta metodología a la investigación básica en biología molecular consiste, precisamente, en la rapidez y eficiencia mediante las cuales se realiza una tarea que antesrequería largas y tediosas Jornadas.El producto que se obtiene al finalizar la reacción -una gran cantidad de un fragmento génico con altogrado de pureza- favorece la tarea de los investigadores empeñados en ampliar nuestros conocimientossobre la estructura y función de los genes.Por su alta sensibilidad, esta técnica permite identificar un gen a partir de un solo cabello, una célulasomática o un espermatozoide. Ha facilitado, y en muchos casos hecho posible, la tarea de identificaciónde personas, por ejemplo de hijos de desaparecidos, mediante el análisis de muestras del niño y de suabuela materna.Entre las aplicaciones médicas de la PCR cabe destacar su aporte al desarrollo de nuevas estrategias dediagnóstico. Permite detectar agentes infecciosos como los virus de las hepatitis B y C o regiones delgenoma del virus de la inmunodeficiencia humana (HIV). Ha sido aplicada, por ejemplo, para diagnosticar la presencia o ausencia de HIV en recién nacidos de madres seropositivas, pues la existencia deanticuerpos maternos impide obtener resultados confiables, con los métodos convencionales, durante elprimer año de vida. También ha facilitado el diagnóstico de enfermedades tales como las hemofilias A y B,la distrofia muscular y la fibrosis quística, e hizo posible reconocer mutaciones de genes vinculadas conenfermedades oncológicas.Su sensibilidad permite detectar poblaciones residuales de células cancerosas en pacientes sometidos aquimioterapia y de este modo se ha podido determinar, con una antelación en extremo valiosa, un nuevoavance de la enfermedad. Existen ya modos de evaluar a través de la PCR el riesgo de padecer dolenciastales como diabetes de tipo I y la enfermedad celíaca.Los genes son porciones de ácido desoxirribonucleico (ADN) que tienen la información necesaria para lafabricación de los ácidos ribonucleicos (ARN) y, en última instancia, a través de éstos, de las proteínas: el ARN "copia" el mensaje contenido en el ADN y a partir de él da lugar a la correcta formación de la cadenao secuencia de aminoácidos que constituyen las proteínas.Todos los genes están compuestos por la misma materia prima: una sucesión de nucleótidos. Cadanucleótido está formado por un grupo fosfato, un azúcar con cinco carbonos (la desoxirribosa) y una delas siguientes bases nitrogenadas: adenina, timina, guanina o citosina.Los genes no se distinguen unos de otros por tener una composición fisicoquímica muy diferente, sino por el orden o secuencia en la que estas cuatro bases se disponen a lo largo de la molécula de ADN. Elhecho de que los genes no se distingan por su composición fisicoquímica hace prácticamente imposibleaislarlos mediante el empleo de métodos bioquímicos de fraccionamiento del tipo de los usados parapurificar proteínas como son, por ejemplo, la cromatografía, la electroforesis o la ultracentrifugación. Por otra parte, cada gen es una unidad de información sin solución de continuidad respecto del resto del ADNen el que está inmerso. Esto significa que a todo gen lo preceden y suceden otras secuencias de ADNque, en general, no tienen relación con él. El gen que codifica para la insulina, por ejemplo, tiene una"longitud" de 1.700 bases y su masa representa sólo la dos millonésima parte del ADN contenido en elnúcleo de una célula humana.Hasta mediados de la década del ochenta, la única estrategia posible para aislar un gen y obtener grandes cantidades del mismo en estado puro era el "
clonado molecular".
