Uvedba genomske selekcije v slovensko govedorejo na primeru rjave pasme

doc. dr. Gregor Gorjanc in sodelavci
Biotehniška fakulteta, Oddelek za zootehniko Katedra za znanosti o reji živali

Rodica, 30. november 2012

Projekt
• CRP „Konkurenčnost Slovenije“ obdobje 2011-12 • Vir sredstev
– Javna agencija za raziskovalno dejavnost RS (ARRS) – Ministrstvo za kmetijstvo in okolje (MKO)

• Projektna skupina
– – – – – – doc. dr. Gregor Gorjanc prof. dr. Drago Kompan prof. dr. Milena Kovač doc. dr. Klemen Potočnik mag. Marko Čepon mag. Jurij Krsnik

Teme
• Predstavitev projekta (Gorjanc)
– uvod – rezultati

• Pomen rezultatov (Potočnik)
– predlog spremembe rejskega programa – mednarodna vpetost – pomen nacionalne selekcije

• Sklepi in diskusija

Fenotip = Genotip + Okolje

V praksi poznamo le …

Genotip

Okolje

Genotipska vrednost

Fenotip

Odstopanje zaradi okolja

Fenotipska vrednost

Plemenska vrednost (PV)
Skupni učinek genov, ki se prenaša na potomce Ocenjujemo na podlagi podobnosti med sorodniki

Preizkus na potomcih
C

...

Točnost
(korelacija med ocenjeno in pravo PV)

h2
Točnost (r)

Število potomcev

Povprečje PV staršev

Viri informacij

Lastni preizkus

5-6 let Preizkus na potomcih

Genom goveda
• 30 parov kromosomov (29 + 1)

• ~3.000.000.000 baznih parov, ~20.000 genov

Genomski podatki - SNP
• SNP označevalci • Genotipizacija s SNP čipi
– 7.000 (LD) = 1:500.000 – 50.000 (50K) = 1:55.000 – 800.000 (HD) = 1:4.000

• Sekvenca

SNP čipi

AB
AA BB

V praksi poznamo le …

Genotip

Okolje

Genotipska vr. gen + ocena učinka SNP + ocena učinka Fenotip

Odstopanje zaradi okolja

Fenotipska vrednost

Povprečje PV staršev

Viri informacij

SNP genotipi

Lastni preizkus

Preizkus na potomcih

Točnost glede na vir informacij
(korelacija)

• Povprečje PV staršev (ob rojstvu) • Genomska informacija (cca. ½ leta) • Preizkus na potomcih (5-6 let)

~0.6?

~0.8

~0.9

Točnost glede na vir informacij
(koeficient determinacije = korelacija2)

• Povprečje PV staršev (ob rojstvu) • Genomska informacija (cca. ½ leta) • Preizkus na potomcih (5-6 let)

~0.6? 

~0.36?

~0.8 

~0.6

~0.9 

~0.8

Začetki
• Pobuda InterGenomics projekta za rjavo pasmo v letu 2010 v sodelovanju z InterBull centrom • Zveza društev rejcev rjavega goveda pristopi • Genotipiziramo 191 bikov • Kako naprej? • Preučiti možnosti uvedbe genomske selekcije v slovensko govedorejo  CRP

Genotipizacija
• 191 bikov rjave pasme
(nabor večji, a nekaj bikov izpadlo)

• Izolacija DNK in genotipizacija z Illumina BovineSNP50K v laboratoriju Qualitas+ (Švica, Zug)

Razvoj veščin in sodelovanje s tujino
• Mednarodne delavnice
– Salzburg 2008 – Padova 2010

• InterGenomics tehnična skupina (2010-…) • ZDA (Ignacy Misztal, 2010)

• Avstralija (John Hickey, Julius van der Werf, 2011)
• Nizozemska (Piter Bijma, 2011)

Točnost napovedi preko generacij
• Simulacijska študija (rodovnik 10 generacij)
– Gen. 1-5 znane fenotipske vrednosti in SNP genotipi – Gen. 6-10 znani samo SNP genotipi – napoved za Gen. 6-10 z različnimi viri informacij
Geni Rodovniki
SNP

