Univerzitet u Sarajevu

Fakultet zdravstvenih studija

Laboratorijska tehnologija

PROJEKAT NA TEMU PSEUDOGENI

Profesor :
Studenti :
Prof.dr. Naris Pojski

ta je nekodirajua DNK ?
Kada je otkrivena priroda DNK molekula, i kada je otkriveno da se geni (tj. nasljedni
elementi) nalaze u okviru DNK, pretpostavka je bila da je sva DNK funkcionalna - tj.
da svaki komad i slovo u genomu, sa moda malim izuzecima, nosi u sebi nekakvo
znaenje.
Ovo slijedi iz tadanjeg razumevanja evolucije: poto prirodna selekcija eliminie
nepotrebno ulaganje energije, za oekivanje bi bilo da se nepotrebni dijelovi
genoma rapidno uklanjaju.
Tipovi nekodirajue DNK

Cis i Transregulacijski elementi

Introni
Pseudogeni
Ponavljajue sekvence, transposoni i virusni elementi
Telomera

Nekodirajue DNK sekvence, u genomici i srodnim podrujima genetike,

komponente su DNK organizma koje ne kodiraju proteinske sekvence. Koliina
nekodirajue DNK uveliko varira meu vrstama.
Na primjer, vie od 98% od ljudskog genoma je nekodirajua DNK, dok je u toj
kategoriji samo oko 2% tipskog bakterijskog genoma.
U poetku, bioloka funkcija velikog dijela nekodirajue DNK je bila nepoznata, pa je
ponekad nazivana junk DNK.
Kao takva je poznata je ve decenijama, sve dok naunici nisu nali da su mnoge
nekodirajue sekvence funkcionalne, ukljuujui gene za funkcionalne RNK
molekule, predake sekvence i replikaciju, centromere i telomere.
Ovo oekivanje, meutim, je samo donekle tano.
Naime, tano je da geni koji prestanu da budu upotrebljivi (tj. geni na koje vie ne
postoji selektivni pritisak) mutiraju i polako nestaju iz genoma.
Evolucija, takoe, polako eliminie velike regione unutar genoma koji se sastoje od
neupotrebljive sekvence.
Meutim, postoje dvije osnovne sile (i gomila malih sporednih stvari) koje se protive
ovom trendu u kraim periodima vremena.

Prva je mejozna rekombinacija.

Naime, u sjemenim elijama se odigrava proces u kome se dvije kopije svakog
hromozoma (jedan od majke i jedan od oca) postave paralelno jedan sa drugim, i
onda se izmeu njih razmijene dijelovi DNK koji su dovoljno slini.
Ovo je pravi razlog zbog koga uopte i postoji seksualna reprodukcija - ovaj proces
omoguava bre kombinovanje pozitivnih mutacija i poveava genetsku
raznovrsnost vrste (poveavajui time otpornost prema bolestima i parazitima).
Brisanja degenerisanih dijelova genoma mogu da ometaju ovaj proces - recimo, ako
je jedan hromozom izgubio veliki dio, ak iako je taj dio danas neupotrebljiv, ovo
moe da sprijei mejoznu rekombinaciju sa hromozomom koji nije izgubio taj
fragment, i da time minira proizvodnju sjemenih elija koje bi taj gubitak prenjele u
budue generacije
42% ljudskog genoma je apsolutno transpozonsko smee.
Ovdje nema govora o nekoj skrivenoj funkciji, neemu to jo ne razumijemo, ili
nekoj dalekoj mogunosti da tu "ipak ima neega".
Za retrotranspozone vrsto znamo da nemaju nikakvu bioloku funkciju, i da
predstavljaju ostatak davnih retrovirusnih infekcija.
Recimo, oko 11% ljudskog genoma se sastoji od preko milion kopija jedne iste
retrovirusne sekvence duge 300 baznih parova.
Ove sekvence, zvane "Alu," i dan danas skakuu sa mjesta na mjesto, i povremeno
dovode do oteenja i genetskih bolesti.
Priblino 10% ljudskog genoma ine procesirani pseudogeni.Radi se o duplikacijama
postojeih gena koje su proizvedene kroz akciju transpozaza.
Neki od ovakvih gena su vjerovatno funkcionalni, ali velika veina njih svakako
nije.Moemo ovdje rei sa visokim nivoom sigurnou da je od tih 10% maksimalno
1% ukljuen ak i u neke najbljee funkcije (i to uz veliko pretjerivanje) do sada
otkrivena funkcionalnost je oko 0,01%).
Dodatnih 20% ljudskog genoma su neprocesirani pseudogeni. Ovdje spadaju
evolucioni ostaci.
Mi u naem genomu imamo nekoliko hiljada takvih polu-unitenih gena, koji polako i
dalje mutiraju i propadaju.
Opet, vjerovatno je da e se meu ovim pseudogenima nai bar nekoliko koji su
ouvali nekakvu bioloku funkciju; ali danas moemo veoma sigurno rei da je od
gornjih 20%, manje od 1% moda ukljueno u bilo kakve funkcije, dok je ostalo
potpuno nefunkcionalno.
Na kraju, manje od 2% genoma ine sami geni, kojih kod ovjeka ima oko 25000.

Na emu nas ovo postavlja?

Oko 9-10% ljudske DNK je sigurno funkcionalno. Ova cifra je vjerovatno vea, i moe
ak (u maksimalnom sluaju) biti i 20%. Ali ostatak ljudskog genoma, preostalih
80%, su akumulirani transpozoni i ostaci evolucije, smee koga se ne moemo
otarasiti - uglavnom zbog problema sa mejozom koji bi tako nastali.
Otud, u posljednjih deset godina, naunici sve vie koriste izraz "nekodirajua DNK."
Pseudogeni se zovu pseudogeni, transpozoni transpozoni, i izbegava se pakovanje
svih ovih elemenata u jedan paket, kao to je "otpadna DNK.
Moemo da se nadamo da e korienje preciznije terminologije dovesti do boljeg
razumevanja predmeta u javnosti.
Pseudogeni
Pseudogeni su nefunkcionalne kopije veoma nalik normalnim genima,u odnosu na
koje su neznatno izmjenjeni, usljed ega se ne eksprimiraju.
Razvijen je metod za preliminarne analize procesovanih pseudogena u humanom
genomu koji predstavlja polaznu taku u rasvjetljavanju evolutivnih sila koje
uzrokuju inaktivaciju gena.
Opte strukturne karakteristike procesovanih pseudogena su poly(A) rep na 3' kraju,
direktni ponovci na krajevima sekvence i manjak regulatornih sekvenci prisutnih u
funkcionalnoj kopiji. Procesovani pseudogeni su rezultat retrotranspozicije a
neprocesovani pseudogeni nastaju segmentnom genomskom duplikacijom.

Slika.1 Illustracija mutacija koje mogu iuvjetovati pseudogene ljudska

sekvenca pseugogena u
olfaktornoj familiji. impanzina sekvenca je
funkcionalni ortolog. Kljune razlike su zasvijetljene.

Identifikovano je 2909 regiona koji najverovatnije predstavljaju pseudogene.

Onesposobljeni geni su unitarni pseudogeni.
Razne mutacije gena mogu zaustaviti njegovo
funkcioniranje, transkripcije do translacije, a gen moe postati nefunkcionalan ili se
deaktivirati ako se takva mutacija fiksira u populaciji.
To je isti mehanizam kojim neprocesuirani geni postaju deaktivirani, ali je u ovom
sluaju razlika u tome to gen nije dupliran prije nego to postane onemoguen.
Pseudogeni mogu zakomplicirati molekulsko-genetika istraivanja. Na primjer,
istraiva koji eli da umnoi gen PCR lananom polimeraznom reakcijom moe
istovremeno amplificirati i pseudogene koji imaju sline sekvence. Ovo je poznato
kao PCR bias ili pojaanje "pristranosti".
Slino tome, pseudogeni se ponekad ispoljavaju i kao geni
u genomskim sekvencama. Procesuirani pseudogeni esto predstavljaju problem za
predikcijske programe, jer se esto, a pogreno, identificiraju kao stvarni geni
ili egzoni.
Predloeno da je identifikacija procesuiranih pseudogena moe poboljati
tanost metoda predikcije (predvianja) gena.
Takoer se pokazalo da ishodine sekvence koje dovode do procesuiranja
pseudogena gube potencijal kodiranja bre od onih koji su doveli do nerealiziranih
pseudogena.
U familijama gena koje kodiraju proteine ukljuene u translaciju i jedarnu regulaciju
je uoen visok stepen retrotranspozicije, koja rezultira bilo tzv.genima bez introna
bilo pseudogenima, to se vjerovatno odraava na rastuu transkripcionu aktivnost
ovih gena.
Pseudogeni koje proizilaze iz genomskih ostataka, genomskg dupliranja ili ostataka
inaktiviranih gena su bezprocesuirani pseudogeni.
Dok Dollo zakon ukazuje na to da je gubitak funkcije pseudogena vjerojatno trajan,
zaleeni geni zapravo mogu zadrati funkciju za nekoliko miliona godina, a mogu
se "reaktivirati" u protein-kodirajue sekvence i znatan broj pseudogena aktivno se
transkripuje.
Pretpostavlja se da se pseudogeni mogu promijeniti bez evolucijskog ogranienja i
da, odreenoj vrsti, mogu posluiti kao koristan model odravanja frekvencija
razliitih spontanih mutacija.

LITERATURA

Vukoslava Dikli, Marija Kosanovi, Jovanka Nikoli, Smiljka Duki, Biologija sa

humanom genetikom Medicinska knjiga, Beograd, 1997.
http://www.teorijaevolucije.com/junk_DNA.html