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BIOCHIMIE

Introduction
Définition : La biochimie est l’étude des constituants de la matière vivante et de leurs réactions. l’étude des réactions chimiques (complexes et catalysées) donnant naissance à la vie. Vie = agencement de molécules inertes (ADN…) en un édifice capable de se reproduire. ensemble de réactions chimiques coordonnées d’une grande complexité. Caractéristiques fondamentales de la chimie des être vivants : Présence de macromolécules Présence d’enzymes (catalyseurs très spécifiques) : extraordinaire efficacité et spécificité : Réaction totale avec un rendement de 100% du produit nécessaire + accélération de la réaction Les enzymes fonctionnent de manière coordonnée régulation et rétrocontrôle possibles. Grande organisation de la cellule : tout est fonction des structures de la cellule, les réactions dépendent de l’endroit où elles se déroulent (ex : respiration membrane de la mitochondrie). Système ouvert : échanges de matières et de chaleur (énergie) avec l’extérieur ∆E = ∆H – T∆S, ∆E<0. Le matériel génétique est commun à tous les être vivants : malgré une grande diversité des êtres vivants, il existe des mécanismes communs (même schéma de fonctionnement chez tous les être vivants), mais avec des variantes spécifiques pour les différents groupes. (ex : le même métabolite, l’isoprène, sert à la constitution du caoutchouc chez l’hévéa et du stérol chez l’homme).

Constitution des être vivants : Les êtres vivants sont constitués d’une sélection des différents atomes contenus dans la croûte terrestre. Croûte terrestre : O : 47% Fe : 4,5% Si : 28% C,H,N : 1% Al : 7,9% Espèce humaine : H : 63% O : 25,5% C : 9,5% Problème de l’origine de la vie : Pourquoi l’être vivant s’est-il construit à partir du C alors que Si est beaucoup plus abondant dans la croûte terrestre ? - Le C a de nombreuses possibilités d’interactions avec O, H, N. (id pour Si) - Le C peut faire des liaisons avec lui-même tandis que Si-Si est instable en milieu aqueux (formation de silicates). N : 1,6% Ca, Cl, P <1%

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Comment la vie est-elle apparue ? Quand la vie est apparue sur terre, l’atmosphère était constituée de H2O, NH3, CH4, H2 + présence de décharges électriques (orages). En 1953, Stanley Miller reconstitue ces conditions in vitro, et, après une semaine, constate l’apparition de : - gaz (CO, CO2), restes de gaz présents au départ - molécules organiques typiques des cellules vivantes : o acide acétique (CH3COOH) o acide lactique, succinique o acides aminés, éléments constitutifs des protéines (COO--RCH-NH 3+) Il y a eu passage spontané de molécules organiques à des molécules organiques plus complexes intervenant dans le processus de vie. Par associations, complexifications progressives, on est arrivés aux molécules qui ont donné la vie. Il y a différents types de molécules dans une cellule vivante : Ex : E. Coli : H2O : 70% Protéines : 15% Lipides : 2% Acides nucléiques : 7% Molécules diverses : 2% Glucides : 3% Ions : 1%

Chapitre 1 : L’eau
L’H2O est un élément déterminant dans le fonctionnement des organismes (de 60 à 70% de leur constitution) ; elle est nécessaire à leur vie. Pour une réaction, il faut toujours 35g d’eau/kg corporel par jour. Propriétés : C’est une molécule polaire, l’O est très électronégatif, il a tendance à attirer les électrons de la liaison OH (angle de 104,5°). Les forces intermoléculaires puissantes qui existent dans l’H2O sous sa forme liquide sont dues à une distribution particulière des électrons dans la molécule. Chacun des 2 atomes H échange une paire d’électrons avec l’atome O. Cette disposition des électrons dans la molécule lui donne son asymétrie. L’O, le plus électronégatif, tend à attirer un électron célibataire des atomes H laissant leurs noyaux dépourvus d’électrons (charges + et – apparaissent). Ainsi, bien que la molécule d’eau n’ait pas de charge nette, elle forme un dipôle électrique. Quand deux molécules d’eau se rapprochent l’une de l’autre, une attraction électrostatique se crée entre les charges partielles négatives de l’O d’une molécule d’eau et les charges partielles positives de l’H d’une molécule d’eau voisine. Ceci s’accompagne d’une redistribution des charges électroniques dans les deux molécules, ce qui augmente de façon importante leur interaction. Ce type d’interaction électrostatique qui possède une faible composante covalente est appelée liaison H. En raison de la distribution presque tétraédrique des électrons autour de l’O, chaque molécule d’eau tend à former des ponts H avec 4 molécules d’eau voisines. C’est cette propriété qui est responsable de la très grande cohésion interne de l’eau liquide. Les liaisons H sont beaucoup plus faibles que les liaisons covalentes. Elles se forment dans toutes les phases.

3 La T° de fusion glace-eau est très élevée. Les petites différences de nombre de liens H entre la glace (100%) et l’eau liquide (80%) paraissent surprenantes lorsqu’on compare la rigidité de la glace à la fluidité de l’eau liquide. En fait, dans l’eau liquide, les ponts H se font et se défont à très grande vitesse (vie de chaque liaison : 10-5s). L’eau peut réagir avec toutes sortes de molécules qui contiennent des fonctions organiques (ponts H entre les molécules d’eau et ces molécules). C’est un bien meilleur solvant que la plupart des liquides courants. Beaucoup de sels cristallisés et d’autres composés ioniques se dissolvent aisément dans l’eau, mais sont presque insolubles dans les liquides non-polaires tels que le benzène ou le chloroforme. Une deuxième grande catégorie de substances aisément solubles dans l’eau est représentée par des composés non ionisés, mais polaires, ces composés sont hydrophiles :

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Leur solubilité est due à la propension des molécules d’eau à contracter des ponts H avec des groupes fonctionnels polaires : hydroxyles de sucres ou d’alcools, oxygène du carbonyle, des aldéhydes ou des cétones. Si une molécule possède une de ces fonctions, elle est soluble dans l’eau (hydrophile). Une molécule possédant une chaîne aliphatique (une longue chaîne carbonée) est hydrophobe. L’eau disperse également de nombreux composés contenant des groupements apolaires (hydrophobes) sous forme de micelles, pourvu que ces composés contiennent aussi des groupements fortement polaires. Ce type de composés sont des composés amphipathiques (ex : oléate de sodium, savon). Phénomène de solubilité des sels dans l’eau : NaCl Na+ + Cl- car Na+ peut réagir avec le dipôle de l’eau, Na+ s’entourant d’eau : solvatation.

Chaleur de vaporisation de l’eau : 540 cal/g à 40°C. Elle est très élevée : l’eau à un rôle de régulateur thermique important et nécessaire pour le bon fonctionnement des enzymes. Exemple : dissipation de 1000 cal T° d’un corps contenant un litre d’eau augmente de 1°C. S’il évapore 2g d’eau sa T° retombe de 1°C principe de la transpiration.

Chapitre 2 : Les lipides
Les lipides sont, par définition, des composés insolubles dans l’eau et solubles dans des solvants non polaires (ex : benzène, tétrachlorure…). Ce sont les graisses et les huiles. Classification : * Saponifiables : lipides dont on peut faire l’hydrolyse par une base forte pour donner un sel d’acides gras (le savon). - contiennent très peu de groupements polaires, peu d’interactions avec l’eau : glycérides, cérides… - contiennent des groupements polaires, interactions avec l’eau : phospholipides, sphingolipides…

Terpènes Prostaglandines Stéroïdes I. en général on les retrouve surtout à l’état estérifié. Glycérol (ou trialcool) : .Plus de 100 groupes sont synthétisés naturellement. Les glycérides : Ester du glycérol et d’acides gras (1 à 3). selon que la liaison est cis (donne un coude) ou trans. La chaîne peut prendre deux configurations différentes.Les acides gras se distinguent entre eux par la longueur de leur chaîne carbonée (généralement comprise entre 4 et 36 C) et par leur degré d’insaturation (nombre et position des doubles liaisons). mais il peut exister des C=C à d’autres endroits. Une préparation d’acides gras saturés forme un solide à une température supérieure à celle des acides gras insaturés de même nombre de C. Les lipides saponifiables : Possèdent au moins 1 acide gras. .1°C : solide à température ambiante Palmitoléate (16C).5°C : liquide à température ambiante A l’état libre. Ex : saturé : pas de double liaison : insaturé : - - Dans les acides gras insaturés. A. -0. Acide gras : R : longue chaîne carbonée hydrophobe.4 * Non saponifiables : la molécule ne possède pas de chaîne d’acides gras. la position de C=C est souvent entre le 9è et le 10è C. Il existe deux fois plus de lipides insaturés que de saturés dans la nature. Presque tous les acides gras ont un nombre pair de C. 63. . Ex : Palmitate (16 C). on ne rencontre les acides gras qu’en très petites quantités. fonction acide : tête hydrophile.

les autres. R2.5 L’estérification d’un alcool et d’un acide donne un ester + de l’eau.Propriétés du savon : formation de micelles (têtes polaires=sels d’acides gras). R3) sont différents. C’est très important d’un point de vue biochimique puisque les molécules ont des propriétés différentes selon qu’elles soient L ou D. on a un C asymétrique. est très variable à cause de l’extrême liberté de rotation des simples liaisons. mixtes. Triglycérides : Si les 3 acides gras (R1. R3) Triglycéride + 3H20. D’autre part. Saponification : clivage de la liaison ester. Explication de l’existence de graisses ou d’huiles à T° ordinaire : La conformation des acides gras saturés. . donc libération d’un acide gras. les acides gras insaturés présentent une ou plusieurs angulations rigides dues aux doubles liaisons. Les triglycérides sont peu solubles dans l’eau et ne tendent pas spontanément à former des micelles stables car ils n’ont pas d’extrémité polaire. Graisses : saturation Grande possibilité d’interactions de VdW (à courtes distances) entre chaînes hydrophobes. Les graisses vont réagir avec les chaînes hydrophobes et devenir solubles élimination des graisses. triglycéride + base forte glycérol + savon (sels d’acide gras). Les triglycérides se distinguent les uns des autres pas la nature et la position des 3 acides gras qui estérifient le glycérol. dont la chaîne hydrocarbonée est flexible. ROH + R´COOH R´COOR + H2O Glycérol + 3 chaînes d’acides gras (R1. Les triglycérides représentent la famille des lipides la plus abondante et forment un matériel de réserve chez les animaux. R2. Ceux qui comportent le même acide gras sur les trois positions du glycérol sont appelés triglycérides simples. solide (animal ou végétal) .

Ce sont des formes de réserve et de transport des métabolites énergétiques. Ex : graisse de laine : lanoline cire d’abeille : ester palmitique d’alcool gras cire des feuilles : ester d’acides gras et d’alcools. On a 80% d’acides gras insaturés. une des fonctions alcool primaire du glycérol (en R3) est estérifiée par de l’acide phosphorique et non par un acide gras. Chauffées. donc moins de cohésion entre les molécules. des feuilles et des fruits chez les végétaux (cuticule). Elles sont très abondantes dans le plancton (matériel de réserve). Elles assurent un rôle de protection à la surface de la peau.Ils jouent un rôle de protection à la surface de beaucoup d’organismes (phoques. Les phospholipides (phosphoglycérides. Chez les animaux. pingouins…) B. les cires sont molles et souples. composés non polaires. C. Constituants majeurs et caractéristiques des membranes cellulaires. mais elles durcissent en refroidissant. les triglycérides sont accumulés sous forme de goutelettes dans des cellules spécialisées. résultant de l’estérification de monoalcools gras à longues chaînes (16 à 34 C) ou de stérols par des acides gras supérieurs (14 à 36 C). 1ère estérification : ( à pH 7. on en trouve très peu ailleurs dans les cellules. les adipocytes. Dans les phosphoglycérides. Rôles Biologiques : Les glycérides présentent plusieurs fonctions biologiques importantes : .6 Huiles : insaturations Interactions de VdW diminuées par de mauvais contacts entre plusieurs chaînes. . de la fourrure (laine) et des plumes chez les animaux. le phosphate est ionisé) 2ème estérification : (avec deux acides gras dont la chaîne contient 16 à 18 C .Ils contribuent à la structure des membranes cellulaires. liquide (graisse végétale). . Les cérides : Ce sont les cires. il en existe avec des insaturations) . glycérophospholipides) Alcool + phosphate.

Une troisième estérification nous donne les 6 phosphoglycérides majeurs des végétaux supérieurs et des animaux. le glycérol est très hydrophile et ses dérivés aussi. * Phosphatidylcholine : Choline = Triméthyléthanolamine Estérification au niveau de l’alcool de la choline. La lécithine est ajoutée au chocolat ou aux préparations pour donner un aspect onctueux. ce qui nous donne un cardiolipine. Les hydroxyles des 2 glycérols externes sont estérifiés par des acides gras. C’est une famille de molécules différentes selon les acides gras. Ils sont des constituants de la membrane. . Nous avons : * Phosphatidyléthanolamine : CH3-CH2OH éthanol NH2-CH2-CH2OH éthanolamine Encore appelée céphaline .7 C’est un intermédiaire de la biosynthèse des phosphoglycérides. Estérification du groupement alcool de la sérine au niveau du phosphate. ceci constitue une famille de lipides rencontrés en grande quantité dans les membranes des cellules du cerveau et qui ont en général un rôle important dans toutes les membranes cellulaires. * Phosphatidylsérine : Sérine = acide aminé possédant un groupement alcool. * Diphosphatidylglycérol : Il s’agit de 2 phosphatidates liés entre eux par un glycérol. Le squelette de la molécule de cardiolipide est formé de trois molécules de glycérol associées entre elles en 13 par des liaisons phosphodiesters. C’est un élément majeur dans les membranes internes des mitochondries. molécule présente dans les membranes cellulaires et notamment dans le cerveau. * Phosphatidylglycérol : Attention. Il a été découvert et isolé dans le muscle cardiaque riche en mitochondries. Encore appelée lécithine . d’où son nom.

mais l’acide gras se fixe sur la fonction amine.ce sont d’importants constituants des membranes cellulaires. .Sphingolipide dérivé de cette forme : * la sphingomyéline : C’est le résultat de l’estérification du groupement 1-hydroxyl du céramide par de la phosphorylethanolamine ou de la phosphorylcholine.1 molécule de sphingosine .8 * Phosphatidylinositol : Estérification sur un polyalcool cyclique. . La céramide est une intermédiaire dans la formation de tous les sphingolipides. tant animales (cerveau. Les gaines de myéline sont détruites suite à un défaut dans la production de sphingomyéline. représente le squelette carboné. il y a formation d’une liaison amide.La dihydrosphingosine : . Inositol = Cycle de 6 C.ils contiennent 3 constituants fondamentaux : . Les sphingolipides : Aminoalcool + acide gras. . la vitesse de conduction est donc plus grande. Le phosphatidate est lié à l’alcool cyclique au niveau du C1.La céramide : Cette fois. Maladie : la sclérose en plaque. On ne le trouve pas tel quel dans la membrane. il n’y a pas estérification entre l’acide gras et l’alcool.lipides complexes dont la sphingosine. Une gaine de myéline se forme et permet un isolement électrique. tissus nerveux) que végétales.1 extrémité polaire . La sphingomyéline est très importante au niveau du cerveau. . . D.1 molécule d’acide gras (longue chaîne hydrophobe) . c’est un élément majeur des membranes entourant les fibres nerveuses. .La sphingosine : Alcool aminé ou amino-alcool. Certains dérivés de la céramide sont construits par association avec un phosphate sous forme d’ester au niveau del’alcool.lipides polaires et saponifiables . ou un aminoalcool.

Implication des lipides saponifiables dans les membranes : Triglycérides : cires : non polaires Phosphoglycérides et sphingolipides : polaires Ces lipides contiennent une partie hydrophile et une partie hydrophobe (voir photocopie table 12. D-galactose. Structure des membranes cellulaires : La membrane cellulaire est constituée d’une bicouche lipidique.9 . La membrane est asymétrique.2).N acétylneuraminique (NAN) E. les conformations spatiales des lipides polaires sont fort proches. Ces lipides sont différents selon leur position (interne ou externe dans la membrane). un au moins est un ose portant une fonction acide. Ces oses peuvent être de type : . . Les plus simples sont des cérébrosides : leur groupement polaire est un ose lié par une liaison β-osidique à l’hydroxyle libre du céramide. N-acétyl-D-galactosamine Les cérébrosides sont des molécules qui sont par exemple impliquées dans des mécanismes de reconnaissance entre cellules. Il n’y a pas estérification mais interaction directe entre cet alcool et l’alcool de l’ose (avec élimination d’eau) : liaison osidique. * Glycosphingolipides acides = GANGLIOSIDES Ils possèdent des sucres acides.N acétyl galactose . Différents oses : D-glucose. La membrane est une mosaïque fluide : les lipides bougent horizontalement. Malgré des formules chimiques très différentes. Ils ne possèdent pas de groupement PO4. Plusieurs de leurs oses (récepteurs hormonaux) peuvent se lier entre eux .Dérivés de la céramide ne comportant pas de groupe phosphate : * Glycosphingolipides neutres = CEREBROSIDES Il s’agit de sphingolipides comprenant à leur extrémité polaire un ou plusieurs résidus osidiques (polaires).galactose + acide . Ils composent 6% des lipides du cerveau.

. .Elle contient du cholestérol. molécule très rigide qui réduit la possibilité qu’ont les lipides de bouger les uns par rapport aux autres. Les liposomes peuvent aussi interagir avec la membrane cellulaire car ils contiennent aussi une bicouche lipidique. traversant tout) et des protéines extrinsèques (à la surface).Perméable aux molécules hydrophobes polaires (telles que les hormones stéroïdes). Une protéine ayant une partie hydrophile ne peut pas se retourner car elle devrait traverser une zone hydrophobe.80% de lipides dans les gaines de myéline (isolant peu d’échanges). fluide . car il y a des interactions possibles avec la partie hydrophobe qui forme le cœur de la membrane. Il faut fournir de l’énergie à la cellule beaucoup de transports protéines de transport Il y a une gaine isolante peu d’échanges surtout des lipides. coli) Phosphatidyléthanolamine 18% 35% Sphingomyéline 18% 0% Propriétés de la membrane cellulaire : .Flexible. cependant il y a des protéines spécifiques transporteuses d’ions. il y a formation de liposomes : Petites vésicules formées de bicouches lipidiques et contenant de l’eau. La proportion des différents lipides cités est très variable : Ex : Animal Bactérie (Erythrocyte) (E.Contient des protéines intrinsèques (à l’intérieur.Imperméable aux ions car la partie interne est complètement hydrophobe. . Lorsqu’on agite un mélange de lipides polaires et d’eau. . .Très fine (5-6 nm) .Isolant électrique (l’isolation augmente avec la quantité de lipides) .Laisse passer l’eau par effet de concentration même si l’eau a un caractère polaire.10 La proportion de lipides et de protéines est variable (la membrane est spécialisée). Couche étanche (complètement hydrophobe). . .20% de lipides pour les membranes des mitochondries (peu isolant échanges).

. Le passage du rétinol au rétinal se fait par oxydation d’une fonction alcool en aldéhyde. hormone progestative œstrogène (β-oestradiol). le benzène. . le type.). Les lipides non saponifiables : Ils ne peuvent pas être hydrolysés par une base forte pour donner un sel d’acides gras. Cholestérol : Stéroïde animal le plus répandu. A. ce qui permet une excitation par la lumière.i.Lipides solubles dans des solvants non polaires. Exemple : Β-carotène (caroténoïdes) : précurseur de la vitamine A (= rétinol). . un signe précoce de la carence en vitamine A est la cécité nocturne ou déficit d’adaptation à l’obscurité. on distingue les monoterpènes (2 u. les sesquiterpènes (3 u. transfert membranaire d’ions Les stéroïdes diffèrent par le nombre et la position des doubles liaisons. . et la configuration des cycles les uns par rapport aux autres.Il peut être estérifié par un acide gras : à ce moment il est un céride (saponifiable). . leur configuration α ou β par rapport au noyau (fonction de la position du OH par rapport au P du cycle). Les terpènes : Ils ont de longues chaînes carbonées et résultent de la polymérisation d’un hydrocarbure à 5C : l’isoprène ou 2-méthyl 1-3 butadiène.Terminaison en –ol car il y a un groupement OH. Chez les adultes.i. B.Ces sont des dérivés du cholestérol.). les di-tri-et tetraterpènes.C’est un précurseur de nombreux autres stéroïdes animaux : acide biliaire progestérone. . l’éther ou l’alcool chaud. une dégénérescence des reins et de différentes glandes (stérilité…). le nombre et la position des substituants.Il est insoluble dans l’eau mais peut être extrait des tissus par le chloroforme. .11 II.Structure compacte et rigide. elle-même précurseur du rétinal (molécule importante dans le phénomène de la vision). La carence en vitamine A entraîne un développement anormal des os et du système nerveux central. Les doubles liaisons du rétinal sont conjuguées : il y a délocalisation des électrons entre de nombreuses liaisons. Précurseur = composé qui en précède un autre dans une séquence métabolique. Il absorbe donc la lumière sous certaines longueurs d’ondes. hormone sexuelle femelle ou mâle aldostérone. Les stéroïdes : . androgène (testostérone). Suivant le nombre d’unités isopréniques constitutives.

