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Din´
amica Molecular

La Din´amica Molecular (DM) es una t´ecnica computacional ampliamente empleada
para la simulaci´on de sistemas complejos, modelada a nivel at´omico o al nivel de alg´
un
conglomerado de part´ıculas gruesas (Coarse-grained ) [7]. Las ecuaciones de movimiento
(Ecuaciones de Newton) son resueltas num´ericamente para seguir la evoluci´on a trav´es
del tiempo de un sistema cl´asico de muchos cuerpos, permitiendo la obtenci´on de propiedades cin´eticas y termodin´amicas de inter´es y donde el t´ermino cl´asico significa que
se considera que el movimiento de los n´
ucleos at´omicos sigue las leyes de Newton de la
Mec´anica Cl´asica (MC)[2][7][4]. En efecto, se trata de una buena aproximaci´on para un
amplio rango de materiales. Unicamente si se considerara el movimiento traslacional o
rotacional de ´atomos o moleculas ligeras (He, H2 ), o si se tuviera en cuenta movimientos vibracionales con una frecuencia ν, tal que hν > kB T ,la aproximaci´on cl´asica no es
v´alida y deben tenerse en cuenta los efectos cu´anticos y ha de emplearse la Mec´anica
Cu´antica(MQ).[4]
Las simulaciones de DM representan un enfoque computacional a la Mec´anica Estad´ıstica (ME), y podr´ıan ser vistas como contrapartes a los experimentos que permiten estimar propiedades din´amicas, de equilibrio y de transporte de sistemas complejos que
no pueden ser obtenidas por otras v´ıas (por ejemplo, no resulta pr´actico obtenerlas
a trav´es de m´etodos de primeros principios). Debido a que en ella confluyen tanto
teor´ıa como experimentaci´on, la DM ocupa un lugar relevante en el sitio donde se intersectan ciencias como la f´ısica, la qu´ımica, las matem´aticas, la biologia, la ciencia de
materiales y la inform´atica [9] [1]. Macromol´eculas de importancia bio´l´ogica como el
ADN, prote´ınas y carbohidratos son estudiadas rutinariamente utilizando simulaciones
de din´amica molecular [7].

1.1.

Ecuaciones de movimiento y cantidades conservadas

Existen varias formas de obtener las ecuaciones de movimiento para un sistema de
part´ıculas. Es posible hacer uso de cualquiera de las formulaciones de la MC (Newto1

Se considera que cada a´tomo es una part´ıcula y se define su posici´on mediante un vector que va del origen de un sistema de referencia inercial previamente determinado al n´ ucleo del a´tomo en cuesti´on.) con el fin de obtener la mejor expresi´on para dichas ecuaciones [5] [3].3) es una forma moderna que condensa pr´acticamente las tres leyes de Newton.2) Una fuerza puede definirse como una interacci´on que puede cambiar el estado de movimiento de un cuerpo o deformarlo.1. entonces el cambio en su cantidad de movimiento es cero. Hamiltoniana.1) r˙ k ≡ dt y la cantidad de movimiento lineal (momento lineal ) esta determinado por el vector: pk ≡ mk r˙ k = mk drk dt (1.5) donde ¨ r es el vector aceleraci´on. Se denota por rk al vector posici´on (tambi´en llamado radio vector ) de la part´ıcula etiquetada con la letra k.2) en (1. 1.4) (1. Se sabe que existen marcos de referencia en los cuales el movimiento de la part´ıcula esta determinado por la siguiente ecuaci´on diferencial: dpk = p˙ k (1.). etc.3) dt La expresi´on (1.3) que: Fk = mk d2 rk d˙rk = mk 2 dt dt Fk = mk¨ rk (1. Din´ amica de una part´ıcula [5] En primer lugar.velocidad. El vector velocidad de la part´ıcula k se define como la derivada del vector posici´on respecto al tiempo: drk (1. si sobre un cuerpo no act´ ua fuerza total externa alguna. es decir. si no se tienen en cuenta efectos relativistas y asumiendo que la masa de la part´ıcula no cambia con el tiempo. En primer lugar. DINAMICA MOLECULAR 2 niana.´ CAP´ITULO 1. carga. se considerar´a a los ´atomos (y en algunos casos a conglomerados de part´ıculas gruesas) como part´ıculas puntuales. definido como la derivada del vector velocidad con respecto al tiempo. etc. En otras palabras se tiene el enunciado de la segunda ley de Newton: . se deduce reemplazando (1. Se denota como Fk a la fuerza total externa que act´ ua sobre la part´ıcula k. puntos en el espacio que carecen de dimensiones pero que contienen todas las propiedades din´amicas (masa.1. De ah´ı se desprende el enunciado de la primera ley de Newton: Fk = Un cuerpo contin´ ua con su estado de movimiento en l´ınea recta con velocidad constante si ninguna fuerza neta act´ ua sobre ´el En segundo lugar. Lagrangiana.

8) Derivando el momento angular con respecto del tiempo se obtiene lo siguiente: d d dL = (r × p) = (r × m˙r) L˙ = dt dt dt dr d = × m˙r + r × (m˙r) dt dt = m(˙r × r˙ ) + r × m¨ r = r×F donde se ha usado la propiedad del producto vectorial r˙ × r˙ ≡ 0.3) podemos deducir el primer teorema de conservaci´on: Teorema 1. Lo anterior lleva evidentemente a la expresi´on: la torca sobre una part´ıcula alrededor del punto O es igual a la tasa de cambio del momento angular : N= dL = L˙ dt (1. Se considera ahora el movimiento de rotaci´on alrededor de un punto O.1.9) La ecuaci´on (1. entonces es cierto que: Ftotal = f12 + f21 = 0 (1. Si la fuerza total que act´ ua sobre una part´ıcula es cero. Para ello es necesario definir dos nuevas cantidades.1.1. entonces p˙ = 0 y el momento lineal es una cantidad conservada. En primer lugar el vector torca (llamado tambi´en momento de fuerza) alrededor del punto O est´a determinado por la siguiente expresi´on: N≡r×F (1.1 (Conservaci´on del momento lineal).9) es el an´alogo de la ecuaci´on (1.3). De la ecuaci´on (1.6) y por lo tanto f12 = −f21 y se tiene el enunciado de la tercera ley de Newton: Para cada fuerza que ejerce el cuerpo 1 sobre el cuerpo 2 (acci´on) existe una fuerza que ejerce el cuerpo 2 sobre el cuerpo 1 (reacci´on) de igual magnitud pero en sentido opuesto Finalmente de la ecuaci´on (1. ECUACIONES DE MOVIMIENTO Y CANTIDADES CONSERVADAS 3 La fuerza neta que act´ ua sobre un cuerpo es igual a la tasa de cambio de su cantidad de movimiento. Dicha fuerza es igual a la masa del cuerpo muntiplicada por la aceleraci´on que experimenta Si se considera un sistema aislado sobre el cual no act´ ua una fuerza externa total (Ftotal = 0) compuesto por dos part´ıculas que interact´ uan entre s´ı y se denota por f12 (f21 ) la fuerza que ejerce la part´ıcula 2(1) sobre la part´ıcula 1(2).7) En segundo lugar se define el momento angular de la part´ıcula alrededor del punto O como: L≡r×p (1.9) se tiene como consecuencia inmediata un segundo teorema de conservaci´on: .Debe notarse que N y L dependen de la elecci´on del punto O.

