You are on page 1of 63

SENYAWA KIMIA

DALAM SEL

Wiryatun Lestariana
Bag. Biokimia
Fak. Kedokteran UGM

SENYAWA KIMIA DALAM SEL

Pendahuluan
Elemen-elemen yg tdp dalam tubuh
Senyawa kimia dalam tubuh
- Nutrien
- Metabolit
- Senyawa anorganik
- Senyawa organik
Ikatan kimia

Pendahuluan :

ATOM

unit terkecil dari benda. Air,


binatang, buah-buahan,
manusia,
laut adalah kumpulan atom-atom
dengan kombinasi yang beraneka
ragam
disusun dari subunit atomik (yang
penting adalah proton, neutron,
elektron)

lanjutan

Proton dan neutron mempunyai


ukuran dan massa yang sama
proton (p+) mempunyai muatan
listrik positif, sedang
neutron (n atau no) bersifat
netral atau tidak bermuatan.
Elektron mempunyai muatan
listrik negatif

Berdasarkan nomor atom, atom dapat


diklasifikasikan menjadi kelompokkelompok yang disebut elemen.
Masing-masing elemen meliputi semua
atom-atom yang mempunyai nomor proton
sama
masing-masing elemen mempunyai
simbul,
Contoh: O untuk oksigen, N untuk
nitrogen dsb.

Lanjutan

* Dalam reaksi kimia, elemen tidak


dapat diubah menjadi senyawa yang
lebih sederhana
* atom karbon (C) ya tetap atom C

tubuh manusia mengkontribusi 13

elemen dan jumlahnya dalam tubuh

banyak

lanjutan

Sel hidup tersusun dari kumpulan elemen, hampir 99% dari berat sel adalah elemen
C, H ,N , dan O
- Bahan dasar sebuah sel terdiri atas
* air sekitar 70-85%, protein sekitar 10 - 20%,
lemak 2%, karbohidrat 1%, dan elektrolit
- Komponen kimia dalam sel dapat berupa
komponen anorganik, misalnya air dan ion-ion
mineral, dan komponen organik misalnya
protein, lipida, karbohidrat, dan asam nukleat.

Elemen-elemen utama yang terdapat


dalam tubuh manusia
Total elemen (%)
1. Oksigen (O) : 65

2. Karbon (C) : 18,6


3. Hidrogen (H): 9,7
4. Nitrogen (N) : 3,2
nukleat
5. Kalsium (Ca) : 1,8
5.
6.
7.
8.

Signifikansinya
- komponen air dan senyawa lain,
bentuk gas yang essensial untuk
pernfasan
- terdapat dalam semua organ
komponen air dan senyawa lain
- terdapat dlm protein, asam
dan senyawa organik lain
- terdapat dalam tulang dan gigi
serta penting untuk fungsi
membran, impuls syaraf,
kontraksi otot,dan faktor
penjendalan darah

Lanjutan
6. Fosfor (P): 1,0

7. Potassium (K): 0,4

8. Sodium (Na): 0,2

9. Klorida (Cl): 0,2

- Terdapat dalam tulang dan gigi,


asam nukleat dan senyawa
bertenaga tinggi
- Penting untuk fungsi membran,
impuls syaraf, dan kontraksi
otot
- Penting untuk volume darah,
fungsi membran, impuls syaraf,
dan kontraksi otot
- Penting untuk volume darah,
fungsi membran dan absorbsi air

Lanjutan

10. Magnesium (Mg):0,06


11. Sulfur (S)
12. Iron (Fe)

13. Iodine (I)

- Kofaktor untuk
banyak enzim
:0,04 - Terdapat dalam
banyak protein
:0,007 - Essensial untuk
transport oksigen, dan
penangkapan energi

: 0,0002 - Komponen hormon


glandula tiroid

TRACE ELEMENTS =
MIKRO ELEMEN
Sebagian berfungsi sebagai kofaktor,
tetapi sebagian ada yang belum diketahui
fungsinya tetapi terdapat dalam tubuh
- Silikon (Si), fluorida (F), copper (CU),
manganese (Mn), zink (Zn) selenium
(Se), kobalt (Co), molibdenum (Mo)
Kadmium (Cd), Kromium (Cr), aluminium
(Al), boron (Bo)

Senyawa Kimia Dalam Sel


senyawa yang diperoleh dari
nutrien yang dimakan yang
kemudian dibongkar, disintesis,
disimpan dan / atau dibongkar
sesuai dengan kebutuhan tubuh

lanjutan

Nutrien:
elemen dan molekul essensial yang
secara normal diperoleh dari diet
sehari-hari.
Metabolit:
semua molekul (termasuk nutrien)
yang dapat disintesis atau hasil
pemecahan yang diperoleh dengan
reaksi kimia dalam tubuh

