Cursul 5

E N Z I M E

• Caracteristici generale ale enzimelor
• Însuşiri caracteristice enzimelor
• Complexul ES
• Centrul activ al enzimelor
• Energia de activare a reacţiilor catalizate
enzimatic

Caracteristici generale ale
enzimelor


• Ce sunt enzimele ?

catalizatori ai reacţiilor chimice din
organismele vii
Însuşirile comune cu catalizatorii
• acţionează în concentraţii foarte mici;

• nu se consuma în cursul reacţiei;

• nu modifică constantele de echilibru ale reacţiilor
pe care le catalizează;

• grăbesc numai atingerea stării de echilibru
pentru reacţiile termodinamic posibile.
Însuşiri caracteristice enzimelor

A.Sunt macromolecule proteice

B. Au eficienţă catalitică mult mai mare

C.Au specificitate

D. Activitatea lor poate fi reglată

A.Cu excepţia ribozimilor (ARN)
enzimele sunt invariabil
proteine

• Structură:
a. enzime cu structura strict proteică:
ribonucleaza
chimotripsina
lizozimul din mucusul nazal şi lacrimi;


b. enzime cu structura heteroproteică:
 parte proteica numită „apoenzimă―

 partea neproteică numită cofactor:

 coenzimă = componentă neproteică organică,
legată slab necovalent de apoenzimă;

 grupare prostetică = componentă organică
legată puternic de apoenzima (ex. hemul)

 metal- legat permanent sau temporar



B.Enzimele asigură viteze mari reacţiilor

• reacţiile enzimatice sunt de 10
6
- 10
12
ori mai rapide ca cele
neenzimatice
a.hidratarea CO
2
este catalizată de anhidraza carbonică ,
cea mai activă enzimă:

 10
5
molecule/ secundă
reacţia este de 10
7
ori mai rapidă decât reacţia necatalizată


CO
2
+ H
2
O H
2
CO
3
b.descompunerea H
2
O
2
catalizată de Fe
3+
şi de
catalază:



activitatea catalazei este de 2x10
6
ori mai
mare ca a Fe
3+


2 H
2
O
2
2 H
2
O + O
2
C.Specificitate

1. de reacţie

2. de substrat: -absolută
-relativă: -de grup
-mai largă

3. stereospecificitate
1.Specificitate de reacţie

Substrat + Reactant Produşi

• clasificarea enzimelor:
Oxido-reductaze;
Transferaze;
Hidrolaze;
Liaze;
Ligaze.

2.Specificitate de substrat
(selectivitate în alegerea substratului)
a.Specificitate absolută
E utilizează ca S un singur compus chimic:
-ureaza catalizează hidroliza ureei:


-acetilcolinesteraza catalizează hidroliza esterului colinei cu acidul
acetic:




-anhidraza carbonică

H
2
N CO NH
2
+ 2 H
2
O CO
2
+ 2 NH
3
H
3
C COO CH
2
CH
2
N
+
(CH
3
)
3
+
H
2
O H
3
C COOH + H
2
C CH
2
N
+
(CH
3
)
3
HO
b.Specificitate relativă:
de grup

• E catalizează un tip de reacţie pentru o familie de compuşi







• Enzima are afinitate mare pentru alcoolul etilic
R CH
2
OH
Alcool dehidrogenaza
NAD
+
NADH + H
+
R CH O
b.Specificitate relativă
mai largă

• Glicozidazele










(H, OH)
O
HO
OH
OH
CH
2
-OH
O
OH
OH
CH
2
-OH
O
O
HO
OH
OH
CH
2
-OH
O
O
O H
H
O H
CH
2
OH
H
H
HOH
2
C
1
1
2
5
(H, OH)
O
HO
OH
OH
CH
2
-OH
O
OH
OH
CH
2
-OH
O
Proteazele










NH CH CO NH
R
2
CH CO
R
3
R
3
= fenilalaninã, tirozinã
metioninã, leucinã
Pepsinã
NH CH CO NH
R
2
CH CO
R
3
R
2
= lizinã, argininã
Tripsinã
NH CH CO NH
R
2
CH CO
R
3
R
2
= Phe, Tyr, Trp
Chimotripsinã
Carboxil esterazele
C
O
O R
1
R
3.Specificitate stereochimică
• Enzimele disting
-un enantiomer levogir de cel dextrogir;
-un izomer cis de cel trans.
Lactat dehidrogenaza
NAD
+
NADH + H
+
COOH
C
CH
3
H HO
Acid L-lactic
COOH
C
CH
3
O
Acid piruvic
O N
N
N
N
NH
2
O
H
2
C
OR OH
O P O
-
O
O P O
-
O
N
+
O
H
2
C
OH OH
CONH
2
N
COOH
Acidul nicotinic Amida acidului nicotinic
(niacina) (niacinamida)
N
CONH
2
Nicotinamid-adenin dinucleotid (NAD
+
)
(R = H formeazã NAD
+
; R = -PO
3
H
2
formeazã NADP
+
)
Vitamina PP
succinatdehidrogenaza






• acidul maleic (izomerul cis) nu se obţine nici în urme:
FAD FADH
2
CH
2
CH
2
COOH
COOH
Acid succinic
COOH
C
C
HOOC
H
H
Acid fumaric
CH
2
COOH
Vitamina B2
• Conţine heterociclul numit izoaloxazină
N N
N
NH
CH
2
O
O
C H
3
C H
3
CH CH CH
OH OH OH
O CH
2
P O
O
-
O
P O
O
-
O
N
N
N
N
NH
2
O
H
2
C
OH OH
lumicrom
lumiflavinã
riboflavinã
flavin adenin mononucleotid (FMN)
adenozinã
adenozin 5`-monofosfat
(AMP)
flavin adenin dinucleotid (FAD)
(H)
(H)
(H)
(H)
(OH)



• 6.Activitatea catalitică a enzimelor poate fi
modulată de anumiţi agenţi reglatori.

