LEZIONE I

INTRODUZIONE ALLA BIOLOGIA MOLECOLARE: STRUTTURA E FUNZIONI DEL DNA

Dott. Paolo Cascio

QUALI SONO LE BASI MOLECOLARI (BIOCHIMICHE) DEI CARATTERI MORFOLOGICI OSSERVATI (ES. QUESTE MALATTIE SONO CAUSATE DALL’ASSENZA DI UN ENZIMA SPECIFICO NORMALMENTE SINTETIZZATO DA UN GENE PRESENTE NEGLI INDIVIDUI SANI. DA QUI L’IPOTESI DEL “UN GENE. QUALI SONO E DOVE SONO MATERIALMENTE LOCALIZZATE NELLA CELLULA LE UNITA’ RESPONSABILI DELLA TRASMISSIONE DEI CARATTERI EREDITARI? MOLTI CARATTERI EREDITARI DAL SONO DI MALATTIE METABOLICHE REAZIONI CARATTERIZZATE BLOCCO DETERMINATE CHIMICHE. FORMA ALI)? 2.1. COLORE OCCHI. UNA PROTEINA”: AD OGNI GENE CORRISPONDE UNA PROTEINA E VICEVERSA .

LE CELLULE CONTENGONO ANCHE UN ALTRO TIPO DI ACIDO NUCLEICO: L’ACIDO RIBONUCLEICO (RNA). L’RNA E’ LOCALIZZATO: 1 .NEL CITOPLASMA 2 .NEL NUCLEO IN PICCOLI GRANULI (NUCLEOLI) NOMENCLATURA BASI AZOTATE E NUCLEOSIDI: BASI ADENINA PURINICHE GUANINA CITOSINA PIRIMIDINICHE TIMINA URACILE NUCLEOSIDI ADENOSINA GUANOSINA CITIDINA TIMIDINA URIDINA .PRINCIPALI COMPONENTI DEI CROMOSOMI: 1) 2) ACIDO DESOSSIRIBONUCLEICO (DNA) ISTONI: PICCOLE PROTEINE BASICHE CHE NEUTRALIZZANO L’ACIDITA’ DEL DNA.

PER LIMITARE QUESTA DIMINUZIONE DI ENTROPIA (CHE E’ TERMODINAMICAMENTE SFAVORITA) LE MOLECOLE NON POLARI VENGONO ESCLUSE DALLA FASE ACQUOSA E FORMANO DEGLI AGGREGATI (IN MODO.ORGANISMI DIVERSI PRESENTANO NEL LORO DNA DIVERSE QUANTITA’ DELLE QUATTRO BASI AZOTATE. CHE IL RAPPORTO SUPERFICIE-VOLUME DIMINUISCA). SI DETERMINA QUINDI UNA DIMINUZIONE DELL’ ENTROPIA DEL SISTEMA. UN GRUPPO NON POLARE NON PUO’ ACCETTARE O DONARE LEGAMI IDROGENO. . LA QUANTITA’ DI ADENINA E’ SEMPRE IDENTICA A QUELLA DI TIMINA E QUELLA DI GUANINA A QUELLA DI CITOSINA IL NUMERO TOTALE DI BASI PURINICHE A QUELLO NEL DNA E’ BASI APPROSSIMATIVAMENTE PIRIMIDINICHE UGUALE DELLE NATURA DELLE FORZE IDROFOBICHE EFFETTO IDROFOBICO E’ IL NOME ASSEGNATO A QUELLE INTERAZIONI CHE CONTRIBUISCONO A DIMINUIRE I CONTATTI CON L’ACQUA DELLE SOSTANZE NON POLARI E DELLE SOSTAZE ANFIPATICHE. CIOE’. PER RECUPERARE L’ENERGIA DEI LEGAMI H PERSI. LE MOLECOLE D’ACQUA SULLA SUPERFICIE IDROFOBICA SI ORIENTANO A FORMARE UN RETICOLO (STRUTTURE A CLATRATI).

P 0.33nm 0.33nm P 0.6nm P .I FOSFATI E GLI ZUCCHERI SONO SOLUBILI IN ACQUA MENTRE LE BASI SONO IDROFOBICHE. DI CONSEGUENZA TRA LE BASI SI VIENE A CREARE UNO SPAZIO DI 0.27 nm DOVE PUO’ INSERIRSI DELL’ACQUA.27nm 0. NELLE CATENE POLINUCLEOTIDICHE LA DISTANZA TRA DUE DESOSSIRIBOSI ADIACENTI E’ DI 0.6 nm.

P P P P P P 0.UN PRIMO MODO PER RIDURRE I CONTATTI DELLE BASI CON L’AMBIENTE RICCO D’ACQUA DELLA CELLULA E’ QUELLO DI FORMARE DEI LEGAMI CON LE BASI DI UN’ALTRA CATENA POLINUCLEOTIDICA.6nm P P 18nm .

IN MODO CHE LE BASI INTERAGISCANO TRA LORO CON INTERAZIONI DI TIPO IDROFOBICO TRA LE NUVOLE ELETTRONICHE DEGLI ANELLI AROMATICI P P P P .LO SPAZIO FRA LE BASI ADIACENTI PUO’ ESSERE ELIMINATO FACENDO RUOTARE L’ASSE DELLE CATENE ZUCCHERO-FOSFATO DI 30 GRADI.

