MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

1. RNK polimeraza prokariota

RNK polimeraza je enzim koji vri sintezu RNK molekula koristei DNK kao matricu. U
bakterijama ista RNK polimeraza vri sintezu rRNK, tRNK i iRNK. Sr RNK polimeraze
bakterija ine dve identine subjedinice, dve velike subjedinice oznaene kao i ', i
subjedinica. Subjedinice , , i ' su esencijalne za funkciju RNK polimeraze dok
subjedinica uestvuje u njihovom asembliranju, odn. ima funkciju aperona. esta
subjedinica, faktor, je neophodna za inicijaciju transkripcije i odvaja se od enzima po
zavretku inicijacije. Kada je faktor vezan za sr RNK polimeraze kaemo da je formiran
holoenzim RNK polimeraze. Struktura RNK polimeraze analogna je strukturi rakovih kleta.
Regioni i ' formiraju kleta, dok se dve subjedinice nalaze na suprotnom kraju u odnosu
na subjedinice i ine zadnji kraj enzima tokom transkripcije. Svaku od subjedinica ine
dva domena povezana fleksibilnim regionom duine ~20 aminokiselina. Vei, N-terminalni
domen (NTD) dimerizuje i odgovoran je za interakciju sa subjedinicama, dok je manji Cterminalni domen (CTD) DNK-vezujui modul koji intereaguje sa promotorima i/ili drugim
proteinima. faktor se vee za sr RNK polimeraze tako da obavija prednji deo enzima to
mu omoguava kontakt sa DNK kada se ista nae u kletima enzima. Karakteristika veine
faktora (izuzev 54) je slina domenska organizacija. Domen 2 faktora intereaguje sa '
subjedinicom i -10 elementom promotora, domeni 3 i 4 intereaguju sa subjedinicom pri
emu domen 4 intereaguje i sa -35 elementom promotora. faktori imaju ulogu u
prepoznavanju specifinih promotora, pozicioniranju RNK holoenzima na promotoru i
ubrzavanju odvijanja DNK dupleksa u blizini mesta otpoinjanja transkripcije starta
transkripcije. Strukturna organizacija RNK polimeraze je zajednika za veinu eubakterija, sa
izuzetkom nekih u kojima se i ' subjedinice nalaze u okviru istog polipeptida.

2. Promotori bakterijskih gena

Promotori su regioni DNK koji kontroliu proces transkripcije gena. Najei promotori
bakterija su oni koje prepoznaje holoenzim RNK polimeraze i 70 faktora i oni se koriste kao
model sistem za objanjavanje strukture i funkcije promotora (Slika 1).

Slika 1. ematski prikaz konsenzus sekvence 70-zavisnog promotora E. coli

Glavni DNK elementi koji definiu 70-zavisni promotor su:

1. -35 element koji se prostire od -35 do -30 (u odnosu na start transkripcije) i ija je kosenzus
sekvenca 5'-TTGACA-3',
2. -10 element koji se prostire od -12 do -7 (u odnosu na start transkripcije) i ija je kosenzus
sekvenca 5'-TATAAT-3',
3. region DNK koji se nalazi izmeu -35 i -10 elemenata (eng. spacer) i koji je dug izmeu 15
i 19 bp, pri emu je optimalna duina 17 bp,
1

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

4. produeni -10 element koji se prostire na pozicijama -15 i -14 i ija je konsenzus sekvenca
5'-TG-3'
5. UP elementi promotora regioni DNK uzvodno od -35 elementa nekih promotora koji
uestvuju u interakciji sa holoenzimom RNK polimeraze i na taj nain poveavaju aktivnost
promotora. Predloena konzensus sekvenca UP elementa je AT bogata i sadri dva
podelementa. Proksimalni podelement je definisan konsenzus sekvencom 5'-AAAAAARNR3' (R = Aili G, N = A, G, C ili T) i centar mu se nalazi na -42, dok je distalni element
definisan konsenzusom 5'AWWWWWTTTTT-3' (W = A ili T) i njegov centar je na -52 od
starta transkripcije. Da bi proksimalni podelement ostvario svoje delovanje dovoljno je da se
za njega vee samo jedan CTD RNK polimeraze, dok distalni podelement zahteva vezivanje
oba CTD RNK polimeraze. Smatra se da je vezivanje CTD za proksimalni podelement
preduslov za vezivanje za distalni podelement.
Takoe, novi biohemijski podaci i bioinformatike analize 70 zavisnih promotora ukazuju
na postojanje elementa koji predstavlja produetak produenog -10 elementa, odnosno -15
element. Uvoenje novog elementa promotora bazirano je na razliitim ulogama nukleotida u
okviru -10 elementa (-12 T uestvuje u interakcijama sa RNK polimerazom kad je u
dvolananoj formi, dok ATAAT locirani od -11 do -7 intereaguju sa RNK polimerazom kad
su u jednolananoj formi). Prema predloenom modelu -15 element se prostire od -15 do -12 i
konsenzus sekvenca mu je 5'-TGNT-3', pri emu je vano naglasiti da je T na poziciji -15
visoko degenerativan u razliitim promotorima, dok je N na poziciji -13 najee G.

Slika 2. Alternativni sigma faktori E. coli (izuzev * - B. subtilis) i promotorske sekvence koje prepoznaju.

54-zavisni promotori. Tri glavne karakteristike po kojima se 54 (N) faktor razlikuje od 70

su (a) domenska organizacija, (b) strukturne razlike promotora koje prepoznaju (Slika 2) i (c)
razlike u nainu formiranja otvorenog kompleksa na promotoru (54-RNK polimeraza zahteva
prisustvo aktivatora). U okviru 54 proteina razlikuju se tri funkcionalna domena. Domen I
nije visoko konzervisan i ima regulatornu ulogu ukljuen je u izomerizaciju holoenzima
RNK polimeraze i deo je proteina koji posreduje u odgovoru na prisustvo transkripcionog
aktivatora (intereaguje sa centralnim AAA+ ATPaznim domenom aktivatora). Domen II (ini
60-110 aminokiselina) i njegova funkcija jo uvek nedvosmisleno utvrena tako da se
oznaava kao linker region. Domen III sadri motive koji su ukljueni u prepoznavanje
promotora i vezivanje za DNK. Kljuni elementi 54-zavisnih promotora su locirani na
pozicijama -12 (GC) i -24 (GG) od starta transkripcije, zato to intereaguju sa 54 faktorom.
Holoenzim 54-RNK polimeraze se vee za promotor i formira zatvoreni kompleks, ali ne
2

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

moe da pree u otvoreni kompleks. Formiranje otvorenog kompleksa u potpunosti zavisi od

prisustva specifinog transkripcionog aktivatora. Ovi aktivatori oligomerizuju na sekvencama
DNK koje se nalaze 70-150 bp uzvodno od starta transkripcije i koje se po analogiji sa
eukariotima nazivaju pojaivai (eng. enhenseri). Interakcija aktivatora sa RNK polimerazom
odvija se usled savijanja DNK koje je indukovano vezivanjem proteina poput IHF proteina
nukleoida. Nakon savijanja DNK specifini moduli aktivatora vre remodelovanje kompleksa
promotor-RNK polimeraza koje zavisi od ATP-a.
3. Inicijacija transkripcije
U okviru holoenzima RNK polimeraze se nalazi se ukupno 5 kanala. Nakon vezivanja
enzima promotorska DNK ispunjava glavni, veliki kanal, oznaen kao nizvodni kanal koji
formiraju i ' subjedinica. Matrini lanac naputa enzim kroz kanal oznaen kao T kanal,
dok lanac koji nije matrica izlazi kroz NT kanal. Smatra se da najui kanal, predstavlja put
kojim ribonukleozid-5'-trifosfati dolaze do aktivnog mesta enzima, dok rastui RNK lanac
izlazi iz enzima kroz RNK izlazni kanal. Interakcija holoenzima RNK polimeraze sa
promotorskom DNK odvija se formiranjem tri kompleksa: (a) zatvorenog kompleksa RPc,
(b) intermedijernog kompleksa - RPi i (c) otvorenog kompleksa RPo. Kretanje
transkripcione mainerije koje se odvija neposredno pre inicijacije transkripcije ne zavisi od
hidrolize ATP-a ve od slobodne energije, odn. uspostavljanja konformacija u ranim
intermedijerima koje onda slue poput okidaa za strukturne promene koje vode ka
formiranju kasnijih intermedijera (ovo vai za sve bakterijske promotore izuzev onih koje
prepoznaje 54) . Na kraju ovi sukcesivni rearanmani dovode do otvaranja DNK i prostornog
poravnavanja nukleotidne baze matrinog lanca od koje poinje transkripcija i katalitikog
centra RNK polimeraze. Vezivanje RNK polimeraze za promotor odvija se u nekoliko
sukcesivnih koraka:
1. Holoenzim RNK polimeraze se vezuje za promotor na DNK i formira se RPc kompleks. U
okviru ovog kompleksa holoenzim nalee na DNK u okviru regiona -55 do +1 i DNK se u
tom kompleksu nalazi u dvolananoj formi. Iako polimeraza nalee na -10 i -35 elemente
promotora DNK se jo uvek ne nalazi u okviru glavnog kanala enzima.
2. Sledei korak u interakciji je izomerizacija menjaju se konformacije RNK polimeraze i
DNK i formira se RPi kompleks koji se protee i nizvodno od +1, verovatno sve do +12. U
okviru ovog kompleksa jo uvek nisu naruene vodonine veze komplementarnih baza DNK.
Izuzetak mogu da budu baze u okviru -10 elementa koje mogu da se razdvoje, ali je ovo
naruavanje strukture dvolanane zavojnice prolazno i reverzibilno.
3. Na kraju se formira otvoreni kompleks RPo i lanci DNK u regionu -11 do +3 su razdvojeni
(naruena je dvolanana struktura DNK), a ceo kompleks se protee do +20.
Nakon formiranja RPo kompleksa inkorporacija NTP-ova omoguava dalje odvijanje procesa
transkripcije. Meutim, u okviru veine promotora RNK polimeraza sintetie kratke,
abortivne produkte (duine oko 10 nukleotida) pre potpune tranzicije inicijacionog u
elongacioni kompleks. U tom trenutku prednji delovi enzima i njegovo aktivno mesto se
pomeraju nizvodno, ali kontakti zadnjeg dela enzima i -35 elementa ostaju neizmenjeni.
Takoe, smatra se da oba DNK lanca u blizini -10 elementa bivaju izbaena iz glavnog kanala
na povrinu enzima ovaj proces se naziva povijanje DNK. Energija ovako formiranog
povijenog intermedijera koristi se za raskidanje interakcija holoenzima RNK polimeraze i
promotora, omoguavajui enzimu da zapone prelazak u fazu elongacije transkripcije.
Formiranje elongacionog kompleksa ukljuuje i raskidanje kontakata izmeu faktora i sri
RNK polimeraze.
3

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

Slika X. RPC predstavlja prvi kompleks promotora i RNK polimeraze, RP O je poslednja forma kompleksa pre
ukljuivanja NTP-ova u isti. RPI oznaava sve intermedijerne komplekse izmeu RPC i RPO. Na emi je tamnom
plavom bojom prikazan matrini lanac DNK, dok je crvenom bojom prikazan RNK transkript. Joni magnezijuma
koji katalizuju inicijaciju transkripcije su prikazani utom bojom. U RPC kompleksu DNK je dvolanana, dok
nizvodni regioni DNK jo uvek nisu uli u glavni kanal. U RPI kompleksu domen 1.1 subjedinice izlazi iz
glavnog kanala, dok nizvodna DNK polako ulazi u glavni kanal ovaj process se verovatno odvija istovremeno
sa razdvajanjem DNK lanaca. Unutar RPO kompleksa su lanci DNK razdvojeni, matrini lanac zauzima poziciju
koja mu omoguava komplementarno sparivanje sa prvim nukleozid 5'-trifosfatom (NTP). U kompleksu gde
dolazi do savijanja DNK otpoinje sinteza RNK, a DNK lanci u okviru pozicije heksamera -10 ili nizvodno od
istog su izbaeni iz svojih kanala u okviru kompleksa to predstavlja poetak procesa oslobaanja promotora i
otpoinjanja elongacije transkripcije.

3.1. Mehanizam interakcije RNK polimeraze i DNK tokom inicijacije transkripcije

Interakcija CTD-DNK. Iako su dve subjedinice sri RNK polimeraze identine po svom
aminokiselinskom sastavu, funkcionalno nisu ekvivalentne zbog toga to jedna intereaguje sa
, a druga sa ' subjedinicom. CTD se tokom inicijalne interakcije RNK polimeraze sa DNK
vezuju za sekvence uzvodno od -35 elementa i te sekvence su oznaene kao UP elementi.
Vezivanje se najee ostvaruje za dva manja ljeba DNK koji se nalaze neposredno uzvodno
od -35 elementa, ali mogu i da intereaguju i sa mnogo udaljenijim regionima (petim ili estim
manjim ljebom posmatrano u odnosu na -35). Posledica vezivanja CTD za UP element je
stimulacija transkripcije. Takoe, osim najeeg sluaja kada CTD regioni obeju
subjedinica intereaguju sa UP elementima, zabeleeno je i vezivanje samo jedne subjedinice
(odn. njenog CTD) za u tom sluaju podelement UP elementa. Ovakva nepotpuna interakcija
4

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

i dalje stimulie transkripciju, ali u mnogo manjoj meri nego kada je interakcija potpuna.
Vezivanje za UP element zavisi od specifine sekvence UP elementa, ali CTD moe i da
prepozna strukture DNK i da intereaguje sa njima nezavisno od njihove nukleotidne sekvence.
Interakcija domena 4 faktora sa -35 elementom i CTD. Region 2 domena 4 (4.2)
faktora intereaguje sa nukleotidnim bazama i na matrinom i nematrinom lancu DNK i ove
interakcije su prve interakcije holoenzima RNK polimeraze i specifinih promotorskih
sekvenci. Nakon to se CTD veu za UP element one intereaguju sa 4.2 regionom koji je
vezan za -35 element. Ovu interakciju moe da izmeni vezivanje CRP proteina za DNK
region sa centrom u -61,5.
Interakcija produenog -10 elementa sa domenom 3 faktora. Ova interakcija je kljuna
za transkripciju koja se odvija sa promotora iji -10 i -35 elementi pokazuju nisku homologiju
sa konsenzus sekvencama tih regiona. Smatra se da interakcija domena 3 sa produenim -10
elementom poveava verovatnou vezivanja holoenzima RNK polimeraze za promotor i
doprinosi stabilizaciji kompleksa koji se formira na promotoru.
Interakcija domena 2 faktora i -10 elementa. Kompleksnost interakcije faktora i -10
elementa ogleda se u tome to holoenzim RNK polimeraze prepoznaje ovaj region DNK i u
dvolananoj i jednolananoj formi. Regioni 3 i 4 domena 2 faktora intereaguju sa
nukleotidima -10 elementa, pri emu se tokom razdvajanja izmeu komplementarnih baza dva
lanca umeu bone grupe aminokiselina ovih regiona domena 2 koje spreavaju ponovno
formiranje vodoninih veza. Smatra se da je adenin na poziciji -11 (-13TATAAT-6) kljuna
baza za zapoinjanje razdvajanja dvolanane zavojnice DNK nizvodno od ove pozicije.
Takoe, odvijanje DNK uzvodno od -11 onemogueno je delovanjem bonih grupa
aminokiselina domena 2 faktora koje koje se umeu izmeu timina na poziciji -12 i adenina
-11.
Oslobaanje faktora iz holoenzima RNK polimeraze. Opteprihvaeni model kruenja
faktora po kojem se isti oslobaa od holoenzima RNK polimeraze nakon njenog odvajanja od
promotora da bi se zatim vezao za druge RNK polimeraze se sve ee preispituje. Smatra se
da otputanje faktora nije preduslov za oslobaanje promotora, te se ovaj faktor verovatno
otputa u prvih nekoliko stotina baznih parova od starta transkripcije. Odlazak faktora iz
holoenzima RNK polimeraze se odvija u nekoliko koraka:
1. tokom formiranja RPo dolazi do pomeranja regiona 1 domena 1 faktora iz velikog kanala
holoenzima u cilju oslobaanja ulaza za dvolananu DNK
2. kada duina transkripta dostigne ~ 6 nukleotida dolazi do naruavanja kontakta domena 4
faktora i RNK polimeraze tako da jedinu vezu u tom trenutku predstavlja interakcija domena
2 faktora sa ' subjedinicom.
3. poslednji korak je upravo naruavanje interakcije domena 2 faktora i ' subjedinice, to
posledino omoguava oslobaanja faktora.
Regulacija inicijacije transkripcije
Promene strukture DNK i transkripcija
Superspiralizacija. Genomska DNK bakterija se u elijama nalaze u superspiralizovanom
obliku. Nivoi struktuiranja i organizacije superspiralizacije DNK podleu promenama koje su
direktno zavisne od promena uslova u sredini u kojoj se bakterije nalaze. Pokazano je da na
nivo superspiralizacije DNK utiu fiziki parametri poput promene temperature, promene faze
rasta, promene pH vrednosti i oscilacije osmolariteta i parcijalnog pritiska kiseonika. Takoe,
opisana je i direktna zavisnost superspiralizacije od prisustva ATP i ADP molekula u eliji.
Tako se nivo superspiralizacije DNK smanjuje kada padne vrednost odnosa ATP:ADP, dok
5

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

superspiralizacija DNK raste sa porastom vrednosti tog odnosa. Ovim se postie direktna veza
izmeu energetskog stanja elije i superspiralizacije koja onda direktno ili indirektno utie na
ekspresiju gena. Odnos superspiralizacije i transkripcije nije jednostavan zbog toga to ista
promena u superspiralizaciji DNK moe da aktivira, reprimira ili da uopte ne utie na
transkripciju.
Savijanje DNK. Savijanje DNK ,za koje je pokazano da utie na transkripciju, po prirodi
nastanaka moe da bude "uroeno" ili indukovano delovanjem proteina. "Uroeno" savijanje
DNK je posledica prisustva specifinih sekvenci u okviru DNK koje omoguavaju veu
fleksibilnost DNK molekulu u tim regionima. Sekvence koje najee dovode do savijanja
DNK su nizovi adnenina dugi 3-6 bp ija lokalizacija prati geometriju DNK zavojnice, odn. u
fazi je sa njom (nizovi adenina se u ovom sluaju javljaju sa rastojanjem od 10,5 bp).
Predloena su dva modela koja objanjavaju "uroeno" savijanje DNK model preklapanja i
model klina.
1. Model preklapanja pretpostavlja promenu ose DNK zavojnice do koje dolazi na mestu
preklapanja dve razliite zavojnice - ukoliko se na mestu preklapanja nalaze nizovi adenina
koji "olabave" strukturu zavojnice.
2. Model klina - je neto kompleksniji i pretpostavlja da su blaga savijanja DNK posledica
prirode veze izmeu dva susedna adenina, s obzirom da susedni adenini formiraju klinaste
uglove koji u zbiru dovode do savijanja DNK zavojnice.
Savijanje DNK moe da dovede do aktivacije ili do represije transkripcije. Smatra se
da je aktivacija transkripcije koja se javlja usled savijanja direktna posledica tog procesa, dok
je u sluaju represije najee re o indirektnom uticaju jer se za savijenu DNK veu proteini
koji vre represiju transkripcije. Tokom aktivacije transkripcije savijanje DNK se obino
odigrava u okviru regiona izmeu -100 i -35 u odnosu na start transkripcije. Ovakvo savijanje
pospeuje vezivanje holoenzima RNK polimeraze za promotor i formiranje otvorenog
kompleksa. Tokom represije transkripcije savijena DNK predstavlja vezivno mesto za
specifine proteine utiivae koji blokiraju transkripciju u nizvodnim regionima DNK.
Najpoznatiji globalni utiiva je H-NS protein nukleoida.
DNK petlje. DNK petlje nastaju kao rezultat jakog savijanja DNK koje omoguava
pribliavanje dva izuzetno udaljena regiona DNK (Slika 3).

Slika 3. ematski prikaz savijanja DNK i formiranja petlje, to dovodi do interakcija udaljenih proteina vezanih
za DNK koji su prostorno udaljeni i modulacije transkripcije

U tom sluaju proteini ija su mesta vezivanja za DNK meusobno udaljena mogu direktno
da intereaguju i na taj nain moduliu transkripciju.
Metilacija DNK i transkripcija

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

U procesu metilacije genomske DNK bakterija najznaajnije su tri metilaze, Dam

metilaza koja prepoznaje GATC i metiluje adenin te sekvence, Dcm koja prepoznaje
CC[A/T]GG i metiluju drugi cistein ovog niza i EcoKI koja prepoznaje AACN6GTGC i
GCACN6GTT i metiluje adenine ovog niza. Zbog velikog broja GATC sekvenci u okviru
genoma najznaajnija je metilacija koju vri Dam metilaza. Dam metilaza utie na ekspresiju
gena posredstvom dva mehanizma: (a) metilacijom GATC u okviru promotora moe da
povea, smanji, ali i da ostvari neutralan efekat na transkripciju i (b) kompeticijom sa
regulatorima transkripcije do koje dolazi tokom metilacije, a to moe da onemogui
interakciju regulatornih proteina i promotora (Slika 4).

Slika 4. Mogui ishodi metilacije koju vri Dam metilaza u okviru promotora na proces transkripcije.
metilovani adenin u okviru GATC sekvence koju prepoznaje Dam metilaza.

Sigma faktori
Bakterijski faktori su esencijalne komponente holoenzima RNK polimeraze i odreuju
selektivnost holoenzima za promotore. Bakterije vrste E. coli imaju jedan glavni sigma faktor
70 posredstvom kojeg RNK polimeraza prepoznaje veinu promotora. Meutim, u genomu
E. coli se nalaze geni jo 6 sigma faktora koji se akumuliraju tokom odgovora bakterija na
specifine stresove. Faktor 54 prepoznaje promotore gena ija ekspresija zavisi od
dostupnosti azota, 32 prepoznaje promotore nekih od gena koji se aktiviraju tokom toplotnog
stresa, F prepoznaje promotore gena iji su produkti komponente flagele ili uestvuju u
hemotaksi, S prepoznaje promotore gena koji se aktiviraju u stacionarnoj fazi rasta, E
aktivira promotore gena iji produkti imaju ekstracitoplazmatine uloge i onih sa ulogom u
odgovoru na toplotni stres dok FecI takoe aktivira promotore gena iji produkti imaju
ekstracitoplazmatine uloge, ali i one ukljuene u preuzimanje gvoa iz spoljanje sredine.
Zamena 70 drugim faktorom moe da preusmeri samo deo ili sve RNK polimeraze elije ka
specifinim promotorima to dovodi do aktivacije transkripcije gena koji bi u suprotnom bili
neaktivni. Posebnu grupu alternativnih sigma faktora ine ECF (eng. extracytoplasmatic
factor) sigma faktori koji reguliu ekspresiju gena iji su produkti ukljueni u
7

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

ekstracitoplazmatine funkcije, ali i uestvuju u promeni profila genske ekspresije tokom

odgovora na promenjene uslove spoljanje sredine (transdukcija signala).
Anti-sigma faktori. Anti-sigma faktori su proteini koji intereaguju sa faktorima i
spreavaju njihovo vezivanje za sr RNK polimeraze (Slika 5).

Slika 5. ematski prikaz interakcije anti-sigma faktora sa sigma faktorom.

Interakcija i anti-sigma faktora moe da bude prolazna ili stalna, to zavisi od tipa veza koje
se uspostavljaju tokom interakcije. Prvi okarakterisani anti-sigma faktor je AsiA protein koji
je otkriven tokom izuavanja modifikacija RNK polimeraze E. coli do kojih dolazi usled
infekcije elija virulentnim T4 fagom. Tokom prve faze infekcije geni T4 faga se prepisuju
delovanjem 70-RNK polimeraze, a meu nima i asiA gen. Kada ostigne graninu
koncentraciju u eliji AsiA protein se vezuje za 70 i inhibira transkripciju sa promotora
domaina, ali i nekih promotora na fagnoj DNK. Interakcija AsiA i 70 se odvija posredstvom
regiona 2 domena 4 70 koji je ukljuen u interakciju sa -35 elementom promotora. Na ovaj
nain AsiA blokira 70 i onemoguava njegovo vezivanje za promotor i inicijaciju
transkripcije. Meutim, na ovaj nain se ne spreava transkripcija sa promotora koji poseduju
produeni -10 element i kojima nije neophodna interakcija 70 sa -35 elementom da bi se
aktivirali. Vezivanjem AsiA dolazi do promene konformacije holoenzima RNK polimeraze i
vezivanja MotA proteina T4 faga koji preusmerava RNK polimerazu na fagne promotore. Jo
jedan od opisanih anti-sigma faktora je i Rsd protein koji utie na kompeticiju 70 i S u
stacionarnoj fazi rasta. Rsd se tokom stacionarne faze rasta vezuje za domen 4 70 i blokira
njegovu asocijaciju sa sri RNK polimeraze na taj nain omoguavajui da to vie RNK
polimeraza formira holoenzima sa S. Na ovaj nain je obezbeen dodatni nivo regulacije
promena u genskoj ekspresiji na nivou celokupnog genoma koje elijama omoguavaju
preivljavanje u specifinim uslovima.
Anti-anti-sigma faktori. Modulacija aktivnosti sigma faktora odvija se i posredstvom antianti-sigma faktora koji kompetiraju sa za vezivanje za anti-sigma faktore. Model po kojem
anti-sigma faktor moe da intereaguje bilo sa faktorom ili anti-anti-sigma faktorom, a sve u
zavisnosti od potreba elije je nazvan model promene partnera i opisan je u bakteriji B.
subtilis (Slika 6).

Slika 6. ematski prikaz modela intarkcije anti- faktora sa anti-anti- faktorom.

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

U B. subtilis pri normalnim fiziolokim uslovima F i B faktori formiraju komplekse sa

svojim anti-sigma faktorima. Anti-sigma faktori koji su vezani za njih poseduju i kinaznu
aktivnost koja im omoguava da izvre fosforilaciju svojih anti-anti-sigma faktora pri emu
vre njihovu inaktivaciju. Pri promeni uslova u sredini u kojoj se bakterije nalaze elijske
fosfataze defosforiluju anti-anti-sigma faktore koji onda "napadaju" komplekse faktora i
anti-sigma faktora to dovodi do oslobaanja faktora iz kompleksa. Slobodni faktori onda
mogu da intereaguju sa sri RNK polimeraze i menjaju profil genske ekspresije u eliji.
Ligandi regulatori transkripcije
Interakcija liganada sa RNK polimerazom omoguava brze promene u profilu genske
ekspresije, a sve u zavisnosti od uslova spoljne sredine. Najbolje je prouen ppGpp molekul
(guanozin pentafosfat) koji se sinteti e u sluaju kada dostupnost aminokiselina u eliji
znaajno opadne i pone da ugroava normalno odvijanje translacije. U interakciji ppGpp
molekula sa RNK polimerazom uestvuje i DksA protein. Delovanje ppGpp se bazira na
destabilizaciji otvorenih kompleksa na promotorima koji kontroliu sintezu elemenata
translacione mainerije (geni za rRNK i tRNK). Negativni efekat ppGpp i DksA na
transkripciju je karakteristian za promotore iji su otvoreni kompleksi kratkoivei.
Kratkoivei otvoreni kompleksi su, pak, karakteristini za promotore gena rRNK iji neki
promotorski elementi (bilo -10, -35, rastojanje, produeni -10 i/ili diskriminator) ne dele
savrenu homologiju sa konsenzusnim sekvencama. S obzirom da interakcija izmeu UP
elemenata i CTD ne utie na stabilnost kompleksa struktura i organizacija ovog elementa
nema efekat na regulaciju posredovanu sa ppGpp i DksA. Samim tim ppGpp i DksA nemaju
uticaja na inicijalne interakcije holoenzima RNK polimeraze i promotora rRNK gena. Ovakva
organizacija omoguava fino podeavanje regulacije ekspresije rRNK gena i biosinteze
ribozoma ak i u uslovima kad taj proces nije favorizovan. Smatra se da svoj efekat ppGpp
ostvaruje tako to se vezuje za mesto na RNK polimerazi koje se preklapa sa putem ulaska
NTP u holoenzim (Slika 7).

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

Slika 7. ematski prikaz uloge ppGpp alarmona u regulaciji transkripcije.

Osim to ostvaruju negativan uticaj na transkripciju rRNK gena ppGpp i protein

poveavaju transkripciju mnogih gena tokom odgovora elija na gladovanje ili druge stres
signale. Efekat je esto indirektan jer se oslobaanjem holoenzima RNK polimeraze sa
promotora rRNK gena omoguava vezivanje za druge promotore i stimulacija transkripcije sa
istih. Ovo je esto sluaj sa promotorima za koje se RNK polimeraze vezuju sa niskim
afinitetom i koji zahtevaju visoke koncentracije enzima da bi se odigrala inicijacija
transkripcije. Takoe, pretpostavlja se i da ppGpp i DksA protein utiu na kompeticiju
faktora za sr RNK polimeraze omoguavajui vezivanje alternativnih sigma faktora i
preusmeravanje transkripcije na specifine promotore (Slika 7). Direktna aktivacija
transkripcije posredovana sa ppGpp i DksA proteinom je zabeleena u operonima za
biosintezu aminokiselina, genomskim ostrvima koja nose determinante virulencije, Ezavisnim promotorima i promotoru Hfq globalnog regulatora.
Koncentracija NTP i transkripcija
Da bi otpoela transkripcija sa veine promotora neophodno je prisustvo visokih
koncentracija inicijatorskih nukleotid-trifosfata NTP (iNTP) u odnosu na sve druge NTP, ali
neki promotori (geni za rRNK i tRNK) zahtevaju ak i znatno vie koncentracije od ostalih
promotora. Posledica toga je da u trenutku kada elija gladuje brzi pad koncentracije NTP
molekula dovodi do prestanka inicijacije transkripcije i do smanjenja uestalosti transkripcije
na nivou elije. Mehanizam kojim promena u koncentraciji iNTP selektivno utie na sintezu
rRNK jo uvek nije u potpunosti razjanjen. Mogue je da je tranzijentna stabilizacija
kratkoiveeg otvorenog kompleksa na promotoru do koje dolazi usled sparivanja iNTP sa
matrinim lancem dovoljna da stimulie inicijaciju transkripcije. Takoe, postoji i mogunost
10

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

da vezivanje prva dva NTP rezultuje konformacionom promenom holoenzima RNK

polimeraze i da upravo ta promena dovodi do inicijacije transkripcije. Pokazano je da DksA
protein delimino blokira kanal za ulazak iNTP u holoenzim, smanjuje difuziju do aktivnog
centra i na taj nain dodatno poveava zahteve za visokim koncentracijama iNTP pri
inicijaciji transkripcije. Takoe, DksA protein svojom aktivnou poveava verovatnou
kolapsa DNK lanaca u okviru holoenzima pre vezivanja iNTP.
6S RNK
6S RNK je naena u velikom broju bakterija i pokazano je da vri inhibiciju inicijacije
transkripcije specifinu za odreene promotore. Regulatorna 6S RNK intereaguje sa 70
faktorom pri emu kompetira sa 70-promotorima da bi ostvarila svoje vezivanje za
holoenzim RNK polimeraze. Kompeticija 6S RNK sa promotorima je mogua zahvaljujui
tome to struktura 6S RNK predstavlja mimikriju transkripcionog okca promotora.
Specifinost 6S RNK za promotore se ogleda u tome to se 6S RNK vezuje za 70-RNK
polimerazu tokom kasne eksponencijalne faze rasta, ali ne inhibira transkripciju sa svih 70zavisnih promotora ve samo sa nekih. Promotori ija je aktivnost inhibirana delovanjem 6S
RNK su obino oni koji sadre produeni -10 element, ali i ovo pravilo ima izuzetke jer je
pokazano da inhibiciji podleu i promotori koji nemaju ovaj element. Regulatorni ciklus 6S
RNK zavisi od koncentracije NTP u eliji (Slika 8). Kada elije koje su bile u stacionarnoj
fazi rasta i u kojima je 6S RNK inhibirala transkripciju izau iz stacionarne faze usled priliva
nutrijenata i pobolja se energetsko stanje elije dolazi do oslobaanja 6S RNK iz kompleksa
6S RNK-70-RNK polimeraza. Oslobaanje 6S RNK posledica je procesa transkripcije do
kojeg dolazi u energetski povoljnim uslovima i gde je matrica sama 6S RNK. Drugim reima,
kada je stanje u eliji povoljno holoenzim RNK polimeraze vri transkripciju koristei 6S
RNK kao matricu, pri zavretku transkripcije se 6S RNK oslobaa. Slobodni holoenzim tada
moe da se vezuje za promotore i aktivira transkripciju.

11

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

Slika 8. Interakcija 6S RNK sa holoenzimom 70-RNK polimeraza u zavisnosti od energetskog stanja elije.

Ukoliko energetsko stanje u eliji opet postane nepovoljno (niska koncentracija NTP) nee
doi do transkripcije sa 6S RNK kao matrice i njenog oslobaanja ve e ona ostati u
kompleksu 6S RNK-70-RNK polimeraza i blokirati transkripciju sa 70zavisnih promotora.

Transkripcioni faktori
Genom bakterije E. coli sadri preko 300 gena koji kodiraju proteine za koje se na osnovu
njihove domenske organizacije pretpostavlja da mogu da se veu za promotore i stimuliu ili
reprimiraju transkripciju. Na osnovu svoje funkcije nazvani su transkripcioni faktori. Veina
transkripcionih faktora se vezuje za specifine DNK sekvence ime je osigurano da njihovo
delovanje bude usmereno ka odreenim promotorima koji sadre date sekvence. Neki
transkripcioni faktori kontroliu transkripciju velikog broja gena, dok drugi mogu da
kontroliu samo jedan ili dva gena. Eksperimentalno je potvreno da u bakteriji E. coli sedam
transkripcionih faktora (CRP, FNR, IHF, Fis, ArcA, NarL i Lrp) kontrolie oko 50% od svih
gena za koje je pokazana regulacija ekspresije na nivou transkripcije, dok s druge strane ak
60% transkripcionih faktora kontrolie samo po jedan promotor. Na osnovu svoje
aminokiselinske sekvence transkripcioni faktori bakterija se grupiu u razliite familije, a
najbolje su okarakterisani oni koji pripadaju LacI, AraC, LysR, CRP i OmpR familijama.
Funkcija transkripcionih faktora je povezivanje genske ekspresije sa signalima iz spoljanje
sredine, a sve u cilju najoptimalnijeg odgovora (energetski i adaptivno) bakterije na primljene
signale. Regulacija funkcionalnosti samih transkripcionih faktora se najee odvija
12

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

regulacijom njihove aktivnosti i/ili ekspresije. Aktivnost transkripcionih faktora moe da se

