‫החוג להנדסה פרמצבטית‬

‫קורס ביוכימיה ‪50022‬‬
‫שנה ב' סמסטר א'‬
‫מרצה ד"ר תמר גילון‬
‫חדר מ‪164-‬‬
‫‪tamargi@jce.ac.il‬‬
‫‪1‬‬

‫העקרונות והתהליכים המולקולאריים משותפים‬
‫לכל צורות החיים‪:‬‬
‫• אותן אבני בניין [שומנים סוכרים חלבונים ‪DNA‬‬
‫‪]..‬משמשות את כל עולם החי‪ ,‬מחיידקים ועד בני אדם‪,‬‬
‫לבניית מולקולות ביולוגיות‪.‬‬
‫• מעבר המידע הגנטי ‪  RNA  DNA‬חלבון‬
‫נעשה באותה דרך בכל האורגניזמים‪.‬‬

‫• ‪,ATP‬נוקלאוטיד‪ ,‬מטבע האנרגיה האוניברסאלי‬
‫במערכות ביולוגיות‪ ,‬נוצר בדרכים דומות בכל צורות‬
‫החיים‪.‬‬
‫• התא מוקף בממברנה שומנית‪.‬לקלוט דברים מבחוץ‬
‫וירוס אינו תא כי אינו מסוגל להתרבות‬

‫‪2‬‬

‫מטרת הקורס‪ :‬הכרת מבנה‪ ,‬תפקיד‬
‫ומטבוליזם של ביומולקולות‪.‬‬

‫נושאי הלימוד‪:‬‬
‫‪ .1‬חלבונים‪.‬‬
‫‪ .2‬חלבונים קושרי חמצן‪ :‬המוגלובין ומיוגלובין‪.‬‬
‫‪ .3‬אנזימים‪ :‬מבוא וקנטיקה‪.‬‬
‫‪ .4‬אנזימים‪ :‬מנגנוני פעולה‪.‬‬
‫‪ .5‬סוכרים‬
‫‪ .6‬ביואנרגטיקה ומבוא למטבוליזם‪.‬‬
‫‪ .7‬גליקוליזה‪.‬‬
‫‪ .8‬מעגל החומצה הציטרית‪.‬‬
‫‪ .9‬זרחון חמצוני‪.‬‬
‫‪ .10‬מבנה הממברנה והעברת חומרים דרכם‪.‬‬
‫‪ .11‬נוקלאוטידים וחומצות גרעין‪.‬‬

‫‪3‬‬

whfreeman. www. Biochemistry sixth Edition (2007) By Jeremy M. www. Berg. fifth Edition (2008) by David L. W. W. Tymoczko. Michael M. H. Lubert Stryer. Lehninger Principles of Biochemistry.com/lehninger 2. Freeman & Co.‫ספרות עזר‬ 1. H. Freeman & Co. Nelson.com/stryer/ 4 .whfreeman. John L. Cox.

Large molecules 3 In living organisms there are four major types of biological macromolecules: Lipid 5 Lipids .

‫מבנה ותפקיד של חלבונים‬ ‫‪Proteins‬‬ ‫‪ Proteios‬ביוונית ‪ -‬מהמעלה הראשונה‬ ‫‪6‬‬ .

‬‬ ‫בקרה על גדילה והתמיינות‪.‬‬ ‫העברת חומרים ואחסונם (חמצן‪ .‬כרומוזומים)‪.‬קרטין)‪.‬ברזל)‪.‬‬ ‫יצירת אותות עצביים והעברתם‪.‬‬ ‫‪7‬‬ .‬‬ ‫תמיכה מכאנית (קולגן‪ .‬‬ ‫הגנה חיסונית (הבחנה בין עצמי ולא עצמי)‪.‬‬ ‫תנועה (תאים‪ .‫החלבונים פועלים בתחומים רבים ומגוונים‪:‬‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫קטליזה אנזימתית (זירוז לפחות פי מליון)‪.‬שרירים‪ .

‫מהווים כ‪ 50%-‬ממשקלו היבש של התא‪[ .‬אמינו‬ ‫• מה קובע את המבנה והתפקיד המיוחדים לכל חלבון?‬ ‫ה‪ R -‬וע"פ ה‪DNA‬‬ ‫‪8‬‬ .‬‬ ‫חלבוניםמים]‬ ‫שאינם‬ ‫לכל חלבון מבנה ותפקיד מורכב ושונה מזה של‬ ‫חלבונים אחרים‪ .‬הערכה שבגוף האדם בין ‪ 80-90‬אלף‬ ‫חלבונים‪.‬מתוך ‪30%‬‬ ‫הם מקרומולקולות בעלות תפקידים חיוניים‪.‬‬ ‫• מה מייחד את החלבונים משאר חומרי הטבע?‬ ‫הם בנויים מחומצות אמינו‬ ‫• מדוע הם כלולים בקבוצה אחת? כי יש להם מכנה משותף‬ ‫הח‪.

DNA -‬‬ ‫‪9‬‬ .‬‬ ‫רצף החומצות האמיניות נקבע על פי האינפורמציה‬ ‫הנמצאת ב‪.‫מבנה החלבון נקבע על פי רצף החומצות האמיניות‬ ‫המרכיבות אותו‪.

