You are on page 1of 82

1

Κυτταρική αύξηση και διχοτόμηση
• Στους περισσότερους προκαρυωτικούς μικροοργανσμούς, η ανάπτυξη ενός
μεμονωμένου κυττάρου συνεχίζεται μέχρι τη διαίρεσή του σε δύο νέα κύτταρα
(διχοτόμηση
διχοτόμηση).
).
• Τα κύτταρα επιμηκύνονται μέχρι να γίνουν περίπου διπλάσια σε μήκος και κατόπιν
δημιουργείται ένα χώρισμα ((διάφραγμα
διάφραγμα)) το οποίο διαιρεί σταδιακά το κύτταρο σε 2
θυγατρικά.
• Το διάφραγμα δημιουργείται με την επέκταση της κυτταροπλασματικής μεμβράνης
και του κυτταρικού
ύ τοιχώματος
ώ
προς το εσωτερικό
ό του κυττάρου
ά
μέχρι
έ
τον
σχηματισμό των 2 θυγατρικών κυττάρων.
• Κατά τη
η διάρκεια
ρ
του αυξητικού
ξη
κύκλου, όλα τα κυτταρικά
ρ
συστατικά
πολλαπλασιάζονται,, έτσι ώστε κάθε θυγατρικό κύτταρο να διαθέτει πλήρες
πολλαπλασιάζονται
χρωμόσωμα και επαρκή αριθμό κυτταρικών οργανιδίων.
• Ο χρόνος που απαιτείται για έναν πλήρη αυξητικό κύκλο στα βακτήρια ποικίλλει
σημαντικά και εξαρτάται από ένα σύνολο θρεπτικών και γενετικών παραγόντων.

2

Σχ.72.∆ιαδικασία διχοτόμησης ενός ραβδόμορφου προκαρυωτικού κυττάρου.

3

• Ο διπλασιασμός του DNA αρχίζει σε ένα σημείο της εξωτερικής πλευράς του
χρωμοσώματος,
ώ
ενώ
ώ όλη
όλ η δ
διαδικασία
δ
ί περιλαμβάνει
λ βά «σπάσιμο»
ά
της μιας αλυσίδας
λ ίδ
στο σημείο έναρξης, περιστροφή και ξετίλυγμα της διπλής αλυσίδας του DNA.
• Στα προκαρυωτικά κύτταρα ο
διαχωρισμός και η
απομάκρυνση
μ ρ
η των θυγατρικών
γ ρ
χρωμοσωμάτων γίνεται
σύμφωνα με την υπόθεση
“replicon”::
“replicon”

Σχ.73. ∆ιπλασιασμός κυκλικού δίκλωνου DNA.
DNA.

1. Με την έναρξη της
αντιγραφής, ένα ειδικό σημείο
της εξωτερικής επιφάνειας του
χρωμοσώματος συνδέεται με τη
θέση διπλασιασμού της
κυτταρικής μεμβράνης, η οποία
περιέχει τα απαραίτητα ενζυμικά
συστήματα για το διπλασιασμό
του DNA.
4

συμπεριλαμβανομένων και των αρχαίων. ενώ πρωτεΐνες τύπου FtsZ έχουν βρεθεί σε μιτοχόνδρια και χλωροπλάστες υπογραμμίζοντας την εξελεκτική τους συγγένεια με τα βακτήρια. Πριν ρ την η έναρξη ρξη της ης αντιγραφής γρ φής σχηματίζεται χημ ζ στη η μεμβράνη μ μβρ η μια μ νέα θέση η αντιγραφής.2. 3. Συνεπώς. Fts). • Οι πρωτεΐνες Fts είναι ευρύτατα διαδεδομένες στους προκαρυώτες. • H FtsZ είναι μια πρωτεΐνη πρωτεΐνη--κλειδί αυτής της ομάδας. με την οποία συνδέεται το ελεύθερο άκρο της «σπασμένης» αλυσίδας DNA. Ο διαχωρισμός των θυγατρικών χρωμοσωμάτων πραγματοποιείται με τοπική σύνθεση του τμήματος της κυτταρικής μεμβράνης που βρίσκεται μεταξύ των δύο θέσεων αντιγραφής. δίπλα στην παλιά. 5 . επιτυγχάνεται η απομάκρυνση των θυγατρικών χρωμοσωμάτων. χρωμοσωμάτων Πρωτεΐνες Fts και το επίπεδο κυτταρικής διαίρεσης • Έχουν χ αναγνωρισθεί γ ρ πολλέςς πρωτεΐνες ρ ς που είναι απαραίτητες ρ η ς γγια τη ηφ φυσιολογική γ ή κυτταρική διαίρεση των προκαρυωτών (πρωτεΐνες (πρωτεΐνες Fts). 4 4. ώ λό λόγω περιστροφικής κίνησης του DNA. με φορά αντίθετη των δεικτών του ρολογιού. Η διχάλα αντιγραφής του DNA βρίσκεται πάντα στην ίδια θέση στην κυτταρική μεμβράνη β ά και δ διατρέχει έ ολόκληρο λό λ το μήκος ή του χρωμοσώματος. DNA.

6 .74. Σχηματική παράσταση διπλασιασμού βακτηριακού χρωμοσώματος. “replicon”.Σχ. σύμφωνα με την υπόθεση “replicon”.

•Τ Το δ διαιρεσίσωμα ί «ενορχηστρώνει» ώ τη σύνθεση ύ θ νέας έ μεμβράνης β ά και κυτταρικού ύ τοιχώματος μέχρι το κύτταρο να αποκτήσει διπλάσιο του κανονικού μέγεθος. ο οποίος δημιουργείται στον χώρο ανάμεσα στα διπλασιασμένα πυρηνοειδή. • Η αντιγραφή του DNA πραγματοποιείται πριν από την κατασκευή του δακτυλίου FtsZ. • Τα μόρια της πρωτεΐνης FtsZ πολυμερίζονται και δημιουργούν ένα πλήρη δακτύλιο... 7 . ο οποίος στη συνέχεια προσελκύει άλλες πρωτεΐνες Fts. FtsZ.• Οι πρωτεΐνες Fts σχηματίζουν μια «συσκευή» διαίρεσης. • Η ολοκλήρωση της αντιγραφής του DNA αποτελεί μάλλον το μήνυμα για τον σχηματισμό δακτυλίου FtsZ. • Ο σχηματισμός του διαιρεσισώματος αρχίζει με την πρόσδεση μορίων FtsZ σε έναν δακτύλιο γύρω από τον κυτταρικό κύλινδρο στο κέντρο του κυττάρου (επίπεδο κυτταρικής διαίρεσης). • Το διαιρεσίσωμα περιέχει μάλλον και πρωτεΐνες που συμμετέχουν στη σύνθεση πεπτιδογλυκάνης. οπότε λαμβάνει χώρα περίσφιξη. το διαιρεσίσωμα διαιρεσίσωμα. η οποία οδηγεί σε 2 θυγατρικά κύτταρα. • Ο καθορισμός ρ μ ς του μ μέσου του κυττάρου ρ συντελείται μ με τη ηβ βοήθεια ή μ μιαςς σειράς ρ ς πρωτεϊνών (πρωτεΐνες (πρωτεΐνες Min) Min) και ιδιαίτερα της MinE MinE.

Σχ.75
Σχ.7
5. ∆ακτύλιος FtsZ και κυτταρική διαίρεση.

8

• Όταν λαμβάνει χώρα η περίσφυξη, ο δακτύλιος FtsZ αποπολυμερίζεται, δίνοντας το
έναυσμα για την εσωτερική αύξηση του τοιχώματος και τον διαχωρισμό των
θυγατρικών κυττάρων.
• Η πρωτεΐνη FtsZ διαθέτει ενζυμική ενεργότητα υδρόλυσης GTP,
GTP, για την παραγωγή
ενέργειας που απαιτείται για τον σχηματισμό και την αποικοδόμηση του δακτυλίου
FtsZ.
• Στουςς προκαρυωτικούς
ρ
ρ
ς οργανισμούς,
ργ
μ ς, η πρωτεΐνηπρωτεΐνη
ρ
η-κλειδί γγια τον καθορισμό
ρ μ του
κυτταρικού σχήματος είναι η πρωτεΐνη MreB,
MreB, που σχηματίζει ένα κυτταροσκελετό
σε διάφορα είδη βακτηρίων, ίσως και αρχαίων.
• Η MreB δημιουργεί νηματοειδείς ταινίες σε μορφή σπείρας,
σπείρας οι οποίες περιβάλλουν
το εσωτερικό του κυττάρου, κάτω από την κυτταροπλασματική μεμβράνη.
• Ο σκελετός της MreB ενδεχομένως καθορίζει το κυτταρικό σχήμα ασκώντας κατά
κάποιο τρόπο μια δύναμη αντίθετη προς την κυτταροπλασματική μεμβράνη.
• Βακτήρια σχήματος κόκκου δεν διαθέτουν πρωτεΐνη
πρωτεΐνη MreB,
MreB, ούτε και το γονίδιο που
την κωδικοποιεί,
κωδικοποιεί υποδηλώνοντας ότι το «προδιαγεγραμμένο» σχήμα των βακτηρίων
αυτών είναι σφαιρικό.
• Οι ποικίλες μορφολογικές διαφοροποιήσεις των μη σφαιρικών προκαρυωτικών
κυττάρων
ά
οφείλονται
ίλ
σε αντίστοιχες
ί
διαφοροποιήσεις
δ
ή
της διάταξης
δ ά ξ των νηματοειδών
δώ
ταινιών της MreB.
9

Σύνθεση πεπτιδογλυκάνης και κυτταρική διαίρεση
• Όταν ένα κύτταρο μεγενθύνεται πριν την κυτταρική διαίρεση, συντίθεται νέο
κυτταρικό τοίχωμα που προστίθεται στο προϋπάρχον, χωρίς να διαταράσσεται η
δομή του τοιχώματος.
• Με αφετηρία τον δακτύλιο FtsZ δημιουργούνται μικρά ανοίγματα στο τοίχωμα από
τις αυτολυσίνες (έχουν παρεμφερή δράση με τη λυσοζύμη
λυσοζύμη),
), οι οποίες βρίσκονται
στο διαιρεσίσωμα.
ρ
μ
• Η ένωση της παλιάς και της νέας πεπτιδογλυκάνης δημιουργεί μια αναδίπλωση
στην επιφάνεια του κυττάρου των Gram (+) βακτηρίων, ανάλογη μιας ουλής.

Σχ.76. Η σύνθεση της πεπτιδογλυκάνης σε Gram (+) βακτήρια.

10

Σχ.77. Ηλεκτρονιακή μικρογραφία Streptococcus hemolyticus.
hemolyticus. Τα βέλη δείχνουν τις
ζώνες του τοιχώματος.

Βιοσύνθεση πεπτιδογλυκάνης
• Κατά τη
η σύνθεση
η της
ης πεπτιδογλυκάνης,
πεπτιδογλυκάνης
γ
ης, γγίνονται ελεγχόμενες
γχ μ ς τομές
μ ς από τιςς
αυτολυσίνες στην προϋπάρχουσα πεπτιδογλυκάνη
πεπτιδογλυκάνη,, με ταυτόχρονη ένθεση
πρόδρομων μορίων.
• Σπουδαίο ρόλο στην όλη διαδικασία παίζει ένα μόριομόριο-φορέας λιπιδικής φύσεως,
φύσεως η
βακτοπρενόλη..
βακτοπρενόλη
• Η βακτοπρενόλη είναι μια έντονα υδρόφοβη αλκοόλη C55,
C55, που συνδέεται με το Νακετυλογλυκοζαμίνη//Ν-ακετυλομουραμικ
ακετυλογλυκοζαμίνη
ακετυλομουραμικό
ό οξύ/
οξύ/πενταπεπτίδιο
πενταπεπτίδιο,, πρόδρομο της
πεπτιδογλυκάνης..
πεπτιδογλυκάνης
11

υδρόφοβα ώστε να διέλθουν ανέπαφα από το εσωτερικό της. ).Σχ. Η βακτοπρενόλη. • Ο ρόλος της βακτοπρενόλης είναι η μεταφορά του Ν-ακετυλογλυκοζαμίνη ακετυλογλυκοζαμίνη//Νακετυλομουραμικό ακετυλομουραμικ ό οξύ/πενταπεπτιδίου οξύ/πενταπεπτιδίου δια μέσου της κυτταροπλασματικής μεμβράνης καθιστώντας τα πρόδρομα μόρια αρκετά υδρόφοβα.78. • Το τελικό στάδιο στη σύνθεση κυτταρικού τοιχώματος είναι ο σχηματισμός πεπτιδικών δ ώ διασυνδέσεων δ δέ μεταξύ ξύ καταλοίπων λ ί μουραμικού ύ οξέος ξέ σε παρακείμενες ί αλυσίδες γλυκάνης (τρανσπεπτιδίωση τρανσπεπτιδίωση). ημ γγιατί είναι η αντίδραση ρ η που παρεμποδίζεται από την πενικιλλίνη πενικιλλίνη.. 12 . μεμβράνης. • Η τρανσπεπτιδίωση ρ η έχει χ ιδιαίτερη ρη ιατρική ρ ή σημασία.

(β) Αντίδραση τρανσπεπτιδίωσης.79. Σύνθεση πεπτιδογλυκάνης: (α) Μεταφορά πρόδρομων μορίων πεπτιδογλυκάνης δια μέσου της κυτταροπλασματικής μεμβράνης στο σημείο αύξησης του κυτταρικού τοιχώματος.Σχ. 13 .

αλλά η μια D-αλανίνη απαμακρύνεται κατά την αντίδραση τρανσπεπτιδίωσης. ανάλογα με τη δομή του κυτταρικού τοιχώματος κάθε μικροοργανισμού. όπου δεν υπάρχει διαθέσιμο ΑΤΡ.• Έχουν χαρακτηρισθεί πολλές πρωτεΐνες που δεσμεύουν την πενικιλλίνη στο περίπλασμα Gram ((-) βακτηρίων (μια από αυτές είναι πρωτεΐνη Fts). δί παρέχοντας έ την απαιτούμενη ύ ενέργεια. • Αρχικά. • Απουσία σύνθεσης νέου κυτταρικού τοιχώματος. • Στα Gram ((--) βακτήρια. οι διασυνδέσεις δημιουργούνται συνήθως ανάμεσα στο DAP του ενός πεπτιδίου και στη D-αλανίνη παρακείμενου πεπτιδίου πεπτιδίου. έ καθώς θώ η τρανσπεπτιδίωση λαμβάνει χώρα έξω από την κυτταροπλασματική μεμβράνη. 14 . οι πρωτεΐνες χάνουν την καταλυτική ενεργότητά τους. η συνεχής δράση των αυτολυσινών οδηγεί σταδιακά σε ατροφία του κυτταρικού τοιχώματος και τελικά σε λύση. • Όταν η πενικιλλίνη δεσμεύεται. λύση • Η τρανσπεπτιδίωση περιλαμβάνει τον σχηματισμό πεπτιδικών δεσμών με ένα ή περισσότερα διαφορετικά αμινοξέα. στο άκρο του πρόδρομου μορίου πεπτιδογλυκάνης υπάρχουν 2 κατάλοιπα D-αλανίνης.

αύξησης • Η μαθηματική έκφραση της εξίσωσης ((8 8) είναι: dN dt = μN ή dX dt = μX ή dz dt = μZ (9 ) 15 .. ρη • Η αύξηση μιας καλλιέργειας είναι ανάλογη του αριθμού ή της μάζας των κυττάρων: Αύξηση καλλιέργειας=μ (αριθμός ή μάζα κυττάρων) (8 ) • Η σταθερά μ είναι δείκτης του ρυθμού αύξησης και ονομάζεται σταθερά ρυθμού αύξησης. αυξάνονται μέχρι διπλασιασμού του μεγέθους τους και στη συνέχεια διαιρούνται σε δύο ίσα μ μέρη.Αύξηση του πληθυσμού • Οι μονοκύτταροι μικροοργανισμοί που πολλαπλασιάζονται με διχοτόμηση.

log10Zo = μ 2.lnZo = μ( μ(tt-to) (10) 10) • Η μετατροπή της ((10 10)) σε δεκαδικούς λογάριθμους δίνει: log10Z . • Ολοκλήρωση της ((9 9) δίνει: lnZ .Όπου: Ν: ο αριθμός κυττάρων/mL κυττάρων/mL X: μάζα κυττάρων/mL κυττάρων/mL Z: το μέγεθος οποιουδήποτε κυτταρικού συστατικού dt: η χρονική στιγμή στην οποία μεταβλήθηκε το μετρούμενο μέγεθος της dt: καλλιέργειας.303 (t-to) (11 11)) 16 .

lnZ g = ln2 ln 2 g = (12) 0. • Στην περίπτωση αυτή έχουμε: ln2Z . Ορίζεται g) ρζ ωςς ο χρ χρόνος ς ο οποίος ς απαιτείται γ για το διπλασιασμό όλων των συστατικών μιας καλλιέργειας.• όπου Ζ και Ζο αντιπροσωπεύουν τις τιμές οποιουδήποτε βακτηριακού συστατικού σε χρόνους ό t και to αντίστοιχα.lnZ = μg ln2 + lnZ .303 / ώρα 4 ώρες • Μια άλλη παράμετρος που καθορίζει το ρυθμό αύξησης μιας καλλιέργειας είναι ο χρόνοςς διπλασιασμού χρ μ (g). ο ρυθμός αύξησης της καλλιέργειας είναι: μ= (8--4) 2. ργ ς • Παράδειγμα: Μια καλλιέργεια περιέχει 104 κύτταρα/ κύτταρα/mL mL στο χρόνο t και 108 κύτταρα/mL κύτταρα/ mL 4 ώρες αργότερα. ί • Μετρώντας τις τιμές Ζ και Ζο είναι δυνατός ο προσδιορισμός της σταθεράς ρυθμού αύξησης ξη ης (μ).693 .303 (8 = 2. ((g) g). καλλιέργειας. η οποία εκφράζει φρ ζ τον ρ ρυθμό μ αύξησης ξη ης μιας μ ς καλλιέργειας. g =μ ή (13) 17 .

• Έτσι ο χρόνος διπλασιασμού του προηγούμενου παραδείγματος είναι: g= 0. 18 .30 ώρες ώρες ρ ς -1 • ∆ιαγραματική απεικόνιση της (11): Σχ.303 = 0. Λογαριθμική αύξηση μιας καλλιέργειας.693 2.80.

19 . οι μικροβιακοί πληθυσμοί ακολουθούν την λογαριθμική φάση ανάπτυξης για μικρό χρονικό διάστημα.000 φορές το βάρος της γης. Φάσεις ανάπτυξης μιας μικροβιακής καλλιέργειας. στασιμότητας θανάτου.2Χ1031g δηλαδή 4.• Στην πραγματικότητα. • Η αύξηση ύξ της καλλιέργειας λλ έ περιορίζεται ίζ από ό εξάντληση ξά λ των θ θρεπτικών ώ υλικών λ ώ ή/και από συσσώρευση τοξικών παραπροϊόντων του μεταβολισμού. • Έτσι παρατηρείται ελλάτωση και μηδενισμός του ρυθμού αύξησης ((φάση φάση στασιμότητας)) και στη συνέχεια έχουμε τη φάση θανάτου. αφού ένα βακτήριο με χρόνο διπλασιασμού 20min 20min αν διατηρούσε λογαριθμική αύξηση για 48h 48h θα δημιουργούσε απογόνους συνολικού βάρους 2.81. Σχ.

συγχρονισμένες έ . η οποία προηγείται της λογαριθμικής φάσης. 20 . φάση. ς. όπως στέρηση συγκεκριμένων συστατικών ή αντικατάσταση η ορισμένων ρ μ αμινοξέων μ ξ μ με συγγενή γγ ή τους.• Κατά τη λανθάνουσα φάση. Μετρήσεις Μ ή σε συγχρονισμένες έ καλλιέργειες λλ έ είναι ισοδύναμες με μετρήσεις σε μονά κύτταρα. βάλλ • Σε ορισμένες περιπτώσεις. αφού κύτταρα της ίδιας φάσης έχουν το ίδιο μέγεθος. τα κύτταρα ύ προσαρμόζονται όζ στο νέο έ περιβάλλον. • Ο συγχρονισμόςς των καλλιεργειών μπορεί να επιτευχθεί με διαδοχικέςς αυξομειώσεις της θερμοκρασίας. έχουμε χ μ αριθμητική ρ μη ή και όχι χ λογαριθμική αύξηση: dN dt =c N = ct (14) ή (15)) • Καλλιέργειες που το σύνολο των κυττάρων τους βρίσκονται στην ίδια περίοδο κάθε στιγμή ή ονομάζονται άζ συγχρονισμένες. με προσθήκη σε θρεπτικό μέσο κυττάρων από φάση στασιμότητας ή με φυσικό διαχωρισμό (φιλτράρισμα).

21 . • Η μικροβιακή αύξηση μπορεί να προσομοιωθεί με μια χημική αντίδραση.. όμως όμως. Ανάπτυξη συγχρονισμένης καλλιέργειας. καθώς ένζυμα του κυτταρικού τοιχώματος διατηρούν σταθερή την ενδοκυττάρια συγκέντρωση των θρεπτικών υλών. στα βακτήρια ο ρυθμός αύξησης είναι σταθερός μέχρι να εξαντληθεί σχεδόν το κύριο θρεπτικό συστατικό συστατικό. Σχ. • Ενώ η ταχύτητα των χημικών αντιδράσεων καθορίζεται από τη συγκέντρωση των αντιδρώντων.• Σύντομα Σύντομα. όπου τα αντιδρώντα (θρεπτικά συστατικά) μετατρέπονται σε προϊόντα (κύτταρα) μέσω των μικροβίων (καταλύτης).82. ο συγχρονισμός χάνεται.

• Εκφράζονται από την εξίσωση: μ = μmax C KS + C (16) 22 . coli: coli:: (α) Γλυκόζη.83. Επίδραση της συγκέντρωσης θρεπτικών συστατικών στην αύξηση του E. (β) Τρυπτοφάνη.• Οι καμπύλες που συσχετίζουν τον ρυθμό αύξησης με τη συγκέντρωση των θρεπτικών συστατικών έχουν τη μορφή: Σχ.

. Σχ. Σύστημα συνεχούς ανάπτυξης μιας καλλιέργειας. διάστημα • Για να διατηρηθεί μια καλλιέργεια σε λογαριθμική φάση ανάπτυξης χρησιμοποιούνται συστήματα συνεχούς καλλιέργειας.Όπου: μ: ο ρυθμός αύξησης C: η συγκέντρωση του κύριου θρεπτικού συστατικού Κs: μια σταθερά. αντίστοιχη των Michaelis--Menten Michaelis Menten. • Καλλιέργειες που αναπτύσσονται υπό περιορισμένο χώρο ώ (κλειστές ( λ έ καλλιέργειες) λλ έ ) διατηρούν τη λογαριθμική φάση ανάπτυξης για μικρό χρονικό διάστημα.84. 23 .

Μετρήσεις μικροβιακού πληθυσμού 1. 24 . Μέτρηση συνολικού αριθμού κυττάρων Σχ.85. Μικροσκοπική καταμέτρηση.

ό 25 . Μέτρηση δείκτη βιωσιμότητας Σ 86 Μέθ Σχ.2.86. Μέθοδοι δ μέτρησης έ δ δείκτη ί β βιωσιμότητας.

26 .Σχ. Μέθοδος διαδοχικών αραιώσεων δείγματος.87.

3. Μέτρηση οπτικής πυκνότητας Σχ. Αρχή μεθόδου μέτρησης μικροβιακού πληθυσμού με μέτρηση οπτικής πυκνότητας.88. 27 .

θερμοκρασίες. κάτω από την οποία δεν παρατηρείται αύξηση. Επίδραση θερμοκρασίας στον ρυθμό αύξησης. 28 .89. • Οι 3 τιμές αυτές ονομάζονται θεμελιώδεις θερμοκρασίες. μια άριστη θερμοκρασία στην οποία επιτυγχάνεται η μεγαλύτερη ταχύτητα αύξησης και μια μέγιστη πάνω από την οποία η ανάπτυξη είναι αδύνατη. Σχ.Περιβαλλοντικές επιδράσεις στην μικροβιακή αύξηση Επίδραση της θερμοκρασίας • Για κάθε μικροοργανισμό υπάρχει μια ελάχιστη θερμοκρασία.

• Η ελάχιστη χ η θερμοκρασία ρμ ρ ανάπτυξης ξης ενόςς μικροοργανισμού μ ρ ργ μ οφείλεται φ σε «ψύξη» ψ ξη της κυτταροπλασματικής μεμβράνης. ψυχροανεκτικοί .. επιταγχύνονται οι μεταβολικές λειτουργίες (επομένως και η αύξηση).. • Μικροοργανισμοί που διαβιούν σε υπερβολικά θερμά ή ψυχρά ενδιαιτήματα ονομάζονται ακραιόφιλοι ακραιόφιλοι. 2. Μικροβιακή αύξηση σε χαμηλές θερμοκρασίες • Οι μικροοργανισμοί που αυξάνονται σε χαμηλές θερμοκρασίες (0οC).. Στους θερμόφιλους θερμόφιλους.. • Οι μικροοργανισμοί είναι δυνατόν να χωριστούν σε 4 κατηγορίες με βάση την άριστη θερμοκρασία ανάπτυξης: 1.• Όταν η θερμοκρασία αυξάνεται μέσα σε καθορισμένα όρια. Στους υπερθερμόφιλους υπερθερμόφιλους. και 4.. με αποτέλεσμα την μη μεταφορά θρεπτικών ουσιών και τη μη δημιουργία διαβάθμισης πρωτονίων. Στους ψυχρόφιλους ψυχρόφιλους. Στους μεσόφιλους μεσόφιλους. 3.. μέχρις ενός σημείου πέραν του οποίου ί έέχουμε αποδιάταξη δ ά ξ των πρωτεϊνών ϊ ώ και κατάρευση ά της κυτταροπλασματικής λ ή μεμβράνης. C) αλλά έχουν βέλτιστο ανάπτυξης υψηλότερες θερμοκρασίες (20 (20--40οC) ονομάζονται 29 ψυχροανεκτικοί.

Σχ. θερμόφιλων και υπερθερμόφιλων μικροοργανισμών μικροοργανισμών. Σχέση θερμοκρασίας και ρυθμού αύξησης ψυχρόφιλων.90. 30 . μεσόφιλων.

ρμ ρ ς • Περιέχουν επίσης λιπίδια με πολυακόρεστα λιπαρά οξέα και υδατάνθρακες με μακρά ανθρακική αλυσίδα και πολλούς διπλούς δεσμούς. • Τα ψυχροενεργά ένζυμα διαθέτουν περισσότερα πολικά και λιγότερα υδρόφοβα αμινοξέα συμβάλλοντας στη διατήρηση της ευκινισίας των πρωτεϊνών σε χαμηλές θερμοκρασίες. • Καθώς η β-πτυχωτή επιφάνεια έχει την τάση να σχηματίζει περισσότερο δύσκαμπτες δομές. τα οποία συμβάλλουν στη διατήρηση ήρη η της ης ημ ημίρρευστης ρρ ης κατάστασή ή της ης σε χ χαμηλές μη ς θερμοκρασίες. η ύπαρξη μεγαλύτερου ποσοστού α-ελίκων επιτρέπει στα ψυχροενεργά ένζυμα μεγαλύτερη ευκινησία στο ψύχος. • Η κυτταροπλασματική μεμβράνη των ψυχρόφιλων μικροοργανισμών περιέχει μεγαλύτερη περιεκτικότητα σε ακόρεστα λιπαρά οξέα. Κατάψυξη • Παρόλο που η κατάψυξη παρεμποδίζει τη μικροβιακή αύξηση.Μοριακές προσαρμογές στην ψυχροφιλία • Τα ψυχροενεργά ένζυμα περιέχουν περισσότερες α-έλικες και λιγότερες β-πτυχωτές επιφάνειες. 31 . δεν προκαλεί κατ’ ανάγκην και νέκρωση του κυττάρου κυττάρου.

. μέσα έ ). κλπ κλπ)) όταν προστεθούν σε κατάλληλες συγκεντρώσεις (10%) διεισδύουν στα κύτταρα και τα προστατεύουν (κρυοπροστατευτικά ά μέσα). Οι προκαρυωτικοί μικροοργανισμοί μπορούν να αναπτύσσονται σε θερμοκρασίες υψηλότερες από τους ευκαρυωτικούς.• Ουσίες που αναμειγνύονται με το νερό (γλυκερόλη. DMSO. Οι μη φωτοτροφικοί οργανισμοί μπορούν να αναπτύσσονται σε υψηλότερες θερμοκρασίες από τους φωτοτροφικούς. μια σημαντική αντικατάσταση αμινοξέων σε μία ή μερικές θέσεις του ενζύμου επιτρέπει την αναδίπλωση κατά τρόπο που προσδίδει θερμική 32 σταθερότητα. • Γενικά: 1. Μοριακές προσαρμογές στη θερμοφιλία • Αρκετά θερμοσταθερά ένζυμα συχνά διαφέρουν ελάχιστα όσον αφορά την αλληλουχία αμινοξέων από ένζυμα μεσόφιλων οργανισμών. • Προφανώς Προφανώς. ) Μικροβιακή αύξηση σε υψηλές θερμοκρασίες • Υπάρχει μεγάλη ποικιλομορφία μεταξύ των υπερθερμόφιλων οργανισμών (υπάρχουν πολλά βακτήρια και κυρίως αρχαία). 2. και 3. Περισσότερο θερμόφιλοι από όλους τους προκαρυωτικούς είναι συγκεκριμένα είδη αρχαίων.

αλλά υδρογονάνθρακες από επαναλαμβανόμενες μονάδες ισοπροπενίου με 5 άτομα C συνδεδεμένα με αιθερικό δεσμό σχηματίζοντας λιπιδική μονοστοιβάδα.• Η θερμοσταθερότητα των πρωτεϊνών στους υπερθερμόφιλους μικροοργανισμούς βελτιώνεται από την παρουσία αυξημένου αριθμού ζευγών ιόντων (μεταξύ θετικού και αρνητικού φορτίου διαφόρων αμινοξέων). • Επιπλέον. δομή πολύ πιο θερμοανθεκτική από την διπλοστοιβάδα. Π άδ Παράδειγμα β βιοτεχνολογικής λ ή εφαρμογής ή της θερμοφιλίας θ λί • Απομόνωση DNA πολυμεράσης από τον θερμόφιλο μικροοργανισμό Thermus aquaticus q ((Taq q πολυμεράση). • Τα αρχαία δεν περιέχουν καθόλου λιπαρά οξέα στις μεμβράνες τους. • Οι θερμόφιλοι μικροοργανισμοί έχουν λιπίδια πλούσια σε κορεσμένα λιπαρά οξέα που ο επιτρέπουν ε ρέ ο στις σ ς μεμβράνες ε βρά ες να α πραμένουν ρα έ ο σταθερές σ αθερές και α λειτουργικές λε ο ρ ές στις σ ς υψηλές θερμοκρασίες. μ ρ η) 33 . • Τα κορεσμένα λιπαρά οξέα δημιουργούν ένα πιο υδρόφοβο περιβάλλον που συντελεί στη σταθερότητα της μεμβράνης. ο έντονα υδρόφοβος χαρακτήρας του εσωτερικού των πρωτεϊνών παρεμποδίζει την αναδίπλωσή τους στο υδατικό κυτταρόπλασμα.

ενώ αυτοί που αναπτύσσονται σε πολύ υψηλές ψη ς τιμές μ ςp pH αλκαλεόφιλοι.. Σχ.91. αλκαλεόφιλοι • Λιπάσες και πρωτάσες από αλκαλεόφιλα έχουν βιοτεχνολογική εφαρμογή σε απορρυπαντικά.Μικροβιακή αύξηση σε χαμηλό και υψηλό pH • Μικροοργανισμοί που αναπτύσσονται καλύτερα σε πολύ χαμηλές τιμές pH ονομάζονται μ ζ οξεόφιλοι. οξεόφιλοι ξ φ . 34 . Η κλίμακα pH και η μικροβιακή ανάπτυξη.

γεγονός που σημαίνει ότι απαιτούνται υψηλές συγκεντρώσεις H+ για να διασφαλιστεί η σταθερότητά της. • Η άριστη τιμή pH ανάπτυξης αναφέρεται στο εξωτερικό pH (του περιβάλλοντος). κοντά στην τιμή 7. • Τα αλκαλεόφιλα παρουσιάζουν πρόσθετο ενδιαφέρον λόγω των βιοενεργειακών προβλημάτων ροβλη ά που ο αντιμετωπίζουν: α ε ίζο • Είναι δυνατόν να αναπτυχθεί πρωτονιοκίνητη δύναμη όταν η εξωτερική επιφάνεια της μεμβράνης είναι τόσο αλκαλική? • Η απαιτούμενη ενέργεια προέρχεται από διαβάθμιση ιόντων Na+. • Στα ακραία οξεόφιλα και ακραία αλκαλεόφιλα. 35 . pH.• Ο πιο σημαντικός παράγοντας στην υποχρεωτική οξεοφιλία είναι η σταθερότητα της κυτταροπλασματικής μεμβράνης σε χαμηλό pH. το εσωτερικό pH μπορεί να διαφέρει αρκετά από την ουδετερότητα. αλλά και πρωτονιοκίνητης δύναμης. • Η κυτταροπλασματική μεμβράνη των υποχρεωτικά οξεόφιλων ουσιαστικά διαλύεται σε ουδέτερο pH. • Το εσωτερικό pH στους περισσότερους μικροοργανισμούς παραμένει σχεδόν σταθερό.

αλόφιλοι. 36 . • Οι αλοανεκτικοί μικροοργανισμοί μπορούν να ανεχθούν μείωση στην aw του περιβάλλοντός ρβ ς τους. • Ως ενεργότητα νερού aw ορίζεται το πηλίκο της τάσης ατμών του νερού στο δείγμα προς την τάση ά ατμών ώ του καθαρού θ ύ νερού ύ στην ίδ ίδια θ θερμοκρασία. ί aw = P (17) Po • Οι τιμές της aw κυμαίνονται στο εύρος 00-1. ς. • Οι μικροοργανσμοί που αναπτύσσονται σε πολύ υψηλές συγκεντρώσεις αλάτων ονομάζονται ακραίοι αλόφιλοι. νερού.Ωσμωτικά φαινόμενα και μικροβιακή αύξηση • Η διαθεσιμότητα του νερού εκφράζεται από την ενεργότητα νερού. λό λ . • Οι μικροοργανισμοί που διαβιούν σε ενδιαιτήματα υψηλών συγκεντρώσεων αλάτων ονομάζονται άζ αλόφιλοι αλόφιλοι. αλλά γενικά γ αναπτύσσονται καλύτερα ρ απουσία αλάτων (ή διαλυμένων ουσιών που οδηγούν σε μείωση της aw).

Σχ.92. 37 .• Μικροοργανισμοί που διαβιούν σε υψηλές συγκεντρώσεις σακχάρων ονομάζονται ωσμόφιλοι και αυτοί που αναπτύσσονται σε συνθήκες έλλειψης νερού ξηρόφιλοι ξηρόφιλοι.. Επίδραση της συγκέντρωσης Na+ στην ανάπτυξη των μικροοργανισμών.

• Όταν ένας μικροοργανισμός αναπτύσσεται σε περιβάλλον με χαμηλή ενεργότητα νερού. • Οι μικροαερόφιλοι μικροοργανισμοί είναι αερόβιοι μικροοργανισμοί που χρησιμοποιούν οξυγόνο σε συγκεντρώσεις χαμηλότερες από αυτές του αέρα (λόγω της μειωμένης ικανότητάς τους για αναπνοή ή επειδή περιέχουν κάποια μόρια ευαίσθητα στο οξυγόνο). είτε μέσω πρόσληψης ή σύνθεσης οργανικών διαλυτών ουσιών. • Τέτοιες έ ουσίες ί είναι ί σάκχαρα. ύ αυξάνει ξά την εσωτερική ή συγκέντρωση έ διαλυμένων δ λ έ ουσιών ώ με στόχο ό την πρόσληψη νερού. • Αύξηση ξη η της ης εσωτερικής ρ ής συγκέντρωσης γ ρ ης διαλυμένων μ ουσιών μ μπορεί ρ να επιτευχθεί χ είτε μέσω άντλησης ανόργανων ιόντων μέσα στο κύτταρο από το περιβάλλον. Οξυγόνο ξ γ και μ μικροβιακή ρ β ή αύξηση ξη η • Οι αερόβιοι μικροοργανισμοί αναπτύσσονται σε περιβάλλον πλήρους οξυγόνωσης. ά σακχαροαλκοόλες ό ή K+ (σε ( ορισμένα έ ακραία ί αλόφιλα ό αρχαία και βακτήρια). • Η διαλυμένη ουσία που χρησιμοποιείται στο εσωτερικό του κυττάρου για τη ρύθμιση της ενεργότητας νερού του κυτταροπλάσματος πρέπει να μην αναστέλλει τις βιολογικές διεργασίες (συμβατές διαλυμένες ουσίες). 38 .

• Υπάρχουν 2 τύποι αναερόβιων μικροοργανισμών: 1. είτε υπό αναερόβιες όβ συνθήκες. υποδεικνύονταςς τον β βαθμό μ οξυγόνωσης ξ γ ης του θρεπτικού. μ . ρ β . θή • Οι μικροοργανισμοί που δεν μπορούν να χρησιμοποιήσουν οξυγόνο ονομάζονται αναερόβιοι αναερόβιοι. παράγονται έντονα τοξικές μορφές οξυγόνου. θ λ λ ό • Στο θρεπτικό μέσο μπορούμε να προσθέσουμε ρεσαζουρίνη ρεσαζουρίνη.• Οι προαιρετικά (ή δυνητικά δυνητικά)) αερόβιοι μικροοργανισμοί μπορούν να αναπτυχθούν σε κατάλληλα θρεπτικά υποστρώματα είτε υπό αερόβιες. οι οποίοι ανέχονται την παρουσία οξυγόνου και αναπτύσσονται. Οι αερανεκτικοί αναερόβιοι. Οι υποχρεωτικά αναερόβιοι αναερόβιοι. Ο) π. ρ Τοξικές μορφές οξυγόνου • Κατά την αναπνοή. το θειογλυκολικό. υπεροξείδιο του υδρογόνου Η2Ο2 και υδροξυλική ρίζα ΟΗ.χ.. • Κατά την ανάπτυξη αναερόβιων καλλιεργειών είναι δυνατόν να προστεθεί ένας αναγωγικός παράγοντας (ουσία που αντιδρά με το οξυγόνο και το ανάγει προς Η2Ο).. 39 . οι οποίοι παρουσία οξυγόνου αναστέλλουν την ανάπτυξή τους ή θανατώνονται θανατώνονται. και 2. αν και δεν μπορούν να το χρησιμοποιήσουν. αναερόβιοι. όπως ανιόν υπεροξειδίου Ο2-.. η οποία παρουσία οξυγόνου ξ γ αλλάζει ζ χρ χρώμα.

40 .Σχ 93 Μικροβιακή ανάπτυξη (α) Αερόβιων. αερόβιων (δ) Μικροαερόβιων και (ε) Αερανεκτικών αναερόβιων. agar. Αερόβιων (β) Αναερόβιων. Στο θρεπτικό μέσο (θειογλυκολικό ζωμό) έχει προστεθεί λίγο agar.93. Αναερόβιων (γ) Προαιρετικά αερόβιων. και ρεσαζουρίνη. Σχ. για να διατηρείται το υγρό σε ηρεμία.

41 .94. αναπνοή.Σχ 94 Σχηματισμός τοξικών μορφών οξυγόνου κατά την αναπνοή Σχ.

σε Η2Ο2 και Ο2. ενώ στην απουσία αυτού του ενζύμου οφείλεται μάλλον η τοξικότητα του Ο2 στους υποχρεωτικώς αναερόβιους μικροοργανισμούς.. • Αυτή Α ή η άποψη ά υποστηρίζεται ίζ ακόμα ό από ό το γεγονός ό ό ότι όλ όλες οι γνωστές έ δισμουτάσες υπεροξειδίου περιέχουν έναν μεταλλικό συμπαράγοντα συμπαράγοντα.. 42 .. η δισμουτάση υπεροξειδίου και η αναγωγάση υπεροξειδίου (βρίσκεται σε ορισμένους υποχρεωτικά αναερόβιους προκαρυώτες). Cu2+. • Η δισμουτάση υπεροξειδίου είναι απολύτως απαραίτητη στα αερόβια κύτταρα. • Μια τέτοια αντίδραση θα μπορούσε να λειτουργεί ως πρόδρομη μορφή δισμουτάσης υπεροξειδίου στους αρχέγονους οργανισμούς. Zn2+ στο ενεργό κέντρο του ενζύμου.• Οι οργανισμοί έχουν αναπτύξει ένζυμα που καταστρέφουν τις τοξικές μορφές οξυγόνου. • Τα πιο κοινά ένζυμα είναι η καταλάση καταλάση. αλλά και Fe2+. • Η δισμουτάση απουσιάζει και από ορισμένους αερανεκτικούς αναερόβιους οργανισμούς (όπως από τα οξυγαλακτικά βακτήρια). συνήθως Mn2+. η υπεροξειδάση υπεροξειδάση. αλλά οι οργανισμοί αυτοί χρησιμοποιούν Μn Μn2+ ανεξάρτητα από πρωτεΐνες για να πραγματοποιούν την μετατροπή του Ο2.

Καταστροφή τοξικών μορφών οξυγόνου. 43 .Σχ.95.

44 .

. • Eίναι επίσης πιθανόν να συντέθηκαν σημαντικές ποσότητες HCN από NH3 και CH4. είναι γνωστό ότι η σύνθεση των βιολογικά σημαντικών μορίων είναι δυνατόν να συμβεί σε αναγωγικές ατμόσφαιρες που περιέχουν τα παραπάνω μόρια παρουσία ρ πλούσιων πηγών ηγ ενέργειας.6 δισεκατομμύρια έτη περίπου. ζήμ • Η ατμόσφαιρα στην πρώιμη γη είχε ελάχιστες ποσότητες οξυγόνου (αναγωγικό περιβάλλον). • Ορισμένα αρχέγονα πετρώματα περιέχουν μικροαπολιθώματα με σχήμα β βακτηρίων. NH3. μικροποσότητες CO και Η2) και σημαντικές ποσότητες FeS. • Σήμερα. υπήρχε ποικιλία αερίων (CH (CH4. CO2.Εξέλιξη της γης και οι πρώτες μορφές ζωής • Η γη έχει ηλικία 4. ί • Οι στρωματόλιθοι είναι απολιθωμένα μικροβιακά στρώματα που αποτελούνται από στοιβάδες β ς νηματοειδών ημ προκαρυωτικών ρ ρ κυττάρων ρ και εγκλωβισμένα γ β μ ιζήματα. ργ ς 45 . η επιφάνεια της γης ήταν πολύ θερμότερη από ότι σήμερα (εικάζεται ότι τα πρώτα 500 εκατομμύρια χρόνια η θερμοκρασία ήταν >100oC). • Εκτός από νερό. Η2S και FeS. • Eπιπλέον πιπλέον. N2.

σχετικά ξηρό περιβάλλον για τη σύνθεση και συσσώρευση μακρομορίων μακρομορίων. θειοεστέρες νουκλεοτίδια θειοεστέρες. και άλλα σημαντικά μακρομόρια μακρομόρια. νουκλεοτίδια. λειτούργησαν πιθανόν ως υπόβαθρα για αντιδράσεις πολυμερισμού βιολογικών μακρομορίων παρέχοντας ένα σταθερό. πολυνουκλεοτίδια πολυνουκλεοτίδια.• Πηγές ενέργειας στην πρωτόγονη γη αποτελούσαν η υπεριώδης ακτινοβολία (UV) (UV) του ήλιου. κλπ. • Βιοχημικά μόρια με κρίσιμο ρόλο (π.. αμινοξέα. • Άνυδρες εκτεθειμένες επιφάνειες πυλού.. λιπαρά οξέα). πυρίτη..χ. μπορεί να προκύψει πληθώρα βιοχημικά σημαντικών μορίων (σάκχαρα.. πυροσταφυλικό οξύ) έχουν παραχθεί σε υψηλές πιέσεις και θερμοκρασίες που χαρακτηρίζουν υποθαλάσσιες υδροθερμικές πηγές. πουρίνες πουρίνες. δράση • Αν μίγματα αερίων παρόμοια με εκείνα που πιστεύεται ότι υπήρχαν στην πρωτόγονη γη δεχθούν ηλεκτρικές εκκενώσεις στο εργαστήριο. 46 . οι ηλεκτρικές εκκενώσεις των κεραυνών. • Ορισμένες από αυτές τις βιοχημικές δομικές μονάδες πολυμερίζονται σχηματίζοντας πολυπεπτίδια.. η ραδιενέργεια.. η εκλυόμενη θερμότητα από την πρόσκρουση μετεωριτών και η θερμική ενέργεια από την ηφαιστειακή δράση.

βιοκαταλύτες • Η καθιέρωση του DNA ως γονιδιώματος του κυττάρου πιθανόν προέκυψε από την εξελικτική πίεση προς την κατεύθυνση της μεγαλύτερης αποδοτικότητας και πιστότητας ό της αντιγραφής. 47 . οι πρωτόγονοι οργανισμοί ωθήθηκαν προς τις πρωτεΐνες ως κύριους βιοκαταλύτες. • Οι μελέτες διάφορων καταλυτικών RNA έδειξαν ότι είναι δυνατόν να καταλυθούν διάφορες αντιδράσεις. όπως της σύνθεσης νουκλεοτιδίων από σάκχαρα και αζωτούχες ζ ύ βάσεις.Πρωτόγονη ζωή: Ο κόσμος του RNA • Βασιζόμενοι στην ανακάλυψη ότι ορισμένα είδη RNA έχουν καταλυτική δράση. • Καθώς οι πρωτεΐνες επιδεικνύουν πολύ μεγαλύτερο βαθμό καταλυτικής εξειδίκευσης. πολλοί επιστήμονες πιστεύουν σήμερα ότι οι πρώτες μορφές ζωής δεν διέθεταν καθόλου DNA. • Σε έναν κόσμο με βάση το RNA. τα μόρια RNA θα λειτουργούσαν απλώς για να αναπαράγουν τον εαυτό τους και μάλλον θα εκτελούσαν τον ελάχιστο αριθμό απαραίτητων για αυτό το σκοπό καταλυτικών αντιδράσεων. βά • Οι πρώτες κυτταρικές μορφές ζωής εξελίχθηκαν όταν αυτοαντιγραφόμενα μόρια RNA βρέθηκαν εγκλωβισμένα σε λιποπρωτεϊνικά κυστίδια. ή καθώς θώ οι DNA πολυμεράσες λ ά είναι ί πιο ακριβείς β ί από ό τις RNA πολυμεράσες.

Πιθανό σενάριο για την εξέλιξη της αρ ής μορφής ορφής ζωής.96. ζ ής κυτταρικής 48 .Σχ.

49 . • Αποφασιστική Α ή καμπή ή στην ιστορία ί της γης αποτέλεσε έλ η εξέλιξη ξέλ ξ της οξυγονοπαραγωγικής φωτοσύνθεσης στα κυανοβακτήρια.. αλλά το Ο2 που παρήγαγαν δεν συσσωρεύθηκε στην ατμόσφαιρα καθώς οι αναγωγικές ουσίες (π. προστατεύοντας το DNA από την υπεριώδη ακτινοβολία. το οποίο απορροφά ισχυρά σε μήκη κύματος μέχρι 300nm. η ατμόσφαιρα άλλαξε από αναγωγική σε οξυγονούχο και σχηματίστηκε Ο3. • Σταδιακά με την συσσώρευση Ο2. • Οι οργανισμοί ργ μ αυτοί εμφανίστηκαν μφ η πριν ρ από 3 δισεκατομμύρια μμ ρ χρ χρόνια.χ.• Οι πρωτόγονοι μικροοργανισμοί χρησιμοποιούσαν πιθανόν την παρακάτω εξώθερμη αντίδραση για την παραγωγή ενέργειας: FeS + H2S FeS2+ H2 ∆Go΄= = -42 KJ/ KJ/αντίδραση αντίδραση (18) • Τα πρωτόγονα κύτταρα χρησιμοποίησαν πιθανόν το παραγόμενο Η2 για να δημιουργήσουν την πρωτονιοκίνητη δύναμη για την παραγωγή ΑΤΡ από μια πρωτόγονη ΑΤΡ συνθάση. FeS) που υπήρχαν στην ατμόσφαιρα αντιδρούσαν αυθόρμητα με το Ο2. 300nm.

50 .97.Σχ. Υποθετικός μηχανισμός παραγωγής ενέργειας από πρωτόγονο κύτταρο.

εξέλιξης. 51 .Σχ 98 Σταθμοί βιολογικής εξέλιξης Σχ.98.

έτσι ώστε αυτός να πάψει να εξαρτάται από οργανικές ενώσεις για παραγωγή ενέργειας. λ ώ • Παρόμοια.Ευκαρυώτες και οργανίδια: Ενδοσυμβίωση • Η ενδοσυμβιωτική δ β ήθ θεωρία ί υποστηρίζει ίζ ό ότι έένα αερόβιο όβ β βακτήριο ή παγίωσε ί τη θέση του στο κυτταρόπλασμα κάποιου πρωτόγονου ευκαρυώτη προμηθεύοντάς του ενέργεια. • Αδιάσειστα στοιχεία στηρίζουν την άποψη ότι τα μιτοχόνδρια και οι χλωροπλάστες ήταν άλλοτε βακτήρια: 1. Οι χλωροπλάστες και τα μιτοχόνδρια περιέχουν ριβοσώματα προκαρυωτικού τύπου.. και 3 Τα μιτοχόνδρια και οι χλωροπλάστες περιέχουν μικρές ποσότητες κυκλικού DNA 3. Ορισμένα ριβοσώματα των χλωροπλαστών και μιτοχονδρίων διαθέτουν αλληλουχίες η χ ς RNA που χ χαρακτηρίζουν ρ ηρ ζ συγκεκριμένα γ ρμ β βακτήρια. ήρ . χαρακτηριστικού των προκαρυωτών. ύ 2. 52 . η ενδοσυμβιωτική ενσωμάτωση ενός φωτοτροφικού παραγωγού οξυγόνου θα προσέδιδε φωτοσυνθετικές ικανότητες σε ένα πρωτόγονο ευκαρυώτη. διασφαλίζοντας ως αντάλλαγμα ένα προστατευτικό περιβάλλον και την απρόσκοπτη ό παροχή ήθ θρεπτικών ώ υλικών. και η λειτουργία ργ τουςς παρεμποδίζεται από τα ίδια αντιβιοτικά που επιδρούν στα ριβοσώματα αυτόνομων βακτηρίων. DNA.

Σχ. 53 .99. Θεωρία της ενδοσυμβίωσης.

σύμφωνα με το οποίο οι οργανισμοί ταξινομούνται σύμφωνα με τις εξελικτικές τους σχέσεις.Συστήματα βιολογικής ταξινόμησης • Τα πρώτο σύστημα βιολογικής ταξινόμησης προτάθηκε από τον Linnaeus στα μέσα του 18ου αιώνα.. δεν μπορεί όμως να εφαρμοστεί στους μικροορογανισμούς. • Η αρχή της μεθόδου στηρίζεται στην υπόθεση ότι αν σε όλους τους φαινοτυπικούς χαρακτήρες δοθεί το ίδιο βάρος είναι δυνατόν να αποδοθούν αριθμητικά οι ταξινομικές αποστάσεις δύο οργανισμών. • Έτσι ορίστηκε ο συντελεστής ομοιότητας Sj (similarity coefficient): 54 . όπου υπάρχουν πληροφορίες σχετικά με τις φυλογενετικές τους σχέσεις από συλλογή απολιθωμάτων. τάξη θηλαστικά. • Το σύστημα αυτό εφαρμόζεται επιτυχώς στα ανώτερα ζώα και φυτά. ταξινόμησης. • Ονόμαστηκε φυσικό σύστημα ταξινόμησης και σύμφωνα με αυτό η ταξινομική θέση ενός οργανισμού αποτελούσε πηγή πληροφοριών για τις ιδιότητές του. ένα ζώο που τοποθετείται στα σπονδυλωτά.χ. έχει όλες τις ιδιότητες που διακρίνουν συνολικά όλα τα θηλαστικά από τα άλλα σπονδυλωτά. π. • Στη συνέχεια ο Adanson πρότεινε την αριθμητική ή Adansonian ταξινόμηση ταξινόμηση. • Αργότερα προτάθηκε το φυλογενετικό σύστημα ταξινόμησης.

.Sj = a a+b+c (19) οργανισμούς. • όπου: a: ο αριθμός των χαρακτήρων που απαντάται και στους δύο οργανισμούς b: ο αριθμός των χαρακτήρων που απαντάται στον πρώτο οργανισμό και απουσιάζει από τον δεύτερο. • Η εφαρμογή της αριθμητικής ταξινόμησης προϋποθέτει προσδιορισμό μεγάλου αριθμού χαρακτήρων. • Επίσης Επίσης. και c: ο αριθμός των χαρακτήρων που απουσιάζει από τον πρώτο και απαντάται στον δεύτερο οργανισμό. ορίστηκε ο συντελεστής ταιριάσματος Ss (matching coefficient): Ss = a+d a+b+c+d (20) ( ) • όπου: d: ο αριθμός ρ μ ς των χ χαρακτήρων ρ ήρ που εξετάζονται ξ ζ και οι οποίοι απουσιάζουν ζ και από τους δύο οργανισμούς. χαρακτήρων 55 .

φερρεδοξίνες διάφορα γονίδια. λειτουργία 3. Να είναι δυνατή η επακριβής αντιστοίχιση των 2 μορίων. Η αλληλουχία του επιλεγμένου μορίου να μεταβάλλεται με κατάλληλο ρυθμό για τη μετρούμενη μ ρ μ η εξελικτική ξ ή απόσταση η (οι ( πολλέςς αλλαγές γ ς καθιστούν δυσανάγνωστο γ το εξελικτικό αρχείο). έτσι ώστε να αναγνωρίζονται περιοχές αλληλουχιών που είναι όμοιες και άλλες που διαφέρουν.Νέες μέθοδοι ταξινόμησης: Εξελικτικά χρονόμετρα Ε λέ Επιλέγοντας το σωστό ό χρονόμετρο ό • Η εξελικτική απόσταση μεταξύ 2 οργανισμών μπορεί να υπολογισθεί από τις διαφορές φ ρ ς στην η αλληλουχία η χ των νουκλεοτιδίων ή των αμινοξέων μ ξ σε ομόλογα μ γ μακρομόρια. δηλαδή οι φυλογενετικές συγκρίσεις πρέπει να βασίζονται σε μόρια με πανομοιότυπη λειτουργία. Να είναι λειτουργικώς ομόλογα σε κάθε μικροοργανισμό. γονίδια ριβοσωματικά RNAs. Να έχουν μια οικουμενική διασπορά στην ομάδα που θα μελετήσουμε. • Πρέπει όμως να επιλεγούν τα κατάλληλα μόρια. • Πολλά μόρια έχουν δοκιμαστεί ως μοριακά χρονόμετρα (κυτοχρώματα. RNAs κλπ). φερρεδοξίνες. τα οποία θα πρέπει: 1. και 4. 2. κλπ) 56 .

. • Ένδειξη για την σχετική εξελικτική απόσταση αποτελεί ο βαθμός ομοιότητας των αλληλουχιών των rRNAs 2 οργανισμών οργανισμών. η ομοιότητα μεταξύ 2 αλληλουχιών αποτελεί ένδειξη φυλογενετικής σχέσης. rRNA. Είναι οικομενικώς κατανεμημένα. όμως. Έχουν σταθερή λειτουργικότητα. όπως στο rRNA. αποστάσεων • Εφόσον ο αριθμός των διαφορετικών δυνατών αλληλουχιών σε μεγάλα μόρια. έ • Συνεπώς. • Το 16S 16S rRNA (18S για τα ευκαρυωτικά) περιέχει αρκετές περιοχές με εκτενώς συντηρημένες αλληλουχίες και επίσης χαρακτηρίζεται από σημαντική μεταβλητότητα σε άλλες άλλ περιοχές. καθώς: 1. Έχουν μετρίως διατηρημένη αλληλουχία σε ένα ευρύ φάσμα φυλογενετικών αποστάσεων. έχει χρησιμοποιηθεί ευρύτατα για την ανάλυση της φυλογένεσης. 2. και 3. όμως αποτελούν εξαιρετικά μόρια για την εξακρίβωση σχέσεων μεταξύ ζωντανών οργανισμών. 57 .• Τα ριβοσωματικά RNA RNA. είναι τεράστιος.

100.Σχ. Μέρη ριβοσώματος. 58 .

• Οι αλληλουχίες υπογραφή μας βοηθούν να τοποθετήσουμε στη σωστή φυλογενετική ομάδα οργανισμούς που απομονώθηκαν για πρώτη φορά ή άλλους που προηγουμένως είχαν ταξινομηθεί εσφαλμένα. • Για την ενίσχυση γονιδίων που κωδικοποιούν το rRNA χρησιμοποιείται η αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης PCR και στη συνέχεια προσδιορίζεται η αλληλουχία του προϊόντος PCR (αλληλούχιση κατά Sanger).. όμως. ανιχνευτές). είναι στον σχεδιασμό εξειδικευμένων ανιχνευτών νουκλεϊκών οξέων (φυλογενετικοί (φυλογενετικοί ανιχνευτές).Μεθοδολογία προσδιορισμού αλληλουχιών • Οι μέθοδοι για τον προσδιορισμό αλληλουχιών rRNAs είναι πλέον μέθοδοι ρουτίνας.. Αλληλουχίες υπογραφή • Οι αλληλουχίες υπογραφή είναι μικρές αλληλουχίες νουκλεοτιδίων που απαντούν αποκλειστικά σε ορισμένες ομάδες μικροοργανισμών. • H παραπάνω μέθοδος είναι ταχεία και παρουσιάζει εξειδίκευση με τη χρήση εκκινητών PCR PCR. οι οποίοι είναι συμπληρωματικοί προς τις διατηρημένες αλληλουχίες στα rRNAs. 59 . • Οι αλληλουχίες συγκρίνονται με τις υπάρχουσες στη βάση δεδομένων ((Ribosomal Ribosomal Database Project Project--RDP) RDP). • Η πιο διαδεδομένη χρήση τους.

10 1.Σχ. PCR.101 Σχ. Προσδιορισμός αλληλουχίας rRNA με τη χρήση PCR. 60 .

61 . χρωστική η υβριδοποίηση των ανιχνευτών με κυτταρικά rRNAs μπορεί να παρατηρηθεί με μικροσκόπιο. • Αν στον ανιχνευτή προσδεθεί μια φθορίζουσα χρωστική. situ.Φυλογενετικοί ανιχνευτές και FISH • Οι ανιχνευτές μπορεί να είναι περισσότερο ή λιγότερο εξειδικευμένοι. • H τεχνολογία FISH χρησιμοποιείται ευρέως στην μικροβιακή οικολογία και στην κλινική διαγνωστική διαγνωστική. υπάρχουν «καθολικοί» ανιχνευτές που υβριδοποιούνται με αλληλουχίες rRNA οποιουδήποτε οργανισμού και ανιχνευτές κατάλληλης εξειδίκευσης που υβριδοποιούνται με rRNA συγκεκριμένων ειδών. FISH FISH). ).χ. rRNA. • Η επίδραση κατάλληλων αντιδραστηρίων στα κύτταρα καθιστά τις μεμβράνες δ διαπερατές έ και επιτρέπει έ τη διείσδυση δ ί δ του μίγματος ί ανιχνευτή/χρωστικής. παρακάμπτοντας την καλλιέργεια μικροοργανισμών στο εργαστήριο (άμεσα αποτελέσματα). π. τα κύτταρα φθορίζουν ομοιόμορφα μ μ ρφ και εξετάζονται ξ ζ μ με μ μικροσκόπιο ρ φ φθορισμού ρ μ (φ (φθορίζουσα ρζ υβριδοποίηση βρ η η in situ. ή/ ή • Μετά την υβριδοποίηση του ανιχνευτή με το rRNA.

Σχ 102 Οικουμενικό φυλογενετικό δέντρο ύστερα από συγκριτική ανάλυση αλληλουχιών rRNA Σχ.. 62 .102. rRNA.

συνεπώς. (β ή αρχαία ί και ευκάρυα) ά ) καθορίζονται θ ίζ με βάση τις αλληλουχίες του rRNA.Χαρακτηριστικά των πρωταρχικών «χώρων» της ζωής • Αν Α και οι πρωταρχικοίί «χώροι» ώ (βακτήρια. ενώ σε μερικά είδη τα τοιχώματα αποτελούνται από πολυσακχαρίτες. 63 . Clamydia • Η πεπτιδογλυκάνη θεωρείται. αποτελούμενοι από ψευδοπεπτιδογλυκάνη (ανάλογο της πεπτιδογλυκάνης). • Τα Τ αρχαία ί και τα ευκάρυα ά στερούνται ύ πεπτιδογλυκάνης. που στερούνται κυτταρικών τοιχωμάτων). ενώ άλλα απαντούν σε δύο από τους τρεις «χώρους». δ λ ά • Στα αρχαία υπάρχουν διάφοροι τύποι κυτταρικών τοιχωμάτων. Κυτταρικά τοιχώματα • Σχεδόν όλα τα βακτήρια έχουν κυτταρικά τοιχώματα που περιέχουν πεπτιδογλυκάνη (εξαιρέσεις είναι μέλη των Planctomyces Planctomyces--Pirellula Pirellula. των οποίων τα κυτταρικά τοιχώματα αποτελούνται από πρωτεΐνη πρωτεΐνη και μέλη των Μycoplasma ycoplasma-Clamydia. πρωτεΐνες και γλυκοπρωτεΐνες. • Ορισμένα από τα χαρακτηριστικά είναι μοναδικά για έναν δεδομένο «χώρο».. ως «μόριο «μόριο--υπογραφή» για πολλά είδη βακτηρίων (ουσιαστικά ανιχνεύεται το μουραμικό οξύ που εμφανίζεται αποκλειστικά στην πεπτιδογλυκάνη).. κάθε «χώρος» χαρακτηρίζεται από έναν αριθμό φαινοτυπικών ιδιοτήτων.

όταν υπάρχουν κυτταρικά τοιχώματα αποτελούνται συνήθως από κυτταρίνη ή χιτίνη. στα λιπίδια των αρχαίων απαντώνται αιθερικοί δεσμοί.. • Αντιθέτως..• Στα ευκάρυα ευκάρυα. ). αρχαία και ευκάρυα. Λιπίδια βακτηρίων ηρ και ευκαρύων ρ αποτελούνται από λιπαρά ρ οξέα ξ • Τα λιπίδια των β συνδεδεμένα με εστερικό δεσμό με το μόριο γλυκερίνης. 64 . • Στα βακτήρια και ευκάρυα ευκάρυα. Λιπίδια στα βακτήρια.103. στα λιπίδια υπάρχουν λιπαρά οξέα με ευθείες αλυσίδες. Σχ. ενώ στα αρχαία υδρογονάνθρακες με διακλαδισμένες αλυσίδες ((φυτανύλια φυτανύλια).

το κωδικόνιο έναρξης (AUG) (AUG) ενσωματώνει φορμυλομεθειονίνη. μοιάζοντας με αυτές των ευκαρύων. αρκετά βήματα στην πρωτεϊνοσύνθεση των αρχαίων μοιάζουν περισσότερο με αυτά των ευκαρύων. 65 . ενώ αντίθετα στα αρχαία και τα ευκάρυα μεθειονίνη (μη τροποποιημένη).• Σε ορισμένα αρχαία. • Στα βακτήρια. S). δεν επιδρούν στην πρωτεϊνοσύνθεση των αρχαίων ή ευκαρύων. • Τα περισσότερα αντιβιοτικά που αναστέλλουν την πρωτεϊνοσύνθεση των βακτηρίων. RNA πολυμεράση • Τα Τ βακτήρια β ή περιέχουν έ έναν έ απλό λό τύπο ύ RNA πολυμεράσης λ ά με απλή λή τεταρτοταγή ή δομή (α (α2ββ΄σ ββ΄σ). ). ενώ οι RNA πολυμεράσες των αρχαίων είναι πιο πολύπλοκες. Χαρακτηριστικά της πρωτεϊνοσύνθεσης • Αν και τα ριβοσώματα των βακτηρίων και των αρχαίων έχουν το ίδιο μέγεθος (70S (70S σε σχέση με το μέγεθος των ριβοσωμάτων των ευκαρύων 80S) 80S). αντί διπλοστοιβάδας. η μεμβρανική δομή των λιπιδίων είναι μονοστοιβάδα. • Οι ριβοσωματικές πρωτεΐνες των αρχαίων και ευκαρύων μοιάζουν περισσότερο μεταξύ τους από λειτουργική άποψη. σε σχέση με αυτές των βακτηρίων.

• Η βακτηριακή ταξινομία στηρίζεται παραδοσιακά σε φαινοτυπικές αναλύσεις (πως μοιάζει ένας μικροοργανισμός.Άλλα χαρακτηριστικά • Υπάρχει Υ ά ένας έ μεγάλος άλ αριθμός θ ό χαρακτηριστικών ώ που μπορείί να χρησιμεύσει ύ για τη διαφοροποίηση των οργανισμών σε επίπεδο «χώρων». • Στην η κλασική ή βακτηριακή β ηρ ή ταξινομία ξ μ μ μετρούνται ρ αρκετά ρ χ χαρακτηριστικά ρ ηρ και τα γνωρίσματα αυτά χρησιμοποιούνται για την ομαδοποίηση των οργανισμών. Μικροβιακή ρ β ή ταξινομία: ξ μ Η σχέση χ η της ης μ με την η φ φυλογενετική γ ή • Ταξινομία είναι η επιστήμη της ταξινόμησης αποτελούμενη από την ταυτοποίηση και την ονοματολογία. κλπ). • Παρόλ’ Π όλ’ αυτά. • Χαρακτηριστικά με μεγάλη ταξινομική αξία που χρησιμοποιούνται ευρέως είναι διάφορες πλευρές της μορφολογίας μορφολογίας. η μελέτη της φυλογένεσης των προκαρυωτών προκύπτει από γονοτυπικές αναλύσεις. 66 . της βιοχημείας βιοχημείας. ά οι φαινοτυπικές έ αναλύσεις λύ έχουν έ διαδραματίσει δ δ ί σημαντικό ό ρόλο όλ στην ταυτοποίηση και κατάταξη των βακτηρίων. ενεργειακός μεταβολισμός. • Όμως. της διατροφής και φυσιολογίας και των ενδιαιτημάτων. τα ένζυμα του. επειδή τα βακτήρια έχουν μικρό μέγεθος. έτσι ώστε αυτές να αποτελέσουν τη βάση για την ταξινόμησή του.

Σχ. Παράδειγμα φαινοτυπικής ταυτοποίησης μικροοργανισμού. 67 .104.

• Η περιεκτικότητα του DNA σε G+C μπορεί να υπολογιστεί και από τη θερμοκρασία τήξης του. • H γνώση της αναλογίας G+C ενός οργανισμού είναι χρήσιμη για την ταυτοποίησή του. • Η πυκνότητα του DNA είναι ανάλογη της % περιεκτικότητας σε G+C. αλλά σπάνια καθοριστική. η οποία εξαρτάται από την περιεκτικότητα σε G+C.• Ο καθορισμός της αναλογίας G+C του γονιδιωματικού DNA ενός οργανισμού αποτελεί μέρος της κλασικής βακτηριακής ταξινομίας. καθώς είναι δυνατόν δύο οργανισμοί να έχουν την ίδια αναλογία G+C και να είναι άσχετοι μεταξύ τους (τόσο ταξινομικά όσο και φυλογενετικά). G+C A+T+G+C (21) • Τα μόρια του DNA διαχωρίζονται με φυγοκέντριση σε συστήματα διαβαθμισμένης πυκνότητας CsCl. 68 .

105. 69 . Περιεκτικότητα του DNA σε G+C των κύριων ομάδων οργανισμών.Σχ.

• Κατόπιν. • Η γονιδιωματική υβριδοποίηση μετρά τον βαθμό ομοιότητας αλληλουχιών και είναι χρήσιμη για τη διάκριση οργανισμών με στενή συγγένεια μεταξύ τους. αν όχι πανομοιότυπα γονίδια. • Στην πράξη. 70 .Μοριακή ταξινομία • Η μοριακή ταξινομία (χημειοταξινομία χημειοταξινομία)) χρησιμοποιεί μοριακές αναλύσεις (υβριδοποίηση DNA:DNA. μετουσιώνεται με θέρμανση και 2 αναμειγνύεται με περίσσεια μη σημασμένου DNA που έχει παρασκευαστεί με τον ίδιο τρόπο από άλλο οργανισμό. ). •Ο Οι αλληλουχίες λλ λ ί έέχουν μεγάλη άλ σημασία. το DNA ψύχεται για να επανέλθει επανασύζευξη και το δίκλωνο DNA διαχωρίζεται από το DNA που δεν έχει υβριδοποιηθεί. τότε είναι πιθανόν να περιέχουν παραπλήσια. Υβριδοποίηση DNA:DNA • H αναλογία G+C δεν παρέχει καμία απολύτως πληροφορία για την αλληλουχία των γονιδίων. πράξη το DNA που απομονώθηκε από κάποιο οργανισμό ραδιοσημαίνεται με 32Ρ ή 3Η . μετράται η ποσότητα ραδιενέργειας στο υβριδοποιημένο DNA και συγκρίνεται με το δείγμα ελέγχου (θεωρείται ως 100%). ί γιατίί αν δύ δύο οργανισμοίί έέχουν τις ίδ ίδιες αλληλουχίες νουκλεοτιδίων νουκλεοτιδίων. οργανισμό • Στη συνέχεια. τεμαχίζεται σε μικρά κομμάτια. DNA:DNA.. καθορισμός ριβοτύπου και λιπιδική ανάλυση ανάλυση).

106. Η γονιδιωματική υβριδοποίηση ως ταξινομικό εργαλείο.Σχ. 71 .

PCR. όταν DNA ενός συγκεκριμένου οργανισμού υφίσταται τη δράση περιοριστικών ενζύμων. κατά σύμβαση. οι πλήρεις προσδιορισμοί των γονιδιωματικών αλληλουχιών θα καταστήσουν άχρηστες τις αναλύσεις υβριδοποίησης. λ ό 72 . για να θεωρηθούν 2 οργανισμοί ως ίδια είδη. • Στο προσεχές μέλλον. ή αφού ύ πρώτα ώ διαχωριστούν δ ύ με ηλεκτροφόρηση.• Αν και δεν υπάρχει καμία. • Μεγάλη ποσότητα DNA ή DNA που κωδικοποιεί rRNA 16S και τα σχετικά με αυτό γονίδια στο οπερόνιο rRNA. • Υβριδοποίηση εντελώς άσχετων οργανισμών είναι <10% <10%. rRNA. το οποίο ενισχύεται με PCR. υφίσταται πέψη με ένα ή περισσότερα ένζυμα περιορισμού και τα προϊόντα της πέψης υβριδοποιύνται με ειδικό δ ό ανιχνευτή. συνίσταται τιμή υβριδοποίησης 70% τουλάχιστον και 252530% για το ίδιο γένος. αποδεκτή τιμή βαθμού υβριδοποίησης μορίων DNA για να τοποθετηθούν στην ίδια ταξινομική βαθμίδα. Καθορισμός ριβοτύπου • Ο καθορισμός ριβοτύπου στηρίζεται σε αναλύσεις rRNA. αλληλουχιών • Βασίζεται στο πρότυπο ζωνών ηλεκτροφόρησης. • Τα θραύσματα διαχωρίζονται και υβριδοποιούνται με ανιχνευτή rRNA (μοριακό (μοριακό δακτυλικό αποτύπωμα). αποτύπωμα). ηλεκτροφόρησης. αλλά δεν περιλαμβάνει προσδιορισμό αλληλουχιών.

η εικόνα που σχηματίζουν τα θραύσματα DNA στα πηκτώματα συγκρίνεται με αντίστοιχους τύπους πέψης από οργανισμούς αναφοράς σε μια βάση δεδομένων.• Στη συνέχεια. • Επειδή οι διαφορές στις αλληλουχίες rRNA μεταξύ δύο οργανισμών μεταφράζονται σε παρουσία ή απουσία σημείων δράσης των ενζύμων περιορισμού. 73 . περιορισμού το συνολικό πρότυπο των θραυσμάτων δεδομένου βακτηριακού είδους είναι μοναδικό για το είδος αυτό. Σχ. Καθορισμός ριβοτύπου. • Ο καθορισμός θ ό ριβοτύπου β ύ είναι ί μια γρήγορη ή ((καθώς θώ δ δεν απαιτείται ί καθορισμός θ ό αλληλουχιών) και εξειδικευμένη μέθοδος.107.

και σε μικρότερο βαθμό. τα λιπαρά οξέα που απομονώνονται από κύτταρα που έχουν καλλιεργηθεί σε πρότυπες συνθήκες μετατρέπονται σε μεθυλεστέρες. ). 74 . ρ ξ μ . η οποία περιέχει τα πρότυπα των λιπαρών οξέων χιλιάδων βακτηρίων που έχουν καλλιεργηθεί στις ίδιες συνθήκες. μεθυλεστέρες οι οποίοι ανιχνεύονται με αέρια χρωματογραφία. μ . • Οι αναλύσεις FAME απαιτούν αυστηρή προτυποποίηση. διακλαδισμένων μ αλυσίδων. • ∆εδομένου ότι η σύνθεση των λιπαρών οξέων στους προκαρυώτες μπορεί να ποικίλλει σημαντικά (διαφορές στο μήκος της αλυσίδας και την παρουσία ή απουσία ακόρεστων ρ ομάδων.Ανάλυση λιπαρών οξέων: FAME • Mια άλλη μέθοδος ταυτοποίησης βακτηρίων στηρίζεται στον χαρακτηρισμό των τύπων και των αναλογιών λιπαρών οξέων στα λιπίδια των κυτταρικών μεμβρανών. το υγρό καλλιέργειας. το συνολικό πρότυπο λιπαρών οξέων έχει διαγνωστική χρησιμότητα. • Το χρωματογράφημα που λαμβάνεται συγκρίνεται με βάση δεδομένων.. υδροξυλομάδων. τη φάση ανάπτυξης (εκθετική ή στάσιμη). αφού η σύνθεση των λιπαρών οξέων ενός οργανισμού ποικίλλει με τη θερμοκρασία. • Στην πράξη. κλπ).

Ανάλυση FAME για την ταυτοποίηση βακτηρίων.108. 75 .Σχ.

τόσο σε γενετική όσο και σε φαινοτυπική βάση χρησιμοποείται σήμερα ένας συνδυασμός μεθόδων (πολυφασική βάση. ς • Η παραπάνω πρόταση στηρίζεται από την παρατήρηση ότι DNA από 2 βακτήρια των οποίων οι αλληλουχίες των rRNA 16S είναι όμοιες σε ποσοστό <97%. είδος θερωρείται ένας πληθυσμός από άτομα που μπορούν να διασταυρωθούν υπό φυσιολογικές συνθήκες και να παράγουν γόνιμους απογόνους. κατά κανόνα υβριδοποιούνται σε ποσοστό <70% (ελάχιστη τιμή ένδειξης ότι οι 2 μικροοργανισμοί ανήκουν στο ίδιο είδος). η έννοια «παράγουν γόνιμους απογόνους» δεν έχει νόημα. • Η πολυφασική ταξινομία περιλαμβάνει κυρίως ανάλυση αλληλουχιών rRNA SSU (small subunit) και γονιδιωματική υβριδοποίηση. ) ). 76 . • Ο πληθυσμός αυτός πρέπει να είναι απομονωμένος ως προς την δυνατότητα αναπαραγωγής από άλλους πληθυσμούς. (πολυφασική ταξινομία) ταξινομία ταξινομία). αφυλετικά • Για τη διάκριση των βακτηριακών ειδών. • Καθώς οι προκαρυώτες είναι απλοειδείς οργανισμοί που αναπαράγονται αφυλετικά. • Ισχύει ότι ένας προκαρυώτης του οποίου η αλληλουχία rRNA 16S διαφέρει τουλάχιστον κατά 3% από εκείνη άλλων μικροοργανισμών θα πρέπει να θεωρείται ωςς νέο είδος.Η έννοια των ειδών • Στον κόσμο των φυτών και των ζώων..

• Κατά συνέπεια. ταξινομία • Για ταξινόμηση σε ανώτερο όμως επίπεδο. διάφορα νέα είδη δεν θα γίνονταν αντιληπτά αν στηριζόμασταν αποκλειστικά στην αλληλουχία rRNA SSU. • Eπομένως. πομένως σε επίπεδο ειδών είναι συχνά απαραίτητη η πολυφασική ταξινομία. 77 .• Ωστόσο. κάποιοι μικροοργανισμοί με παραπλήσιες αλληλουχίες rRNA έχουν γονιδιώματα αρκετά διαφορετικά μεταξύ τους. ο προσδιορισμός της αλληλουχίας rRNA είναι συνήθως αρκετός. Συσχετισμός μεταξύ ομοιότητας αλληλουχιών rRNA 16S και υβριδοποίησης γονιδιωματικού DNA σε διάφορα ζεύγη οργανισμών.109. Σχ.

• Ένα είδος συνήθως ορίζεται από χαρακτηριστικά αρκετών στελεχών. Β Βακτηριακή ή ειδογένεση δ έ • Ως οικότυπος ονομάζεται ο πληθυσμός κυττάρων που προέρχεται από ένα και μόνο κύτταρο. φύλο. Gram ((--) θειοβακτήρια. τάξη. π. 78 . • Με βάση τα μοριακά κριτήρια.. • Κατά την ταυτοποίηση ενός άγνωστου οργανισμού.χ. «χώρος». όλα τα είδη του γένους Allochromatium πρέπει να είναι ραβδόμορφα. πορφυρά.. • Με άλλα λόγια. διαφορές >5 >5--7% στην αλληλουχία rRNA 16S υποδεικνύουν δ ύ ένα έ νέο έ γένος. έ • Ομάδες από γένη ομαδοποιούνται σε οικογένειες οικογένειες. μ ρ ο οποίοςς καταλαμβάνει μβ έναν συγκεκριμένο γ ρμ οικολογικό γ θώκο. κλπ.. οικογένεια. ομάδες οικογενειών σε τάξεις τάξεις. • Ομάδες ειδών ομαδοποιούνται σε γένη γένη. είναι απαραίτητο ο οργανισμός να ικανοποιεί όλα τα ταξινομικά κριτήρια των διάφορων επιπέδων. γένος. • Έτσι έχουμε: είδος. ομοιοταξία. όσο «κατεβαίνουμε» από τον «χώρο» στο είδος. τα κριτήρια γίνονται λιγότερο γενικά και περισσότερο εξειδικευμένα.

• Στο εσωτερικό ρ ενόςς οικότυπου.. • Η βακτηριακή ειδογένεση επηρεάζεται και από την οριζόντια γονιδιακή ροή (μεταφορά γονιδίων μεταξύ ειδών με σύζευξη. έτσι ώστε να αναγνωρίζεται τώρα ως νέο είδος είδος. οι μικροοργανισμοί έχουν επίθετα είδους και γένους. B. Ονοματολογία και το εγχειρίδιο του Bergey • Aκολουθώντας το διωνυμικό σύστημα. • Με τον τρόπο αυτό. κλπ) περιγράφοντας κάποια ιδιότητά τους. β θ ό καθώς θώ τα γονίδια ίδ που αποκτώνται ώ με οριζόντια μεταφορά είναι συνήθως αριθμητικά λίγα και προσφέρουν μόνο ένα παροδικό πλεονέκτημα. αρκετά διαφορετικό γενετικά από τον αρχικό.. cereus. είναι δυνατόν να εμφανιστεί μφ μια μ προσαρμοστική ρ ρμ ή μετάλλαξη που θα οδηγήσει σε περιοδική επιλογή. μεταγωγή και μετασχηματισμό). subtilis. σύστημα. με συνέπεια ο παλαιός οικότυπος να εξαλείφεται από τον νέο. αυτό οι πληθυσμοί των κυττάρων απομακρύνονται ο ένας από τον άλλον και επαναλαμβανόμενοι κύκλοι μεταλλάξεων και φυσικής επιλογής οδηγούν τελικά σε έναν νέο οικότυπο. γένους • Τα ονόματα είναι συνήθως λατινικά ή εκλατινισμένα ελληνικά (Bacillus subtilis. cereus 79 . μάλλον άλλ όχι ό όμως ό σε σημαντικό ό βαθμό.

80 . Πιθανός μηχανισμός βακτηριακής ειδογένεσης.Σχ.110.

τότε ένα αντίγραφο του δημοσιευμένου άρθρου πρέπει να υποβληθεί σε αυτό το περιοδικό και η ονομασία να επικυρωθεί πριν γίνει δεκτή ως νέα μικροβιολογική ταξινομική μονάδα. το ο Εγχειρίδιο γχε ρ δ ο Συστηματικής υσ ημα ής Βακτηριολογίας α ηρ ο ογ ας του ου Bergey e gey α αποτελεί οε ε αναφορά πρώτης επιλογής. • Αν και καμία πηγή δεν αναγνωρίζεται ως επίσημη στο πεδίο της μικροβιακής ταξινομίας. καθώς και η προτεινόμενη ονομασία του. • Οι συλλογές διατηρούνται υπό κατάψυξη ((--80 έως -196oC) ή σε λυοφιλιωμένη μορφή. αξ ομ ας.• Όταν ένας μικροοργανισμός απομονώνεται και θεωρείται ως μοναδικός. • Για να αποκτήσει επίσημη ταξινομική υπόσταση το νέο γένος ή είδος είδος. δημοσιεύεται μια λεπτομερής περιγραφή του απομονωμένου μικροοργανισμού. μορφή • Αν η περιγραφή ενός μικροοργανισμού δημοσιευθεί σε άλλο περιοδικό εκτός από το International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM IJSEM)) της επίσημης έκδοσης του αρχείου για την ταξινομία και την κατάταξη των προκαρυωτών και ζυμομυκήτων. ώστε να περιγραφεί ως νέος ή ίσως ακόμη και ως νέο γένος (οπότε αυτόματα γενάται και νέο είδος). ενώ μια βιώσιμη καλλιέργειά του κατατίθεται σε δύο συλλογές συ ογές καλλιεργειών α εργε ώ [ΑΤ ΑΤCC CC ((American e ca Type ype Cu Culture tu e Co Collection) ect o ) ή DSMZ S (Deutsche Sammlung von Mikroorgansismen und Zellkuturen)]. 81 . πρέπει να ληφθεί μια απόφαση για το αν είναι αρκούντως διαφορετικός από άλλα είδη.

το Εγχειρίδιο Συστηματικής Βακτηριολογίας του Bergey και το The Prokaryotes προσφέρουν θεμελιώδεις πληροφορίες της μικροβιακής φυλογενετικής και ταξινομίας. • Συλλογικά.111.. 82 .• Το Εγχειρίδιο Συστηματικής Βακτηριολογίας του Bergey είναι ένας κατάλογος πρότυπων και μοριακών πληροφοριών για όλα τα αναγνωρισμένα είδη προκαρυωτών ώ κατά ά τον χρόνο ό δημοσιευσής δ ή του. ταξινομίας Σχ. y . Η δεύτερη έκδοση του Εγχειριδίου Συστηματικής Βακτηριολογίας του Bergey Bergey. • Ένα δεύτερο έργο αναφοράς είναι μια πολύτομη εργασία με το όνομα The Prokaryotes Prokaryotes.