Program Professional Development Workshop USTM July 22-27, 2013 Day 1: Introduction (all) Leadership and career development (Geri

Richmond) General introduction to the goals of the workshop 9:00-9:45 Overview of the goals of the workshop Overview of assignments for the workshop Introduction of participants and instructors Session I: Effective leadership skills 9:45-10:30 Overview of recent research on leadership qualities that lead to success and failure 10:30-11:15 Discussion of different styles that work in different cultures 11:15-12:00 Self-assessment to identify areas for skills enhancement and career advancement 12:00-1:00 Lunch Session II: Career launch and acceleration 1:00-2:15 Methods and exercises in effective communication 2:15-3:00 Building a strong CV and job interviews 3:00-4:00 Effective scientific presentations 4:00-5:00 Developing professional networks Development of a professional website (Gabriel Fiorini and Christie Sukhdeo) Day 2: Publishing your research in peer-reviewed journals (Alfred Ngomanda, Mike Bruford, Nicky Anthony and Geri Richmond) Session I: Publishing your paper 9:00-9:45 Assessment of skills you would like to learn today Discussion of your publication history and aspirations for future publication 9:45-10:30 IMRAD: the nuts and bolts of writing a scientific paper 10:30-11:15 Ethics in scientific writing Organizing the bibliography using the software Endnote and Mendeley 11:15-12:00 Assignment #1: Writing a scientific abstract 12:00-1:00 Lunch Session II: The peer review process 1:00-1:45 What is the peer review process and why is it important? 1:45-2:15 Preparing an effective cover letter Identifying a list of potential reviewers of your manuscript 2:15-3:00 Common errors encountered by editors Responding to reviewer criticisms Session III: Communicating with your peers and with the public 3:00-4:00 Writing a critical review of another paper Writing for the general public


Assignment #2: Writing a critique of a scientific paper or an article about your research for the public

Day 3: Writing a grant (Nicky Anthony, Mike Bruford and Geri Richmond) Session I: Preparing a grant proposal 9:00-9:45 Discussion of potential funding sources for biodiversity and evolutionary research 9:45-10:30 Getting started The overall structure of a proposal 10:30-11:15 Criteria frequently used to evaluate a proposal 11:15-12:00 Assignment #3: Drafting a concept note 12:00-1:00 Lunch Session II: Writing the project description and developing a time line 1:00-1:45 Drafting a detailed research plan 1:45-2:15 Outlining your proposed methods Sampling strategies and experimental design 2:15-3:00 Drafting a realistic time frame Facilities and resources Budget and justification Session III: Budget and data management 3:00-4:00 Data and collections management (Jake Lowenstein, Breda Zimkus) 4:00-5:00 Assignment#4: Brief “chalk talk” of your concept note Day 4: GIS Skills (Ryan Harrigan) Session I: Introduction to analysis of biodiversity data using GIS 9:00-9:45 GIS overview Introduction to QGIS Review of the literature on the use of GIS to analyze biodiversity data 9:45-10:30 Entering biodiversity data collected in the field into QGIS: entering data recorded with GPS and geo-referencing occurrences based on place names 10:30-11:15 Entering data from databases such as GBIF and GenBank into QGIS 11:15-12:00 Hands-on experience working with GIS data from Gabon 12:00-1:00 Lunch Session II: Advanced topics in GIS-based data analysis 1:00-1:45 Useful resources for GIS data related to biodiversity in Central Africa including NASA EchoReverb Review of GIS data types (raster, polygon). 1:45-2:15 Introduction to remote sensing and remote sensed data sets relevant to biodiversity Projection of remote sensed data for use with Central African coordinate systems 2:15-3:00 Province- and department-level analysis: counting occurrences of species in a province