Točnost napovedi preko generacij
• Točnost napovedi (tudi genomskih) preko generacij pada!  Potrebno ohraniti zbiranje fenotipskih podatkov in napovedovati samo za eno generacijo naprej

 Napovedi uporabne samo za bližnje sorodnike

Točnosti glede na vir informacij v primeru selekcioniranih populacij
Preizkus na potomcih

Točnost2

Genomska informacija

Povprečje PV staršev

Odstotek odbranih staršev

Točnosti glede na vir informacij v primeru selekcioniranih populacij
• V primeru selekcioniranih populacij je točnost povprečja PV staršev zelo majhna! Prednost genomske napovedi nad povprečjem PV staršev je v realnih pogojih še večja
• Povprečje PV staršev ~0.6?  (ob rojstvu) • Genomska informacija ~0.8  (cca. ½ leta) • Preizkus na potomcih ~0.9  (5-6 let) ~0.36? ~0.6 ~0.8  ~0

Implementacija na slovenskih podatkih
• Lastnosti mlečnosti (količina mleka, maščob in beljakovin) • Populacija krav rjave pasme v Sloveniji
– obdobje 1997-2011 – 1.342.134 kontrol mlečnosti – 57.760 krav, 79.573 živali v rodovniku – 191 bikov genotipiziranih  uporabljenih samo 183

• InterGenomics rezultati (6.153 bikov)

Metode
• Ustrezne statistične metode z različnimi viri informacij
– NAT = klasični nacionalni obračun (fenotipske vrednosti + rodovniki) – NATss = NAT + SNP genotipi za 183 SLO bike – MT1 = NAT + InterGenomics ocene za 183 SLO bikov – MT2 = NAT + InterGenomics ocene za 399 bikov s potomci v SLO

Validacija napovedi
1997 2007
Celotni set podatkov (preizkus na potomcih) Validacija (35 bikov)

2011

Kalibracija

• Merimo korelacijo2 med napovedano PV in ocenjeno PV na osnovi preizkusa na potomcih
– NAT = napovedi na osnovi rodovnika (povprečja PV staršev) – NATss = NAT + SNP genotipi v SLO – MT = NAT + InterGenomics ocene

Količina beljakovin
(korelacija2 med napovedjo in oceno)

Metoda NAT (Fenotipi + rodovniki) NATss (… + SNP genotipi) MT1 (… + InterGenomics 183) MT2 (… + InterGenomics 399)

Mladi biki (n=35) Teorija Validacija
0.34 0.37 0.31 0.29

0.72
0.55

0.76
0.52

Količina maščob
(korelacija2 med napovedjo in oceno)

Metoda NAT (Fenotipi + rodovniki) NATss (… + SNP genotipi) MT1 (… + InterGenomics 183) MT2 (… + InterGenomics 399)

Mladi biki (n=35) Teorija Validacija
0.26 0.36 0.25 0.28

0.74
0.59

0.83
0.66

Implementacija na slovenskih podatkih
Premajhno število bikov za lasten genomski program! Tudi pri drugih pasmah bo situacija podobna. Možna integracija rezultatov sodelovanja z drugimi rejskimi programi ali konzorciji Trenutno možni obračuni samo za lastnosti mlečnosti, saj na InterBull-u (in posledično InterGenomics-u) sodelujemo le s temi lastnostmi

Pomen rezultatov

Shema sedanjega rejskega programa
POPULACIJA KRAV BIKO. MATI Spremljanje lastnosti - kontrola:
Poreklo, Prireja, Telesne lastnosti, PV(Prireja, …, Agregatni genotip)

Biki v direktnem testu:
Dnevni prirast, Telesne lastnosti, PV Prednikov

PROGENI TEST

AI → OC

Izločitev

Biološki test: ♀ C.E.,Con., Gen. Def. Pitovne in kla. l.: ♂ Kom. & Mes. p. Telesne lastnosti:♀ prvesnice Prireja & Repro.: ♀ Kom. & Mle. p.
PV – Rejski cilji

Naravni pripust

AI biki

Elitni biki

InterBull - MACE
Fenotipi Rodovniki Nacionalne PV

Država A
Rodovniki

MACE:
Mednarodne PV

Mednarodni rodovnik
Fenotipi Rodovniki Nacionalne PV

Država B

Interbull

Uvedba genomske selekcije
• 1. Zbiranje vzorcev
• 2. Genotipizacija (laboratoriji v tujini) • 3. Izračun plemenskih vrednosti

Zbiranje vzorcev – nosna sluznica

Zbiranje vzorcev - številčenje

Zbiranje vzorcev – dlaka

Točnost skozi čas – biki
(koeficient determinacije = korelacija2)
Mlečnost

Dolgoživost

Točnost (R2)

r ~ 0,8

Točnost (R2)

r ~ 0,6

Starost (leta)

Starost (leta)
Reents (2010)

Točnost skozi čas – krave
(koeficient determinacije = korelacija2)
Mlečnost

Dolgoživost

Točnost (R2)

r ~ 0,8

Točnost (R2)

r ~ 0,6

Starost (leta)

Starost (leta)
Reents (2010)

Sprememba rejskih programov
(primer iz Francije, 2009)

• Preizkus na potomcih
– – – – 800 telet 400 lastni preizkus 130 mladih bikov 15 elitnih bikov

• Genomska selekcija
– 2400 telet – 400 lastni preizkus – 80 mladih bikov

 Genetski napredek: ~1x več  Inbriding: ~1/3 manjši porast Podobna sprememba programa tudi v Avstriji, …

“Sprememba” rejskega programa
POPULACIJA KRAV BIKO. MATI Spremljanje lastnosti - kontrola:
Poreklo, Prireja, Telesne lastnosti, PV(Prireja, …, Agregatni genotip)

Biki v direktnem testu:
Dnevni prirast, Telesne lastnosti, PV Prednikov

PROGENI TEST

AI → OC

Izločitev

Biološki test: ♀ C.E.,Con., Gen. Def. Pitovne in kla. l.: ♂ Kom. & Mes. p. Telesne lastnosti:♀ prvesnice Prireja & Repro.: ♀ Kom. & Mle. p.
PV – Rejski cilji

Naravni pripust

AI biki

Elitni biki

Potrebni pogoj
(velikost referenčne populacije)

Preizkus na potomcih Genomska napoved (vsaj cca. 1000 – 2000 bikov)

Goddard in sod. (2009)

Potrebni pogoj
• Število bikov v Sloveniji je omejeno  Povečati število genotipiziranih bikov preko izmenjave
(s tem dobimo „samo“ genotipe)

• Slovenija sodeluje v InterBull obračunih samo z lastnostmi mlečnostmi  Povečati nabor lastnosti
(s tem dobimo še fenotipske vrednosti)

InterBull - InterGenomics
Fenotipi
Rodovniki Nacionalne GPV SNP genotipi Rodovniki

Nacionalne PV

GBLUP
Mednarodne PV

Skupna referenčna populacija
SNP genotipi Fenotipi Nacionalne GPV Nacionalne PV

MACE:
Mednarodne PV

Mednarodni rodovnik

Rodovniki

Interbull

InterBull - GMACE
Fenotipi
Rodovniki Nacionalne GPV SNP genotipi Rodovniki

Nacionalne PV

GMACE:
Mednarodne PV

Država A
Skupna referenčna populacija
SNP genotipi Fenotipi Nacionalne GPV Nacionalne PV

MACE:
Mednarodne PV

Mednarodni rodovnik

Rodovniki

Država B

Interbull

Mednarodna vpetost
• Rjava pasma 191 bikov
(SLO, AUT, DEU, CHE, ITA, FRA, USA)

• Črno bela pasma 192 bikov
– „Severna Amerika“ (USA, CAN, GBR, ITA) – EuroGenomics (DEU, NLD, FRA, DNK+SWE+FIN, SPA, POL) – Ostale države (IRL, CZE, BEL, …)

• Lisasta pasma ???
– DEU+AUT+CZE+HUN? – ITA – CRO

Mednarodna vpetost - odgovornosti
• Priznane rejske organizacije
– Management pri povezovanju – Koordinacija rejcev – Vložek v implementacijo

• Druge priznane organizacije
– Priprava strokovnih podlag za strokovne rešitve – Izvedba metodološko zahtevnejših nalog

• Potrebne upravljaljske in strokovne kompetence

Pomen nacionalne selekcije?

