BİYOKİMYA I 3.

Amino Asitler

F. Zihnioğlu

AMİNO ASİTLER
• Proteinlerin Yapı taşıdırlar • Proteinlerin yapısına giren 20 amino asit mevcuttur. • Canlılık için gereken amino asitler α-amino asitlerdir.

Amino Asit nedir?
α-Amino Asit

COO +H
3N

α-Karbon

H

Amino grubu Karboksil Grubu R grubu (yan zincir)

R

Bir amino asit 3 farklı isime sahiptir: (1) Tüm isim; örn: Glisin (2) 3 harfli kısaltma; örn: Gly (3) Tek harfli kısaltma; örn: G

Amino Asit H

C H2N
Amino grubu

CO2H R
Karboksilik asit

Değişken grup
Ayni C atomuna bağlı iki fonksiyonel grup içerirler: α-COOH ve α-NH2 Aminoasitleri farklandıran yan zincirlerindeki R grubudur.

Amino asitler

“CORN” L-amino asit

AMİNOASİTLERİN STEREOKİMYASI
* C atomu 4 ayrı kovalent bağ yapabilir. * C atomuna bağlı bu gruplar arasındaki sterik etkileşimleri minimize etmek için C tetrahedral bir geometridedir. * C atomuna bağlı 4 grup farklı olduğunda üç boyutlu yapıda dört bağın düzenlenmesinde iki yol vardır.
α-Aminoasitlerin stereoizomerleri

Glisin hariç tüm aminoasitlerin α-C atomu asimetriktir yani dört farklı grup(karboksil, amino, H ve R grubu) aynı C atomuna bağlıdır. Bu nedenle α-C atomu kiral merkezdir. Bu merkez asimetrik olup optikçe aktiftir, polarize ışığı sağa (D; Dextrorotatory)(+) ve sola (L; Levarotatory)(-) çevirir.

Proteinlerin yapısına giren aminoasitlerin tümü L-formundadır.

Amino Asitler Kiraldir*

*Glisin hariç - R grubu; H

Amino asitler iki farklı stereoizomerdir.

Tüm proteinlerde

Doğal proteinlerde değil, ancak tabiatta bulunur

Amino Asitlerin Ayna Görüntüleri

The alpha carbon is chiral

(a) Amino asit steroizomerlerinin ayna görüntüleri çakışmaz.

R Grubu( değişken grup veya yan zincir)
Doğal proteinlerin yapısına giren 20 amino asitin R- grupları farklıdır.
1. 2. 3. 4. 5. Polarite: hidrofobik / hidrofilik / yüklü Yük: pozitif veya negatif Kimyasal özellik: farklı fonksiyonel gruplar Boyut: büyük veya küçük Şekil: düz veya dairesel

Amino Asitlerin Sınıflandırılması
Aminoasitler yan zincirlerin bazı önemli özelliklerine (hidrofobik veya hidrofilik karakteri, polar veya non polar yapısı, iyonize olan grup içerip içermemesine) göre sınıflandırılırlar. 1. 2. 3. 4. 5. Nonpolar alifatik - hidrofobik Aromatik R Grup - hidrofobik Polar, yüksüz - hidrofilik Pozitif Yüklü - hidrofilik Negatif Yüklü - hidrofilik

(1) Nonpolar, alifatik amino asitler

Siklik Amino Asit

(2) Aromatik R- grubu içeren amino asitler

(3) Polar, Yüksüz Amino asitler

(4) Pozitif Yüklü Amino Asitler

Bazik Amino Asitler

(5) Negatif Yüklü Amino Asitler

Asidik Amino Asitler

Amino Asit
Glisin Alanin Valin Lösin Izolösin Prolin Metiyonin Fenilalanin Triptofan Tirozin Serin Treonin Asparjin Glutamin Sistein Aspartik Asit Glutamik Asit Lizin Arginin Histidin

Kısaltmalar
3-harfli 1-harfli Gly G Ala A Val V Leu L Ile I Pro P Met M Phe F Trp W Tyr Y Ser S Thr T Asn N Gln Q Cys C Asp D Glu E Lys K Arg R His H

Protein yapısına girmeyen aminoasitler
S-Adenozilhomosistein Sitrulin L-Homoserin S-adenozilmetiyonin β-Siyanoalanin L-Ornitin β-Alanin D-glutamikasit Sarkozin D-Alanin γ-Aminobütirikasit(GABA) L-Tiroksin Azoserin Homosistein

Standart amino asitlerin bazı türevleri ve doğal proteinlerin yapısına girmeyen amino asitler

Standart amino asitlerin bazı türevleri ve doğal proteinlerin yapısına girmeyen amino asitler

Amino asitler sentez sonrası modifiye olabilirler.

serin fosfoserin

Özel amino asitler

Prolin de serbest amino grubu yoktur. “imino asit” 2o amin

Disülfit bağı Sistein

İzolösin’in Stereoizomerleri

İzolösin ve Treonin 2 asimetrik merkezi bulunan amino asitlerdir.

Amino asit artıklarının hidropati skalası

Farklı hidropati skalaları (fizikokimyasal)

ESANSİYEL AMİNOASİTLER
İnsanlar ve hayvanlar tarafından organizmada sentezlenemeyen besinlerle dışarıdan alınması gereken aminoasitlere zorunlu yada esansiyel aminoasitler denir. Valin Lösin İzolösin Fenilalanin Triptofan Metiyonin Lizin Treonin

Proteinlerde bulunan aminoasitlerin özellikleri

AMİNO ASİTLERİN ASİT/BAZ ÖZELLİKLERİ
Amino asitler: zayıf bir asidik α-karboksil ile zayıf bazik bir α-amino grubuna sahiptir.
Asit: proton donor

Baz: proton akseptör

Bir Amino asit hem asit hem baz olarak davranabilir.

Ionisation states of amino acids NH3+ H C R COOH
H+

Amino Asitlerin İyonizasyonları
NH3+ H C R COOH+

NH2 H C R C

pH 1 Predominant form at pH 1

pH 7 Predominant form at pH 7 Dipolar veya Zwitteriyon

pH 11 Predominant fo at pH 11

COOH grubu: pK = ~2.2 pH 7 > pK, proton kaybı → COONH2 grubu: pK = ~8 pH 7 < pK, proton kazanır → NH3+ oluşur

pH 7 de, amino ve karboksil grupları yüklü

“dipolar Zwitteriyon form”

Amino asitlerin yan zircirleri düşünüldüğünde senaryo daha komplikedir.

İyonizasyon pH’ya bağımlıdır.

Zwitteriyonik form Gruplar protonlanmış

Gruplar deprotonlanmış

Amino asitlerin Zwitter-iyon Formu

H
“zwitterion” = hibrid iyon

H 3N

+

C R

CO2

pH = 7 (fizyolojik pH)

İzoelektrik Nokta
Amino asidin diş çevreya karşı yüksüz göründüğü noktaya izoelektrik nokta denir ve pI ile gösterilir.
(pozitif yüklerin sayısı = negatif yüklerin sayısı)

pI = ½(pKi + pKJ)
Ki = K1 (veya KR bazik amino asitler- R, H, ve K) KJ = K2 (veya KR asidik amino asitler- D and E) veya

pI = ½(pK1 + pK2)

Amino asitlerin pKa değerleri (25°C)
Amino Asit Glisin Alanin Valin Lösin Izolösin Metiyonin Prolin Fenil Alanin Triptofan Serin α-Karboksil grubu 2.4 2.4 2.3 2.3 2.3 2.1 2.0 2.2 2.5 2.2 α-Amino grubu 9.8 9.9 9.7 9.7 9.8 9.3 10.6 9.3 9.4 9.2

Amino asitlerin pKa değerleri (25°C)
Amino Asit Sistein Tirozin Asparjin Glutamin Aspartik asit Glutamik asit Lizin Arginin Histidin α-Karboksil grubu 1.9 2.2 2.1 2.2 2.0 2.1 2.2 1.8 1.8 α-Amino grubu 10.7 9.2 8.7 9.1 9.9 9.5 9.1 9.0 9.3 3.9 4.1 10.5 12.5 6.0 Yan Zincir 8.4 10.5

Tampon olarak Glisin

Izoelektrik Nokta (pI): amino asitin net bir yükünün olmadığı pH değeri

Yüksüz bir R grubu olan amino asit için: pI=(pK1 + pK2) / 2 Glisin için; pI = (2.34 + 9.60) / 2 = 5.97

Alanin’in Titrasyon Eğrisi
izoelektrik nokta net yükün sıfır olduğu nokta

Alanin sadece 2 ayrılabilen protona sahip, birinci pKa değeri; 2.4; ikincisi ise 9.9.

