Fundamentos y tcnicas de anlisis microbiolgicos Laboratorio de Diagnstico Clnico.

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Manual Bergey's - 1 U.T. 12 - 0 Bloque temtico III

Manual de Bergey
En 1923, David Bergey, catedrtico de bacteriologa en la Universidad de Pennsylvania, y cuatro colaboradores ms, publicaron un manual sobre caractersticas de las bacterias de inters mdico conocidas hasta entonces, que poda utilizarse para la identificacin bacteriana. Este manual, el Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, ha sido utilizado en muchos laboratorios de Microbiologa de todo el mundo y ha ido actualizndose a lo largo de los aos hasta que apareci la novena y ltima edicin en 1994. (ver historia ) En 1984, se public la primera edicin de un manual enfocado ms a la clasificacin que a la identificacin: el Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Esta nueva publicacin constaba de cuatro volmenes que se fueron publicando en los siguientes cinco aos. La clasificacin propuesta por esta primera edicin del Bergey's Manual of Systematic Bacteriology est basada en la tincin de Gram. As, agrupa a todas las bacterias en un solo Reino: el Procaryotae, en el que se reconocen cuatro divisiones: Gracilicutes (procariotas, con pared celular, gramnegativas), Firmicutes (procariotas, con pared celular, grampositivas), Tenericutes (procariotas, sin pared celular) y Mendosicutes (procariotas filogenticamente anteriores a las divisiones mencionadas, como las arquebacterias y otras) En esta primera edicin de la nueva etapa, las bacterias se distribuyen en secciones. Las distintas secciones se han constituido sobre la base de caracteres descriptivos morfolgicos y metablicos, por ejemplo, espiroquetas, cocos y bacilos aerobios gramnegativos, cocos grampositivos, etc. En cada una de las 33 secciones que lo componen se engloban distintos rangos taxonmicos que varan considerablemente. Algunos llegan a tratar de divisiones, en tanto que otros se ocupan de gneros. Un carcter que se mantiene constante es el estudio de gneros y sus correspondientes especies, categoras taxonmicas ambas que son fundamentales en su estructuracin. Los que no encajan perfectamente en alguna de las familias o secciones se les denomina gnero de afiliacin dudosa o se incluyen en el de otros gneros. Las especies no bien descritas, definidas sin cepa tipo, neotipo o de referencia, se catalogan como species incertae sedis. Las propiedades empleadas para la diferenciacin son: caractersticas morfolgicas microscpicas, morfologa de las colonias y pigmentacin, condiciones de crecimiento y nutricin, fisiologia y metabolismo, caracteristicas genticas, plsmidos y bacterifagos, estructura antignica, patogenicidad y ecologa. En general, en cada especie se incluye la cepa tipo. Ha habido un progreso considerable en el campo de la taxonoma bacteriana desde 1984, el ao de la publicacin del primer volumen del Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. El nmero de especies nombrada se ha duplicado, y hay ms de 170 nuevos gneros descritos. En particular, el anlisis del rRNA, del DNA y de las protenas, ha hecho posible el anlisis filogentico de las bacterias. A consecuencia de ello, la segunda edicin del Bergey's Manual of Systematic Bacteriology ser fundamentalmente filogentica en vez de fenotpica, y por consiguiente, muy diferente de la primera edicin. En 2001 apareci el primero de los cinco volmenes de la segunda edicin del Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Esta segunda edicin se publicar en cinco volmenes, y contendr ms informacin ecolgica que clnica. Hasta ahora no se han publicado ms volmenes.
Gustavo A. Daz Martn. I. E. S. Jaime Ferrn Cla. Profesor Tcnico de Formacin Profesional. San Fernando de Henares. (28830 Madrid) Curso 2004-2005 Cdigo 28038616

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A diferencia de la primera edicin la clasificacin se resume en dos dominios, Archaea y Bacteria que poseen en total 14 Reinos. La nueva edicin no estar disponible en su totalidad hasta dentro de algunos aos (hasta la fecha solo se ha publicado el Volumen I), pero conocemos la organizacin de su estructura, que transcribiremos a continuacin. Volumen I: Trata del dominio Archaea, en su totalidad y de algunas bacterias Gram negativas especiales, como las Cianobacterias. En este volumen no hay casi ninguna bacteria de importancia clnica. Volumen II: Proteobacterias, bacterias Gram negativas . Dividido en cinco secciones (alfa, beta, delta, gamma y psilon proteobacterias), el reino Proteobacteria agrupa a la mayor parte de las bacterias Gram negativas de importancia clnica. Neisseria, Brucella, Legionella, Pseudomonas, Haemophilus, Campylobacter y Enterobacterias, pertenecen a este reino. Volumen III: Tratar sobre los Gram positivos con bajo contenido en G+C. Aqu aparecern gneros como Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus, Clostridium y Bacillus Volumen IV: Contendr una sola seccin que agrupar a todos los Gram positivos con alto contenido en G+C Los gneros ms conocidos de este volumen sern Mycobacterium y Corynebacterium. El Volumen V tratar de otras bacterias Gram negativas, agrupadas en ocho secciones diferentes. No tienen ningn factor en comn. Los gneros ms importantes desde el punto de vista clnico sern Chlamydia, Treponema, Borrelia o Bacteroides

A pesar de todos estos cambios y avances en los criterios de clasificacin, la identificacin sigue basndose en la distincin entre gneros y especies, que apenas se han modificado. Por este motivo podemos seguir utilizando sin mayores dificultades la novena edicin del Bergey's Manual of Determinative Bacteriology (que adems es el nico que poseemos) hasta que se complete la publicacin de la segunda edicin del Bergey's Manual of Systematic Bacteriology A pesar de que no disponemos de ms referencias sobre los restantes volmenes de la segunda edicin, s podemos disponer de la clasificacin "oficial" que en ellos se recoger. El ltimo ndice publicado de la clasificacin de bacterias se actualiz en abril del 2001 y est a vuestra disposicin en la pgina web del Manual Bergey`s. Una copia de este ndice est a vuestra disposicin en el Laboratorio de Microbiologa, y sobre dicha copia debis establecer los rangos taxonmicos del microorganismo que os ha sido asignado.

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Captulo I: Introduccin y uso del Manual

Aunque la novena edicin del Bergey's Manual of Determinative Bacteriology contiene mucha informacin derivada de los cuatro volmenes del Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, no debera ser considerada una versin resumida de ste ltimo. En cambio, trata especficamente de un aspecto de taxonoma bacteriana: la identificacin de las bacterias. Este libro ha sido diseado especialmente para aquellas personas que estn comprometidas inicialmente en la identificacin de las bacterias, y a las cuales no concierne la clasificacin (ordenacin de microorganismos en taxones). Adems, ha sido actualizado con vistas a los diversos cambios de nomenclatura y nuevos taxones que han sido descritos desde que los volmenes del Bergey's Manual of Systematic Bacteriology fueron publicados. Aunque este libro contiene muchos datos necesarios para la identificacin bacteriana, no contiene la abundancia de informacin descriptiva sobre gneros y especies que proporciona el Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Por ejemplo, no contiene informacin detallada de las especies, ni informacin concerniente a la clasificacin o nomenclatura de las bacterias, o mtodos para el enriquecimiento o aislamiento de diversas especies. Adems, no incluye esquemas de identificacin para ciertos grupos de gneros o especies porque alguno de ellos requiere mtodos muy sofisticados para el cultivo y/o identificacin. (p.ej. las rickettsias) o carecen de suficientes caractersticas diferenciales (p. ej. especies de Bacillus). Cmo usar el Bergey's Manual of Determinative Bacteriology? Asumiendo que el lector tiene un microorganismo aislado y desea identificarlo, los siguientes seis pasos proporcionan una aproximacin a esta tarea. Paso 1: La naturaleza de los esquemas de identificacin bacteriana El lector debe leer el captulo II de este libro para familiarizarse con los principios generales usados en identificacin bacteriana. Paso 2: El microorganismo aislado es eucariota o procariota? Este manual es usado para la identificacin de bacterias (procariotas). En consecuencia, el microorganismo a identificar debe ser una bacteria en vez de un eucariota microscpico (moho, levadura, alga o protozoo). El captulo III proporciona una tabla de caractersticas que diferencian procariotas de eucariotas. Paso 3: A qu categora de bacterias pertenece el microorganismo? De forma prctica, las bacterias pueden dividirse en cuatro grandes categoras: I. Eubacterias Gram-negativas que tienen pared celular II. Eubacterias Gram-positivas que tienen pared celular III. Eubacterias carentes de pared celular IV. Arqueobacterias El captulo IV proporciona caractersticas que permiten la diferenciacin de estas cuatro categoras. Paso 4: A qu grupo pertenece el microorganismo aislado? Tras la correcta asignacin del microorganismo a su categora bacteriana, el siguiente paso es determinar en que grupo se puede encuadrar el microorganismo. El captulo V proporciona un listado de los grupos que existen en cada una de las cuatro categoras y una breve descripcin de los tipos de bacterias contenidos en cada grupo Paso 5: A qu gnero pertenece el microorganismo aislado? La mayora de los grupos descritos en el Manual proporcionan una o ms tablas o claves indicando las caractersticas que pueden ser usadas para diferenciar los gneros dentro del grupo. Paso 6: A que especie pertenece el microorganismo aislado? La mayora de las descripciones de los gneros estn acompaados por una o varias tablas que permiten la diferenciacin de las especies contenidas en los gneros
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Captulo II: La naturaleza de los esquemas de clasificacin bacterianos Los esquemas de identificacin no son los esquemas de clasificacin, aunque pueda existir una cierta similitud. Un esquema de identificacin para un grupo de microorganismos ser establecido solo despus de que el grupo haya sido clasificado inicialmente ( es decir, siendo reconocido como diferente de otros microorganismos); est basado en uno o ms caracteres o sobre un patrn de caracteres que todos los miembros del grupo tienen y que otros grupos no tienen. Los caracteres usados no son generalmente aquellos que se utilizan en la clasificacin del grupo; por ejemplo, la clasificacin puede estar basada en un estudio de hibridacin del DNA/DNA, mientras que la identificacin puede basarse sobre caracteres fenotpicos que se correlacionan bien con la informacin gentica. En general, los caracteres escogidos para un procedimiento de identificacin deben ser fcilmente determinables, mientras que aquellos que son usados para la clasificacin pueden ser bastante difciles de determinar (tales como los valores de homologa del DNA). Los caracteres estudiados deberan ser tambin pocos en cantidad, mientras que la clasificacin puede involucrar un gran nmero de caractersticas, tal y como sucede en el estudio de la taxonoma numrica. Estas particularidades ideales de un sistema de identificacin no siempre puede ser posibles, particularmente con gneros o especies que no son susceptibles de ser caracterizados por los tradicionales test bioqumicos o fisiolgicos. En tales casos, puede ser necesario acudir a procedimientos relativamente complicados para conseguir una identificacin correcta procedimientos tales como la electroforesis de protenas celulares en gel de poliacrilamida (PAGE), la composicin lipdica celular o la hibridacin de cidos nucleicos. Las reacciones serolgicas, que generalmente tienen un valor limitado en la clasificacin, a menudo tienen enorme valor para la identificacin. Los test de aglutinacin en porta, las tcnicas de anticuerpos fluorescentes, y otros mtodos serolgicos, pueden ser realizados sencilla y rpidamente y generalmente suelen ser muy especficos; por esta razn ofrecen los medios necesarios para la identificacin presuntiva y rpida de las bacterias. Su especificidad no es del 100%, y es necesaria la confirmacin de la identificacin por test bioqumicos o fisiolgicos adicionales. En algunos gneros y especies, la identificacin puede basarse no en unos pocos tests, sino sobre un patrn dado por la aplicacin de un batera completa de tests. Los miembros de la familia Enterobacteriaceae representan un ejemplo tpico de esto. Para disminuir la necesidad de inocular un gran nmero de medios en tubo, se han desarrollado una gran variedad de sistemas multitest rpidos y adecuados para usar en la identificacin de diversos taxones, sobre todo aquellos de importancia mdica.

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Historia del Manual Bergey's

Bergey's Manual of Determinative Bacteriology By David H. Bergey (1860-1937) The first edition in 1923 The second edition in 1925 The third edition in 1930 1934 the 4th 1939 the fifth 1948 the sixth 1957 the seventh 1966 Index Bergeyana 1974 The eighth edition, 19 parts in total Kingdom Procaryote - Division I. The Cyanobacteria - Division II. The Bacteria (19 parts) 1977 Abbreviated edition 1981 Supplement to Index Bergeyana 1984. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, First edition Volumes I-IV I. Volume I : Sections 1-11 II. Volume II : Sections 12-17 III. Volume III : Sections 18-25 IV. Volume IV : Sections 26-33 Kingdom Procaryotae - Division I Gracilicutes - Division II Firmicutes - Division III Tenericutes - Division IV Mendosicutes 1994 . Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. Ninth edition 2001. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd edition, Volumes I - V Volume I: The Archaea, Cyanobacteria, Phototrophs, and Deeply Branching Genera. Sections I-XIV Volume II: The Proteobacteria. Sections XV-XIX Section XV: alpha subdivision Section XVI: beta subdivision Section XVII: gamma subdivision Section XVIII: delta subdivision Section XIX: epsilon subdivision Volume III: The Low G + C Gram Positives. Sections XX-XXII Volume IV: The High G + C Gram Positives. Section XXIII Volume V: The Planctomycetes, Spirochaetes, Fibrobacteres, Bacteroides and Fusobacteria. Sections XXIV-XXXI

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1994 Novena edicin, 35 Grupos englobados en cuatro grandes categoras de Bacterias

Categora I (Eubacterias Gram-negativas que tienen pared celular); Grupos 1-16. 1. *.Espiroquetas 2. * Bacterias Gram-negativas aerbicas o microaerfilas, mviles, helicoidales o vibrioides 3. - Bacterias Gram-negativas curvadas no mviles o rararamente mviles 4. * Cocos y bacilos Gram-negativos aerbicos o microaerfilos 5. * Bacilos Gram-negativos anaerobicos facultativos 6. * Bacilos Gram-negativos, anaerobicos, rectos, curvados, y helicoidales 7. - Bacterias desasimiladoras de azufre o reductoras de sulfatos 8. - Cocos anaerbicos Gram-negativos 9 * Rickettsias y Chlamydias 10 - Bacterias fotosintticas anoxignicas 11 - Bacterias fotosintticas oxignicas 12 - Bacterias quimiolitotroficas aerbicas y microorganismos relacionados 13 - Bacterias con apndice y/o que geman 14 - Bacterias con vaina 15 - Bacterias deslizantes no fotosintticas, no frutescentes 16 - Bacterias deslizantes frutescentes: Myxobacteriales Categora II (Eubacterias Gram-positivas que tienen pared celular); Grupos 17-29. 17 * Cocos Gram-positivos 18 * Cocos y bacilos Gram-positivos formadores de esporas 19 * Bacilos Gram-positivos no formadores de esporas con morfologa regular 20 * Bacilos Gram-positivos no formadores de esporas con morfologa irregular 21 * Mycobacterias 22 * Actinomycetos nocardioformes 23 - Generos con esporangio multilocular 24 - Actinoplanetos 25 - Streptomycetos y gneros relacionados 26 - Maduromycetos 27 - Thermomonospora y gneros relacionados 28 - Thermoactinomycetos 29 - Otros Gneros Categora III (Eubacterias carentes de pared celular: Mycoplasmas o Mollicutes); Grupo 30. 30 * Mycoplasmas Categora IV (Archaeobacteria); Grupos 31-35. 31 - Metangenos 32 - Archaeal reductoras de sulfato 33 - (Halobacteria) Archaeobacteria extremadamente haloflicas 34 - Archaeobacteria sin pared celular 35 - Metabolizadoras de sulfato extremadamente termoflicas e hipertermoflicas (*) Grupos importantes en patologa infecciosa humana

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1994 Ninth edition, 35 Groups within 4 major categories of Bacteria

The Category I (Gram-negative eubacteria that have cell walls); Groups 1-16. 1. The Spirochetes 2. Aerobic/microaerophilic, Motile, Helical/Vibrioid Gram-negative bacteria 3. Nonmotile (or rarely motile), Gram-negative curved bacteria 4. Gram-negative aerobic/microaerophilic Rods and Cocci 5. Facultatively Anaerobic Gram-negative Rods 6. Gram-negative, Anaerobic, Straight, Curved, and Helical Rods 7. Dissimilatory sulfate- or sulfur-reducing Bacteria 8 Anaerobic Gram-negative Cocci 9 The Rickettsias and Chlamydias 10 Anoxygenic Phototrophic Bacteria 11 Oxygenic phototrophic Bacteria 12 Aerobic Chemolithotrophic bacteria and associated organisms 13 Budding and/or appendaged Bacteria 14 Sheathed Bacteria 15 Nonphotosynthetic, Nonfruiting Gliding Bacteria 16 Fruiting Gliding Bacteria: The Myxobacteria The Category II (Gram-positive eubacteria that have cell walls); Groups 17-29. 17 Gram-positive Cocci 18 Endospore-forming Gram-positive Rods and Cocci 19 Regular, Nonsporing Gram-positive Rods 20 Irregular, Nonsporing Gram-positive Rods 21 The Mycobacteria 22 Nocardioform Actinomycetes 23 Genera with Multilocular sporangia 24 Actinoplanetes 25 Streptomycetes and related genera 26 Maduromycetes 27 Thermomonospora and related genera 28 Thermoactinomycetes 29 Other Genera The Category III (Cell wall-less eubacteria: The mycoplasmas or mollicutes); Group 30. 30 Mycoplasmas The Category IV (Archaeobacteria); Groups 31-35. 31 The Methanogens 32 Archaeal sulfate reducers 33 Extremely halophilic archaeobacteria (Halobacteria) 34 Cell wall-less archaeobacteria 35 Extremely thermophilic and hyperthermophilic S0-metabolizers

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