Materi Ajar

: DNA

Kompetensi Dasar : Mahasiswa dapat memahami tentang defenisi DNA, struktur DNA, replikasi DNA, proses replikasi DNA, dan model- model replikasi DNA. Indikator :

Setelah mengikuti perkuliahan mahasiswa diharapkan dapat : Menjelaskan tentang definisi DNA Menjelaskan tentang struktur DNA Menjelaskan Replikasi DNA dan proses replikasi DNA Menjelaskan model- model replikasi DNA

PENDAHULUAN Dosen memberikan salam, kemudian membuka pelajaran dengan memberikan apersepsi kepada mahasiswa dan mengingatkan kembali pada mahasiswa mengenai sejarah terbentuknya DNA sebelum masuk ke inti materi. DNA pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 1868 oleh ilmuwan Swiss Friedrich Miescher di Tubingen, Jerman, yang menamainya nuclein berdasarkan lokasinya di dalam inti sel. Namun demikian, penelitian terhadap peranan DNA di dalam sel baru dimulai pada awal abad 20, bersamaan dengan ditemukannya postulat genetika Mendel. DNA dan protein dianggap dua molekul yang paling memungkinkan sebagai pembawa sifat genetis berdasarkan teori tersebut. Dua eksperimen pada dekade 40an membuktikan fungsi DNA sebagai materi genetik. Dalam penelitian oleh Avery dan rekan - rekannya, ekstrak dari sel bakteri yang satu gagal mentransform sel bakteri lainnya kecuali jika DNA dalam ekstrak dibiarkan utuh. Eksperimen yang dilakukan Hershey dan Chase membuktikan hal yang sama

dengan menggunakan pencari jejak radioaktif (bahasa Inggris: radioactive tracers). Misteri yang belum terpecahkan ketika itu adalah: "bagaimanakah struktur DNA sehingga ia mampu bertugas sebagai materi genetik". Persoalan ini dijawab oleh Francis Crick dan

koleganya James Watson berdasarkan hasil difraksi sinar X pada DNA oleh Maurice Wilkins dan Rosalind Franklin. Pada tahun 1953, James Watson dan Francis Crick mendefinisikan DNA sebagai polimer yang terdiri dari 4 basa dari asam nukleat, dua dari kelompok purina: adenina dan guanina; dan dua lainnya dari kelompok pirimidina:sitosina dan timina. Keempat nukleobasa tersebut terhubung dengan glukosa fosfat. Maurice Wilkins dan Rosalind Franklin menemukan bahwa molekul DNA berbentuk heliks yang berputar setiap 3,4 nm, sedangkan jarak antar molekul nukleobasa adalah 0,34 nm, hingga dapat ditentukan bahwa terdapat 10 molekul nukleobasa pada setiap putaran DNA. Setelah diketahui bahwa diameter heliks DNA sekitar 2 nm, baru diketahui bahwa DNA terdiri bukan dari 1 rantai, melainkan 2 rantai heliks. Crick, Watson, dan Wilkins mendapatkan hadiah Nobel Kedokteran pada 1962 atas penemuan ini. Franklin, karena sudah wafat pada waktu itu, tidak dapat dianugerahi hadiah ini. Konfirmasi akhir mekanisme replikasi DNA dilakukan lewat percobaan Meselson-Stahl yang dilakukan tahun 1958. ISI MATERI

DNA adalah rantai doble heliks berpilin yang terdiri atas polinukleotida. Berfungsi sebagi pewaris sifat dan sintesis protein. Struktur DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) disusun oleh Nukleotida yang tersusun atas: 1. Gugus Deksiribosa ( gula dengan 5 Carbon ), 2. Gugus fosfat (PO4), 3. Basa nitrogen.(A-T,G-S).

Gambar. Struktur DNA

2

Bentuk DNA adalah rantai double heliks berpilin ke kanan. Dalam DNA terdapat struktur-struktur di atas. Namun, jika diambil 1 lempeng yang mengandung ikatan fosfat, gula dan basa nitrogen, maka lempeng tersebut disebut nukleotida. Jika plat itu hanya basa nitrogen dan gula saja maka disebut nukleosida. Maka, DNA adalah polimer dari nukleotida. Double Helix of DNA: adenine(A), guanine (G), thymine(T), cytocine(C), phosphate(P)Gula deoksiribosa pada DNA merupakan gula lima karbon yang kehilangan 1 atom oksigen. Gula deoksiribosa memegang basa nitrogen pada atom karbon nomor 1, sedangkan atom C nomor 5 berikatan dengan gugus fosfat. Gugus fosfat ini saling berikatan dengan gugus fosfat lainnya membentuk ikatan fosfodiester. Karena DNA merupakan rantai ganda dan atom-atom karbon mempunyai aturan diatas untuk mengikat basa nitrogen dan gugus fosfat maka satu rantai DNA terlihat berdiri tegak sedangkan rantai pasangannya justru terbalik. Maka pada notasi penulisan kode genetik DNA, ditulis 5-kode genetik-3, sedangkan untuk rantai pasangannya justru ditulis 3-kode genetik-5. Pengaturan ini disebut konfigurasi antiparalel. Ada 2 kelompok basa nitrogen yang berikatan pada DNA yaitu: 1. Purin, terdiri dari basa nitrogen adenine dan guanin. 2. Pirimidin, terdiri dari basa nitrogen sitosin dan timin. Pada RNA, timin diganti dengan urasil. Basa Purin selalu berpasangan dengan basa pirimidin melalui ikatan hidrogen. Adenine selalu berpasangan dengan hymine melalui 2 ikatan hidrogen sedangkan cytosine berpasangan dengan guanine melalui 3 ikatan hidrogen.

