Etnobotanik Ve Türkiye'de Yapılmış Etnobotanik Çalışmalara Genel Bir Bakış

Gamze Akdeniz
Urtica dioica (Isrgan Otu) BTKSNN TRKYEDEK

ETNOBOTANK NEMNE DAR, BLGESEL ANTOKSDAN
KAPASTES, TOPLAM FENOLK ER VE MOLEKLER
DZEYDEK FARKLILIKLARININ TESPT
Biyoloji Anabilim Dal
Yksek Lisans Tezi
Gamze AKDENZ
Aralk - 2010
Aralk 2010
Urtica dioica (Isrgan Otu) BTKSNN TRKYEDEK

Gamze AKDENZ
Aralk 2010
stanbul, Trkiye
iii
ONAYLAMA SAYFASI
Bu tezin ekil ve ierik asndan Fen Bilimleri Enstits Yksek Lisans Tez
Yazm Klavuzunda belirtilen kurallara uygun formatta yazldn onaylyorum.
Yrd. Do. Dr. Sevim IIK

Anabilim Dal Bakan
Biyoloji Anabilim Dal 50230818 numaral rencisi Gamze AKDENZ

tarafndan hazrlanan bu tezin Yksek Lisans Tezinde bulunmas gereken yeterlilie,
kapsama ve nitelie sahip olduunu onaylyorum.
Yrd. Do. Dr. . rem UZONUR

Tez Danman
Tez Snav Jri yeleri
Yrd. Do. Dr. Mustafa PETEK
_____________________
Yrd. Do. Dr. .rem UZONUR
_____________________
Yrd. Do. Dr. Sevim IIK
_____________________
Bu tezin Fen Bilimleri Enstits Yksek Lisans Tez Yazm Klavuzunda belirtilen
kurallara uygun formatta yazldn onaylyorum.
Do. Dr. Nurullah ARSLAN

Mdr
Aralk 2010
iv
Urtica dioica (Isrgan otu) BTKSNN TRKYEDEK

Gamze AKDENZ
Yksek Lisans Tezi
Aralk 2010
Tez Danman: Yrd. Do. Dr. .rem UZONUR
ZET
Urtica dioica (srgan otu), Urticaceae familyasnda bulunan bir bitkidir.
Urticaceae familyas tropik ve subtropik blgelerde yetien bitki grubudur. Dnya
zerinde ok geni yayl alanna sahip olan bu familyann lkemizde 5 tr
bulunmaktadr. Bunlardan biri olan U. dioica ieriindeki ok ynl kimyasal
zenginliklerden dolay tm bitki ksmlar gemiten gnmze halk hekimlii, gda,
boya, lif, gbre retimi ve kozmetik sanayisinde eitli amalarla kullanlmaktadr. En
belirgin morfolojik zellii yakc tyleridir ve bu sayede halk arasnda kolayca
tannmaktadr.
Etnobotanik adan ok byk bir neme sahip olan U. dioicann, toplam
fenolik ierik ve toplam antioksidan kapasite tayini metanol ve su zcleriyle
incelenip en faydal biimde kullanmnn salanmas amalanmtr.
Trkiyenin farkl ehirlerinden ve farkl dnemlerde toplanan srgan otu
rneklerinin online veritabanlar kullanlarak U. dioicaya zg primer seti dizayn
edilmi ve molekler tr tayini yaplmtr. Blgesel ve ehirsel farkllklar incelemek

amacyla RAPD-PCR yntemi kullanlm ve uygun primerler belirlenerek rneklerin
DNA seviyesinde benzerlik ve farkllklar, hem tr ii hem birey ii dzeyde
incelenmitir.
Sonu olarak, toplam antioksidan kapasite ve toplam fenolik madde
miktarlarnn ehirlere gre deiim gsterdii, sanayi blgesi ve kirlilik oran yksek
ehirlerde bu tr yararl bileiklerin miktarlarnda azalma olduu grlmtr. Bunun
yannda morfolojik olarak ayn olan U. dioica bitkisi ile yaplan RAPD-PCR
sonularna gre farkl sonularn olduu grlmtr.
Anahtar Kelimeler: Isrgan otu, toplam antioksidan kapasite, toplam fenolik madde
miktar, RAPD-PCR.
vi
DETERMINATION OF Urtica dioica (NETTLE)'S REGIONAL

ANTIOXIDANT CAPACITY, TOTAL PHENOLIC COMPOUND
AND ITS DIFFERENCES AT MOLECULER LEVEL TO
UNDERSTAND ETHNOBOTANIC IMPORTANCE IN TURKEY.
Gamze AKDENZ
M. S. Thesis - Biology
December 2010
Supervisor: Assist. Prof. I. Irem UZONUR
ABSTRACT
Urtica dioica is a kind of plant which is a member of Urticaceae family.

Urticaceae family groups in tropic and subtropic regions. There are 5 species in our
country, whereas it spreads of a wide area around the world. U. dioica is a one of these
species, which includes high diversity of chemicals. Because of that diversity, all parts
of the plants are used in medical treatment, nutrient, dye, fiber, dropping production and
cosmetic industry from past to today. Searing feather are the most common
morphological characteristic thats why, its easily recognized by the people.
The objective of this thesis is to determine total phenolic compounds and total
antioxidant capacityto observe with the methanol and water solvents and to use it with
the maximum efficiency.
Its U.dioica collected from different cities in different times. Online databases
were used for designing spesific set of primers determinate molecular species. To
vii
observe the differences between regions and between cities RAPD-PCR methods was
used. Differences and similarities of DNA were observed among the species and among
the same plant by using spesific primers.
As a result, its proved that there are changes of total phenolic compounds and
total antioxidant capacity among the cities. And also, the amount of beneficial
compounds decreases in industrial region and highly polluted cities. At the same time
its proved that morphologial similar U. dioica plant has different RAPD-PCR results.
Keywords: Nettle, total antioxidant capacity, total phenolic compounds, RAPD-PCR.
viii
THAF
Deerli aileme ve deer verdiklerime
ix
TEEKKR
almamda tecrbesi ile bilgi birikimini benden esirgemeyen kymetli hocam

ve danmanm Yrd. Do. Dr. .rem Uzonura ve kimya deneylerinin yapmnda ve
sonrasnda yanmda olan eyda KARAMANa sonsuz teekkrlerimi sunarm.
almalarm srasnda ve eitimim srasndaki tm katklarndan dolay
Anabilim Dal Bakanmz Yrd. Do. Dr. Sevim IIKa, blmmzn deerli hocalar
Prof. Dr. Fahrettin GCN, Prof. Dr. Fatih ZKARAGZ, Do. Dr. Barik SALH,
Yrd. Do. Dr. Lokman ALPSOY, Yrd. Do. Dr. Mehmet Serdal SAKALI, aratrma
grevlileri Cemile mran CEYLAN, Bora BLEK, Hseyin TOMBULOLU, Gzin
KEKE, Esma Banu ZSOYa ve tm biyoloji personeline teekkr bir bor bilirim.
Lisans eitimim sresince bilgi ve deneyimleri ile yol gsteren bata Prof. Dr.
Gven GRK, Yrd. Do. Dr. Aysel UUR ve Yrd. Do. Dr. Glten KMEN olmak
zere tm Mula niversitesi Biyoloji blm retim yelerine teekkr ederim.
Ayrca yksek lisans sresince sabr ve anlaylarn her zaman hissettiim
aileme tm kalbimle teekkr ederim.
Bu alma, Fatih niversitesi Bilimsel Aratrma Projeleri Fonu tarafndan
P50031006_2 proje numaras ile desteklenmitir. Katklarndan dolay Fatih
niversitesi ynetimine teekkr ederim.
NDEKLER
ZET............................................................................................................................. iv
ABSTRACT ................................................................................................................ vi
THAF ......................................................................................................................... viii
TEEKKR SAYFASI ........................................................................................... ix
NDEKLER TABLOSU ......................................................................................x
TABLOLAR LSTES............................................................................................ xiii
EKLLER LSTES .............................................................................................. xiv
KISALTMALAR .................................................................................................... xvii
BLM 1
GR..1
1.1 Ama ve Kapsam ....1

1.2 Etnobotanik ve Isrgan Otu ....2
1.3 Biyoeitlilik.........4
1.3.1
Genetik Kaynaklarn Temel Korunma Yntemleri6
1.4 Trkiyenin Bitki eitlilii ve Nedenleri....7

1.5 Urticaceae.....10
1.5.1
Urtica L. (Isrgan otu) .....11

1.5.1.1 Urtica dioica....12
1.5.1.2 Isrgan Otunun Etkileri ve Kullanm Alanlar....17
1.5.1.3 Isrgan Otu Tarm.....18
a.
Toprak stekleri...18
b.
retim ekli ...19
1.6 Antioksidanlar ve Isrgan Otu Antioksidanlar ......20

1.7 Fenolik Bileikler ve Isrgan Otu Fenolik Bileikleri.21
1.7.1
Flavonoidler ...21
1.7.2
Fenolik Asitler..22
1.7.3
Fenolik Polimerler (Tanenler)..22
1.8 Elektron Aktarmna Dayal Toplam Antioksidan Kapasite Tayin Yntemleri..22
xi
1.8.1 Cuprac (Cupric Reducing Antioxidant Capacity; Cu(II) yonu

ndirgeyici Antioksidan Kapasite) Yntemi...22
TEAC (Troloks Edeeri Antioksidan Kapasitesi) / ABTS Yntemi..24
1.8.2
1.9 Toplam Fenolik Madde Tayini Yntemi....25

Folin-Ciocalteu Yntemi .25
1.9.1
1.10 Bitkilerde Kullanlan Genetik Belirteler.....25

1.10.1
Morfolojik Belirteler25
1.10.2
Molekler Belirteler.26
1.10.2.1. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ve Uygulamalar...27

1.10.2.2 RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA- Rastgele
oaltlm Polimorfik DNA) ve Uygulama Alanlar..........................28
BLM 2
MATERYAL ve METOD . 31
2.1. MATERYAL.....31
2.1.1. Bitki rnekleri...31
2.1.2. Cihazlar..32
2.1.3 Kullanlan Kimyasallar ..32
2.1.3.1 Bitki Su nfzyonlar ve Metanol Ekstraktlarn Hazrlanmas...32
2.1.3.2 Kimyasal Analiz zeltilerinin Hazrlanmas ...32
2.1.3.3 DNA zolasyon Kimyasallar.....33
2.1.3.4 Florometre Kimyasallar ....33
2.1.3.5 Polimeraz Zincir Reaksiyonlarnda Kullanlan Kimyasallar..33
2.1.3.6 Agaroz Jel Elektroforezi Kimyasallar ..35
2.2 METOD..36
2.2.1. Bitki rneklerinin Toplanmas ..36
2.2.2. Isrgan Otu rneklerinin Su nfzyonu ve Metanol Ekstraksiyonu...37
2.2.3. CUPRAC
(Cupric
Reducing
Antioxidant
Capacity;
Cu(II)
yonu
ndirgeyici Antioksidan Kapasite) Yntemi ..37

2.2.4. TEAC (Trolox Equivalent Antioxidant Capacity; Troloks Edeeri
Antioksidan Kapasitesi) / ABTS Yntemi ....38
2.2.5. Folin-Ciocalteu Yntemi ...39
xii
2.2.6. Urtica
dioicaya
zg
Primer
Dizayn
ve
Molekler
Tayinin
Yaplmas....39
2.2.7. DNA zolasyonu ...44
2.2.8. DNA Konsantrasyonu lm..45
2.2.9. Agaroz Jel Hazrlanmas ve Jel Elektroforezi47
2.2.10. Rastgele oaltlm Polimorfik DNA - Polimeraz Zincir Reaksiyonu
(RAPD- PCR) ...48
BLM 3 BULGULAR VE TARTIMA....49

3.1. Tre zg Primer Dizayn ve lgili PCR Sonular.49
3.2.
Toplam
Antioksidan
Kapasite
ve
Toplam
Fenolik
Madde
erik
Sonular....52
3.2.1. Isrgan Otu Yaprak rneklerinin Sonular.....52
3.2.2. Isrgan Otu Gvde rneklerinin Sonular .....56
3.2.3. Isrgan Otu Kk rneklerinin Sonular.......57
3.3. rneklerin DNA zolasyon Konsantrasyonlar....59
3.4. RAPD-PCR Sonular.....61
TARTIMA .......71
SONU ve NERLER.....78
REFERANSLAR..80
xiii
TABLOLAR LSTES
Tablo 1.1 : Dnyada srgan otunun etnobotanik kullanm..3
Tablo 1.2 : Urtica dioica taksonomik snflandrlmas.13
Tablo 1.3 : Isrgan otunun yapsnda bulunan maddeler16
Tablo 1.4 : Isrgan otunun kullanm alanlar..19
Tablo 2.1 : Dizayn edilen Urtica dioica primeri34
Tablo 2.2 : Oligonkleotid primerler.34
Tablo 2.3 : almada kullanlan srgan otu rneklerinin ksaltma, toplandklar iller,
toplanan
bitki
ksmlar
ve
hangi
mevsimde
toplandklarnn
bilgileri.36
Tablo 2.4 : FINNZYMES PhireDorudan-PCR bileenlerine ait bilgiler..43
Tablo 2.5 : FINNZYMES Phire Dorudan-PCR artlarna ait bilgiler...44
Tablo 2.6 : Bir RAPD-PCR tpndeki bileenler..48
Tablo 2.7 : RAPD-PCR koullar...49
Tablo 3.1 : Urtica dioica yapraklarnn metanol ekstrakt ve infzyonuna ait toplam
antioksidan kapasite ve toplam fenolik madde sonular.53
Tablo 3.2 : Urtica dioica gvdelerinin infzyonuna ait toplam antioksidan kapasite ve
toplam fenolik madde sonular...56
Tablo 3.3 : Isrgan otu kklerinin infzyonuna ait toplam antioksidan kapasite ve
toplam fenolik madde sonular.......58
Tablo 3.4 : Urtica dioica bitkisinin yaprak, gvde ve kk ksmlarnn florometrik
DNA konsantrasyon lm sonular...60
xiv
EKLLER LSTES
ekil 1.1 : Trkiye iklim haritas..8
ekil 1.2 : Trkiye toprak haritas. ..8
ekil 1.3 : Trkiyenin bitki corafya blgeleri.......8
ekil 1.4 : Trkiyede scakln dal. ..10
ekil 1.5 : Dnyann tropikal ve subtropikal iklim blgeleri. ..10
ekil 1.6 : Isrgan otu trlerinin Trkiyedeki yayl...11
ekil 1.7 : Urtica pilulifera....12
ekil 1.8 : Urtica membranacea.....12
ekil 1.9 : Urtica urens.......12
ekil 1.10 : Urtica dioica....12
ekil 1.11 : Urtica dioicann Trkiyedeki dalm (www.tubitak.gov.tr/tubives).....13
ekil 1.12 : Urtica dioicann hayat dngs. ...14
ekil 1.13 : Carl Linnaeus tarafndan snflandrlm olan Urtica dioicann morfolojik
yaps. ..........15
ekil 1.14 : Mays-2010 dneminde stanbul-Avrupa yakasndan toplanan srgan otu
(U. dioica) rnei. ......15
ekil 1.15 : (A) Cu (II)-Nc, (B) Cu (I)-Nc komplekslerinin spektrumlar.23
ekil 1.16 : ABTS.+ radikal katyonunun absorbsiyon spektrumu.24
ekil 1.17 : RAPD-PCR reaksiyonunun ematik gsterimi...30
ekil 2.1 : Trkiyenin farkl ehirlerinden ve farkl dnemlerde alnan U. dioica
rnekleri. .........................31
ekil 2.2 : Urtica dioicaya ait agglutinin isolectin VII precursor (chia5.7.2) gene, exon
3 gen blgesinin FASTA format. ......40
ekil 2.3 : Primer 3 programyla istenilen zelliklere uygun olarak belirlenen ilk drt
primer setine ait ekran grnts. .......41
ekil 2.4 : Oligo Analyzer programnda primerlerin uygunluk derecelerinin
belirlenmesi. ........42
ekil 2.5 : Belirlenen primer setinin Blast sonu tablosu. .....43
ekil 3.1 : FNNZYMES Phire Bitki Dorudan PCR kiti ile yaplan tr tayinine
ynelik PCR sonular. 193 blik amplifikasyon sonularn gsteren
%2lik agaroz jel fotoraf. .....50
ekil 3.2 : Primer setinin Blast sonular............51
xv
ekil 3.3 : Fasulye ve nane bitkileri ile baz Urtica dioica trleri ile yaplan PCR
amplifikasyon sonularn gsteren % 2lik agaroz jel fotoraf...51
ekil 3.4 : % 70 metanol esktrat yaplm Urtica dioica yaprak rneklerinin Folin
CUPRAC korelasyonu. .......54
ekil 3.5 : % 70 metanol esktrat yaplm Urtica dioica yaprak rneklerinin
FolinABTS korelasyonu. ........54
ekil 3.6 : nfzyonu yaplm Urtica dioica yaprak rneklerinin FolinCUPRAC
korelasyonu. ..........55
ekil 3.7 : nfzyonu yaplm Urtica dioica yaprak rneklerinin FolinABTS
ekil 3.8 : nfzyon yaplm Urtica dioica gvde rneklerinin FolinCUPRAC
ekil 3.9 : nfzyon yaplm Urtica dioica gvde rneklerinin FolinABTS
ekil 3.10 : nfzyon yaplm Urtica dioica kk rneklerinin FolinCUPRAC
korelasyonu. .........59
ekil 3.11 : nfzyon yaplm Urtica dioica kk rneklerinin FolinABTS
ekil 3.12 a,b : Mula rnei ile belirtilen primerler kullanlarak yaplan RAPD-PCR
sonular. ...........62
ekil 3.13 : OPA-14 primeri kullanlarak stanbul (Anadolu yakas), Ordu ve Tekirda
gvde rnekleriyle yaplan aplifikasyon sonularn gsteren %2lik
agaroz jel fotoraf. ...........63
ekil 3.14 : OPB-7 primeri ile srasyla Antalya, Van, Mula, stanbul (Anadolu
yakas), Tekirda ve Erzurum gvde rnekleri ile yaplan RAPD-PCR
amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel fotoraf....64
ekil 3.15 : Erzurum, Mersin ve Tokat rneklerinin yaprak (a) ve gvde (b) ksmlaryla yaplan RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz
jel fotoraf. .......65
ekil 3.16 : Erzurum, Mersin ve Tokat rneklerinin kk ksmlar ile yaplan amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel fotoraf...65
ekil 3.17 : stanbul (Avrupa yakas) gvde, zmir rneinin gvde ve kk ksmlar
ile yaplan RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz
jel fotoraf. .......66
xvi
ekil 3.18 a, b, c : Mula rneinin yaprak (a), gvde (b) ve kk (c) ksmlarnn OPB18 primeri ile yaplan RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren
%2lik agaroz jel fotoraf. ...........66
ekil 3.19 : Van (UD-2G) rneine ait gvdesin x3l RAPD-PCR amplifikasyon
sonularn gsteren %2lik agaroz jel fotoraf. .....67
ekil 3.20 : Tekirda (UD-6Y) rneine ait yapran OPB-5, OPB-12 ve OPB-18
primerleri kullanlarak x3l RAPD-PCR amplifikasyon sonularn
gsteren %2lik agaroz jel fotoraf. ........67
ekil 3.21 : Erzurum ve Mersin rneklerine ait kklerin x3l RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel fotoraf. .........68
ekil 3.22 : Tm Urtica dioica rneklerinin gvdeleri ve OPB-18 primeriyle yaplan
x1 RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel
fotoraf......68
ekil 3.23 : Srasyla Mula, Erzurum, Mersin, zmir, Antalya, Van, stanbul (Anadolu
yakas) ve stanbul (Avrupa yakas) rnek yapraklar ve OPB-12 primeri
ile x1 hazrlanm RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik
agaroz jel fotoraf....69
yakas) ve stanbul (Avrupa yakas) rnek gvdeleri ve OPB-7 primeri ile
x1 hazrlanm RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik
agaroz jel fotoraf.....69
ekil 3.25 : Srasyla Mula, Erzurum, Mersin ve zmir rnekleri ve OPA-14 primeri
ile x1 hazrlanm RAPD-PCR amplifikasyon sonularn
gsteren
%2lik agaroz jel fotoraf.....69

ekil 4.1: % 70 metanol ekstrakt yaplm U. dioica yaprak rneklerinin toplam
antioksidan kapasite ve toplam fenolik ierik sonular73
ekil 4.2: nfzyon yaplm U. dioica yaprak rneklerinin toplam antioksidan kapasite
ve toplam fenolik ierik sonular..73
ekil 4.3: nfzyon yaplm U. dioica gvde rneklerinin toplam antioksidan kapasite
ve toplam fenolik ierik sonular..74
ekil 4.4: nfzyon yaplm U. dioica kk rneklerinin toplam antioksidan kapasite ve
toplam fenolik ierik sonular..74
xvii
KISALTMALAR
ABTS
: 2,2-azinobis [3-etilbenzotiazolin-6-sulfonat]
AFLP
:Amplifiye Olmu Fragmentlerinin Uzunluk Polimorfizmi
BLAST
: Basic Local Alignment Search Tool
CUPRAC
: Bakr (II) yonu ndirgeyici Antioksidan Kapasite
EDTA
: Etilen diamin tetra asetik asit
HRP
: Horseradish peroksidaz
NCBI
: National Center for Biotechnology Information
RAMD
: Rastgele oaltlm Monomorfik DNA
RAPD
: Rastgele oaltlm Polimorfik DNA
PCR
: Polimeraz Zincir Reaksiyonu
Real-Time PCR: Gerek Zamanl Polimeraz Zincir Reaksiyonu

RFLP
: Restriksiyon Fragmentlerinin Uzunluk Polimorfizmi
TEAC
: Troloks Edeeri Antioksidan Kapasitesi
BLM 1
GR
1.1.Ama ve Kapsam
Gemiten gnmze insanlar eitli amalarla bitkileri kullanmlardr. ok
eski dnemlerden beri kullanlmakta olan bitkilerden biri olan Urtica dioica (srgan
otu) ile yaplan eitli aratrmalar bu bitkinin pek ok zelliini ortaya karmtr.
Klasik snflandrma metodu olan morfolojik snflandrma almalarna destek
amal kullanlan molekler yntemler ile bitkilerin snflandrlmas yaplmaktadr.
Tezimizde online veri tabanlar kullanlarak dizayn edilen primer seti ile U. dioicann
molekler tr tespiti yaplmtr.
Antioksidan ve fenolik madde gibi birok yararl bileik snf ierdii bilinen
srgan otunun, lkemizde blgelere gre farkllk gsterme durumlarnn incelenmesi
amalanmtr. Bu amala ilkbahar ve sonbahar dnemlerinde 12 farkl ehirden alnan
srgan otu rneklerinin % 70 metanol ekstrakt ve infzyonu ile toplam antioksidan
kapasite ve toplam fenolik madde miktarlar belirlenmitir.
Molekler tr tespiti yaplan U. dioica rneklerinin molekler dzeyde
deiimlerinin incelenmesi iin 15 farkl primer ile RAPD-PCR yaplm ve korunmu
blgeleri gsteren 2 (OPA-14 ve OPB-7) ve deiken blgeleri gsteren 3 (OPB-5,
OPB-12 ve OPB-18) primer belirlenerek deneylere bu 5 oligonkleotid primer ile
devam edilmitir.
Tm sonular incelendiinde tr tespiti yaplm U. dioica bitkilerinin, ehirlere
gre toplam antioksidan kapasite ve toplam fenolik madde miktarlar metanol ekstrakt
ve infzyonu yaplm rnekleriyle belirlenmitir. Etnobotanik olarak kullanlan srgan
otunun kullanm ile ilgili olarak bu tr yararl bileiklerin miktarlarnn youn olduu
ehirlerin tercih edilmesi ve yararl ksmlarnn kullanlmas amalanmtr.
erdii yapsal kimyasallarn farkll genetik dzeyde de farklln

olabilecei dncesini getirmitir. Bu amala yaplan RAPD-PCR sonularna gre U.
dioicann ehirlere gre genetik altyap farkllklar olduu grlmtr.
1.2.Etnobotanik ve Isrgan Otu
Etnobotanik, Greke halk anlamna gelen ethnos ile bitki anlamna gelen
botane szcklerinden oluan etnobotanik terimi ilk kez 1895 ylnda ABDli bilim
adam John W.Harsberger tarafndan kullanlmtr. Ayrca etnobotanik teriminin ilk
getii The Purposes of Ethnobotany adl eser bu konuda bilinen ilk yayndr (Chen,
1996). Harsberger etnobotanii yerli halkn bitki kullanm olarak tanmlamtr.
Etnobotanik, insan-bitki ilikilerini inceleyen bilim daldr ve bir yrede yaayan
halkn evresinde bulunan bitkilerden eitli gereksinimlerini karlamak zere
yararlanma bilgisi ve o bitkiler zerine etkileri olarak tanmlanabilir. Tbb bitki terimi
ise, hastalk tedavisinde veya hastalklardan korunmak amacyla kullanlan bitkileri ya
da bitkisel rnleri kapsar. Dnya Salk rgt (WHO), 1980 ylnda tbb bitkileri
bir veya daha fazla organyla tedavi edici veya hastalklar nleyici olabilen veya
herhangi bir kimyasal farmastik sentezin ncs olabilen bitki eidi olarak
tanmlamtr (Yldrml, 2004).
Etnobotanik almalar, deneme yanlma yoluyla edinilmi ve uzun bir zaman
srecinde nesilden nesile aktarlarak gnmze ulam, ok deerli bilgileri yanstan,
ierikleri ile bitkilerin bilimsel olarak deerlendirilmelerine nemli katkda bulunmu
almalardr (Yldrml, 2004). Bu almalar; yalnzca insanlarla bitkilerin
yzyllardan beri devam eden karlkl etkileimlerini kaydetmekle kalmaz ayn
zamanda bu etkileimden doan sonularn, biyolojik eitliliin korunmas ve krsal
kesimde yaayan halkn geliiminde kullanlmasna da olanak verir (Mart, 2006; Ertu,
2000).
Bitkilerin tedavide kullanl insanln varoluuyla balamtr. Gemiten
gelen, gnmzde hala kullanlan ve gnmzn sentetik ilalarnn birounun
temelini oluturan bitkileri tanyp doru kullanmak byk nem tamaktadr. 20.
yy.n son eyreinde sentetik ilalarn faydalarnn yannda zararlarnn ve yan
etkilerinin de olduka fazla olduunun saptanmas sonucu birok hastaln tedavisinde

bitkisel ilalara bir geri dn yaanmtr. Yeil akm, doaya dn olarak
adlandrlan bu akmda, bitkisel ilalar basit gnlk hastalklarn tedavisinde ilk tercih
olmulardr (Kzlarslan, 2008).
Dier taraftan, Dnyann byk bir ksmnda, yzlerce yldr, bitkiler en nemli
ifa kaynan meydana getirmilerdir (Tablo 1.1). Dnya Salk Tekilat (WHO)
gelimekte olan lkelerdeki halkn byk oranda bitkisel ilalarla tedavi olduunu
bildirmektedir (Kzlarslan, 2008).
Tablo 1.1 : Dnyada srgan otunun etnobotanik kullanm.
(http://www.rain-tree.com/nettles.htm. Eriim tarihi; 23.11.2010).
LKE
Brezilya
Kanada
ISIRGAN OTUNUN ETNOBOTANK KULLANIMLARI

drar sktrc, gut, prostat, ishal, diyabet, idrar bozukluklar, alerji.
Ar, alopecia, gs hastalklar, tahri giderici olarak, doumlarda,
romatizmal hastalklarda.
Almanya
Prostat, idrar sktrc, romatizma.
Hindistan
Tahri giderici, gut, romatizma, burkulma.

Astm, kan hastalklar, bronit, idrar sktrc, mshil, romatizma,
Trkiye
uyarc olarak, egzama, ba arlar, bbrek hastalklar, kan yapm,

idrar yolu hastalklar, kan ekeri drc, karacier, safrakesesi ve
dalak hastalklarnda.
ABD
Peru
Srt ars, kanser, sara, akl hastalklar, romatizma, sinir krizi, idrar
sktrc, prostat, yksek tansiyon.
Kas ve eklem ars, egzama, lser, astm, diyabet, barsak iltihab,
romatizma.
Dnya zerinde 750.000- 1.000.000 arasnda bitki trnn bulunduu tahmin

edilmektedir. Gda elde etmek iin yetitirilen trler 3.000 civarndadr. Dnya Salk
rgt (WHO) bitkisel droglarn saysn 1900 olarak vermitir. Tedavi amacyla
kullanlan yaklak 20.000 bitkinin 600 kadar Trkiyede yetimektedir. Bu saynn

dier lkeler iinde geerli olabilecei dnlrse gerekte kullanlan tbbi bitki
miktarnn da 100.000 civarnda olduu tahmin edilebilir (Baytop, 1999).
Yzyllardr sregelen etnobotanik almalar incelendiinde srgan otunun
tedavide byk neme sahip olduu grlmtr. Geleneksel kullanmda hala birok
hastaln tedavisinde aktif olarak rol almaktadr (Konrad ve ark., 2000; Leporatti ve
Corradi, 2001; Miraldi ve ark., 2001).
Tamamlayc ve alternatif tp (TAT- CAM: Complementary and Alternative
Medicine), bilimsel tbba destek amacyla yaplan, bilimsel tbbi uygulamalar yerine
yaplan ve etkisi bilimsel olarak kantlanmam tedavilerdir (Kav ve ark., 2008).
Dnyada giderek yaygnlaan uygulamalar ve literatrdeki eksiklikler nedeniyle 1991
ylnda Birleik Devletlerde Ulusal Salk Enstitsne (NIH) bal Ulusal Tamamlayc
ve Alternatif Tp Merkezi (NCCAM) kurulmutur. Bu merkezin amac tamamlayc ve
alternatif tp uygulamalarnn gvenilirlik ve etkinliini incelemek, etkinlii bilimsel
olarak kantlanm uygulamalarn konvansiyonel tedavilere katlmn salamaktr.
Alternatif/tamamlayc tp uygulamalar kanser, artrit, inflamatuvar barsak hastalklar
ve kronik karacier hastalklar gibi kronik hastalklarda da giderek artmaktadr (Altun
ve zden, 2004).
2001-2007 yllar arasnda kanser ve TAT ile ilgili yaplan almalarn
sonucuna gre Trkiyede en yaygn olarak kullanlan bitkinin srgan otu olduu
belirtilmitir (Kav ve ark., 2008).
1.3.Biyoeitlilik
Biyoeitlilik, bir blgedeki genlerin, trlerin, ekosistemlerin ve ekolojik
olaylarn oluturduu bir btndr. Canl yaam iin gerekli olan yaam destek srecini
srdrebilme yeteneinin ve salkl evrenin bir gstergesidir (Ik, 1997).
Biyolojik eitlilik bir tr meydana getiren bireyler arasndaki kaltsal
farkllklar ieren genetik eitlilik ve trler aras farkllklarn meydana getirdii
ekolojik eitlilik olarak iki ana kategoride ele alnabilir.
Ekolojik eitlilik, belirli bir blgedeki farkl ekosistemler, tr topluluklar ve bu

topluluklarn iindeki tr saylar olarak tanmlanmaktadr. Bir tr topluluundaki tr
says arttka, topluluun enformasyon ierii, tr eitlilii de artmaktadr (Kence,
2005). Genetik eitlilik ise, bir trn gen havuzundaki kaltsal bilginin eitlilii,
zenginlii olarak tanmlanabilir. Her canl trnn deien evre koullarna uyum
salayabilmesi iin genetik eitlilie sahip olmas arttr. Yeterli genetik eitlilie
sahip olmayan canl trleri, deien evre koullarna ayak uyduramayarak yok olmaya
mahkmdur.
Biyolojik eitliliin korunmas iin gereke olarak ekosistem dengesindeki
nemi dnda, insanln yarar asndan pek ok sebep saylabilir. Biyolojik
zenginlikler tp, tarm ve endstride nemli yararlar salamaktadr. Biyolojik
zenginlikler ileride tarmsal amal biyoteknoloji uygulamalarnda gerekli kaynaklar
oluturacaktr. Biyolojik zenginliklerin yeterince tannmamas ve bilinmemesi, bu
kaynaklardan yararlanmada biyoteknoloji uygulamalarnn snrl kalmasna ve bu
alandaki yatrmlarn istenilen verimi salayamamasna sebep olabilecektir (Kence,
2005).
Biyolojik eitliliin korunmasnda ekosistemlerin bir btn olarak korunmas
temel yaklam olmaldr. Ancak, bu kaynaklarn yalnzca korunmas deil ayn
zamanda deerlendirilmesi, srdrlebilir kullanm ve kayt altna alnmas ve
toplumun da bu kaynaklar bilinli olarak korumas nemlidir (Varol, 2007).
Biyoeitlilik zerindeki tahribatlarn nedenleri arasnda:
-
Tarmsal etkinlikler (rnein, meralarn tarlaya dntrlmesi, ar

otlatma, anz yakma, ar gbre ve ila kullanm, modern eitlerin
marjinal alanlarda kullanm),
Endstrileme, ehirleme ve imar yaplarnn artmas,
Doadan bitki toplama ve doal kaynaklarn ihtiyalarn karlanmas

amacyla dier kullanmlar,
Kontrol d ormanclk faaliyetleri ve orman yangnlar,
Turizmdeki gelimeler,
Canl ya da canl paralarnn patentlenebilir olarak grlmeye balanmas,
Biyolojik ve genetik eitliliin kontrolsz ve izinsiz kullanm gelmektedir.
Biyolojik eitliliin bileenlerinden biri olan genetik eitliliin belirlenmesi,

ekosistemlerin salkl ve verimli olmas, srdrlebilir iletimi iin en nemli
artlardan biridir. Tr ii genetik eitliliin ykseklii, deien evre artlarna uyum
asndan nemlidir. Poplsyonlar ii ve arasndaki genetik farkllklar bitki ve
hayvanlarn kendi evrelerinde ortak evrimlemesinin bir sonucudur. Bu eitliliin
yaplanmasnn ve boyutunun tespiti trlerin iletilmesi asndan zorunludur. Genetik
eitliliin yksek olmas iki adan nemlidir:
1.
Genetik eitlilii fazla olan trler zamana ve yere gre deien evre
koullarna daha baarl uyum salama yeteneine sahiptir.
2.
Genetik eitlilii fazla olan trler bilimsel ve teknolojik gelimelere bal
olarak deien insan isteklerini karlamada daha etkili ve daha yararl olurlar (Varol,
2007).
1.3.1. Genetik Kaynaklarn Temel Korunma Yntemleri
Bitki genetik kaynaklarnn korunmas, gen havuzunda bulunan eitliliin
gerek ya da potansiyel kullanm, etkin biimde saklanmas ve genetik eitliliin
insanln kullanmna sunulmasdr. Temelde her biri deiik tekniklerin bir araya
gelmesiyle oluan ve in situ ile ex situ olarak adlandrlan iki temel koruma sistemi
vardr.
In situ; ekosistemlerin ve doal habitatlarn korunmas ve tr populasyonlarnn
kendi evresi iinde canl olarak saklanp, devam ettirilmesi ya da kltr eitlerinin
kendi zelliklerini gelitirdikleri evre koullarnda yetitirilmesidir.
Ex situ; doal habitatnn dnda ve genel olarak yok olma tehlikesi altnda olan
genotiplerin korunmas olarak tanmlanr (Rao, 2004), baz vejetatif olarak retilebilen
bitki trlerinin ex situ muhafazas iin in vitro imknlar da bulunmaktadr (Varol,
2007). Meyve trlerinin doal genetik kaynaklarnn ulalabilirlii, rn gelitirme ve
slah almalarna yardmc olabilir (Tahir, 2003).
Bitkisel gen kaynaklarnn korunmasnn temel prensipleri, uzun sre

depolanabilme, canllk kayplarnn en az olmas, ok sayda rnein depolanmas,
bakm almalarnn ve maliyetin dk olmas oluturmaktadr.
Bitki genetik kaynaklarnn korunmasnda en yaygn uygulama alan bulan
strateji ex situ koruma (tohum depolama, in vitro depolama, DNA depolama, iek tozu
depolama, tarla gen bankas ve botanik baheleri) olmutur. zellikle modern
biyoteknolojide salanan gelimeler, organizmalar tm olarak deil gen dzeyinde
deerlendirmeyi zorunlu hale getirmitir. Dolaysyla doal kaynaklarmzda var olan
her trl canl organizmann allmas gerekmektedir (Varol, 2007). lkemizde ex situ
koruma almalar Ege Tarmsal Aratrma Enstits bnyesinde 1964 ylnda
balamtr. Bu almada lkemizde yetien bitkilerin tohumlar korunmaya
balanmtr. Daha sonra Tarla rnleri Merkezi Aratrma Enstits ve Ankara
niversitesi Ziraat Fakltesi de koruma almalarna katlmtr (Aka, 2005).
1.4.Trkiyenin Bitki eitlilii ve Nedenleri
Ilman kuak ierisinde bulunan Trkiye, sahip olduu bitki eitlilii asndan
evresinde yer alan birok lkeden farkl olan zellikleri ile dikkati eker. Son yllarda
yaplan almalarn da eklenmesiyle, Trkiyenin 12.000 civarnda bitki taksonuna
(tr, alttr ve varyete dzeyinde) sahip olduu ortaya kmtr. Trkiyenin bu zellii
corafi faktrlerin ya da dier bir ifade ile bitkilerin yetime ortamlarnn eitliliinden
kaynaklanmaktadr. klim zelliklerinde ksa mesafelerde ortaya kan deiiklikler
(ekil 1.1), morfolojik zelliklerinden kaynaklanan eitlilikler, toprak tiplerinin
farkllklar (ekil 1.2)
gibi ok sayda corafi faktr, bitki formasyonlarnn da
farkllamasna ve trce eitlenmesine yol amaktadr (Avc, 2005).
lkenin 7 corafi blgesinin her biri ayr iklim, flora ve fauna zellikleri
gsterir ve dnyann en nemli fitocorafik blgesine sahiptir (Avrupa-Sibirya, ranTuran, Akdeniz blgesi) (Semen ve ark., 2004). ekil 1.3te Trkiyedeki fitocorafik
blgeler gsterilmitir.
ekil 1.1: Trkiye iklim haritas. http://www.cografyadersanesi.blogspot.com200805trkiye- haritalari.html. Eriim tarihi; 15.09.2010.
ekil 1.2: Trkiye toprak haritas. http://www.yukle.tc/galeri/Turkiye_Toprak_Haritasi862.html. Eriim tarihi; 16.09.2010.
ekil 1.3: Trkiyenin bitki corafya blgeleri (zhatay, 2005,

http://www.britannica.com/EBchecked/topic-art/. Eriim tarihi; 15.09.2010).
Yksek endemizme sahip Trkiye floras, tbbi ve aromatik bitkiler asndan da

olduka zengindir. Bu yksek endemizm dzeyi, Trkiyeye bu trlerin, zellikle de
dnyann byk blmnn baml olduu tahllarn tretildii yabani trlerin
yeterince korunmas, tehlike altna girmemesi veya yok olmamas konusunda daha da
byk bir sorumluluk yklemektedir (Eminaaolu, 2004).
Bitki formasyonlarn oluturan bitki trleri her yerde ayn zellikleri gstermez.
klim, toprak ve jeomorfolojik zelliklerden kaynaklanan yerel farkllklarn da ortaya
kmas ile bitki topluluklarn oluturan bitki trleri eitlenir (Avc, 2005).
Trkiyenin flora blgeleri asndan sahip olduu bu zellikler bitki eitlilii
asndan byk nem tamaktadr. Bu blgelere ait ok sayda zel bitki, Trkiyedeki
bitki topluluklar iinde yayl gstermektedir. Bunlardan bazlar endemik, bazlar da
yayl alan lke snrlar dna da taan bitkilerdir.
klim zellikleri asndan da Trkiyede eitlilik sz konusudur. ok ksa
mesafelerde yerel zellikler nedeniyle ortaya kan farkllklarn, bitki eitliliine
katklar nemlidir (Avc, 2005).
Bitki topluluklarnn dalnn belirlenmesinde iklim ok nemlidir. Bu
daln nasl ekilleneceinin yannda bitki topluluklarna hangi trlerin dahil olaca,
yani bu topluluklarn floristik kompozisyonlarnn hangi taksonlardan meydana gelecei
de iklimle yakn ilikilidir (Svenning ve Skov, 2005).
Trkiyede yllk ortalama scaklk dalnda nemli farklar gze arpar
(ekil 1.4). En yksek ortalama scaklk deeri 20 oC civarnda iken baz yerlerde 6
o
Cnin altna iner. Yllk ortalama scaklklar ky blgelerinde yksek da sralarnn
evreledii i ksmlardan yksektir. En yksek yllk ortalama scaklk deerlerine

Akdeniz kylarnda eriilir. Akdeniz kylarn Ege, Marmara ve Karadeniz kylar
izler. Anadoluya geilince yllk scaklk deerleri belirgin ekilde azalr. Dou
Anadoluda ise yllk ortalama scaklklar en dk deerlere inerler (Avc, 2005).
10
ekil 1.4 : Trkiyede scakln dal.
1.5. Urticaceae
Urticaceae (srganotugiller) familyas Urticales takm ierisinde, her iki yarm
krenin tropikal ve subtropikal (ekil 1.5) alanlarnda geni yayl alana sahip bir
gruptur. Genel olarak yakc tyl, tekli tohumlar olan, ounda sts z bulunmayan,
basit yaprakl zellikleriyle tanmlanmtr. Spesifik yakc tyleri tm bitki geneline
yaylm olup, kresel, ubuksu, yldzs ekiller gsterirler ve baz trlerde tehis edici
zellik olarak kullanlmaktadr (Ayan ve ark., 2006).
Urticaceae familyasndaki bitkilerin byk bir ksm ok yllk olup, dierleri
tek yllk geliim gstermektedirler. Genelde otsu forma sahip olmakla birlikte al
formunda olanlar da vardr (Ayan ve ark., 2006).
Tropik Blge
--- Subtropik Blge.
ekil 1.5 : Dnyann tropikal ve subtropikal iklim blgeleri.

(http://www.joabbess.com. Eriim tarihi; 06.04.2010).
11
1.5.1. Urtica L. (Isrgan otu)

Isrgan Otunun Yapsal zellikleri
30-150 cm kadar byyebilir.
Otsu, gvdesi dik, drt ksemsi, basit veya tabandan itibaren dallanmtr.
Gvdeyi ve yapraklar kaplayan tyler salg maddesi ile doludur ve

dokunulduunda patlar. Bir ine gibi deriye girerek svy aktr ve deri yzeyinde
kzarklk oluturur.
Yapraklar sapl, oval ekilli, dili kenarl, st taraf koyu yeil renkli, 510 mm
uzunluklu, parlak yakc tylerle kapldr.
Meyveler esmer renkte, fndks, kk, kat seklinde bir tohumdur. Bitki tohumla
byyebilir.
Bitkinin kkleri sar ve ok dalldr.
iekler tek ve iki eeylidir.
Trkiyede basta Karadeniz Blgesi olmak zere her blgede yetiir.
Yapraklar mays- temmuz aylarnda gvdeden syrlarak toplanr.
Tohum temmuz - austos aylarnda toplanr.
Kkler ilkbaharda ve sonbaharda sklr, tm organlar glgede kurutulur

(Erztrk, 2000).
lkemizde 5 tr bulunmaktadr (ekil 1.6).
ekil 1.6 : Isrgan otu trlerinin Trkiyedeki yayl (www.tubitak.gov.tr/tubives).
12
lkemizde bulunan trler; Urtica pilulifera (ekil 1.7), Urtica membranacea

(ekil 1.8), Urtica urens (ekil 1.9), Urtica haussknechtii ve Urtica dioica (ekil
1.10). U. Haussknechtii lkemizde yalnzca Malatyada yetimektedir (Semen ve ark.,
2004, www.tubitak.gov.tr/tubives/-17.09.2010).
ekil 1.7 : Urtica pilulifera
ekil 1.8 : Urtica membranacea
ekil 1.9 : Urtica urens
ekil 1.10 : Urtica dioica
1.5.1.1. Urtica dioica

Urtica dioica L. ok yllk, dioik ve otsu bir bitkidir (Tablo 1.2). Boyu bazen bir
metreyi geer (Baytop, 1996). Trkiyedeki yetime alanlar ok yaygn olup her yere
dalmtr (Towsend ve Davis, 1982., Baytop, 1983) (ekil 1.11).
U. dioicann yapraklar karlkl, basit ve kenarlar dilidir. iekler ok
kktr, erkek veya dii iekler kark bir ekilde toplanarak gvde zerinde
salkmlar halindedir (elebi, 2001), (ekil 1.12). Meyve tipi akendir (iinde tek tohum
13
bulunan ve olgunlatnda alarak tohumun kmasna olanak verecek zel balant

yerleri olmayan kuru meyve) (ekil 1.13, 14).
Tablo 1.2 : Urtica dioica taksonomik snflandrlmas.

Alem:
Plantae (Bitkiler)
Blm:
Magnoliphyta (Kapal Tohumlular)
Snf:
Magnoliopsida (ki enekliler)
Takm:
Urticales
Familya:
Urticaceae (Isrgangiller)
Cins:
Urtica (Isrgan Otu)
Tr:
Urtica dioica (Byk Isrgan Otu)
ekil 1.11 : Urtica dioicann Trkiyedeki dalm (www.tubitak.gov.tr/tubives).
14
Yapraklar Mays-Temmuz
aylarnda toplanr.
Gvde, baharda
dmlerinden kk salar.
Dkt minik tohumlaryla ya da yaylc

kklerin filizlenmesiyle
oalr.
Yaz bandan sonbahar

bana kadar iek aar.
Tohum, Temmuz- Austos

aylarnda toplanr.
ekil 1.12 : Urtica dioicann hayat dngs.

U. dioica L. bitkisinin kkleri, gvdesi, yapraklar ve tohumlar tedavi amal
olarak kullanlr (Baytop, 1996). Mineralce zengin yapraklarnda demir, kalsiyum,
magnezyum, fosfor, potasyum, A, C ve K vitaminleri bol miktarda bulunur. Tedavi
amal kullanm alan, ok eski tarihlere kadar dayanmakta olup olduka genitir. Kan
temizleyici, idrar arttrc, itah ac, kemik erimesini nleyici, deri hasarlarn giderici,
sindirimi dzenleyici, st salglanmasn balatc ve ishal kesici etkileri olduu
bilinmektedir (http://www.rain- tree.com/nettles.html).
15
iek rts
Erkek iek
Dii iekler
Yaprak
Gvde ve
salg tyleri
Meyve
Tohum
ekil 1.13 : Carl Linnaeus tarafndan snflandrlm olan Urtica dioicann morfolojik
yaps.
ekil 1.14 : Mays-2010 dneminde stanbul-Avrupa yakasndan toplanan srgan otu

(U. dioica) rnei.
U. dioicann tmnde, asetik asit, asetofenon, ferulik asit, P-kumarik asit, asetil
kolin, folasin, histamin, koproporfirin, likopen, btirik asit, protoporfirin, serotonin ve
16
ksantofil bulunmaktadr. Yaprak ksmlarnda inko, sodyum, rubidyum, potasyum,

brom, fosfor, klor, azot, molibden, krom, mangan, kurun, demir, bakr, kobalt,
magnezyum, kalsiyum, bor, alminyum gibi kimyasal elementlerin yannda tiamin,
riboflavin, niasin, gibi vitamin gruplar ve bunlarla beraber eitli karbonhidrat, selloz
ve betain gruplar bulunmaktadr. Tohumlar ise gliserol, linoleik asit, oleik asit,
palmitik
asit
ve
eitli
proteinler
iermektedir
(http://www.ars-grin.gov/cgi-
bin/duke/farmacy2.pl).
U. dioicann kuru maddesi % 18 protein, % 14,5- 17 albminli maddeler, % 2,5
yal maddeler ihtiva eder. Tohumlarda % 8-10 civarnda sabit ya bulunur. 1 kg taze
bitki 130 mg C vitamini, 730 mg karotin ve oksalat ierir. Yakc tyleri iersinde
asetilkolin, histamin ve formik asit bulunur. Yapraklar; K, vitamin B1, provitamin A,
rtisin glikozidi, sistosterin, sepi maddeleri, ksantofil, kl ise % 6,3 demirtrioksit,
silisyum, potasyum, kalsiyum ierir (Ko, 2002) (Tablo 1.3).
Tablo 1.3: Isrgan otunun yapsnda bulunan maddeler. http://www.ars-grin.gov/cgibin/duke/farmacy2.pl. Eriim tarihi: 06.12.2010; (Yldz, 2008).
Yaprak
Kimyasal
element
inko
Sodyum
Rubidyum
Potasyum
Brom
Fosfor
Klor
Azot
Molibden
Krom
Mangan
Kurun
Demir
Bakr
Kobalt
Magnezyum
Kalsiyum
Bor
Alminyum
Btn bitki
Tohum
Tyler
17
AminoasitVitamin
Tiamin
Riboflavin
Niasin
Beta-karoten
K vitamini
Provitamin A
Kuru
madde
Dier
Karbonhidrat
Selloz
betain
gruplar
Folasin
130mg Cvitamini
(1 kg iinde)
730mg karotin
(1kg iinde)
Oksalat
%18 protein
%14,5-17 albminli
madde
%2,5 yal madde
Asetik asit
Asetofenon
Ferulik asit
P-kumarik asit
Asetilkolin
Histidin
Koproporfirin
Likopen
Btirik asit
Protoporfirin
Serotonin
Ksantofil
%8-10 sabit
ya
Gliserol
Linoleik asit
Oleik asit
Palmitik asit
Asetilkolin
Histamin
Formik asit
1.5.1.2. Isrgan Otunun Etkileri ve Kullanm Alanlar

Anti-inflamatuar etki: Isrgan otunun hem yapraklar hem de kklerinin, TNF, IL-1
gibi proenflamatuar sitokinlerin ar stimulasyonunu nledii gsterilmitir. Sitokinler
immun sistemin mesajclar olarak dnlebilir (Telo, 2006).
Anti-viral ve immun denge: Isrgan otu kknden UDA (Urtica dioica agglutinin)
sper lektin denen kk molekl arlkl lektin elde edilmitir. UDA N-asetil
glukozamin spesifik lektin olarak kabul edilmektedir. Bu sper lektinin HIV, souk
algnl ve influenzadan sorumlu virusleri inhibe ettiine dair kantlar mevcuttur.
Ayrca UDA T hcre sitmlandr. CD4+ ve CD8+ T-hcrelerinin her birini ayrt
edebildii gibi T hcre aktivasyonu ve sitokin retimine neden olabilme kapasitesinden
dolay dier klasik T hcre stimlanlarndan farkldr. Isrgan otundaki sper lektin
dengeyi korumak iin immun sistemi stimle etmektedir (Telo, 2006).
Antioksidan etkileri: Isrgan otu yaprak ekstraktlarnn lipid peroksidasyonu zerine
belirgin inhibitr etkileri gsterilmitir. Yaplan bir almada srgan otunun, serbest
radikal oluumunun bir belirleyicisi olan MDA (malondialdehit)nn, ykselmi
18
dzeylerini azaltmas bir antioksidan aday olabileceini gstermitir. Yine bir

almada srgan otu ekstraktnn serbest radikal oluumu zerine etkili azaltc gc
aktivitesi olduu gsterilmitir. Linoleik asit peroksidasyonunda srgan otu
ekstraktlarnn ila olarak verilmesi -tokoferolden daha fazla antioksidan aktiviteye
sahip olduu belirtilmitir. Isrgan otunun ekstraktndan ok sayda flavanol glikozidler
izole edilmitir (Telo, 2006).
yi huylu prostat hipertrofisi ve Prostat kanseri: Isrgan otu kklerinin kaynatlmas
ile elde edilen ayn, iyi huylu prostat hipertrofili hastalarn yaam kalitesini arttrmas
poliri ve nokturiyi azaltmasna bal olduu gsterilmitir. UDA gibi kkteki
bileimler prostat hcrelerinde membran Na+ -K+ -ATPazn inhibe ederek prostat
hcre metabolizma ve bymesini sprese etmektedirler. Bu lektin immnstimulatr
aktivite
gstermekte
ve
epidermal
byme
faktr
reseptr
ile
etkiletii
varsaylmaktadr (Telo, 2006).

Dier etkiler; Isrgan otu yaprak ve kkleri kan temizleyicisi ve diretik olarak,
bitkinin infzyonu ise nasal ve menstrual kanama, diabet, romatizma egzema anemi, sa
kayb ekspektoran ve antidiyareal olarak kullanlmaktadr (Fijalek ve ark., 2003).
Kardiovaskler etkileri, insan lenfosit proliferasyonunu stimle ettii, ntrofiller
zerine gl immn stimlatr etkileri gsterilmitir (Cetinus ve ark., 2005). Isrgan
otu ekstraktnn antibakteriyel aktivite gsterdii ve lser oluumu azaltt
ispatlanmtr (Glin ve ark., 2004) (Tablo 1.4).
1.5.1.3. Isrgan Otu Tarm
Isrgan otu bitkisinin baskn bir tr olmas ve nemli alanlarda hzla gelimesi
sebebiyle yetitiricilii kolaydr. ok yllk srgan otu tr olan ve lif retimi amacyla
yetitiricilii yaplabilen U. dioica, ayn araziden uzun yllar verim alnabilen bir
bitkidir.
a. Toprak stekleri
Isrgan otu bitkisi, besin maddelerince zengin, ar, humuslu, nemli ve yabanc
otu bulunmayan topraklarda daha iyi gelimektedir. klim adaptasyonu bakmndan zel
istekleri yoktur ve bu nedenle kuzey ve gney yarmkrenin lman blgelerinde yaygn
19
olarak bulunmaktadr. Toprak seicilii yoktur. Isrgan otu bitkisi farkl karakterlerdeki
topraklarda yetitirilebildii gibi fazla gbrelenmi arazilerde yaplan tarmda
karlalan problemlere kar da zm olabilmektedir. Bu nedenle hem marjinal
alanlarn tarma kazandrlmasnda hem de fazla gbrelenmi yerlerde rahatlkla
yetitirilebilmektedir (Ayan ve ark., 2006).
Tablo 1.4: Isrgan otunun kullanm alanlar.
la olarak kullanm
Astm
Akcier iltihab
Hemoroid
Karacier iltihab
Anemi
Kanser
Bbrek rahatszl
Solunum yollar
rahatszl
ksrk tedavisi
Sa dklmesi
Nefes darl
Fel
Tansiyon
Mide ars
Mantar enfeksiyonlar
Kemik erimesi
Kadn hastalklar
Hipertansiyon
Bbrek ta drme
Hazm kolaylatrma
Gda olarak kullanm
ay olarak kullanm
(kk, tohum ve yaprak aylar)
Isrgan otu tentr hazrlanarak
Direk yapraklarn yemeklerde
kullanlmasyla.
Dier kullanm
alanlar
Gbre
Lif
Boya
Kozmetik
b. retim ekli
Isrgan otu tarla tesisi tohumla veya fide yetitirerek yaplmaktadr. U. dioica
ayrca stolonlar ve tepe srgnlerinin kklendirilmesi ile vejetatif olarak da
oaltlabilmektedir. Fide ile retimde ise ncelikle hazrlanm olan fide yastklarnda
fidelerin yetitirilmesi gereklidir. Isrgan otu bitkisi iin nisan-haziran ve eyll-ekim
dnemleri olmak zere 2 farkl zamanda tarla tesisi yaplabilir. Ancak, eyll dnemi
20
tarla tesisi scak blgeler iin nerilebilir, aksi takdirde gen bitkiler ktan zarar grr.
Tohumlarn k 10-15 gn civarnda bir sre ald iin yaplacak fideliin zelliine
ve iklim deerlerine bal olarak fideliklere tohum ekimi yaplmaldr. Fideliklerin
gneli bir blgede ve rt alt yetitiricilii eklinde yaplmas durumunda daha ksa
srede fide geliimi salanabilmektedir. Elde edilen fideler ile lif retimi amalanyor
ise 75 cm aralklarla tarlaya yerletirilmelidir. U. dioica 1,5 m ve baz aratrclara gre
2-4 m boylanabilir (Ayan ve ark., 2006).
Antioksidanlar ve Isrgan Otu Antioksidanlar
1.6.
Serbest radikaller, bir veya daha fazla ortaklanmam elektron ihtiva eden atom
veya molekllerdir. Bu tip maddeler, ortaklanmam elektronlardan dolay olduka
reaktiftirler. Biyolojik sistemlerde serbest radikal oluumu normal metabolik olaylar
esnasnda meydana gelebildii gibi organizmann eitli d etkenlere maruz kalmasyla
da meydana gelebilir. Serbest radikal hasarlar, hcreyi oluturan organellerle ve bu
organellerin supromolekler yaplarnn ierdii molekler bileiklerle ilikilidir. Bu
yap ve organeller mitokondriler, lizozomlar, peroksizomlar, nukleus, endoplazmik
retikulum ve plazmam membrandr. Bunlarn tamam membranl yaplardr ve hcrenin
metabolik fonksiyonlar iin gerekli elemanlardr (ll, 2007).
Normal metabolik reaksiyonlar srasnda, serbest radikallerin endojen olarak
ortaya kmalar nedeniyle, tm aerobik organizmalar doku hasarndan korunmak iin
antioksidant savunma mekanizmalarn gelitirmilerdir. Antioksidantlar, okside
edilebilir
substrata
oranla
daha
dk
konsantrasyonlarda
bile,
substratn
oksidasyonunu geciktiren, engelleyen maddelerdir (Cao ve Prior, 1999). Fizyolojik

koullarda, organizmada oksidant etkenler ve antioksidant mekanizmalar bir denge
halinde bulunmaktadr (Yavuz, 2002).
Isrgan otunda tespit edilen baz antioksidanlarn, geleneksel tedavide nemli
etki mekanizmalarna sahip olmasnn nedeni olarak dnlmektedir (Glin, 2004).
Yaplan almalarda srgan otunda tespit edilen baz antioksidan maddeler; vitamin E
(Ttem, 1997), vitamin C (Apak, 2004; Gl, 2005), katein, ferulik asit, riboflavin,
niasin (http://www.ars-grin.gov/cgi-bin/duke/farmacy2.pl; Yldz, 2008) ve proteinler
(Szgen, 2006) dir.
21
1.7.
Fenolik Bileikler ve Isrgan Otu Fenolik Bileikleri

Fenolik bileikler meyve ve sebzelerin kendilerine has renk, tat, aroma ve
dokuya sahip olmalarn salayan bileiklerdir. Bitki bnyesinde meydana gelen birok
metabolik olayda nemli roller stlenmektedirler (Gao ve Mazza, 1995). Bitkiler
zerinde sahip olduklar zelliklerinin yannda, insan sal zerinde son derece
nemli olan serbest radikalleri balama yeteneine de sahiptir (Visioli ve Galli, 1998;
Cetinus, 2005).
Fenolik bileiklerin, kardiovaskler hastalklara kar koruyucu etkilerinin
bulunduu (Keevil ve ark., 2000; Serafini ve ark., 2000; Cul ve ark., 2002) antimutajen,
antikanserojen (Bell ve ark., 2000; Agarwal ve ark., 2003; Sanchez, 2006) ve
antimikrobiyal (Nychas ve ark., 2003) zelliklere sahip olduu da yaplan pek ok
aratrma ile tespit edilmitir. Yldz ve arkadalarnn 2008de yapt almaya gre;
gallik asit, klorogenik asit, rosmarinik asit, kaemfenol, mirisetin, kuersetin, hesperidin
gibi fenolik bileiklerin varl tespit edilmitir.
1.7.1.
Flavonoidler
Flavonoidler; doal olarak bulunan fenollerin en byk gruplarndan birini

oluturmaktadr. nemli antioksidan ve kelatlama zelliine sahip, dk molekl
arlkl ve en geni bitki fenolikleri snfdr. Ayrca sahip olduklar biyolojik
etkinliklerinden dolay bitkilerin sekonder metabolitleri arasnda en nemli bileik
snflarndan birisini oluturmaktadr (Ik, 2005).
Doada, birou yaprak, iek ve kkte bulunan 4000den fazla flavonoid
eidi vardr. eitli meyve ve sebzede bol miktara bulunurlar (Karaman, 2008). nsan
ve hayvanlarda mide-barsak sisteminden emilirler veya deimeden ya da
metabolitleri halinde idrar ve dk ile atlrlar (Cook ve Samman, 1996). Flavonoidlerin
en yaygn snf flavonollerdir ve en nemli bileikleri kuersetin, kuersetin glikoziti
rutin,
kamferol,
mirisetin,
izoramnetindir.
flavonollerindendir (Karaman, 2008).
Kuersetin
bitkilerin
en
temel
22
1.7.2.
Fenolik Asitler
Bitkilerde yksek miktarda bulunan fenolik asitler, hidroksisinnamik ve

hidroksibenzoik asitleri ieren iki gruptan oluur (Cadenas ve Packer, 2002).
Hidroksisinnamik asitler, fenil-propanoid trevleridir ve genellikle bitkisel
gdalarda bulunur (Abu-Amsha, 1996). Hidroksi sinnamik asitler, bitkilerin fenolik
metabolizmalarnda merkezi rol oynayan ve fenil alaninin biyosentetik trevi olan
fenolik bileenlerdir. Bu bileikler ayn zamanda flavonoidlerin ncsdr ve bitkilerde
hcre duvarnn yapsna katlrlar (Heler ve Forkman, 1993). Genellikle bu tr fenolik
asitler bitkilerde esterleri halinde veya ekerlerle, organik asitlerle veya yalarla
birlemi halde bulunurlar.
Hidroksi benzoik asitler, yaplarndaki hidroksi ve metoksi gruplarnn yerleimi
ve saylarna gre eitlenirler. Monohidroksibenzoatlar etkili hidroksil radikal
sprclerdir Dihidroksi benzoik asit trevlerinin antioksidan aktiviteleri hidroksil
gruplarnn pozisyonlarna baldr (Karaman, 2008).
1.7.3.
Fenolik Polimerler (Tanenler)
Fenolik polimerler, yksek molekl arlkl bileiklerdir. Koyu renkli ve tad

buruk bileiklerdir (Cadenas, 2002). Polimerik yapdaki yksek molekl tartsna sahip
tanenler kondanse ve hidrolizlenebilir olmak zere iki alt snfa ayrlr. Kondanse
tanenler polimerik flavonoidlerdir. Hidrolizlenebilir tanenler, gallik asit ve benzer
bileiklerin karbonhidratlara esterlenmi yaplardr (Yldz, 2008).
1.8.
Elektron Aktarmna Dayal Toplam Antioksidan Kapasite Tayin

Yntemleri
1.8.1. CUPRAC (Cupric Reducing Antioxidant Capacity; Cu (II) yonu

ndirgeyici Antioksidan Kapasite) Yntemi
Hem hidrofilik hem de lipofilik maddeler iin elverili, basit, ucuz, pratik, seici
ve duyarl bir antioksidan kapasite tayin yntemidir.
23
CUPRAC ynteminde reaktif, amonyum asetat tampon ortamnda iyi bir

ykseltgen olan bakr (II)-neokuproin zeltisidir. Reaktifin indirgenmesiyle oluan Cu
(I)-neokuproin kelatnn 450 nm dalgaboyundaki absorbans okunmaktadr. Bu
yntemde, toplam antioksidan kapasite, bakr (II) iyonu indirgeme kapasitesi cinsinden
lldnden
dnya
literatrne
CUPRAC
adyla
kazandrlmtr.
Toplam
antioksidan kapasite/aktivite tayininde kullanlan bu spektrofotometrik yntem; bakr

(II) klorr zeltisi, neokuproin zeltisi ve amonyum asetat (pH=7 tamponu)
zeltilerinin kartrlmasndan sonra, zerine tayin edilecek herhangi bir antioksidan
zeltisi ilave edilmesi ve bunu takip eden 30 dakika sonunda referansa kar 450
nmde absorbans deerlerinin llmesinden ibarettir (Apak, 2004) (ekil 1.15).
ekil 1.15 : (A) Cu (II)-Nc, (B) Cu (I)-Nc komplekslerinin spektrumlar.

Bitki rneklerinin CUPRAC yntemiyle toplam antioksidan kapasiteleri Troloks
edeeri olarak hesaplanr. Troloks iin doru denklemi (kalibrasyon denklemi)
aadaki gibidir.
y
CUPRAC x +0,0048 (R2=0,9994)
Tm hesaplamalarda Troloks iin

1,62x104 kullanlmtr.
CUPRAC (molar absorblama katsays) deeri
24
1.8.2. TEAC (Troloks Edeeri Antioksidan Kapasitesi)/ABTS Yntemi

Troloks edeeri antioksidan kapasitesi olarak ifade edilen TEAC/ABTS
yntemi, ilk olarak Miller ve ark. (Miller, 1993) tarafndan gelitirilmitir. Bu yntem;
2,2-azinobis (3-etilbenzotiazolin-6-sulfonat) (ABTS) kromojen radikal katyonunun
absorbansnn hidrojen verici antioksidanlar tarafndan inhibe edilmesine dayanan bir
metoddur. 730 nmde llen abzorbansdan (ekil 1.16) yararlanlarak toplam
antioksidan kapasitesi troloks cinsinden bulunur. Bu nedenle bu ynteme troloks
edeeri antioksidan kapasite yntemi (ABTS/TEAC) ad da verilir. Troloks iin
doru denklemi (kalibrasyon denklemi) aadaki gibidir.
y
ABTS x 0,0322 (R2=0,9998)
Tm hesaplamalarda Troloks iin
ABTS (molar absorblama katsays) deeri
2,75x104 kullanlmtr.
ABTS
.+
katyon radikalini oluturmak iin, ABTS; myoglobin ve H2O2 ile
inkbe edilir (Girotti, 2002).

HX-Fe + H2O2
X-[Fev (O] + H2O
ABTS + X-[Fev(O]
ABTS .+ + HX-Fe
(HX-Fe = myoglobin;
X-[ FeIV(O] =ferrilmyoglobin)
ekil 1.16 : ABTS.+ radikal katyonunun absorbsiyon spektrumu
25
1.9.
Toplam Fenolik Madde Tayini Yntemi
1.9.1. Folin-Ciocalteu Yntemi

Bu yntem antioksidanlarn toplam fenolik ieriini lmek iin gelitirilmitir
(Singleton ve Rossi, 1965; Singleton ve ark., 1999). Yntemde kullanlan CuSO4 (bakr
(II) slfat) alkali ortamda protein veya antioksidan ile kompleks yapar. Folin fenol
reaktifi (fosfo molibdik fosfotungstik asit) eklendiinde, folin reaktifi proteine balanr.
Protein veya antioksidanla Cu (II)nin reaksiyonundan aa kan Cu (I) olaslkla
molibdatotungstat ayracn heteropoli mavisine indirger ve rengi sardan maviye
dnr. Reaksiyon tamamlannca 750 nmde rnek absorbanslar llr. Bitki
rneklerinin toplam fenolik ierikleri gallik asit edeeri olarak hesaplanr. Gallik asit
iin doru denklemi (kalibrasyon denklemi) aadaki gibidir.
y=
Folin-Ciocalteu - 0,0545 (R2 = 0,9979)
Tm hesaplamalarda Gallik asit iin
Folin-Ciocalteu (molar absorblama katsays)
deeri 3,25x103 kullanlmtr.

1.10. Bitkilerde Kullanlan Belirteler
Belirteler,
kaltmsal
modelleri
morfolojik,
biyokimyasal
veya
DNA
seviyesinde izleyebildiimiz "karakter"lerdir. Bu karakterler dorudan olmamasna

ramen, bir organizmadaki ilgilenilen dier zelliklerin genetikleri hakknda bilgi
salamalarndan dolay belirte diye adlandrlrlar. Genel olarak belirteleri; morfolojik
ve molekler belirteler olmak zere iki ana grupta toplamak mmkndr (Doa,
2008).
1.10.1. Morfolojik Belirteler
Klasik
morfolojik
belirteler,
genotipik
tanmlama
amacyla
kullanlabilmektedir. Morfolojik belirteler, kolay elde edilebilmeleri ve baz

durumlarda kullanmlar mutlak gerekli olmasna ramen, evresel faktrlerden
etkilenebilmekte ve yanl kararlara yol aabilmektedirler. Fenotipik zelliklerin
genetik kontrol mekanizmasnn tam bilinmemesi, yetersiz varyasyon ve aranlan
fenotipik zelliklerin, uygun byme aamasnda ortaya knn uzun zaman almas,
26
bitki slahlarn daha hzl ve doru karar vermekte yardmc olan, belirte
sistemlerine ynelten dier snrlayc etkenlerdir (Doa, 2008).
1.10.2. Molekler Belirteler
Protein ya da DNA'da bulunan polimorfizme dayanan molekler belirtelerin
gelitirilmesi; taksonomi, filogeni, ekoloji, genetik ve bitki slah aratrmalarn byk
oranda kolaylatrmtr (Weissing, 1995).
Populasyonlarn karakterizasyonu ve taksonomisinde kullanlan birok
molekler yntem vardr. Protein elektroforezi, DNA Parmak zi Metodu, Rastgele
Amplifiye Olmu Polimorfik DNA (RAPD), Restriksiyon Fragmentlerinin Uzunluk
Polimorfizmi (RFLP), Amplifiye Olmu Fragmentlerin Uzunluk Polimorfizmi (AFLP),
DNA dizi analizi, Gerek Zamanl Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Real-Time PCR)
bunlardan bazlardr (Klolu ve zko, 2008; Ergden, 2007).
DNA belirteleri stabildirler, tm dokularda ortaya kabilirler, ekolojik
koullardan etkilenmezler. Btn bir genomun analiz edilebilecei DNA'y elde etmek
iin az miktarda bitki dokusu yeterli olmaktadrlar. Bitkiden alnan herhangi bir ksm
DNA izolasyonu iin kullanlabilir (Botstein ve ark., 1980).
Tm yksek yapl organizmalarn (karyotlar) genomlarndaki bir veya daha
fazla zelliin karakterizasyonu DNA bantlarnn ortaya koyulmas ile olur. Farkl
byklkte ve farkl saydaki DNA bantlarnn analizi her birey iin zeldir. Bu
bantlarn ortaya koyulmas ile her birey iin DNA parmak izi elde edilmi olur. DNA
profillerinin karlmas ve spesifik DNA parmak izlerinin elde edilmesindeki
basamaklar u ekilde sralanabilir;
Bitkisel materyalin temini,
Bitkisel materyalden DNA izolasyonu,
Kullanlacak ynteme gre, genetik materyalin oaltlmas (PCR),
Bireyler arasndaki polimorfizimin farkl DNA belirte teknikleri (RAPD),
DNA bant profillerinin spesifik bir programda analiz edilmesi. (Doa 2008).
Doadaki yabani tr ve varyetelerin toplanmas ve molekler dzeyde
tanmlanmas ekonomik deeri olan eitlere yeni ve stn zellikler kazandrlmas

asndan nemlidir (Bothmer ve ark., 1991).
27
1.10.2.1. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ve Uygulamalar

PCR, genomik DNA dizisi bilinen veya dizisi henz tespit edilmemi olarak
klonlanan yabanc DNA'nn oaltlmasn (amplifikasyonu) ve bunun dizi analizini
tespit etmeye yarayan nemli bir tekniktir. Gnmzde olduka nem arz eden insan
genom projesi bu teknik sayesinde yaplmtr (Dilsiz, 2004). PCR'n nemli yn zel
bir DNA dizisini seip oaltarak istenmeyen dizilerin ortaya kmasn nlemesidir.
Bu zellik sadece dizinin tannmasn kolaylatrmakla kalmaz, ek olarak DNA'nn
analiz edilmesini de salar (Saiki ve ark. 1985; Dilsiz, 2004).
PCRn temeli; DNA denatrasyonu, primerlerin birlemesi ve DNA
polimerizasyonu ilkelerine dayanr. oaltlmas istenen DNA blgesinin her iki
ucunda belli sayda diziyi tanyan ve DNA'nn her iki zincirini de tamamlayc olan bir
balatc oligonkleotid (primer) ifti zt ve birbirleriyle akan ynlerde ilerleyen
DNA sentezinin ok sayda dngde gerekletirilmesinde kullanlr. Her dngde ift
sarmall DNA, iki yeni ift sarmall molekln yaplmasn salar. Bu da teorik olarak
her dngde DNA dizilerinin saysal olarak ikiye katlanmasna yol aar (Kumar, 1989).
Uygun primer seimi PCRn baarsn etkileyen en nemli faktrdr.
Genellikle 15-30 baz uzunluunda sentetik oligonkleotidler kullanlr. deal bir
primerde G-C oran %50 olmal, amplifiye edilecek kalba zellikle 3 ucuna uymaldr.
ki primer hemen hemen ayn erime zelliklerine sahip olmaldr (ulcu, 2007).
PCR aamada gereklemektedir.
1. DNA ipliklerinin yksek s ile birbirinden ayrlmas (denatrasyon),
2. Primerlerin balanmas (annealing),
3. Primerlerin uzamas (extension).
DNA ipliklerinin birbirinden ayrlmas (denatrasyon) aamasnda, scaklk ile
oaltlmak istenen DNA ift iplikten tek iplie dnr. Yksek sda sarmallar bir
arada tutan hidrojen balarnn ayrlmas iin DNA denatre edilir. Primerlerin
birlemesi (annealing) aamasnda DNA iin spesifik olan ve primer ad verilen
oligonkleotid, ilk evrede elde edilen DNA tek sarmal zerinde kendisine tamamlayc
olan nkleotid dizisi ile birleir. Primerler hedef DNAnn amplifikasyonunu balatmak
iin kullanlr. Bu sebeple primer (nc) olarak adlandrlr. Primerin balanmas
28
srasnda s 40-60 C ye drlr. Pimerlerin balanmas iin gereken s ve sre

amplifikasyon primerlerinin younlama ve uzunluklarna baldr.
Primerlerin uzamas (extension) aamasnda tamamlayc diziyle birleen primer
hibritletii sarmaln karln sentezler. Bu sentez iin termostabil zellii olan
Thermus aquatis adl bakteriden elde edilen Taq polimeraz enzimi kullanlr (Erlich ve
ark., 1991; ulcu, 2007). Taq DNA polimeraz enziminin aktivitesi iin ortamda serbest
magnezyum iyonlarna ihtiya vardr (Dilsiz, 2004).
PCR tekniinde bu temel aama bir dngy oluturur ve bu dng 30-45
defa tekrarlanr. Bu dnglerin sonunda elde edilen PCR rnlerinin tanmlanmasnda
agaroz jel elektroforez yntemi kullanlr (ekil 1.17). Bu yntemde elde edilen rnler
agaroz jel kullanlarak ultraviyole k kaynanda grnr hale getirilir (ulcu, 2007).
PCR ile sa teli, sperm ve deiik dokulardan elde edilen az saydaki hcreden
DNA amplifikasyonu yaplabilmektedir. Zarar grm, krlm DNA kalbndan DNA
elde edilmesinde, genetik haritalarn oluturulmasnda, kaltsal hastalklarn birounun
tehisi ve patojen organizmalarn DNA'larnn tehisinde PCR teknii baaryla
uygulanmaktadr (ulcu, 2007).
1.10.2.2. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA- Rastgele

oaltlm Polimorfik DNA) ve Uygulama Alanlar
RAPD, 1990 ylnda gelitirilmi olup, rastgele seilmi ksa oligonkleotid
primerler kullanlarak oaltmnn yaplmas ve oaltm rnlerinin jel elektroforezi
ile ayrlmas esasna dayanr (Welsh ve Mc Clelland, 1990; Williams ve ve ark., 1990).
RAPD ynteminin temel teknii, yksek saflkta DNA elde ettikten sonra ksa
uzunluktaki (6-10 baz) primerleri ekleyerek PCR yapmay ve son olarak rnleri jel
elektroforeziyle elektriksel alanda yrterek UV altnda ortaya kan farkll
gzlemlemektir (Arif ve ark., 2010) (ekil 1.17).
RAPD yntemi PCR yntemi baz alnarak gelitirilmitir (Atienzar, 2006; Vural
ve Daeri, 2009). RAPD sonras elde edilen sonular her deneyde deien balanma
noktalar (Budak ve ark., 2004), ekipman ve kii farkllklar nedeniyle her defasnda
ayn sonucu vermemektedir (Arif ve ark., 2010). RAPD almalarn da kullanlan
29
primerler genellikle on baz uzunluunda olmakla beraber, daha uzun ya da daha ksa
olan primerler de almalarda kullanlabilir. Bylece daha ksa primerlerin
kullanmyla
daha
yksek
oranda
polimorfizm
belirlenebilirken,
daha
uzun
primerlerden de eitli haritalama ve parmak izi analizlerinde yararlanlabilir (Kavakl,

2006; Yesbek, 2007). Ayrca primerlerin ok deiik DNA blgelerine balanma
olasln arttrmak iin daha dk scaklk dereceleri (34-36 oC) kullanlmaktadr
(Williams ve ark., 1990).
RAPD-PCR sonras elde edilen monomorfik bantlar tre zg bantlar olarak
dnlmektedir. Her tr iinde, bu tre zg bantlar homozigot blgeler ya da alanlar
temsil eder (Zhou ve ark., 2005). Taksonomik karkla sahip olan baz trlerin
(safron gibi) kltr ve koruma stratejileri, polimorfik ya da monomorfik olduunun
belirlenmesi RAPD ile mmkn olabilmektedir (Rubio-Moraga ve ark., 2009). Baz
genlerin tanm iin, gen gruplar yada genomlar bulunmal ve bireyler aras
deimeyen blgeler ile olan benzerlikleri ortaya karlmaldr (Altukhov ve ark.,
2000).
RAPD yntemi yaygn olarak genetik eitlilik aratrmalarnda polimorfizmin
belirlenmesinde,
haritalamada,
soy
aac
genotipik
karlmasnda
farkllama,
(akrabalk
molekler
ilikilerinde),
taksonomi,
zararl
genetik
genlerin
belirlenmesinde ve cinsiyet markeri gibi eitli uygulamalarda zellikle farkl

topluluklar arasnda ve hatta ayn organizmann farkl doku, organ ve ksmlar arasnda
farkllama ve farkllama kapasitesi iin kullanlmaktadr (Atienzar, 2006; Bharmauria
ve ark., 2009; Uzonur ve ark., 2004; Alpsoy ve ark., 2010; Keke ve ark., 2010).
RAPD ile yaplan almalarda genomik kararszla sahip kanser hcrelerini
bulma ile ilgili almalarda yararl olduu ortaya kmtr (Atienzar, 2006). Bunlarn
yannda, genetik haritalarn oluturulmas, tohumlarn test edilmesi, varyasyon/tr
tanmlanmas, marker yardml seilim ve bitki slah almalar kullanm alanlarndan
bazlardr (Yesbek, 2007).
Ekotoksikolojik almalarda RAPD deikenleriyle yaplan farkl PCR
sonularnda ortaya kan bantlarn fazla/az oluu ile toksikolojik deerlendirmeler
yaplabilmektedir (Atienzar, 2006).
30
ekil 1. 17 : RAPD-PCR reaksiyonunun ematik gsterimi

RAPD-1, RAPD-2 reaksiyolar bir tane primer ve iki tane farkl kalp DNA
kullanlmtr.
a) Oklar reaksiyona katlm olan ayn diziye sahip primerin kopyalardr
b) Oklarn yn DNA sentez ynn belirlemektedir
c) Saylar kalp DNAda primerlerin balanma blgelerini gstermektedir
1.RAPD reaksiyonunda 2 ve 5 pozisyonlarna balanan primerler arasndaki DNA
dizisinin oaltlmasyla rn A, 3 ve 6 pozisyonlarna balanan primerler arasndaki
DNA dizisinin oaltlmasyla rn B olumaktadr.
2.RAPD reaksiyonunda sadece 3 ve 6 pozisyonlar arsndaki blgedeki DNA
dizisinin
oaltlmasyla rn B olumaktadr.
Reaksiyon 1 ve reaksiyon 2 ye eklenen primerlerin tmnden PCR sonucu bant
elde edilemez. Elde edilebilen bantlar agaroz jelde grntlenmektedir.
31
BLM 2
MATERYAL ve METOD
2.1. MATERYAL
2.1.1. Bitki rnekleri

Urtica dioica bitkisi ile allmtr. Ylda iki defa (ilkbahar- sonbahar) iek
amas tedavi amal kullanmda her dnemde elde edilmesini kolaylatrmaktadr.
ekil 2.1de bu dnemlerde toplanan srgan otunun alnd ehirler ve toplama zaman
gsterilmitir. rneklerin toplanmas ve ulam srasnda zarar grme oran en aza
indirilecek ekilde muhafaza edilmitir. Laboratuara ulatktan sonra deneylerin
yaplaca sreye kadar ieriinin bozulmamas iin gerekli s derecesi olan -30 oCde
muhafaza edilmitir.
ekil 2.1 : Trkiyenin farkl ehirlerinden ve farkl dnemlerde alnan U. dioica

rnekleri.
32
2.1.2. Cihazlar
Termal Dng Cihaz :
TECHNE TC-512(UK)
Santrifj :
Hettich, Mikro 22
Derin Dondurucu :
BEKO
Buzdolab :
Philips, (+4oC, -20oC), Sanyo MDF-U332 (-30 oC)
Elektroforez :
Mupid-One
Translminatr:
Bio-Rad GelDoc 2000
Vorteks :
IKA LABORTECHNIK
Hassas Terazi:
Sartorius, Scaltec SPB 54
Pipetler :
Thermo, Electron Corporation CH57666-4500
Pipet Ular :
Neptune BT brand barrier tips
Spektrofotometreler:
UNICAM Heios
Florometre :
Qubit Florometer
Su banyosu:
GFL
Istc :
WiseStir Wisd Laboratory Instruments MSH- 20A
Ultrasonik banyo :
Sonamak Ultrasonic Cleaner
Homojenizatr :
IKA LABORTCHNIK Ultra Turrax T 25 basic
2.1.3. Kullanlan Kimyasallar

2.1.3.1. Bitki Su nfzyonlar ve Metanol Ekstraktlarnn Hazrlanmas
Metanol ve su ile hazrlanan srgan otu ekstraktlar iin % 70lik metanol ve
distile su kullanlmtr.
2.1.3.2. Kimyasal Analiz zeltilerinin Hazrlanmas

Toplam antioksidan kapasite llmesini salayan CUPRAC ynteminde, ; 1,0
x 10-2 M bakr (II) klorr (CuCl22H2O) zeltisi ve 1 M amonyum asetat tampon (pH
7.0) zeltisi (NH4Ac) distile suda, 7,5 x 10-3 M Neokuproin zeltisi % 96lk etanol
(EtOH) ile hazrlanmtr.
Toplam antioksidan kapasite llmesini salayan dier bir yntem olan

ABTSde; 4,0 x 10-3 M ABTS (2,2-azinobis [3-etilbenzotiazolin-6-sulfonat]) zeltisi
33
distile suda, 1,2 x 10-4 M hidrojen peroksit (H2O2) zeltisi % 96lk etanolde (EtOH),
2,4 x 10-5 M HRP (Horseradish peroksidaz) zeltisi etanol ve distile su karmnda
(1:1) hazrlanmtr.
Toplam fenolik ierik belirlenmesinde kullanlan yntem olan Folin Ciocalteu
ynteminde % 2lik Na2CO3, 0,1 M NaOH, % 0,5 CuSO4, % 1 NaKC4H4O6 (Sodyum
potasyum tartarat), distile su ile hazrlanmtr. % 2lik Na2CO3 ile 0,1 M NaOH
kartrlarak Lowry A zeltisi, % 0,5 CuSO4 ile % 1lik NaKC4H4O6 kartrlarak
Lowry B zeltisi hazrlanr. 50 ml Lowry A ile 1 ml Lowry B zeltilerinin
kartrlmasyla da Lowry C zeltisi hazrlanm olur. Folin Ciocalteu zeltisi ise
distile su ile 1:3 orannda seyreltilmi olarak kullanlr.
2.1.3.3. DNA zolasyon Kimyasallar
DNA izolasyonu iin Macherey-Nagel marka NucleoSpin Plant II Kit
kullanlm, hcre ykm aamasnda PL1 buffer kullanlan protokole gre izolasyon
yaplmtr.
2.1.3.4. Florometre Kimyasallar
Qubit Florometre cihaznda DNA konsantrasyon lmleri iin 2-1000 ng aras
DNA miktarn lmek iin kullanlan Quant-IT dsDNA BR Assay Kit ierisindeki
kimyasallar Quant-iT tampon zelti, Quant-IT ayra (reagent) ve alma
solsyonudur.
2.1.3.5. Polimeraz Zincir Reaksiyonlarnda Kullanlan Kimyasallar
i.
Fermentas DreamTaq PCR Mastermix (2X)

Polimeraz Zincir Reaksiyonu iin gerekli DNA Polimeraz enzimi (hot start),
tampon zelti, MgCl2 ve dNTPleri ieren formlasyona sahip solsyondur.
ii.
FINNZYMES Phire Bitki Dorudan PCR Kiti Kimyasallar

Bitki
dokularndan
dorudan
Polimeraz
Zincir
Reaksiyonu
(PCR)
yaplabilmesi hedeflenerek dizayn edilmitir. Tek prosedr ve uygulama ile DNA

prifikasyonu yapmadan PCR ile DNA amplifikasyonu yaplmasn salar. Kit
ieriindeki kimyasallar Phire DNA polimeraz (Hot start), 2X Phire Bitki PCR
Tampon zeltisi (dNTP ve MgCl2) ve Dilsyon Tampon zeltisidir.
34
Molekler Tayinde Kullanlan Primerler
iii.
almamzda molekler tr tayinine ynelik tr tespiti yapabilecek primerler

online veritaban ve programlar kullanlarak kullanlarak dizayn edilmitir. NCBI,
Primer 3 ve Oligo Analyzer programlar kullanlarak dizayn edilen Urtica dioica primer
seti Tablo 2.1deki gibidir. Dizileri Tablo 2.1 ve Tablo 2.2deki gibi verilen tm
primerler Alpha DNA (Kanada) firmas tarafndan sentezlenmitir.
Tablo 2.1 : Dizayn edilen Urtica dioica primeri.
Gen Blgesi
Uzunluk
Urtica dioica
Primer
Right Primer
(oC)
5 GCATGTCGCAGTACCTCTTG
3
isolectin VII
precursor
Tm
Sekans
57
463 b
(chia5.7.2) gene,
Left Primer
5 GCCTTGTGGTTCTGGATGTC
3
exon 3
57
Oligonkleotid Primerleri
iv.
RAPD- PCR yntemi iin kullanlan10 b uzunluundaki primerler aadaki

gibidir.
Tablo 2.2 : Oligonkleotid primerler.
Primer Ad
Dizisi
Primer Ad
OPA-08
5-GTGACGTAGG-3
OPB-08
5'-GTCCACACGG-3'
OPA-09
5'-GGGTAACGCC-3'
OPB-10
5'-CTGCTGGGAC-3'
OPA-14
5'-TCTGTGCTGG-3'
OPB-11
5'-GTAGACCCGT-3'
OPA-18
5'-AGGTGACCGT-3'
OPB-12
5'-CCTTGACGCA-3'
OPB-01
5'-GTTTCGCTCC-3'
OPB-14
5'-TCCGCTCTGG-3'
OPB-05
5'-TGCGCCCTTC-3'
OPB-17
5'-AGGGAACGAG-3'
OPB-06
5'-TGCTCTGCCC-3'
OPB-18
5'-CCACAGCAGT-3'
OPB-07
5-GGTGACGCAG-3
Dizisi
35
2.1.3.6. Agaroz Jel Elektroforezi Kimyasallar
i.
Agaroz
Sigma marka agaroz kullanlmtr. 80 ml iin 1,6 g agaroz kullanlmtr.
ii.
10X TBE Tampon zeltisi

Her litre iin 108 g Tris base, 55 g Borik Asit, 40 ml 0.5M EDTA (pH 8.0)
iii.
6X Ykleme Boyas
0.5 mM Tris-HCl (pH 7.6), % 0.03 bromofenol mavi, % 0.03 xylene cyanol FF,
% 60 gliserol, 1 mM EDTA.
iv.
GeneRuler 100 bp DNA l Standard

100- 1000 b l aralnda (100 l, 0.5 g/l), 10 mM Tris-HCl (pH 7.6), 1 mM
EDTA.
v.
SafeView DNA Boyas

SafeView, agaroz jel grntlemede ssDNA (tek zincirli DNA), dsDNA (ift
zincirli DNA) ve RNA tespit etmeye yarayan yeni ve gvenli nkleik asit boyasdr.
Etidyumbromr (EtBr) yerine kullanlabilecek, karsinojenik olmayan, daha hassas yeni
bir grntleme boyasdr. SafeView agaroz jel grntlemede baland nkleik
asitten (ssDNA, dsDNA, RNA) yeil floresan k yaylmasn salar.
36
2.2. METOD
2.2.1. Bitki rneklerinin Toplanmas

Isrgan otu Dnyada geni yaylm gsteren ve lkemizde de her blgede
yetiebilen bir bitkidir. almamzda srgan otunun ilkbahar ve sonbahar olmak zere
iek at her iki dnemde toplanan rnekleriyle allmtr. Toplanan rnekler
Tablo 2.3de belirtildii ekliyle yeniden isimlendirilmi ve numaralandrlmtr.
Tablo 2.3. almada kullanlan srgan otu rneklerinin ksaltma, toplandklar iller,
toplanan bitki ksmlar ve hangi mevsimde toplandklarnn bilgileri.
Kodlamalar
ehir
Bitki Ksm
Toplanan Mevsim
UD-1
Antalya
Yaprak, Gvde
Sonbahar
UD-2
Van
Yaprak, Gvde
Sonbahar
UD-3
Mula
Yaprak, Gvde, Kk
Sonbahar
UD-4
stanbul (Anadolu)
Yaprak, Gvde
Sonbahar
UD-5
Ordu
Yaprak, Gvde, Kk
Sonbahar
UD-6
Tekirda
Yaprak, Gvde
Sonbahar
UD-7
Erzurum
Yaprak, Gvde, Kk
lkbahar
UD-8
Mersin
Yaprak, Gvde, Kk
lkbahar
UD-9
Tokat
Yaprak, Gvde, Kk
lkbahar
UD-10
stanbul (Avrupa)
Yaprak, Gvde
lkbahar
UD-11
zmir
Yaprak, Gvde, Kk
lkbahar
UD-12
Konya
Yaprak, Gvde, Kk
lkbahar
2.2.2. Isrgan Otu rneklerinin Su nfzyonu ve Metanol Ekstraksiyonu
37
Isrgan otu yapraklar iin yaplan metanol ekstraktnda %70lik 10 ml metanol

ierisine 1 g paralara ayrlm srgan otu yapraklar eklenir. Ultrasonik banyoda
azlar kapal cam erlenler iinde 1 saat sren ilk aamann ardndan ekstraksiyon svs
alnarak erlende kalan srgan otu zerine 10 ml metanol eklenir ve 45 dakika daha
ultrasonik banyoda ekstraksiyon yaplr. Ekstraksiyon svs tekrar alnarak srgan otu
zerine son olarak 5 ml daha %70lik metanol eklenip 15 dakika inkbasyonu
yapldktan sonra szlr ve tm ekstraksiyon svlar bir araya getirilir.
nfzyon iin, 1 g tartlp kk paralara ayrlan srgan otunun yaprak
rnekleri ile 95 oCye getirilmi 25 ml distile su ierisine koyularak 8 dakika sre ile 95
o
Cde ekstraksiyon ilemi yaplmtr. Isrgan otu rneklerinin yaprak, gvde ve kk
ksmlar iin ayr ayr infzyonlar yaplmtr.

Deneylerde kullanlan srgan otu ksmlarnn hepsi ya materyal olarak
kullanlmtr.
2.2.3. CUPRAC (Cupric Reducing Antioxidant Capacity; Cu(II) yonu
ndirgeyici Antioksidan Kapasite) Yntemi
Deney tplerinin ierisine srasyla 1 ml 1,0 x 10-2 M Cu(II) klorr zeltisi, 1
ml 1 M amonyum asetat tampon (pH 7.0) zeltisi, 1 ml 7,5 x 10-3 M neokuproin
zeltisi ilave edilir. Daha sonra x ml srgan otu metanol-su ekstrakt zeltilerinden ve
son olarak (1 x) ml distile su ilave edilerek zeltiler kartrlr.
zeltiye rnek yerine 1 ml distile su eklenen tp ise referans olarak hazrlanr.
Tpler oda scaklnda az kapal olarak 30 dakika bekletilir ve sre sonunda
zeltilerin referans zeltiye kar 450 nmdeki absorbanslar llr.
Bu yntem metanol ekstraksiyonu yaplm yaprak ve infzyon yaplm yaprak,
gvde ve kk rneklerine uygulanmtr. Abzorbanslar llen rneklerin toplam
antioksidan kapasitesi CUPRAC yntemin ile aadaki formle gre hesaplanmtr.
38
CUPRAC
: 16200 Lmol-1.cm-1
2.2.4. TEAC (Trolox Equivalent Antioxidant Capacity; Troloks Edeeri

Antioksidan Kapasitesi)/ABTS Yntemi
Deney tplerinin ierisine srasyla 1 ml 4 x 10-3 M ABTS, 1 ml 1,2 x 10-4 M
H2O2 ve 1 ml 2,4 x 10-5 M HRP ilavesinden sonra zelti kartrlr ve oluan ABTS
radikalinin absorbansnn kararl hale gelebilmesi iin 5 dakika oda scaklnda
bekletilir. Bu sre sonunda x ml srgan otu metanol ekstrakt-infzyon zeltilerinden
ve (1 x) ml distile su ilave edilir ve 5 dakika daha oda scaklnda bekletilir.
10. dakika sonunda 730 nmde srgan otu ekstrakt ilave edilmemi referansa
kar absorbans deerleri okunur. Radikal zeltisinin (rnek yerine rnek zcs
ieren) absorbansndan, rnek ieren zeltinin absorbans karlarak A absorbans
deerleri hesaplanr.
A = A Radikal zeltisi - A rnek zeltisi

antioksidan kapasitesi ABTS/HRP yntemi ile aadaki formle gre hesaplanmtr.
ABTS/HRP
: 27500 Lmol-1.cm-1
39
2.2.5. Folin-Ciocalteu Yntemi

Deney tplerine koyulan 2,5 ml Lowry C zerine x ml srgan otu metanol
ekstrakt- infzyonu rnekleri ve (2-x ml) distile su eklenir. 10 dakika inkbasyon
sonrasnda bu tplere 0,25 ml seyreltilmi Folin-Ciocalteu zeltisi ilave edilir ve 30
dakika daha oda scaklnda inkbasyona braklr. erisinde rnek bulunmayan 2 ml
distile su, 2,5 ml Lowry C ve 0,25 ml Folin-Ciocalteu zeltisi bulunan referansa kar
750 nmde abzorbans llr.
antioksidan
kapasitesi
Folin-Ciocalteu
yntemi
ile
aadaki
formle
gre
hesaplanmtr.
Folin-Ciocalteu : 3254 Lmol-1.cm-1

2.2.6. Urtica dioicaya zg Primer Dizayn rneklerin Molekler Tayininin
Yaplmas
Primer dizayn etmek iin, gvenilir ve srekli gncellenen veritabanlar
kullanlmaktadr. almamzda kullanlmak zere Urtica dioica bitkisine zg primer
dizayn etmek iin srasyla NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/),
(http://biotools.umassmed.edu/bioapps/primer3_www.cgi)
ve
Oligo
(http://eu.idtdna.com/analyzer/applications/oligoanalyzer/Default.aspx)
Primer 3
Analyzer
veritabanlar
kullanlmtr.
Primer seiminde nemli optimum zellikler aadaki gibidir;
Primer 18-25 baz uzunluunda olmaldr,
Kendi ierisinde homoloji gstermemeli; zellikle 3 ucunun primer-dimer

formasyonundan kanlmaldr,
40
3 ucunun DNA kalb zerinde spesifik olmayan blgelere balanmad

kontrol edilmelidir,
Guanin-Cytosin (GC) tekrar drt bp den fazla olmamaldr,
GC ierii % 40 ile % 70 arasnda olmaldr,
Erime slar (Melting temperatures :Tm) birbirine olabildiince yakn olmaldr,
Loop (halka) oluturmamaldr.
Primer dizayn iin ilk basamak NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) sitesinde

arama snrn nucleotide olarak deitirip arama kutusuna Urtica dioica yazlarak
tarama sonularn incelemektir. Uygun olduu dnlen bir gen blgesi belirlenip
FASTA formatna ulalr (FASTA: DNA dizilerinin biyoinformatik programlar
tarafndan
okunmas
iin
oluturulmu
standart
formattr.
(http://tr.wikipedia.org/wiki/DNA_dizisi Eriim tarihi: 20.10.2010) (ekil 2.2).
ekil 2.2: Urtica dioicaya ait agglutinin isolectin VII precursor (chia5.7.2) gene, exon 3
gen blgesinin FASTA format.
41
FASTA
format
kopyalandktan
sonra
Primer
sitesindeki
3
metin
penceresine yaptrlr. Bu site, verilen FASTA formatna ait uygun primerler belirler.
Bu srada dizayn edilmek istenilen primere ait tm bilgiler (Tm deeri: balanma
scakl, primer uzunluu vs.) girilerek Pick primers tklanr ve uygun olan primerin
seilmesi salanr (ekil 2.3).
ekil 2.3 : Primer 3 programyla istenilen zelliklere uygun olarak belirlenen ilk drt
primer setine ait ekran grnts.
Uygun olan 4 primer belirlendikten sonra bu primerlerin uygunluunu

denetlemek
iin
Oligo
Analyzer
(http://eu.idtdna.com/analyzer/applications/oligoanalyzer/Default.aspx) sitesinde her primer

seti iin hairpin, selfdimer, heterodimer yapma durumlar (optimum G-S oran, dk
Delta G ve hairpin deeri gibi) incelenir ve istenmeyen konformasyonlar en az
oluturan primer seti belirlenir (ekil 2.4).
42
ekil 2.4 : Oligo Analyzer programnda primerlerin uygunluk derecelerinin

belirlenmesi.
Oligo Analyzer veritabannda en uygun primer seimi yapldktan sonra seilen
primerin gerekten Urtica dioica bitkisine zg olup olmadnn tayini ise BLAST
yaplarak salanr. Bunun iin BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) sitesine
girilerek arama seenekleri nucleotide blast olarak ayarlanr ve dizayn edilen primerin
sa ve sol dizileri srayla metin penceresine yazlr ve Choose Search Set- Database
ayar Others seildikten sonra Blast yaplr. E-Value deeri, sonularn istatistiksel
olarak anlaml olduunu gsteren deerdir. Sorgunun, dk E-Value deere sahip
sonularla homolog olma ihtimali fazladr. (ekil 2.5).
43
ekil 2.5 : Belirlenen primer setinin Blast sonu tablosu.

Online veritabanlar ve programlar kullanlarak dizayn edilen primer seti Alpha
DNA (Kanada) firmas tarafndan temin edildikten sonra 100 pmol/ml stok zelti
seyreltmesi yapldktan sonra FINNZYMES Phire Dorudan PCR kiti kullanlarak
PCR yaplmtr. Bu kite ait bileenler Tablo 2.4te verilmitir.
Tablo 2.4 : FINNZYMES PhireDorudan-PCR bileenlerine ait bilgiler.

Dorudan-PCR Bileenleri
Son Hacim
Phire Plant PCR Tampon zelti (2X)
10 l
Phire Plant Hot Start DNA Polimeraz
0.4 l
Primer (F)
0.5M/20 l
Primer (R)
0.5M/20 l
rnek (sv)
0.5 l
rnek (kat)
0.5 mm
ddH2O
8 l
Toplam hacim
20 l
Trkiyenin 12 farkl ilinden toplanan srgan otu rnekleri ile molekler tr

tayini iin dizayn edilen primerler kullanlarak PCR yaplmtr. Yaplan PCRa ait
artlar Tablo 2.5teki gibidir.
44
Tablo 2. 5 : FINNZYMES Phire Dorudan-PCR artlarna ait bilgiler.

Basamak
Scaklk (C)
Sre
lk Denatrasyon
98
5 dakika
Denatrasyon
95
5 saniye
Balanma
57
5 saniye
Uzama
72
20 saniye
Sonlanma
72
1 dakika
Dng Says
1
40
Yabanc maddelerin uzaklatrlmas iin rnekler distile su ile birka defa

ykandktan sonra kit ierisindeki zmba (uni-core) ile bitkilerin yaprak dokularndan
0,5 mm apnda doku kesiti alnmtr. Bu bitkisel dokulara hibir ilem uygulanmadan
FNNZYMES Phire Bitki Dorudan PCR kiti ile hazrlanm tp iindeki PCR
bileenlerine dorudan eklenmitir.
rneklerden doku kesiti alnmas srasnda rnekler aras kontaminasyonun
engellenmesi iin her bir farkl dokudan kesit alndktan zmbann ucu % 2lik NaClO
zeltisine batrlm ve sterilizasyonu salanmtr.
2.2.7. DNA zolasyonu
12 farkl ehirden toplanan srgan otu rnekleri deneylerin yaplaca sreye
kadar -30C de muhafaza edilmitir. rnekler nce distile su ile ykanm daha sonra
her rnein kk, gvde ve yaprak ksmlarndan yaklak olarak 100 mg alnarak
dakikada 11,000 PRM devir ile mekanik paralama yapan IKA LABORTCHNIK Ultra
Turrax T 25 basic marka homojenizatr ile homojenize edilmitir. Homojenizasyon
sonras Macherey-Nagel firmasnn NucleoSpin Bitki DNA izolasyon kiti kullanlarak
DNA izolasyonu yaplmtr.
MN-NucleoSpin Bitki DNA izolasyon kiti ile DNA izolasyon prosedr
aadaki gibidir:
100 mg rnek zerine 400 l PL1 tampon zeltisi ve 10 l RNase enzimi

eklenerek vortekslenir.
45
65 Cde 10 dakika inkbasyona braklr.
8000 rpmde 1 dakika maddelerin dibe kmesi iin santrifj yaplr.
rnek, violet halkal NucleoSpin filtre kolonu ieren tpe aktarlarak 2 dakika
10000 rpmde santrifj ile filtrasyon yaplr. Violet halkal NucleoSpin filtre,
izolasyonun ilk aamalarnda mevcut atklar uzaklatrmak iin kullanlr.
rnek zerine 450 l PC tampon zeltisi eklenerek vortekslenir.
700 l rnek yeil halkal NucleoSpin filtre kolonu ieren yeni bir tpe aktarlr.
10000 rpmde 1 dakika santrifjlenir. Filtre edilmi alttaki sv uzaklatrlr.
rnein bulunduu sznt (st faz) zerine 400 l PW1 tampon zeltisi eklenir.
10000 rpmde 1 dakika santrifjlenir. Filtre edilmi alttaki sv uzaklatrlr.
rnek zerine 700 l PW2 tampon zeltisi eklenir. 10000 rpmde 1 dakika
santrifjlenir. Filtre edilmi alttaki sv uzaklatrlr.
rnek zerine 200 l PW2 tampon zeltisi eklenir. 10000 rpmde 1 dakika
santrifjlenir. Filtre edilmi alttaki sv uzaklatrlr.
8000 rpmde 1 dakika santrifj ile bo kurulama yaplr.
Filtrasyon kolonu DNA rneini saklayacamz tpe taklr.
PE tampon zeltisi 70 Cde 5 dakika inkbasyona braklr.
rnein bulunduu sznt (st faz) zerine 50 l PE tampon zeltisi (70 Cye
stlm) eklenir. 10000 rpmde 1 dakika santrifjlenir.
rnek zerine tekrar 50 l PE tampon zeltisi (70 Cye stlm) eklenir. 10000
rpmde 1 dakika santrifjlenir.
Filtre kolonu uzaklatrlr ve saf DNA -20 Cde saklanr.
2.2.8. DNA Konsantrasyonu lm

DNA izolasyonu sonrasnda her bir rnek iin DNA konsantrasyonu Qubit
Fluorometer ve Quant-IT dsDNA BR Assay Kit ile yaplmtr.
Qubit Fluorometer ile DNA miktar tayini protokol aadaki ilemlerle
gerekletirilir:
46
a. alma solsyonu hazrlanmas:
1,5 ml yada 2 mllik mikrosantrifj veya 15 mllik santrifj tpne Standart (2 yada
3 adet) ve allacak rnek miktar (n) bana 199 l Quant-iT tampon zelti
eklenir. [(n+3) x 199 l]
Quant-iT tampon zelti zerine, Standart (2 yada 3 adet) ve allacak rnek

miktar (n) bana 1 ul Quant-iT ayra (reagent) eklenir. [(n+3) x 1 l]
Sonuta, her rnek ve standart bana 199 l Quant-iT tampon zelti ve 1 ul

Quant-iT ayra (reagent) olmak zere 200 l alma solsyonu elde etmi
oluruz.
b. Standartlarn Hazrlanmas:
0,5 l effaf ve ince cidarl mikrosantrifj tpne;
Standart 1 iin; 190 l Working solusyon ve 10 l standart 1 eklenir.
Standart 2 iin; 190 l Working solusyon ve 10 l standart 2 eklenir.

c. rneklerin Hazrlanmas:
Kullanlacak rnek miktarna gre 180-199 l Working solusyon ve 1-20 l rnek

eklenir.
d. nkbasyon:
Quant-iT dsDNA, ssDNA ve RNA kitleri iin en az 2 dk boyunca oda

scaklnda inkbe edilir.
e. Protokoln seilmesi ve Cihaz kalibrasyonu:
nkbasyon sonras Qubit Fluorometer cihaznda Quant-iT kit seeneine

gelip bir nceki kalibrasyonu kullanlr ya da yeni bir kalibrasyon yaplr.
Yeni kalibrasyon yaplacaksa aadaki ynergeler takip edilir;
Standart 1in yer ald mikrosantrifj tpn cihazn ilgili haznesine yerletirip
cihaz kapa kapatlr ve GO tuuna basarak Standart 1 okutulur.
Standart 2in yer ald mikrosantrifj tpn cihazn ilgili haznesine yerletirip
cihaz kapan kapatlr ve GO tuuna basarak Standart 2 okutulur.
47
f. rneklerin llmesi:
llecek rnei ieren mikrosantrifj tp cihazn ilgili haznesine yerletirilir ve

cihaz kapa kapatlr ve GO tuuna basarak rnekler okutulur.
g. Standardn Kalibrasyonu
Hazrlanan standart 2, rnek lmlerinden sonra gne alacak ekilde 5

dakika oda scaklnda inkbasyona braklr. nkbasyon sonras cihazn ilgili
haznesine yerletirilerek GO tuuna baslr ve konsantrasyonu llr. kan
sonucun 100 g/mlye yakn olmas llen deerlerin gvenilirlii asndan
nemlidir.
2.2.9. Agaroz Jel Hazrlanmas ve Jel Elektroforezi
PCR rnlerin incelenebilmesi iin % 2lik agaroz jel hazrlanr. Bunun iin 2 g
Agaroz 100 ml 0.5xTBE tampon zeltisi ierisine eklenir ve manyetik kartrc ile
beraber stc yardmyla znmesi salanr. Hazrlanan solsyon kaynama derecesine
geldiinde stcdan alnr ve 65 oC-70 oCye soumas beklenir. Birka dakika sonra
iine 5 l/100 ml konsantrasyonunda SafeView floresan boyas kartrlr. SafeView
floresan boyas DNA bazlar arasna girebilen ve bu sayede DNAy UV altnda
grebilmemizi salayan, bilinen kanserojenik ve mutajenik boyalara gre gvenli
olduu iddia edilen bir boyadr.
Iss 65 oC-70 oCye drlen jel hazrlanan kalba dklr ve soumas
beklenir. Souma srasnda dklen kalbn eklini alan jele, yerletirilen tarak
sayesinde 20-22 kuyu almas salanmtr. rnekler bu kuyulara ykleme tamponu ile
kartrlarak yklenir. Bu tampon rneklerin yklenebilmesini, rneklerin yrmesinin
takibini yapabilmemizi salarken, hem de yerine gre bir eit standart boy markr
gibi kullanlmaktadr.
Elektroforezde 10 volt/cmde yrtlen DNAlar grntlemek iin bir UV
k kayna kullanlmaktadr. Fotoraflar Geldoc 2000 sistemi ile ekilmitir.
48
2.2.10. Rastgele oaltlm Polimorfik DNA - Polimeraz Zincir Reaksiyonu

(RAPD- PCR) artlar
RAPD-PCR ynteminin temel prensibi, ilgili olan tre ait genomik DNA
zerinde rastgele seilmi, tek bir 9-10 bp oligonkleotidin, dk balanma
scaklnda oaltma yapmasdr. Toplam hacmi 25 l olacak ekilde hazrlanan
rneklerin ierii Tablo 2.6daki gibidir.
Tablo 2.6 : Bir RAPD-PCR tpndeki bileenler.
RAPD-PCR Bileenleri
Son Hacim/Konsantrasyon
DreamTaq PCR Mastermix(2X)
12.5 l
Primer karm
0.1-1.0 M
rnek DNAs
10 pg - 1 g
ddH2O
5.5 l
Toplam hacim
25 l
Baz durumlarda daha iyi sonu alnabilmesi iin fazladan Taq DNA polimeraz
enzimi ilave edilebilir. Bu durumda toplam sonu deimeyecek ekilde hesaplamalar
tekrarlanr. Hazrlanan bu karmlar Tablo 2.7deki artlara uygun olarak
amplifikasyon iin makineye yerletirilir. Her srgan otu rneinin yaprak, gvde ve
kk ksmlar ayr ayr allm ve her rnek iin bileenler x3l olarak hazrlanmtr.
Tablo 2.7 : RAPD-PCR koullar.
Basamak
Scaklk (C)
Sre
lk Denatrasyon
95
1-3 dakika
Denatrasyon
95
30 saniye
Balanma
36
30 saniye
Uzama
72
1 dakika/kb
Sonlanma
72
5-15 dakika
Dng Says
1
40
49
BLM 3
BULGULAR
almamzn bulgular 3 ana balk halinde sunulmutur. Trkiyenin 11 farkl
ehrinden elde edilen srgan otu rneklerinin Urtica dioica tr olduunun anlalmas
almamzn devam iin nem arz etmektedir. Bu nedenle ilk nce rneklerimizin
U.dioica doruluunu ieren sonular ortaya konulmutur. Daha sonra % 70 metanol
ekstrakt ve infzyonu yaplan U. dioica rneklerinin toplam antioksidan kapasite ve
toplam fenolik madde ierikleri belirlenerek ehirlerarasndaki farkllklar belirlenmi,
son olarak da yaprak, gvde, kk ksmlar ayrlan U. dioica rneklerinin
DNAlarndaki deiim incelenmitir.
3.1. Tre zg Primer Dizayn ve lgili PCR Sonular
Klasik morfolojik zelliklere baklarak tr tespiti yaplan 12 farkl ehirden
temin edilen Urtica dioica rneklerinin molekler adan da tr tespiti iin,
online
veri
tabanlar
(NCBI
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/),
ve
Oligo
(http://eu.idtdna.com/analyzer/applications/oligoanalyzer/Default.aspx))
Primer
Analyzer
kullanlarak
dizayn edilen primer seti 5 GCCTTGTGGTTCTGGATGTC 3, ve primer 5

GCATGTCGCAGTACCTCTTG 3 ile yaplan tr tayinine ynelik PCR sonucu ekil
3.1de verilmitir. DNA purifikasyon-izolasyon ilemine gerek duymadan allmaya
olanak salayan FNNZYMES Phire Bitki Dorudan PCR kiti ile hedeflenen DNA
blgeleri oaltlmtr.
50
1000
500
400
200
193 b
ekil 3.1 : FNNZYMES Phire Bitki Dorudan PCR kiti ile yaplan tr tayinine
ynelik PCR sonular. 193 blik amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel
fotoraf. UD-1Y, UD-2Y UD-10Y, UD-11Y (Antalya, Van, Mula, stanbul
(Anadolu), Ordu, Tekirda, Erzurum, Mersin, Tokat, stanbul (Avrupa), zmir) yaprak
rnekleridir. lk kuyu (M) boy markrn, son kuyu negatif kontrol rneini
gstermektedir.
Online veritabanlar ve programlar kullanlarak dizayn edilen primer setinin,

PCR sonrasnda 193 b uzunluunda bant verdii gzlenmitir. Bu ekilde klasik
morfolojik yntemler ile yaplan tr tayinini molekler yntemlerle de teyit etmekteyiz.
Kullanlan FNNZYMES Phire Bitki Dorudan PCR kiti ile kros-kontaminasyon riski
en aza indirilmitir. Zmba (uni-core) ile bitkilerin yaprak dokularndan 0,5 mm apnda
doku kesiti elde edilmesi srasnda % 2lik NaClO zeltisi ile sterilizasyonu salanm
ve her PCRda negatif kontrol kullanlarak kontaminasyon olmad dorulanmtr.
Kullanlan primerlerin U. dioica zgnlnn teyidi sanal ortamda BLAST
analizi (ekil 3.2), deneysel ortamda ise nane ve fasulye bitkileri kullanlarak yaplan
PCR ile gsterilmitir (ekil 3.3). PCR iin FNNZYMES Phire Bitki Dorudan PCR
kiti kullanlmtr.
51
ekil 3.2 : Primer setinin Blast sonular.
ekil 3.2de dk gvenilirlik deerine sahip farkl canl ile elemeler de

grlmektedir.
ekil 3.3: Fasulye ve nane bitkileri ile baz Urtica dioica trleri ile yaplan PCR
amplifikasyon sonularn gsteren % 2lik agaroz jel fotoraf. lk kuyu (M) boy
markrn, son kuyu negatif kontrol rneini gstermektedir.
52
3.2. Toplam Antioksidan Kapasite ve Toplam Fenolik Madde erik Sonular

DNA yapsnn eitli kirlilik tiplerine maruz kaldnda, ya da deiken ortam
artlarna gre deiim gsterdii bilinmektedir ve bunlar canlnn fizyolojik yapsnda
da birtakm deiikliklere neden olabilmektedir. Bu deiiklikler etnobotanik olarak
kullanlan baz bitkilerin kimyasal yaplarnda da deiimler oluturabilmektedir. Bu
durumu gstermek amacyla 12 farkl srgan otu rneinin toplam antioksidan
kapasitesi ve toplam fenolik ierik miktarlarndaki deiimler eitli deneyler ile
gsterilmitir.
CUPRAC yntemi Cu (II) neukuprain zeltisinin amonyum asetat tampon
ortamnda antioksidan madde varlnda Cu (II) neukupraine indirgenmesi esasna
dayanr. 450 nmde abzorbans llen deerler CUPRAC forml ile (sayfa 41)
hesaplamasndan sonra toplam antioksidan kapasite deerini vermektedir.
ABTS yntemi 2,2-azinobis (3-etilbenzotiazolin-6-sulfonat) (ABTS) kromojen
radikal katyonunun hidrojen verici antioksidanlar tarafndan inhibe edilmesine dayal
bir metoddur 730 nmde abzorbans llen zeltinin toplam antioksidan kapasitesi
ABTS formlne gre (sayfa 42) hesaplanmtr.
Folin-Ciocalteu yntemi CuSO4 (bakr (II) slfat) zeltisinin alkali ortamda
protein veya antioksidanlar ile kompleks yapmas esasna dayanr. 750 nmde llen
abzorbans deerleri Folin-Ciocalteu forml ile hesaplanarak (sayfa 43) toplam fenolik
ierikleri belirlenir.
3.2.1. Isrgan Otu Yaprak rneklerinin Sonular
% 70 metanol ekstrakt ve infzyonu hazrlanan srgan otu yaprak rnekleri ile
yaplan CUPRAC, ABTS/HRP ve FolinCiocalteu deneylerinin sonular Tablo
3.1deki gibidir. Hesaplamalar troloks ve gallik asit iin belirlenen formller ile
yaplmtr (sayfa 41, 42, 43).
53
Tablo 3.1 : Urtica dioica yapraklarnn metanol ekstrakt ve infzyonuna ait toplam
antioksidan kapasite ve toplam fenolik madde sonular.
Yntem
ehir
CUPRAC
ABTS/HRP
FolinCiocalteu
mmol Troloks/g
mmol Troloks/g
mmol Gallik asit/g
Antalya
Metanol
Yaprak
1,11x10-2
Su
Yaprak
1x10-2
Metanol
Yaprak
0,37x10-2
Su
Yaprak
0,43x10-2
Metanol
Yaprak
2,98x10-2
Su
Yaprak
3,6x10-2
Van
0,37x10-2
1,13x10-2
0,24x10-2
0,45x10-2
1,51x10-2
3,9x10-2
Mula
0,51x10-2
1,1x10-2
0,28x10-2
0,44x10-2
2,02x10-2
2,6x10-2
stanbul 0,17x10-2
(Anadolu)
Ordu
0,44x10-2
0,18x10-2
0,04x10-2
0,35x10-2
0,47x10-2
0,93x10-2
0,98x10-2
0,27x10-2
0,42x10-2
1,89x10-2
3,7x10-2
Tekirda
0,94x10-2
0,75x10-2
0,33x10-2
0,37x10-2
2,53x10-2
2,8x10-2
Erzurum
2,08x10-2
11,5x10-2
0,57x10-2
0,99x10-2
4,34x10-2
25x10-2
Mersin
0,5x10-2
2,2x10-2
0,23x10-2
0,60x10-2
1,69x10-2
4,6x10-2
Tokat
2,62x10-2
1,72x10-2
0,75x10-2
0,52x10-2
5,76x10-2
4,9x10-2
stanbul
(Avrupa)
zmir
0,2x10-2
0,31x10-2
0,14x10-2
0,36x10-2
0,89x10-2
2,7x10-2
0,42x10-2
1,2x10-2
0,25x10-2
0,48x10-2
1,98x10-2
4x10-2
Konya
0,33x10-2
1,75x10-2
0,15x10-2
0,59x10-2
0,93x10-2
4,12x10-2
% 70 metanol ekstrakt yaplan U. dioica yapraklarnn toplam antioksidan

kapasite ve toplam fenolik ierik korelasyonu ekil 3.4, 3.5te verilmitir. Toplam
fenolik madde ierii ve toplam antioksidan kapasite korelasyonu CUPRAC yntemi
iin 0,9569
(ekil 3.4); ABTS yntemi iin 0,9882 (ekil 3.5) olarak bulunmutur.
Folin-CUPRAC ve Folin-ABTS deneylerinin sonularnn deerlendirildii bu

grafiklerde toplam antioksidan kapasite ve toplam fenolik ieriklerinin rtt
grlmektedir. Bu sonu deney gvenilirlilii asndan nemli ve destekleyicidir.
54
CUPRAC korelasyonu.
ABTS korelasyonu.
nfzyonu yaplan U. dioica yaprak rneklerinin toplam antioksidan kapasite ve
toplam fenolik ierik korelasyonu ekil 3.6, 3.7da verilmitir. Isrgan otu yapraklarnn
infzyon rnekleri iin; toplam fenolik madde ierii ve toplam antioksidan kapasite
korelasyonu CUPRAC yntemi iin 0,9903 (ekil 3.6); ABTS yntemi iin 0,8739
(ekil 3.7) olarak bulunmutur.
55
Korelasyon erilerinin deerleri toplam fenolik madde ierii ve toplam

antioksidan kapasite sonularnn birbirleriyle rtt ve infzyon yaplm rnekler
ile yaplan deneylerin gvenilir olduu grlmtr.
ekil 3.6 : nfzyonu yaplm Urtica dioica yaprak rneklerinin FolinCUPRAC

korelasyonu.
ekil 3.7 : nfzyonu yaplm Urtica dioica yaprak rneklerinin FolinABTS

korelasyonu.
56
3.2.2. Isrgan Otu Gvde rneklerinin Sonular

Sadece infzyonlar hazrlanan U. dioica gvdeleri ile yaplan CUPRAC,
ABTS/HRP ve FolinCiocalteu deneylerinin sonular Tablo 3.2deki gibidir.
Hesaplamalar troloks ve gallik asit iin belirlenen formller ile yaplmtr (sayfa 41,
42, 43).
Tablo 3.2 : Urtica dioica gvdelerinin infzyonuna ait toplam antioksidan kapasite ve
toplam fenolik madde sonular.
Yntem
CUPRAC
ABTS/HRP
Folin Ciocalteu
mmol Troloks/g
mmol Troloks/g
mmol Gallik asit/g
Antalya
9,87x10-4
3,3x10-4
57,6x10-4
Van
39,1x10-4
18,2x10-4
200x10-4
Mula
16,9x10-4
8,72x10-4
91,7x10-4
stanbul (Anadolu)
10,3x10-4
5,51x10-4
66,6x10-4
Ordu
36x10-4
15,9x10-4
150x10-4
Tekirda
34x10-4
15,5x10-4
192x10-4
Erzurum
14,5x10-4
7,32x10-4
89x10-4
Mersin
35,7x10-4
15,8x10-4
198x10-4
Tokat
21,8x10-4
11,3x10-4
110x10-4
stanbul (Avrupa)
12,7x10-4
7,2x10-4
85,8x10-4
zmir
7,22x10-4
4,4x10-4
62x10-4
Konya
15,2x10-4
7,41x10-4
91,6x10-4
ehir
nfzyonu yaplan U. dioica gvde rneklerinin toplam antioksidan kapasite ve

toplam fenolik ierik korelasyonu ekil 3.8, 3.9de verilmitir. Isrgan otu gvdelerinin
(ekil 3.9) olarak bulunmutur. Korelasyon erilerinin deerleri toplam fenolik madde
ierii ve toplam antioksidan kapasite sonularnn infzyon yaplm U. dioica gvde
rneklerinde de birbirleriyle rtt anlamna gelmektedir.
57
ekil 3.8 : nfzyon yaplm Urtica dioica gvde rneklerinin FolinCUPRAC

korelasyonu.
ekil 3.9 : nfzyon yaplm Urtica dioica gvde rneklerinin FolinABTS

korelasyonu.
3.2.3. Isrgan Otu Kk rneklerinin Sonular

lkemizin 8 ehrinden alnan U. dioica kk rnekleriyle hazrlanan infzyonlar
ile toplam antioksidan kapasite ve toplam fenolik madde tayini sonular
58
Tablo 3. 3deki gibidir. Hesaplamalar troloks ve gallik asit iin belirlenen formller ile
yaplmtr (sayfa 41, 42, 43).
Tablo 3.3: Isrgan otu kklerinin infzyonuna ait toplam antioksidan kapasite ve
toplam fenolik madde sonular.
Yntem
CUPRAC
ABTS/HRP
Folin Ciocalteu
ehir
mmol Troloks/g
mmol Troloks/g
mmol Gallik asit/g
Mula
21,7x10-4
9,7x10-4
120x10-4
Ordu
24,6x10-4
10,4x10-4
123x10-4
Tekirda
60,9x10-4
20,9x10-4
198x10-4
Erzurum
10,3x10-4
4,54x10-4
75,7x10-4
Mersin
39,7x10-4
14,1x10-4
141x10-4
Tokat
20x10-4
8,49x10-4
111x10-4
zmir
19,6x10-4
7,32x10-4
107x10-4
Konya
14,5x10-4
5,04x10-4
75,6x10-4
nfzyonu yaplan U. dioica kk rneklerinin toplam antioksidan kapasite ve

toplam fenolik ierik korelasyonu ekil 3.10, 3.11da verilmitir. Isrgan otu kklerinin
(ekil 3.11) olarak bulunmutur.
Korelsyon erilerinin deerleri toplam fenolik madde ierii ve toplam
antioksidan kapasite sonularnn birbirleriyle rtt anlamna gelmektedir. Bu
sonular infzyon yaplm U. dioica kk rnekleri ile yaplan toplam fenolik madde
ierii ve toplam antioksidan kapasite deneylerinin gvenilirlilii asndan nemli ve
destekleyicidir
59
ekil 3.10 : nfzyon yaplm Urtica dioica kk rneklerinin FolinCUPRAC

korelasyonu.
ekil 3.11 : nfzyon yaplm Urtica dioica kk rneklerinin FolinABTS

korelasyonu.
3.3. rneklerin DNA Konsantrasyonlar
MN-NucleoSpin Bitki DNA izolasyon kiti kullanlarak U. dioica bitkisinin
yaprak, gvde ve kk ksmlarndan DNA izolasyonu yaplmtr. rneklerin Qubit
60
Florometre cihaznda Quant-IT dsDNA BR Assay Kit kullanlarak yaplan DNA

konsantrasyon lmleri Tablo 3.4teki gibidir.
Tablo 3.4 : Urtica dioica bitkisinin yaprak, gvde ve kk ksmlarnn florometrik
DNA konsantrasyon lm sonular.
KODLAMA
EHR
UD-1
Antalya
UD-2
Van
UD-3
Mula
UD-4
stanbul (Anadolu)
UD-5
Ordu
UD-6
Tekirda
UD-7
Erzurum
UD-8
Mersin
UD-9
Tokat
UD-10
stanbul (Avrupa)
UD-11
zmir
UD-12
Konya
DNA KONSANTRASYONLARI
(g/ml)
Yaprak
Gvde
Yaprak
Gvde
Yaprak
Gvde
Kk
Yaprak
Gvde
Yaprak
Gvde
Kk
Yaprak
Gvde
Kk
Yaprak
Gvde
Kk
Yaprak
Gvde
Kk
Yaprak
Gvde
Kk
Yaprak
Gvde
Yaprak
Gvde
Kk
Yaprak
Gvde
Kk
28,8
18,2
30,1
21,9
9,83
5,29
5,00
33,7
33,5
25,2
5,48
11,1
20,7
7,63
11,0
69,1
11,8
4,97
23,7
0,010
1,81
32,7
4,65
10,8
18,7
5,81
56
3,33
12,6
21
7,10
3,12
61
3.4. RAPD-PCR Sonular

Atienzar ve Jhann 2006da yapt almada, ayn koullar altnda kulland
11 primer seti hayvan, bitki ve bakteriyel organizmalarda yksek kalitede sonular
vermi ve destekleyici benzer sonular alnd belirtilmitir. Ayrca bu almada
kullanlan primerler ile optimizasyona gerek duyulmam ve ayn koullar altnda farkl
DNAlar ile yaplan RAPD-PCR sonularndan yksek kalitede bantlar elde edilmitir.
Bu almann nda almamzda kullandmz baz oligonkleotid primerler
unlardr; OPB-1, OPB-5, OPB-6, OPB-7, OPB-8, OPB-10, OPB-11, OPB-12, OPB-17.
Uzonurun 2005 ylnda Mytilus galloprovincialis ile yapt doktora
almasnda kulland oligonkleotid primerlerden bazlar ise; OPA-8, OPA-9, OPA14, OPA-18, OPB-18dir. Bu primerler Uzonurun bilgi ve danmanlnda
deneylerimizde kullanlmtr.
Urtica dioica ile yaplan RAPD-PCR almalar; tekrarl ve her dokuda sonu
veren primerlerin belirlenmesi, dokular aras farkllklar ve yine dokular aras
korunmu blgeleri belirlemede kullanlarak primerlerin belirlenmesi ile devam
edilmitir.
Mula rneinin yaprak, gvde, kk DNAlar kullanlarak 15 farkl primer ile
RAPD-PCR yaplmtr. Bu primerlerden 6 tanesi ile yaplan deney sonular
ekil 3.12-a,bdeki gibidir. ekil 3.12-a,da OPB-5, OPB-7, OPB-11 primerleri ve
Mula rneinin yaprak, gvde ve kkleri ile yaplan RAPD-PCR sonular
grlmektedir.
ekil 3.12-b,de ise Mula rneinin yaprak, gvde, kkleri ve OPB-12, OPA14, OPB-18 primerleri ile yaplan RAPD-PCRn amplifikasyon rnlerinin % 2lik
agaroz jel elektroforezi sonular grlmektedir.
62
OPB-5
OPB-7
OPB-11
1000
500
300
100
a)
OPB-12
OPA-14
OPB-18
1000
500
400
300
200
100
b)
ekil 3.12-a,b: Mula rnei ile belirtilen primerler kullanlarak yaplan RAPD-PCR
sonular. Ayn bitkinin yaprak, gvde, kk ksmlarnn DNAsndaki benzerlik (OPB7, OPA-14) ve farkllklamalar (OPB-5, OPB-12, OPB-18) grntlenmitir. lk kuyu
(M) boy markrn, son kuyu negatif kontrol rneini gstermektedir.
ekil 3.12-a,bde OPB-5, OPB-12 ve OPB-18 primerleriyle elde edilen, ayn

bitkinin yaprak, gvde, kk DNAsndan elde edilen RAPD profillerindeki
farkllamalar grlmekte; OPB-7 ve OPA-14 primerlerinin monomorfik daha
korunmu blgeleri gsterdii dnlmektedir.
63
Kaltm asndan byk neme sahip olan korunmu blgeler mutasyona

uramayan ve nesiller boyu deimeden kalan gen blgelerini temsil ediyor olabilir.
OPA-14 ve OPB-7 primerleriyle ile yaplan RAPD-PCR amplifikasyonunda korunmu
blgeleri ifade ettii dnlen sonular gze arpmaktadr. (ekil 3.13, 14).
1000
500
200
OPA-14
ekil 3.13 : OPA-14 primeri kullanlarak stanbul (Anadolu yakas), Ordu ve Tekirda
gvde rnekleriyle yaplan aplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel
fotoraf. lk kuyu (M) boy markrn, son kuyu negatif kontrol rneini
gstermektedir.
ekil 3.13de ok ile gsterilen bandn stanbul (Anadolu yakas), Ordu ve

Tekirda U. dioica gvde rneklerindeki tr iinde korunmu genom blgelerini
gsterdii dnlmektedir.
ekil 3.14de srgan otu genomunu korunmu blgeleri (RAMD -random
amplified monomorphic DNA- bantlar) varl ve birden fazla olabilecei oklarla
gsterilmitir.
64
1000
500
1000
500
ekil 3.14 : OPB-7 primeri ile srasyla Antalya, Van, Mula, stanbul (Anadolu
yakas), Tekirda ve Erzurum gvde rnekleri ile yaplan RAPD-PCR amplifikasyon
sonularn gsteren %2lik agaroz jel fotoraf. lk kuyu (M) boy markrn, son kuyu
negatif kontrol rneini gstermektedir.
U. dioica genomundaki polimorfik blgeleri ve deikenlik gsteren blgeleri
incelemek amacyla belirlenen primerlerden biri olan OPB-12 primeri ile x3l olarak
yaplan RAPD-PCR sonular ekil 3.15de gsterilmitir.
ekil 3.15 incelendiinde ayn rneklerin yaprak ve gvdelerinin RAPD-PCR
profilindeki farkllklar ak bir biimde grlmektedir.
Genetik heterojenite varlnn incelenmesi iin belirlenen dier bir primer olan
OPB-18 ile yaplan RAPD-PCR sonucu ise ekil 3.16te grlmektedir.
65
1000
500
300
200
100
a)
1000
500
100
b)
ekil 3.15 : Erzurum, Mersin ve Tokat rneklerinin yaprak (a) ve gvde (b)
ksmlaryla yaplan RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel
gstermektedir.
1000
500
400
300
200
100
ekil 3.16 : Erzurum, Mersin ve Tokat rneklerinin kk ksmlar ile yaplan

amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel fotoraf. lk kuyu (M) boy
markrn, son kuyu negatif kontrol rneini gstermektedir.
Erzurum, Mersin ve Tokat U. dioica rneklerinin kkleri ve OPB-18 primeriyle
yaplan RAPD-PCR sonucunda tamamen farkl profil bantlar elde edildii grlmtr.
66
Molekler tr tayini yaplm srgan otu rneklerinin genetik dzeydeki

farkllamalar farkl boyutlarda olabilir. Adaptasyon, eitli mutajen ajanlar, kirlilik
gibi faktrlerin etkisiyle DNA dzeyinde deiiklikler meydana gelebilir. rnein
bireyin farkl ksmlar incelendiinde genetik dzeyde deiim grlmezken ayn trn
farkl blgedeki baka bir bireyi ile aralarnda genetik dzeyde bir farkllk olabilir
(ekil 3.17), bireyin ksmlar arasnda farkllklar oluabilir (ekil 3.18-a, b, c) ya da bu
ksmlar kendi ierisinde de farkllklar gsterebilir (ekil 3.19, 20, 21).
1000
500
400
300
200
100
ekil 3. 17 : stanbul (Avrupa yakas) gvde, zmir rneinin gvde ve kk ksmlar ile
yaplan RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel fotoraf. lk
kuyu (M) boy markrn, son kuyu negatif kontrol rneini gstermektedir.
1000
500
100
a)
b)
c)
ekil 3.18-a, b, c : Mula rneinin yaprak (a), gvde (b) ve kk (c) ksmlarnn OPB18 primeri ile yaplan RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel
gstermektedir.
67
1000
500
OPA-14
ekil 3.19 : Van (UD-2G) rneine ait gvdesin x3l RAPD-PCR amplifikasyon
sonularn gsteren %2lik agaroz jel fotoraf. lk kuyuda (M) boy markr, son
kuyuda negatif kontrol rnei vardr.
Negatif
Kontrol
1000
500
100
UD-6Y
ekil 3.20 : Tekirda (UD-6Y) rneine ait yapran OPB-5, OPB-12 ve OPB-18
primerleri kullanlarak x3l RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik
agaroz jel fotoraf. lk kuyuda (M) boy markr, son kuyuda negatif kontrol rnei
vardr.
Genetik eitlilik ya da DNAda farkllama (polimorfizm) diyebileceimiz
durum, populasyonlarn srekli deiiklik gsteren evrelerine adapte olabilmeleri iin
bir mekanizmadr. Genetik heterojenlik trlerin evrimsel adaptasyonlar asndan ok
olumlu bir zellik olarak karmza kmaktadr. Yzyllardr ok farkl yayl alan ve
farkl koullarda yetiebilme zelliine sahip olan srgan otunun genetik heterojenite ve
genetik eitliliinin ok yksek olduu dnlmektedir.
68
1000
500
100
ekil 3.21 : Erzurum ve Mersin rneklerine ait kklerin x3l RAPD-PCR

amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel fotoraf. lk kuyuda (M) boy
markr, son kuyuda negatif kontrol rnei vardr.
Tamamen ayn koullar ieren x3l hazrlanm RAPD-PCR sonularnda
grlen bu deiimin bireylerin maruz kald DNA hasar oluturan ajanlardan
kaynakland dnlmektedir.
eitli primerler ile yaplan RAPD-PCR sonularna ait bulgular ekil 3.22, 23,
24, 25de verilmitir. ekil 3.23de tm U. dioica rneklerinin gvde ksmlar ve OPB18 primeriyle yaplan x1 RAPD-PCR sonucuna gre 12 rnek iin 8 farkl RAPD
profili gzlenmektedir.
1000
500
400
300
200
100
ekil 3.22 : Srasyla Mula, Erzurum, Mersin ve zmir rnekleri ve OPA-14 primeri ile
x1 hazrlanm RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel
fotoraf.
69
1000
500
100
ekil 3.23 : Tm Urtica dioica rneklerinin gvdeleri ve OPB-18 primeriyle yaplan x1

RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel fotoraf. UD-1G,
UD-2G, UD-11G, UD-12G (Antalya, Van, Mula, stanbul (Anadolu), Ordu,
Tekirda, Erzurum, Mersin, Tokat, stanbul (Avrupa), zmir, Konya) gvde
rnekleridir.
1000
500
100
yakas) ve stanbul (Avrupa yakas) rnek yapraklar ve OPB-12 primeri ile x1
hazrlanm RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel fotoraf.
1000
500
100
ekil 3.25 :
Srasyla Mula, Erzurum, Mersin, zmir, Antalya, Van, stanbul
(Anadolu yakas) ve stanbul (Avrupa yakas) rnek gvdeleri ve OPB-7 primeri ile x1
hazrlanm RAPD-PCR amplifikasyon sonularn gsteren %2lik agaroz jel fotoraf.
70
Tamamen ayn koullar ieren x3l hazrlanm RAPD-PCR sonularnda

grlen bu deiimin bireylerin maruz kald DNA hasar oluturan ajanlardan
kaynakland dnlmektedir.
Farkl DNA profillerinin gzlenmesinin nedeni heterojen genetik yap ile
ilgilidir. Ayrca eitli primerler ile yaplan deneylerde de yksek seviyedeki genetik
heterojenite gzlenmektedir (ekil 3.22, 23, 24, 25).
71
BLM 4
TARTIMA
Isrgan otunu almamzda kullanmamzn temel amac, yzyllardr tm
Dnyada tedavide kullanlan bir bitki olmasdr. Geni yayl alanna sahip olan
srgan otu lkemizde de hemen hemen ehirlerde yetimektedir ve romatizmadan
bbrek hastalklarna, diyabetten kansere kadar geni bir kullanm alanna sahiptir.
almamzda bitkisel tedavide byk neme sahip srgan otunun molekler tr
tespiti yaplm, ehirleraras toplam antioksidan kapasite ve toplam fenolik ierik
miktarlarndaki deiim incelenmi ve genetik yapsndaki eitlilik deerlendirilmitir.
Morfolojik tr tespiti almalarnda destekleyici bir yntem olarak molekler
tr tespiti almalar da yaplmaktadr. Bu sayede kontrol edilemeyen ve gzden kaan
durumlarn ortadan kalkmas ve istenmeyen snflandrma yanllar engellenmi olur.
Molekler tr tespiti iin Urtica dioica genomuna ait primer seti NCBI
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/),
Primer
(http://biotools.umassmed.edu/bioapps/primer3)
ve
3
Oligo
(http://eu.idtdna.com/analyzer/applications/oligoanalyzer/Default.aspx)
Analyzer
gibi
online
veritaban ve programlar kullanlarak dizayn edilmi ve 12 srgan otu rneinin U.

dioica tr olduu ortaya konmutur. Dizayn edilen primer ve sonrasnda yaplan
BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) ile bu primerin doru genoma ait olup
olmad incelenmi ve tm sonular U. dioicaya ait olduunu gstermitir. Bu ekilde
srekli gncel tutulan ve olduka gvenilir olan online pek ok siteden primer dizayn
yaplabilmektedir.
72
Uygun iklim artlar, hava ve su etmenlerinin temizlii gibi faktrler ile bitki
geliimi maksimum verim ile devam eder. Fakat eitli kirleticilerin bulunduu,
biyolojik ya da kimyasal stres oluturan maddelerin varlnda bitkilerde genetik
ve/veya fizyolojik anlamda deiiklikler olmaktadr. Fizyolojik deiiklikler ortam
artlarna uyum salamak iin geri dnml olabilecei gibi genetik bir deiiklikten
kaynaklanyor da olabilir.
ok farkl iklim ve artlara uyum salayabilen srgan otu bitkisinde de kimyasal
birtakm deiimlikler olduu dnlmektedir. Bu amala 12 farkl srgan otu
yapraklarnn % 70 metanol ekstrakt ve infzyon rnekleri ile CUPRAC, ABTS/HRP
ve FolinCiocalteu deneyleri yaplmtr. Sonular deerlendirildiinde genel olarak
srgan otu yapraklarnn infzyon rneklerinin toplam antioksidan kapasite (CUPRAC
ynteminde Antalya ve Tokat rnekleri, ABTS ynteminde Tokat rnei hari) ve
toplam fenolik madde ierikleri (Folin ynteminde Tokat hari) % 70 metanol
ekstraktna gre daha yksek bulunmutur.
% 70 metanol ekstrakt yaplm U. dioica yaprak rneklerinin CUPRAC
(toplam antioksidan kapasite), ABTS (toplam antioksidan kapasite) ve FolinCiocalteu
(toplam fenolik ierik) deneyinin sonular ekil 4.1de gsterilmitir.
Metanol ve infzyon yaplan srgan otu rneklerinde en yksek deeri veren
ehirlerdeki sralama farkllklar metanol ve suda znen bileiklerin farkllndan
kaynakland dnlmektedir. Genel olarak hem % 70 metanol ekstraksiyonunda hem
de infzyon rneklerinde en yksek deeri veren ehir Erzurumdur. Metanol ve
infzyon rnekleri ile yaplan tm deneylerde en dk deeri ise stanbul Anadolu ve
stanbul Avrupa yakas rnekleri vermitir. Bunun nedeninin stanbuldaki sanayi ve
kentlemenin
yksek
olmasndan
kaynaklanan
kirliliin
fazlal
olduu
dnlmektedir. Bu yzden srgan otunun tketimi srasnda rnn yetime yerinin

renilmesi kullanm srasndaki verimin artmas asndan olduka nemlidir.
73
0,07
0,06
0,05
0,04
CUPRAC
0,03
ABTS
0,02
Folin
0,01
0
1
10
11
12
ekil 4.1 : % 70 metanol ekstrakt yaplm U. dioica yaprak rneklerinin toplam

antioksidan kapasite ve toplam fenolik ierik sonular. rnekler srasyla 1, 2, 3, 11,
12:
Antalya, Van, Mula, stanbul (Anadolu), Ordu, Tekirda, Erzurum, Mersin,
Tokat, stanbul (Avrupa), zmir, Konya.
nfzyon yaplm U. dioica yaprak rneklerinin CUPRAC (toplam antioksidan

kapasite), ABTS (toplam antioksidan kapasite) ve FolinCiocalteu (toplam fenolik
ierik) deneyinin sonular ekil 4.2de gsterilmitir.
0,3
0,25
0,2
CUPRAC
0,15
ABTS
0,1
Folin
0,05
0
1
10
11
12
ekil 4.2 : nfzyon yaplm U. dioica yaprak rneklerinin toplam antioksidan kapasite
ve toplam fenolik ierik sonular. rnekler srasyla 1, 2, 3, 11, 12: Antalya, Van,
Mula, stanbul (Anadolu), Ordu, Tekirda, Erzurum, Mersin, Tokat, stanbul
(Avrupa), zmir, Konya.
74
nfzyon yaplm U. dioica gvde rneklerinin CUPRAC (toplam antioksidan

ierik) deneyinin sonular ekil 4.3te gsterilmitir.
0,025
0,02
0,015
CUPRAC
ABTS
0,01
Folin
0,005
0
1
10
11
12
ekil 4.3 : nfzyon yaplm U. dioica gvde rneklerinin toplam antioksidan kapasite
ve toplam fenolik ierik sonular. Srasyla 1, 2, 3, 11, 12: Antalya, Van, Mula,
stanbul (Anadolu), Ordu, Tekirda, Erzurum, Mersin, Tokat, stanbul (Avrupa), zmir,
Konya.
nfzyon yaplm U. dioica kk rneklerinin CUPRAC (toplam antioksidan
ierik) deneyinin sonular ekil 4.4te gsterilmitir.
0,025
0,02
0,015
CUPRAC
ABTS
0,01
Folin
0,005
0
1
ekil 4.4 : nfzyon yaplm U. dioica kk rneklerinin toplam antioksidan kapasite ve

toplam fenolik ierik sonular. rnekler srasyla 1, 2, 3, 7, 8: Mula, Ordu,
Tekirda, Erzurum, Mersin, Tokat, zmir, Konya.
75
Folin-Ciocalteu yntemine gre belirlenen toplam fenolik madde ierii ABTS

ve CUPRAC yntemine gre daha yksek bulunmutur. Bunun nedeni Folin
ynteminin antioksidan karakterinde olmayan (ekerler gibi) bileenler ile de
reaksiyona girebilmesinden kaynaklanmaktadr.
Isrgan otu ile alakal biyokimyasal deneylerden sonra genetik deiiklikler ile
ilgili uygulamalar 3 aamal olmutur. lk aamada FINNZYMES Phire Bitki
Dorudan PCR Kiti kullanlarak U. dioicaya ynelik tr tespiti yaplmtr. Tm
rneklerin U. dioica olduunun ortaya karlmasndan sonraki ikinci aama, genetik
eitliliin deerlendirilmesinde Atienzar ve Jha, 2006; Uzonur 2005 almalar
nda 15 farkl oligonkleotid primerin denendii RAPD-PCR aamasdr.
NucleoSpin Plant II Kit kullanlarak izole edilen Urtica dioicann yaprak,
gvde ve kk DNA miktarlar incelendiinde (Tablo 3.4) en yksek toplam DNA
konsantrasyonun yaprak ksmlarndan elde edildii grlmektedir. Yaprakta bulunan
kloroplast ve mitokondri organellerinin fazlalnn DNA konsantrasyonunun
artmasnda etkili olduu dnlmektedir. Konsantrasyon sonularmzdan elde
ettiimiz dier bilgi ise genellikle kk ksmlarndan gvde ksmlarna gre daha fazla
DNA izole edilmitir. Bu durum ise kkte bulunan meristematik hcrelerin
younluunun fazla olmasndan kaynaklanabilir. Ayrca gvdede bulunan baz fenolik
ve aromatik bileiklerin DNA izolasyonunda inhibe edici zellik gsterebilecei
dnlmektedir.
Bu aamada 12 U. dioica rneine ait yaprak, gvde ve kk ksmlar ile 15
farkl oligonkleotid primeri RAPD-PCR yaplm ve monomorfik blgelerin ve
polimorfizm gsteren blgeleri incelememizi salayan primerler belirlenmitir.
Monomorfik blgeleri gsteren primerler; OPB-7 ve OPA-14 polimorfik blgeleri
gsteren primerler ise OPB-5, OPB-12 ve OPB-18 olarak belirlenmitir. OPB-5, OPB12, OPB-18, OPB-7 ve OPA-14 dndaki oligonkleotid primerler ise birey ii ve
bireyler aras deiim yada korunmu blge varlnn incelenmesi asndan yeterli
grlmemitir. Bunun nedeni devam eden deneylerde deiken sonular vermesi en
nemlisidir. Bunun yannda incelenen %2lik agaroz jel fotorafndaki bantlarn silik
olmas, inceleme zorluu gibi nedenler ile deneylere devam edilmemitir.
76
Dier primerler baz rneklerde sonu vermedii ve monomorfik blgeler ile

polimormizm gsteren blgeleri incelememizi salayacak sonular vermediinden
devam eden deneylerde kullanlmamlardr. Bu be primer daha nceki almalarda
eitli bitki, havyan ve bakteriyel canllar (Daphnia magna, Escherichia coli, Palmaria
palmata, Platynereis dumerilii, Mytilus edulis, Mytilus galloprovicialis) DNAlar ile
allmtr.
Uzun yllar varolan ve eitli iklim koullarna uyum salayabilen canllarn
genetik polimorfizm oranlarnn yksek olduu bilinmektedir. Bu yksek oran deien
ortam artlar ya da olumsuz koullar karsnda canly hayatta tutabilecek bir
zelliktir. Birey, yzyllardr gerekleen iklim deiiklikleri, toprak yapsndaki
deiiklikler ya da sanayi ve nfusun artmas ile gerekleen evde kirliliklerine kar
direnli hale gelebilir. Bu da genetik dzeyde gerekleen birtakm deiiklikler ile
mmkn olmaktadr.
te bu amala canllar ya da bireyler arasndaki farkllamay net bir biimde
grmemizi salayan RAPD-PCR yntemi gelitirilmitir. Genetik heterojenlik ya da
monomorfik blge incelemeleri de dahil olan tm RAPD-PCR uygulamalarnda
tekrarlanabilirliinin dk olmas bir dezavantajdr. Kullanlan malzemelerdeki kk
deiiklikler, pipetleme hatas hatta oda scaklnn farkl olmasna duyarll RAPDPCR tekrarlanabilirliine olan gveni azaltmaktadr. almamzda, her RAPD-PCR
sonucu kendi ierisinde deerlendirildiinden, farkl PCR sonularna ait genetik
haritalardaki farkllklar gz nnde bulundurulmaz. Bu da RAPD-PCR ile gelen bu
problemi ortadan kaldrmaktadr.
ekil 3.13, 14de OPA-14 ve OPB-7 primerleri ve U. dioica gvde rnekleri ile
yaplan RAPD-PCR sonularnda monomorfik bantlarn varl ve birden fazla
olabilecei grlmtr. Korunmu blgeleri ifade ettii dnlen bu bantlar canl iin
hayati neme sahip blgelere ait olabilir. Tbbi tedavide geni kullanm alanna sahip
olan srgan otunun byle blgelere sahip olduunun tam olarak sylenebilmesi iin
birtakm destekleyici almalara (sekans analizi gibi) ihtiya vardr.
Yzyllardr var olduu bilinen ve Dnya zerinde geni yayl alanna sahip
olan srgan otunun deiik ortam artlarna uyum salamasnn en nemli nedeninin
77
molekler dzeyde ortaya kan deiimlerden kaynakland dnlmektedir. Bu

nedenle yeryznn farkl iklimlerine sahip olan blgelerinden alnan srgan otu
rneklerinde farkllamalarn olmas kanlmazdr. Ayrca mutajen ajanlarn varl,
olumsuz iklim artlar, kirlilik gibi durumlarda da genetik deiiklik grlmektedir ve
bu deiikliin seviyesi bu tr mutajenlerin seviyesine gre farkllk gstermektedir.
rnein ekil 3.17de olduu gibi bireyler aras polimorfizmin bulunduu Urtica
dioica rneklerinde birey ii (yaprak-gvde-kk) farkllk gzlenmeyebilir. Bu durumda
mutasyonun olduu fakat birey ii deiime sebep olacak dzeyde olmad ve bireyi
genetik olarak deiiklie uratacak artlarn derecesi bitkinin farkl ksmlarndaki
farkllamay belirledii dnlmektedir.
ekil 3.18-a,b,c incelendiinde Mula rneine ait RAPD-PCR sonular
grlmektedir. Ayn primer kullanlarak yaplan bu deneylerde yaprak ve gvde
ksmlarnn RAPD profillerinin ksmen de olsa birbirine benzedii fakat kk ksmnn
byk oranda farkllk gsterdii grlmtr. Ayn artlar altnda hazrlanan RAPDPCR sonularndaki bu deiim bitkinin mutajen ajanlara maruz kalan ksm ile ilgili
yorum yapmamz salamtr. Buna gre; bitkide kk ksmnn stabil olarak bulunduu
toprak ve su gibi faktrler ile ilgili bir kirleticinin olduu dnlmektedir.
Tm bunlara ek olarak x3l olarak hazrlanan RAPD-PCR rneklerinde grlen
farkllklar ise maruz kalnan mutajenite seviyesi hakknda bilgi vermektedir. Ayn
bitkinin belli bir ksmna ait olan DNAnn tamamen ayn olmasn beklenirken ortaya
kan farkllk mutasyonun ne kadar ciddi boyutlarda olduunun bir gstergesidir.
Ayrca bu mutajenlerin bitkinin belli bir ksmnda deil tm ksmlarn eit derecede
etkiledii de grlmtr.
X1 olarak hazrlanan RAPD-PCR sonularn gsteren %2lik agaroz jel
fotoraf incelendiinde de bireyler arasndaki mutasyonlar net bir biimde
grlmektedir. OPB-18 ve OPB-12 primerleriyle yaplan deney sonularnda grlyor
ki tm rneklerin U. dioica olmasna ramen bireylerin hibiri birbirinin ayn olan
sonu vermemitir.
78
SONU ve NERLER
almamzda evrenin DNA dzeyinde etkileri ve bu etkilerin fizyolojik

yansmalarnn potansiyelinin ilikilendirilmesinden nce U. dioicann isel genetik
heterojenitesinin deerlendirilmesi iin RAPD-PCR yntemi kullanlmtr. RAMD
olarak adlandrlan total DNAnn RAPD yaklamyla tre zg monomorfik blgeleri
ve yksek heterojenite gsteren deiken blgeleri incelenmitir.
lk olarak genetik eitliliin incelenmesi, daha sonra genetik heterojenitenin
dzeyi ve bunlarn sebeplerini anlamak iin daha spesifik metodlar uygulanmaldr.
Sonularmza gre U. dioicann poliformizm gsteren genetik heterojeniteye
sahip olduunu gstermitir. Tbbi adan geni etki mekanizmas olan U. dioica nn
tm genom sekansnn allmas asndan nemli bir n hazrlk olmutur.
Genetik ve molekler dzeyde yeterli alma bulunmayan U. dioica gibi tbbi
adan nemli olan bitkilerin etkin kullanmnda n alma olarak nemlidir.
Sonraki
almalarda,
monomorfik
blgelerin
sekans
almalarnn
tamamlanmasndan sonra korunmu blgelerin gen haritalar kartlarak rekombinant

DNA teknolojisi ile yararl sekanslarn oaltlmas ve ila retimi mmkn
olabilmektedir.
RAPD-PCR profillerinde grlen deiim gz nne alndnda, bu deiimin
bulunduu ortam uyum amal m gerekletii ya da herhangi bir kirletici ajan ile mi
olduu konusu bir netlik kazanmaz. Bunun yannda gerekleen polimorfizmin bitkinin
fizyolojik yapsnda nasl bir deiiklik oluturduu, tbbi adan yararl olan etki
mekanizmalarndaki deiim (azalma ya da artma), kimyasal, biyokimyasal ya da
79
biyolojik yaplarndaki deiim tek bana RAPD-PCR yntemi ile sonuca

ulatrabileceimiz bir yol deildir.
Yln iki ayr dneminde toplanan srgan otunun toplam antioksidan kapasite ve
toplam fenolik ierik deerleri incelendiinde en yksek sonucun alnd ehirlerin
genel olarak ilkbahar dneminde toplanan bireylere ait olduu grlmtr. % 70
metanol ekstrakt ve infzyonu yaplan tm rneklerde ise genel olarak stanbul
Avrupa-Anadolu yakas rnekleri en dk deerleri vermitir. Tm bu sonularn
nda srgan otunun tedavi amal kullanm srasnda stanbul ehrinde yetimemi
ve ilkbahar dneminde toplanan bitkinin kullanlmas istenilen sonucun alnmas
asndan nem tamaktadr.
Doada yabani olarak da yetiebilen trlerden biri olan U. dioica iin
toksikolojik takiplerin yaplmas sz konusu deildir. Fakat tarmnn yaplmas
durumunda; kimyasal ieriinin zenginlii, kolay yetitirilebilirlii ve bitkinin tm
ksmlarnn tbbi adan byk neme sahip olmas ve bunlara ek olarak verimsiz tarm
arazilerinin tekrar kullanlabilirliine olanak salayabilir.
80
REFERANSLAR
Abu-Amsha, R., Croft, K. D., Puddey, I. B., Proudfoot, J. M., Beilin, L. J.,
Phenolic content of various beverages determines the extent of inhibition of human
serum and low density lipoprotein oxidation in vitro: identification and mechanism of
action of some cinnamic acid derivatives from red wine. Clinical Science, 91, 449-458,
1996.
Agarwal, C., Singh, R.P., Dhanalakshmi, S., Agarwal, R., Anti-angiogenic
efficacy of grape seed extract in endothelial cells. Oncology. 681-685, 2003.
Aaolu, ., Kafkasya kark lman yamur orman ve yksek alpin ayrlar,
t.c. orman ve evre bakanl doa koruma ve milli parklar genel mdrl gef proje
mdrl. Biyolojik eitlilik ve Doal Kaynak Ynetimi Projesi, 2004.
Aka, G. E., Balkesir evresinde doal yayl gsteren zarar grebilir
kategorisideki Lilium candidum L. (Liliaceae)da RAPD tekniini kullanarak genetik
eitliliin belirlenmesi ve koruma stratejilerinin gelitirilmesi. Balkesir niversitesi,
Fen Bilimleri Enstits Yksek Lisans Tezi. 2005.
Alpsoy, L., Uzonur, I., Sakal, M. S. and Karaman, S., Antioxidant and
antimutagenic activities of Viscum album fruit ethanolic extract in human lymphocytes.
African Journal of Biotechnology Vol. 9, No. 17, 2539-2543, 2010.
Altun, R. Ve zden A., Tamamlayc ve alternatif tp. Ankara niversitesi Tp
Fakltesi Hastalklar Anabilim Dal, Gncel Gastroenteroloji 8/3, 2004.
Arvoet-Grand, A., Vennat, B., Pourrat, A., Legret, P., Standardisation dun
extrait de propolis et identification des principaux constituants. Journal de Pharmacie de
Belgique, 49, 462-468, 1994.
Arif, .A., Bakir, M. A., Khan, H. A., Farhan, A. H., Homaidan, A. A., Bahkali,
A. H., Sadoon, M., Shobrak, M., A brief review of molecular techniques to assess plant
diversity. Int. J. Mol. Sci. 11, 2079-2096, 2010.
Apak, R., Gl, K., zyrek, M., Karademir, S. E., Novel total antioxidant
index for dietary polyphenols and vitamins C and E, using their cupric ion reducing
capability in the presence of neocuproine: CUPRAC method. J Agric Food Chem.
29;52(26):7970-81, 2004.
81
Atienzar, F. A. and Jha, A. N., The random amplified polymorphic DNA

(RAPD) assay and related techniques applied to genotoxicity and carcinogenesis
studies: a critical review. Mutat Res 613, 76-102, 2006.
Avc, M., eitlilik ve endemizm asndan Trkiyenin bitki rts. Corafya
Dergisi, Say:13, 27-55, 2005.
Ayan, A. K., alkan ., rak C., Isrgan otu (Urtica Spp.)nun ekonomik
nemi ve tarm. OM Zir. Fak. Dergisi, 21(3): 357-363, 2006.
Baytop, A., Farmastik Botanik, stanbul niv. Yaynlar, 3158, stanbul, 1983.
Baytop, T., Trkiyenin tbbi ve zehirli bitkileri. smail Akgn Matbaas,
stanbul, Trkiye,258-259, 1996.
Baytop, T., Trkiyede bitkiler ile tedavi. Nobel Tp Kitabevleri, stanbul, 480s.,
1999.
Bell, J. R. C., Donovan, J. L., Wong, R., Waterhouse, A. L., German, J. B.,
Walzem, J. R., (+) Catechin in human plasma after ingestion of a single serving of
reconstituted red wine. American Journal of Clinical Nutrition. 71, 103- 108, 2000.
Bharmauria, V., Narang, N., Verma, V., Sharma, S., Genetic variation and
polymorphism in the Himalayan nettle plant Urtica dioica based on RAPD marker.
Journal of Medicinal Plants Research Vol. 3(3), pp. 166-170., 2009.
Bothmer, R., Van., Jacobsen, N., Baden, C., Linde-Laursen, I., Jorgessen, R. B.,
An ekogeographical study of the genus hordeum. systematic and ecogeographic studies
on crop genopools. 7. Int. Board for Plant Genetic Resources, Rome, 1991.
Botstein, D., White, R., Skolnick, M. and Davis, R. W., Construction of a
genetic linkage map in man using restriction fragmenth length polymorphisms. Am. J.
Of Human Genet., 32; 314-331, 1980.
Budak, H., Bolek, Y., Dokuyucu, T., Akkaya, A., Potential uses of molecular
markers in crop improvement. KSU Journal of Science and Engineering, 7(1), 75-79,
2004.
Cadenas, E., Packer, L., Handbook of antioxidants. Marcel Dekker, New YorkBasel, 0-8247-0547-5, 2002.
Cao, G., Prior, R. L., In vivo antioxidant capacity: comparison of different
analytical methods. Free Radical Biology & Medicine, 27, 1173-1181, 1999.
Cetinus, E., Kln M, nan F, Kuruta E. B, Buzkan N. The role of Urtica
dioica (Urticaceae) in the prevention of oxidative stress caused by tourniquet
application in rats. Tohoku J Exp Med., 205: 215221, 2005.
82
Chen K., A Guide to the John William Harshberger, 1869 1929 Papers, 1886
1929. Pennsylvania University University Archives and Records Center, 1996.
Cook, N. C., Samman, S., Flavonoids Chemistry, metabolism, cardioprotective
effects, and dietary sources. Nutritional Biochemistry, 7, 66-76, 1996.
Cul, J., Juhasz, B., Tosaki, A., Cardioprotection with grapes. Journal of
Cardiovascular Pharmacology. 40, 762-769, 2002.
elebi, S., Deiik konsantrasyonlarda nitrat ieren hoagland zeltilerinde
yetitirilen Urtica dioica L. bitkilerinde nitrat birikimi. Yksek Lisans Tezi, stanbul
niv. Fen Bilimleri Enstits, stanbul, 2001.
ll Z., Urtica pilulifera L. bitkisinin antioksidan aktivitesinin aratrlmas,
Ondokuz Mays niversitesi. Fen Bilimleri Enstits, Yksek Lisans Tezi, 2007.
ulcu, T., nsan hcrelerindeki DNA hasar ve mutasyonlarnn RAPD teknii
kullanlarak aratrlmas. Anadolu niversitesi Fen Bilimler Ensitits Yksek Lisans
Tezi, 2007.
Doa E., Trkiye deki relikt endemik sla aac (Liquidambar Orientalis
Mill. var. Orientalis ve L. Orientalis Mill. var. ntegriloba Fiori) populasyonlarndaki
genetik eitliliin RAPD (Rastgele retilen polimorfik DNA) belirteleri yardmyla
belirlenmesi. Mula niversitesi Fen Bilimleri Enstits Yksek Lisans Tezi, 2008.
Dilsiz, N., Molekler Biyoloji, Palme yaynclk, Ankara, 61-3, 2004.
Ercili, S., Agar G., Orhan E., Yldrm N., ve ark., Interspecific variability of
RAPD and fatty acid composition of some pomegranate cultivars (Punica granatum L.)
growing in southern anatolia region in Turkey. Biochem. Syst. Ecol. 35: 764-769.,
2007.
Ergden, D., Trkiye denizlerindeki tirsilerin (Alosa spp.) molekler sistematii,
Su rnleri A.B.D. Doktora Tezi, ukurova niversitesi, 2007.
Erlich, H. A., Gelfald D., Sninsky I., Recent advences in the polymerase chain
reaction, Science, 252, 1643-1650., 1991.
Erztrk, N., Bir yudum salk, Anahtar Yaynlar, stanbul, 2000.
Ertu, F., An ethnobotanical study in central Anatolia (Turkey), Economic
Botany 54(2) pp. 155182, 2000.
Fijalek, Z., Soltyk K., Lozak A., Kominek A., Ostapczuk P., Determination of
some micro- and macroelements in preparations made from peppermint and nettle
leaves. Pharmazie. 58: 480482, 2003.
83
Gao, I., Mazza, G., Characterization quantitation and distribution of

anthociyannins and colorless phenolics in sweet cherries. J. Agric. Food Chem. 43 (2),
343-346, 1995.
Girotti S., Ferri E., Maccagnani L., Budini R., Bianchi G., Plasma Antioxidant
Capacity
Determination:
Comparative
Evaluation
of
Chemiluminescent
and
Spectrophotometric Assays. Talanta, 56, 407-414, 2002.

Gl, K., Szgen, K., Ttem, E., zyrek, M., Apak, R., Spectrophotometric
determination of ascorbic acid using copper(II)-neocuproine reagent in beverages and
pharmaceutical. Talanta, 65, 1226-1232, 2005.
Glin, I., Kufrevioglu O., Oktay M, Bykokurolu M., Antioxidant,
antimicrobial, antiulcer and analgesic activities of nettle (Urtica dioica L.). J
Ethnopharmacol. 90: 205215, 2004.
Gngr, N., Spektrofotometrik CUPRAC ynteminin tiyol grubu ieren
antioksidan bileiklere uygulanmas. stanbul niversitesi Fen Bilimleri Enstits
Yksek Lisans Tezi, 2009.
Heller, W., Forkmann, G., Biosynthesis of flavonoids, the flavonoids: Advances
in research since 1986. Chapman & Hall, London, 499-535, 1993.
Ik, K., Biyolojik eitlilik, Anadolu niversitesi Akretim Fakltesi
Yaynlar, 1997.
Ik, F. E., Edirne blgesinde yetien Trifolium resupinatum L. var.
Microcephalum bitkisinin fitokimyasal incelenmesi. Trakya niversitesi Fen Bilimleri
Enstits Doktora Tezi, 2005.
Kav, S., Hanolu Z., Alger L., Trkiyede kanserli hastalarda tamamlayc ve
alternatif tedavi yntemlerinin kullanm. literatr taramas. International Journal Of
Hematology And Oncology, 1,18, 2008.
Kavakl, ., Farkl byme gcndeki baz idris (Prunus Mahaleb L.) tiplerinin
RAPD teknii ile molekler tanmlamalar. Ege niversitesi Fen Bilimleri Enstits
Keevil, J. G., Hashim, E. O., Reed, J. D., Folts, J. D., Grape juice, but not
orange juice or grapefruit juice, inhibits human platelet aggregation. Journal of
Nutrition. 130, 53-56, 2000.
Keke, G., Sakal, M. S., ve Uzonur, I., Assesment of genotoxic effects of
boron on wheat (Triticum aestivum L.) and bean (Phaseolus vulgaris L.) by using
84
RAPD analysis. Bulletin of Environmental Contaminaton & Toxicology 84: 759-764,

2010.
Kence, A., Trkiyenin biyolojik zenginlikleri (Giri), 2005.
Klolu, M. ., zko, ., Fungal sistematikteki molekler gelimeler. OM
Ziraat Fakltesi Dergisi, 23(1), 65-72, 2008.
Kzlarslan, C., zmit krfezinin gney kesiminde etnobotanik bir aratrma.
Yksek Lisans Tezi, stanbul niversitesi Salk Bilimleri Enstits, 2008.
Ko, A., Akbulut M., Orhan E., elik Z., ve ark., Identification of Turkish and
standard apple rootstocks by morphological and molecular markers. Genet. Mol. Res. 8:
420-425., 2009.
Ko, H., Bitkilerle salkl yaama, G.O.P. niversitesi. Tokat. mit Ofset
Basmevi Ankara. 388s, 2002.
Konrad, L., Mler, H. H., Lenz, C., Laubinger, H., Aumller, G., Lichius, J. J.,
Antiproliferative effect on human prostate cancer cells by stinging nettle root (Urtica
dioica) extract. Planta Medica, 66: 4447, 2000.
Karaman, ., Trkiyede yetitirilen baz elma eitlerinin toplam antioksidan
kapasitelerinin ve antioksidan zellik gsteren balca bileenlerinin karlatrlmas.
stanbul niversitesi Kimya Blm Yksek Lisans Tezi, 2008.
Koyuncu, F., Marmara denizi biyoindikatr trleri iin molekler tayin anahtar
oluturma. Fatih niversitesi Fen Bilimleri Enstits Biyoloji Yksek Lisans Tezi,
2010.
Leporatti, M. L., Corradi, L., Ethnopharmacobotanical remarks on the province
of Chieti town (Abruzzo, Central Italy). Journal of Ethnopharmacology, 74: 1740,
2001.
Mart, S.,. Bahe ve Hasanbeyli (Osmaniye) halknn kulland doal bitkilerin
etnobotanik ynden aratrlmas. Yksek Lisans Tezi, ukurova niversitesi Fen
Bilimleri Enstits, 2006.
Miller, N. J., Rce Evans, C. A., Davies, M. J., Gopinathan, V., Milner, A., A
novel method for measuring antioxidant capacity and its application to monitoring the
antioxidant status in premature neonates. Clinical Science, 84, 407-412, 1993.
Miraldi, E., Ferri, S., Mostaghimi, V., Botanical drug an preparations in the
traditional medicine of West Azerbaijan (Iran). Journal of Ethnopharmacology, 75:77
87, 2001.
85
Nychas, G. J. E., Tassou, C. C., Skandamis, P., Making the most of herbs, spices
and their active components. In: S. Roller (Ed.). Natural antimicrobials for the minimal
processing of foods. 176-200, 2003.
zhatay, N., Byfield, A., Hatay, S., Trkiyenin 122 nemli bitki alan. Doal
Hayat Koruma Yaynlar (WWF)., 2005.
zyrek, M., Gl, K., Bektaolu, B., Apak, R., Spectrophotometric
determination of ascorbic acid by the modified CUPRAC method with extractive
separation of flavonoidsLa(III) complexes. Analytica Chimica Acta 588 8895, 2007.
Pourmorad, F., Hosseinimehr, S. J., Shahabimajd, N., Antioxidant activity,
phenol and flavonoid contents of some selected Iranian medicinal plants. African
Journal of Biotechnology Vol. 5 (11), pp. 1142-1145, 2006
Rao, K. N., Plant genetic resources: advancing conservation and use through
biotechnolog. African J. Of Biotechnology, Vol.3(2), Pp 136-145, 2004.
Rubio-Moraga, A., Castillo-Lopez, R., Gomez-Gomez, L., ve Ahrazem, O.,
Saffron is a monomorphic species as revealed by RAPD, ISSR and microsatellite
analyses. BMC research notes 2: 189, 2009
Saiki, R. K., Scharf, S., Faloona, F., Mullis, K. B., Horn G. T., Erlich, H. A.,
Arnheim, N., Enzymatic amplification of beta- globuln genomic secuences ve
restiction site analiysis for diagnosis of sickle anemia. Science, 230, Pp.1350-1354,
1985.
Sanchez, C. M., Polyphenolic fractions from Wine by-products as potential
antitumoral and/or protective agents against UV damage. Doktora tezi. Barcelona
Kimya Aratrma Enstits, 2006.
Semen, O., Gemici Y., Grk G., Bekat L., Leblebici E., Tohumlu bitkiler
sistematii. Ege niversitesi Basmevi, 181-182, 2004.
Semen, ., Trkiye floras (ders notlar). Ege niversitesi Fen Fakltesi Bask
leri, 2004.
Serafini, M., Laranjinha, J. A. N., Almeida, L. M., Mainai, G., Inhibition of
human LDL lipid peroxidation by phenol-rich beverages and their impact on plasma
total antioxidant capacity in humans. Journal of Nutritional Biochemistry. 11, 585-590,
2000.
Singleton, V. L., Rossi, J. A., Colorimetry of total phenolics with
phosphomolybdic-phosphotungstic acid reagents. American Journal of Enology and
Viticulture, 16, 144-158, 1965.
86
Singleton, V. L., Orthofer, R., Lamuela-Raventos, R. M., Analysis of total

phenols and other oxidation substrates and antioxidants by means of Folin-Ciocalteu
reagent. Methods in Enzymolology, 299, 152-178, 1999.
Szgen, K., eki, S. D., Ttem, E., Apak, R., Spectrophotometric total protein
assay with copper(II)-neocuproine reagent in alkaline medium. Talanta, 68, 1601-1609,
2006.
Svenning, J., Skov, F., The relative roles of environment and history as controls
of tree species composition and richness in europe. Journal Of Biogeography 32(6):
1019-1033, 2005.
Tahir, K. M., Beyond conservation: the role of tfnet in sustainable utilization of
native tropical fruit species. In Mai, B., Ramamani, Y.S., Rao, V.R. (Ed) Conservation
and use of native tropical fruit. Species Biodiversity n Asia Pp 21-22. Proceeding of
the third annual meeting of tropical fruit genetic resources project, Chongqing, China
25-28 March, 2003.
Telo, S., Meme kanseri oluturulan ratlarda srgan otunun antioksidan enzimler
zerine etkilerinin incelenmesi. Frat niversitesi Biyokimya Ve Klinik Biyokimya
Anabilim Dal, Uzmanlk Tezi, 2006.
Towsend, C. C., Davis, P. H., Flora of Turkey. Vol. 7,633-636, 1982.
Ttem, E., Apak, R., Gnayd, E., Szgen, K., Spectrophotometric
determination of vitamin E (-tocopherol) by the copper(II)-neocuproine reagent.
Talanta, 44, 249-255, 1997.
Uzonur, I., Abasyank, M. F., Cam, S., obanl, K., Elmas, A., Erdoan, H.,
Hizal, S., Karabulut, D. S., zdemir, M., Yeil, F. A., ve Petek, M., A preliminary
report on target organ genotoxicity biomonitoring by an Improved Random Amplified
Polymorphic DNA Assay. Fres. Environ. Bull 13, 12a, 1453-1456, 2004.
Uzonur, I., Genotoksik tesirin Mytilus galloprovincialisde gelitirilmi RAPDPCR yntemi ile takibi. stanbul niversitesi, Deniz Bilimleri ve letmecilii Ens.,
Doktora Tezi, 2005.
Varol, ., Baz turungil trlerinde embriyogenik kalluslarn in vitro muhafazas
ve genetik kararllklarnn RAPD markrlar ile aratrlmas. Yksek Lisans Tezi,
ukurova niversitesi Bahe Bitkileri Anabilim Dal, 2007.
Visioli, F., Galli, C., Olive oil polyphenols and their potential effects on human
health. J.Agric. Food Chem. 4292-4296, 1998.
87
Vural, H. C., Daeri, A., Optimization of DNA isolation for RAPD-PCR

analysis of selected (Echinaceae purpurea L. Moench) medicinal plants of conservation
concern from Turkey. Journal of Medicinal Plants Research Vol. 3(1), pp. 016-019.,
2009.
Weissing, K., DNA fingerprinting plants and fungi. CRC Press, USA, 1995.
Welsh, J., Mc Clelland, M., Fingerprinting genome-using PCR with arbitrary
primers. Nucleic Acids Res., 18, 7213-7218, 1990.
Williams, J. G. K., Kublk, A. R., Lvak, K. J., Rafalsk, J. A., Tngey, S. V.,
DNA polymorphism amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers.
Nucleic Acids Res., 18, 65316535, 1990.
Yavuz, T., Aslan, D., Gner, G. Ve Kutay, F.Z., Tbbi laboratuarlarda
standardizasyon ve kalite ynetimi. Trk Biyokimya Dernei Yaynlar, 2002.
Yesbek, A., T. Dicoccoides ve T. Dicoccon trleri arasndaki genetik eitliliin
RAPD-PCR teknii ile belirlenmesi. Hacettepe niversitesi Fen Bilimleri Enstits
Yldrml, ., Etnobotanik ve Trk etnobotanii. Kebike-nsan Bilimleri in
Kaynak Aratrmalar Dergisi; 17: 175-193, 2004.
Yldz, L., Baz bitki rneklerinde antioksidan kapasitenin spektrofotometrik ve
kromotografik tayini. stanbul niversitesi Mhendislik Fak., Kimya Blm Analitik
Kimya A.B.D., Yksek Lisans Tezi, 2008.
Yldz, L., Bakan K. S., Ttem E., Apak R., Combined HPLC-CUPRAC
(cupric ion reducing antioxidant capacity) assay of parsley, celery leaves, and netle.
Talanta 77, 304313, 2008.
Zhou, R., Shi, S., ve Wu, C., Molecular criteria for determining new hybrid
species-an application to the Sonneratia hybrids. Molecular phylogenetics and evolution
35(3): 595-601, 2005.

Etnobotanik Ve Türkiye'de Yapılmış Etnobotanik Çalışmalara Genel Bir Bakış

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Etnobotanik Ve Türkiye'de Yapılmış Etnobotanik Çalışmalara Genel Bir Bakış

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Gamze Akdeniz

Urtica dioica (Isrgan Otu) BTKSNN TRKYEDEK

Biyoloji Anabilim Dal

Yksek Lisans Tezi

Urtica dioica (Isrgan Otu) BTKSNN TRKYEDEK

Biyoloji Anabilim Dal

Yrd. Do. Dr. Sevim IIK

Biyoloji Anabilim Dal 50230818 numaral rencisi Gamze AKDENZ

Yrd. Do. Dr. . rem UZONUR

Yrd. Do. Dr. .rem UZONUR

Yrd. Do. Dr. Sevim IIK

Do. Dr. Nurullah ARSLAN

Urtica dioica (Isrgan otu) BTKSNN TRKYEDEK

edilmi ve molekler tr tayini yaplmtr. Blgesel ve ehirsel farkllklar incelemek

DETERMINATION OF Urtica dioica (NETTLE)'S REGIONAL

Supervisor: Assist. Prof. I. Irem UZONUR

Urtica dioica is a kind of plant which is a member of Urticaceae family.

Keywords: Nettle, total antioxidant capacity, total phenolic compounds, RAPD-PCR.

Deerli aileme ve deer verdiklerime

almamda tecrbesi ile bilgi birikimini benden esirgemeyen kymetli hocam

1.1 Ama ve Kapsam ....1

Genetik Kaynaklarn Temel Korunma Yntemleri6

1.4 Trkiyenin Bitki eitlilii ve Nedenleri....7

Urtica L. (Isrgan otu) .....11

retim ekli ...19

1.6 Antioksidanlar ve Isrgan Otu Antioksidanlar ......20

Fenolik Polimerler (Tanenler)..22

1.8 Elektron Aktarmna Dayal Toplam Antioksidan Kapasite Tayin Yntemleri..22

1.8.1 Cuprac (Cupric Reducing Antioxidant Capacity; Cu(II) yonu

1.9 Toplam Fenolik Madde Tayini Yntemi....25

1.10 Bitkilerde Kullanlan Genetik Belirteler.....25

1.10.2.1. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ve Uygulamalar...27

ndirgeyici Antioksidan Kapasite) Yntemi ..37

BLM 3 BULGULAR VE TARTIMA....49

%2lik agaroz jel fotoraf.....69

:Amplifiye Olmu Fragmentlerinin Uzunluk Polimorfizmi

: Basic Local Alignment Search Tool

: Bakr (II) yonu ndirgeyici Antioksidan Kapasite

: Etilen diamin tetra asetik asit

: National Center for Biotechnology Information

: Rastgele oaltlm Monomorfik DNA

: Rastgele oaltlm Polimorfik DNA

: Polimeraz Zincir Reaksiyonu

Real-Time PCR: Gerek Zamanl Polimeraz Zincir Reaksiyonu

: Restriksiyon Fragmentlerinin Uzunluk Polimorfizmi

: Troloks Edeeri Antioksidan Kapasitesi

erdii yapsal kimyasallarn farkll genetik dzeyde de farklln

etkilerinin de olduka fazla olduunun saptanmas sonucu birok hastaln tedavisinde

ISIRGAN OTUNUN ETNOBOTANK KULLANIMLARI

Prostat, idrar sktrc, romatizma.

Tahri giderici, gut, romatizma, burkulma.

uyarc olarak, egzama, ba arlar, bbrek hastalklar, kan yapm,

Dnya zerinde 750.000- 1.000.000 arasnda bitki trnn bulunduu tahmin

kullanlan yaklak 20.000 bitkinin 600 kadar Trkiyede yetimektedir. Bu saynn

Ekolojik eitlilik, belirli bir blgedeki farkl ekosistemler, tr topluluklar ve bu

Tarmsal etkinlikler (rnein, meralarn tarlaya dntrlmesi, ar

Endstrileme, ehirleme ve imar yaplarnn artmas,

Doadan bitki toplama ve doal kaynaklarn ihtiyalarn karlanmas

Kontrol d ormanclk faaliyetleri ve orman yangnlar,

Canl ya da canl paralarnn patentlenebilir olarak grlmeye balanmas,

Biyolojik ve genetik eitliliin kontrolsz ve izinsiz kullanm gelmektedir.

Biyolojik eitliliin bileenlerinden biri olan genetik eitliliin belirlenmesi,

koullarna daha baarl uyum salama yeteneine sahiptir.