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Catlisis enzimtica
Para entender las enzimas necesitamos dos propiedades termodinmicas de la reaccin 1. Diferencia de E libre (G) entre productos y reactantes. Se relaciona con la constante de equilibrio (K). G (+) r.endergnica G = 0 r. en equilibrio G (-) r. exergnica No influye sobre la v de reaccin 2. Energa que se requiere para iniciar la conversin de reactantes en productos= E libre de activacin (G) Determina la v de reaccin Las enzimas influyen en sta
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Las reacciones metablicas se rigen por las leyes de la termodinmica 1.- Principio de conservacin de la energa 2.- Aumento natural del desorden
Energa libre de Gibbs (G): Cantidad de energa capaz de realizar trabajo durante una reaccin a T y presin constantes, condiciones fsicas para la vida Entalpa (H): contenido calrico del sistema Entropa (S): aleatoriedad o desorden del sistema
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H > 0 Reaccin endotrmica (absorbe calor) H < 0 Reaccin exotrmica (libera calor) S > 0 Aumenta entropa en el sistema S < 0 Disminuye entropa en el sistema
G = H - TS
Entalpa (H): contenido calrico del sistema Entropa (S): aleatoriedad o desorden del sistema
La nica energa que pueden utilizar las clulas es la energa libre, porque es la nica capaz de realizar trabajo durante una reaccin a T y presin constantes : Energa libre de Gibbs (G) Proporciona informacin sobre: - La direccin de la reaccin qumica - Composicin en el equilibrio - La cantidad de trabajo desarrollado por la reaccin
Variacin de energa libre (G) Predice si una reaccin es posible energticamente o no G = 0 Proceso en equilibrio G > 0 Reaccin endergnica, consume energa G < 0 Reaccin exergnica, genera energa (espontnea) Relacin entre el G y la K de equilibrio de una reaccin:
En condiciones estndar 25 C, 1 atm presin, [R] y [P] = 1 M la variacin de G se denomina: Go En condiciones fisiolgicas: pH = 7 , Go Go es un parmetro que expresa la termodinmica de una reaccin, al igual que la constante de equilibrio y es caracterstica de cada reaccin bioqumica Keq < 1 Go (+) endergnica Keq = 1 Go (0) equilibrio Keq > 1 Go (-) espontanea
Go = variacin de E libre en condiciones estndar (25 C, 1 atm, [R] y [P] = 1 M). Valor fijo para cada reaccin G = variacin de E libre real. Es variable, depende de la [R] y [P] y de la T
La velocidad de la reaccin depende de la Energa libre de activacin (G) que no est relacionada con G La diferencia en la E libre entre el estado de transicin X y el S se denomina Energia de activacin (G ) S
indica
termodinmicamente favorable (ya que P tienen menor energa que S) pero S no pasa a P si no adquiere la energa suficiente para superar la barrera de energa. Esta energa necesaria se denomina Energa de activacin energa libre de Gibbs (G ) Ej: Oxidacin de glucosa a CO2 y H2O
G S
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Reaccin qumica ordinaria Para que se verifique una reaccin es necesario comunicar una energa denominada Energa de Activacin. Incluso cuando G < 0 El compuesto S con un determinado nivel energtico debe alcanzar un estado de transicin, o nivel energtico mas alto para ser transformado en producto P. P se encuentra en un nivel energtico menor El estado de transicin representa una barrera energtica que hay que salvar.
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G SP = Energa de activacin para que S alcance el estado de transicin G PS = Energa de activacin para que P alcance el estado de transicin G 0+ G PS = Variacin de E libre estndar global para ir de S a P
G SP
G 0+
Cuanto mayor sea la Energa de activacin para el estado de transicin, S tendr mas dificultades para transformarse en P. S es muy estable y tardar mas tiempo en alcanzar el estado de transicin reaccin es mas lenta y tarda mas.
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Cmo acta un enzima? Es un catalizador Disminuyendo la Energa de activacin No modifica el equilibrio de la reaccin Cataliza el paso de S a P y de P a S Acelera la interconversin de S a P. El equilibrio se alcanza de forma mas rpida. Incrementa la velocidad de reaccin
<<
G ; G 0+ no se modifica
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E de activacin r. no catalizada
E de activacin r. catalizada
T de reaccin
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Etapas de la reaccin catalizada enzimaticamente 1. E reconoce a S. Comienza la formacin de ES* 2. Complejo ES formado 3. Transformacin del complejo ES en un complejo intermedio de transicin EI. Se favorece la accin cataltica del enzima 4. Comienza la formacin del complejo EP 5. Empieza la disociacin de P en EP* 6. Disociacin total de P y liberacin de E E + P S + E ES* ES EI EP EP* E + P
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EI ES*
EP*
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Enzimas
Las energas de activacin son barreras energticas que las reacciones qumicas deben salvar. Cuanto mas elevadas sean mas estables son las sustancias reaccionantes Las Enzimas se necesitan para disminuir la energa de activacin de forma selectiva en las reacciones que son necesarias para la supervivencia celular Permitiendo que la reaccin tenga lugar en una escala til para las clulas
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Como se puede explicar la accin de un enzima? Las enzimas interaccionan de manera transitoria con el sustrato Esas interacciones suponen la activacin de ese sustrato El mximo de las interacciones tienen lugar cuando se alcanza el estado intermedio de transicin (EI)
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Energa de fijacin Energa desprendida durante la formacin del complejo ES y sobre todo del EI Se forman interacciones dbiles progresivas ( puentes de H; fuerzas Van der Waals; interacciones hidrofbicas)
Energa de fijacin
G t de reaccin
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a) Energa de fijacin ( interacciones ES) b) Propio poder cataltico del E c) Estructura del S en EI, es decir en el centro activo, debe ser complementaria a la del E tambin en ese centro activo
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Energa de fijacin Es la principal fuerza motriz dominante de la catalisis Barreras energticas (fsicas y termodinmicas)compensadas por la Energia de fijacin del S al E
3. Compensa las distorsiones del S en ese momento
1. Reduccin de la Entropa
S E
I E
EI Compensa las
1. Reduccin de la Entropa
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Especificidad: capacidad de una E para diferenciar entre dos sustratos competitivos > especificidad > Energa de fijacin
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Mecanismos catalticos El S unido al E utiliza grupos funcionales distintos a los de fijacin que intervienen rompiendo o formando enlaces.
CATALISIS ACIDO-BASE CATALISIS COVALENTE CATALISIS POR IONES METLICOS CATALISIS ELECTROSTTICA EFECTO DE PROXIMIDAD Y ORIENTACIN FIJACIN PREFERENCIAL DEL ESTADO DE TRANSICIN
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CATLISIS ACIDO-BASE Catlisis cida: transferencia parcial de un protn desde un residuo de la enzima, que se comporta como un cido de Bronsted (especie donadora de protones), al sustrato o intermediarios de la reaccin, disminuyendose la E libre del estado de transicin Catlisis bsica: transferencia de un protn desde el sustrato o intermediarios de la reaccin a un residuo de la enzima, que se comporta como una base de Bronsted (especie aceptora de protones) , disminuyndose as la energa libre del estado de transicin. Catlisis cido-base general concertada: simultneamente se dan ambos procesos. Generalmente concertada.
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A + B
H2O H+ ; H3O+ ; -OH
P
Interm. inestable
A + B
Estos grupos se posicionan en el centro activo del E, permiten la transferencia de H+ e incrementan la V de 102 a 105 veces
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Mecanismo de RNAsa A Hidrlisis de RNA en dos pasos, con formacin intermedia de un nucletido 2, 3- cclico
1. His12 (base)quita un protn de un grupo 2- OH de RNA. Promueve ataque nucleoflico al tomo de P adyacente. His119 promueve la escisin del enlace. 2. Eliminado el grupo, ingresa H2O en el sitio activo. El intermediario 23-cclico se hidroliza. His12 acta como base e His119 como cido general. RNA hidrolizado
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carbanin
(C unido a O con carga -)
Existe un dador de protones al <E activaccin del est.trans. Existe un aceptor de protones al <E activaccin del est.trans.