Replikasi DNA Sebelum sel membelah, DNA harus direplikasi dalam fase S dalam siklus sel. Proses replikasi melibatkan enzim polymerase. Proses ini melibatkan pembukaan utas ganda DNA, sehingga memungkinkan terjadinya perpasangan basa membentuk utas baru. Pembentukan utas komplementer terjadi melalui perpasangan baa antara A dengan T dan G dengan C. Dalam replikasi DNA, setiap utas lama berperan sebagai cetakan untuk membentuk DNA baru. Atau proses penyalinan urutan basa- basa nukleotida purin dan pirimidin dalam untai DNA inang ke sel turunan (Replikasi semikonservatif : setengah untai asli setengah sintesis
3

baru). Diawali dari pelepesan untai ganda oleh enzim DNA gyrase terbentuk garpu replikasi (replication fork) garpu bergerak dalam dua arah berlawanan sampai kedua ujung bertemu menghasilkan DNA baru. Masing untai DNA induk berperan sebagai cetakan untai baru dijamin komplementer dengan untai lama oleh DNA polymerase.Untai baru memiliki polaritas berlawanan dengan untai induk. Model DNA Watson dan Crick menyatakan bahwa saat double helix bereplikasi masing- masing dari kedua molekul anak akan mempunyai satu untai lama yang berasal dari satu molekul induk dan satu untai yang baru. Model replikasi ini disebut model semikonservatif. Model lainnya adalah model konservatif dimana molekul induk tetap dan molekul baru disintesis sejak awal. Model ketiga disebut model dispersif yaitu bahwa keempat untai DNA, setelah direplikasi double helix, mempunyai campuran antara DNA yang baru dan yang lama. Pengujian yang telah dilakukan oleh Meselson dan Stahl menyatakan bahwa replikasi DNA terjadi secara semikonservatif. Daerah penggandaan bergerak sepanjang DNA induk membentuk replication fork. Pada daerah ini kedua untas DNA yang baru, disintesis dengan bantuan sekelompok enzim, salah satunya adalah DNA polymerase. Sintesis DNA berjalan tidaklah secara kontiniu pada kedua utas cetakan. Hal ini karena kedua utas DNA tersusun sejajar berlawanan arah atau anti pararel. Maka untas DNA baru akan tumbuh dari 5'- 3' sedangkan yang lainnya dari 3' 5' pada cetakan. Sintesis dari 3' 5' tidak mungkin dilakukan karena tidak ada DNA polymerase untuk arah 3' 5. Replikasi DNA pada cetakan 3' 5' terjadi seutas demi seutas dengan arah 5'- 3' yang berarti replikasi meninggalkan replication fork. Utas- utas pendek tersebut kemudian dihubungkan oleh enzim ligase DNA. Dalam replikasi DNA terdapat utas DNA yang dsintesis secara kontiniu yang terjadi pada cetakan 5'- 3'. Utas DNA yang bersintesis secara kontiniu ini disebut utas utana atau leading strand. Sedangkan utas DNA baru yang disintesis pendek- pendek seutas demi seutas disebut utas lambat atau lagging strand. Utas utas pendek atau fragmen- fragmen pendek yang terbentuk disebut fragmen Okazaki. Sintesis pada leading strand memerlukan molekul primer pada permulaan. Replikasi setelah replication fork terbentuk, polymerase
4

akan bekerja secara kontiniu sampai utas DNA yang baru selesai direplikasi. Pada sintesis lagging strand, diperlukan enzim lain primase DNA. Setelah utas DNA terbuka untuk melakukan replikasi, dan setelah terbuka pada lagging strand, utas harus tetap dijaga agar tetap terbuka. Jadi dalam proses replikasi DNA melibatkan beberapa protein baik berupa enzim maupun non enzim yaitu : 1. Polimerase DNA : enzim yang berfungsi mempolimerase nukleotida- nukleotida 2. Ligase DNA : DNA yang berperan menyambung DNA utas lagging. 3. Primase DNA : enzim yang digunakan untuk memulai polimerisasi DNA pada lagging strand 4. Helikase DNA : enzim yang berfungsi membuka jalinan DNA double helix 5. Single strand DNA- binding protein : menstabilkan DNA yang terbuka Replication fork berasal dari struktur yang disebut replication bubble yaitu daerah menggelembung tempat pilinan DNA induk terpisah, untuk berfungsi sebagai cetakan pada sintesis DNA. Secara ringkas berikut merupakan 3 model replikasi DNA yaitu : 1. Model konservatif. yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi sebagai cetakan untuk dua rantaiDNA baru. Replikasi ini mempertahankan molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru. 2. Model semi konservatif. yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama. Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung satu rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis. 3. Model dispersif yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu, hasil akhirnya diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan baru. Replikasi ini

menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru yang saling berselang-seling pada setiap untai.

Gambar. Teori Replikasi DNA

PENUTUP

Dari materi yang disampaikan sebelumnya maka dapat ditarik kesimpulan yaitu: 1. DNA adalah rantai doble heliks berpilin yang terdiri atas polinukleotida. Berfungsi sebagi pewaris sifat dan sintesis protein. 2. Struktur DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) disusun oleh Nukleotida yang tersusun atas: 1. Gugus Deksiribosa ( gula dengan 5 Carbon ), 2. Gugus fosfat (PO4), 3. Basa nitrogen.(A-T,G-S). 3. Sebelum sel membelah, DNA harus direplikasi dalam fase S dalam siklus sel. Proses replikasi melibatkan enzim polymerase. Proses ini melibatkan pembukaan utas ganda DNA, sehingga memungkinkan terjadinya perpasangan basa membentuk utas baru. Pembentukan utas komplementer terjadi melalui perpasangan baa antara A dengan T dan G dengan C. Dalam replikasi DNA, setiap utas lama berperan sebagai cetakan untuk membentuk DNA baru.

DAFTAR PUSTAKA

Albert, B., D. Bray, J. lewis, M. Raff, K. Roberts, J.D. Watson. 1994. Molecular Biologyof the cell. Garland Publishing, Inc, New York. Bresnick, Stephen. 2003. Intisari Biologi. Hipokrates. Jakarta. Campbell, N.A., Reece, J.B., Mitchell, L.G. 2002. Biologi. Alih bahasa lestari, R. et al.safitri, A., Simarmata, L., Hardani, H.W. (eds). Erlangga, Jakarta. Flickiner, J. Charles et al.,. 1979. Medical Cell Biology. W.B. Sauders, Philadelphia, London. Toronto. Kimball, J.W. 1996. Biologi Jilid 1. Edisi Kelima. Terjemahan Siti Soetarmi dan Nawangsari Sugiri. Jakarta. Erlangga Reksoatmodjo, S.M.I. 1993. Biologi Sel. Departemen Pendidikan dan

kebudayaan,Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi, Proyek Pembinaan Tenaga Kependidikan,Pendidikan Tinggi. Subowo. 2007. Biologi Sel. Angkasa Bandung.Bandung. Glosarium DNA : rantai doble heliks berpilin yang terdiri atas polinukleotida. Berfungsi sebagi pewaris sifat dan sintesis protein. Model konservatif : dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi sebagai cetakan untuk dua rantaiDNA baru. Replikasi ini mempertahankan molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru. Model semi konservatif : dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama. Akhirnya

dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung satu rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis. Model dispersif : beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu, hasil akhirnya diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan baru. Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru yang saling berselangseling pada setiap untai. Polimerase DNA : enzim yang berfungsi mempolimerase nukleotida- nukleotida Ligase DNA : DNA yang berperan menyambung DNA utas lagging.

Indeks

D DNA 1,2,3,4,5 Double Heliks 2 L Lagging Strand 5 N Nukleotida 2 P Purin 3 Pirimidin 3 R Replikasi fork 4,5

Tagihan

1. Jelaskan pengertian dari DNA dan struktur DNA? 2. Jelaskan Replikasi DNA dan proses replikasi ? 3. Jelaskan model- model replikasi DNA ? 4. Sebutkan macam- macam enzim ataupun non enzim yang terlibat dalam proses replikasi DNA ?

Materi Ajar

: RNA dapat memahami tentang Sejarah penemuan RNA,

Kompetensi Dasar : Mahasiswa

defenisi RNA, struktur, fungsi, dan jenis- jenis RNA Indikator :

Setelah mengikuti perkuliahan mahasiswa diharapkan dapat : Menjelaskan tentang sejarah penemuan RNA Menjelaskan tentang defenisi RNA Menjelaskan tentang struktur, jenis dan fungsi RNA

PENDAHULUAN Dosen memberikan salam, kemudian membuka pelajaran dengan memberikan apersepsi kepada mahasiswa dan mengingatkan kembali pada mahasiswa mengenai sejarah penemuan RNA sebelum masuk ke inti materi Sebelum ditemukannya RNA, terlebih dulu ditemukan asam nukleat. Asam nukleat ditemukan pada tahun 1868 oleh Friedrich Miescher, materi ini disebut material nuclein karena ditemukan dalam inti sel. Selanjutnya Ia menemukan bahwa sel-sel prokariotik, yang tidak memiliki inti, juga mengandung asam nukleat. Peran RNA dalam sintesis protein telah diduga sejak 1939. Severo Ochoa memenangkan hadiah nobel 1959 di bindang kedokteran setelah ia menemukan proses bagaimana RNA disintesis. Robert W Hokkey menemukan urutan 77 nukleotida dari tRNA ragi pada tahun 1965, yang membuat ia memenangkan penghargaan nobel pada tahun 1968 di bidang kedokteran. Pada tahun 1967, Carl Woese menyadari bahwa RNA dapat mengalami katalitik dan menduga bahwa bentuk-bentuk awal kehidupan bergantung pada RNA, baik untuk membawa informasi genetik maupun untuk mengkatalisis reaksi biokimia. Pada tahun 1976, Walter Fiers dan timnya berhasil menentukan urutan nukleotida lengkap pertama dari genom virus RNA, yaitu MS2 bakteriofag. Setelah itu banyak sekali penemuan-penemuan yang mengungkap misteri RNA semakin jelas, sehingga mengantarkan kita pada pengetahuan yang sekarang ini. Keadaan ini memberikan motivasi untuk terus

