You are on page 1of 67

i

ZET Bu almada, PACSn genel alma prensibi, PACSa tbbi grntleme cihazlarndan elde edilen grntlerin aktarm ekilleri, DICOM format ve grnt sktrma teknikleri incelenmitir. PACS, tbbi grntlerin bir havuzda toplanmasn salayan fonksiyonel bir sistemdir. Radyoloji Bilgi Sistemi ve Hastane Bilgi Sistemi ile entegre edilmi bir PACS havuzda toplanan verilerin belirli bir dzende ylmasn salar. rnek verecek olursak, CT tetkiki yaptrmak isteyen bir hasta ncelikle Hastane Bilgi Sistemine kayt edilir. Burada hastaya bir tetkik kodu verilir. Bu kod ve hastaya ait demografik veriler Hastane Bilgi Sistemi tarafndan Radyoloji Bilgi Sistemine gnderilir. Bu aamada CT cihaznn i listesine hasta kayt edilir. CT cihaz i listesi belirli bir takvime gre ilediinden hasta, ancak belirlenen zamanda tetkikini yaptrabilir. Tetkik sonrasnda DICOM formatnda elde edilen grntler PACS sunucusuna gnderilir. Sunucu ncelikle hastaya ait demografik verileri kendisindeki verilerle karlatrr eer doruysa veritabanna ait saklayclarda grntleri saklar. Bu noktadan sonra istendiinde veritabanndan grntler ekilip DICOM uyumlu grntleyicilerle grntlenebilir. PACSn uzun dnem kullanlabilmesi iin yeterli dzeyde veri depolama kapasitesine sahip olmak zorundadr. Bu sebepten DICOM formatnn destekledii grnt sktrma teknikleri(JPEG, JPEG2000) kullanlarak depolama alannn etkin bir ekilde kullanlmas salanmaldr. Bu almada da grnt sktrma tekniklerinin alma prensiplerine deinilmi ve alma algoritmalar anlatlmtr.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

ii

ABSTRACT In this study, the general PACS working principle, forms of transmitting images acquired by modalities to PACS server, DICOM format and image compression techniques have been investigated. PACS is a functional system that enables medical images to be collected in a pool. PACS integrated with HIS(Hospital Information System) and RIS(Radiology Information System)provides stacking images collected in the pool in a specific order. For example, firstly a patient who wants to have a CT examination shall be recorded in HIS where inspection code is given. This code and demographic information of patient is sent to RIS by HIS.In this period, patient records are listed on the CT device. Patient can have examination in certain time because worklist of CT device operates in respect of calendar. After examination, images in DICOM format are sent to PACS server. Firstly PACS server compares demographic data of patient with its own data. If comparation is succesful, data are stored in PACSs database. After this process, anyone can get the images from the database to be displayed on the monitor. PACS can be used long term with adequate data storage capacity. For this reason, effective use of storage space must be provided by using the image compression techniques supported by the DICOM format (JPEG, JPEG2000) . In this study, image compression techniques and algorithms are mentioned.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

iii

NDEKLER ZET................................................................................................................................. i ABSTRACT ..................................................................................................................... ii EKLLER VE TABLOLAR DZN ......................................................................... vi 1.GR ............................................................................................................................ 1 2.KAYNAK ARATIRMASI ........................................................................................ 2 3.MATERYAL VE YNTEM ....................................................................................... 2 4.PACS ............................................................................................................................. 3 4.1.PACSn Tarihesi ................................................................................................... 3 4.2.PACS Bileenleri ..................................................................................................... 4 4.2.1.Grntleme Cihazlar...................................................................................... 5 4.2.1.1.Bilgisayarl Tomografi .............................................................................. 5 4.2.1.2.Manyetik Rezonans Grntleme(MRI) ................................................... 5 4.2.1.3.UltraSound ................................................................................................ 6 4.2.1.4.PET(Positron Emitting Tomography) ....................................................... 6 4.2.2.Grnt Arivi .................................................................................................. 7 4.2.3. stasyonlar .................................................................................................... 7 4.2.4.A letiimi ....................................................................................................... 8 4.2.5.Yazlm ............................................................................................................. 9 4.2.6.Veritaban ve Veritaban Ynetim Sistemi ..................................................... 12 4.3.Haberleme A Yaps ........................................................................................... 12 4.3.1.Haberleme Terminolojisi .............................................................................. 12 4.3.2.PACS A Alt Yaps ....................................................................................... 13 4.3.2.1.Ethernet ve Gigabit Ethernet ................................................................... 15 4.3.2.2.ATM(Asynchcronous Transfer Mode) .................................................... 16 4.3.2.3.Balant iin Gerekli A Paralar .......................................................... 16 4.3.3.PACS Mimarileri ............................................................................................ 18 4.3.3.1.Bamsz PACS Modeli ve Genel Veri Ak ......................................... 18 4.3.3.2.Client/Server PACS Modeli ve Veri Ak ............................................. 20 4.3.3.3.Web Tabanl Model ................................................................................. 22 4.3.4.PACS Ak ................................................................................................. 23 4.3.5.PACS ve Tele Radyoloji ................................................................................. 24 Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

iv

4.3.5.1.Yaln Tele Radyoloji ............................................................................... 25 4.3.5.2.PACS ve Tele Radyoloji Birletirilmi Model ........................................ 26 5.DICOM ....................................................................................................................... 27 5.1.DICOM 3.0 Standard ........................................................................................... 28 5.1.1.DICOM Gerek Dnya Modeli ...................................................................... 29 5.1.2.DICOM Veri Format ..................................................................................... 30 5.1.3.DICOM Nesneleri ........................................................................................... 32 5.1.3.1.DICOM Hizmet Snflar ......................................................................... 33 5.1.3.2.DICOM Hizmet Elemanlar .................................................................... 33 5.1.4.DICOM Haberlemesi .................................................................................... 35 5.1.5.DICOM Kullanm rnei ............................................................................... 35 5.1.5.1.Gnder ve Al(Send and Receive) ............................................................ 35 5.1.5.2.Sorgula ve Ula(Query and Retrieve) ..................................................... 37 6.GRNT SIKITIRMA TEKNKLER ............................................................. 39 6.1.Terminoloji ............................................................................................................ 40 6.2.Arka Plan(BackGround) ........................................................................................ 41 6.3.Kaypsz Sktrma ............................................................................................... 42 6.3.1.Arka Plan karm ......................................................................................... 43 6.3.2.Run Length Kodlamas ................................................................................... 44 6.3.3.Huffman Kodlamas ....................................................................................... 46 6.4.ki Boyutlu Geri Dnsz(Kaypl) Grnt Sktrmas ................................... 48 6.4.1.Blok Sktrma Teknikleri ............................................................................. 49 6.4.1.1. 2-D leri Ynl Ayrk Zamanl Kosins Dnm(DCT) ................... 49 6.4.1.2.Bit Yerletirme Tablosu ve Kuantalama ................................................. 50 6.4.1.3.DCT ve Bilgi erii Kodlama ................................................................ 51 6.4.1.4.Kod Ama ve Ters DCT Dnm ....................................................... 51 6.5. 3-D Grnt Sktrma Teknikleri ...................................................................... 52 6.5.1.Wavelet Sktrmas ....................................................................................... 53 6.5.2. Bir, ki ve Boyutlu Wavelet Dnm .................................................. 54 6.5.2.1.Tek Boyutlu (1-D) Wavelet Dnm .................................................. 54 6.5.2.2.ki Boyutlu (2D) Wavelet Dnm ..................................................... 56 6.5.2.3. Boyutlu (3-D) Wavelet Dnm.................................................... 57 Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

6.6. DICOM Grnt Sktrma Standartlar ............................................................. 57 7.TARTIMA ................................................................................................................ 59 KAYNAKLAR .............................................................................................................. 60

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

vi

EKLLER VE TABLOLAR DZN ekil4.1 ........................................................................................................................... 10 ekil4.2 ........................................................................................................................... 14 ekil4.3 ........................................................................................................................... 17 ekil4.4 ........................................................................................................................... 18 ekil4.5 ........................................................................................................................... 21 ekil4.6 ........................................................................................................................... 23 ekil4.7 ........................................................................................................................... 25 ekil4.8 ........................................................................................................................... 26 ekil5.1 ........................................................................................................................... 30 ekil5.2 ........................................................................................................................... 32 ekil5.3 ........................................................................................................................... 36 ekil5.4 ........................................................................................................................... 37 ekil5.5 ........................................................................................................................... 39 ekil6.1 ........................................................................................................................... 43 ekil6.2 ........................................................................................................................... 44 ekil6.3-1-2-3-4-5 ........................................................................................................... 47 ekil6.3.6 ........................................................................................................................ 48 ekil6.4 ........................................................................................................................... 51 ekil6.5 ........................................................................................................................... 53 ekil6.6 ........................................................................................................................... 55 ekil6.7 ........................................................................................................................... 55 ekil6.8 ........................................................................................................................... 56 ekil6.9 ........................................................................................................................... 57 ekil6.10 ......................................................................................................................... 58 Tablo5.1 .......................................................................................................................... 28 Tablo5.2 .......................................................................................................................... 28 Tablo6.1 ............................................................................................................................ 5

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

1.GR PACS(Picture Archiving and Communication System), gnmzde birok hastanede kullanlmakta olan, tbbi grntlerin saysal olarak depolanmasn salayan, istenildiinde depolanan grntleri bir bilgisayar arayz vastasyla monitor zerinde grntlenerek hekimlerin tehis koymalarna olanak tanyan bir sistemdir. PACS, Hastane Bilgi Sistemi(HIS) ve Radyoloji Bilgi Sistemi(RIS) ile entegre olarak alabildii gibi bu sistemlerden bamsz olarak kendisinin ve tbbi grntleme cihazlarndan oluan ve adna mini-PACS denilen bir yapda da alabilmektedir. PACS kullanmnn yaygnlamas bilinen eski yntemlerle elde edilen tbbi grntlerin(Rntgen filmi vb.) saklanmas, zamanla deforme olmas, tama problemi gibi dezavantajlarn ortadan kaldrmtr. nk PACSta grntler saysal olarak yllarca deforme olmadan saklanabilecei gibi hastane ii ve hastaneler aras kurulan networkler vastasyla bir noktadan dierine saniyeler mertebesinde aktarlr. PACSa DICOM formatndaki grntler aktarlmaktadr. DICOM(Digital maging and Communication in Medicine), tbbi grntleme cihazlarndan elde edilen grntlerin belli bir standartta olmasn ve btn DICOM uyumlu cihazlarn birbirleriyle ortak bir paydada birlemesini salayan bir formattr. DICOMu dier formatlardan ayran en nemli zellik, metinsel ve grafiksel verileri tek bir atda toplamasdr. Ayrca tanmlad haberleme protokolleri ile DICOM sz dizimine sahip verinin nasl bir noktadan dierine aktarlaca ve saklanacan da tanmlar. Tbbi grntlerin genel olarak boyutlar byktr. En basit bir CT grnts 10 MB, yksek kaliteli grntler ise 200 MB dolaylarndadr. Bu yzden grntlerin saklanmas ve iletimi karlalan en byk problemlerden birkadr. Grnt sktrma teknikleri grnt boyutlarn azaltarak grntlerin arivde daha az yer tutmasn ayn zamanda merkezler arasnda daha hzl ve etkili ekilde paylalmasn salar. Bu tez almasnda PACSn genel alma prensibi altnda DICOM ve grnt sktrma teknikleri incelenmi olup gnmzde kullanlan PACSlar hakknda bilgi verilmitir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

2.KAYNAK ARATIRMASI Bu almada ele alnan PACS ve DICOM ile ilgili olarak Frat niversitesinde, tbbi grntlerin saysal olarak saklanabilmesi iin gelitirilmi bir bilgisayar yazlm Mustafa ULA tarafndan gerekletirilmitir. Yaplan projede, PACS ve Hastane Bilgi Sisteminin bir takm zelliklerini salayabilecek tarzda internet zerinden uzaktan eriimi ve ynetimini destekleyen, DICOM formatna sahip dosyalar aabilen, hastane bilgi sisteminin bir paras olabilecek bir sistem yazlm gereklenmitir. Bu alma ise; PACS, DICOM ve grnt sktrma teknikleri hakknda ileride aratrma yapacak kiiler iin kaynak olmas amacyla kaleme alnmtr. Bu almay okuyan aratrmac PACS mimarileri, haberleme alt yaps, DICOM formatnn genel prensipleri ve grnt sktrma teknikleri hakknda bilgi edinebilir. DICOM ve PACS hakknda daha ayrntl olarak bilgi edinmek isteyen aratrmaclar,medical.nema.org internet adresi ile bu konular zerinde birok baarl almaya imza atm David CLUNIEnin kiisel web sayfasn(www.dclunie.com) ziyaret edebililer. Ayrca Prof. H.K. Huangn PACS and Imaging Informatics-Basic Principles and Applications adl kitabnda PACS, DICOM ve grnt sktrma teknikleri olduka geni bir yelpazede incelenmi ve konularla ilgili gerekli bilgiler olduka iyi bir sunumla verilmitir. 3. MATERYAL VE YNTEM Bu tez almasnda PACS, DICOM ve Grnt Sktrma teknikleri ile ilgili veriler internet zerinden makale veritabanlarnda yaplan aramalarla elde edilmitir. Ayrca Google.com zerinden yukarda belirtilen konularla ilgili birok kaynaa ulalmtr. PACS ve DICOM ile ilgili yazlm kitap zetleri, dergi ve makaleler incelenerek konular hakknda gerekli bilgiler edinilmi ve tez almas bu bilgiler altnda yazlmtr. Tez alma konusu PACS sistemlerinin aratrmas olduundan, tezin ilk blmlerinde PACS ile ilgili genel bir giri yaplacaktr. Daha sonrasnda ise PACSn ilerliini salayan onu dier sistemlere entegre eden DICOM format zerinde durulacaktr. Son olarak da PACSn verimliliini arttran ona hz kazandran grnt sktrma teknikleri ve bunlarn PACSa getirileri incelenecektir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