La rhodopsine est formée d’une protéine. Cellules impliquées dans la vision nocturne. ces vésicules servent de récepteurs lumineux. située entre C11 et C12 est sous forme cis. qui modifie la configuration de la molécule n’est pas enzymatique. l’opsine. Environ la moitié du contenu protéique de la membrane de ces vésicules est formée d’hétéroprotéine absorbant la lumière : la rhodopsine. et bien adaptée aux intensités lumineuses élevées. Recevant la lumière. mais pas à celle des couleurs. L’isomérisation du rétinal est suivie d’une série d’autres modifications moléculaires qui entraînent finalement la dissociation de la rhodopsine décolorée et opsine et en trans-rétinal. Cette transformation. La rétine humaine contient deux types de cellules photoréceptrices sensibles à la lumière : . Ce produit contient dans sa chaîne latérale quatre doubles liaisons entre atomes de carbone. Molécules hydrophobes. ces molécules sont donc recourbées sur elles-mêmes.cellules en bâtonnets adaptées à la perception des intensités lumineuses. ce qui provoque le déclenchement de l’influx nerveux.l’absorption de l’énergie lumineuse par un pigment dans les cellules photoréceptrices de la rétine . Il y a beaucoup de liaisons insaturées. . Elle est insoluble dans l’eau et peut être extraite des vésicules par des détergents. Les bâtonnets transforment l’énergie lumineuse en énergie électrique vers le nerf optique par des molécules photosensibles. Quand la rhodopsine est exposée à la lumière (quand un photon frappe le disque). à laquelle est solidement fixé par une base de Schiffe au rétinal. et dont la fonction est altérée par la carence en vitamine A. C.cellules en cône.une initiation de l’impulsion nerveuse . Rôle de la vitamine A dans le cycle de la vision chez les vertébrés : Il y a une séquence de réactions moléculaires impliquant : . . Les cellules en bâtonnets contiennent des vésicules membranaires ayant la forme de disques empilés et disposés parallèlement à la surface de la rétine. la forme aldéhique de la vitamine A. Les prostaglandines : Ce sont des dérivés d’acides gras insaturés (arachidonate) à activité biologique de nature hormonale ou régulatrice.12 Les besoins en vitamine A chez l’homme sont < à 1mg par jour et sont très largement couverts par les légumes verts et jaunes. la liaison 11-cis du cisrétinal subit une transformation donnant ainsi le trans-rétinal. Trois d’entre elles sont sous forme trans et la quatrième. mais purement photochimique.régénération d’une forme sensible à la lumière de ce pigment. sensibles aux couleurs.

ils sont transportés en association avec des protéines et forment ainsi les lipoprotéines. L’aspirine bloque la synthèse des prostaglandines. les plus grosses lipoprotéines (1µm) comportent essentiellement des triglycérides.VLDL : Very Low Density Lipoprotein .VHDL : Very High Density Lipoprotein. les LDL déversent leur cholestérol à l’intérieur de la cellule car ils ont reconnu le signal (point de vue quantité ou affinités avec le cholestérol). Ils transportent les lipides de l’intestin vers d’autres tissus. Sur la surface des cellules absorbant le cholestérol. Ces molécules sont également impliquées dans les phénomènes inflammatoires. . . . Les anti-inflammatoires. Elles véhiculent principalement le cholesterol (libre ou estérifié à un acide gras). Complexes lipides/protéines : C’est le système sanguin qui transporte les lipides dans l’organisme. Le taux de récepteurs est très important : si les cellules ne possèdent pas à LDL. elle dépend des besoins. Etant peu solubles dans l’eau.13 A faible dose. Les chylomicrons. ce qui empêche la synthèse de prostaglandine et diminue donc l’inflammation. le cholestérol se dépose n’importe où (ex :artères : risque d’infarctus). du type « corticostéroïdes ». La quantité de récepteurs n’est pas fixe. elles abaissent la pression sanguine et stimulent la contraction des muscles lisses (au niveau de l’utérus par exemple). énergie de réserve (83%).LDL : Low Density Protein. Classification : Selon la densité plus grande s’il y a plus de protéines et moins de lipides. il y a des récepteurs qui interagissent avec les LDL . empêchent la libération de l’arachidonate. ce qui a le même effet.

. Ils donnent des molécules chirales et des fonctions multiples : o matériel de réserve d’énergie.Ce sont de sucres ou hydrocarbures (hydrates de carbone). Cela permet des dosages de la quantité de sucre. reconnaissance) .les oligoholosides ou oligosaccharides : condensation d’un petit nombre d’oses par l’intermédiaire de liaisons glycosidiques. Chapitre 3 : Les glucides Généralités : . Tous les oses sont solubles dans l’eau car ils comportent des fonctions qui peuvent interagir avec l’eau (groupements polaires).Ce sont les composés biologiques les plus répandus sur terre : o glucose : 50% du C de la biosphère. Ose + aldéhyde = aldose Ose + cétone = cétose De façon générale. carapace des insectes et des crustacés. NB : Les lipides sont dégradés par des enzymes spécifiques : les lipases.les oses ou monosaccharides contenant 3 à 7 C.Contenir des signaux qui régulent les mouvements des lipides particuliers entrant ou sortant des cellules cibles particulières.les polyholosides ou polysaccharides : union de nombreux oses tels que le glycogène ou l’amidon. Dans les pays riches.Avec les protides (matières azotées) et les lipides (matières grasses). .En général.14 Les lipoprotéines ont deux rôles : . de fonctions cétones ou aldéhydes). On divise les glucides en 3 classes de complexité croissante : . . Ose = monomère constituant des glucides. la consommation s’élève à 40kg de saccharose par habitant et par an. . rarement 8. 50% de l’alimentation humaine est constituée de sucres. ils constituent l’ensemble des trois groupes majeurs dont la connaissance est essentielle pour la compréhension des structures biologiques. Leur formule générale est Cn(H2O)n. Les oses sont réducteurs. = 1 molécule de sucre (de 3 à 8 C) + des fonctions organiques particulières (abondance de groupements hydroxyles (alcool).Solubiliser les lipides hydrophobes . des animaux et de nombreux micro-organismes. . une bonne partie de l’alimentation de l’homme.Ce sont les substances biochimiques qui apparaissent les premières au cours de la photosynthèse végétale et ils représentent sous forme de sucre et d’amidon.La photosynthèse permet la formation de ces glucides (matière de réserve) à partir d’H2O et de CO2 (100 milliards de tonnes par an). o chitine : cfr. . chitine…) o ribose et désoxyribose (ARN et ADN) o liens avec les protéines et les lipides (glycoprotéines et glycolipides. . o élément de structure (cellulose. on peut définir les glucides comme des aldéhydes ou des cétones polyhydroxyles.

Les préfixes renvoient à la forme globale de la molécule. à l’arrangement des groupements autour du centre chiral. I. Il s’agit. en l’occurrence de la capacité qu’a une solution d’énantiomère de faire tourner le π de polarisation de la lumière. et plus précisément à la configuration.15 Ex : (1) et (2) ne sont pas des glucides car ils ne disposent chacun que d’un seul groupement hydroxyl. les différences entre les propriétés chimiques et physiques sont minimes. Les oses simples : Ce sont les aldoses et cétoses de 3 à 8 C. D-glycéraldéhyde L-glycéraldéhyde .On les représente en projection de Fischer : * le C le plus oxydé est au-dessus * numérotation des C : le C le plus oxydé est le n°1 * on observe le C asymétrique le plus éloigné : D a le OH à droite L a le OH à gauche Exemple : le D-glycéraldéhyde fait tourner le π de polarisation vers la droite. Les oses peuvent être classés selon le nombre de C de leur molécule : o 3 C : trioses o 6 C : hexoses o 4 C : tétroses o 7 C : heptoses o 5 C : pentoses o 8 C : octoses(rare) Ex : Cétotriose Aldopentose Cétopentose Les oses peuvent posséder un ou plusieurs (n) carbones asymétriques. le L-glycéraldéhyde fait tourner le π polarisation vers la gauche.Les énantiomères sont images l’un de l’autre dans un miroir. . . l’activité optique.Lorsque des composés ne contiennent qu’un seul carbone asymétrique. Ils se différencient toutefois nettement par une propriété physique particulière. Ils possèdent alors 2n isomères optiques ou stéréoisomères qui ont des propriétés biologiques différentes. Rappel : . .

Néanmoins.16 A. Ici. B. Les trioses Glycéraldéhyde (aldose) Dihydroxyacétone (cétose) Pas de C asymétrique pas de configuration L ou D. il y a 2 carbones asymétriques. ils sont tout à fait différents d’un point de vues biologique. . donc 4 stéréoisomè stéréoisomères. Les tétroses * Cétoses : D-érythrulose L-érythrulose * Aldoses : Diastéréoisomère Diastéréoisomère Les L et les D sont épimères deux à deux. c'est dire qu’ils ne se distinguent que par la position de leur OH c'est-à-dire sur le deuxième carbone.

17 C. . donc 4 stéréoisomères. Les pentoses * Cétoses : 2 C asymétriques.

donc 8 stéréoisomères.18 * Aldoses : 3 C asymétriques. .

La même opération avec le glucose ne produit qu’un hémiacétal. α-D-glucose β-D-glucose Glucose : Le C1 est appelé carbone anomérique. ou encore.D si le CH OH est au-dessus du .Haworth n’est pas une représentation spatiale réelle (cfr. dite et . Structure du D-glucose Le glucose est le plus commun des oses. pour donner un hémiacétal.L si le CH OH est en-dessous du si le OH du C anomérique est en dessous du si le OH est au-dessus du . Conventions de la représentation Représentation de Haworth : .caractérisées par des activités optiques différentes. . en présence d’un catalyseur acide. Il existe également 2 formes cristallines du D-glucose. des acétals. Les études de diffraction aux rayons x ont confirmé les indications chimiques d’après lesquelles l’ et le -D-glucose sont des structures contenant 1cycle de 5 C et de 1 O.19 II. La formule du D-glucose définie en projection de Fischer est dite structure linéaire ou aliphatique. On en conclut que la fonction aldéhyde n’est pas libre. Cette structure n’apparaît qu’en solution et en très petite quantité. A. forme chaise ou bateau) Découverte de la structure cyclique du glucose De façon générale. il constitue entre autres l’amidon et la cellulose. Explication : La formation d’un hétérocycle par la chaîne linéaire du D-glucose peut être considérée comme le résultat d’une réaction entre le groupement hydroxyl sur C5 et le groupement aldéhyde sur C1. structure en chaîne ouverte.C et C sont en avant du . Les oses cycliques : 5 C minimum. Les aldoses a) Le GLUCOSE (6C) Aldohexose. les aldéhydes et les cétones réagissent avec les alcools pour former. Il figure à l’état libre dans le sang des animaux et sous forme de polymère.

02% de la forme linéaire.20 Le glucose possède donc un hémiacétal interne. Le glucose possède donc deux formes isomériques différentes. Ces hémiacétals sont appelés anomères (formes isomères des oses qui ne diffèrent que par la configuration du C carbonylé) et le C1 de la forme cyclique est appelé C anomérique. La réaction de passage d’un isomère à l’autre est appelée mutarotation. le C de l’aldéhyde devient chiral. Quand l’ l’α ou du β-D-glucose est dissous dans l’eau. Passage de la forme de Fischer à la forme de Haworth : Tout ce qui est à droite chez Fischer se retrouve en-dessous du plan chez Haworth. la forme linéaire et les deux formes furanose). contient 32% d’α-D-glucose et 68% de β-D-glucose (forme la plus stable) plus 0. Phénomène de mutarotation : =consiste à passer de la forme α à la forme β. qui. c’est-à-dire où il n’y a pas de blocage de réaction. D-glucose Glucose cyclique β-D-glucose(Haworth) . Lorsqu’on cristallise du glucose dans le pyridine ou dans l’eau. il existe un pouvoir réducteur. En conséquence. le pouvoir rotatoire de chacun d’eux se modifie avec le temps et évolue vers une valeur commune pour laquelle [α]d = +52. Cette modification du pouvoir rotatoire est due à la formation d’un mélange des isomères.7° (cela correspond a un équilibre entre les deux anomères. Si la mutarotation est possible. l’ l’α ou du β-D-glucose. donnant naissance à 2 hémiacétals. le cycle s’ouvre (opération lente) et la structure linéaire se forme. à l’équilibre. phénomène limité aux molécules ou le OH du C anomérique est libre. Cette mutarotation se fait nécessairement par l’ouverture du cycle (passage par la forme linéaire). Un équilibre s’établit entre la forme ouverte et les 2 formes cycliques. Cette réaction est réversible. le pouvoir rotatoire est différent. leurs propriétés chimiques et physiques différant : α-D-glucose [α]d = +112° β-D-glucose [β]d = +19° Lorsque les isomères de l’α ou du β-D-glucose sont dissous dans l’eau.

Les cétoses Le FRUCTOSE (6C) Hexose. La forme pyranose est plus sucrée que la forme furanose. B. A chaud. Forme la + simple = furanose Il est également possible de former un dérivé cyclique à 6 C. Anomères à 6 sommets du glucose = glucopyranose Anomères à 5 sommets du glucose = glucofuranose. rq : pas possible de former un cycle stable à partir d’un tétrose. On peut aussi faire un hémiacétal entre le C1 et le C4. Ce sont deux isomères structuraux du glucose. furanose Le ribofuranose est la forme la plus stable (=forme furanose du glucose. Autres aldohexoses Le GALACTOSE et le MANNOSE. On appelle les premiers des cycles pyraniques (6) et les seconds des cycles furaniques par homologie avec les noyaux organiques pyrane et furane. celle présente dans les acides nucléiques. Il est nécessaire de faire la distinction entre des cycles à 5 et 6 sommets. qui est la moins stable). b) le RIBOSE (5C) aldopentose. C. c’est le furanose qui se forme préférentiellement.21 La cyclisation se fait avec élimination d’H2O. Forme la + courante= furanose. mais cette forme est moins stable. D-galactose D-mannose α-D-galactopyranose α-D-mannopyranose β-D-galactopyranose β-D-mannopyranose .

Les osides sont des acétals mixtes asymétriques. Les osides Si on fait réagir du glucose avec du méthanol. Chez les osides. B. b) le LACTOSE Association d’un galactose β et d’un glucose α ou β. Comme il y a mutarotation. Les aldopyranoses réagissent facilement avec les alcools en présence d’un acide minéral pour donner des osides sous les deux formes anomères stables (car pas de mutarotation) α et β. de sorte qu’il peut exister une forme α ou β du maltose. β-D-galactopyranosyl-(1-4). La liaison hémiacétal interne ne peut plus être rompue. Le lactose se trouve à la teneur de environ 5% dans le lait. le C anomère est asymétrique. il existe toujours un pouvoir réducteur. Il s’agit d’une liaison osidique α(1-4). et il n’existe plus de pouvoir réducteur. Les glucosides Ils résultent de l’interaction d’un alcool et d’un alcool de l’ose. Le METHYLGLUCOSIDE : C’est le plus simple (glucose + HCl + méthanol (CH3OH)) β-D-glucose β-D-méthylglucopyranose La mutarotation est abolie car le C anomérique est bloqué par le CH3. β-D-méthylglucose Il n’y a plus de mutarotation possible car le passage à la forme linéaire n’est plus possible. C’est ce qu’on appelle la liaison osidique. résultants de la réaction du C anomère de la forme hémiacétal intramoléculaire ou pyranose de l’aldohexose avec l’hydroxyl fourni par un alcool. La liaison glycosidique est établie entre le C anomère du premier cycle (α) et le C4 du deuxième cycle (α ou β). on obtient un méthyl-glucoside. α-D-glucopyranosyl-(1-4)-α-D-glucopyranose = α maltose Il y a deux carbones anomériques. Les disaccharides ou diholosides Ils résultent de l’association de deux monosaccharides par une liaison glycosidique. Le type de liaison (α ou β) est déterminé par le premier cycle. . le dernier possède donc un carbone anomère libre (à l’extrême droite de la figure). a) le MALTOSE C’est l’association de deux glucoses par condensation entre les fonctions alcools du C1 et du C4 de chaque glucose.β-D-glucopyranose Liaison β(1-4).22 III. A.

5° pour le saccharose [α]D20 = 52. C’est un sucre ordinaire extrait de la canne à sucre ou de labetterave.23 Le C anomérique du glucose est libre. le saccharose n’est pas réducteur. La β galactosidase est un enzyme qui clive le lactose. L’enzyme invertase est capable d’hydrolyser le saccharose. aldéhydique ou cétonique. on parle alors d’inversion du saccharose. est impossible (plus de mutarotation). Il existe donc une seule forme de saccharose : toute forme ouverte. La liaison entre les deux oses se fait par les deux C anomères. c) le SACCHAROSE Association de glucose α et de fructose β (formation d’un acétal). saccharose α-D-glucopyranosyl (1-2) β-D-fructofuranoside Terminaison en –ide car le C anomérique fait partie de la liaison. [α]D20 = 65.7° pour le glucose [α]D20 = -92° pour le fructose Remarque : pouvoir sucrant : o Saccharose : 100 o Fructose : 170 o Saccharine : 40000 . Il peut y avoir mutarotation. Le lactose est donc un réducteur dont l’hydrolyse fournit une molécule de glucose et une molécule de galactose β. De ce fait. mais pas une molécule identique qui aurait une liaison α(1-4).

1. Les polysaccharides Ce sont des substances de poids moléculaire très élevé.matériel de réserve énergétique . Il y a plusieurs centaines de chaînes. Il est constitué de deux homopolymères : l’amylose (15%) et l’amylopectine (85%). L’amylopectine C’est un matériel de réserve qui donne par hydrolyse du maltose puis du glucose. résultant de la polymérisation de plusieurs oses (de 100 à 1000) et de taille très variable. Il y a aussi deux catégories de polysaccharides : les homopolysaccharides (un seul monomère répété plusieurs fois) et les hétéropolysaccharides. elle est constituée d’unités de glucose (glucopyranose) liées entre elles par une liaison α(1-4). Cela peut donner une molécule compacte et mener à la formation de granules. Il y a environ 100 à 300 cycles de α-glucose.constituants de parois cellulaires (végétaux) . . ces chaînes étant réunies selon un schéma ramifié par des liaisons glycosidiques de type α(1-6) à une chaîne principale entourée en hélice (6 résidus par tour d’hélice).lubrifiant de cartilages dans les articulations Il existe deux types de chaînes : linéaires ou branchées (ramifiées). La constitution des chaînes est donc analogue à celle de l’amylose mais la structure d’ensemble de la molécule est beaucoup plus complexe. Il y a environ un embranchement tous les 30 résidus. b) le glycogène Il est analogue à l’amylopectine mais en plus compact. comportant chacune 20 à 25 unités de glucose liées par des liens α(1-4). Il correspond à l’amidon chez les cellules végétales. L’amylose Comme la cellulose. Il est produit et stocké par les animaux pour constituer une réserve énergétique (foie. Les homopolysaccharides (homopolyoside) a) l’amidon C’est un matériel de réserve stocké notamment dans les graines et les racines des plantes.24 C. Rôles : . muscles…).

Les fibres interagissent entre elles par lien H et par des interactions de VdW entre les C. Les α et β amylases hydrolysent le glycogène en libérant du glucose et du maltose.25 Dans les c du foie. La chitine est un homopolymère de N-acétyl-D-glucosamine (glucose modifié) à liaison β(1-4) (semblable à la cellulose). d) la chitine C’est un élément majeur de l’exosquelette (carapace) des insectes et des crustacés. mais cela a pour conséquence la formation de très longues chaînes (10000 glucoses). Ces interactions entraînent rigidité et résistance (bois).β amylase = exoglycosidase : attaque la chaîne par l’extrémité. Ils ont 1poids moléculaire de plusieurs millions. C’est un polymère linéaire du D-glucose en β(1-4). le glycogène se présente sous forme de gros granules qui sont en fait des amalgames de granule +petites composées de molécules uniques. Le type de liaison est la seule différence avec l’amylose. Dans ce cas. c) la cellulose C’est le polysaccharide de structure de la paroi cellulaire le plus abondant du règne végétal (50% du C de la biosphère). Tout comme l’amylopectine. . le glycogène est un polyoside formé de D-glucose en liaison α(1-4).α amylase = endoglycosidase : capable de cliver à l’intérieur de la chaîne. Il est toutefois plus ramifié que l’amylopectine : les ramifications s’insèrent tous les 8 à 12 résidus de glucose par une liaison α(1-6). . fortement ramifiées. Le tube digestif de la plupart des mammifères ne sécrète pas d’enzymes capables d’hydrolyser les liaisons β(1-4). Les fibres de cellulose sont très différentes de l’amidon point de vue structure : chaîne linéaire. du fait de la proximité des groupements. mécanisme utilisé pour récupérer de l’énergie sous forme de glucose. Chez ces derniers. α et β n’ont rien à voir avec le type de liaison clivée. structure plane. la dureté de la carapace provient de l’incorporation de CaCO3 dans la matrice de chitine. et la β amylase se trouve dans les graines d’amidon (système permettant la germination : fournit l’énergie pour le développement). ils n’assimilent donc pas la cellulose (les α et β amylases ne conviennent pas). . capables d’hydrolyser la cellulose en D-glucose (assimilable). Seuls les ruminants utilisent la cellulose comme aliment grâce à des bactéries du rumen qui synthétisent des cellulases. L’ α amylase se trouve dans la salive et le pancréas. L’enzyme amylase est capable de cliver les liaisons α(1-4).

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2. Les hétéropolysaccharides (hétéropolyosides)
Il en existe une très grande variété. a) acide hyaluronique. Il s’agit de l’association d’acide β-D-glucoronique et de β-N-acétylglucosamine par une liaison β(1-3).

Rôle : c’est une substance fondamentale du tissu conjonctif des vertébrés qui se trouve comme lubrifiant dans le liquide synovial des articulations (genoux) et dans l’humeur vitreuse de l’œil. Grâce aux charges, il y a répulsion entre les chaînes et les polymères glissent les uns sur les autres. Les groupements carboxyliques (COO-) lui permettent de se dissoudre dans l’eau en donnant des solutions extrêmement visqueuses. Cette viscosité est contrôlée par le clivage des chaînes grâce à des enzymes spécifiques. b) mucopolysaccharides acides ils sont formés à base d’acide hyaluronique. Ils contiennent 2 types d’oses alternés (répétition d’un groupement de 2oses) dont 1 au moins possède un groupement acide (carboxyl ou sulfurique). Ils sont constitués de sucres possèdant des charges, ils ont un aspect de gel. c) chondroïtines ces polymères peuvent fixer des cations responsables de la calcification. Ils sont généralement associés à des protéines par l’intermédiaire d’alcools. d) eparines Ce sont des molécules très chargées formant des fibres chargées qui interviennent dans les phénomènes de coagulation.

3. Les protéoglycanes et peptidoglycanes
a) protéoglycanes Association d’hétéropolysaccharides et de protéines. Formation de chaînes protéiniques avec des fibres latérales. Parfois, ces protéines se fixent elles-mêmes sur une chaîne d’hétéropolysaccharide. La fixation du sucre se fait au niveau de certains acides aminés qui portent : - des fonctions amides (aspargine, glutamine) - des fonctions alcools (thréonine, sérine)

27 b) peptidoglycanes C’est une armature rigide qui forme la paroi bactérienne sur laquelle viendra se fixer divers organites selon les bactéries. Il s’agit d’une liaison entre des petits peptides et des sucres. Ex : muréine : N-acétyl-D-glucosamide lié en (1-4) à l’acide N-acétyl-muranique. Sa structure résulte de la répétition d’une unité de base, la muropeptide. Les muropeptides sont reliés entre eux par des liaisons peptidiques, ce qui confère à la bactérie une paroi rigide (protection physique). Une ensyme, le lysozyme, présent dans les larmes, clive les liaisons entre les sucres de la muréine ce qui entraîne la destruction de la paroi bactérienne et donc de la bactérie.

Chapitre 4 : Les protéines
Généralités :
Les protéines sont des polypeptides d’origine naturelle dont la masse moléculaire dépasse 5000 D. Cela dépend de toute évidence des acides animés qui les composent. Ces macromolécules sont très diverses quant à leurs propriétés physiques (des enzymes solubles dans l’eau à la kératine des cheveux insoluble, aux écailles et aux cornes…) et remplissent une vaste gamme de fonctions biologiques. Les protéines ont une structure et une taille parfaitement définies et des modifications extérieures peuvent changer complètement leur fonction. Elles possèdent un contenu d’information, l’ordre des acides aminés est important. Il existe entre 20000 et 50000 protéines différentes dans une cellule d’eucaryote. Il y a deux catégories : - les protéines fibreuses, insolubles : -collagène : structure de l’os (avec du CaPO3) -kératine : structure du cheveu, de l’épiderme. - les protéines globulaires, solubles, qui ont le plus souvent un rôle enzymatique : -hémoglobine -lysosyme

Fonctions :
1) Catalyse enzymatique : les enzymes sont des catalyseurs protéiques capables de multiplier les vitesses de réaction par des facteurs allant jusqu’à 1012. 2) Transports et stockage : beaucoup de petites molécules et d’ions circulent dans le sang et sont amenés à l’intérieur des cellules par des protéines auxquelles ils sont liés. Ex : l’hémoglobine est une protéine transporteuse d’O2. 3) Fonctions mécaniques : les protéines remplissent souvent un rôle structural. Une protéine fibreuse, le collagène, présente dans la peau, les tendons, les cartilages, les os, les dents, fournit à ces tissus une grande résistance à la traction. Les membranes enveloppant les cellules et les organites cellulaires sont aussi constitués partiellement de protéines dont le rôle est à la fois structural et fonctionnel. 4) Mouvement : la contraction musculaire résulte de l’interaction entre deux types de filaments protéiques : l’actine et la myosine.

28 5) Protection : les anticorps sont des protéines aidées chez les mammifères par le complément, un complexe de protéines intervenant dans la destruction de cellules étrangères (immunoglobuline). 6) Message : des hormones contrôlent la croissance et la différenciation (cytokines). 7) Antigel : chez des poissons de l’Arctique, certaines protéines n’ont pas d’autre fonction que d’éviter le gel du sang.

Composition des protéines
Les protéines sont insolubles dans les solvants organiques. Si l’on chauffe des protéines dans de l’HCl 6M, leur hydrolyse libère les acides aminés qui les composent. C’est en faisant bouillir de l’os avec de l’HCl puis en milieu basique que les 1er chercheurs ont obtenus de la gélatine, en dénaturant le collagène. Si on continue l’expérience en milieu HCl, on arrive finalement à un acide aminé appelé glycocolle ou sucre de colle (= glycine). (HCl) collagène (base) gélatine (HCl) glycocolle. Os De la même manière, l’hydrolyse de la soie donne de la sérine. Protéine= succession d’acides aminés. Comprendre la structure chimique d’une protéine implique la détermination de la structure de ces acides aminés.

Forme générale de l’acide aminé

Les acides aminés peuvent donc constituer des copolymères par formation de liaisons peptidiques avec perte d’une molécule d’eau. il y a cependant association d’acides aminés L et D. mais c’est très rare. Chacune de ces liaisons peptidiques constitue un pivot autour duquel 2 acides aminés adjacents peuvent tourner l’un par rapport à l’autre. Ex : cystéine + cystéine = cystine . Ces ponts stabilisent la protéine. Dans la muréine.29 On a remarqué que tous les acides aminés contiennent de l’azote. Cette liaison est formée lors d’une réaction de condensation qui exige un apport d’énergie. il y a donc 2 formes possibles : L et D Tous les acides aminés des protéines sont de forme L. mais il n’en existe qu’une seule forme dans la nature). C : asymétrique. Il existe des acides aminés qui possèdent un groupement – CH2-SH (ex : cystéine). Il peut y avoir des groupements entre acides aminés par ponts disulfures. Toutes les protéines sont constituées de séquences linéaires d’acides aminés réunis par des liaisons peptidiques entre la fonction amine d’un acide aminé et la fonction carboxylique de l’acide aminé précédent. R : variable. Cette condensation fait perdre leur acidité ou basicité au groupement carboxyle et amine qui interviennent dans la formation de la liaison. cela justifie la diversité des protéines. Certains acides aminés n’ont pas de C asymétrique (ex : glycine) alors que d’autres peuvent en avoir 2 ou plus (ex : isoleucine. sauf s’ils ont été synthétisés autrement que par les voies de la biosynthèse.

Il est utile de classer les acides aminés selon qu’ils soient : .Chaînes latérales comportant un groupement alcool : (hydrophiles) Sérine :(polaire) Thréonine :(polaire) 4. cf premier schéma) R : 1. La charge portée par l’acide aminé et sa tendance à interagir avec l’eau sont très importantes. Ex : dans le collagène.polaires ou non polaires . Tryptophane : (non polaire) Groupement hydrophobe. 5. Les acides aminés sont généralement hydrophobes . Dans de nombreuses protéines.Chaînes latérales contenant un atome de soufre : Cystéine : -CH2-SH (polaire) .Proline : (la structure complète de l’acide aminé est décrite) 3. Tyrosine : (polaire) Groupement essentiellement hydrophobe. un groupement hydroxyle (OH) vient s’ajouter à plusieurs résidus de proline. certains acides aminés sont modifiés après leur incorporation. Le gros groupement R va avoir des conséquences sur l’orientation.Chaînes latérales à caractère aromatique : (hydrophobe/hydrophile) Phénylalanine : (non polaire) Groupement hydrophobe.30 20 acides aminés différents interviennent dans la synthèse des protéines.aromatiques ou aliphatiques . mais pas lors de la synthèse de la protéine.acides ou basiques Structure du résidu (ou chaîne latérale.Chaînes latérales à caractère aliphatique : (totalement hydrophobe) Glycine : -H (polaire) Alanine : -CH3 (non polaire) Valine : -CH CH3 (non polaire) CH3 Leucine : -CH2-CH CH3 CH3 (non polaire) Isoleucine : -CH-CH2-CH3 CH3 (non polaire) 2. ce qui conduit à des résidus d’hydroproline. certains sont hydrophiles.

(acide) COO.Acides de l’acide aspartique et de l’acide glutamique : Asparagine Glutamine 8.31 Les groupements thiols peuvent faire des liens disulfure entre eux. Méthionine : -CH2-CH2-S-CH3 Pas de ponts. ce qui constitue un élément de stabilité.= fonction carboxylique. Acide aspartique : -CH2-COO.Chaînes latérales à caractère basique : Lysine ( NH+3 = groupement amine ) Arginine Histidine Nomenclature: Acide amine Alanine Arginine Asparagine Acide Aspartique Cystéine Glutamine Acide glutamique Glycine Histidine Isoleucine Leucine Lysine Methionine Phenylalanine Proline Serine Thréonine Tryptophane Tyrosine Valine Symbole à 3 lettres Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val Symbole à 1 lettre A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V . (non polaire) 6.Chaînes latérales à caractère acide : Hydrophiles.(acide) 7. Acide glutamique : -CH2-CH2-COO.

» et une charge « + » en solution proche du pH neutre. la dissociation d’un groupement donné peut avoir de fortes conséquences sur la tendance des autres groupements à se dissocier. une solution d’alanine dans laquelle les 2 groupements sont sous leur forme acide. Or. Dans l’eau. Les acides aminés portent donc à la fois une charge « . illustrent ce phénomène.32 Structure générale: Projection de Fischer pour un acide aminé de la série L : Comportement acido-basique des acides aminés simples De nombreuses molécules biologiques possèdent plus d’un groupement dissociable. Titrage des acides aminés : On peut étudier le comportement dipolaire des acides aminés en examinant leur titration. L’addition de NaOH entraîne des variations du pH dans la solution. on les appelle des zwitterions (ions dipolaires). les 2 charges se trouvent sur . Soit par exemple.69 pKa de l’acide= 2. le groupement carboxyl tend à se séparer d’un proton alors que le groupement amine fixe un proton. Les acides aminés. puisqu’ils contiennent à la fois des carboxyles et des fonctions amines. pKa de l’amine= 9. Ce sont des zwitterions) On peut faire une courbe de titrage des acides aminés.34 pH isoélectrique= point auquel on va commencer à enlever les H+ à l’amine. Dans cet état. (Certains acides aminés ont une troisième fonction ionisable.

alors pH = pKa. On a deux formes en présence. les acides aminés ne migrent pas dans le champ électrique. au fur et à mesure on titre de plus en plus de fonctions. Utilité du titrage : .log Ka pH = pKa . on détermine sa constante de dissociation.log [H3O+] pKa = . un des groupement est presque complètement déprotoné et la molécule ne porte plus de charge nette. on « libère » ces liens. A la suite de l’addition de NaOH.» . ils sont protonés et l’acide aminé est alors un acide diprotique. Exemple : l’alanine Au fur et à mesure que l’on ajoute de la soude. Quand on titre une grande protéine. (1) Au début. H2O + RCOOH RCOO. les deux groupements sont sous leur forme acide.détermination du pKa des acides aminés. .détermination du pH isoélectrique. tous les acides et les bases sont liés par des liens peptidiques. On peut même faire le titrage sur des protéines entières.33 l’acide aminé. on atteint un premier palier qui correspond à la dissociation de l’acide carboxylique. . Si on hydrolyse la protéine. Au pH isoélectrique le nombre de charges « + » est égal au nombre de charges « . En titrant l’acide aminé. ( effet tampon) (2) On a en solution ( effet tampon) Rappel : -COOH = acide faible. donc réaction d’ionisation.+ H3O+ Kéq = KC = [RCOO-] [H3O+] / [H2O] [RCOOH] Ka = [H2O] KC = [RCOO-] [H3O+] / [RCOOH] pH = . c’est le point de stabilisation de l’électrophorèse Chaque acide aminé va avoir une courbe différente. Quand on hydrolyse. Rappel : Peptide = petite chaîne d’acides aminés (~10) Protéine = grand peptide La longueur d’un peptide est très variable (de 50 à plusieurs milliers d’acides aminés).log[RCOO-] / [RCOOH] Si [RCOO-] = [RCOOH]. en fonction du groupement R.

Après un certain temps. . on procède à une chromatographie. On peut progressivement diluer les petites molécules. Structure primaire : A. Tamisage moléculaire (chromatographie) La séparation des protéines selon leur taille peut s’effectuer grâce à l’infiltration sur gel.structure quaternaire : assemblage des sous-unités. Séparation et purification des protéines : Pour déterminer la séquence d’acides aminés. Elles seront donc retenues par une membrane de cellophane qui permet le libre passage de molécules plus petites (membrane semiperméable).structure tertiaire : détermine la forme de la protéine. . elle joue donc un rôle fondamental. tandis que les protéines restent emprisonnées dans le sac C’est une méthode applicable pour les protéines globulaires. Finalement. il y a donc séparation. il est indispensable de purifier la protéine.structure secondaire : hélice α ou feuillet β . Un gel couramment utilisé est le dextran. B. On détermine la structure d’une protéine à plusieurs niveaux : . Les grosses molécules vont plus lentement que les petites. Et on peut effectuer plusieurs fois ce procédé si on place le sac dans un tampon propre.34 Niveaux de structure d’une protéine : Il apparaît que la structure bien propre à chaque protéine définit la fonction de cette même protéine. Comment séparer les protéines des molécules de faible masse molaire ? Par dialyse.structure primaire : détermine la séquence des acides aminés. solubilités différentielles dans divers solvants…). I. taille moléculaire. Les molécules de protéine ont une masse molaire élevée qui dépasse 5000D. on parvient à un degré élevé de pureté grâce à leur affinité spécifique pour certains composés fixés sur un support solide (chromatographie). . les protéines restent dans le sac. La 1er étape de cette purification exige souvent de séparer ces molécules des solutés de faible masse molaire. Comment séparer les protéines entre elles ? a. Cette technique repose sur la diffusion des molécules de protéine à travers les pores d’une matrice de gel placée dans une colonne (tamis moléculaire). Les petites molécules diffusent au travers du sac dans le tampon environnant. A. encore appelée séquence protéique. Cette perméabilité sélective fonde le procédé de dialyse qui consiste à placer la solution (protéines + petites molécules) dans un « boudin » en une sorte de cellophane (sac à dialyse) qu’on plonge dans un grand volume de solution tampon (pH = 7). un polymère du glucose sous forme de très petites billes poreuses. On obtient un certain degré de séparation par des procédés basés sur les propriétés physiques des protéines (charge électrique.

Il y a moyen de retrouver une protéine bien précise. elle s’accroche par interaction électrostatique. Séparation selon la charge globale de la protéine (chromatographie) Il s’agit d’une chromatographie sur un support possédant des groupements chargés à un certain pH.On place dans la colonne un support comportant un système SO3.On s’arrange pour que la charge globale de la protéine voulue soit positive à un pH déterminé.35 b. . Donc. .par exemple. c. Il faut faire en sorte que les molécules sortent de manière séquentielle. Une autre protéine n’est pas positive à ce pH et n’est donc pas retenue ( séparation). Séparation selon la taille et la charge (électrophorèse) C’est un procédé efficace de séparation basé sur le mouvement de protéines électriquement chargée dans un champ électrique (E). et plus elle va être retardée. on aura une séparation selon la taille et la charge. On sait qu’à un pH. aux bornes duquel on soumet une certaine différence de potentiel (ddp). c’est une fonction de la séquence d’acides aminés (voir titrage des acides aminés).et on peut la prélever à la sortie. Ce procédé est valable pour les protéines possédant des chaînes latérales chargées et se base sur le principe de la chromatographie échangeuse d’ions.En faisant varier le pH d’élution. Cette méthode consiste à établir un gel d’une certaine porosité (gel acrylamide). Si on arrête l’électrophorèse. Plus la protéine est grosse. A charges égales. Les protéines se déplaceront en fonction de la charge de leurs acides aminés. . on aura beaucoup plus de petites protéines que de grosses. la charge globale dépend de tous les groupements. la protéine se détache du support SO3. .

leur hydrolyse libère les acides aminés qui les composent. on peut connaître le pourcentage de l’acide aminé par rapport aux autres. Cette méthode repose sur l’interaction électrostatique entre une molécule chargée et une particule stationnaire d’une résine échangeuse d’ions portant une charge de signe opposé. du pH de la solution. Détermination de la séquence des acides aminés : La structure et les propriétés des peptides dépendent de façon importante de la séquence des acides aminés dans la chaîne peptidique. Les liaisons peptidiques sautent. En mesurant la surface en dessous de chaque pic. Profil caractéristique avec position standard des acides aminés. et par conséquent. Ensuite on effectue une chromatographie par échange d’ions (basée sur le comportement acido-basique des protéines. La force de l’attraction entre la molécule et la particule de résine dépend de la charge de la molécule. Si l’on chauffe les protéines pendant 24h à 110°C dans de l’HCl 6M. En 1953.36 B. F. lié au radical R propre à chaque protéine) afin de séparer les acides aminés. on a tous les acides aminés de la protéine. Sanger a déterminé la séquence des 53 résidus (acides aminés) que contient l’insuline. On libère ainsi progressivement les différents acides aminés 20 pics correspondant aux 20 acides aminés. . A) Composition en acides aminés : Il faut déterminer le nombre de résidus de chaque type dans la molécule de protéine (cfr analyse en acides aminés). L’interaction peut être modifiée au cours du processus en faisant varier le pH ou la concentration de la solution saline d’éluant (voir plus haut).

4-dinitrobenzène (FDNB) ou 2-4dinitrofluorobenzène ne réagit qu’avec une amine. Si le 1er acide aminé est par exemple l’alanine (R = H). on peut déterminer l’acide aminé. alors on a du 2. On arrête l’hydryle (si on est dans de bonnes conditions) et on récupère le dernier acide aminé libre (que l’on peut identifier par chromatographie) et la chaîne intacte (n-1 acides aminés). On soumet le tout à une chromatographie et il apparaît un pic à l’endroit correspondant à l’acide aminé fixé au groupement réactif. * 1ère méthode (chimique) Réduction de la fonction COOH en un alcool CH2OH. on peut conclure que la protéine n’est pas pure. On va totalement hydrolyser la chaîne polypeptidique qui a fixé ce système. On va donc pouvoir isoler le premier acide aminé associé au réactif de Sanger. Ce nouveau pic est d’autant plus facile que le dinitrophényalanine est coloré. exopeptidase ou protéase. On a en solution : réactif de sanger Réactif accroché a une protéine. Le réactif de Sanger. On détermine l’acide aminé par chromatographie : les conditions standardisées (T° et pH) permettent de connaître la position des acides aminés ayant réagi dans la distribution des pics. on favorise le clivage sélectif à partir de la dernière liaison peptidique en amont du COOH. Il va y avoir clivage de toutes les liaisons peptidiques mais la liaison C-N entre le réactif et le premier acide aminé est conservé. b) Acide aminé carboxyl (COOH) terminal C’est le dernier acide aminé.a. le nouveau pic = amino-alcool qui migre différemment de l’acide aminé puisque la charge est différent * 2ème méthode (enzymatique) L’enzyme. le lien se rompt et le réactif « pars » avec le premier a. et peut donc servir à l’identification des résidus N terminaux. le fluoro-2. Si on trouve plusieurs acides aminés terminaux par cette méthode. Dés lors.37 B) Détermination des acides aminés terminaux : a) Acide aminé NH2 terminal C’est le premier acide aminé. . Si on prend le carboxypeptidase. Il va servir de marqueur.4dinitrophényalanine. provoque le clivage des liaisons peptidiques terminales. Après hydrolyse et chromatographie.

