BIOQUMICA AMINOCIDOS 1 medicina

P J
PROFESOR JANO

PUNTOS CLAVE
Los monmeros de las protenas - ESTRUCTURA Y TIPOS Los aminocidos son biomolculas con una estrutura comn: un carbono unodo a un grupo cido, un grupo amino, un hidrgeno y un grupo R que los diferencia. Segn el grupo R los aminocidos tienes diferentes propiedades y tambin se clasifican en diferentes grupos

- PROPIEDADES DE LOS AMINOCIDOS -Presentan isomera ptica (L) -Propiedades cido bsicas. Son anfteras. Titulacin de aminocidos y pptidos.

- ENLACE PEPTDICO Es el enlace amida que se forma cuando se unem dos aminocidos: el grupo cido del primero con el grupo amino del segundo

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1.ESTRUCTURA DE UN AMINOCIDO
Los aminocidos son biomolculas que poseen un grupo carboxilo, un grupo amino, un hidrgeno y un grupo R que los diferencia. Existen 20 aminocidos que forman parte de las protenas aunque hay ms que, sin formar parte de las protenas desempean importantes funciones biolgicas. Al carbono central del aminocido se le denomina carbono alfa (C) y a los carbonos adicionales del grupo R , , , , , etc. A veces se sigue otra nomenclatura que consiste en llamar al carbono del grupo carboxilo C1 (como en la formulacin de orgnica normal) y el C sera del C2. Salvo en la glicina el C es quiral, es decir es un carbono asimtrico. Esto implica que los aminocidos tienen dos formas enantimeras (D y L) que son imgenes especulares: la D y la L. Las protenas estn formadas exclusivamente por aminocidos tipo L.

2.CLASIFICACIN DE LOS AMINOCIDOS

Se clasifican segn su grupo R. La naturaleza de estos grupos es crucial para comprender a fondo la bioqumica ya que van a dotar a las protenas de muchas de sus propiedades, especialmente aquellas que tienen que ver con su forma espacial y con su capacidad de interaccionar con otras biomolculas. Generalmente se suelen clasificar en cinco grupos atendiendo a su polaridad y a su carga.

GRUPOS R APOLARES ALIFTICOS

Aliftico = cadena hidrocarbonada. Estos aminocidos son apolres e hidrofbicos. Estos aminocidos como la alanina, la valina, leucina e isoleucina tienden a agruparse entre s en las protenas, estabilizando las estructuras proteicas a travs de interacciones hidrofbicas. Otros son la glicina, nico aminocido que no posee carbonos asimtricos, la metionina que tiene azufre en un grupo tioter y tambin la prolina que se caracteriza por tener una cadena lateral aliftica cclica. La presencia de la prolina reduce la flexibilidad estructural de las regiones polipeptdicas que contienen este aminocido.

GRUPOS R AROMTICOS
Son la fenilalanina, la tirosina y el triptfano. Son aminocidos bastante apolares (=hidrofbicos). No obstante el grupo OH de tirosina puede formar puentes de hidrgeno y suele ser bastante frecuente en los enzimas que establecen puentes de hidrgeno, por ejemplo con los sustratos. Los aminocidos con grupos R

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aromticos, sobre todo el triptfano y la tirosina tienen una gran capacidad de absorber las luz ultravioleta (280 nm).

GRUPOS R POLARES SIN CARGA

Son la serina (OH), treonina (OH), cistena (SH), asparagina y glutamina, cuya polaridad se debe a sus grupos amida. La cisteina se puede oxidar reaccionar con otra cistena formando dos cisteinas unidad o cistinas, formando puentes disulfuro que son muy hidrofbicos (apolares)

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GRUPOS R CARGADOS POSITIVAMENTE (bsicos)

Algunos grupos R pueden tener carga ya que llevan un grupo carboxilo o como en este caso un grupo amino (-NH3+) que est cargado a pH fisiolgico (pH = 7 aprox.). Estos aminocidos son la lisina, la arginina y la histidina. La histidina es el nico aminocido estndar que tiene una cadena lateral ionizable con un pKa prximo a la neutralidad. En muchas reacciones catalizadas por enzimas, el residuo de His facilita la reaccin al servir de dador/aceptor de protones.

