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2ndCAB Presentations Oral EvolucionSecuenciasPhyloSim MariaJoseSanchez

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Published by: María José Sánchez Ayazo on Apr 19, 2013
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Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos

Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software PhyloSim:Una Revisi´ on
Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo1
1 Pregrado

de Bioingenier´ ıa Universidad de Antioquia

Septiembre 25 del 2012

Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo

Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph

Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos Contenido 1 Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos 2 3 4 5 Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph .

en base a prote´ ınas existentes en las bases de datos. El proceso de evoluci´ on incluye todos los mecanismos de cambio gen´ etico que ocurren a lo largo del tiempo.Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos La evoluci´ on es un proceso y un resultado. El resultado de la evoluci´ on se observa en la historia de la vida en la Tierra y en las relaciones gen´ eticas que encontramos entre las distintas especies que existen en la actualidad. La comparaci´ on de secuencias es un primer paso hacia el an´ alisis estructural y funcional de nuevas secuencias descubiertas. promoviendo la adaptaci´ on de un organismo a un determinado entorno ambiental. Podemos decir entonces que la comparaci´ on de secuencias mediante alineamiento me permite identificar la conservaci´ on y variaci´ on de patrones. debido a que gracias a la comparaci´ on de secuencias es posible realizar inferencias como por ejemplo sobre la evoluci´ on de una nueva prote´ ına. y dando origen a nuevas especies reproductivamente aisladas. Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph .

Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos Objetivo General Emplear un Software llamado Phylosim basado en los m´ etodos estad´ ısticos Montecarlo y Gillespie para comprobar la viabilidad de la formaci´ on de una secuencia de un gen humano que exista actualmente. Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph .

Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph .Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos Objetivos Espec´ ıficos Establecer secuencias ancestrales con el fin de evaluar su evoluci´ on Buscar organismos que filogeneticamente est´ en lejos del humano Buscar alguna evidencia de que estos organismos posean una conexi´ on con los organismos m´ as “antiguos” en la escala evolutiva utilizando un proyecto genoma sobre ellos.

( Ref Adam Marczyk) Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph . Dado un problema espec´ ıfico a resolver.Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos ¿Que es un Algoritmo Gen´ etico? Un algoritmo gen´ etico es una t´ ecnica de programaci´ on que imita a la evoluci´ on biol´ ogica como estrategia para resolver problemas. codificadas de alguna manera. la entrada del AG es un conjunto de soluciones potenciales a ese problema. y una m´ etrica llamada funci´ on de aptitud que permite evaluar cuantitativamente a cada candidata.

Este m´ etodo permite una mayor precisi´ on y complejidad que el m´ etodo comparativamente restringido de utilizar s´ olo n´ umeros binarios. de nuevo. Un enfoque com´ un es codificar las soluciones como cadenas binarias: secuencias de 1s y 0s. representa alg´ un aspecto particular de la soluci´ on. se necesita un m´ etodo para codificar las soluciones potenciales del problema de forma que una computadora pueda procesarlas. Otro m´ etodo similar consiste en codificar las soluciones como cadenas de enteros o n´ umeros decimales. Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph .Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos M´ etodos de Representaci´ on Existen muchos m´ etodos con los que se pueda representar el problema al que queremos llegar. donde el d´ ıgito de cada posici´ on representa el valor de alg´ un aspecto de la soluci´ on. y a menudo est´ a intuitivamente m´ as cerca del espacio de problemas (Fleming y Purshouse-2002). Antes de que un algoritmo gen´ etico pueda ponerse a trabajar en un problema. donde cada posici´ on.

etc. con uno. Tasa de mutaci´ on variable. dos o m´ as puntos de corte. Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph . Se puede tomar genes de uno u otro progenitor al azar.Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos M´ etodos de Selecci´ on y M´ etodos de Reproducci´ on ¿Qui´ en muere? ¿Qui´ en se reproduce? Cuales son los miembros m´ as aptos de cada generaci´ on Generar y mutar nuevos hijos. en un cierto orden.

Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos Metodolog´ ıa Se establecen secuencias ancestrales. empleando algoritmos de reconstrucci´ on ancestral. con el fin de evaluar luego como evolucionan. Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph . Con la ayuda del software PhyloSim se inducen algunas mutaciones con par´ ametros para analizar la cantidad de cambios que se puede presentar para cada rama de un ´ arbol filogen´ etico.

por ejemplo: ¿C´ omo surgi´ o la vida sobre la Tierra? ¿Existe o ha existido en otros cuerpos del Sistema Solar? ¿Es la vida un fen´ omeno poco com´ un o es frecuente su presencia en el Universo? Generando nuevas preguntas: ¿Existe un nexo de uni´ on entre el origen del Universo y el origen de la vida? ¿Es la vida una consecuencia de la evoluci´ on del Universo? ¿Existen principios generales de la evoluci´ on de la materia viva? Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph .Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos La Astrobiolog´ ıa hace suyas viejas preguntas.

Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos Al tratar de responder est´ as preguntas encontramos factores importantes para la realizaci´ on de la vida. Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph .

Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph .

Realizar un modelo num´ erico para simular la evoluci´ on a gran escala de modo que se pueda estudiar el efecto de la frecuencia de eventos de extinci´ on de masa que se podr´ ıa tener en la limitaci´ on a la aparici´ on de rasgos biol´ ogicos como los que encontramos en nuestro planeta. Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph . Evolucionar secuencias con par´ ametros y condiciones diferentes a las que se presentan en la Tierra con el fin de verificar que tan viable sea que se creen organismos a partir de est´ as condiciones.Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos Perspectiva Encontrar organismos que formen secuencias de un gen humano existente.

Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos Recursos Software Phylosim Base de datos BLAST Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph .

MSc Ciencias B´ asicas Biom´ edicas Jorge Iv´ an Zuluaga Callejas-PhD.Astrof´ ısico Mar´ ıa Jos´ e S´ anchez Ayazo Simulaci´ on en la evoluci´ on de secuencias utilizando el software Ph .Est.Introducci´ on Metodolog´ ıa Factores necesarios para la vida Perspectiva Recursos Rodrigo Ochoa Deossa-Bioingeniero .

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