‫אמינו אך הן לא מרכיבות‬.‫יש עוד ח‬ ‫חלבונים‬ ]-[ ‫ללא ה‬ 10 .Amino acids Proteins are made from 20 different amino acids (monomeric units) Amino acids have carboxyl and amino groups—they function as both acid and base.

‬‬ ‫‪11‬‬ .‫חומצות אמיניות – אבני הבניין של החלבונים‬ ‫באורגניזמים חיים מצויות חומצות אמיניות בקונפיגורציה ‪L‬‬ ‫כדי ליצור איזומר צריך לשבור את הקשרים ויצור מחדש‬ ‫‪ D‬במקרים נדירים ‪.

12 .‫פולרית אבל לא טעונה‬ 7= PH These hydrophylic amino acids attract ions of opposite charges.Amino acids can be classified based on the characteristics of their R groups to Four groups.

Large molecules 3 Hydrophylic amino acids with polar but uncharged side chains form hydrogen bonds ‫הידופילי‬ 13 .

Large molecules 3 Hydrophobic amino acids ‫הידרופובי‬ 14 .

‫‪Large molecules‬‬ ‫‪3‬‬ ‫סימטרית והכי‬ ‫קטנה‬ ‫יש אפשרות לחימזור‬ ‫טבעת עם‬ ‫הקבוצה‬ ‫האמינית‬ ‫‪15‬‬ .

‫מצב היוני של ח' אמינית משתנה לפי ה‪pH-‬‬ ‫ב‪ 7‬מתוך החץאמינו יכולה‬ ‫לעבור דהפרוטונציה‬ ‫דהפוטונציה‪-‬הוצאה של הפרוטון‬ ‫‪16‬‬ .

‬‬ ‫מטען שווה אפס‬ ‫בתנאי שה‪ R‬לא עובר‬ ‫יוניזציה‬ ‫‪Pi‬זהו ה‪ PH‬שסה"כ‬ ‫המטענים שווה אפס‬ ‫‪17‬‬ .‫בסביבה ניטרלית חומצות אמיניות נמצאות בדרך‬ ‫כלל בצורה הדו‪-‬יונית (צוויטריון)‪.

‫יוניזציה של הקבוצה הצדדית )‪ (R‬של החוחצה‬ ‫אמינית היסטידין ‪ ph‬עולה ההיסטידין מאבד‬ ‫פרוטון‬ ‫‪18‬‬ .

‫ערכי ה‪ pKa-‬של‬ ‫קובצות צדדיות‬ ‫הניתנות לינון‬ ‫בחלבונים‬ ‫‪19‬‬ .

3‬הקשר המחבר חומצות אמיניות זו לזו נקרא קשר פפטידי(קש‬ ‫אמידי)‪.1‬ניתן לחבר חומצות אמיניות זו לזו‪.‬‬ ‫‪ .2‬כאשר מספרן של חומצות האמיניות המחוברות גדול (גדול‬ ‫מ‪ )30-‬התוצר הינו פוליפפטיד‪(-‬אם הוא פעיל אז נקרא חלבו‬ ‫‪ .)1-20.4‬קשר פפטידי נוצר על ידי חיבור קרבוקסיל הקשור לפחמן ‪‬‬ ‫להאמין הקשור לפחמן ‪ ‬של חומצה אמינית אחרת‪.‬‬ ‫בתהליך בו יוצאת מולקולה של מים‪.‫פפטידים ‪ /‬חלבונים‬ ‫‪ .‬המבנה שלהם יותר גמ‬ ‫בגלל שהם קטנים‬ ‫‪.‬‬ ‫‪20‬‬ .30‬התוצר נקרא פפטיד‪ .‬‬ ‫כאשר מספר החומצות האמיניות המחוברות זו לזו קטן‬ ‫(עד ‪ .

‫ראיקצית יצירת קשר פפטידי‬ ‫נוצר דיפפטיד‬ ‫באפור זהו הקשר‬ ‫הפפטידי ‪C-N‬‬ ‫(קבוניל ‪C+O‬וחנקן‬ ‫אמין ‪)H+N‬‬ ‫ביצירת מושקעת אנ'‬ ‫אקטיבציה‬ ‫לשבור את הקשר‬ ‫ומשתחחרת אנ'‬ ‫איבדת מימן‬ ‫הריאקציה הזו‬ ‫קוראת בעזרת אנזים‬ ‫‪21‬‬ .

‫לפפטידים ולחלבונים יש כיווניות‬ ‫יש קצה אמיני וקצה קרבוקסילי‬ ‫‪Leu‬‬ ‫‪Ala‬‬ ‫‪Tyr‬‬ ‫‪Ser Gly‬‬ ‫‪22‬‬ .

‫יחידה של חומצה אמינית בשרשרת פוליפפטידית‬ ‫נקראת – שייר )‪(residue‬‬ ‫שלד פחמני‬ ‫חוזר על עצמו לכן נקרא שלד‬ ‫קבוצות צדדיות‬ ‫כאשר מתבצעת הידרוליזה השרשרת מה שנותר נקרא השייר‬ ‫[מלשון מה שנשאר]‬ ‫‪23‬‬ .