Using zonal statistics to summarize remote sensed data in a province. Session III: Using spatial modeling to make predictions about biodiversity in Gabon 3:00-4:00 Review of important concepts in spatial modeling: presence-only vs. presenceabsence data Cases studies of presence-only and presence-absence data using examples from Gabon 4:00-5:00 Using the free software package Maxent for spatial modeling of species using presence-only data Day 5: Statistical analysis of ecological and genetic data Session I: Using the program R (Instructor: Ryan Harrigan) 8:00-8:45 Entering data into R from the keyboard Reading datasets into R from files on your computer 8:45-9:30 Calculating descriptive statistics in R (mean, median, and standard deviation) 9:30-11:00 Basic univariate statistics in R (t-tests and ANOVA) 11:00-12:00 Hands-on experience working with R 12:00-1:00 Lunch Session II: Statistical analysis of genetic data (Instructors: Jean-Francois Mboumba, Stephan Ntie, Ryan Harrigan, Mike Bruford, Nicky Anthony, Katy Morgan) 1:00-1:45 Brief presentations by instructors on examples of genetic data analysis and their applications to conservation 1:45-4:00 Break-out groups: modeling in POPULUS, phylogenetic analysis of sequence data using PAUP, population genetic analysis of microsatellite data in ARLEQUIN, STRUCTURE and GENELAND, analysis of single nucleotide polymorphism data 4:00-5:00 Wrap up and discussion of grant panel Day 6: Mock panel discussion of grant proposals Session I: Grant panel review (Panelists: All) 9:00-10:00 Brief presentation of grant funding agencies to be considered Overview of panel organization and review criteria 10.00-12:00 Discussion of grant proposals 12:00-1:00 Wrap up and conclusions

Programme Atelier de perfectionnement professionnel 22-27 Juillet 2013, USTM Jour 1: Introduction générale (tout le monde) Leadership et développement de carrière (Geri Richmond) Introduction générale aux objectifs de l’atelier 9:00-9:45 Présentation des objectifs de l’atelier Vue d’ensemble des travaux de l’atelier Présentation des participants et des formateurs. Session I: Competence en leadership efficace 9:45-10:30 Présentation des recherches récentes sur les qualités de leadership qui mènent à la réussite et à l'échec 10:30-11:15 Discutez des styles différents qui marchent dans des différentes cultures 11:15-12:00 Effectuer une auto-évaluation pour identifier les domaines d'amélioration des compétences et l'avancement de carrière 12:00-1:00 Déjeuner Session II: Le lancement de carrière et son accélération 1:00-2:15 Les méthodes et les exercices de communication efficace 2:15-3:00 Comment construire un bon CV et les entretiens d'emploi 3:00-4:00 Les présentations scientifiques efficaces 4:00-5:00 Le développement des réseaux professionnels Le développement d’un site Web professionnel (Gabriel Fiorini and Christie Sukhdeo) Jour 2: La publication de votre recherche dans des revues scientifiques (Alfred Ngomanda, Mike Bruford, Nicky Anthony and Geri Richmond) Session I: Publier votre recherche 9:00-9:45 L'évaluation des compétences que vous souhaitez apprendre aujourd'hui Une discussion de votre historique de publication et les aspirations que vous avez pour vos publications dans l’avenir 9:45-10:30 IMRAD: les tenants et aboutissants de la rédaction d'un article scientifique 10:30-11:15 L’éthique dans la rédaction d’un article L’organisation de la bibliographie à l'aide du logiciel « Endnote » et « Mendeley » 11:15-12:00 Devoir # 1: Rédaction d'un résumé scientifique 12:00-1:00 Déjeuner Session II: Le processus d’examination par les pairs d’un article scientifique 1:00-1:45 Qu'est-ce que le processus d’examination par les collègues scientifiques et pourquoi est-il important? 1:45-2:15 Préparation d'une lettre de motivation efficace Identification d’une liste des examinateurs potentiels de votre manuscrit


Les erreurs fréquemment rencontrées par les éditeurs Comment répondre aux critiques des examinateurs Session III: Communiquer avec vos collègues scientifiques et avec le public 3:00-4:00 Rédiger une analyse critique d'un article dont on n’est pas l’auteur Comment écrire pour le grand public 4:00-5:00 Devoir #2: Ecrire une critique d'un article scientifique ou un article au sujet de votre recherche pour le grand public Day 3: Rédaction d’une subvention (Nicky Anthony, Mike Bruford et Geri Richmond) Session I: Préparation d'une proposition de subvention 9:00-9:45 Discussion sur les sources de financement potentielles pour la recherche sur la biodiversité et l'évolution 9:45-10:30 La mise en route La structure générale d'une proposition de projet de recherche 10:30-11:15 Les critères fréquemment utilisés pour évaluer une proposition de projet de recherche 11:15-12:00 Devoir #3: Rédaction d'une note conceptuelle 12:00-1:00 Dejeuner Session II: Rédaction de la description du projet et l’élaboration d’un calendrier 1:00-1:45 La rédaction d'un plan détaillé de recherche 1:45-2:15 Décrire vos méthodes proposées Les stratégies d'échantillonnage et la conception expérimentale 2:15-3:00 La rédaction d'un calendrier réaliste pour le travail proposé Les installations et des ressources Le budget et sa justification Session III: La gestion du budget et les données 3:00-4:00 Gestion des données et des collections (Jake Lowenstein, Breda Zimkus) 4:00-5:00 Assignment#4: Une présentation brève classique (“chalk and talk”) de votre note conceptuelle Day 4: GIS Skills (Ryan Harrigan) Session I: Introduction à l'analyse des données sur la biodiversité en utilisant le SIG 9:00-9:45 Un aperçu des SIG Introduction à QGIS Revue de la littérature sur l'utilisation des SIG pour analyser les données sur la biodiversité. 9:45-10:30 Saisir les données de la biodiversité recueillies sur le terrain dans QGIS: la saisie des données enregistrées avec le GPS et des occurrences géo-référencées sur la base des noms de lieux. 10:30-11:15 Saisie des données des bases de données telles que GBIF et GenBank dans QGIS 11:15-12:00 Une expérience pratique de travail avec des données SIG du Gabon. 12:00-1:00 Déjeuner

Session II: Les thèmes avancés dans l’analyse des données SIG 1:00-1:45 Ressources utiles pour les données SIG relatifs à la biodiversité en Afrique centrale, y compris la NASA EchoReverb Examen des types de données SIG (raster, polygone). 1:45-2:15 Introduction à la télédétection et aux données de télédétection concernant la biodiversité Projection des données de télédétection pour l'utilisation avec les systèmes de coordonnées de l’Afrique centrale 2:15-3:00 Les analyses au niveau des provinces et des départements: compter les occurrences d'espèces dans une province Utilisation des statistiques zonales pour résumer des données de télédétection dans une province Session II: Utilisation de la modélisation spatiale pour faire des prédictions sur la biodiversité au Gabon 3:00-4:00 Examen des concepts importants dans la modélisation spatiale: les données de présence seulement comparer à celles de présence-absence Les études de cas de données de présence-seulement et de présence-absence en utilisant des exemples du Gabon. 4:00-5:00 Utilisation du logiciel gratuit Maxent pour la modélisation spatiale des espèces en n’utilisant que des données de présence Day 5: Les analyses statistiques des données écologiques et génétiques Session I: Utiliser le logiciel R (Instructor: Ryan Harrigan) 8:00-8:45 Entrer des données dans R à partir du clavier La lecture de données dans R à partir de fichiers sur votre ordinateur 8:45-9:30 Calcul des statistiques descriptives dans R (moyenne, médiane et écart-type) 9:30-11:00 Les analyses statistiques de base dans R (t-tests et l’analyse de la variance) 11:00-12:00 Une expérience pratique de travail avec R 12:00-1:00 Dejeuner Session II: L’analyse statistique des données génétiques (Instructors: Jean-Francois Mboumba, Stephan Ntie, Ryan Harrigan, Mike Bruford, Nicky Anthony, Katy Morgan) 1:00-1:45 Présentations très brèves par les formateurs d’exemples d'analyse de données génétiques et leurs applications à la conservation 1:45-4:00 Petits groupes: modélisation avec POPULUS, analyse phylogénétique des séquences de données en utilisant PAUP, analyse de la génétique des populations des données microsatellites avec ARLEQUIN, STRUCTURE et GENELAND, analyse des données des polymorphismes nucléotides simples 4:00-5:00 Synthèse et discussion pour examiner les demandes de subventions (too short?) Day 6: Table ronde pour l’examen des demandes de subventions Session I: Panel de révision des demandes de subventions

(Les examinateurs: tous) 9:00-10:00 Brève présentation des organismes de financement de subventions à considérer Aperçu de l’organisation du panel et des critères de revue 10.00-12:00 Discussion sur les demandes de subventions soumises 12:00-1:00 Synthèse et conclusions

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