FitopacShell 1.6.

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Manual

Versão Preliminar
G.J.Shepherd (2006)

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Ve

Table of Contents
Introdução .................................................................................................. 5
FitopacShell - Introdução Instalação Configuração Considerações gerais Os tipos de dados usados por Fitopac A Tela Principal o menu principal Os botões de funções 5 7 7 8 8 9 10 10

Instalando e Configurando Fitopac ........................................................... 7

Utilizando Fitopac ....................................................................................... 8

comando arquivos .................................................................................... 12 Preparando e lendo dados ....................................................................... 14
Preparando dados Lendo e convertendo dados num arquivo FPD Examinando, editando e imprimindo dados Formatos de Arquivo Excel Lotus 123 PC-Ord ASCII/ASCII delimitado SYSTAT NT-SYS Cornell MVSP Convertendo dados crus em matriz Tipos de dados em matrizes Variáveis mascaradas e Marcadores Importando e exportando matrizes Usando a planilha matriz arquivos matriz cabeçalho eliminando linhas ou colunas matriz transformar matriz juntar matriz espécies raras Nomes suspeitos Tela "Nomes suspeitos" Tela "Nomes duplicados" O formulário de resultados Criando Gráficos Criando gráficos diretamente Diagramas de dispersão Modificando as escalas A Tela de Opções em Diagramas de Dispersão 14 14 15 16 16 16 16 17 17 17 17 17 18 19 20 21 22 26 27 28 28 29 32 33 34 35 37 39 39 41 43 43

Trabalhando com matrizes....................................................................... 18

Visualizando resultados de análises....................................................... 37 Gráficos em Fitopac ................................................................................. 39

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............................................................................ 69 janela decorana janela twinspan Ve Chamando outros programas............................................... 75 referências bibliográficas 4 Pr rsã eli o m in ar Ordenação ............................................................................. 48 Análise de Agrupamentos (Cluster Analysis) ..... 70 70 71 75 Bibliografia ............................Introdução Biplot de Gabriel A Tela de Ordenação As Opções Visualizando e interpretando resultados de uma ordenação ................................................................... 54 Ordenação 64 Dados faltando em análises multivariadas.. 47 Calculando Distâncias e Coeficientes de Semelhança............Diagramas de vetores Gráficos de linha Dendrogramas Gráficos de Barra Gráficos de caixa Gráficos 3D Calculando Parâmetros Fitossociológicos Coeficientes de semelhança e distâncias em Fitopac A tela Coefs Modificando e manipulando arquivos de coeficients Coeficientes e distâncias usados em Fitopac Introdução a análise de Agrupamentos Tela de Análise de Agrupamentos A Tela do Dendrograma Analisando grupos em dendrogramas Colorindo matizes Opções para dendrogramas 45 45 45 45 46 46 47 48 48 49 49 54 54 56 58 60 62 64 65 65 67 68 Parâmetors fitossociológicos ("PARAMS").....

pois ainda apresenta diversas falhas e "bugs". que devem ser utilizados com um certo grau de cautela. permitindo utilizar todos os recursos de Windows para manipular arquivos. que tem diversas correções e modificações que tornam os programas mais confiáveis. Os programas individuais do pacote original (Prepare. precisa obter e instalar cópias (só copiar) dentro da pasta com os arquivos de FITOPAC. especialmente nas versões "Windows". Hill e NÃO são parte do FITOPAC.Introdução FitopacShell é um programa para Windows que "traduz" parte do pacote FITOPAC para o ambiente Windows e que "embrulha" o resto dos programas originais do FITOPAC. sem a necessidade de entrar no DOS. Recomenda-se o uso da versão de Oksanen & Minchin (1997). Caderno e Params) continuam os mesmos .ainda são programas DOS mas foram recompilados para permitir o uso de mais memória. O programa é considerado Pr rsã eli o m in ar Ve 5 . junto com os programas do próprio FITOPAC. acomodando matrizes maiores (até 1000 x 1000 na atual versão). sem restrições. facilitando o uso do pacote em Windows. Se quiser usá-los. M. FitopacShell pode chamar os programas "DECORANA" e "TWINSPAN" do pacote Cornell para fazer análises que não estão disponíveis dentro do próprio FITOPAC.O. estão sendo liberadas para uso geral. Os programas que compõem o pacote FITOPAC são descritos no Manual de Usuário distribuído em formato "Adobe Acrobat" [pdf] junto com este pacote. Adicionalmente. O atual arquivo de ajuda descreve somente o FitopacShell. junto com o FitopacShell.Introdução FitopacShell .. este pacote deve ser tratado como preliminar. pastas. Os programas "DECORANA" e "TWINSPAN" são da autoria do Dr. etc. Esta versão do FITOPAC. Embora foi testado com diversos conjuntos de dados.

083-970 SP. mas não pode ser vendido ou modificado sem autorização expressa do autor. Todos os direitos autorais são reservados pelo autor. sem custo. pode ser distribuído livremente.6 em referências bibliográficas.isto é. de Botânica IB da UNICAMP CxP 6109 Campinas 13. consulte o forum fitopac no site: "http://taxondata.0" Agradecimentos a Eduardo Dalcin! 6 Pr rsã eli o m in ar Ve . Esta versão de FITOPAC deve ser chamada FITOPAC 1."Freeware" .php?board=12. junto com uma cópia do conjunto de dados sendo utilizados e uma descrição de que estava sendo feito quando ocorreu o erro para:george@unicamp. Para notícias e discussão do Fitopac.org/forum/index. © George J. Se possível. especialmente se estes causam erros mais sérios de cálculo ou inutilizam parte dos recursos dos programas. é importante que os usuários me avisam de "bugs" e dificuldades encontrados.br. encaminhe uma descrição do erro encontrado. Shepherd Depto. Brasil. e a data de publicação é 30/11/2006. Embora não prometo que vou poder resolver individualmente todos os problemas que surgem no uso do FitopacShell e FITOPAC.

Instalando e Configurando Fitopac Instalação Ainda não está pronto – Sorry ! Configuração Ainda não está pronto – Sorry ! Pr rsã eli o m in ar 7 Ve .

quando se executa análises em Fitopac. Formulário de resultados texto dados arquivo Fitopac arquivos texto Fitopac Os tipos de dados e os arquivos usados estão descritos na seção "Os tipos de dados usados por Fitopac " e o uso da saída texto na seção "Visualizando resultados de análises ". e é cumulativa. e produzirão resultados na forma de texto e gráficos. "dados crus" – são os dados resultantes de levantamentos fitossociológicos. É importante lembrar que os resultados de uma análise NÃO são gravados automaticamente – na maioria dos casos o usuário deve solicitar explicitamente a gravação do arquivo de resultados. Gráficos são gravados individualmente. Planilhas como "Excel" podem ser usadas. podendo ser gravada em forma de arquivo "rtf" ou "txt". estas exigem. além de outros arquivos que podem ser utilizados em outras análises. tem medidas de diâmetro. a entrada destes dados e via arquivos "ASCII" que podem ser criados com um editor de texto (por ex. distribuído junto com a atual versão. Detalhes do formato de arquivo estão no manual da versão 1. para cada indivíduo. mas é necessário tomar muito cuidado com o arranjo de dados em colunas. A saída em forma de texto pode ser visualizada usando um botão marcado "visualizar resultados". armazenando os resultados de todas as análises feitas desde o início até desligar o programa. de entrada.0 do Fitopac.Utilizando Fitopac Considerações gerais Em geral. ou podem ser copiados para a área de transferência ("clipboard") e colados em documentos. altura e um código de espécie e são agrupados por parcela ou por ponto de amostragem [método de quadrantes]. e gravar a versão final como texto para utilizar esta opção com sucesso. que contem as medidas de indivíduos que foram incluídos no levantamento [levantamentos por parcelas ou por quadrantes ou variantes destes métodos] ou de contatos individuais [levantamentos que utilizam o "método de agulhas"]. o "notepad" que vem junto com todas as versões de Windows) ou usando um processador de texto mais sofisticado como "Microsoft Word" ou "Open Office Writer" e gravando como "somente texto". Estes dados são armazenados em arquivos "FPD" {FitoPac-Dados} e são o ponto de partida para todas as análises em Fitopac. Nesta versão. algum arquivo de dados no formato apropriado. Os tipos de dados usados por Fitopac Fitopac utiliza três tipos de conjuntos de dados: 1. 8 Pr rsã eli o m in ar gráficos Ve arquivos de dados . se deseja manter um registro da análise que foi realizada. Tipicamente.

etc. e geralmente são gerados a partir de arquivos FPD. na prática pode ser utilizado para qualquer situação onde análise multivariada ou taxonomia numérica é apropriado. SYSTAT). incluindo Excel.2. onde foram medidas algumas características do ambiente para cada uma das amostras de um levantamento. utilizando o comando/botão "Criamat". "PC-Ord" e "NTSYSpc". São armazenadas em arquivos "FPC" {FitoPac-Coeficientes}. Assim. "matrizes amostra x espécie" – contem dados representando a quantidade de cada espécie presente em cada uma das amostras. ou importadas/exportadas em alguns formatos (NTSYSpc. Matrizes deste tipo podem ser importadas/exportadas para diversos formatos. Estas funções podem ser usadas via o menu principal ou utilizando os botões de função. 3. Pr rsã eli o m in ar Ve 9 . Estas matrizes geralmente são geradas a partir de uma matriz FPM. na forma de uma matriz com uma linha para cada amostra e uma coluna para cada espécie. "SYSTAT". "matrizes de distâncias ou coeficientes de semelhança" – estes matrizes contém dados que representam distâncias ou grau de semelhança entre amostras/objetos e são essenciais para o uso de análise de agrupamento o para algumas formas de ordenação. como PCO. Estes dados são armazenados em arquivos "FPM" {FitoPac-Matriz}. As interligações entre os tipos de dados/arquivos são resumidas neste gráfico: A Tela Principal A tela principal que abra quando o programa é acionado permite escolher arquivos e o tipo de análise que quer fazer. embora Fitopac foi concebido principalmente para análise de dados fitossociológicos. quando se deseja utilizar o programa para análises fenéticas (taxonomia numérica). ou para dados morfológicos. químicos. Estas matrizes também são o formato natural para dados ambientais. utilizando o comando "Coef". permitindo que Fitopac seja utilizado junto com outros programas de análise estatística ou multivariada.