‬‬ ‫הוא מישורי ואינו מאפשר חופש תנועה סביבו‪.‬‬ ‫לםחמן ולחנקן יש קשר כפול ולכן יותר‬ ‫חזק ויש קיבוע למישור מסויים שלא‬ ‫קורה קשר יש קשר יחידי‬ ‫ה‪" O‬לקחת‬ ‫לעצמו" את‬ ‫ה אלקטרון‬ ‫מאוד לאקטרושלילי‬ ‫יותר מה‪ N‬ולכן‬ ‫רזטננס‬ ‫‪24‬‬ .‫הקשר הפפטידי הוא בעל אופי של קשר כפול חלקי‬ ‫המבנה האלקטרוני הנוצר מקנה קשיחות לקשר הפפטידי‪.

‫הקשר הפפטדי הוא מישורי‬ ‫‪y‬‬ ‫זווית הפיתול בין‬ ‫פחמן אלפא לבין‬ ‫פחמן‬ ‫‪f‬‬ ‫יכול‬ ‫להסתובב‬ ‫זווית‬ ‫הפיתול בין‬ ‫חנקן לפחמן‬ ‫יכול‬ ‫להסתובב‬ ‫‪25‬‬ .

‬‬ ‫נוצר בין שני שיירי ציסטאין באותה שרשרת או בשתי‬ ‫שרשרות שונות‪.‬אמינו הזו מקיימת קשר דיסולפידי‬ ‫במבנה ‪4+ 3‬‬ ‫ציטין‬ ‫ציסטיאין‬ ‫‪26‬‬ .‫קשר צילוב דיסולפידי )‪(S-S Bond‬‬ ‫קשר קוולנטי נוסף שיכול להתקיים בשרשרת פוליפפטידית‪.‬רק הח‪.

‫מפות רמצ'נדרן )‪(Ramachandran diagrams‬‬ ‫הפרעה מרחבית לא יכול לקרות‬ ‫ירוק כהה איזור‬ ‫מועדף‬ ‫‪27‬‬ .

‫מבנים משנים מועדפים לפי מפות‬ ‫רמצ'נדרן‬ .

‬אמינו‬ ‫‪29‬‬ .‬‬ ‫סדר גודל של פפטיד או‬ ‫קטע מתוך הפוליפפטיד‬ ‫מבנה ראשוני‬ ‫ח‪.‫ארבע רמות ארגון בחלבונים‬ ‫מבנה ‪2‬‬ ‫מבנה ריבעוני‬ ‫מבנה שלישוני‬ ‫שמור לאותם חלבונים שיותר‬ ‫משרשרת פוליפפטידית אחת‬ ‫הדרושה ליצור אותם‬ ‫מבנה תלת מימדי של‬ ‫כל השרשרת בעל איזור‬ ‫ים עם מבנה שיניוני וגם‬ ‫ללא מבנה שניוני‬ ‫מבנה תלת מימד ולרוב‬ ‫מתייחסים אליהם‬ ‫כקטעים חוזרים‬ ‫בחלבון ומה שמחזיק‬ ‫אותן זה הקשרי מימן‪.‬אמינו‪+‬ח‪.

‬‬ ‫‪Ser Gly Tyr Ala Leu‬‬ ‫‪30‬‬ .‫מבנה של חלבונים‬ ‫מורכבים מחומרים אורגניים ולא אורגניים‬ ‫לכל חלבון מבנה מרחבי אשר בו מותנית פעילותו‪.‬רצף זה נקרא המבנה הראשוני‬ ‫של החלבון‪.‬‬ ‫כיצד נוצר מבנה זה?‬ ‫מבנה התלת מימדי של החלבון נובע מרצף החומצות‬ ‫האמיניות הבונות אותו‪ .‬‬ ‫(קונפורמציה הארגון המרחבי של הקובוצות במולקולה)‪.

‫מבניים שניונים הם מבנים מרחביים ידועים‬ ‫(מקומים) החוזרים על עצמם‬ ‫הדוגמאות הנפוצות ביותר למבניים שניוניים הם‪:‬‬ ‫‪ (1‬סליל ‪ )-Helix) ‬כמו במפה‬ ‫‪ (2‬מבני ‪(b conformations)  b‬כמו במפה‬ ‫‪ (3‬כיפוף ‪(b turn)  b‬‬ ‫‪31‬‬ .

‬מימן בין‬ ‫‪32‬‬ .‫סליל ‪)-helix( ‬‬ ‫מבנה דמויי קנה‪ .‬השרשרת הפוליפפטידית העיקרית‬ ‫נמצאת בחלק הפנימי והקבוצות הצדדיות פונות כלפי חוץ‬ ‫‪ 18‬חומצות אמינו יוצרות ‪ 5‬סיבובים‬ ‫המרכז‬ ‫אינו חלול‬ ‫האטומים‬ ‫תופסים‬ ‫את החלל‬ ‫שמצוייר‬ ‫כמו ב‪D‬‬ ‫קו מקווקו‬ ‫מסמן‬ ‫ק‪.