4. PACS (Picture Archiving and Communication System) 4.1.PACSn Tarihesi 1979 ylnda yaynlanan Prof.Dr. Heinz Lemke'nin bilgisayarl tomografi grntlerinin ilenmesi ve bilgisayarda grafik uygulamalar ile ilgili almas PACS uygulamalarnn ncs olarak grlmektedir. 1970'lerin banda Arizona niversitesi'nden M.Paul Capp ve Sol Nudelman nderliindeki bir topluluk, ilk bilgisayarl grnty elde eden DSA (Digital Subtraction Angiography) cihazn gelitirdiler. Capp, anjiyografide kullanlan kimyasal zeltilerin azaltlmas iin byle bir almaya giritiklerini sylemektedir. 1973 ylnda, savunma bakanl projelerinde alan Nudelman'n Arizona niversitesinde Capp'i ziyaretinden sonra Capp'in grleri daha belirgin hale geldi: "Nudelman beni, filmsiz bir radyoloji olabileceine inandrd. Bu akllcayd, nk film teknolojisi hem pahal, hem hantal hem de kullanszd. Bu durum dnyadaki her hastaneyi arap sana eviriyordu." Bu dnemde, elektronik ve bilgisayar alanndaki gelimeler, grntlerin saysal olarak ilenmesinin nndeki engelleri hzla kaldrd. 1982 ylnda, ultrason cihaz firmas iin almalar yapan bir elektrik mhendisi olan Duerinckx ve yine saysal grntleme zerine alan bir elektrik mhendisi olan Samuel J.Dwyer, Los Angeles'ta dnm noktas saylabilecek bir PACS konferans dzenlediler. Bu konferansa 400'den fazla radyolog, aratrmac ve grntleme endstrisinden firma alan katld. Konferans dzenlendii srada, bu evrelerde PACS szc henz yaygnlamamt. Duerinckx, konferanstaki ilginin ok byk olduunu ve PACS'n artk bir dnm noktasnda olduunu anlad. Farkl kaynaklardan gelen grntlerin yan yana izlenebilmesi herkeste byk bir heyecan uyandrmaya balamt. 1980'li yllarn ortasnda Kansas niversitesi'nde 700.000$'a mal olan bir sistem kuruldu. Bilgisayarl tomografi, ultrason ve filmleri saysal grntlere eviren bir saysal dntrcden oluan bu sistemin birka tane i istasyonu vard. Aktarm ok yava ve grnt dk znrlkteydi. Ancak, grntler odalar arasnda dolamaya balamt. Daha sonralar RIS (Radyoloji nformasyon Sistemi) ile PACS'n entegrasyonu zerinde almalar yapan Ronald L.Arenson, 1980'li yllarda bir mini PACS projesi iin alrken, CR (Computed Radiology) plakalar ile saysal olmayan grntlerin saysal Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

ortama dntrlmesini baardlar. CR, PACS'n yaygnlamas iin kapal olan btn kaplar am oluyordu. 1990'lara gelindiinde DICOM ve HL7'den yoksun olan PACS snrl da olsa gelimesini srdryordu. 1980'lerde Steven Horii'nin balatt almalar ile ortak bir grnt biiminin kullanlmas konusunda almalar yapld. reticilerin ortak bir dil kullanmas iin Washington niversitesi'nde bir kod gelitirilerek, reticilere datld. DICOM, 1993 ylnda tm reticilerin ortak dili olarak kullanlmaya baland. 1990'l yllarda ilk filmsiz radyoloji uygulamalar kullanlmaya baland. Artk ticari olarak da PACS yazlm ve donanmlar gelitirilmeye balanmt. 1990'l yllarn sonunda ses kayt, dikte gibi yeni zellikler de eklenen PACS, pek ok firmann zerinde alt bir konu haline geldi. Maryland niversitesinden Reuben Mezrich'in sylediine gre ilk PACS almalarnda radyoloji uzmanlar filmleri brakmak konusunda isteksizlerdi. Onlarn isteklerini karlamak iin bir uzmann karsna 8 monitor konduu durumlar olabiliyordu. Zamanla bu rakam ikiye dt. 1990'dan 2000 ylna gelinirken PACS ve RIS'in btnleik almas ile ilgili almalar hz kazand. 2000'li yllar, donanm ve iletiim maliyetlerindeki dn de etkisiyle, PACS iin byk bir srama dnemi oldu. Yeni PACS bileenleri gelitirildi, iletiim sistemleri eklendi. 2010 yl itibariyle Amerika'daki hastanelerin % 28'inde PACS uygulamas bulunmakta ve bu uygulamalarn nemli bir blm entegrasyon asndan byk eksiklikler iermektedir. Trkiye'de ise PACS kullanan hastane oran henz %5'in altnda. 4.2. PACS Bileenleri Bu ksmda PACS bileenleri zerinde durulacaktr. Sistemi oluturan minimum bileenler nelerdir ve bu bileenler sisteme nasl entegre edilmitir sorularna cevap aranacaktr. PACS bileenleri unlardr: Grntleme Cihazlar Grnt Arivi stasyonlar letiim A Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

Yazlm Veritaban ve veritaban ynetim sistemi

4.2.1. Grntleme Cihazlar Grntleme Cihazlar saysal ve analog olarak grnt elde ederler. Analog grnt elde eden cihazlarn verilerinin saysallatrlmas iin CR sistemler kullanlr. Bu sistemlerde analog grntler taranarak saysal veri oluturulur. Saysallam veriler DICOM formatna evrilir. Ve bu ekilde grntleme cihaznda geici olarak saklanr. En bilinen grntleme cihazlar BT(Bilgisayarl Tomografi), MRI(Magnetic Resonance Imaging), UltraSound ve PET(Positron Emitting Tomography)tir. 4.2.1.1. Bilgisayarl Tomografi(BT-CT-Computed Tomography) Bilgisayarl tomografi x-n (rntgen) kullanlarak vcudun incelenen blgesinin kesitsel grntsn oluturmaya ynelik radyolojik tehis yntemidir. nceleme srasnda hasta bilgisayarl tomografi cihaznn masasnda hareket etmeksizin yatar. Masa manuel ya da uzaktan kumanda ile cihazn ''gantry'' ad verilen aklna sokulur. Cihaz bir bilgisayara baldr. X-n kayna incelenecek hasta etrafnda 360 derecelik bir dn hareketi gerekletirirken ''gantry'' boyunca dizilmi dedektrler tarafndan x-n demetinin vcudu geen ksm saptanarak elde edilen veriler bir bilgisayar tarafndan ilenir. Sonuta dokularn birbiri ard sra kesitsel grntleri oluturulur. Oluturulan grntler bilgisayar ekranndan izlenebilir. Grntler filme aktarlabilecei gibi gerektiinde tekrar bilgisayar ekranna getirmek zere optik diskte depolanabilir. Ayrca grntler bilgisayar tarafndan ileme tabi tutularak birbirine dik eksenlerde yeniden yaplandrlm grntler elde edilebilir. Ortalama grnt boyutu 512 x 512 piksel ve 12bit/piksel grnt derinliindedir. Bu grntlerin de yardmyla 3 boyutlu grntler oluturulabilir. 4.2.1.2. Manyetik Rezonans Grntleme(MRI-Magnetic Resonance Imaging) MRI, insan vcudunun % 75ini oluturan su moleklne dayanarak alr. Su (H2O) molekl, 2 hidrojen (H) ve bir oksijen (O) atomundan olumaktadr. Her hidrojen atomunun ii (ekirdei) tek proton iermektedir. Normal koullarda bu protonlar, kendilerini rten ok kk bir manyetik alan iinde srekli dnmektedirler. Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

Normalde bu i manyetik alan rasgele bir pozisyondadr, yani belli bir yn yoktur. Her hangi bir kii, ok gl bir mknats olan MRI cihaznn iine sokulduunda, kiinin vcudundaki protonlar cihazn gl manyetik alannn ynne ya da aksi yne doru yatm olur. Bir grnt oluturmak iin, radyo dalgalar sarmal olarak isimlendirilen zel bir anten araclyla, ksa patlamalar ya da atmlar eklinde, incelenecek blgeye ynlendirilir. Bu radyo dalgalar, protonlarn dengesini bozarak ynelimlerini deitirir. Dalga akm durdurulduunda protonlar tekrar eski pozisyonlarna geri dnerler. Bu ilemler olurken, protonlar MR sinyali olarak isimlendirilen belli frekanslarda zayf radyo sinyalleri aa karrlar. Daha sonra bu sinyaller bilgisayar araclyla deerlendirilerek birletirilir ve eitli pozisyonlarda MR grntleri elde edilir. Ortalama grnt boyutu 512 x 512 piksel ve grnt derinlii 12 bit/pikseldir. 4.2.1.3. UltraSound Ultrasound, yksek frekansta retilen ses dalgalarnn vcuda bir prob vastasyla gnderilip, dalgalarn organlardan yansyp tekrar proba geri dnmesi prensibi ile grnt oluturan bir cihazdr. Propta yaklak 300e yakn kristal mevcuttur. Ve her biri birbirinden bamsz olarak dalga retirler. Dalgalarn vcut ierisindeki ilerleme hz 1540 m/s kadardr. Yansyan sinyaller alndktan sonra merkezi ilemci nitesi tarafndan ilenir ve grnt klasik ultrasonografide gri tonlarda retilir. Ortalama grnt boyutu 512 x 512 piksel ve grnt derinlii 8bit/pikseldir. 4.2.1.4 PET(Positron Emitting Tomography) PET, dokularn kanlanmasn, metabolik aktivitesini ve canlln (viabilite) yanstan, tomografik grntleme ve kantitatif parametrelerin kullanld, non-invaziv bir grntleme yntemidir. PETde, dier Nkleer Tp uygulamalarnda olduu gibi grntleme ajan olarak radyoaktif iaretli bileikler kullanlr. PETin en nemli ve esiz zellii, anatomik (yapsal) bilgi salayan radyolojik grntleme yntemleri (direkt radyografiler (X-Ray), bilgisayarl tomografi (BT), anjiografi, MRG vs.) ile elde edilemeyen fonksiyonel deiiklikleri (rnein tmr metabolik aktivitesi) gsterebilmesi, tm vcudu tek bir inceleme seansnda deerlendirebilmesidir. PET grntlemede kullanlan radyofarmastiklerin en nemli zellii vcudun temel altyap talar ile ayn fizyolojik ve metabolik yollar izleyen C (karbon), O2 Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

(oksijen), F (flor), N2 (azot) gibi elementleri iermeleri ve vcutta biyolojik olarak bu molekller gibi davranmalardr. PET almalarnn %90nda Flor-18 (18F) iaretli bileikler ve zellikle radyoaktif eker olan 18F- FDG kullanlr. Vcutta ekeri fazla oranda kullanan aktif kanser hcreleri tarafndan tutulan FDG, PET taraycda tespit edilerek tm vcudun metabolik grnts oluturulur. 4.2.2. Grnt Arivi Grnt arivi, grntleme cihazlarndan elde edilen DICOM formatndaki grntlerin ksa ve uzun dnem sakland ksmdr. Ksa sreli ariv sistemi grntlere daha hzl eriim salamak iin gereklidir ve genellikle RAID(Redundant Array of Inexpensive Disks) kullanlr. Uzun sreli ariv sistemi ise optik ve manyetik disklerden oluur ve hzl eriim iin uygun deildir. Bu disklerin boyutlar TB mertebelerindedir. rnein en temel bir CT grnts 10 MB civarlarnda kabul edilirse ve ylda ortalama 100000 adet bu tipten grnt elde edildii varsaylrsa 1TBlk bir saklama alanna ihtiya duyulur. Grnt arivi PACSn mrn belirleyen bir parametredir. yle ki grntleme cihazlarndan PACSa akan verilerin kaybedilmeksizin ve hatasz olarak arivlenmesi gerekir. En az boyuta sahip bir tbbi grntnn(rnein CT) 10 Mbyte seviyelerinde olduunu hesaba katarsak, ariv kapasitesinin tkenme hz hasta says ve ekilen grntnn boyutu arttka hzlanacaktr. Bu da PACSn ilem grememesi anlamna gelir. Zira PACS grnt arivlemesi yapmazsa elde edilen grntler ya silinecektir ya da arivlenmi grntler silinerek yerine yeni grntler kaydedilecektir. Elbette ki bu iki durum da istenmeyen bir durumdur. gerekmektedir. 4.2.3. stasyonlar PACSta iki tip i istasyonu mevcuttur. lki tan i istasyonu, ikincisi ise klinik i istasyonudur. Tan i istasyonu, ilk tan ileminin yapld yer olduundan yksek znrlkl grnt cihazlarna sahiptir. Klinik i istasyonlar ise tan i istasyonlarna nispeten daha az znrlkl grnt cihazlarna sahip ve hekimlerin grntleri tekrar gzden geirmelerini salamaktadr. Bunun iin PACS kapasitesinin istenildiinde arttrlabilir olmas

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

4.2.4. A letiimi Burada PACS a iletiiminin genel bir birka zellii verilecektir. lerleyen blmlerde PACS haberlemesi ve a yaps daha ayrntl incelenecektir. PACSta grntleme cihazlarndan elde edilen grntlerin bir noktadan dierine hzl, gvenilir ve hatasz iletimi iin ok iyi bir a alt yapsna sahip olmak gerekmektedir. nk tbbi grntler birebir insan saln ilgilendirir ve oluabilecek en ufak bir hata bile byk sorunlara yol aabilir. Koaksiyel kablo zerinden grnt iletimi birok radyoloji birimi tarafndan kullanlmaktadr. Fakat koaksiyel kablo alt yaps, 10 Mbps kapasiteli IEEE 802.3 standardyla belirlenen Ethernet ile PACS grnt ve metin transfer sistemleri iin yetersizdir. Ses, veri ve grnt haberlemesi iin daha yksek kanal kapasitesi ve hza sahip fiber optik kablo ile oluturulmu bir a ile 200 Mbpsnin zerinde bir kapasite gereklidir. Metropolitan Alan Alar IEEE 802.6 standartlarnda aklanan DQDB(Distrubuted Queuering Dual Bus) ile birlikte dosya serverlarndan medikal i istasyonlarna e zamanl olarak ses haberlemesini destekleyebilecek yapdadr. Sistem, optik fiberler ve kapal bir evrim oluturacak ekilde birletirilebilen karlkl 2 adet tek ynl Bustan meydana gelir. Veri iletim hz her bir Bus iin 150 Mbpsden fazla olabilir. Radyolojik grnt transferi iin iki sistem konfigurasyonu nerilebilir. lk sistemde grntler, lokal olarak CSMA(Carrier Sense Multiple Access-Tayc Sezmeli oklu Eriim) protokol ile veri aktarm gerekletiren i istasyonlarnda saklanmaktadr. Byle bir konfigrasyonda skk trafik gibi problemlerden uzak durulduundan ve de hasta dosyalar yerel disklerde geici olarak tutulduundan grntleri ekranda gstermede oluan gecikmeler minimize edilmektedir. kinci konfigrasyonda alt yap fiber optiktir. Burada FDDI-II a yaps kullanlmaktadr. FDDI-II devre anahtarlamal paketleri ve veri paketlerinin birletirilmesini salar. Ayrca 100 kmnin zerinde halka uzunluuna sahip olmas grntlerin uzak mesafelere aktarmnda nemli rol oynar.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

