P. 1
Replikasi Dna Untai Tunggal

Replikasi Dna Untai Tunggal

|Views: 107|Likes:
biologi "DNA Rantai Tunggal"
biologi "DNA Rantai Tunggal"

More info:

Categories:Types, School Work
Published by: Nuni Rismayanti NurQalbi on May 01, 2013
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as DOCX, PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

10/09/2013

pdf

text

original

Replikasi DNA Untai Tunggal

1

BAB I PENDAHULUAN

A. Latar Belakang Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses perbanyakan sebagai salah satu tahapan sangat penting dalam proses pertumbuhan sel atau perbanyakan partikel virus. Proses perbanyakan bahan genetik dikenal sebagai proses replikasi. Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang mengawali pertumbuhan sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan suatu resultan banyak proses yang saling berkaitan satu sama lain. Sel mempunyai replikasi bahan genetik yang dilengkapi dengan system penyuntingan (editing) yang sangat akurat sehingga bahan genetik yang diturunkan kepada sel anakan mempunyai komposisi yang sangat identik dengan komposisi bahan genetik sel induk. Replikasi bahan genetik merupakan proses pengkopian rangkaian molekul bahan genetik (DNA atau RNA) sehingga dihasilkan molekul anakan yang sangat identik. Replikasi adalah suatu mekanisme yang berlangsung di dalam sel yang dilakukan untuk proses perbanyakan sel. Agar tidak terjadi perbedaan komposisi genetik antara sel induk dengan sel anakannya, maka proses replikasi harus dilakukan seteliti mungkin. Ketelitian proses replikasi ditentukan oleh aktivitas DNA polimerase III dan DNA polimerase I yang mempunyai sistem koreksi pembacaan (proof-reading). Replikasi DNA berlangsung dalam beberapa tahap yaitu denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk, peng-“awal”-an (initiation, inisiasi) sintesis DNA, pemanjangan untaian DNA, ligasi fragmen-fregmen DNA, dan peng-“akhir”-an (terminasi) sintesis DNA. Di alam ini memiliki jasad yang mempunyai genom berupa molekul DNA untai tunggal (single-stranded), bahkan berupa molekul RNA. Dalam makalah ini

Apakah yang dimaksud dengan bakteriofage? 2. Jasad yang mempunyai genom berupa DNA untai tunggal adalah kelompok virus tertentu. Tujuan Adapun tujuan dalam makalah ini yaitu 1. Untuk mengetahui proses replikasi pada bakteriofage . Rumusan Masalah Adapun permasalahan dalam makalah ini yaitu 1.Replikasi DNA Untai Tunggal 2 akan membahas mengenai mekanisme replikasi DNA beruntai tunggal. Bagaimanakah ciri-ciri virus untai tunggal? 3. Bagaimanakah proses inisiasi replikasi pada virus Фχ174 dan M13? 4. misalnya Фχ174 B. Untuk mengetahui tentang bakteriofage 2. Untuk mengetahui proses inisiasi replikasi pada virus Фχ174 dan M13 4. Bagaimanakah proses replikasi pada bakteriofage? C. Untuk mengetahui ciri-ciri virus untai tunggal 3.

Replikasi tersebut baru dapat dilakukan ketika virus ini telah masuk ke dalam sel inangnya (bakteri). Pada umumnya bakteriofage kepalanya polyhedral tetapi ekornya berbentuk batang (Pelczar dan Chan. Salah satu contoh bakteriofage adalah T4 virus yang menyerang bakteri Eschericia coli. Kapsid tersusun dari subunit-subunit morfologis yang disebut kapsomer. dan ada yang memiliki filamen. jumlah molekul 1. Dari asal kata tersebut. Genomnya berupa molekul untai tunggal berbentuk lingkar yang tersusun atas 5. Virus Untai Tunggal Virus yang beruntai tunggal memiliki sebuah kepala tanpa ekor. . Fage kubus adalah benda padat teratur. yaitu daur litik dan daur lisogenik. jumlah molekul 1. Kapsomer terdiri dari sejumlah subunit atau molekul protein yang disebut protomer. Virus ini berukuran kecil dan berbentuk ikosahedral. Kelompok virus tertentu yang termasuk untai tunggal adalah H-1 parvovirus dan ϕχ174. Bakteriofage memiliki sebuah inti asam nukleat dikelilingi oleh selubung protein atau kapsid. kepalanya tersusun dari kapsomer-kapsomer besar. sedangkan fage helical berbentuk batang. 2005:91). 1986:271). Virus ϕχ174 adalah virus yang menginfeksi bakteri (sehingga disebut sebagai bakteriofage). dan berukuran 5. memiliki struktur lingkar.386 b (Ali. Bakteriofage memiliki dua macam cara untuk mereplikasikan dirinya. 2011). Inang H-1 parvovirus adalah hewan. E. dan berukuran 5. Inang ϕχ174 adalah bakteri. Fage mempunyai simetri kubus atau helikal. Bakteriofage termasuk ke dalam ordo Caudovirales.386 nukleotida. Bakteriofage Bakteriofage berasal dari kata bacteria dan phagus (bahasa Yunani).176 b. coli merupakan bakteri yang hidup pada saluran pencernaan manusia (Wikipedia. maka dapat disimpulkan bahwa bakteriofage merupakan virus yang menyerang bakteri. 2. memiliki struktur linear.Replikasi DNA Untai Tunggal 3 BAB II PEMBAHASAN 1.

DnaT.coli (Yuwono. Protein PriA. maka untuk inisiasi replikasi diperlukan protein-protein lainnya yaitu DnaC. Kompleks primosom ϕχ174 terbentuk dengan diawali oleh pengenalan sisi pas oleh PriA. Bakteriofage ini mempunyai 11 gen. tetapi mengandung gen-gen yang tumpang tindih (overlapping genes). peranan protein DnaB sangat penting dan tidak dapat digantikan. dan PriC tidak diperlukan dalam inisiasi replikasi DNA dengan system oriC (Yuwono. PriB. primase melekat pada preprimosom dan membentuk primosom (Yuwono. dengan dibantu oleh ATP. Akan tetapi. PriB. dan Pric. Protein PriB dan PriC juga melekat pada daerah pas pada awal proses inisiasi. Daerah pas ini dikenali oleh protein PriA yang mempunyai aktivitas ganda. 2005:125). Kemampuan ganda PriA semacam ini bersifat unik karena hanya diperlukan dalam system inisiasi ФX. Inisiasi replikasi pada virus ϕχ174 merupakan tipe sistem ФX. 3. Primosom ϕχ174 dapat berpindah dari satu titik ke titik lain selama proses replikasi dan dapat menyintesis primer berulang-ulang sewaktu bergerak sepanjang . Replikasi DNA ϕχ174. PriA. Hal ini dibuktikan oleh Kornberg dan kawan-kawan yang menunjukkan bahwa DNA untai-tunggal ϕχ174 dapat direplikasikan menjadi untai-ganda hanya oleh dua macam protein. Replikasi genom virus ini tergantung pada sistem replikasi sel inangnya yaitu bakteri E. sementara protein-protein lainnya dapat dihilangkan. 2005:109).Replikasi DNA Untai Tunggal 4 Genom virus ini hanya mengkode 11 protein. Inisiasi Replikasi pada Virus ϕχ174 DNA fage ϕχ174 berbentuk bundar baik pada sel virion maupun sel inangnya. Akhirnya. 2005:109). Kompleks ini bersama-sama dengan DnaT membentuk preprimosom. Pada system DNA ϕχ174 kompleks primosom terkumpul pada suatu titik yang disebut sebagai primosome assembly site (pas). yaitu sebagai helikase dan dapat menyingkirkan SSB. DnaB dan DnaC membentuk suatu kompleks. Berikutnya. yaitu holoenzim DNA polymerase III dan protein DnaB. jika terdapat protein SSB. Protein DnaB merupakan komponen sentral pada inisiasi replikasi dengan sistem ϕχ maupun system oriC dan akan membentuk suatu kompleks dengan DnaC.

