SINTESIS PROTEIN

Sintesis protein adalah proses penyusunan asam-asam amino pada rantai polinukleotida.
Informasi yang disandikan dalam suatu gen menentukan ekspresi pada runutan asamasam amino suatu polinukleotida.
Ada banyak tahapan antara ekspresi genoti ke fenotip.Gen-gen tidak dapat langsung
begitu saja menghasilkan fenotip-fenotip tertentu misalnya warna mata hijau, bentuk biji
yang lonjong, atau celah pada dagu.Fenotip suatu individu ditentukan oleh aktivitas
enzim (protein fungsional). Enzim yang berbeda akan menimbulkan fenotip yang
berbeda. Perbedaan satu enzim dengan enzim lainnya ditentukan oleh jumlah jenis dan
susunan asam amino penyusun protein enzim. Pembentukan asam amino tersebut
ditentukan oleh gen atau DNA.
Ekspresi gen merupakan proses dimana informasi yang dikode di dalam gen
diterjemahkan menjadi urutan asam amino selama sintesis protein.
1. Dogma Sentral Biologi
Dogma sentral mengenai ekspresi gen, yaitu DNA yang membawa informasi genetik
ditranskripsi menjadi RNA, dan RNA diterjemahkan menjadi poliptedi.Selama ekspresi
gen, informasi genetic ditransfer secara akurat dengan DNA melalui RNA untuk
menghasilkan polipeptida dengan urutan asam amino yang spesifik.
Hubungan antara DNA dan RNA dalam penurunan sifat, struktur sel, dan aktivitas sel
terangkum dalam konsep dogma sentral.Konsep tersebut dapat diartikan sebagai sumber
dari segala informasi.Hal tersebut dapat dituliskan sebagai berikut.
DNA replikasi DNA transkripsi RNA translasi Protein
Skema dogma sentral
Konsep di atas menerangkan bahwa kunci utama dari sintesis protein adalah DNA, yang
merupakan material genetika dari sel. Brgerak ke sebelah kiri, DNA tersebut mampu
memproduksi diri sendiri melalui proses replikasi. Bergerak ke kanan, DNA mampu
mengawasi pembentukan RNA (melalui proses transkripsi) dan pembentukan protein
(melalui proses translasi).
Replikasi DNA terjadi di inti sel pada saat mempersiapkan pembelahan mitosis dan
meiosis. Tanpa replikasi, sel anak tidak akan memperoleh informasi yang dibutuhkan
untuk melanjutkan kehidupan. Hasil dari proses transkripsi membentuk rantai RNAd
yang merupakan salinan dari rantai DNA.
2. Proses Sintesis
Ekspresi gen merupakan sintesis protein yang terdiri dari dua tahap. Tahap pertama,
urutan ranti nukleotida template (cetakan) dari suatu DNA untai ganda disalin untuk
menghasilkan satu rantai mmolekul RNA. Proses ini disebut transkripsi dan berlangsung

dalam inti sel. Thap kedua merupakan sintesis polipeptida dengan urutan spesifik
berdasarkan rantai RNA yang di buat pada tahapan pertama. Proses ini disebut translasi.
Proses tersebut membutuhkan pengikatan dan pergerakan ribosom di sitoplasma pada
sepanjang rantai RNA untuk menterjemahkan urutan nukleotida rantai RNA tersebut
menjadi urutan asam amino untuk membentuk rantai polipeptida. Pada proses ini
digunakan istilah penerjemahan karena bahasa pada nukleotida RNA diterjemahkan
menjadi bahasa baru, yaitu bahasa asam amino suatu protein.
a. Transkripsi
Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, yaitu rantai cetakan
atau senseyang berfungsi sebagai pita cetakan,sedangkan rantai DNA komplemennya di
sebut rantai antisense yang berfungsi pada proses replikasi.
Rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut unit transkripsi.RNA
dihasilkan dari aktivitas enzim RNA polymerase.Enzim RNA polymerase membuka
pilinan kedua rantai DNA hingga terpisah dan merangkaikan nukleotida RNA.Enzim
RNA polymerase merangkai nukleotida-nukleotida RNA dari arah 5
3, saat terjadi
perpasangan basa di sepanjang cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang
DNA menandai di mana transkripsi suatu gen dimulai dan diakhiri.
Transkripsi terdiri dari tiga tahap, yaitu inisiasi (permulaan), elongasi (pemanjangan), dan
terminasi (pengakhiran) rantai RNA.Transkripsi mensintesis baik RNAd, RNAt, maupun
RNAr.Namun, hanya basa nitrogen yang terdapat pada RNAd saja yang nantinya
diterjemahkan menjadi asam amino (protein).
1. Inisiasi
Daerah DNA dimana RNA polymerase melekat dan mengawali transkripsi disebut
sebagai promoter.suatu promoter mencakup titik awal (start point) transkripsi (nukleotida
dimana sintesis RNA sebenarnya dimulai)dan biasanya membentang beberapa pasangan
nukleotida di depan titik awal tersebut. Selain menentukan dimana transkripsi mulai,
promoter juga menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan
sebagai cetakan.
2. Elongasi
Pada saat RNA bergerak di sepanjag DNA, pilinan heliks ganda DNA tersebut terbuka
secara berurutan kira-kkira 10 hingga 20 basa DNA sekaligus.Enzim RNA polymerase
menambahkan nukleotida ke ujung 3 dari molekul RNA yang sedang tumbuh di
sepanjang heliks ganda DNA tersebut. Setelah sintesis RNA berlangsung, DNA heliks
ganda terbentuk kembali dan molekul RNA baru akan lepas dari cetakan DNA-nya.
Transkripsi berlanjut pada laju kira-kira 60 nukleotida per detik pada sel eukariotik.
3. Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polymerase mentranskripsi urutan DNA yang
disebut terminator. Terminator merupakan suatu urutan DNA yang berfungsi
menghentikan proses transkripsi. Terdapat beberapa mekanisme yang berbeda untuk
terminasi transkripsi, yang perinciannya sebenarnya masih kurang jelas.Pada sel
prokariotik, transkripsi biasanya berhenti tepat pada saat RNA polymerase mencapai titik

terminasi.Sebaliknya, pada sel eukariotik, RNA polymerase terus melewati titik

terminasi.Pada titik yang lebih jauh kira-kira 10 hingga 35 nukleotida, RNA yang telah
terbentuk terlepas dari enzim tersebut.
b. Translasi
Dalam proses translasi, sel menginterpretasikan suatu kode genetic menjadi protein yang
sesuai. Kode genetic tersebut berupa serangkaian kodon di sepanjang molekul RNAd,
interpreternya adalah RNAt.RNAt mentransfer asam amino-asam amino dari kolam
asam amino di sitoplasma ke ribosom.
Molekul-molekul RNAt tidak semuanya identik.Molekul RNAt membawa asam amino
spesifik pada salah satu ujungnya yang sesuai dengan triplet nukleotida pada ujung RNAt
lainnya yang disebut antikodon.Misalnya, perhatikan kodon RNAd UUU yang ditranslasi
sebagai asam amino fenilalanin.RNAt pembawa fenilalanin memiliki antikodon AAA
yang komplemen terhadap UUU agar terjadi reaksi penambahan (transfer) fenilalanin
pada rantai polipeptida sebelumnya.
Asosiasi kodon dan antikodon sebenarnya merupakan bagian kedua dari dua tahap
pengenalan yang dibutuhkan untuk translasi suatu pesan genetic yang akurat.Asosiasi ini
harus didahului oleh pelekatan yang bener antara RNAt dengan asam amino.RNAt yang
mengikatkan diri pada kodon RNAd harus membawa hanya asam amino yang tepat ke
ribosom.Tiap asam amino digabungkan dengan RNAt yang sesuai oleh suatu enzim
spesifik yang disebut aminoasil-RNAt sintetase (aminoacyl_tRNA synthetase).
Ribosom memudahkan pelekatan yang spesifik antara antikodon RNAt dengan kodon
RNAd selama sintetis protein.Sebuah ribosom dapat dilihat melalui mikroskop electron,
tersusun dari dua subunit, yaitu subunit besar dan subunit kecil. Sub unit ribosom di
bangun oleh protein-protein dan molekul-molekul RNAr.
Translasi di bagi menjadi tiga tahap (sama seperti pada transkripsi) yaitu inisiasi,
elongasi, dan terminasi. Semua tahapan ini memerlukan factor-faktor protein yang
membantu RNAd, RNAt dan ribosom selama proses translasi. Inisiasi dan elongasi rantai
polipeptida juga membutuhkan sejumlah energy.Energy ini disediakan oleh GTP
(guanosin triphosphat), suatu molekul yang mirip dengan ATP.
1. Inisiasi
Tahap inisiasi dari translasi terjadi dengan adanya RNAd, sebuah RNAt yang memuat
asam amino pertama dari polipeptida, dan dua subunit ribosom.Pertama, subunit ribosom
kecil mengikatkan diri pada RNAd dan RNAt inisiator.Subunit ribosom kecil melekat
pada tempat tertentu di ujung 5 RNAd. Di dekat tempat pelekatan ribosom subunit kecil
pada RNAd terdapat kodon inisiasi AUG, yang memberikan sinyal dimulainya proses
translasi. RNAt inisiator, yang membawa asam amino metionin, melekat pada kodon
inisiasi AUG.
Oleh karenanya, persyaratan inisiasi adalah kodon RNAd harus mengandung triplet AUG
dan terdapat RNAt inisiator berisi antikodon UAC yang membawa metionin. Jadi pada

setiap proses translasi, metionin selalu menjadi asam amino awal yang diingat. Triplet
AUG dikatakan sebagai start codon karena berfungsi sebagai kodon awal translasi.
2. Elongasi
Pada tahap elongasi dari translasi, asam amino-asam amino berikutnya ditambahkan satu
per satu pada asam amino pertama (metionin).Kodon RNAd pada ribosom membentuk
ikatan hydrogen dengan antikodon molekul RNAt yang dikomplemen
dengannya.Molekul RNAr dari subunit ribosom besar berfungsi sebagai enzim, yaitu
mengkatalisis pembentukan ikatan peptide yang menggabungkan polipeptida yang
memanjang ke asam amino yang baru tiba.Pada tahap ini, polipeptida memisahkan diri
dari RNAt tempat perletakannya semula, dan asam amino pada ujung karboksilnya
berikatan dengan asam amino yang dibawa oleh RNAt yang baru masuk.
Saat RNAd berpindah tempat, antikodonnya tetap berikatan dengan kodon RNAt. RNAd
bergerak bersama-sama dengan antikodon ini dan bergeser ke kodon berikutnya yang
akan ditranslasi. Sementara itu, RNAt sekarang tanpa asam amino karena telah diikatkan
pada polipeptida yang sedang memanjang.Selanjutnya RNAt keluar dari
ribosom.Langkah ini membutuhkan energy yang disediakan oleh hidrolisis GTP.
RNAd bergerak melalui ribosom ke satu arah saja, mulai dari ujung 5. Hal ini sama
dengan ribosom yang bergerak 5
3 pada RNAd. Hal yang penting di sini adalah
ribosom dan RNAd bergerak relative satu sama lain, dengan arah yang sama, kodon demi
kodon. Siklus elongasi menghabiskan waktu kurang dari 1/10 detik dan terus berlangsung
hingga rantai polipeptidanya lengkap.
3. Terminasi
Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga ribosom mencapai
kodon stop. Triplet basa kodon stop adalah UAA,UAG, atau UGA. Kodon stop tidak
mengkode suatu asam amino melainkan bertindak sebagai sinyal untuk menghentikan
translasi.
3. Kode genetika
Kode genetika merupakan suatu pengkodean urutan triplet basa nitrogen DNA dan RNA
pada proses sintesis protein. Setiap kode triplet basa nitrogen akan menghasilkan suatu
jenis asam amino.
Dapat diketahui bahwa satu molekul protein disusun oleh beberapa molekul kecil yang
dikenal sebagai asam amino. Urutan dan jenis asam amino di dalam sel akan menentukan
jenis dan fungsi protein yang dihasilkan. Sementara itu, struktur asam amino ditentukan
oleh triplet basa nitrogen pada DNA dan RNA.Dalam hal ini, triplet basa nitrogen pada
DNA membawa informasi sintesis protein.Selanjutnya, triplet basanitrogen RNA, yang
dikenal sebagai kodon.
Gen tertentu membawa informasi yang dibutuhkan untuk membuat protein dan informasi
itulah yang disebut sebagai kode genetik. Dengan kata lain, kode genetik adalah cara

pengkodean urutan nukleotida pada DNA atau RNA utnuk menentukan urutan asam
amino pada saat sintesis protein. Informasi pada kode genetik ditentukan oleh basa
nitrogen pada rantai DNA yang akan menentukan susunan asam amino.
Dalam tahun 1968 nirenberg, khorana dan Holley menerima hadiah nobel untuk
penelitian mereka yang sukses menciptakan kode-kode genetik yang hingga sekarang kita
kenal. Seperti kita ketahui asam amino dikenal ada 20 macam.Yang menjadi masalah
bagaimana 4 basa nitrogen ini dapat mengkode 20 macam asam amino yang diperlukan
untuk mengontrol semua aktifitas sel?
Para peneliti melakukan penelitian pada bakteri E. Coli mula mula digunakan basa
nitrogen singlet maka diper oleh 4 asam amino saja yang dapat diterjemahkan padahal ke
20 asam amino ini harus diterjemahkan semua agar protein yang dihasilkan dapat
digunakan, kemudian para ilmuwan mencobalagi dengan kodon duplet dan baru dapat
untuk menterjemahlkan 16 asam amino ini pun belum cukup juga. Kemudian dicoba
dengan triplet dan dapat menterjemahkan 64 asam amino hal ini tidak mengapa sekalipun
melebihi 20 asam amino toh dari 64 asam amino yang diterjemahkan ada yang memilii
simbul/fungsi yang sama diantaranya (kodon asam assparat(GAU dan GAS) sama dengan
asam
asam tirosin(UAU,UAS) sama juga dengan triptopan(UGG) bahkan ini sangat
menguntungkan pada proses pembentukkan protein karena dapat menggantikan asam
amino yang kemungkinan rusan selain itu dari 20 asam amino diantaranya ada yang
berfungsi sebagai agen pemotong gen atau tidak dapat bersambung lagi dengan doubel
helix asam amino yang berfungsi sebagai agen pemotong gen diantaranya
(UAA,UAG,UGA)
beberapa sifat dari kode triplet diantaranya :
1. Kode genetik ini mempunyai banyak sinonim sehingga hampir setiap asam amino
dinyatakan oleh lebih dari sebuah kodon. Contoh semua kodon yang diawali
dengan SS memperinci prolin,(SSU,SSS,SSA dan SSG) semua kodon yang
diawali dengan AS memperinci treosin (ASU,ASS,ASA,ASG).
2. Tidak tumpang tindih,artinya tiada satu basa tungggalpun yang dapat mengambil
bagian dalam pembentukan lebih dari satu kodon,sehingga 64 itu berbeda-beda
nukleotidanya.
3. Kode genetik dapat mempunyai dua arti yaitu kodon yang sama dapat memperinci
lebih dari satu asam amino.
4. Kode genetik itu ternyata universal
Tiap triplet yang mewakili informasi bagi suatu asam amino tertentu dinyatakan
sebagai kodon.Kode genetika bersifat degeneratif dikarenakan 18 dan 20 macam
asam amino ditentukan oleh lebih dari satu kodon, yang disebut kodon
sinonimus.Hanya metionin dan triptofan yang memiliki kodon tunggal.Kodon
sinonimus tidak ditempatkan secara acak, tetapi dikelompokkan.Kodon
sinnonimus memiliki perbedaan pada urutan basa ketiga.