4.2.5. Yazlm Yazlm bir PACS yaplandrmas iin en nemli bileenlerden biridir. Zira elde edilen verilerin yaplandrlmas, dzenlenmesi gibi ilemler yazlmlar vastasyla gerekletirilir. Yazlmlar, elde edilen saysal verileri kullanclarn anlayabilecei ve bu verilerden fonksiyonel bir ekilde yararlanabilecei bir platform olutururlar. Aada PACS ile ilgili yazlm DATAMED firmasna ait AngoraPACS yazlmnn mimarisi verilmitir. AngoraPACS sunucu yazlm aadaki bileenlerden olumaktadr. DICOM sunucusu Web sunucusu HL7 ara yz sunucusu likisel veri taban sunucusu

Angora PACS yazlm mimarisi: DICOM sunucusu DICOM uyumlu uygulamalarla veya modalitelerle(Grntleme Cihazlar) DICOM 3.0 protokol zerinden haberleebilmektedir. Bu uygulamalardan ve modalitelerden kendisine ulaan STORE, QUERY, MOVE gibi DICOM komutlarna iliikte olduu veri taban sunucusunu kullanarak hizmet vermektedir. Veri taban sunucusu, zerinde DICOM grntlerine ait indeks bilgilerini tutmaktadr, gerek grnt verileri ise DICOM sunucusu tarafndan depolama nitelerine atlmaktadr. Byle bir mimari tasarm karar, veri tabannn kk olmasn ve bylece sorgularn daha hzl olmasn salamaktadr. DICOM sunucusu kendisine gelen komutlar ve kendisinin gerekletirdii ilemleri HIPAA(Health Insurance Portability and Accountability Act) uyumlu olacak ekilde kayt altna almaktadr. Angora Pacs sunucusu dahilinde DICOM sunucusuna paralel olarak HL7 sunucusu da istee bal olarak altrlabilmektedir. HL7 sunucusu LLTP(Lower Level Transport Protocol) zerinde HL7 mesajlamas gerekletirebilmektedir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

10

ekil4.1 de grlecei zere, DICOM sunucusunun ynetim ara yz web tabanl olup, sunucu ile ayn veri tabann kullanan bir web uygulamas zerinden gereklenmektedir.

ekil4.1 PACS sunucu ynetim yazlm ile kullanc aadaki ilemleri yapabilmektedir. o Kullanc lemleri Kullanc ekleme ve silme Kullanc gruplar ekleme ve silme Kullanc haklar tanmlama o DICOM Application Entity lemleri Yeni AE(Application Entity) tanmlama Var olan AE deitirme Var olan AE silme Tanml AEleri dorulama (DICOM Verify) o Grnt lemleri Hasta grntleme Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

11

alma(Study) grntleme Seri(Series) grntleme Resim grntleme DICOM grnt gnderme (Forward) DICOM print alma Grnt k alma (Export) Grnt indirme (Download) Hasta silme Hasta dzenleme alma silme alma dzenleme Seri silme Seri dzenleme Resim silme Resim iindeki DICOM bilgisi inceleme Browser iinden resim ileme(byltme, kltme, window/center ayar, gamma dzeltme, contrast arttrma-azaltma, resim dndrme vb.) o Rapor lemleri DSR(DICOM Structured Report) uyumlu raporlama o lemler Otomatik grnt ynlendirme(Automatic Image Routing) statistiksel raporlar CD veya DVD arivleme Otomatik silme(Storage nitesinin belirlenen bir orann zerinde dolmas durumunda eski tarihlerden balamak zere hasta grntlerinin belirtilen oranda silinmesi) o Modalite Listesi(WorkList) lemleri Modalite baznda i listesi grntleme Tarih baznda i listesi grntleme o Sorgulama lemleri Hasta baznda sorgulama alma baznda sorgulama Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

12

Seri baznda sorgulama Resim baznda sorgulama Modalite i listesi baznda sorgulama PACS yazlmlar incelendiinde genel bir kabul olarak bir PACS yazlmndan yukarda belirtilen ilemleri gerekletirmesi beklenmektedir. 4.2.6. Veritaban ve Veritaban Ynetim Sistemi PACS iin fiziksel depolama sistemleri dnda, grntlere eriim olana salayan veritaban sistemleri kullanlmaktadr. Saysal tbbi grntlerin saklanabilmesi ve istendiinde eriilebilmesi iin zel veri tabanlar oluturulmaldr. Veri tabanlar tasarlanrken kullanc says, fiziksel donanm ve a alt yaps gz nnde bulundurulmaldr. Etkili bir veri taban ynetim sistemi, arivde bulunan bir grnty 1-2 saniye ierisinde sorgulayp istemciye gerekli cevab hazrlamaldr. 4.3. Haberleme ve A Yaps Bu ksmn ilk blmnde haberleme terminolojisi anlatlacaktr. kinci blmde ise PACS a yaps, a topolojileri, zellikleri ve PACS iin avantaj ve dezavantajlar incelenecektir. 4.3.1. Haberleme Terminolojisi Bir medya zerinden haberleme, veri ve bilginin bir noktadan dierine aktarlmasn kapsayan bir sretir. Burada medya, kablolu veya kablosuz iletim ortamlarna verilen genel addr. Analog haberleme sistemlerinde veri, belirli bir aralkta belirtilen tm deerleri alabilen, sreklilik gsteren gerilim seviyeleri eklinde kodlanr. Saysal sistemler ise veriyi belirli bir frekansta ald rneklerle ayrklatrp, eitli kuantalama ve kodlama ilemlerinden sonra 1 ve 0larn lineer veya lineer olmayan kombinasyonlar eklinde kodlayan sistemlerdir. Bir haberleme standard veya protokol, detayl bir ekilde veri iletimi iin gerekli yksek seviyeli yazlm, ak fiziksel balantlar ve ortam karakteristiklerini kapsar ve tanmlar. rnein bir video haberleme standard, saniye bana den ereve saysn, ereve bana den izgi saysn, izgi ve erevenin yeniden izlenebilirlik sresini, ereve oran vb. ieren birleik(kompozit) video sinyali Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

13

karakteristiklerini belirler. PACSta da grntlerin bilgisayar yazlm vastasyla monitr zerinde grntlenmesini salayan ve kullanlan monitrn tipine bal olarak deien video ve saysal sinyaller mevcuttur. Saysal haberleme sistemlerinde, bir sinyalin byte, word, paket, blok ve dosya olarak paketlenmesi daima bir haberleme protokolne bal olarak yaplr. rnein seri veri iletiminde saysal veriler iletiim ortamnda bit bit iletilir. Bir veri biti kmesinin alc tarafta geri kazanm ise, her bir bitin alc tarafndan alndktan sonra bitlerin sra numaralarna gre birletirilmesi ile elde edilir. Paralel iletimde ise veriler ayn anda vericiden gnderilir ve ayn anda (gecikmeler ve oluan hatalar ihmal edilirse) alc tarafndan alnr. Maksimum hz gerektiren uygulamalarda, senkron ve asenkron haberleme kullanlr. Asenkron haberlemede veri paketlerinin balangcn ve sonunu belirleyen bala ve dur bitleri mevcuttur. Bu bitlere bayrak ad verilir. Her veri paketi gnderilirken, gnderim sresince alc ve verici, saatlerini eitlerler. Gnderim bittiinde ise saat eitlemesi yaplmaz. Bu trden bir yap asenkron aktarm modu(ATM) teknolojisinde de kullanlmaktadr. Senkron haberleme ise saat darbelerinin gnderici tarafndan ya da merkezi bir birim tarafndan alcya gnderildii seri iletim trdr. Burada veriler karakter yapl veya bit yapl ereveler eklinde iletilir. Haberleme alarnda kullanlan en popler a topolojileri, ortak yol, aa, halka, yldz ve rg tipi alardr. PACSta ise en ok ortak yol, halka ve yldz topolojileri kullanlmaktadr. Bir a kullanld alann byklne gre isimlendirilir. rnein hastane, iyeri gibi yaplarda kurulan alar yerel alan a(LAN-Local Area Network), il baznda bir a kurulmusa da bu a metropolitan alan a(MAN) veya geni alan a (WAN) eklinde isimlendirilir. 4.3.2. PACS A Alt Yaps PACS a alt yaps TCP/IP ve OSI protokollerini destekleyecek ekilde yaplandrlmtr. TCP/IP, gnmzde yaygn olarak kullanlan bir internet protokoldr. Katmanl bir yapya sahiptir ve 5 adet katman mevcuttur. Katmanlar Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

14

aadan yukarya olacak ekilde bir hiyerariye sahiptir. En alt katmana doru inildike katmann stlendii sorumluluk azalrken, yapt i artar. Bir alt katman stne kar sorumludur. TCP/IP katmanlar aadan yukarya srasyla fiziksel katman, aa eriim katman, internet katman, ulam katman ve uygulama katman eklinde isimlendirilir. TCP/IPde veriler segment, ereve ve paket eklinde gruplandrlr. Bir TCP/IP paketi, her bir katmanda veri blouna eklenen balklar ile elde edilir. ekil4.2de TCP/IP paket elde edimi gsterilmitir.

Veri segmenti

veri

veri

veri

veri

AH

veri

Uygulama Katman: AH:Uygulama Bal

TCP H

AH

veri

TCPH: Var Portu Veri dizisi numaras

nternet Katman
IP H TCPH AH veri

Kontrol Bitleri IPH: Var Bilgisayar Adresi

Aa Eriim Katman
PAKET H IP H TCP H AH veri Paket sonu

PAKETH ve PAKET sonu: Alt a adresi

ekil4.2 OSI protokol, PACSte TCP/IPye gre daha nadir kullanlan bir protokoldr. OSI 7 katmanl bir yapya sahiptir. Ve genel amal bir kullanma sahiptir. Katmanlar

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

15

aadan yukarya doru srasyla fiziksel katman, veri ba katman, a katman, ulam katman, oturum katman, sunu katman ve uygulama katmandr. PACS uygulamalarnda yaygn olarak iki a teknolojisi kullanlmaktadr. Ethernet ve ATM (Asynchronous Transfer Mode) TCP/IPyi de kullanarak PACS iin gerekli a balantsn salarlar. imdi bu a teknolojilerinin zelliklerini inceleyelim. 4.3.2.1. Ethernet ve Gigabit Ethernet Standart Ethernet: Standart Ethernet IEEE 802.3 CSMA (Carrier Sense Multiple Access) standardn temel alr. Ortak yol ve yldz a topolojilerini kullanr. Standart Ethernet; fiber optik kablolar, bkl tel ifti kablolar, yarm inlik koaksiyel kablolar veya kablosuz sistemler zerinden 10Mbit/s den 1Gbit/sye varan hzlarda ilem yapar. A zerindeki btn dmler(rnein bir bilgisayar) omurga ana ait kabloya(ana hat) Ethernet hublar veya Ethernet anahtarlar vastasyla balanr. Ana hat boyunca herhangi bir yere yeni anahtar veya hublar eklenebilir. Her dm benzersiz bir dm adresine sahiptir. Bu adres sayesinde veri paketleri donanm(ynlendirici-router) tarafndan ynlendirilebilir. Her paket bir kaynak adresi, bir var adresi, veri ve hata kodlarndan oluur. Ethernet protokol kapsaml veri paketlemesi gerektirir. nk bir paket grnt verisi hari 1500 byte dolaylarnda veya daha fazla uzunluktadr. Bu ekilde bu verinin bir kanal zerinden paralanmadan iletilmesi ok zordur. Bir oklu Ethernet balantsnda kullanlan bilgisayara ve haberleme yazlmna bal olarak kanal kapasitesi 500Kbit/s ile 10Mbit/s arasnda deiir. Fast Ethernet ve Gigabit Ethernet: Fast Ethernet (100 Mbps) ve Gigabit Ethernet(1.0 Gbps/ve daha yukars), aa bal dmlerin birbirlerine ok yksek hzda balanmalarna izin verir. Fast Ethernet, ATM OC-3(155Mbit/s) dolaylarnda bir performans gsterir. Gigabit Ethernet ise ATM OC-12(622 Mbps)den daha iyi bir performans gstermektedir. Yksek hzdaki Ethernet teknolojisi ATMe benzer bir yldz topolojiye sahiptir. Topolojideki her bir kol belli saydaki balantlarda i istasyonlarna standart 100 Mbps hznda bir balant salar. Gigabit Ethernet ise 100 Mbps hza sahip birok i istasyonuna paralanabildii gibi 100 Mbpslik Ethernet anahtarlar vastasyla 100Mbps, 10Mbpsye indirilerek birok 10Mbpslik i istasyonuna balant salanm olunur. Omurga Ethernet yaps ounlukla LAN(Local

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

16

Area Network)lar iin kullanlr. ATM ise hem LANlarda hem de WANlarda kullanlr. u unutulmamaldr ki Gigabit Ethernetin salad hz direkt olarak kullandmz bilgisayarlara uygulayamayz. nk bilgisayar Ethernet kartlar bu hza uyum salayamazlar. Gigabit Ethernet ancak ATM OC-3 gibi anahtarlara direk balanabilir. uan iki dm birbirine balamada kullanlan Gigabit Ethernet anahtar birok medikal grntleme iin yeterli olabilecek 500 Mbpslik bir hz desteklemektedir. 4.3.2.2.ATM(Asynchronous Transfer Mode) Ethernet orijinal olarak LAN uygulamalar iin gelitirilmi olsa da radyolojik grnt haberlemesi, LANlar ve WANlar arasnda fiziksel ve mantksal snrlarn olmamasn gerektirir. Bu noktada devreye ATM girmektedir. ATM, bilgiyi aktarmak iin veriyi, sabit uzunlua sahip hcrelere paylatran bir metottur. Hcreler 5 byte ATM protokol balk bilgisi ve 48 byte veri bilgisinden oluur. ATM, sanal devre ynelimli paket anahtarlamas teorisine dayanarak telefon devre anahtarlamas uygulamalar iin gelitirilmitir. ATM sistemleri, ATM anahtarnn bir hub olarak kullanld yldz topolojisinde tasarlanmtr. Temel iaretleme hz 51.84 Mbpsdir ve optical level 1(OC-1) olarak adlandrlr. ATMin dier hz oranlar OC-1in katlar eklindedir. rnein OC-3 3x51.84=155 Mbpslik bir hza sahiptir. Hzlar OC-12 (622 Mbps), OC-48 (2.5 Gbps), OC-192(10 Gbps) eklinde devam etmektedir. Grntleme uygulamalarnda, TCP/IP ve DICOM transmisyonlar omurga a olarak ATM ve Gigabit Ethernet kombinasyonunu, dm balantlar iin de LAN ve WAN kombinasyonunu kullanabilirler. 4.3.2.3. Balant in Gerekli A Paralar Haberleme protokolleri belli bir ada veriyi bir dmden dierine aktarmak iin kullanlr. Farkl bir aa balanmak iin bir takm ek donanm ve yazlmlara ihtiya vardr. Bunlar: Tekrarlayclar Kprler Ynlendiriciler Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

17

A geitleridir. Tekrarlayclar: OSInin birinci katmannda almaktadr. Farkl iletim ortamlarn kullanan benzer alar arasnda balant kurmak iin kullanlr. rnein bir thinnet ile bkl ift Ethernet alar OSInin birinci katmannda fiziksel olarak balanabilir.