Glutamik Asitin Titrasyon Eğrisi
Glu+
COOH H3N+ C CH2 CH2 COOH
14 12 10 8 6

Glu0
COOH3N+ C CH2 CH2 COOH H H 3 N+

Glu COOC CH2 CH2 COOH H2N

Glu 2COOC CH2 CH2 COOH

H

Yüklü bir R grubu olan amino asit için:
(Nötral iyonizasyon durumu pK ortalamaları)

pI=(pK1 + pK2) / 2
pK3

pH

pK2
4

pK1
2

Glutamik Asit için; pI = (2.19 + 4.25) / 2 = 3.22
2.0 3.0

Isoelectric point
1.0

Equivalents of OH- added

Histidin

Lys 2+
COOH H3N+ C CH2 CH2 CH2 CH2 NH3+
14 12 10

Lys +
COOC CH2 CH2 CH2 CH2 NH3+ H H2N

Lys 0
COOC CH2 CH2 CH2 CH2 NH3+ H H2N

Lys COOC CH2 CH2 CH2 CH2 NH2 H

H H3N+

pK3 pK2 Isoelectric point

pH
8 6 4

Lizin’in İzoelektrik Noktası Nedir?

pK1
2

Equivalents of OH- added

Aromatik Amino Asitler UV Işık Absorsiyonu

Ninhidrin Reaksiyonu

Fingerprinting - Ninhidrin
1910: Siegfried Ruhemann (English) Amino asitler ile reaksiyon 1954 Oden and von Hoffsten; parmak izi analiz reaktifi Duyarlılığı iyi Poröz yüzeylerde de kullanılabilir (kağıt, tahta vb.)

Fingerprinting - Ninhidrin

Orijinal parmak izi

Scanlanmiş görüntü

Ninhidrin
• Siyanür tayininde kullanılabilir
– 0.025 μg/ml (biyolojik örnekler) – Basit, doğru, hızlı, seçimli, duyarlı

• Yeni doğanda Fenil Alanin Düzeyleri
Fenilketonüri

• İnsan Plazması amino asit bileşenlerinin tayini
– İyon değişim kromatografisi ile ayırma sonucu kolon sonrası ninhidrin ile türevlendirme.

Amino Asit Kompozisyon Analizi
1. Protein dizi analizi kıyaslanması 2. Proteinlerin fonksiyon veya özelliklerinin belirlenmesi 3. Molekül kütlesinin tayini 4. Saf proteinin MW’sinin değerlendirilmesi 5. Protein mühendisliği 6. Endüstri(gıda, içecek vb.) 7. Nöropeptidler

Amino Asit Kompozisyon Analizi
1. Amid Bağı Hidrolizi(asidik, bazik, enzimatik, kısmi vb.) 2. 20 Amino asidin pH gradienti ile iyon değişim kromatografisinde ayrılması 3. Kromatografik olarak ayrılan amino asitlerin kolon sonrası ninhidrin veya OPA ile türevlendirilerek miktarlarının belirlenmesi

Amino Asitlerin İyon Değişim(Katyon) Kromatografisi ile Ayrılması
AA karışımı iyon değişim matriksine uygulanır ve fraksiyonlar ayrı deney tüplerinde toplanır, her bir tüpteki amino asit ninhidrin ile belirlenerek, sonuçlar kromatogramda değerlendirilir..

Amino Asit Analizöründen Elde Edilen Kromatogram

Yüksek pH daki tamponlar ile elüe edilen amino asitler genelde yan zincirlerinde artan pK değerlerine sahip olanlardır. Asidik(anyonik) amino asitler hidrofobik olanlardan daha önce elüe olurlar, en son ise bazik(katyonik) amino asitler elue olurlar.

Neden NH4+ kromotogramda görülür?