Il y a clivage de la liaison peptidique adjacente.38 L’enzyme n’agit pas de la même façon (à la même vitesse) sur toutes les chaînes. on forme un cycle qui contient le premier acide aminé + la chaîne restante. Le réactif peut réagir avec le NH2 terminal. Il faut faire au préalable des standards tel que la dinitrophényl-glycine afin de connaître leur position dans la distribution des pics sous de mêmes conditions de température et de pH. C) Détermination de la séquence complète d’acides aminés : méthode d’Edman a) Méthode On fait réagir la protéine avec le réactif d’Edman . ce qui fait que l’on ne peut pas déterminer toute la séquence. on forme un hydantoïne. toutes les liaisons peptidiques restent intactes sauf la première. Si cela se fait dans des conditions ménagées. Le reste de la chaîne est récupérable pour une nouvelle expérience. le phénylisothiocyanate. Il est important de savoir que cette méthode ne fonctionne qu’un . Par chromatographie. on peut ainsi arriver à éliminer acide aminé par acide aminé du côté NH2. On peut récupérer le premier acide aminé de la chaîne car il n’y a pas de clivage. Celui-ci se fixe sur le premier acide aminé et on a un phénylthiocarbonyl. on peut identifier l’hydantoïne . L’hydrolyse est ménagée en condition anhydre mais acide à 100°C. formant une liaison très sensible à l’hydrolyse. De manière récurrente.

. Solution : On forme des peptides d’environ 30 acides aminés par clivage contrôlé de la protéine purifiée. c) Reconstitution du polypeptide On a soumis les peptides à la méthode d’Edman pour déterminer leur séquence d’acides aminés. Comme ces deux acides aminés sont peu représentés. On forme ainsi des peptides bien définis et parfaitement les mêmes pour les mêmes protéines. Il est donc indispensable de trouver des moyens de cliver la protéine de manière spécifique et reproductible.39 certain nombre de fois (~30) car le rendement n’est pas de 100% (95-96%) : certaines chaînes n’ont pas réagi : . De plus.chymotripsine . Mais comme il existe des liaisons plus faibles. la protéine peut comporter des ponts disulfure entre des résidus de cystéine appartenant à des segments différents de la chaîne. On obtient un lactone (homosérine lactone) par cyclisation de la méthionine. * Méthode enzymatique : On fait appel aux enzymes protéolytiques (protéases). Ce risque cumulé devient significatif après environ 30 acides aminés. il peut arriver que la chaîne casse. Ex : . Il est donc opportun de couper d’abord la protéine en fragments plus petits et plus faciles à traiter. On utilise alors du bromure de cyanogène (CNBr) pour cliver la molécule au niveau des méthinonines (aa soufré). Il est difficile de contrôler l’enzyme de manière telle qu’il n’hydrolyse qu’un seul acide aminé. A chaque étape.96% du 2e acide aminé + quelques % du 1er acide aminé . Les réactifs réagissent donc avec deux chaînes qui ne devraient en former qu’une. il existe un risque (limité) d’hydrolyser un peptide supplémentaire ou d’obtenir une réaction incomplète. et il est impossible de réaliser le séquençage en une seule fois. Ces liaisons doivent être rompues pour permettre la poursuite du séquençage. b) Fragmentation spécifique de la chaîne polypeptidique De nombreuses protéines contiennent des centaines de résidus (acides aminés). libérant des –NH2 terminaux. Ceci est un exemple d’intérêt de connaître le pourcentage de chaque acide aminé dans la protéine. à cause de l’incertitude accumulée d’étape en étape. Le problème est maintenant de retrouver l’ordre de ces peptides dans la protéine.trypsine : clive les liens peptidiques en aval (du côté COOH) d’une arginine ou d’une lysine exclusivement. il y a peu de fragments. De plus.pepsine * Méthode chimique : Il n’existe pas toujours tous les 30 acides aminés un acide aminé ad hoc pour l’utilisation des enzymes. on ne doit pas détruire les liaisons à l’intérieur de la chaîne.96% du 1er acide aminé . qui clivent les liens peptidiques à l’intérieur de la chaîne. Les petits peptides obtenus sont séparés par chromatographie. .96% du 3e acide aminé + quelques % du 1er acide aminé + quelques % du 2e acide aminé.

CHE. LA LA RECHERCHE C’EST L’AVENIR d) Ponts disulfures La présence de ces ponts pose problème lors de la détermination de la séquence des acides aminés. Conclusions : .la séquence est cruciale pour la fonction de la protéine. La position des ponts S est déterminée par une méthode que nous ne verrons pas. HEC. et que toute mutation à leur niveau est létale. On a clivé au niveau des E et on a obtenu : NIR. glutamine) * O-oligosaccharides : fixés sur un acide aminé qui possède un groupement alcool (thréonine. sérine).S.il n’y a pas de périodicité dans l’ordre des acides aminés . . REC. RCHE. Les glycoprotéines ont des oses fixés à la chaîne d’acides aminés. Cela prouve que la fonction des histones est très précise.S. et leur position est parfaitement définie. il peut y avoir des modifications après assemblage.S.les chaînes de protéines ne sont pas ramifiées mais linéaires .S. Cette méthode est irréversible. ESTLA. il est parfaitement défini et à priori arbitraire . intra-chaîne. et existence de L.des protéines d’espèces différentes ayant la même fonction ont des séquences analogues mais ne sont pas entièrement identiques (il existe des homologies).les seules liaisons covalentes d’une protéine sont les liens peptidiques et les ponts disulfures (exception : le collagène). Elles jouent un rôle de reconnaissance. L’activité de la protéine est dépendante de la présence des L. et donc beaucoup de protéines de la surface des cellules contiennent des oses. Les glyco-protéines : Les protéines ne sont pas uniquement un enchaînement d’acides aminés. Il faut les cliver avant le séquençage.. Les histones sont une exception ne présentant que très peu d’évolution d’une espèce à l’autre. D. L’oxydation de groupements SH libres à la surface de certaines protéines peut amener 2 molécules à s’associer par covalence en formant un pont disulfure. C. Ces séquences se chevauchent puisque les différents réactifs ne clivent pas au niveau des mêmes acides aminés. CE Puis on a clivé au niveau des A et des C et on a obtenu : VENIR. on fait réagir avec l’acide performique. Pour cliver les L. * N-oligosaccharides : fixés sur un acide aminé qui possède un groupement amide (aspargine. On va les oxyder.40 Il faut pour cela au moins 2 ensembles de séquences peptidiques obtenues par 2 méthodes de clivage différentes. HERC. Ex : insuline : 2 chaînes polypeptidiques liées entre elles par des L. Les cystéines sont oxydées en SO3-. Ex : On a déterminé l’acide aminé NH2 terminal (leucine : L) et l’acide aminé COOH terminal (arginine : R). ce qui permet de retrouver les acides aminés communs (zones homologues). STLAVE. Ce processus est biologiquement néfaste et les cellules possèdent des agents réducteurs pour prévenir ou inverser une telle réaction... . LARE. .

Si on ajoute de l’urée 8 molaires (agent dénaturant) qui rompt les liens H. On fait agir le mercaptoéthanol (HS-CH2CH2OH) qui va cliver les ponts disulfures de manière réversible (pas comme l’acide performique). donc toute activité biologique. La protéine conserve sa forme initiale. Lors de la dénaturation. La modification de la structure entraîne une perte des caractéristiques biologiques de la protéine.Cuire un œuf = dénaturation de l’albumine (irréversible) . la protéine possède une fonction qui lui est propre. Dénaturation des protéines – Structure spatiale : Reployée dans l’espace d’une manière très spécifique. mais elle ne peut jamais créer une activité biologique qui n’existait pas dans la protéine native. les chaînes polypeptidiques restent intactes. Ex : les différents groupes sanguins dépendent d’une différence d’oses. Ces oses font partie de la structure primaire de la protéine.Fromage = dénaturation d’une protéine de lait. La plupart des molécules protéiques ne conservent leur activité biologique qu’à l’intérieur d’étroites limites de pH et de température. Dénaturation = faire perdre à la protéine sa configuration spatiale correcte. donc la structure primaire reste intacte. La dénaturation se fait par des températures supérieures à 50-60°C. et que cette conformation native détermine son activité biologique. II. Expérience d’Anfinsen (1953) : Il montre qu’il y a moyen d’avoir une dénaturation réversible. . la caséine. la protéine perd toute structure. qui précipite en milieu acide (irréversible) Conclusion : Ce qui est important est que la séquence en acides aminés d’une chaîne polypeptidique contient l’information nécessaire pour lui imposer sa conformation native. Exemples : .41 Toutes les protéines exportées sont glycosylées. enzyme qui hydrolyse les ARN (clive les liaisons ester) contient 8 cystéines et donc 4 ponts disulfures qui contribuent à stabiliser sa conformation. Le rôle de l’ose est très important pour la fonction et la spécificité de la protéine. un milieu acide. Ex : la ribonucléase. ce qui est différent du clivage du lien peptidique. un agent dénaturant (l’urée ou un détergent comme le dodécylsulfate de sodium (SDS)) à concentration élevée. La dénaturation des protéines n’est pas toujours irréversible : le reploiement de la protéine peut restaurer une activité biologique (ce qui est très rare).

Cela est dû à la manière dont se fait la synthèse des protéines : pas en un bloc. à partir d’une séquence. et dans ce cas.47 Ǻ C=N : 1. mais acide aminé par acide aminé à partir de l’acide aminé NH2 terminal. de plus. différentes parties de la protéine interagissent et la configuration initiale n’est pas retrouvée. . III. Pauling et Corey furent les 1er à établir que la liaison peptidique est plane et rigide. il y a 8 cystéines. Structure secondaire des protéines : Motifs dus aux interactions à courtes distances entre acides aminés de la protéine. par dialyse. on a donc des plans (liens peptidiques) qui peuvent tourner les uns par rapport aux autres (autour des liaisons C-C et N-C qui ne font pas partie de la double liaison). Si cela l’était.X. Les atomes de la liaison C-O-N-H sont dans un même plan. On retrouve alors une protéine qui possède toutes ses propriétés initiales d’un point de vue configuration et activité. Dans le cas de la ribonucléase. qui est intermédiaire entre une liaison simple et une double. donc 105 (=7. comme la kératine des cheveux et des plumes.42 Anfinsen a fait réagir une protéine dans une solution contenant du mercaptoéthanol et de l’urée. Or. La structure de la kératine est suffisamment régulière pour diffracter un R. Mais on sait que ce n’est pas aléatoire.27 Ǻ Peptidique : 1. avec 10-3 secondes pour assembler 2 acides aminés).1027 années pour constituer une protéine de 100 acides aminés (on estime que 3 directions spatiales sont possibles. donne une configuration spatiale déterminée.6. Ils ont étudié la diffraction de R. compacte. Au niveau de la chaîne polypeptidique. Pour l’expérience d’Anfinsen. et la configuration apparaît au fur et à mesure de la synthèse. On arrive à diluer le mercapto sans diluer l’urée. il faudrait 1. Il existe des formes de résonance. et que. car le caractère de double liaison limite la possibilité de rotation autour de la liaison C-N.3.32 Ǻ ne correspond ni à la liaison simple. La forme initiale correspond à un minimum d’énergie. sont fibreuses et s’organisent en structure linéaire ou en feuillets.X. les ponts disulfures se reforment mais ne sont pas corrects. Expérience de Pauling-Corey (1939) : Pauling et Corey ont travaillé sur des morceaux de protéines (peptides). ce qui a donné une idée de la position et de la distance des atomes les uns par rapport aux autres. mais une seule donne la configuration correcte. en particulier la plupart des enzymes. mais dans beaucoup de cas.5. sur des cristaux de peptides et ont fait des modèles. la protéine se renature. Certaines protéines. presque sphérique. on obtient près de 100% de protéines correctes ! On ne connaît pas le mécanisme qui. D’autres. Il y a donc eu un choix qui s’est fait spontanément pour reprendre sa forme initiale. Longueur des liens : C-N : 1. ce qui produit une liaison pseudo-double.1) possibilité de recombinaison. qui révèle les distances entre les éléments régulièrement répétés du motif de pliage. Il a ensuite laissé la protéine se débarrasser de ses substituants (mercapto et urée). ce qui donne 3100 configurations spatiales possibles. répétitif. s’organisent en une conformation globulaire. ce qui démontre bien que l’information est inscrite dans la séquence de la protéine (il n’y a pas de moule pour former la structure). ni à la liaison double… Il y a donc résonance. sur un schéma de pliage régulier. il n’existe qu’une seule configuration.

avec les radicaux R des acides aminés vers l’extérieur. Certains acides aminés provoquent une stabilisation de l’hélice D’autres rompent la structure (ex :proline) et provoquent un coude dans la chaîne.54 nm. cette molécule ne possède donc pas d’hélice . Ex : des acides aminés aromatiques qui ont une chaîne latérale très volumineuse (ex : la phénylalanine) Ex : une série de charges (peut dépendre du pH) entraînant une répulsion électrostatique (entre charges de même signe). La chaleur (agitation thermique) dénature l’hélice en rompant les liens H. a) l’hélice α: L’hélice est une succession de plans orientés différemment. à pH basique. Par tour d’hélice. La déstabilisation est souvent due à des interactions entre les chaînes latérales voisines. La proline peut se trouver qu’en fin d’hélice car elle a une liaison rigide entre ses groupements amine et acide. Il y a reploiement de la chaîne polypeptidique en hélice.15 nm. À pH physiologique. La distance entre 2 pas de l’hélice est de 0.43 Cette restriction structurale limite à 2formes essentielles les différents motifs de pliage que peut présenter une protéine : structure α et structure β. C’est une hélice droite (à pas droit). entre le groupement –N-H d’un résidu et le groupement –C=O du 5e résidu le suivant dans la chaîne (liaison H tous les 4 aa). L’hélice est stabilisée par un grand nombre de liens H. des résidus sous forme COO.6 acides aminés. tandis qu’à pH acide ils seront sous forme COOH. il y a 3. et il y aura donc une chaîne Le pourcentage d’hélice peut être mesuré par le pouvoir rotatoire. et la distance entre les carbones de 2 acides aminés dans la chaîne est en moyenne de 0. Une chaîne polypeptidique polyglutaminique (constituée uniquement d’acide glutaminique) aura.(qui se repoussent).

on trouve une proline dans le tournant. . ce qui provoque l’existence de tournants dans sa configuration.35 nm.35 nm. très compacte.il y a peu de ponts disulfures. Ces protéines sont généralement insolubles dans l’eau car les chaînes latérales (ala. une tension est maintenue par les ponts disulfures. Lorsqu’on observe la diffraction des RX par un fil de soie (protéine= fibroïne).la structure β réapparaît par refroidissement des cheveux. Rq : Structure de collagène : On la trouve dans les cartilages. .rupture des ponts disulfures par un mercaptant (souvent dérivé du mercaptoétanol). . et à d’autres une structure β. on observe une périodicité de 0. . .35 nm au lieu de 0. les os. On peut trouver les feuillets plissés dans les protéines en feuillets ou globulaires.44 Les hélices α se retrouvent essentiellement dans les protéines fibreuses (ex : kératine. un trop gros groupement R empêcherait la formation de liens H. liées entre elles par des ponts S-S. gly). mais ils ne se refont pas au même endroit à cause de la torsion. . par chauffage. pas de lien Cette structure est maintenue par des liaisons covalentes entre des lysines et des hydroxylysines disulfure.ile. au maximum autorisé par les angles de rotation autour des liaisons C-C et N-C. Souvent.torsion des cheveux par placement de bigoudis. ce qui montre que c’est une forme beaucoup moins compacte. Une protéine peut posséder à certains endroits une structure α. Le passage de la structure β à la structure α est possible. qu’on peut trouver dans les cheveux). De plus. ils doivent donc être petits (ex : ala. .les groupements R sont situés alternativement au-dessus et en-dessous du plan.les liaisons H interviennent entre chaînes polypeptidiques adjacentes et non à l’intérieur d’une même chaîne (chaînes parallèles ou anti-parallèles). .15 nm de la structure C’est la mise en évidence de la structure La structure peut être modifiée pour donner la structure : si on chauffe un cheveu (60°). les dents… Ce n’est ni une structure α ni β. (mais peut exister aussi dans les protéines globulaires) La solidité des fibres est dû au nombre de ponts S-S (ex : carapace des tortues contient 18% de cystéines). b) les feuillets (plans) plissés β : .la distance entre 2 acides aminés est de 0.reformation des ponts S-S par évaporation du mercaptant. mais des hélices organisées de manière caractéristique. la diffraction des RX montre aussi une périodicité de 0.passage de la structure β à la structure α de la kératine par chauffage. Toutefois.la structure en feuillets plissés β est stabilisée par les interactions avec d’autres chaînes. beaucoup plus étendue que la structure en hélice .la structure β est constituée d’une chaîne polypeptidique en extension complète.phe) sont hydrophobes. Ce passage est transitoire Ex : la « permanente » dans les cheveux (minivagues) : . .

45 Les tournants font partie des éléments importants de la structure secondaire. D’ailleurs, lorsqu’on compare deux protéines ayant la même fonction chez deux espèces différentes, les principales ressemblances dans la séquence des acides aminés se trouvent au niveau des tournants. La proportion d’hélices α et de feuillets β est très variable et dépend de la protéine, donc de sa séquence en acides aminés. Ex : ribonucléase, protéine globulaire (124 acides aminés) : 26% α, 35% β myoglobine, protéine globulaire (153 acides aminés) : 78% α, 0% β.

En résumé : La structure secondaire de la protéine consiste en un motif de pliage régulier, répétitif (tels que
les hélices α et les feuillets β), stabilisé principalement par des liens H et S-S entre des groupements peptidiques proches les uns des autres dans la séquence.

IV. Structure tertiaire
La structure tertiaire est le reploiement de toute la chaîne dans l’espace, principalement pour les protéines globulaires. Elle intègre les interactions à courtes et à longues distances. Des acides aminés très éloignés dans la structure primaire peuvent être très proches dans la structure secondaire et donc interagir. Une divergence dans la structure primaire n’implique pas toujours une différence dans la structure tertiaire. La structure tertiaire contient souvent des hélices α, ou des plans plissés β.

* la myoglobine
Protéine globulaire qu’on trouve dans les cellules musculaires et qui fixe l’O2. C’est la première protéine dont la structure tertiaire a été déterminée par diffraction de RX par Kendrew, en 1950. En effet, la cristallisation des protéines est difficile, et le déchiffrage du diagramme de diffraction encore plus. Il a du faire réagir la protéine avec des atomes lourds en des endroits déterminés, et ils ont servi de repères. Il a observé une structure très compacte, comportant 8 segments en hélices α reliés par de courts segments non hélicoïdaux (mais pas des feuillets plissés β). Ces courts segments n’ont pas de structure particulière, mais ils sont très importants, car ce sont eux qui contiennent les coudes qui déterminent l’orientation des hélices α. - la chaîne polypeptidique est formée de 153 acides aminés. - la chaîne se reploie par des tournants (proline). - elle possède un groupement hème (tétrapyrol + Fe²+) dans une zone hydrophobe. C’est donc une hémoprotéine, qui est composée de l’apoprotéine (la chaîne telle qu’elle est synthétisée) et d’un groupement prosthétique (qui vient s’ajouter par après), dans ce cas-ci, l’hème. - tous les groupements non polaires se trouvent à l’intérieur de la protéine et l’essentiel des groupements polaires se trouve à l’extérieur, en contact avec le solvant (l’eau), sauf les histidines qui se trouvent de part et d’autre de l’hème (à l’intérieur). Elles empêchent la fixation intempestive du CO malgré son affinité pour l’hème. Hème : le Fe possède ici 6 possibilités de liaison (6e-) : 4 avec l’hème, et 2, perpendiculaires au plan de l’hème.

46 Ce sont des liaisons coordinatives. Sur l’une d’elles se fixe l’O2, l’autre est le point d’ancrage de l’hème dans la protéine, lié à l’atome de Fe par une histidine (n° 85). La seconde histidine (n° 64) est située de l’autre côté de l’hème mais n’y est pas liée. Elle augmente très fortement la sélectivité de capture de l’O2 par effet stérique. Sur l’hème isolé, le CO se fixe 2500 fois mieux que l’O2. Quand l’hème est dans la myoglobine, la fixation diminue par encombrement stérique dû à la deuxième histidine. Le CO reste donc toxique mais est moins violent (dans la myoglobine, le CO ne se fixe « que » 200 fois mieux que l’O2). L’oxydation de Fe2+ (ferreux) en Fe3+ (ferrique) n’a pas lieu car le contact avec l’eau est empêché grâce à la poche hydrophobe entourant l’hème. En l’absence de la protéine, l’hème libre est très rapidement oxydé par l’oxygène en Fe(III), état où l’oxydation est irréversible. La partie protéique de la myoglobine (sans hème), l’apoprotéine, stabilise l’hème dans l’état Fe2-, lequel est capable d’oxygénation réversible. Remarque : - le pourcentage d’homologie entre la structure primaire de myoglobines d’espèces différentes peut être très différent (lapin-poulet : ~65%), mais les structures tertiaires sont quasiment identiques. En effet, les homologies portent sur les acides aminés des tournants, les différences sur les acides aminés des hélices α. - il n’existe pas de similitudes de structure spatiale entre des protéines différentes qui comportent un hème, car leur fonction est différente et que la structure spatiale détermine le rôle de la protéine (exemple de molécule contenant un groupe hème : les cytochromes).

* Stabilisation de la structure tertiaire :
Le repliement se fait de manière à maintenir les groupements hydrophobes à l’intérieur de la molécule, el les groupements hydrophiles à l’extérieur, en contact avec le solvant. Le pliage d’une chaîne polypeptidique en une structure ordonnée, compacte, s’accompagne d’une forte diminution de l’entropie, ce qui est un désavantage thermodynamique. Le pliage d’une protéine est maintenu par un grand nombre d’interactions faibles, qui agissent de façon coopérative. * Liaisons H (entre acides aminés) -NH --- O=Cdonneur accepteur Energie de liaison : ~10-20 kJ/mole Faible énergie, mais nombreuses liaisons. Une liaison H résulte de l’interaction électrostatique entre un atome d’hydrogène lié par covalence à un atome électronégatif possédant un doublet libre. L’atome d’H est partagé inégalement entre le groupement donneur et l’accepteur. Les liaisons H sont très directives, elles ont une force maximale quand les 3 atomes qui y participent sont alignés. Peuvent facilement être rompues par l’urée (molécule très polaire) par formation d’un lien H entre l’urée et la protéine. Urée :

47 La dénaturation par l’urée rend les molécules insolubles, car les groupements hydrophobes qui étaient à l’intérieur se retrouvent à l’extérieur.

* Liaisons électrostatiques :
Ex : R-COO---- N+H3-R, lien entre glu et lys. Acide base Energie de liaison : ~12-20 kJ/mole * Liaisonss hydrophobes de type Van der Waals : Liaison entre acides aminés possédant des radicaux hydrophobes (val, ileu) Elément principal de la stabilité de la protéine. Energie : ~12-15 kJ/mole. Le pliage d’une protéine en une conformation globulaire compacte préserve les groupements apolaires du contact avec l’eau et ces liens sont donc le plus souvent situés à l’intérieur de la molécule. Les liaisons hydrophobes peuvent être rompues par des agents tels que le SDS (dodécylsulfate de sodium). SDS : CH3-(CH2)10-CH2-O-SO3- Na+

Le SDS fait des liaisons hydrophobes avec la protéine, et lui ajoute donc sa charge négative. La protéine dénaturée est polaire et reste soluble. * Liaisons disulfures : Voir plus haut.

V. Structure quaternaire
La structure quaternaire est la disposition spatiale dans le cas où la protéine possède plusieurs sous-unités. Chaque sous-unité a bien entendu sa propre structure tertiaire.

* l’hémoglobine : (4 sous-unités)
Son rôle est de fixer l’O2 au niveau des poumons et de le véhiculer dans le sang des vertébrés jusqu’aux endroits où il est nécessaire (muscles, cerveau…). Dans l’eau, on peut dissoudre 5ml d’O2 par litre, tandis que dans le sang, on peut dissoudre 250 ml d’O2 par litre ! Structure : 4 chaînes polypeptidiques : 2 sous-unités α et 2 β. Les 4 chaînes sont maintenues ensemble dans une disposition particulière par des interactions covalentes. Le structure tertiaire de la myoglobine, des chaînes α et des chaînes β est très semblable, et elles possèdent toutes trois un groupement hème. Mais en fait, il n’y a que 21 acides aminés sur 150 qui sont identiques. Les acides aminés conservés sont, comme on s’y attend, situés aux tournants. remarque : oxyhémoglobine = hb qui a fixé de l’O2 désoxyhémoglobine = hb sans O2

C’est le cas par exemple dans les muscles lors d’un effort (acide lactique) VI. où il n’y a pas beaucoup d’O2. Il s’ensuit une différence dans la facilité de fixer l’O2 : le premier a une fixation difficile et elle est de plus en plus facile pour les suivants. l’hb du sang cède sont oxygène à la mb des muscles. L’hb est donc une protéine allostérique : l’affinité pour son substrat est modifiée par une interaction à distance du site actif. En altitude par exemple. L’espace qui existe entre les sous-unités est plus important dans la déoxyhémoglobine que dans l’oxyhémoglobine. empêche la fixation du premier O2. Quand l’hb fixe son 1er O2.48 Courbes de fixation de l’O2 sur la myoglobine et sur l’hémoglobine : Les deux protéines sont complémentaires. le corps réagit à la diminution de la pression partielle en O2 de l’atmosphère par une augmentation de la concentration de BPG dans le sang. par sa présence. l’affinité de l’hb pour l’O2 est très faible (courbe sigmoïde). vient se fixer dans ce trou. Rôle des protéines. Aux basses pressions partielles en O2. La conséquence est que. Il favorise la fixation d’O2 aux basses pressions partielles. la structure quaternaire change. Ceci est dû à la structure quartenaire de l’hb. alors que la fixation commence très tôt (hyperbole). le biphosphoglycérate (BPG). dans les muscles. l’affinité de l’hb pour l’O2 diminue. fonctions * Activité enzymatique : . C’est un agent du changement de configuration très important pour le processus. C’est le BPG qui. Il y a rotation des 2 sous-unités α par rapport aux autres et rupture de 8 liaisons électrostatiques. Une molécule. Le pH intervient aussi dans le phénomène : si le pH est acide.

Il existe donc un autre mécanisme que le broyage qui intervient dans la digestion. Summer isole pour la 1er fois une enzyme : l’uréase (qui clive l’urée). avec k. k varie en fonction de la température. elles portent comme nom le suffixe « ase » derrière le nom du substrat attaqué : Une protéine est attaquée protéase Un lipide lipase Un ARN ARNase ou RNase Un ADN ADNase. Pour une réaction A B. Les enzymes peuvent cliver d’autres molécules. Au 18ème siècle. catalyseur de réactions chimiques à l’intérieur de cellules vivantes. k suit la loi d’Arrhénius : k = exp(-Ea/RT). et donc à la spécificité des acides aminés du site actif. qui est la constante de vitesse de la réaction. v = k[A]. et est inversement proportionnel à l’Ea. L’activité des enzymes est liée à la structure de celles-ci. Influence de la température sur la vitesse : . Les enzymes affectent la cinétique (vitesse de la réaction). Leur mise en évidence est assez récente. tandis qu’elle devient liquide si la capsule est percée de trous. 1926. en diminuant l’énergie d’activation (Ea). Dans ce cas. Réaumur étudie le fonctionnement de la digestion : de la viande enfermée dans une capsule en métal ingurgitée par un vautour ressort intacte.49 Enzyme : protéine (mais pas seulement : l’ARN est une enzyme aussi) très spécialisée.

Saturation du site actif: Les réactions enzymatiques sont saturables. Cofacteurs de type inorganique : ions Mg2+. [substrat] = Km Km = constante de Michaelis= elle donne la demi-vitesse maximum pour une [substrat] . Les cofacteurs interagissent au niveau du site actif. NAD+… L’enzyme a un optimum d’activité pour une certaine concentration de cofacteur. car l’hème ne lui est pas attaché. FAD. La myoglobine peut être comparée à un enzyme.50 La température optimale de fonctionnement des enzymes est souvent 37°. et une au-dessus de laquelle la vitesse chute rapidement. . C’est une caractéristique du couple enzyme/substrat. A un enzyme donné correspond un substrat précis (jeu de clé et de serrure). Tant que les cofacteurs ne sont pas dans le site actif. Le pH optimal est dû aux structures primaires. il est incomplet. Spécificité : La spécificité de l’enzyme s’explique par la spécificité des sites actifs. le site actif se trouve à l’endroit où il y a l’hème. Si on rajoute des enzymes. ce qui correspond à une dénaturation de l’enzyme. mais n’en est pas. Na+… Cofacteurs de type organique : coenzymes complexes. Fe2+. Zn2+. la vitesse redémarre. Mn2+. Il y a une vitesse max : A(vmax)/2 . Courbe hyperbolique. La saturation de la réaction est déterminée par la quantité d’enzyme mise en jeu. Toute variation du pH provoque une modification de la structure. Cofacteurs : Les cofacteurs sont des éléments absolument nécessaires à l’activité enzymatique. Influence du pH sur la vitesse : Les différents enzymes sont actifs à des pH spécifiques. Dépendance de la concentration en substrat. Dans ce cas. mais qui ne font pas partie de l’enzyme lui-même. tertiaires. Il y a donc reconnaissance du substrat par le site actif. secondaires. Il existe une température critique. quaternaires. en dessous de laquelle la vitesse est une exponentielle. donc une perte de la fonction enzymatique. Km petit implique une activité élevée. Site actif constitué par un reploiement de la chaîne polypeptidique.

mouvement d’eCes molécules absorbent la lumière de l’UV. Le N9 est le site de fixation de la base sur l’ose. comporte deux grands types de bases azotées : . Molécules aromatiques : doubles liaisons conjuguées.les purines (bases puriques) Les puriques : Elles sont composées de deux hétérocycles (contenant des C et des N). ARN) et le support de l’information génétique (ADN). * le sucre : C’est un pentose : soit du désoxyribose (ADN). Une base est fixée sur l’ose. * les bases L’ADN. .51 Chapitre 5 : Les acides nucléiques (ADN. Notation : les C de l’ose sont notés « ’ » pour ne pas les confondre avec ceux de la base. soit du ribose (ARN). Structure des acides nucléiques Ce sont des chaînes d’oses liés par groupements phosphates. comme l’ARN. Ce sont la guanine et l’adénine. Toute l’information se trouve dans la séquence des bases.les pyrimidines (bases pyrimidiques) . ARN) Les acides nucléiques constituent le matériel génétique (ADN.

qui met en évidence le caractère aromatique de la molécule. La base est une molécule organique. Il y a une tautomérie. Ce sont la cytosine. C’est une liaison β N glucosidique.52 Les pyrimidiques : Elles sont composées d’un seul hétérocycle. ou parfois 3’. l’uracile (exclusivement pour l’ l’ARN) et la thymine (principalement dans l’ l’ADN). Le N1 est le site de fixation de la base. Liaison entre le N9 de la base purique et le C1 du pentose. * Les nucléosides Base + ose. Liaison β N glucosidique * Les nucléotides Ester phosphorique de nucléoside. Exemple de nucléotides : . Le P est en position 5’ de l’ose. Liaison entre le N1 de la base pyrimidique et le C1 du pentose.

Cette absorption est essentiellement due aux bases (cycle aromatique). * anhydride d’acide : liaison entre deux acides. * La liaison phosphodiester Segment d’ARN ou d’ADN = succession de nucléotides liés entre eux par des liens phosphodiesters (liaison entre 2 esters= diester). Ce type de graphique. Extrémité 5’ car 5e carbone qui a la liaison… ( et inversement pour 3’ . Dans l’ADN. Chaque base a un spectre d’absorption caractéristique.et triphosphates. Les chaînes de nucléotides ont une polarité. qui sont tous des nucléotides. est caractéristique des acides nucléiques. Il y a donc stockage d’énergie. il y a 2 chaînes de polarité inverses. On donne toujours la séquence dans le sens 5’-3’. Exemple de ribonucléoside 5’ triphosphate : adénosine triphosphate (=ATP). Absorption de la lumière UV par l’ADN ou l’ARN.53 Il existe également des nucléosides di. C’est un lien plus énergétique que le lien ester. il faut donc définir le sens dans lequel la synthèse se fait (5’-3’). avec un minimum à 230nm et un maximum à 260 nm.

. C’est une méthode brutale. Il y a clivage des liens phosphodiester. Il y a rupture de toutes les liaisons entre bases et sucres. Il reste les nucléosides 2’ ou 3’ phosphates. Les méthodes chimiques : Il s’agit de l’hydrolyse acide ou basique totale de la chaîne en ses composantes par rupture de toutes les liaisons entre les nucléotides.54 * Méthodes pour cliver de longues chaînes d’acides nucléiques : 1. on obtient du phosphate et des bases.3M.L’hydrolyse basique ménagée (ARN seulement) : On traite une molécule d’ARN à 25°C avec une solution NaOH 0. Cette technique permet de séparer l’ADN de l’ARN. . Après l’hydrolyse. Il y a passage par un intermédiaire qui ne se forme que par la présence d’OH sur le C2 (c’est pourquoi cette méthode ne convient pas pour l’ADN).L’hydrolyse acide (ARN et ADN) : On traite un acide nucléique en milieu acide très concentré (HCl 12M). .

.L’exonucléase (ADN-ARN) : Elle clive les liaisons phosphodiesters à l’extrémité de la chaîne. on obtient des nucléosides 5’ phosphates (cas de la phosphodiesterase des venins de serpent). Dans le sens 3’-5’. L’enzyme qui clive l’ARN ne clive pas l’ADN et vice versa.55 2. tandis que d’autres sont spécifiques d’une certaine séquence (endonucléase de restriction). à propos du fait que les virus bactériophages ne s’attaquent qu’à certaines bactéries et pas à d’autres. on obtient des nucléosides 3’ phosphates (cas de la phosphodiesterase produite par la rate). on parle de nucléase : ribonucléase ou désoxyribonucléase. Les enzymes de restriction ont été découverts grâce à l’étude de Mr Arber. les bactériophages ou phages. . Les endonucléases de restriction font partie de du système immunitaire protégeant l’ADN des bactéries contre des parasites. Certaines n’ont aucune spécificité quant à la séquence des bases (ribonucléase et désoxyribonucléase pancréatique). Dans le cas d’enzymes qui clivent un acide nucléique. . Si la chaîne est parcourue dans le sens 5’-3’.L’endonucléase (ADN-ARN) : Elle clive les liaisons au milieu de la chaîne. Les méthodes enzymatiques : Elles sont spécifiques à l’ADN ou à l’ARN ou à l’ADN et l’ARN.

et il retrouve dans son cadavre des S vivants. . En 1933. des groupements méthyles. Elles reconnaissent une séquence particulière de l’ADN du parasite.56 La bactérie se défend contre le phage en fabriquant des enzymes capables de cliver l’ADN de celui-ci. en 1944. et des souches R (ou rugueuses). Une injection de R vivants n’a aucun effet non plus. Alloway constate qu’en culture. on peut transformer des pneumocoques R en S par l’addition d’extraits non purifiés de pneumocoques S. mais pas son propre ADN. ont montré que la même transformation peut être obtenue en ajoutant à une culture de pneumocoques R seulement l’ADN purifié à partir d’une souche S. sont normalement entourés d’une capsule de polysaccharides qui les protège contre les mécanismes de défense de l’hôte. Les pneumocoques. et l’enzyme ne reconnaît plus le site. Par contre. et contribue donc à les rendre infectieux. le site de restriction. Une injection de S morts chez des souris n’a aucun effet. Griffith constate en 1928 que l’injection de S morts et de R vivants est mortelle pour la souris. Un facteur transformant est donc passé des S inactivés aux R et les a transformés en S virulents. son rôle génétique n’a été mis en évidence qu’en 1944 par des études de Mr Griffith sur des bactéries pathogènes. agents de la pneumonie. Ex : dans le cas de EcoRI : Pour empêcher sa propre destruction. C’est souvent un palindrome. Mac Leod et Griffith. Ces quatre hommes ont donc démontré que l’information génétique se trouve dans l’ADN. sur certains nucléotides de son ADN. L’ADN : • Généralités Quoique l’ADN ait été découverte par Mischer en 1869. les pneumocoques. la bactérie possède. qui ont perdu leur capsule et sont inoffensives. Il existe des souches S (ou lisses) qui possèdent cette capsule et sont donc pathogènes.

Dans presque tous les ADN étudiés. Les ADN provenant de différents tissus d’un même individu ont la même composition en bases. 2.une de 3. 4. Il y a donc complémentarité. Thomas mesure l’absorbance de l’ADN en fonction de la température. Rémi Thomas : étude de l’effet hyperchrome. Le % de A + le % de G = le % de T + le % de C. ce qui correspond à 10 tours) Franklin. on sépare les brins d’ADN. Watson et Crick : Toutes ces données (équivalence des bases.4nm (sur un tour. Franklin étudie la diffraction de RX. Elle met en évidence deux périodicités : . Conclusions : 1.57 1949-1953 : Chargaff et ses collaborateurs appliquèrent les méthodes chromatographiques quantitatives à la séparation et au dosage des 4 bases présentes dans les hydrolysats d’ADN de différentes origines.34nm (entre deux bases) . La composition de l’ADN d’une espèce donnée ne change ni avec l’âge. qui correspond au maximum d’absorbance. 3. c’est l’effet hyperchrome. effet hyperchrome. La composition en bases de l’ADN varie d’une espèce à une autre. toujours utilisé aujourd’hui. Ce modèle. Leur comportement change. . Quand on chauffe.une de 0. explique les propriétés physiques et chimiques de l’ADN. 5. diffraction des RX) leur permettent d’élaborer un modèle stérique précis de la structure de l’ADN. ni avec l’état nutritionnel. La courbe varie avec la composition en bases de l’ADN. à une longueur d’onde égale à 260nm. Il observe un saut d’absorbance. et l’absorption augmente. ni avec l’environnement extérieur. le % de A = le % de T et le % de G = le % de C. Le pourcentage des bases puriques est le même que celui des bases pyrimidiques.

C’est ce qui crée l’augmentation d’absorbance.4 nm. car les bases qui faisaient des liens H sont maintenant libres. la stabilité. c’est-à-dire que leurs ponts phosphodiesters s’orientent en sens inverse les uns par rapport aux autres (3’-5’ et 5’-3’). sont étroitement superposées à l’intérieur de la double hélice. excités. . c’est-à-dire l’ADN en solution). . Ceci explique pourquoi la proportion de purines (G + A) est égale à celle des pyrimidines (C + T) et qu’il y a autant de A que de T et de G que de C. les bases de chaque brin se superposent à l’intérieure de la double hélice. orientés vers l’eau. la double hélice est stabilisée par des liaisons H entre les bases.Les deux chaînes sont complémentaires. Les bases d’un brin s’apparient dans un même plan aux bases de l’autre de manière à former entre elles des liaisons H à courte distance (0. la position des électrons est modifiée et ils sont plus facilement délocalisés. et donc l’effet hyperchrome d’un ADN composé de G et C sont plus élevés.Les bases hydrophobes. c’est-à-dire un espacement moins important entre les deux brins au niveau des liens H qu’ailleurs. aromatiques.Les bases se superposent à une distance de 0. Comme il y a en moyenne 10 bases par tour complet de la double hélice (dans le cas de la structure B de l’ADN.30 nm). Ainsi. on arrive à une température de fusion où les deux brins se dissocient (déstabilisation de la double hélice).28 à 0. tandis que les plans des cycles de désoxyribose sont parallèles à l’hélice. .34 nm de centre à centre. . donc. tandis que les résidus hydrophiles des pentoses et les groupements phosphates chargés électriquement sont à la périphérie.Les deux chaînes sont anti-parallèles. et donc la température de fusion. Les bases hydrophobes.58 • Structure de l’ADN . . Mais puisque le nombre de liens H entre G et C est supérieur à celui qu’il y a entre A et T. • Dénaturation de l’ADN Le nombre de liaisons H entre les différentes bases explique l’effet hyperchrome : lorsqu’on chauffe l’ADN. la périodicité est de 3. On observe dans la structure de la double hélice un sillon mineur et un sillon majeur. possèdent des électrons délocalisés et il y a interaction entre les nuages électroniques des cycles. leurs plans étant parallèles entre eux et perpendiculaires aux grands axes de l’hélice. relativement insolubles.Le modèle est constitué de deux chaînes polynucléotidiques hélicoïdales droites enroulées autour d’un même axe pour faire une double hélice. Les liaisons possibles sont : A = T (2 liens H) et G ≡ C (3 liens H). mais aussi par des interactions hydrophobes entre les bases superposées à l’intérieur.

si on utilise l’ADN d’une bactérie A et celui d’une bactérie B. La renaturation est d’une extrême précision. puis qu’on laisse refroidir. 2°) Principe de renaturation : Si on chauffe de l’ADN 14N et de l’ADN 15N a 95°. . on obtient deux bandes distinctes. La dénaturation de la double hélice en deux brins monocaténaires est réversible. dans un flacon qui contient un milieu très simple. Lorsque l’ADN est présent lors de la centrifugation. Les bactéries ont besoin d’azote pour vivre (fabriquer leurs bases azotées). la seule source d’azote est le NH4Cl (isotope 14N). on obtient en plus des deux bandes originelles. Si elle est conservative.Le gradient de CsCl est obtenu par centrifugation dans un tube d’une solution 8M de CsCl.59 On remarque dans les ADN naturels des interactions plus fréquentes avec les enzymes de transcription et de réplication au niveau des zones riches en A et T. 1°) Expérience de Mehselson et Stahl : On fait une culture de bactéries (A). En effet. L’ADN se concentre en une bande stable dont la position est telle que la densité de l’ADN est égale à la densité du CsCl à cet endroit. Si on refait la même expérience en nourrissant les bactéries A avec du NH4Cl contenant du 15N. • Réplication semi-conservative On cherche à savoir si la réplication de l’ADN (synthèse d’une nouvelle molécule d’ADN partir d’une molécule originelle) est conservative ou semi-conservative. Dans ce cas-ci. Si on mélange de l’ADN 14N avec de l’ADN 15N. il migre dans le gradient de densité jusqu’à ce qu’il y ait un équilibre de densité entre l’ADN et le CsCl. on n’observe pas de bande intermédiaire après chauffage. une des deux cellules filles hérite de l’ADN originel tandis que l’autre reçoit un ADN synthétisé de novo. Ce phénomène n’a lieu que si les ADN proviennent d’une même bactérie (donc si les brins sont homologues). On extrait l’ADN et on analyse sa densité. On utilise pour cela l’équilibre de sédimentation sur un gradient de CsCl. La renaturation n’a lieu que pour des fibres complémentaires. la bande d’ADN se trouve plus bas dans le tube. une bande intermédiaire correspondant à l’association des fibres 14N avec des fibres 15N (hybride 14N/15N) Il y a réassociation spontanée.

coli) = 4000 kb levure = 13500 kb homme = 2. ils doivent infecter une bactérie et passent alors par une phase double brin indispensable lors de la traduction de l’ADN. on extrait l’ADN.108 km. Comme nous sommes diploïdes. il faut multiplier ce chiffre encore par deux. tandis que les deux bandes originelles ne sont pas présentes.60 Si elle est semi-conservative. On ne trouve dans le produit de la centrifugation qu’une bande intermédiaire. On a donc eu un brin conservé et contenant du 14N et un brin synthétisé contenant du 15N. Après la deuxième génération.000 kb Pour l’homme. cela représente une longueur de 1m par cellule.900. tandis que son homologue est synthétisée de manière complémentaire. Ceci n’est vrai que pour les individus autonomes. les ADN viraux sont sous la forme d’un simple brin.1010 km d’ADN. la distance terre-soleil est de 1. 3°) Expérience de Meselson et Stahl : On place des bactéries nourries au 14N dans un milieu de 15N. Par exemple. Remarque : . Remarque : Les ADN ne sont pas tous sous forme de doubles brins. Ex: ADN de : virus (SV40) = 5.1 kb (kilo bases = 1000 bases azotées) bactériophage = 48. Pour se reproduire.44. on trouve deux bandes : 15N et 14N/15N. Après une génération (~20 min).6 kb bactérie (E. Comme notre corps est constitué d’à peu près 1013 cellules. • Longueur des acides nucléiques La longueur varie très fort selon le type d’organisme. une des fibres parentales se retrouve dans chaque cellule fille. Elle va de 80 nucléotides pour les ARN de transfert à plusieurs milliards pour l’ADN humain. Par comparaison. nous possédons chacun 2.

La première chose à faire est de cliver l’ADN pour en isoler un fragment afin de déterminer sa séquence. l’amorce (ou primer). Pour faire cette synthèse. car ils possèdent des chaînes relativement courtes et peuvent être isolés sans trop d’impuretés.61 Comme pour les protéines. . On s’arrange en général pour avoir un ADN monocaténaire comprenant entre 300 et 500 nucléotides. on peut parler pour l’ADN de structure primaire. On fabrique un oligonucléotide (~40 nucléotides). Il y a formation d’un lien phosphodiester. Expérience de Sanger : Il donne à l’enzyme un réactif qui ne lui permet pas de continuer la chaîne. et donc des nucléotides. qui forment un codon. tel que ce fragment amorce puisse s’associer à l’ADN du vecteur. Il ajoute un nouveau nucléotide (à groupement P) à l’extrémité 3’OH. • Détermination de la séquence des nucléotides de l’ADN C’est sur les ARNt que le problème a tout d’abord été résolu. Le clivage doit être précis et parfaitement reproductible. C-G). tertiaire. Il existe différentes techniques. G-C. Il y a donc élongation de la chaîne en tenant compte de la base qui se trouve en face (T-A. La structure tertiaire de l’ADN est un enroulement de la double hélice en une super hélice. A-T. Ce qui est dés lors important pour l’information est la succession. ADNn + dNTP ADNn+1 + PP. L’ADN polymérase est un enzyme capable de faire la synthèse de l’ADN à partir de nucléotides. Les brins de l’amorce et du vecteur sont complémentaires. secondaire. Ce vecteur a une séquence connue et se situe en amont du segment que l’on veut séquencer. La structure secondaire correspond à la double hélice (ponts H). on clive l’ADN. Pour déterminer sa séquence. Certains acides aminés sont codés par plusieurs codons. Méthode de séquençage de Sanger : A l’aide d’un enzyme de restriction. Le code génétique est universel à quelques rares exceptions près. l’ADN polymérase a besoin des 4 désoxyribonucléosides triphosphates dATPdCTP-dGTP-dTTP (on note en général dNTP). La structure primaire correspond à la séquence des nucléotides. Réactif : didéoxynucléotide. le brin va être englobé dans un vecteur (ADN support). Ce primer possède une extrémité 3’OH libre et permet à l’ADN polymérase de commencer la synthèse d’une nouvelle chaîne sur modèle du vecteur. Il ne possède pas le groupement OH nécessaire pour la formation d’une liaison phosphodiester. la séquence des codons. et à la disposition des résidus selon les interactions hydrophiles. Il va synthétiser un petit fragment et puis s’arrêter. • Code génétique Chaque acide aminé d’une protéine est codé par trois nucléotides. car la synthèse se fait en copiant la fibre au fur et à mesure.

. en rapport avec le coefficient de sédimentation. La synthèse est plus simple que pour l’ADN puisqu’il n’y a qu’une seule chaîne. les 4 désoxynucléotides et une petite quantité d’un des quatre didéoxynucléotides (ex : didATP). On obtient alors un mélange de petites chaînes dont la longueur permet de déterminer l’emplacement du didnucléotide. GTP. avec l’ARN ribosomial . 16S et 23S. . on fait une électrophorèse des quatre expériences à la fois (4 pistes).l’ARN de transfert est. et en faisant attention à la proportion didnucléotide/dnucléotides.l’ARN ribosomial peut avoir trois tailles différentes : 5S. Synthèse : (ADN)n + dNTP PP = pyrophosphate H2O – PP 2Pi (ADN)n+1 + PP. . Si on refait l’expérience avec les autres didnucléotides. impliqué dans la transcription. Il y a séparation car les petites molécules y passent plus rapidement que les grosses qui sont retardées .62 On peut avoir du didATP. L’électrophorèse est assez précise pour qu’on fasse la différence entre deux segments ne se distinguant que par une seule base. S = unité svedberg. il suffit alors de comparer la position relative des bandes formées par chaque chaîne sur un film (autoradiographie). Pour visualiser toutes les chaînes.Petits ARN (ARNs. UTP. CTP) et sur base d’un modèle d’ADN. Rappel : électrophorèse = migration des fragments grâce à leur charge en fonction de leur taille dans un gel acrylamide (support poreux). du didGTP ou du didTTP selon la base. L’ARN Il existe différents types d’ARN : . Pi = phosphate inorganique ou orthophosphate. Ils s’associent avec des protéines pour former les ribosomes.…) La synthèse de l’ARN se fait à partir de précurseurs (ATP. (ARN)n + NTP (ARN)n+1 + PP impliqués dans la traduction. Si on a pris soin de fournir de l’ATP marqué au 32P. Elle se fait dans le sens 5’-3’. du didCTP. ARNu. Donne un chiffre qui est proportionnel à la taille. on parvient à déterminer la séquence des nucléotides dans les segments d’ADN.l’ARN messager est une copie du gène de l’ADN. Sanger met à disposition de l’enzyme le fragment d’ADN et le primer.

nutrition…).Système ouvert : Système qui échange matière et énergie avec l’extérieur.Energie libre de Gibbs : ∆G = ∆H + T∆S ∆G < 0 : réaction exergonique. On aurait donc tendance à croire qu’il y a eu baisse de l’entropie (∆S<0) .le catabolisme : Ensemble des réactions qui provoquent la dégradation de macromolécules complexes pour donner des molécules plus petites et simples avec une production d’énergie. (endothermique) . . alors qu’il s’agit bien là d’un système ouvert évoluant spontanément. L’anabolisme récupère une partie de l’énergie libérée par le catabolisme. qui peut se produire spontanément. du désordre. La vie ne se maintient qu’en produisant une augmentation de l’entropie de l’environnement. emmagasiner ou libérer de l’énergie (dépense énergétique. échanges. Attention. • Rappel des notions de thermodynamique . Dans la cellule. synthèse de protéines à partir d’acides aminés et d’énergie… .Entropie : ∆S > 0.l’anabolisme : Ensemble des réactions qui provoquent la synthèse de macromolécules à partir de métabolites plus petits et d’énergie. . Ex : synthèse de l’ADN à partir de nucléotides et d’énergie. on distingue deux grandes classes bioénergétiques : . pour qu’un système ouvert évolue spontanément. Œuf → poussin + CO2 + H2O + chaleur et le bilan est tel que ∆S > 0. Poussin= + ordonné que l’œuf. des processus biochimiques qui s’accomplissent dans tous les tissus de l’organisme vivant pour édifier les structures cellulaires. qui ne peut se produire spontanément. Les systèmes biologiques sont des systèmes ouverts. il faut prendre en compte toutes les variables ! Exemple : passage de l’œuf au poussin. Il y a augmentation de l’entropie.63 Chapitre 6 : Le métabolisme énergétique • Définition Ensemble des transformations. (exothermique) ∆G > 0 : réaction endergonique. Mais si on considère le système dans son ensemble.

tandis que ∆G° reste constante. à l’équilibre. et [G6P] = 96.08 kcal/mol 1 0 0.08 kcal/mol Les variations d’énergie libre sont additives : A→B ∆G° > 0 = 2 kcal/mol ∆G° < 0 = -8 kcal/mol B→C A→C ∆G° < 0 = -6 kcal/mol C’est le couplage des réactions qui rend l’ensemble possible. Exemple : Transformation de glucose-1-phosphate en glucose-6-phosphate par la phosphaglucomutase. on a défini ∆G°’. qui tient compte des protons en solution aqueuse à pH=7 : ∆G°’ = ∆G° ± 2.3) = -1. A l’équilibre.3 ∆G° = -2.10-3M. Les enzymes ne peuvent catalyser que les réactions spontanées (∆G°<0).98. qui est une constante. Pour une réaction A+B ↔ C + D Kéq = [C]éq [D]éq [A]éq [B]éq ∆G = ∆G° + RT lnKéq Donc.8 kcal/mol Sens → Équilibre ← . Pour les réactions qui se passent dans une cellule. .298.si H+ est un produit.03 logKéq Dans quel sens va aller la réaction ? ∆G° Kéq 1000 -4.03 RT log(Kéq) = -2. m est le coefficient des protons (des H+).10-3/4.5.5.001 4.log(21.1.03.03 RT m log[H+] + si H+ est un réactif.10-3 = 21. on définit la variation d’énergie libre standard ∆G°. Dans les conditions standard (concentrations = 1mol/l). [G1P] = 4.64 ∆G = 0 : réaction à l’équilibre. Attention: ∆G change au cours de la réaction.10-3M Kéq = [G6P]/[G1P] = 96. ∆G° = -RTlnKéq = -RT 2. On part de [G1P] = 10-1M.

ADP et AMP sont convertibles. L’énergie libre libérée par les réactions énergétiques est transportée sous une forme particulière. ATP + AMP ↔ 2 ADP Adénylate kinase Les molécules d’ATP.3 kcal/mol Pi = phosphate inorganique ou orthophosphate : Formes de résonance du Pi ATP + H2O ↔ AMP + PP PP = pyrophosphate : ∆G°’ = -7. ce qui entraîne une redistribution des charges et ces deux molécules sont plus stables. Ces dernières sont dites riches car elles contiennent beaucoup d’énergie. . ATP + H2O ↔ ADP + Pi ∆G°’ = -7. GTP…). l’ATP (ou l’un des autres nucléosides triphosphates.3 kcal/mol L’équivalence de la variation d’énergie libre pour ces deux réactions est due au fait que c’est dans les deux cas une liaison anhydride qui est rompue. ATP : L’ATP possède deux types de liens avec les phosphates : 1 liaison ester (•) et 2 liaisons anhydrides (*). L’énergie libre est beaucoup plus basse dans l’AMP et l’ADP que dans l’ATP.65 • Transport d’énergie Les cellules ont besoin d’énergie pour la fabrication des macromolécules et le mouvement en général.

On connaît la fermentation depuis l’Antiquité par la fabrication du vin et de la bière. • Réactions permettant à la cellule de se procurer de l’énergie Il existe plusieurs mécanismes qui fournissent de l’ATP. (défavorable thermodynamiquement) Remarque : Les transports actifs sont des passages sélectifs de métabolites à travers les membranes. Glycolyse La glycolyse est un processus qui permet à la cellule. qui est utilisé par les animaux. ainsi qu’à cause des répulsions électromagnétiques qui existent entre les charges des O portés par les groupements phosphates.Fermentation alcoolique : Réaction anaérobie. . qui est appelé glycolyse. Chacun de ces mécanismes commence par un tronc commun. Pasteur a été le premier à découvrir que c’est un organisme. oses…) peuvent être transformés par oxydation. mais elle n’a été comprise que récemment. . C’est le cycle de Krebs. En 1940.Fermentation lactique : Réaction anaérobie (sans présence d’O2). Ils nécessitent de l’énergie (consommation d’ATP par rupture des liaisons anhydrides). Formation d’éthanol C2H5OH.Respiration cellulaire : Réaction aérobie (avec présence d’O2). par la transformation du glucose en pyruvate par une série d’étapes. qui est la cause de ce phénomène. de récupérer de l’énergie. Fritz Liebmann affirme que les aliments (lipides.66 Catabolisme : AMP + PP ou ADP + Pi → ATP + H2O La reformation d’ATP est désavantagée à cause de la stabilité de l’AMP et de l’ADP. ce sont les frères Bruckner qui ont découvert par hasard que la fermentation pouvait être obtenue à l’aide d’extraits de levure (pas uniquement de l’organisme tout entier mais des fragments). la levure qui se trouve sur la peau des raisins. . Cette oxydation permet le passage ADP → ATP. Il y a formation de CO2 et d’eau. Ensuite. Formation de lactate (ou acide lactique) CH3CHOHCOOH .

donc récupération d’énergie (ATP) La formule finale de la glycolyse est la suivante : Bilan réactionnel de la glycolyse Etapes préparatoires de la glycolyse (schéma de Embder –Meyerhof 1925) Elles mettent en forme les molécules pour la récupération d’énergie. à 5C.67 Glucose (6C) pyruvate (3C) Ou fermentation lactique (ou alcoolique) cycle de Krebs CO + H O + ATP (= cycle de l’acide citrique) Lors de la glycolyse. ATP + α-D-glucose → ADP + α-D-glucose-6-P o o o o ∆G très négatif. Enzymes : hexokinase (dans le cas de la levure) ou glucokinase (dans le cas du foie). il y a production d’ATP. 1. Pour cellule eucaryote : glycolyse dans cytosol et cycle de Krebs dans mitochondries. la glucoisomérase. La glycolyse peut être décomposée en 2 parties : . α-D-glucose ↔ α-D-fructose-6-P ( = isomérisation ) o L’α-D-fructose-6-P est un cétose. 2. . On passe donc d’un cycle à 6C à un cycle o Enzyme : une isomérase.les étapes préparatoires . ce qui coûte un ATP.les étapes où il y a formation de liaisons riches. On ajoute un phosphate au glucose. L’α-D-glucose est un aldose.

dihydroxyacétone-3-P ↔ glycéraldéhyde-3-P. seul le glycéraldéhyde-3-P est directement dégradé dans les étapes suivantes de la glycolyse. o Cette réaction a été découverte par le marquage radioactif d’un des carbones du glycéraldéhyde-3-P. Si on l’ajoute à de la levure. 5. o Clivage du fructose-1-6-diP en 2 trioses phosphate au niveau des C3 et C4. o Enzyme : triose phosphate isomérase. . α-D-fructose-1-6-diP ↔ glycéraldéhyde-3-P + dihydroxyacétone-3-P. o Enzyme : aldolase. Son activité augmente en présence d’AMP et d’ADP mais diminue s’il y a un excès d’ATP. Il est alors utilisable par la glycolyse. o Des 2 trioses phosphate.68 3. 4. ( = isomérisation des trioses ) o Le dihydroxyacétone-3-phosphate est réversiblement transformé en glycéraldéhyde-3-P par un enzyme. α-D-fructose-6-P + ATP → α-D-fructose-1-6-diphosphate + ADP ( = phosphorylation ) o ∆G négatif. o La 6-phosphofructokinase est une enzyme qui est régulateur : son activité dépend de façon complexe de la vitesse de la réaction. on remarque la formation de fructose-1-6-diphosphate possédant 2C marqués (la réaction 4 peut se faire dans les deux sens). o Catalysé par la 6-phosphofructokinase.

(Rem : un coenzyme est une molécule indispensable au fonctionnement de la réaction. o C’est une réaction rédox : la réaction de phosphorylation est oxydative. il faut compter toutes les réactions qui vont suivre en double. o Le NAD+ (nicotinamide adénine dinucléotide) intervient comme accepteur d’électrons. Etapes énergétiques de la glycolyse : Seul le glycéraldéhyde-3-P y est utilisé. Il faut aussi noter que les enzymes n’ont pas tous besoin d’un coenzyme) o Enzyme : D-glycéraldéhyde phosphate déshydrogénase (GAPDH) NAD+ NADH . oxydation-phosphorylation du GAP o C’est la première réaction où on récupère une partie de l’énergie.69 Les étapes qui ont été décrites jusqu’ici étaient des étapes de préparation. mais comme il y a transformation du dihydroxyacétone en glycéraldéhyde. tandis que le NAD+ est réduit en NADH. o Il y a formation d’un intermédiaire portant 2 P non équivalents (liaisons ester et anhydre). La liaison anhydre d’acide est riche en énergie. On y a consommé deux ATP sans produire d’énergie. 6. glycéraldéhyde-3-P + Pi + NAD+ ↔ NADH + H+ + 1-3-diphosphoglycérate. Il agit au niveau du site actif de l’enzyme. C’est un coenzyme d’oxydoréduction. Il est transformé par la réaction mais sera régénéré à un autre moment.

70 7.3 kcal/mol Il y a donc couplage entre le clivage de la liaison anhydride et la formation d’ATP. . ADP + Pi ↔ ATP + H2O ∆G° = 7. 3-phosphoglycérate ↔ 2-phosphoglycérate o Transfert du P de la position 3 à la position 2. Mais comme on avait 2 trioses. o Enzyme : phosphoglycerate mutase. 9. 2-phosphoglycérate ↔ phosphoénol pyruvate + H2O o Donne naissance à une liaison phosphate riche en énergie par perte d’une molécule d’eau. o Enzyme : phosphoglycérate kinase. on a récupéré déjà deux ATP. o L’énergie venant du clivage est suffisante pour former une liaison riche dans l’ATP. o Enzyme : énolase. o Réaction rédox à l’intérieur de la molécule : C2 est oxydé tandis que C3 est réduit. 1-3-diphosphoglycérate + ADP ↔ 3-phosphoglycérate + ATP o Le clivage de la liaison anhydride libère beaucoup d’énergie. 8. C’est la première molécule d’ATP formée dans le processus de glycolyse.