Kprler: Kprler OSInin ikinci katmannda birbirine benzer alar hem donanmsal hem de yazlmsal olarak balamaya yarar. Router(Ynlendirici): Ynlendirciler OSInin nc katman olan a katmann kullanarak kendisine gelen paketleri ilgili aa ynlendirmeyi gerekletirir.

A Geidi(GateWay): A geidi OSInin 7. Katmann kullanarak farkl mimarilere sahip alar (rnein RIS ve PACS) birbirine balamak iin kullanlr.

Aada bu blmde anlatlan a teknolojilerinin PACS uygulamalarnda nasl kullanldn gsteren ekil verilmitir.
Gigabit Ethernet Anahtar PACS sunucusu ve arivi

Fast Ethernet Anahtar

Fast Ethernet Anahtar

Gigabit/ATM Dntrcs OC-12 ATM Anahtar

A Geidi Bilgisayar

10 Mbit/s Anahtar

10 Mbit/s Anahtar

ATM

Tbbi Grntleme Cihaz

ekil4.3- Mavi:1 Gbps; Ak yeil:100 Mbps; Krmz:10 Mbps; Mor:<10 Mbps; Yeil: OC-12, 622 Mbps; Parlak Yeil: OC-3 155 Mbps. WS: istasyonu

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

18

Alara ait genel zellikleri inceledikten sonra imdi de PACS mimarilerini inceleyelim. 4.3.3. PACS Mimarileri PACSta 3 tip mimari mevcuttur. 1- Bamsz (Stand-alone) 2- Client-Server 3- Web tabanl (Web based) 4.3.3.1. Bamsz PACS Modeli ve Genel Veri Ak Bamsz PACS modeli kaln(Thick) istemci modeli olarak da adlandrlmaktadr. Bamsz modelin temel zellii aada verilmitir: 1. Grntler, serverlardan otomatik olarak belirlenen tan ve izleme i istasyonlarna aktarlr. 2. alma istasyonlar grntleri ariv i istasyonundan sorgulayabilirler. 3. istasyonlar ksa dnem saklayclara sahiptirler. Bamsz PACS modeli iin veri i ak emas ekil4.4te verilmitir. ekildeki numaralar u ilemleri gstermektedirler:

Bamsz PACS Modeli

Tan stasyonu 7:Yerel Depolama

PACS Server

RIS

3:Arivleme

(n Ykleme)

zleme(Review) stasyonu Grntleme Cihaz ekil4.4 7:Yerel Depolama

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

19

1. RIS, grntleme cihazna ve PACS sunucusuna bir hasta kayd yapldn bildirir. 2. nceleme bittikten sonra, grntleme cihaz elde edilen grntleri PACS sunucusuna gnderir. 3. PACS sunucusu grntleri arivler. 4. Grntler, seilen btn tan ve izleme i istasyonlarna datlr. Sunucu, grnt datm fonksiyonunu, default deerlerini baz alarak otomatik olarak gerekletirir. 5. Sunucu ayrca ilgili gemi grntleri arivden ekerek kopyalarn seilen i istasyonlarna gnderir. 6. istasyonlar grntlere ulamak iin sunucu zerinden DICOM sorgula/eri fonksiyonunu kullanrlar. 7. Her i istasyonu PACS almalarna ait alma numaralarn tutan yerel saklayclara sahiptir. 8. istasyonu almayla ilgili tan sonucunu PACS sunucusuna oradan da RISe aktarr. Bamsz(Stand-alone) PACS mimarisinin avantajlar u ekilde sralanabilir: 1- Eer PACS sunucusu devre d kalrsa, grntleme cihazlar veya bu cihazlara bal a geitleri belirlenen i istasyonlarna direkt olarak verileri gnderecek esnek yapya sahiptir. Bu ekilde radyolog almalar okumaya devam edebilir. 2- PACS almasna ait birok kopya sistemin tmne datlmtr. Dolaysyla PACS grnt verisinin kaybolma riski azalmtr. 3- istasyonlar yerel saklayclara sahip olduundan gemi PACS almalarn tekrar kullanabilir durumdadr. 4- Sistem a performansnn gnlk deiimlerinden daha az etkilenir. nk almalar, i istasyonlarnn yerel disklerinde n yklenmitir ve gecikme olmadan grntlenebilirler. 5- Grnt arivlemesi yapmadan nce kalite kontrol esnasnda eer gerekliyse DICOM bal modifiye edilebilir. Dezavantajlar ise yle sralanabilir:

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

20

1- Kullanc preset default tablosundaki gemi PACS uygulamalarnn doru bir ekilde n ykleme yapldna ve grntlerin doru bir ekilde i istasyonlarna datldna gvenmek zorundadr. 2- Grntler belirlenen i istasyonlarna gnderilirler. Fakat her i istasyonu farkl bir i listesine sahip olabilir. Bu durumda radyologlar herhangi bir i istasyonunda kendilerine aktarlan btn almalar okumak ve izlemek zorunda kalrlar. 3- Kullanclar, DICOM sorgula/eri fonksiyonunu kullanarak ilgilendikleri PACS almasna eriebilirler fakat bu ilem client/server modeline kyasla daha kompleks olabilir. 4- Radyologlar bir i istasyonunda okuduklar almay bir baka i istasyonunda da okuyabilirler. nk grntlerin birer kopyalar btn i istasyonlarna gnderilir. 4.3.3.2. Client / Server PACS Modeli ve Veri Ak Client/Server modelinin nemli zellii aadaki gibidir: 1- Grntler, PACS sunucusunda merkezi olarak saklanr. 2- Kullanc PACS sunucusu zerinden ilgilendii hasta ve grnty seerek kendi i listesini oluturur. Grntlerin tm PACS sunucusuna ait veritabannda kaytldr. 3- istasyonlarnda yerel disk yoktur, bu yzden grntler okunduktan sonra silinirler. Client/Server modeline ait i ak emas ekil4.5te verilmitir. ekilde numaralarla gsterilen ilemler aada belirtilmitir. 1- RIS, grntleme cihazna ve PACS sunucusuna bir hasta kaydnn yapldn bildirir. 2- Tetkikten sonra, grntleme cihaz grntleri PACS sunucusuna gnderir. 3- PACS sunucusu grntleri saklar. 4- stemci i istasyonlar, PACS sunucusu ve arivindeki alma ve grntlere ait tam bir i listesine eriim hakkna sahiptir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

21

5- Seilen almalar PACS arivinden direkt olarak istemci i istasyonunun grnt hafzasna yklenir. Ykleme ileminden sonra kullanc grnty monitr zerinde izleyebilir. Bir hastaya ait nceden ekilmi grntler de ayn ekilde i istasyonuna yklenir. 6- Kullanc ilemini tamamladktan sonra grntler hafzadan silinir. istasyonun grnt hafzasnda hibir veri kalmaz. 7- istasyonu radyologun grnt hakkndaki raporunu PACS sunucusuna gnderir. Daha sonra ayn rapor buradan RISe gnderilir.

Client-Server Modeli

Tan stasyonlar 6:Yerel Saklayc Yok

PACS Server

RIS

3:Arivleme

zleme(Review) stasyonlar Grntleme Cihaz ekil4.5 Bu modelin avantajlar aada verilmitir. 1- Herhangi bir alma herhangi bir i istasyonu tarafndan istendii anda PACS sunucusu grntleri arivden karp i istasyonunun kullanmna hazr hale getirir. 2- almalar n bellekte tutmaya veya datmaya gerek yoktur. 3- Sorgula/ula fonksiyonuna gerek yoktur. Kullanc sadece i listesinden almay seer daha sonra almaya ait grntler i istasyonuna PACS sunucusu tarafndan otomatik olarak yklenir. 6:Yerel Saklayc Yok

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

22

4- Btn PACS almalarnn ana kopyas PACS server arivinde saklanr. Ve bu ana kopya i istasyonlaryla paylalr. Bu ayn zamanda radyologlarn bir almay ikinci kez yorumlamalarn engeller. Bu modelin dezavantajlar unlardr: 1- Bu modelde kilit nokta PACS sunucusudur. nk PACS sunucusu devre dnda kaldnda, btn PAC sistemi devre d kalr. Bunun sonucunda da kullanclar i istasyonlarndan hibir grntye ulaamaz ve bunlar grntleyemezler. Sunucu onarlana kadar, yeni elde edilen almalar grntleme cihazlarnn belleklerinde saklanmaldr. 2- Bu modelde birok veritaban(sorgula/ula vb.) ilemi mevcuttur ve sistem birok ilem hatasna maruz kalmaktadr. Bu da onu bamsz modele (standalone) gre hatalara kar daha az bakl bir model yapmaktadr. 3- Grntlerin iletim hz kullanlan an mimarisine baldr. nk birden fazla istemciye sahip bir ada tek bir noktadan grntlerin sorgulanmas ve eriilmesi sunucunun kullanclara cevap vermesini gletirir. 4- Grnt arivlenene kadar kalite kontrol amacyla grntlerin DICOM balna modifikasyon imkanszdr. 4.3.3.3. Web Tabanl Model Web tabanl PACS modeli, client/server modeliyle benzer bir mimariye sahiptir. Temel fark, buradaki client/server yazlm web tabanl uygulamalar iindir. Client/server modeline kyasla bu modelin birka avantaj aada verilmitir. 1- Client i istasyonunun donanm web taraycs destekledii srece herhangi bir platforma(rnein iletim sistemi) bal deildir. 2- Sistem tamamen portatiftir. Web tabanl uygulamalar ev gibi internet balantsnn bulunduu her yerden kullanlabilir. Bu modelin cilent/server modeliyle kyaslandnda tek bir dezavantaj vardr. O da sistemin web taraycs tarafndan fonksiyonelliinin ve performansnn snrlandrlabilmesidir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

23

Son yldr client-server modeli ile web tabanl model klinik tipi merkezlerde en ok tercih edilen modeller olmulardr. 4.3.4. PACS AKII Bu ksmda PACS i aknn nasl gerekletirildiine deinilecektir. ak teriminden, bir grntleme cihazndan elde edilen grntnn ne tip ilemlere tabi tutulduktan sonra bir diskte sakland anlalmaldr. ekil4.6da numaralarla belirtilen ilemler unlardr:

PACS Ak
Grntleme Cihaz

PACS Tan stasyonu

PACS Arivi

RIS

Broker

Dikte Sistemi

PACS zleme stasyonu

ekil4.6 (QCWS-Kalite Kontrol stasyonu) 1- Hasta, hastane bilgi sistemine(HIS) radyolojik tetkik isteiyle kaydedilir. Bu anda hastaya otomatik olarak tetkik numaras atanr. 2- Tetkik numaras alndktan sonra RIS, HISten ald HL7 mesajn ve hastaya ait demografik verileri PACS brokerine veya arayz motoruna gnderir. 3- PACS brokeri, ariv sunucusuna hastaya ait alma takvimini bildirir. Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

24

4- Hastaya ait nceden ekilmi grntler ariv sunucusundan alnp tan i istasyonuna gnderilir. 5- Hasta, grntleme cihaznn bulunduu ksma varr. Grntleme cihaz, i listesinde bulunan hastaya ait veriler ile PACS brokerindeki hastaya ait verileri karlatrr. 6- ekilen grntye ait veriler ile hastaya ait veriler DICOM format altnda birletirilip kalite kontrol i istasyonuna gnderilir. 7- Teknoloji uzman(Grnty eken kimse) ayn PACS almasn radyolojik tan i istasyonuna gnderir. 8- Radyolojik okuma(deerlendirme) i istasyonuna PACS almas ular ulamaz, otomatik olarak ariv sunucusuna gnderilir. (Ariv sunucusu veritaban PACS almalar arive ulatka gncellenir.) 9- Ariv sunucusu PACS almalarn HIS/RISten HL7 mesaj aldktan sonra izleme i istasyonlarna gnderir. 10- Radyolog tetkik eriim numarasyla birlikte dikte sistemi zerinde almayla ilgili grlerini sesli bir ekilde syler, baka hibir ilem yapmasna gerek kalmadan onaylayarak sisteme aktarr. Ariv veritaban, onaylanm PACS almasnda meydana gelen deiikliklerle kendini gnceller ve sistemdeki yetkili kullanclarn bu deiikleri grmesini salar. 11- evirici(Transcriptionist) dikte sistemindeki raporu dinler ve yazl olarak bir rapor hazrlar. 12- RIS, gncellenen RIS verilerini ve oluturulan raporlar HL7 mesaj yaynlayarak PACS brokeriyle paylar. 13- Radyolog, okuma(reading) i istasyonlarnda oluturulan daha nceki raporlar hakknda brokere sorgulama yapar. 14- Grntleri yorumlayacak olan fizikiler izleme i istasyonu zerinden PACS almalarna ait raporlar iin brokeri sorgularlar. 4.3.5. PACS ve TeleRadyoloji Teleradyoloji, Radyolojik bir almann, hastaneler arasnda paylalmasn, radyologlarn o alma ile ilgili konsltasyon yapmalarn salayan uzaktan Radyoloji sistemidir. Bu ksmda Tele Radyoloji ve PACS arasndaki iliki anlatlacaktr. Tele radyoloji uygulamalarnda iki tip model kullanlmaktadr. Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

25

Yaln Tele Radyoloji PACS ve Tele Radyoloji Birletirilmi Model

4.3.5.1. Yaln Tele Radyoloji Bu model birbirinden uzakta bulunan grntleme merkezlerinin elde ettikleri

Merkez-1 RIS Grntleme Merkezi RAPOR

Merkez-N RIS Grntleme Merkezi Grnt/Veri

Grnt/Veri

RAPOR

TELE RADYOLOJ YNETM MERKEZ


Grnt/Veri RAPOR Grnt/Veri RAPOR Uzman Merkezi stasyonu Merkez-N

Uzman Merkezi stasyonu Merkez-1

ekil4.7 verileri paylamalarn salayan bir sistemdir. rnein merkez1de oluturulan bir grnt, merkez Ndeki hekimler tarafndan grlerek, hekimlerin grntlerle ilgili grleri alnabilir. Ynetim merkezi tm grntleri farkl grntleme merkezlerinden alr, kaydn tutar ve farkl noktadaki uzman merkezlere grntlerin okunmas iin ynlendirir. Uzman merkezlerde hazrlanan rapor, ynetim merkezine geri gnderilir, ynetim merkezi radyologlarn grnt hakkndaki raporlarn kaydeder ve ilgili grntleme merkezlerine raporu aktarr. Ynetim merkezi ayrca cret demesi, grnt datm ve i yk ayarlamas gibi dier ynetimsel fonksiyonlardan da sorumludur. Tele Radyolojide, birok farkl grntleme merkezi arasndaki a geni alan alar ile, uzman merkezlerindeki alar ise kark tipte alarla salanr.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

26

4.3.5.2. PACS ve Tele Radyoloji Birletirilmi Model PACS ve Tele Radyoloji ekil4.8de gsterildii ekilde birletirilebilir. PACS ekilde stte noktal dikdrtgen ierisinde, yaln tele radyoloji ekilde alttaki dikdrtgen ierisinde gsterilmitir.

HIS/RIS Veritaban

PACS Bileenleri&Veri Ak
RAPORLAR

Veritaban A geidi

Grntleme Cihazlar

Grnt Elde Etme A geidi

PACS Sunucu&Arivleme

stasyonu

Uygulama Sunucular

Grnt

RAPOR

Grnt Grntleme Merkezi 4.RAPOR 7.Grnt

Ynetim stasyonu ve Uzman Merkezi

TeleRadyoloji ekil4.8 Birletirilmi modelin i ak aadaki gibidir: Radyolog PACS i istasyonunda d merkezlerden gelen almalar

deerlendirir(Adm-1) Radyolog kendi i istasyonunda grntleri yorumladktan sonra(Adm-2) hazrlad raporu, veritaban a geidi zerinden HIS veritabanna(Adm-3) ve bilirkii merkezine gnderir.(Adm 4-5) Ayn raporu, grntlemenin yapld i istasyonuna da gnderir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

27

PACS ayrca kendi almalarn dardaki uzman merkeze deerlendirilmesi iin gnderebilir.(Adm-5)Bu durumda uzman merkez oluturduu raporu PACS veritaban a geidine ynlendirir. (Adm-6)

Grntler,

uzman

merkeze

Yaln

tele

radyoloji

modelindeki

gibi

gnderilir.(Adm-7) Bu model, farkl corafik blgelerdeki hastanelerin birbirleriyle konsltasyon yapmak amacyla tercih ettikleri bir modeldir. 5.DICOM (Digital Imaging And Communication System in Medicine) DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) deiik cihazlardan elde edilen medikal grntlerin tm dnyada kullanlan standart bilgi formatdr. DICOM, 1993 ylnda NEMA ve ACR tarafndan yaymlanmtr. Yaymlanma amac tbbi grntlerin tek bir format altnda toplanp, farkl firmalara ait cihazlarn birbirleriyle uyumlu bir ekilde almalarn salamaktr. DICOM 3.0 format, normal bir grnt formatna benzemekle birlikte tamamen ayn deildir. nk DICOM format, tek bir format altnda hem grnty hem videoyu hem sesi saklayabilmekte, ayrca hasta ismi, hastane ismi vb. bilgileri de verilerin nne ekleyebilmektedir. DICOMun biraz tarihine bakacak olursak: ACR-NEMA(American College Of Radiology-Natioanal Electrical Manufacturers Association), medikal grntleme cihaz reticilerine hizmet vermek zere bir takm standartlar gelitirme abas iinde bir komite kurdu. Komitenin amac farkl reticilere ait farkl tipteki medikal cihazlarn birbirleriyle haberleip medikal veriyi paylaabilmelerini ve ayrca bu cihazlarn PACS ile entegrasyonunu salamakt. Komite 1982 ylnda almalarna balad ve 1985 ylnda ilk versiyon ortaya kt. lk versiyonda noktadan-noktaya veri aktarm, veri format szl ve bir takm n haberleme komutlar mevcuttu. kinci versiyon(ACRNEMA 2.0) 1988 ylnda yaynlanmtr. Bu versiyon, yazlm ve donanm tanmlamalar ve bunlara ek olarak da standart bir veri szl iermekteydi. Fakat network iin adresleme ilemleri her iki versiyonda da hala tatmin edici dzeyde deildi. Bu sebepten 1992 ylnda network protokollerini de ieren bir versiyon daha

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

28

yaymland ve bu versiyona zel olarak DICOM ismi verildi. Tez almasnn bu ksmnda da bu formatn tanmlad zellikler anlatlacaktr. 5.1.DICOM 3.0 STANDARDI DICOM formatnn temel bileenleri Nesne Veri Snf ve hizmet(service) snflardr. Nesne bilgisi, bir takm grntlerin ieriklerini ve birbirleriyle olan ilikilerini tanmlamakta ve veri snflar da bu nesnelerle neler yaplabileceini belirtmektedir. Tablo5.1 ve Tablo5.2 baz nesne ve hizmet snflarn gstermektedir. Hizmet snflar ve nesne bilgi snflar, DICOM temel birimlerini oluturmak iin birletirilirler. Bu ileme nesne hizmet elemesi (Service Object Pair-SOP) ad verilir. Hizmet Snf Grnt Depolama Grnt Sorgulama Grnt arma Grnt kts(Print) Tetkik Depolama Kayna Tanmlama Veri kmeleri iin depolama hizmeti salar. Veri kmeleri hakknda sorgulama yaplmasn salar. Depodan Grntye ulamay salar. Saysal verilerin filme baslmasn salar. Tetkiklerin ynetimini destekler. A verisi depolama kayanaklarnn ynetimini destekler. Tablo5.1-DICOM Hizmet Snflar Birleik(Composite) Bilgisayarl Radyografi(Rntgen) Bigisayarl Tomogram Saysallatrlm Film Grnts Saysal grnt karm MR grnts Nkleer Tp Grnts UltraSound Grnts Gsterilebilir Grnt Grafikler Eri (Curve) Tablo5.2-DICOM Nesne Bilgisi

Normalize Hasta alma Sonular Depolama Kayna Grnt Aklamas

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

29

5.1.1 DICOM Gerek Dnya Modeli (Real World Object) DICOM gerek dnya modeli, DICOM standard erevesinde, klinik grnt alanndaki gerek dnya nesnelerini(hasta, alma, seriler, grnt vb.) ve bunlarn kendi aralarndaki ilikilerini tanmlamaktadr. Bu model farkl DICOM nesne bilgi tanmlamalar(IOD-Information Object Definition) iin bir ereve oluturur. DICOM modeli 4 nesne seviyesinden oluur.Bunlar: hasta; tetkik; seriler ve donanm; grnt, dalga biimi ve SR(Structured Report-Yaplandrlm Rapor)dr. Bu seviyelerin her biri (1-n veya 0-n) eklinde alt seviyeler iermektedir. Bu modelde; Hasta: Modelde hasta, salk hizmetleri iin bavuru yapan kii olarak

tanmlanmaktadr. Bu kiinin daha nceki tetkikleri ve yeni yaptraca tetkikler hastann ad, kimlik numaras vb. bilgilerle etiketlenmektedir. Bu ekilde bir kiiye ait (1-n) tane birbirinden farkl veya ayn tetkikler tek bir balk altnda toplanm olur. rnek verecek olursak, hastaya ait gs CTsi, beyin MR ve Gs Rntgeni, bu hastaya ait demografik bilgilerle birletirilir ve tek bir balk altnda(hasta ismi vb.) toplanr. Tetkik: Model; gemi, bugn ve ileride elde edilecek btn tetkikleri kapsamaktadr. Bir tetkik (1-n) seriyi veya (1-n) tetkik bileenini ierir. Her bir bileende (1-n) seriyi bnyesinde barndrr. rnein, bir beyin MR tetkiki u seriyi ierebilir: transaxial, sagittal ve coronal. Her bir tetkik elde edilecei cihazn i listesine eklenir. rnein bir beyin MRI tetkiki MRI makinesinde listelenmekte veya bir MRI tetkiki ve bir CT tetkiki srasyla MRI taraycsnda veya CT taraycsnda listelenmektedir. Donanm: Burada donanmdan kastedilen grntleme cihazlardr. Grntleme cihazlarnn elde ettii grntler seriler eklindedir. Bir seri, bir veya birden fazla(0-n) grnt, dalga ekli, SR(Structured ReportYaplandrlm Rapor) dokman veya radyo terapi nesnesi iermektedir. rnein bir beyin transaxial MR 40 tane beyin MR grnts iermektedir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

30

5.1.2.DICOM Veri Format DICOM veri format bir verinin DICOM dosyas ierisine nasl yerletirileceini tanmlamaktadr. Her bir veri DICOM formatna evrildikten sonra bir dosyaya sahip olmaktadr. Bu dosya nesne hizmet elemesi (SOP) rneklerini iermektedir. SOP, bilgi nesnesi ve servis snflarnn birleiminden oluan bir yapdr. DICOM uygulamalarnn temel yap tadr. Ve btn ilemler SOPlar zerinden gerekleir. Bir DICOM dosyas DICOM dosyasna ait meta bilgisiyle balar fakat bunun kullanm seime baldr. Meta bilgisini veri kmelerine ait veri bitleri izler ve dosya, grnt piksel verisi ile sonlanr. DICOM dosya meta bilgisi, dosya tanmlama verisini iermektedir. Meta bilgisi, kodlama iin ak deer gsterimini (Explicit Value Representation) kullanmaktadr.

HASTA

ALIMA(STUDY)

SERLER (GRNTLEME CHAZLARI)

GRNT

ekil5.1

Meta bilgisi kapal deer gsteriminde (Implicit Value Representation) kullanlmaz. Ak deer gsterimi ve kapal deer gsterimi DICOMda kullanlan iki Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

31

kodlama metodudur. Satclar veya reticiler bu iki kodlamadan birini verileri kodlamak iin semek zorundadrlar. DICOM dosyas birok DICOM uyumlu yazlmla birlikte her iki kodlama trnde de kodlanabilmektedir. Ak deer gsterimi ve kapal deer gsterimi arasndaki fark udur: Ak VRde VR kodlamas yaplrken, kapal VRde VR kodlamas yaplmaz. rnein, CT grntleme cihazna ait bir elemann kapal ve ak kodlamas u ekilde yaplmaktadr: 08 00 60 00 02 00 00 00 43 54 08 00 60 00 43 53 02 00 43 54 Yukardaki kodlamada ilk 4 byte(08 Kapal VR Ak VR 00 60 00) bir etikete(Modality-

Grntleme Cihaz) karlk gelmektedir. Kapal VRde, sonraki 4 byte(02 00 00 00) veri elemanna ait veri uzunluuna karlk gelmektedir. Son iki byte(43 54) ise veri bloudur(rn.CT verisi). Ak VRde, ilk 4 byte yine bir etikettir. sonraki iki byte(43 53) CS(Code String)i temsil eder, sonraki 2 byte ise (02 00) elemann deerinin uzunluudur, son iki byte da verinin deerini gstermektedir. Bir veri kmesi yalnz bir SOP rneini temsil edebilir. Fakat birden fazla veri elemanndan oluur. Veri elemanlar, DICOM nesnesine ait zelliklerin kodlanm deerlerini ierir. Eer SOP rnei bir grnt ise, DICOM dosyasnn son ksm bu grntye ait piksel verilerinden olumaktadr. Grnt piksel verisi iin kullanlan etiket 7FE0 0010dur. ekil5.2de CT DICOM dosyasna ait ak VR little endian ile kodlanm bir rnek gsterilmektedir. Little endian kavramn yeri gelmiken aklayalm. Little endian kodlamada veri bytenn en dk deerlie sahip ksm ilk nce, yksek deerlie sahip ksm daha sonra gelecek ekilde sralanmasdr. rnein ekil-5.1de byte kodlamasndaki ilk 4 byte(08 00 00 00)dr. Kodlama little endian ile yapldndan bu veriyi etiket(tag) deerine dntrrsek, 00 08 00 00 deeri elde edilmi olunur. Bir de kodlamalarda big endian yaps kullanlmaktadr. Big endian yaps, little endiann tam tersidir; yani yksek deerlikli byte ilk olarak, dk deerlikli byte ikinci olarak sralanr.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

32

Eleman Etiketi ve Deeri

Binary Kodlama

ekil5.2 5.1.3. DICOM Nesneleri Grntler, raporlar ve hastalar gibi yaplar nesnelerle tanmlanr ve bilgi nesneleri olarak adlandrlr. DICOM nesneleri ikiye ayrmtr. Kompozit nesneler (NEMAdan gelen eski nesneler) Normalize edilmi nesneler (DICOM da tanmlanan yeni nesneler)

Tm nesne ve nesne formatlar veri szln oluturmaktadr. Szlk bir nevi nesne ve format veritabandr. DICOMda tm bilgi nesneleri UIDlerle tanmlanr. UID(Unique Identifier) formu aadaki gibidir: 1.2.840.10008 her DICOM UID iin kktr ve deimez. UID deerine baklarak bir elementin DICOM olup olmad tespit edilebilir. 1.2.840.10008.X.Y.Z DICOM UIDlerinin tmn temsil eder. Burada X,Y ve Z UIDin belirtecei nesneye bal olarak deiiklik gsterir. UIDler bir nesnenin belli bir blmn temsil etmektedir. Ve bu yzden de bilgi tamazlar. rnek verecek olursak, 1.2.840.10008.1.2.1 UID deeri veri transfer szdizimine aittir. Bu UID eklenmi DICOM dosyasndaki verilerin aktarm dk byte nce yksek byte sonra gnder eklindedir(Little Endian).

