Professional Documents
Culture Documents
Introduction à la microbiologie
La microbiologie est la science qui a pour objet l’étude des microbes (du grec : mikros
= petit ; bios = vie). Ce terme (microbe) englobe tous les organismes vivants, de petites
dimensions nécessitant le microscope.
Les microbes comprennent les microorganismes suivants :
• Champignons inférieurs ;
• Algues unicellulaires ;
• Protozoaires ;
• Microorganismes unicellulaires que leurs caractères ne permettaient pas de les
rattacher à l’un ou l’autre de ces groupes : on les a denomés : bactéries (du grec
bakteria = bâton) en raison de la forme en bâtonnet de certains d’entre eux.
L’étude de chacune de ces catégories de microorganismes constitue une discipline spécialisée
en raison de l’importance du nombre d’espèces de chacune, de leur diversité quant à l’habitat,
leur mode de vie, leur morphologie et leur rôle dans la vie de l’Homme.
La microbiologie est donc en fait une science pluridisciplinaire comprenant :
• La mycologie ;
• L’algologie ;
• La protozoologie ;
• La bactériologie.
Quant aux virus, une science spéciale est consacrée à leur étude : la virologie.
Les microorganismes se trouvent partout dans la nature. C’est la forme de vie la plus
abondante et la plus répandue sur toute la planète.
L’Italien Spallanzani faisait bouillir des solutions nutritives à base de bœuf dans des flacons
avant de les sceller hermétiquement (fig. 1). Ces expériences n’ont pas convaincu les partisans
de la génération spontanée. Ces derniers prétendent que l’air était essentiel à la génération
spontanée.
Plus tard Schwann et Schultze modifient l’expérience de Spallanzani : Schwann fait passer
l’air dans un serpentin chauffé au rouge avant de l’envoyer dans la solution nutritive stérile.
Schulze fait passer l’air dans une solution acide avant de l’envoyer dans le bouillon nutritif
stérile. Dans les deux cas aucun microbe n’apparaît dans la solution nutritive (fig. 2-3). Mais
les partisans de la génération spontanée n’étaient toujours pas convaincus. Ils prétendent que
l’acide et la chaleur avaient modifié l’air.
Vers 1850, Schröeder et Von Dusch ont fait une expérience plus convaincante en faisant
passer l’air dans des tubes remplis de coton. Le coton retenait les microorganismes de l’air et
aucun microbe ne s’est développé (fig. 4).
A cette même époque, un nouveau nom apparaît dans le domaine de la science : Louis
Pasteur (1822-1895). Pasteur a reçu la formation de chimiste, mais plus tard il s’est intéressé
à la fermentation qui est un processus biochimique dû aux microbes. Cet intérêt pour les
processus fermentatifs l’engage dans le débat sur la génération spontanée. Il s’oppose avec
vigueur à cette théorie et entrepris des expériences pour démontrer que des microorganismes
ne peuvent provenir que d’autres microorganismes. Ses expériences consistaient à préparer
des solutions nutritives dans des flacons à col de cygne, sans empêcher le passage de l’air qui
n’était ni traité, ni filtré. Il chauffe les bouillons nutritifs et les laisse reposer (fig. 5). Résultat :
aucun microbe n’apparaît.
Pasteur met ainsi un terme aux débats sur la génération spontanée. La biogenèse devient la
théorie acceptée : tout microorganisme vivant ne peut provenir que d’organismes vivant
préexistant.
Ce chercheur met ainsi en évidence la présence des microorganismes dans l’atmosphère. Il
montre que le développement de ces microorganismes dans certains liquides organiques est la
cause de leur altération.
Cette découverte de germes dans l’air va avoir des conséquences fondamentales en médecine,
par l’application de l’asepsie (ensemble des méthodes de destruction des microbes). Ceci a
permis d’énormes progrès en chirurgie.
Groupes taxonomiques
Un système de classification biologique est basé sur une hiérarchie taxonomique. C’est
à dire une suite de groupes qui place l’espèce à une extrémité et le règne de l’autre.
Remarques :
• La classification des microorganismes est d’un grand intérêt. Quand on nomme et
qu’on classe un microorganisme il constitut un moyen de référence. Quand on étudie
un microorganisme on le compare avec ceux déjà existant. Il existe des collections de
microorganismes classées ;
• Les concepts taxonomiques sont en changement (non statiques). Les procédés de
classification en microbiologie connaissent régulièrement de modifications. Les
anciens arrangements taxonomiques laissent la place à de plus récents fondés sur de
nouvelles connaissances (accumulation de nouvelles données sur ces
microorganismes). Il y a donc apparition et disparition d’espèces.
7
LES BACTERIES
Introduction
Dans cette partie nous verrons les principales propriétés des bactéries. Cela nous sera
utile pour découvrir la grande diversité de types morphologiques et physiologiques des
bactéries.
Nous ouvrirons ce chapitre avec une description de la morphologie grossière des bactéries,
puis nous étudierons leur ultra structure.
La connaissance de la morphologie et de l’ultra structure des bactéries a été acquise à deux
moments différents :
• Observations de LEEUWENHOEK (révélation de l’apparence grossière des
microorganismes). L’amélioration de la microscopie optique associée aux techniques
de coloration a permis d’avoir plus de précisions sur la forme caractéristique des
cellules (dimension, groupement, forme et certaines structures externes) ;
• Utilisation de la microscopie électronique (1940). Observation des coupes ultraminces
de la cellule bactérienne (ultrastructure). Les techniques de désintégration de la cellule
ont permis l’isolement des constituants cellulaires et l’analyse chimique. Ce qui a
permis la découverte de la fonction.
Les flagelles : Chez les protistes inférieurs on rencontre deux types de mouvement :
• Déplacement par glissement sur support solide. Le mécanisme de ce mouvement est
pour l’instant inconnu ;
• Mouvement utilisant des organes locomoteurs spécialisés les flagelles.
Les flagelles ou ciles sont extrêmement fins, invisibles au microscope optique sur des
cellules vivantes. Leur mise en évidence doit utiliser des techniques de coloration.