GRUPOS R CARGADOS NEGATIVAMENTE (cidos)

Son el glutamato y el aspartato por tener un grupo carboxilo (-COOH) en su su grupo R. Formacin de un puente disulfuro

3.- LOS AMINOCIDOS SON ANFTEROS

Anfteras son aquellas sustancias que pueden actuar tanto como cidos como bases. Cuando un aminocido se disuelve en agua (pH = 7) y dependiendo de las caracterstas cido-bsicas del aminocidos (determinadas por los pKs) establece equilibrios con su forma de ion dipolar o zwitterion (en alemn ion hbrido). Segn el equilibrio, se observa que puede actuar como cido o como base. (descarga del mapa - ver en internet ampliado)

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Para un aminocido con grupo R sin carga, los equilibrios son entre el zwitterion y el catin (+1) a pHs cidos y cuya constante es el pKa (-Log Ka, [K1 en el diagrama] la constante del su grupo carboxilo) y entre el zwitterion y el anin con constante pKb (-Log Kb [K2 en el diagrama]), la constante del grupo amino. Para estudiar el comportamiento anftero de los aminocidos se hacen pruebas de valoracin acido-base (como las que estudiaste en la asignatura de qumica del bachillerato) de modo que se va aadiendo OH- (o H+, segn se desee) a una disolucin del aminocido en cuestin, como se muestra en las grficas siguientes. A pHs bajos, la forma predominante del aminocido es la protonada (catin) y a pHs bsicos (>7) la desprotonada (anin) A continuacin se explica como modelo la curva de valoracin de la glicina.

Partimos de un pH cido en el que la glicina se encuentra completamente protonada. (I) Al ir aadiendo OH- el pH va aumentando y las molculas del aminocido van perdiendo su grupo carboxilo. Cuando el pH es igual al valor del pKa (Pk1) el 50 % del aminocido est en forma de zwitterion y el otro 50 % en forma protonada. Se puede observar que es una zona de la grfica con punto de inflexin en meseta. Esta meseta indica que en esa zona, aunque se modifique la [H+] del medio el pH se mantiene

constante. La conclusin es que para pHs prximos al pKa, el aminocido tendr capacidad amortiguadora . (lo mismo suceder para pHs prximos al pKb).
(II) Al seguir aadiendo OHs aumenta el pH

hasta llegar a otro punto de inflexin pero con grfica vertical en el que mnimos

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cambios en la [H+] del medio provocan grandes variaciones en el pH. A ese valor de pH se

le llama punto isoelctrico (PI), y para este valor el 100 % del aminocido se encuentra en forma de zwitterion.
(III) Al seguir aumentando el pH el grupo amino (-NH3+) ir perdiendo el protn. Cuando se

llega a la segunda meseta con un pH del medio igual al pKb, el 50 % del aminocido est en forma de zwitterion y el otro 50 % en forma completamente desprotonada. En este pH el aminocido tambin tiene capacidad de tamponamiento. Gracias a estas curvas seremos capaces de asignar la carga de un aminocido segn el pH del medio. Es importante que tengas siempre presente este hecho: las variaciones del pH alteran las cargas de los aminocidos y esto puede provocar cambios conformacionales en las protenas que los contienen con las consecuencias perjudiciales que suelen conllevar estos cambios. Como ya se ha dicho, un aminocido viene determinado por sus constantes (pKs). El punto isoelctrico puede calcularse como el promedio entre los pks en los que interviene el aminocido en forma de zwitterion. (ver tabla) PI = 1/2 (pK1 + pK2)

