SúperComputo con Linux

Por ISC Rafael Enrique Palomo Espinosa Lab. Bioinformática, Cinvestav/Langebio Grupo Linux del Bajio Fayo.palomo@gmail.com fayox23@glib.org.mx

Temas 

Definiciones Historia Tipos Diseño Uso Ejemplos     

¿Qué es una súpercomputadora? 

Es un sistema que es el máximo poder de computo a nivel mundial. El termino se acuña en 1929 por un artículo del periódico New York World sobre un equipo en la Universidad de Columbia. Quien las hizo famosas fueron la computadoras comerciales de Seymour Cray en los 60's.  

IBM 704

En los inicios 

Se trataban de equipos armados a la medida con lo mejor del hardware de la época. Sus tareas eran muy especificas: romper códigos, cálculos militares, solución de ecuaciones muy complejas, ... Por lo mismo eran equipos muy raros y de alto costo.  

En la actualidad 

Siguen siendo equipos armados a la medida. Sus tareas se han diversificado. El costo de armarlo y usarlo se ha disminuido con el uso de sistemas tipo clúster nacidos en la NASA con el proyecto Beowulf.  

¿Qué es un clúster? 

Los clústers en computación son un grupo de computadoras interconectadas, que trabajan en conjunto, distribuyéndose las tareas entre ellas, logrando que el usuario lo vea como una sola.

Rendimientos

2100

2100

2100

2100

2100

2100

2100

2100

R E N D I M I E N T O
Desktop SMPs o SuperCom putadoras Cluster Local Cluster/Grid Cluster/Grid Globales

Componentes básicos
Hardware Homogéneos: máquinas clónicas Heterogéneos: máquinas diversas Software Sistema Operativo Control procesos Migración procesos Balanceo de carga Aplicaciones Lenguajes Comunicación Sistema de archivos Red local

7.6 %

r

t

t r

19.6 %

72.8 %

D t

d t p5

 

 

 

t t r

t

. rg (j

2006)

Familia
16.60%

Pr c sador
16.00%

0.80%

3.80%

23.60%

Pow r Cray Alpha PA-RISC I t l IA-32 NEC Sparc I t l IA-6 I t lE 6 T A D 86_6

29. 0%

7. 0% 0.80%

¡

¡

Datos de top500.org (ju io 2006)

Número Procesadores
0.80% 9.60% 6.00% 0.20% 1.60% 2.80%

24.80%

33-64 65-128 129-256 257-512 513-1024 1025-2048 2049-4096 4k-8k 8k-16k 32k-64k 64k-128k

52.80%

Datos de top500.org (junio 2006)

Conexión
¢
17.40

¢

51.20

Datos de top500.org (j nio 2006)

¢

7.20

¢

¢

2.80

2.40

¢

1.00

¢

¢

¢
8.40 1.80

¢

0.60 1.80

¢

5.20

Myrinet Q adrics igabit Ethernet Infiniband Crossbar Mixed NUMAlink SP Switch Proprietary Fireplane Cray Interconnect RapidArray

Sistemas Operativos

¿Por qué Linux?
Estabilidad  Multiusuario  Multitarea  Herramientas incluidas  Escalable  Soporte completo a redes  Portable a varias arquitecturas  Costo Nulo de Licencia 

Configuraciones

Piscina

Típica Maestro + Esclavos

Mixta

¿Para que usan Clústers?
16.60%

U

2.80%

23.60%

4.80%

0.80%

dé i o lasifi ado Gobierno Industria Investiga ión Vendedor

¿Para que usan Clústers?
Indexar la WWW  Armar el genoma humano  Predicción del clima  Calcular números primos  Resolver ecuaciones complejas  Simulaciones atómicas  Simulaciones moleculares  Simulaciones galácticas  Simulaciones epidemiológicas  Romper códigos  Equipos de alta disponibilidad  Redes de juegos  Películas  etc, etc 

Mare Nostrum

Ubicado en Barcelona # en top500 27. TF, 4 2 PowerPC 2.2Ghz 4b, . Tb en RAM, 23 Tb en DD Las más bellas instalaciones

Earth Simulator

Ubicado en Japón, # en top500 5 20 NEC Vector SX , 3 . TF

BlueGene/L

# en el mundo, de IBM 3 072 procesadores, 327

GB RAM, 2 0. TF

Mazorka
Características: 2 nodos + maestro Pentiums ( ) 2 Pentium Xeon GHz 4 Gb RAM DD 0 Gb Xeones ( 0) 2 Xeon II 4b Gb RAM DD 220 Gb Maestro 2 Tb en RAID 5 Linux Fedora Core 2 Admon. clustering: CIA Servidor tareas: PBS Apache, MyS L, Ganglia, C, Fortran, Perl, bash, R, ...

¿Y en que programo?

En lenguajes que soporten MPI o similares:  Fortran  C/C++  Java  Perl  Python  Ruby  C#

Clústers con consolas

Sony PS2

MS XBox

Receta para clústers instantáneos en 5min
1) Obtener el LiveCD 2) Conseguir el equipo 3) Montar la red 4) Iniciar un Nodo Maestro 1) Activar DHCP 2) Activar NFS 3) Activar ClusterTools 5) Iniciar Nodos Esclavos 1) Registrar DHCP 2) Activar NFS ) ¡Listo!

Para saber más ...
Supercomputadoras Top500: LCIC: Sistemas de Clústers OSCAR: BEOWULF: OpenMosix: Rocks: Linux Virtual Server: Linux LiveCDs para clústers ParallelKnoppix: ClusterKnoppix: uantian: BCCD: PlumpOS: MPI: LAM: MPICH: PVM: http://top500.org/ http://lcic.org/ http://oscar.openclustergroup.org/ http://www.beowulf.org/ http://openmosix.sourceforge.net/ http://www.rocksclusters.org/ http://linux-vs.org/ http://parallelknoppix.cebacad.net/ http://bofh.be/clusterknoppix/ http://dirk.eddelbuettel.com/quantian.html http://bccd.cs.uni.edu/ http://plumpos.sourceforge.net/ http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi http://www.lam-mpi.org/ http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich http://www.csm.ornl.gov/pvm/

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