L’observation au microscope électronique permet de détailler leur forme, leur mode
d’insertion et leur dimensions. Ce sont des filaments sinueux généralement plus longs que
la bactérie elle même, de l’ordre de 6 à 20 µm. le point d’insertion du flagelle est
cytoplasmique. Les expériences au cours desquelles la paroi bactérienne est détruite par
une enzyme (lysozyme) aboutissant ainsi à la formation des protoplastes ciliés prouvent
en effet que le point d’origine du cil est le protoplasme et non la paroi.
On distingue chez les bactéries deux types principaux d’insertion des flagelles :
• Insertion polaire : le ou les cils sont insérés à une ou aux deux extrémités de la
cellule. La bactérie est monotriche si l’on ne rencontre qu’un seul flagelle à une de
ses extrémités. Amphitriche lorsqu’une touffe de flagelles émerge à chaque pôle.
Lophotriche lorsqu’une touffe émerge à un pôle.
• Insertion péritriche : la bactérie porte de nombreux ciles insérés surtout le pourtour
de la cellule. (Fig.7)
La connaissance du mode d’insertion peut être utilisé dans un but taxonomique. Par exemple
dans la famille des Enterobacteriaceae toutes les bactéries mobiles possèdent un système
flagellaire péritriche.
Les pili ou Fimbriae : L’existence des pili a été révélée par la microscopie électronique. Ce
sont des appendices filiformes différents des flagelles. Ils sont fréquents chez les bacilles
Gram négatifs. On en distingue deux catégories de morphologie et de fonction distincts :
• Pilis dits communs sont distribués en grand nombre autour de la bactérie (plusieurs
centaines). Ils sont fins, courts et rigides. On pense que leur présence est en rapport
avec les propriétés antigéniques de la bactérie.
• Pilis sexuels sont plus longs. Atteignant 20 µm et se terminent par un renflement. Leur
nombre est faible (1 à 4). Ils paraissent jouer un rôle indispensable au cours de la
conjugaison bactérienne dans le transfert du chromosome de la cellule dite ♂ à la
cellule ♀.
l’obligent à synthétiser des anticorps protecteurs. D’un point de vue général, la capsule
protège la bactérie dans l’environnement contre de nombreux prédateurs (cas des
protozoaires), contre les bactériophages (virus qui attaquent les bactéries). Enfin elle protège
les bactéries contre les agents physiques et chimiques comme la dessiccation. Les capsules
peuvent nuire à certaines industries (exemple : papeterie, par accumulation dans l’outillage
comme les filtres).
combinaisons Hfr x F-, la bactérie ♀ reçoit souvent de nombreux gènes mais elle devient
rarement F+. On a découvert que le facteur F des cellules Hfr s’insérait toujours au même
endroit sur le chromosome. De même l’emplacement de la coupure dans le chromosome est
toujours le même. Le chromosome commence donc à pénétrer dans la cellule ♀ toujours par
la même extrémité et les différents gènes dont il est porteur entrent toujours dans le même
ordre. On a utilisé avec succès cette particularité du transfert chromosomique à des fins de
cartographie chromosomique. Si par des ultrasons ou toute autre agent physique on
interrompe la conjugaison à des temps croissants, on devrait s’attendre à ce que des
recombinants nouveaux apparaissent dans le même ordre chez les cellules ♀ que l’ordre des
gènes sur le chromosome ♂. C’est ainsi qu’on a déterminé l’ordre des gènes sur le
chromosome d’Escherichia coli.
Les spores
Certaines espèces bactériennes sont capables de produire des spores, soit à l’extérieur de
la cellule végétative (exospores), soit à l’intérieur de la cellule végétative (endospore). Ce sont
des corps en sommeil métabolique produits à un stade avancé de la croissance.
Exospores : plusieurs espèces bactériennes les produisent. Streptomyces par exemple fait une
chaîne de spores (conidies) portées à l’extrémité d’un filament végétatif (hyphe).
Endospores : processus présent seulement chez les bactéries. C’est une cellule à paroi épaisse,
fortement réfringente et très résistante. Les endospores sont produites par les espèces du genre
Bacillus, Clostridium et Sporosarcina. Ces bactéries peuvent croître et se multiplier pendant
de nombreuses générations comme toute cellule végétative normale. Cependant à un moment
donné de la croissance d’une bactérie sporulente a lieu à l’intérieur du cytoplasme végétatif la
synthèse d’un nouveau protoplasme destiné à devenir une spore. (fig. 8)
Propriétés des spores :
Les spores peuvent résister à certains agents physiques et chimiques. Cas de la
thermorésistance : les spores peuvent survivre après chauffage de 70 à 80° C durant 10 mn.
Certaines résistent 8 H à 100° C. ce qui crée des problèmes au cours des opérations de
stérilisation dans les hôpitaux et les industries alimentaires. Résistance aux U.V et rayons X
supérieure à celle des cellules végétatives. Résistance aux désinfectants et antibiotiques
supérieure à celle des formes végétatives. Résistance à la dessiccation. Cette résistance est
attribuée à la tunique sporale et au cortex.
La situation des endospores dans les cellules ainsi que leur grosseur ne sont pas les mêmes
pour toutes les espèces. Certaines sont centrales : formées au milieu de la cellule. D’autres
sont terminales : formées à l’extrémité de la cellule et d’autres sont subterminales : formées
près de l’extrémité de la cellule. Le diamètre de la spore peut être plus grand ou plus petit que
celui de la cellule végétative (spores déformantes et non déformantes). Les spores peuvent
avoir des formes différentes : sphériques, elliptiques ou ovoïdes. La présence d’une
endospore, sa situation dans la cellule et sa grosseur et sa forme sont utiles pour identifier et
caractériser les bactéries.
Mécanismes de la sporulation :
• Arrêt total de la synthèse d’ADN et d’ARN. Invagination de la membrane cellulaire
pour former une structure appelée préspore ;
• Formation d’une série de couches qui vont recouvrir la préspore. Le cortex sporal
suivi d’une tunique sporale multicouche imperméable qui est responsable de la grande
résistance de la spore aux agents chimiques ;
• Libération de la spore après lyse de la cellule-mère. La spore présente une structure
complexe. Elle comprend des zones claires qui correspondent au matériel génétique et
des régions sombres qui localisent les ARN et les substances de réserves.
12
Germination de la spore :
Lorsque la spore est placée dans des conditions favorables de croissance, elle subit une
série de transformations progressives et devient finalement une nouvelle cellule végétative.
• Activation de la spore par un agent capable de léser la tunique sporale (choc
mécanique, acidité, chaleur, etc.) ;
• En présence des conditions favorables d’hydratation et de métabolites effecteurs, les
constituants de la spore sont progressivement dégradés par des enzymes ;
• L’altération du cortex et des tuniques externes fait apparaître une nouvelle cellule
végétative comprenant le protoplaste sporale entouré de sa paroi ;
• Phase active de biosynthèse. La synthèse des protéines augmente progressivement. La
paroi sporale devient la paroi cellulaire, la synthèse d’ADN reprend. La cellule double
son volume et se libère de la tunique sporale.
Source d’énergie :
En se référant à la source d’énergie, on peut reconnaître deux grandes classes de bactéries :
• Les phototrophes : capables d’utiliser l’énergie lumineuse pour leurs activités
anaboliques ;
• Les chimiotrophes : obtiennent leur énergie de l’oxydation de composés chimiques.
La photosynthèse est le mode de vie caractéristique des végétaux, des cyanobactéries et de
quelques espèces bactériennes. Dans chaque cas, grâce à l’énergie lumineuse, le processus
conduit à la synthèse d’ATP.
La photosynthèse bactérienne peut donc faire appel à des composés minéraux ou organiques
comme source d’électrons. On parle de bactéries :
13
Facteurs de croissance :
Les facteurs de croissance regroupent trois catégories de substances :
• Les acides aminés synthèse des protéines
• Les bases puriques et pyrimidiques synthèse des acides nucléiques
• Les vitamines coenzymes ou précurseurs de coenzymes
(exemple : Nicotinamide NAD, transporteur d’électrons)
On classe les bactéries en deux catégories :
• Les prototrophes : ne nécessitent pas un apport de facteurs de croissance dans le
milieu de culture. Les éléments habituels déjà cités leur suffisent ;
• Les auxotrophes : exigent un ou plusieurs facteurs de croissance dans le milieu.
Exemple : dans un milieu contenant une source de carbone comme le glucose, une source
d’azote et des sels minéraux, Escherichia coli se développe normalement. Proteus vulgaris,
de la même famille qu’E. coli en est totalement incapable à moins que l’on ajoute à ce milieu
une faible quantité de Nicotinamide (vitamine). Cette substance, indispensable aussi bien à E.
14
coli qu’à P. vulgaris, est synthétisée chez E. coli et non chez P. vulgaris. Une expérience
rapide peut le confirmer : un extrait d’E. coli peut remplacer la nicotinamide au cours d la
croissance de Proteus.
Influence du pH :
Les bactéries se multiplient en milieu neutre (pH : 7) ou légèrement alcalin. Contrairement
aux moisissures qui supportent des pH acides (pH : 3 à 6). Pour chaque bactérie existe des
limites de pH acides et alcalins au-delà desquelles elles ne peuvent se développer et un pH
optimum convenant le mieux à leur multiplication. La plupart des bactéries pathogènes ne
supportent pas des limites de pH > à 7,5 et < à 6,2. Le pH optimum est généralement compris
entre pH : 6,8 et pH : 7,2. Les bactéries saprophytes peuvent se développer entre pH 5 et pH
8,5. Certaines bactéries ont une préférence marquée pour les milieux fortement acides
15
Autres conditions :
La température, le CO2, l’oxygène et le pH constituent les principaux facteurs qui
déterminent les conditions optimales de croissance de la majorité des espèces bactériennes.
Mais certains groupes de bactéries ont des besoins additionnels. Par exemple les bactéries
photosynthétiques ont besoin de la lumière. La croissance peut aussi dépendre de la pression
osmotique ; celle-ci est directement proportionnelle à la concentration totale des ions et des
molécules en solution dans le milieu.
• Des bactéries marines adaptées à un milieu contenant 35 g de sel/l doivent être
cultivées dans des milieux avec au moins 10‰ de sel et sont dites halophiles ;
• Les bactéries des saumures sont également adaptées à des concentrations élevées de
sel. C’est le cas de certains vibrions tel que V. costiculus ;
• Les bactéries cultivant sur les milieux hypersucrés comme les confitures sont dites
osmophiles.
Pour étudier une bactérie, il est nécessaire de cultiver celle-ci sur des milieux de
culture. Les milieux de culture contiennent les substances nutritives indispensables à la
croissance. Ils sont disposés dans des récipients stérilisés au préalable.
Les milieux sont liquides ou solides. Les bactéries troublent uniformément le milieu liquide
au cours du développement. Dans un milieu solide, elles s’accumulent en masse : colonies
dont les dimensions, les contours, la structure, etc. constituent un ensemble de caractères
précieux pour l’identification.
Milieux de culture
Le choix d’un milieu de culture est fonction du but que l’on veut atteindre (étude
d’une cinétique de croissance, recherche d’une substance chimique, etc.) et des besoins de la
bactérie recherchée.
Milieux synthétiques et milieux empiriques : Les bactéries autotrophes ont des besoins
simples. Elles possèdent un équipement enzymatique qui leur permet de synthétiser tous leur
métabolites à partir de substances élémentaires.
Les bactéries hétérotrophes exigent, pour leur croissance, les substances qu’ils ne peuvent pas
synthétiser. Les milieux pour les hétérotrophes vont du simple au très complexe. Dans la
plupart des cas on utilise des milieux dits empiriques, parce qu’on ne connaît pas leur
composition chimique avec précision. Le plus simple et le plus utilisé est le bouillon nutritif
qui est à base de viande de bœuf.
Milieux d’isolement : Les milieux d’isolement sont des milieux solides de composition simple
sur lesquels de nombreuses espèces bactériennes peuvent se développer.
Milieux sélectifs : Quand un milieu de culture est ensemencé avec un grand nombre d’espèces
bactériennes, il est possible de favoriser artificiellement la croissance de l’une d’entre elles
(lorsqu’on connaît ses exigences nutritionnelles) ou en ajoutant au milieu un inhibiteur
chimique qui bloque la croissance de la plupart des bactéries excepté celle de l’espèce
recherchée : phénomène de sélection. Exemple : en cherchant des Staphylocoques dans un
produit soumis à l’analyse, on inhibe les espèces saprophytes dans ces milieux en utilisant
Nacl 75g/l qui sélectionne uniquement les bactéries recherchées.
16
Milieux d’identification : Les milieux d’identification comme leur nom l’indique permettent
l’identification des bactéries. Ils servent à mettre en évidence une ou plusieurs propriétés chez
une bactérie déjà isolée. Par exemple la fermentation d’un sucre, production de gaz comme
l’hydrogène sulfuré, présence d’enzymes, etc.
Temps de génération :
C’est l’intervalle de temps entre deux divisions successives ou celui nécessaire au
doublement de la population. Si nous partons d’une cellule bactérienne unique, son
accroissement se fait selon une progression géométrique : 1 2 4 8, etc.
Le temps de génération est donc le temps nécessaire à une bactérie de produire deux bactéries
ou à 8 bactéries de donner 16 bactéries, etc.
Dans une population microbienne, toutes les cellules ne se divisent pas au même rythme. La
croissance ne s’effectue pas par paliers mais au contraire d’une façon continue. Malgré cela,
le temps nécessaire au doublement de la population est constant et identique à celui exigé
pour le doublement d’une seule cellule.
Le temps de génération est donné par la formule : G = t/n.
Taux de croissance :
On le définie comme étant le nombre de divisions par unité de temps : µ = 1/G = n/t.
18
Cette équation peut être exprimée en fonction du taux de croissance (µ = n/t d’où n = µt)
Xn = 2µt X0
La forme logarithmique de cette équation devient : log2 Xn = µt log22 + log2X0
µt = log2 Xn/X0
Courbe de croissance
Nombre
de cellules
2 4
temps
Phase de latence : après ensemencement d’un milieu de culture convenable avec une petite
quantité de culture microbienne, on n’observe pas de développement immédiat. Il faut
19
attendre quelques heures pour constater un trouble visible. Cette période s’appelle phase de
latence. La phase de latence peut avoir plusieurs significations :
• L’âge des bactéries inoculées est le premier des facteurs qui conditionne cette phase.
Lorsque l’inoculum est constitué de cellules jeunes, la phase de latence peut être très
courte. Elle est au contraire prolongée avec des bactéries provenant de culture en
phase stationnaire ou de déclin. ;
• L’adaptation des bactéries au milieu constitue le 2ème facteur essentiel. Un inoculum
prélevé en phase exponentielle et introduit dans un milieu neuf de composition
chimique identique se multiplie instantanément sans aucune phase de latence. Si le
milieu n’est pas identique, les bactéries sont obligées de synthétiser de nouvelles
enzymes leur permettant la dégradation du nouveau substrat.
Phase exponentielle : fait suite à la phase de latence. Les bactéries se multiplient avec un taux
de croissance maximal et constant. Cette phase se traduit par une droite. La pente de celle-ci
est déterminée par le taux de croissance lui-même sous la dépendance des conditions
d’environnement comme la température, le pH, nature et concentration des aliments.
Phase maximale stationnaire : la phase exponentielle est brève. Le milieu devient de moins
en moins favorable à la croissance. Le nombre de cellules viables reste constant et correspond
à un équilibre entre le nombre de cellules provenant de la multiplication et le nombre de
cellules qui disparaissent par autolyse.
Phase de déclin : au cours de cette phase, les bactéries ne se divisent plus ou très peu.
Beaucoup d’entre elles meurent et sont lysées par les enzymes libérés. Le taux de mortalité
peut être constant comme le taux de croissance. Dans ce cas il est représenté par une droite.
Le nombre de cellules détruites est proportionnel au temps.
(déplacement par mouvement ondulatoire en tire bouchon). Ce filament est composé de très
nombreuses fibrilles qui ont leur point d’insertion aux deux pôles de la cellule et qui viennent
se rejoindre en son centre.
Beaucoup de spirochètes sont Gram négatif, la longueur varie de 3 à 500 µm. la reproduction
se fait par fission binaire transversale.
Physiologie et écologie : Organismes hétérotrophes. La plupart sont anaérobies. En tant que
forme libre, les spirochètes sont saprophytes communs de l’eau et des boues. La plupart
vivent en anaérobiose dans les zones profonde des milieux aquatiques où il n’y a pas
d’oxygène. Les autres sont des parasites qui peuvent être pathogènes. C’est le cas des
tréponèmes. Exemple : Treponema pallidum, agent responsable de la syphilis. Parasite
obligatoire qui ne croit que dans des tissus vivants. C’est un parasite exclusif de l’homme. La
transmission de la maladie est directe et vénérienne.
Les bactéries photosynthétiques se rencontrent dans les eaux douces ou marines où elles
voisinent généralement avec des algues qui se développent en aérobiose dans les couches
superficielles. Recevant des rayonnements pénétrants distincts de ceux des algues, elles
peuvent se multiplier dans les zones les plus profondes des milieux aquatiques, en
anaérobiose, sans que leur croissance soit apparemment inhibée par la végétation des algues.
Corps cellulaire
Tige renflement
Les caulobacter sont des formes bacillaires ou vibrioniques. Leur diamètre est compris entre
0,5 et 1 µm et leur largeur varie de 1 à 3 µm. En culture pure, les caulobacter s’associent en
amas caractéristique ou rosette : tous les pédoncules se fixent les uns aux autres par les
extrémités adhésives. Les cellules émergent à la périphérie. Les eubactéries pédonculées ont
pour habitat le sol et les milieux aquatiques.
Les rickettsies :
Parasites intracellulaires de certains groupes d’arthropodes suceurs de sang (poux,
puces et tiques) qui sont des hôtes-vecteurs, capables de transmettre l’infection par morsure
ou piqûre aux animaux ou à l’homme et d’engendrer ainsi des maladies graves d’allure
épidémique (contagieuses qui peuvent atteindre un grand nombre d’individus).
Morphologie et structure :
Les rickettsies comptent parmi les plus petites bactéries (300 à 600 nm). Elles se
présentent sous une forme bacillaire ou coccoïde. Elles sont Gram négatif et immobiles.
Pathogénicité :
Les rickettsies se multiplient seulement en présence d’une autre cellule vivante. Ce
sont des parasites obligatoires. Elles sont toutes potentiellement pathogènes pour l’homme.
Elles sont les agents des Rickettsioses, maladies graves souvent fatales comme le typhus
(fièvre avec des taches rouges sur la peau) transmis par le pou.
Généralement transmises par des insectes piqueurs, ces derniers deviennent infectés lorsqu’ils
prélèvent le sang d’une personne infectée et ils transmettent l’infection directement par la
piqûre ou par les excrément qui pénètrent à travers les couches endommagées de la peau.
Les réservoirs naturels de ces bactéries sont essentiellement les rongeurs sauvages (rats,
lapins, etc.) avec des hôtes vecteurs privilégiés.
Réservoir hôte-vecteur
Hôte définitif
Homme
hôte-vecteur
arthropodes
23
Les chlamydies :
Ont de nombreux points d’analogie avec les Rickettsies. Mais n’infectent que des
hôtes vertébrés. Elles sont parasites endocellulaires comme les rickettsies. Elles sont
pathogènes pour l’homme et les animaux.
Morphologie et structure :
Organismes coccoïdes de petite taille, immobiles. Sous leur forme infectieuse, rigide (corps
élémentaires). Ils pénètrent dans la cellule par phagocytose. A l’intérieur d’une vésicule
cytoplasmique, ils s’organisent en particules plus grandes à paroi mince non infectieuses dites
corps initiaux dont la multiplication intra-cytoplasmique donne naissance à des agglomérats
dits inclusions, facilement visibles au microscope. Puis de nouveaux corps élémentaires
apparaissent qui se libèrent de la cellule hôte altérée. Ces corps élémentaires sont capables
d’entreprendre un nouveau cycle de multiplication sur d’autres cellules intactes.
Pathogénicité :
Les chlamydies sont largement répondues. Elles sont responsables d’infections humaines ou
animales comme l’ornithose ou la psittacose (pneumopathie transmise par les perroquets et les
perruches) et le trachome, infection oculaire grave qui peut entraîner une cécité.
Les mycoplasmes :
Sont des microorganismes dont la nature est restée longtemps obscure. Le premier
représentant décrit dans ce groupe est l’agent responsable de la péripneumonie (maladie
contagieuse du bétail). Leur structure mycélienne leur ont fait attribuer le nom de
mycoplasme (forme de champignon). Mais leur propriété la plus caractéristique est l’absence
de la paroi (ce sont des bactéries sans paroi). Les mycoplasmes sont caractérisés par leur
polymorphisme. Ce sont des cellules de très petite taille, immobiles, de grande plasticité et
d’une relative fragilité due à l’absence de la paroi.
Ce sont des procaryotes mais ne font pas parti des bactéries. Plus de 2000 espèces sont
connues jusqu’à aujourd’hui. Elles sont uni ou pluricellulaires et autotrophes. Elles sont
constituées d’éléments identiques, isolés ou disposés en file linéaire. Les dimensions des
cyanobactéries varient entre 5 et 15 µm.
Structure cellulaire :
La cellule est entourée d’une paroi, essentiellement pectocellulosique. Elle comprend deux
parties fondamentales :
• Le chromoplasme périphérique ;
• Le centroplasme granulaire et incolore.
Chromatoplasme : zone située entre la membrane cellulaire et le centroplasme. Il se compose
d’un cytoplasme riche en pigments. Ces pigments sont nombreux : chlorophylle verte,
phycocyanine bleu-vert, phycoérythrine rouge, des carotènes et xanthophylles jaunes. Chez
les cyanobactéries existent la chlorophylle a et c, absence de b.
Le rapport quantitatif phycocyanine/phycoérythrine varie d’une espèce à l’autre ce qui
explique la diversité des couleurs que présentent les cyanobactéries et qui varie du bleu gris
au rouge en passant par le bleu vert.
Les cyanobactéries ne possèdent pas des plastes mais la microscopie électronique a révélé que
le chromatoplasme contient des thylakoïdes. Chacun d’eux est une vésicule membranaire très
aplatie. Ils correspondent aux doubles membranes des chloroplastes. Ces thylakoïdes sont
24
Les virus
Historique
La découverte des virus remonte à la fin du 19ème siècle. En 1892, IVANOWWSKI,
botaniste russe, réussit à transmettre à un plan de tabac sain, une maladie végétale dite
mosaïque du tabac par l’intermédiaire d’un filtrat d’un jus provenant d’une plante malade.
Cette filtration, éliminant toute bactérie suggéra à cet auteur le rôle d’une toxine filtrable
comme responsable de la maladie.
En 1898, un autre botaniste BEIJERINCK, ayant repris les expériences d’IWANOWSKI
démontra que ce n’était pas une toxine qui passait à travers les filtres mais bien l’agent
infectieux lui-même, responsable de la mosaïque du tabac (le caractère infectieux du filtrat
permet de le distinguer d’une toxine). A la fin du 19ème siècle les pathologistes étudiants les
maladies de l’homme et des animaux domestiques reconnaissent qu’un certain nombre de
maladies infectieuses n’étaient pas dues à des bactéries ou à des protozoaires mais à des
agents inconnus qui traversent les filtres utilisés pour les bactéries. Au début du 20ème siècle,
le caractère invisible et filtrant des agents d’un grand nombre de maladies (poliomyélite, rage,
etc.) fut démontré. Tous ces agents infectieux, plus petits que tous les microorganismes jusque
là connus furent alors dénommés ultra-virus ou virus filtrant ou plus simplement virus. En
1935, on réussit à obtenir à l’état pur et cristallisé le virus de la mosaïque du tabac. Une année
après on découvre la nature nucléoprotéique des cristaux obtenus. A partir de 1939, grâce au
microscope électronique, on a pu préciser la teille des virus et montrer pour la 1ère fois leur
forme. La méthode de diffraction aux rayons X a révélé les détails de l’organisation interne
des particules virales. Le rôle prédominant de l’acide nucléique dans le pouvoir infectieux fut
25
démontré en 1952. En 1956, on a démontré que l’acide nucléique purifié extrait des virus de
la mosaïque du tabac produit l’infection d’une plante saine.
Structure générale
Tous les virus sont constitués par une molécule d’acide nucléique enclose à l’intérieur
d’une couche de protéines qui forme la capside. L’ensemble capside et acide nucléique
constitue la nucléocapside.
La capside est formée par l’assemblage de molécules de protéines. Cet assemblage se fait
d’une façon précise et caractéristique selon deux types bien distincts :
• Formation d’une coque fermée ;
• Tube hélicoïdale.
A ces deux types d’assemblage correspondent deux types différents de capsides :
• Capsides icosaèdrique, caractérisée par une symétrie cubique ;
• Capsides hélicoïdales, avec une symétrie hélicoïdale.
Dans certains cas, la capside est enclose à l’intérieur d’une enveloppe dite peplos.
26
Capside icosaédrique :
Tous les virus sphériques ou polyédriques ont une capside icosaédrique constituée par
l’assemblage de molécules de protéines qui se groupent pour former les capsomères.
L’icosaèdre résultant de l’assemblage des capsomères possède :
• 12 sommets ;
• 20 faces constituées par des triangles ;
• 30 arêtes.
sommet
face
arête
capside hélicoïdale :
Les virions de nombreux virus des plantes possèdent une capside hélicoïdale tout à fait
différente de la capside icosaédrique. Le plus connu de ces virus, le virus de la mosaïque du
tabac, a servi comme prototype de description.
Au microscope électronique, le virion se présente comme un bâtonnet rigide et creux, de 30
nm de long environ et de 17 nm de large, constitué par un long filament d’ARN
monocaténaire enroulé en hélice comme un ressort. Sur cette hélice viennent s’insérer les
sous-inités protéiques toutes identiques entre elles et constituées par une simple molécule
protéique. Ces sous-unités se disposent à leur tour en hélice.
27
Acide nucléique :
Pour obtenir l’acide nucléique d’un virus à l’état purifié et libéré de toutes les protéines,
on utilise plusieurs techniques. Les principales sont :
• Extraction par le phénol ;
• Extraction par des détergents anioniques qui dénaturent et solubilisent les protéines et
libèrent l’acide nucléique dans la solution.
ADN viral : dans la plupart des cas l’ADN viral est bicaténaire (molécule à double brin).
Cependant certains ont une molécule à simple brin (ADN monocaténaire). Le poids
moléculaire de l’ADN viral est très variable : 1,2 à 1,8.106 à 160.106 daltons (1 dalton ≡ poids
d’un atome d’hydrogène). Cet ADN est linéaire ou circulaire.
ARN viral : comme l’ADN, on rencontre chez les virus à ARN des types monocaténaire et
bicaténaire. De nombreux virus des bactéries, des plantes et des animaux contiennent un ARN
monocaténaire. L’ARN bicaténaire est rencontré surtout chez les virus animaux.
Protéines virales :
Les protéines codées par le génome viral durant la multiplication intracellulaire du virus
peuvent être réparties en trois groupes principaux :
• Protéines permettant la duplication de l’acide nucléique viral (enzymes) ;
• Protéines altérant quelques fonctions ou structure de la cellule hôte ;
• Protéines de structure incorporées dans les particules néoformées du virus.
Les protéines capsidales protègent l’acide nucléique enclos à l’intérieur. Dans le cas des virus
dépourvus d’enveloppe, elles jouent en plus un rôle dans l’attachement spécifique des virions
aux cellules-hôtes par suite de leur affinité spéciale pour les récepteurs situés à la surface des
cellules sensibles.
Lipides :
Absents dans les virions non enveloppés. Constituent l’essentiel des enveloppes virales.
Les constituants des enveloppes virales sont des lipides d’origine cellulaire. La teneur en
lipide de ces enveloppes dépend des cellules sur lesquelles se sont multipliés les virus.
Cette division bien classique n’est cependant pas strictement exacte car d’une part, certains
virus des vertébrés se multiplient chez les insectes qui sont aussi les vecteurs de l’infection
chez l’homme et les animaux et d’autre part, certains virus des plantes se multiplient
également chez les insectes. On a pendant longtemps et traditionnellement utilisé une
nomenclature des virus qui a consisté à donner le nom de la maladie produite dans l’hôte
principal. Exemple : virus de la mosaïque du tabac, virus de la variole, virus de la
poliomyélite, virus de la rage, etc.
Par la suite, en raison d’une meilleure connaissance des virus, la nécessité d’une classification
en groupes de virus présentant des propriétés similaires est devenue évidente.
Le comité international de nomenclature a choisi le système de classification basé sur des
critères chimiques et structuraux :
• Nature de l’acide nucléique ;
• Symétrie de la nucléocapside ;
• Présence ou absence de l’enveloppe, diamètre de l’hélice pour les virus à symétrie
hélicoïdale et nombre de capsomères pour les virus cubiques.
Les bactériophages
Ce sont les virus des bactéries. Ils représentent pour les bactéries les agents infectieux qui
entraînent généralement la lyse et la mort des bactéries.
30
Historique
La découverte du phénomène de bactériophagie remonte au début du 20ème siècle (1915)
par Twort qui a observé que des colonies de microcoques se lysaient en boite de Pétri. Plus
tard on découvre qu’il s’agit d’une attaque par des virus (bactériophages).
Expérimentalement, on peut provoquer la lyse sur une culture d’E. coli en nappe. On dépose
des gouttes d’une suspension de coliphage (bactériophage qui infecte E. coli).
Morphologie et structure
Cas du phage T2 (phage actif sur E. coli)
tête
collier
gaine contractile
queue
cylindre central
fibres caudales
spicules
31
Phase d’éclipse :
Le virion après avoir injecté son ADN cesse d’exister en tant que particule infectieuse
indépendante. D’importants événements se succèdent alors. Cette étape est caractérisée
par de nombreuses synthèses phagiques :
• Inhibition des synthèses bactériennes : dès l’infection, la croissance bactérienne est
stoppée, ainsi que la synthèse de l’ADN bactérien. C’est alors l’arrêt total de toutes les
synthèses bactériennes enzymatiques et protéiques. Les autres structures cellulaires restent
pourtant intactes et fonctionnelles. Elles vont servir aux synthèses bactériophagiques.
• Synthèse des constituants phagiques précoces : le premier élément synthétisé est un
ARN messager de type phagique. En même temps des protéines nouvelles apparaissent. Ce
sont des enzymes nécessaires à la réplication de l’ADN viral (polymérases, kinases, etc.)
• Synthèse d’ADN : l’ADN viral est mis en évidence dans la bactérie 6 mn environ après
le début de l’infection. Sa synthèse est dirigée par l’ADN phagique injecté au cours de la
1ère phase. Elle s’effectue au dépens des débris d’ADN bactérien et également grâce aux
métabolites présents dans le milieu.
• Synthèse des protéines : les protéines de structure (tête et queue) apparaissent 9 mn
environ après l’infection. Leur synthèse est dirigé par l’ADN phagique et les ARN
messagers. Elle s’effectue au niveau des ribosomes de la bactérie. Ainsi, la bactérie continue
32
son travail de synthèse mais c’est l’ADN phagique qui dirige les synthèses. Toutes les
substances élaborées sont alors de nature phagique.
Cycle lysogénique :
Il est propre aux phages dits tempérés, qui sont des phages à ADN bicaténaire. Dans la
lysogénisation, la phase d’adsorption et de fixation du bactériophage est la même que dans
le cycle lytique. Après la phase d’injection de l’ADN phagique dans la bactérie, il n’y a pas
de multiplication végétative. Le génome du phage est incorporé dans le chromosome de la
bactérie et se réalise ainsi un équilibre bien toléré pouvant se maintenir indéfiniment : c’est
la lysogénie. Les bactéries qui survivent à l’infection par un phage tempéré sont des
bactéries lysogènes. Dans certaines conditions on peut assister au passage au cycle lytique
spontanément ou après une induction par des agents physiques ou chimiques (rayons U.V,
rayons X, peroxydes, etc.)
Cette propriété lysogène est héréditaire et transmissible à la descendance plusieurs
générations successives.
Nature de la lysogénie :
Pourquoi un bactériophage est-il virulent chez certaines cellules bactériennes alors que
chez d’autres il est réduit au prophage ?
Le chois entre les deux possibilités est dicté par la présence ou l’absence d’une substance
cytoplasmique de nature protéique qu’on appelle répresseur.
33
Si le répresseur est présent, le phage ne peut pas s’exprimer. Il est réduit en prophage
inactif. Lorsqu’il est absent le phage entre immédiatement en phase végétative. C’est à dire
formation de phages fils et lyse de la bactérie.
Le mécanisme de l’induction s’explique donc. Les agents physiques et chimiques cités ( U.V,
R.X, peroxydes, etc.) détruisent le répresseur. Le prophage se transforme en phage végétatif.
La preuve de l’intégration du prophage dans le chromosome bactérien et de l’existence
d’un répresseur cytoplasmique a été apporté par des expériences de conjugaison chez E. coli
K12 au cours de croisement entre une bactérie Hfr lysogène et une bactérie F- non lysogène.
Le prophage, inséré sur un segment de chromosome de la bactérie Hfr, après pénétration dans
la bactérie F- est activé et va pouvoir se multiplier et provoquer la lyse de la bactérie
réceptrice par suite de l’absence de répresseur cytoplasmique chez la bactérie non lysogène.
prophage
Hfr F- Hfr F-
F- éclatement de la cellule F-
Conséquences de la lysogénie :
L’intégration d’un prophage dans le chromosome d’une bactérie sensible, qui devient
ainsi lysogène, détermine chez elle des propriétés nouvelles qui n’ont aucun rapport avec le
cycle de multiplication. C’est le cas, entre autre, des changements de morphologie ou de
pigmentation des colonies, de la production de toxines ou d’antigènes nouveaux. Ce
phénomène s’appelle la conversion lysogènique.
Notions d’immunologie
Introduction :
Un individu qui a déjà eu une maladie d’enfance, comme la rougeole, les oreillons, etc.,
résiste habituellement à une seconde infection. Il a développé une résistance à une maladie
causée par un pathogène spécifique.
On appelle immunité cette résistance. Comme elle s’acquiert lors d’un premier contact
avec l’agent infectieux, on parle d’immunité acquise.
L’immunité peut s’acquérir à la suite d’une vaccination ou d’une infection naturelle. Les
vaccins et les microorganismes stimulent donc les mécanismes de résistance de l’hôte. C’est à
dire son système immunitaire.
L’immunité acquise s’explique par le fait que le système immunitaire peut faire la
différence entre les cellules ou les substances de leur propre organisme et celles qui leur sont
étrangères. Principalement des cellules d’autres animaux, des virus, des toxines, des bactéries
et des vaccins.
Il existe un 2ème type de résistance, résistance naturelle ou non spécifique. Elle dépend
d’un grand nombre de facteurs : état de santé général de l’hôte, son état nutritif, son âge, etc.
Quelques définitions :
La résistance : ensemble de mécanismes et des facteurs qui permettent à l’homme de se
défendre contre les microorganismes.
L’immunité : production de molécules spécifiques = résistance spécifique.
Mécanismes généraux : résistance non spécifique. Ne sont pas dirigés contre des
microorganismes particuliers. Ils englobent :
• Les barrières mécaniques ;
• Les facteurs de l’environnement ;
• La réaction inflammatoire et la phagocytose ;
• L’âge, l’alimentation, etc.
Les antigènes
Ce sont des substances capables de stimuler un processus biologique complexe impliquant
la prolifération des cellules lymphoïdes et aboutissant à la synthèse par ces dernières de
molécules de reconnaissance, dites anticorps, avec lesquelles elles réagissent spécifiquement.
Ce sont les antigènes qui commandent la nature et les modalités des réponses immunitaires
Antigène anticorps
déterminants antigéniques
Les anticorps
L’injection à un animal d’un antigène entraîne l’apparition de molécules de nature
protéique se liant spécifiquement à cet antigène. Les protéines douées de cette fonction de
reconnaissance spécifique sont appelées anticorps ou immunoglobulines Ig. Les anticorps font
parti des globulines, protéines du sérum sanguin.
Structure de base de la molécule d’anticorps :
La molécule de base d’Ig est le monomère. Il est constitué de 4 chaînes :
2 chaînes lourdes ;
2 chaînes légères.
site de fixation de l’Ag
chaîne légère
(L)
Chaîne
lourde (H)
Classes d’immunoglobulines
Il y a cinq classes d’Ig. Elles ont toutes le même type d’unité structurale ou monomère.
• Immunoglobuline G (Ig G): 70 à 90% de la totalité des anticorps circulants. Leur
durée de vie moyenne est de 21 jours. Ce sont les anticorps les plus efficaces dans la
défense de l’organisme contre l’infection, et notamment contre les infections
bactériennes et virales. Les Ig sont transmises par voie trans-placentaire. Ce sont les
anticorps qui protègent l’enfant à la naissance. Elles sont également transmises par
l’allaitement maternel.
