Kuliah Umum IlmuKomputer.Com Copyright © 2003 IlmuKomputer.

Com

BIOINFORMATIKA: Mengawinkan Teknologi Informasi dengan Bioteknologi Trendnya di Dunia dan Prospeknya di Indonesia 1
Dr. Ar ief B. Wit arto, M. Eng. Labora to rium Rekayasa Pro tein, Pusa t Penelitia n Biotekno lo gi – LI PI Jl. Raya Bo gor Km .46, Cib inong 16911, Kabu pa ten Bo go r E -ma il, wita rto@biotek-indonesia.net ABSTRAK Leda kan inform as i dari kemajuan b io teknolog i seperti data sekuen DNA da ri pemb acaan genom, d ata seku en dan s truktur pro tein sampai kepada d ata transkrips i RNA berkat tekno logi DNA chip, telah mendorong lahirnya Bioinformatika yang diguna kan un tuk mengo rganisas i dan mengana lisa data- data ters ebut men jadi sebuah info rm asi biologis yang bermakna. Berm acam da tabas e telah dibuat dan banya k p era ngka t luna k telah diciptakan yang menunjukka n tr end kepada s pesialisasi tujuan . Walaupun negara berkemban g kurang dapat berpartisipasi dalam eksperim en bioteknologi yang p adat info rmasi untuk pengum pulan inform as i da lam databasedatabas e itu, peluan g untuk memanfaa tkann ya melalui Bio info rmatika terbuka lebar karena sifatnya yang terbuka. PE NDAHULUAN Ta k disangkal, s aa t in i ada lah jam ann ya Teknolog i Inform as i (TI). Berba ga i pro duk dan jasa da lam bidang TI mula i da ri komputer pribadi, In ternet, handphone, dsb s udah dinikmati o leh m asya raka t luas . Dengan itu s emua, TI tida k ha nya telah m em ba ngkitkan gelomban g new-economy tap i ju ga m eru ba h pola pikir s am pai kepada ga ya hidup m anus ia m odern s ehingga s erasa hid up dalam “kampung dunia ”. Kekuatan ino vasi teknologi yang disepadankan dengan TI d i m asa depan adalah b io teknologi [1]. Biotekno lo gi modern ditand ai d engan kemampuan m anusia untuk m ema nipulas i kod e genetik DNA, “ceta k biru kehidupan”. Berba ga i a plikasinya telah m erambah s ektor kedokteran, pangan, lingkungan, dsb [2]. Pembacaan sekuen genom manus ia oleh perus ahaan b io teknologi Am erika Serika t (AS) Celera Geno mics d alam waktu s ing kat (b ebera pa tahun) d ib andin g usa ha ko nso rs ium lembaga riset pub lik AS, Eropa, dll (lebih da ri 10 tahun) a.l. berkat kontribusi TI melalui p era ngka t ko mpu tasinya (peran gkat keras maupun lu nak). Aplikas i TI d alam bida ng b io lo gi / life sciences yang melahirkan bida ng Bio info rm a tika akan men jad i semakin penting di masa d epan, tid ak hanya meng akselerasi kemajuan bio teknolog i namun juga menjem bata ni dua
1

Disampaikan dalam Seminar Teknologi Informasi - MIFTA, Bogor, 9 Januari 2003.

- 1 -

PCR. inilah yang disebut sentral dogma dalam biologi. Selama ini insu lin hanya bisa didapatkan da lam jumlah s angat terba tas dari o rgan pan kreas sa pi. Sekuen seluruh DN A manusia ya ng terdiri d ari 3 m ilya r nu kleo tida dirampungkan d alam waktu 3 tahun. Gen itu d itra nskrips ikan men jad i mRNA yang s elan jutnya m RNA d itrans las ikan menjadi protein (Gam bar 1). Ciri da ri b io te knolog i mod ern tadi adalah kemampuan pada manipulasi DNA. insulin yang dibutuhka n pend erita diab etes . Leda kan awal dimulai dari da ta DNA (Gambar 2 ).an nukleo tida di Lem baga Bio logi Molekuler Eijkm an. iku t s erta da lam s is tem p ertahanan tubuh m ela wan virus . dsb) dan d itunjang den gan peralatan yan g memadai membuat wa ktu d an b iaya lebih pend ek/mu rah. Gen Ba nk di AS yang didirikan tahun 1982 [3].Com Copyright © 2003 IlmuKomputer. d alam ba kteri. Hal ini diseba bkan oleh kemajuan teknologi biologi molekuler itu sendiri (mis alnya DNA rekombinan. S e n t r a l d o g m a : A r u s informasi dalam sel. kemudian ditutup d engan prediksi prospek Bioinformatika di Indon es ia melalui pertanya an “dari mana kita harus mula i?” BIOTEKNOLOGI MODERN Biotekno logi modern lah ir tahun 70-an diawali den gan inovas i ilmuwan AS m eng em ban gkan tekno lo gi DNA rekombinan. Dalam tulis an ini d iulas perkem bangan Bioinformatika di dunia dengan didahu lui o leh latar b elakang “leda kan ” info rm as i dalam bioteknologi. Tahun 1977 untuk pertam aka linya s ekuen DNA sa tu or ganism e dibaca s eca ra men yeluruh ya itu pa da s ejenis virus yang mem iliki kura ng leb ih 5 . Arus info rm as i. terbentuk dari protein ac tin. terjadilah ledakan data biologis yang mencengangkan . s aa t ini p roduk b io teknolog i telah m en gimbas ba hkan kepa da kebutuhan hidup s eha ri-hari m asyar aka t s eperti pangan. d ll. databas e struktur 3D pro tein. I no vas i teknolo gi . Sekarang s udah a da m il yar an da ta nukleotida ters imp an d al am d atabas e D NA . ds b. ds b.2 - . Berkat penemuan ini lahirlah p erusahaan bioteknologi pertama di dunia.Kuliah Umum IlmuKomputer. Jakarta.Com g elomban g ekono mi b aru tersebut (TI & b io teknolog i). myosin. kos metika. Hanya 20-an tahun seja k biotekno lo gi modern lahir. dsb) sampai ujung rambut (ram but ters us un da ri pro tein keratin). Di Indones ia . Genentech di AS yang segera m emp roduksi p ro tein hormon. Trend yang sama juga nampak pada d atab ase lain seper ti da tabase s ekuen asam amino penyusun protein. S ebaga imana TI. menyus un s tru ktur tubuh dari ujung kaki (o to t G a m b a r 1 . DNA -> RNA -> Pro tein . kita bisa membac a sekuen 500. p aras it dll (disebut antibo di).000 nukleo tida /mo lekul DNA a tau s ekitar 11 gen. Ranta i/s ekuen DNA yang meng kode protein dis ebu t gen. dengan membayar $15. Protein s ebaga i produ k akhir adalah yang bertugas menunjang seluruh proses kehidupan antara la in s ebaga i katalis r ea ksi bio kim ia dalam tubuh (p ro tein ini d is ebu t enzim).

Kuliah Umum IlmuKomputer.Com Copyright © 2003 IlmuKomputer. Bid an g ini disebut s eb aga i Biolog i Ko mpu tasi. Untuk data base DNA ya ng utama adalah GenBan k di AS (Gamba r 3 ) [6]. Denga n ini. ris et tida k dila kuka n la gi sa tu persa tu terhadap mo lekul (DNA/RNA/pro tein) ya ng dim inati.data b io lo gis d ari da tabase DNA. m en yimp an da n menganalisa data. Keberad aan da tabase a dala h s yara t utam a da lam analis a Bioinform a tika . namun pa da kes eluruhan/s a tu s et m as ing-m asing moleku l (untuk DNA dari gen ke genom . Beberapa to pik utama dalam Bioinformatika dijelaskan di bawa h ini. dsb [4]. RNA m aup un pro tein tadi. da tabas enya dap at ditem ukan di Sw is s-Pro t (Swis s) [7] untuk s ekuen asam am inonya dan di Protein Data Bank (PDB) (AS) [8] u ntu k . Untuk m ewa da hinya beb er apa jurna l baru bermunculan (mis aln ya Applied Bioinformatics ). Ko mputer sudah lama digunakan untuk menganalisa data biolo gi. Karena Bioinform atika adalah bidang yang relatif b aru. atau berubah nama seperti Co mputer Applications in the Bioscienc es (CABIOS) men jadi BIOInformatic ya ng menjadi official journal d ari I n tern atio na l Society for Computa tio nal Biolog y (ICSB) ( nama himpunan tidak ikut berubah) [5]. Gambar 2. Pertumbuhan data nukleotida/basa DNA dalam GenBank. untuk RNA d is ebu t transkriptom d an proteo m untuk protein). Bioinforma tika muncul a tas desakan kebutuha n untuk m engumpulkan.Com DNA ch ip yang dipelopori oleh perusahaan bio teknologi AS. mas ih banyak kesalahpaham an mengenai definisinya. Affym etrix di Silicon Valley telah mendorong munculnya da tabase baru mengenai RNA. Da tabas e info rmasi dasa r telah ters ed ia sa a t ini.3 - . m is alnya terhadap datad ata kris talo gr af i s ina r X dan NMR (N uclea r Ma gn etic Res onance) da lam m elakukan penghitungan tr ansform as i Fo urier. TREND BIOINFOR MATIKA DUNIA Leda kan da ta/inform asi bio logi itu yang mendorong lahirnya Bioinformatika . Sem en tara itu ba gi p ro tein.

dll yang b erd as ar pada motif struktur s ekunder protein.Kuliah Umum IlmuKomputer. b iasanya s ela lu tercantum da lam d ata as li s ekuen. Sa lah s atu pera ngka t lunak pencari data base ya ng paling berhas il d an bisa dikatakan m enj adi s tanda r sekara ng adalah BLAST (Basic Lo cal Alignment Sea rch Tool) [14]. Blocks [12].4 - . a da SCOP [9] da n CATH [10] yang m eng klasifikasikan protein berd as arkan s truktur 3D-nya. ba ik s ekuen DNA m aupun pro tein . s elain itu ad a pu la PROSITE [11]. Misa ln ya untuk pro tein s tru ktur . langka h berikutnya adalah m eng analis a da ta . Mis aln ya pro tein hemo globin da ri manus ia hanya s ed ikit berbeda dengan yang beras al dari ikan paus. Data yang b era da da lam data bas e itu hanya kumpulan/a rs ip data yang b iasanya d ikoleksi s ecar a s ukar ela oleh para peneliti. Data sekuen DNA dalam GenBank. Trend yang ada dalam p embu a tan da tabase s aa t ini adalah is inya yang makin s pesialis .Com s tru ktur 3D-nya. Ta k ka lah pen ting da ri data eks perimen tersebut adalah keberad aan da tabase paper ya ng terleta k di Med line [13]. Per kemb angan Pubm ed tera khir yang penting adalah ters edianya fungs i mencari pa per denga n to pik sejenis dan lin k kepada s itus ju rna l o n-line s ehingga da pa t mem ba ca keseluruh an isi pap er tersebut. Meto de ini digunakan berd as ar kenyataa n bahwa seku en DNA/protein bisa b erb ed a sedikit teta pi m em iliki fungs i yang sama. pro tein (blastp). Sementara itu perangkat lunak yang diguna kan . Per ang kat luna k ini telah diadaptasi untuk melakukan alignment terha da p berbagai s ekuen s eperti DNA (blastn).Com Copyright © 2003 IlmuKomputer. dsb. Algo ritma un tuk pattern recognition seper ti Neural Network. namun s aa t ini banyak jurnal a tau lembaga pemb eri dan a p enelitian mewajibkan penyimpa na n dalam database. Setelah info rmasi terkumpu l dalam database. Baru-b aru vers i yang fleksibel untuk da pa t beradaptasi deng an data base yang lebih variatif telah d ikembangkan dan disebu t Gapped BLAST serta PSI (Position Sp ecific Iterated)-BLAST [15]. Kegunaan dari pencarian ini ada lah ketika m endapatkan sua tu s ekuen DNA/protein yang belum diketahui fungsinya maka dengan memb an dingkannya dengan yang ada d alam databas e bisa dip erkirakan f ungs i daripada nya. Penca rian da tabas e umum nya berdasa r has il a lignm ent/p ens ejaja ra n s eku en. Genetic Algorithm dll telah dipaka i dengan suks es untuk p encarian da tabase in i. Link terh adap publikas i as li Gambar 3.

Com untuk mela kukan alignment terhadap seku en terbatas di anta ranya yang lazim diguna kan a da la h CLUSTAL dan CLUS TAL W [16].Kuliah Umum IlmuKomputer. (2) m eto de Bioinformatika. hanya DNA yang komplementer saja yang akan b erikatan denga n DNA d i a tas chip. 6. P roduk Bio info rmatika pun s udah dipatenkan b aik di AS.com. Mengg unakan p era ngka t ini da pat d iketa hui kuantitas m aupun ku alitas transkrips i satu gen s ehingga bis a menunjukkan gen -gen apa saja yang aktif Gambar 4. Bio info rmatika s udah menja di bisnis bes ar sekarang . senantiasa mem erlukan ba gian analisa Bioinformatika. term as uk dian ta ra nya adalah p era ngka t lunak penca rian datab as e dsb dengan co ntoh misalnya paten no. DNA chip. ini m enggunakan a nalogi meto de bis nis telah dapa t dipa tenkan di AS s ep erti p ada kasus pematenan Amazon . m isalnya timbulnya kanker. Di kalangan peneliti s endiri. Ero pa ma upun Asia [18 ]. 6 .5 - .125 . s ebagai contoh adalah paten no.383 di AS tentan g “Res ea rch system us ing multi-platfo rm object oriented program lan guage for providing objects at runtime for creating and manipulating biological o r chem ic al data ”. terakhir (3) produk Bio info rmatika itu s endiri yaitu info rmasi b io lo gis hasil analisanya. Berbag ai a lgo ritma p attern recog nition telah d iguna kan untuk m engena li gen-gen yang a ktif d ari eks perim en DNA chip ini. Data yang m em erlukan analisa b io info rm atik a dan cukup men dapat b anya k p erhatian saat ini ada lah da ta has il DNA chip (Gamba r 4). mRNA yang diiso las i dari sampel dikemba likan dulu dalam bentuk DNA menggun akan reaksi revers e tr anscription. dll. DNA ya ng tela h diber i lab el warna b erb ed a ini akan menun jukkan pa ttern yang unik. Berdasa r jen is nya pro duk yang dipa tenkan itu bis a diba gi menjadi tiga ya itu (1 ) pera ngka t lunak Bioinfo rm atika . Perusahaan b io teknologi yang menghas ilkan data b es ar s ep er ti perus ahaa n s ekuen geno m. DARI MANA KITA MULAI? Di Indo nesia Bioinforma tika masih belum dikenal o leh m asyarakat luas .331 di AS berjud ul “Structura l alignmen t method making us e of a dou ble dynamic programming a lgor ithm ”.125 . sala h sa tunya ya ng p aling ampuh ad alah Suppo rt Vecto r Ma chine (S VM) [17]. Selanjutnya melalui proses hibridis asi.Com Copyright © 2003 IlmuKomputer. mung kin hanya para peneliti biologi molekuler ya ng s edikit banyak mengikuti perkem bangannya kar en a keha rus an . ter hadap p erla kuan tertentu.

Bull. REFERENS I 1. Sussman. Assoc. 205-223. 2.F. Nucleic Acid Research 22. and D. T. S. (2000) Support vector machine classification and validation of cancer tissue samples using microarray expression data. J. S. 330-331. and R. (1998) Protein Data Bank (PDB): database of three-dimensional structural information of biological macromolecules.D. 403-410. Jepang tahun 2000. Setelah itu bekerja sebagai peneliti di Japan Advanced Institute of Science and Technology. P.ac.Com m enggunakan pera ngka t.J. Blitz. 217-221.6 - . D. da tabase genom manusia misalnya akan bers ifat terbuka untuk selu ruh kalangan. Kowalski (2001) Bioinformatics – a patenting view. 417-418. J. Bioinformatics 17. Trends in Genetics. et al. Bioinformatics 16. Higgins. 1-2. USA. Furey. 5. Crystallogr. Benson. 7. and J. 17. Nucleic Acid Research 25.biochem. Terpilih sebagai Peneliti Muda Indonesia tahun 2002 terbaik untuk bidang Ilmu Pengetahuan Teknik dan Rekayasa. 2963-2965.G. D. C. Giesecke (2000) The contrasting role of government in the development of biotechnology industry in the US and Germany. Bairoch. Salah satu topik penelitiannya saat ini adalah analisa bioinformatika protein folding motif.A.Com Copyright © 2003 IlmuKomputer. . Lipman. Keters ediaan da tabas e d as ar (DNA. BLOCKS and BEAUTY: sequence comparison on the net. 4. Sander (2001) Bioinformatics challenges in 2001. 14. D. Kerjasama an tara peneliti bioteknologi ya ng m emaham i makna biologis data ters ebut dengan praktisi IT seperti programmer. (1997) Gapped-BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Barton (1994) SCOP: structural classification of proteins. Gershon (1997) Bioinformatics in a post-genome age. Trends in Biotechnology 19. 18. Benson (1993) Information resources at the National Center for Biotechnology Information. its status in 1997. et al. 15. 11. 9. D. Nucleic Acid Research 26. R. Dari sinilah In donesia dapat ikut berperan mengem bangkan bioinformatika. C. Trends in Biochemical Sciences 19. Mei 1971. Gibson (1994) CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting. 12. Witarto dilahirkan di Lahat (Sumatera Selatan). Nature 389. Altschul. Menyelesaikan pendidikan sampai S-3 di Department of Biotechnology.. Thompson. Altschul. Da ri padanya bisa diga li kandidatka ndida t g en yang m emiliki po tens i kedokteran/f arm asi. Perseus Publishing. 6. Libr. G.uk/bsm/cath A. et al. 3. D.Kuliah Umum IlmuKomputer. MENGENAI PENULIS Dr. Apweiler (1998) The SWISS-PROT protein sequence data bank and its supplement. 16. dsb akan sangat b erp eran da lam kemajuan Bio info rm a tika In dones ia nantinya.M. and K. Biol. Research Policy 29. 420-422.L. T. 54. 38-42. Suda h disepaka ti.F. (1990) Basic local alignment search tool. Journal of Molecular Biology 215. 906-914. H. Hofmann (1997) The PROSITE database. Woodsmall. 334-339. Tokyo University of Agriculture and Technology. A. 4673-4680. et al. S. and T. 8. Arief B. Gavaghan (1997) Running to catch up in Europe. position-specific gap penalties and weight matrix choice.J. 13.S. Sementara itu di kalangan TI mas ih kurang mendapat perhatian. http://www. and T. Robbins-Roth (2000) From Alchemy to IPO: The business of biotechnology. New York. 1078-1084. Bucher. Jepang selama 2 tahun sebelum menempati posisinya sekarang.per angkat Bioinfo rm atika un tu k an alis a da ta . Nucleic Acid Research 25. Spesialisasi pada bidang Rekayasa Protein yang dalam penelitiannya menggunakan tool-tool bioinformatika. 554-555. 10. 282-284. Nuclei Acid Research 21. Ostell (1993) GenBank. S. 81.J. Acta Crystallogr. pro tein) yang bersifat terbuka/gratis m eru pa kan pelu ang bes ar untu k m enggali info rmasi berhar ga daripadanya. Brenner (1995) BLAST. Med.ucl. Nature 389. 3389-3402. Maschio.E. Bairoch. 11.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful