ISSN:1306-3111 e-Journal of New World Sciences Academy 2009, Volume: 4, Number: 2, Article Number: 5A0008

ECOLOGICAL LIFE SCIENCES Received: September 2008 Accepted: March 2009 Series : 5A ISSN : 1308-7358 © 2009 www.newwsa.com

Mustafa Oskay Abdurrahman U.Tamer Celal Bayar University mustafa.oskay@bayar.edu.tr Manisa-Turkiye

STREPTOMYCES KÖKENLİ ANTİBİYOTİKLERİN DÜNÜ, BUGÜNÜ VE YARINI ÖZET Mikrobiyal sekonder metabolitler; antibiyotiklerin üretiminde en büyük paya sahiptir. 1983–1994 yılları arasında keşfedilen 520 yeni ilacın, yaklaşık %39’u mikrobiyal kaynaklıdır. Şu ana kadar keşfedilen antibiyotiklerin çoğunluğu Streptomyces cinsi üyeleri tarafından üretilmektedir ve henüz bu antibiyotiklerin sadece %3’ü belirlenmiştir. Bunun nedeni ise; klasik antibiyotik araştırma metotlarının uygulanması, bazı türlerinin laboratuar koşullarında büyütülememesi ve konuyla ilgili teknolojilerin eksik oluşudur. Bu çalışmada, Streptomyces antibiyotiklerinin tipleri, endüstriyel ve biyoteknolojik önemi, antibiyotik araştırma programlarında uygulanan modern tekniklere dikkat çekerek, bu konuda ülkemizde yapılacak çalışmalar için bir önkaynak oluşturulması amaçlanmıştır. Anahtar Kelimeler: Streptomyces, Antibiyotik Araştırma, Sekonder Metabolitler, Biyoteknoloji, Metagenomik ANTIBIOTICS DERIVED FROM THE GENUS STREPTOMYCES: PAST, PRESENT AND FUTURE ABSTRACT Microbial secondary metabolites; have the largest share in the production of antibiotics. Of the 520 new drugs discovered between 1983 and 1994; approximately, 39% were originated from microbial sources. Most of the antibiotics discovered up to now, are produced by members of the genus of Streptomyces and only 3% of these antibiotics are determined yet. Reason of this is application of the classical investigation methods, some species not to grow under laboratory conditions and lack of relevant technologies. Within this study, it was aimed to state the types of Streptomyces antibiotics, industrial and biotechnological importance, modern technics in antibiotic researching programs and to form preliminary reference for future researches in our country. Keywords: Streptomyces, Antibiotic Researching, Secondary Metabolites, Biotechnology, Metagenomic

e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0008, 4, (2), 48-60. Oskay, M. ve Tamer A.U.

1. GİRİŞ (INTRODUCTION) Antibiyotiklerin tedavide ilk kez kullanımı Alexander Fleming’in penisilini tesadüfen keşfetmesinden sonraki yıllara dayanır. 1940’lı yıllarda az miktarda üretilen ham penisilin, stafilokok ve streptokok enfeksiyonlarının tedavisinde kullanılmıştır. Antibiyotik araştırmaları 1943’de Selman Waksman ve arkadaşları tarafından, streptomisinin bulunmasıyla hız kazanmıştır. O yıllarda streptomisin, tüberküloz tedavisinde kullanılan etkili ilk antibiyotik olmuş ve Streptomyces cinsinin tip türü olan Streptomyces griseus’dan elde edilmiştir. Waksman ve arkadaşlarının buluşundan sonra 1950 ve 1960’ lı yıllarda [1] çok sayıda antibakteriyal ve antifungal antibiyotikler bulunmuş (Tablo 1), ve bu dönem antibiyotik keşiflerinin “Altın Çağı” olarak nitelendirilmiştir [2]. 1970’li yılların ortalarına doğru antibiyotik dirençli bakteriler hastanelerde azaltılmış, salgın hastalıklar gündemin dışına çıkmış; diğer bir deyişle, araştırıcılar antibiyotiğe dirençli bakterilerin yol açtığı hastalıkları, tedavinin zor olmayacağını ve bunlarla kolayca başa çıkılabileceğini düşünmüşlerdir. Bu düşüncelerin ışığında uygulanan tedaviler başarılı olduğu için hastalık etmeninin de belirlenmesine gerek duyulmamıştır. Ne var ki, bu tür görüşler, çocuklarda menenjite neden olan ampisiline dirençli Haemophilus influenzae ile ona yakın penisiline dirençli Neisseria gonorrhoeae’nin izole edilmesiyle değişmiştir. Anılan her iki patojen de salgın hastalıklara yol açabildiklerinden [3] bu durum, hastalığa yol açan organizma ile uygulanan tedavi yöntemi arasındaki ilişkiyi/etkileşimi esas alan; antibiyotiğe karşı direnç kazanmış mikroorganizmalara karşı alternatif tedavi yöntemlerinin doğmasına sebep olmuştur. Son yıllarda çok sayıda antibiyotik, mikroorganizmalardan (özellikle streptomisetlerden) izole edilmiş, tıp ve tarım alanında kullanılmış ve bunun sonucunda önemleri çok iyi anlaşılmıştır [4]. Patojenik bakterilerin, sıkça kullanılan antibiyotiklere karşı direnç kazanması etkili ilaçların doğal ya da yapay yolla acilen üretilmeleri gerektiği konusunda bilim adamlarını bir araya getirmiştir. Tam zamanlı klasik antibiyotik araştırma programlarına ek olarak, mikrobiyal genetiğe dayanan yeni bütünleşik metotlar devreye sokulmuştur. Bunlar arasında daha çok, antibiyotik üretiminden sorumlu gen dizilerinin belirlenmesi ile biyosentez teknolojisi ön plana çıkmaktadır. Antibiyotik üretiminden sorumlu uygun gen dizilerinin biyosentetik yol izlerinin değiştirilmesiyle de yeni ürünlerin keşfi sağlanabilmektedir. Diğer bir yol ise, laboratuarda büyütülemeyen, ancak yeni metabolitleri üretebilen mikroorganizmalara ait DNA’nın doğrudan topraktan moleküler teknikleri kullanarak izole edilmesidir. Bu konuda başarılı birkaç çalışma mevcut olup, bilinmeyen bir çevreden fonksiyonel DNA izolasyonunda halen çok fazla zorluklar bulunmaktadır. Antibiyotiklerin insanlarda hastalıklara yol açan bakterilere uygulanmasından kısa bir süre sonra, hayvanlardaki hastalıkların iyileştirilmesinde de kullanılmaya başlandı. Hatta düşük dozlarda yemlere karıştırılarak, daha kısa zamanda hızla kilo almaları için uygulanmıştır [5]. Günümüzde antibiyotikler bitki hastalıklarının biyolojik kontrolünde de kullanılmaktadır [25]. Son zamanlarda endüstriyel açıdan gelişmiş ülkelerdeki antibiyotik kullanım oranının yarısının insanlar için yarısının da hayvanlar için olduğu ifade edilmektedir [5].