Beljakovine, +3

Som. celice, -0.8 Dolgoživost, +0.2

Plodnost, -0.6

Pomen nacionalne selekcije?
• Evropa v preveliki meri uvaža „genetiko“ iz ZDA
– izboljšana prireja – poslabšana plodnost

• Izzivi za Slovenijo
– implementirati genomsko selekcijo v praksi – spodbuditi promet s tujino? – ohraniti slovensko rjavo pasmo

Implementacija GS
• Več možnosti
– Kontrola rejske organizacije – RP
• Ženska in moška stran • Močna povezanost med rejci • Zasledovanje skupnih ciljev

– Prepuščeno trgu
• Rejci se dogovorijo s posameznimi ponudniki (tujina) • Prosta trgovina s plemenskimi živalmi • Zasledovanje “posameznih” – “tujih” ciljev

Strokovno upravičena implementacija GS
• Z nacionalnega vidika - kontrola RP - vložki v začetni fazi + dolgoročno velik kapital plemenskih živali + ohranjanje genetske pestrosti • Kako v praksi?
– V začetku vložek za uvedbo
• Genotipizacija + vzpostavitev rutine

– prihodnja leta
• Dogovor med rejci in PRO

Dogovor med rejci in PRO
• Potencialni plemenjaki
– OC financira GPV – OC & rejeci: dogovor glede odkupa odbranih bikcev

• Potencialne plemenice
– Rejec financira GPV – BM dogovor med rejcem in PRO – Realnejša vrednost teličke v primeru prodaje ali odločitve za nadaljnjo rejo

Dogovor in sprememba RP!!

Sklepi
• Genomska informacija omogoča zgodnejše napovedi z „zadovoljivo“ točnostjo (rezultati so uradni) • Uporaba večjega števila bikov na kmetiji za omejitev tveganj • Zbiranje fenotipskih podatkov se mora nadaljevati • Nujna vpetost v mednarodno okolje
– izmenjava genotipov med državami/konzorciji – sodelovanje pri InterBull obračunih z več lastnostmi

Projekt
• CRP „Konkurenčnost Slovenije“ obdobje 2011-12 • Vir sredstev
– Javna agencija za raziskovalno dejavnost RS (ARRS) – Ministrstvo za kmetijstvo in okolje (MKO)

• Projektna skupina
– – – – – – doc. dr. Gregor Gorjanc prof. dr. Drago Kompan prof. dr. Milena Kovač doc. dr. Klemen Potočnik mag. Marko Čepon mag. Jurij Krsnik

Genetski napredek
ΔG = (i × r × σa) / g • i – intenzivnost selekcije
– 50 % odbranih  i ~ 0,8 – 5 % odbranih  i ~ 2,0

• r – točnost plemenskih vrednosti
– povprečje staršev  r = 60 % za sklop mlečnosti – preizkus na potomcih  r = 95 % za sklop mlečnosti

• σa – standardni odklon plemenskih vrednosti • g – generacijski interval

Genetski napredek - govedo
• Večja intenzivnost selekcije po moški strani ΔG = (i♂ × r♂ + i♀ × r♀) / (g♂ + g♀) • Mladi biki – povprečje staršev ΔG = (2 × 0,60 + ~ 0) / (2 + 2) = 0,30  90 kg? (problem pristranosti pri bikovskih materah!!!) • Preizkus na potomcih ΔG = (2 × 0,95 + ~ 0) / (6 + 2) = 0,24  72 kg

Dosedanji dosežki
110
Laktacija 305 dni Mleko, kg Beljakovine, kg Maščoba, kg Beljakovine, % Maščoba, %

Standardizirana PV 100 105

95

Lisasto govedo, SLO
1990 1995 Leto 2000 2005

Genetski napredek - govedo
• Večji genetski napredek – Mladi biki – povprečje staršev ΔG = (2 × 0,60 + ~ 0) / (2 + 2) = 0,30  90 kg? – Preizkus na potomcih ΔG = (2 × 0,95 + ~ 0) / (6 + 2) = 0,24  72 kg
– GS mladi biki ΔG = (2 × 0,80 + ~ 0) / (2 + 2) = 0,40  120 kg – GS mladi biki + “bikovske” matere ΔG=(2 × 0,80 + 0,8 × 0,80) / (2 + 2) = 0,56  168 kg

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful