You are on page 1of 12

Laporan Praktikum

Genetika Sel

Isolasi DNA Allium cepa L. (dengan cara sederhana)

Universitas Gadjah Mada Yogyakarta 2010

2009). DNA dan RNA harus diisolasi dalam bentuk dan jumlah yang sesuai. seperti dalam ekstraksi bawang atau pisang telah dikembangkan untuk memfasilitasi eksperimen yang dapat dilakukan dengan peralatan sederhana serta biaya yang relatif murah (De Boer.. et. Apakah metode yang digunakan mampu mengisolasi DNA Allium cepa L. diagnosis. Walaupun hampir semua teknik melibatkan banyak kerja dan membutuhkan sejumlah besar materi awal. kemurnian sampel DNA dan kondisi optimum reaksi menjadi hal yang menentukan dalam analisis genetika molekuler. Permasalahan 1. Bagaimana cara/tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana? 2. Prosedur isolasi DNA dapat berbeda-beda tergantung tujuan isolasi dan kuantitas yang dibutuhkan (Remelia.al.BAB I PENDAHULUAN A. 2000) B. Latar Belakang Metode yang ada untuk keperluan penelitian dalam biologi molekuler dan genetik terus berkembang dengan cepat.? 3. 2004). Isolasi DNA merupakan prosedur rutin dalam analisis molekuler. Oleh karena itu diperlukan metode yang tepat dalam isolasi DNA (Pharmawati. Isolasi baik secara klasik maupun dengan kit menggunakan prinsip dasar yang sama (Lyrawati. 2008). Protokol sederhana dan singkat. Bagaimana benang DNA hasil isolasi dari Allium cepa L. penggunaan kit dari berbagai perusahaan bioteknologi cukup menyederhanakan isolasi DNA dan RNA.? 1 . Jumlah. Metode terbaik untuk isolasi DNA dan RNA dan perbanyakannya tergantung pada tujuan penggunaan. Agar dapat digunakan untuk manipulasi. dan terapeutik.

3. Mengetahui apakah metode yang digunakan mampu mengisolasi DNA Allium cepa L. Mengetahui cara/ tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana.C. 2 . Tujuan 1. 2. Melihat benang DNA hasil isolasi dari Allium cepa L.

Ikatan antara DNA dengan histon ini dapat dipisahkan mengunakan garam dengan konsentrasi tinggi. sedangkan dalam DNA berikatan dengan atom H. yaitu basa purin yang terdiri dari Adenin dan Guanin. protein dan RNA (kurang dari 10%) (Yuwono. 2008) DNA genom merupakan seluruh materi genetik yang dimiliki oleh suatu organisme termasuk di dalamnya DNA yang berinteraksi dengan protein dan RNA. Perbedaan keduanya terletak pada atom C nomor 2 yang dalam RNA berikatan dengan gugus hidroksil (OH). Gugus ini yang menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif kuat (Yuwono. sedangkan pada DNA adalah deoksiribosa. 2. 3 . yang terdapat pada suatu sel secara bersama-sama (Weaver dan Hedrick. Rangkaian nukleosom membentuk struktur yang disebut kromatin.serta basa pirimidin yang terdiri dari Sitosin. Asam nukleat merupakan polimer nukleotida yang tersusun atas: 1. Ukuran DNA yang menyusun kromosom eukariot jauh lebih panjang daripada ukuran selnya.BAB II LANDASAN TEORI A. DNA dikemas dalam sistem yang sangat efisien dan kompak mengunakan protein histon. Kompleks DNA dan protein histon (nukleosom) menyebabkan kondensasi atau pengemasan DNA menjadi enam kali lebih kompak. Gugus Fosfat Gugus fosfat terikat pada atom C nomor 5 melalui ikatan fosfodiester. 2008). 1997). Oleh karena itu. 3. terdiri atas DNA. Tinjauan Pustaka DNA merupakan polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan. Basa Nitrogen Terdapat dua macam basa nitrogen yang menyusun asam nukleat. Gula Pentosa Gugus gula pada RNA adalah ribose. Timin dan Urasil.

