5.2.4. Nucleotide Nucleotidele sunt monomerii, unitatile structurale ce formeaza acizii nucleici.

Nucleotidele sunt esterii fosforici ai nucleozidelor, rezultate prin esterificarea gruparilor OH din pozitia C-5ale pentozei cu acid fosforic. Nucleotidele pot fi mono-, di- sau tri-fosforilate. Gruparile fosfat atasate la carbonul 5 al pentozei sunt marcate ca fiind , si fosfat. Denumirea nucleotidelor ce contin riboza se formeaza din denumirea nucleozidului la care se adauga termenele de acid si mono-, di-, trifosforic. De exemplu acidul adenozin5-monofosforic (prescurtat AMP), 5-difosforic (prescurtat ADP) sau 5-trifosforic (prescurtat ATP). In cazul nucleotidelor care contin deoxiriboza, denumirea este analoaga cu diferenta ca se adauga prefixul dezoxi-, iar in fata numelor prescurtate litera d. De exemplu acid dezoxiadenozin-5-monofosforic, prescurtat dAMP. In prescurtarile nucleotidelor litera din mijloc arata gradul de fosforilare adica daca nucleotida respectiva este mono-, di- sau tri-fosforilata: Nume Fosfatii ribonucleotidici Acid Adenozin mono-, di-, trifosfat Acid Guanozin mono-, di-, trifosfat Acid Citidin mono-, di-, trifosfat Acid Uridin mono-, di-, trifosfat Fosfatii dezoxiribonucleotidici Acid deoxiadenozin mono-, di-, trifosfat Acid deoxiguanozin mono-, di-, trifosfat Acid deoxicitidin mono-, di-, trifosfat Acid deoxitimidin mono-, di-, trifosfat Notare prescurtata AMP, ADP, ATP GMP, GDP, GTP CMP, CDP, CTP UMP, UDP, UTP dAMP, dADP, dATP dGMP, dGDP, dGTP dCMP, dCDP, dCTP dTMP, dTDP, dTTP

O alta modalitate de a denumi nucleotidele, mult mai rar folosita, este de adaugare a sufixului ilic la denumirea bazei azotate, de exemplu acid citidilic, acid adenilic, etc. Prin aceasta denumire se intelege insa, doar forma monofosforilata. Nucleotidele in care se afla 3 grupari fosfat sunt incorporate atat in ADN sau ARN, dar si in structura unor cofactori cum sunt CoA, FAD, FMN, NAD sau NADP. In celule nucleotidele se afla sub forma ionica, astfel incat daca urmam riguros regulile chimice atunci acestea ar trebui reprezentate sub forma lor ionica. De exemplu acidul acidul adenozin-5-mono-, di-, sau trifosforic ar trebui notat ca AMP2-, ADP3-, si ATP4-. Pentru simplitate insa nu se folosesc aceste notatii.

O reprezentare sistematica a componentelor care alcatuiesc structura unei nucleotide, este:

ADP si ATP sunt entitati macroergice, bogate in energie, a caror energie chimica este utilizata de organisme pentru indeplinirea a variate functii. Astfel hidroliza unei legaturi dintre primul rest fosforic si cel de al doiea , sau dintre al doilea rest si al treilea, conduce la eliberarea a 7000 9000 kcal/legatura. Si alte nucleotide sunt macroergice dar cele principale sunt ATP si ADP.

Gruparea fosfat se poate atasa la cele doua pentoze prin legaturi fosfoesterice si in celelalte pozitii cu grupari OH disponibil: la riboza in pozitiile C-2si C-3 iar la deoxiriboza in pozitia C-3. Aceste forsforilari in pozitii suplimentare conduc la diferiti derivati ai nucleotidelor cu roluri determinate in diferite organisme, care insa nu sunt cunoscute in totalitate. De exemplu se pot forma nucleotide ciclice prin formarea legaturii fosfodiesterice in pozitiile 3 si 5 ale aceleiasi nucleotide. cAMP si cGMP merita o deosebita atentie deoarece sunt implicate ca regulatori universali in metabolismul intracelular. De asemenea adenozin difosfat ciclica a fost intalnita in procesele in care este implicata coenzima NADP.

Adenozin monofosfat ciclic (cAMP)

Adenozin difosfat ciclic (cADP)

In concluzie nucleotidele pot fi considerate unii dintre cei mai importanti metaboliti ai celulei. Pe langa functia lor primara de monomeri ce alcatuiesc acizii nucleici, ADN si ARN, indeplinesc si numeroase alte functii in interiorul celulei: Servesc ca surse de energie in reactiile cu transfer de fosfat, reactii predominant intermediate de ATP; Formeaza o parte din cateva coenzime importante in activitatea celulei: NAD+, NADP+, FAD si coenzima A; Servesc ca mediatori in numeroase procese celulare, de exemplu ca mesageri secundari ai unui semnal; Mesagerul secundar predominant este AMP-ciclic (cAMP), un derivat ciclic al AMP format din ATP. Controleaza numeroase reactii enzimatice prin efecte alosterice asupra activitatii enzimatice; Servesc ca intermediari activi in numeroase reactii biosintetice. Un astfel de intermediar este S-adenozilmetiona (S-AdoMet sau SAM) implicat in reactiile de 3

