Sintesis DNA dan RNA pada Prokariotik dan Eukariotik

Sabila Robbani, 1306415320, Kelompok Ribosa (HG6)

Abstrak :
Setiap sel makhluk hidup, sel prokariotik maupun sel eukariotik, memiliki kromosom yang
merupakan unit kecil sel yang tersusun atas protein dan DNA (Deoxyribonucleic acid ). DNA ini
berfungsi sebagai pembawa pesan genetik sehingga dapat mewariskan sifat induk kepada
keturunannya. DNA berbentuk untai ganda (double helix) panjang yang tersusun atas
polinukleotida atau asam nukleat. DNA dapat mereplikasi dirinya dan mentranskripsi RNA
(ribonucleic acid). RNA adalah bagian dari DNA yang berbentuk untai tunggal pendek dan
membawa kode genetik. Proses sintesis DNA maupun RNA dalam sel prokariot dan eukariot
memiliki persamaan dasar, yaitu melalui tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi. Namun, hal
yang membedakan adalah bentuk kromosom, enzim yang digunakan, dan terdapat proses
tambahan atau proses yang sedikit berbeda pada eukariotik.
Kata kunci : DNA, RNA, sintesis, prokariotik, eukariotik

1. Sintesis DNA pada prokariotik

Pada sel prokariotik, sintesis DNA berlangsung di sitoplasma dengan cara replikasi atau
penggandaan diri. Kromosom pada sel prokariotik berbentuk lingkaran yang hanya memiliki
origin (pangkal) tunggal yaitu satu bagian DNA yang mempunyai urutan nukleotida yang
spesifik. Replikasi DNA berlangsung di replication bubble atau replication eye. Di tempat
tersebut terdapat dua cabang replikasi yang saling berlawanan arah dan terdapat pangkal
replikasi sbg tempat mulainya replikasi.

Gbr 1. Titik mula replikasi pada sel prokariotik

Tahap-tahap replikasi DNA :

1. Inisiasi (Permulaan)
Replikasi molekul DNA dimulai pada tempat khusus yang disebut pangkal replikasi (origin of
replication). Protein yang memulai replikasi DNA mengenal sekuens ini dan melekat pada
DNA kemudian memisahkan kedua DNA dan membuka gelembung replikasi. Di gelembung
tersebut terdapat cabang disebut garpu replikasi (replication fork) yang berbentuk Y. Protein
yang memisahkan dua untai DNA induk dan menjadikannya sebagai untai cetakan adalah
enzim helicase. Setelah pemisahan, protein pengikatan beruntai-tunggal (single-strand
binding protein) berikatan dengan untai tunggal DNA dan menstabilkan untai tersebut.

Pemisahan dua untai DNA induk menyebabkan untai dan tegangan yang lebih ketat di
depan garpu replikasi, maka itu untuk mengurangi tegangan dibantu dengan topoisomerase.
Selanjutnya, enzim primase mensintesis rantai RNA yang disebut primer. Primase
mengawali rantai RNA dari satu nukleotida RNA tunggal, menambahkan nukleotidanukleotida RNA satu per satu, menggunakan untai DNA induk sebagai cetakan primer.
2. Elongasi (Pemanjangan)
Enzim DNA polimerase mengkatalisis sintesis DNA baru dengan cara menambahkan
nukleotida-nukleotida ke rantai primer yang telah ada sebelumnya. DNA polimerase yang
berperan utama adalah DNA pol I dan DNA pol III. Pada proses pemanjangan ini, terdapat
dua untai jenis untai baru yang terbentuk saat replikasi, yaitu untai lamban dan untai maju.
Perbedaan ini terjadi karena dalam suatu untai ganda DNA induk bersifat antiparalel,yang
berarti memiliki arah yang berlawanan.
a) Untai Maju (Leading strand)
Untai DNA baru yang disintesis dengan cara DNA polimerase III menempel pada garpu
replikasi di untai cetakan dan terus-menerus menambahkan nukleotida ke untai
komplementer baru ke arah 5 3 sehingga memperpanjang DNA baru. Untuk untai
maju hanya membutuhkan satu primer.
b) Untai Lamban (Lagging strand)
Untai lamban disintesis dengan cara DNA pol III menambahkan nukleotida ke primer
membentuk segmen-segmen pendek yang disebut fragmen Okazaki dengan arah 3 5.
Setiap fragmen Okazaki membutuhkan satu primer tersendiri. DNA pol I menggantikan
nukleotida RNA primer menjadi nukleotida DNA. Selanjutnya, enzim DNA ligase
menggabungkan semua fragmen Okazaki menjadi untai DNA .

Gbr2. Sintesis leading strand

Gbr 3. Sintesis lagging strand

3. Terminasi (Penghentian)
Terminasi replikasi akan terjadi jika kedua garpu replikasi bergerak ke arah yang berbeda
dan akan bertemu pada sisi terminasi sehingga akan menghasilkan sebuah lingkaran
kromosom DNA prokariot yang sama seperti DNA induk.

Gbr 4. Replikasi DNA

2. Sintesis RNA pada sel Prokariotik

Sintesis RNA disebut juga sebagai transkripsi RNA. Sintesis RNA sel Prokariotik terjadi di
dalam sitoplasma. Terdapat tiga tahapan, yaitu :
1) Inisiasi
RNA polimerase secara spesifik dapat mengenali dan berikatan dengan promoter.
Promoter merupakan titik mulai transkripsi dan dapat menentukan untai DNA induk mana
yang digunakan sebagai cetakan. RNA polimerase berfungsi untuk memisahkan heliks
ganda DNA induk dan menggabungkan nukleotida-nukleotida RNA saat membentuk
pasangan basa. Enzim ini mampu membuat rantai dari nol sehingga tidak perlu primer.
2) Elongasi
RNA polimerase bergerak disepanjang DNA untuk membuka untaian heliks ganda dan
menambahkan nukleotida RNA. Setelah untai sintesis RNA terbentuk, molekul RNA yang
baru akan melepaskan diri dari cetakan DNA-nya dan heliks ganda terbentuk kembali.
3) Terminasi
Transkripsi berlanjut pada suatu sekuens terminator (sekuens yang menandai akhir
transkripsi) pada DNA. Terminator yang ditranskripsikan berfungsi sebagai sinyal terminasi
sehingga menyebabkan polimerase melepaskan diri dari DNA dan melepaskan transkrip
yang bisa digunakan langsung sebagai mRNA.

Gbr 5. Proses Transkripsi

3. Sintesis DNA pada sel Eukariotik

Sintesis DNA sel eukariotik dilakukan dengan replikasi yang terjadi didalam nucleus atau
inti sel. Kromosom pada sel eukariotik berbentuk linear yang mana tiap kromosomnya
mempunyai ratusan atau ribuan pangkal replikasi. Gelembung-gelembung replikasi terbentuk
dan akhirnya menyatu sehingga mempercepat penyalinan molekul DNA yang sangat panjang.

Gbr 6. Titik mula replikasi sel eukariotik

Pada dasarnya, proses replikasi DNA pada sel eukariotik tidak jauh berbeda dengan replikasi
DNA sel prokariotik. Perbedaan terletak pada proses terminasi :

Pada saat replikasi, ada sebagian kecil DNA sel yang tidak dapat direplikasi oleh DN A
polimerase. Hal ini terjadi pada DNA kromosom eukariot karena berbentuk linear atau lurus
sehingga ujung-ujung molekul DNA semakin pendek dan tidak rata jika menggunakan
mekanisme replikasi biasa, sedangkan pemendekan DNA tidak terjadi pada sebagian besar
prokariotik karena DNAnya berbentuk melingkar sehingga tidak memiliki ujung. Untuk
mencegah hal tersebut, molekul DNA kromosom eukariot memiliki sekuens nukleotida khusus
yang disebut telomer dibagian ujung. Telomer ini tidak mengandung gen sehingga berfungsi
sebagai pelindung gen-gen organisme dan mencegah ujung tak rata dari molekul
anakan.Telomer tidak mencegah pemendekan molekul DNA akibat replikasi, namun hanya
menunda pengikisan gen di dekat ujung-ujung molekul DNA.Pada telomer ini terdapat enzim
bernama telomerase yang berfungsi untuk mengkatalisis pemanjangan telomer dalam sel-sel
nutfah eukariot sehingga mengembalikan panjang awal dan mengompensasi pemendekan
yang terjadi selama replikasi DNA.

Gbr 7. Pemendekan ujung DNA linear dan telomerase

4. Sintesis RNA pada sel Eukariotik

Untuk sel eukariotik, sintesis RNA terjadi di dalam
nukleus. Hal yang membedakan dengan sintesis
RNA pada sel prokariotik adalah terdapat tahapan
pre-mRNA.
1) inisiasi
Faktor transkripsi memediasi pengikatan RNA
polimerase dan inisiasi transkripsi. Setelah faktor
transkripsi tertentu melekat pada promoter, RNA
polimerase II dapat berikatan dengan promoter
sehingga dapat memisahkan heliks ganda DNA
dan mulai mentranskripsi. Faktor transkripsi dan
RNA polimerase II yang terikat pada promoter
yang terjadi dalam kotak TATA disebut kompleks
inisiasi transkripsi.

Gbr 8. Inisiasi transkripsi pada promoter eukariot

2) Elongasi
RNA polimerase bergerak disepanjang DNA untuk membuka untaian heliks ganda dan
menambahkan nukleotida RNA. Setelah untai sintesis RNA terbentuk, molekul RNA yang
baru akan melepaskan diri dari cetakan DNA-nya dan heliks ganda terbentuk kembali.
3) Terminasi
Pada eukariot, terminasi dilakukan lebih kompleks. Sebelum pesan genetik di dikirim ke
sitoplasma, enzim dalam nukleus memproses pre-mRNA.
a) Pengubahan ujung pre-mRNA
Ujung 5 disintesis dan menerima tudung 5 (5 cap), bentuk modifiksi nukleotida guanin
yang ditambahkan ke ujung 5. Ujung 3 disintesis untuk membentuk ekor poli-A (poly-A
tail) dengan cara menambahkan nukleotida adenin. RNA polimerase II mentranskripsi
sekuens pada DNA yang disebut sekuens sinyal poliadenilasi yang berfungsi memberi
kode suatu sinyal poliadenilasi (AAUAAA) pada pre-mRNA.

Gbr 9. Penambahan tudung 5 dan ekor poli-5

b) Penyambungan RNA (RNA splicing)

Pada sekuens nukleotida DNA eukariot, segmen bukan pengode asam nukleat yang
terletak diantara pengode disebut sekuens penyela atau intron, sedangkan wilayah lain
disebut ekson. Penyambungan dilakukan dengan cara intron dipotong dan dibuang dari
molekul, sedangkan ekson digabungkan hingga terbentuk molekul mRNA dengan
sekuens pengode tak terputus.
Pada proses penyambungan, terdapat sinyal yang merupakan sekuens nukleotida pada
tiap intron. snRNP (small nuclear ribonucleoprotein) mengenali sinyal penyambungan ini.
snRNP berada di dalam nukleus dan tersusun atas molekul RNA dan protein. Jika
beberapa snRNP bergabung dengan beberapa protein, maka dapat membentuk
splisosom yang hampir sama besar dengan ribosom. Splisosom berinteraksi dengan
sinyal tertentu disepanjang intron, melepaskan intron, dan menggabungkan ekson.

Gbr 10. Penyambungan RNA

Gbr 11. snRNP dan splisosom

pada penyambungan pre-mRNA

Kesimpulan
Inti tahapan pada sintesis DNA maupun RNA sama, yaitu inisiasi (permulaan), elongasi
(pemanjangan), dan terminasi (penghentian). Hal yang membedakan adalah jenis selnya, yaitu
prokariotik dan eukariotik. Kromosom sel prokariotik memiliki bentuk yang melingkar dan terjadi di
sitoplasma sehingga proses sintesis DNA maupun RNA tidak terlalu sulit, sedangkan eukariotik
memiliki bentuk linear, terjadi di dalam nukleus, dan lebih kompleks komponennya sehingga
proses sintesis DNA dan RNA lebih rumit dan lebih lama. Tiap proses sintesis DNA maupun RNA
terdapat enzim atau protein yang membantu jalannya sintesis dan memiliki fungsi yang berbedabeda. Pada eukariotik, lebih banyak jenis enzim yang digunakan untuk mensintesis DNA dan RNA.
Pada sintesis DNA, ada proses penambahan pada eukariotik, yaitu telomerase dan pada sintesis
RNA, terdapat tahapan pre-mRNA yang berlangsung di dalam nukleus eukariot.
Daftar Pustaka
Campbell, Neil A, Reece, Jane B, dkk. 2011. Biology Ed.9. United States : Pearson
Yuwono, Triwibowo. 2007. Biologi Molekular. Jakarta : Erlangga
Biology exams 4 u. 2014. Steps involved in DNA Replication in Prokaryotes (E.coli).
http://www.biologyexams4u.com/2013/04/steps-involved-in-dna-replication-in.html (22
Februari 2015 pukul 12.43)