Introdução ao BRAHMS e ao Banco de dados Leucaena

Março de 2003

Exercícios de treinamento BRAHMS Versão 5, para ser usado junto com o banco de dados monográfico do gênero Leucaena.

Please note that the English version of this guide was updated on 27 August 2004 to match Version 5.55.

Denis Filer and Colin Hughes Department of Plant Sciences University of Oxford UK

Traduzido por Gustavo M. Borges gustavo@umbuzeiro.cnip.org.br

Centro Nordestino de Informações Sobre Plantas CNIP, Recife - Brasil

Botanical Research And Herbarium Management System

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Conteúdo

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20

INTRODUÇÃO................................................................................................................................................................ 4 ANTES DE INICIAR ...................................................................................................................................................... 8 ACESSANDO E LIGANDO AO BANCO DE DADOS DE LEUCAENA................................................................ 10 BARRA DE MENU PRINCIPAL E BARRA DE FERRAMENTAS ....................................................................... 12 CONFIGURAÇÃO E INDEXAÇÃO DO SISTEMA ................................................................................................. 14 ALGUNS FUNDAMENTOS ........................................................................................................................................ 16 CATEGORIAS DE COLEÇÕES ................................................................................................................................. 19 EXTRAINDO COLEÇÕES .......................................................................................................................................... 20 ELABORANDO RELATÓRIOS ................................................................................................................................. 22 TRABALHANDO COM ESPÉCIES NO ARQUIVO PRINCIPAL ..................................................................... 24 ADICIONANDO UMA NOVA COLEÇÃO ............................................................................................................ 26 INTRODUÇÃO À ENTRADA RÁPIDA DE DADOS (RDE) ............................................................................... 28 EDITANDO UMA COLEÇÃO ................................................................................................................................ 30 DICIONÁRIO PRINCIPAL DO NOME DE COLETOR ..................................................................................... 32 CRIANDO UM ÍNDICE DE EXSICATAS NO WORD ........................................................................................ 33 REALIZANDO UMA TRANSAÇÃO DE EMPRÉSTIMO................................................................................... 35 IMPRIMINDO E DESENHANDO ETIQUETAS .................................................................................................. 37 USANDO O MÓDULO BIBLIO .............................................................................................................................. 39 INTRODUZINDO IMAGENS ................................................................................................................................. 40 TRABALHANDO COM MAPAS ............................................................................................................................ 41

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4

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1.1

Introdução
Mini-curso de BRAHMS

Este documento é um mini-curso para a versão 5 do BRAHMS para se usado em conjunto com o banco de dados de Leucaena. Depois de instalar este exemplo de banco de dados, você poderá explorar funções no BRAHMS que do contrário levaria muito tempo para descobrir. Embora este pequeno curso não cubra todos os aspectos do BRAHMS, introduz uma grande quantidade de funções e depois de completar os exercícios você deveria estar apto parar começar seu próprio banco de dados com um pouco mais de confiança.

O banco de dados inclui dados com mais de 2800 espécimes hospedados em 26 herbários (UM, AAU, BISH, BM, CAS, CR, EAP, F, FHO, G, HAL, HEH, K, LAGU, M, MEXU, MO, NY, OXF, PMA, QAME, TEFH, TEX, UC, EUA e W). Campos de notas detalhados, nomes comuns, fenologia e códigos de nativas/cultivadas, e estão incluídos registros de duplicatas e a maioria de espécimes tem dados geográficos precisos par a mapeamento. Além disso, este banco de dados inclui nomenclatura completa (nome de status, sinonímia, typus) para todos os taxa; descrições de espécie (descrições formais, distribuição, usos, estado de conservação, etc.); material de pesquisa associado (nódulos, madeira, fotografias, sementes, folhas secas etc.); uma bibliografia inclusiva; seqüência de dados de DNA; e imagens. Também inclui modelos de relatório, amostra de um arquivo de Entrada de Dados Rápida (RDE) e as colocações de configuração completas de um banco de dados ativamente usado.

O banco de dados Leucaena foi feito completamente por seu autor, Colin Hughes cujos dados foram publicados como uma monografia premiada no Systematic Botany Monographs.

1.2

Resumo sobre o banco de dados de Leucaena

O banco de dados de Leucaena provê uma amostra muito boa, como exemplo, para explorar e aprender sobre o BRAHMS ambos para curadores e para aqueles que embarcam em um estudo de monográficos.

O pequeno gênero Neotropical de Leucaena (Leguminosae - Mimosoideae) inclui 22 espécie, 6 taxa de infraspecific e dois nomes híbridos. Uma quantidade de dados taxonômicos de Leucaena foi publicada recentemente (o Hughes, C.E., 1998, Systematic Botany Monographs 55) construindo em uma revisão mais recente das espécies mexicanas (Zárate, S., 1994, Anal. Inst. Biol. Mex. Ser. Bot. 65: 83-162). The species accounts foram publicadas a partir deste banco de dados.

1.3

Sobre Leucaena

A maior diversidade da espécie está no México (17 espécies, 10 endêmicas) e norte da América Central (9 espécie, 4 endêmicas). O gênero se estende ao norte do Texas meridional, E.U.A., esporadicamente pelo Caribe e na América do Sul, bem como ao sul do Peru. Todas as espécies á são árvores de pequeno a médio porte, as quais crescem principalmente na estação seca decidual da floresta tropical.

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Mapa mostrando o total de distribuição de Leucaena no "novo mundo". Os pontos são 2393 espécimes de herbários com locais de coleta com localidades verificadas (88% dos espécimes totais examinados). O mapa mostra a ocorrência de espécie de Leucaena na estação seca em habitats tropicais e a ausência virtual de regiões de deserto frios e florestas de terras baixas em florestas de terras baixas.

Systematic Botany Monographs University of Michigan Herbarium North University Building Ann Arbor MI 48109-1057 USA

A importância econômica e a domesticação da espécie de Leucaena, e particularmente L. leucocephala para a produção de forragem de gado, adubo verde, pequenos produtos de madeira e para conservação de terra é famoso e amplamente documentado. A espécie de Leucaena é cultivada pantropicalmente agora como forragem e colheitas de madeira. No México, 13 espécies de Leucaena são usadas como alimentação secundária e sofreram um processo complexo de domesticação indígena. Um Manual de Recursos Genético (Hughes, C.E. 1997. Tropical Forestry Paper 37, Oxford Forestry Institute) foi escrito para documentar estes recursos genéticos economicamente importantes. Para ordenar uma cópia da monografia de Leucaena, contate:

American Society of Plant Taxonomists: http://www.sysbot.org

Fundado para o desenvolvimento inicial do banco de dados do sistema BRAHMS e para o trabalho monográfico em Leucaena foi provido pelo Programa de Pesquisa em Silvicultura (Forestry Research Programme - FRP) do Department for International Development (DFID). O trabalho com Leucaena continua Leverhume Trust and the Royal Society. O Projeto BRAHMS é apoiado agora em grande parte pelos usuários autorizados, projetos e pequenas concessões de pesquisa.

1.4

Apoio do Projeto

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1.5

Grupo de Consultores

Jonathan Bennett trabalhou com Strobilanthes (Acanthaceae) do Sul da Ásia Oriental para o seu doutorado - Department of Plant Sciences, University of Oxford. A contagem taxonômica foi preparada usando o BRAHMS. Atualmente ele está trabalhando na Universidade de Columbia onde estuda a evolução sistemática e molecular de Orobanchaceae.

Jonathan Bennett, University of Columbia, Missouri (bennettjon@missouri.edu)

Em 1997, Aljos Farjon publicou na Flora Neotropica uma contagem de Pinus para a America Latina usandoBRAHMS. Seu banco de dados de dados foi então expandido para incluir detalhes taxonômicos de Coníferas, isto subseqüentemente conduziu a publicar o checklist mundial de Coníferas, publicado pelo KEW. Atualmente ele está trabalhando em uma revisão de Cupressaceae. Ele tem contribuído bastante para muitas das nomenclaturas e taxonomia que aparecem no BRAHMS. O banco de dados Pinus está disponível no web site. Denis Filer, Plant Sciences, University of Oxford (denis.filer@plants.oxford.ac.uk).

Aljos Farjon, Curator of Gymnosperms, Herbarium RBG Kew (A.Farjon@rbgkew.org.uk).

Denis Filer é o coordenador do Projeto BRAHMS. Ele é responsável pela coordenação de desenvolvimento de software e organização de cursos de treinamento no BRAHMS e trabalha com o desenvolvimento de redes de banco de dados regionais no Brasil, Países Baixos Sul da Ásia Oriental.

Saw Leng Guan, Curator Kepong Herbarium, Malaysia (sawlg@frim.gov.my). Saw Leng Guan tem trabalhado com o BRAHMS desde 1994 e tem coordenado o desenvolvimento do banco de dados principal do Herbário Kepong, bem como promovido um intercâmbio regional dos dados. Ele tem um especial interesse em conservação e analise da flora do sudeste Asiático, em especial Palmas. Ele também é responsável pelo desenvolvimento de um novo Jardim Botânico em Kepong, e tem um interesse especial em ligar os dados de Herbários com os deste Jardim Botânico.