Ri+4‬‬ ‫הרבה ח‪.‬אמינו שטעונות חיובי יכולות לשבור את מבנה הסליל‬ ‫‪33‬‬ .‫סכימה של קשרי מימן בסליל ‪‬‬ ‫קבוצת ‪ CO‬של שייר ‪ Ri‬יוצרת קשר מימן עם‬ ‫קבוצת‬ ‫‪ NH‬של שייר ‪.

‫סליל ‪ ‬ימני ושמאלי‬ ‫איזומר ‪D‬‬ ‫איזומר ‪L‬‬ ‫תערובת של ‪ L‬ן‪ D‬אינן יכולות‬ ‫ליצור סליל‬ ‫‪34‬‬ .

‬‬ ‫‪35‬‬ .1‬קרטינים ‪ -‬משמשים לחיפוי ומגן (נוצות‪ .‬‬ ‫מבנה סופר – הליקס המורכב משני (או שלולש)‬ ‫סלילי ‪.‬‬ ‫‪ .‬שיער‪ .‬צמר)‪.2‬מיוזין ‪ -‬חלבון השריר (תפקיד חשוב בהתכווצות שריר)‪.‫חלבונים סיביים בעלי מבנה סליל ‪ ‬מאד גמישים‬ ‫(נמתחים עד פי ‪ 2‬מאורכם)‬ ‫‪  .4‬פיברינוגן ‪ -‬ממלא תפקיד בתהליך קרישת הדם‪.‬‬ ‫‪ .3‬אפידרמין ‪ -‬ממרכיבי העור‪.‬‬ ‫‪ .

‬קרטינים‬ ‫‪36‬‬ .‫מבנה שניוני ושלישוני ורבעוני של ‪ .

‬‬ ‫‪37‬‬ .‫פריטין – חלבון מאכסן ברזל‪ .‬מורכב רובו‬ ‫מצרור של סלילי ‪.

‫מבנה השערה‬ ‫‪38‬‬ .

‫הביוכימיה של סלסול שיער‬ ‫‪39‬‬ .

‫גורמים המשפיעים על ארגון שרשרת‬ ‫פוליפפטידית כ‪  -‬הליקס‬ ‫• האינטראקציות של קבוצות ‪ R‬המרוחקות ‪4 -3‬‬ ‫מקומות ברצף הליניארי‪.R -‬‬ ‫•‬ ‫נוכחות ‪.‬‬ ‫• המטען החשמלי של קבוצות ‪( R‬מידת היינון‬ ‫תלויה ב‪.)pH-‬‬ ‫• הנפח של קבוצות ‪. Proline‬‬ ‫‪40‬‬ .

‫החומצה האמינית פרולין מונעת יצירת סליל ‪‬‬ ‫‪COOH‬‬ ‫‪H‬‬ ‫‪C‬‬ ‫‪CH2‬‬ ‫‪NH‬‬ ‫‪CH2‬‬ ‫‪CH2‬‬ ‫‪PROLINE‬‬ ‫‪41‬‬ .

‬‬ ‫הקבוצות הצדדיות מעל ומתחת למישור הקפלים‪.‬‬ ‫הנקרא משטח קפלים ‪.‬הנקרא‬ ‫גדיל ‪[.‬בעל סידרה שונה של קשרי‬ ‫מימן[לא בשלד הפחמני אלא עם שרשראות סמוכות]‪.)b strand( b‬במשי וקורי עכביש]‬ ‫יצירת קשרי מימן בין קבוצות קרבוניליות לבין קבוצות‬ ‫אמידיות הנמצאות בשרשרות סמוכות יוצרות משטח‪.‬‬ ‫‪42‬‬ .)b pleated sheet( b‬‬ ‫קשרי המימן מקנים יציבות למבנה‪.‫מבני ‪)b conformation( b‬‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫מבנה מתוח יחסית‪ .‬‬ ‫השרשרת הפוליפפטידית נמצאת במבנה זיגזג‪ .

‬‬ ‫אנטי‪-‬מקביל‪ :‬שרשרות סמוכות נמתחות בכיוונים מנוגדים‪.‬קשרי המימן יותר קרובים מאשר‬ ‫בצורה המקבילה‬ ‫מימנים שקשורים‬ ‫לפחמן אינם בעלי‬ ‫מטען יוצרים קשרי‬ ‫‪ VDV‬ולא קשרי מימן‬ ‫קצה ‪N‬‬ ‫קצה ‪C‬‬ ‫‪43‬‬ .‬‬ ‫קצה ‪N‬‬ ‫קצה ‪C‬‬ ‫מקביל‬ ‫קצה ‪N‬‬ ‫קצה ‪C‬‬ ‫אנטי‪-‬מקביל‬ ‫צורה יותר‬ ‫יציבה‪.‫שתי צורות ארגון של גדילי ‪ b‬ליצירת‬ ‫משטח קפלים ‪b‬‬ ‫מקביל‪ :‬כל השרשרות נמתחות באותו כיוון‪.

