BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang DNA sebagai bahan genetik karena DNA dapat mewariskan sifat-sifat dari organisme induk yang sudah diindentifikasi pada pertengahan abad 20. Genom adalah sepotong DNA atau segmen DNA yang menjadi protein mengandung semua informasi genetik yang dimilikinya.1 (Perumus : Citra Ayu 10613018) DNA berperan untuk mempertahankan spesies, DNA diwariskan dari satu generasi ke generasi lain melalui sel germinativum. RNA berperan dalam produksi individu, RNA mentranskripsikan informasi yang dikode dalam DNA dan membentuk individu yang hidup, suatu proses yang disebut budding of from the germ line.2 (Perumus: citra ayu 10613018 ) Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetic yang ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA. Transkripsi adalah proses yang mengawali ekspresi sifat-sifat genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Urutan nukleotida pada salah satu untaian molekul DNA digunakan sebagai cetakan (template) untuk sintesis molekul RNA yang komplementer1 (Perumus: Anggi Shabrina 10613027) Proses transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu : 1. Inisiasi Terdapat empat tahapan proses inisiasi meliputi (1) pembentukan kompleks promotor tertutup, (2) pembentukan kompleks promoter terbuka, (3) penggabungan beberapa nukleotida awal (sekitar 10 nukleootida), dan (4) perubahan konformasi RNA polimerase karena subunit dilepaskan dari kompleks oleh enzim. 2. Elongasi Dalam pemanjangan transkrip nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul RNA yang baru terbentuk. Nukleotida RNA yang ditambahkan tersebit bersifat komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA cetakan.

3. Terminasi Disebut dengan terminator. Pada bakteri E. Coli ada dua macam terminator yaitu (1) Terminator yang tidak bergantung pada protein rho (2) Terminator yang bergantung pada protein rho.3 (Perumus : ghina khalda 10613034) Molekul RNA yang disintesis dalam proses transkripsi pada garis besarnya dapat dibedakan menjadi 3 (tiga) kelompok molekul RNA, yaitu: mRNA (messenger RNA), tRNA (transfer RNA), rRNA (ribosomal RNA). Molekul mRNA adalah RNA yang merupakan salinan kode-kode genetic pada DNA yang dalam proses selanjutnya akan diterjemahkan menjadi urutan asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein tertentu. Molekul tRNA adalah RNA yang berperan membawa asam-asam amino yang spesifik yang akan digabungkan dalam proses sistesis protein (translasi). Molekul rRNA adalah RNA yang digunakan untuk menyusun ribosom, yaitu suatu partikel di dalam sel yang digunakan sebagai tempat sintesis protein. Molekul tRNA dan rRNA tidak pernah di translasi karena molekul yang digunakan adalah RNA-nya itu sendiri.1 (Perumus : Nur Latifah 10613089) Beberapa komponen utama yang terlibat adalah urutan DNA yang akan ditranskripsi(cetakan/template), enzim RNA polymerase, factor-faktor transkripsi, dan precursor untuk sintesis RNA. Gen adalah suatu urutan DNA yang mengkode urutan lengkap asam amino suatu polipeptida atau molekul RNA tertentu. Gen yang lengkap terdiri atas tiga bagian utama,yaitu: (1) daerah pengendali (regulatory region) yang secara umum disebut promoter, (2) bagian struktural dan (3) terminator. Promoter bagian gen yang berperan dalam mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5. Bagian struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir dari promoter yang mengandung urutan DNA spesifik. Terminator adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir dari bagian struktural yang berperan dalam pengakhiran (terminasi) proses transkripsi.1 (Perumus: Nur Latifah 10613089)

BAB II ISI

2.1 Bagian-bagian DNA Gen terbentuk dari untai DNA yang mencakup regio pengkode dan mengcoding. Pada eukariot tidak seperti prokariot, bagian gen yang menentukan pembentukan protein biasanya terurai menjadi beberapa segmen (ekson) yang dipisahkan oleh segmen-segmen yang tidak ditranslasikan (intro).3 (perumus : anggi shabrina 10613017) DNA (gen) terdiri dari 2 bagian utama, yaitu bagian exon dan bagian intron.

Bagian exon akan diproses lebih lanjut melalui beberapa tahapan yang pada akhirnya akan mengkode suatu protein. Gen yang hanya memiliki bagian exon disebut cDNA.3 (Perumus: Ghina Khalda 10613034) Bagian intron seringkali dihancurkan oleh enzim-enzim penghancur dalam sel. Selain exon dan intron, ada juga istilah UTR (untranslated region) yaitu bagian yang terletak sebelum kodon pemula (start codon, ATG) dan setelah kodon terminal (stop codon, TGA/TAG/TAA). Daerah yang terletak sebelum start codon disebut frame 5-UTR, sedangkan yang terletak setelah stop codon disebut 3-UTR. Juga ada istilah promoter gen, yaitu bagian gen yang terletak sebelum frame 5-UTR yang pada umumnya memiliki urutan TATA (sering disebut TATA box), dan memiliki ukuran lebih dari 2 ribu pasang basa (basepair). 3 (Perumus : Ghina Khalda 10613034)

Splicing dimulai dengan terjadinya pemutusan pada ujung 5, selanjutnya ujung 5 yang bebas menempelkan diri pada suatu tempat pada intron dan membentuk struktur seperti laso yang terjadi karena ikatan 5-2fosfodiester. Selanjutnya tempat pemotongan pada ujung 3 terputus sehingga dua buah ekson menjadi bersatu.1 (Perumus : Nur Latifah 10613089) Gen yang lengkap terdiri atas 3 bagian utama yaitu daerah pengendali yang secara umum disebut promoter, bagian struktural dan terminator. Promoter adalah bagian gen yang berperanan dalam mengendalikan proses transkripsi yang terletak pada bagian ujung. Bagian struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir. terminator adalah bagian gen yang terletak disebelah hilir dari bagian struktural yang berperanan dalam pengakhiran proses transkripsi.1 ( Perumus : Nur Latifah 10613089) Struktur Gen Prokariotik

Gen merupakan urutan DNA yang relatif pendek yang mengkode molekul protein atau RNA. Dalam bagian ini kita membatasi perhatian kita terhadap gen yang mengkode protein pada prokariotik. Bagian dari gen mengandung kodon yang akan ditranslasi dengan segera menjadi protein yang disebut bagian penyandi, atau open reading frame/kerangka pembaca terbuka. Bagian yang memulai translasi (lihat Bagian 6.1) adalah upstream/hulu dari kodon start, dimana upstream berarti arah pada 5. Sekuens yang terletak beberapa ratus nukleotida dari titik awal transkripsi yang diperlukan untk transkripsi. Sekeuns tersebut dikenal sebagai UAS (Upstream activating sequences). Sekuens UAS tersebut diketahui mengikat suatu protein spesifik yang dapat memegaruhi transkripsi. Pada khamir, UAS tidak berfungsi jika terletaknya pada posisi sebelah hilir dari daerah gen struktural. Elemen UAS biasanya berukuran pendek, sekitar 10-30 pasangan basa. Gen-gen yang diatur oleh sistem pengaturan yang sama biasanya mempunyai elemen UAS yang serupa, sedangkan gen0gen yang sistem pengaturannya tidak terkoordinasi mempunyai elemen UAS yang berbeda. UAS merupakan elemen gen imunoglobulin, gen amintransferase, dan antithrombin III.(biomol,triwibowo). Sedangkan dengan cara yang sama bagian yang menghentikan transkripsi adalah downstream/muara dari kodon stop, dimana downstream berarti arah pada 3. Dengan demikian, transkrip mRNA mengandung urutan kedua akhirannya yang telah dibaca, namun tidak ditranslasi. Urutan antara transkripsi bagian start dan kodon start disebut bagian 5 yang tidak ditranslasi. Urutan antara kodong stop dan bagian stop transkripsi disebut bagian 3 yang tidak ditranslasi. Hulu dari bagian transkripsi merupakan urutan DNA relatif pendek