49

e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0008, 4, (2), 48-60. Oskay, M. ve Tamer A.U.

Tablo 1. Streptomyces kökenli bazı antibiyotiklerin keşfedildiği yıllar ve kaynakları (Table 1. Discovered years and sources of some antibiotics originated Streptomyces)
Antibiyotik Streptomisin Kloramfenikol Neomisin B Klortetrasiklin Neomisin Oksitetrasiklin Nistatin Eritromisin Tetrasiklin Novobiyosin Sikloserin Vankomisin Kanamisin Paromomisin Yıl 1943 1947 1947–1953 1948 1949 1950 1950 1952 1954 1955 1955 1956 1957 1959 Üretici Organizma Streptomyces griseus “ venezuelae “ “ “ “ “ “ “ “ “ “ “ “ “ “ lavendulae aureofaciens fradiae rimosus noursei erythreus sp. spheroides niveus orchidaceus gaeryphalus orientalis kanamyceticus rimosus Kaynak Toprak, New Jersey, USA Bataklık, Venezuela Yol duvarı, Paris, Fransa Toprak Toprak, New Jersey, USA Toprak Çiftlik toprağı, USA Toprak, Filipin adaları Toprak, Teksas, USA Çayır ve otlaklar, Vermont, USA Toprak, Indiana, USA Toprak, Guatemala Toprak, Çin, USA Toprak, Japonya Toprak, Kolombiya

2. ÇALIŞMANIN ÖNEMİ (RESEARCH SIGNIFICANCE) Yeni antibiyotiklerin keşfindeki artış, enfeksiyöz hastalıkların ve dirençli organizmaların gündeme gelişiyle paralellik göstermektedir [8]. Dolayısıyla, yeni antibiyotik aktif maddelerinin mikroorganizmalardan ucuz yolla ve yeni teknolojiler kullanılarak (Streptomyces türlerinde antibiyotik üretiminden sorumlu genlerinin belirlenip laboratuar koşullarında hızlı ve atık maddelerde büyüyebilen bir bakteriye aktarılarak bu maddenin üretimi sağlanabilir) elde edilmesi gerekmektedir. Bu konuda ülkemizde yapılan araştırmalar genelde bireysel çalışmalar düzeyinde kalmakta ve elde edilen bilgi ve bulgular da çoğunluk önkaynaksız birer önaraştırma niteliğini taşımaktadır. 3. CİNS: STREPTOMYCES (GENERA: STREPTOMYCES) Streptomyces cinsi; gram-pozitif ve filamentöz toprak bakterilerini barındırmakta olup; hayat döngüleri boyunca çeşitli morfolojik değişimlere uğrarlar. Bu cinsteki bakteriler; batık (ince, dallanmış, çoğunlukla renksiz ve bölmesiz, organizmanın geliştiği ortama gömülü; birincil, substrat ya da vejetatif miselyum olarak da bilinen yapı) ve havasal (yün biçiminde, hafif dallanmış hiflerden meydana gelmiş, çoğunlukla oluşturulan pigmentlerden dolayı renkli, çok sayıda kıvrımlı spor zincirlerini barındıran, batık misellerden daha kalın) olmak üzere iki tip miselyum oluştururlar. Normalde spor formunda olmalarına rağmen, yeterli nem ve besini bulduklarında sporları çimlenerek batık miselyumu oluşturur. Bu morfolojik değişimlerle beraber pigmentler, antibiyotikler ve diğer sekonder metabolitlerin de üretimi başlar [6 ve 7]. Streptomyces cinsi üyeleri toprak dışında, kompostlarda, sucul ortamlarda, hayvan yemleri ve samanlar üzerinde de bulunurlar [6]. Yapılan çalışmalar evsel ortamlarda, havada bulunduğunu da göstermektedir [8]. Streptomyces cinsinin kimyasal, moleküler ve taksonomik özellikleri bazı çalışmalar ile ortaya konulmuştur [6, 9 ve 10]. Buna göre; asit fast olmayan, nadiren parçalanan batık hiflere (0.5-2 µm) sahip ve üremeleri 50

e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0008, 4, (2), 48-60. Oskay, M. ve Tamer A.U.