• IL DIAMETRO DELLA DOPPIA ELICA E’ DI 2.IL DNA ASSUME UNA CONFORMAZIONE AD ELICA E NON A “GRADINATA” PERCHE’ IN QUESTO CASO SI VERREBBERO A CREARE DEI CONTATTI INACCETTABILI TRA GLI ATOMI DELLE BASI SOVRAPPOSTE. PER QUESTO MOTIVO LA DOPPIA ELICA COMPLETA UN GIRO APPROSSIMATIVAMENTE OGNI 10.37 nm.6°. OGNI COPPIA DI BASI INCREMENTA LA LUNGHEZZA DELL’ELICA DI 0. • IN CIASCUNA CATENA I NUCLEOTIDI ADIACENTI SONO RUOTATI L’UNO RISPETTO ALL’ALTRO DI 34. • CIASCUN GIRO DELLA DOPPIA ELICA SI ESTENDE PER 3.40 nm (PASSO DELL’ELICA). .33 nm.4 COPPIE DI BASI. TALI CONTATTI VENGONO FACILMENTE ELIMINATI ATTRAVERSO UNA LEGGERA ROTAZIONE IN SENSO ORARIO DELLE BASI IMPILATE CARATTERISTICHE DELLA DOPPIA ELICA DI DNA-B: • ELICA DESTRORSA.

CONFORMAZIONE A LE MOLECOLE DI RNA A DOPPIO FILAMENTO E LE MOLECOLE IBRIDE DNA-RNA NEL DNA B LE BASI GIACCIONO VICINO ALL’ASSE DELL’ELICA. INVECE. MENTRE NEL DNA A SONO SPOSTATE VERSO L’ESTERNO INOLTRE NEL DNA A LE BASI SONO INCLINATE DI CIRCA 20° RISPETTO ALL’ASSE DELL’ELICA.HANNO.FORMA CHE IL DNA ASSUME IN CONDIZIONI DI BASSA UMIDITA’ 2.SULLA SUPERFICIE DEL DNA SONO PRESENTI DUE SOLCHI: IL SOLCO MAGGIORE E QUELLO MINORE DNA A: 1. I DUE SOLCHI SONO SIMILI. .NELLA CELLULA IL DNA E’ SEMPRE PRESENTE NELLA FORMA B INTERCALATA DA BREVI SEQUENZE IN CONFORMAZIONE A 3.

LA FORMAZIONE A LIVELLO DEL SOLCO MINORE DI PONTI H CHE STABILIZZANO LA STRUTTURA L’RNA NON PUO’ MAI ASSUMERE LA CONFORMAZIONE B PERCHE’ L’OSSIDRILE IN 2 DEL RIBOSIO IMPEDISCE STERICAMENTE LA FORMAZIONE DI QUESTA STRUTTURA LA STRUTTURA A DOPPIO FILAMENTO FORNISCE UN MODELLO SEMPLICE ED ELEGANTE PER SPIEGARE LA CAPACITA’ DEL DNA DI DUPLICARSI. LA REPLICAZIONE DEL DNA E’ SEMICONSERVATIVA: DURANTE UN CICLO DI REPLICAZIONE CIASCUNO DEI DUE FILAMENTI E’ USATO COME STAMPO PER LA SINTESI DI UN NUOVO FILAMENTO COMPLEMENTARE.LA FORMA B DEL DNA E’ FAVORITA IN AMBIENTE ACQUOSO PROBABILMENTE PERCHE’ TALE CONFORMAZIONE NON PERMETTE L’ACCESSO DELL’ACQUA NELL’INTERNO IDROFOBICO DELLA MOLECOLA E PERMETTE. INVECE. AGENTI DENATURANTI: 1 2 CALORE pH < 3 >10 .

I CROMOSOMI SONO FORMATI DA UN’UNICA MOLECOLA DI DNA ALLA QUALE SONO ASSOCIATE MOLTEPLICI PROTEINE CHE CONCORRONO A MANTENERNE LA STRUTTURA E A REGOLARE L’ESPRESSIONE GENICA DIMENSIONI CROMOSOMA: FAGO T7 E.000.000.000 PAIA DI BASI MOLTI BATTERI CONTENGONO PLASMIDI: PICCOLE MOLECOLE DI DNA CIRCOLARE CHE CONTENGONO ALCUNE MIGLIAIA DI PAIA DI BASI. CONFERISCONO RESISTENZA AGLI ANTIBIOTICI EPISOMI: SI INTEGRANO NEL CROMOSOMA BATTERICO.000 PAIA DI BASI 80. PLASMIDI A CONTROLLO RILASSATO: PLASMIDI A CONTROLLO STRINGENTE: 10-100 PER BATTERIO 1-2 PER BATTERIO I PLASMIDI SONO FACILMENTE PURIFICABILI E IN PRESENZA DI Ca++ I BATTERI CAPTANO I PLASMIDI IL DNA CIRCOLARE RILASSATO PUO’ FORMARE UNA MOLECOLA A SUPERAVVOLGIMENTO NEGATIVO . PLASMIDI NON TRASFERIBILI: NON SI INTEGRANO NEL CROMOSOMA BATTERICO. Coli MAMMIFERI 40.000 PAIA DI BASI 4.

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