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

33

5.1.3.1.DICOM Hizmet Snflar DICOM, hizmet snflar kompozit ve normalize olacak ekilde u snflara sahiptir: Kompozit Dorulama Kaydetme Query/Retrieve (Sorgula/Eri) alma ierik bildirimi Hasta ynetimi alma ynetimi Sonu ynetimi Temel kt ynetimi

Normalize

DICOM hizmetleri, modelin nesne tabanl yaps gerei ilem yaparken, hizmet snflarna bavururlar. Bavuru yaparken eer bir cihaz hizmeti gren ise servis snf salayc(SCP) eer bir hizmeti kullanan ise servis snf kullancs(SCU) adn almaktadr. rnein PACS sunucusundaki manyetik disk, sunucu iin grntleri saklama hizmetini gerekletirdiinden hizmet snf salaycs (SCP), dier tarafta CT taraycs ise manyetik diskten, elde ettii grntleri saklama hizmeti aldndan servis hizmet kullancs(SCU) olarak adlandrlr. 5.1.3.2. DICOM Hizmet Elemanlar Hizmet elemanlar kark hizmetlerin kurulumunda kullanlrlar. Bu hizmet elemanlar DICOM mesaj hizmet elemanlar(DIMSE-DICOM Message Service Elements) olarak adlandrlrlar. DIMSEler kompozit ve normalize olmak zere ikiye ayrlmaktadrlar. Normalize DICOM Mesaj Hizmet Elemanlar(DIMSE-N) N-EVENT REPORT N-GET N-SET N-ACTION Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

34

N-CREATE N-DELETE

Kompozit DICOM Mesaj Hizmet Elemanlar (DIMSE-C) C-ECHO C-STORE C-FIND C-GET C-MOVE

imdi bunlarn yaptklar ilevleri aklayalm: N-EVENT-REPORT: DIMSE hizmet kullancs tarafndan SOP nesnesi hareketini bir dier DIMSE hizmet kullancsna raporlamada kullanlr. N-GET: DIMSE hizmet kullancs bu servisi bir baka hizmet kullancsna ait bilgileri istemek iin kullanr. N-SET: DIMSE hizmet kullancs, hizmet kullancs bilgilerinde deiiklik yapmak iin kullanr. N-ACTION: DIMSE hizmet kullancsnn, sistemdeki dier kullanclardan bir fonksiyonu yerine getirmelerini istemesi iin kullanr. N-CREATE: DIMSE hizmet kullancs bu servisle dier bir kullancda bilgi nesnesi oluturur. N-DELETE: DIMSE hizmet kullancs, bu servisle dier bir kullancdan bir bilgi nesnesi silmesini ister. C-STORE: Kompozit SOP snf bilgisinin DIMSE hizmet kullancs tarfndan

arlmasyla oluur. C-FIND: DIMSE hizmet kullancs tarafndan sorgulanan ierik cmlelerin arlmasyla balar. C-FIND hizmeti her bulduu sra iin istenilen ierik ve deerlerinin olduu bir liste dndrr.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

35

C-GET: DIMSE hizmet kullancs tarafndan bilgi nesnelerinden istenilen verilerin getirilmesini salar. C-MOVE: DIMSE hizmet kullancs tarafndan bir veya daha fazla kompozit nesnenin ieriinin 3. Parti baka bir DIMSE hizmet kullancsna aktarlmas iin kullanlr. C-ECHO: DIMSE hizmet kullancs tarafndan utan uca haberlemede baka bir DIMSE hizmet kullancsna almaya baladn haber vermede kullanlr. 5.1.4.DICOM HABERLEMES DICOM, grntlere ait verileri aktarrken OSI standardn kullanmaktadr. DICOM haberleme uygulamalarnda; Grntye ait bilgi nesnelerinin OSInin farkl katmanlar arasnda

gnderilmesine hizmet(service), farkl cihazlar arasnda gnderilmesine ise protokol denilir. Bir protokol arldnda, iki cihaz arasnda birka basamakl ilem gerekleir ve daha sonrasnda iki cihaz arasnda DICOM kullanlarak balant kurulumu gerekletirilir. ekil5.3te taraycdan alnm bir CT grntsnn, i istasyonuna DICOM kullanlarak aktarlmasna ait i ak gsterilmitir. Burada: 1- CT taraycs btn grntleri DICOM nesnesine kodlar. 2- Tarayc, DIMSEleri kullanarak elde ettii grntleri OSInin fiziksel katmanna aktarr. DICOM TCP/IP protokol kullanlarak veri, alcya gnderilir. 3- Alc, DIMSEleri kullanarak ald veriyi uygulama katmanna karr. 4- istasyonu ald nesnenin kodunu aar ve grntye ait verilere ular. 5.1.5. DICOM Kullanm rnei Kullanclar iin en nemli iki DICOM hizmeti, al/gnder(receive/send) ve sorgula/ula(query/retrieve)tr. Bu hizmetleri birer rnekle inceleyelim. 5.1.5.1.Gnder ve Al (Send and Receive) DICOM protokol kullanlarak, bir CT taraycsndan elde edilen birok grnty DICOM a geidine gndermek iin bir takm admlar izlenmektedir. Bu admlar incelersek, Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

36

- Her bir grnt, DICOMun C-STORE hizmeti kullanlarak CT taraycsndan DICOM a geidine tanr.

1- CT taraycs elde ettii grntleri DICOM formatna dntrr.

4- istasyonu DICOM dosyasn aar ve grnty monitr zerinde grntler.


DICOM Servisleri Network Balants

DICOM Servisleri

2-DICOM Mesaj Servis Elemanlar (DIMSE) gnderilir. DICOM TCP/IP Protokol

3-DICOM Mesaj Servis Elemanlar (DIMSE) alnr.

Grnt ekimi(Image Acqusition)

stasyonu

ekil5.3 - Bu aktarm ileminde, CT taraycs C-STORE hizmet snf kullancs(SCU), a geidi ise C-STORE hizmet snf salaycs(SCP) roln stlenir. - CT tetkikine ait oklu grntleri taraycdan a geidine aktarmak iin, ncelikle CT taraycs ile PACS grnt elde etme a geidi arasnda DICOM balant istei ve cevab (association request and response) komutlar kullanlarak balant kurulur. ekil 5.4te gnderme ve alma ilemlerini gsteren bir ak diyagram gsterilmitir. Burada saylarla belirtilen ilemler aada aklanmtr. 1- CT taraycs(SCU) C-STORE hizmetini kullanarak PACS a geidine hizmet isteinde bulunur. 2- A geidi C-STORE isteini alr ve taraycya C-STORE cevab gnderir. Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

37

3- CT taraycs ilk grntye ait ilk veri paketini a geidine yollar. 4- A geidi C-STORE hizmetinin gereini yani paketi saklama iini yerine getirir. 5- lk paketin depolanmas baarl ise, a geidi taraycya bir dorulama bilgisi gnderir. 6- Tarayc dorulama bilgisini aldktan sonra, bir sonraki paketi gnderir. 7- 4 ve 6daki ilemler btn paketler gnderilene kadar tekrar edilir. 8- Tarayc ikinci grntye ait paketleri iletmek iin a geidine C-STORE hizmet isteinde bulunur. 1den 7ye kadar olan btn ilemler btn grntler iletilene dek tekrar edilir. 9- Tarayc ve a geidi grnt aktarm ileminin sonunda aralarndaki balanty kesmek iin DICOMun balant istei ve cevaplamasn brak-dropping association request and response komutunu kullanrlar.

CT TARAYICI (C-STORE SCU)

PACS A GED (C-STORE SCP)

Balant Kurulum stei

Balant stei Balant Cevab


C-STORE stei

Balant Kabul Edildi

C-STORE Servis stei

C-STORE Cevab lk Veri Paketi Alnd Onay

C-STORE servisi kabul edildi Grntye verisi alnd.

oklu veri gnderimi

Grnt verisi gnderildi

Grnt verisi gnderildi

Son Veri Paketi Alnd Onay


Balant Kesme stei

Grntye ait veriler alnd.

Balanty Kes (9)


Balant Kesme Cevab

(9)BalantKesildi

ekil5.4 5.1.5.2.Sorgula ve Ula (Query and Retrieve) Gnder ve al(Send and Receive) hizmet snf, sorgula ve ula(Query and Retrieve) hizmet snf ile karlatrldnda; gnder ve al hizmet snfnn daha basit Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

38

yapda olduu grlmektedir. Bu ksmda bir i istasyonundan, gemi CT tetkiklerine ait verilerin sorgulanmasna ve ulalmasna ait ilemler incelenecektir. Buradaki ama hastaya ait gemi CT tetkikleriyle yeni elde edilmi CT tetkiklerini karlatrmaktr. Sorgula ve Ula ilemi gerekletirilirken, - C-FIND, C-MOVE ve C-STORE gibi kompozit snf komutlar kullanlr. - istasyonu ve sunucu kendilerine ait hizmet kullancs ve hizmet salaycsna sahiptir. WS Sorgula/Ula C-STORE Kullanc(User) Salayc SUNUCU Salayc(Provider Kullanc

Sorgula/Ula ileminde i istasyonu hizmet kullancs(SCU), sunucu ise hizmet salaycs(SCP) olarak ilev grrken C-STORE ileminde i istasyonu SCP, sunucu ise SCU olarak ilev grr. ekil5.5 i istasyonu ile sunucu arasndaki balant kurulduktan sonraki durumu gstermektedir. ekilde numaralandrlan durumlar aada aklanmtr: 1- PACS i istasyonunun Sorgula/ula(Q/R) uygulama varl(AE-Application Entity) sunucuya C-FIND hizmet isteinde bulunur. 2- Sunucunun Q/R AEsi i istasyonundan C-FIND isteini alr. Aldktan hemen sonra PACS veritabannda grntleri, serileri ve almalar aratrr. Ve elde edilen sonuca gre C-FIND cevabn oluturur ve i istasyonuna gnderir. 3- istasyonunun Q/R AEsi sunucudan gelen C-FIND cevabn alr. Sunucu i istasyonuna kendi veritabannda bulunan grnt, seri ve almalara ait bir tablo gnderir. 4- istasyonundaki kullanc ilgilendii grnty tablodan seer. C-MOVE hizmetini kullanarak, PACS sunucusundan setii her bir grnt iin istekte bulunur. 5- Sunucu Q/R AEsi C-MOVE isteini alr ve sunucunun C-STORE hizmet snf kullancs(SCU)na bildiri de bulunur. 6- Sunucunun C-STORE SCUsu istenen grntye arivden ular. Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

39

7- Sunucu, i istasyonunun C-STORE SCPsine C-STORE hizmet isteinde bulunur. 8- istasyonu C-STORE isteini alr ve sunucuya bir C-STORE cevab yaymlar. 9- istasyonu son grnty aldktan sonra, aradaki balanty kesmek iin balanty kes komutunu gnderir.
PACS Sunucusu Q/R SCP

stasyonu Q/R SCU Balant Kurulum stei

Balant stei Balant Cevab

Balant Kabul Edildi.

C-FIND Servis stei

C-FIND stei C-FIND Cevab


C-FIND Servisi Kabul edildi

oklu grnt alma evrimi

Tablo Alnr
Tablodan istenen grntler seilir C-FIND Komutunu let

C-MOVE istei

C-MOVE stei C-MOVE Cevab


C-STORE SCUyu ar C-MOVE Servisi Kabul edildi

Balant Kesme stei Balanty Kes Balant Kesme Cevab

Balant Kesildi

Grntleri arivden al.

Grntleri al.
stasyonu C-STORE SCP

C-STORE SOP Servisleri

Grntleri gnder.

PACS Sunucusu C-STORE SCU

ekil5.5 6. GRNT SIKITIRMA TEKNKLER Sktrlm bir grntnn boyutu azalmakla birlikte bir kanal zerinden iletim sresi ksalm ve depolama iin gereken alan da klm olur. Sktrmann salam olduu bu avantajlar ska PACS uygulamalarnda kullanlmaktadr. nk gelien teknoloji sayesinde elde edilen grntler olduka byk boyutlara ulamakta(~200 Mbyte) ve bunlarn depolanmas, iletimi olduka byk problemler Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

40

oluturmaktadr. Grnt sktrma teknikleri bu problemleri amak iin kullanlan en etkili yntemdir. Fakat bu yntemin en byk sknts sktrlan grntde meydana gelen kayplardr. Buraya dikkat edilmesi gerekiyor, zira olduka yksek oranlarda yaplacak bir sktrma, radyologun, hekimin veya ilgili dier kiilerin grntye dayanarak doru bir tan koyma ansn azaltacak hatta baz durumlarda bu grntlerden tan bile konamamasna neden olabilecektir. Tez almasnn bu ksmnda tbbi grntlerde kullanlan eitli grnt sktrma tekniklerinin zelliklerine, belli bal parametreler gzetilerek birbirleriyle olan kyaslamalarna deinilecektir. 6.1. Terminoloji Elde edilen herhangi bir grnt 2-boyutlu(2D), 3-boyutlu(3D) veya 4boyutlu(4D)dur. ki boyutlu saysal bir grnt x ve y uzamsal koordinatlar olmak zere f(x,y) eklinde bir fonksiyon biimindedir. Bu fonksiyon x ve y noktalarnda 0dan 255e, 0dan 511e, 0dan 1023e, 0dan 2047ye veya 0dan 4095e olacak ekilde pozitif tamsay deerleri almaktadr. 3 boyutlu saysal bir grnt x,y,z uzamsal koordinatlarna sahip olabilecei gibi x,y uzamsal koordinatlarna ve t zaman koordinatna sahip olabilir. Bu durumda 3 boyutlu grntnn srasyla bu koordinatlardaki deerleri f(x,y,z) ve f(x,y,t) fonksiyonlaryla retilir. 4 boyutlu bir grnt ise x,y,z 3 boyutlu uzamsal koordinatlar t ise zaman koordinat olmak zere 4 deikenlidir ve zamanla deien 3 boyutlu grntleri temsil etmek iin kullanlr. 2-D, 3-D ve 4-D grntlere sktrma gereklenirse her biri tek boyutlu fonksiyonlarla temsil edilebilir. Sktrlm grnt dosyas: Sktrlm grnt dosyas, 2D, 3D ve 4D grntlerden grnt sktrma algoritmalar ile elde edilen tek boyutlu kodlanm bir veri kmesidir. Sktrlm bir grntden tekrar orijinal grnt elde edilmesi: Sktrlm bir grntden, grntnn tekrar geri elde edildii dosya, 2-D grntler iin 2 boyutlu bir dikdrtgen dizisi fc(x,y), 3-D grntler iin bir veri blou fc(x,y,z) veya 4-D grntler iin fc(x,y,z,t) grnt kmesidir. Grnty tekrar elde etme yntemi, sktrma yntemine gre belirlenir. Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

41

Kaypsz bir sktrma tekniiyle sktrma yaplan bir grnt geri elde edildiinde orijinaline olduka yakn bir deere sahiptir. Fakat kaypl bir sktrma yaplp grnt tekrar geri elde edildiinde orijinaline gre bilgi kayb sz konusudur. Kodlama ve Kod Ama: Sktrlan grntler belli bir algoritmaya bal olarak kodlanrlar. Grntleri tekrar elde etmek iin her kodlanan veri kod ama yntemlerine tabi tutulur. Fark grnts: Fark grnts, orijinal 2D, 3D ve 4D grntlerden sktrma sonucunda geri elde edilen grntlerin karlmasyla elde edilir. Fonksiyon olarak da f(x,y)- fc(x,y); f(x,y,z)- fc(x,y,z); f(x,y,z,t)- fc(x,y,z,t) eklinde gsterilir. Bu fonksiyonlar orijinal grnt ile sktrmaya uram grnt arasndaki hata fonksiyonunu olarak da tanmlamaktadr. Kaypsz bir sktrmada, hata fonksiyonu 0 fonksiyonudur. Kaypl sktrmada ise fark fonksiyonu eitli ekillerde tanmlanabilir. Fonksiyon; piksel-piksel, volexvolex, voxel-volex veya voxel-zaman eklinde oluturulmu olabilir. Sktrma oran: Orijinal grnt ile sktrlm grnt arasndaki sktrma oran, bir bilgisayarn orijinal grnty kaydetmek iin harcayaca depo alan ile sktrlm grnt dosyasna harcayaca depolama alan arasndaki orandr. rnein 4:1 sktrma oranna sahip 512 x 512 x8lik bir grnt 2,097,152 bit ile temsil edilir. Sktrmadan sonra bu grnt sadece 528,288 bit ile temsil edilecektir. Bu da sktrlm grntnn, orijinal grntnn depolama alannda kaplayaca alann %25i kadarlk bir ksmnda saklanabilineceini gstermektedir. Sktrma derecesini tarif etmede kullanlan dier bir yntem de piksel bana den bit saysdr(bit per pixel-bpp). rnein 8 bpplik orijinal bir grnt, 4:1 sktrmaya tabi tutulursa sktrlm grnt 2 bpp ile temsil edilir. Sktrma oran piksel-piksel veya volex-volex olacak ekilde hesaplandndan orijinal grnt ile sktrlm grnt arasndaki fark iin kesin bir sayya ihtiya yoktur. 6.2. Arka Plan(Background) PACS, grnt sktrma tekniklerinden grnt iletim hzn arttrmak ve depolama alanndan kazanmak iin yararlanmaktadr. nk son ekilen tbbi Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