chama os programas "DECORANA" e "TWINSPAN" do pacote de programas da universidade de Cornell. Note que a maioria dos itens disponíveis no menu principal estarão disponíveis somente quando um arquivo de dados for selecionado. ou se um arquivo foi selecionado em primeiro lugar. e PREPARE para conversão de dados crus (DAD e NMS).permite modificar a configuração do pacote FITOPAC. e sua disponibilidade depende do tipo de arquivo selecionado. além de permitir abrir arquivos de resultados de análises já concluídas. Disponível somente para arquivos FPM e FPC. de acordo com o tipo de arquivo selecionado. Se não tiver um arquivo selecionado. sem a necessidade de passar por todos os passos do menu principal. MATRIZ para os arquivos FPM. "CLUSTER" (análise de agrupamentos) e "ORD" (ordenação).este comando é usado para ter aceso aos programas de manipulação de dados . exportar. e podem variar. Dados . 10 Ve similaridade e distâncias). Estes botões estão agrupados de acordo com o tipo de função que executam. Este comando está disponível somente com arquivos FPD.chama o programa "PARAMS" para calcular parâmetros fitossociológicos para dados de indivíduos de um levantamento. Pr rsã eli o m in ar .CADERNO e CRIAMAT para arquivos FPD. importar arquivos de diversos tipos. antes de tentar usar este comando. Os principais comandos são :- Arquivos . Multivar .chama os programas de análise multivariada "COEF" (cálculo de coeficientes de Cornell . Os comandos do menu também podem ser acionados via os botões de função. ler. paRametros .o menu principal O menu principal fornece diversas opções de análise ou manipulação de dados. estão disponíveis somente as opções de configuração do FITOPAC. Arquivos – funções de abrir. Os botões de funções Muitas das tarefas comuns podem ser acionados diretamente pelo uso dos botões de funções. coNfigurar .permite selecionar um ou mais arquivos de dados para análise ou processamento. Estes programas não fazem parte do FITOPAC e você deve obter cópias (disponíveis grátis na Internet) e copiá-los na mesma pasta onde está instalado o próprio FITOPAC.

Pr rsã eli o m in ar 11 . CA.Modificar dados – modificar matrizes de dados ou de coeficientes de semelhança ou distância. Análise multivariada – (opções disponíveis com arquivos que contém matrizes de dados ou coeficientes de semelhança/distância) – calcular coeficientes de semelhança/distância com programa "COEF". fazer análise de agrupamento com programa "CLUSTER" (somente arquivos FPC). etc.) e visualizar dados ou gerar matrizes a partir dos dados. fazer ordenação com programa "ORD" (arquivos FPM – PCA. arquivos FPC – PCO) ou utilizar os programas "DECORANA" e "TWINSPAN" do pacote Cornell [estes programas não são parte do FITOPAC !] Ve Fitossociologia – (opções disponíveis com arquivos de dados do tipo "FPD") – fazer análises fitossociológicas (calcular parâmetros.

matriz (*. que contem coeficientes de semelhança ou distâncias entre objetos para análise de agrupamento ou ordenação. respetivamente. Os detalhes do formato e preparação deste arquivos são descritos no "Manual de Usuário" em formato "Adobe Acrobat" (. Dados crus – são os arquivos de nomes e dados numéricos usados para gerar um arquivo FPD.FPM). e incluem: SYSTAT ASCII delimitado (ou "CSV") MVSP Dados p/ PREPARE.Gerar uma nova matriz de dados em branco (para entrada de Ve .No caso de dados de indivíduos que ainda não foram convertidos para o formato FPD (dados crus).FPC).FPD). onde se pretende usar o programa "PREPARE" para fazer esta conversão.PDF) distribuído dentro deste pacote. que contem uma matriz de dados para análise multivariada. dados). Para a maioria de análises. 12 Pr rsã eli o m in ar Novo .NMS") no subcomando "Nomes". Tem as extensões "NMS" e "DAD".DAD") no subcomando "Dados" e um arquivo de nomes (de famílias e espécies .dados (*.geralmente com a extensão ". Excel Lotus123 PC-Ord Cornell ASCII NTSYS Outros formatos também podem ser lidos. . Veja "Preparando Dados " para mais informações. estes arquivos serão dos tipos: FITOPAC . etc.coeficientes (*. é necessário especificar um arquivo de dados numéricos (geralmente com a extensão ".comando arquivos O comando Arquivos abre diversos subcomandos que permitem manipular arquivos – Abrir– abre um arquivo de dados FITOPAC. que contem dados de indivíduos de um levantamento fitossociológico FITOPAC . FITOPAC .

etc. Pode imprimir ou gravar os resultados como texto ou como um arquivo "Rich Text Format . escolhendo ou criando um novo nome utilizando este comando.abre uma tela mostrando o conteúdo de um arquivo de texto e permite fazer editoração deste texto.Você pode modificar o nome do arquivo de saída. e é indicado no terceiro painel da tela principal. onde XXX é o nome do arquivo original de dados e a extensão LST indica uma listagem.LST". Note que os programas do FITOPAC geralmente vão anexar os resultados produzidos e não vão sobrescrever os resultados obtidos anteriormente a partir de uma outra análise do mesmo arquivo. Pr rsã eli o m in ar Sair – sair do programa Ve 13 .exportar uma matriz FITOPAC para outro formato (PC-Ord. Se quiser.rtf" que pode ser lido e importado diretamente por programas como "Word". alem de gravá-lo em formato "Rich Text Format . examinar Gráfico.rtf" que pode ser lido e importado diretamente por programas como "Word". Geralmente este terá o formato "XXX. eXaminar arquivo. gerado automaticamente pelo FITOPAC. abre uma tela que permite examinar arquivos contendo gráficos produzidos pelos programas do pacote FITOPAC Saida .) Visualizar resultados– abre o arquivo de resultados acumulados durante a atual sessão. pode modificar este nome.Exportar Matriz .de modo semelhante. Este arquivo de listagem contém todos os resultados das análises que mandou imprimir durante a atual sessão de uso de Fitopac.

utilizando a planilha de dados do Fitopac. num segundo arquivo. são necessários dois arquivos de entrada: um contendo os nomes dos táxons no levantamento (com extensão "NMS"). Lendo e convertendo dados num arquivo FPD Para produzir um arquivo "FPD". O programa abre uma pequena janela . onde pode escolher os arquivos de entrada.6 como arquivo PDF. Em síntese. os dados de medidas de plantas individuais geralmente usados para análises fitossociológicas. A preparação inicial dos "Dados Crús". Após de escolher os arquivos e usar o botão "ok". mas tornam ao uso do programa mais fácil pois o Fitopac sabe quais arquivos procurar e gera todos os outros nomes automaticamente.Preparando e lendo dados Preparando dados A relação entre os principais tipos de dados em Fitopac pode ser vista na seção tipos de dados usados por Fitopac. O programa principal então chama o programa DOS "Prepare" para completar o processo de conversão dos dados. É este arquivo FPD que é utilizado pelos outros programas do pacote. esta tela fecha e o próximo passo é de "clicar" no botão "Prepare" ou em "Dados/Preparar" no menu principal. As extensões não são obrigatórios. Estes são arquivos "ASCII" e podem ser produzidos usando qualquer editor ou programa capaz de gravar dados neste formato. os dados numéricos descrevendo os indivíduos. está descrita no manual do Fitopac v. Microsoft Word (gravar como "somente texto") ou até planilhas com "Excel" (mais difícil pois a saída pode ser difícil de controlar). Dados em forma de matrizes podem ser entrados diretamente. pode usar o botão "Dados para Prepare" ou "Arquivos/Dados p/ Prepare" no menu principal. é necessário preparar arquivos contendo os nomes das espécies encontradas (num formato específico) e. 1 que é distribuído junto com Fitopac 1. quando se usa a extensão padrão para os arquivos de entrada. Para iniciar o processo. ie. como "notepad" do Windows. 14 Ve Os detalhes da preparação destes arquivos estão descritos no manual da versão 1 do Fitopac que acompanha a atual versão na forma de um arquivo "PDF" (manual PDF). Detalhes do programa Prepare estão descritas no manual da versão 1. Pr rsã eli o m in ar .e outro contendo os dados numéricos (com extensão "DAD"). Estes arquivos depois são convertidos num arquivo FPD pelo programa PREPARE.

Examinando. Sugiro não modificar estes nomes. ordenar (por família e depois espécie ou diretamente por espécie) e gravar os nomes num arquivo de texto Amostras – editar nomes Dados (numéricos) – ordenar (por diversos critérios como altura. O programa Caderno.tmp". ainda está incompleta e só permite usar algumas opções do menu principal: Filtro – especifica um filtro para limitar os dados que são lidos – por ex. Além das listagens dos dados. pois o FitopacShell é configurado para utilizá-las automaticamente e vai gerar nomes mais apropriados como parte do processamento pós-Prepare. Curvas de Coletor O programa tem opções para produzir diversos tipos de curva que incluem: "normal" – a curva construída a partir dos dados na sua ordem original de entrada no arquivo de dados Inversa – a curva construída a partir dos dados em ordem inversa – i. isso pode ser feito principalmente com os dados numéricos e permite somente certas opções Curva – calcula e mostra uma Curva de Coletor. infelizmente. embora não esteja formalmente descrito naquele manual.A atual versão do Fitopac gera diversos nomes de arquivos. Editando os dados. e seu uso é parecido com os outros programas mencionados no manual v1. bastante usada para determinar se a amostragem de uma área está razoavelmente completa ou não. dentro desta opção. editando e imprimindo dados Para examinar. apagando ou modificando os nomes que aparecem na janela principal do programa Prepare. listar. diâmetro. Caderno pode produzir uma Curva de Coletor. do final do arquivo até o início Pr rsã eli o m in ar Ve 15 . Esta última opção é bastante útil se quiser analisar os dados com outros programas como "SYSTAT" que podem ler o arquivo ASCII resultante. ordenar e exportar dados de levantamentos. alguns estranhos como "ZZZZFPD. as seguintes operações são implementadas – Famílias – editar nomes Espécies – editar nomes. etc). Imprimir (para um arquivo) e exportar (para um arquivo ASCII). Este programa abre numa janela DOS. Ler – ler os dados Editar – Editar os dados – no momento. número de indivíduo. excluir indivíduos com DAP < 10cm e altura < 5 m e incluindo somente parcelas 10-20. que pode ser acionado através do botão Caderno ou menu "Dados/Caderno".e. Fitopac utiliza o programa DOS "Caderno".

(Ambos usam a mesma extensão "wk1") (*. Excel Arquivos que usam o formato da planilha do Microsoft Office. {Novidade da versão 1.XLS) (*. células fundidas ou formatação mais sofisticada.WK1) PC-Ord São arquivos usados pelo programa PC-Ord. Excel.6} (*. seguindo o gradiente. Note que o programa não é capaz de interpretar corretamente planilhas que tem mais que uma linha de cabeçalho. O programa tenta determinar se o arquivo tem o formato correto. e se não tiver. O padrão usado pelo programa Microsoft Excel. se as amostras foram entradas em seqüência. Chega perto a ser um formato universal para pacotes estatísticos. os nomes dos objetos (amostras. Lotus 123. Note que o programa não é capaz de interpretar corretamente planilhas que tem mais que uma linha de cabeçalho. células fundidas ou formatação mais sofisticada. e o resto da planilha contendo dados numéricos ou variáveis texto. Fitopac pode importar e exportar diversos formatos de arquivo para permitir intercâmbio de dados com outros programas que tem facilidades que o Fitopac não possui. onde o "n" é determinado pelo usuário. Formatos de Arquivo Embora tem seus próprios formatos de arquivo que maximizam as informações armazenadas e facilitam o uso do pacote. com os nomes das variáveis (descritores) na primeira linha. Em todos os casos. pois quase todos são capazes de ler estes arquivos e alguns programas (como PC-Ord) ainda usam este formato como padraõ. Amplamente usado por outros programas estatísticos.SYS. A combinação randômica-n + normal + inversa é particularmente interessante pois ajuda a detectar gradientes de riqueza ou descontinuidades num gradiente. (*. com os nomes das variáveis (descitores) na primeira linha e os nomes dos objetos (amostras ou UTOs) na primeira coluna. as outras opções são diferentes combinações destas curvas básicas.WK1) 16 Pr rsã eli o m in ar Ve .randômica – produzirá uma curva onde a ordem de entrada das amostras é aleatória randômica – n – repete a curva randômica "n" vezes. UTOs) na primeira coluna e o resto dados numéricos ou de texto. Na verdade são arquivos Lotus 123 com dados sobre o número de colunas e linhas em células específicas. e não é possível trabalhar com estruturas de dados muito complexas. permite tentar abrir o arquivo como uma planilha Lotus 123 simples. além de algumas outras restrições. *. Capaz de ler somente planilhas simples. a importação/exportação é limitada a casos de matrizes de estrutura simples.SYD) Lotus 123 Este formato foi usado pelo (então) popular programa de planilha. Fitopac é capaz de intrpretar somente planilhas simples.

formatação.txt)" em MS-Word). espaços e quebra de linha. e texto é colocado entre aspas ("texto").ASCII/ASCII delimitado Arquivos ASCII contem somente caracteres. Na forma delimitado. (arquivos *. que pode ser especificado.). (é equivalente à opção "somente texto (*.SYD.MVS).TXT.NTS) Cornell MVSP O formato usado pelo programa MVSP (*. *. Ve 17 .CSV) SYSTAT O formato usado pelo pacote estatístico "SYSTAT" (*.DTA).SYS) NT-SYS O formato usado pelo programa de taxonomia numérica "NT-SYS" (*. etc. utilizado pelos programas do pacote Cornell como TWINSPAN e DECORANA. vírgula. Pr rsã eli o m in ar O formato "Cornell" (*. etc. sem códigos de controle. cada número é separado por um caractere (tab. *. É equivalente ao formato CSV usado por Excel e diversos outros programas.

sendo utilizado em praticamente todas as situações onde se deseja usar análise multivariada ou taxonomia numérica. Volume é calculado como a soma dos volumes dos indivíduos. portanto. Esta matriz tem as amostras (por ex. o programa coloca o valor "1" em qualquer célula da matriz onde uma espécie ocorre e "0" em células onde não ocorre. A eliminação de espécies raras deve ser feito com muito cautela – não existem critérios objetivos para decidir o nível de corte usado. volume talvez dariam uma aproximação melhor à verdadeira importância das espécies. No caso de uma matriz tipo presença/ausência. e não pode ser considerado como uma amostra representativa da comunidade Para converter dados crus de um arquivo FPD em matriz. carregue primeiro o arquivo FPD que deseja converter e use o botão "Criamat" ou item "Dados/Criar Matriz" do menu para abrir a tela de criação de matrizes – As principais opções disponíveis são: Quero eliminar espécies raras – permite retirar espécies raras enquanto a matriz é preparada. bastante cautela na remoção de espécies raras – em muitos casos é melhor gerar uma matriz completa e depois testar o efeito de remoção de espécies usando o comando "outros/remover espécies raras" na planilha.. Em termos mais gerais. . etc. e em casos onde muitas espécies raras ocorrem um uma ou poucas amostras. para realizar análises mutivariadas ou diversas outras tipos de estudo. não se recomenda este procedimento pois cada ponto tem um numero baixo e fixo de indivíduos. Nestas circunstâncias. Botão "Filtro" – permite estabelecer um filtro de dados antes de gerar a matriz. volume ou presença/ausência. em vez de eliminar estas espécies imediatamente. Esta operação está disponível somente para arquivos com dados de levantamentos com parcelas ou de "agulhas". especialmente em comunidades com grande diversidade. basta retirar todos os indivíduos com diâmetros abaixo de 10 cm quando se gera a matriz (note que isso não funcionaria com um levantamento do tipo "quadrantes"!). para comparar um levantamento com parcelas onde o limite de inclusão de indivíduos foi de três cm de diâmetro com outro que utilizou 10 cm. área basal. o programa abre uma tela que oferece algumas opções de critérios para escolher as espécies que serão descartadas. 18 Pr rsã eli o m in ar Ve tipo de matriz – permite escolher entre matrizes de número de indivíduos. Embora número de indivíduos seja comumente empregado. área basal ou. Ao optar para remoção das espécies raras. este parâmetro pode dar uma importância exagerada para espécies que são numerosas mas ocorrem somente como indivíduos de pequena porte. é necessário converter os dados para o formato de uma matriz "amostras x espécies". mais ainda. pelo menos em termos de biomassa. indivíduos. sendo muito numerosas. e normalmente registra o número de indivíduos de cada espécie presentes em cada amostra.) nas linhas e descritores (caracteres. Recomenda-se. tratando cada um como um cilindro de diâmetro constante. Com um filtro. pois normalmente contribuem poucas informações úteis e tendem a dificultar a realização e interpretação da análise. esta matriz tem objetos (Amostras. Este recurso é particularmente útil quando se deseja limitar a análise a um subconjunto dos dados – por exemplo. embora seria possível tratar os pontos de amostragem como amostras. variáveis) nas colunas. podem indicar uma mudança em condições ambientais que poderia passar despercebida se todas estas espécies fossem eliminadas. No caso de levantamentos usando quadrantes.Trabalhando com matrizes Convertendo dados crus em matriz Embora o ponto de partido para análises fitossociológicos normalmente seja o arquivo de dados crus (arquivo "FPD"). é possível gerar matrizes com características específicas – por exemplo eliminando indivíduos com diâmetros e/ou alturas abaixo ou acima de limites especificados no filtro. É prática comum retirar as espécies raras quando se utiliza análises multivariadas. UTOs. parcelas) como linhas e as espécies como colunas.

embora freqüentemente não apresentam escalas uniformes. etc. mas em muitos casos são úteis como "etiquetas" suplementares. peso. Podem armazenar valores como nomes de família em arquivos com espécies como objetos. Os diferentes tipos de variável são destacadas na planilha pela cor do texto. Quando variáveis texto estão presentes. portanto. De maneira semelhante. tratando o que eram os objetos nas linhas como descritores.0. é necessário excluir as variáveis texto primeiro. Se é essencial transpor uma matriz para realizar algum tipo de análise. variáveis texto são descartadas.Tipos de dados em matrizes Fitopac distingue entre 4 tipos de variáveis: 1) Binárias – 0 ou 1 ( ou sim/não. é interessante designar estas variáveis como "marcadores" . 4) Texto – Variáveis contendo texto não podem ser usadas para análises numéricas.veja "Variáveis mascaradas e Marcadores"). não é permitido transpor matrizes mistas. mas este processo também tem limitações. contendo números em algumas linhas e texto em outras. variáveis binárias podem ser convertidas em variáveis quantitativas. etc. Isto é. note que esta mistura impõe algumas restrições na matriz. Embora variáveis texto podem ser misturadas com variáveis numéricas. Pr rsã eli o m in ar (verde) Ve 19 . etc. não existe uma ordem evidente para os diferentes estados – um exemplo seria cor de flor. geralmente representando um número limitado de classes. nomes de localidades em matrizes de levantamentos. usando a planilha (botão direito ou menu "transformar "). Fitopac trata uma matriz como tendo as variáveis ou descritores nas colunas da matriz. nas colunas (por exemplo. a principal sendo que não é possível transpor matrizes com variáveis texto. Os diferentes tipos de variável podem ser misturados na mesma matriz e serão tratadas em diferentes maneiras. além dos nomes dos objetos. sendo que variáveis quantitativas tem o texto em preto e os outros tipos em outras cores. Mais especificamente. as colunas resultantes seriam heterogêneas. usando o botão direito para selecionar variáveis individuais na planilha ou o botão "excluir" na tela de edição dos dados do cabeçalho da matriz (veja "matriz cabeçalho ").) Registram somente presença/ausência e "dado faltando" 2) Multiestado – Variáveis que contém valores discretos. Isso só é permitido se a matriz for inteiramente numérica. mas podem ser usadas para "etiquetar" pontos em gráficos e outras funções onde é importante identificar observações individuais (neste caso. pode ser interessante transpor a matriz. mais conveniente para números maiores de variáveis Os diferentes tipos de variáveis podem ser convertidos de um para outro.0 e 1. Na maioria das análises numéricas. presente/ausente. para fazer análise de agrupamento das variáveis). dependendo da análise sendo feita. As vezes. mas conterão somente dois valores : 0. e que são tratados no Fitopac como não-ordenados. temperatura. 3) Quantitativas (contínuas) – contém medidas continuas como comprimento. Não é possível tratar uma coluna deste tipo como uma variável e. Dados multiestado ordenados devem ser designados como quantitativas. volume. informações são perdidas quando se converte no sentido "quantitativo –> multiestado –> binário" e não podem ser recuperadas.

Note que as propriedades "mascarada" e "marcadora" são independentes. mas recebem um tratamento diferenciado. sem a necessidade de gerar uma outra cópia da matriz contendo somente as variáveis selecionadas.assim não será incluída na análise mas estará disponível nas tabelas de resultados para permitir levar a análise em diante. Neste caso. sem excluí-las da matriz. serão transportadas para as matrizes de resultados e podem ser utilizados para colorir gráficos ou separar diferentes classes de objeto. e podem ser aplicadas em qualquer combinação. a variável binário é mascarada e designada uma variável marcadora . Este comportamento é muito útil em casos onde tem vaiáveis auxiliares que se quer projetar sobre os resultados de ordenações e outras análises – se são designadas variáveis marcadores. transformadas. Mudança importante na versão 1. Este recurso é particularmente útil quando se deseja analisar um subconjunto das variáveis de uma matriz. estas variáveis foram descartadas quando a matriz foi gravada. uma matriz pode conter variáveis que são códigos que definem o tipo de objeto em cada linha. Estas variáveis podem ser mascaradas – indicando para o programa que estas variáveis não devem ser usadas. onde se quer fazer uma análise de Componentes Principais somente com os dados quantitativos mas quer depois "marcar" os indivíduos como masculina ou feminina na análise dos resultados. São variáveis usadas para marcar objetos na matriz. permanecendo presentes e mascaradas na próxima leitura do arquivo. PCA) incluída na análise não incluída na análise incluída na análise não incluída na análise Ve tabelas de resultados não será transportada para as matrizes de resultados não será transportada para as matrizes de resultados será transportada para matrizes de resultados será transportada para matrizes de resultados . variáveis mascaradas são mantidas dentro da matriz e marcados como mascaradas no arquivo. mas a situação mais comum seria aquela onde a variável é marcadora e mascarada. etc.. e que são tratadas como sendo permanentemente ligadas com estes objetos.6 ! Usuários de versões anteriores de Fitopac devem notar que a atual versão trata variáveis mascaradas diferentemente quando a matriz é gravada. sendo copiadas para matrizes de resultados também. Variáveis podem ser mascaradas utilizando o botão direito na planilha ou o botão "mascarar" na tela de "cabeçalho da matriz" (mais conveniente quando se deseja mascarar um número maior de variáveis). Variáveis marcadores tem uma função semelhante. Nas versões anteriores. ou alguma variável que não queremos por outros motivos incluir dentro de uma dada análise. O comportamento das variáveis é resumido na seguinte tabela: mascarada não não sim não não sim sim sim 20 Pr rsã eli o m in ar MARCADORA ANÁLISE (EX. Um exemplo seria uma variável indicando sexo numa matriz de medidas morfológicas. Na atual versão.Variáveis mascaradas e Marcadores Em muitos casos.

em baixo do diagonal). porém. tirados de um livro ou publicação). nomes duplicados). recomenda-se que a matriz importada seja inspecionada com muito cuidado para verificar se não ocorreu algum tipo de erro durante a "tradução".Arquivos FPC contém coeficientes de semelhança ou distâncias. A planilha Fitopac pode ser usado quando se quer entrar com uma matriz de coeficientes de similaridade ou distância que não foram calculados pelos programas de Fitopac (por exemplo. Os principais tipos de arquivo que podem ser lidos ou convertidos em matrizes Fitopac são : FPM . e será exportada em formato correto para uso com CLUSTER e ORD no Fitopac (*.em geral. que existem severas limitações no tipo e formatação de matriz que pode ser importado . ASCII e ASCII . não serão interpretadas corretamente e devem ser simplificadas antes de tentar importá-las. Quando se quer transformar uma matriz de coeficientes numa matriz quadrada. Matrizes com formatação mais elaborada. FPC .arquivo padrão FPM do Fitopac.Fitopac Coefs . UTOs) e o resto da matriz contém somente dados. etc. Embora o programa tenta detectar diversos tipos de erro (por exemplo. É necessário entrar somente a metade da matriz (à esquerda. simétrica.Importando e exportando matrizes Fitopac pode importar e exportar matrizes em diversos formatos e pode ser usado para "traduzir" os arquivos de um pacote para outro.Fitopac Matriz .FPC). use a opção "Exportar" da tela de modificação de matrizes de coeficients (veja "Modificando e manipulando arquivos de coeficientes " para mais detalhes). É importante notar. De qualquer modo. Fitopac só consegue ler/gravar matrizes simples onde a primeira linha contem os nomes das variáveis (colunas) e a primeira coluna contém identificadores dos objetos (amostras. gráficos.delimitado Excel Lotus 123 SYSTAT NT-SYS PC-Ord Cornell MVSP Pr rsã eli o m in ar 21 Ve . com diversas linhas de cabeçalho ou com subtabelas. armazenando somente uma metade de uma matriz quadrada e simétrica. é praticamente impossível prever todas as possíveis combinações de dados e formatações que podem ser empregadas e que podem gerar problemas na importação. é o formato preferido para todas as operações com matrizes.

Abre uma janela de Opções de Transformação. Transpor– usado para transpor as linhas e colunas da matriz. perguntará se você não quer gravar a matriz modificada.. Abre a janela Modificar Cabeçalho Juntar . pode ser vantajosa utilizar a opção de "transformar" no menu "pop-up" obtido quando se clica no botão direito com o mouse. mas a próxima vez que a matriz é carregada. modificar os valores. Se quiser transformar somente uma ou duas variáveis. etc.) e permite editar os nomes das colunas e linhas da matriz. ou com outro nome. ordenar as linhas e colunas. caso queira preservar a versão original. mas permite uma série de modificações úteis. Para ver as funções dos diferentes botões. transformar os dados e diversas outras operações que podem ser úteis para manipular matrizes. Esta opção está disponível somente para matrizes inteiramente numéricas (i. responsável.. clique na parte correspondente da figura: Gravar– grava a matriz atual. não é necessário gravar.e. o botão de gravação fica destacado e ao sair da planilha sem gravar. A planilha de FitopacShell é simples. disponíveis a partir de um menu "pop-up" Sair– volta ao programa principal.permite combinar dados de duas matrizes em diferentes maneiras. transformar ou eliminar ou mascarar linhas ou colunas individuais. 22 Pr rsã eli o m in ar Ve . Abre a janela de fusão de matrizes Outros– fornece uma série de outras funções para manipular dados e matrizes . Quando o programa detecta alguma mudança na matriz.Usando a planilha A planilha permite examinar os dados. vai voltar ao seu estado original. Note que eventuais mudanças feitas na matriz NÃO SÃO GRAVADOS automaticamente – se quiser manter as mudanças permanentemente. é necessário gravar a nova versão da matriz . com diversas opções de formato indicadas no menu "pop-up" que aparece Visualizar. não podem ter variáveis tipo "texto") Transformar– permite transformar a matriz inteira ou somente variáveis selecionadas. Em casos onde quer manter as modificações somente para uso imediato em alguma análise. entre outras. Cabeçalho.permite alterar os dados de cabeçalho da matriz (título. incluindo modificações dos dados.ou com o mesmo nome (vai sobrescrever a matriz original)..imprime a matriz no arquivo de resultados e abre uma tela mostrando os resultados.

a planilha mostra os variáveis mascaradas ou designadas como "marcadores" com uma cor de fundo diferente do resto da planilha. variáveis marcadores. Menu "pop-up". e variáveis marcadores e mascaradas em azul pálido. Variáveis (colunas) ou objetos (linhas) mascaradas ficam com fundo "ciano". Esta opção é útil para localizar valores inesperados em matrizes grandes que poderiam causar problemas com transformações.Destacando variáveis e valores. mas ambas tem exatamente as mesmas funções. clicando na caixinha apropriada no painel "destacar". Em casos onde se quer modificar algum nome. mas normalmente deve ser desligada para não deixar a planilha visualmente confusa e "poluída" . aparece um menu do tipo "pop-up" que traz uma serie de opções relacionados com a coluna ou linha ativa (onde está a célula ativa. Espelhar . Opcionalmente. com valores iguais a zero e com dados faltando. Se você utiliza esta opção com uma matriz retangular.normalmente a planilha mantém os nomes das colunas e linhas separadas e estes não podem ser modificados. As cores usadas são mostradas abaixo: Editando nomes.Esta opção é fornecida para casos onde se quer criar uma matriz quadrada e simétrica depois de importar um arquivo de coeficientes de similaridade ou distância. esta opção desliga a proteção dos nomes e religa quando clica de novo. Este menu está dividido numa seção "colunas" e outra de "linhas". com somente a parte inferior preenchida. não simétrica. pode destacar células com valores negativos. use esta opção. com texto marcado com outra cor). que são: Pr rsã eli o m in ar Ve 23 . a parte da matriz acima do diagonal será destruída e substituída pela parte abaixo do diagonal.ao clicar o botão direito do mouse. Este normalmente é importado como uma matriz triangular. Para completar o triângulo superior da matriz. mas não mascaradas em verde. Este recurso permite fazer diversas modificações rapidamente quando envolvem somente uma coluna ou linha da matriz.

para servir de marcador ou "etiqueta" em gráficos. Casos especiais são a substituição de valores faltando pela média da variável ou por zero. etc. Linhas mascaradas tem um fundo de outra cor e não podem ser modificadas.(iável) Marcador – designa uma variável como variável marcador que será mantida junto com os dados originais em analises multivariadas. utilizando diversos tipos de transformação. escolhido. Substituir – substitui um valor por outro.insere uma coluna/linha antes da coluna/linha atual Acrescentar – acrescenta uma nova linha/coluna no final da matriz Ordenar . Desmascarar – vai desmascarar todas as colunas atualmente mascaradas. Acrescentar .acrescentar uma nova linha no final da matriz Transformar .(veja "variáveis mascaradas e marcadores" para maiores explicações) . Permutar – permuta os valores dentro da própria variável. O programa pede uma chave secundária que é usada para ordenar quando os valores da chave primária (atual coluna ou linha) são iguais. 24 Ve Eliminar . Copiar – copia uma linha coluna para outra. Útil em diversos testes estatísticos. tabelas.transformar a linha atual. Pode ser desmascarada mais tarde. etc.Elimina uma ou mais linhas da matriz Pr rsã eli o m in ar Var. mas não eliminada da matriz.aplicar uma transformação à coluna/linha Inserir . a linha é mascarada. Transformar .mascarar a linha atual da matriz.Mascarar .ordenar as linhas da matriz pela coluna atual ou ordenar as colunas da matriz pela linha atual. Neste caso.

. O preenchimento é feito a partir da posição do cursor – isto é.percorre os nomes das variáveis ou objetos. Abre uma tela de correção de nomes se encontra alguma duplicação.. mas não há diferença entre gaussiano e uniforme. dando uma seqüência de 1.. É útil quando se precisa acrescentar uma coluna ou linha que contem uma seqüência de números que pode ser usada para identificar a seqüência original das amostras quando se produz gráficos ou para reordenar a matriz ou para limpar uma coluna/linha inteira.3.permite preencher uma coluna com diversos tipos de valores.preenche a coluna/linha com números aleatórios. Outra Seqüência .Formato de coluna – ajustar detalhes da formatação da coluna (largura.. Constante – preenche a coluna/linha com um valor constante escolhido. O valor preestabelecido é 1 para ambos. Pr rsã eli o m in ar Ve Aleatório . Preencher . As oito subopções são: Dado Faltando . onde Fitopac geralmente vai interpretar os nomes como dados.. sem ter que digitar "dado faltando" para todas as células que não tem dados.5.0 é igual para todos. inicial = 0 e incremento = 5 dá a seqüência 0. onde a probabilidade de obter qualquer número entre 0 e 1.. na prática a duplicação de nomes leva a dificuldades na identificação de objetos nas tabelas e pode causar problemas sérios na fusão de matrizes. Útil quando precisa entrar dados muito incompletos.por ex. procurando nomes que estão duplicados. antes de entrar com novos valores. pode produzir outras seqüências .2. Útil quando se importa um arquivo com nomes numéricos.4..15. Útil quando se quer randomizar a ordem das linhas/colunas da matriz (acrescenta uma coluna/linha.. No caso de variáveis binários. desde a célula escolhida até o final da coluna.. a proporção de 1:0 pode ser escolhida para dar variáveis com características diferenciadas. etc. etc. Note que algumas conversões não são possíveis – texto em quantitativa.10. com média de desvio padrão a escolher) ou uniformes.preenche a coluna/linha com uma seqüência de números de 1 a "n"...5.. 25 .preenche a coluna/linha com uma seqüência de números onde o valor inicial e o tamanho de incremento pode ser alterados. permitindo preencher somente uma parte ou de diferentes partes de uma coluna em diferentes maneiras. Verificar se há nomes de coluna/linha duplicados. mas se escolher outros valores.) Converter – converte uma variável (coluna) de um tipo para outro. Embora Fitopac não proíbe nomes assim. Em variáveis quantitativas pode optar por números aleatórios gaussianos (distribuição normal. 1 – preenche com valores de "1" (um) 0 – com valores = 0 (zero) Seqüência simples . preenche com números aleatórios e ordena por aquela coluna/linha) ou simplesmente quando precisa de uma variável ou linha com números aleatórios para testes estatísticos.simplesmente preenche a coluna/linha com o valor "dado faltando". Usar para nome de linha – transfere a coluna para a lista de nomes dos objetos (linhas).

ASCII e ASCII delimitado (*. Ao escolher este comando.WK1) SYSTAT (*.FPM) Fitopac . *.Matriz (*.SYD. Mantém o mesmo nome de arquivo (se o original foi um arquivo FPM) e você pode escolher se vai sobrescrever o arquivo original ou utilizar um outro nome para criar um arquivo novo. salvar Como .DTA) MVSP (*.CSV) Excel (*.permite exportar a matriz para outros formatos. 26 Pr rsã eli o m in ar Ve .MVS). abre-se uma pequena janela que permite escolher o formato de arquivo que deseja gravar : Fitopac .matriz arquivos Matriz .WK1) Cornell (*.XLS) Lotus 123 (*.FPC).grava a matriz atual como um arquivo padrão do Fitopac (*.SYS) NT-SYS (*.Arquivos O item "Arquivos" no menu principal da janela Matriz oferece diversas alternativas :Salvar .FPM).TXT. etc.Coefs (*. SYSTAT.NTS) PC-Ord (*. usados por outros programas como NTSYS. *.

Note que estes mudanças valem somente para arquivos Fitopac. matriz cabeçalho Esta opção permite alterar os dados de cabeçalho de arquivos Fitopac (*. Estes incluem o título.Imprimir . Pr rsã eli o m in ar 27 Ve . Note que os números de colunas ou linhas não podem ser alterados nesta opção. embora alguns outros formatos tem pelo menos um título (SYSTAT.abre uma janela que permite visualizar e.FPM). pessoa responsável e os nomes usados para descrever as linhas e colunas da matriz . Embora estas informações não sejam essenciais. se quiser. Também permite gravar este arquivo em formato "rtf" que pode ser lido diretamente por MS-Word e outros processadores de texto. NT-SYS). Visualizar impressão . imprimir o conteúdo de um arquivo de resultados.por exemplo "parcelas" e "espécies". são incluídas na saída impressa e ajudam a lembrar o que cada matriz representa. especialmente em casos onde tem muitas matrizes representando diferentes levantamentos ou conjuntos de dados.imprime a matriz diretamente na impressora.

"ranging". Ao selecionar este comando.). Para algumas transformações (por ex. Diversas transformações estão disponíveis e são as mesmas descritas no "Manual de Usuário" do Fitopac. a da esquerda contendo os itens não eliminadas/mascaradas. 28 Ve Os botões marcados ">" ou "<" transferem itens selecionados (clicando individualmente ou usando "shift"-Clique ou Ctrl-Clique para escolher diversos itens) de uma lista para a outra. que permite escolher se a transformação será aplicada por linha ou por coluna da matriz. centragem).eliminando linhas ou colunas Para escolher linhas ou colunas de uma matriz que serão eliminadas ou mascaradas. etc. faz uma grande diferença. e a do direito contendo os itens eliminados/mascarados. Quando a lista de itens a serem eliminados/mascarados está completa. Pr rsã eli o m in ar . Raiz Quadrado. no programa MATRIZ. Logaritmo. mas para outras (por exemplo estandardização. o botão "OK" deve ser usado para continuar. utiliza-se uma tela com duas listas. abre-se uma janela. Os nomes das colunas ou linhas não aparecem até você escolher qual dos dois conjuntos você quer transformar. Os botões marcados ">>" ou "<<" transferem todos os itens de uma vez. não importa se é aplicada por linha ou coluna. matriz transformar A opção "Transformar" na janela Matriz aplica uma transformação a qualquer conjunto de colunas ou linhas da matriz.

pode ser necessário. Recomenda-se o uso da visualização da matriz na planilha para verificar que a transformação foi aplicada corretamente. as transformações serão feitas. Note. juntar matrizes de dados vegetativas e reprodutivas que foram medidos nos mesmos indivíduos ou acrescentar uma variável representando a qual grupo de uma análise de agrupamento uma dada amostra pertence quando se prepara figuras representando uma ordenação. o programa abre uma janela que permite escolher o arquivo que será fundido com a matriz já na memória e o método usado para juntar as duas matrizes. etc. É possível aplicar uma seqüência de diferentes transformações à mesma matriz. Ve Ao apertar o botão de "OK". raiz quadrada. por exemplo. Quando se escolha este comando. que certas transformações não podem ser aplicadas a matrizes que contem valores negativos ou zeros (logarítmo. matriz juntar A opção "Juntar" tem a função de fundir matrizes de dados quando se quer analisar dois ou mais conjuntos de características numa única matriz. Tipicamente. pode escolher o tipo de transformação desejada e quais variáveis serão transformadas.). também.Em seguida. Pr rsã eli o m in ar 29 . Note que variáveis mascaradas não serão transformadas.

30 Pr rsã eli o m in ar matriz 2 2222 2222 Ve matriz final 11112222 11112222 .é usado em casos onde as colunas das matrizes são idênticas e as linhas representam dois conjuntos de amostras/objetos. Nesta opção. mas os nomes das linhas são diferentes ou podem ser duplicados. Em casos onde o número de linhas é diferente nas duas matrizes. com as linhas da primeira matriz preenchidos com "dados faltando". use a opção "juntar lado ao lado forçado" (abaixo). Em seguida. as linhas são juntadas seguindo a ordem que tem dentro da matriz e sem qualquer tentativa de "reconhecer" quais linhas tem o mesmo nome. o programa cria uma matriz com o número máximo de linhas e preenche as células vazias com "dado faltando". porém. As opções são :"Lado ao Lado" . que os objetos também precisam ter os mesmos nomes* nas duas matrizes).Ao clicar no botão "Escolher Segundo Arquivo". o programa permite escolher o arquivo que contem a segunda matriz que será combinada com a matriz atualmente na memória. com as colunas da primeira matriz preenchidos com "dados faltando". Caso ocorram nomes não idênticos. é necessário escolher o tipo de fusão entre matrizes desejada. Caso ocorram nomes não idênticos. O resultado pode ser representado por matriz 1 1111 1111 "Lado ao Lado forçado" – é usado em situações onde se quer juntar matrizes "lado ao lado". as parcelas (note. Se precisa juntar linhas de matrizes com nomes diferentes. e neste caso as linhas das duas matrizes representam os mesmos objetos.é usado quando as amostras/objetos (as linhas da matriz) são iguais e as duas matrizes representam diferentes conjuntos de variáveis medidas nos mesmos amostras/objetos. Mais uma vez. poderíamos ter duas matrizes representando plantas herbáceas e lenhosas respetivamente para um único conjunto de parcelas. serão tratados como novas linhas. serão tratados como novas colunas. "Empilhar" . Um exemplo seria o caso onde temos dois conjuntos de parcelas contendo o mesmo conjunto de espécies ou dois conjuntos de exsicatas onde foram medidas exatamente os mesmos caracteres. Como exemplo. o programa procura linhas que tem exatamente o mesmo nome. Para juntar as matrizes. e forma uma nova linha contendo os dados combinados das duas matrizes. os nomes devem ser idênticas* nas duas matrizes.

Esta opção tenta resolver este caso. o programa tenta juntar as colunas sem verificação de nomes. Isso quer dizer que o programa juntará coluna 1 da segunda matriz com coluna 1 da primeira. tendo muitas espécies em comum. temos o caso onde levantamentos de dois conjuntos de parcelas foram feitos em áreas próximas. Como exemplo.esta opção é fornecida para casos (raros ?) onde se deseja unir conjuntos de dados onde algumas espécies/caracteres e/ou amostras/objetos são iguais entre as duas matrizes e outros são diferentes. Se deseja unir estas matrizes para criar uma matriz que inclua todas as amostras numa única matriz.O resultado pode ser representado assim :matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 1111 1111 2222 2222 "Empilhar Forçado". Se uma matriz tem maior número de colunas que a outra. "Mesclar" . a opção "Empilhar" não funcionaria porque nem todas as espécies são idênticas entre as áreas e é necessário manter estas espécies separadas enquanto combina os dados para espécies idênticas dentro de uma mesma coluna da matriz. Neste caso. e não se pretende juntar colunas que tem nomes idênticos. as colunas que não tiver equivalentes serão preenchidos com "dado faltando". coluna 2 com coluna 2. e assim por diante. Quando se utilize esta opção. O resultado pode ser representado por :- A C P1 1 1 P2 1 P3 1 P4 1 matrizes 1 e 2 1 1 1 depois de "mesclar" A P1 P2 P3 P4 P5 1 1 3 1 2 2 2 B C 1 1 1 1 D 1 1 3 1 2 2 2 E F 1 1 1 1 Pr rsã eli o m in ar D F A B D E 1 1 P3 2 2 2 2 1 1 Ve + P5 P6 P7 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 31 .é usado em situações onde é necessário juntar colunas de duas matrizes que tem colunas com nomes diferentes. e o caso análogo onde pode ter algumas linhas em comum entre matrizes e outras não. mas não todas.

6 !! Foi introduzida uma mudança importante no processo de juntar matrizes. para evitar "surpresas" durante o processo de juntá-las. uma ordenação. Qualquer diferença em nomes. Ao escolher este comando. que qualquer diferença entre os nomes das duas matrizes será tratado como indicando linhas/colunas distintas. que as colunas ou linhas que devem ser tratadas como sendo idênticas entre as duas matrizes realmente tenham nomes que sejam idênticas mesmo. mas este processo tem grandes limitações e nem sempre é capaz de detectar erros deste tipo. nesta opção. 32 Pr rsã eli o m in ar Ve . verificar a ortografia dos nomes da duas matrizes com muito cuidado. por exemplo. as linhas/colunas correspondentes são identificadas. o programa abre uma janela que permite definir o que se considera uma espécie rara. *Mudança importante na versão 1. O programa tenta detectar nomes aparentemente parecidos (veja "Nomes suspeitos "). vai resultar nestas colunas/linhas sendo tratadas como sendo distintas. a matriz resultante deva ser inspecionada (na planilha) com muito cuidado para verificar que a mesclagem realmente produziu os resultados esperados. O programa agora detecta e reúne as linhas ou colunas com o mesmo nome. Note. porem. Convém. pois mesmo estando em ordens distintas nas duas matrizes. Recomenda-se fortemente que após uma operação deste tipo. De qualquer modo. portanto. com muito cuidado. matriz espécies raras O comando "Espécies Raras" é utilizado em análises de levantamentos ecológicos onde é freqüente que se deseja remover as espécies raras antes de fazer.P6 P7 2 2 2 2 2 2 2 2 É essencial. mesmo que seja presença/ausência de uma vírgula ou ponto. os resultados podem ser surpreendentes e não produzem a matriz esperada. recomendo examinar. os resultados de qualquer operação de junção/fusão de matrizes pois as vezes. isso quer dizer que não é mais necessário ter as linhas/colunas rigidamente na mesma ordem como em versões anteriores.

estes nomes devem ser idênticos e a diferença se deve a um erro de digitação. mostrando os pares de nomes considerados "suspeitos". O Valor mínimo aceitável representa o nível de corte. e permite escolher entre as versões.As espécies podem ser consideradas raras por diversos critérios : Valor Absoluto . ou. Em muitos casos. remover espécies que ocorrem numa única amostra (valor mínimo aceitável = 2). Quando o programa detecta situações deste tipo abre uma tela (tela "Nomes suspeitos"). o programa tenta detectar "nomes suspeitos" que são casos onde os nomes tem pronúncias muito parecidas mas ortografias diferentes – por exemplo "Cinnamomum" e "Cinammomum". nenhuma correção é feito e os dois nomes aparecerão na matriz final. espécies que estejam presentes em menos que cinco amostras (valor mínimo aceitável = 5).remove espécies cuja soma de valores representa uma porcentagem do total de valores na matriz menor que o valor indicado como sendo o mínimo aceitável. sendo que qualquer espécie com menos que este nível será removida. e será usado em vez do nome que não foi clicado. É particularmente importante detectar este tipo de erro quando se pretende "mesclar" as matrizes pois o programa reconhece quais linhas/colunas devem ser mescladas ou mantidas somente pelos nomes usados. Nomes suspeitos Antes de fundir matrizes. remove espécies que ocorrem em menos que um número escolhido de amostras. Se não clicar em um dos pares de nomes. por exemplo. sem considerar a quantidade da espécie que ocorre em cada amostra. Pr rsã eli o m in ar Número de amostras . O mesmo acontece quando se clica em ambos Ve Porcentagem do total . O nome escolhido fica com um fundo vermelho. em levantamentos maiores. 33 . clicando na versão desejada.remove espécies cuja soma de valores é menor que o valor indicado como o mínimo aceitável.talvez o critério mais comum. É comum.

Tela "Nomes suspeitos" A tela "Nomes suspeitos" aparece quando 34 Pr rsã eli o m in ar Ve . Nestes casos. Finalmente. clique no botão "ok" para efetuar as mudanças ou em "cancelar" par deixar todos os nomes como estão. e freqüentemente vai detectar nomes "suspeitos". quando está satisfeito com as substituições que serão feitos.os nomes (você pode mudar de idéia clicando novamente num nome).. pois o Soundex não inclui a parte numérica quando detecta as semelhanças – por ex. SJC1 e SJC2 serão tratados como idênticos. O algoritmo usado para detectar semelhança entre nomes ("Soundex") não é muito "inteligente". e os dois nomes serão mantidos. Este problema é muito comum onde códigos ou nomes muito curtos foram usados e especialmente onde parte do nome é numérica. mesmo que sejam perfeitamente legítimos – por ex. "lancifolia" e "longifolia". nenhuma correção deve ser feito.

Em operações de fusão de matrizes. a forma na coluna à esquerda ("matriz 1") será adotada. abre uma tela solicitando instruções sobre como proceder. internamente. Tela "Nomes duplicados" A tela "nomes duplicados" aparece durante a importação de arquivos ou na fusão de matrizes quando existem nomes iguais em duas ou mais linhas (ou colunas) da matriz. Em casos 1 e 2. inconveniente pois as listagens produzidas pelas análises vão conter dois itens com o mesmo nome sem meios de determinar qual é qual. o programa detecta nomes de objetos (linhas) diferentes quando duas matrizes estão sendo juntadas "lado ao lado". Como. [se realmente precisa ter nomes duplicados por algum motivo e quer juntar matrizes. Se uma das formas de um nome está correta.1. Neste caso. Portanto. que talvez devem ser tratados como idênticos. utilize as opções "lado ao lado forçada " ou "empilhar forçado "] Pr rsã eli o m in ar Ve 35 . Fitopac detecta somente a primeira ocorrência de um nome. o programa detecta nomes de variáveis diferentes quando duas matrizes estão sendo "empilhadas" . acima. no mínimo. clique na versão correta (a cor do fundo deve mudar) e esta versão será usada na matriz final. Esta tela mostra duas listas de nomes lado ao lado. 2. Embora não seja proibido pelo Fitopac. se você não indica uma versão preferida. Neste caso. onde o programa não pode determinar quais linhas das duas matrizes devem ser unidas. é praticamente uma certeza que a matriz resultante terá erros e vai ligar duas ou mais vezes a mesma linha da segunda matriz com mais que uma linha da primeira. os dois nomes serão tratados como distintos e acrescentados como duas linhas ou colunas diferentes. a presença de nomes duplicados é. a presença de linhas com o mesmo nome cria uma situação ambígua. Em caso 3. se não indicar uma forma preferida. é esperado que os nomes dos objetos (linhas) sejam iguais. é esperado que os nomes das variáveis (colunas) sejam iguais. 3. quando o programa está realizando uma fusão de matrizes e detecta nomes aparentemente parecidos. quando Fitopac detecta esta situação na importação ou fusão de matrizes.

"Somar" as linhas/colunas com os mesmos nomes – neste casos. Este sufixo tem o formato "_x". Em operações de fusão de matrizes. os conteúdos das variáveis serão somados. etc. Pode ser útil onde se descobre que os nomes em duas colunas representam sinônimos e faz sentido unir as ocorrências de ambas. Recomenda-se que esta opção seja usada com muito cautela em matrizes heterogêneas. e gerar resultados inesperadas. enquanto em variáveis binários. Diferenciar os nomes automaticamente – gera novos nomes. um a um – abre a tela de modificação do cabeçalho da matriz. Em geral. embora seja altamente questionável se este procedimento é correto. o programa avisa que não é possível completar a ação e cabe ao usuário resolver a situação. mas em certas operações as linhas mascaradas podem atrapalhar. 2. podem ocorrer problemas em matrizes com dados mistos. mas somente se a primeira variável for quantitativa. Eliminar as cópias – simplesmente elimina (permanentemente) as linhas com nomes duplicados. uma presença em qualquer uma das linhas/colunas duplicados resulta em presença e o resultado será uma ausência somente em casos onde todos os valores são 0 (ausência). 36 Pr rsã eli o m in ar Ve . onde "x" = 1. com diferentes tipos de variável. Modificar diretamente. o equivalente de uma operação "OR" é utilizado – isto é. pois não é possível somar uma variável quantitativa com uma variável texto. Onde ocorre uma variável quantitativa com nome duplicado em variáveis binários ou multiestado. os valores nas linhas/colunas com nomes duplicados são somados na linha/coluna com a primeira ocorrência do nome e as outras eliminadas. os valores são somados e em variáveis multiestado. Parar esta análise – abandona a análise sendo executada. No caso de colunas. por exemplo. permitindo acesso aos comandos de editoração dos nomes onde pode procurar e modificar os nomes individualmente. acrescentando um sufixo numerado às instâncias duplicadas – isto é. Nestes casos. especialmente em fusões de matrizes. 3.As opções são: Deixar como está – continuar sem modificação. todas as ocorrências do nomes após a primeira. Para dados quantitativos. recomenda-se não deixar nomes duplicados em matrizes. Use com cuidado – não tem "desfazer"! Mascarar as cópias – deixa as linhas com cópias dos nomes mascaradas – mais seguro que "eliminar" – não remove as linhas. o valor máximo é usado. está opção NÃO é recomendada porque pode levar a erros na fusão.

apagando partes desnecessárias. etc.Visualizando resultados de análises O formulário de resultados "Bug" – ocorrem algumas diferenças entre a formatação vista inicialmente e a formatação final. Deve-se notar.txt) ou como arquivo "rich text format" (*. que o conteúdo deste formulário NÃO é gravado automaticamente (para evitar o acúmulo de grandes quantidades de saída indesejável). Imprim(ir) – imprime diretamente na impressora Config(urar) pág(ina) – configuração da página e outras características da impressora Vis(ualisar) impres(são) – visualizar a impressão antes de imprimir Fonte – mudar a fonte do texto selecionado Centrar – centrar o parágrafo selecionado Pr rsã eli o m in ar 37 Ve . Se o formato exato da sída for importante.rtf). Este texto é colocado dentro de um formulário especial que normalmente pode ser examinado usando um botão marcado "Vis. em parte. conseqüência de incompatibilidades com o componente "rich text edit" do Windows. O conteúdo pode ser gravado como um arquivo de texto simples (*. etc). impressa. A maioria das análises no Fitopac produz algum tipo de saída na forma de texto (geralmente tabelas. gravação.) e que pode ser lido por programas como "Microsoft Word". porém. recomendo copiar tudo para a área de transferência ou gravar como rtf e utilizar o "Word" ou outro processador de texto para preparar o texto final. Estes problemas são. por exemplo. As principais opções são : Grav(ar) txt – grava o conteúdo como arquivo de texto simples (txt) Grav(ar) rtf . os resultados são acumulados e a saída de uma análise não apaga o anterior. O texto aparece dentro de uma janela com algumas opções para formatação. antes de gravar ou imprimir. itálico. etc. negrito. resultados" ou simplesmente "Resultados". etc. Todos os resultados da sessão que foi iniciada quando o usuário mandou executar o Fitopac são armazenados neste formulário – isto é. e que você precisa mandar gravar e/ou imprimir os resultados se quiser preservá-los.grava o conteúdo como arquivo "rich text format" (rtf) que preserva a formatação e é compatível com "Word". O texto também pode ser editado. que permite uma formatação limitada (fonte.

) Copiar – copia o texto selecionado para a área de transferência Cortar – cortar o texto selecionado e colocar na área de transferência Colar – colar texto que está na área de transferência 38 Pr rsã eli o m in ar Ve . etc.Selec(ionar) tudo – seleciona o texto inteiro (para mudar fonte.

Estes utilizam a linguajem VRML ("Virtual Reality Markup Language"). Os principais tipos produzidos são: Diagrama de Dispersão ("scatter plot") Diagrama de vetores Dendrogramas Gráficos de Barra/Histogramas Gráficos de "caixa" ("Box and Whiskers plot") Gráficos compostos gráficos como "biplots" e "triplots" que são compostos de componentes distintos como um gráfico de dispersão junto com um diagrama de vetores. no caso de um "biplot" de PCA. abre-se uma janela de gráficos:- Pr rsã eli o m in ar Ve 39 . e requerem um "browser" (Internet Explorer. Estes gráficos são particularmente úteis para visualização dos resultados de ordenações. Firefox. etc.Gráficos em Fitopac Criando Gráficos A maioria das análises feitas no Fitopac podem gerar um ou mais gráficos. Opera. Fitopac também tem recursos para fazer alguns tipos de gráfico em 3 dimensões. Fitopac também pode ser utilizado para produzir gráficos a partir de arquivos de dados já gravados via o botão "gráficos" da tela principal (veja: Criando gráficos diretamente). onde a possibilidade de representar três eixos simultaneamente pode ser importante. veja: Gráficos 3D Criando gráficos diretamente Ao apertar o botão "gráficos 2D" da tela principal. Além dos gráficos em duas dimensões.) equipado para visualizar arquivos escritos usando VRML.

gravar uma matriz que foi modificada (botão gravar) e abrir a matriz na planilha para modificar os dados (editar valores. 3. etc. Cada "ficha" permite escolher ou trocar a matriz (botão abrir). A maioria dos gráficos simples utilizam somente a matriz principal. especialmente nas análises PCA e RDA. Gráfico de linha onde os dados são representados como uma linha contínua Gráfico de Barras onde os dados são representados como barras individuais Diagrama de dispersão. 40 Pr rsã eli o m in ar Ve . Mostrar como vetores– em vez de representar os dados como pontos em diagramas de dispersão. mostrando os dados como pontos Matrizes: a tela mostra 3 fichas chamadas Matriz principal. mas alguns requerem mais que uma matriz. transformar.). Tipo de gráfico– escolhe o tipo de gráfico que deseja. entre 1. mas especificamente no caso dos "biplots" e "triplots" usados para analisar ordenações. podem ser mostrados como vetores partindo da origem. botão Sair: volta ao programa principal.botão Mostrar Gráfico: mostra o gráfico que foi especificado de acordo com as opções escolhidas. Matriz secundária e Matriz terciária. Esta forma é útil para "biplots" e "triplots". Eixo X– escolhe qual variável (coluna) será usado como eixo horizontal do gráfico. 2. Eixo Y– escolhe qual variável (coluna) será usado como eixo vertical do gráfico.

Config – abre a tela de configuração de gráfico do pacote "TeeChart" usado par criar os gráficos em Fitopac. principalmente em "Windows 98".determina se os dados da matriz estão visíveis ou não no gráfico. mudanças de posição de etiquetas e algumas outras modificações do gráfico não são impressos corretamente. Neste caso. Eixos – permite escolher se os eixos estão centrados ou não e o texto (título) associado com cada eixo. Ve 41 . Neste caso. as escalas dos dados na matriz secundária ou terciária pode ser incompatível com a escala da matriz principal (comum em "biplots" de PCA). Os controles estão localizados na barra de comandos na margem superior da tela e podem ser divididos em três blocos principais : 1. mas é relativamente complexo. Copiar – copia o gráfico para a área de transferência de Windows.grava o gráfico no formato emf (Enhanced Windows Metafile). Pr rsã eli o m in ar Salvar . e deve ser usada com um certo grau de cautela. os botões de função – As vezes. use os comandos de "copiar e colar" para transferir o gráfico corretamente. Pode então ser "colado" em outros programas como "Word" ou "PhotoShop". este comando não tem opção de "desfazer". a escala dos eixos do gráfico é da matriz principal e não da matriz secundário ou terciário. mudanças de posição de etiquetas e algumas outras modificações do gráfico não são gravados corretamente. Visível . Se usar esta opção. Infelizmente. use os comandos de "copiar e colar" ou grava como arquivo "emf" para transferir o gráfico corretamente para "Word" ou "PowerPoint". devido a um problema no pacote usado para produção dos gráficos. Útil quando se quer comparar os gráficos produzidos com e sem as diferentes matrizes. Imprimir – imprime o gráfico diretamente na impressora As vezes. a escala da matriz escolhida será ajustada para ficar semelhante à escala das variáveis escolhidas da matriz principal. Neste caso. um formato que pode ser importado facilmente por programas Windows como MS Office. Esta tela permite alterar um grande número de características dos gráficos. etc.Ajustar a escala– em muitos casos. Diagramas de dispersão Os gráficos de dispersão tem uma série de opções que permitem alterar a aparência do gráfico e salvar ou imprimir os resultados. devido a um problema no pacote usado para produção dos gráficos.

entre outras possibilidades. Note que. precisa optar entre os diferentes componentes do gráfico – os escores dos objetos ou os vetores representando as variáveis originais no caso de uma análise PCA – e que as opções selecionadas terão efeito somente no conjunto escolhido. e tamanho de símbolos. no caso de gráficos compostos como "biplots". por ex. Em gráficos mais complexos com "biplots".eixos centrados eixos não – centrados Opções – abre uma tela de opções que permite modificar o gráfico. mudando o tipo. Etiquetas – este botão liga ou desliga as "etiquetas" dos pontos no diagrama de dispersão. Este arranjo permite mais flexibilidade. ao clicar neste botão. pois cada componente pode ser configurado independentemente. 42 Pr rsã eli o m in ar Ve . Veja "A Tela de Opções de Diagramas de Dispersão " para mais detalhes. pode ter mais que um conjunto de etiquetas que são controlados individualmente. a cor.