Fermentations : Les fermentations sont obligatoires en milieu anaérobie. . mais aussi d’utiliser le pyruvate. phosphoénol pyruvate + ADP ↔ pyruvate + ATP o o o o Tautomérie énol-cétone (la cétone est le plus stable). Ce n’est donc pas un processus très efficace. Enzyme : pyruvate kinase. Elles ont pour objet de réoxyder le NADH en transformant le pyruvate. il y a donc 4 ATP produits. Enzyme : lactate déshydrogénase. De plus. Ce processus sera différent selon qu’on se trouve en milieu aérobie ou anaérobie. le NAD+ utilisé dans diverses étapes de la glycolyse est présent en petites quantités dans la cellule. Il doit être régénéré sans arrêt à partir de NADH. Remarque : ??? Bilan global de la glycolyse : Glucose + 2 ADP + 2 Pi + 2 NAD+ → 2 pyruvate + 2 ATP + 2 NADH + 2 H+ + 2 H2O - Remarque : puisqu’il y a utilisation des deux triglycérides dans les étapes énergétiques de la glycolyse. . mais nous n’étudierons que les deux plus importantes. permettant de former l’ATP. Elle permet de régénérer le NADH en NAD+. Clivage d’une liaison riche libérant beaucoup d’énergie.71 10.La fermentation lactique : pyruvate + NADH + H+ ↔ lactate (acide lactique) + NAD+ La réduction du pyruvate en lactate est dans ce cas la dernière étape de la glycolyse. donc de tirer la réaction n°10 vers la droite. il faut y multiplier par 2 les équations 6 à 10. Il en existe plusieurs. Pour 2 ATP consommés. C’est d’ailleurs uniquement dans ces milieux qu’elles interviennent.

o Enzyme : alcool déshydrogénase. o L’acétaldéhyde est réduit en éthanol aux dépens de NADH.72 Remarque : en cas d’effort musculaire important et de courte durée. Elle est irréversible. Démarrage de la réaction : La réaction n°6 ne peut se faire qu’en présence d’une quantité suffisante de NAD+. il n’y a pas encore de pyruvate pour la fermentation. Il doit donc exister un autre moyen de fabriquer du NAD+. on se retrouve en milieu anaérobie et la fermentation lactique a lieu qui permet d’avoir tout de même de l’énergie. L’éthanol et le CO2 remplacent l’acide lactique comme produit finaux de la fermentation par rapport à la fermentation lactique. acétaldéhyde + NADH + H+ ↔ éthanol + NAD+ o L’éthanol est excrété par la cellule. . ce qui tire la réaction vers la droite. mais. la réaction est poussée vers la droite. En cours de glycolyse.La fermentation alcoolique : Ce type de fermentation a lieu dans des organismes comme la levure de bière. Ils fermentent le glucose (pyruvate) en éthnanol et CO2. Il s’agit d’une amorce latérale. Le lactate est retransformé ultérieurement en glucose au niveau du foie. Première étape : réaction de décarboxylation. . tout l’O2 environnant est consommé. La réaction globale peut s’écrire : Remarques sur la glycolyse : 1. Seconde étape : transformation de l’aldéhyde en alcool. C’est une réaction enzymatique. o Enzyme : décarboxylase pyruvique. la concentration de lactate dans le sang est très élevée et on a une crampe. au début. Le lactate diffuse à travers la membrane et correspond à un déchet qui est éliminé par le sang. le NAD+ est régénéré par fermentation. Si l’effort est trop intense. pyruvate → CO2 + acétaldéhyde (éthanal) o Comme le CO2 se dégage.

5 kcal) pour l’amener vers une chute beaucoup plus brusque (11.2 kcal/mol On pourrait faire l’analogie entre ces réactions chimiques et l’utilisation de l’énergie d’une chute d’eau. Le couplage entre ces deux réactions : oxydation du groupement aldéhyde en groupement carbonyle formation d’ATP est indispensable au bon fonctionnement de la glycolyse.73 Cette amorce utilise le dihydroxyacétone phosphate formé en 4. Dihydroxyacétone-3-P + NADH + H+ ↔ glycérophosphate + NAD+ L’enzyme qui catalyse cette réaction est la déshydrogénase du glycérophosphate (glycérophosphate-3-Pdéshydrogénase). Il est peu actif et ne fonctionne que quand la concentration de dihydroxyacétone est élevée. Dés que le NAD+ est présent en quantité suffisante. bien qu’elle soit thermodynamiquement très favorable. . Elle passe par un détour qui lui permet de récupérer de l’ATP.5 kcal/mol Réaction n°7 : ∆G°’ = (-11. Plutôt que de laisser passer l’eau par son trajet normal (10 kcal). 2.3) kcal/mol = 4. la réaction s’arrête (= rétrocontrôle).5 kcal) dont on pourra utiliser l’énergie. on préfère la faire monter un petit peu (1. Cet enzyme est contrôlé par le taux de NAD+ formé. Réaction n°6 : ∆G°’ = 1. Détours empruntés par la glycolyse pour récupérer de l’énergie : 1) L’équation globale des réactions 6 et 7 est : glycéraldéhyde-3-P → 3 phosphoglycérate La cellule ne fait pas cette réaction directement.5 + 7.

En solution. malgré sa spécificité. à partir de l’aldéhyde. Il y a un couplage entre l’élimination du P sur le 1.est très semblable à HPO42-. Couplage de réactions : Il y a couplage lorsque deux réactions ont lieu simultanément. on a formation d’un dérivé ressemblant au dérivé normal. On pourrait donc décomposer la réaction n°10 en deux réactions.+ NADH + H+ Le CH2O P -CHOH-COOAsO42 est instable et se décompose naturellement en CH2O P -CHOH-COO-. Dans la réaction n°6. mais c’est une réaction d’oxydoréduction interne : le C2 est oxydé tandis que le C3 est réduit. Il y a oxydation dans la réaction n°9.3 diphosphoglycérate et la fixation d’ATP (réaction n°7). . il y a formation d’arséniate : HAsO42. ( voir réaction n°9 page 70 ) Réaction n°10 : rupture d’une liaison riche. Il existe des agents découplant cette réaction. L’enzyme qui catalyse cette réaction est le glycéraldéhyde-3-P-déshodrygénase. mais qui n’est pas capable de former de l’ATP par après.+ NAD+ → CH2O P -CHOH-COOAsO42.74 2) On observe le même type de couplage dans les réactions 9 et 10. un enzyme peut se tromper. Phosphoénol pyruvate + H2O → énolpyruvate + H2PO4 Ce dégagement d’énergie est dû à l’instabilité de l’énolpyruvate qui donne immédiatement du pyruvate par tautomérie énol-cétone. glycéraldéhyde-3-P + HAsO42. Exemple : le groupement arsenic peut prendre la place du groupement P . Un découplant est un agent qui interfère avec ce couplage. Cela prouve que. Preuve qu’il y a une liaison riche dans le phosphoénol pyruvate : l’hydrolyse de celui-ci en énolpyruvate a un ∆G°’ = -14 kcal/mol. 3.

et ensuite en glucose 6P par la phosphoglucomutase. . Le processus vu ici n’est donc pas très efficace puisque seulement 2% du maximum sont récupérés.6 kcal/mol. soit ~30% du rendement de la transformation en lactate ou 2% du rendement de la combustion. L’énergie est dissipée en chaleur.75 4. Voies d’entrée de différents oses dans la glycolyse : 1. Il peut alors entrer dans la glycolyse. Il est transformé en glucose 1P par la phosphorylase. 5. Bilan énergétique de la glycolyse + la fermentation lactique : Comparaisons : a) Combustion totale du glucose (oxydation totale) : C6H12O6 + 6 O2 → 6 CO2 + 6 H2O ∆G°’ = -686 kcal/mol b) Transformation du glucose en lactate : C6H12O6 → 2 CH3CHOHCOO∆G°’ = -47 kcal/mol soit ~7% du maximum c) Glycolyse + fermentation : C6H12O6 + 2 ADP + 2 Pi → 2 CH3CHOHCOO. Le glycogène : C’est un matériel de réserve.+ 2 ATP + 2 H2O Récupération de 2 ATP ou 14.

Galactose + ATP → galactose 1P + ADP (hexokinase) Le galactose 1P est lui-même transformé en glucose 1P par un processus cyclique faisant intervenir l’UMP. . le glucose 1P est transformé en glucose 6P (isomérase) qui peut rentrer dans la glycolyse. l’UDP galactose et l’UDP glucose. Remarque : ce processus est fort compliqué. mais le glycéraldéhyde doit encore être transformé. Mannose → mannose 6P Mannose 6P → fructose 6P 4. mais l’enzyme nécessaire à cette réaction n’existe pas. b. fructose + ATP → fructose 1P + ADP Réaction qui se fait dans le foie. Le galactose : Le galactose a une voie très particulière d’entrée dans la glycolyse. UMP (undine monophosphate) UDP galactose UDP glucose Le cycle : ??? Ensuite. Le fructose : Il y a deux possibilités : a. Le galactose sera transformé en galactose 1P. 3. On pourrait imaginer un chemin direct depuis le galactose 1P jusqu’au glucose 1P. Le mannose : Le mannose est un épimère du glucose (il diffère de celui-ci par la position d’un OH). C’est un épimère du glucose. Glycéraldéhyde + ATP → glycéraldéhyde 3P + ADP Enzyme : kinase. Fructose 1P → glycéraldéhyde (non phosphorylé) + dihydroxacétone 3P.76 2. fructose + ATP → fructose 6P + ADP C’est une réaction qui se produit dans les muscles et dont l’enzyme est l’hexokinase. Le dihydroxyacétone 3P peut entrer dans la glycolyse.

en particulier le malate (sel de l’acide malique). mais de façon beaucoup trop importante pour que ce soit simplement dû à une oxydation du succinate. Szent-Gyorgyi continue ses recherches et trouve qu’on peut avoir le même type de phénomène avec des sels de : l'acide fumarique : l’acide oxaloacétique (= oxaloacétate) : l’acide malique : Szent-Gyorgyi montre qu’il existe un rapport entre la quantité d’oxygène consommée et la production de CO2 : CO2/O2 = 1. il n’y a plus consommation d’O2 mais accumulation d’acétoglutarate : . mais continue jusqu’à ce que les produits de la glycolyse soient complètement oxydés. qui possède 6C. Ce rapport est caractéristique de l’oxydation des glucides : C6H12O6 + 6O2 → 6CO2 + 6H2O Hans Krebs recherche des autres molécules ayant un rôle catalytique dans cette réaction. Il détecte du succinate. Il découvre le citrate (sel de l’acide citrique). en milieu anaérobie. Par contre. Il obtient la courbe suivante : après 20 minutes. s’il ajoute un jus de muscle pressé. Il en déduit que le succinate a un rôle catalytique. Pyruvate + oxaloacétate + muscle → citrate. Il en ajoute à ses morceaux de muscles et la consommation d’O2 reprend. la dégradation du glucose ne s’arrête pas au stade lactate. Szent-Gyorgyi analyse alors le jus pour trouver la molécule qui est à la base de ce phénomène.77 Le cycle de Krebs ou oxydation aérobie du glucose : Comme nous l’avons vu. la production d’ATP à partir de glucose est modeste. la consommation reprend. Dans ce processus. ce qui constitue bien sûr un meilleur rendement que celui de la fermentation. la consommation d’O2 cesse d’augmenter. En milieu aérobie. Nous allons voir que l’oxydation aérobie du glucose (aussi appelée respiration cellulaire ou cycle de Krebs) produit beaucoup plus d’ATP. Krebs découvre des inhibiteurs. En présence de malate. on va produire 38 ATP. L’oxydation aérobie consomme évidemment de l’oxygène (O2) et produit du CO2 et de l’H2O. il constate une consommation de 70 à 100 oxygènes. Expériences qui ont montré que l’on avait affaire à un processus cyclique : En 1935. un acide à 4C. A la place de 3/2 O2. Szent-Gyorgyi étudie la consommation d’O2 par des fragments de muscles de pigeons.

De toutes ces informations. Le citrate fait la jonction entre la glycolyse et la respiration. afin que l’on puisse les suivre à la trace au fil des réactions. d’un nucléotide diphosphate et d’un groupement thiol. 1. le pyruvate est encore oxydé.78 Il découvre aussi une série d’enzymes qui sont capables de transformer tous ces acides les uns en les autres. Elle constitue une étape obligatoire pour faire rentrer les glucides (par la voie du pyruvate) dans le cycle. rappel : lien ester = élimination d’eau entre un alcool et un acide : ROH – R’COOH → RCOOR’ + H2O c’est une décarboxylation oxydative pyruvate → acide acétique → acétyl Co A décarboxylation-oxydation lien thiester avec thiol cette réaction est irréversible. oxaloacétate + acétyl Co A + H2O → citrate + CoASH + H+ . enzyme : déshydrogénase pyruvique (enzyme très complexe et crucial pour la régulation du cycle). tandis que dans les fermentations. pyruvate + NAD+ +CoASH → CO2 + thioster + NADH +H+ glycolyse cycle de Krebs - acétyl coenzyme A cofacteur. Il y a une liaison riche (thioester). Krebs va déduire que le processus de transformation du pyruvate est cyclique et que tous les acides nommés plus haut y interviennent. Le cycle de Krebs : Le cycle de Krebs se déroule dans la mitochondrie de la cellule. Le cycle : Il comporte 9 étapes : Les C marqués d’une étoile sont marqués radioactivement. on écrit CoA-SH parce que le SH est réactif (on le met en évidence). le pyruvate était réduit. Il est formé d’un acide aminé. ici. Glucose → pyruvate → CO2 + H2O + ATP Entrée du pyruvate dans le cycle : Le pyruvate doit subir une oxydation avant de pouvoir entrer dans le cycle.

Cela est dû à la présence de sites prochiraux dans le citrate. hydrolyse de la liaison thioester : citryl CoA + H2O → citrate + CoASH + H+ 2. o Enzyme : aconitase pour les deux étapes. o L’aconitase possède un atome de fer qui joue un rôle important dans la reconnaissance du groupement carbonyl. isocitrate + NAD+ ↔ oxalsuccinate + NADH + H+ o Réaction d’oxydoréduction. o Le produit final est un seul des 4 isomères possibles de l’isocitrate. L’isocitrate est oxydé en présence de NAD+. o Enzyme : isocitrate déshydrogénase. o Une molécule d’eau a changé de place pour former une molécule asymétrique. L’aconitase manipule le citrate comme s’il était asymétrique. oxaloacétate + acétyl CoA → citryl CoA ii.79 o Condensation de l’actéyl CoA et de l’oxaloacétate o On remarque que le CoA-SH est régénéré. 4. o Le citrate est une molécule symétrique. oxalsuccinate + H+ → CO2 + α-cétoglutanate . o L’équilibre aurait tendance à privilégier le citrate. 3. mais l’utilisation de l’isocitrate pousse la réaction vers la droite. Il y a eu utilisation de l’énergie du lien thioester pour former une liaison covalente. o Enzyme : citrate synthase o Cette réaction se décompose en deux étapes : i. citrate ↔ cis-aconitate ↔ isocitrate o Formation en deux étapes de l’isocitrate. alors qu’il est symétrique.

80 o Réaction de décarboxylation. o Enzyme : isocitrate déshydrogénase. o Enzyme : succinate thiokinase ou succinyl CoA synthétase selon qu’on regarde cette réaction dans un sens ou dans l’autre. mais c’est bien sûr le même enzyme. Ce CO2 ne provient pas du pyruvate nouvellement entré dans le cycle mais bien de l’oxaloacétate. Le second CO2 éliminé ne provient pas non plus d’un pyruvate. 5. le GTP (formation d’un lien anhydride). . Réaction irréversible. α-cétoglutanate + NAD+ + CoASH → CO2 + NADH + H+ + succinyl CoA o o o o o Décarboxylation oxydative. On passe d’une molécule à 6C à une molécule à 5C. Formation d’un lien riche (thioester). succinyl CoA + GDP + Pi ↔ GTP + CoASH + succinate o On récupère l’énergie de la liaison thioester pour former une molécule équivalente à l’ATP. 2 cofacteurs : NAD+ et CoASH. 6. Enzyme : αcétoglutarate déshydrogénase. o Premier CO2 éliminé dans le cycle.

7 kcal/mol o La conversion du GTP en ATP est possible : GTP + ADP ↔ GDP + ATP 7. Il possède deux doubles liaisons. un cofacteur oxydant. Le FAD peut être considéré comme attaché à l’enzyme. L’activation de l’enzyme est stéréospécifique car elle ne forme et ne déshydrate que le stéréoisomère L du malate. mais comme l’oxaloacétate est directement consommé. GDP + Pi ↔ GTP + H2O ∆G°’ = 7. o Le FAD (flavine adénine dinucléotide) est un accepteur de protons. Cette réaction ne se fait donc pas spontanément en milieu libre. . 8.3 kcal/mol ∆G°’ = -0. o Enzyme : malate déshydrogénase. o Enzyme : succinate déshydrogénase. ce qui lui permet de fixer effectivement deux H. L-malate + NAD+ ↔ NADH + H+ + oxaloacétate o ∆G°’ > 0. et n’est donc pas libre comme le NAD. fumarate + H2O ↔ L-malate o On passe d’une molécule symétrique à une molécule asymétrique par addition d’eau.81 o On peut imaginer de décomposer cette réaction en deux étapes couplées : i. clivage : ∆G°’ = -8 kcal/mol ii. o Enzyme : fumarase. la réaction est poussée vers la droite. Il a une structure similaire au NAD : nucléotide + pseudo-nucléotide (car ose linéaire au lieu de cyclique). 9. succinate + FAD ↔ fumarate + FADH2 o Le succinate subit une réaction d’oxydoréduction.

Les atomes d’oxygène du CO2 produit ne sont pas ceux de l’O2 inspiré. alors qu’on sait que 38 ATP sont produits. . . . En fait. Ces C ne sont pas ceux introduits par le groupement acétyl (observé grâce au marquage). la réponse à tous ces problèmes (utilisation de l’O2. formation d’ATP) se situe dans des mécanismes annexes au cycle. régénération des cofacteurs. . Quatre paires d’atomes d’hydrogène sont fournies par les déshydrogénations enzymatiques (3 sont utilisées pour réduire le NAD+ et une pour réduire le FAD). plus un FADH2 .La récupération d’énergie paraît faible jusqu’ici : seulement 1 GTP et 2 ATP de la glycolyse récupérés. . GTP) mais aussi qu’il permet des réactions chimiques complexes (oxydation du pyruvate.Les cofacteurs doivent encore être régénérés.82 Bilan du cycle : Ceci est le bilan d’un tour du cycle de Krebs. Il y a production d’un NADH dés l’entrée du cycle et de trois autres ensuite. du méthyl) dans des conditions ménagées. Remarques : .Il faut plusieurs tours de cycle pour que tous les C de l’acétyl CoA soient sous forme de CO2.On n’a pas encore vu le rôle de l’O2 dans la respiration qui doit pourtant être aérobie. Pour chaque groupe acétyl entrant dans le cycle. 2C sont éliminés sous forme de CO2.La raison de ce mécanisme compliqué est qu’il permet de récupérer de l’énergie (ATP.

il n’observe pas de production d’ATP. et observe la production d’ATP in vivo. Pourtant. il les colle avec de la glu sur une lame de microscope.83 Mécanismes annexes au cycle de Krebs : Nous n’allons en voir qu’un seul : Chaîne respiratoire. Engelhardt : Comment expliquer la production d’ATP par l’oxydation aérobie du glucose ? Il étudie la respiration sur des globules rouges. si on n’observe que le cycle de Krebs. Il fait des observations au microspectroscope (ancêtre du spectrophotomètre. car elle catalyse la réaction suivante : glucose + ATP ↔ glucose 6 P + ADP Kalckar montre ainsi qu’il y a une grande production d’ATP. si on ajoute de l’ATP.5 Or on connaît l’oxydation du pyruvate : pyruvate + 5/2O2 → 2 H2O + 3CO2 ∆G°’ = -280 kcal/mol Kalckar observe la production de 12. L’hexokinase est facilement dosable. Par contre. On prend l’hexokinase dont le Km (= 10-6M) est plus petit que le Km de l’ATPase (= 10-2M). Km = concentration à la demi vitesse maximum. Il établit donc un parallélisme entre la ventilation et la production d’ATP. Sa présence empêche le masquage de la production d’ATP. Thermodynamiquement. En fait. Au repos : Le muscle est oxygéné (présence d’O2) la molécule colorée est sous la forme oxydée . il a libéré des ATPases qui clivent l’ATP.5 P par O × 5/2 O2) par pyruvate. Il existe un couplage très étroit entre le cycle de Krebs et la chaîne de Warburg.5 ATP pourraient être produits : 12. composé d’un microscope et d’un prisme) et remarque des bandes dans le spectre d’absorption. De plus. Si son Km est plus petit. il aura consommé tout l’ATP avant que l’ATPase n’aie le temps de interagir. chaîne de transport d’électrons : Ces mécanismes nous permettront de comprendre la régénération (réoxydation) des cofacteurs et la récupération de l’énergie. il va utiliser un enzyme qui réagit plus vite que l’ATPase. Pour cela. in vitro. même in vitro. on voit la formation que d’un GTP. plus de 12. Il constate alors que les pattes changent de couleur quand le moustique se débat. même en présence d’O2. il a établi un rapport P(fixé sur glu)/O(absorbé) = 2.5 × 7. donc 25 par glucose. en lysant les globules rouges.5 ATP (= 2. Kalckar : Quand on lyse. si les globules rouges sont lysé. Etudiant les moustiques. celui-ci est consommé. on a dans l’extrait une ATPase.3 = 91 kcal/mol. En mesurant la concentration de glucose 6 P. mais seulement en présence d’O2. D’où viennent les autres ? Keelin : Keelin était un parasitologue. Kalckar va détruire l’activité biologique de cet enzyme.

dans la myoglobine. a. Dans l’hème. Le cytochrome va donc permettre de faire des réactions rédox grâce aux hèmes.84 Agitation : Le muscle n’est pas fort oxygéné forme réduite de la molécule 3 raies nettes dans le vert. Réduit : pics à 400. Spectre d’absorption du cytochrome : oxydé : réduit : -----Oxydé : pic à 400 nm et bandes à 600 nm. La chaîne permet la réoxydation de NADH et FADH2 (produits dans le cycle de Krebs et la glycolyse). Les cytochromes sont oxydés lors de la respiration cellulaire. ou chaîne de transfert d’électrons. Rem : la troisième bande présente in vivo est due à un autre cytochrome. on a la réduction de l’oxygène moléculaire : ½O2 → H2O On voit enfin où se situe le rôle de l’O2. c. . c1. Keelin met ainsi en évidence des protéines (les cytochromes « c ») présentes dans les mitochondries des cellules du muscle. La découverte des cytochromes a permis la compréhension des phénomènes d’oxydoréduction de la récupération d’énergie. l’atome de Fe ne change pas d’étage d’oxydation. La chaîne respiratoire est donc un édifice complexe de protéines. et régénèrent donc NAD+ et FAD. b. On passe de Fe2+ à Fe3+. qui sont nécessaires à l’oxydation aérobie du glucose. La structure et les fonctions du cytochrome sont très différentes de celles de la myoglobine malgré la présence d’un groupement hème. Ce sont des éléments capitaux de la récupération d’énergie. Ils sont placés dans la membrane interne de la mitochondrie (la majorité des enzymes du cycle de Krebs sont situés dans la matrice). on a un changement de l’état d’oxydation du fer. Il existe plusieurs sortes de cytochromes . A l’autre extrémité de la chaîne. En effet. On peut facilement isoler les cytochromes c dans les muscles de pigeon. L’ensemble forme les différents éléments de la chaîne respiratoire. a3. Ces cytochromes ont un petit poids moléculaire et comportent un groupement hème apparenté à l’hème de l’hémoglobine. qui diffèrent par leur groupement hème. Il intervient dans l’oxydation du NADH en NAD+ et donc dans la chaîne de transport d’électrons (chaîne respiratoire). mais aussi un ensemble de processus qui contiennent des cytochromes de tous types. 500 et 600 nm.

Elle possède une membrane externe et une membrane interne formant des crêtes. . Les réactions de la chaîne respiratoire ont lieu au niveau de la membrane interne tandis que les enzymes du cycle de Krebs se trouvent dans la matrice et ceux de la glycolyse dans le cytosol. l’ADN de la mitochondrie ainsi que les ribosomes. La mitochondrie est un organite cellulaire de environ 1µm de large. des acides aminés et tous les enzymes nécessaires à la synthèse des protéines. Toutes ces réactions ont lieu dans la mitochondrie. et plus dans les cellules musculaires. Les deux membranes ont des rôles différents. et contient peu de lipides (20%). La composition du cytosol et de l’espace inter-membranaire est ainsi quasi id membranaire identique. où sont situés les cytochromes. le tout entourant une matrice. Il en existe ~2000 dans chaque cellule. La chaîne respiratoire fait partie intégrante de cette membrane. réversible. Matrice : La matrice contient. Elle est imperméable aux ions et aux petites molécules. sauf quand elles sont transportées de manière active. Membrane externe : La membrane externe est constituée de lipides et de protéines. Elle a une perméabilité sélective due à ses lipides pores : elle est perméable aux ions et aux molécules de petit poids moléculaire (PM < 10000).85 Nous avons affaire à un processus indirect. outre les enzymes du cycle de Krebs. Membrane interne : La membrane interne a une grande teneur en protéines (80%).

mais il est représenté séparément pour simplifier. Réoxydation du cytochrome et réduction de l’O2 en H2O. Ubiquinol : QH2 Ubiquinone : QComplexe III : Ubiquinol-cytochrome c réductase. Cela se fait par un transport d’électrons et non plus de protons comme dans les complexes I et II. on a donc : Enzyme : NADH réductase. C’est ce phénomène qui donne son nom à la chaîne de transport d’électrons. En fait. Le Q peut donc passer d’un complexe à l’autre. on imagine des ensembles complexes. Dans ce complexe. Q est un coenzyme. Il faut remarquer ici que 2 protons sont libérés. on a : On réduit le cytochrome c1. Au sein du complexe. Au sein du complexe. Réoxydation du NADH par un transfert de protons sur le coenzyme Q. on a un cofacteur : FMN (flavine mononucléotide diphosphate. La structure fine de ces complexes est encore mal connue et on la représentera par une boîte noire. autre forme du FAD). le Fe change d’état d’oxydation. En effet. Au sein du complexe. on a : Complexe II : Succinate-ubiquinone réductase. Le cofacteur FAD fait luimême partie du complexe. Complexe IV : Cytochrome oxydase. Complexe I : NADH-ubiquinone réductase. Le complexe FMN-FeS est ancré dans le membrane tandis que Q et QH2 sont libres.86 La chaîne respiratoire : Pour se représenter les chaînes respiratoires. Oxydation du FAD en FADH2 par l’intermédiaire de Q qui sert donc de charnière. L’atome de Fe change d’étage d’oxydation : il passe de +2 à +3. on a : . il est nécessaire au bon fonctionnement du complexe I et sera régénéré par le complexe III. Il est aussi important de remarquer la présence du FeS.

C’est là l’avantage d’un passage direct de O2 à H2O.Il est important que le processus ne génère pas d’ion superoxyde : O2 + e. On peut calculer l’énergie que représente un tel phénomène : ∆G°’ = -nF∆E◦’ où n est le nombre d’électrons transférés.87 La succinate déshydrogénase (enzyme du cycle de Krebs. Remarques : .qui est très réducteur. On a deux couples d’oxydoréduction : . III et IV) FADH2 + ½ O2 ↔ FAD + H2O (complexes II. .La chaîne respiratoire constitue une grande partie des protéines qui se trouvent dans la membrane mitochondriale interne.Le complexe IV est le seul possédant des molécules capables de réagir avec l’oxygène moléculaire. III et IV) Pourquoi parle-t-on de transfert d’électron ? FADH2 ↔ FAD + 2H+ + 2e. étape n°7) intervient ici.(cfr ce qui se passe aux complexes II et III) Comme on transfère 2H+.↔ O2. Bilan au niveau des chaînes respiratoires : NADH + H+ ↔ NAD+ + H2O (complexes I. . on doit aussi transférer 2e-.

9 kcal/mol 1 ATP 8. mais pas du complexe II (∆G°’ est trop faible).54V O2 Dans chacun des complexes. Dans le cas du FADH2.↔ NADH ½ O2 + 2H+ + 2e. on a libération d’énergie production d’ATP formation de 3 ATP par NADH + H+ réoxydé.32V) = 1. Dans le cas du FAD. ∆G°’ = -43.88 NAD+ + H+ + 2e. 24.↔ H2O ∆E◦’ = -0.32V ∆E◦’ = +0.82V ∆E◦’ = 0. On peut comparer cela avec l’oxydation complète du pyruvate (∆G°’ = -280 kcal/mol) Il y a donc récupération d’environ 90% de l’énergie au niveau des chaînes respiratoires.6 kcal/mol Pour chaque production d’une mole de NAD+ (par réoxydation de NADH). NADH/NAD+ 0. on a seulement 2 ATP. Comment les ATP sont-ils produits ? Hypothèse chimiosmotique de Mitchell : Il explique la production d’ATP à partir de réactions d’oxydoréduction et de la structure des mitochondries.6 kcal.14V ∆G°’ = -23.14 × 2 = -52. c’est un gradient de protons qui permet de récupérer de l’ATP. qui sont produits au niveau des complexes III et IV.82V –(-0.18V cyt c 0. Le bilan est donc : Réoxydation de 4 NADH + H+ et de 1 FADH2 ∆G°’ = -251 kcal/mol. En fait.3 kcal/mol 1 ATP 18 kcal/mol 1 ATP .062 × 1. Nous avons donc affaire à un processus qui libère beaucoup d’énergie. ce qui permet bien sûr une récupération d’énergie. (réoxydation du FADH2). on a libération de 52.4 kcal/mol.42V cyt b 0.

Processus de transfert : nH+int → nH+ext. ces protons permettront de former respectivement 3 et 2 ATP. En entrant dans la matrice. L’énergie nécessaire à la synthèse d’ATP est produite par l’apparition d’un gradient de protons entre l’espace inter-membranaire et la matrice. il faut fournir entre 3 et 4 protons. pour produire 3 ATP. Arguments en faveur de l’hypothèse de Mitchell : 1) On isole les mitochondries et on les traite au détergent. L’accumulation des protons (apparition d’un gradient) correspond donc à une accumulation d’énergie. Au niveau du complexe II. Ce gradient permet la synthèse d’ATP grâce à un système appelé ATP synthétase.4) = 224V ∆p : variation d’énergie pas mole de protons (valeurs à 25°C) ∆G°’ = -5.059(-1. Pour synthétiser une molécule d’ATP. En fait. tandis que celle du FADH2 expulse 8H+. Or. C’est une pompe à protons. Il y a perturbation des bicouches lipidiques de la membrane interne et elle est partiellement dissoute. C’est l’énergie qu’il faut fournir pour amener les protons dans l’espace intermembranaire. deux protons sont expulsés.03 nRT ∆pH ∆p = ∆Φ – (2. F0 : 3 sous-unités. il faut 7.03 RT/F)∆pH = ∆Φ – 0. L’oxydation du NADH expulse 11H+. C’est un potentiel de membrane : ∆G = -nF∆Φ où ∆Φ = Φext .050∆pH = 0. il faut au moins 4 électrons. Il y a apparition d’une « force proton-motrice ».14 – 0.03 nRT (pHext – pHint) Il apparaît à la membrane un potentiel puisqu’on a un appauvrissement de H+ à l’intérieur (apparition d’une charge -) et un enrichissement à l’extérieur. l’énergie récupérable lorsqu’ils passent dans l’autre sens.3 kcal/mol pour produire 1 ATP. . Donc. Il y a accumulation des protons à cet endroit puisque la membrane interne est perméable aux petites molécules et aux ions : [H+] augmente. tous les complexes en expulsent. Les H+ accumulés dans l’espace inter-membranaire peuvent donc traverser la membrane sans passer par l’ATP synthétase et on observe effectivement que l’ATP n’est plus produit.2 kcal/mol. Donc. F1 : 5 sous-unités. L’ATP synthétase est constituée de deux éléments : F0 et F1. Synthétise l’ATP (ADP + Pi ↔ ATP + H2O). ∆G = RT ln([H+]nint/[H+]next) = 2. qui transporte activement les H+ dans la matrice.Φint ∆GT = -nF∆Φ – 2. Les protons repassent dans la matrice et il y a rééquilibrage des charges.89 Il y a un pompage des protons par les complexes et ils sont envoyés dans l’espace inter-membranaire grâce à l’énergie libérée par l’oxydation.

ce qui a pour effet de séparer les entités F0et F1. puisqu’il n’y a plus d’énergie pour faire aller la réaction dans le sens de la production d’ATP. isolées. En effet. . qui respecte l’activité locale). c) Raker montre les rôles respectifs de F0 (transport des H+) et F1 (synthèse d’ATP). On peut reconstituer l’entité complète F0/F1 et montrer qu’elle a à nouveau un rôle d’ATP synthétase. sont traitées par de l’urée (agent dénaturant doux. il y a dégradation de l’ATP jusqu’à atteinte de l’équilibre entre ATP et ADP. Remarque : Il existe des découplants naturels qui ont le même rôle. Une protéine est présente dans les mitochondries pendant l’hibernation qui dissipe le gradient de protons en chaleur. Ces vésicules. Les F0 ont encore un rôle de transporteur d’H+ tandis que les F1 qui sont isolés peuvent jouer le rôle d’ATPases. Il utilise pour cela les utlrasons : en agitant violemment la membrane par ultrasons. on parvient à cliver des parties de cette membrane. Exemple : un animal qui hiberne n’a pas besoin de beaucoup d’énergie mais doit tout de même maintenir sa température.90 b) Utilisation d’un découplant comme le dinitrophénol. la synthèse d’ATP cesse car le dinitrophénol peut transporter des H+ et passer à travers la membrane interne de la mitochondrie. Le dinitrophénol est une molécule lipophile (peut donc se dissoudre dans la membrane) qui peut être chargée (capable de fixer des protons). En présence du découplant. Cette protéine disparaît une fois l’hiver passé. Ces petits morceaux de membrane se ressoudent pour former de petites vésicules.

Elle a une affinité différente pour l’ADP ou l’ATP selon sa position. Le rendement est donc de 40%. Bilan total de la synthèse d’ATP au cours de l’oxydation aérobie du glucose : glucose ↓ glycolyse ↓ pyruvate ↓ acétyl CoA G + 2 ADP + 2 Pi + 2 NAD+ → 2 pyruvate + 2 ATP + 2(NADH + H+) + 2H2O 2 (NADH + H+) + 2 (1/2 O2) + 6Pi + 6 ADP → 2 NAD+ + 6 ATP + 2H2O cycle de Krebs + chaînes resp. ce qui est exceptionnel ! . le reste de l’énergie est dissipée en chaleur. soit 251 kcal/mol. Il s’agit d’un transport actif car il nécessite l’intervention d’une protéine. si on ne considère que l’oxydation du pyruvate. Ainsi. Pourtant. L’échange est équitable : il y a autant d’ADP qui rentrent que d’ATP qui sortent. La récupération d’énergie est partielle. pyruvate + 5(1/2 O2) + 15 Pi + 15 ADP → 3CO2 + 15 ATP + 17 H2O en effet : 4 NADH → 12 ATP 1 FADH2 → 2 ATP 1 GTP → 1 ATP ×2 car il y a 2 pyruvate par glucose 30 ATP ! CO2 + H2O Le bilan global est donc de 38 ATP ! Bilan global (glycolyse – cycle de Krebs – chaînes respiratoires) C6H12O6 + 6O2 + 38 ADP + 38 Pi → 6CO2 + 38 ATP + 44 H2O La combustion du glucose : Glucose + 6O2 → 6CO2 + 6H2O produit 686 kcal/mol. ∆G = -280 kcal/mol et 30 ATP sont récupérés. L’ATP et l’ADP sont transférés au travers de la membrane interne par des translocases. Cela est dû à la polarité de la membrane et à la charge différente de l’ATP et l’ADP. Il faut donc faire circuler l’ADP dans un sens et l’ATP dans l’autre. on évite qu’une molécule ne traverse la membrane dans le mauvais sens. Elle peut fixer l’ADP ou l’ATP et subit alors une permutation qui amène l’ATP à l’extérieur ou l’ADP à l’intérieur. La translocase se trouve dans la membrane interne. Le rendement est de ~90%. soit 272 kcal/mol.91 Remarques : La mitochondrie sert de lieu de synthèse de l’ATP (ATP qui servira dans le cytosol) à partir de l’ADP provenant du cytosol. Ce sont des protéines spécialisées qui ont aussi un rôle régulateur. L’oxydation aérobie du glucose permet de récupérer 38 ATP.

cycle de Krebs. Ils font appel à des rétrocontrôles dont l’action est réversible.92 On voit donc que la partie glycolyse du processus est peu efficace. Régulation des processus de glycolyse et de désoxydation aérobique : Glucose ↓ Fructose 1-6 diP ↓ Pyruvate ↓ Acétyl CoA ↓ Citrate Cycle de Krebs Succinyl CoA NADH FADH2 Chaîne respiratoire ATP Ce système subit un rétrocontrôle et l’ATP sert d’élément régulateur au niveau de plusieurs enzymes. (1) est inhibé par un excèse d’ATP : son activité ralentit. oxydation aérobie) sont parfaitement régulés. dans certaines conditions (effort musculaire très violent). et donc l’ensemble du processus ralentit. le processus de fermentation est toujours présent dans les cellules pratiquant la respiration. Le + (2) est en fait un complexe enzymatique qui est sensible à la concentration en ATP et au rapport NADH/NAD phosphofructukinase (1) déshydrogénase pyruvique (2) Citrate synthétase (3) (reflet de la saturation des chaînes respiratoires) par la phosphorylation d’une sérine. En effet. l’essentiel des ATP étant récupérés à partir du cycle de Krebs. et c’est alors que la fermentation lactique intervient. Tous ces processus (glycolyse. Cependant. (2) est aussi inhibé par un excès d’ATP. la cellule peut se retrouver en anaérobie. (3) Les navettes : . Le processus efficace (cycle de Krebs) se serait ajouté par après au processus de glycolyse primitif au cours de l’évolution. Son activité diminue aussi en présence d’un excès d’acétyl CoA. est contrôlé par la concentration de succinyl CoA (problème au niveau du cycle de Krebs) et de NADH (problème au niveau de la chaîne respiratoire).

Dans les tissus utilisant ce type de navette. Dans la matrice : glycérophosphate + FAD ↔ FADH2 + dihydroxyacétone ( voir schéma précédent ) Enzyme : glycérophosphate déshydrogénase. Remarque : c’est la même réaction qui permet de lancer la glycolyse en anaérobie en absence de NAD+ et jusqu’à obtention d’une concentration suffisante de celui-ci. le NADH ne va jamais passer la membrane interne de la mitochondrie. le bilan total est de 36 ATP). il y a retour du dihydroxyacétone dans le cytosol et réoxydation du FADH2 par les chaînes respiratoires dans la matrice. on a le transfert du glycérophosphate (du cytosol vers la matrice) et oxydation à l’intérieur de la matrice.Navette du glycérophosphate : Cette navette se rencontre dans les cellules de muscle. En aérobie.93 La glycolyse est localisée dans le cytosol et le cycle de Krebs dans la mitochondrie. Rappel : FADH2 → 2ATP alors que NADH → 3ATP. de cerveau… Dans le cytosol.Navette malate-aspartate : Présente dans les cellule de foie. . . Ce n’est pas le même enzyme que plus haut : celui-ci utilise le FAD comme cofacteur. . Ensuite. Cependant. Il existe un système de navettes qui permettent de faire passer le pouvoir réducteur du NADH du cytosol à la matrice. on rencontre donc un bilan déficient de 2 ATP (ici. Il en existe plus exactement de 2 types. suivant le type de cellule. on a : dihydroxyacétone-3-P + NADH + H+ ↔ NAD+ + glycérophosphate-3-P Enzyme : glycérophosphate déshydrogénase.

notre réserve énergétique est essentiellement constituée de graisses. C’est un processus général qui peut transformer d’autres molécules. il faut tenir compte de cette navette mais pas au point de vue de l’ATP car ici. Dans le bilan total de la glycolyse. Les lipides peuvent fournir les ATP dont la cellule a besoin (lipide ~9 kcal/g . on n’utilise plus du FAD mais bien du NAD. On a une transamination. ose ~4kcal/g). par exemple les lipides. Oxydo-réduction : oxaloacétate + NADH + H+ ↔ NAD+ + malate Transamination : (passage amine → cétone et en même temps cétone → amine) glutamate + oxaloacétate ↔ α-cétoglutarate + aspartate On a une transamination dans le cytosol et dans la mitochondrie. En effet.94 L’oxaloacétate ne peut pas passer à travers la membrane. Les lipides de réserve sont des triglycérides (glycérol + acides gras) : . Le bilan est donc bien de 38 ATP… Transformation des lipides : Le cycle de Krebs ne fonctionne pas qu’à base d’oses. ce qui complique le mécanisme. Un adulte possède ~130000 kcal sous forme de graisses et 600 kcal sous forme d’oses.

suppression de la double liaison.95 . Pourquoi ? Décomposons la réaction : a) b) 2) Formation d’une double liaison. . celles qui clivent au niveau du C2. Il existe 3 types de lipases : celles qui clivent au niveau du C1. 1) formation d’un Acétyl CoA : molécule activée. on retrouve du benzoate : Ceci ne s’explique que par le fait que les acides gras sont clivés par 2C. on retrouve dans l’urine du phenylacétate : Si n est impair. 3) On ajoute de l’eau. H2O + PP → 2Pi (enzyme : pyrophosphatase) On obtient de l’AMP et pas de l’ADP. et celles qui clivent au niveau du C3. Se produit au niveau de l’intestin qui produit des lipases (clivent des liaisons ester). on a bien assez d’énergie provenant de ATP → AMP + PP Or. Expérience de Kraft : Il donne à manger à des lapins des dérivés d’acides gras contenant des groupements facilement reconnaissables et observe les résidus dans les excréments. 2ème étape : oxydation de l’acide gras. Exemples : ??? n=3 n=4 Soit un acide gras contenant nC et un groupement acide.1ère étape : clivage du lipide en glycérol et acides gras. Le glycérol s’intègre au processus de glycolyse. où ils sont oxydés en CO2. 4) Réaction d’oxydation avec comme cofacteur NADH.L’oxydation se fait par étapes : élimination de 2C à la fois. Si n est pair. Pour faire cette réaction. Les acides gras sont véhiculés vers le foie.

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