yang disebut bagian pengatur atau bagian promoter. Yang mengandung elemen pengatur, yang mana merupakan bagian DNA spesifik dimana protein pengatur tertentu mengikat dan mengatur ekspresi dari gen. Protein ini disebut faktorfaktor transkripsi, karena mereka mengatur proses transkripsi. Sebuah cara umum yang mana faktorfaktor transkripsi mengatur ekspresi adalah dengan berikatan pada DNA pada promoter dan dari situ mempengaruhi kemampuan RNA polymerase (baik secara positif maupun negatif) untuk melakukan tugas transkripsinya. (Ada juga analog mengenai kemungkinan pengaturan translasi, dimana faktorfaktor pengatur berikatan dengan mRNA dan mempengaruhi kemampuan ribosom untuk melaksanakan kemampuan translasinya.).3 (perumus : Ghina Khalda 10613034) Mekanisme kontrol transkripsi oleh operon Agar DNA menginisiasi pembentukan RNA untuk ditranslasikan DNA harus terlebih dahulu bergabung dengan sebuah RNA polimerase. Situs bagi perlekatan RNA polimerase pada DNA dikenal sebagai promotor. Operator terletak di dalam daerah promoter (atau tumpang tindih dengan daerah tersebut), sehingga perlekatan RNA polimerase terhalangi ketika ada reseptor. Jika ada inducer (laktat atau isomer yang berkerabat dekat jika operon nya adalah lac), resepotor di non aktifkan dan operon menjadi aktif. RNA polimerase kemudian dapat melekat ke ditus promotor dan transkripsi pun berlangsung.Transkrpsi terjadi sepanjang cetakan DNA dengan arah 3 ke 5. Dalam kasus operon lac, misalnya sebuah transkrip tunggal RNA disintesis untuk ketiga strukutural operon lac. Sebelum translasi terjadi pemrosesan molekul tunggal RNA tersebut, sehingga ketiga enzim dapat dihasilkan secara terpisah. Keuntungan adanya operon yang terorganisasi dalam kromosom bakteri adalah bahwa hal itu menyebabkan sintesis kelompok-kelompok enzim-enzim yang berkerabat secara fungsional, biasanya dari sebuah transkrip tunggal Mrna. Karena seluruh komponen dari sebuah jalur fungsional harus diaktifasi, operon memfasilitasi respon semua atau tidak sama sekali yang efisien. Mekanisme kontrol untuk mengaktifasi atau mematikan operon membuat operon sensitif terhadap perubahan dalam lingkungan yang dihadapi oleh bakteri. Kemampuan sel untuk membentuk reseptor fungsional maupun tidak fungsional memungkinkan berbagai pemicu dari lingkungan memengaruhi sel. Sistem-sistem yang dapat di induksi bisa di aktifasi oleh agen-agen yang mengikat represor, dan sistem-sistem konstitutif bisa di non aktifkan oleh korepresor yang mengaktifasi represor-represor yang awalnya kosong. Pengaturan yang lebih mendetail didapat dari keikutsertaan protein CAP dan AMP siklik dalam aktivasi situs promoter.4 (perumus : Citra Ayu 10613018)

Konsep gen tunggal terhadap sintesis protein rekombinasi dan mutasi Fungsi primer gen adalah mengkodekan produk protein, sehingga harus terdapat cukup DNA untuk menghasilkan masing-masing asam amino yang menyusun struktur primer suatu protein. Utas DNA itulah yang di sebut sebagai sistron dan merupakan unit dasar fungsi gen. Akan tetapi ada unit-unit yang berada di bawah tingkat primer tersebut. Sebuah mutasi melibatkan sebuah perubahan pesan asli yang terkandung di dalam sistron yang dapat menyebabkan terbentuknya protein yang berubah ataupun yang tidak terbentuk sama sekali. Karena dalam beberapa kasus perubahan pada satu basa tunggal saja dapat menyebabkan mutasi hanya utas-utas pendek DNA yang dapat mempresentasikan unit mutasi disebut muton. Dengan demikian siston dapat mengandung ratusan muton.Panjang minimal DNA yang ikut serta dalam pertukaran informasi genetik belum diketahui dengan jelas. Perubahan basa-basa dalam jumlah relatif sedikit antara kromsom-kromosom mungkin tidak akan menghasilkan transfer timbal balik dari materi genetik yang utuh. Rekon yaitu unit sejumlah basa-basa yang terlibat dalam rekombinasi mungkin hanya sedikit lebih pendek daripada sistron yang utuh.4 (perumus : Citra Ayu 10613018)