regulie na vie naina:
1. Modulacijom afiniteta vezivanja transkripcionih faktora za DNK najee usled
interakcije sa ligandima ija koncentracija varira u zavisnosti od dostupnosti nutrijenata ili
prisustva/odsustva stresa. Ovakva regulacija je esta u biosintetskim operonima koji se
zakljuavaju kada je u medijumu u kom elija raste prisutan krajnji produkt katabolikog puta
iji enzimi su kodirani u operonu.
2. Regulacija kovalentnim modifikacijama transkripcionih faktora. Ovaj vid regulacije se
javlja u dvokomponentnim sistemima u kojima kinaze reaguju na signale iz spoljanje sredine
i vre fosforilaciju transkripcionih faktora to dovodi do njihove aktivacije.
3. Aktivnost transkripcionih faktora moe i da zavisi od njegove koncentracije u eliji. U
ovom sluaju su koncentracije odreene bilo regulacijom ekspresije ili proteolize
transkripcionog faktora.
4. Aktivnost transkripcionih faktora moe biti modulisana i interakcijama sa drugim
regulatornim proteinima.
Nakon vezivanja za promotor transkripcioni faktori mogu da aktiviraju ili reprimiraju
inicijaciju transkripcije. Dok neki deluju iskljuivo kao aktivatori ili represori, nain
delovanja drugih zavisi od ciljnog promotora.
Transkripcioni aktivatori
Transkripcioni faktori mogu da aktiviraju transkripciju putem tri razliita mehanizma:
- regrutovanjem RNK polimeraze na promotor
- interakcijom sa RNK polimerazom u citoplazmi
- pospeujui izomerizaciju holoenzima RNK polimeraze (opisano za holoenzim 54RNK polimeraza)
Regrutovanje holoenzima RNK polimeraze na promotor. Glavni mehanizam aktivacije
transkripcije bakterijskih gena posredstvom delovanja transkripcionih faktora je regrutovanje
holoenzima RNK polimeraze na promotor. Uopteni model delovanja pretpostavlja da se
RNK polimeraza regrutuje putem protein-protein interakcija sa transkripcionim faktorom koji
je ve vezan za promotor. U najveem broju sluajeva ukljuen je samo jedan aktivator i tada
je re o "jednostavnoj" aktivaciji. Ukoliko je neophodno vie aktivatora da bi se inicirala
transkripcija sa promotora onda je re o "kompleksnoj" aktivaciji. Do danas su definisana tri
mehanizma jednostavne aktivacije (a) aktivacija klase I, (b) aktivacija klase II i (c) aktivacija
usled konformacionih promena (Slika 10). U sluaju aktivacije klase I aktivator se vee za
ciljnu sekvencu lociranu uzvodno od -35 elementa promotora i regrutuje RNK polimerazu na
promotor direktno intereagujui sa njenim CTD. S obzirom da je region subjedinice koji
povezuje CTD i NTD fleksibilan, aktivatori klase I mogu da se veu u razliitim regionima
DNK uzvodno od -35 elementa. Najbolje proueni primer aktivacije klase I je delovanje CRP
proteina na lac promotor. Aktivatori se tokom aktivacije klase II vezuju za ciljnu sekvencu
koja se preklapa sa -35 elementom promotora i intereaguju sa domenom 4 faktora
holoenzima RNK polimeraze. Ovaj kontakt dovodi do regrutovanja RNK polimeraze na
promotor. Pozicija aktivatora klase II na promotoru je strogo odreena njihovom interakcijom
sa sigma faktorom (manje fleksibilnosti za mesto vezivanja nego u sluaju klase I). Trei
mehanizam jednostavne aktivacije je opisan u sluajevima gde aktivator menja konformaciju
ciljnog promotora i time omoguava interakciju RNK polimeraze sa kljunim elementima
promotora. Preduslov za ovaj vid aktivacije je vezivanje aktivatora u okviru promotora ili
neposredno uz promotor. Na ovaj nain se ativira transkripcija sa promotora iji se -10 i -35
13

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

element nalaze na rastojanju koje nije optimalno. Aktivatori koji koriste ovaj mehanizam se
najee vezuju za region izmeu -10 i -35 elementa, savijaju DNK i time omoguavaju
vezivanje RNK polimeraze.

Slika 10. ematski prikaz mehanizma jednostavne aktivacije transkripcije. A - aktivacija klase I, B - aktivacija
klase II i C - aktivacija usled konformacionih promena. Transkripcioni aktivator je prikazan crvenim krugom. Za
detalje videti tekst.

Da bi se aktivirala transkripcija sa nekih bakterijskih promotora neophodno je zajedniko

delovanje dva ili vie transkripcionih faktora. Regulacija posredovana sa vie transkripcionih
aktivatora omoguava ekspresiju gena iji su produkti neophodni u odgovoru elije na vie
razliitih unutarelijskih signala i/ili signala iz spoljanje sredine. Kompleksna aktivacija
moe da se odvija putem vie razliitih mehanizama:
-

14

aktivacija repozicioniranjem primarnog aktivatora delovanjem sekundarnog

aktivatora; najupeatljiviji primer je operon za preuzimanje i metabolizam maltoze u
bakteriji E. coli - regulatorni region promotora malK gena sadri dva tipa vezivnih

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

mesta za MalT aktivator, jedna sa visokim i druga sa niskim afinitetom vezivanja koja
su meusobno razdvojena vezivnim mestima za CRP. U odsustvu CRP proteina MalT
je vezan za mesta sa visokim afinitetom pri emu nema aktivacije transkripcije.
Prisustvo CRP na promotoru dovodi do pravilnog pozicioniranja mesta za koje se
MalT vezuje sa niim afinitetom (u odnosu na prethodno spomenuta mesta) to
rezultuje vezivanjem MalT za ta mesta i aktivacijom promotora;
aktivacija nezavisnim vezivanjem dva aktivatora - ovom sluaju vezivanjem dva
aktivatora za promotor se ostvaruje sinergistiko delovanje i aktivira se transkripcija;
aktivacija kooperativnim vezivanjem dva aktivatora drugi aktivator ne moe da se
vee za promotor ukoliko prvi nije prisutan;
aktivacija interakcijom aktivatora i proteina nukleoida aktivatori prepoznaju
nukleoproteinske komplekse proteina nukleoida i DNK koji reprimiraju transkripciju,
vezuju se za njih i dovode do inicijacije transkripcije ovaj mehanizam se esto
oznaava i kao antirepresija;
aktivacija delovanjem epigenetskih mehanizama primer su promotori koji sadre
hemimetilovane GATC sekvence;
sistemom blokiranja/otputanja aktivatora koje vre transmembranski transportni
proteini;
aktivacija moe da bude modulisana delovanjem anti-aktivatora.

Aktivacija transkripcije vezivanjem za holoenzim RNK polimeraze u citoplazmi. Osim

aktivacije transkripcije regrutovanjem RNK polimeraze na promotor za koji je vezan aktivator
opisana je i aktivacija delovanjem aktivatora koji se za holoenzim RNK polimeraze vezuju u
citoplazmi. U ovom sluaju tek nakon vezivanja aktivatora za RNK polimerazu dolazi do
selekcije promotora ija ekspresija zavisi od prisustva datog aktivatora. Najpoznatiji primer
ovog tipa aktivacije transkripcije je SoxRS sistem koji je ukljuen u zatitu elije od
oksidativnog stresa. SoxR protein je konstitutivno eksprimiran i moe samostalno da se vee
za ciljnu DNK, promotor soxS gena, ali ne aktivira njegovu transkripciju. Tek nakon
oksidacije SoxR do koje dolazi pi oksidativnom stresu, SoxR menja konformaciju i aktivira
transkripciju soxS gena. Novosintetisani SoxS formira kompleks sa holoenzimom 70-RNK
polimeraza te se zbog te svoje osobine esto oznaava i kao ko-sigma faktor. SoxS-70-RNK
polimeraza ternarni kompleks selektuje promotore na osnovu prisustva -10 i -35 elementa, ali
i vezivnih mesta za SoxS protein.
Aktivatori koji pospeuju izomerizaciju holoenzima RNK polimeraze. Trei mehanizam
aktivacije je specifian za holoenzim 54-RNK polimeraza. Ovaj holoenzim se vezuje za 54zavisne promotore, ali ne moe da izomerizuje iz zatvorenog u otvoreni kompleks.
Izomerizacija 54-RNK polimeraza holoenzima je omoguena delovanjem transkripcionih
aktivatora. Vezivna mesta tih aktivatora su analogna eukariotskim pojaivaima (eng.
enhenser).

15

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

Slika 11. ematski prikaz integracije regulatornih signala. 1. Aktivacija transkripcije repozicioniranjem
primarnog aktivatora (A) sekundarni aktivator vri repozicioniranje prvog omoguavajui mu interakciju sa
RNK polimerazom (B) sekundarni aktivator vri promenu konformacije DNK ime prezentuje primarni aktivator
holoenzimu RNK polimeraze. 2. Aktivacija transkripcije nezavisnim vezivanjem aktivatora se odigrava bilo (A)
vezivanjem aktivatora klase I i klase II, bilo (B) vezivanjem dva ili vie aktivatora klase II. 3. Aktivacija
transkripcije kooperativnim vezivanjem aktivatora. 4. Aktivacija putem antirepresije.

16

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

Transkripcioni represori
Proteini represori smanjuju uestalost inicijacije transkripcije na ciljnim promotorima.
Represija transkripcije je na mnogim promotorima jednostavna i posredovana je aktivnou
jednog proteina. Opisano je pet glavnih mehanizama represije inicijacije transkripcije:
- Sterne smetnje koje ometaju vezivanje RNK polimeraze. U ovom sluaju je vezivno
mesto represora locirano u okviru glavnih elemenata promotora sa kojim intereaguje
RNK polimeraza.
- Blokada tranzicije zatvorenog kompleksa u otvoreni kompleks. Represori koji se
vezuju za promotore simultano sa RNK polimerazom spreavaju odvajanje lanaca
dvolanane zavojnice u okviru -10 elementa.
- Inhibicija oslobaanja promotora. Nakon formiranja inicijacionog kompleksa RNK
polimeraza mora da raskine veze sa promotorom i transkripcionim regulatorom
ukoliko je prisutan. Upravo se i jaina promotora definie na osnovu njegove
sposobnosti da regrutuje RNK polimerazu na sebe, ali i da je otpusti kad je potrebno.
Primer je delovanje H-NS proteina na P1 promotor gena za rRNK. H-NS svojim
vezivanjem menja strukturu promotora, ali ne interferira sa vezivanjem RNK
polimeraze. Iako u ovom sluaju dolazi do formiranja otvorenog kompleksa generiu
se samo transkripti krai od 3 nukleotida zato to je onemoguen prelazak iz
inicijacionog u elongacioni kompleks.
- Blokada savijanjem DNK. Represori se esto vezuju za mesta na DNK udaljena od
ciljnog promotora, ali svoje delovanje ostvaruju savijanjem DNK.
- Represija blokadom aktivatora. U ovom sluaju represori funkcioniu kao antiaktivatori.

Slika 12. ematski prikaz delovanja transkripcionih represora.

Modulacija aktivnosti represora

Aktivnost represora transkripcije zavisi od prisustva, odnosno odsustva odgovarajueg
signala. Bakterije koriste razliite mehanizme kojima se ovo postie:
17

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

-

dr Branko Jovi

modulacija koju vre ligandi u zavisnosti od prisustva/odsustva specifinog metabolita

(alolaktoza i laktozni operon)
modulacija temperaturom promene temperature dovode do konformacionih promena
represora to rezultuje njegovom aktivacijom
modulacija proteolizom primer je LexA represor SOS regulona koji se aktivira kada
se pojave velika oteenja na DNK. Oteenja DNK dovode do formiranja
jednolaanih DNK koje konvertuju RecA protein iz neaktivne u aktivnu formu.
Aktivirani RecA indukuje autoproteolizu LexA. Proteoliza dovodi do inaktivacije
LexA i transkripcije gena SOS regulona.
modulacija delovanjem korepresora transkripcioni represor ne moe da se vee
samostalno za ciljni promotor ve zahteva interakciju sa drugim proteinima.
(interakcija Hsp represora sa DnaK aperonom u represiji dnaK operona)
modulacija delovanjem GroE aperonina. Primer ovog tipa modulacije je HrcA
represor koji reprimira transkripciju veeg broja gena ukljuujui i groESL operon.
Konverzija HrcA iz neaktivne u aktivnu formu je posredovana delovanjem GroE
aperonina. Kada je bakterija izloena toplotnom stresu GroE aperonin intereaguje sa
velikim brojem proteina ija je struktura naruena usled stresa. Interakcija GroE sa
ovim proteinima ne ostavlja dovoljan broj slobodnih GroE molekula koji mogu da
intereaguju sa HrcA. Slobodni HrcA je neaktivan te se transkripcija sa gena koje
reprimira slobodno odvija. Po zavretku stresa poveava se broj slobodnih molekula
GroE koji se vezuju za HrcA, prevode ga u aktivnu formu koja reprimira transkripciju.
modulacija aktivnosti kovalentnim modifikacijama represora dvokomponentni
regulatorni sistemi

Elongacija transkripcije
Elongacija transkripcije zapoinje od trenutka kad se RNK polimeraza odvoji od
promotora. Nakon oslobaanja promotora sigma faktor disosuje iz holoenzima to uzrokuje
konformacione promene RNK polimeraze. Promena konformacije omoguava RNK
polimerazi stabilno vezivanje za matrinu DNK i veu procesivnost. Tokom elongacije
mogue su modifikacije elongacionog kompleksa koje dovode do prekida transkripcije.
Opisana su tri mogua dogaaja zaustavljanja elongacije transkripcije:
1. Pauziranje privremeni prekid elongacije koji omoguava sinhronizaciju transkripcije i
translacije, usporava RNK polimerazu i time obezbeuje vremenski definisanu interakciju
regulatornih faktora. Pauziranje moe da pree u odreenim uslovima u jedan od nie
opisanih dogaaja.
2. Zastoj potpuni prekid elongacije, ali bez disocijacije enzima sa matrinog lanca. Da bi se
zastoj prevaziao neophodna je aktivnost dodatnih regulatornih proteina.
3. Terminacija dovodi do disocijacije kompleksa elongacije usled delovanja -nezavisnih i
-zavisnih terminatora.
Iako je transkripciono pauziranje opisano pre nekoliko decenija do danas nije utvrena
konsenzus sekvenca koja uzrokuje ovaj dogaaj. Smatra se da je na ovaj nain omoguena
regulacija transkripcije u zavisnosti od signala iz spoljanje sredine ili unutranjosti elije,
odnosno da razliiti signali inhibiraju interakciju 3'OH kraja transkripta sa novim NTP.
Opisani su i proteini ija ja glavna uloga modulacija pauziranja transkripcije. Najznaajniji
modulatori su oni iz Nus grupe proteina NusA, NusG, NusE i NusB. NusA protein je
esencijalan za bakterijsku eliju i uestvuje u regulaciji elongacije transkripcije. U zavisnosti
od konteksta RNK/DNK sekvence i prisustva/odsustva dodatnih faktora, NusA moe da
18

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

deluje dvojako na elongaciju transkripcije. Samostalno NusA stimulie odreene tipove

pauziranja i indukuje antiterminaciju -zavisnih terminatora. U kompleksu sa drugim Nus
faktorima NusA stimulie antiterminaciju na -zavisnim i -nezavisnim terminatorima.
Kada RNK polimeraza ne moe da nastavi sa sintezom RNK, ali ostaje u kompleksu sa DNK
matricom i transkriptom dolazi do zastoja transkripcije. Zastoj je obino uzrokovan
pomeranjem RNK polimeraze unazad, usled nailaska na prepreku, to dovodi do pomeranja
3'OH kraja transkripta iz katalitikog centra enzima u kanal kojim NTP difunduju do
katalitikog centra. Da bi dolo do ponovnog pokretanja transkripcije neophodno je isecanje
interne fosfodiestarske veze u cilju uklanjanja RNK koja je ula u NTP kanal i formiranje
novog 3'OH kraja transkripta u katalitikom centru. Ovaj proces je posredovan GreA i GreB
faktorima koji indukuju uroenu endonukleolitiku aktivnost RNK polimeraze. GreA faktor
indukuje hidrolizu iji su produkti najee di- i tri-nukleotidi, dok GreB faktor indukuje
hidrolizu iji produkti mogu da budu duine do 18 nukleotida. GreA spreava zastoj, dok
GreB dovodi do aktiviranja elongacionog kompleksa koji se ve nalazi u stanju zastoja.
Bioloki smisao endonukleolitikih reakcija za ije je odvijanje neophodna indukcija dodatnih
faktora moe da bude:
- poveavanje tanosti transkripcije usled isecanja pogreno ugraenih nukleotida
- suprimiranje pauziranja i zastoja transkripcije
- stimulacija otputanja RNK polimeraze sa promotora i samim tim tranzicije iz
inicijacione u elongacionu fazu suprimiranjem otputanja ranih RNK i poveavanjem
verovatnoe ekstenzije transkripata tokom abortivne transkripcije.
Ukoliko do zastoja transkripcije doe usled oteenja DNK na matrinom lancu oslobaanje
RNK polimeraze sa DNK i regrutovanje proteina koji uestvuju u popravci oteenja vri Mfd
protein. Mfd protein poseduje ATP-aznu aktivnost i sposobnost vezivanja za dvolananu
DNK i funkcionie kao ATP-zavisna translokaza.
Transkripciono proklizavanje
Transkripciono proklizavanje je proces tokom kojeg RNK polimeraza ugrauje u
iRNK nukleotide koji nemaju, na toj poziciji, odgovarajui par u matrinom lancu DNK.
Najbolje prouen primer je dnaX gena bakterije T. thermophilus koji moe da kodira ili
subjedinicu DNK polimeraze III, a sve u zavisnosti od okvira itanja. Kanonski produkt
transkripcije dnaX gena je iRNK subjedinice dok iRNK subjedinice nastaje
transkripcionim proklizavanjem. Proklizavanje RNK polimeraze se deava u regionu dnaX
gena koji sadri devet adenina. Tokom elongacije transkripcije u okviru elongacionog
kompleksa se nalazi RNK-DNK hibrid duine 8-9 nukleotida. Transkripciono proklizavanje je
posledica disocijacije tog hibrida i popravke iRNK koja sledi. Popravka iRNK se u sluaju
transkripcionog proklizavanja vri tako da se kao matrica koristi DNK sa pogrene pozicije,
ali koja sadri niz identinih nukleotida kao i mesto gde je inicirano proklizavanje. Nakon
popravke RNK polimeraza nastavlja transkripciju sa tog mesta to za posledicu ima promenu
otvorenog okvira itanja.

19

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

Slika 13. ema transkripcionog proklizavanja tokom ekspresije dnaX gena bakterije Thermus thermophilus. Za
detalje videti tekst.

Transkripciona interferenca
Transkripciona interferenca je mehanizam regulacije transkripcije tokom kojeg aktivnost
susednih promotora utie na njihovu efikasnost. Napredak na polju bakterijske genomike i
transkriptomike omoguio je otkrivanje velikog broja antisens-RNK (asRNK) i drugih
nekodirajuih RNK (nkRNK). Antisens-RNK koje se sintetiu antisens transkripcijom gena
koji kodiraju proteine se nazivaju i cis-antisens RNK. Bakterijske cis-asRNK ne dele ni jednu
zajedniku osobinu osim injenice da se transkribuju sa antisens lanca gena. Meutim, na
osnovu svoje lokacije mogu grubo da se klasifikuju kao 5'-preklapajue (divergentne, glavaglava), 3'-preklapajue (konvergentne, rep-rep) i interno locirane cis-asRNK. Veliki broj
novootkrivenih nekodirajuih RNK vodi ka pretpostavci da u bakterijskim genomima postoji
mnogo vei broj promotora nego to se to pretpostavljalo do sada. Sa poveanjem broja
aktivnih promotora smanjuje se i potencijalno rastojanje meu njima. Smanjenje rastojanja
meu aktivnim promotorima poveava verovatnou transkripcione interference. Opisana su tri
mogua modela interference:
- model sudara
- model blokade promotora
- model nepokretne mete
Model sudara. Sudar dva elongaciona kompleksa rezultuje preuranjenom terminacijom jednog
ili oba transkripciona dogaaja. Najverovatnije ne dolazi do direktnog kontakta elongacionih
kompleksa ve dolazi do takozvanih interakcija na daljinu (npr. elektrostatike interakcije) ili
efekta talasa pozitivno superspiralizovane DNK koja se nalazi ispred elongacionih kompleksa.
Posledice sudara znatno variraju, ali moe da doe do disocijacije jednog ili oba kompleksa,
povlaenje unazad jednog ili oba kompleksa ili zastoja/pauziranja RNK polimeraza.
Efikasnost interference po modelu sudara zavisi od rastojanja izmeu dva promotora, ali i od
jaine promotora sa kojih se inicira transkripcija.
Model blokade promotora. Do interference transkripcije blokadom promotora dolazi kad
elongacioni kompleks sa promotora koji se oznaava kao "agresivni" prelazi preko elemenata
drugog promotora koji se oznaava kao "osetljivi". Prelaz elongacionog kompleksa
"agresivnog" promotora preko "osetljivog" promotora spreava formiranje inicijacionog
kompleksa na potonjem. Da bi interferenca blokadom promotora bila efikasna neophodno je
da "agresivni" promotor bude izuzetno jak jer RNK polimeraza blokira "osetljivi" promotor
samo tokom kratkog vremena dok prolazi preko njega.
Model nepokretne mete. Interferenca modelom nepokretne mete se odvija kada RNK
polimeraza koja se nalazi u okviru otvorenog kompleksa "osetljivog" promotora biva
uklonjena usled sudara sa drugim elongacionim kompleksom pre nego to i sama pree u
20

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

elongacioni kompleks. Smatra se da je interferenca po ovom modelu efikasnija u sluaju

blisko pozicioniranih promotora umerene jaine.

Terminacija transkripcije
U bakterijama su opisana dva mehanizma koji dovode do disocijacije RNK polimeraze i RNK
transkripta sa DNK: uroena ili -nezavisna terminacija i -zavisna terminacija.
-nezavisna terminacija
Uroena terminacija transkripcije, po pravilu, ne zavisi od prisustva regulatornih
faktora i odvija se usled prisustva dva tipa specifinih DNK sekvenci: invertovanog ponovka
(poput G/C bogatih palindroma) i niza adenina koji na matrinom lancu sledi za invertovanim
ponovkom. Smatra se da palindromska DNK zauzima strukturu ukosnice u iRNK uzrokujui
zaustavljanje RNK polimeraze do kojeg dolazi nedugo nakon transkripcije palindromske
sekvence. Interakcija novoformirane ukosnice u iRNK i RNK polimeraze dovodi do slabljenja
interakcije RNK polimeraze sa transkriptom i matrinom DNK. Do otputanja dolazi zbog
slabe veze izmeu rU-dA hibrida. Ovi dogaaji zajedno sa formiranjem petlje u strukturi
RNK u izlaznom kanalu RNK polimeraze dovode do oslobaanja transkripta pre nego to se
ugradi sledei nukleotid. Terminacija se odvija u dva koraka: RNK polimeraza pauzira u
okviru adeninskog niza, a zatim sledi oslobaanja tog enzima. Genomi mnogih bakterija ne
sadre terminacione signale uroene terminacije to ukazuje na postojanje drugaijih, jo
neopisanih signala terminacije ili uee terminacionih faktora u ovom procesu.
-zavisna terminacija
Rho-faktor () je jedini do danas opisani faktor terminacije transkripcije. Funkcija
faktora je olakavanje oslobaanja transkripta sa DNK sekvence na kojoj je kompleks suvie
stabilan da bi dolo do spontanog oslobaanja. Da bi se odvijao opisani proces neophodna je
energija koja se dobija hidrolizom ATP-a. Za razliku od -nezavisne terminacije -zavisni
terminatori ne poseduju definisanu konsenzus sekvencu. U bakteriji E. coli faktor ini est
identinih subjedinica koje formiraju otvoreni ili zatvoreni prsten. Rho-faktor se sa najveim
afinitetom vezuje za jednolanane RNK molekule duine 40 ili vie nukleotida koje su bogate
sa C nukleotidima. Vezivna mesta faktora se oznaavaju kao rut (eng. Rho utilization sites).
Osim rut mesta -zavisni terminator sadri i tsp (eng. termination stop point) region. Region
tsp moe da se prostire i do 100 bp i predstavlja mesto na kojem dolazi do terminacije
transkripcije. Mesta terminacije transkripcije su definisana karakteristikama DNK sekvence
ukljuujui i regione koji ih neposredno okruuju. Rastojanje izmeu rut sekvence i mesta
terminacije transkripcije obino iznosi 20-40 nukleotida. Kada se faktor vee za RNK u
formi heksamera ispoljava 5'-3' helikaznu aktivnost pri emu se premeta do mesta
transkripcije i oslobaa RNK polimerazu. Vezivanje faktora za rut mesto ne zahteva
energiju ATP molekula ve je posredovano N-terminalnim domenima monomera
heksamera. Ukoliko je prsten heksamera u otvorenoj formi RNK transkript se provlai kroz
otvor to dovodi do alosterike aktivacije faktora i zatvaranja prstena u stabilnu
konfiguraciju. Meutim, ukoliko je prsten u zatvorenoj formi transkript ne moe da se vee
sve dok se prsten spontano ne otvori. Nakon vezivanja za RNK faktor se kree niz transkript
zahvaljujui energiji ATP molekula dok ne naie na elongacioni kompleks. Kada faktor
doe do elongacionog kompleksa svojom helikaznom aktivnou odvije RNK-DNK hibrid na
21

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

mestu transkripcije. Trenutno postoje dva modela koja objanjavaju translokaciju. Prema
prvom modelu translokacija se odvija disocijacijom faktora sa rut mesta, dok drugi model
pretpostavlja da heksamer sve vreme ostaje vezan za rut mesto. Tokom ovog procesa veliki
broj faktora moe da utie na njegov krajnji ishod.
S obzirom da faktor nije prisutan u svim bakterijama, ali i da esto u onima u kojima je
prisutan nije esencijalan namee se pitanje biolokog smisla -zavisne terminacije. Smatra se
da terminacija transkripcije koja zahteva prisustvo proteinskog faktora omoguava
bakterijama finu regulaciju transkripcije u veoma kompleksnim uslovima ivotne sredine.
Uloga cis-asRNK u terminaciji transkripcije
Osim to uzrokuju transkripcionu interferencu cis-asRNK utiu i na terminaciju
transkripcije. Uticaj cis-asRNK na terminaciju je najdetaljnije prouen na primeru operona za
transport i biosintezu siderofora vrste Vibrio anguillarum (siderofore su molekuli koji imaju
izuzetno visok afinitet za Fe3+ pri emu tako nastali kompleks lako ulazi u eliju obezbeuju
unos gvoa u eliju). U V. anguillarum operon za transport i biosintezu siderofora ine etiri
gena za transport (fatDCBA) i dva za biosintezu (angR i angT), ali se u okviru operona
sintetiu i dve antisens RNK (RNA i RNA). Kada je gvoe prisutno u dovoljnim
koliinama RNA reprimira ekspresiju fatA i fatB kada u eliji ima dovoljno gvoa, dok
RNA izaziva terminaciju u okviru fatDCBA-angRT to dovodi do transkripcije samo
fatDCBA. RNA je komplementarna 3' regionu fatA gena i 5' regionu angR gena. Vezivanjem
za policistronsku fatDCBA dovodi do terminacije na poziciji ukosnice koja se nalazi blizu
fatA stop kodona.
Jo jedan primer cis-asRNK koja regulie terminaciju transkripcije je RnaG koja
reprimira transkripciju ciljnog gena (icsA) transkripcionom interferencom i atenuacijom
transkripcije. 5' kraj icsA iRNK formira dve duge ukosnice koje predstavljaju
antiterminatorske strukture. Vezivanjem cis-asRNK za iRNK koja se transkribuje inhibira se
formiranje antiterminatora i favorizuje formiranje terminatorske petlje.
Antiterminacija i atenuacija transkripcije
Regulacija transkripcije se u bakterijama ne odvija samo na nivou inicijacije ve i na
nivou elongacije. Atenuacija transkripcije je vid regulacije tokom kojeg regulatorni molekuli
indukuju terminaciju transkripcije gena koji bi u suprotnom bili neometano transkribovani.
Antiterminacija transkripcije je proces tokom kojeg regulatorni molekuli obezbeuju
transkripciju gena koja bi da oni nisu prisutni bila preveremeno zaustavljena. Tokom
antiterminacije dolazi do modifikacije elemenata elongacionog kompleksa to obezbeuje
prelazak preko terminatora bez zaustavljanja transkripcije. Antiterminatori svoje delovanje na
RNK polimerazu mogu da ostvare pasivno ili aktivno. Kada antiterminator spreava
formiranje terminacionog signala (interferira sa formiranjem ukosnice ili sa faktorom), ali
ne deluje direktno na RNK polimerazu proces se definie kao pasivna antiterminacija. U
aktivnoj antiterminaciji antiterminator omoguava RNK polimerazi da prevazie pravilno
formiran terminacioni signal. Aktivna antiterminacija se esto oznaava i kao procesivna
antiterminacija.
Pasivna antiterminacija. Najvei broj opisanih mehanizama antiterminacije su pasivni i
specifini za -nezavisnu terminaciju transkripcije. Tokom transkripcije operona poetni
delovi RNK transkripta (lider RNK transkripta) obino mogu da zauzmu dve, meusobno
iskljuive strukture: terminatorsku i antiterminatorsku. Promena iz terminatorske u
antiterminatorsku strukturu, a samim tim i ekspresija nizvodnih regiona operona zavisi od
22

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

velikog broja regulatora poput proteina, malih molekula, neariranih tRNK i aktivnih
ribozoma.
Mnogi proteini imaju visok afinitet vezivanja za RNK transkript pri emu direktno
(preferencijalnim vezivanjem za jednolananu RNK) ili indirektno (stabilizacijom
antiterminatorskih struktura) spreavaju formiranje RNK ukosnice. Veina antiterminatorskih
proteina se vezuje za specifine sekvence RNK i regulie aktivnost jednog ili nekoliko gena.
Izuzetak su proteini hladnog oka, globalni regulatori tokom odgovora na stres izazvanog
niskim temperaturama, koji su po svojoj aktivnosti RNK aperoni i deluju na aktivnost
velikog broja gena u genomu. Vezivanju antiterminatora za RNK obino prethodi njegova
konformaciona promena (usled vezivanja liganda) ili neki vid kovalentne modifikacije (poput
fosforilacije). Strukturne osnove molekularnih mehanizama antiterminacije posredovane
proteinima su najbolje izuene na primeru HutP proteina koji je pozitivni regulator operona za
katabolizam histidina (hut) vrste Bacillus subtillis. HutP obezbeuje ekspresiju hut operona u
prisustvu L-histidina. Heksamer HutP se vezuje za netranslirajui region RNK koji razdvaja
hutP gen od nizvodnih gena koji kodiraju enzime za degradaciju histidina. Da bi se vezao za
iRNK HutP mora da bude aktiviran interakcijom sa histidinom koja dovodi do njegove
konformacione promene. Vezivanje HutP za RNK se ostvaruje posredstvom est NAG tripleta
na RNK od kojih se tri nalaze uzvodno, a tri u okviru terminatorske sekvence.
U veini G(-) bakterija ribozomi kontroliu ekspresiju operona za biosintezu
aminokiselina, a sve u zavisnosti od prisustva odgovarajue aminokiseline. Da li je
aminokiselina prisutna/odsutna ribozom "osea" posredstvom odnosa ariranih/neariranih
tRNK. Primer ovog vida regulacije je trp operon za biosintezu triptofana u E. coli. U okviru
lidera RNK transkripta trp operona se nalaze dva tandemska kodona za triptofan. Kada je nivo
triptofana u eliji visok, a samim tim i tRNK arirana ribozom moe da sintetie lider peptid
to dovodi do formiranja terminatora i oslobaanja RNK polimeraze sa matrinog lanca. U
suprotnom sluaju, kada je koncentracija triptofana niska i samim tim vei broj neariranih
tRNK nema sinteze lider peptida, formira se antiterminatorska ukosnica i RNK polimeraza
moe da nastavi sa transkripcijom to vodi ka biosintezi triptofana.
Mehanizam delovanja ariranih tRNK na terminaciju transkripcije se znaajno
razlikuje u G(+) bakterijama ukoliko se poredi sa prethodno opisanim mehanizmom u E. coli.
U G(+) bakterijama prisustvo ariranih tRNK direktno deluje na terminaciju transkripcije
bez prisustva ribozoma kao posrednika. Ovo je omogueno interakcijom tRNK i lider
sekvence iRNK koja moe da formira i terminatorsku i antiterminatorsku strukturu.
Antiterminator u ovom sluaju ukljuuje sekvencu dugu 14 nukleotida koja se naziva T-boks.
Ekspresija gena koja je regulisana prisustvom T-boksa se indukuje stabilizacijom
antiterminatora u lider regionu iRNK koju vri arirana tRNK. Interakcija T-boksa i tRNK
ne zavisi od prisustva proteina, u njoj uestvuje nekoliko regiona tRNK i na kaju rezultuje
strukturnim promenama i tRNK i iRNK.
Translacija i transkripcija u bakterijama su veinom povezani procesi to omoguava
koordinisanu regulaciju oba procesa. Translacija ima kljunu ulogu u sintezi iRNK zato to
ukoliko zbog prisustva nonsens kodona ne doe do translacije dolazi do -zavisne terminacije
transkripcije (ovo moe da bude modulisano delovanjem antiterminatora). Predloena su dva
modela uticaja translacije na terminaciju transkripcije:
- ribozomi blokiraju rut mesta i onemoguavaju vezivanje faktora
- ribozomi kompetiraju sa faktorom za vezivanje za NusG protein.
Formiranje NusG- kompleksa je kljuno za zavisnu terminaciju. Ukoliko NusG formira
kompleks sa S10 proteinom (NusE) 30S subjedinice ribozoma onda ne moe da intereaguje sa
faktorom. Interakcija S10 i NusG obezbeuje funkcionalnu vezu izmeu elongacionog
kompleksa i prateeg ribozoma to obezbeuje kontrolisani nivo transkripcije u zavisnosti od
23

MOLEKULARNA BIOLOGIJA PROKARIOTA PREDAVANJE II

dr Branko Jovi

kapaciteta translacije. Tako ribozom deluje kao antiterminator spreavajui faktor da se

vee za iRNK, inhibira -zavisnu terminaciju blokirajui formiranje NusG- kompleksa i
spreava formiranje terminatorske ukosnice. Takoe se smatra da pratei ribozom moe da
"pogura" RNK polimerazu unapred (da je ubrza) to spreava pauziranje i zastoj transkripcije.
Aktivna antiterminacija. Aktivna antiterminacija je proces tokom kojeg regulatorni
molekuli pomau RNK polimerazi da prevazie najee viestruke signale terminacije
transkripcije. Poznato je da tokom elongacije transkripcije RNK polimeraza podlee
strukturnim promenama usled nailaska na signale sadrane u DNK i RNK. Strukturne
promene dovode do pauziranja transkripcije koje moe da rezultuje zastojem ili terminacijom
transkripcije. Antiterminatori mogu da ostvare trojako dejstvo na RNK polimerazu (a)
favorizovanje ponovnog pokretanja elongacionog kompleksa, (b) fiksiranje 3' OH kraja iRNK
u aktivnom centru enzima i (c) blokada faktora ili spreavanje formiranja terminatorske
ukosnice.
Prvi opisani antiterminator bio je protein N faga. Delovanje N proteina se bazira na
suprimiranju nekoliko -zavisnih terminatora ime se omoguava tranzicija izmeu rane i
srednje faze transkripcije faga. Interakcija elongacionog kompleksa i N proteina se odvija
pomou njegove interakcije sa nut (eng. N utilization ) RNK ukosnicom. Ukoliko deluje u
blizini nut mesta N protein funkcionie samostalno. Meutim, da bi svoje delovanje ispoljio
dalje od nut mesta neophodno je da se formira kompleks NusA-NusB-S10-NusG. Takoe, N
protein suprimira pauziranje i terminaciju i na -zavisnim i -nezavisnim terminatorima tako
to spreava disocijaciju RNK polimeraze (vri njenu stabilizaciju). Jo uvek nije poznato da
li N protein spreava -zavisnu terminaciju tako to blokira pristup faktora na RNK
polimerazu ili moda ubrzava RNK polimerazu to joj omoguava da pobegne od faktora. U
sluaju -nezavisnih terminatora N protein spreava terminaciju time to se vezuje za 5' kraj
regiona iRNK koji formira ukosnicu.
Protein Q je antiterminator kasne transkripcije faga. Tokom regrutovanja dimer Q
proteina intereaguje sa specifinim qut (eng. Q utilization) mestom na dvolananoj DNK
(nalazi se uzvodno od starta kasnog promotora) i domenom 4 faktora elongacionog
kompleksa koji pauzira uzvodno od kasnog promotora. Nakon to je regrutovan u elongacioni
kompleks Q protein se kree zajedno sa RNK polimerazom i obezbeuje joj prolaz preko
terminatora. Smatra se da je Q protein inhibitor pauziranja ime se smanjuje verovatnoa
terminacije. Poznato je i da kada se nalazi u kompleksu sa NusA proteinom Q protein titi
RNK transkript od faktora.
RfaH je specijalizovani paralog NusG proteina koji poveava ekspresiju distalnih gena
nekih operona u E. coli i srodnim bakterijama. Razlike RfaH i NusG se ogledaju u tome to
RfaH nije esencijalan i deluje samo na operone koji u okviru 5' netranslirajuih regiona
poseduju 12 nukleotida dug supresorski ops (eng. operon polarity suppressor) element. RfaH
se specifino vezuje za ops element to indukuje izomerizaciju elongacionog kompleksa to
dovodi do regrutovanja RfaH u elongacioni kompleks. Nakon vezivanja za RNK polimerazu
RfaH spreava pauziranje i terminaciju tokom transkripcije celokupnog operona.

24