You are on page 1of 6

MURTIARNI PUTRI 06101010025 REPLIKASI DNA 2012 06.

27 Replikasi DNA merupakan proses penggandaan / duplikat rantai DNA menghasilkan DNA yang baru. Terdapat tiga hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu : 1. Hipotesis pertama, menyatakan bahwa pada proses replikasi DNA, DNA yang lama akan tetap dan langsung menghasilkan double helix yang baru, disebut dengan konservatif. 2. Hipotesis kedua yaitu, menyatakan bahwa double helix akan terputus – putus dan selanjutnya segmen – segmen tersebut akan membentuk segmen-segmen baru yang bergabung dengan segmen-segmen lama dan akan membentuk DNA yang baru. Hipotesis ini disebut dispersif. 3. Hipotesis ketiga yaitu, menyatakan bahwa dua pita spiral dari double helix akan memisahkan diri dan setiap pita tunggal mencetak pita pasangannya, disebut dengan semi konservatif. Teori mengenai replikasi DNA oleh Watson dan Crick menyatakan bahwa proses replikasi DNA terjadi secara semikonservatif. Hipotesis ini mendapat dukungan kuat dari M.S.Meselson dan F.W. Stahl. Mereka melakukan percobaan dengan menggunakan baktei Escherichia coli sebagai organisme percobaan. Replikasi heliks DNA dimulai dengan pemisahan kedua untaian DNA yang saling melengkapi. Setiap untaian kemudian bertindak sebagai cetakan untuk pembentukan sebuah molekul DNA baru melalui penambahan deoksiribonukleosid trifosfat secara berurutan. Nukleotid yang harus ditambahkan pada setiap tahapan dipilih melalui suatu proses yang mengharuskannya membentuk perpasangan basa komplementer dengan nukleotid berikutnya dalam untaian induk, sehingga dengan demikian membentuk sebuah untaian DNA baru yang saling melengkapi dengan untaian induk. Pada akhirnya informasi genetik diduplikasi secara keseluruhan sehingga terbentuklah dua buah heliks rangkap DNA yang lengkap, masing- masing mempunyai urutan nukleotid yang identik dengan urutan pada heliks DNA induk yang bertindak sebagai cetakan. Karena setiap molekul DNA turunan tersusun dari sebuah untaian asli dan sebuah untaian bentukan baru. Enzim yang berperan dalam proses replikasi DNA : 1. Enzim Helicase Enzim ini berfungsi untuk memotong untaian DNA yang doble heliks pada proses replikasi DNA menggunakan enegi kimia. 2. Enzim topoisomerase Berfungsi untuk membantu helicase untuk memotong untaian DNA dengan mengurangi tegangan untaian DNA. 3. Enzim DNA polimerase Berfungsi untuk memperpanjang untaian DNA baru. 4. Enzim Ligase Berfungsi untuk melekatkan fragmen-fragmen okazaki. 5. Enzim Primerase Enzim yang memungkinkan akses pembentukan RNA primer. Tahapan replikasi DNA : 1. Struktur DNA yang doble helix diputuskan ikatannya oleh enzim DNA helicase membentuk DNA dengan untaian tunggal. Proses awal pemutusan atau titik awal

4. umumnya berpengaruh buruk. Zat-zat kimia reaktif. Struktur DNA tunggal yang terbentuk distabilkan oleh protein-protein pengikat DNA yag disebut Single Srand Biding protein ( SSB ). perbaikan salah pasang ( mismatch repair ). Sebuah mutasi mungkindapat terjadi di bagian tidak penting sehingga tidak menimbulkan pengaruh sama sekali. replikasi ini disebut dengan ORI ( The Origin of Replication ). Enzim polimerase akan memulai replikasi DNA dan akan memperpanjang untaian DNA yang terbentuk. Akibat yang ditimbulkan oleh kesalahan semacam ini bisa besar. Kesalahan-kesalahan dalam replikasi DNA menyebab mutasi. memperbaiki kesalahan-kesalahan yang terjadi ketika DNA disalin. pemeliharaan informasi genetik yang dikode dalam DNA juga menuntut perbaikan kerusakan pada DNA yang ada. dan cahaya ultraviolet dapat mengubah nukleotida dengan cara yang dapat berpengaruh pada informasi genetik yang terkode. sinar X. Enzim ligase kemudian berperan dalam menyambungkan fragmen-fragmen tersebut. emisi radioaktif. Polimerase ini mengoreksi setiap nukleotida terhadap cetakannya begitu nukleotida ditambahkan pada untaian. Bagaimanapun. Dan akan membentuk percabangan untaian struktur DNA ( replication fork ). mutasi ini disebut dengan silent mutasi. jarang sekali mesin replikasi melewatkan beberapa buah nukleotid. satu . karena perubahan sebuah nukleotid tunggal saja dapat menimbulkan pengaruh-pengaruh yang tidak sepele terhadap sel.000 kali lebih umum terjadi suatu tingkat kesalahn sebesar 1 dalam 10. atau memasangkan sebuah T padahal semestinya adalah C.000 pasangan basa. DNA polimerase memenjangkan untaian hanya dalam arah 5’-3’. Salah satu ciri yang paling mengesankan dalam replikasi DNA adalah ketelitiannya. Sedangkan lagging strand harus tumbuh kontinu dengan arah 3’-5’. Biasanya. Helikase pada proses sintesis DNA yang baru akan berikatan dengan enzim primerase untuk memungkinkan akses pembentukan RNA primer.2. DNA polimerase sendirilah yang melakukan perbaikan salah pasang. Selama replikasi DNA. Salah satu mekanisme perbaikan DNA. Dalam proses tersebut terdapat beberapa mekanisme pengoreksi yang bertugas membuang nukleotid yang salah posisi. yang akan terus disalindan di transmisikan ke semua generasi sel berikutnya. akibatnya. Dengan demikian. Setiap perubahan seperti ini dalam urutan DNA adalah sebuah kesalahan genetik disebut mutasi. Selain perbaikan kasalahan replikasi. tergantung dari di bagian mana mutasi telah terjadi. 3. mutasi dalam sebuah gen yang disebabkan oleh berubahnya urutan DNA. Molekul-molekul DNA selalu terancam oleh agen fisis dan kimiawi yang bisa melukai. myngkin menagkibatkan tidak aktifnya protein yang sangat penting dan ini menyebabkan sel yang bersangkutan mati. Para pakar genetika menyakini bahwa gen-gen menentukan struktur setiap protein. leading strand dan lagging strand selama selama replikasi DNA. kebanyakan mekanisme perbaikan DNA rusak memanfaatkan struktur pasangan basa yang dimiliki DNA. Kesalahan pemasangan awal antara nukleotida yang baru masuk dan nukleotida yang sudah ada di untai cetakan 100. atau memasangkan sebuah A padahal seharunya G. 5. atau justru menambahkan nukleotid lebih dari semestinya. 6. Seperti halnya perbaikan salah pasang. karena urutan DNA yang salah secar lugu akan diangga sebagai urutan yang benar. urutan nukleotid dalam sebuah molekul DNA disalin dengan kesalahan kurang dari satu untuk setiap 109 nukleotid yang ditambahkan. yaitu leadding strand ( DNA yang disintesis secara kontinu dan lagging strand (DNA yang disintesis dalam framen yang pendek ( 1-5kb) yang disebut fragmen Okazaki.

Replikasi adalah transmisi vertical (dari sel induk ke sel anak supaya informasi genetik yang diturunkan sama dengan sel induk). tetapi pada 5’ P tidak bisa dilepas karena ketiga P dibutuhkan sehigga tidak ada energy sehingga tidak pernah terjadi sintesis dari 3’-5’. Selain karena kesalahan replikasi. Kedua DNA parental strand bisa menjadi template yang berfungsi sebagai cetakan untuk proses replikasi: Semikonservaative process. DNA polymerase hanya bisa menempel pada gugus OH (hidroksil) dimana gugus OH hanya ada pada ujung 3’ sedangkan ujung 5’ adalah ujung fosfat. Salah satu sumber kesalahan DNA adalah pada kesalahan replikasi yang dipengaruhi oleh berbagai factor. kedua untai induk dipakai sebagai cetakan untuk di replikasi. Perbedaan Replikasi DNA dan Trankripsi DNA Enzim yang berperan dalam proses transkripsi dan replikasi berbeda Pada proses transkripsi. Dan celah yang terbentuk diisi dengan nukleotida-nukleotida yang pasangannya sesuai dengan nukleotida yang terdapat dalam untai yang tidak rusak. genom manusia pada satu sel terdiri sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi secara akurat (persis tidak boleh ada yang salah). Replikasi terjadi dengan proses semikonservatif karena semua DNA double helix. tetapi dari 5’-3’. diantaranya karena kondisi lingkungan dan kesalahan replikasi sendiri sehingga menyebabkan terjadinya mutasi. Replikasi hanya terjadi pada fase S (pada mamalia). Supaya replikasi sel dari generasi ke generasi tidak terjadi kesalahan maka perlu ada repair DNA. excised ) oleh suatu enzim pemotong DNA yaitu Nuklease. Replikasi terjadi sebelum sel membelah dan selesai sebelum fase M. Pada proses replikasi. Primer strand : Pada 3’ dia akan melepaskan 2P dipakai sebagai energy untuk menempelkan. Perbaikan DNA tipe ini disebut perbaikan eksisi ( excision repair ). yaitu DNA polymerase. yang dipakai cetakan hanya salah satu untai DNA(3’-5’) replikasi DNA : sebelum fase mitosis (fase S) dalam siklus sel. enzim yang berperan RNA polymerase. DNA polymerase Pada proses replikasi DNA terdapat enzim sentral. radiasi maupun panas (hal yang dapat menyebabkan mutasi pada DNA pada saat replikasi).segman dari untai yang mengandung kerusakan dipotong habis dan dibuang( dieksisi. Enzim yang terlibat dalam pengisian celah ini adalah DNA polimerase dan DNA ligase. . Hasil replikasi DNA double strand. DNA juga sangat rentan terhadap bahan kimia. transkripsi DNA : terjadi pada saat akan terjadi sintesis protein (ekspresi gen). Pengertian Replikasi DNA Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat. jadi yang menambah selalu ujung 3’.

kemudian ada molekul lain. G2/M sudah selesai Proses replikasi DNA Pertama adanya replication origin. ORI lebih global sedangkan ACS sudah pada sequence (pada urutan basa tertentu). Sifat dari DNA polymerase dia hanya bisa mensintesis DNA dari arah 5’-3’ sehingga pertumbuhan dari 5’-3’ karena penambahan pada ujung 3’. Sehingga pada mamalia ada 30. S proses replikasi. Pada fase G1 persiapan. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga pilinan membuka dengan bantuan helikase. kemudian pembukaan local DNA helix dan adanya RNA primer synthesis. Untuk mereplikasi bila bentuknya terpilin tidak akan pernah bisa sehingga perlu dibuka pilinannya. secara singkat dalam siklus sel : Pada fase G2/M sudah ada 2 copy. Bila membuka pilinan pada salah satu ujung maka ujung yang lain akan semakin kuat pilinannya sehingga perlu daerah tertentu yang dipotong untuk membuka pilinan tesebut yang dilakukan . Bila lokomotif sudah jadi maka akan di-take over oleh DNA polymerase. DNA yang dibutuhkan adalah DNA primase untuk meletakkan RNA pada tempatnya. Pada Proses replikasi di butuhkan titik awal (replication origin) biasa di singkat ORI. dan yang ditambahkan adalah DNA. Ciri kedua: DNA polymerase tidak bisa mensintesis/ menempelkan DNA ke pasangan-nya kalau tidak ada primer (lokomotif). topoisomerase yang memotong pada titik tertentu. Replikasi terjadi pada fase S sedangkan transkripsi bisa terjadi pada fase S atau G1 dimana terjadi sintesis protein maka bisa terjadi transkripsi. Pada mamalia ada beberapa replication origin (replication bubble) yang akan bergabung satu sama lain. Tetapi pada eukariot (mamalia) lebih kompleks tetapi tetap membutuhkan replication origin. Pada bakteri (prokariot) hanya butuh satu titik ORI (origin of replication) sedangkan pada mamalia (eukariot) butuh beberapa ORI karena kalau hanya 1 ORI akan butuh waktu 3 minggu untuk mereplikasi 3 milyard DNA. Origin replication disebut sebagai unique sequence yang merupakan pertanda sebagai tempat proses/titik mulai terjadinya replikasi. juga helikase yang membentuk pre-replicative complex (pre-RC). Saat awal akan di mulainya repliaksi. Ciri lain DNA polymerase: membutuhkan primer. degradasi fosforilasi Cdc6 maka terbentuk bubble replication. Untuk replikasi perlu sequence tertentu yaitu yang disingkat (ACS) merupakan urutan basa yang sangat terjaga karena urutan basa tersebut dikenali oleh protein Origin Recognition Complex (ORC) sehingga bila ORC mengenali sequence maka replikasi dapat dimulai. dimana pada ujung 3’ ada ujung hidroksil.000 titik ORI yang bekerja secara bersamaan sehingga fase S untuk replikasi hanya butuh beberapa jam saja. primer yang dipakai adalah RNA (sekitar 4-5 basa dan dilanjutkan DNA). dimana ada protein tertentu yang akan mengenali sequence.(ciri utama DNA polymerase). Contoh pada plasmid (prokariot). Helikase akan menempel untuk membuka pilinan (helix). terdapat proses replikasi yang dimulai pada replication origin dan mengembang sampai dihasilkan 2 plasmid yang sama persis. selanjutnya pada fase S degradasi fosporilasi ORC. pada G1 akhir ORC mengenali sequence ACS. DNA double helix (bentuk terpilin). DNA harus terbuka dahulu baru bisa digandakan. tidak bisa mensintesis DNA tanpa adanya primer. DNA primase untuk mensintesis RNA sebagai lokomotif (4-5 basa). Helikase membuka pilinan.

Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu: • Helicase: fungsinya untuk membuka (unwinding) parental DNA • Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer sehingga di OF ada RNA-DNA hybrid. Proses replikasi yang di perlukan utama: 1. Topoisomerase. • Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu. Biru DNA. replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork. Merah RNA. Bubble semakin besar. Small peaces disebut okazaki fragmen. Sementara yang 3’-5’ tidak bisa dibentuk. Dari ORI didapatkan 2 replication fork. Karena arah DNA anti parallel maka perlu Leading-strand dan lagging strand. cirinya memotong DNA pada tempat tertentu sehingga mudah untuk memutar karena sudah dipotong. Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5’-3’ maka tinggal menambah saja.oleh helikase. tetapi pada titik tertentu akan ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi dari arah 5’-3’ (okazaki fragmen: fragmen2 potongan kecil yang terjadi pada saat replikasi pada lagging strain)-> Pada lagging strand arahnya dari 3’-5’ Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada lagging strand template. Pada saat RNA dibuang maka akan digantikan dengan DNA polymerase delta yang baru sampai hilang sama sekali. karena DNA polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada primer. Akhirnya diperoleh 2 strain yang sama persis. Replication fork pada plasmid Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat antiparalel: 5’-3’ dan 3’-5’. Setelah itu untuk menggantikan RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat exonuclease tetapi juga bisa bersifat endonuclease. Replication bubble Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. Tugasnya adalah memasangkan kembali DNA yang terpotong. Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang saling berpasangan sehingga terbentuk hairpins. yaitu mereplace atau menempatkan dNTP. DNA polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5’-3’. DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang bertugas untuk mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya tetapi juga bisa membentuk hairpins. . Satu strain bisa secara kontinyu disintesis yaitu yang 5’-3 (leading strain). Sedangkan pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3’-5’ maka hanya diam. Helikase 3. Ada ORI dan helikase yang membuka pilinan terus sampai terbentuk replication bubble. tetapi tetap harus dibentuk dengan 5’-3’. Supaya tidak terbentuk hairpins maka didatangkan single strand binding protein supaya tetap lurus dan tidak berbelok-belok. sehingga perlu satu strain yang terbentuk dari small discontinue peaces yang disebut sebagai lagging strain. Tetapi masih belum lengkap karena masih ada celah sehingga perlu DNA ligase untuk menempelkan. Kemudian terjadi proses replikasi. ORI 2. Perlu DNA primase untuk membuat RNA primer sintesis. untuk mencegah DNA yang single-stranded agar tetap stabil (tidak double straded lagi). Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H.

Manusia memiliki kemampuan replikasi sel yang terbatas karena keterbatasan telomere. sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. Untuk mengatasinya maka diadakan telomerase yang dibuat berkali-kali. topoisomerase. Semua sel selain stem sel tidak punya telomere. Pada saat sel replikasi maka akan selalu memendek.Protein aksesori : Brace protein. Hal ini terjadi karena menggunakan primer RNA untuk proses replikasi. maka kemampuan membelahnya tidak terbatas karena pada saat telomere habis maka telomerase akan membentuk telomere baru. dan RNA primer setelah replikasi harus dibuang dan tidak bisa digantikan. Sedangkan pada stem sel yang memiliki telomerase. Telomer diadakan untuk mengantisipasi pada saat replikasi karena DNA akan memendek. Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi. di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan. primase. Ada DNA polimerase dan sliding clamps. Telomer dibuat oleh enzim telomerase. Sampai pada suatu titik tertentu yang merupakan signal bagi sel untuk berhenti membelah. dan enzim yang membuatnya : telomerase. shg bila telomere habis sel akan berhenti membelah. Chromosome end: Pada lagging strand. Bila tidak ada telomere maka kromosom akan saling menempel sehingga kromosom tidak 46 tetapi dalam bentuk gandeng2 (tidak diketahui). singlestrand binding protein. Setelah proses replikasi selesai maka RNA akan segera dibuang digantikan dengan DNA yang baru. RNA juga akan dihilangkan. supaya DNA polimerasenya menempelnya stabil (tidak mudah terlepas dari DNA template). . : Replication factor C (RFC). Pada tahap tertentu DNA primase akan ditambahkan sehingga clamps-nya datang lagi. Pada saat telomere memendek sampai batas tertentu maka akan memberikan sinyal bagi sel untuk berhenti membelah. clamp. Sintesis terjadi pada leading strand terlebih dahulu. Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan. EXTENDS 3’ PRIMARY GENE --> TELOMERE. (slide 76: TTGGGGTTGGGTTGGGG). tetapi proses pada lagging bertahap. brace. Karena kemampuan sel untuk membelah dibatasi oleh panjangnya telomerase. Setelah direplikasi ujung DNA harus ada telomere (ujung DNA). DNA helicase. Telomer: ujung yang merupakan non coding DNA sehingga kalau memendek tidak akan menjadi masalah karena tidak mengkode apapun. Sliding-clamps protein. supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2. Hal ini yang dimanfaatkan oleh sel kanker karena sel kanker memiliki telomerase sehingga sel kanker dapat terus membelah.