2.2 Proses Transkripsi Transkripsi (sintesis RNA) dilakukan melalui beberapa tahaoan : 1. Faktor-faktor yang mengedalikan transkripsi menempel pada bagian promoter 2. Penempelan faktor-faktor pengendali transkripsi menyebabkan terbentuknya komplek promoter yang terbuka (open promoter complex) 3. Rna polimeras membaca cetakan (DNA template) dan mulai melakukan pengikatan nukleotidayang komplementer dengan cetakannya 4. Setelah terjadi proses pemanjanganRNA hasil sintesis, selanjutnya diikuti proses pengakhiran (terminasi) transkripsi yang ditandai dengan pelepasan RNA polimerase Dari DNA yang ditranskripsi

Hasil-hasil penelitian menunjukan bahwa ada perbedaan fundamental dalam hal struktur gen, faktor-faktor pengendali, mekanisme, serta sistem regulasi transkripsi antara jasad prokariot dengan eukariot. Proakriot mempunyai struktur yang lebih sederhana dibandingkan eukariot. Pada prokariot tidak ada struktur dan fungsi spesifik dibandingkan dengan sel eukariot dan tidak ada struktur inti sel nukleus sehingga tidak ada pemisahan ruang antar molekul bahan genetik dengan peralatan selular lainnya. Dan sebelum transkripsi dilakukan, proses translasi juga sudah berlangsung. Beberapa karakteristik kimiawi sintesis RNA pada prokariot dan eukariot dapat dijelaskan sebagai berikut : 1. Prekursor untuk sintesis RNA adalah 4 macam ribonukleotida yaitu 5- troipspat ATP, GTP, CTP dan UTP (pada RNA tidak ada timin) 2. Reaksi polimerisasi RNA pada prinsipnya sama dengan polimerisasi DNA yaitu dengan arah 53 3. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh cetakannya, yaitu urutan DNA yang ditranskripsikan. Nukleotida RNA yang digabungkan adalah nukleotida yang komplementer dengan cetakannya. 4. Molekul DNA yang ditranskripsi adalah molekul untai ganda, tetapi yang berperanan sebagai cetakan hanya salah satu untaiaannya. 5. Hasul transkripsi berupa molekul RNA untai tunggal.1 (perumus : Citra ayu 10613018) Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan nukleotida yang terdapat pada molekul DNA. Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA yang disalin menjadi urutan nukleotida RNA. Urutan nukleotida pada transkip RNA bersifat komplementer dengan urutan DNA cetakan, tetapi indentik dengan urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode. 5- ATG GTC CTT TAC TTG TCT GTA TTT -3 Untaian DNA pengkode 3- TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT AAA -5 Untaian DNA cetakan Transkripsi 5- AUG GUC CUU UAC UUG UCU GUA UUU -3 RNA hasil Transkripsi

Transkripsi berlangsung di dalam inti sel atau di dalam matriks mitokondria dan plastida. Transkripsi dapat dipicu oleh rangsangan dari luar maupun tanpa rangsangan. Pada proses tanpa rangsangan, transkripsi berlangsung terus-menerus (gen-gennya disebut gen konstitutif atau "gen pengurus rumah", house-keeping genes). Sementara itu, gen yang memerlukan rangsangan biasanya gen yang hanya diproduksi sewaktu-waktu; gennya disebut gen regulatorik karena biasanya mengatur mekanisme khusus. Rangsangan akan mengaktifkan bagian promoter inti, segmen gen yang berfungsi sebagai pencerap RNA polimerase yang terletak di bagian hulu bagian yang akan disalin (disebut transcription unit), tidak jauh dari ujung 5' gen. Promoter inti terdiri dari kotak TATA, kotak CCAAT dan kotak GC.1 (Perumus : Citra Ayu 10613018) Sebelum RNA polimerase dapat terikat pada promoter inti, faktor transkripsi TFIID akan membentuk kompleks dengan kotak TATA. Inhibitor dapat mengikat pada kompleks TFIID-TATA dan mencegah terjadinya kompleks dengan faktor transkripsi lain, namun hal ini dapat dicegah dengan TFIIA yang membentuk kompleks DA-TATA. Setelah itu TFIIB dan TFIIF akan turut terikat membentuk kompleks DABF-TATA. Setelah itu RNA polimerase akan mengikat pada DABF-TATA, dan disusul dengan TFIIE, TFIIH dan TFIIJ. 1 (Perumus : Anggi Shabrina 10613027) Kompleks tersebut terjadi pada bagian kotak TATA yang terletak sekitar 10-25 pasangan basa di bagian hulu (upstream) dari kodon mulai (AUG). Adanya faktor transkripsi ini akan menarik enzim RNA polimerase mendekat ke DNA dan kemudian menempatkan diri pada tempat yang sesuai dengan kodon mulai (TAC pada berkas DNA). Berkas DNA yang ditempel oleh RNA polimerase disebut sebagai berkas templat, sementara berkas pasangannya disebut sebagai berkas kode (karena memiliki urutan basa yang sama dengan RNA yang dibuat). Pada awal transkripsi, enzim guaniltransferase menambahkan gugus m7Gppp pada ujung 5' untai pre-mRNA. Sejumlah ATP diperlukan untuk membuat RNA polimerase mulai bergerak dari ujung 3' (ujung karboksil) berkas templat ke arah ujung 5' (ujung amino). pre-mRNA yang terbentuk dengan demikian berarah 5' 3'. Pergerakan RNA polimerase akan berhenti apabila ia menemui urutan basa yang sesuai dengan kodon berhenti, dan deret AAUAAA akan ditambahkan pada pangkal 3' pre-mRNA. Setelah proses selesai, RNA polimerase akan lepas dari DNA, sedangkan pre-mRNA akan teriris sekitar 20 bp dari deret AAUAAA dan sebuah enzim, poli(A) polimerase akan menambahkan deret

antara 150 - 200 adenosina untuk membentuk pre-mRNA yang lengkap yang disebut mRNA primer.1 (Perumus : anggi shabrina 10613027) Tergantung intensitasnya, dalam satu berkas transcription unit sejumlah RNA polimerase dapat bekerja secara simultan. Intensitas transkripsi ditentukan oleh keadaan di sejumlah bagian tertentu pada DNA. Ada bagian yang disebut suppressor yang menekan intensitas, dan ada yang disebut enhancer.1 (Perumus: Nur Latifah 10613089)

2.3 Prokariotik Secara umum gen prokaryot tersusun atas beberapa bagian penting yaitu: promoter, bagian struktural, dan terminator. Promoter adalah urutan DNA spesifik yamg berperan dalam mengendalikan transkripsi gen struktural dan bagian tempat awal pelekatan enzim RNA polymerase. Bagian penting promoter adalah kotak pribnow. pada urutan nukleotida posisi -10 dan posisi -35. Angka minus menyatakan letak suatu nukleotida dari titik awal transkripsi (pada posisi +1) dan tidak di transkripsikan. Pengubahan jarak antara kotak -35 dan -10 akan mengakibatkan perubahan aktivitas atau kekuatan promoter. Jarak optimum anatara kedua kotak adalah 17 nukleotida. Oleh karena itu urutan konsensud TATAAT, maka sering disebut juga kotak TATA.selain itu terdapat operator dan attenuator. Operator adalah tempat pelekatan protein represor (penghambat proses ekspresi genetik). Attenuator berfungsi untuk mengendalikan arah biosintesis asam amino sesuai dengan ketersediaan asam amino didalam sel. 1(Perumus: Nur Latifah 10613089) Ciri utama gen struktural prokaryot adalah semua sekuens, mulai dari inisiasi translasi (ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon stop, yaitu TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan (trnslasi) menjadi rangkaian asam-asam amino. Jika gen struktural terdiri 900 nukleotida maka gen struktural mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuen nukleotida yang berurutan. Jadi pada prokaryot tidak ada sekuens penyisip/intron dan ekson. Intron adalah sekuens yang tidak mengkode asam amino. Ekson kson adalah urutan nukleotida yang mengkode asam amino.1 (Perumus : Nur latifah 10613089)

Mekanisme transkripsi prokaryot dimulai dengan awal penempelan RNA polimerase holoenzim pada bagian promoter suatu gen yang belum terikat secara kuat dan struktur promoter masih dalam keadaan tertutup (closed promoter complex). Subunit berperan dalam menemukan bagian promoter sehingga RNA polimerase dapat menempel. Selanjutnya, RNA polimerase akan mencari bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu promoter berupa suatu kelompok ikatan hydrogen antara kedua untaian DNA pada posisi -35 dan -10. Setelah RNA polimerase menempel, Subunit melepaskan diri dari struktur holoenzim. Selanjutnya RNA polimerase akan terikat secara kuat dan ikatan hydrogen molekul DNA pada promoter akan terbuka (membentuk struktur open promoter complex).1(Perumus : Nur Latifah 10613089) Tahapan inisiasi transkripsi meliputi 4 langkah yaitu : (1) pembentukan kompleks promoter tertutup, (2) pembentukan kompleks promoter terbuka, (3) penggabungan beberapa nukleotida awal (sekitar 10 nukleotida), dan (4) perubahan konformasi RNA polimerase karena subunit dilepaskan dari kompleks holoenzim. Bagian DNA yang terbuka setelah RNA Polimerase menempel biasanya terjadi pada daerah sekitar -9 sampai +3 sehingga menjadi struktur untai tunggal. Bagian DNA yang berikatan dengan RNA polimerase membentuk suatu struktur gelembung transkripsi (transcription bubble) sepanjang kurang lebih 17 pasangan basa. Setelah struktur promoter terbuka secara stabil, maka selanjutnya RNA polimerase melakukan proses inisiasi transkripsi dengan menggunakan urutan DNA cetakan sebagai penduannya. 1 (Perumus : Nur Latifah 10613089) Subunit mempunyai peranan dalam menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi tidak mempercepat laju pertambahan untaian RNA. Proses inisiasi transkripsi merupakan proses yang menentukan laju transkripsi. Setelah proses inisiasi transkripsi terjadi, selanjutnya subunit terlepas dari enzim inti dan dapat digunakan lagi oleh enzim inti RNA pelimerase yang lain. Siklus subunit tersebut pertama kali diungkapkan oleh Travers dan Burgess pada tahun 16969. Mereka menunjukkan bahwa jika transkripsi berlangsung pada kekuatan ionik yang rendah, maka RNA polimerase inti tidak terlepas dari DNA cetakan pada ujung suatu gen. Hal ini menyebabkan inisiasi transkripsi berhenti. Jika ke dalam sistem tersebut dimasukkan RNA polimerase inti yang baru, maka transkripsi kemudian berjalan kembali.

Keadaan ini menunjukkan bahwa RNA polimerase inti yang baru tersebut kemudian bergabung dengan subunit yang sebelumnya telah dilepaskan dari enzim RNA polimerase inti lainnya.1 (Perumus : Citra ayu 10613018) Proses pemanjangan transkripsi (elongasi), basa-basa molekul RNA akan membentuk hibrid RNA-DNA dengan cetakan DNA sepanjang kurang lebih 12 nukleotida yang bersifat sementara sebab setelah RNA polimerasenya berjalan, maka hibrid tersebut akan terlepas dan bagian DNA yang terbuka akan menutup lagi. RNA polimerase akan berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan elongasi untaian RNA. Nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul RNA yang baru terbentuk yang bersifat komplementer. Sebagai contoh jika nukleotida pada DNA cetakan adalah A, maka nukleotida RNA yang di tambahkan adalah U. Untaian DNA yang ada di depan RNA polimerase akan membuka sedangkan DNA yang berada di belakangnya akan memuntir kembali untuk menutup. Setelah terbentuk kompleks pra-inisiasi, RNA polimerase II siap melakukan transkripsi jika ada nukleotida. 1 (Perumus: Nur Latifah 10613089) Faktor transkripsi yang penting untuk mengawali (inisiasi) proses transkripsi adalah TBP, TFIIB, TFIIF, dan RNA polimerase II. Dalam proses inisiasi maupun elongasi terjadi pembentukan ikatan fosfodiester antara nukleotida RNA yang satu dengan nukleotida berikutnya. Pembentukan ikatan fosfodiester tersebut ditentukan oleh keberadaan subunit pada RNA polimerase. (Perumus : Ghina Khalda 10613034)
STRUKTUR RNA POLYMERASE PADA PROKARIOT RNA Polimerase (DNA-Directed RNA Polimerase) adalah yang mengkatalisis proses transkripsi. Prokariot di ketahui hanya ada satu macam, Enzim RNA Polimerase. Meskipun demikian di dalam satu sel bakteri e colly terdapat sekitar 7.000RNA polimerase. RNA Polimerase tersebut berperan dalam melakukan tran skripsi gen yang mengkode protein, gen rRNA maupun gen Trna. RNA Polimerase pada bakteri e colly, tersusun atas 2 subunit protein yang berukuran besar, yaitu subunit dan (betab primer) yang masing-masing berukuran 150.000 dalton dan 160.000 dalton (kDa). Di samping itu masih ada subunit yang lain yaitu sigma dengan ukuran 70 kDa dan subunit alpha dengan ukuran 40 kDa. Keseluruhan unit RNA polimerase (disebut RNA polimerase holoenzim ) terdiri atas subunit ,, , , artinya ada 2 molekul alpha dan satu molekul unit lainnya. Hanya RNA polimerase holoenzim yang dapat melakukan inisiasi transkripsi pada baguan DNA yang

benar. Susunan subunit ,, dan disebut enzim inti yang tidak dapat melakukan polimerisasi RNA dengan menggunakan DNA T4 yang utuh sebagai cetakan tetapi masih dapat melakukan aktifitas polimerisasi dasar dengan menggunakan DNA cetakan yang mempunyai banyak takik. Fungsi subunit untuk mengarahkan agar RNA polimerase holoenzim hanya menempel pada promoter, tidak ada bagian yang lain. Enzim inti mempunyai afinitas molekul DNA tetapi tidak dapat membedakan promoter dengan bagian DNA yang lain. Dengan faktor maka afinitas enzim inti ini terhadap DNA dikurangi sehingga ikatan antara RNA polimerase holoenzim menjadi spesifik pada promoter dan mampu mengenali sisi ikatan yang spesifik. Faktor hanya berikatan secara sementara dengan subunit lainnya dalam RNA polimerase holoenzim. Subunit pada RNA polimerase E. Coli dikode oleh gen rpoA dan diduga berfungsi dalam penyusunan enzim. Subunit oleh gen proB dan berfungsi dalam pengikatan nukleotida dan subunit dikode oleh gen rpoC dan berfungsi dalam penempelan DNA cetakan sedangkan subunit dikode oleh gen rpoD. Struktur RNA polimerase pada eukariot RNA polimerase yang mengkatalisis proses sintesis RNA (transkripsi) pada eukariot ada 3 macam yaitu RNA polimerase 1, RNA polimerase 2 dan RNA polimerase 3. Ketiga macam enzim tersebut digunakan dalam proses sintesis RNA yang berbeda. Peranan RNA polimerase I mentranskripsi gen kelas I menghasilkan rRNA yang aktif pada kekuatan ionik rendah yang terletak di nukleus. RNA polimerase II mempunyai peranan transkripsi gen kelas II menghasilkan mRNA dan srRNA yang aktif pada kekuatan ionik tinggi terdapat pada nukleoplasma. RNA polimerase III mempunyai peranan mentranskripsi gen kelas III menghasilkan tRNA, 5s rRNA, snRNA yang aktif pada kekuatan ionik dengan kisaran cukup lebar terdapat pada nukleus plasma. 1 (perumus : citra ayu 10613018)

Hasil
Hasil transkripsi adalah berkas RNA yang masih "mentah" yang disebut mRNA primer. Di dalamnya terdapat fragmen berkas untuk protein yang mengatur dan membantu sintesis protein (translasi) selain fragmen untuk dilanjutkan dalam translasi sendiri, ditambah dengan bagian yang nantinya akan dipotong (intron). Berkas RNA ini selanjutnya akan mengalami proses yang disebut sebagai proses pascatranskripsi (post-transcriptional process).
5

(perumus : ghina khalda

10613034) Hasil transkripsi merupakan hasil yang memiliki intron (segmen DNA yang tidak menyandikan informasi biologi) dan harus dihilangkan, serta memiliki ekson yaitu ruas yang

membawa informasi biologis. Intron dihilangkan melalui proses yang disebut splicing. Proses splicing terjadi di nukleus. Splicing dimulai dengan terjadinya pemutusan pada ujung 5, selanjutnya ujung 5 yang bebas menempelkan diri pada suatu tempat pada intron dan membentuk struktur seperti laso yang terjadi karena ikatan 5-2fosfodiester. Selanjutnya tempat pemotongan pada ujung 3 terputus sehingga dua buah ekson menjadi bersatu.

tRNA adalah molekul adaptor yang membaca urutan nukleotida pada mRNA dan mengubahnya menjadi asam amino. Struktur molekul tRNA adalah seperti daun semanggi yang terdiri dari 5 komponen yaitu 1. Lengan aseptor: merupakan tempat menempelnya asam amino, 2. Lengan D atau DHU: terdapat dihidrourasil pirimidin, 3. Lengan antikodon: memiliki antikodon yang basanya komplementer dengan basa pada mRNA 4. Lengan tambahan Lengan TUU: mengandung T, U dan C.6 (perumus : Ghina Khalda
10613034)

BAB III PENUTUP

3.1 Kesimpulan DNA (gen) terdiri dari 2 bagian utama, yaitu bagian exon dan bagian intron. Bagian exon akan diproses lebih lanjut melalui beberapa tahapan yang pada akhirnya akan mengkode suatu protein. Bagian intron seringkali dihancurkan oleh enzim-enzim penghancur dalam sel. Transkripsi terjadi sepanjang cetakan DNA dengan arah 3 ke 5. (perumus : Anggi Shabrina 10613027) Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetic yang ada pada urutan DNA menjadi molekul RNA yang mengawali ekspresi sifat-sifat genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe. Proses transkripsi terbagi menjadi tiga yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi. (perumus : Nur Latifah 10613089) Proses inisiasi merupakan proses yang menentukan laju transkripsi, meliputi (1) pembentukan kompleks promotor tertutup, (2) pembentukan kompleks promoter terbuka, (3) penggabungan beberapa nukleotida awal, dan (4) perubahan konformasi RNA polimerase karena subunit dilepaskan dari kompleks oleh enzim. Faktor penting untuk mengawali (inisiasi) proses transkripsi adalah TBP, TFIIB, TFIIF, dan RNA polimerase II. Dalam proses inisiasi maupun elongasi terjadi pembentukan ikatan fosfodiester antara nukleotida RNA yang satu dengan nukleotida berikutnya yang ditentukan oleh keberadaan subunit pada RNA polymerase (perumus : Anggi Shabrina 10613027) Mekanisme transkripsi prokaryot dimulai dengan awal penempelan RNA polimerase holoenzim pada bagian promoter suatu gen yang belum terikat secara kuat dan struktur promoter masih dalam keadaan tertutup (closed promoter complex). Subunit berperan dalam menemukan bagian promoter sehingga RNA polimerase dapat menempel. Selanjutnya, RNA polimerase akan mencari bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu promoter berupa suatu kelompok ikatan hydrogen antara kedua untaian DNA pada posisi -35 dan -10. Setelah RNA polimerase menempel, Subunit melepaskan diri dari struktur holoenzim. Selanjutnya RNA polimerase akan terikat secara kuat dan ikatan hydrogen molekul DNA pada promoter akan terbuka (membentuk struktur open promoter complex). (perumus : anggi shabrina 10613027)

DAFTAR PUSTAKA

1. Triwibowo Yuwono. 2005. Biologi Molekular.Erlangga:Jakarta. Hal 133-146

2. Marks, Dawn, 2000, Biokimia Kedokteran dasar, EGC, Jakarta 3. Biotektanaman.2009.Bagian-bagian DNA, availlable at http://biotektanaman.wordpress.com/2009/06/22/bagian-bagian-dna/ (diakses tanggal 5 Desember, 07:42) 4. Sumber : Fried, George.2005.Schaums Outlines Biologi Ed. 2.Erlangga:Jakarta 5. Anonim, 2011, Transkripsi (genetik), availlable at http://id.wikipedia.org/wiki/Transkripsi_%28genetik%29 (diakses tanggal 5 Desember 2011, 07:05 6. Bangsa,Didit Putra,2010, DNA replikasi translasi dan transkripsi. Availlable at http://farmasiblogku.blogspot.com/2010/01/dna-replikasitranslasidan-transkripsi.html (diakses tanggal 5 desember 2011, 06:48)