• Immunoglobuline M (IgM) : 3 à 10% de la totalité des anticorps circulants. Elles ne
traversent pas le placenta comme les Ig G. Les Ig M sont surtout formées lors du début
de la réponse anticorps primaire, c’est à dire au 1er contact avec un antigène. Elles
37
laissent ensuite place aux Ig G. Chez les nourrissons les premiers anticorps élaborés
sont pratiquement toujours des Ig M.
• Immunoglobuline A (Ig A) : elles se trouvent :
Dans le sérum (Ig A sériques). Elles représentent 5 à 25% des anticorps sériques.
Elles ne traversent pas le placenta.
Dans les sécrétions (Ig A sécrétoires). Elles se trouvent en abondance dans les
sécrétions digestives, salive, larmes, mucus bronchique, le colostrum et le lait
maternel. Elles jouent un rôle de défense anti-infectieuse au niveau des
muqueuses digestives et respiratoires.
• Immunoglobuline D (Ig D) : représentent une très faible proportion des anticorps
circulants. Leur fonction n’est pas connu avec exactitude. On pense qu’elles interviennent
dans la régulation de la synthèse des autres Ig.
• Immunoglobuline E (Ig E) : représentent moins de 1% des anticorps sériques. Ce sont
les principaux anticorps de l’allergie. Lorsqu’elles sont associées à des antigènes, elles
provoquent des réactions allergiques ou d’hypersensibilité (réponse exagérée de
l’organisme). C’est le cas de l’hypersensibilité aux piqûres d’insectes, au pollen, à la
poussière, etc.
Anticorps (opsonines)
bactérie
Récepteur d’Ac.
macrophage
38
Les cellules phagocytaires sont définies par leur aptitude à ingérer et digérer les particules
vivantes ou inertes (phagocytose).
Les lymphocytes : ont le même aspect au microscope. Néanmoins ils sont hétérogènes par
leur densité, leur durée de vie et surtout par leur fonction. Il en existe deux familles
importantes :
• Les lymphocytes T : interviennent dans la phagocytose ;
• Les lymphocytes B : sont précurseurs de cellules productrices d’anticorps (les
plasmocytes).
La réponse immunitaire
Les microorganismes qui ont vaincu les mécanismes de résistance naturelle de l’hôte
font alors face à ses mécanismes de résistance acquise. La réponse immunitaire à un
antigène prend deux formes :
• Réponse humorale : production d’anticorps ;
• Réponse à médiation cellulaire.
39
La réaction immunitaire
Agent pathogène
Macrophage
signal signal
Lymphocytes T4 auxiliaires
anticorps
cellules mémoires
40
Introduction
• On peut faire des épreuves in vitro pour mettre en évidence les anticorps dans les
liquides organiques comme le sérum (plasma débarrassé de la fibrinogène).
• On peut observer des réactions d’agglutination, de précipitation, de lyse des bactéries,
etc.
• Les anticorps responsables de ces réactions sont respectivement des agglutinines, des
précipitines et des lysines.
• L’étude de ces réactions antigène-anticorps porte le nom de sérologie. Elle mesure les
antigènes et/ou les anticorps présents dans le sérum. Si seulement un des composants
est connu, une réaction positive va révéler l’identité de l’autre.
Réaction d’agglutination
Dans les réactions d’agglutination, l’antigène est une cellule ou une particule.
L’addition d’anticorps complémentaires provoque l’agglutination ou agrégation des cellules.
Il se forme un réseau entre les anticorps et les antigènes et cela entraîne la formation
d’agrégats.
On obtient la confirmation au laboratoire de certaines maladies infectieuses par
l’agglutination d’antigènes comme les bactéries avec le sérum du patient.
On peut aussi identifier des bactéries inconnues grâce à des réactions d’agglutination avec des
sérum contenant des anticorps connus.
Les tests d’agglutination peuvent être faits en tube ou sur lame.
Test en tube
phase 1 phase 2
NB : les hémolysines sont des anticorps anti-hématies de mouton. Ils lysent les hématies
en présence du complément.
Réaction de précipitation
Dans les réactions de précipitation, un antigène soluble réagit avec un anticorps
complémentaire. La réaction se manifeste in vitro par la formation d’un précipité visible à
l’interface de l’antigène et de l’anticorps.
Antigène
Anticorps
Interface
43
Test de l’anneau :
C’est le test le plus simple des réactions de précipitation. On introduit dans un tube une
solution d’antigènes sur une solution d’antisérum. Ces deux solutions diffusent jusqu’au
moment où les concentrations sont idéales pour la précipitation. Il apparaît alors une zone
dense ou un anneau entre les deux zones claires.
Antigène
anticorps
Anticorps Antigène
44
Immunofluorescence :
Les immunoglobulines peuvent être conjuguées avec des composés fluorescents divers,
sans perdre leur propriétés immunologiques, qui soumis à un rayonnement U.V émettent une
lumière verte, rouge, orange, jaune en fonction des composés fluorescents. L’observation est
faite au microscope à fluorescence.
Fluorescence directe
Nécessite un marquage de l’anticorps spécifique à l’antigène. Cette technique est surtout
utilisée pour le diagnostique bactérien : identification rapide des bactéries. Les anticorps
spécifiques du microorganisme recherché, marqués par un composé fluorescent se fixent sur
les antigènes de la bactérie en émettant une fluorescence au microscope.
Ac marqué bactérie
Fluorescence indirecte
Permet la recherche d’anticorps dans un sérum sanguin : Anticorps dirigés contre un
antigène connu.
Lavage fluorescence
Fluorescence persiste
Entrée d’air
bouillon stérile
acide
Entrée d’air
bouillon bouillon
entrée d’air
Streptocoques : Staphylocoques :
Tétrades : Sarcines :
Monotriche Lophotriche
Amphitriche Péritriche
47
Tunique sporale
Cortex sporal
Protoplaste
Matériel ‘’ nucléaire’’
48
Température : (fig. 9)
croissance
température
Echantillon 1 ml 1 ml 1 ml
dilutions
1 ml 1 ml 1 ml 1 ml
ensemencement
incubation
dénombrement
50
eubactérie (fig.16)