Colin Hughes, Plant Sciences, University of Oxford (colin.hughes@plants.oxford.ac.uk). Colin Hughes tem trabalhado com o BRAHMS desde 1989 e tem feito contribuições a muitos aspectos de sua funcionalidade. Ele usou o BRAHMS para ajudar com a preparação da monografia de Leucaena como citado neste guia e atualmente está estendendo o banco de dados dele para ajudar com a revisão de Lupinus.

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Andrew Liddell, Plant Sciences, University of Oxford. Andrew Liddell tem trabalhado no desenvolvimento dos componentes do BRAHMS na internet. Ele re-desenvolveu o principal web site. Atualmente está envolvido no planejamento dos módulos de um banco de dados on-line.

Regina Martins da Silva, Curator Embrapa Amazônia Oriental, Brasil (regina@cpatu.embrapa.br). Regina Martins da Silva tem coordenado o desenvolvimento do banco de dados do BRAHMS de dos três maiores Herbários na Amazônia Brasileira (Herbário IAN, Belém) – incluindo a incorporação da coleção Xylarium. Ela tem promovido e estreitado às relações entre este Herbário e também o Museu Goeldi (MG) e Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia INPA em Belém e Manaus respectivamente.

Tim Pearce, Seed Conservation Department, RBG Kew (T.Pearce@rbgkew.org.uk). Tim Pearce começou a trabalhar com o BRAHMS em 1995 no Herbário EA, Nairobi, Quênia. Ele tem feito vários cursos de treinamentos no leste da África e desenvolvido um banco de dados do gênero Kalanchoe. Seu novo cargo é o de Coordenador Internacional para África Oriental do Kew's Millenium Seed Bank Project, ele também é consultor de desenvolvimento do módulo de Banco de Sementes do BRAHMS.

.

Luc Willemse tem coordenado o desenvolvimento do banco de dados principal do National Herbarium of the Netherlands que inclui Leiden, Utrecht and Wageningen desde 1995. Ele tem sido responsável pela grande quantidade de entrada de dados no BRAHMS-RDE, em Leiden, ligando esse a atividades paralelas de banco de dados em U e WAG. Ele também tem sido responsável pelo Netherlands Type digitisation programme, que inclui as imagens scanneadas das espécies Typus e gerenciamento os módulos de empréstimos do BRAHMS em Lieden. Atualmente, suas atividades incluem a Coordenação do South East Asian Botanical Collection Network.

Luc Willemse, National Herbarium of the Netherlands - Leiden (willemse@hmpost.leidenuniv.nl).

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2.1

Antes de iniciar
Seções do Manual

Este guia de treinamento, pode ser usado sem necessidade de consulta a outras seções do manual do BRAHMS. Porém, pode ser proveitoso ao usuário baixar (dowloand), na seção MANUAL da home page, alguns documentos, por exemplo: introdução ao BRAHMS (Introduction to BRAHMS), Iniciando (Getting started) Fundamentais (Fundamentals).

As seções do manual podem ser baixadas como arquivos do word ou PDF. Eles são menores e assim podem ser baixados mais rapidamente.

A instalação é explicada na home page. Usuários novos precisarão fazer o Download do Visual FoxPro (VFP) arquivo de biblioteca. Note que o BRAHMS 5.46 usa a Versão VFP 7. A seção pertinente é copiada abaixo:

2.2

Instalação do BRAHMS

9 Depois de instalar o BRAHMS, você deveria ter uma estrutura de pastas semelhante a mostrada abaixo. Aqui são fornecidas algumas notas sobre sub pastas do BRAHMS, embora não seja necessário saber detalhes sobre isso.

A pasta ‘Emptyproject’ contêm um modelo de banco de dados que é copiado quando você cria um novo banco de dados (também conhecido com um PROJETO DO BRAHMS).

A pasta de Biblioteca contém um modelo de banco de dados para o módulo de Biblio de BRAHMS. Estes arquivos de ajuda são armazenados separadamente ao banco de dados principal. Arquivos na pasta ‘Localuser’ são copiados para criar pastas de trabalho do BRAHMS (Brahms5work folders).

Seu projeto de dados (banco de dados, arquivos de RDE, modelos de relatórios, etc) serão armazenados em outra pasta fora da pasta BRAHMS5.

A pasta ‘sysdata’ armazena vários arquivos de banco de dados usados pelo software, por exemplo, o menu traduzível e arquivos de mensagem. São incluídas várias pastas inclusive amostras e modelos de etiquetas e RDE.

O próprio banco de dados de Leucaena é armazenado na 'sub pasta de Database'. O banco de dados de literatura é armazenado na 'sub pasta de Biblio'. São disponibilizados várias subpastas adicionais de dados, como amostra ligados a este banco de dados, por exemplo em "Imagens".
Abra o arquivo Leucaena.zip diretamente em C :\ (ou outro diretório). O banco de dados não precisa estar no mesmo diretório com o sistema BRAHMS.

Carregue arquivo zipado do banco de dados Leucaena LEUCAENA.ZIP da home page do BRAHMS. Abra este arquivo zipado em C:\ ou outro diretório apropriado. Se você abrir o arquivo zipado em C:\, isto automaticamente criará uma pasta C:\BRAHMSDATA-LEUC com várias sub pastas. Não abra o arquivo zipado na pasta \Brahms5.

2.3

Instalando o banco de dados do gênero Leucaena

Isto criará uma estrutura de pasta como mostrado aqui, pronto para acessar.

Mais tarde, depois que você acessar o BRAHMS, será solicitado para que registre o banco de dados de Leucaena em seu gerenciador banco de dados. Este processo simples é explicado na próxima seção.

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3.1

Acessando e ligando ao banco de dados de Leucaena
Primeiro acesso

Como um primeiro passo, você precisará abrir o BRAHMS e se assegurar de que pode acessar no 'Emptydatabase', projeto que é fornecido como parte do sistema principal. Supondo que o BRAHMS tenha sido corretamente instalado e que você copiou o Visual Fox Pro Library para a pasta \Brahms5, você poderia começar a acessar o BRAHMS vendo a tela abaixo.
Depois de uma nova instalação e quando você acessa pela primeira vez, o Projeto padrão de entrada é o "Empty Database" ou Projeto Vazio. Inicialmente, você deveria acessar como "Administração" com uma senha padrão ' A'.

Assegure-se de que o modo "Únicousuário" (Singler-user) está selecionado. Isto pode ser mudado depois se você está operando o BRAHMS5 em uma rede no modo multi-usuário.

3.2

Como criar seu próprio banco de dados novo?

Depois de entrar no BRAHMS inicialmente, você verá uma tela pronta abaixo oferecendo a você a opção para criar seu próprio banco de dados. Esta opção é não criar o banco de dados de Leucaena, mas sim um banco de dados novo e vazio que você poderia usar eventualmente para seus próprios dados. A opção para criar seu próprio banco de dados novo sempre é oferecida se o seu "Gerenciador de Banco de Dados do BRAHMS só possuir o "EMPTY DATABASE". Você pode selecionar ' Yes' aqui e proceder seguindo as instruções fornecidas. Se você escolher " No", você pode criar seu próprio banco de dados, depois em qualquer fase, selecionando "Arquivo, Crie banco de dados novo".
Usando esta forma, você pode criar seu próprio banco de dados novo. Devem ser criados bancos de dados novos em uma sub-pasta vazia para outra pasta como em C:\Brahmsdata\Mydb.

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3.3

Registro do banco de dados Leucaena em seu Gerenciador de Banco de dados

Se você decidir criar um banco de dados novo nesta fase ou não, depois de acessar, você precisará registrar o banco de dados de Leucaena em seu Gerenciador de Banco de dados. Para fazer isto, selecione "Arquivo> Gerenciador de Banco de dados. Aqui para registrar rapidamente o banco de dados de Leucaena, você pode usar a opção "Ferramentas>adicionar exemplos de bancos de dados> Leucaena. Alternativamente, você pode adicionar manualmente um registro novo usando o botão direito do mouse e digitando os dados pertinentes.

Se necessário, use um clique com o botão direito no campo "DATABASE DATA DIRECTORY" para ré-localizar o banco de dados. Depois de registrar o banco de dados, saia e então entre novamente no BRAHMS, e escolha “Leucaena database” em vez de 'Empty database'.

Se você tiver problemas quando acessar, confira os seguintes pontos.

3.4

Resolvendo problemas com a instalação

1. confira se você instalou o BRAHMS para a pasta C:\BRAHMS5 (ou outro diretório como em N:\BRAHMS5 etc.). Se o BRAHMS está instalado na pasta arquivos de programas C:\Arquivos de Programas, isto fará com que o programa não seja executado. 2. cheque se você também instalou o Visual Fox Pro (Versão 7) como instruído acima. 3. cheque se você adicionou a "CHAVE DE ACESSO" (o nome desse arquivo deve ser “brahmskey.mem") para sua pasta \BRAHMS5.

4. Se você puder acessar um Projeto Vazio (EMPTY PROJECT), mas não o Leucaena, cheque se você instalou o banco de dados de Leucaena (abra o arquivo zipado) e se o mesmo está corretamente registrado em seu gerenciador de Banco de Dados como descrito acima.

5. Esteja seguro de conferir o nome do caminho do banco de dados de Leucaena cuidadosamente em seu gerenciador de banco de dados. Se necessário, clique com o botão direito do mouse no DATABASE DATA DIRECTORY no campo conferir.

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4.1

Barra de MENU principal e Barra de Ferramentas
Introdução

O MENU principal do BRAHMS e a barra de Ferramentas. No topo da legenda, são exibidos os nomes de usuário atual, banco de dados, pasta de banco de dados e modo de usuário. O MENU e as opções de barra de Ferramentas são ativos em qualquer momento, depende em qual módulo o sistema esteja aberto.

Arquivo: acesso ao gerenciador de banco de dados; cria um banco de dados novo; revisão de banco de dados; abre arquivos recentemente abertos. Taxa: Edita e examina todos os graus de taxon inclusive nomenclatura, texto descritivo, autores e nomes comuns. Geo: Edita e examina os arquivos de país e gazetteer (localidade). Viveiros: O módulo de coleções Viveiros está em preparação.

4.2

Opções de MENU

Coleções: Edita e examina todas as categorias de coleção e coleção associada; transações de herbário. Banco de sementes: Edita e examina ascensões de lote de semente; dados de teste de semente e transações de semente. Endereços: Edita e examina nomes / endereços de herbários. Biblio: Edita e examina referências, autores de referência e diários.

Mapas: Abre e edita arquivos de mapa na biblioteca de mapa do sistema. DNA: Edite e examine amostras de DNA e biblioteca de sucessão. Extrações: Acessa todo o sistema e arquivos extraídos (query).

Imagens: Edita a biblioteca de imagem com vínculos opcionais para taxa e localização.

Utilidades: Edita recursos gerais do sistema e arquivos de comando. Ajuda: Arquivos de ajuda e web site do BRAHMS.

Admin: Funciona para projetos, senhas e acesso, redes de trabalhos e manutenção de banco do dados.

Os botões da Barra de Ferramentas principal usado no BRAHMS são listados abaixo. Estes são habilitados e são desabilitados caso seja apropriado ao BRAHMS. Ao mover o mouse em cima do botão surge um texto de ajuda. Note que algumas ferramentas possuem teclas de atalho. Isto é exibido no texto de ajuda. Como um exemplo, marcar registros aperte F6. Funções padrão das teclas de atalho podem ser alteradas usando Admin> Função teclas de atalho.

4.3

Barra de Ferramentas principal

Marcar - Marca é uma ferramenta útil com o propósito geral de edição usado ao longo de BRAHMS. Quando um registro é marcado, um * é adicionado campo TAG. Quando um registro é desmarcado, o * é removido. Numerosas opções existem no menu MARCAR e CALCULAR e em outro lugar para processar marcas. Por exemplo, você pode contar registros marcados ou não marcados, copiar registros marcados para um novo arquivo, apagar registros marcados, ligar espécies marcados em grupo de países - e assim por diante.

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Apagar - adiciona ou remove um * para o campo DEL. Para de fato remover estes registros selecione> Arquivo> Remover registros marcados para apagar. Assim, apagar ao longo do BRAHMS é um processo feito em duas etapas. Adicionar – adiciona um novo registro. Quando adicionar dados de amostra, a função adicionar é configurada com o botão C

Formulário – Desenha um prático formulário de acesso, se disponível, para ditar dados. Novos formulários podem ser adicionados. Para notas no uso de formulários verifique o arquivo BRAHMS FAQ.

C

Copiar colocações - edita registros e copia colocações de um campo para o arquivo atual. Isto determina o que acontece quando um registro novo é adicionado.. Abrir - abre um arquivo de dados quando incluído na tela atual. Um exemplo típico é quando o gerenciador de RDE estiver aberto onde você pode abrir os arquivos de RDE.. Ligar arquivo – abre/fecha um arquivo de dados ligado. Encontrar – encontra um registro usando um formulário de busca. Use Ctrl+F1 para ativar a opção geral de procura.

< >

Zoom – mostra todos os campos não vazios do registro atual em uma janela no canto direito. Clique com o botão direito na janela de Zoom para salvar ou imprimir. Se um arquivo de dados ligados estiver aberto quando o botão de Zoom for pressionado, os dados ligados também serão mostrados. Largura do campo - reduz a largura de todos os campos. Clique com o botão direito para aumentar a largura. Vista/visão– visualiza dados em uma tela separada. Aplicada quando o botão ABRIR estiver ativo. Arrumar – abre um formulário de arrumação por arrumações. Para arrumação simples de campos, clique com o botão direito no nome da coluna. Uma lista de arrumações pode está disponível no menu de arrumação rápida.

Filtro – põe um filtro no campo atual ou outro selecionado. Múltiplos filtros podem ser feitos. Para limpar todos os filtros, clique com o botão direito no botão FILTRO ou use a opção limpar no formulário de filtro.

|||| Campos – seleciona diferentes campos vistos. L

FoxPro commands – abre uma biblioteca de comando do FoxPro. Por definição, comandos são filtrados para estas entradas no módulo atual. Liga o registro atual a qualquer referência armazenada na sua lista. Ligar imagem - abrir a imagem atual de uma biblioteca de imagem (selecionada) ou a imagem atual. de grupos. Para editar arquivos ligados da web, selecione Utilidades, Meus web site links.

w3 Web links – acessa seus websites. Na lista padrão de web sites do BRAHMS, sites são categorizados dentro ->B Importar para Brahms – checa e transfere o conteúdo de um arquivo de RDE para o Brahms.
Relatórios – desenha, edita e gera relatórios de qualquer módulo do BRAHMS . Copia o arquivo atual para um arquivo temporário e registra em arquivo no gerenciador de arquivos salvos.

Mapas – cria mapas de dados para MapMaker, Mapinfo, ArcView etc. Opcionalmente armazena mapas em uma biblioteca de mapas no BRAHMS .

Se disponível, são adicionados botões específicos à direita da barra de ferramenta principal, para funções comumente usadas. Por exemplo, selecione Taxa> espécie arquivo PRINCIPAL. Aqui, você pode ver uma barra de ferramenta extra aberta para a tela de nomenclatura principal para o taxon atual (NOMC), produzir uma lista de coleção rápida (QCL) e "pular" ao nome aceitado ou sinônimo para o taxon atual.

Abre o arquivo atual no Microsoft Excel. Respectivos dados filtrados, arrumação e campos selecionados

14

5
5.1

Configuração e Indexação do Sistema
Configuração de sistema

Muitas das colocações de sistema subjacentes são controlados pelo formulário de Configuração de Projeto que é aberta selecionando Admin> configuração de Projeto. A mesma forma pode ser aberta convenientemente fazendo um clique com botão direito do mouse em qualquer etapa na janela principal do BRAHMS. Se a apresentação da Imagem estiver sendo executada, clique com botão direito do mouse para desativar a imagem ativa.
O formulário de configuração de projeto controla vários aspectos fundamentais de seu banco de dados. Neste caso, foi selecionada a aba de Tela. Se você quer exibir uma imagem de tela de fundo, confira a caixa "NO Image". Clique com o botão direito do mouse na caixa de imagem de fundo para localizar e selecionar outra imagem. Para desligar a apresentação de imagem, fixe o intervalo de Ciclo para 0.

Não é necessário editar quaisquer destas colocações, mas como exemplo, selecione a aba de RDE e confira a opção Habilite AutoComplete em RDE.

Se selecionada, esta opção preencherá campos de dados como quando você digita adcionando registros RDE. Esta característica será explorada em um exercício mais adiante.

Quase todos os arquivos de dados que incluem um banco de dados de BRAHMS têm índices. Estes índices permitem ao BRAHMS localizar registros mais depressa. Como você adiciona e edita dados, o BRAHMS mantém estes índices automaticamente atualizados. Porém, é recomendado que, de vez em quando, você execute a opção fornecida para ré-indexar seus arquivos.

5.2

Indexando o sistema

15

Para re-indexar o banco de dados de Leucaena, selecione Admin> manutenção de Banco de dados> Re-índexar e conjunto de dados.

Embora sejam mantidos índices automaticamente atualizados pelo BRAHMS, o re-posicionamento periódico é recomendado. Re-indexar sempre dever ser realizado depois de um desligamento anormal do sistema.

16

6
6.1

Alguns fundamentos
Objetivos

Introdução aos aspectos do BRAHMS que são comuns a todo sistema. Navegação básica

6.2

Exemplos trabalhados

para ir ao topo, última e primeira Você também pode usar as teclas de navegação coluna em um arquivo. Também note que você pode teclar F12 para ir para a primeira coluna.

Selecione Taxa > Espécie - arquivo PRINCIPAL para abrir o arquivo de espécie principal. Pressione <ENTER> para avançar um campo e <SHIFT>+ <ENTER> para voltar um campo.

Filtros

Filtros são modos rápidos de restringir o campo de visão para registros que são de interesse particular. • • • • Com o arquivo de espécies aberto dê um duplo clique em qualquer registro no campo TAXST. e digite ‘acc’ de forma que a linha de comando de filtro leia TAXSTAT

Pressione o botão que incluem acc.

Para por um filtro, por exemplo, para mostrar somente intraspecific taxa, clique no campo RANK1 e ponha a linha de comando de filtro de forma que o filtro leia RANK1 inclue ssp. ou RANK1 diferente {espaço} onde {espaço} implica deixar a caixa final na forma de filtro vazio, mostrando assim ssp., var., f. etc. Você também pode filtrar os campos MEMO e campos de dados ligados. Clique no botão de dados ligados para abrir os arquivos de dados de espécies ligados. O arquivo ligado é um apêndice ao arquivo principal e inclui campos usuário-especificados.

Para remover um filtro, clique com o botão direito no botão filtro ou pressione Limpar Filtros (Clear filters) no formulário de filtros.

• • •

Formulários

Clique uma vez no campo MEMO INDIGUSE (usos indígenas) - escolha um que tenha um M destacado. Pressione o filtro e edite a linha de comando para ler INDIGUSE que inclui ' firewood' então Filtre.

Em alguns casos, incluindo arquivo principal de espécies, dados podem ser editados usando o formulário de dados. • (ou Com o arquivo de espécies ainda aberto, clique no botão formulário (FORM) pressione a tecla F2). Edições feitas aqui são automaticamente adicionadas no arquivo principal. Feche o formulário de dados.

Arrumações

Existem três modos de arrumar dados em colunas. As opções no menu de ARRUMAÇÃO RÁPIDA, se disponível, ordenam de maneira rápida os arquivos pre-existentes, independente do tamanho; Um clique com o botão direito no cabeçalho da coluna fornece grandes opções de arrumação; e

finalmente, o botão de arrumação abre um tipo formulário de arrumação onde podem ser adicionados comandos simples ou de arrumação.

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Método 1: Ainda no arquivo de espécie principal, tente algumas das opções do menu ARRUMAÇÃO RÁPIDA. Método 3: Clique no botão de Arrumação para exibir o formulário de arrumação. Entre no comando ' SP1 + GENUS' para ordenar o arquivo (não usual!!) para pôr estes campos naquela ordem. Aperte o botão de arrumação no formulário para executar o comando. Para remover uma arrumação rápida, clique com o botão direito no botão de arrumação. Campos Memo

Método 2: Clique com o botão direito no campo TAXSTAT e escolha arrumação em ordem crescente.

São campos usados para armazenar quantias variáveis de texto de uma palavra a várias páginas. Memos com dados têm um ' M' destacado. Estes campos podem ser abertos por um duplo clique no campo ou teclando <Ctrl>+ <HOME> no nome do campo, o último é mais rápido de trabalhar dispensando o uso do mouse. • • • Selecione> Coleções> Coleções - arquivo PRINCIPAL e abra o arquivo usando a primeira das opções fornecidas.

Clique no botão localizar (ou Ctrl+F) e encontre as coleções Hughes, CE 1830 usando o método de busca pelo nome e número.

Navegue até alcançar o campo memo NOTES e dê um duplo clique neste campo para abrilo. Tente também, usar o método < C t r l > + < H O M E > .

MARCANDO

Marcar é um modo poderoso de selecionar ou destacar uma porção de registros que podem ser usados em procedimentos adicionais de muitos modos diferentes. Marcas são freqüentemente usadas junto com filtros e funções de cálculo. Selecione Geo > Gazetteer - arquivo PRINCIPAL para abrir o gazetteer principal para este banco de dados. Selecione marcas> limpar todas as marcas. Ponha um filtro simples no campo PAÍS para só mostrar registros na Guatemala. Selecione Calcular> Contar marcados com ' * '.

Agora selecione marcar> Marcar tudo para marcar todos os registros deste país. Nesta fase você pode remover o filtro para mostrar todos os registros novamente.

A opção TAG na barra de menu principal é disponível em todo BRAHMS, assim como inclui o caractere padrão MARCAR campo. O botão Marcar (ou tecla F6) adiciona ou remove * de/para o campo MARCADO. Tente ativar a opção Destacar marcados no menu principal em seu arquivo de gazetteer para destacar os registros da Guatemala.

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Opção Calcular

A opção calcular oferece uma grande quantidade de ferramentas úteis para contar, sumarizar e analisar dados. Estas funções estão disponíveis em todo BRAHMS. • • Selecione Coleções > Gerenciador de arquivos de RDE e abra o RDE de exemplo Samplefile01.dbf. Para calcular quantas coleções existem para cada coletor, clique na coluna COLETOR e então selecione Calcular > Analisar dados na coluna selecionada. Pressione o botão calcular para arrumar o resultado por total. A tabela de resultado, opcionalmente, pode ser salva em seu Saved File Manager usando o botão salvar.

6.3

Teste

"invasion" no campo TITLE. Marque estas e remova o filtro. Repita este processo procurando pela palavra "invasive". Marque-a. Quantos registros, no total, incluem estas palavras? Neste caso, um simples filtro para incluir "invas" faria o trabalho. • • • encontrar que autores têm mais registros neste arquivo.

de Leucaena. Usando o método de filtro, encontre quantas referências incluem o

Selecione Biblio > Referências – Arquivo PRINCIPAL para abrir a lista de referências

Também no arquivo principal de referências (use a calculadora), analise a função para Usando a opção Calcular> Analisar dados na coluna selecionada no campo COLLYY no RDE Usando a opção Filtros> marcar e calcular, encontrar quantas espécies, no arquivo

de exemplo, para encontrar em que ano foi feito o maior número coletas. principal de espécies, incluem "Rose" no nome do autor.

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7
7.1

Categorias de coleções
Objetivos

Aprender sobre categorias de coleções e a diferença entre COLEÇÃO PRINCIPAL e ASSOCIADA.

7.2

Exemplos trabalhados

Este arquivo inclui uma lista de todas as categorias de dados armazenados no banco de dados. Novas categorias podem ser adicionadas. Cada categoria tem um nome e uma abreviação no campo ABBREV. Esta opção atualiza os totais nos campos COLEÇÃO PRINCIPAL e COLEÇÃO ASSOCIADA nestes arquivos. Estes campos são chamados ' campos calculados' no BRAHMS. Como em alguns outros tipos de campo, o título é mais escuro e eles não podem ser editados diretamente. Exemplos semelhantes existem em outros arquivos, por exemplo, o campo de COLEÇÕES no arquivo de nome de coletores principal. • Selecione ferramentas > Atualizará coleções e coleções associadas totais.

Selecione categorias de coleções> para abrir o arquivo de categorias.

Como você pode ver, a maioria das coleções neste banco de dados é classificada como Herbarium sheets (HS). Estes são armazenados como coleções principais. Aparte de algumas observações, todas as outras coleções são coleções associadas - o que significa que elas são ligadas a uma coleção principal (normalmente do tipo HS), por exemplo, xiloteca e flores. Normalmente, bancos de dados de herbário incluem coleções associadas.

O arquivo de categoria de coleção no banco de dados de Leucaena depois de usar a opção de Ferramentas para refrescar contas de coleção totais.

Feche o arquivo de categorias de coleção.

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8.1

Extraindo coleções
Objetivos

Procurar no banco de dados as coleções de Leucaena trichandra. Veja esta seleção e então aprenda usar marcas, filtros, um clicar com botão direito no nome de um campo para ordenar o arquivo, e algumas outras ferramentas e botões.

8.2
• • •

Exemplo trabalhado

Selecione Coleções > Extrair dados. Clique no botão Taxa/Det.

A partir da lista de opções fornecidas aqui, escolha Individual species então pressione o botão Select, próximo para selecionar a opção.

Note que se um botão está sublinhado na letra, como existe no botão Extract, você pode usar Alt+letter em vez de clicar com o mouse. • Como este arquivo é apenas uma cópia de seus dados, sinta-se à vontade para editá-lo como quiser. • • • Clique o botão < algumas vezes para reduzir a largura das colunas. Um clique com o botão direito no mesmo botão aumenta a largura das colunas. Pressione ENTER ou TAB para deslocar-se pelas colunas e SHIFT+ENTER/TAB para voltar.

• Para extrair estes dados - ex: copiar os dados exigidos de seu banco de dados de Leucaena principal em um arquivo de funcionamento temporário, clique no botão de Extract. Os resultados da procura são exibidos e as coleções totais indicadas caixa Total. Para ver o resultado, feche este formulário e selecione Extrair > Coleções. Maximize a tela de dados se necessário.

Digite “L. tri” na caixa de texto (sem aspas). Isto localizará Leucaena trichandra, que você pode escolher com o botão Select no formulário ou apertando ENTER.

Quantas coleções existem por diferentes coletores? Clique em qualquer lugar na coluna COLLECTOR. Selecione Calcular > Analisar dados na coluna selecionada. Pressione o botão Count para arrumar por totais. Feche o formulário de análise.

Mostre apenas as coleções feitas por ‘Standley PC’: Clique no nome de Standley PC, Selecione o botão Filtro na barra de ferramentas e pressione FILTRAR. Para limpar o filtro, clique com o botão direito no botão filtro. Arrume a lista por nome do coletor e número de espécime: selecione Arrumação rápida> Coletor+Número.

• • •

Opções no menu Marcar podem ser usadas para marcar todos os registros ou limpar todas as marcas. • • Encontre a coluna com o nome País (COUNTRY). Clique com o botão direito no título da coluna (não nos dados!) e escolha Arrumar em ordem crescente. Feche estas extrações. Você pode clicar no X, no canto superior da tela, usar Arquivo> fechar arquivo ou teclar Alt+X.

Marque uma seleção de registros usando o botão Marcar (ou pressione F6). Isso adiciona ‘*’ ao campo TAG. Use Calcular > Contar marcados com * para totalizar estes.

Pressione o botão de Zoom janela de resumo. Pressione

para mostrar todos os dados no registro atual em uma para remover esta seleção.

21 Em coleções, faça uma extração de todas as coleções do México. Nota: se seu arquivo de extração já tiver registros de uma procura prévia, use o botão esvaziar (EMPTY) para limpar isto ao menos que você queira acumular registros. Abra o arquivo de extrações e usando as opções de Cálculo como acima, faça uma lista do número de coleções por diferente coletor. Faça uma lista que mostre o número de coleções por diferentes ESPÉCIES em Oaxaca. Um filtro em ESTADO ajudará. Remova qualquer filtro. Faça uma lista que mostre o número de coleções por ESTADOS diferentes no México usando filtro e opções de cálculo.

8.3

Teste

Usando Filtro, Marcar e opções Calcular, verifique quantos registros tem a palavra ' Quercus' no campo de NOTAS. Feche seu arquivo de extração de coleções.

22

9
9.1

Elaborando relatórios
Objetivos

Procurar o banco de dados para todas as coleções de um coletor. Visualizar estes dados e então use os dados para criar tipos diferentes de relatório.

9.2

• Coleções >Selecione> Extrato dados. Faça tique-taque no botão de Collector/Number. Selecionar, próximo à opção selecionada.

Exemplos trabalhados

Da lista de opções fornecida, escolha o primeiro, nome de Coletor, então aperte o botão • Digite "Hughes" na caixa de texto (sem aspas!) siga com as setas p/cima ou p/baixo e coleções selecionadas.

selecione o nome "Hughes,C.E " da lista. No formulário, clique OK com a opção de todas as • Para extrair estes dados, faça clique no botão de Extrair. Feche o formulário de extração. • Selecione Extrair> Coleções, para ver o resultado. na coluna COUNTRY e então use o botão de filtro. • Faça um filtro para a lista mostrar apenas as coleções da Guatemala. Para fazer isto, clique • Pressione o botão de Relatórios (à esquerda do botão do globo pequeno).

Inicialmente selecione resumo rápido de dados (Quick data summary). Selecione a opção de "preview" e selecione as opções marcadas (TAGGED). Então clique em OK. Esta opção

prepara um resumo simples, condensado de dados, um parágrafo por registro que pode ser summary" e retorne à forma de relatório principal.

facilmente impresso ou colado em um arquivo do WORD. Feche a forma "Quick data • Agora selecione a opção de relatórios "Visual reports". Da lista de relatórios, lista de Coleção selecione "Collection list with dups and detby". Então selecione o botão de preview. • Feche o formulário de relatório. Clique com o botão direito para remover o filtro.

formulário de Relatório e faça um preview a mesma lista com "Collection list with dups and detby" de Coleção de. Agora, todos os registros são incluídos e são ordenados. • Ainda no Visual report template, selecione a opção preview novamente. "Collection label example" faça um

• Selecione -Arrumação Rápida> Espécie + Coletor + Número e novamente, abra o

• Selecione a opção "Basic species checklist" e faça um preview novamente. Se você quer incluir nomes de autor neste relatório, feche o formulário de relatórios e ainda no arquivo de extração de coleção, em Ferramentas seleciones> Taxa> Autores para espécie, então crie novamente o relatório.

• Feche o arquivo de extração de coleção.

23

9.3

• Faça uma extração de coleção com toda a coleção do gênero LEUCAENA. Nota: se seu arquivo de extração tiver registros de uma busca prévia, use o botão "EMPTY" (vazio) para limpar isto. • Abra o arquivo de extração e usando um filtro no campo de "DUPS", visualize (PREVIEW) duplicatas em MEXU, ordenado por nome de coletor e número.

Teste

um relatório usando a opção "Collection list with dups and detby" das coleções que incluem • Usando a opção calcular, no campo ESPÉCIE, encontre quais foram as espécies mais coletadas. Antes de fazer isso, certifique-se de que você limpou os filtros. • Feche o arquivo de extrações.

24

10

Trabalhando com espécies no arquivo principal

Abrir a lista principal de espécies. Aprender sobre o campo "TAXSTAT". Adicionar e editar um novo nome. Fazer este nome um sinônimo de um nome aceito existente.

10.1 Objetivos

10.2 Exemplos trabalhados
• • •

Clique em TAXSTAT (campo status taxonômico) e então clique no botão de Filtro restringir a lista para aqueles com ‘acc’ (nomes aceitos).

Selecione Taxa > Espécies –Arquivo principal. Pressione o botão < para reduzir a largura dos campos. para

• •

Pressione o botão Add (adicionar registro) ou pressione F1, para adicionar um novo registro no arquivo de espécies. O número do espécime é auto-adicionado e não pode ser editado.

Pressione o botão Zoom abertos. Feche o zoom.

Clique no botão de dados ligados para abrir os arquivos ligados de espécies no canto inferior da tela. O arquivo de dados ligados é um apêndice do arquivo principal que incluem os campos especificados pelo usuário. para mostrar os dados atuais incluindo os dados ligados

• •

Feche a tela de Nomenclatura. Note que seu mais recente nome adicionado tem TAXSTAT= ‘syn’

Note que assim como no modo planilha, você pode abrir um formulário de edição clicando no botão Forms (Formulários) (ou pressionando F2). Você pode selecionar e adicionar novos autores para ambas as espécies deste formulário. Volte para a lista principal de espécies, clique no botão Find (Encontrar) (ou Ctrl+F) e encontre as espécies de L. trichandra. Se você não conseguir localizá-las, certifique-se de a opção ‘Genus+sp’ está selecionada no formulário de busca. Pressione o botão NOMC (Nomenclatura) na barra de ferramentas (ou selecione Ferramentas> Nomenclatura) para abrir a tela de nomenclatura para estas espécies. Pressione o botão Zoom para mostrar os detalhes de todos os nomes incluindo um sumário das espécies TIPOS. A próxima tarefa é ligar seus novos nomes de espécies como sinônimo de L. trichandra. Clique uma vez no nome aceito no topo da lista. Selecione o botão +syn na barra de ferramentas extra. Localize seu novo nome, conforme adicionado acima, digitando “Ac tri” e escolhendo o nome correto, responda Não para a pergunta sobre dados ligados.

Clique com o botão direito no campo GENÊRO (GENUS) ou pressione F9 nesse campo, para localizar e selecionar o gênero Acacia. No campo SP1, adicione ‘trichandra’. No campo RANK1, digite ‘ssp.’. No campo SP2, adicione um nome fictício, por exemplo: ‘brahmsii’.

10.3 Teste

Usando a função calcular no campo ANO (YEAR), no arquivo principal de espécie, encontre em que ano os registros de taxa de Leucaena foi mais publicado.

Localize Leucaena esculenta na lista principal de espécie. Onde e quando esta espécie foi publicada? Abra a tela de nomenclatura e encontre qual é o TIPO da coleção de Leucaena doylei e onde o holotipo está depositado.

25 A estrutura dos dados ligados de espécies podem ser editados (adicionar/remover/reordenar os campos) selecionando Taxa > Espécies gerenciador de dados ligados. Um documento separado, disponível no website, descreve o uso dos arquivos de dados ligados.

10.4 Dicas

26

11

Adicionando uma nova coleção

Adicionar uma nova coleção diretamente no BRAHMS.

11.1 Objetivos

11.2 Trabalhando com exemplo

Selecione Coleções> Coleções–Arquivo principal, Ordem de entrada e pressione o botão Adicionar (adicionar registro) (ou pressione F1). Cada coleção no BRAHMS tem um único número – este é adicionado automaticamente e não pode ser editado. Clique com o botão direito no campo COLETOR (ou pressione F9) e localize o nome do coletor ‘Molina AR’. Alternativamente, aqui você pode adicionar seu próprio nome usando o botão Adicionar Novo neste formulário. Note que a cor deste campo é mais escura do que os outros - isto significa que você não pode editá-lo diretamente. Pressione <ENTER> para se mover até o campo NUMBER (número) onde está adicionado o número do espécime.

• •

• •

Para salvar estas modificações, você precisa pressionar o botão Save.

Neste formulário pressione o botão Adicionar (Add) e clique com campo HERBARIUM, escolha um herbário da lista. Agora clique com campo DETERMINATION e escolha a nova espécie adicionada acima (SIM) para mudar a determinação. Se você quiser, escolha o nome de uma data ou número de acesso do herbário.

Agora se mova até o campo CURRENT DET e clique com o botão direito para abrir o formulário Specimen level (categoria de espécime). Este formulário é usado para editar os detalhes que são aplicados individualmente em um espécime ou em uma coleção como um todo. Isto inclui uma nova determinação. Uma coleção pode ter várias determinações uma destas está selecionada como ‘Current determination’.

o botão direito no o botão direito no – e responda YES um determinador e

Clique no botão dados ligados para abrir os arquivos ligados de coleções no canto da tela. Os arquivos ligados são um apêndice do arquivo principal e inclui os campos especificados pelos usuários. Este banco de dados tem os campos flower (flor) and fruiting (frutos). Novos campos podem ser adicionados agora ou depois selecionando Coleções > Coleções - dados ligados > Arquivo > Modificar a estrutura do arquivo. Feche este arquivo.

Notas gerais podem ser adicionadas no campo NOTAS. Note que muitos projetos preferem separar o campo NOTAS em dois ou mais campos memos adicionados nos arquivos de dados ligados de coleções (e.g. HABNOTES and DESCRIP).

No campo GAZETTEER, use um clique com o botão direito para escolher uma localidade de coleta. Notas extras de localidades (e.g. “1.5 km west of San Pedro on a west facing slope.”). Podem ser adicionadas no campo memo LOCNTES.

11.3 Teste
• • • •

Adicione outra nova coleta. Certifique-se de que você adicionou a determinação. Localize sua nova coleção na extração.

Faça uma extração de todas as coleções feitas Molina, AR e usando uma arrumação na coluna YEAR (ano), encontre a coleção mais recente.

Usando a opção calcular, encontre em que MAJORAREA (ESTADO) ele têm mais coletas.

27 Para adicionar grande número de coleções, é mais rápido e eficiente usar o módulo de Entrada Rápida de Dados (RDE). Um exercício usando RDE será feito em seguida. RDE é discutido em detalhes em documento separado no manual.

11.4 Dicas

28

12

Introdução à Entrada Rápida de Dados (RDE)

Adicionar novas coleções usando RDE. Transferir estes dados para o banco de dado principal.

12.1 Objetivo

12.2 Trabalhando com exemplo
• •

Se a lista do gerenciador de RDE não incluir o arquivo SAMPLE001, adicione um novo registro usando o botão Adicionar (Add) e então clique com o botão direito no campo FILE para localizar este arquivo na pasta BRAHMSDATA-LEUC\RDEFILES\TRAINING. Se o nome do arquivo na sua lista estiver errado edite o atalho ou use o botão direito para relocalizar. Para abrir este RDE, você pode dar um duplo clique no nome do arquivo ou usar o botão Open (abrir) na barra de ferramentas. Adicione um registro em branco no RDE usando F1 ou use o botão Add. No arquivo de RDE os dados podem ser editados livremente. Você pode copiar o campo acima usando a tecla F4 ou copiar um registro inteiro usando Ctrl+F4. Você também pode usar o botão Copy C para ver o que acontece quando você adiciona um registro - por exemplo, copiar repetindo campos e talvez incrementar o número de espécime. Estas colocações dependem da tarefa de entrada de dados em mão. Para digitar um coletor, espécies, e nomes geográficos, você pode usar a função de dicionários (lookup functions), ativa com um duplo clique no campo ou clicando F9 key. F9 é geralmente mais rápido do que o usar o mouse. Em vez de usar um dicionário (lookup) nos campos de FAMÍLIA ou GÊNERO, vá para o campo SP1 isto automaticamente irá adicionar os nomes nos campos de nível mais alto. O mesmo aplica a campos geográficos. Se uma entrada não está disponível em um dicionário de lookup, digite-a no arquivo de RDE como uma entrada nova. Feche o arquivo de RDE.

Selecione Coleções > Gerenciador de RDE para abrir o gerenciador de RDE para coleções.

• •

O próximo passo é fazer novo RDE vazio. Comumente, alguns usuários adicionam entre 100 e 200 registros em cada arquivo de RDE - mas não há nenhum limite, de qualquer modo em um arquivo de RDE poderia existir seguramente 1 ou 10,000 registros. Você pode criar seu arquivo novo de RDE a partir do modelo do sistema ("System Template"), arquivo de amostra fornecido ou qualquer outro arquivo em sua lista de gerenciador de RDE. O "System Template" inclui todos campos possíveis de RDE PADRÕES para coleções e assim para este exercício, nós usaremos este. Clique uma vez no "System Template" e selecione Arquivo, Criar novo a partir do atual. Escolha um local adequado para armazená-lo e dê um nome sem espaços como o e.g. “SAMPLE002”. Duplo clique no nome do novo arquivo no gerenciador para abrir. •

Adicione um ou dois registros em seu novo arquivo de RDE. Não é necessário preencher todos os campos. Campos vazios serão ignorados.

Este arquivo pode conter campos que você não queira. Para editar a estrutura do arquivo, selecione Arquivo, Modificar a estrutura do arquivo. O editor de estrutura do arquivo é discutido na seção FUNDAMENTALS. Para remover campos indesejados, selecione o campo e então Delete-o. Campos não-padrão também podem ser adicionados para arquivos de RDE. Estes são campos que não estão na lista de modelos. Tais campos podem se acomodados no BRAHMS, assim como, podem ser adicionados como um campo de arquivo de dado ligado (link file).

29 Depois que os arquivos de RDE tenham sido checados, eles são normalmente importados para o seu banco de dados principal. Esse processo geralmente causa confusão, mas é bem simples desde que seus arquivos não possuam muitos erros! Certos tipos de erro (e.g. COLLMM = 31) irão interromper o processo de importação - ajudando a proteger o sistema. Pressione o botão - >B (ou Ferramentas> Importar arquivos de RDE para o BRAHMS). Siga as instruções para transferir o arquivo para o BRAHMS. Você terá que passar pelas opções de Taxa, Geodata and Collections no formulário de importação. • Feche seu novo arquivo de RDE.

Parte do formulário de importação. A tabela de LEMBRETES lhe permite ajustar os níveis de importação que conferem para campos chaves.

12.3 Teste
• •

Crie um novo arquivo de RDE baseado no que você criou acima, em vez de usar o "System Template".

Configure o botão Copy C para copiar o nome do coletor, país, estado e outros campos que geralmente não mudam com freqüência. Adicione alguns novos registros e importe para o BRAHMS.

12.4 Dicas
• •

Detalhes sobre como usar Arquivo, Modificar a estrutura do arquivo estão na seção Fundamentais do manual disponível na internet.

• •

A opção RDE está documentada em duas seções no manual. Se você tiver problemas com RDE, verifique estes documentos.

Dados em outros formatos (Excel, Access, etc.) podem ser transferidos para RDE e assim para o BRAHMS.

Quando você estiver no Gerenciador de arquivos de RDE, você pode pressionar o botão FLIST (ou Ferramentas > Lista de arquivos de RDE) para visualizar a lista de campos padrão.

30

13

Editando uma coleção

Editar a localidade de coleção, determinação, typus status, código de barra e número de acesso para um espécime da coleção.

13.1 Objetivos

13.2 Exemplo trabalhado

Selecione Coleções > Coleções - Arquivo principal > Ordem de entrada (botão go to). Pressione o botão < para reduzir um pouco a largura dos campos. Pressione o botão Zoom para mostrar todos os dados do registro atual. Feche o Zoom se não quiser usá-lo.

• •

Os campos com a cor cinza podem ser editados livremente, por exemplo, o campo NUMBER. Muitos outros campos requerem o uso do dicionário (lookup) ou outra função especial.

(ou Ctrl+F) e encontre uma das coleções que tenha Clique no botão Encontrar (Find) adicionado usando o método de busca pelo Nome e número.

Para mudar a localidade de coleção, use um clique, com o botão direito, em GAZETTEER escolhendo outro campo com alguma entrada existente no arquivo principal de gazetteer ou adicionando uma nova entrada usando o botão Adicionar Novo (Add new). Para editar notas de localidade, dê um duplo clique no campo LOCNOTES. Agora pressione o botão SPEC (ou Ferramentas > Dados do nível do espécime) para abrir o formulário do nível de espécime desta coleção. A coleção deveria Ter pelo menos um registro adicionado no sistema, assumindo que você adicionou um no exercício anterior.

Agora você designará este espécime como um typus do nome da espécie que você adicionou anteriormente. Para fazer isto, clique com o botão direito no campo TYPE e selecione na lista Holotype. Agora clique com o botão direito no campo TYPE_OF e selecione o nome de sua espécie adicionada recentemente. Pressione o botão Save. Note que no mesmo formulário de espécime, você pode adicionar em código de barra ou número de acesso.

Adicione um novo registro de espécime para esta coleção, pondo o código de HERBARIUM para o código EAP (em Honduras). Também ponha a determinação para qualquer nome existente disponível na lista de espécies.

13.3 Teste
• •

Em diferentes herbários adicione mais dois espécimes para esta coleção e edite estes como Isotypes (ISOTYPUS) do nome de sua espécie adicionada.

Localize a coleção que você editou.

13.4 Dicas

O termo ‘Specimen’ é usado como sinônimo de "duplicata" no BRAHMS. Eles representam uma entidade física de uma coleção. Uma coleção pode ter registros com vários níves de espécime. A opção Coleções > Dados do nível do espécime abre uma tela especial listando todas as entradas de duplicatas/espécimes. Esta tela pode ser útil para adicionar códigos de barra/número de acesso. Um método para adicionar rapidamente códigos de barra e

números de acesso usando extração de arquivos (extract file) está descrita em uma seção do manual. •

31

Se você precisar experimentar editar uma grande quantidade de dados de localidade de coleta, você pode usar a ferramenta de extração rápida de dados geográficos (Fast Geoedit). Primeiro extraia o grupo de registro de coleções que você quer editar. Depois, clique no botão GEO. Você pode então editar o dado no arquivo criado como se você tivesse adicionado em seu RDE. Finalmente e antes de fechar o arquivo editado, selecione o botão UPDATE na barra de ferramentas. Isto salva os dados geográficos e atualiza seus registros de coleta. Se, durante o processo, novos lugares são adicionados (e.g. um novo estado) estes serão automaticamente adicionado em seu arquivo central de "gazetteer".

"Typus status" pode ser editado a partir do formulário do nível de espécime enquanto estiver editando coleções e também no formulário nomenclatura quando estiver editando o formulário principal de espécie.

Um exemplo: se você quiser fazer muitas mudanças para as coletas do Nepal em seu banco de dados, incluindo um re-alinhamento completo dos distritos nepaleses. • • • • Selecione Extrair > Coleções e pressione o botão < G E O > .

Extraia todas as coletas do Nepal selecionando Coleções > Extrair dados > Geográficos > País.

Edite o dado como requisitado (use cortar e colar para acelerar a edição).

Pressione o botão <Update> para salvar suas edições, confirmando como lembrado.

32

14

Dicionário principal do nome de coletor

Abrir e examinar uma lista de nome de coletores e determinadores. Introduzir a função MERGETO para limpar os nomes errados. Usar várias opções de Ferramentas para calcular totais e fazer itinerário do coletor.

14.1 Objetivos

14.2 Exemplo trabalhado

Note que os nomes podem ter dois nomes alternativos. Nomes alternativos podem ser selecionados em arquivos extraídos e pode ser substituído pelo nome padrão. Assim, o nome "Hughes CE" também pode ser exibido como "Colin E. Hughes". Você pode selecionar Admin, Configuração de Projeto, arquivos extraídos para sempre fazer automaticamente esta substituição ou fazer isto manualmente no arquivo de extrações usando as Ferramentas pertinentes, a opção nome de Coletor.

Selecione Coleções > Nome de Coletor e determinador. Esta lista inclui os nomes do coletor principal e adiciona também o nome de botânicos fornecendo determinações indicadas nas colunas MAINC, ADDC, e DETBY. A lista pode ser editada manualmente usando o botão Adicionar. É atualizado automaticamente quando os arquivos de RDE são importados. O menu de arrumação rápida pode ser usado para arrumar a lista rapidamente.

Use uma Arrumação Rápida no nome do coletor (Fastsort, Collector name) para arrrumar o nome do coletor principal e então localize o nome "Howard R ". Note que também há uma entrada "Howard RA". Por causa deste exercício, nós podemos assumir que esta é a mesma pessoa. Copie ou digite o CÓDIGO para Howard RA (o nome preferido) na coluna de MERGETO no registro "Howard R" como mostrado abaixo. Selecione
Editar, Merge records para realizar o merge.

Um problema comum no nome do coletor e outros dicionários é ter mais de uma mesma entrada com o mesmo nome, talvez grafado de forma errada ou em um formato diferente. Em alguns casos, tais nomes podem ser apagados. Em outros, os nomes devem ser fundidos. Isto é, porque não é permitido apagar um nome se este tiver dados (por exemplo, dados de coleções) ligados a ele.

Localize o nome do coletor Molina AR. Pressione o botão Itin na barra de ferramentas (ou Ferramentas, Itinerário de coletor) para preparar um sumário do itinerário do coletor selecionado. Em um processo similar, o botão QCL pode ser usado para preparar uma lista rápida da coleção.

A opção Tools, Update Main and country summary fields atualiza os campos memos de PAÍS PRINCIPAL e RESUMO DE PAISES. Depois de usar esta opção, use o botão Encontrar (Find) (ou Ctrl+F) para localizar o coletor Hughes CE para visualizar todas as suas coleções por países. O botão Zoom é um modo útil para mostrar todos os dados de uma só vez.

No dicionário principal de coletor, selecione as opções de Ferramentas para atualizar coleção, espécie, localidade, números menores/maiores, etc. Estas opções preenchem campos calculados neste arquivo.

33

15

Criando um índice de exsicatas no Word

Construir um índice de A-Z da coleção da curadoria para todas as coleções de Leucaena e transferir este relatório para documento do Word.

15.1 Objetivos

15.2 Exemplo trabalhado

Selecione Coleções > Extrair dados. Esvazie extrator de arquivo se necessário. Selecione Taxa/det > Genus extrair toda a coleção do gênero Leucaena. Se necessário, refira-se às instruções do exercício anterior em extração de coleção.
de Dados e índices> Índice de coleção

Feche o formulário de extração e selecione Extrações > Coleções> Ferramentas> Sumário

Selecione o modo que você quer representar os nomes das espécies. Opcionalmente, você pode incluir uma linha em branco entre cada coletor diferente. Se você usa os códigos em Itálicos e negrito, você precisará instalar o BRAHMS- Word Macro(veja abaixo). Clique em OK para fazer o índice - apertando <ESC> para interromper se necessário.

Se você adicionou códigos de impressão, no Word, você precisará selecionar Ferramentas> Macro, Macros> Executar. Isto assume BRAHMS macro BRAHMS.DOT (fornecido na pasta \Brahms5\Macros) foi instalado.

O modo mais fácil para transferir o índice de coleção para o Word é <CTRL>+A ou então <CTRL>+C para selecionar e então copiar o texto de relatório e então colar isto em seu documento usando <CTRL>+V. Alternativamente, você pode abrir o Word e então abrir ou inserir o arquivo citado no topo do formulário de índice de relatório.

Use as tecla de atalho para cortar e colar no relatório do Word ou em outro lugar.

34

Neste exemplo. O Modo "Genus letter+species" foi selecionado para gerar a lista.

Crie um índice similar, mas somente para coleções conhecidas que tenham duplicatas no Herbário EAP, em Honduras. A opção extrair coleções no Herbário selecionado é uma das opções de Curation and codes do formulário de extração de coleção.

15.3 Teste

Para fazer uma tabela simples de coleções, em vez de usar índice de coleções, você poderia extrair as coleções desejadas e usar um “Visual reports Default” e.g. “Collection list” or “Collection list with dups and detby info”. Você também poderia criar uma tabela do Excel suando o botão .

15.4 Dicas

35

16

Realizando uma transação de empréstimo

Adicionar o empréstimo para espécimes de Leucaena collinsii ssp. zacapana e imprimir uma lista de empréstimo. loan packing list.
Exemplo de uma lista de empréstimo baseado em uma lista usado na Holanda. Você pode adicionar sua própria lista de relatórios – ou adaptar de uma existente.

16.1 Objetivos

Os detalhes essenciais descrevendo um empréstimo precisam ser primeiro armazenado no registro principal de transações. • Para abrir o arquivo principal de transações, selecione Coleções > Transções > Transações—Arquivo principal. Note que o banco de dados Leucaena database inclui um registro de empréstimo (fictício).

16.2 Exemplo trabalhado

Pressione o botão <Add> para adicionar um novo registro e escolha a categoria de transação ‘OUT-IN Loan requested from you — then returned’ (empréstimo padrão). Adicione à sua transação um número (ID), e.g. ‘L0001/98’ no campo TRANSACTION. Mova o cursor até o campo ADDRESS (endereços). Clique com o botão direito (ou pressione a tecla F9) para ativar o dicionário (lookup). Selecione um herbário da lista. Preencha em qualquer transação que você quiser. Somente categoria, número e endereço são necessários nesse estágio.

Outros campos podem ser adicionados se necessário incluindo EM ATENÇÃO DE ou talvez algum texto no campo GENERAL NOTES (NOTAS GERAIS). Neste estágio, os campos contáveis SPECIMENS, EXTRAS e o campo MYCOUNT poderiam ser ignorados. O próximo passo é ligar os espécimes a este empréstimo. Existem várias maneiras para se fazer isto. Neste exercício, é assumido que os espécimes para ligar já estejam armazenados no seu banco de dados. • Selecione C o l e ç õ e s > E x t r a i r d a d o s . Certifique-se que o arquivo de extrações está vazio (Empty).

• •

Neste estágio, selecione os espécimes que tenham sido ligados para a transação de empréstimo. Você pode agora retornar ao arquivo principal de transações para ver o resultado e imprimir o formulário de empréstimos. • • • Abra o arquivo principal de novo selecionando Co l e ç õ e s > T r a n s a ç õ e s > T r a n s a ç õ e s — A r q u i v o P r i n c i p a l . Localize sua transação mais recentemente adicionada. Note que o número no campo espécime foi editado. Para abrir esta transação, ou clique com botão direito no campo number TRANSACTION ou use o botão Abrir . O c a m p o CATEGORY ‘HS’ indica Espécime padrão de Herbário. Normalmente, em um banco de dados de curação, ou CÓDIGO DE BARRAS (BARCODE) ou Nº DE ACESSO estaria disponível para cada espécime. Pressione o botão < R e p o r t s > e selecione o exemplo de formato de relatório ‘Packing list’. Agora você pode fazer um PREVIEW ou imprimir a lista de espécimes para esta transação. Se você quiser editar mais detalhes nos endereços de herbários, retorne para A d d r e s s e s > H e r b a r i a e então localize o código de herbário e edite o endereço. O relatório de transação seria atualizado automaticamente.

36 Agora selecione T a x a > E s p é c i e s I n d i v i d u a i s e então adicione ‘leu col’ e selecione a espécie Leucaena collinsii ssp. zacapana. Selecione < S e a r c h > para ativar a busca. Feche o formulário de extração. No menu principal, seleicione, E x t r a i r > C o l l e ç õ e s para abrir o seu arquivo extraído e então selecione Marcar> Marcar tudo. Agora selecione F e r r a m e n t a s > T r a n s a ç õ e s > L i g a r m a r c a d o s p a r a t r a n s a ç ã o digitando seu número de transação como solicitado.

• •

16.3 Dicas

Um documento descrevendo o módulo de transações está disponível na seção manual no web site.

Códigos de barra ou número de acesso de espécime são muito úteis com o módulo de transação. Eles fornecem uma referência sem ambigüidades para cada espécime. Códigos de barra aceleram a seleção do espécime e fazem o processamento da tarefa de empréstimo muito mais fácil.

Você pode importar uma lista mais completa de herbários de uma lista padrão, abrindo a lista de herbários (Addresses> Herbaria) e então use Ferramentas, Importar lista externa de herbários. O rascunho de uma lista está disponível no BRAHMS. Alternativamente, você pode adicionar entradas manualmente, uma a uma. Endereços de herbários podem ser livremente editados.

37

17

Imprimindo e desenhando etiquetas

Imprimir etiquetas dos arquivos de extração e de um RDE usando o modelo padrão de relatórios.

17.1 Objetivos

17.2 Exemplo trabalhado
• • •

Selecione Coleções> Extrair dados. Esvazie (EMPTY) o arquivo de extração. Escolha qualquer método para algumas coleções. No menu principal, selecione E x t r a ç õ e s > extraído.

C o l e ç õ e s para abrir seu arquivo

Esta etiqueta está criada por um modelo de relatório. Modelos consistem em uma mistura de etiquetas de texto, dados de campos e talvez de alguns gráficos (linhas, imagens). O exemplo trabalha com o arquivo de dado atual. • Pressione o botão Edit para abrir o Modelo de Relatório (Report Template).

Feche o preview.

Utilidades> Biblioteca de Relatórios, Ferramentas, imortar/Atualizar exemplos de relatórios do BRAHMS. Use o botão Preview para visualizar o resultado ou imprimir uma página de exemplo.

Pressione o botão Relatórios para abrir o formulário principal de Relatórios.– e em "Visual Reports mode", escolha o relatório padrão “Collection label example”. Note: se não existir nenhum relatório disponível feche a tela e no menu principal, selecione

Em uma etiqueta, os elementos de relatórios consistem em textos e.g. “Daubeny herbarium” e campos e.g. alltrim(notes). •

Clique uma vez no texto “Daubeny herbarium”. Agora clique no A na barra de ferramentas de relatório (Report control toolbar). Edite este texto como necessário para sua etiqueta. Então clique na "seta cursor" na barra de ferramentas de relatório (Report control toolbar) então clique mais uma vez no texto do nome do herbário. • No menu, selecione Format, Font e mude a fonte. • Tecle Ctrl+W para salvar o modelo de relatório (ou use a opção Arquivo, Salvar/fechar). • Visualize (Preview) a etiqueta novamente. Desenhando e editando etiquetas é discutido em mais detalhes em um documento separado do manual.

38

Novamente, pressione o botão Relatórios para abrir o formulário principal de relatórios e em "Visual Reports mode", escolha o modelo de relatório “RDE label – general sample”. Visualize (Preview) a etiqueta.

Feche o formulário de relatórios e o arquivo extraído. Selecione Coleções > gerenciador de arquivos de RDE e abra o arquivo de RDE de treinamento Leucaena como usado no exercício anterior

Em seu arquivo principal de coleções, marque alguns registros. Extraia as coleções marcadas usando a opção apropriada em seu formulário de extração e imprima etiquetas para estas coleções.

17.3 Teste

17.4 Dicas
• •

Etiquetas podem ser impressas a partir de RDE antes de ser importado para o BRAHMS. Desenhar etiquetas é geralmente especifico fornecidos principalmente com o propósito constroem suas próprias listas de relatórios aprender como fazer seus modelos de etiquetas

para cada projeto e os exemplos são de treinamento. Projetos gradualmente em sua pasta Brahmsdata\reports. Para consulte a seção especificam o manual.

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18

Usando o módulo Biblio

Rever um arquivo de referências. Transferir este arquivo para o banco de dados do BRAHMS. Adicionar/editar referências. Procurar por algumas referências. Imprimir e também transferir para um documento do Word.

18.1 Objetivos

18.2 Exemplo trabalhado

Selecione Biblio, gerenciador de arquivos de RDE. Abra o arquivo de referência LEUCREFS. Esta é uma bibliografia que compreende o gênero preparado por Colin Hughes. Entradas são categorizadas no campo REFCAT como um ‘R’ ou ‘B’ para referências para referência de periódico e livro - embora isto não seja preciso. Você pode experimentar adicionar filtros neste arquivo ou usar opções de cálculo em qualquer campo.

• •

• • •

Agora selecione Biblio, Extrair dados, Title includes e pressione algum texto, e.g. ‘psyllid’. Feche o formulário de extração e selecione Extrações, Biblio para ver o resultado.

Feche o arquivo de RDE e pressione o botão ->B (ou Ferramentas > Importar arquivo de RDE para o BRAHMS). Siga as instruções para transferir estes dados para o arquivo principal de referências do BRAHMS.

para abrir o formulário principal de relatórios – e em Pressione o botão Relatórios "Visual Reports mode", Escolha o modelo de relatório “References report”.

Você também pode por seu módulo de Bibliografia on-line. Um exemplo é o de Leiden http://herbaria.plants.ox.ac.uk/nhn/. Esta base na web é lida diretamente de um banco de dados do BRAHMS.

Se você desenvolver um banco de dados de referências, estas podem ser ligadas por Palavraschaves e também, usando a característica Ligar Literatura (Literature link), para qualquer registro em seu banco de dados.

18.3 Dicas

40

19

Introduzindo imagens

Adicionar algumas imagens de referência à biblioteca de imagem. Use a ferramenta Auto-link para ligar imagens à correta coleção e espécie. Veja as imagens a partir da biblioteca de imagem e dos arquivos principais de coleções e espécies.

19.1 Objetivos

19.2 Exemplo trabalhado
• •

Abra seu arquivo principal de biblioteca de imagem selecionando Imagens> Biblioteca de Imagem.

Imagens podem ser categorizadas usando os campos IMAGE OF (e.g. “Flowers”, “Habit”) e MATERIAL CATEGORY (e.g. “Slide”, “Illustration”). Quando imagens são armazenadas na biblioteca de imagem, isto não significa um aumento no tamanho do seu banco de dados, uma vez que o BRAHMS só armazena o nome do arquivo de suas imagens, e não a própria imagem. Pressione o botão Imagem para mostrar a imagem. Também, nesse estágio, pressione o botão Zoom para mostrar a janela de Zoom. Agora clique com o botão direito na imagem e escolha a opção Dock image lower Zoom. Como você verá, quando você se mover através do arquivo de imagem, a imagem muda para o arquivo atual. Feche a biblioteca de imagem. Selecione Taxa, Espécies Arquivo principal para abrir a lista principal de espécies. Aqui, use o botão Encontrar para localizar as espécies de Leuceana esculenta. Selecione Ferramentas, Image window on/off para abrir a janela de imagem. Também, pressione o botão dados ligados para abrir o arquivo ligado de espécies. Também, abra a janela de ZOOM, usando o botão .

Você também pode localizar manualmente e adicionar registros um a um clicando com o botão direito no campo IMAGE FILE.

Para adicionar rapidamente alguns registros, selecione Ferramentas> Importar arquivos de uma pasta selecionada. Localize a sub pasta L_collinsii e L. esculenta que podem ser encartadas em BRAHMSDATA-LEUC\IMAGES.

• •

41

20

Trabalhando com mapas

Preparar vários mapas baseados nas localidades de coleção usando o MapMaker e ArcInfo. Salvar os mapas na biblioteca de mapas.

20.1 Objetivos

O próximo exemplo usa o software MapMaker. Uma versão grátis pode ser baixada no site http://www.mapmaker.com/products.htm. Para fazer este exercício, você precisará instalar o MapMaker. Também, no web site, baixe (download) o arquivo LLWORLD.DRA selecionando Documents > Data e baixe a base de dados do mundo em coordenadas geográficas (Lat/Long). Abra o arquivo LLWORLD.zip em uma pasta BRAHMSDATA-LEUC\MAPS. Em sua configuração do BRAHMS, na opção MAPPING, certifique-se de que as fontes do MapMaker estão armazenadas nesta pasta.

20.2 MapMaker

Os mapas podem ser criados a partir de qualquer lugar onde os campos LAT e LONG estão presentes. Normalmente, mapas são preparados dos arquivos de coleções extraídas, mas também podem ser preparados, por exemplo, a partir das coleções de arquivos de RDE e no arquivo principal de gazetteer. • • Da lista de opções fornecidas lá, escolha Individual species. Extrair toda coleção da espécie L. diversifolia. Para acelerar a extração, você pode selecionar a opção Restrict no formulário de extração. Isto significa que detalhes adicionais da coleção (desnecessários para o mapeamento) não serão extraídos. Selecione o botão Map na barra de ferramentas.

20.3 Exemplo trabalhado

Selecione Coleções > Extrair dados. Clique no botão Taxa/Det.

• •

Abra o arquivo de extrações, selecionando Extrações > Coleções.
Selecione Make mapfile para preparar um arquivo de mapa padrão do MapMaker

Selecione Draw map para preparar o mapa atual.

Assumindo que possa ver o mapa, você pode agora: • • •

Selecione Arquivo, Imprimir, Escala de impressão, Automática e experimente imprimindo.

Digite a letra “S” um atalho para a forma de estilo. Clique na barra símbolo e clique no círculo preto. Reduza o tamanho para 2.0, e OK.

Clique uma vez no botão de Zoom do MapMaker Zoom (lado esquerdo no topo da tela) e então clique na superfície do mapa para ver mais áreas.

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