havasal hiflerin ucundaki hareketsiz sporlarla gerçekleşen organizmalardır. İstisna birkaç tür, batık miselyumda kısa spor zincirleri oluşturur; sklerotium, piknidium, sporangium ve sinnema benzeri yapılar oluşturulabilir [11, 12 ve 13]. Büyümenin başlangıcında koloniler; düz ve yumuşak, sonraları sert-sıkı, pamuksu, granüllü, pudramsı veya kadifemsi görülebilir. Batık miselin renginden sorumlu çok sayıda pigment üretilebilir, ayrıca diffüse pigmentler de oluşturulabilir. Çoğu suş tek tip ya da farklı yapıda antibiyotik üretebilir. Aerobik olup, kemoorganotrofik oksidatif metabolizmaya sahiptirler. Katalaz pozitifdir. Genellikle nitratlar nitritlere indirgenir ve adenin, eskulin, kasein, jelâtin, hipoksantin, nişasta, Ltirozin parçalanır. Büyüme ve enerji için çok sayıda organik bileşik karbon kaynağı olarak kullanılabilir. En uygun büyüme sıcaklığı 25–35oC arasındadır, bazı türler, psikrofilik veya termofiliktir. Optimum pH istekleri 6.5–8.0 arasında değişir. Hücre çeperi peptidoglikan yapısında büyük miktarlarda L-Diaminopimelik asit (L-DAP) içerirler. Mikolik asit içermezler ve doymuş izo ve anteizo yağ asitleri, predominant izoprenolok olarak dokuz izopren birimi ile hekza ve okta dehidrojene menaquinon; ayrıca, difosfatidilethonalamin, fosfatidilgliserol, fosfatidilinositol, difosfotidilinositol içeren karmaşık polar yağ içerirler; bu yağ karakteristikleri ile fosfolipit tip 2 grubuna dâhildirler. DNA'larının Guanin + Sitozin oranı %69–78 arasında değişir. Çoğunlukla çürükçül olup; birkaç tür nadiren insanlarda ve hayvanlarda, bazıları ise bitkilerde patojendir. Streptomyces cinsine giren türlerin sayısı gittikçe artmaktadır. 1997 yılına kadar 464 tür ile 45 alttür rapor edilmiştir [11]. 2002 yılında Alman Mikroorganizma ve Hücre Kültürleri Koleksiyonu(DSMZ)’nda 650’den fazla tür bulunduğu bildirilmiştir. Böylece, bu cins Actinobacteria sınıfı Actinomycetales takımının en fazla tür içeren üyesi olmuştur [12]. Bütün bu sınıflandırmalara dayanarak streptomisetler, 20 büyük, 41 küçük ve 22 tekil-üye gruplarına ayrılmıştır. Büyük sınıflar 6 ya da daha fazla tip suştan oluşan tür gruplarını, küçük sınıf ise 2-5 tip suştan oluşan tek bir tür olarak düşünülmektedir [12, 13, 14, 15, 16 ve 17]. Bu grupların sayı ve içeriği, kullanılan yönteme ve araştırıcıya göre artabilmekte ya da azalabilmektedir. Ancak şu an için büyük grupların sayısının değişmeyeceği düşünülmektedir [10]. En büyük grup S. albidoflavus türünü içeren gruptur ve 71 suşu kapsamaktadır [13]. Yine, en önemli alt gruplar arasında S. albidoflavus, S. anulatus ve S. halstedii sayılabilir [13]. Streptomisetlerin sistematiğinde tür kavramı hala çelişkilidir. Cinslerin taksonomik durumları oldukça karmaşık olup, türlerin tanımlanabilmeleri için minimum karakterlerin değişkenlik gösterdikleri bilinmektedir. Araştırıcılar, Streptomyces cinsine bağlı türlerinin saptanması ve ifadesinde; fenotipik ve genotipik karakterlerin birlikte ele alınması gerektiğini belirtmektedirler [14, 15, 16 ve 17]. 4. SEKONDER METABOLİTLER (SECONDARY METABOLITES) Sekonder metabolizma; genelde DNA’daki bir grup gen ya da nadiren plasmid DNA üzerindeki genlerce kontrol edilir. Primer metabolizmanın aksine, sekonder metabolizmayı yönlendiren biyokimyasal yol izleri henüz tam olarak belirlenmediği gibi, hücrenin birincil derecedeki metabolik işlemlerde ve büyümede gerekli olmadıkları anlaşılmıştır [18]. Mikrobiyal sekonder metabolitler arasında; antibiyotikler, pigmentler, toksinler ve simbiyosis de etkili maddeler, enzim inhibitörleri, feromonlar, bağışıklık sistemine etki yapan bileşikler, reseptör antagonist ve 51

e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0008, 4, (2), 48-60. Oskay, M. ve Tamer A.U.

agonistleri, pestisitler, antitümöral ajanlar ile bitki ve hayvan büyüme promotörleri bulunmaktadır. Üretimlerini; büyüme ortamındaki besinler, büyüme oranı, geri-besleme kontrolü (feed back control), enzim inaktivasyonu ya da aktivasyonu etkileyebilmektedir. Hücre içindeki üretimleri ise; düşük moleküler ağırlığa sahip bazı maddeler, tRNA, sigma-faktörleri ve yavaşlama fazındaki büyüme esnasında sentezlenen bazı bileşikler tarafından kontrol edilmektedir. Sekonder metabolitlerin laboratuar koşullarında üretimi esnasında miktarı ve çeşitliliği, ortamdaki besinlerin oranı ve farklılığına göre de değişebilmektedir. Fermentasyon ortamlarına büyümeyi sınırlayan karbon kaynağı eklenmesi ya da fosfatın azaltılması antibiyotiğin üretiminde artışa neden olmaktadır [19 ve 20]. Ortamdaki azot miktarı da sekonder metabolitlerin üretimini etkileyebilmektedir [21]. Üretim mekanizmaları tam olarak bilinmemekte, ancak sporulasyona bağlı olduğu ve paralelinde sentezlendikleri düşünülmektedir. Hem sekonder metabolit üretimi hem de sporulasyon, S. griseus’ daki hormon benzeri regülasyon faktörleri (A-Faktör gibi) ile teşvik edilmektedir [22]. Streptomisetlerin “regülasyon” mekanizmaları oldukça karmaşıktır. Örneğin S. coelicolor’ un proteinlerini kodlayan genlerin yaklaşık %12’sinin “düzenleme” mekanizmalarından sorumlu olduğu belirtilmektedir [23]. 4.1. Antibiyotikler (Antibiotics) Antibiyotikler, prokaryotik ve ökaryotik organizmaların belli bölgelerine olumlu ve/veya olumsuz yönde etki gösterebilen, düşük moleküler ağırlığa sahip, mikrobiyal kökenli sekonder metabolitlerdir. Moleküler ağırlıkları 150-5000 dalton arasında değişir. Molekülleri karbon, hidrojen, oksijen ve azot, hatta diğer bir kısmı kükürt, fosfor veya halojen atomlarını içerir [24, 25, 26 ve 27]. Sidal ya da statik etkili olabilen antibiyotikler; kimyasal yapılarına, üretici organizmaya, etki spektrumlarına ve hücrede etkili oldukları hedef bölgelere [28](Şekil 1.) göre farklı gruplara ayrılabilirler. Antibiyotikler insanlar ve de hayvanlardaki çeşitli enfeksiyonların tedavisinde kullanılmaktadır. Terapötik ya da koruyucu amacının yanında, hayvanın günlük besinine antibiyotik karıştırılarak hayvan beslenmesinde de kullanılır [29]. Bu olay antimikrobiyallerin hayvan büyümesini teşvik etmesi ve dolayısıyla hayvanın yeterli ağırlığa sahip olması için uygulanmaktadır. Ayrıca antibiyotikler; besinlerin saklanmasında, biyokimyasal ve kültür ortamlarında seçiciliği sağlamada araştırma materyali olarak, tarımda koruyucu madde ya da büyümeyi hızlandırmak için kullanılmaktadır [24, 25, 26 ve 27].

52

e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0008, 4, (2), 48-60. Oskay, M. ve Tamer A.U.

Şekil 1. Bazı antibiyotiklerin bakteri hücresinde hedef aldığı bölgeler (Figure 1. Targeted sites of the some antibiotics in a bacteria cell) Streptomisetler antibiyotikleri; kendi doğal ortamlarında, özellikle toprakta, morfolojik değişimlerle beraber üretmeye başlamaktadırlar. Grup üyeleri antibakteriyal, antifungal, antiparazitik, antitümoral ve immunosupresif biyolojik aktiviteye sahip çok sayıda sekonder metabolitin üreticileri olarak bilinir [30]. 23000’in üzerinde bilinen mikrobiyal sekonder metabolitin %42’si aktinomisetler, %42’si funguslar ve %16’sı da diğer bakterilerce üretilmektedir. Bilinen 10000 antibiyotiğin yaklaşık %55-65’inin üreticisi Streptomyces cinsinin üyeleridir [31 ve 32]. Çok sayıda biyolojik aktivitesi olan bu antibiyotiklerle ilgili örnekler Tablo 1’de özetlenmiştir [33]. Streptomyces cinsinden olan bakterilerin insanlarda patojen olduklarına dair fazla kayıt bulunmamasına karşılık, S. somaliensis’in dünyanın çeşitli bölgelerinde “aktinomikozis” hastalığının etmeni olduğu bilinmektedir [34]. Bunun dışında S. griseus, S. albus, S. rimosus, S. lavendulae, S. violaceoruber ve S. coelicolor gibi türlerin de klinik olaylardan özellikle de bağışıklık sistemi yetersizliği bulunan hastalardan izole edildikleri yine saptanan bulgular arasındadır [34].

53

e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0008, 4, (2), 48-60. Oskay, M. ve Tamer A.U.

Tablo 1. Streptomyces kökenli bazı antibiyotikler ve biyolojik aktiviteleri (Table 1. Some antibiotics derived from Streptomyces and their biological activity)
Biyolojik Aktivite Antibiyotik Streptomisin Kanamisin A, B Higromisin B Sefamisin A, B Tienamisin Klavularik asit Oleandomisin Lankasidin Pristinamisin Oksitetrasiklin Linkomisin Spiramisin Eritromisin A Kloramfenikol Valinomisin 2-OH-metilklavam Nistatin Amfoterisin B Candisin/Levorin Rapamicin Ara-A Tunikamisin Daunorubisin Doxorubisin Antitümoral Ditrisarubisin Mitomisin C Aktinomisin Sarkomisin Higromisin B Avermektin Milbemisin Monensin Salinomisin Avermektin Milbemisin Herbisidal ATPase inhibitörleri Diyabetik Büyüme Promotörü Bialafos Fosfinotirisin Bafilomisin Streptozotosin Lasalosid Sodyum Monensin Sodyum Salinomisin Kaynağı griseus kanamyceticus hygroscopicus chartreusis cattleya clavligerus antibioticus violaceoniger pristinaespiralis rimosus lincolnensis ambofaciens erythreus venezuelae griseus clavuligerus noursei nodosus griseus hygroscopicus antibioticus chartreusis peuceticus, coeruleorubidus peuceticus var. caesius “ cyaneus “ caespitosus “ antibioticus “ erythrochromogenes Streptomyces hygroscopicus “ avermitilis “ hygroscopicus sp. aureolacrimosus “ cinnamomensis “ albus Streptomyces avermitilis “ hygroscopicus sp. aureolacrimosus Streptomyces hygrocopicus “ viridochromogenes Streptomyces griseus “ halstedii Streptomyces achromogenes Streptomyces sp. S. cinnamonensis “ albus Streptomyces “ “ “ “ “ “ “ “ “ “ “ “ “ “ Streptomyces “ “ “ “ Streptomyces “ Streptomyces “ “

Antibakteriyal

Antifungal Antiviral

Antiparazitik

Insektisidal

Tilosin Fosfat

cirratus

54

e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0008, 4, (2), 48-60. Oskay, M. ve Tamer A.U.

5. ANTİBİYOTİK ARAŞTIRMALARINDA BAZI MOLEKÜLER TEKNİKLER (SOME MOLECULAR TECHNICS IN ANTIBIOTIC INVESTIGATIONS) Her biri birer antibiyotik üreticisi olan Streptomyces cinsine bağlı türlerinde, moleküler tekniklerin kullanılması, ilgili maddelerin izolasyonu ve yine ilgili tanımlamaların yapılması son derece önemlidir. Şu anda klasik yöntemlerle belirlenebilen tüm mikroorganizmaların oranı %0.001–15 arasında değişmektedir. Farklı ortamlardan alınan örneklerdeki mikroorganizmalardan elde edilen 16S rRNA genlerinin, PCR ile çoğaltılması sonucunda bu oran %7-64’e yükseltilebilmektedir. Sonuçta elde edilen gen dizilerinin daha önceden izole edilmemiş yani yeni mikroorganizmalardan kaynaklandığı ortaya çıkmıştır [35]. Bir karşılaştırma yapıldığında kültürü yapılabilen organizmalar mikrobiyal topluluğun sadece %1-10’u kadardır [35]. O halde antibiyotik üreticisi Streptomyces türlerinin araştırılmasında en önemli yolun moleküler metotlar olduğu açıktır. Bu metotlar arasında; 1. Bakteriyal 16S rRNA genlerinin belirlenmesi (bu genler farklı özellikte primer ve probların oluşturulmasında önemli görevleri bulunan değişken bölgeleri içerir. Bu değişken bölgeler farklı türlerde benzer genleri kapsar ve filogenetik açıdan oldukça önemli bilgileri taşır), 2. DNA izolasyon teknikleri, 3. PCR’a dayalı teknikler, 4. In situ teknikler (rRNA genlerini hedef alan fluorogenik probların aranması temeline dayanır) ve 5. Fosfolipid yağ asitlerinin analizi gibi teknikler yer almaktadır [35]. Streptomyces ile ve onunla yakından ilişkili olan cinslerden yeni ilaçların elde edilmesi yoğun bir şekilde sürmektedir. Günümüzde iki Streptomyces cinsinin iki üyesinin (S. coelicolor ve S. avermitilis) genom projeleri tamamlanarak, sekonder metabolitlerin üretiminden sorumlu biyosentetik enzim gen grupları belirlenmiştir. Bu iki türden daha önceden belirlenen metabolitlerin yanında, ilk kez izole edilen ürünlerde gün ışığına çıkarılmıştır. Böylece, bu grup organizmaların klasik tarama yöntemleriyle belirlenen antibiyotiklerden çok daha fazla doğal metabolit üretme yeteneğinde oldukları görülmüştür. Streptomyces üyelerinin antibiyotik üretiminden sorumlu genin promotor bölgesine etki edilerek antibiyotiğin miktarı artırılabilmektedir. Ayrıca, antibiyotik üretiminden sorumlu genlerin daha hızlı çoğalan organizmalara aktarımı yapılarak antibiyotiğin ucuz yoldan hızlı bir şekilde üretimi yapılmaktadır. Sheldon ve arkadaşları [36 ve 37] mitomisin üretiminden sorumlu S. lavendulae’nın gen haritasını belirleyerek, bu antibiyotik üretiminden sorumlu geni saptamışlardır. Benzer yöntemle Pandza ve arkadaşları [38] S. rimosus’dan oksitetrasiklin üretimiyle ilgili geni belirleyerek, aynı antibiyotiği üreten ve bu organizmayla ilişkili olmayan S. coelicolor’un antibiyotik üretiminden sorumlu genleri ile Benzer çalışmalar aktinomisin üreticisi S. karşılaştırmışlardır. antibioticus [39] ve streptomisin üreticisi S. rameus [40] üzerinde yapılmıştır. Son zamanlarda çevresel örneklerden doğrudan genetik materyalin izole edilmesi (metagenomik, çevresel genomik) gündemde olup, bu yöntemle laboratuar koşullarında büyütülemeyen mikroorganizmalardan önemli metabolitlerin taranması yapılabilmekte ve gen bankaları oluşturulabilmektedir (Şekil 2) [41].

55

e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0008, 4, (2), 48-60. Oskay, M. ve Tamer A.U.

Şekil 2. Çevresel örneklerden metagenomların elde edilmesi ve yeni aktivitelerin belirlenmesinde farklı yöntemler (Figure 2. Different approaches for obtaining metagenome from enviromental samples and for determining their new activities) Çok sayıda antibiyotiğin tedavide kullanılmasına rağmen neden yeni antibiyotiklere gereksinim vardır? Bunun sebepleri arasında; çok daha az toksik anti-kanser ilaçlara gerek duyulması; daha da önemlisi hızla artan antibiyotik direnci ve bu organizmaların kullanılan antibiyotikleri yetersiz kılmasıdır. Bu bakteriler arasında metisilin dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) hastanelerdeki çoğu enfeksiyondan sorumludur. Karın ameliyatlarında sorun yaratan vankomisine dirençli Enterococcus ve antibiyotiklere çoğul direnç gösteren Mycobacterium tuberculosis’de bilim adamlarını oldukça uğraştırmaktadır. Şu anda solunum yolu patojeni Gram-negatif bakterilerin gittikçe antibiyotiklere direnç kazanması gündemdedir [2 ve 42]. 6. SONUÇ VE ÖNERİLER (RESULT AND SUGGESTIONS) Mikroorganizmaların ürettiği sekonder metabolitlerden olduğu bilinen antibiyotiklerin çoğu, aktinomisetlerden Streptomyces cinsi üyeleri tarafından üretilir. Matematiksel bir modellemeye göre bu cins tarafından üretilen antibiyotiklerin %97’si henüz keşfedilmemiştir. Antibiyotik araştırma programlarının (özelliklede Streptomyces kökenli antibiyotiklerin) 2020 yılına kadar sonuçlanacağı, ancak pek çok 56

e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0008, 4, (2), 48-60. Oskay, M. ve Tamer A.U.

antibiyotik için bunu söylemenin güç olduğu ifade edilmektedir [43]. Bundan dolayı, son zamanlardaki çalışmalar streptomisetlerden yeni antibiyotiklerin izole edilmesinde DNA dizi bilgilerine dayanmaktadır. Antibiyotikler günümüzde, bütün dünyada en fazla kullanılan ilaçlar arasında yer almakta; tıbbın dışında tarım gibi çok çeşitli alanlarda kullanılmaları önemlerini daha da artırmaktadır. Bu yaygın kullanımları ise hem ekonomik yükü hem de yan etkilerinin sıkça ortaya çıkmalarına yol açmış bu ise aynı zamanda, toplum sağlığını da tehdit eder bir hale gelmelerine neden olmuştur. Özellikle az gelişmiş toplumlarda bilinçsizce kullanılması ve patojen mikroorganizmaların bunlara karşı hızla direnç kazanmaları sorun olmaktadır. Her ne kadar yan etkilerinin bulunması bir gerçek olsa da, onlar olmadan çoğu hastalıkların tedavisi mümkün olmamaktadır. Görünüşe göre mikroorganizmalar bizlerden her zaman bir adım önde bulunmakta, antibiyotik araştırma programlarından daha hızlı olarak, alternatif direnç mekanizmalarını geliştirmektedirler. Aynı zamanda virüslerle ortaklık kurarak kalkanlarını sağlamlaştırmakta ve güçlerini artırmaktadırlar. En önemlisi ise; patojen organizmaların patojen olmayan ancak antibiyotiklere direnç geni taşıyan organizmalardan da bu direnç genlerini kolayca alabilmeleri, doğal ortamlarında özellikle toprakta bulunan ve henüz keşfedilmemiş antibiyotiklerle insanlardan çok daha önce tanışmalarıdır. Durum böyle iken ve bulaşıcı salgınlar başlamadan önce yeni ve etkili antibiyotik aktif maddelerinin bir an önce keşfedilmesi yerinde olacaktır. Antibiyotik aktif maddelerinin kısa zamanda üretimine başlanılabilmesi için, moleküler biyoloji, biyoteknoloji ve gen mühendisliği alanlarında dünyada geliştirilen teknolojilerin ülkemize getirilerek antibiyotik araştırma programlarında uygulanması gereklidir. 1. 2. 3. KAYNAKLAR (REFERENCES) Anonim. Post Penicillin Antibiotics, http://eprints.ucl.ac.uk/2074/1/wit6.pdf (Erişim tarihi: 02/02/2009) Hopwood, D., (2004). New Drugs by Manipulating Streptomyces genes Microbiology Today, 34: 64–65. Roberts, M.A. and Crawford, D.L., (2000). Use of randomly amplified polymorphic DNA as a means of developing genus- and strain-specific Streptomyces DNA probes. Applied Enviromental Microbiology, 66: 2555–2564. Spiewack, R., Gora, A., and Dutkiewitz, J., (2001). Work-related skin symptoms and type I allergy among eastern-Polish farmers growing hops and other crops. Annals of Agricultural and Environmental Medicine, 8: 51–56. Levy, S.B., (1992). The antibiotic paradox: how miracle drugs are destroying the miracle. New York Plenum Press, 324(24), pp:279. Williams, S.T., Goodfellow, M., and Alderson, G., (1989). Genus Streptomyces Waksman and Henrici 1943.339AL. In Bergey' s Manual of Systematic Bacteriology. Vol:4, pp:2452–2492. Williams & Wilkins Company, Baltimore. Wendisch, F.K. and Kutzner, H.J., (1991). The family Streptomycetaceae. In Prokaryotes. Second edition, Vol:1. p, 922995. Ed. by A. Ballows et al., Springer Verlag. Andersson, M.A., Weiss, N., Rainey, F., and Salkinoja-Salonen, M.S., (1999). Dust-borne bacteria in animal sheds, schools and