De ´este modo se puede enunciar un nuevo teorema: Teorema 1. entonces: dt ˆ 2 ˆ 2 d˙r · r˙ dt F·dr =m 1 1 dt ˆ 2 ˆ 2 1 r˙ · d˙r = m = m (˙r · d˙r + d˙r · r˙ ) 1 2 1 ˆ 2 ˆ 2 1 1 d(r˙ 2 ) = m d (˙r · r˙ ) = m 2 1 2 1  1 = m r˙22 − r˙12 2 W12 = W12 la cantidad escalar 12 mr˙ 2 se denomina Energ´ıa Cin´etica de la part´ıcula y se denota con la letra T . Si la torca total alrededor de un punto O es igual a cero. En ´este caso si la particula retorna a su posici´on inicial.10) 1 r considerando la masa constante y sabiendo que dr = r˙ dt y que F = m d˙ . esto es. DINAMICA MOLECULAR 4 Teorema 1. como: ˆ W12 ≡ 2 F·dr (1. El trabajo realizado por una fuerza sobre una part´ıcula es igual al cambio en su energ´ıa cin´etica W12 = T2 − T1 (1. es decir. Lo anterio se puede escribir de la siguiente forma y es v´alido para todo sistema conservativo: ˛ F·dr = 0 (1.1. Un ejemplo es la fuerza de fricci´on que disipa la energ´ıa en forma de calor.11) Si la fuerza es tal que el trabajo realizado no depende de la trayectoria seguida por la part´ıcula. . en ese caso la cantidad F·dr es siempre positiva y en una trayectoria cerrada la integral no se desvanece. A continuaci´on se define una cantidad escalar llamada Trabajo realizado por una fuerza entre los puntos 1 y 2.2 (Conservaci´on del momento angular). su trayectoria describe una curva cerrada. denotada por W12 . entonces L˙ = 0 y el momento angular alrededor del punto O es una cantidad conservada. el trabajo realizado entre dos puntos es el mismo para cualquier trayectoria f´ısica posible. se dice que la fuerza (y el sistema) es conservativa.1.12) Cuando una fuerza no es conservativa se dice que es disipativa. entonces el trabajo neto realizado por la fuerza sobre la part´ıcula es nulo.3 (Teorema del trabajo y la energ´ıa cin´etica).´ CAP´ITULO 1.

16) Integrando la expresion (1.13) se cumpla es que el rotacional ∇ × F sea nulo.13) C S por lo tanto una condici´on suficiente para que (1.14) con dr se tiene lo siguiente: F · dr = − (∇V ) · dr     ∂V ˆ ∂V ˆ ∂V ˆ ˆ i+ j+ k · dxˆi + dyˆj + dz k = − ∂x ∂y ∂z   ∂V ∂V ∂V dx + dy + dz = − ∂x ∂y ∂z F · dr = −dV (1. Es importante notar que en la ecuaci´on (1. Es as´ı que se deduce un tercer teorema de conservaci´on: .15) La funci´on V se denomina Energ´ıa Potencial (o simplemente Potencial ) y depende dee la posici´on de la part´ıcula.14) se puede adicionar a V cualquier valor constante en el espacio (que no dependa de la posici´on) sin que se afecte el resultado final. Aplicando el teorema de Stokes [8] se tiene que: ˛ ¨ F·dr = (∇ × F) · dS = 0 (1. E = T + V .1.12) es una integral de l´ınea. Haciendo el producto escalar de ambos lados de la ecuaci´on (1.1. La ecuaci´on (1.17) significa que la energ´ıa total de la particula en 1 es igual a la energia total de la part´ıcula en 2.14) donde ∇ es el operador gradiente definido por: ∇≡ ∂ˆ ∂ˆ ∂ ˆ i+ j+ k ∂x ∂y ∂z (1.16) entre los estados 1 y 2: ˆ 2 ˆ 2 F · dr = − dV 1 1 W12 = −(V2 − V1 ) T2 − T1 = V1 − V2 T2 + V2 = T1 + V1 (1.17) A la cantidad E se le llama Energ´ıa total de la part´ıcula y es la suma de la energ´ıa cin´etica y la energ´ıa potencial. y la funci´on vectorial F pueda escribirse como el gradiente de alguna funci´on escalar V (r) de la siguiente forma: F = −∇V (r) (1. ECUACIONES DE MOVIMIENTO Y CANTIDADES CONSERVADAS 5 La ecuaci´on (1. ya que la fuerza que act´ ua sobre ella es conservativa. Esto pone de manifiesto que el cero de la ener´ıa potencial es arbitrario y solo tiene sentido hablar de cambios en la energ´ıa potencial y no de valores absolutos de V .