Este método se basa en laintroducción de fragmentos de ADN, uno de los cuales contendrá el gen de interés, en vectores. Éstosson moléculas de ADN (plásmidos o ADN de bacteriófagos) capaces tanto de transportar fragmentosajenos a su estructura original como de multiplicarlos dentro de bacterias. Si se conoce un pequeño tramode la secuencia de aminoácidos de una proteína cuyo gen se desea "clonar" (multiplicar), se pueden
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diseñar métodos para identificar qué bacterias llevan el vector que transporta dicho gen. Estereconocimiento también se puede realizar si se dispone de un anticuerpo contra la proteína resultante delgen que se desea clonar. En este caso se reconoce la bacteria portadora porque fabrica la proteínacodificada por el fragmento de interés, la cual se une específicamente al anticuerpo.Una vez aislado el gen no sólo resulta posible determinar con exactitud su secuencia de bases o analizar en detalle la información de la que es portador, sino que también se puede estudiar su expresión (lamanera en que dirige la síntesis de la proteína correspondiente) en distintos organismos y tipos celulares,introducido en células en cultivo o en animales de experimentación, etcétera. Estas técnicas, ya clásicas,han permitido el aislamiento y caracterización de decenas de miles de genes de microorganismos,animales y plantas, lo que provocó un cambio cualitativo en la comprensión del funcionamiento de lacélula.En 1986, K. Mullis, un investigador de la Corporacn Cetus, inventó un todo para lograr lamultiplicación in vitro de fragmentos definidos de ADN sin necesidad de recurrir a los vectores y sureplicación en bacterias. Este método revolucionaría en corto tiempo el conjunto de técnicas de la biologíamolecular. Su uso se extendió rápidamente a miles de laboratorios, no sólo de investigación básica, sinotambién de diagnóstico clínico. Se trata de la reacción en cadena de la polimerasa, ya muy conocidacomo PCR, siglas provenientes del inglés
Polymerase Chain Reaction
.LA TECNICA PCREsta técnica permite multiplicar ("amplificar" es, en realidad, el término que se ha impuesto) pequeñascantidades de ADN entre cientos de miles y millones de veces. El tramo destinado a reproducirse puedetener desde cincuenta hasta más de dos mil nucleótidos de longitud. El segmento de ADN que sirve demolde no requiere estar necesariamente en estado puro, sino que puede ser parte de mezclas complejas.Puede ser, por ejemplo, ADN nuclear total.El método se basa, en su forma más simple en la realización de tres reacciones sucesivas llevadas acabo a distintas temperaturas. Estas reacciones se repiten cíclicamente entre veinte y cuarenta veces . Lamuestra se calienta, en el primer paso, hasta lograr la separación de las dos cadenas que constituyen el ADN, hecho que se conoce como "desnaturalización". En el segundo paso, la temperatura se reduce parapermitir el "apareamiento" de cada una de dos cadenas cortas de nucleótidos (oligonucleóridos) con cadauna de las hebras separadas del ADN molde.Se trata de segmentos de ADN de cadena simple, sintetizados en el laboratorio y diseñados de maneratal que permiten definir los límites del tramo de ADN que se desea replicar. Obviamente, para que sepueda producir el apareamiento, cada uno de estos oligonucleótidos, a los que se denomina "iniciadores"o
 primers
, debe ser complementario del tramo al que tienen que unirse en las cadenas separadas del ADN molde. En tercer lugar, una enzima ADN polimerasa extiende los
 primers
, en el espacio comprendidoentre ambos, sintetizando las secuencias complementarias de las hebras del ADN molde. Para ello, la ADN polimerasa usa desoxidonucleósidos trifosfato (dNTPs) agregados a la mezcla de reacción. Latemperatura a la que se realiza el tercer paso está condicionada por aquélla a la cual "trabaja" la enzima ADN polimerasa. Al cabo del primer ciclo de tres reacciones (desnaturalización, apareamiento, extensión)el tramo de ADN elegido se ha duplicado y el doble de su cantidad original se encuentra disponible paraser nuevamente replicado en un segundo ciclo. El resultado de la aplicación de numerosos ciclos "encadena" da lugar a la amplificación geométrica del segmento de ADN delimitado por los
 primers
.Para replicar el ADN, la técnica PCR hizo uso, en un principio, de la ADN polimerasa de la bacteria
Escherichia coli 
. Pero esta enzima resulta desactivada debido a la alta temperatura requerida paradesnaturalizarla doble cadena del ADN, por lo cual debía agregarse enzima fresca al comenzar el tercer paso de cada ciclo. Este inconveniente fue solucionado de manera ingeniosa cuando se la reemplazó por su equivalente de la bacteria "termófila"
Thermus aquaticus
. En efecto, la ADN polimerasa de estemicrorganismo, denominada Taq polimerasa, actúa eficientemente entre los 75° C y los 80° C y resistemás de dos horas a 93° C. De esta manera es posible mezclar todos los componentes de la PCR alcomenzar el primer ciclo y la reacción en cadena puede llevarse a cabo mediante equipos automatizadosque realizarán los ciclos térmicos programados. Todo esto no hace más que confirmar la crecientepopularidad de la PCR entre investigadores, médicos y bioquímicos clínicos.Una vez finalizada la reacción se habrá logrado fabricar, en pocas horas, gran cantidad de un fragmentogénico con un alto grado de pureza. Obtener el mismo resultado utilizando las técnicas clásicas declonado llevaría varios días de tedioso trabajo. Por otra parte, la técnica PCR es el método de detecciónde secuencias de ADN más sensible conocido hasta la fecha: mediante ella resulta posible identificar ungen a partir de un solo cabello, una célula somática o un espermatozoide. Es, por lo tanto, un instrumentoextremadamente valioso para establecer, por ejemplo, lazos de parentesco
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Para lograr la duplicación de un tramo de ADN, cada ciclo de la técnica PCR incluye tres etapas: a)desnaturalización, durante la cual se separan las dos hebras constituyentes del ADN; b) apareamiento delos "iniciadores" o primers del tramo a replicar; c) extensión de las cadenas de primers gracias a la acciónde una enzima ADN polimerasa. La repetición de los ciclos permite multiplicar geométricamente lostramos de ADN elegidos.
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