Nutrien dan metabolit

Senyawa anorganik Senyawa Organik

1. Senyawa anorganik:
*

senyawa yang secara umum tidak


mengandung atom karbon dan hidrogen:
- karbon dioksida produk metabolisme
dalam sel
- oksigen gas dari atmosfer yang
diperlukan dalam reaksi metabolisme
- air jumlahnya terbanyak dalam tubuh,
asam anorganik, basa anorganik yang
diperlukan untuk buffer dalam tubuh

2. Senyawa organik:
* senyawa yang mengandung atom karbon
dan hidrogen: karbohidrat, lipid, protein

AIR:
- dalam tubuh merupakan nutrien yang
sangat penting, dapat dalam bentuk
larutan atau campuran

LARUTAN:
- campuran yang uniform dari 2 atau lebih
senyawa (substan).

Larutan mengandung solven


dan solut

Sulut: atom, ion, atau molekul


substan lain yang terdapat
dalam larutan
Solvent: pelarutnya (medium yang
terdispersi):
Contoh : air

Senyawa anorganik
Banyak senyawa-senyawa anorganik yang
disebut elektrolit, mengalami ionisasi, atau
dissosiasi, dalam air membentuk ion-ion.
Hidrofilik: Molekul yang interaksi secara
cepat dengan molekul air
Hidrofobik: Molekul yang tidak dapat
interaksi dengan air

pH:
- pH suatu larutan menunjukkan
kadar ion hidrogen yang
dikandungnya
Larutan dapat diklasifikasikan
- netral, asam atau basa
tergantung dari harga pH-nya

Asam dan Basa Anorganik


Asam: dapat membebaskan ion
hidrogen
Basa : memindah ion hidrogen dari
sutu larutan

Garam:
Suatu elektrolit yang mana ion
hidrogennya diganti kation dan ion
hidroksidanya (OH) diganti anion

Lanjutan

Buffer:
memindah atau menggati ion hidrogen
dalam larutan.
buffer-buffer atau sistem buffer dalam
cairan
tubuh digunakan untuk mempertahankan
pH dalam cairan tubuh tetap normal.

Senyawa Organik
Karbon dan hidrogen merupakan
komponen penting yang umumnya
juga mengandung oksigen.
4 besar senyawa organik dalam
tubuh: karbohidrat, lipid, protein,
asam nukleat

1. Karbohidrat
Mrpk. sumber energi utama dalam sel
Memp. 3 unsur: karbon, hidrogen dan oksigen
Karbohidrat: monosakarida, disakarida dan
polisakarida
Fungsi : - simpanan energi (glikogen)
- kerangka srtuktural DNA (deoksi
ribosa) dan RNA (ribosa)
- elemen struktural dinding tanaman
(selulosa)

lipid
Lipid
* Meliputi lemak, minyak, dan wax.
* 5 senyawa penting derivat lipid:
asam lemak, eikosanoid, trigliserida,
digliserida, monogliserida, steroidsteroid dan fosfolipid, glikolipid

Lemak
Senyawa organik penting dalam jaringan tanaman dan
hewan, sebagai penyusun membran sel
Membantu sbg. suatu insulator dlm. jar. subkutan
sekeliling organ tertentu
Dalam jaringan syaraf jumlahnya banyak
Membantu sebagai cadangan energi yang disimpan di
jaringan adiposa, kombinasi dng. protein membantu
transport lipid dalam darah
Sebagai hormon dan vitamin, hormon mengatur
komunikasi antar sel, sedangkan sebagai vitamin
membantu regulasi proses-proses biologis

Asam lemak
Mrpk. suatu rantai hidrokarbon yg salah satu ujungnya
gugus asam tau karboksil
Formula umum: CH3(CH2)nCOOH
Ada 2 jenis asam lemak: asam lemak jenu dan tidak
jenuh
Asam lemak jenuh
- rantai pendek: rantai atom C-nya genap (2 6 atom)
- rantai sedang: rantai atom C-nya 8 12 atom
- rantai panjang: atom C-nya 13 atom

Lanjutan

Asam lemak tidak jenuh: struktur kimianya


mgd. ikatan rangkap satu atau lebih
Contoh: palmitoleat, linoleat, linolenat,
arakhidonat, oleat
Formula kimia:
Asam oleat: H3(CH2)7CH=CH(CH2)7COOH

PROTEIN
zat padat tubuh terdiri dari protein (otot,
enzim, protein plasma, antibodi, hormon)
Banyak protein terikat kompleks dengan
fibril: disebut protein fibrosa, banyak
protein fibrosa
- kolagen (tendon, kartilago, tulang)
- elastin: arteri
- keratin: rambut, kuku,
- aktin miosin (protein otot)

Protein diet - Protein tubuh


Protein diet dicerna
menjadi asam amino
diabsorbsi
a.a. tubuh (1)
Asam amino tubuh
disintesis
protein
tubuh dan protein tubuh dikatabolisis
a.a. tubuh (2)
Senyawa nitrogen
non protein
Asam amino
N-nya
{a.a.(1) dan a.a.(2)}
Senyawa nitrogen
protein

Met. Protein & Asam amino


Protein tubuh
Protein diet
pencernaan
Asam amino
Glikolisis
transaminasi
Siklus Krebs
Urea

NH3

Glukosa

Keton
CO2

Der. Nitrogen
- porfirin
- purin
- pirimidin
- hormon
- gula amino
- lipid komplek
- neurotransmitter

Struktur protein
Dilihat dari tingkat organisasi struktur diklasifikasikan:
1. struktur primer: protein yg. tdr. dari ikatan peptida
kovalen
2. struktur sekunder: yg. disusun oleh ikatan-ikatan
hidrogen antara oksigen karbonil dan nitrogen amida
dari rantai polipeptida
3. struktur tersier: disusun oleh interaksi antara ggs R
dalam asam amino
4. struktur quarterner: disusun banyak protein

FungsI protein
* mempunyai fungsi essensial dalam
tubuh.
* 7 tipe protein penting dalam tubuh
1. protein struktural
2. protein kontraktil
5. enzim
3. protein transport
6. hormon
4. protein buffering
7. antibodi

Lanjutan
Enzim
- Dalam reaksi enzimatik :
substrat berinteraksi untuk menghasilkan
produk dengan pengikatan pada sisi aktif
enzim.

Kofaktor, Koenzim
- ion-ion atau molekul-molekul yang harus
mengikat pada enzim sebelum substrat
mengikat enzim untuk aktivitas enzim

Lanjutan

Bentuk protein menunjukkan karakter


fungsionalnya
Masing-masing protein bekerja
terbaik pada suhu dan pH optimalnya
Protein akan rusak atau mengalami
denaturasi pada suhu dan pH diluar
harga kisaran normal

Lanjuta
n

Asam nukleat
1. deoxyribonucleic acid
(DNA)
2. ribonucleic acid (RNA)

Lanjutan

DNA
* merupakan benang helix. Rantai nukleotida yang
masing-masing nukleotidanya mengandung gula,
gugus fosfat dan suatu basa nitrogen, Gulanya
deoksiribosa
* Basa nitrogennya: adenin, guanin, sitosin, timin.
RNA
* mengandung benang tunggal, nukleotidanya
mengandung gula ribosa, gugus fosfat dan basa
seperti DNA tetapi base timin diganti urasil
Menyimpan dan pusat proses informasi genetik pada
level molekul

Vitamin
Vitamin juga senyawa organik tetapi tidak
semua vitamin dapat disintesis dalam
tubuh
Ada beberapa vitamin yang dapat
disintesis dalam tubuh: vitamin B12, vitami
B6, vitamin K, tetapi jumlahnya tidak dapat
memenuhi kebutuhan tubuh sehingga
harus ditambah dari diet sehari-hari

Tabel: Elektrolit penting yang


berdisosiasi dalam cairan tubuh
Elektrolit
NaCl
KCl
(Ca)3(PO4)2

Ion yang dibebaskan


Na+ + Cl K+
+ Cl 3 Ca++ + 2 PO4--

NaHCO3

Na+

HCO3-

MgCl2

Mg+

2 Cl -

2 Na+

HPO4-

Na2HPO4

Na2SO4

2 Na+

SO4--

Fungsi
1. Elektrolit dan cairan tubuh
Perubahan kadar elektrolit dalam tubuh
akan mengganggu hampir semua fungsi
fital Misal: rendahnya kadar ion K
mengakibatkan paralisis otot pada
umumnya dan tingginya kadar ion K akan
mengakibatkan kelemahan dan detak
jantung irregular

Lanjutan

Kadar ion-ion dalam cairan tubuh


diatur secara hati-hati terutama oleh
koordinasi aktivitas pada
* ginjal (ekskresi ion)
* traktus digestifus (absorbsi ion)
* sistem skeletal (penyimpanan
dan pembebasan ion)

Lanjutan

2. pH dalam cairan tubuh (kadar ion

hidrogen dalam cairan tubuh).

* Jumlah yang berlebihan akan merusak ikatan


kimia , mengubah bentuk dari molekul
kompleks, dan secara umum merusak sel
dan fungsi jaringan, shg. kadar ion hidrogen
harus diatur secara hati-hati

Lanjutan
Lanjutan

pH suatu larutan 7 dikatakan netral


pH larutan < 7 dikatakan asam
pH larutan > 7 dikatakan basa (alkalis)
pH darah normal 7,35 7,45
pH darah >>> dapat mengakibatkan
kerusakan sel dan jaringan karena pecahnya
ikatan kimia, perubahan bentuk protein, dan
perubahan fungsi selluler dan kontraksi otot
skelet dapat tidak terkontrol dan terganggu
pH darah < 7 dapat berakibat koma

Ikatan kimia
Ikatan kimia:
ikatan yang terjadi baik antara satu unsur dengan unsur
lainnya atau satu senyawa dengan senyawa lainnya.
hal penting yang menjadi dasar terbentuknya berbagai
zat atau senyawa baru, andai saja satu senyawa atau
suatu unsur tidak dapat saling berikatan, maka sebuah
senyawa baru tak akan terbentuk
sebuah ikatan kimia terjadi karena adanya perbedaan
sifat antara satu unsur dengan unsur lainnya sehingga
perbedaan tersebut saling melengkapi satu sama lain.

Lanjutan

Di dalam ilmu kimia


terdapat
banyak jenis ikatan yang menghubungkan
antara satu unsur dengan unsur lainnya
atau suatu senyawa dengan senyawa
lainnya
Masing-masing ikatan tersebut
menghasilkan sebuah senyawa yang
memiliki karakteristik berbeda pula satu
sama lainnya

lanjutan

Macam macam iktan kimia


1. Ikatan ionik
2. Ikatan hidrogen
3. Ikatan kovalen
4. Ikatan logam
5. Ikatan van der Waals
6. Ikatan non kovalen

Lanjutan

1. Ikatan ionik
jenis ikatan kimia yang terjadi akibat adanya serah
terima elektron pada atom-atom yang berikatan.
- atom-atom yang melepaskan elektron akan bermuatan
positif (kation), sedangkan atom-atom yang menerima
elektron akan bermuatan negatif (anion)
- Salah satu contoh ikatan ionik yang cukup populer
ikatan yang terjadi pada pembentukan garam
natrium klorida
reaksi antara senyawa NaOH
dan senyawa HCl
NaCl

Lanjutan
Beberapa sifat-sifat dari senyawa yang terbentuk atas
dasar ikatan ion adalah secara fisik:

- senyawa yang terbentuk dari ikatan ionik pada suhu


kamar akan berwujud padat,
- memiliki bentuk struktur kristal agak rapuh,
- mempunyai angka titik didih dan titik leleh yang cukup
tinggi,
- dapat larut pada pelarut air namun tidak larut pada
jenis pelarut organik
- serta pada fase padat tidak menghantarkan arus listrik,
- namun saat terhidrolisis dalam air akan dapat
- menghantarkan arus listrik
Contoh: NaOH + HCl > NaCl + H2O

Lanjutan

2. Ikatan hidrogen
- Ikatan yang terbentuk antara unsur H dengan atom
F,O dan N
- Suatu zat yang memiliki ikatan hidrogen yang lebih
banyak, biasanya akan lebih cepat mendidih saat
dipanaskan
- Secara umum ikatan hidrogen terbagi ke dalam dua
jenis:
1. ikatan hidrogen intra molekuler
2. ikatan hidrogen ekstra molekuler.

Lanjutan

1. Ikatan hidrogen intra molekuler


- merupakan ikatan antara atom H dan
atom F,O,N yang terjadi di dalam
sebuah molekul, misalnya ikatan
antara atom H dan atom O pada
senyawa H2O.
2. ikatan hidrogen ekstra molekuler
- ikatan hidrogen yang terjadi antar senyawa,
misalnya antara molekul H2O yang satu
dengan molekul H2O lainnya.

Lanjutan

3. Ikatan kovalen
- ikatan yang terjadi akibat adanya penggunaan bersama pasangan
elektron oleh atom-atom yang saling berikatan satu sama lainnya
- Ikatan kovalen terdiri dari bermacam-macam jenis diantaranya:
ikatan kovalen tunggal, ikatan kovalen rangkap dua, ikatan kovalen
rangkap tiga, ikatan kovalen koordinasi, ikatan kovalen polar dan
ikatan kovalen non polar
- Secara umum, senyawa yang memiliki ikatan kovalen memiliki
beberapa sifat fisik:
* pada suhu kamar dapat berwujud gas, cair dan padatan,
* untuk yang berwujud padat biasanya lunak namun tidak rapuh,
memiliki titik didih dan titik leleh yang rendah,
* pada umumnya tidak menghantarkan arus listrik,
* larut pada pelarut organik dan tidak larut dalam air.