10

mengembangkan penelitian demi mengungkap rahasia dibalik materi genetik termasuk di dalamnya RNA. Pokok bahasan di dalam Materi RNA ini akan menguraikan sejarah penemuan RNA, struktur, fungsi, dan jenis- jenis RNA. Selain itu, dijelaskan pula perananya sebagai materi genetik ditambah pembahasan tentang RNA genom pada virus-virus RNA.

ISI MATERI Definisi RNA RNA merupakan singkatan dari Ribonukleatid Acid atau Asam ribonukleat. RNA merupakan substansi genetik yang berperan sebagai perantara dalam proses pengkodean protein dari gen yang terdapat di dalam DNA. Selain itu diketahui pula, bahwa pada beberapa kelompok virus, seperti TMV dan virus influensa, RNA menjadi materi genetik utama, dikarenakan kelompok virus tersebut tidak memiliki DNA sebagai materi genetiknya. Pada golongan virus tersebut, RNA menjadi kmponen utama materi genetik yang berperan dalam mengontrol seluruh aktifitasnya dan menantukan sifat-sifatnnya, RNA yang seperti ini dinamakan sebagai RNA genom. Struktur RNA Pada dasarnya struktur RNA sangat mirip dengan struktur DNA. RNA juga merupakan suatu polinukleotida, nukleotioda pada RNA juga tersusun dari komponen gula, gugus fosfat, dan basa nitrogen. Basa nitrogen pada RNA juga ada 4 jenis. Namun Gula pentosa pada RNA adalah gula ribose, bukan deoksiribosa sebagaimana DNA. Pada RNA tidak terdapat basa timin, sebagai gantinya terdapat basa urasil, basa ini juga dari golongan pirimidin sebagaimana timin. Dalam sel eukariot, RNA merupakan rantai polinukleotida tunggal, bukan rantai heliks ganda sebagaimana DNA. Terdapat beberapa hal yang perlu diperhatikan dala memahami struktur RNA, antara lain;

Gula Ribosa Urasil dan Timin Polinukleotida

11

Ribosa memiliki struktur sama dengan deoksiribosa, perbedaannya adalah pada atom C-2 terdapat gugus OH. Pada deoksiribosa oksigen pada gugus OH hilang oleh karena itu disebut deoksiribosa. Komponen dan urutan atom lain dalam gula ribosa ini sama dengan gula deoksiribosa, bahkan tempat perlekatan gugus fosfat dan basa nitrogen pun sama. Struktur urasil juga sangat mirip dengan timin, karena keduanya termasuk basa pirimidin. Perbedaannya bila C-5 pada timin memiliki gugus CH3 maka pada urasil hanya ada satu H. seperti pada sitosin. Tetapi urasil dan timin berbeda dengan sitosin pada N-3. Urasil setelah berikatan dengan gula menjadi nukleosida disebut uridin. Sebagaimana timin uridin hanya dapat berpasangan dengan adenin. Rantai polinukleotida RNA dalam keadaan normal bukan merupakan untaian pita ganda sebagaimana DNA. Tetapi hal ini tidak berarti basa nitrogennya kehilangan sifat untuk selalu berpasangan. Bila pita RNA bertemu dengan pita RNA lain yang urutan basanya cocok maka juga akan membentuk pasangan pita. Bahkan dalam keadaan tertentu rantai RNA ini dapat menekuk dan membentuk pita ganda. Semua RNA asalnya merupakan pita komplemen DNA, melalui suatu proses yang disebut transkripsi tersusunlah urutan nukleotida yang akan menjadi pita RNA. Secara gamblang struktur tiga dimensi molekul RNA, dapat dilihat pada gambar berikut:

Animasi struktur tiga dimensi molekul RNA

12

Jenis dan Fungsi RNA Di dalam sel eukariot terdapat tiga jenis RNA berdasarkan variasi struktur dan fungsinya. Ketiganya adalah mRNA, tRNA dan rRNA. Selain itu di dalam retrovirus, yaitu golongan virus yang tidak memiliki DNA, RNA menjadi materi genetik utamanya yang disebut sebagai RNA Genom.

mRNA

mRNA merupakan singkatan dari mesenger RNA. Molekul mRNA merupakan molekul perantara atau duta yang membawa informasi genetik pada DNA ke ribosom. Informasi tersebut dibaca dan kemudian diterjemahkan dari bahasa bahan genetik yang tersusun dari nuleotida ke bahasa protein yang tersusun dari asam amino. Keberadaan molekul ini dikemukakan pertama kali oleh Crick dkk tahun 1950, tetapi bukti keberadaannya baru ditemukan pada tahun 1956 oleh Elliot Valkin dan Lazarus Astrachan dari Oak Ridge National Laboratory. mRNA pada umumnya tidak berumur panjang. Tetapi pada Mammalia dapat sampai enam jam. Ada tiga langkah proses pemasakan mRNA, yaitu:

Modifikasi kimia pada kedua ujung pita mRNA Penghilangan intron, intron adalah urutan nukleotida yang tidak mengandung informasi genetik.

Dalam kasus khusus ada penggantian pada urutan nukleotida tertentu, proses ini dinamakan editing atau penyuntingan.

tRNA

tRNA merupakan singkatan dari transfer RNA. tRNA mula-mula dipostulasikan oleh Crick pada tahun 1950, tetapi bukti langsung baru ditemukan pada 1959 oleh Robert Holley. tRNA bertugas membaca urutan nukleotida pada mRNA dan mengalihkannya ke urutan asam amino sehingga dapat tersusun rantai polipeptida berupa protein sesuai seperti yang diharapkan oleh gen. Molekul ini relatif kecil, kebanyakan sekitar 74 95 nukleotida. Setiap jenis tRNA juga ada dalam jumlah yang banyak dalam setiap selnya. Molekul ini akan membawa molekul asam

13

amino ke ribosom, dan di dalam ribosom asam amino-asam amino tersebut akan dirangkai menjadi rantai polipeptida Walaupun jenis tRNA banyak tetapi hampir semuanya memiliki struktur yang sama, perbedaan terutama pada susunan nuleotidanya. Hampir semua molekul tRNA dapat dilipat untuk membentuk pasangan basa. Pelipatannya tidak hanya di satu tempat melainkan di beberapa tempat sehingga membentuk struktur seperti daun semanggi (clover leaf).

Gambar. Struktur RNA transfer

rRNA

rRNA merupakan singkatan dari ribosomal RNA. rRNA merupakan bagian dari ribosom. rRNA memiliki peran enzimatik selama proses sintesis protein. Ada tiga jenis rRNA pada prokariota, dan empat jenis pada eukariota. Prokariota: 5S, 16S, dan 23S; Eukariota adalah 5S, 5,8S, 18S, 28S. Pembagian rRNA ini berdasar pada kecepatan sedimentasi pada saat disentrifus, ukurannya adalah Svedberg coefficient (S). Setiap ribosom memiliki satu salinan (copy) molekul rRNA yang berbeda. PENUTUP Dari materi yang disampaikan sebelumnya maka dapat ditarik kesimpulan yaitu: a. RNA adalah substansi genetik yang memiliki komponen yang mirip dengan DNA yang berperan sebagai perantara dalam proses pengkodean protein dari gen yang terdapat di dalam DNA. Selain itu pada beberapa kelompok virus yang dikenal sebagai retrovirus, RNA berperan sebagai materi genetik menggantikan DNA.

14

b. Sejarah penemuan RNA ditemukan berdasakan penelitian berbagai ahli seperti Friedrich Miescher, Severo Ochoa, Robert W. Hokkey dan berbagai ahli lainnya sehingga dikenal lebih mendalam tentang RNA c. RNA genom dapat ditemukan pada golongan retrovirus seperti TMV dimana RNA disini berperan sebagai materi genetik yang menggantikan fungsi dan peran DNA.

DAFTAR PUSTAKA

Anonim 1. 2009. Struktur RNA. Online. http://wwwuic.edu/. Diakses tanggal 11 Mei 2012. Anonim. 2009. http://iqbalali.com/2011/07/23/rna-ribonukleatid-acid-asam-ribonukleat/ Diakses tanggal 12 Mei 2012. Campbell, N.A., Reece, J.B., Mitchel, L.G. 1999. Biologi jilid 1. Terjemahan oleh Lestari Rahayu. 2002. Jakarta: Erlangga. Desy. 2010. Struktur RNA. Online. http://substansigenetika.net/wp/category/e-rna/page/2/. Diakses tangal 11 Mei 2012. Desy.2010. macam-macam RNA. Online. http://substansigenetika.net/wp/c ategory/erna/page/1/. Diakses tangal 11 Mei 2012.

Glosarium RNA : singkatan dari Ribonukleatid Acid atau Asam ribonukleat. RNA

merupakan substansi genetik yang berperan sebagai perantara dalam proses pengkodean protein dari gen yang terdapat di dalam DNA. mRNA : singkatan dari mesenger RNA. Molekul mRNA merupakan molekul perantara atau duta yang membawa informasi genetik pada DNA ke ribosom. Informasi tersebut dibaca dan kemudian diterjemahkan dari bahasa bahan genetik yang tersusun dari nuleotida ke bahasa protein yang tersusun dari asam amino.