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4.- AMORTIGUACIN. DISOLUCIONES AMORTIGUADORAS. AMINOCIDOS Las disoluciones amortiguadoras, tampones o buffers, son aquellas disoluciones que, por su composicin son capaces de evitar variaciones bruscas de pH en un intervalo de pH determinado cuando cambian las condiciones de acidez del medio. Resulta evidente que estas disoluciones van a tener una gran relevancia a la hora de mantener la homeostasis ya que las variaciones de pH en los lquidos corporales de los seres vivos es letal. La idea es la siguiente: fabricar una disolucin con un cido y una base de modo que cuando se aada un cido ste sea neutralizado por la base de la disolucin amortiguadora o bien, si aadimos una base, sta sea neutralizada por el cido de la disolucin. Brillante, verdad?. Pero hay un problema. Si construimos esa hipottica disolucin amortiguadora con NaOH y HCl, lo que va a ocurrir es que se van a aniquilar mutuamente, es decir, se van a neutralizar formando sal (NaCl, en este caso) y H2O. Pero hay una solucin. Qu ocurrira si el cido y la base de la disolucin fuesen dbiles y no fuertes como en el ejemplo anterior?. Entonces se llegara a un equilibrio y coexistiran. Este el motivo por el cual las disoluciones amortiguadoras o reguladoras estn formadas por: - Por un cido dbil y su base conjugada. - Por una base dbil y su cido conjugado. As en los seres vivos encontramos disoluciones amortiguadoras formadas por los pares H2PO4- / HPO42- , tampn fosfato, y H2CO3 / HCO3-, el tampn bicarbonato. Para un par cido dbil / base conjugada: AH + H2O <---> H3O+ + A-

Comportamiento amortiguador del tampn actico/acetato

A esta ltima expresin se le denomina Ecuacin de Henderson-Hasselbach, y su expresin general sera:

El pKa (o pKb) es el logaritmo negativo de la constante de disociacin del cido (o base) dbil. Cada disolucin tiene una capacidad de amortiguamiento en un pH determinado. Este pH es el que corresponde al pKa ya que las mejores disoluciones amortiguadoras con aquellas en las que las concentraciones especies cido/base conjugados son equimolares (y entonces el cociente es 1, su logartimo cero y pH = pK) Las disoluciones amortiguadoras pueden titularse igual que se ha mostrado para los aminocidos y a los aminocidos tambin se puede aplicar la ecuacin de Henderson-Hasselbach para sus zonas de amortiguacin, es decir, para los pKs. Este vdeo complementa la explicacin.

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ALGUNOS EJERCICIOS DE DISOLUCIONES AMORTIGUADORAS

Ejercicio n 1 Cules son las concentraciones de CH3-COOH y CH3-COO- en una disolucin 02 M de un tampn acetato de pH = 5? Ka = 18.10-5. (resolucin) Ejercicio n 2 Cul es el pH de una solucin que contiene 001 M de HPO42- y 001 M de PO43-? (resolucin) Ejercicio n 3 Los indicadores son pares cido/base conjugado dbiles que presentan colores distintos segn sea el cido o su base conjugada. La forma cida del rojo de metilo es roja y la alcalina amarilla. El color rojo empieza a verse cuando la concentracin del cido es 59 % del total, y el amarillo cuando la concentracin de forma alacalina es del 11,9 %. Determina el intervalo de viraje del ordenador. Pk rojo de metilo = 4,95 (resolucin) PRCTICA Observa el siguiente vdeo y estdialo. Haz lo mismo para unos pHs de 1,67 ; 4,22 ; 8,22 ; 11 para los pptidos Val - Ser - Phe - Gly - Cys Thr - ILe - Asp - Met - Leu Representa sus grficas de titulacin y seala en qu pHs estos pptidos tendrn capacidad de tamponamiento. Toma los pKs de la tabla de estos apuntes.
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El enlace peptdico
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Los aminocidos pueden unirse reaccionando el grupo cido del primero con el grupo amino del segundo. De este modo se forma un enlace AMIDA que recibe el nombre de ENLACE PEPTDICO. En este enlace se pierde una molcula de agua. Por lo tanto, el primer aminocido de una cadena ser el que tiene el grupo amino terminal libre y el ltimo el que tiene el grupo carboxilo terminal libre. Este enlace amida tiene la rigidez propia de un enlace doble y no permite el giro de los grupos que tiene en sus extremos. Se trata de una reaccin termodinmicamente desfavorable (G > 0) por lo que es necesario activar previamente los aminocidos (=dotarles de energa) para que pueda llevarse a cabo Se pueden unir tres aminocidos mediante dos enlaces peptdicos para formar un tripptido; de manera similar, se pueden unir aminocidos para dar tetrapptidos, pentapptidos, etc. Cuando se unen muchos aminocidos, el producto se llama polipptido. Aunque a veces los trminos polipptido y protena son intercambiables, las molculas denominadas polipptidos tienen generalmente masas moleculares inferiores a 10.000 y las que se denominan protenas tienen ms moleculares superiores.

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