42

grntler petabytelar mertebesinde ve yllar getike de grnt boyutlar hzla artmaktadr. Grnt sktrma, depolama maliyetlerini azaltmak ve geni boyutlu grntleri ynetmek asndan kilit rol oynamaktadr. Teknik olarak, birok grnt sktrma yntemi iki tipte kategorize edilebilir. lki, geri-dnl, kaypsz veya hatasz sktrmadr.(bkz. ekil6.1) Geri dnl sktrma teknikleri 2:1, 3:1 oranlarnda sktrma oranlarn mkemmel bir geri dnllkle gerekletirmektedirler. kincisi ise geri-dnsz veya kaypl sktrmadr. Kaypl sktrma ile sktrlan grnt aynen geri elde edilmemesine karn 10:1, 50:1 oranlarndaki sktrma oranlar ile grnt boyutunu kaypsz teknie gre daha da drlebilir. Yukardaki sktrma tekniklerine ilaveten bir de klinik grnt sktrma teknii mevcuttur. Bu teknikte saklanacak olan verilere radyologlar karar vermektedir. yle ki grntnn hastalk tehisi iin nemli blmleri radyolog tarafndan tespit edilir. Daha sonra belirlenen grntler saklanr dierleri ise atlr. Olduka elverisizdir. Zira hangi grntnn ne zaman ie yarayaca bilinemez. Ayrca yeni ekilen grntlerle bu tipten sktrlm bir grnty karlatrmak ya ok zor olur ya da mmkn olmaz. yleyse iyi bir grnt sktrmas iin yaplmas gerekenler nelerdir diye soracak olursak, ilk verilecek cevaplardan birisi ekilen grntnn arka plannn sktrma iin uygun hale getirilmesidir. Tbbi grntlerin arka planlar olduka uygun seilerek yksek sktrma oran salanrken, veri kayb da minimum tutulmu olur. 6.3.Kaypsz Sktrma Kaypsz(hatasz) sktrma teknikleri ile sktrlm veriden orijinal grnt elde edilebilir. Bu ksmda kaypsz sktrma yapan baz teknikler zerinde durulacaktr.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

43

KODLAYICI
Kaypsz Grnt Grnt Dnm (Transformation) Kaypl Entropi Kodlamas

Kuantalama

Sktrlm Grnt

Tablo zellikleri

Tablo zellikleri

ekil6.1 6.3.1. Arka Plan karm Arka plan karmnda en nemli olan olay, elde edilen grntnn yerletii alan tespit etmek ve daha sonrasnda ise btn grntden bu alan karmaktr. Bylece elimizde kalan fark sktrlm grntye ait olacaktr. Arka plan karmnn baarm, iyi bir arka plan tespit edebilen yazlmdr. Eer byle bir yazlm gereklenirse, orijinal veriden kayp vermeksizin sktrma elde edilir. Arka plan karmna ait yntem u ekilde iler: - ncelikle tansal deeri olmayan ya da tbbi grntye benzemeyen artk blgeleri tespit et. - Tespit ettiin blgelere 0 deerini ata. - Daha sonra farkl bir kaypsz sktrma teknii uygula. - 0 deeri atanan blgeler sktrmada %100 verimlilikle sktrlrlar. - Ayrca tansal neme sahip grnt de farkl bir kaypsz sktrma tekniine tabi tutulduundan burada da belli bir oranda sktrma oran elde edilebilir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

44

ekil6.2de CTye ait bir grntnn arka plan karm gsterilmitir. Burada n1,n2,n3,n4 kenar belirleme algoritmasyla tespit edilmi, CTdeki tansal deere veya ilgilenilen grntye ait dikdrtgensel blgenin snr deerleridir. 512 x 512 boyutundaki orijinal grnt, arka plan karmndan sonra (n2-n1) x (n4-n3) boyutuna indirgenmitir.

ekil6.2 6.3.2. Run Length Kodlamas Run-Length kodlamas, grntde birbirini takip eden piksellerden ayn deere sahip olanlar tespit edip, bu ksm kodlarken piksel deerini ve bu deerden ka tane pe pee piksel olduunu belirten bir yapya sahiptir. Run Length kodlamas u ekilde iler: - Sktrma ilemi iin ncelikle grntnn histogram elde edilir. Bir grntnn histogram, grnt ierisindeki piksel deerlerinin o grntdeki bulunma sklklarnn bir ltdr. Bir nevi grntdeki x deerine sahip piksellerin olasldr. - Bir balama noktas seilir. Balama noktas seiminde histogram dikkate alnr. Historam grafiinde en dk tekrara sahip pikselin koordinatlar balang noktasn verir. Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

45

- Eer birden fazla en dk tekrara sahip piksel deeri mevcut ise balang noktas en byk piksel deerine sahip pikselin koordinatdr. - Balang noktas seildikten sonra, grnt satr satr taranmaya balanr. Pe pee sralanm piksel deerleri kodlanr. Dier blgeler aynen braklr. - rnein 512 x 512 x 8lik bir grntde en az tekrar eden piksel deeri 128 olsun. Bu durumda balang noktas 128 piksel deeri seilir. Tarama balar, tarama sresince de 25 adet 10 piksel deerli pikseller bulunsun bu durumdaki run-length kodu u ekilde oluur: 128 Balang Noktas 25 Uzunluk 10 Piksel deeri

- Eer balang noktas deeri ile tekrar eden piksel says(uzunluk) birbirine eitse, kod iki kmeye paralanr. rnein; 128-128-34 eklinde kodlanm bir veri 128-4-34 ve 128-124-34 eklinde paralanabilir. - Run length kodlamasnda iki zel durum sz konusudur: 1- Her Run length kod kmesi 3 rakamdan oluurken, 4 kereden az tekrar eden komu pikselleri sktrmann hibir avantaj yoktur. Bu sebepten bu pikseller kodlanmaz. 2- Kod sadece iki adet birbirini takip eden rakam ieriyorsa; 128 128 128: Bir sonraki piksel deerinin 128 olduu 0: Kodlama sonu anlamlarna gelir.

Run length kodunun almas ilemi aadaki gibi gerekletirilir. - ncelikle kodlanm veri srasyla kontrol edilir. - Balang noktasna ulalmsa takip eden dier iki kod zel durumlar dnda uzunluk ve gray kodunu verir. - lk zel durumda balang noktas bulunmadndan, gelen kod sadece gray kodunu temsil etmektedir. - kinci zel durumda ise rnein bir 128 bir dier 128 ile pe pee gelmise bunun anlam bir sonraki pikselin deeri 128dir, bir 128in ardndan bir 0 gelmise de bu kodlamann sona erdiini belirtir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

46

Run length kodunun bir dier uygulamas da u ekilde gereklenmektedir: - Orijinal grnt bir piksel saa telenir. Ve telenen grntye ait matris oluturulur. - Orijinal grntden, telenmi grnt karlr. - Yukarda belirtilen run length algoritmas fark matrisine uygulanr. - Burada yukardaki kodlamadan farkl olarak piksel deerine ihtiya duyulmaz. nk orijinal grnt ile telenmi grntnn farknn alnmasyla, tekrar eden piksellerin deerleri 0lanm veya sfrdan farkldr. Sfrdan farkl durumun olumas yukarda belirtilen zel durumlardan kaynaklanr. - Bu ekilde sadece balang noktas ve tekrar eden piksel says(uzunluk) ile birlikte kodlama yaplr. 6.3.3.Huffman Kodlamas Huffman kodlamas, telenmi ve orijinal grntyle fark alnm grntdeki piksel deerlerinin olaslklarn veya tekrar sklklarn temel alan bir kodlamadr. Kodlama u aamalardan oluur. 1- Orijinal grnty(ekil6.3.1) nce tele daha sonra orijinal grntden telenmi grnty kar ve fark grntsn(ekil6.3.3) olutur. 2- Orijinal, telenmi ve fark grntlerine ait histogramlar elde et.(bkz. ekil6.3.2 ve ekil6.3.4) 3- ekil 6.3.4teki histogram grafiini piksellerin grntdeki bulunma sklklarna veya olaslklarna gre tekrar dzenle.(ekil6.3.5) 4- ekil 6.3.6daki gibi huffman aac izilir. Bir huffman aac her kolda iki dm olacak ekilde 5 ve 6 maddelerinde belirtilen kurallara gre oluturulur. 5- Aacn en yksek olasla sahip dalndan balamak zere tm dallara soldakilere 1 sadakilere 0 olacak ekilde deer ata. 6- Son adm olarak, aataki konumlarna gre birbirine bitiik bitleri belirle. Buradan da her bir piksele ait huffman kodunu elde et.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

47

ekil6.3 huffman koduyla kodlanm saysallatrlm bir gs rntgenine(512 x 512 x 8) aittir. Yksek sktrma oranna sahip kaypsz bir sktrma gerekletirilmek isteniyorsa, ilk olarak run-length kodlamas daha sonra ise huffman kodlamas kullanlmaldr.

ekil6.3-1- deki grnt saysallatrlm bir gs rntgenine aittir. 2- deki grnt ise orijinal grntnn histogram grafiine aittir. 3- te telenmi ve fark alnm grnt, 4- te fark alnm grntnn histogram grafii, 5-te yeniden dzenlenmi histogram grafii, 6-da fark alnm grntye ait kodlarn huffman aac vardr. Fark alnm grntnn histogram grafii 56 gray seviyesine(5 nolu grnt) sahiptir. 57 nolu koldaki dm, solda 2 nolu dmden(gray seviyesi:26), sada ise 1 nolu dmden(gray seviyesi:66) olumaktadr. Her birinin olu skl 1e eittir. Bu durumda 57 nolu koldaki dmn olu skl 2dir. 109 nolu koldaki dm, solda

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

48

106 nolu ve sada 56 nolu dmden(gray seviyesi: 0) olumaktadr. telenip fark alnm grntnn sktrma oran yaklak olarak 2.1:1dir.

ekil6.3.6 6.4. ki Boyutlu Geri Dnsz(Kaypl) Grnt Sktrmas Geri dnsz sktrma, bir dnm domeninde tanmlanr ve bu yzden de bu tipten sktrmalara dnm kodlamas ad verilmektedir. Dnm kodlamasnn ilk aamas orijinal grnty bir dnm fonksiyonuyla dnm uzayna tamaktr. (Fourier, Hadamard, Cosine, Karhunen-Loeve ve Wavelet.)Grnt dnm uzayna tandnda belli bal katsaylar elde edilir. Elde edilen katsaylar nce kuantalanr daha sonra ise kodlanarak sktrlm grnt oluturulur. Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

49

6.4.1. Blok Sktrma Teknikleri En popler blok sktrma teknii 2 boyutlu ayrk kosins dnmn kullanan JPEG standarddr. Bu standart 4 admda incelenirse, 1- 2 boyutlu ayrk kosins dnm(DCT) 2- Bit yerleim(atama) tablosu ve kuantalama 3- DCT(Discrete Cosinus Transform-Ayrk Kosins Dnm Kodlamas) 4- Bilgi ierii(Entropi) Kodlamas 6.4.1.1. 2D leri Ynl Ayrk Zamanl Kosins Dnm(DCT) leri ynl ayrk zamanl kosins dnm aslnda fourier dnmnn zel bir durumudur. Bu dnm grnt sktrma iin etkili bir yntemdir. nk zaman domeninde geni bant geniliine sahip bir fonksiyon, frekans domeninde daha kk bir bantta toplanr. Dnmde sinyalin veya fonksiyonun enerjisi korunmaktadr. Bu yzden leri ynl DCT dier sktrma tekniklerine kyasla grnt kalitesini bozmadan daha yksek oranlarda sktrma salar. Orijinal grntye f(j,k) ait ileri ynl DCT aadaki gibi tanmlanabilir.

Ters DCT dnm ise,

eklinde tanmlanabilir. (6.1) ve (6.2) denklemlerinde

Ve grnt boyutu N x Ndir. Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

50

6.4.1.2.Bit Yerletirme Tablosu ve Kuantalama 8 x 8lik bir bloun 2D ileri ynl DCTsinden 64 tane DCT katsays elde edilir. Bu katsaylarn enerjileri, dk frekans bileenlerinde toplanmaktadr. Yksek bir sktrma oran elde etmek iin, istenen grnt kalitesinde katsaylar kuantalanmaldr. Bunu yaparken, orijinal grntye ait katsaylardan dn verileceinden veri kayb sz konusudur. DCT katsaylarnn F(u,v) kuantalama ilemi aadaki denklemle salanabilir.

(6.3) denkleminde Q(u,v) kuantalayc basamak boyu, NINT ise en yakn tamsay fonksiyonudur. Kuantalayc basamak boyunu belirlerken bir bit atama tablosu kullanlr. Tablo B(u,v) fonksiyonu ile temsil edilirse,

Burada, |F(u,v) | kosins dnm katsaysnn genlik deeri, K ise sktrma orann belirleyen reel saydr. Dnme tabi olmu grntdeki her bir piksel B(u,v) tablosunda yalnz bir deere karlk gelir. Tablodaki her bir deer dnme uram grntye ait deerleri temsil etmektedir. Tablodaki deerler arttrlp azaltlarak sktrma miktar ayarlanabilir. rnein, bir piksel (p,q) noktasnda bulunsun ve bu noktadaki piksel deeri F(p,q)= 3822 ise, B(p,q)=11.905 + Kdir(6.4 denkleminden). Eer K =0.095 olarak seilirse, B(p,q)=12.0(3822 deerini saklamak iin 12 bit kullanlr.) dier tarafta K=-0.905 seilirse B(p,q)=11 olacaktr, bu da F(p,q) fonksiyonunun 11 bit ile sktrlaca demektir. (6.4), (6.3)e bal olarak yeniden yazlrsa

elde edilir. F(u,v), dnme uram grntye ait katsay; Fq(u,v) kuantalanm deer, (m,n) ise u0 ve N-1v iin |F(u,v) |nn ald maksimum deerin koordinatdr. Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

51

B(m,n), bit toplama tablosundaki bit saysna karlk gelmektedir. Bu formlle, F(u,v) ye bal olarak normalize edilmitir. Fq(u,v), F(u,v)nin yaklak deeridir. nk (6.4)te tanmlanan denklemde iki fonksiyon K kadarlk bir farka sahiptir. 6.4.1.3. DCT ve Bilgi erii Kodlama 8 x 8lik bir matrise ait blok kodlamasnda F(0,0) DC bileene karlk gelir ve |F(u,v) |nin en byk deerini oluturur. F(0,0)dan balanarak 63 katsay zig-zag kodlamas kullanlarak(ekil6.4) kodlanabilir. ZigZag dizisi, dk frekansl bileenlerin yerini deitirerek entropi kodlamasn kolaylatrr. Blok kodlamann son basamanda ise entropi kodlamas yaplr. Bu basamakta ayrca kaypsz bir sktrma teknii(Huffman, Run Length Kodlama vb.) de kullanlarak daha iyi bir sktrma elde edilir.

ekil6.4 6.4.1.4. Kod Ama ve Ters DCT Dnm Blok sktrlm grnt dosyas aadaki bileenlerden oluan sral bir dosyadr: Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

52

- Bilgi erii(Entropi) Kodlamas - ZigZag dizisi - Bit atama tablosu ve - Kuantalama. Sktrlm grnt dosyas, bit atama tablosu kullanlarak kodlanr. Bit atama tablosu 2 boyutlu FA(u,v) dizisini oluturmak iin rehber grevi grr. FA(u,v)nn deeri aadaki denklemle hesaplanr.

Denklem(6.6) ayn zamanda denklem(6.5)n ters dnmdr. FA(u,v) fonksiyonu F(u,v) fonksiyonuna yaknsamaktadr. yleyse Denklem (6.2), FA(u,v) fonksiyonuna uygulanrsa fA(x,y) fonksiyonu elde edilir. Bu fonksiyonda geri elde edilmi grntye ait fonksiyondur. FA(u,v) fonsiyonu F(u,v) fonksiyonuna yakn bir deere sahip olduundan FA(u,v)dan geri elde edilen grnt(fA(x,y)) ile orijinal grnt(f(x,y) arasnda farkllklar mevcuttur. Elde edilen sktrma oran kuantalamaya ve entropi kodlamasnn etkinliine baldr. ekil6.5 3D vcut CT grntsnn bir blgesini gstermektedir. Bu blm, 20:1 sktrma oranyla DICOM JPEG standard kullanlarak sktrlmtr. 6.5-3D Grnt Sktrma Teknikleri 3 boyutlu grntleri etkili bir ekilde sktrmak iin grntdeki pikseller arasndaki korelasyonun bilinmesi gereklidir. 3 boyutlu grnty 8e 4lk paralar halinde gruplayarak yaplan sktrma, 2 boyutlu tam-ereve(full frame) DCT sktrmasndan 2 kat daha etkili sonu vermektedir. 3 boyutlu sktrma CT grntlerinde yksek sktrma oranlar salarken MR grntlerinde yksek sktrma oranlarn yeterli dzeyde gerekletirememektedir. DICOM standard grnt sktrmas iin wavelet tabanl sktrma tekniklerini desteklemektedir. Bu sktrma tekniklerinin banda da JPEG ve JPEG2000 standartlar gelmektedir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

53

ekil6.5. A-Orijinal Grnt B-JPEG formatndaki grnt C- A ve B arasndaki fark grnts 6.5.1.Wavelet Sktrmas Grnt dnmleri daima bir baz fonksiyonuna gre yaplmaktadr. rnein kosins dnmnde, temel fonksiyonlar kosins fonksiyonlarna ait serilerdir. Bu dnm sonucunda dnme girmi olan sinyal frekans uzaynda temsil edilmektedir. Wavelet dnmnde ise temel fonksiyonlar operasyonlarla evrilen ve geniletilen ana wavelet fonksiyonlarndan olumaktadr. Tek boyutlu wavelet dnmnde temel fonksiyon matematiksel olarak ana fonksiyon nin geniletilmesinden

ve dntrlmesinden oluturulur.

Bu

foksiyonda

geniletmeye,

ise

dnme(translation)

karlk

gelir.

f(x)fonksiyonunun srekli zaman wavelet dnm aadaki gibi verilebilir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

54

Burada * operatr kompleks elenik ifade anlamndadr. (6.7) denkleminde verilen temel fonksiyon a ve b srekli iken azaltlabilir. Fakat u da mmkndr ki a ve b ayrklatrlarak matematiksel ortonormal temeli oluturulabilir. a ve byi ayrklatrmann bir yolu a=2p ve b= 2pq eklinde kabul etmektir. Bu durumda (6.7) denklemi,

elde edilir. Burada p ve q tamsaylardr. (6.8) deki denklem ise bu durumda,

elde edilir. Burada da p ve q da tamsaydr. (6.10) denklemi wavelet serisi olarak adlandrlmaktadr. Bu gsterimden grlebilir ki dnm hem uzamsal hem de frekans bilgisi tamaktadr. Denklem (6.10), grnt sktrma uygulamalar iin Fourier dnm kullanlarak ayrk forma evrilebilir. 6.5.2. Bir, ki ve Boyutlu Wavelet Dnm 6.5.2.1. Tek Boyutlu (1-D) Wavelet Dnm Tek boyutlu wavelet dnm ok znrlkl kavramlarn analizlerini aklamak iin kullanlr. yle ki m seviyeli bir fm ayrk sinyali olsun. Dzgn bir sinyal elde etmek iin bu sinyal m+1 seviyede h alak geiren filtre ile, detayl bir sinyal( ) elde etmek iin bir yksek geiren filtre(g) ile konvolze edilerek

ayrtrlabilir.(ekil6.7) Mallet tarafndan nerilen piramid algoritmas kullanlarak aadaki denklemler yazlabilir:

(6.11) Burada fm+1 (m+1). seviyedeki normal sinyal, ise ayrntl(detayl) sinyaldir. Fm in toplamna eittir. Bu Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

ierisindeki ayrk noktalarn toplam says, fm+1 ve

55

sebepten fm+1 ve

in her ikisi de denklem 6.11de belirtilen ilemden sonra her bir

veri noktasnda rneklenmek zorundadr.

ekil6.6- 2

Her bir noktadaki rnekleme says

ekil6.7 tek boyutlu f0 frekansna sahip sinyalin 3 seviyeli ayrmasndan elde edilen bileenleri gstermektedir. Yatay eksen orijinal sinyaldeki ayrk noktalarn toplamn, dikey eksen ise ayrma seviyesini(m) gstermektedir. znrlk seviyesi m=3te sinyal , , znrlk seviyelerindeki ayrntl sinyaller ile f3

seviyesindeki przsz sinyalin toplamndan olumaktadr. Orijinal sinyal aadaki denklem ile tekrar elde edilebilir, (6.12)

ekil6.7

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

56

6.5.2.2. ki boyutlu(2D) Wavelet Dnm ki boyutlu wavelet dnmnn ilk seviyesinde x ve y ynlerinde olmak zere toplam 4 adet bileen bulunur. ekil6.8 ve ekil6.9 bir dijital mammogram ve bir sagittal ba MR grntlerine ait 2 seviyeli 2D wavelet dnmn gstermektedir. Her sevide mammogram ile MRI arasnda farkl karakteristikler olduuna dikkat edilmelidir. ekil6.8deki mammogram ile ekil6.9daki MRI grntleri karlatrldnda MRIa ait grntnn her seviyede daha fazla tansal neme sahip verileri koruduu gzlenmektedir.

ekil6.8-A. Orijinal grnt-B.1 seviyeli ayrtrma-C.2 seviyeli ayrtrma-2 seviyeli ayrtrmadan sonra toplam piksel says orijinal grnt ile ayndr.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

57

ekil6.9-A. Orijinal grnt-B. Tek seviyeli ayrtrma-C. 2 seviyeli ayrtrma-Her bir seviyenin sol st kesindeki grnt przsz(smooth) grnty, dierleri ise grnt ile ilgili detaylar gstermektedir. 6.5.2.3. Boyutlu (3-D) Wavelet Dnm 3 boyutlu wavelet dnm 3 boyutlu grntleri sktrmak iin olduka etkili bir yntemdir. Yksek sktrma oranlarnda bile grnt kalitesini korumaktadr. 3-D yntemi 1-D ve 2-D piramit algoritmasndan karlabilir. ekil6.10 fmden fm+1e geiteki tek seviyeli ayrtrma ilemini gstermektedir. x ynndeki her bir izgi yksek(g) ve alak(h) geiren filtrelerden geirilmitir. x ynnde dzgn, detayl bir veri hatt elde etmek iin x ynndeki her voxelden alt rnekler alnmtr. Alnan rnekler y ynnde alak ve yksek geiren filtrelerden geirilmitir. Bu ilemi de y ynnde alt rnekler alnmas takip etmitir. Son olarak ayn ilemler z ynnde de gereklenmitir. Sonu olarak sinyal, fm+1 ve lerden oluan 8 bileene sahiptir. Bu

bileenlerden sadece bir tanesi alak geiren filtreden geirilir ve bu bileen dk frekanslardaki verileri tutar, geriye kalan 7 adet bileen ise en az bir kez yksek geiren filtreden geirilir ve e ait 3 farkl ynde(x,y,z) detayl bilgiler elde edilir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

58

6.6.DICOM Grnt Sktrma Standartlar DICOM, DCT ve Huffman kodlamasn temel alan JPEGin kaypl ve kaypsz versiyonlarn desteklemektedir. 2000 ylnda eklenen JPEG 2000, wavelet temelli bir sktrma tekniini kullanmakta ve yine dier JPEGler gibi kaypl ve kaypsz sktrma yapmaktadr. JPEG 2000 sktrmas yaplm bir veriyi DICOM format altnda gndermek iin transfer sz dizimine(syntax) JPEG 2000e ait UID deeri 1.2.840.10008.1.2.4.90 yazlmaldr.

x ynnde y ynnde z ynnde

ekil6.10 KOD JPEG Grnt Sktrmas RLE sktrmas JPEG-LS Grnt Sktrmas JPEG 2000 Grnt Sktrmas MPEG2 Grnt Sktrmas AIKLAMA Huffman kodlamasyla birlikte sral blok DCT'yi temel alr. Kaypl ve kaypsz olabilir. Siyah-Beyaz grnt veya grafikler iin kullanlr. Srekli ton durgun grntlerin kaypsz veya kaypsza yakn olacak ekilde saysal sktmasn gerekletirir. Kaypl ve kaypsz sktrma iin wavelet dnm metodunu kullanr Hareketli resimlerin veya videolarn ses ile ilikilendirilerek gereklenddii bir video sktrma standarddr. Tablo6.1

Tablo6.1de DICOM formatnda kullanlan sktrma teknikleri ve bunlarn ne tip grntlerde kullanld verilmitir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

59

7.TARTIMA Yaplan alma, mini-PACS uygulamas gerekletirmek iin temel

saylabilecek bilgileri vermektedir. Buradaki i ak diyagramlar kullanlarak PACS uygulamalar iin gelitirilecek olan programlarn algoritmalar ok rahat bir ekilde karlabilir. almada bahsi geen grnt sktrma teknikleri kaypl ve kaypsz olacak ekilde incelenmitir. Kaypl sktrma yksek sktrma oranlar salamasna karn veri kayb sz konusu olduundan pek tercih edilmez. nk yksek sktrma sonucu elde edilen grntler doru tehis konmasn engeller. Kaypsz sktrma teknikleri ise veride kayp yapmadklar iin tercih edilmektedirler. Fakat burada da yksek sktrma oranlar gereklenememektedir. Ancak JPEG2000 wavelet tabanl sktrma ile kaypsz olarak 8:1 e kadar sktrma oranlarna ulamaktadr(Grnt arka plan olduka iyi seilmise). Sonu itibariyle hastanelerde iyi bir PACS entegrasyonu salamak iin DICOM standardnn ve dier bilgi sistemlerinin(RIS, HIS) birbirleriyle olan ilikisini ok iyi kurmak gerekir.

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

60

KAYNAKLAR ALIKAN, Kerem. DICOM nedir . http://www.keremcaliskan.com/wp

content/uploads/2009/09/dicom.pdf (E.T. 07.04.2010) ALIKAN, Kerem. Medikal Grnt Sktrma, DICOM ve PACS. (E.T.

http://www.keremcaliskan.com/medikal-goruntu-sikistirma-dicom-ve-pacs/ 07.04.2010) GIBAUD, Bernard. A Brief Overview.Molecular

Imaging:Computer

Reconstruction and Practice, Springer(Ed.)(2008)229-238. 2008. s.5-12 GOERINGER F., LECKIE R. U.S. Millitary Medicine PACS,Tele Medicine and Personal Digital Assisted Devices.Radiologic Society of North America 81st Scientific Assembly and Annual Meeting.25 Kasm- 1 Aralk 1995.s 1-7 HUANG, H.K. PACS and Imaging Informatics-Basic Principals and Applications. 2.Basm. Kanada: John Wiley&Sons Inc.,2010,s.219-251 HUANG,H.K. ,a.g.e., s.273-287 HUANG,H.K.,a.g.e., s.175-214 KARLIK, Sait Eser. Uluda niversitesi Elektronik Mhendislii Blm Haberleme Alar Ders Notlar,2010,s.105. KILIN, Mesut. PACS. http://www.turkmia.org/files/67.pdf(E.T. 02.05.2010) SCHMIEDL Udo.P, ROWBERG H. Alan. Picture Archiving and Communication Systems, 1990, s.7-8 ULA Mustafa, BOYACI Aytu. PACS ve Medikal Grntlerin Saysal Arivlenmesi,2005,s.3 YILDIRIM, Pnar. PACS Analizi. 2. Ulusal Tp Biliimi Kongresi/Medical Informatics 05 Turkey,2005,s.3-4 http://www.draligus.com/1642-Bilgisayarli-Tomografi-BT-CT-Nedir.html (E.T. 15.05.2010) Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer

61

http://www.adelphisystems.com/ms-gateway/turkish/diagnosis/mri/index.html (E.T. 10.05.2010) http://www.mumcu.com/html/print.php?sid=111 (E.T. 10.05.2010) http://www.agmgoruntuleme.com.tr/pet.asp (E.T. 30.04.2010) http://www.datamed.com.tr/pacs_angora_pacs.html (E.T. 29.04.2010) http://www.pacs.gen.tr/pacstarihcesi.php (E.T. 20.02.2010) http://www.dclunie.com/dicom-status/status.html#BaseStandard2001 (E.T. 12.12.2009) http://medical.nema.org/ (E.T. 11.10.2009)

Zafer ALIKAN B.Sc.Electronics Engineer