15

 tRNA : singkatan dari transfer RNA. tRNA bertugas membaca urutan nukleotida pada mRNA dan mengalihkannya ke urutan asam amino sehingga dapat tersusun rantai polipeptida berupa protein sesuai seperti yang diharapkan oleh gen. rRNA : singkatan dari ribosomal RNA. rRNA merupakan bagian dari ribosom.

rRNA memiliki peran enzimatik selama proses sintesis protein. Indeks A Asam ribonukleat 2 D DNA 1,2,3 Deoksiribosa 2,3 N Nukleotida 2 P Polinukleotida 2,3 R RNA 1,2,3,4 Ribosa 2

Tagihan 1. Bagaimana sejarah penemuan RNA? 2. Jelaskan pengertian RNA, struktur, fungsi dan jenis- jenis RNA? 3. Sebutkan peranan RNA dalam sintesis protein? 4. Jelaskan 3 langkah dalam pemasakan mRNA?

16

Materi Ajar

: Sintesis Protein dapat memahami tentang definisi sintesis protein,

Kompetensi Dasar : Mahasiswa

definisi translasi dan transkripsi, tahapan pada proses sintesis protein, dan tahapan pada translasi dan transkripsi Indikator :

Setelah mengikuti perkuliahan mahasiswa diharapkan dapat : Menjelaskan tentang definisi sintesis protein dan proses sintesis protein Menjelaskan tentang definisi translasi dan transkripsi Menjelaskan tentang tahapan pada transkripsi dan translasi

PENDAHULUAN Dosen memberikan salam, kemudian membuka pelajaran dengan memberikan apersepsi kepada mahasiswa dan mengingatkan kembali pada mahasiswa mengenai protein sebelum masuk ke inti materi Semua aktivitas sel dikendalikan oleh aktivitas nukleus. Cara pengendalian ini berkaitan dengan aktivitas nukleus memproduksi protein, dimana protein ini merupakan penyusun utama dari semua organel sel maupun penggandaan kromosom. Contoh protein yang dapat dihasilkan seperti protein struktural yang digunakan sebagai penyusun membran sel dan protein fungsional (misalnya enzim) yang digunakan sebagai biokatalisator untuk berbagai proses sintesis dalam sel. Protein adalah polipeptida (gabungan dari beberapa asam amino). Maka untuk membentuk suatu protein diperlukan bahan dasar berupa asam amino. Polipeptida dikatakan protein jika paling tidak memiliki berat molekul kira-kira 10.000. Di dalam ribosom, asam amino-asam amino dirangkai menjadi polipeptida dengan bantuan enzim tertentu. Polipeptida dapat terdiri atas 51 asam amino (seperti pada insulin) sampai lebih dari 1000 asam amino (seperti pada fibroin, protein sutera). Macam molekul polipeptida tergantung pada asam amino penyusunnya dan panjang pendeknya rantai polipeptida. Seperti yang telah kita pelajari sebelumnya bahwa ada 20 macam asam amino penting yang dapat dirangkai membentuk jutaan macam kemungkinan polipeptida.
17

Sintesis protein melibatkan DNA sebagai pembuat rantai polipeptida. Meskipun begitu, DNA tidak dapat secara langsung menyusun rantai polipeptida karena harus melalui RNA. Seperti yang telah kita ketahui bahwa DNA merupakan bahan informasi genetik yang dapat diwariskan dari generasi ke generasi. Informasi yang dikode di dalam gen diterjemahkan menjadi urutan asam amino selama sintesis protein. Informasi ditransfer secara akurat dari DNA melalui RNA untuk menghasilkan polipeptida dari urutan asam amino yang spesifik. Pokok bahasan di dalam Materi Sintesis Protein ini akan menguraikan definisi dari sintesis protein, dan tahapan pada proses sintesis protein. Selain itu, dijelaskan pula tentang definisi transkripsi dan translasi, dan tahapan pada translasi.

ISI MATERI Definisi Sintesis protein Sintesa protein adalah penyusunan asam amino pada rantai polipeptida. Dalam proses tersebut melibatkan DNA (Timin T, Adenine A, Sitosin S, dan Guanin G) dan RNA (Urasil U, Adenin A, Sitosin S, Guanin G). DNA berfungsi sebagai bahan genetik untuk sel baik prokariot maupun eukariot , karena prokariot tidak memiliki sistem internal, DNA tidak terpisahkan dari inti sel lainnya. Pada Eukariot DNA terletak di inti dipisahkan dari sitoplasma oleh selubung inti. Proses sintesis protein terbagi atas

transkripsi dan translasi. Seperti kita ketahui, DNA sebagai media untuk proses transkripsi suatu gen yang berada pada kromosom dan terikat oleh protein histon. Saat menjelang proses transkripsi berjalan, biasanya dilalui signal dari luar akan kebutuhan suatu protein atau molekul lain yang dibutuhkan untuk proses pertumbuhan, perkembangan, metabolisme, dan fungsi lain di tingkat sel maupun jaringan. Tahapan sintesa protein adalah 1. Pencetakan RNA-m melalui proses transkripsi 2. Penterjemahana informasi genetis berupa urutan asam amino melaui proses translasi.

18

Prosesya: 1. Replikasi : yang terjadi seperti pada sel yang membelah waktu mitosis 2. Transkripsi : informasi genetis pada DNA, disalin oleh mRNA 3. Translasi : mRNA ke sitoplasma ke retikulum

Gambar. Mekanisme Sintesis protein Sintesis protein memerlukan tiga tahap reaksi yaitu inisiasi, elongasi (perpanjangan) dan terminasi. Reaksi inisiasi menghasilkan pengikatan tRNA inisiasi ke situs inisiasi pada mRNA. tRNA inisiasi itu mengisi situs peptidil pada ribosom. Elongasi dimulai dengan pengikatan suatu aminoasil tRNA pada situs aminoasil, yaitu suatu tempat pengikatan khusus tRNA pada ribosom. Terminasi terjadi bila sinyal untuk berhenti yang terdapat pada mRNA dibaca oleh faktor pembebas protein yang akan mengakibatkan pembebasan rantai polipeptida yang sudah selesai dari ribosom. Sebetulnya ribosom adalah suatu enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan-ikatan peptida yang diatur oleh mRNA. TRANSKRIPSI Transkripsi adalah proses penyalinan kode- kode genetik yang ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA. Transkripsi adalah proses yang mengawali ekspresi sifat- sifat genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan nukleotida pada salah satu untaian molekul DNA yang digunakan sebagai cetakan (template) untuk sintesis molekul RNA yang komplementer. Molekul RNA yang disintesis dalam proses transkripsi pada garis besarnya dapat dibedakan menjadi tiga kelompok molekul RNA, yaitu: 1. mRNA (messenger RNA)

19

2. tRNA (transfer RNA) 3. rRNA (ribosomal RNA) Mekanisme dasar transkripsi ( sintesis RNA) Transkripsi (sintesis RNA) dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu: 1. Faktor- faktor yang mengendalikan transkripsi menempel pada bagian promoter. 2. Penempelan faktor- faktor pengendali transkripsi menyebabkan terbentuknya kompleks promoter yang terbuka (open promoter complex). 3. RNA polymerase membaca cetakan (DNA templete) dan mulai melakukan pengikatan nukleotida yang komplementer dengan cetakannya. 4. Setelah terjadi proses pemanjangan untaian RNA hasil sintesis, selanjutnnya diikuti dengan proses pengakhiran (terminasi) transkripsi yang ditandai dengan pelepasan RNA polymerase dari DNA yang ditranskripsi. Tahap pembentukan RNA Pembentukan RNA dilakukan oleh enzim RNA polymerase. Proses transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: 1. Inisiasi Enzim RNA polymerase yang menyalin gen, sehingga pengikatan RNA polymerase terjadi pada tempat tertentu yaitu tepat di depan gen yang akan ditranskripsi. Tempat pertemuan antara gen dan (DNA) dengan RNA polymerase yang disebut promoter. Kemudian RNA polymerase membuka duoble helix DNA. Salah satu utas DNA berfungsi sebagai cetakan. Nukleotida promoter pada eukariot adalah 5 GNNCAATCT- 3 dan 5- TATAAAT-3. Simbul N menunjukkan nukleotida (bisa berupa A,T, G, C). Pada prokariot, urutan promotornya adalah 5- TTGACA-3 dan 5- TATAAT-3 2. Elongasi Enzim RNA polymerase bergerak sepanjang molekul DNA, membuka double helix dan merangkai ribnukleotida ke ujung 3 dari RNA yang sedang tumbuh. 3. Terminasi

20

Terjadi pada tempat tertentu. Proses terminasi transkripsi ditandai dengan terdisosiasinya enzim RNA polymerase dari DNA dan RNA dilepaskan. Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA yang disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan RNA yang berfungsi sebagai sinyal terminasi yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik, transkripsi biasanya berhenti tepat pada akhir sinyal terminasi yaitu polimerase mencapai titik terminasi sambil melepas RNA dan DNA. Sebaliknya, pada sel eukariotik polimerase terus melewati sinyal terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam mRNA. Pada titik yang lebih jauh kira- kira 10 hingga 35 nukleotida, mRNA ini dipotong hingga terlepas dari enzim tersebut. mRNA pada eukariota mengalami modifikasi sebelum translasi, sedangkan pada prokariota misalnya pada bakteri, mRNA merupakan transkripsi akhir gen. mRNA yang baru ditranskrip ujung 5 nya adalah pppNp, dimana N adalah komponen basa- gula nukleotida, p adalah fosfat mRNA yang masak memiliki struktur 7mGpppNpN, dimana 7mG adalah nukleotida yang membawa 7 metil guanine yang ditambahkan setelah transkripsi. Pada ujun 3 terdapat pNpNpA (pA)npA. Ekor poli A ini ditambahkan berkat bantuan polymerase poli (A). Tetapi mRNA yang menyandikan histon, tidak memiliki poli A.

TRANSLASI Translasi adalah proses penerjemahan kode genetik oleh tRNA ke dalam urutan asam amino. Translasi menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi dan terminasi.Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein yang membantu mRNA, tRNA, dan ribosom selama proses translasi. Inisiasi dan elongasi rantai polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi. Energi ini disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan ATP. Translasi berlangsung di dalam sitoplasma dan ribosom. Translasi merupakan proses penterjemaahan sutu kode

21

genetik menjadi protein yang sesuai. Kode genetik tersebut berupa kodon di sepanjang molekul RNAd, sebagai penterjemaahnya RNAt.

Tahap Transalasi ada tiga yaitu: a. Inisiasi. Terjadi dengan adanya RNAd, RNAt dan dua subunit ribosom. Pertama-tama subunit kecil ribosom melekat pada tempat tertentu diujung 5 dari RNAd. Pada RNAd terdapat kodon start AUG, yang memberikan tanda dimulainnya proses translasi. RNAt inisiator membawa asam amino metionin, melekat pada kodon inisiasi AUG. b. Elongasi. Pada tahap elongasi, sejumlah asam amino ditambahkan satu persatu pada asam amino pertama (metionin). Kodon RNAd pada ribosom membentuk ikatan hidrogen dengan antikodon molekul RNAt yang komplemen dengannya. RNAr dari subunit besar berperan sebgai enzim, yang berfungsi mengkatalisis pempentukan ikatan peptida yang menggabungkan polipeptida yang memanjang ke asam amino yang baru tiba. Polipeptida memisahkan diri dari RNAt tempat perlekatan semula, dan asam amino pada ujung karboksilnya berikatan dengan asam amino yang dibawa oleh RNAt yang baru masuk. Ketika RNAd berpindah tempat, antikodonnya tetap berikatan dengan kodon RNAt. RNAd bergerak bersama-sama dengan antikodon ini dan bergeser ke kodon berikutnya yang akan ditranslasi. Disamping itu, RNAt sekarang tanpa asam amino karena telah diikat pada polipeptida yang telah memanjang. Selanjutnya RNAt keluar dari ribosom. Langkah ini membutuhkan energi yang disediakan oleh hidrolisis GTP.
c. Terminasi. Elongasi berlanjut sampai ribosom mencapai kodon stop. Triplet basa kodon

stop adalah UAA, UAG, dan UGA. Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino melainkan bertindak sebagai tanda untuk menghentikan proses translasi dan berakhir pula proses sintesis protein.

22

PENUTUP

Dari materi yang disampaikan sebelumnya maka dapat ditarik kesimpulan yaitu: 1. Sintesis protein adalah proses pembentukan protein dari monomer peptida yang diatur susunannya oleh kode genetik. Sintesis protein dimulai dari anak inti sel, sitoplasma dan ribosom. 2. Proses sintesa protein terbagi atas transkripsi dan translasi. Seperti kita ketahui DNA sebagai media untuk proses transkripsi suatu gen berada di kromosom dan terikat oleh protein histon. Saat menjelang proses transkripsi berjalan, biasanya didahului signal dari luar akan kebutuhan suatu protein atau molekul lain yang dibutuhkan untuk proses pertumbuhan, perkembangan, metabolisme, dan fungsi lain di tingkat sel maupun jaringan. 3. Transkripsi adalah proses penyalinan kode- kode genetik yang ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA yang terdiri dari tuga tahap yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. 4. Translasi terdiri dari tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. Semua tahapan ini memerlukan faktor-faktor protein yang membantu mRNA, tRNA, dan ribosom selama proses translasi. Inisiasi dan elongasi rantai polipeptida juga membutuhkan sejumlah energi. Energi ini disediakan oleh GTP (guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan ATP.

DAFTAR PUSTAKA

Campbell, N.A., Jane B.R, dan Lawrence G.M. 2002. Biologi Jilid 1, edisi kelima. Jakarta: Erlangga. Kimball, J.W. 1996. Biologi Jilid 1. Edisi Kelima. Terjemahan Siti Soetarmi dan Nawangsari Sugiri. Jakarta. Erlangga Stryer, Lubert. 2000. Biokimia. Jakarta : EGC
23

Subowo. 2007. Biologi Sel. Angkasa Bandung.Bandung. Thenawijaya Maggy. 1982. Dasar-dasar Biokimia Jilid 3. Jakarta : Erlangga Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta : Erlangga http://denydendhi.blogspot.com/2011/03/replikasi-dna.html. Diakses tanggal 12 Mei 2012. http://www.scribd.com/doc/40154876/Tahapan-Sintesis-Protein. . Diakses tanggal 12 Mei 2012.

Glosarium RNA duta (RNAd) atau messenger RNA (mRNA) : terdapat di dalam inti sel (nukleus) yang berfungsi untuk membawa pesan atau kode genetik (kodon) dari kromosom yang ada di inti ke sitoplasma. RNA pemindah (RNAp) atau transfer RNA (tRNA) : terdapat di dalam sitoplasma. RNAp berfungsi untuk mengikat asam amino yang terdapat di dalam sitoplasma, kemudian membawanya ke ribosom RNA ribosom (RNAr) atau ribosome RNA (rRNA) : terdapat di dalam ribosom. Berfungsi untuk mensintesis protein dengan menggunakan basa asam amino, yang menghasilkan polipeptida.

Indeks A Adenine 2 Asam amino 1,5,6 D DNA 1,2,3,4 M Mitionin 5 P

24

Polipeptida 1 Polymerase 4 R RNA 2,3 S Sitosin 2

Tagihan 1. Jelaskan definisi protein? 2. Jelaskan bagaimana terjadinya proses dari sintesis protein? 3. Jelaskan definisi dari transkripsi, translasi? 4. Jelaskan apa yang membedakan antara transkripsi dan translasi?

25