transfer a radicalului metil precum si a numeroase glucide cuplate la nucleotide implicate in sintezele de glicogen si glicoproteine. 5.3. Structura, proprietai i rolul biologic al acizilor nucleici Acizii nucleici reprezinta lanturi polinucleotidice formate legarea mai multor nucleotide in mod recurent prin unitatile glucidice si fosfat formand un lant lung cu bazele iesind in afara. Cu alte cuvinte, polinucleotida este formata prin conectarea glucidelor de la 5 a unei pentoze la 3a celei urmatoare prin intermediul unei grupari fosfat. Aceasta legatura -5-3-5-3-leaga nucleotidele intr-o secventa liniara, ce reprezinta o coloana vertebrala a acizilor nucleici. In mod obisnuit o polinucleotida este simplu reprezentata printr-o sageata care porneste de la capatul 5 in stanga spre capatul 3 in dreapta: Acizii nucleici, acidul deoxiribonucleic (ADN) si acidul ribonucleic (ARN), formeaza o echipa care supravegheaza si realizeaza constructia a zeci de mii de proteine necesare organismelor vii in contextul activitatii fiecarei celule. ADN-ul este materialul genetic universal care contine instructiunile pentru constructia celorlalte componenete celulare. Cantitatea de ADN raportata la nucleul celular este o constanta a fiecarei specii si de asemenea procentul molar al bazelor in cadrul moleculei de ADN. Pe langa cele patru baze azotate majore (A, G, T, C), in anumite tipuri de ADN se gasesc derivati metilati ai acestor baze cunoscute ca baze minore. Acizii nucleici poseda structura primara, structura secundara si structura tertiara. Structura primara a ADN se refera la modul in care sunt aranjate (secventa) bazele azotate in lantul polinucleotidic. Secventialitatea bazelor azotate confera moleculei de ADN proprietatea de a stoca si transmite caracterele ereditare. S-a demonstrat ca, conform asa numitelor reguli ale lui Chargaff:

 bazele purinice si cele pirimidinice se gasesc in cantitati echimoleculare, astfel incat A/T = 1, G/C = 1. In ADN, numarul de baze constitutive care au in pozitia 6 grupari amino este egal cu numarul de baze care au in pozitia 6 grupari cetonice. Raportul A+T/G+C variaza dupa natura speciei si are valori de exemplu de 0,45 2,7 la bacterii, 0,94 la grau, 1,77 la alge verzi unicelulare si 0,66 la om. Aceste valori au condus la ipoteza ca macromolecula de ADN nu este formata doar dintr-un singur lant polinucleotidic. Utilizand datele obtinute prin difractia de raze X a cristalelor de ADN, James Watson si Francis Crick au propus un model al structurii secundare a ADN. Acest model, confirmat ulterior arata ca ADN-ul este format din doua lanturi antiparalele complementare, rasucite elicoidal spre dreapta in jurul unei axe comune de simetrie. Lantul antiparalel va fi directionat evident in sens invers de la 5 spre 3.

Datele conforme regulilor lui Chargaff arata ca la construirea macromoleculelor de ADN exista o regula stricta de asezare reciproca a bazelor: adenina si timina respectiv citozina si guanina. Interactia intre perechile de baze se face prin legaturi de hidrogen, 2 intre adenina si timina si 3 intre citozina si guanina:

Perechea de baze A-T

Perechea de baze G-C

Bazele sunt in interiorul helixului aliniate la un unghi de aproape 900 fata axa relativa a helixului, cu planurile ciclurilor in pozitii orizontale, reciproc paralele. O spirala a helixului este formata din 10 mononucleotide si are o inaltimea (pasul) de 3,4 nm deci inaltimea fiecarei nucleotide pe directia axiala este de 0,34 nm, iar diametrul este de 2nm. Aceasta forma a dublului helix Watson-Crick este numita forma B.

Reprezentarea schematica a ADN-ului dublu helix, dupa Watson si Crick

Pe langa legaturile de hidrogen, la stabilitatea sistemului mai participa legaturi Van der Waals, dipol-dipol sau hidrofobe ce se stabilesc intre lanturi. De asemenea cele doua lanturi sunt plectonemice, adica pot fi separate numai prin desrasucirea dublului helix. Structura tertiara se refera la modul superior de aranjare a dublului helix, in super helixuri circulare (duplex covalent inchis) de tip A, in molecule ciclice deschis de tip B, in forme combinate A+B, fie in complecsi ai ADN cu proteine formand cromatina si cromozomii.

In virusi, bacterii, mitocondrii, cloroplasti sau alte organisme inferioare, ADN-ul are structuri liniare sau ciclice, in timp ce in celulele eucariote structura acestuia este mult mai complexa. Structura dublu helicoidala a ADN este esentiala pentru intelegerea mecanismului de replicarea acestuia. Diviziunea celulara este esentiala pentru un organism in crestere si dezvoltare si atunci cand o celula se divide, ADN-ul trebuie sa se replice si sa transmita caracteristicile la cele doua celule fiice. In timpul replicarii cele doua lanturi ale ADN intai se separa si apoi pentru fiecare lant separat se formeaza un lant complementar, proces catalizat de ADN polimeraza si ligaza. Aceasta enzima catalizeaza formarea lantului complementar prin legarea bazei corecte la baza pereche din lantul original. In acest mod baza din lantul originar dicteaza ce baza urmeaza la noul lant si se formeaza astfel o copie perfecta a ADN-ului originar.