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Andr Charrier
Professeur Emrite, Montpellier SupAgro
andre.charrier@supagro.inra.fr
- explorer les sources de variabilit existantes (ressources gntiques) - construire des populations ou des individus associant des combinaisons gntiques plus favorables - runir dans une varit, population vgtale artificielle et reproductible constitue dun ou de plusieurs gnotypes, un maximum de gnes favorables pour les caractristiques slectionnes
Consquences Simplification des rotations : diminution du nombre despces cultives Une disparition des populations de pays (sauf dans les zones marginales) et problmatique des ressources gntiques Disparition de lhtrognit gntique des varits & Grandes surfaces avec le mme cultivar Homognet gntique : dveloppement dpidmies Plus rcemment, mergence de questions autour des droits de proprits intellectuelles
recombinaison
Evaluation multisite et pluriannuelle des caractristiques varitales dans diffrents environnements: - exprimentation contrle : plans dexprience - interactions Gnotype x Environnement
- indicateurs agronomiques: rgularit production, agronomiques: itinraires techniques simplifis et scuriss cologiques: - indicateurs cologiques: accroissement nitrates, pesticides rduction biodiversit, invasions biologiques
JC Glaszmann
Gnome (organisation et
interactions gnes)
Structure gntique Carte gntique Diversit alllique Diversit nuclotidique Squences et nuclotides
Gnes ADN
Domestication -10000/-8000
Forme sauvage ancestrale Forme domestique
Diffusion
Populations de pays
chantillonnage Slection
Sauvage Cultiv
20
Diversit 15 nuclotidique
10
Orge
Bl dur
Mil
Mas
Luzerne
Tournesol
Sorgho
Riz
Squenage ADN
Gnomes entiers vgtaux Squences particulires Evolution des outils: X 1000
Marqueurs molculaires
Microsatellites
A F L P
Approche phnotypique et statistique: bilan Etudier les caractres complexes via une stratgie base sur leur valeur phnotypique: Estimer la part gntique G de la variation phnotypique observe afin destimer des paramtres, en particulier h2, qui permettront de prdire le progrs gntique attendu dans les schmas damlioration varitale Dcomposer le phnotype complexe en caractres plus simples afin daffiner et de rendre plus efficace lestimation de cette part gntique
Population de dpart
non seulement sur leur valeur phnotypique mesure mais aussi sur leur valeur gntique estime
Population amliore
Amlioration de lhva
recherche dune corrlation statistique entre une variation gntique et lexpression phnotypique dun caractre.
Haplotype 2
Haplotype 1
A A A A G G G G G
A A A A A A A A A
T T T T T T T T T
A A A A A A A A A
C C C C C C C C C
G G G G A A A A A
A A A A A A A A A
Gnrati ons de BC
Chromosome 9 : transfert dun gne chez la Tomate La distance gntique entre TG18/ TG8 =80 cM Carte RFLP La zone transfre peut parfois tre trs large malgr un grand nombre de gnrations de rtrocroisement (voir aussi cours dEric Jenczewski dans les cas de croisements interspcifiques)
F1
BC 1
Recherche des zones favorables impliques dans la variation : QTL Peu de zones sont impliques, allles effet majeurs, la plupart portes par le parent P2 Pour la variation non attribue on suppose que P2 porte les formes favorables Conception du gnotype idal : Transfert de la zone favorable de P1 dans P2 Retour au parent P2 par rtrocroisement
Croisement
la gestion dynamique
Leons tires de 20 ans de gestion dynamique du bl tendre en France Les populations ont-elles volu ?
- en fonction de leur composition gntique (directionnelle) - en fonction des milieux et du climat (multidirectionnelles) - en rponse aux pressions des pathognes (multidirectionnelles)
Deux types dapplication des populations base large : 1. Produire des nouvelles combinaisons allliques (no-domestication, pre breeding, slection rcurrente) 2. De nouvelles structures varitales : varits populations, varits composites, synthtiques Mlanges de gnotypes performants pour diffrents caractres (gnes de rsistance) Rusticit, stabilit des rendements dans diffrents environnements
Cycle de slection
Asie
Asie
Taille du fruit:
Cycle 4 Cycle 5 Cycle 10
control (YW,CW)
Intrt
Selection cycles
Populations cumulant des caractres dadaptation aux contraintes locales (maladies, caractres agronomiques, ) Cumul : Fond gntique commun + critres locaux spcifiques Slection en rseau multi-partenaires : Slection participative Construction de gnotypes combinant diffrents caractres Nouvelles varits
ALIMENTAIRE
ENVIRONNEMENTAL
AUTRES USAGES
Grenelle de lenvironnement
(G2) Prserver la biodiversit et les ressources naturelles OGM connaissances partages (G3) Instaurer un environnement respectueux de la sant (G4) Adopter des modes de production et de consommation durables:
- Aller vers 100% dagriculture durable (certification), - 6% de la SAU en Bio en 2010 (20% dans la restauration collective en 2012), interdiction de substance de traitement + rduction des intrants (50% en 10 ans?), - promotion des varits ayant une faible dpendance vis vis des intrants (eau, pesticides, azote), - restaurer la biodiversit et avoir des actions territoriales cohrentes, formation des agriculteurs vers des modes dagriculture durable
Rvision (hirarchie) des critres de slection: rsistances durables aux pathognes et ravageurs comptition fumure azote rduite tolrance aux stress environnementaux (adaptabilit) valeur pour des usages non alimentaires
Adapter la plante au milieu 1. Prise en compte des variations environnementales Se placer linterface cophysiologie - gntique 2. Prise en compte des nouveaux systmes de production Approche pluridisciplinaire
Prdire la valeur des gnotypes comme une somme des effets chacun des QTL
Variations du milieu
Variations du milieu
TC du mristme
LER
LER
TC du mristme
Observ
Prdit
Prdire le comportement de gnotypes dans diffrents milieux Choisir la meilleure combinaison deffets aux QTL Proposition didotypes
Reymond et al., 2003
- Varits multirsistantes plusieurs races R1R2 Contournement rapide Pb: Gnes de rsistances = ressources rares
-Associations de varits ayant des rsistances diffrentes R1 + R2 + R3 Ralentit la progression spatio-temporelle des maladies Augmente la dure defficacit des gnes de rsistances Pb: critre de compatibilit sur le plan agronomique Pb: Inscription catalogue Claude Pope
Effet association
b a a a a
-6%
bc d
a cd
ab
+ 0,32 t ha1
ab bc c
ab
+ 0,54 %
a b
220
NS
210
Slejpner (S pure) Slejpner + Estica (1S : 2R) effet densit Slejpner + Arcane (1S : 2R) effets densit + prmunition
Varit sensible
Association varitale
MERCI