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Avant propos Avant-propos

C thé i • Cours théorique
– Syllabus (presses universitaires)
P é t ti (M Ul ) – Présentations (My Ulg)
• Cours Pratiques
O i ti ( é d’i f ti ) – Organisation (séance d’information)
– Rapports
Rôle dans la note finale : 10% – Rôle dans la note finale : 10%
• Examen
P ti QROC t QROL 60% – Partie QROC et QROL 60%
– Partie QCM (+1, 0, -1) 40%
Avant propos Avant-propos
• Contacts • Livre de référence Contacts
– Bernard.Rogister@ulg.ac.be
– Centre de Neurobiologie Cellulaire et Moléculaire, CNCM,
Tour de Pathologie 2, étage +1, CHU 4000 Liège 1 (Sart
Tilman).
Tél. : 04/366.59.17, Fax : 04/366.59.12, e-mail :
Bernard.Rogister@ulg.ac.be.
– Assistante : E Laudet ( E Laudet@student ulg ac be)
Livre de référence
• Tous les livres, d’édition récente, décrivant la biochimie
générale permettent de bien comprendre le cours
théorique et peuvent servir de complément aux notes de
cours rédigées. On peut, néanmoins, par exemple, citer
les livres suivants (dont l’achat n’est évidemment pas
obligatoire) :
H ’ R i f Bi h i t D W M ti P A
Assistante : E Laudet ( E.Laudet@student.ulg.ac.be)
– Chef de Travaux A. Igout (aigout@ulg.ac.be)
– Secrétaire : L. Bourdoux (04/366 59 50 ou
Larisia.Bourdoux@ulg.ac.be
– Harper’s Review of Biochemistry, par D.W. Martin, P.A.
Mayer et V.W. Rodwell ; Lange medical Publications,
Los Altos.
– Biochemistry, par A.L. Lehninger ; Worth Publischers,
Inc. ; New York (il existe une traduction française).
– Biochemistry, par L. Stryer ; W.H. Freeman and
Company, San Francisco.
Bi h i t A f ti l A h R W M – Biochemistry. A functional Approach, par R.W. Mc
Giltery et G. Goldstein, Saunders Compagny, Londres.
– Biochimie. D. Voet et J. G. Voet. De Boeck Université.
1998.
– Fundamentals at Biochemistry, life at the molecular
level, D. Voet, J.G. Voet, C.W. Pratt, Wiley, 2nd edition,
2006.
Textbook of Biochemistry with Clinical correlations sixth – Textbook of Biochemistry with Clinical correlations, sixth
edition, Thomas M. Devlin, Wiley Liss, 2006
– Biochemistry and Molecular Biology ; W.H. Elliott and
D.C. Elliott, 3ème édition, Oxford University Press.
– Mark’s basic medical biochemistry, C. Smith, A.D.
Marks, M. Lieberman, Lippincott Williams & Wilkins, 2nd
edition, 2005.
Cell Biology T D Pollard and WC Earnshaw 2004 – Cell Biology, T.D Pollard and W.C. Earnshaw, 2004,
Saunders
– Atlas de Poche de Biochimie, J. Koolman et K.H. Röhm,
Médecine-Sciences-Flammarion.
– Biochimie et Biologie moléculaire, P. Kamoun, A.
Lavoine et H. de Verneuil, Médecine-Sciences,
Flammarion
Biochimie Illustrée P N Campbell A D Smith Maloine – Biochimie Illustrée, P.N. Campbell, A.D. Smith, Maloine.
Chapitre 1
Chimie, Energie et
Mét b li Métabolisme
Remarques introductives Remarques introductives
• La vie implique de nombreuses réactions
chimiques : le métabolisme q
• Des stratégies communes à tous les êtres
vivants : importance des principes vivants : importance des principes.
• L’énergie reste un concept clé
• Importance des bases de la thermodynamique
exemple des voies du glycogène et de exemple des voies du glycogène et de
l’acide lactique.
Déterminants du caractère
« possible » d’une réaction
Un système chimique est défini par son enthalpie H • Un système chimique est défini par son enthalpie H
(chaleur, énergie).
• Quand une molécule est modifiée dans la cellule, son
enthalpie (ΔH) peut s’accroître ou décroître : en fait, ΔH
est souvent négatif (perte d’énergie).
• Un ΔH positif pour une molécule n’est possible que Un ΔH positif pour une molécule n est possible que
parce qu’intervient aussi l’entropie ou ΔS ou degré de
hasard ou degré de désordre:
Conformation des molécules – Conformation des molécules
– Localisation des molécules
– Nombre des molécules
C t l’ t i t l’ th l i i dét i t i • Ce sont l’entropie et l’enthalpie qui déterminent si
une réaction chimique est possible.
Accroître l’entropie d’un système (ou son désordre)
diminue l’énergie du système. g y
Diminuer l’entropie d’un système (ou accroître
son ordre) augmente l’énergie du système.
ΔH négatif (diminution de l’enthalpie ou
de l ’énergie) et ΔS positif (accroissement g ) p (
de l’entropie ou du désordre) sont
en faveur d’une réaction en faveur d une réaction
Energie Libre de Gibbs ou ΔG Energie Libre de Gibbs ou ΔG
ΔG ΔH TΔS ( l bl i l é l i • ΔG = ΔH – TΔS (valable que si la température et la pression
restent constantes, ce qui est toujours le cas au niveau d’une
cellule). )
• Énergie « libre » = énergie rendue « disponible » par une
réaction chimique et donc une réaction chimique ayant un ΔG
é if ’ à di libé d l’é i ibl di négatif, c’est-à-dire libérant de l’énergie, sera possible tandis
que le contraire n’est pas possible.
• Un ΔG négatif implique que la réaction chimique est possible • Un ΔG négatif implique que la réaction chimique est possible
car l’énergie des produits est plus faible que celle des
substrats.
• Exprimé en joules par mole (calorie/mole mais 1 calorie = 4.19
joules).
Réactions réversibles et
irréversibles (1)
Toute réaction est en théorie réversible Or nous venons • Toute réaction est en théorie réversible. Or nous venons
de voir qu’une réaction n’est possible que si son ΔG est
négatif. Donc une réaction inverse d’une réaction
ibl ΔG itif possible aura un ΔG positif.
• Comment concilier ces deux affirmations ?
• Il faut considérer les conditions locales de la réaction et Il faut considérer les conditions locales de la réaction, et
donc dans une cellule, ce sont principalement les
concentrations des réactifs et des produits A B (dans
la cellule réactifs et produits sont des métabolites) qui la cellule, réactifs et produits sont des métabolites) qui
importent.
• Dans la cellule, les autres conditions locales de la
é ti t t ôlé b ti t é t réaction sont contrôlées en bonne partie : température,
pH etc …
Réactions réversibles et
irréversibles (2)
C d i t d’é ilib • Cas du point d’équilibre.
• Une réaction ayant un ΔG très négatif est
considérée comme irréversible : quelles que considérée comme irréversible : quelles que
soient les conditions locales, la réaction inverse
ayant un ΔG très positif ne s’observera jamais. y j
• On comprend dès lors qu’elle dépende moins
des concentrations des métabolites.
• A l’inverse, une réaction ayant un ΔG faiblement
négatif, la réaction inverse aura un ΔG
faiblement positif et pourra donc se dérouler en faiblement positif et pourra donc se dérouler en
fonction des concentrations des métabolites.
Une réaction ayant une faible valeur de ΔG peut être
considérée comme réversible et son sens sera déterminé par la
i d é b li concentration de ses métabolites.
Une réaction ayant une valeur de ΔG élevée ne s’observera Une réaction ayant une valeur de ΔG élevée ne s observera
dans une cellule que dans une seule direction,
De plus, elle se déroulera alors jusqu’à la métabolisation
complète des réactifs étant donné que le point d’équilibre est
él i é d l d i d é b li éloigné des valeurs des concentrations des métabolites en
cause.
Réactions réversibles et
irréversibles
• Les réactions sont réversibles ou irréversibles
• Les voies métaboliques contiennent q
nécessairement des réactions irréversibles
Comment mesure t on ΔG Comment mesure-t-on ΔG
C l dé d t d diti d l é ti • Ces valeurs dépendent des conditions de la réaction:
pH, T et [ ] des réactifs et des produits (ou métabolites).
• Définition du changement standard d’énergie libre ou Définition du changement standard d énergie libre ou
ΔG
0’
: à pH 7 et à 25°C, ΔG
0’
correspond à la valeur de
la différence d’énergie libre associée à la transformation
d’ l d é tif l d d it d’une mole de réactifs en une mole de produit.
• A partir des tableaux reprenant les valeurs d’énergie
libre des réactifs et des produits d’une réaction on libre des réactifs et des produits d une réaction, on
réalise un calcul arithmétique pour obtenir ΔG
0’
.
• Importance des concentrations dans la cellule. p
Les constantes d’équilibre K’ Les constantes d équilibre K
eq
• Exprime ou représente la proportion des
produits par rapport aux réactifs.
• A + B C + D
ΔG
0’
RT ln K’ R constante des gaz • ΔG
0
= - RT ln K’
eq
R = constante des gaz =
8.315 Jmol
-1
K
-1
0’
• Ou encore ΔG
0’
= RT 2.303 log
10
K’
eq
Vitesse d’une réaction Vitesse d une réaction
Une énergie libre négative indique qu’une réaction peut se dérouler,
Mais cela ne veut pas dire qu’une réaction va se dérouler :
N i d i d é i Notion de vitesse de réaction
Notion de barrière d’énergie ou « Energie d’activation »
Enzymes Enzymes
Couplage cellulaire de l’énergie Couplage cellulaire de l énergie
• Comment concilier le fait que les
organismes mono- ou pluricellulaires soient g p
thermodynamiquement compatibles ?
• Loi de la conservation d’énergie • Loi de la conservation d énergie.
Couplage cellulaire de l’énergie Couplage cellulaire de l énergie
L i d l ti d’é i • Loi de la conservation d’énergie.
• Couplage moléculaire entre catabolisme et • Couplage moléculaire entre catabolisme et
anabolisme.
Couplage cellulaire de l’énergie p g g
Les composés Phosphate à
haute énergie
• Phosphate inorganique impliqué dans la
formation des groupes phosphoryles à g p p p y
haute énergie.
• Controverse Chimie Biochimie • Controverse Chimie Biochimie
• Deux types groupes phosphoryles :
– Basse énergie : ΔG
0’
9 à 20 kJmol
-1
– Haute énergie : ΔG
0’
30 kJmol
-1
Haute énergie : ΔG 30 kJmol
Phosphate inorganique ou P Phosphate inorganique ou P
i
Equation de Henderson-Hasselbach q
Raisons structurelles de la haute
énergie des groupes énergie des groupes
phosphoryles p p y
Composé phosphate à basse énergie
• Répulsion des charges négatives des deux Répulsion des charges négatives des deux
groupes phosphates est levée.
• Stabilisation en résonnance • Stabilisation en résonnance
Transporteurs de composés
h h t à h t é i phosphates à haute énergie
Contraintes dans l’ATP Contraintes dans l ATP
Autres composés phosphate à
haute énergie (1)
Lien entre un acide phosphorique et un groupe carboxyle Lien entre un acide phosphorique et un groupe carboxyle
ΔG
0’
= - 49.3 kJmol
-1
Autres composés phosphate à
haute énergie (2)
i d idi h h Lien de type guanidinophosphate
ΔG
0’
= - 49 kJmol
-1
Autres composés phosphate à
haute énergie (3)
Lien énol phosphate : cas d phosphoénolp r ate Lien énol phosphate : cas du phosphoénolpyruvate
ΔG
0’
= - 61.9 kJmol
-1
Couplage énergétique par ATP Couplage énergétique par ATP
ATP et le couplage de réactions
chimiques
Supposons la réaction X-OH + Y-H X-Y + H
2
O ΔG
0’
= 12.5 kJmol
-1
Couplage de réactions Couplage de réactions
Réaction 1 : X-OH + ATP → X-P + ADP
Réaction 2 : X-P + Y-H → X-Y + P
i
Considérations énergétiques :
12 5 + (-30 5) = - 18 kJmol
-1
12.5 + (-30.5) - 18 kJmol
Constante d’équilibre : 10
3
La réaction couplée transformera 99.9% des réactifs XOH et YH
en produits XY
ATP ADP et AMP ATP, ADP et AMP
• Toute réaction faisant intervenir l’ATP est
une réaction enzymatique y q
• ATP est souvent hydrolysé en AMP + PP
i
L thè d’ATP tili l’ADP • La synthèse d’ATP utilise l’ADP comme
substrat quid ?
• AMP kinase : AMP + ATP → 2 ADP
Les liens de faible énergie Les liens de faible énergie
• Tous les liens covalents sont stables.
Ceci signifie qu’il faut apporter une g q pp
certaine quantité d’énergie pour « briser »
ces liens ces liens.
• Les liens de faible énergie (4< liens de
f é 30
1
) faible énergie < 30 kJmol
-1
) ne sont pas
des liens covalents mais des :
– Liens ioniques
Les liens de faible énergie Les liens de faible énergie
T l li l t t t bl • Tous les liens covalents sont stables.
Ceci signifie qu’il faut apporter une
certaine quantité d’énergie pour « briser »
ces liens.
• Les liens de faible énergie (4< liens de
faible énergie < 30 kJmol
-1
) ne sont pas a b e é e g e 30 J o ) e so t pas
des liens covalents mais des :
– Liens ioniques Liens ioniques
– Liens Hydrogènes
Les liens de faible énergie Les liens de faible énergie
• Tous les liens covalents sont stables. Ceci
signifie qu’il faut apporter une certaine quantité
d’énergie pour « briser » ces liens.
• Les liens de faible énergie (4< liens de faible g (
énergie < 30 kJmol
-1
) ne sont pas des liens
covalents mais des :
– Liens ioniques
– Liens Hydrogènes y g
– Forces d’attraction de Van der Waals
Cas des forces hydrophobes Cas des forces hydrophobes
Selon le calcul des constantes d’équilibre : si ΔG
0’
= -5.7 kJmol
-1
90%d d i f é 90% du produit est formé
Importance Biologique des forces
f ibl faibles
Importance Biologique des forces
f ibl faibles.