Enzimele se deosebesc de catalizatorii
anorganici prin:
A.Nu modifică echilibrele chimice la care conduc
reacţiile reversibile

B.Prezintă specificitate de reacţie

C.Majoritatea sunt proteine

D.Intervin numai în reacţii chimice posibile din punct
de vedere termodinamic

E.Acţiunea lor este susceptibilă de reglare


Complexul ES
• reprezentare reacţii enzimatice :
E + S ES E + Produsi
Centrul activ al enzimelor

• Enzimele sunt macromolecule

care prezintă

Centrul activ = entitate tridimensională
unde se leagă substratul




• Centrul activ al enzimelor =

– o regiune restrânsă din proteină
– cu structură
chimică şi
geometrică
bine determinate

Cine conferă structura Centrului Activ ?
–natura resturilor aminoacidice şi
–organizarea secundară,
terţiară şi
cuaternară a proteinei.


Centrului activ al chimotripsinei




• His - 57 din lanţul B;

• Ser - 195 din lanţul C;

• Asp - 102 din lanţul B.
A
B
C
S S
S S
o-chimotripsina contine 5 legãturi disulfurice
S S
S S
S S
Structura tridimensionalã a o÷chimotripsinei
Triada Asp-His-Ser
• Centrul activ
conţine resturi aa
ce crează o entitate tridimensională
complementară cu substratul









• Inhibitorii interferă cu proteazele
utilizate de HIV pentru
transformarea proteinelor
precursor (gag, pol, env) în
proteine active

• Inhibitorul proteazelor blochează
centrul activ al enzimelor






• Fatty Acid Desaturases - Integral
Membrane Metalloenzymes
• ScienceDaily (Oct. 16, 2006) — Univ Chicago

• S-a identificat structura tridimensională a
enzimei de degradare a insulinei, care
degradează şi amiloidul | implicat în boala
Alzheimer.
• Enzima este o ţintă promiţătoare

Formarea plãcii amiloid
Centrul activ al enzimelor
• centru de legare prezintă resturi aminoacidice care
asigură legarea substratului

• centru catalitic prezintă resturi aa responsabile de
catalizarea propriu-zisă

• Resturile de aa din situsurile catalitice ale enzimelor
sunt: Cys, Ser, His, Tyr, acid Glu şi Asp, Lys cu
grupările funcţionale:



OH, SH, NH
3
+
, COO
-
HN
+
NH
imidazol
Complexul enzimă – substrat
(ES)
• structuri labile, cu o viaţă foarte scurtă
• între E şi S se stabilesc:
- forţe necovalente (punţi de hidrogen,
interacţiuni hidrofobe, interacţiuni electrostatice)
sau
-covalente reversibile

• Complementaritatea chimică şi geometrică
determină legarea E-S
Modelul clasic (lacăt – cheie)
• al CA al enzimei în raport cu structura substratului,
propus de Emil-Fischer








• Este un model rigid.

Modelul lacãt cheie
Substrat
Enzimã Complexul ES
Modelul dinamic „centrul indus―sau
„complementaritate indusă―,
• produs de Koshland, este acela de mâna în mănuşă
• Modelul indus presupune o flexibilitate a
zonei în care se află centrul activ
Modelul centrului indus
Substrat
Enzimã
Complexul ES

Cum acţionează enzimele ?
• Mecanismul de acţiune privit din 2 perspective:
– modificarea energiei în timpul reacţiei;
– rolul centrului activ în realizarea catalizei din punct
de vedere chimic
• Ce este energia liberă de
activare ?
• Toate reacţiile chimice sunt însoţite de variaţii
ale energiei
• In organismele vii temperatura şi presiunea ==
constante

• Energia liberă de reacţie AG caracterizează reacţiile
din lumea vie


• Reacţiile posibile termodinamic decurg cu
scăderea energiei libere a reactanţilor
AGproduşi – AGreactanţi <0

– reacţie „exergonică―, AG<0
– reacţie „endergonică―, AG>0



Cum se modifică energia în timpul reacţiei ?
• Virtual, toate reacţiile chimice au o barieră energetică ce separă
rectanţii de produşi

• Această barieră numită energie liberă de activare este
diferenţa dintre energia reactanţilor şi energia intermediarului
care se produce în timpul formării produsului.





B T A ÷÷ ÷ ÷÷ ÷
-
Durata reactiei
Stare de tranzitie
E
n
e
r
g
i
a

l
i
b
e
r
ã
(reactie necatalizatã)
Stare de tranzitie
(reactie catalizatã)
Stare initialã
Energia liberã de activare
a reactiei (necatalizate)
Energia liberã de activare
a reactiei (catalizate)
Stare finalã
Energia totalã
eliberatã
Produsi C + D
Reactanti A + B
• Enzima nu modifică energia liberă a reacţiei
catalizate (AG
0
), a reactanţilor sau produşilor, şi deci
nu modifică echilibrul recţiei (constanta de echilibru)

• Enzima furnizează o cale de reacţie alternativă, prin
micşorarea energiei libere de activare (ca urmare
a micşorării entropiei substratului)
Formarea stãrii de tranzitie
Mecanisme chimice folosite de centrul
activ pentru a transforma

Substrat Produşi
• Centrul activ al E stabilizează starea T
*
a
substratului
Cataliza covalentă

• Enzime care formează intermediari covalenţi enzimă-substrat:

• Clasa serinei
• Tripsina, Chimotripsina, Elastaza, Acetilcolinesteraza

• Clasa cisteinei
• Gliceraldehid 3P-dehidrogenaza, Papaina

• Clasa histidinei
• Glucozo 6-fosfataza, Succinil~CoA sintetaza

• Clasa lizinei
• D-aminoacid oxidaza, Transaldolaza
Triada Asp-His-Ser
Cataliza acido-bazică
• Enzimele conţin grupări funcţionale care pot
acţiona ca donori sau ca acceptori de protoni:
amino, carboxil, sulfhidril, imidazol, hidroxilul
fenolic.


• hidroliza esterilor carboxilici şi fosforici, reacţii de
izomerizare
Glucozo-6-fosfat izomeraza
Există un factor de tensiune în cataliza
enzimatică ?


• legarea S la E poate deforma atât enzima cât şi
substratul

• centrul activ al unor enzime este relativ nepolar

Care dintre următoarele afirmaţii referitoare la
enzime sunt adevărate:
A.Scad AG
0
(energia liberă) a reacţiei catalizate
B.Scad energia de activare a procesului catalizat
C.Deplasează echilibrul reacţiei catalizate în sensul formării
produşilor
D.Catalizează ruperea şi/sau formarea unor legături
covalente
E.Cresc viteza de apariţie a produşilor de reacţie
• Enzimele:
A.Sunt polizaharide naturale
B.Au structură asemănătoare vitaminelor
C.Pot cuprinde în structura lor toţi aminoacizii naturali
D.Pot fi reprezentate de anumite molecule de acizi nucleici
E.Pot fi localizate în membranele celulare deoarece au
structură lipidică




Cursul 6 18.11.2009

Cinetica enzimatică

• Factori care influenţează activitatea
enzimatică
• Teoria cinetică Michaelis-Menten
• Ecuaţia Lineweaver Burk
• Inhibiţia activităţii enzimelor
• Enzime alosterice

Cinetica enzimatică

• Cinetica studiază reacţiile chimice:
–desfăşurarea în timp a reacţiei;
–factori care influenţează viteza reacţiilor;
–etapele intermediare prin care trec
reactanţii până devin produşi.
• Cum caracterizăm cinetic o reacţie
chimică ?
• Prin viteza de reacţie
• Viteza unei reacţii = variaţia în timp a
concentraţiei reactanţilor sau a
produşilor de reacţie.

• A B



• ecuaţii cinetice


dt
] A [ d
v ÷ =
dt
] B [ d
v + =
Ce postulează Legea cinetică ?

☻ Viteza de reacţie este proporţională cu
produsul concentraţiilor reactanţilor

• Pentru o reacţie:
A Produşi V = K [A]


Pentru o reacţie:
A + B Produşi V = K [A][B]

K = constanta de viteză sau viteza specifică
(V de reacţie la concentraţii 1M ale reactanţilor)

Activitatea enzimatică
• U.I. (unitatea internaţională) = activitatea enzimei care
transformă 1 µmol substrat/minut în cond standard de pH,
temperatură, cofactori

• Activitatea moleculară = nr. molecule de S transformate în
produs de către o moleculă de E /secundă.

• Activitatea specifică = nr. de unităţi de activitate enzimatică /
mg de proteină totală.

• Constanta catalitică (turn-over number) = nr. de transformări
S P catalizate de fiecare CA al E în unitatea de timp.
Factorii care influenţează
activitatea enzimatică
• Temperatura;
• pH;
• [E];
• [S];
• prezenţa inhibitorilor



Temperatura
• T optimă = temp. la care activitatea enzimelor
este maximă










50
100
20 40 60
temperatura
activitatea
enzimaticã
%
T
optimã
pH
• pH-uri extreme denaturează enzimele
• Variaţii mici de pH în zona de stabilitate a enzimei
modifică v.
V
i
t
e
z
a

d
e

r
e
a
c
t
i
e

(
v
)
Pepsina
Fosfataza
alcalinã
amilaza salivara
[E]
• [S] = constantă, v este proporţională cu
cantitatea de enzimă
activitatea
enzimaticã
%
concentratia enzimei
Ecuaţia Michaelis Menten


• V = f([s]) la [E], temp., pH = constante








• Michaelis şi Menten au introdus
parametrii cinetici KM şi Vmax
activitatea
enzimaticã
concentratia substratului
v
max
v
max
2
K
M
saturatie
E + S
K
1
K
2
ES E + Produs
K
3

Unde E, ES şi S sunt în echilibru
[E
total
]=[ES]

V
max
=K
3
[E
total
]

• La echilibru
• v1 = v2 + v3
• K1[E][S] = K2[ES] + K3[ES]
• K1[E][S] = [ES](K2 + K3)
E + S
K
1
K
2
ES E + Produs
K
3
Etapa rapidã Etapa lentã
KM
• KM este o măsură a afinităţii dintre E şi S
• afinităţile enzimelor pentru substraturile lor
sunt cu atât mai mari
cu cât valorile KM sunt mai mici


M
1
3 2
K
K
K K
] ES [
] S ][ E [
=
+
=
Ecuaţia Michaelis - Menten
• Ecuaţia de viteză a reacţiilor enzimatice cu un singur
substrat sau ecuaţia lui Michaelis-Menten


• reprezentare grafică v = f([S]) este un arc de hiperbolă.






] [
] .[
max
S K
S V
v
M
+
=
activitatea
enzimaticã
concentratia substratului
v
max
v
max
2
K
M
saturatie




• KM este numeric egală cu [S]
la care viteza reacţiei este semimaximă

] S [
] S [ K
] S [ V
2
V
M
max max
= ¬
+
·
=
M
K
Ecuaţia Lineweaver – Burk
• Ecuaţia Michaelis-Menten inversată este ecuaţia unei drepte.
max max
V
1

] [
1 1
+ · =
S V
K
V
M
] [
] .[
max
S K
S V
v
M
+
=
- 1/K
M
0 1/[S]
1/V
1/V
max
Panta = K
M
/V
max
• Inhibiţia activităţii enzimelor
Inhibiţia activităţii enzimelor
• scăderea activităţii catalitice a enzimei
în prezenţa unui compus chimic denumit
inhibitor

Inhibitorii pot fi:
– endogeni (metaboliţi)
– exogeni (substanţe toxice,medicamente)


Inhibiţia poate fi:
- ireversibilă
- reversibilă

Inhibiţia ireversibilă
• legături covalente între E şi I

• Când [I] = [E]
activitatea catalitică a enzimei
este redusă la zero.

E + I EI
• diizopropil-fluorofosfatului (DIFP)
inhibă acivitatea serin enzimelor


NH CH CO
CH
2
OH
+
P
F
O
O O HC
CH
3
CH
3
CH
CH
3
CH
3
DIFP
- HF
NH CH CO
CH
2
O
P
O
O O HC
CH
3
CH
3
CH
CH
3
CH
3
☺acetilcolinesteraza este foarte sensibilă
la acţiunea DIFP

DIFP este utilizat ca paralizant


• Hemoproteinele (citocromi, hemoglobina)
sunt inactivate de către:
CO
-
CN
care se leagă de ionul de Fe
2+
din hem

Inhibiţia reversibilă



• Ce efecte are Ic

asupra celor doi parametrii cinetici

v
max
şi
KM ?

E + I EI
• Inhibiţia reversibilă poate fi:
– Competitivă
– Necompetitivă
– Uncompetitivă


Inhibiţia reversibilă competitivă
• Ic este analog structural al S
• se leagă în centrul activ al enzimei
prin aceleaşi grupări ca S;

• Într-un sistem cu: E, S şi Ic au loc reacţiile:


E + S ES E + Produsi
+
I
EI
1/V
1/V
max
activitatea
enzimaticã
concentratia substratului
v
max
v
max
2
K
M
saturatie
- 1/K
M
`
K
M
`
+ Ic
+ Ic
- 1/K
M
1/[S] 0
• reacţia enzimatică atinge Vmax
dar la concentraţii mari de S.