Detergen akan menyebabkan protein membran terdenaturasi sehingga struktur membran akan rusak. 1992). karena bersifat sangat polar dan dapat menarik molekul air dari DNA sehingga DNA mengendap (Schleic. membran sel dan membran ini sehingga strukturnya dapat dilihat dengan jelas. Presipitasi DNA dapat menggunakan etanol absolute atau isopropanol. 4 . lisis dinding sel dan membran sel. Isolasi DNA adalah pemisahan molekul DNA dari molekul lain seperti dinding sel. serta presipitasi (Kephart.Dalam penerapan teknik molekuler. 1998). Zat kimia yang biasa digunakan adalah detergen. yaitu mencegah oksidasi zat fenolik yang dapat bereaksi dengan asam nukleat dan protein untuk menghilangkan polisakarida yang mengganggu dengan manipulasi enzimatik dalam penelitian biologi molekuler (Oboh. B. purifikasi. 2009). DNA atau RNA ini dapat diperoleh melalui proses isolasi (Pai. 1999). bahan pokok yang harus dimiliki adah DNA atau RNA. Protokol ekstraksi DNA genom juga harus memenuhi syarat. Lisis sel dapat dilakukan secara kimiawi atau enzimatik tergantung sumber DNA-nya. Tahap dalam isolasi DNA tanaman yaitu pengambilan sampel (jaringan). Hipotesis Metode yang digunakan pada praktikum ini dapat digunakan untuk mengisolasi DNA Allium cepa L. Ekstraksi biasanya dengan menggunakan fenol-klorofom-isoamil alkohol atau ammonium asetat yang akan mengendapkan protein.

Supernatan dibuang. Tube digoyang-goyangkan dengan cepat dan searah selama 3 menit untuk mencampur filtrat dan buffer. C. Alat Tube plastik. larutan buffer (dibuat dari campuran akuades steril. alkohol 70%. Larutan alkohol kemudian dibuang. 5 . Supernatan yang diperoleh dari hasil sentrifugasi dipindahkan ke tube baru sebanyak 400µL. Tube digoyangkan perlahan. Filtrat yang diperoleh dimasukkan ke tube plastik sebanyak 400µL. kertas filter. Juice bawang Bombay kemudian disaring menggunakan saringan biasa. isoprophyl alcohol dingin. Selanjutnya disentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit untuk presipitasi DNA. Kemudian ditambahkan larutan buffer sebanyak 800µL. pellet dikeringanginkan untuk menghilangkan sisa alkohol (bias juga dengan diserap menggunakan tisu).BAB III METODOLOGI A. Selanjutnya campuran disentrifugasi menggunakan microsentrifuge dengan kecepatan 3000 rpm selama 15 menit. B. NaCl. buffer TE (tris EDTA). blender. Kemudian sebanyak 800µL isoprophyl alcohol dingin dimasukkan secara perlahan melalui dinding tabung. mikropipet. lalu diamati benang-benang DNA yang mulai terpisah. Cara Kerja Sel-sel umbi bawang bombay dihancurkan menggunakan blender. gelas beker. tip. corong gelas. pellet dicuci dengan menambahkan 100µL alkohol 70% dan diresuspensi menggunakan sentrifuge dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit. NaHCO3. dan detergen 10%). dilanjutkan penyaringan menggunakan kertas filter. microsentrifuge.). lalu disimpan dalam freezer. Selanjutnya pellet diberi 50 µL pelarut DNA (tris EDTA). saringan. Bahan Umbi bawang bombay (Allium cepa L.

Penggunaan umbi dalam praktikum ini didasarkan bahwa pada umbi kromosomnya lebih lengkap. Umbi bawang Bombay mudah didapat. Presipitat DNA Allium cepa L.BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN A. memiliki kandungan air yang tinggi dan memiliki kromosom yang relatif besar. melainkan DNA kotor yang masih berikatan dengan protein.) dan melihat benang DNA yang diperoleh. Pembahasan Tujuan dari praktikum ini adalah untuk melakukan isolasi DNA dari umbi bawang Bombay (Allium cepa L. Kemungkinan tidak hanya terdiri atas DNA tetapi juga terdapat RNA. Kemudian ekstrak sel dipurifikasi sehingga dihasilkan pelet sel yang mengandung DNA total. Pada teknik isolasi DNA sederhana. Hasil Gambar 1. hasil isolasi (pellet putih di dasar tube) B. Dalam teknik isolasi ini tidak diperoleh DNA murni. Prinsip dasar isolasi total DNA dari jaringan adalah dengan memecah dan mengekstraksi jaringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri atas sel-sel jaringan dan DNA. purifikasi yang dilakukan hanya memisahkan benang DNA dengan debris selnya. 6 .

Sentrifugasi ini dimaksudkan untuk memisahkan campuran menjadi dua fase. akan tampak 3 lapisan pada tube. Deterjen dapat berasosiasi dengan protein membran sehingga akan melarutkan protein tersebut sehingga membran sel akan dengan mudah dilisiskan (Sambrook dan Russel. dan akuades. Tube berisi campuran filtrat dan buffer digoyang-goyangkan dengan cepat dan searah selama 3 menit agar larutan menjadi homogen. 10gr NaHCO3. Penambahan ke dalam supernatant harus dilakukan perlahan-lahan dan melalui dinding sel agar tidak merusak benang-benang DNA. fase organik (pellet) yang terbentuk pada bagian dasar tabung merupakan molekul-molekul protein dan polisakarida yang terdenaturasi. Menurut Seidman dan Moore (2000). Supernatant yang diperoleh dipindahkan ke tube yang lain. ke tube yang berisi filtrat umbi. 10ml detergen 10%. sehingga komponen DNA dalam sitoplasma sel dapat keluar dan diisolasi (DeBoer et al. menggunakan saringan biasa dan kertas filter. Kemudian juice yang dihasilkan disaring dua kali. 2009).Proses isolasi diawali dengan penghancuran sel yang dilakukan secara mekanis menggunakan blender. lapisan kedua yang tampak seperti 7 . Lapisan pertama yang tampak bening merupakan isoprophyl alcohol. yaitu fase terlarut dan fase organik. Garam dalam buffer berfungsi untuk memisahkan molekul DNA dari komponen lainnya dengan membentuk ikatan ionik dengan asam nukleat (kondisi ionik yang lebih stabil). Beberapa saat setelah penambahan isoprophyl alcohol. Larutan buffer merupakan larutan campuran garam dan detergen. Fase terlarut (supernatant) mengandung DNA genom karena memiliki berat molekul lebih ringan dibandingkan fase organiknya. digunakan untuk merusak membran sel.. yang terdiri atas 3gr NaCl. Selanjutnya dilakukan sentrifugasi pada kecepatan rendah (3000 rpm) selama 15 menit. Ini bertujuan untuk memisahkan DNA genom yang terlarut dalam sari umbi dengan sisa-sisa jaringan umbi yang telah hancur. kemudian ditambahkan isoprophyl alcohol dingin. 2001). Proses dilanjutkan dengan penambahan larutan buffer. Faatih. 2000.

ion-ion seperti Na+ Mg2+ akan menyelimuti rantai DNA yang bermuatan negatif. 8 .benang DNA (B) berwarna putih diantara isopropanol (A) dan supernatant (C) Penambahan garam berfungsi sebagai neutralize charge pada gula fosfat DNA.kumpulan benang putih merupakan benang-benang DNA. sedangkan lapisan paling bawah merupakan sisa supernatant DNA (Gambar 2) A B C Gambar 2. Di dalam air. Presipitasi DNA setelah pemberian isoprophyl alcohol (isopropanol). Fungsi penambahan pelarut organik seperti etanol atau isopropanol adalah menurunkan konstanta dielektrik air atau memperbanyak ikatan DNA dengan Na+ sehingga membuat DNA lebih mudah terpresipitasi. gaya elektrostatik antara ion positif (Na+) dan negatif (DNA) masih lemah karena sebagian rantai DNA masih berikatan dengan air. tampak benang.

Dengan penambahan TE ini. Pellet harus terbebas dari alkohol karena dapat merusak pellet DNA. Setelah sentrifugasi.Pelarut Isopropanol Gambar 3. 9 . Aktivitas pelarut terhadap DNA Selanjutnya dilakukan sentrifugasi dengan kecepatan 10000 rpm selama 5 menit untuk mengendapkan molekul DNA. Kemudian ditambahkan buffer TE (Tris EDTA) yang berfungsi melarutkan DNA dan melindungi dari kerusakan oleh endonuklease. Setelah dicuci DNA tampak seperti endapan tepung putih. DNA dapat disimpan dalam waktu yang lama sebelum digunakan untuk analisis selanjutnya karena senyawa Tris dapat mempertahankan pH. Alkohol yang digunakan untuk mencuci DNA dibuang kemudian pellet dikeringanginkan untuk menghilangkan sisa alkohol. DNA mengendap sebagai pellet berwarna putih di dasar tube. sedangkan EDTA mampu menghambat aktivitas endonuklease (Seidman dan Moore. Pellet kemudian dicuci menggunakan alkohol 70% dan diresuspensi dengan sentrifugasi 10000 rpm selama 5 menit. 2000).

Hasil isolasi DNA tampak benang-benang berwarna putih. Dari praktikum yang dilakukan diketahui bahwa metode ini dapat digunakan untuk mengisolasi DNA genom Allium cepa L. 2. juga kemungkinan terdapat pula RNA. Namun. Setelah dilakukan presipitasi dan sentrifugasi DNA tampak sebagai endapan putih di dasar tube. purifikasi dari debris sel dan presipitasi DNA. 10 .BAB V KESIMPULAN 1. Tahapan isolasi DNA dengan cara sederhana meliputi penghancuran jaringan dan lisis sel. 3. DNA yang diperoleh dari metode ini berupa DNA kotor yang masih berikatan dengan protein.

Isolasi dan digesti DNA kromosom. Sobieski.L. Analisis Insersi T-DNA Pembawa Transposon pada T0 dan Aktivitas Ds pada T1 Tanaman Padi (Oryza sativa L. Basic Laboratory Method for Biotechnology. Yuwono.catappa) Plant Populations. M. 2008. dan P.B. Dasar – Dasar Genetika. 3rd ed.Agwu. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2009. Genetics. 2008. www.J.dan D. 2009. Optimalisasi ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevillea sp.A. M. Isolation and Restriction Endonuclease Digestion of Onion in Junior College-High School Biology Laboratory. Russel. (Proteaceae)..W. Jurnal Biologi 8 (1): 12-16 Ramelia. and Crupper.Hedrick. Bioscience 26 (3): 15-17 Faatih. Jakarta: Erlangga 11 .DAFTAR PUSTAKA DeBoer..Indonesian). Rapid Isolation of Genomic DNA from Small Quantities of Human Tissue.Q.Ogunkanmi.A. Jakarta: FMIPA UI Sambrook.J. Transmission of Human Disease and Computer Resources for The Clinical and Molecular Geneticist (transl. 1998.. DNA Recombination and Genetic Techniques. Pharmawati.promega. Indonesia (ISBN 979508-543-3). London: Prentice Hall Weaver.) Kultivar Nipponbare.3rd ed. New York: CSHL press Schleic. Chicago: Wm. S.. 1992. D.com/profiles/203/ProfilsinDNA Lyrawati. R. A. 2001. Oboh. Publishers.C. R. 2004. R. J. N.S. Seidman. Unibraw Publ.F. 3rd ed.Moore. Jakarta: Erlangga. Brown. T. Agric. 2000. 1999. 2009. D. London: John Hopkins University press.C. Genetics and Molecular Biology. Rapid Isolation of Genome DNA suitable for PCR from Tropical Almond (T. Jurnal Penelitian Sains & Teknologi 10 (1): 61-67 Kephart. dan C. L. R. L. Biologi Molekuler. International journal of Botany 5(3):250-254 Pai. 2000.W. M. 1997. Fac.