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ataque de un grupo nucleoflico (-) electroflico (+) del centro activo del E Unin del S con el E = Intermedio ES Ej: E unidos a coenzimas, forman estos enlaces covalentes con el S
Ej: Serin Proteasas Coenzimas : Pirofosfato de tiamina (TPP) Fosfato de piridoxal(PLP) Actan asociadas con sus apoenzimas como catalizadores covalentes
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CATLISIS COVALENTE
Ataque nucleoflico de la enzima sobre el sustrato (formacin del enlace covalente). Toma de electrones por el catalizador u otro sustrato (formacin del producto). Separacin del producto de la enzima (ruptura del enlace covalente, generalmente por hidrlisis).
R-COO-CH2- E + R-NH2
enlace ester entre el E y una parte del S recuperacin del E
R-COO-CH2- E + H2O
R-COOH + E-CH2OH
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CATLISIS COVALENTE
El N protonado acta como sumidero de eintermedio covalente
Amina como nuclefilo ataca al grupo carbonilo del acetoacetato para formar base de Schiff (enlace imino)
1.R. Nucleoflica entre E y S enlace covalente 2. Eliminacin de e- por el E ahora electroflico 3. Eliminacin del E
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CATLISIS POR IONES METLICOS Los metales pueden estar: - fuertemente unidos al E - captados de la solucin junto con el S a) Estabilizando el estado de transicin de la reaccin Escudo de cargas negativas b) Facilitando una mejor orientacin del S c) Facilitando reacciones de oxidoreduccin mediante cambios reversibles en el in metlico
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CATLISIS POR IONES METLICOS 1. METALOENZIMAS: E y M despus del proceso de purificacin siguen unidos fuertemente ( Fe2+; Fe3+; Cu2+; Zn2+; Mn2+; Co2+) nunca darn E-S-M, pues E y M han de estar unidos 1. ENZIMAS ACTIVADAS POR METALES El metal participa en el proceso cataltico complejo ternario con el E y el S. Cuatro posibilidades M E-S-M M-E-S E-M-S E S
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citocromo oxidasa catalasa, peroxidasa piruvato quinasa hexoquinasa arginasa dinitrogenasa ureasa glutation peroxidasa alcohol dehidrogenasa
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CATLISIS POR IONES METLICOS 2.- ENZIMAS ACTIVADAS POR METALES E y M despus del proceso de purificacin siguen unidos dbilmente, pero el E necesita su presencia para ser activo Los iones metlicos (in cargado) pueden participar en cualquiera de los mecanismos citados (catlisis cida, bsica, covalente, aproximacin y orientacin de las molculas que reaccionan, induccin de la configuracin adecuada de la E, etc.) Ej: anhidrasa carbnica humana (in Zn 2+ en centro activo ligado a 3 N de 3 His) (importancia en el control del equilibrio cido-base del organismo)
CO2 + H20 <---> H2CO3 Ac. carbnico H2CO3 <---> HCO3- + H+
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2. Acilacin del E Ser del centro activo forma enlace covalente con el S (catalisis covalente) His del centro activo , como base facilita la reaccin (catalisis bsica)
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CATLISIS ELECTROSTTICA La enzima estabiliza intermediarios o estados de transicin de la reaccin por neutralizacin de cargas gracias a la disposicin espacial en el sitio activo de residuos con carga opuesta.
En otros casos la distribucin de cargas en el sitio activo sirve para guiar a sustratos cargados o polares a sus sitios de unin. La exclusin de agua en el centro cataltico del E favorece la interaccin entre especies cargadas
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CATLISIS MEDIANTE EFECTOS DE PROXIMIDAD Y ORIENTACIN los sustratos quedan inmovilizados y alineados
Efecto proximidad
-Aumenta su proximidad -Congela los movimientos translacionales -Congela los movimientos rotacionales -Disminucin de entropa
Efecto orientacin
-Las molculas reaccionan solo si encuentran la orientacin relativa adecuada -Incrementan la V de reaccin en un factor de 100
Enzima
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CATLISIS POR FIJACIN DEL ESTADO DE TRANSICIN Uno de los mas importantes mecanismo del potro :el E tensionaria mecnicamente el S conformacin del estado de transicin El E fija y estabiliza el estado de transicin mediante 2 enlaces de H V incrementa en 106 veces El estado de transicin establece mejores contactos con el E que el propio sustrato
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