‬צהוב הם‬ ‫השיירים‬ ‫קבו' צדדיות‬ ‫גדולות לא יכלו‬ ‫להסתדר‬ ‫בצורת משטח‬ ‫חנקן‬ ‫פחמן‬ ‫קרבוקסיל‬ ‫‪44‬‬ .‫סכמה של משטח קפלים ‪b‬‬ ‫סגול‪.

‫כיפוף ‪(b-Turn) b‬‬ ‫אלמנט מבני הנוצר על ידי קשר מימן בין קבוצת ‪CO‬‬ ‫בשייר ‪ i‬לקבוצת ‪ NH‬בשייר ‪.‬אמינו מסוימות‬ ‫גליצין ופורולין‬ ‫‪45‬‬ .‬‬ ‫הכיפוף נוצר מח‪.i+3‬‬ ‫הקיפול מאפשר היפוך כיוון השרשרת ומבנה קומפקטי‪.

‬בעור‪ .‬בעצמות בשיניים ובשרירים‪.‬‬ ‫נמצא ברקמות חיבור‪ .‬‬ ‫הרבה שיירי פרולין[טבעת]‬ ‫והידרוקסיפרולין [במקור זהו פרולין ‪+‬תוספות]‬ ‫)‪((Hyp‬שייר נדיר)‪.‫סליל הקולגן )‪ – (Collagen‬הסליל המשולש‪.‬‬ ‫נפוץ בבעלי חיים רבים‪.‬‬ ‫מאד שכיח‪ :‬כ‪ 20%-‬מחלבוני גוף העכבר‪.‬‬ ‫מאופיין בקשיות ועמידה בפני מתיחה (עד ‪ 10%‬מאורכו)‪.‬‬ ‫‪46‬‬ .‬‬ ‫מבנה מאוד מאוד קבוע‪ :‬כמעט כל שייר שלישי הוא גליצין‪.

Pro.‬‬ ‫‪47‬‬ .‫ברצף סליל הקולגן‪ Gly.Hyp :‬חוזר‪.

‫מבנה הידרוקסיפרולין בהשוואה לפרולין‬ ‫)‪(Hyp‬‬ ‫‪48‬‬ .

‫מבנה מרחבי של ח' האמינו בסליל הקולגן‬ ‫‪49‬‬ .

‬‬ ‫אין קשרי מימן בתוך הסליל‪ .‬במקום זאת‪ .‬‬ ‫שלושת הגדילים קשורים ביניהם בקשרי מימן‪NH .‬‬ ‫‪50‬‬ .‬כל אחד‬ ‫מהסלילים מיוצב על ידי המבנה המרחבי של טבעות‬ ‫הפרולין וההידרוקסיפרולין‪.‬‬ ‫מורכבת מ‪ 3-‬גדילים הנכרכים זה סביב זה לסופר הליקס‪.‬‬ ‫משרשרת אחת לבין קבוצות ‪ CO‬של שיירים בשרשרות‬ ‫אחרות או עם קבוצת הידרוקסיל של הידרוקסיפרולין‪.‫למולקולת הקולגן צורה דמוית קנה‬ ‫בעלת סליל שונה מסליל ‪.

‫סליל הקולגן‬ ‫שלוש שרשרות מלופפות סביב‬ ‫אותו ציר אורך דמיוני ויוצרות‬ ‫סליל משולש‪:‬‬ ‫‪ 3‬שרשרות מלופפות זו סביב זו‬ ‫מהוות יחידה בסיסית של הקולגן‬ ‫ונקראות טרופוקולגן‬ ‫‪Tropocollagen‬‬ ‫אם יהיה סליל אחד אז החלבון לא‬ ‫יהיה פעיל חייב עוד ‪ 2‬סלילים‬ ‫‪51‬‬ .

‬אמינו גליצין‬ ‫הח‪.‬הכי קטנה‬ ‫רק מימן‬ ‫שרשרת‬ ‫פוליפפטידית‬ ‫מבנה ריבעוני כמה‬ ‫שרשראות יחד‬ ‫‪52‬‬ .‫מבנה מרחבי של סליל הקולגן‬ ‫אדום זוהי‬ ‫ח‪.

‬‬ ‫קבוצות צדדיות לא פולאריות הידרופוביות נמצאות בחלק ה‬ ‫רוב החלבונים נמצאים בציטופלזמה‪.(proteins‬שהשרשרת הפוליפפטידית שלהם מקופלת‬ ‫במבנה דחוס‪.‬החלבונים הפולארים ה‬ ‫בממברנה הצד ההידרופובי פונה החוצה‬ ‫המבנה מעורב‪ :‬סליל ‪ .‬‬ ‫‪53‬‬ .‬‬ ‫רוב הסוגים של החלבונים דמויי פקעת (‪globular‬‬ ‫‪.‬מבנה קפלים ‪ b‬כיפופים ואיזורים‬ ‫בעלי מבנה יחודי‪.‬‬ ‫הנפח הפנוי קטן‪.‬‬ ‫בדר"כ קבוצות צדדיות פולאריות פונות החוצה‪.‫מבנה שלישוני‪ :‬המבנה המרחבי הפעיל של‬ ‫השרשרת הפוליפפטידית‪.

‬בין קטעי סליל ‪ ‬מצויים קטעי ביניים‬ ‫‪54‬‬ ‫בעלי מבנה קבוע ואופייני אך חסר סימטריה‪.‬‬ .‫מבנה תלת מימדי של מיוגלובין‬ ‫מבנה דמוי פקעת‬ ‫במיוגלובין ובהמוגלובין רוב השרשרת היא בעלת מבנה‬ ‫של סליל ‪ .

‬‬ ‫התכונות הללו יעזרו לנו לנקות את החלבון‬ .‬‬ ‫החומצות הטעונות גם הן נמצאות בעיקר על פני‬ ‫השטח ומעורבות ביצירת אינטראקציות של מטענים‬ ‫(גשרי מלח)‪.‬‬ ‫הח' האמיניות הפולריות נמצאות בעיקר על פני‬ ‫השטח ומעורבות ביצירת אינטראקציות פולריות‬ ‫(בעיקר קשרי מימן)‪.‫תכונות החלבון הנובעות מהרכב החומצות‬ ‫האמיניות‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫•‬ ‫שיירים ההידרופובים יוצרים את הליבה של החלבון‬ ‫וכן כיסים הידרופובים על פני השטח‪.

‫הכי הידרופובי‬ ‫סולם‬ ‫ההידרופוביות‬ ‫של ח' אמיניות‬ ‫הכי הידרופילי‬ .

‬‬ ‫המטען נטו שווה אפס‪.‫נקודה איזו‪-‬אלקטרית )‪Isoelectric pH (pI‬‬ ‫נקודה איזואלקטרית או ה‪ pH -‬האיזואלקטרי הוא אותו‬ ‫‪ pH‬שבו סכום המטענים השלילים בחלבון ( או פפטיד)‬ ‫שווה לסכום המטענים החיובים‪.‬‬ ‫רוב החלבונים פעילים בנק זו‬ ‫בדנ"א יש קב פוספט שטעונות שלילית ואליהם נקשרות‬ ‫קב' מול' חיוביות‬ .‬‬ ‫במצב זה החלבון חסר תכונות חשמליות‪.

‬‬ ‫והקב הקרבוקסילית טעונות שלילי ובסביבה חומצי הופכות‬ ‫לנייטרוליות‬ ‫הראשונים לאבד פרוטונים בסביבה חומצית הם הקרבו בקב‬ ‫פפטידים וחלבונים וזו הנק האיזואלקטרית‬ .‫גרף המתאר את הנקודה איזו‪-‬אלקטרית )‪ (pI‬כתלות ה‪pH-‬‬ ‫דהפרוטונציה‬ ‫אמינים של הקב הצדדיות יש להם מטען חיובי בסביבה‬ ‫חומצית‬ ‫איזואלקטריק פוקוסינג‪.

‫‪pKa Values of Amino Acids‬‬ ‫ה‪ PH‬של‬ ‫הקב‬ ‫הצדדית‬ ‫ה‪ PH‬של‬ ‫אמינן‬ ‫ה‪PH‬‬ ‫של‬ ‫קרבו‬ ‫בפפטיד ה‬ ‫‪PK1 ivPK2‬‬ ‫מתבטלים‬ .

What is the pI of LEKAT? Answer: ‫יכולות לעבור‬ The amino acids are: ‫יוניזציה‬ leucine-glutamate-lysine-alanine-threonine The pKa values are as follows: •pKa1 (carboxyl terminal)= 3.1 •pKa2 (glutamate side chain) = 4. •pKa4 (lysine amino group) = 10.0 - - + 60 + .4 •pKa3 (amino terminal) = 8--note that it is different when in a polypeptide.‫ של פפטיד‬pI ‫תרגיל חישוב של‬ 1.

4 (two pH units above pKa2) the second proton is removed and the charge on the polypeptide is now 0.As the pH is increased to 12 (two pH units above pKa4) the forth proton is removed and the charge on the molecule is -2. To find the pI.4 + 8.As the pH is increased to 6. 4.2 61 ‫ מחברים‬7-‫לוקחים את הכי קורבים ל‬ ‫ וזו בערך הנק‬2‫ומחלקים וב‬ ‫האיזואלקטירית‬ .As the pH is increased to 10 (two pH units above pKa3) the third proton is removed and the charge on the molecule is -1. 5.0)/2 = 6. 3. average the two pKa values on either side of the neutral form of the polypeptide. 1. the charge is +2 2.Below pH 2. •(pKa2 + pKa3)/2 = pI •(4.‫המשך פיתרון תרגיל‬ At the pI the net charge of the molecule is zero.As base is added the first proton is removed from the terminal carboxyl group and the charge on the polypeptide is now +1.

‫מוטיב מבני בחלבונים‬ ‫יש קשר חזק בין מבנה‬ ‫המרחבי החלבון לתפקידו‬ ‫נראה הרבה פעמים‬ ‫מוטיבים מבנים שניונים‬ ‫בחלבונים שונים‬ ‫בדוגמא מוטיב אלפא‬ ‫הליקס קצר שנשבר וחוזר‬ ‫שוב אלפא הליקס קצר‬ ‫וחוזר‬ ‫כמו חלבונים‬ ‫שקושרים דנ"א‬ ‫‪62‬‬ .

‬‬ ‫מסומן בחץ‬ ‫‪63‬‬ .‫מספר מוטיבים מבנים פשוטים‪.‬‬ ‫יוצרים מבנה מורכב‬ ‫כמו חבית להעביר דברים‬ ‫דרך הממברנה ‪.‬אזורי קיפול המקשרים‬ ‫ביניהם‪.b .‬חלבונים‬ ‫המשמשים כתעלה‬ ‫בחלבונים קיימים מבני ‪ .

‬‬ ‫החלבון ‪ Cro‬של בקטריופאג' ‪l‬‬ ‫הומודימר )‪ (Homodimer‬מורכב משתי תת יחידות‬ ‫)‪(subunits‬זהות‬ ‫‪64‬‬ .‫מבנה רבעוני‪ :‬מבנה מרחבי של שרשרות‬ ‫פוליפפטידיות שונות שיחד מתחברות לחלבון‬ ‫פעיל אחד‪.

‬נפגעים רק כוחות המייצבים את המבנה‬ ‫המרחבי‪.‬‬ ‫דנטורציה הפיכה )‪– ( Reversible Denaturation‬‬ ‫תהליך מתון בו לא נפגעים קשרים קוולנטיים (המבנה‬ ‫הראשוני נשמר)‪ .‬הגורמים לאובדן הפעילות‬ ‫הביולוגית של החלבון‪.(Renaturation‬‬ ‫‪65‬‬ .‬‬ ‫החזרת התמיסה לתנאים המקוריים מובילה לחזרת החלבון‬ ‫למבנה המרחבי האופייני – רנטורציה (‪.‫דנטורציה ורנטורציה של חלבונים‬ ‫דנטורציה )‪ -(Denaturation‬תהליך בו חלים שינויים‬ ‫במבנה החלבון כתוצאה מחימום או טיפול בחומרים‬ ‫שונים כמו בחומצות חזקות‪ .

‬אך לא לקבלת סליל אקראי‪.‫‪-b‬מרקפטואתנול‬ ‫גורם לחיזור קשרים דיסולפידיים ולפגיעה במבנה‬ ‫המרחבי‪ .‬‬ ‫‪66‬‬ .

‫ריאקצית חיזור קשר דיסולפידי בחלבון‬ ‫על ידי ‪b-mercaptoethanol‬‬ ‫‪67‬‬ .

‬‬ ‫‪68‬‬ .‫חיזור ודנטורציה של ריבונוקלאז‪.

‫ניסוי אנפינסן‪ :‬פרס נובל ‪1972‬‬ ‫חומרים‬ ‫מפרקי‬ ‫קשרי ‪s-s‬‬ ‫המבנה השלישוני מתפרק‬ ‫דיאליזה‪ -‬סילוק החומרים‬ ‫המידע לקיפול החלבון‬ ‫מבוסס על רצף ח‪ .‬האמינו‬ .

‬‬ ‫‪ .NH-‬‬ ‫‪ .‬‬ ‫‪ .‫כוחות המייצבים מבנה של חלבונים גלובולריים‬ ‫‪ .5‬קשרי מולקולת החלבון עם התווך בו היא נמצאת‪.1‬קשרי מימן בין הקבוצות הפפטידיות ‪ CO‬ו‪.2‬קשרי מימן בין קבוצות צדדיות‪.‬‬ ‫‪70‬‬ .4‬קשרים יוניים בין קבוצות צדדיות טעונות‪.3‬אינטרקציות הידרופוביות בין קבוצות צדדיות‪.‬‬ ‫‪ .‬‬ ‫תרומתם של הקשרים ההידרופוביים היא הגדולה ביותר‪.‬שמרביתן נמצאות בתוך החלבון‪.‬‬ ‫רוב החלבונים מכילים ‪ 30-50%‬חומצות אמיניות לא‬ ‫פולאריות‪ .

‬‬ ‫‪ ‬החומצות האמיניות הן אבני הבניין של החלבונים‪.‬‬ ‫‪‬לכל חלבון שרשרת חומצות האמיניות בעלת שלד פחמני‬ ‫המכילה קצה אמיני‪ .‬‬ ‫‪‬הקבוצה הצדדית שונה בכל חומצה אמינית‪ .‬קצה קרבוקסילי וביניהם פחמן ‪‬‬ ‫אליו קשורה הקבוצה הצדדית‪.‬‬ ‫‪ ‬בין חומצות אמיניות באותו פפטיד או בפפטידים שונים‪.‫סכום – חומצות אמיניות והקשר הפפטידי‪.‬‬ ‫יכולים להווצר גם קשרי מימן‪ .‬‬ ‫‪71‬‬ .‬ומקנה לה‬ ‫תכונות אופייניות‪.‬קשרים דיסולפידיים‪.‬‬ ‫ואינטראקציות הידרופוביות‪.‬‬ ‫‪ ‬הקשר בין החומצות האמיניות בחלבון הוא קשר פפטידי‪.

‬העברת אותות‬ ‫עצביים‪ .‬‬ ‫‪72‬‬ .‬‬ ‫כל החלבונים מורכבים מאותן ‪ 20‬חומצות אמיניות‪.‬תמיכה מכאנית‪ .‫סיכום‬ ‫חלבונים הם בעלי תפקידי מפתח ברוב התהליכים‬ ‫הביולוגיים‪ :‬כמעט כל הזרזים במערכות ביולוגיות הם‬ ‫אנזימים‪ .‬‬ ‫חומצות אמיניות נקשרות בקשרים פוליפפטידיים‬ ‫ויוצרות שרשרת פוליפפטידית‪.‬הגנה חיסונית‪ .‬אינטגרציה של מטבוליזם ובקרה של תהליכי‬ ‫גדילה והתמיינות‪.‬‬ ‫תנועה‪ .‬משמשים כמתווכים גם בהעברה ואחסון‪.‬‬ ‫יחידת המבנה הבסיסית – חומצות אמיניות‪.

‫המשך‪-‬סיכום‬

‫לכל חלבון רצף חומצות אמיניות יחודי‪ ,‬הנקבע ב‪.DNA-‬‬
‫הגורם החשוב לפעילות הביולוגית הוא המבנה המרחבי‬
‫של החלבון‪ ,‬הנקבע על ידי רצף החומצות האמיניות‪.‬‬
‫מוכרים מבניים שניוניים של השרשרות הפוליפפטידיות‪,‬‬
‫שלשולה מהם‪ :‬סליל ‪ ,‬משטח קפלים ‪ b‬וסליל הקולגן‪.‬‬
‫מבנה החלבון מיוצב על ידי ואינטראקציות הידרופוביות‪,‬‬
‫קשרי מימן‪,‬קשרים אלקטרוסטים אינטראקציות ואן‪-‬דר‪-‬ואלס‪.‬‬
‫החלבונים הם קבוצה מיוחדת של מקרומולקולות שיכולה‬
‫לזהות באופן ספציפי ולהגיב עם מולקולות שונות‪.‬‬
‫‪73‬‬

‫סליל ‪ - ‬סיכום‬
‫‪ -  .1‬הליקס הינו סוג של מבנה שניוני‪.‬‬
‫‪ .2‬השרשרת הפוליפפטידית מתארגנת כסליל צפוף‬
‫לאורך ציר דמיוני‪ .‬כוונו בדרך כלל ימני‪.‬‬
‫‪ .3‬קבוצות ה‪ R -‬פונות החוצה והמישורים הקשיחים של‬
‫הקשרים הפפטידיים מתארגנים במקביל לציר האורך‪.‬‬
‫‪ .4‬בסיבוב מלא של הסליל מצויות ‪ 3.6‬חומצות אמיניות‬
‫בממוצע‪.‬‬
‫‪ .5‬סך הכל מצויות ‪ 18‬חומצות אמיניות בחמישה סיבובים‬
‫של הסליל‪.‬‬
‫‪74‬‬

‫סליל ‪ – ‬סיכום המשך‬
‫‪ .6‬הסליל מחוזק על ידי קשרים מימניים בין כל חמצן‬
‫קרבונילי של הקשר הפפטידי לבין כל מימן אמיני של‬
‫קשר פפטידי המרוחק ממנו בממוצע ארבע חומצות‬
‫אמיניות‪.‬‬
‫‪ .7‬סלילי ‪-‬קרטנים מוחזקים ביחד ע"י קשרי סולפיד‬
‫)‪ (s- s‬בין השרשרות שנובעות מהימצאות חומצה‬
‫אמינית ציסטאין‪.‬‬

‫‪75‬‬

‬‬ ‫‪76‬‬ .‫מאפינים של גדיל ‪ b‬ומשטח ‪b‬‬ ‫‪ .‬‬ ‫‪ .‬‬ ‫‪ .‬‬ ‫‪ .1‬מבנה גדיל ‪“ b‬פתוח” יותר ממבנה ‪ ‬הליקס‪.4‬קבוצות ה‪ R-‬בולטות מעל ומתחת למשטחים‬ ‫לסירוגין במשטח המונחים זה לצד זה במרחב‪.2‬במשטח ‪ b‬מספר גדילים פוליפפטידים מונחים‬ ‫במרחב זה לצד זה ונראים כמו קפל במשטח‪.3‬קשרי מימן בין ח' אמינו של אותה שרשרת או בין‬ ‫שרשרות שונות מייצבים את המבנה של המשטח‪.

‫המשך ‪ -‬מאפינים של משטח ‪b‬‬ ‫‪ .‬‬ ‫‪ . Ala-‬‬ ‫‪77‬‬ .6‬במבנה ‪ b‬בו השרשרות מונחות קרוב יש שכיחות‬ ‫גדולה של חומצות אמיניות בעלות קבוצה צדדית‬ ‫קטנה כמו ‪ Gly‬ו‪.5‬השרשרות יכולות להיות מקבילות (כיווניות זהה)‬ ‫או אנטי‪-‬מקבילות (כיווניות מתחלפת)‪.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful