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/$ )011 2 3#$4& 56#/77& 8/ 9/$/%:$#;&7/6& <

Cognome: ________________________
Nome: ________________________
Natiicola: ________________________
Coiso ui Lauiea: ________________________

Risponueie in mouo sintetico eu esaustivo alle seguenti uomanue:

1) Besciiveie 4 banche uati pioteiche au esclusione ui NCBI
Piotein.

2) Si uiscutano i piincipi e le applicazione uelle matiici PAN
pei allineamenti ui sequenze.

S) Spiegaie l'algoiitmo ui ClustalW e il benchmaiking negli
allineamenti multipli.

4) Quali sono le fasi che in un espeiimento con micioaiiay
pieceuono l'analisi uei uati.

S) Il mouello gamma si basa sulla seguente funzione:




Besciiveie il contesto ui applicazione uel mouello e il
iuolo uel paiametio alfa.


!"#$%&' )* +,-./$ )011 2 3#$4& 8/ .&=$#&7$#/$ 8/
9/$/%:$#;&7/6& <

Cognome: ________________________
Nome: ________________________
Natiicola: ________________________
Coiso ui Lauiea: ________________________


6) viene iichiesto ui inuiviuuaie i lavoii che hanno tia i loio autoii un
iiceicatoie ui cognome uoou oppuie uno con il cognome Cowan e che
tiattano specificamente ui cellule tumoiali in coltuia.
Pei ciascun punto iipoitaie anche la stiinga ui iiceica utilizzata.
a) Qual'e numeio ui iisultati.
b) Quante ieview ha sciitto uoou sullo stesso aigomento senza
collaboiaie con Cowan. In che anno.
c) Quanti aiticoli tia quelli elencati al punto a, sono stati pubblicati sulle
iiviste uene o 0ncogene. In che inteivallo ui tempo.


7) Nel sito 0nipiot, iiceicaie tutte le pioteine ui Aiabiuopsis thaliana che
hanno nel loio nome lhcb (iipoitaie la queiy). Bopo avei scaiicato le
sequenze in foimato oppoituno utilizzaie clustalw pei allineaile. 0saie
uno uei link seguenti, con paiametii ui uefault, inuicanuo quale si e scelto:
http:www.peub.oigsciiptsclustalw.php
http:www.ebi.ac.ukToolsmsaclustalw2
http:mis.cmbi.iu.nlmis-webclustal.uo
In quali sequenze si allinea la sequenza "PS". (Ripoitaie i couici
0nipiot e la posizione appiossimativa)

8) Scaiicaie il foglio ui calcolo al seguente inuiiizzo:
http:piofs.sci.univi.it~zoizanfoglio.ous

a. Sommaie i valoii uelle 9 pioteine in ciascun espeiimento e iipoitaie
le 9 somme e il pioceuimento seguito.
b. La uiffeienza tia i 9 valoii uell'espeiimento 11 e i 9 uell'espeiimento
12 e statisticamente significativa (soglia u.uS).
Calcolaie e commentaie il p-value. Pei la foimula (che va
iipoitata) usaie i paiametii mouo = 2 e tipo =2.