4.

5. 6.

7. 8.

57

e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0008, 4, (2), 48-60. Oskay, M. ve Tamer A.U.

9.

10. 11.

12.

13.

14. 15. 16.

17.

18. 19. 20.

21. 22.

children's day care centers. Journal of Applied Microbiology, 86: 622–634. Lechevalier, H.A., (1989). The Actinomycetes III, A Practical Guide to Generic Identification of Actinomycetes. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Vol:4, pp:2344–2347. Williams & Wilkins Company, Baltimore. Anderson, A.S. and Wellington, M.H.E., (2001). The taxonomy of Streptomyces and related genera. International Journal of Systematic Bacteriology, 51: 797–814. Hain, T., Ward-Rainey, N., Kroppenstedt, R.M., Stackebrandt, E., and Rainey, F.A., (1997). Discrimination of Streptomyces albidoflavus strains based on the size and number of 16S-23S ribosomal DNA intergenic spacers. International Journal of Systematic Bacteriology, 47: 202–206. Stackebrandt, E., Rainey, F.A. and Ward-Rainey, N.L., (1997). Proposal for a new hierarchic classification system, Actinobacteria classis nov. International Journal of Systematic Bacteriology, 47: 479–491. Williams, S.T., Goodfellow, M., Wellington, E.M.H., Vickers, J.C., Alderson, G., Sneath, P.H.A., Sackin, M.J., and Mortimer, A.M., (1983). A probability matrix for identification of some Streptomycetes. Journal of General Microbiology, 129: 1815–1830. Labeda, D.P. and Lyons, A.J., (1991). Deoxyribonucleic acid relatedness among species of the Streptomyces cyaneus cluster. Systematic and Applied Microbiology, 14: 158–164. Labeda, D.P., (1993). DNA relatedness among strains of the Streptomyces lavendulae phenotypic cluster group. International Journal of Systematic Bacteriology, 43: 822–825. Labeda, D.P., Lechevalier, M.P., and Testa, R.T., (1997). Streptomyces stramineus sp. nov., a new species of the verticillate streptomycetes. International Journal of Systematic Bacteriology, 47: 747–753. Kim, B., Şahin, N., Minnikin, D.E., Zakrzewska-Czerwinska, J., Mordarski, M., and Goodfellow, M., (1999). Classification of thermophilic Streptomycetes, including the description of Streptomyces thermoalkalitolerans sp. nov. International Journal of Systematic Bacteriology, 49: 7–17. Demain, A.L., (1998). Induction of microbial secondary Metabolism. International Microbiology, 1: 259–264. Aharonowitz, Y. and Demain A.L., (1978). Carbon catabolite regulation of cephalosporin productionin Streptomyces clavuligerus. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 14: 159–164. McDowall, K.J., Thamchaipenet, A., and Hunter, I.S., (1999). Phosphate control of oxytetracycline production by Streptomyces rimosus is at the level of transcription from promoters overlapped by tandem repeats similar to those of the DNA-binding sites of the OmpR family. Journal of Bacteriology, 181: 3025–3032. Aharonowitz, Y., (1980). Nitrogen metabolite regulation of antibiotic biosynthesis. Annual Review of Microbiology, 34: 209– 233. Horinouchi, S. and Beppu, T., (1992). Regulation of secondary metabolism and cell differentiationin Streptomyces: A-factor as a microbial hormone and the AfsR protein as a component of atwocomponent regulatory system. Gene, 115: 167–172. 58

e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0008, 4, (2), 48-60. Oskay, M. ve Tamer A.U.