• aparent creste KM,
deci afinitatea enzimei pentru S scade şi
nu se modifică Vmax;
Ic (compuşi naturali sau de
sinteză)
• Acizii dicarboxilici: oxalic, malonic,
malic, oxaloacetic, pirofosfat sunt inhibitori
competitivi ai succinat dehidrogenazei
(SD).
FAD FADH
2
CH
2
CH
2
COOH
COOH
Acid succinic
COOH
C
C
HOOC
H
H
Acid fumaric
CH
2
COOH
Succinat dehidrogenazã
Sulfanilamida
• Folat sintetaza, la bacterii este păcălită şi sintetizează un
intermediar cu sulfanilamidă în locul acidului para-amino-
benzoic care nu se poate transforma în acid folic.
• Cum acidul folic este indispensabil bacteriilor, acestea
mor.
NH
2
SO
2
NH
2
NH
2
COOH
Sulfanilamida
Acid p-aminobenzoic
N
N N
N
H
2
N
OH
CH
2
NH CO NH
COOH
CH
2
CH
2
CH
COOH
9 10
5
pterina
acid p-aminobenzoic
acid glutamic
acid pteroic
Analogi structurali ai bazelor
purinice şi pirimidinice


• se utilizează în chimioterapia cancerului.

• inhibă sinteza de acizi nucleici,
împiedicând diviziunea celulară care este
mult mai rapidă în tumori
Metotrexat


• analog al acidului folic se foloseşte în
chimioterapia leucemiilor.
N CH
2
N
N
N
N C
H
2
N
NH
2
H
R
N CH CH
2
C
O
-
O
H
COO
-
O
R=H aminopterinã
R= -CH
3
metotrexat
Inhibiţia reversibilă
necompetitivă
• Substratul şi inhibitorul necompetitiv (In)
– nu sunt analogi structurali
– nu au dimensiuni comparabile
– In nu se leagă în centrul activ












E + S ES E + Produsi
+
I
EI + S ESI
+
I




• Se modifică Vmax

• KM nu se modifică în prezenţa inhibitorului

1/v
1/v
max
activitatea
enzimaticã
concentratia substratului
v
max
K
M
+ Ic
+ Ic
- 1/K
M
1/[S]
0
v
max
/ 2
v
`
max
/ 2
v`
max
1/v`
max
• grupări - SH libere (nu din centrul activ), pot
lega slab:
– Ag
+

– Hg
2+

– Pb care micşorează sau chiar anulează
activitatea enzimelor

aşa se explică efectul otrăvitor al unor metale grele

• Pb inhibă ferochelataza

Inhibiţia reversibilă uncompetitivă
• Un astfel de inhibitor modifică şi
– K
M
şi
– Vmax
E + S ES E + Produsi
+
I
ESI
Enzime alosterice

• Sunt proteine oligomere (dimeri, tetrameri,
etc.)

• Au mai multe centre de legare pentru S
(câte un centru pentru fiecare subunitate).

• Curbele v = f([S]) sunt sigmoide

• Vmax se atinge atunci când toate centrele
active sunt ocupate cu S

• Parametrii cinetici pentru enzimele oligomere
sunt:
• -Vmax şi
-S
0,5
(S
50
)  concentraţia substratului pentru
care reacţia are o viteză semimaximă


activitatea
enzimaticã
concentratia substratului
v
max
K
M
v
max
/ 2






• Aspectul sigmoid al curbei v = f([S]) reflectă o

modificare a afinităţii enzimei pentru substrat
• Enzimele care dau curbe v=f([s])
sigmoide sunt denumite
alosterice


• Liganzii fixaţi pot fi:
– identici (de ex. Substraturi în ambele centre)
sau
– diferiţi


• centru izosteric leagă substratul


• centru alosteric (allos=altul)
(poate fi situat pe acelaşi lanţ polipeptidic dar în regiune
diferită)

leagă un efector alosteric
• Activatori alosterici
• Inhibitori alosterici
activitatea
enzimaticã
v
max
K
M
50
%
100
1
2
3
[S]

• După natura centrelor de legare şi a liganzilor
pentru aceste centre, efectele alosterice sunt:

• –Efecte homotrope (presupun cooperarea
între două centre izosterice

• –Efecte heterotrope (cooperare între un centru
izosteric şi un centru alosteric)

• Alosteria

capacitatea unor liganzi de a modifica funcţiile
unor proteine
prin
inducerea unor tranziţii alosterice (modificări
conformaţionale).

Caracteristici esenţiale pentru Enzimele
alosterice:

-catalizează etape cheie din căile metabolice;

ireversibile, cu AGo < 0

-au structură cuaternară

• Două Modele explică
mecanismul de acţiune
al Enzimelor Alosterice

1.modelul concertat (simetric)
2.modelul secvenţial


• Elemente comune ale modelelor
Fiecare monomer al oligomerului are centrul
său activ
Monomerii cooperează în fixarea substratului :
–homotrop
–heterotrop

• Reglarea alosterică se face cu consum
minim de energie
Modelul simetric
Subunităţile dimerului, pot avea două
conformaţii;
-R (relaxată) cu afinitate mare pentru
substrat
-T (tensionată) cu afinitate mică pentru
substrat.
• Modelul impune simetria dimerului,
care există numai în forma R sau T.
• La enzimele heterotrope:

• Activatorii stabilizează starea R

• Efectorii negativi stabilizează starea T
Modelul secvenţial



• admite interacţia stării R cu starea T

• Legarea lui S la primul monomer se face
cu dificultate
• Ce tip de cooperare am întâlnit la
realizarea rolurilor Hemoglobinei ????
Hemoglobina fixează

• O
2
prin cooperativitate (homotropă)

• coordonată de factorii: H
+
; CO
2
; 2,3-DPG
(heterotropă)


Curs 7

• Reglarea cantitativă a enzimelor
• Reglarea eficienţei catalitice
• Complexe multienzimatice
• Antienzime
• Izoenzime
• Denumirea enzimelor
• Clasificarea enzimelor

Reglarea activităţii enzimelor

• Viteza reacţiilor enzimatice cheie din căile
metabolice depinde de:

• –cantitatea de enzimă;


• –eficienţa enzimelor

Reglarea cantităţii de enzimă
• prin dinamica proceselor de biosinteză
şi de degradare



Aminoacizi Proteine
K
s
K
d

Enzimele constitutive: Ks = Kd

• Catalizează procese fundamentale pentru
existenţa celulei.
• Se găsesc în celule în cantităţi relativ
constante.
• Ele nu suferă fluctuaţii mari în raport cu
factorii de mediu.

• Enzimele inductibile: Ks > Kd

• Sunt implicate în căi catabolice.

• se sintetizată numai în prezenţa substratului

• Substratul acţionează ca un inductor,
accelerând sinteza enzimelor.
• Enzimele represibile: Ks < Kd

• Sunt implicate în procese anabolice

• Sinteza lor este încetinită de produsul final al
reacţiei catalizate;

• Represia se face de obicei, prin intermediul
complexelor corepresori - aporepresori.


• Controlul degradării proteinelor (enzimelor)

-se face independent de controlul sintezei;

-se face prin intermediul ubiquitinei;

-este proces dependent de ATP.

Reglarea eficienţei catalitice a enzimelor

Factorii ?????

• Activitatea unor Enzime alosterice depinde de concentraţia
substratului:





• Reglarea printr-un intermediar (feed forward stimulare):





A B C P
E
1
E
2
E
3
A B C D Produsi
E
1
E
2
E
3
Glucozã
Glucozo-6-fosfat
Fructozo-6-fosfat
Fructozo-1,6-bisfosfat
Gliceraldehid-3-fosfat Dihidroxiaceton-fosfat
Etapa hexozelor
ATP
ADP
1
2
3
4
ATP
ADP
1,3-Bisfosfoglicerat
NAD
+
NADH + H
+
H
3
PO
4
3-Fosfoglicerat
5
6
ADP
ATP
Fosforilare la nivel de substrat
2-Fosfoglicerat
7
8
H
2
O
Fosfoenolpiruvat
ADP
ATP
9 Fosforilare la nivel de substrat
Piruvat
Etapa triozelor
activitatea
enzimaticã
concentratia substratului
v
max
K
M
v
max
/ 2

• Hexokinaza:
-prezentă în toate ţesuturile extrahepatice,
-are afinitate mare pentru glucoza (KM = 0,15 mM)
-ţesuturile preiau glucoza din sânge la orice valoare
a glicemiei

• Glucokinaza:
-prezentă numai în ficat
-are afinitate mică pentru glucoza (KM = 10 mM)
- este activă după ingestia de glucide

Glucozã + ATP Glucozo-6-P + ADP
Glucozo-6-fosfat
CH=O
C
C
C
C
C H
2
OPO
3
H
2
H OH
O H H
H OH
H OH
CH=O
C
C
C
C
C H
2
OH
H OH
O H H
H OH
H OH
Glucozã
ATP
ADP
Hexokinaza
Mg
2+
Glucozo-6-fosfat
izomeraza
C H
2
C
C
C
C
C H
2
OPO
3
H
2
O
O H H
H OH
H OH
OH
Fructozo-6-fosfat
• Reglarea activităţii enzimelor alosterice prin produsul final
(inhibiţie de tip feed back)
A B C D Produsi
E
1
E
2
E
3
A B C
E
1
E
2

D P
1
E P
2
E
3
E
4
Reglarea covalentă
• Apare la organismele superioare

şi presupune activare prin

ruperea unor legături covalente


☺ enzime interconvertibile

Conversia are loc prin:

–fosforilare-defosforilare;

–nucleotidilare

☺activare prin proteoliză

proces unidirecţional
Enzime interconvertibile prin fosforilare
<==> defosforilare

• Fosforilările:
-sunt catalizate de kinaze
(reglate hormonal, interconvertibile fosfo-defosfo);
-sunt ireversibile;
-necesită ATP

• Defosforilările:
-sunt ireversibile;
-se fac hidrolitic în prezenţa unor fosfataze;
-fosfatazele sunt supuse unui control hormonal.

Enzimã (Ser-OH) Enzimã (Ser-OP)
forma defosfo forma fosfo
ATP ADP
P
i
H
2
O
proteinkinaze
fosfataze
• enzime active în forma fosforilată
glicogen fosforilaza implicată în catabolismul
glicogenului

• Enzime active în forma defosfo
glicogen sintaza implicată în proces anabolic

• activarea este implicată într-o cascadă de evenimente
declanşate de legarea unui hormon la o membrană celulară

Reglarea covalentă prin
proteoliză
• Proenzimele (zimogenii)

– sunt produse la locul de sinteză în formă
inactivă

– activarea se face la locul de acţiune.

• Activarea se face

– sub influenţa factorilor de mediu şi

– Autocatalitic
• printr-un proces ireversibil de rupere a unor legături
peptidice specifice.

De ce este necesară existenţa
zimogenilor ?

se obţin foarte rapid
• prin transformări minore
– cantităţi mari de enzime active.

• Enzimele proteolitice digestive

–secretate de stomac: pepsinogenul

–secretate de pancreas: tripsinogenul,
chimotripsinogenul, proelastaza,
procarboxipeptidaza

• Enzimele coagulării sângelui
(secretate de ficat în formă de proenzime)

• Enzimele sistemului complement


• a.Enzimele proteolitice digestive
hidrolizează proteine:

• Transformarea
HCl
• pepsinogen pepsina
(- segment terminal (44 aminoacizi) cu
caracter bazic)


• Transformarea
Tripsinogen tripsină
enteropeptidază
(denumire veche enterokinază)

(fragment N-terminal de 6 aminoacizi din tripsinogen)

Tripsina activează tripsinogenul, chimotripsinogenul,
proelastaza, şi procarboxipeptidaza.

Zimogenii pancreatici se activează când conţinutul
stomacal a ajuns în duoden.

• Transformarea
chimotripsinogen chimotripsină

este activată de tripsină
se face prin îndepărtarea a două dipeptide

• Chimotripsina cuprinde trei lanţuri peptidice şi
cinci punţi de sulf.

Centrului activ al chimotripsinei




• His - 57 din lanţul B;

• Ser - 195 din lanţul C;

• Asp - 102 din lanţul B.
A
B
C
S S
S S
o-chimotripsina contine 5 legãturi disulfurice
S S
S S
S S
Structura tridimensionalã a o÷chimotripsinei
Enteropeptidazã
Tripsinogen
Tripsinã
Chimotripsinogen
Chimotripsinã
Procarboxipeptidaza A
Carboxipeptidaza A
Carboxipeptidaza B
Procarboxipeptidaza B
In intestin
• Enzimele coagulării şi fibrinolizei.

• Există două căi iniţiate de activatori diferiţi
care converg într-o cale finală comună

–calea intrinsecă, cu participare de factori
sanguini;

–calea extrinsecă, la care participă şi factori
de origine exclusiv tisulară.

Iniţierea procesului de coagulare este urmată de
activarea în cascadă a factorilor de coagulare

Care sunt avantajele unui răspuns reglator în
cascadă ?

-o cantitate foarte mică de iniţiator declanşază un
răspuns amplu.
-fiecare etapă a cascadei amplifică răspunsul

• Fibrinoliza. Componenţii necesari
dezagregării chiagului se găsesc în sânge
în formă inactivă şi se activează proteolitic



Plasminogen Plasminã
Cheag de fibrinã Peptide solubile
Factor tisular
Implică o modificare covalentă a enzimei:
A.modularea alosterică
B.inhibiţia competitivă
C.asocierea unei enzime cu un cofactor
D.inhibiţia necompetitivă
E.reacţiile de fosforilare în prezenţa kinazelor
specifice
Care dintre următoarele enzime proteolitice este
activată prin hidroliza acidă a proenzimei
inactive?
• a. tripsina
• b. chimotripsina
• c. elastaza
• d. pepsina
• e. carboxipeptidaza
Care dintre următoarele afirmaţii descriu corect
enzimele alosterice?
a. efectorii pot stimula sau inhiba legarea substratului
b. activitatea lor nu este inhibată prin feed back
c. curbele v=f([S]) sunt sigmoide
d. difuzează rapid prin membranele celulare
e. sunt, de obicei, plasate la începuturile căilor
metabolice
Antienzimele
• Antienzime (antiproteaze) = proteine
reglatoare

Serpinele sunt inhibitori de serin proteaze
Se leagă necovalent în centrul activ al serin
proteazelor:


• antitrombina III

o
1
antiproteaza

(denumită şi o1 antitripsina)
• inhibitorul pancreatic al tripsinei

• inhibitorul proteinei C (proteina C este o
serin protează plasmatică dependentă de
vitamina K, activată de trombină, care
transformă factorii activi VIIIa şi Va ai
coagulării în forme inactive).



Antitrombina III:
-prezentă în plasmă;

-inactivează trombina şi alţi factori ai coagulării: IXa, Xa, XIa

Cine măreşte viteza de formare a complexelor ireversibile
între antitrombina III şi serin proteazele coagulării ?
Heparina

o1-antiproteaza:
-proteină plasmatică;
-este o1-globulină

inhibă elastaza, tripsina şi alte proteaze


o1-antiproteaza sintetizată
• de ficat
• de monocitele şi macrofagele alveolare
– are rol în protejarea ţesuturilor de acţiunea elastazei

☺ Elastaza = enzimă proteolitică distructivă, secretată de
neutrofilele activate poate distruge elastina din pereţii
alveolelor pulmonare

• O deficienţă la nivelul o1-antiproteazei poate
duce la instalarea emfizemului pulmonar


• Inhibitorul pancreatic al tripsinei:
-este o proteină cu masa mică, produsă de
pancreas.

-se leagă de tripsină, prevenind distrugerea
pancreasului.


Izoenzimele
• Izoenzimele:
- proteine oligomere
-catalizează aceeaşi reacţie în toate
ţesuturile;
-diferă prin:
☺structură
☺distribuţie tisulară.
• Diferenţele structurale pot influenta
proprietăţile fizico-chimice:

• –pH izoelectric

• –mobilitate electroforetică

• –masa moleculară

• diferenţiere prin însuşirile catalitice:

– afinităţi diferite faţă de acelaşi substrat;
– sensibilităţi diferite la acţiunea unor efectrori
alosterici;

_
specificităţi distincte pentru coenzime



Izoenzimele LDH (lactat dehidrogenaza)

enzimă intracelulară

• LDH are structură cuaternară omogenă sau
heterogenă;
lanţuri M (muscle)
• LDH = tetramer
lanţuri H (heart).


• LDH are cinci izoenzime:
H
4
, H
3M
, H
2
M
2
, HM
3
, M
4


sau

după mobilitatea electroforetică
LDH
1
 LDH
5


• Reacţia catalizată:
Lactat dehidrogenaza
NAD
+
NADH + H
+
Acid L-lactic
COOH C H
3
C
O
Acid piruvic
COOH CH H
3
C
OH
Izoenzimele LDH au afinităţi diferite pentru
piruvat (sau lactat):
• H4 şi H3M
 inimă
 afinitate mică pentru piruvat
(îl transformă greu în lactat)

• M4 şi M3H
 muşchi scheletici şi ficat
afinitate mare pentru piruvat



Determinarea activităţii enzimelor serice
poate fi folosită în clinică pentru stabilirea
originii ţesutului lezat

Izoenzimele creatin kinazei
(creatin fosfokinaza)

• Creatin kinaza:
-enzimă intracelulară;
-dimer format din două subunităţi:
☼ B (de la brain)
☼ M (de la muscle)

• Are trei izoenzime:
–MM (prezentă în muşchi şi miocard)
–BB (prezentă în creier şi muşchi)
–MB (prezentă în urme numai în miocard).


• reacţia catalizată este reversibilă:

Creatină + ATP Fosfo-creatină + ADP

• Creşterea activităţii creatin kinazei-MB în ser,
indică lezarea miocardului
(infarct de miocard)

Infarct
Ore
Activitatea CK2
în plasmã la 24
ore dupã infarct
Activitatea LDH
în plasmã la 36 -
40 ore de la
infarct
Complexe multienzimatice
• Asamblări de proteine într-un complex, cu
scopul de a creşte eficienţa globală a
procesului.
• Rolul lor:
• –cataliza coordonată a unei succesiuni de
reacţii;
• –minimalizarea unor reacţii secundare.

• Exempl: acid gras sintază, complexul piruvat
dehidrogenazei, etc.
Clasificarea şi denumirea
enzimelor
• Denumirea enzimelor
• se pot utilza trei modalităţi:
-adăugarea sufixului –ază la numele
substratului (zaharază, urează, glucozidază)

-denumire după acţiunea specifică a enzimei
(guanilat ciclază, lactat dehidrogenază, glutation
reductază)

-denumiri particulare fără legătură cu reacţia
catalizată: pepsină, chimotripsină, tripsină.

• Numele enzimei cuprinde:
-denumirea substratului,
-tipul reacţiei catalizate,
-coenzima

• Fiecare enzimă este codificată de patru cifre, care
definesc:
-clasa;
-subclasa;
-sub-subclasa;
-numărul de ordine al enzimei din şir.

Clasificarea enzimelor

• Sunt 6 clase de enzime după tipul de reacţie
catalizat:
• 1.Oxidoreductaze
• 2.Transferaze
• 3.Hidrolaze
• 4.Liaze
• 5.Izomeraze
• 6.Ligaze
Oxidoreductazele catalizează reacţii redox
(transfer de electroni sau de hidrogen)
Subclase:
• Dehidrogenazele catalizează
transferul de hidrogen
de la substrat (SH2)
pe o coenzimă redox
(NAD
+
; NADP
+
; FMN; FAD):

SH
2
+ Co S
ox
+ CoH
2
O N
N
N
N
NH
2
O
H
2
C
OR OH
O P O
-
O
O P O
-
O
N
+
O
H
2
C
OH OH
CONH
2
N
COOH
Acidul nicotinic Amida acidului nicotinic
(niacina) (niacinamida)
N
CONH
2
Nicotinamid-adenin dinucleotid (NAD
+
)
(R = H formeazã NAD
+
; R = -PO
3
H
2
formeazã NADP
+
)
Vitamina PP
Vitamina B2
• Conţine heterociclul numit izoaloxazină
N N
N
NH
CH
2
O
O
C H
3
C H
3
CH CH CH
OH OH OH
O CH
2
P O
O
-
O
P O
O
-
O
N
N
N
N
NH
2
O
H
2
C
OH OH
lumicrom
lumiflavinã
riboflavinã
flavin mononucleotid (FMN)
adenozinã
adenozin 5`-monofosfat
(AMP)
flavin adenin dinucleotid (FAD)
(H)
(H)
(H)
(H)
(OH)

• Reductazele catalizează transferul de hidrogen de
la o coenzima redusă (adesea NADPH) la un
acceptor:



S
ox
+ CoH
2
SH
2
+ Co

• Oxidazele catalizează
transferul de echivalenţi reducători de la un substrat
la dioxigen,
reducându-l fie la apă, fie la peroxid de hidrogen:



SH
2
+ 1/2 O
2
S
ox
+ H
2
O
SH
2
+ O
2
S
ox
+ H
2
O
2


• Peroxidazele catalizează transferul de echivalenţi
reducători de la un substrat la un peroxid (HOOH
sau R-OOH)




• 2G-SH + HOOH  G-S-S-G + 2 HOH
glutation peroxidază


SH
2
+ HOOH S
ox
+ 2 H
2
O



• Dioxigenazele încorporează dioxigenul în molecula
de substrat (care cuprinde o legătură dublă):


CH CH + O
2
O CH
CH O +
CH
3
CH
3
H
3
C
CH
3
CH
3
H
3
C
H
3
C CH
3
CH
3
CH
3
|-caroten
caroten dioxigenaza
O
2
în prezenta sãrurilor biliare
OH
CH
3
CH
3
H
3
C
CH
2
CH
3
CH
3
O
CH
3
CH
3
H
3
C
CH
CH
3
CH
3
CH
3
CH
3
H
3
C
COOH
CH
3
CH
3
Retinal (retinalaldehidã)
Reducere
Oxidare
Retinol (Vitamina A
1
)
Acid retinoic

• Monooxigenazele încorporează numai un atom de
oxigen în substrat, celalalt atom al dioxigenului este
redus la apă.

Multe monooxigenaze sunt hidroxilaze care implică
participarea sistemului redox:
NADP
+
- (NADPH+ H
+
)


R-H + O
2
+ (NADPH + H
+
) R-OH + H
2
O + NADP
+
Transferazele
catalizează reacţii de transfer a unei grupări de la un donor către un
acceptor


• Subclase:
Aminotransferaze (transaminaze) catalizează transferul
unei grupări amino între un amino şi un cetoacid.
Coenzima participantă este piridoxal fosfatul.



AX + BY AY + BX
COOH CH R
1
NH
2
COOH C R
2
O
COOH C R
1
O
COOH CH R
2
NH
2
+
+
N
CH
2 HO
H
3
C
HC
OH
O
N
CH
2 HO
H
3
C
H
2
C
OH
NH
2
Piridoxal
N
CH
2 HO
H
3
C
HC
O
O
O
-
O
-
O
P
ATP ADP
piridoxal-kinaza
Piridoxalfosfat
Piridoxamina
ATP ADP
N
CH
2 HO
H
3
C
H
2
C NH
2
O O
-
O
-
O
P
Piridoxaminfosfatul
piridoxamin-kinaza
+
COOH
CH
2
CH
2
HC
COOH
NH
2
Acid glutamic
COOH
CH
2
CH
2
C
COOH
O
Acid o-cetoglutaric
H
3
C CH
NH
2
COOH
+
H
3
C C
O
COOH
Alaninã
Acid piruvic
GPT
COOH
CH
2
CH
2
C H
COOH
NH
2
Acid glutamic
COOH
CH
2
CH
2
C
COOH
O
Acid o-cetoglutaric
GOT
COOH
CH
2
C H
COOH
NH
2
COOH
CH
2
C
COOH
O +
+
Acid aspartic
Acid oxaloacetic


• Aciltransferazele catalizează transferul restului acil
de pe compuşi cu potenţial chimic ridicat
(R-CO~SCoA), pe acceptori potriviţi cu formare de
esteri, amide, anhidride:

R-CO~S-CoA + R
1
-OH R-CO-OR
1
+ CoA-SH
Acid pantotenic
O CH
2
C CH C NH
CH
3
CH
3
OH
O
CH
2
CH
2
CO
O
N
O
H
2
C
O OH
O P O
-
O
O P O
-
N
N
N
NH
2
NH
SH
CH
2
CH
2
O
-
O
-
O
P
T
i
o
e
t
a
n
o
l
a
m
i
n
a
A
D
P
Coenzima A - SH
• Fosforil transferazele (kinaze)
catalizează transferul resturilor fosforil
de pe ATP
pe substraturi:




Glucozã + ATP Glucozo-6-P + ADP
Glucozo-6-fosfat
CH=O
C
C
C
C
C H
2
OPO
3
H
2
H OH
O H H
H OH
H OH
CH=O
C
C
C
C
C H
2
OH
H OH
O H H
H OH
H OH
Glucozã
ATP
ADP
Hexokinaza
Mg
2+
Glucozo-6-fosfat
izomeraza
C H
2
C
C
C
C
C H
2
OPO
3
H
2
O
O H H
H OH
H OH
OH
Fructozo-6-fosfat
• Metiltransferazele catalizează transferul
grupărilor cu un atom de carbon
• coenzima care poartă aceste grupări este
tetrahidrofolatul (FH4).


N
N N
N
H
2
N
OH
CH
2
NH CO NH
COOH
CH
2
CH
2
CH
COOH
9 10
5
pterina
acid p-aminobenzoic
acid glutamic
acid pteroic
• Transportă grupări:

• metil (-CH3)
• hidroximetil (-CH
2
OH)
• formil (-CHO)
• formimino (-CH=NH)
• metilen (-CH
2
-),
• transformarea serinei în glicină:
5
COOH
HC
H
2
C
NH
2
OH
Serinã
9 10
N
H
N
H
CH
2
NH
+
FH
4
serin hidroximetil
transferazã
COOH
H
2
C NH
2
Glicinã
+
N
N
H
CH
2
N
CH
2
N
5
, N
10
-metilen FH
4

• formarea grupărilor metil:

N
5
,N
10
-metilen-FH
4
+ (NADH + H
+
) N
5
-metil-FH
4
+ NAD
+
• metilarea homocisteinei la metionină
5
COOH
HC
H
2
C
NH
2
H
2
C SH N
N
H
CH
2
NH
CH
3
+
N
5
-metil FH
4 Homocisteinã
homocistein-
metiltransferaza
metilcobalamina
COOH
HC
H
2
C
NH
2
H
2
C S CH
3
+
N
H
N
H
CH
2
NH
FH
4
Metioninã
• transformarea deoxiuridilatului în
deoxitimidilat (folosit în sinteză de ADN):
O
N
O
H
2
C
H OH
NH
O
-
O
P O
-
O
O
FH
4
+
N
N
H
CH
2
N
CH
2
N
5
, N
10
-metilen FH
4

dUMP
timidilat sintaza
O
N
O
H
2
C
H OH
NH
O
-
O
P O
-
O
O
H
3
C
dTMP
+
Hidrolazele

Subclase
• Esterazele care pot fi:
–carboxilesteraze (cu substrat R-COOR’)
–tiolesteraze (cu substrat R-CO -SR’)
–fosfomonoesteraze (substrat R-O-PO3H2)
–fosfodiesteraze sau fosfataze (substrat R-O-PO2H-O-R1)
• Glicozidaze
• Peptidaze
A-B + H
2
O A-H + B-OH
N
O
H
2
C O
HO HO
P
O
O
-
P
O
O
O
-
O
-
O
-
O
O
P N
N
N
NH
2
ATP
O
H
2
C O
OH
O
N
N
N
N
NH
2
P
O
-
O
Adenilatciclaza
HR
AMPc
O
H
2
C O
OH
O
N
N
N
N
NH
2
P
O
-
O
AMPc
Fosfodiesteraza
Metilxantine
Insulinã
Ca
2+
-Calmodulinã
5`-AMP
N
O
H
2
C O
HO HO
P
O
O
-
O
-
N
N
N
NH
2
Liazele
• catalizează reacţii de adiţie reversibile,
la legături multiple.
• Anhidraza carbonică catalizează
hidratarea dioxidului de carbon:


CO
2
+ H
2
O H
2
CO
3
• Fumaraza catalizează hidratarea acidului
fumaric la acid malic:

+ H
2
O
HC
CH
2
COOH
COOH
OH
Acid malic
COOH
C
C
HOOC
H
H
Acid fumaric
Fumaraza
Izomerazele
• catalizează reacţii de izomerizare:

Racemazele transformă un enantiomer
dextrogir în enantiomerul levogir
(+)-Alanina (-)-Alanina
– Epimerazele schimbă configuraţia unui singur
atom de carbon asimetric





D-Glucozã D-Galactozã
D-Galactozã
C H
C
C
O
OH H
C
C
H
H
OH
O H
C H
2
OH
H
O H
C H
C
C
O
OH H
C
C
H
OH
OH
H
C H
2
OH
H
O H
C H
C
C
O
H O H
C
C
H
OH
OH
H
C H
2
OH
H
O H
D-Glucozã
D-Manozã
4
0
2
0
• Izomerazele cis-trans modifică configuraţia unei
duble legături


Acid fumaric Acid maleic
• Mutazele schimbă poziţia unei grupări în
moleculă



HC
H
2
C
OPO
3
H
2
COOH
OH
HC
H
2
C OH
COOH
OPO
3
H
2
Acid 3-fosfogliceric Acid 2-fosfogliceric
mutazã
Ligazele
• catalizează reacţii de condensare cuplate cu scindare de
ATP



• Sinteza glutaminei catalizată de glutaminsintetază:


A-H + B-OH A-B
ATP
ADP + P
i
Acid glutamic + NH
3
Glutaminã
ATP
ADP
NH
3
COOH
CH
2
CH
2
HC
COOH
NH
2
Acid glutamic
ATP
ADP+P
i
C
CH
2
CH
2
HC
COOH
NH
2
O
NH
2
Glutaminã
Glutamin sintetazã
+


• Sintazele catalizează legarea a două molecule fără

implicarea ATP

☺o÷aminolevulinat sintaza
☺glicogen sintaza
☺NOS - nitric oxid sintaza
• Vitaminele care pot fi transformate în coenzime pentru a
participa la reacţii de oxido-reducere sunt:
A.Nicotinamida şi riboflavina
B.Vitamina C şi biotina
C.Biotina şi nicotinamida
D.Tiamina şi riboflavina
E.Tiamina şi Biotina

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful