La coleccin de manuscritos comprende tres unidades diferentes.
La primera de 105 cdices de la coleccin del Museo Benaki, formada a partir de compras y donaciones, la segunda de 322 cdices que procede del depsito del Fondo de Cambios, y la tercera de 19 manuscritos de la donacin de Damianos Kyriazis. En 1991 se public el primer catlogo detallado de los manuscritos ms antiguos de la coleccin, de los siglos X-XVI, un total de 150 manuscritos, por parte de Evrydyki LappaZizika y Matoula Rizou-Kouroupou. El mismo tratamiento se les da a los manuscritos posteriores al s. XVI, que son la mayora, en nmero de 340, por parte de Venetia Hatzopoulou, y en breve estar preparado el siguiente catlogo. El siguiente registro abreviado de los manuscritos fue elaborado por E. Lappa-Zizika en francs hace ya bastantes aos, y los nuevos aadidos que siguieron estn registrados en griego.