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LAMMPS インストールメモ on Mac OS X LAMMPS は分子動力学のシミュレータです。

手間は掛かりますが、Mac OS X にもインストールできます。 関連キーワード: http://www.kanshin.com/keyword/2323948 [関心空間 - hoomd (Highly Optimized Object-oriented Many-particle Dynamics -- Blue Edition)] http://lammps.sandia.gov/ [LAMMPS Molecular Dynamics Simulator] lamp: a device that generates light, heat, or therapeutic radiation; something that illumines the mind or soul -- www.dictionary.com This is the home page for the classical molecular dynamics code LAMMPS, an acronym for Largescale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator. The current version of LAMMPS is 15 Jan 2010. ###LAMMPS の Mac OS X でのインストール (Snow Leopard) ##GPU の組み込みはしません。 ##2011-Jan15 版の lammps のソースコードを make した。(2011-01-15) (1) OS は OS X 10.6.3, MacBook LATE2009 を使用 (2) Xcode はバージョン 3.2.5 をインストール (3) gfortran を hpc.sf.net から入手

http://hpc.sourceforge.net/ の gfortran-snwleo-intel-bin.tar.gz インストール (A) gunzip gfortran-snwleo-intel-bin.tar.gz (B) sudo tar -xf gfortran-snwleo-intel-bin.tar -C / (4) git を http://code.google.com/p/git-osx-installer/ から入手してインストール (5) lammps を入手 適当なディレクトリで

git clone http://git.icms.temple.edu/lammps-ro.git mylammps (http://lammps.sandia.gov/download.html 参照) mylammps 以下に最新版が展開される。 (6) OpenMPI をインストール http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.4/ 適当なディレクトリで展開して ./configure make all make check sudo make install (7) FFTW のインストール

FFTW はバージョン 2.1.5 を使用した。 http://www.fftw.org/download.html[FFTW Download Page]から入手。 適当なディレクトリに展開して ./configure make all make check sudo make install (8) LAMMPS の make LAMMPS のソースのディレクトリに移る。 (A) lib の atc, meam, poems, reax を make atc: make -f Makefile.g++ meam: make -f Makefile.gfortran poems: make -f Makefile.g++ reax: make -f Makefile.gfortran (B) mylammps/src/MAKE の Makefile.openmpi の修正 #meam_SYSLIB = -lifcore -lsvml -lompstub -limf #reax_SYSLIB = -lifcore -lsvml -lompstub -limf meam_SYSLIB = -lgfortran reax_SYSLIB = -lgfortran とする。 (C) src で make yes-all GPU を使わないので: make no-gpu (D)src で make openmpi を実行すると、src に lmp_openmpi ができる。 これが LAMMPS の実行ファイル。 (E)実行 mpirun -np N lmp_openmpi < スクリプトファイル (N はプロセスの数) で実行できる。 詳細はマニュアル参照。 http://bit.ly/atirpw [分子動力学法 - Wikipedia]

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