Metode selanjutnya untuk mengetahui kandungan senyawa dalam sampel dengan identifikasi menggunakan pereaksi spesifik.

yakni sampel yang telah ditotolkan pada lempeng kemudian dimasukkan dalam chamber yang telah berisi eluen sesuai profil KLT yang yang telah diperoleh. Setelah terelusi, lempeng diangkat dari chamber. Selanjutnya lempeng disemprot dengan pereaksi spesifik. Pengujian alkaloid menggunakan dragendroff pada dasarnya menggunakan sifat dasar alkaloid yang reaktif terhadap logam berat. Dalam hal ini, pereaksi dragendroff mengandung logam berat Pb (timbal). Bukti keberadaan alkaloid dalam sampel terutama dengan melihat adanya perubahan warna orange jingga pada bercak noda setelah terjadi reaksi antara sampel dan pereaksi dragendroff. Pada pereaksi dragendroff, alkaloid akan bereaksi dengan timbal menyebabkan senyawa alkaloid teroksidasi hingga terjadi perubahan warna ke orange jingga. Senyawa flavonoid termasuk jenis metabolit sekunder yang banyak ditemukan pada tumbuhan dengan memperlihatkan keanekaragaman struktur yang tinggi, baik sebagai kerangka karbon maupun gugus fungsi yang sekaligus memberikan sifat bioaktivitas yang beraneka ragam. Pereaksi AlCl3 ini dapat membentuk kompleks tahan asam antara gugus hidroksil dan keton yang bertetangga dan membentuk kompleks tak tahan asam dengan gugus orto sehingga dapat digunakan untuk mendeteksi kedua gugus tersebut. Gugus OH pada C3 dan C5 pada flavon dan flavonol akan membentuk kompleks yang stabil dengan adanya AlCl3. Sebaliknya kompleks yang terbentuk antara AlCl3 dengan gugus orto dihidroksi bersifat labil sehingga dengan penambahan asam akan terdekomposisi. Sedangkan kompleks antara AlCl 3 dengan C-4 keto dan 3 atau 5 OH tetap stabil dengan adanya asam. Tersubtitusinya gugus OH pada senyawa flavonoid menunjukkan adanya senyawa flavonoid yang berflouresensi kuning.

Senyawa fenolik meliputi bermacam senyawa yang memiliki ciri yaitu berupa senyawa aromatis. Beberapa senyawa yang termasuk dalam golongan fenolik antara lain fenol sederhana, lignin, antrakinon, flavonoid, tanin, dan fenil propanoid. Fenol sederhana memiliki kelarutan yang terbatas dalam air dan bersifat asam. Identifikasi senyawa fenol secara umum dapat menggunakan FeCl 3, di mana akan dihasilkan larutan berwarna merah, violet, atau merah-ungu. Triterpenoid adalah senyawa yang kerangka karbonnya berasal dari enam satuan isopren dan secara biosintesis diturunkan dari hidrokarbon C30 asiklik yaitu skualen. Senyawa ini berstruktur siklik yang nisbi rumit, kebanyakan berupa alkohol, aldehid, atau asam karboksilat. Uji yang banyak digunakan adalah reaksi Liebermann-Burchard (anhidrida asetatH2SO4 pekat) yang dengan kebanyakan triterpen dan sterol memberikan warna hijau-biru. Sterol atau steroid adalah triterpenoid yang kerangka dasarnya cincin siklopentana perhidrofenantren. Senyawa sterol pada tumbuhan disebut dengan fitosterol, yang umum terdapat pada tumbuhan tinggi adalah sitosterol, stigmasterol, dan kampesterol . Dari percobaan yang telah dilakukan didapat hasil bahwa sampel coklat mengandung senyawa kumarin dan alkaloid, sedangkan sampel keji beling mengandung flavonoid dan steroid.