Untaian (+) akan menjadi cetakan sehingga terbentuk untaian komplemen berupa untaian negatif (-). dikode oleh gen dnaG.Replikasi DNA Untai Tunggal 5 DNA virus yang terbuka. Enzim ini pada dasarnya adalah RNA polimerase yang digunakan secara khusus untuk menyintesis RNA primer yang diperlukan dalam replikasi DNA. sehingga sintesis DNA di dalam sel inang menjadi terhambat. Enzim ini. Ukuran primer berkisar antara 1550 nukleotida. Primase adalah enzim yang sesungguhnya melakukan proses pengawalan reaksi atau inisiasi replikasi DNA. Menurut Yuwono (2005:125).coli.coli. Oleh karena itu. Primase menyintesis primer dengan urutan nukleotida awal berupa (ppp)AG yaitu pada cetakan yang berupa urutan 5’-GTC-3’ (Yuwono. Hal ini berbeda dengan sifat primase (atau RNA primase). yang digunakan untuk sintesis primer. . maka PriA akan bergerak kearah yang berlawanan untuk menyingkirkan SSB sehingga proses pemanjangan DNA lambat tidak terganggu. karena primase hanya menginisiasi sintesis DNA pada satu titik yaitu titik awal replikasi (ori). Sekitar 20-30 menit setelah DNA bakteriofag diinjeksikan ke dalam sel inang. ketika bakteriofag menginfeksi E. Protein SSB berfungsi untuk menjaga agar untaian DNA cetakan (induk) yang sudah terbuka tidak menutup kembali. molekul protein PriA (bagian dari kompleks primosom yang menyintesis primer untuk DNA lambat). protein A* yang dikode di dalam genom bakteriofag disintesis di dalam sel E. 2005:109). DNA bakteriofag diinjeksikan ke dalam sel inang. Primase membentuk asosiasi sementara dengan primosom dan diaktifkan oleh protein DnaB untuk menginisiasi sintesis primer. yang selanjutnya menjadi cetakan lagi untuk pembentukan untaian (+). baik pada system ФX maupun system oriC. bergerak berlawanan arah dengan arah pergerakan garpu replikasi sekaligus menyingkirkan protein SSB. yang disimbolkan dengan untaian positif (+) yang mengandung informasi genetik bakteriofag. Pada replikon ϕχ174. Primase merupakan polipeptida tunggal dengan ukuran 60 kDa. pada waktu replikasi bergerak maju.

Hal ini diketahui dalam eksperimen yang melibatkan penggunaan rifampicin dan inhibitor RNA polymerase lainnya yang ternyata menyebabkan penghambatan replikasi DNA bakteriofage M13 (Yuwono. Replikasi bakteriofage M14 . Gambar 1.1.Replikasi DNA Untai Tunggal 6 Bakteriofage M13 Pada bakteriofag M13 sintesis primer tidak dilakukan oleh primase melainkan oleh enzim RNA polimerase sel inangnya.2. Bakteriofage M13 Gambar 1. 2005:109).

Dna B. Pengubahan DNA untai tunggal menjadi bentuk dupleks yang dapat digunakan untuk replikasi (duplex replicative form. dalam bentuk untaian (+). dan Dna C. kemudian dilakukan pelekatan protein SSB pada DNA bakteriofag. Proses replikasi bakteriofage Proses replikasi bakteriofage terdiri dari tiga tahap. sehingga dihasilkan molekul untai tunggal. Inisiasi pembentukan primer berlangsung secara acak. 2. Sintesis untaian (+) dengan menggunakan untaian (1) pada RF melalui mekanisme replikasi lingkaran-berputar. Dengan adanya hidrolisis ATP yang dikatalisis oleh n’. Untaian () dan (+) selanjutnya dililitkan satu sama lain oleh DNA girase sehingga terbentuk molekul RF dupleks (Yuwono. Molekul tersebut merupakan molekul induk RF. yaitu: 1. 2005:124). Perbanyakan RF melalui mekanisme replikasi lingkaran berputar (rolling circle replication) sehingga dihasilkan turunan RF. 3. Celah-celah diantara fragmen-fragmen Okazaki tersebut diisi oleh aktivitas DNA polimerase I yang sekaligus menghilangkan primer. Tahap 2: Pembentukan turunan RF . Enzim primase kemudian melekat sehingga terbentuk primosom. Tahapan ini dilakukan seperti ada mekanisme sintesis untaian DNA lambat. Dengan adanya primer maka DNA polimerase III yang ada pada inang akan melakukan perpanjangan sintesis DNA dengan membentuk fragmen Okazaki. Proses ini selanjutnya diikuti dengan pengikatan protein n. RF) yang mengandung untaian (+) dan untaian (-). diinjeksikan ke dalam sel inang.Replikasi DNA Untai Tunggal 7 4. Fragmen-fragmen yang terbentuk selanjutnya diligasi dengan menggunakan aktivitas DNA ligase. serta protein i. diikuti oleh pembukaan lilitan oleh enzim DNA girase yang ada pada sel inang. n’. n”. Tahap 1: Pembentukan molekul induk RF Setelah DNA bakteriofag. primosom kemudian begerak dengan arah 5’→3’ serta membentuk RNA primer.

Akhirnya protein gpA memotong . Secara simultan. helikase membuka DNA pada waktu primosom melakukan sintesis primer yang dimulai pada ujung 3’ untaian DNA (-). Tahap 3: Sintesis untaian DNA (+) Tahapan ini dilakukan untuk membentuk untaian (+) saja dengan menggunakan untaian (-) sebagai cetakan dengan mekanisme replikasi lingkaran berputar. sehingga untaian DNA (+) yang terlepas tersebut tidak dapat digunakan lagi sebagai cetakan untuk sintesis untaian DNA (1). DNA polimerase III kemudian menambahkan nukleotida-nukleotida pada ujung 3’ takik tersebut dengan menggunakan untaian (-) sebagai cetakan sehingga ujung untaian DNA (+) induk akan terdesak. DNA polimerase III kemudian melakukan polimerisasi molekul primer. yang dihasilkan dengan menggunakan sistem sintesis protein sel inang. Aktivitas protein gpA selanjutnya membuat takik pada untaian DNA (+). Untaian DNA (+) induk akhirnya akan lepas dan menggulung lagi. DNA gpA selanjtnya akan membuat takik lagi pada untaian DNA (+) baru sekaligus menyambung untaian DNA (+) yang terlepas dengan membentuk ikatan fosfodiester. Pada tahap ini sintesis DNA dilakukan secara kontinu. Pengubahan RF induk menjadi turunan RF memerlukan waktu sekitar 20 menit (Yuwono. Pada saat ini dilakukan sintesis untaian DNA (+) yang baru dengan mekanisme sintesis secara kontinu. Enzim DNA helikase selanjutnya terikat pada untaian DNA (-) pada takik tersebut. Protein gpA yang masih melekat pada dupleks kembali membuat takik pada untaian DNA (+). Bersama-sama dengan primosom dan protein SSB.Replikasi DNA Untai Tunggal 8 DNA helikase dan protein SSB berikatan dengan molekul RF dupleks sehingga molekul tersebut menjadi terbuka. protein selubung bakteriofag. 2005:124-125). Untaian DNA (+) yang lama pada dupleks kemudian di desak ke luar dengan mekanisme lingkaran berputar. dilekatkan pada molekul DNA tersebut. Sampai tahap ini dilakukan replikasi RF sampai kurang lebih 35 kali. DNA (+) induk yang terlepas tersebut selanjutnya akan digunakan lagi sebagai cetakan untuk membentuk untaian DNA (-) seperti yang dilakukan pada tahap 1.

Skema replikasi bakteriofage ϕχ174 Diadaptasi dari Paolella. 2005:126) Gambar 1. Pada tahapan akhir ini ditambahkan lebih banyak lagi protein selubung pada untaian DNA (+) sehingga terbentuk partikel virus yang baru (Yuwono. 1997 dalam Yuwono (2005:127) . Kemudian dilakukan penutupan lingkaran DNA dengan membuat ikatan fosfodiester.Replikasi DNA Untai Tunggal 9 untaian DNA yang terlepas tersebut pada titik awal replikasi.2.

. Untaian (+) dan (-) dililitkan satu sama lain oleh DNA girase sehingga terbentuk molekul RF dupleks. sintesis primernya dilakukan oleh enzim RNA polimerase sel inangnya. Selanjutnya untaian (-) digunakan sebagai cetakan dengan mekanisme replikasi lingkaran berputar untuk menghasilkan untaian (+) saja.Replikasi DNA Untai Tunggal 10 BAB III PENUTUP Kesimpulan Adapun kesimpulan dari hasil pembahasan yaitu: 1. 4. kepalanya tersusun atas kapsomer. Bakteriofage adalah virus yang menyerang bakteri 2. kompleks primosom diawali oleh pengenalan sisi pas oleh PriA Inisiasi replikasi pada bakteriofage M13. Inisiasi replikasi DNA Фχ174. Proses replikasi DNA untai tunggal pada bakteriofage yaitu proses awalnya terjadi pengubahan DNA untai tunggal menjadi bentuk dupleks yang dapat digunakan untuk replikasi yang mengandung untaian (+) dan untaian (-). dan ada yang memiliki filamen 3. Virus untai tunggal berkepala tanpa ekor. Sekitar 20 menit RF dupleks atau RF induk menghasilkan turunan RF melalui mekanisme replikasi lingkaran berputar.

Mikrobiologi Dasar Jilid 1. M. E. & Chan. T. J. Yuwono.org/wiki/Bakteriofag. A. Jakarta: UI-Press. Bakteriofage(Online). Makassar: UNM Makassar. (http://id.wikipedia. 2005. 2011. C. . Wikipedia.Replikasi DNA Untai Tunggal 11 DAFTAR PUSTAKA Ali. Pelczar. diakses 3 Februari 2011). 1986. 2005. Jakarta: Erlangga. S. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Biologi Molekuler.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->