Gabon Professional Development Workshop Software Download L’atelier de Perfectionnement Professionnel Gabon Téléchargement des logiciels Day/Jour

Day/Jour 1 Activity/Activité Building a professional website/ Construction d’un site Web professionnel Organizing the bibliography/ L’organisation de la bibliographie GIS analysis in QGIS / L’analyse SIG avec QGIS QGIS: manual in English/manuel en francais Web site and associated files/Site Web et fichiers associées www.sites.google.com www.weebly.com

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www.mendeley.com ENDNOTE (fourni à l’atelier)

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QGIS : user group/ groupe de discussion Ecological niche modeling in MAXENT : modélisation des niches écologiques avec MAXENT MAXENT : Installation instructions and tutorials/les instructions d’installation et les tutoriels Statistical analysis in R : program download/ L’analyze statstique avec R: téléchargement du logiciel R Tutorials/Les tutoriels pour R (see the R tutorials

http://www.qgis.org/ Download the file: QGIS-OSGeo4W-1.8.0-2-Setup.zip Téléchargez le fichier: QGIS-OSGeo4W-1.8.0-2-Setup.zip http://docs.qgis.org/pdf/QGIS-1.8-UserGuide-en.pdf (installation instructions are on page 5) http://docs.qgis.org/html/fr/docs/user_manual/index.html les instructions d’installation sont ici : http://docs.qgis.org/html/fr/docs/user_manual/introduction/gett ing_started.html#installation http://hub.qgis.org/projects/quantum-gis (seulement en Anglais) http://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/ Use/utiliser: maxent.jar http://www.java.com/en/

See the file labeled « Readme.txt » Voir le fichier appelé « Readme.txt » See the tutorial section on the Maxent web site/Voir la section dénommé “tutorial” sur le site web de Maxent See also/voir aussi : groups.google.com/group/Maxent http://www.r-project.org/ Click “Download R” and then select a country and site. Then, click “Download R for Windows” or “Download R for MacOS X” Cliquez “Download R” et ensuite sélectionnez le pays et le site. Ensuite, cliquez « Download R for Windows » ou « Download R for MacOS X » BIOL426LMASTER and data files/et fichier des données Brostaux-Introduction-au-R.zip Genolini-LireCompterTesterR.pdf 1

folder /voir le dossier des tutoriels R)

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Phylogenetic analysis with PAUP/L’analyse phylogénétique avec PAUP Population simulation with POPULUS/Les simulations des populations avec POPULUS Data format conversion/Conversion du format des données Population genetic analyses with ARELQUIN/Les analyses de la génétique des populations avec ARLEQUIN Analysis of genetic structure with STRUCTURE/L’analyse de la structuration genetique avec STRUCTURE Graphical displays of STRUCTURE output/Les affichages graphiques des résultats de STRUCTURE

Herve-Aide-memoire-statistique.pdf IceBreak_fr.pdf Kauffmann_aide_memoire_R.pdf Paradis-rdebuts_fr.pdf (page five explains installation/le page 5 explique comment installer le logiciel) Software provided at the workshop/le logiciel fourni à l’atelier)

http://www.cbs.umn.edu/populus Click download/cliquez download

Convert1.31 http://www.agriculture.purdue.edu/fnr/html/faculty/rhodes/stu dents%20and%20staff/glaubitz/software.htm http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/ Download the file : winarl35.zip (windows) or arlecore_macosx.zip (apple)/Télécharger le fichier: winarl35.zip (windows) or arlecore_macosx.zip (apple) Tutorials and manuals are on the same page/Les tutoriels et les manuel sont sur la même page http://pritch.bsd.uchicago.edu/structure.html Download the package with graphical front end for Windows or Mac OS X/ Télécharger le tout avec l’interface graphique pour Windows ou Mac OS X

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Detecting the number of clusters of individuals/ L’identification du nombre de groupes des individus Analysis of genetic structure with GENELAND/L’analyse de la structuration genetique avec

CLUMPP : http://www.stanford.edu/group/rosenberglab/clumpp.html Distruct: http://www.stanford.edu/group/rosenberglab/distruct.html Download the software and manual on the program websites/Téléchargez le logiciel and le manuel sur les sites de Web de chaque programme STRUCTUREHARVESTER: http://taylor0.biology.ucla.edu/structureHarvester/ Upload your results from STRUCTURE/Télécharger vos résultats de STRUCTURE

http://www2.imm.dtu.dk/~gigu/Geneland/ How to use with R/Comment utilizer avec R: http://www2.imm.dtu.dk/~gigu/Geneland/GenelandGUI.html Download the manual on the software website/Téléchargez le manuel sur le site Web du logiciel 2

GENELAND Day/Jour 5 Analysis of population structure using SNP data/L’analyse de la structuration génétique avec les données SNP

Launch R and type install.packages (« Geneland »)/Lancez R et tappez install.packages (« Geneland ») http://paintmychromosomes.com/ Download/Telecharger (Windows): Chromopainter Chromocombine fineSTRUCTURE R functions/example for fineSTRUCTURE (four zip files)

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