P. 1
Tesi2

Tesi2

|Views: 1,430|Likes:
Published by dirac80

More info:

Published by: dirac80 on Oct 22, 2010
Copyright:Attribution Non-commercial

Availability:

Read on Scribd mobile: iPhone, iPad and Android.
download as PDF, TXT or read online from Scribd
See more
See less

01/10/2013

pdf

text

original

Ciascun metodo computazionale ha sia punti di forza sia di debolezza: i meto-

di quantomeccanici (QM) permettono la stima di numerose propriet`a molecolari

e di modellare reazioni chimiche, ma i tempi di calcolo crescono rapidamente al-

l’aumentare delle dimensioni del sistema in studio. I metodi molecular mechanics

(MM) possono fornire un numero molto pi`u limitato di informazioni e non pos-

sono essere impiegati per la simulazione di rotture o formazioni di legami, ma

permettono di effettuare veloci ottimizzazioni geometriche anche su sistemi di

grandi dimensioni nel loro stato fondamentale. I metodi ibridi QM/MM cercano

di combinare le caratteristiche pi`u utili dei due diversi approcci in un singolo

calcolo.

Ilcasopi`usemplicedimetodoibridoprevedel’impiegodiunmetodoQM(HF,

DFT,ecc.) soloperunaregionelimitatadellamolecola, perlaqualesiaimportante

avere un modello accurato della struttura elettronica. Il resto del sistema viene

invece simulato con un metodo MM. Frequentemente la regione QM `e interna al

sistema (inner), mentre la regione MM `e esterna (outer). Esempi di schemi di

questo tipo possono essere:

• macromolecole biologiche come gli enzimi, il cui sito attivo viene studiato

130

6.1 Operazioni preliminari

a livello QM e la restante struttura proteica a livello MM;

• soluti immersi in un solvente considerato tramite un modello esplicito, in
cui il soluto viene simulato tramite un metodo QM e le numerose molecole

di solvente con un metodo MM;

• setacci molecolari, in cui la specie inserita in una cavit`a `e studiata a livello
QM mentre la gabbia circostante `e simulata mediante MM.

Sfruttando le caratteristiche dei metodi QM/MM abbiamo simulato il sistema

Zn2+

-Aβ1−16 con e senza solvente dividendo il sistema in due regioni.

You're Reading a Free Preview

Download
scribd
/*********** DO NOT ALTER ANYTHING BELOW THIS LINE ! ************/ var s_code=s.t();if(s_code)document.write(s_code)//-->