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RNA 聚合酶

細菌的 RNA 聚合酶,像 DNA 聚合酶一樣,具有很複雜的結構。其活性形式
(全酶)爲 15S,由 5 種不同的多肽鏈構成,按分子量大小排列分別爲β'(155,000),
β(151,000),σ(7,000),α(36,500)和ω(11,000)。每分子 RNA 聚合酶除有
兩個α次單位(subunit)外,其餘次單位均只有一個,故全酶爲β'βα2σω(450,
000)(表 3-1)。
E.coli RNA 聚合酶的次單位和轉錄因子
基因圖
位置分

多 鏈
分子量

全酶中
的數目

功能

β'rpoC

89.5

155,000

1

與 DNA 結合

βrpoB

89.5

151,000

1

聚合作用的催化位點

σrpoD

66.5

70,000

1

識別啓動子,起始轉錄

αrpoA

72

36,500

2

?

ω──

11,000

1

?

ρrho

84.5

46,000

6

轉錄終止

NusA nusA

65

69,000

1

轉錄延長,終止

基因名稱
RNA 聚合酶的次單位

轉錄因子

備註:基因圖位置是指傳統的(環狀)E. coli 的遺傳圖譜
如果全酶爲球狀,則可計算其直徑約爲 100Å,
即約爲雙股 DNA 的 30 bp 節段的長度。然而全酶可
結合約 60 個核苷酸,提示其形狀應爲橢圓球形。
σ次單位和其他肽鏈的結合不很牢固。當σ次
單位脫離全酶後,剩下的β'βα2ω稱爲核心酶。
核心酶本身就能催化核苷酸間磷酸二酯鍵的形成,

RNA 聚合酶的次單位圖示

不論有無σ存在,利福平(rifampicin)和利福黴素(rifamycin)都能結合在β次單位上
而對此酶發生強烈的抑制作用。它抑制 RNA 合成的起始而不抑制其延長。β次
單位的基因 rpoB 的突變可使細菌對利福平有抗性。而另一種抗生素鏈:黴溶菌素
分子生物學總論

2

陳世明

整理

coli 時,其α次單位即在精氨 酸上被 ADP-核糖化。這種修飾作用,使該 RNA 聚合酶全酶對其原先識別的啓動 子的親和力減弱。所以有人認爲,α次單位的功能可能是識別其相應的啓動子。 爲什麽細菌的 RNA 聚合酶需要這麽大和複雜的分子結構呢?而某些噬菌體 特有的 RNA 聚合酶則要小得多,僅由一條多 鏈組成。這證明 RNA 合成所需 的機構可以遠比宿主的酶小。這種情況說明,噬菌體內的轉錄僅需一條"最小"的 機構。然而這種酶只能識別噬菌體本身所有的少數幾個啓動子;它們不能識別其 他啓動子。例如噬菌體 T3 和 T7 的 RNA 聚合酶分子很相似,二者都不過是一條 多 鏈,分子量約 11,000。它們能很快合成 RNA。其速率在 37℃時可達約 200 核苷酸/秒。 相比之下,宿主細胞的 RNA 聚合酶卻能轉錄細胞內的許多轉錄單位(>1,000 個)中的任意一個。這些轉錄單位中有一些可由 RNA 聚合酶直接轉錄,不需要其 他因子的幫助。但大多數這些轉錄單位僅在更多的蛋白質因子存在下才能被該 RNA 聚合酶所轉錄。所以,可以想像宿主細胞所以要求這樣大和複雜,至少部分 反映了它需要和許多其他因子相互作用,而不是其催化活性的固有的要求。 E. coli 的 RNA 聚合酶各次單位的基因 (除ω次單位的基因尚不詳外)均存在 於三個操縱子中,這些操縱子還含有蛋白質合成和 DNA 合成所需的基因。P71 主要啓動子(P)均在操縱子的左側,RNA 則向右方合成。次要啓動子(p)包括σ操 縱子中的一個啓動子(PHS,是在熱休克條件下才有活性的啓動子),均位於操縱子 之內。這些次要啓動子僅啓動在其右側的基因。β操縱子的前面兩個基因 L11 和 L1,有時被認爲組成另一個獨立的操縱子,因爲在 L10 基因之前另有一啓動子。 這些基因編碼 50 個左右核糖體蛋白質中的某些蛋白質。σ操縱子中還含有複製所 需的蛋白質,即 DNA 引物酶的基因。現在還不清楚這些操縱子是如何進行調節 的。 分子生物學總論 3 陳世明 整理 .(streptolydigin)能抑制 RNA 鏈的延長,rpoB 的突變卻可使細胞對鏈黴溶菌素亦發 生抗性。整體看來,β次單位似乎是酶和核苷酸受質結合的部位。肝素能與 DNA 競爭和 RNA 聚合酶相結合。肝素是一種多價陰離子,能和β'次單位結合,從而 在體外抑制轉錄作用。可見β'次單位的鹼性較強,適於與模板 DNA 相結合。α 次單位的功能現尚未知。然而,當噬菌體 T4 感染 E.

α 操縱子 σ,β 操縱子的結構。P代表主要操縱子 β 操縱子 σ操縱子有兩個連續的啓動子,就像 rRNA 的操縱子一樣。受到 ppGpp 分子的調 控,故與生長速度有關。這些操縱子中的基因並不是相等地被轉錄的:在σ和β 操縱子開始中的核糖體蛋白質基因的後面有衰減子(attenuators),可使其後的 RNA 聚合酶基因的轉錄大爲降低。因此,在每個細胞中 RNA 聚合酶次單位的數目(約 3.000 個),這是符合細菌的需要 的。然而令人不解的是 DNA 引物酶基因位於σ基因之前,然而在細胞內σ次單 位的數目反而要比引物酶分子數多 60 倍(3.000 個)要大大少於核糖體蛋白質的分子數(約 20.000 比 50)。這可能是因爲編碼引物酶 的 mRNA 節段要比其餘 mRNA 部分不穩定得多。這些操縱子內都有幾個次要的 啓動子,包括σ操縱子內的一個可被熱休克所啟動,說明實際的調控作用還要更 爲複雜得多。 回目錄 分子生物學總論 4 陳世明 整理 .