Vuelta al momento antes de la batalla final, en la que Zeus y Gea deberán morir, un guerrero espartano aparece ante Kratos

, venciéndole con la ayuda de la Lanza de Urano y lanzándole al vació desde lo alto del Olimpo y dándole por muerto.

Kratos fué llamado por Nix, diosa de la noche, transportado ante la madre de Urano. Le explica que la guerra entre dioses que está viviendo comenzó muchos años, en otra generación de dioses. También le cuenta que en esa batalla debería haber logrado matar a Zeus pero Urano, buscando venganza por la traición de su hijo Cronos, envió a un guerrero entrenado por él mismo llamado Zelo, el difunto hermano de Kratos revivido gracias a Hades, para salvarle. Al haber acabado con las Hermanas del Destino dejando los hilos del destino desprotegidos, fueron alterados mientras Kratos se dirigía al Olimpo con los titanes.

En su nueva aventura Kratos deberá conseguir la balanza de Némesis, un objeto que permite equilibrar el poder entre la espada del Olimpo de Kratos y la Lanza de Urano de Zelo. Para ello se dirigirá a Átila, al primer templo de Némesis. Allí se encontrará con un viejo conocido, el anciano que se comió la hidra antes de convertirse en el dios de la guerra, que le revela la manera de entrar al templo. Una vez alcanzado el altar de Némesis, Kratos coge la balanza y la estatua de Némesis cobra vida, rompiéndose su piel de piedra revelando a la diosa de la justicia a la que deberá derrotar para apropiarse de su objeto.

Al salir del templo, Kratos se encuentra con la ciudad destruida por Crius, un titán fiel a su padre Urano. Kratos deberá abrirse paso por la ciudad infestada de enemigos hasta el puerto, para volver a la Isla de la Creación para volver a su enfrentamiento con Zeus. Pero al desembarcar, Crius sigue a Kratos y mantendrán una pelea en el mar, saltando sobre el Titán y el barco para no caer al mar. Al final una ola gigante hace naufragar a Kratos hasta una pequeña isla de Amazonas donde Kratos será perseguido por ser hombre por orden de Circe, la hechicera de la aldea.

Tras resolver el enfrentamiento en la isla, Kratos volverá a salir al mar. Esta vez llega a su destino, la Isla del Destino, donde encuentra a tres hombres custodiando el hilo del destino llamados Virgilio, Homero y Hesíodo. Dichos hombres quieren alterar el tiempo a su antojo y crear la historia que ellos desean, cosa que les ha permitido Urano a cambio de haber enviado a Zelo al Olimpo a parar los pies a Kratos. Después de vencerlos, Kratos vuelve al momento en que su hermano le impidió realizar su venganza. Tras la pelea Zelo cae al suelo, sus últimas palabras para Kratos son que su orgullo será lo que le atormente hasta el fin de su existencia.

Kratos sigue su aventura hasta llegar a Zeus, se enfrentan y cuando Zeus se encuentra entre la espada y la pared le propone un nuevo trato a Kratos. Eliminar a Urano, el único dios capaz de hacer sombra al poder de Zeus a cambio de devolver a su esposa e hija a la vida del mismo modo que hizo Urano con su hermano. A lo que Kratos contesta: “Si el resucitó a alguien, será con quien haga un trato.” y termina con Zeus.

La aventura terminará con Kratos en busca de Urano, quien no dejará que se acerque fácilmente después de haber levantado su arma de tal manera contra los dioses.