E. La energ´ıa total. DINAMICA MOLECULAR Teorema 1. · · · . q3N −λ }. que se realiza en un intervalo de tiempo infinitesimal dt durante el cual las fuerzas y las constricciones pueden cambiar. N . t) donde k = 1. · · · . · · · . drk . se dice que hay constricciones que limitan el movimiento. Otra clasificaci´on toma en cuenta la dependencia temporal expl´ıcita de la constricci´on. q3N −λ . · · · . Fk = 0 y el trabajo virtual por PN ende tambi´en desvanece. rN } son expresadas por ecuaciones de la forma rk = rk (q1 .1. Este desplazamiento es realizado a un tiempo fijo. en t´erminos de las cuales las antiguas coordenadas {r1 . r2 . Fk y la fuerza debida a la constricci´on Fk : (a) (const) Fk = Fk + Fk (1. es un cambio arbitrario e infinitesimal en las coordenadas que es compatible con las constricciones y las fuerzas aplicadas y que ocurre en un instante de tiempo t. Si la constricci´on depende expl´ıcitamente del tiempo se dice que es re´ onoma y si no hay dependencia temporal expl´ıcita entonces es escleron´ oma.18) Din´ amica de un sistema de pat´ıculas [2] [5] Cuando un conjunto de part´ıculas puntuales no puede moverse con absoluta libertad y de forma independiente debido a que est´a sujeto a ciertas condiciones geom´etricas. De igual forma para el sistema de N part´ıculas ıcula puede verse como la suma de la fuerza k=1 Fk · δrk = 0. q2 .4 (Conservaci´on de la energ´ıa). (1. q2 . Un desplazamiento virtual. Cualquier conjunto de coordenadas independientes que tenga en cuenta las constricciones se denomina conjunto de coordenadas generalizadas. la fuerza neta que act´ ua sobre una part´ıcula debe ser nula. entonces resulta evidente que: .2. Las constricciones pueden clasificarse de muchas maneras. se puede reemplazar el conjunto de coordenadas independientes por un conjunto de (3N − λ) coordenadas generalizadas.Fk ·δrk = 0 . E1 = E2 1. t) = 0. 2. La fuerza sobre una part´ (a) (const) aplicada sobre la part´ıcula. Se dice que una constricci´on es hol´ onoma si se puede describir por un conjunto de ecuaciones independientes de la forma: f (r1 . denotado por {q1 .19) si solamente se trata con constricciones cuyas fuerzas no producen trabajos virtuales (const) Fk · δrk = 0. rN . · · · . Un trabajo virtual ser´a entonces definido por δW ≡ F·δr. siendo una de las mas generales dividirlas en dos clases. la constricci´on es no hol´ onoma. r2 . Un sistema de N part´ıculas libre de constricciones tiene un total de 3N coordenadas independientes (grados de libertad ). Para un sistema en equilibrio. y por ello se diferencia del desplazamiento real. Si existen constricciones hol´onomas expresadas en λ ecuaciones independientes. entonces.1.6 ´ CAP´ITULO 1. de una part´ıcula bajo la acci´on de una fuerza conservativa no cambia con el paso del tiempo y por lo tanto es una cantidad conservada. denotado por δrk . De lo contrario.

o mas generalmente curvas extremales. ˙ q. Este principio es importante. ˙ q) ≡ T (q) ˙ − V (q) (1.20) se conoce como principio del trabajo virtual. t0 ) y (q.19): N X (Fk − p˙ k ) · δrk = 0 k=1 N  X (a) Fk  − p˙ k · δrk + k=1 N X (const) Fk · δrk = 0 k=1 N   X (a) Fk − p˙ k · δrk = 0 (1. de acuerdo con la ecuaci´on (1. de funcionales continuos definidos en un espacio de funciones.23) .1. L de un sistema como la diferencia entre la energ´ıa cin´etica y potencial. t)dt (1. La formulaci´on Lagrangiana de la MC puede derivarse directamente del principio de D’Alembert o mediante el uso de principios del llamado c´alculo de variaciones. Para realizar una formulaci´on anal´ıtica de la din´amica de un sistema de part´ıculas se define la funci´on Lagrangiana (o simplemente la lagrangiana). ECUACIONES DE MOVIMIENTO Y CANTIDADES CONSERVADAS N X (a) Fk · δrk = 0 7 (1. Se define la acc´ıon sobre un sistema como el funcional: ˆ t S[q] = L(q. t) es la funci´on lagrangiana que se define posteriormente. Aplicando la ecuaci´on (1.1. t) es tal que la acc´ıon S[q] es m´ınima. Se tiene entonces que la lagrangiana es una funci´on de las velocidades y las posiciones (en coordenadas generaliadas). ya que haciendo una transformaci´on adecuada al sistema de coordenadas generalizadas teniendo en cuenta las constricciones hol´onomas puede deducirse un resultado muy u ´til para encontrar las ecuaciones de movimiento del sistema.22) t0 donde L(q. que se ocupa de obtener m´aximos o m´ınimos.3) se tiene que: Fk − p˙ k = 0.21) k=1 La ecuaci´on (1. Como se puede ver de las definiciones respectivas de la energ´ıa cin´etica y potencial. Si se considera ahora un sistema que no est´a en equilibrio. la energ´ıa cin´etica es funci´on de las velocidades.21) se conoce como principio de D’Alembert. ˙ q.20) k=1 La expresi´on (1. El fundamento del c´alculo de variaciones subyace en el denominado principio de m´ınima acci´on de Hamilton que establece que la trayectoria real q(t) de un sistema mec´anico entre los puntos (q0 . L(q. en tanto que la energia potencial es funci´on de la posici´on (coordenada generalizada).

pk . que se conserva (p˙k = 0). Una consecuenia de las ecuaciones de Hamilton. tres cambios que correspondan a traslaciones del centro de masas y tres cambios que corresponden a rotaciones alrededor del centro de masas. en coordenadas cartesianas es: Fk = ∇rk L = −∇rk V (1. Las siguientes se conocen como ecuaciones de Hamilton del movimiento: q˙k = p˙k = ∂H dqk = dt ∂pk (1. (1.14).27) k=1 donde se asume que se puede escribir q˙k como una funci´on de p. q) = N X q˙k pk − L(q. En el caso de que potencial V no dependa de las velocidades ni del tiempo. El requerimiento es que L. y por consiguiente H de ser el caso. conjugado a la variable qk se define como: pk = ∂L ∂ q˙k (1. llamada funci´on Hamiltoniana (o simplemente la hamiltoniana) como la tranformada de Legendre de la lagrangiana de la siguiente forma: H(p. Una consecuencia inmediata de la definici´on de la lagrangiana. ˙ q) (1.29) En coordenadas cartesianas las ecuaciones de Hamilton toman la forma de las ecuaciones (1.´ CAP´ITULO 1. es que en determinadas circunstancias puede existir un cierto momento generalizado. sean independientes de la correspondiente coordenada generalizada qk .3) y (1.24) dt ∂ q˙k ∂qk donde q k y q˙k corresponden a la coordenada generalizada y su derivada respecto al tiempo para la part´ıcula k. la hamiltoniana se hace autom´aticamente igual a la energ´ıa total del sistema. Entonces para cualquier conjunto de part´ıculas. pk . es posible escoger seis coordenadas generalizadas. del sistema como un todo (cambios .2).26) Se define otra funci´on. La hamiltoniana es una integral de movimiento que depende de las coordenadas y los momentos generalizados.28) dpk ∂H =− dt ∂qk (1.25) El moemento generalizado. DINAMICA MOLECULAR 8 A partir de la lagrangiana de un sistema se pueden obtener las ecuaciones de movimiento para el sistema. mediante la ecuaci´ on de Euler-Lagrange:   d ∂L ∂L − =0 (1. y a partir de ella se pueden obtener las ecuaciones de movimiento en lo que se conoce como el formalismo Hamiltoniano de la MC.

2. L y H son independientes de esas seis coordenadas generalizadas. siendo un criterio aceptado que la duraci´on del intervalo δ debe ser . La idea central es que la integraci´on se divide en peque˜ nos estados separados en el tiempo por un intervalo fijo δt. que ademas se asume son par aditivos (pairwise aditive).31) k=1 En este caso se ha tomado el origen en el centro de masas del sistema. conocida la configuraci´on del sistema en el tiempo t. entonces la correspondiente componenete del momento angular es una cantidad conservada. El m´etodo es usado para generar trayectorias en una din´amica molecular a partir de modelos continuos de potencial. Si H es invariante frente a una rotaci´on alrededor de un determinado eje. un conjunto de 3N ecuaciones diferenciales acopladas que se derivan de la segunda ley del movimiento: d2 rk (t) (1.´ 1.2. Por ejemplo si la hamiltoniana H es inavriante frente a traslaciones en una direcci´on particular. Un criterio m´as general para la existencia de teoremas de conservaci´on es derivado de considerar las simetr´ıas del sistema. Algoritmos de Integraci´ on En la secci´on anterior se revisaron algunos conceptos basicos sobre MC con el fin de obtener las ecuaciones de movimiento para un sistema de part´ıculas. El correspondiente momento conjugado en coordenadas cartesianas es igual al momento lineal total del sistema: N X P= pk (1. ALGORITMOS DE INTEGRACION 9 en las restantes 3N-6 coordenadas involucran el movimiento de las part´ıculas las unas respecto de las otras).1. y el sistema no se encuentra bajo al acci´on de ninguna fuerza externa. se puede conocer en un tiempo t + δt. En las simulaciones de DM se obtiene la evoluci´on temporal de un sistema resolviendo las ecuaciones de Newton.30) k=1 y el momento angular total es: L= N X k=1 rk × pk = N X mk rk × r˙ k (1. M´ etodo de las diferencias finitas [2] [6] Un m´etodo estandar para resolver (integrar) num´ericamente ´este tipo de ecuaciones es el m´ etodo de las diferencias finitas.32) Fk = mk dt2 1.2. 1. lo cual es usual. entonces V . El momento lineal y angular totales son cantidades conservadas para un sistema completamente aislado de part´ıculas que interact´ uan entre s´ı. Si el potencial s´olo depende de la separaci´on entre las part´ıculas. De esta forma. entonces la componente del momento lineal en dicha direcci´on es una cantidad conservada.

34) Sumando las expresiones anteriores se tiene como resultado: r(t + δt) + r(t − δt) = 2r(t) + δt2¨ r(t) (1.35) r(t + δt) = 2r(t) − r(t − δt) + δt2¨ r(t) (1. Debe ser de una forma simple y f´acil de programar. r˙ (t + δt) = r˙ (t) + δt¨ r(t) + δt r (t) + · · · 2 . Debe reproducir la trayectoria cl´asica tan cerca como sea posible. ¨ r(t + δt) = ¨ r(t) + δt r (t) + · · · Para que un algoritmo de din´amica molecular se considere exitoso.36) La ecuaci´on (1.´ CAP´ITULO 1.36) es la que emplea el algoritmo de Verlet para avanzar en los pasos. velocidad. 2. Las velocidades no aparecen expl´ıcitamente en el algoritmo de Verlet. r(t + δt) = r(t) + δt˙r(t) + δt2¨ r(t) + δt3 r (t) + · · · 2 6 1 2 .. energ´ıa) y la reversibilidad en el tiempo. DINAMICA MOLECULAR 10 significativamente menor al tiempo que gasta una molecula en recorrer una distancia igual a su propia longitud. Deben ser r´apidos y requerir poca memoria.33) (1. 4. 5.. es deseable que se cumplan las siguientes condiciones: 1. De este modo: 1 r(t) + · · · r(t + δt) = r(t) + δt˙r(t) + δt2¨ 2 1 r(t − δt) = r(t) − δt˙r(t) + δt2¨ r(t) + · · · 2 (1. Algoritmo de Verlet Es quiz´a el algoritmo m´as ampliamente utilizado. r(t − δt) para calcular las nuevas posiciones a t + δt.. Debe satisfacer los teoremas de conservaci´on (momentos. 3. Las velocidades .. y las posiciones del paso anterior.. La estimaci´on de las propiedades din´amicas (posici´on. Este algoritmo utiliza las posiciones y velocidades al tiempo t. y otras) se pueden aproximar por expasiones en series de Taylor: 1 1 .. aceleraci´on. Deben permitir el uso de un intervalo δt largo. r(t + δt).

ALGORITMOS DE INTEGRACION 11 pueden ser calculadas en una amplia variedad de formas.38) .´ 1.37) (1. Pueden ser obtenidas por cualquera de las formulas: r˙ (t) = r(t + δt) − r(t − δt) 2δt 1 r(t + δt) − r(t) r˙ (t + δt) = 2 δt (1.2.

DINAMICA MOLECULAR .12 ´ CAP´ITULO 1.

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