23. Bentley, S.D., Chater, K.F., Cerdeno-Tárraga, A..M., Challis, G.L., Thomson, N.R., and James, K.D., (2002). Complete genome sequence of the model actinomycete Streptomyces coelicolor A3(2). Nature, 417: 141–147. 24. Öner, M., (1989). Actinomycetes (Selman A. Waksman 1967' den çeviri). Ege Üniversitesi Fen Fakültesi Kitaplar Serisi, No: 89. EÜ. Basımevi, Bornova-Izmir, ss:328. 25. Denizci, A.A., (1996). Ege ve Doğu Karadeniz Bölgesi Topraklarından Izole Edilen Aktinomisetlerden Antibakteriyal Antibiyotiklerin Aranması ve Üretimi Üzerine Bir Araştırma. Doktora Tezi, EÜ. Fen Bilimleri Enstitüsü, Bornova-İzmir, 133 sayfa. 26. Anonim. Antibiotics on the Farm. The New York Times. January 9, 2001. http://query.nytimes.com/gst/fullpage.html?res=9D04E7D6123AF93AA357 52C0A9679C8B63&n=Top/News/Science/Topics/Livestock# (Erişim tarihi: 03/02/2009) 27. Anonim. Novel Antibiotics Database, http://www.nih.go.jp/~jun/NADB/search.html (Erişim tarihi: 02/02/2009) 28. Tabarez, M.R., (2005). Discovery of the new antimicrobial compound 7-O-malonyl macrolactin. Ph.D. Thesis, Faculty of Natural Sciences, University of Carolo-Wilhelmina, 167 pages. 29. Wassenaar, T.M., (2005). Use of Antimicrobial Agents in Veterinary Medicine and Implications for Human Health. Critical Reviews in Microbiology, 31: 155–169. 30. Roy, R.N., Laskar, S., and Sen, S.K., (2006). Dibutyl phthalate, the bioactive compound produced by Streptomyces albidoflavus 321.2. Microbiological Research, 161: 121–126. 31. Demain, A.L., (1999). Pharmaceutically active secondary metabolites of microorganisms. Applied Microbiology and Biotechnology, 52: 455– 463. 32. Lazzarini, A., Cavaletti, L., Toppo, G., and Marinelli, F., (2000). Rare genera of actinomycetes as potential producers of new antibiotics. Antonie van Leeuwenhoek, 78: 399–405. 33. Oskay, M., (2006). Kuzey Kıbrıs Topraklarından Antimikrobiyal Aktivitesi Yüksek Streptomyces Suşlarının İzolasyonu, Taksonomisi ve Fermentasyon Çalışmaları Üzerine Bir Araştırma. Doktora Tezi, Celal Bayar Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Manisa, 142 sayfa. 34. Ahmed, A.J., Ali, S.T., Weinbaum, D., and Goldberg, E., (1996). Streptomyces infection in AIDS presenting with pneumonia and monarthritis. Infectious Diseases in Clinical Practice, 5: 207–208. 35. Rintala, H., (2003). Streptomycetes in Indoor Environments-Pcr Based Detection and Diversity. Academic Dissertation, University of Kuopio, Department of Environmental Sciences, Kuopio, Finland, 70 pages. 36. Sheldon, P.J., Johnson, D.A., August, P.R., Liu, H.W., and Sherman, D.H., (1997). Characterization of a Mitomycin-Binding Drug Resistance Mechanism from the Producing Organism, Streptomyces lavendulae. Journal of Bacteriology, 38: 1796–1804. 37. Sheldon, P.J., Mao, Y., He, M., and Sherman, D.H., (1999). Mitomycin Resistance in Streptomyces lavendulae Includes a Novel Drug-Binding-Protein-Dependent Export System. Journal of Bacteriology, 40: 2507–2512. 59

e-Journal of New World Sciences Academy Ecological Life Sciences, 5A0008, 4, (2), 48-60. Oskay, M. ve Tamer A.U.

38. Pandza, K., Pfalze, G., Cullum, J., and Hranueli, D., (1997). Physical mapping shows that the unstable oxytetracycline gene cluster of Streptomyces rimosus lies close to one end of the linear chromosome. Microbiology, 143: 1493–1501. 39. Hsieh, C.J. and Jones, G.H., (1995). Nucleotide Sequence, Transcriptional Analysis, and Glucose Regulation of the Phenoxazinone Synthase Gene (phsA) from Streptomyces antibioticus. Journal of Bacteriology, 22: 5740–5747. 40. Hatano, K., (1999). Replacement of ATCC 21273, the current type strain of Streptomyces rameus Shibata 1959, with IFO 3782: Request for an Opinion. International Journal of Systematic Bacteriology, 49: 931–932. 41. Ferrer, M., Beloqui, A., Timmis, K.N., and Golyshin, P.N., (2009). Metagenomics for Mining New Genetic Resources of Microbial Communities. Journal of Molecular Microbiolgy and Biotechnology, 16: 109–123. 42. Anonim. Antibacterial and antifungal drugs, http://www.hull.ac.uk/php/chsanb/BactWeb/Antiinfectives.pdf (Erişim tarihi: 02/02/2009). 43. Watve, M.G., Tickoo, R., Jog Bhalachandra, M.M., and Bhole, D., (2001). How many antibiotics are produced by the genus Streptomyces? Arch Microbiology, 176: 386–390.

60

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful