Makalah Biokimia Umum II

METABOLISME PROTEIN DAN ASAM NUKLEAT
D S U S U N

Oleh :
Nama : Fitra Jaya Burnama Nim : 0705105010056

FAKULTAS PERTANIAN JURUSAN TEKNOLOGI HASIL PERTANIAN UNIVERSITAS SYIAH KUALA DARUSSALAM-BANDA ACEH 2011

KATA PENGANTAR

Bismillahirrahmanirrahim… Puji syukur kita sampaikan kehadirat Allah SWT, yang telah melimpahkan rahmad dan karuniaNya berupa nikmat dan kesehatan, iman dan ilmu pengetahuan. Ringkasan makalah ini bertujuan untuk melengkapi tugas mahasiswa dalam pemahaman tentang proses dari METABOLISME PROTEIN DAN KARBOHIDRAT. Kami sepenuhnya menyadari bahwa masih banyak kekurangan dan kesalahan dalam menyusun makalah ini, maka dari itu kritik dan saran yang bersifat konstruktif sangat kami harapkan demi kesempurnaan makalah ini. Kami mengucapkan terima kasih kepada Ibu atas ide dan saranya, serta menilai dan memeriksa makalah ini. Akhirnya saya mengharapkan semoga makalah ini mendapatkan keridhaan dari Allah SWT, dan dapat memberikan manfaat bagi saya sendiri dan kepada semua pembaca. Amin

Darussalam, 17 April 2011

dan buang air besar. 2.BAB I PENDAHULUAN I. yang melibatkan penimbangan dirinya sendiri pada sebuah kursi yang digantung pada sebuah timbangan besar sebelum dan sesudah makan. metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik. tidur. Eksperimen terkontrol atas metabolisme manusia pertama kali diterbitkan oleh Santorio pada tahun 1614 di dalam bukunya. Katabolisme yaitu reaksi yang mengurai senyawa molekul organik untuk mendapatkan energy. bekerja. Secara umum. Dan anabolisme merupakan reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu. “Ars de statica medecina” yang membuatnya terkenal di Eropa. dan dipercepat (dikatalisis) oleh enzim. Dia menemukan bahwa bagian terbesar makanan yang dimakannnya hilang dari tubuh melalui “perspiratio insensibilis” (mungkin dapat diterjemahkan sebagai keringatan yang tidak tampak). Dia mendeskripsikan rangkaian percobaan yang dilakukannya. Sedangkan untuk katabolisme itu sendiri yaitu reaksi yang mengurai molekul senyawa organik untuk mendapatkan energi. termasuk yang terjadi di tingkat selular. berpuasa makan atau minum.I Latar Belakang Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme. untuk diserap oleh sel tubuh. Anabolisme yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekulmolekul tertentu. Pada . Kedua arah lintasan metabolisime sangat diperlukan oleh setiap organisme untuk dapat bertahan hidup. Arah lintasan metabolisme ditentukan oleh suatu senyawa yang disebut sebagai hormon. metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik yaitu: 1. Secara umum. untuk diserap oleh sel tubuh.

dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti (nukleus) sel. . Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) and Asam ribonukleat (RNA). berbobot molekul tinggi. penentu arah reaksi kimia disebut promoter dan penentu mempercepatan reaksi kimia disebut katalis. Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus pentosa dari nukleotida yang lain. sitosin. dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. dan monomer penyusunnya adalah nukleotida. Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta pada virus. sedangkan timin dapat ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA. Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam nukleat tersebut (misalnya. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat. dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Selain itu. RNA merupakan polimer yang tersusun dari sejumlah nukleotida. basa nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenin. gula pentosa. Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. dan sebuah gugus fosfat. sebuah gula pentosa. DNA atau asam deoksiribonukleat mengandung 2deoksiribosa). Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat. yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin).senyawa organik. dan guanin dapat ditemukan pada RNA maupun DNA. satu gugus pentosa. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen. Asam nukleat merupakan biopolimer.

termasuk reaksi yang sederhana seperti penguraian asamkarbonat menjadi air dan karbondioksida.Metabolisme meliputi proses sintesis dan proses penguraian senyawa atau komponen dalam sel hidup. proses pemasukan dan pengeluaran zat kimia dari dan ke dalam sel melalui membran proses biosintesis protein yang panjang dan rumit atau pun proses penguraian bahan makanan dalam sistem pencernaan mulai dari mulut.2 Tujuan Makalah ini Adapun tujuan pembuatan makalah ini untuk mengetahui proses metabolisme dan katabolisme protein dan asam nukleat dalam tubuh . begitu juga dengan proses sintesis dan penguraian berlangsung dalam berbagai jalur metabolisme. I. dan penyerapan hasil penguraian tersebut melalui dinding usus. usus. Semua reaksi metabolism dikatalisis oleh enzim. Proses sintesis itu disebut anabolisme dan proses penguraian disebut katabolisme. lambung. serta penyerapannya keseluruh bagian tubuh yang memerlukannya.

protein tersusun dari molekul-molekul yang disebut asam amino. Biosintesis protein Manusia memakan banyak protein untuk menggantikan protein endogen.1 Metabolisme Protein Protein bersama karbohidrat dan lemak merupakan sumber energi bagi tubuh. Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler) menjadi asam amino 2. Biosintesis asam amino 4. Asam amino esensial ialah asam amino yang tidak dapat disintesis oleh tubuh. Jalur katabolisme merupakan beberapa proses dengan zat yaitu: Jalur sangat panjang (contohnya triptophan) sementara yang lainnya pendek (contohnya alanin). H2O dan energi (ATP) melalui siklus asam sitrat dan rantai pernafasan. Di dalam tubuh mamalia asam amino terbagi menjadi dua bagian yaitu asam amino esensial dan non esensial. Kelebihan asam amino tidak dapat disimpan karena langsung mengalami katabolisme dalam tubuh. Metabolisme protein meliputi: 1.BAB II PEMBAHASAN 2. Oksidasi asam amino 3. Rantai karbon asam amino mengalami proses katabolisme yang diubah menjadi CO2. Asam amino esensial dapat disintesis oleh tubuh namun tetap diperlukan asupan dari makanan untuk menjaga keseimbangan asam amino tersebut di dalam tubuh. . Beberapa jalur asam amino menunjukkan hasil akhir produk katabolisme utama seperti pada gambar 1.

enzim. hanya sebagian dari rantai karbonnya yang digunakan untuk mensintesis glukosa karena sisa rantai karbon di ubah menjadi asetil koa yang tidak dapat digunakan untuk sintesis glukosa. Protein Tubuh Protein di dalam tubuh terdiri dari ¾ zat padat dari protein yaitu otot. A. protein plasma. Protein Tubuh dan Fungsinya 1. Jalur metabolisme asam amino dalam siklus asam sitrat Setiap asam amino didegradasi menjadi piruvat atau zat siklus asam sitrat lainnya dan dapat menjadi prekrusor sintesis glukosa di hepar yang disebut glikogenik atau glukoneogenik. antibodi. Protein merupakan rangkaian asam amino dengan ikatan peptida dan banyak protein terdiri dari ikatan komplek dengan fibril menjadi .Gambar 1. Untuk beberapa asam amino seperti tirosin dan fenilalanin. hormon.

fenilalanin) 3. Protein diabsorpsi di usus halus dalam bentuk asam amino → masuk dalam darah 2. Ada beberapa macam protein dan asam amino diantaranya sebagai berikut: a. Asam amino esensial: T2L2V HAMIF (treonin. tirosin. ada beberapa macam protein fibrosa seperti: kolagen (tendon. lisin. triptofan. Asam amino dibedakan: asam amino esensial dan asam amino non esensial 2. Lipoprotein: gabungan lipid dan protein b. leusin. Jika jumlah protein terus meningkat → protein sel dipecah jadi asam amino untuk dijadikan energi atau disimpan dalam bentuk lemak. Polipeptide: 10 – 100 asam amino 3. glisin. Dalam darah asam amino disebar keseluruh sel untuk disimpan 3. arginin.protein fibrosa. asam glutamat) c. Antara asam amino saling berikatan dengan ikatan peptide 5. Penggunaan Protein Untuk Energi 1. keratin (rambut. Hati merupakan jaringan utama untuk menyimpan dan mengolah protein d. . dan aktin-miosin. Asam amino 1. Didalam sel asam amino disimpan dalam bentuk protein (dengan menggunakan enzim) 4. Asam amino non esensial: SAGA SATGA (serin. valin → histidin. Peptide: 2 – 10 asam amino 2. isoleusin. Protein: > 100 asam amino 4. elastin (arteri). asparadin → sistein. tulang). alanin. glutamin. Macam-macam protein: 1. kartilago. Glikoprotein: gabungan glukose dengan protein 6. asam aspartat. Transport protein 1. metionin. kuku).

protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain. Struktur Protein Bagaimana suatu protein dapat memerankan berbagai fungsi dalam sistem makhluk hidup? Jawabnya adalah terletak pada strukturnya. Suatu sistem metabolisme akan terganggu apabila biokatalis yang berperan di dalamnya mengalami kerusakan. Sedangkan protein struktural lain ada juga yang berfungsi sebagai perekat. Apabila tulang dan kitin adalah beton. fibrous protein. Makromolekul ini mengendalikan jalur dan waktu metabolisme yang kompleks untuk menjaga kelangsungan hidup suatu organisma. Struktur ini terdiri dari asam-asam amino yang dihubungkan satu sama lain secara kovalen melalui ikatan peptida. Fungsi Protein Fungsi dari protein itu sendiri secara garis besar dapat dibagi ke dalam dua kelompok besar. maka protein struktural adalah dinding batu-batanya. Struktur pertama adalah struktur primer. Deaminasi merupakan proses pembuangan gugus amino dari asam amino sedangkan transaminasi adalah proses perubahan asam amino menjadi asam ket 2. sebagai contoh α dan β -keratin yang terdapat pada kulit. Selain itu protein juga dapat berperan sebagai biokatalis untuk reaksi-reaksi kimia dalam sistem makhluk hidup. yaitu sebagai bahan struktural dan sebagai mesin yang bekerja pada tingkat molekular. seperti kolagen. dan kuku. Informasi yang menentukan urutan asam amino suatu protein tersimpan dalam molekul DNA dalam bentuk kode genetik. Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya polimer lain. Struktur protein terdiri dari empat macam struktur.2. Pemecahan protein jadi asam amino terjadi di hati dengan proses deaminasi atau transaminasi 3. Beberapa protein struktural. Sebelum kode genetik ini . rambut. B. berfungsi sebagai pelindung.

mula-mula kode ini disalin kedalam bentuk kode lain yang berpadanan dengan urutan kode genetik pada DNA. Ikatan yang membentuk struktur ini. yaitu dalam bentuk molekul RNA. Pada struktur sekunder. didominasi oleh ikatan hidrogen antar rantai samping . Gambar 1. protein sudah mengalami interaksi intermolekul. Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi. Urutan RNA inilah yang kemudian diterjemahkan menjadi urutan asam amino (Gambar 1). Skema Aliran Informasi Genetik dari DNA ke Protein Struktur yang kedua adalah struktur sekunder.diterjemahkan menjadi asam-asam amino yang membangun struktur primer protein. melalui rantai samping asam amino.

. kemudian dikemas sedemikian rupa sehingga membentuk struktur tiga dimensi yang paling pavorable secara termodinamika.yang membentuk pola tertentu bergantung pada orientasi ikatan hidrogennya. yaitu: a-heliks dan b-sheet (Gambar 2). Struktur Sekunder Protein b-sheet Struktur-struktur sekunder ini. van der Waals. bergantung pada orientasi kedua rantai polipeptida yang membentuk struktur sekunder tersebut. ikatan ion. Disini interakasi intra molekuler seperti ikatan hidrogen. Struktur ruang ini adalah struktur ketiga atau juga dinamakan struktur tersier. hidropobik dll turut menentukan orientasi struktur 3 dimensi dari protein (Gambar 3). a-heliks Gambar-2. b-sheet itu sendiri ada yang paralel dan juga ada yang anti-paralel. Ada dua jenis struktur sekunder.

dengan kata lain multi subunit. Struktur Kwaterner Protein. Gambar-4. Intraksi intermolekul antar sub unit protein ini membentuk struktur keempat/kwaterner (Gambar 4). bila dalam protein ini ke dua puluh asam amino tersebut dipakai untuk mensintesis protein. maka jumlah struktur 3 dimensi yang mungkin adalah 20100 struktur. Tentu saja struktur yang paling pavorable secara termodinamika saja yang akan terbentuk. Bisa dibanyangkan berapa peluang kemungkinan struktur 3 dimensi yang mungkin terbentuk dengan monomer sebanyak ini. Karena banyaknya kemungkinan struktur ini. Struktur Tersier Protein Banyak molekul protein yang memiliki lebih dari satu struktur tersier. Bila saja protein memiliki panjang 100 residu asam amino. Perubahan pada struktur . maka protein dapat memerankan berbagai macam fungsi. Hingga saat ini tidak satu sintetik polimerpun yang memiliki monomer sebanyak protein. Jumlah monomer asam amino yang membangun suatu protein adalah 20 asam amino.Gambar-3. Setiap subunit protein dapat melakukan komunikasi dan saling mempengaruhi satu sama lain melalui interaksi intermolekular ini.

Penelitian lain juga mendapati bahwa saat DNAase dan RNAase dimasukan ke dalam sistem. Di sini pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin. sehingga aktifitasnya yang tertinggi ialah di dalam lambung. aktivitas prion tidak menurun. saat gen ini diekspresikan dan proteinnya di injeksikan ke dalam tubuh tikus percobaan. Tetapi. tetapi saat dimasukan protease aktivitasnya menurun. yaitu penyakit sapi gila di Inggris. metionin) atau dikarboksilat (glutamat dan aspartat). Gen tersebut dikenal sebagai PrP. tidak dideteksi adanya penyakit. hidrofobik (leusin. yang menyebabkan penyakit. Hasil penelitian menunjukan bahwa protein ini lebih tahan terhadap serangan protease dibanding protein biasa. PH optimum ialah 2. para ilmuan sangat sukar memahami bagaimana mungkin protein bisa menjadi desease agent dan dapat diturunkan. para ahli biokimia memprediksi adanya struktur lain diluar struktur protein PrP normal. Dari hasil ini. tirosin. Pencernaan Protein Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. isoleusin. Pada awalnya. lalu bagaimana dengan prion? Dari hasil pencarian yang panjang. Protease adalah suatu enzim yang berfungsi untuk mengurai protein. Penyakit ini belakangan diketahui disebabkan oleh protein yang dikenal dengan nama prion. Virus saja untuk berkembang biak harus memasukan DNAnya ke dalam inang. Enzim ini tidak . Salah satu contoh pentingnya struktur tiga dimensi adalah pada fenomena yang sangat terkenal saat ini. Lalu. Beberapa penyakit pada manusia disebabkan oleh perubahan struktur dari protein yang merusak fungsi dari protein tersebut. bagaimana protein ini bisa diturunkan dan bertambah jumlahnya di dalam tubuh tanpa adanya gen yang mengkodenya. triptofan). Dari sini para ilmuan lalu menyimpulkan bahwa prion tidak memiliki DNA ataupun RNA. ternyata ditemukan bahwa gen yang mengkode prion terdapat disetiap organisma hidup yang menjadi inang untuk berkembangnya prion. C.akan mempengaruhi fungsi dari protein.

Peristiwa sekresi ini berlangsung dengan melawan gradien. karena konsentrasi H + di dalam sel ialah sebesar 10-7 M. H+ intrasel berasal dari reaksi yang berkaitan dengan anhidrase karbonat. I – I – phe – metval val – – leu leu – – trp trp – arg – – ala ala – – aspasp – I phe – met -.bekerja lagi bila berada pada pH yang tinggi seperti yang terdapat di dalam usus halus. dilepaskan 42 asam amino dari ujung NH2 bebas pada molekul \ imogen tadi. seperti yang terlukis pada Gambar . Pemecahan protein oleh pepsin. Melalui suatu jeram reaksi yang mirip dengan yang ditemukan pada metabolisme glikogen. sedangkan di luar sel lambung sebesar 10-1M. Histamin meningkatkan proses sekresi H+ dengan cara meningkatkan konsentrasi cAMP intrasel. Dengan demikian jelaslah bahwa proses ini memerlukan energi.– lis lis – – tir tir – – arg – gli gli – – ile ile – – I             Gambar . Pepsin disekresikan sebagai zmi ogen yang bernama pepsinogen. maka perlu pulalah agaknya diuraikan secara singkat bagaimana pHyang tidak lazim ini dicapat ion H dalam lambung adalah hasil sekresi sel-sel parital. Zat seperti kafein yang menghambat pemecahan cAMP meningkatkan sekresi asam lambung. Enzim ini bekerja dengan cara mengaktifkan enzim histidin dekarboksilase sehingga . yang pada kenyataannya didapat dengan cara hidrolisis ATP. Hormon gastrin menyebabkan hal yang sama. Peristiwa ini mengubah konformasi dan mengaktifkan protein tersebut. kinase tersebut memfosforilasikan anhidrase karbonat sehingga aktifitasnya pun bertambah.-. Hidrolisis ATP ini dikaitkan dengan pertukaran K+ dengan H+. Pengaktifannya menjadi pepsin dilakukan oleh asam lambung dan secara otokatalisis juga oleh pepsin itu sendiri yang sudah terbentuk. Ini pada gilirannya mengaktifkan suatu kinase protein. Oleh karena pH yang rendah dari lambung sangatlah musthak bagi kerja enzim dan pada kenyataannya mampu pula menghidrolisis beberapa ikatan peptida. Pada proses pengaktifan ini.

Selama proses hidrolisis oleh enzim-enzim tersebut berlangsung. Babungan hasil kerja enzim ini ialah monopeptida. Selain pepsin. dipeptida dan tripeptida. Di dalam usus. . yaitu kimotripsinogen. protein diolah oleh sejumlah enzim yang disekresikan oleh pancreas. kimotripsin dan elastase mempunyai serin pada situs katalitik masingmasing dan karena itu enzim-enzim ini dikelompokkan dalam robongan protease serin. Sebaliknya tripsin yang sudah aktif ini akan mengaktifkan enzim-enzim lain yang masih berbentuk zimogen. sedangkan elastase selanjutnya bekerja terhadap ikatan peptida yang dibentuk asamamino alifatik. dari sisi gugus karboksil bebas. prokarboksipeptidase dan poelastase. Akibatnya. yang mengkoagulasikan susu. segala peristiwa yang telah diuraikan tadi meningkat dan hasil akhirnya ialah meningkatnya produksi asam lambung. Semua enzim ini disekresikan dalam bentuk zimogen. Dengan bantuan kalsium. kasein yang terdapat di dalam susu diubah oleh rennin menjadi parakasein. pepsin mereka tidaklah aktif dan proses pencernaan protein barulah dimulai di usus halus. Enteropeptidase atau enterokinase mampu mengubah tripsinogen menjadi tripsin. Tripsin memutus ikatan peptida yang dibentuk oleh asam-asam amino basa. karboksipeptidase dan elastase. Tripsin. dan juga enzim aminopeptidase yang bekerja dengan cara yang sama dari sisi gugus amino bebas. Pada orang-orang dengan keadaan ini. Keadaan ini disebut “achlorhydrea”. keadaan ini tidaklah menimbulkan gejala klinik yang berat. Kira-kira 4% dari seluruh orang dewasa dan 40% dari seluruh orang yang berusia lebih dari 60 tahun kekurangan sekresi HCl di lambung. Oleh karena ada beberapa enzim yang khas mencernakan protein. lambung juga mensekresikan enzim rennin. yang selanjutnya dihidrolisis oleh pepsin. Selanjtnya yang bekerja ialah enzim karboksipeptidase yang bekerja memutus satu demi satu ikatan peptida yang tersisa pada berbagai peptida tadi. kimotripsin. yaitu tripsin. Kimotripsin memutus ikatan peptida yang dibentuk oleh asam amino aromatik.terbentuklah histamin. Hal ini penting bagi anak kecil karena peristiwa ini mencegah pengosongan lambung yang terlalu cepat.

negatif ataupun keseimbangan yang normal. Bagian lain dari peptida atau protein yang dioleh dibebaskan oleh enzim. Perlu diperhatikan bahwa dua reaksi dalam daur ini berlangsung di dalam mitokondria. Glutamat ini sebaliknya dapat pula mengalami dehidrogenasi dan membebaskan ammonia. ialah reaksi yang dikatalisis oleh enzim glutamat dehidrogenase yang terdapat dalam mitokondria. Oleh karena en\im ini ada di dalam mitokondria. Histidase. Alanin dibuat dari piruvat. berbagai oksidase asam amino kesemuanya menghasilkan ammonia. dibebaskan dalam bentuk ammonia oleh kerja enzim ini. Blutaminase. Amonia dibentuk pada pemecahan asam amino dan asam nukleat oleh sel. asparaginase. CO2 dan nitrogen dari aspartat menjadi urea. Sesudah hidrolisis ester serin tersebut oleh air. reaksipun selesai. sedangkan sisanya terjadi di sitoplasma. Glutami yang sampai ke hati dapat membebaskan dua molekul ammonia dengan kerja sama dari glutaminase dan glutamat dihidrogenase. Sekali pun demikian. ammonia yang dibentuknya dapat segera dipakai untuk sintesis urea. sumber terbesar dari ammonia sel. yang sebelumnya berasal dari reaksi transaminasi asam-asam amino yang lain. Daur urea terdiri atas lima reaksi yang mengubah ammonia. Perlu diingat bahwa enzim yang diperlukan untuk sintesis glutamin berbeda dengan enzim yang diperlukan untuk memecahnya. Daur ini terlukis pada gambar . Pemecahan berbagai \at dan menghasilkan ammonia ini terjadi baik pada keseimbangan nitrogen yang positif. CO2 yang berada di dalam .ujung karboksil dari suatu asam amino terikat secara kovalen dengan residu serin yang ada di situs katalitik. serin dehidratase dan sistein dehidratase adalah penghasil ammonia yang lain di dalam sel. Nitrogen yang diikat oleh glutamat. Selain itu ammonia juga dihasilkan oleh bakteri usus. Otot menggunakan glutamin dan juga alanin untuk membawa kelebihan nitrogen. suatu zat yang mudah ditemukan di mana-mana sebagai hasil metabolisme glukosa atau glikogen dan siap untuk dipakai  ketoglutarat sehinggga terbentuklah glutamat. terutama dalam jaringan hati. Berbagai protease serin dapat dibuat tidak aktif dengan cara mengikatnya secara kovalen dengan diisopropil fluorofosfat. Dalam reaksi yang pertama.

dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintetase dan memerlukan N-asetil glutamat sebagai suatu kofaktor. Reaksi ini adalah reaksi yang mengatur laju sintesis urea. Hasilnya terbentuklah karbamoil fosfat. Secara keseluruhan diperlukan empat ikatan fosfat kaya – energi atau ekivalen ATP untuk sintesis satu molekul urea. Pengeluaran hidrolitik gugus formil pada . Fumarat dapat masuk ke dalam mitokondria dan dioksidasi menjadi oksaloasetat melalui daur Krebs. Ornitin ini kemudian masuk lagi ke dalam mitokondria dan menyelesaikan daur. Dua ikatan diperlukan untuk menghasilkan karbamoil fosfat dan dua lagi untuk kondensasi aspartat dengan sitrulin. Proses katabolisme triptofan pada manusia merupakan penguraian seluruh atom karbon pada rantai samping maupun pada cincin aromatik menjadi senyawaantara amfiolik melalui lintasan kinurenin-antranilat (Gambar 4). Enzim triptofan oksigenase (triptofan pirolase) mengkatalisis reaksi pemutusan cincin indol dengan penyatuan dua atom dari molekul oksigen sehingga terbentuk senyawa Nformilkinurenin. Enzim oksigenase yang merupakan metaloprotein besi pofirin. Triptofan oksigenase dihambat secara umpan balik oleh derivat asam nikotinat.mitokondria mengalami fosforilasi oleh ATP dan kemudian berkondensasi dengan ammonia dengan menggunakan energi yang berasal dari hidrolisis satu molekul ATP lainnya. Di dalam sitoplasma sitrulin ini berkondensasi dengan aspartat dan inilah reaksi yang ketiga. Sebagian enzim yang baru disintesis ini akan berada dalam bentuk laten yang memerlukan pengaktifan. Dalam reaksi kedua yang juga terjadi de dalam mitokondria. Triptofan juga menstabilkan enzim oksigenase terhadap reaksi penguraian proteolitik. Arginin dihidrolisis untuk menghasilkan urea dan ornitin. Selanjutnya sitrulin meninggalkan mitokondria. karbamoil fosfat berkondensasi dengan ornitin sehingga terbentuklah sitrulin dan fosfat bebas. Dengan transaminasi maka aspartatpun terbentuk kembali. Arginosuksinat yang terbentuk sebagai produk diubah dalam reaksi keempat menjadi arginin dan fumarat. dapat diinduksi dalam hati oleh kortikosteroid adrenal dan triptofan. termasuk NADPH. Dalam reaksi ini ATP diubah menjadi AMP. Reaksi ini adalah reaksi kedua yang mengatur laju sintesis urea.

Proses Glikolisis . Hidroksilasi triptofan menjadi 5hidroksitriptofan dikatalisis selanjutnya oleh enzim tirosin hidroksilase hati. Senyawa 2-amino-3-hidroksi benzoil piruvat yang dihasilkan akan kehilangan air dan penutupan cincin yang terjadi secara spontan akan membentuk kinurenat. Metabolisme selanjutnya kinurenin akan melibatkan konversi senyawa ini menjadi 3-hidroksikinurenin yang kemudian menjadi 3hidroksiantranilat. D. hati dan bakteri dalam feses manusia dapat mengadakan dekarboksilasi triptofan menjadi triptamin yang kemudian bisa teroksidasi menjadi senyawa inol-3 asetat. Kinurenin dapat mengalami deaminasi lewat reaksi transaminasi.N-formilkinurenin yang dikatalisis oleh enzim kinurenin formilase pada hati akan menghasilkan senyawa kinurenin. Hidroksilasi memerlukan oksigen molekuler dalam reaksi yang tergantung NADPH dan serupa dengan reaksi hidroksilasi fenilalanin. Katabolisme serotonin diawali oleh oleh reaksi deaminase oksidatif yang dikatalisis enzim monoamin oksidase menjadi senyawa 5-hidroksiindolasetat (Gambar 5). Dekarboksilase selanjutnya akan membentuk serotonin (5-hidroksitriptamin). Senyawa ini pada manusia diekskresikan dalam urin (2-8 mg/dL). Hasil utama katabolisme triptofan dalam urin yang normal adalah senyawa 5.hidroksiindolasetat dan indol-3 asetat. Triptofan membentuk sejumlah derivat indol tambahan. Ginjal mamalia.

Sintesis RNA berdasarkan suatu cetakan DNA disebut proses transkripsi. Pada tahap ini asam-asam amino secara berurutan diikat satu dengan yng lain. Arus informasi genetik pada sel normal berawal dari DNA ke RNA terus ke protein. sitosin . Proses sintesis RNA menyerupai pembentukan Dna tetapi ada perbedaan prinsip dimana kalau sintesis DNA seluruh urutan nkleotida DNA digandakan seperti DNA induk.Protein pengikat. komplemen DNA-RNA (hibrid DNARNA) yang dihasilkan membuka dengan melepaskan RNA yang terbentuk diikuti hibridisasi ulang rantai DNA membentuk untai DNA ganda. pada sintesis RNA tidak semua DNA ditranskripsi menjadi RNA. guanin. sesuai pesan yang diberikan DNA. inisiasi rantai polipetida.k edua RNA polimerase mengkatalisis pemanjangan ikatan fosfodiester antara ribonukleotia trifosfat dan ujung 3’-fosfat melalui cara seperti DNA polimerase I. Nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa (derivat purin atau pirimidin) melalui ikatan glikosida. DNA Girase. terjadi pengubahan secara kimia RNA yang terbentuk. pemanjangan (elongasi) rantai polipetida. Basa purin dan pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin. Sintesis RNA (transkripsi) terdiri 4 tahap reaksi :pertama enzim RNA polimerase mengikat urutan basa spesifik. Nukleotida merupakan nukleosida yang gugus gula pada posisi 5’-nya mengikat asam fosfat (gugus fosfat) dengan ikatan ester. Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan dari RNA ialah ribosa. Keempat. Berlangsung diribosom dan melalui 5 tahapan reaksi yakni aktivasi asam amino.ketiga. hanya gen atau kolompok gen yang ditarnskripsi. Produk yang terbentuk adalah RNA yang komplementer dengan salah satu rantai DNA dupleks yang jadi cetakan. terminasi dan pembebasan rantai polipeptida serta tahap pelipatan dan pengolahan. Sintesis protein (translasi) yaitu molekul Rna yang terbentuk menerjemahkan informasi genetik ke dalam proses pembentukan protein. Sedangkan sintesis protein berdasarkan suatu cetakan RNA disebut Translasi.

dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Basa N. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T). Dengan demikian nukleosida adalah penyusun nukleotida dan dapat diberi nama trivial dan nama sistematis seperti terlihat pada tabel berikut : II. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa. Metabolisme Asam Nukleat Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Pada DNA. dan juga RNA. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Ada dua macam asam nukleat. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya.dan timin. yaitu purin dan pirimidin. mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan. . Dilihat dari strukturnya. Akan tetapi. gula pentosa. purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik). pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). baik pada DNA maupun pada RNA. sitosin dan urasil. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus fosfat. Sedangkan basa RNA terdiri atas adenin. untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil. sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). guanin.

Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. dan uridin monofosfat. Sebagai contoh. nukleotidanya akan ada empat macam. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomermonomer berupa nukleotida. dan deoksitimidin. Komponen-komponen asam nukleat a). Namun. identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja. hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat. setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. deoksisitidin. sitidin monofosfat. guanosin. basa N Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas.A. guanosin monofosfat. gula pentosa c). maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. sitidin. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. gugus fosfat b). Dalam peran ini. Dengan perkataan lain. jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA. maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin. deoksiguanosin. yaitu adenosin monofosfat. RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. Begitu pula. dan uridin. Dengan demikian. molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat. Sementara itu. . dan sebuah basa N. pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. sebuah gula pentosa. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet'.

pengaruh alkali. Stabilitas asam nukleat Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA. yang menyatakan bahwa pada awal proses evolusi. yang dikenal dengan nama kodon. asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-komponennya. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat. Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. monomer yang menyusun protein. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat. Lihat ekspresi genetic untuk keterangan lebih lanjut. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat. RNA merupakan bahan genetik universal sebelum organisme hidup memakai DNA. viskositas. a. pengaruh asam. dan kerapatan apung. sebenarnya tidaklah demikian.tiga urutan basa N. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti). denaturasi kimia. Jadi. A. b. ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas teori 'dunia RNA'. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. Pengaruh asam Di dalam asam pekat dan suhu tinggi. sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa. misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC. . Padahal.

Dengan demikian. DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selain itu. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Viskositas DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm. tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter. e. Sebagai contoh. Pengaruh alkali Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik basa. Pada konsentrasi yang relatif tinggi. d.Namun. hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik. di dalam asam mineral yang lebih encer. peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. C. Selanjutnya. Bahkan pada pH netral sekalipun. RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya. Denaturasi kimia Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH netral. DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi. perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Artinya. Kerapatan apung . f.

Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. dan sebuah basa N. yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat. ρ = 1. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik. dan seterusnya). Dalam hal ini. Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar tabung dan protein akan mengapung. sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada cincin basa. setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida. maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein. maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan. sebuah gula pentosa. Nukleosida dan nukleotida Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen (1’. Namun. Dengan demikian. . Begitu juga. teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya. B. pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Posisi 1’ pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik. DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut. 2’.Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung (bouyant density)-nya. Selain itu. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat molekul tinggi. Sebagai contoh.098% (G + C). misalnya sesium klorid (CsCl) 8M.7 g/cm3. yakni sekitar 1. molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.66 + 0. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi.

Dipecah lebih lanjut dg fosfodiesterase (ensim exonuclease non spesifik) menjadi monofosfat. deoksisitidin. Begitu pula. yaitu adenosin monofosfat. dan uridin monofosfat. Hampir semua organisme mampu mensintesis nukleotida dr prekursor yg lebih sederhana. . dan uridin sitidin. dan deoksitimidin. guanosin. sitidin monofosfat. nukleotidanya akan ada empat macam. maka (2’deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin. guanosin monofosfat. C. deoksiguanosin. Sementara itu. jalur de novo untuk nukleotida.Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. Nukleotida juga dapat disintesis dari hasil pemecahan nukleotida yang telah ada  salvage pathway (recycle) yaitu dari degradasi pirimidin dan purin  dari sel yang mati (regenerasi) atau dari makanan. jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA. mirip utk setiap organism. Dipecah lbh lanjut fosfomonoesterase . maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. Degradasi nukleotida Di dalam usus halus tjd pemutusan ikatan fosfodiester oleh endonuklease (pankreas) à oligonukleotida.

basa akan lebih lanjut didegradasi menjadi asam urat (purin). .dikenal sebagai nukleotidase à menghasilkan nukleosida and orthophosphate. Jika basa atau nukleosida tidak digunakan kembali utk salvage pathways. Nucleosida phosphorylaseà menghasilkan basa dan and ribose-1-phosphate. ureidopropionat (pyrimidine).

Proses pencernaan protein yang pertama berlangsung dalam lambung. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. 3. tirosin. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Di sini pepsin mencernakan protein dengan memutuskan ikatan peptida yang ada di sisi NH2 bebas dari asam-asam amino aromatik (fenilaalanin. . Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Dalam peran ini. .1 Kesimpulan 1. maka nukleosidanya dapat berupa adenosin. hanya basa N- lah yang memungkinkan terjadinya variasi. 4. Basa N. guanosin. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks. RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. 6. yaitu purin dan pirimidin. berbobot molekul tinggi. 2.BAB III PENUTUP 3. Antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas. 5. baik pada DNA maupun pada RNA. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA. 7. mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan. triptofan). dan uridin sitidin.

Protein dapat memerankan fungsi sebagai bahan struktural karena seperti halnya polimer lain. Biosintesis protein . protein memiliki rantai yang panjang dan juga dapat mengalami cross-linking dan lain-lain.8. 10.Oksidasi asam amino. termasuk yang terjadi di tingkat selular. Biosintesis asam amino. 9. Metabolisme protein meliputi: Degradasi protein (makanan dan protein intraseluler) menjadi asam amino. Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme.

M. A. Academic Press. B.. Carbohydrates : Metabolism of Sugar.Eds.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. Dennis.. L. 2003. 2003.M.. 2003. L. and Lal.. Energy Metabolism. Exercise Muscle. S.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. 2nd Edition. Rubinstein-Litwak. & Finglas. F. L. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. Academic Press.. P.... Caballero. P.C.M. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. K. H.M. Academic Press. V.C.M. Glucose : Function and Metabolism.. P.Eds. B. Academic Press.C.. 2003. Caballero. Trugo... Trugo. Trugo. Rocha Leao. 2003. Caballero.. T. Caballero. P.. Academic Press.. & Finglas.In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. D. Trugo.. 2nd Edition. P. S.M.C. Tester.. 2003. & Finglas.Eds. B. P. & Finglas. L... J. C. 2003. Bender. Academic Press. B. Trugo. 2nd Edition.Eds.Eds.. B..Eds. B.C.C. I. & Finglas..C. 2nd Edition. Caballero. L. L. Mac donald.Eds. J. and Noakes. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition. .. 2nd Edition Caballero.. J. Academic Press. L. Glucose : Properties and Analysis. 2nd Edition. & Finglas.DAFTAR PUSTAKA Sreeranjit. Carbohydrates: Classification and Properties. D. R. Trugo. M. Caballero.. 2nd Edition. & Finglas..M. . P. Glycogen. M.. and Karkalas.C. B. Trugo. In Encyclopedia of Food Sciences & Nutrition.