Ashlee’s  guide  to  Reverse  Transcription  in  just  3  crazy  Steps!

1)  Make  “-­‐  Strong  Stop  DNA”  
Description:  First,  the  3’  OH  of  the  tRNA  bound  to  the  viral  RNA  genome  is  the  primer  
for  synthesis  to  make  “-­‐  strong  stop  DNA”.  RNaseH  then  degrades  the  RNA:DNA  duplex  
leaving  a  -­‐  single  stranded  DNA  over-­‐hang.    
Primer:  3’  OH  of  cellular  tRNA  bound  to  viral  genome  (brought  with  virus)    
Product:  -­‐  sense  short  DNA  called  “  –  strong  stop  DNA  


2)  Full  –  Strand  DNA  is  Made    
Description:  Next,  the  3’  OH  of  the    “-­‐  strong  stop  DNA”  is  the  primer  for  further  
synthesis  after  its  “R”  segment  anneals  to  the  complimentary  r  segment  on  the  other  
side  via  circularization;  making  a  continuous  template  for  –  strand  DNA  synthesis.  
RNaseH  degrades  the  RNA:DNA  duplex  that  forms  as  this  is  occurring  EXCEPT  for  a  
special  sequence  called  the  polypurine  tract  (ppt)  (presumably  the  series  of  so  many  
purines  in  a  row  are  chemically  incompatible  with  the  RNaseH  active  site  so  
degradation  does  not  occur)    
Primer:  3’  OH  “R”  sequence  of  (–)  strong  stop  DNA  
Product:  the  full  ss  –  DNA      

 After  the  tRNA  is  removed.  circularization  is  maintained  via  the   complimentary  PBS  sequences  on  the  –  strand  DNA.ppt(=(polypurine(tract     3)  +  DNA  strand  synthesis       Description:  The  3’  OH  of  the  poly  purine  tract  (  that  was  not  degraded  by  RnaseH)  is   the  primer  for  synthesis  of  the  +  strand  DNA  in  the  opposite  direction  of  –  strand  DNA   synthesis.  allowing  +  DNA  strand  synthesis   to  continue  all  the  way  around  the  genome       Primer:  3’  OH  of  the  poly-­‐purine  tract     Product:  +  DNA  strand  /  ds  DNA  (since  the  –  strand  DNA  has  already  been  made)             .

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful

Master Your Semester with Scribd & The New York Times

Special offer: Get 4 months of Scribd and The New York Times for just $1.87 per week!

Master Your Semester with a Special Offer from Scribd & The New York Times