Lanjutan

- Secara umum, senyawa yang memiliki ikatan


kovalen memiliki beberapa sifat fisik:
* pada suhu kamar dapat berwujud gas, cair
dan padat,
* untuk yang berwujud padat biasanya lunak
namun tidak rapuh, memiliki titik didih dan
titik leleh yang rendah,
* pada umumnya tidak menghantarkan arus
listrik, larut pada pelarut organik dan tidak
larut dalam air.

Lanjutan

4. Ikatan logam
- ikatan kimia yang terjadi karena adanya gaya
tarik-menarik yang kuat antara ion positif dari logam
thd. elektron-elektron valensi yang bergerak bebas
- menyebabkan sifat-sifat logam diantaranya
suhu kamar rata-rata berwujud padat
terkecuali logam Hg, keras
namun dapat
ditempa,
- menjadi konduktor atau penghantar panas yang baik,
memiliki titik didih dan titik leleh yang tinggi serta wujud
fisiknya yang mengkilap.

Lanjutan

5. Ikatan Van der Waals


- ikatan yang dimiliki oleh gas-gas mulia yang
mengalami proses kondensasi
fasanya
berubah menjadi fasa cair pada saat temperaturnya
mencapai temperature yang sangat rendah
- ikatan yang lebih lemah jika dibandingkan dengan
ikatan kovalen, ion dan ikatan logam
- dalam fasa gas, masing-masing atom gas mulia
dapat berdiri dengan bebas dan stabil tanpa terikat
olehatom-atom yang lain
namun pada saat
mengalami proses kondensasi
maka atomatom tersebut akan saling terikat oleh gaya yang
relatif lemah yang disebut gaya Van der Waals.

Lanjutan

- Molekul terbentuk dari atom-atom yang


memiliki elektron-elektron dan proton yang
muatannya berlawanan
akibat muatan
berbeda ini
maka jika dua molekul
berdekatan akan timbul gaya tarik menarik
yang bersumber dari gaya tarik antara inti
atom yang bermuatan positif dari molekul yang
satu dengan electron-elektron yang dimiliki
oleh molekul lainnya
menyebabkan
ikatan yang terjadi relative lemah.

Lanjutan

6. Ikatan non kovalen

- ikatan kimiawi antara molekul makro yang tidak disebabkan


oleh pasangan elektron, melainkan berupa variasi dispersi
dari gaya elektromagnetik
- Ikatan non kovalen adalah ikatan mayoritas antara molekul
supra dalam kimia supramolekul
- sangat penting dalam menjaga keutuhan struktur molekul
berukuran besar seperti protein dan asam nukleat. Ikatan
kovalen terbagi menjadi empat golongan interaksi:[2]
i. ikatan hidrogen
2. ikatan ionik
3. ikatan gaya van der Waals
4. ikatan hidrofobik

Sukses selalu
56

TAMBAHAN

KARBOHIDRAT
Penting sebagai sumber energi
Glukosa penting sebagai bahan
bakar dalam tubuh
Glikogen merupakan simpanan
karbohidrat dalam tubuh di
otot dan di hati

LIPID
Sebagai cadangan simpanan
energi dalam bentuk trigliserida
Komponen struktural penting
semua sel
Derivat lemak banyak fungsi
dalam tubuh* eikosanoid:

Leukotrien : kelas eikosanoid yang


diproduksi terutama oleh sel yang
terlibat dalam koordinasi respon
untuk luka atau penyakit
Prostaglandin dibebaskan dari sel untuk
koordinasi aktivitas langsung selluler
lokal. Dibebaskan oleh jaringan yang di
rusak dan sering disebut hormon lokal

3. Steroid
Kolesterol
- komponen membran untuk
mempertahankan keutuhan membran
baik untuk pertumbuhan dan divisi sel
Hormon kelamin
- pengaturan dalam fungsi seksual

4. Protein
Sebagai support
Pergerakan: protein kontraktil
Transport
Buffering
Pengaturan metabolik
Koordinasi dan kontrol

Lanjutan
Pertahanan: protein rambut,
kulit, hidung untuk proteksi
cemaran lingkungan,
antibodi: komponen respon
imum
Protein sebagai faktor
penjendalan darah
Enzim sebagai biokatalisator