A caixa "ajuste fino" pode ser ligada ou desligada para modificar a sensibilidade dos controles deslizantes. Gráficos deste tipo em Fitopac podem utilizar duas matrizes de dados para determinar como será a aparência final do gráfico – a matriz primária contém os dados que indicam a posição dos pontos ao longo dos eixos. em cores diferentes. aparecem na tela um conjunto de elipses e outro de círculos. É importante notar aqui que as opções disponíveis podem ser ligeiramente diferentes. e a matriz secundária é usada para "pintar" os símbolos individuais com cores. Note que o ajuste automático não estará disponível se as escalas forem muito diferentes (uma mais de 40 vezes a outra). 43 . um unidade na escala horizontal fica igual em tamanho a uma unidade na escala vertical na tela.Modificando as escalas As escalas verticais e horizontais podem ser modificadas usando os controles de escala: A tela de opções para diagramas de dispersão é relativamente complexa porque permite um grande número de escolhas sobre a aparência do gráfico e a maneira em que o conjunto de dados é representado. O botão de "restaurar as escalas originais" retorna às escalas originalmente calculadas pelo programa para ocupar o máximo da tela. dependendo da origem do gráfico dentro do Fitopac. As escalas dos eixos estão iguais quando os elipses adquirem formato circular e coincidem com os círculos. gráficos de dispersão produzidos por ordenações normalmente usam um conjunto de escores como a matriz primária e a matriz de dados originais que geraram a análise como matriz secundária para colorir os símbolos ou determinar o seu formato ou tamanho. formatos e tamanhos diferentes. ou para verificar e eventualmente ajustar as escalas após o ajuste automático. As principais comandos e opções são: Ve A Tela de Opções em Diagramas de Dispersão Pr rsã eli o m in ar Basicamente. Os círculos de calibração podem ser usados junto com os controles deslizantes para ajustar as escalas manualmente. Quando esta opção está ligado. A matriz secundária pode ser idêntica à matriz primária ou pode ser completamente diferente. Por exemplo. Este ajuste é muito útil quando se deseja gráficos onde as distâncias vistas na tela são proporcionais às distâncias nas unidades originais – por exemplo gráficos de ordenações. a largura e altura do gráfico são controladas pelos controles deslizantes. Gráficos que foram gerados diretamente de um arquivo contendo os escores terão somente a matriz primária. O botão "eixos iguais" ajusta as escalas nos dois eixos para ficarem iguais – isto é. O ajuste das escalas pode ser conferido utilizando os círculos de calibração. pelo menos inicialmente.

É importante notar. examinar o quarto componente em diante numa PCA. a mudança de eixos afeta somente o conjunto selecionado (por exemplo os pontos representando os escores) e não os outros componentes (como vetores representando variáveis originais) que precisam ser modificados individualmente. e estão associadas com outras caixas de texto ou caixas de listagem que permitem escolher variáveis ou valores de acordo com a opção selecionada na caixa de opção. sendo que 1 é a primeira variável. Estas opções estão disponíveis somente quando a matriz primária e a matriz secundária estão presentes. 1x3 e 2x3. Os eixos também podem ser escolhidos utilizando as caixas de opção "X" e "Y" que permitem escolher qualquer variável da matriz primária como eixo e não confina a escolha às primeiras três variáveis. As opções são: "Dados originais" – disponibiliza as variáveis da matriz secundária. por exemplo. Para muitas análises.importa uma nova matriz secundária para determinar a aparência dos símbolos. As caixas de listagem X e Y permitem selecionar quais variáveis da matriz primária são usadas como eixos X e Y do gráfico. 2 a segunda e 3 a terceira na matriz primária. As caixas de opção "Tamanho". também. As opções disponíveis são: 44 Ve Examinar – inspecionar ou editar a matriz secundária usada para determinar a aparência dos símbolos. A caixa "matriz de variáveis para ‘pintar’" com três botões de opção controla quais conjuntos de variáveis estão disponíveis para "pintar" os símbolos com diferentes cores formas e tamanhos. que no caso de gráficos compostos como "biplots". Estes comandos permitem escolher qualquer par de variáveis na matriz primária como eixos e não limitam a escolha às primeiras três variáveis como os botões de seleção rápida. Esta opção é importante quando se pretende. "Cores" e "Símbolos" controlam como os símbolos representando os dados serão desenhados. Eixos – três botões permitem a seleção rápida das combinações dos eixos 1x2.Botões: Importar . "escores" – as da matriz primária e "Ambos" combina os dois conjuntos. estes são os eixos mais importantes. Pr rsã eli o m in ar .

até vermelho. as cores são contínuas e variam de azul. não ordenados. esta variável é multiestado e não deve ser contínua. Símbolos – Uniforme – os símbolos usados para representar os dados são todos iguais. obtidos numa análise de agrupamento) num gráfico de ordenação. Diagramas de vetores Sinto muito – ainda não está pronto ! Gráficos de linha Dendrogramas Os dendrogramas produzidos em Fitopac permitem um número substancial de opções e acima de tudo. Esta opção é particularmente útil quando se deseja sobrepor alguma classificação em grupos (por exemplo. representando o valor máximo. Nesta opção. Por grupo – semelhante. proporcionais aos valores na variável selecionada na caixa de listagem que abre ao escolher esta opção. onde não é apropriado usar uma escala contínua. Por Grupo – os símbolos variam de acordo com os valores numa variável escolhida na caixa de listagem que aparece logo abaixo. Esta opção é particularmente útil quando se deseja sobrepor alguma classificação em grupos (por exemplo. obtidos numa análise de agrupamento) num gráfico de ordenação. Cores – Uniforme – todos os símbolos são desenhados utilizando a cor selecionada acionando o botão "Cor fixa" logo abaixo Variável – as cores são alocadas de acordo com os valores de uma variável selecionada na caixa de listagem que aparece logo abaixo. mas neste caso as cores (e os valores na variável) são descontinuas e geralmente representam grupos ou valores multiestado.Tamanho – Uniforme – todos os símbolos são desenhados em tamanho uniforme que pode ser selecionado na caixa de texto logo abaixo Variável – os símbolos são desenhados em tamanhos diferentes. representando o valor mínimo da variável. Gráficos de Barra Sinto muito – ainda não está pronto ! Pr rsã eli o m in ar 45 Ve . Normalmente. oferecem alguns recursos para análise dos resultados que são incomuns em outros programas de análise de agrupamentos. O símbolo usado pode ser escolhido na caixa de listagem que aparece em baixo.

O plug-in "Cortona" da companhia "parallel Graphics" (http://www. e os arquivos são de texto puro e podem ser modificados manualmente.com/cortona) tem se mostrado bastante satisfatório.unige. é necessário ter um programa de visualização de VRML ou (mais prático).parallelgraphics. além de outros browsers. com um pouco de conhecimento de VRML (veja "http://web3d.Gráficos de caixa Sinto muito – ainda não está pronto ! Gráficos 3D Fitopac pode produzir gráficos 3D simples no formato VRML(Virtual Reality Modeling Language). Se não tiver um browser com um visualizador de VRML. 46 Pr rsã eli o m in ar Ve . amplamente usada em sites na Web. o programa não mostra o gráfico. grava o arquivo VRML (que tem a extensão "wrl"). um "plug-in" do browser que permite visualizar os arquivos. Para visualizar os gráficos. mas ainda assim.com/tutorials/vrml97/ ou http://tecfa. uma linguagem utilizada para descrever cenas em três dimensões.vapourtech.ch/guides/vrml/vrmlman/ " para introduções simplificadas). e pode ser instalado em "Internet Explorer" ou "Firefox". Tem a vantagem de ser relativamente simples.

1 (distribuído como arquivo "pdf".Parâmetors fitossociológicos ("PARAMS") Calculando Parâmetros Fitossociológicos Esta versão ainda utiliza um programa DOS ("PARAMS.6) e não serão descritos aqui. Ao acionar um destes. Os comandos e opções do programa estão descritas no manual de Fitopac v.. junto com Fitopac 1. Pr rsã eli o m in ar Ve 47 . Ao apertar a tecla "ok". etc. o FitopacShell executa o programa Params. aparece a tela que permite escolher quais tabelas quer gravar (em formato FPM) par uso com outras análises ou programas. Ao escolher um arquivo FPD. Se você optou para gravar arquivos de parâmetros para espécies. o botão "Params" e item "paRametros" do menu se tornam disponíveis. estes podem ser utilizados em Fitopac ou exportados para uso em outros programas como "Excel" ou "SYSTAT".EXE") para calcular os parâmetros fitossociológicos para um conjunto de dados de um levantamento contidos num arquivo FPD.

os principais passos são: 1) escolher o coeficiente ou distância desejado. Fitopac NÃO grava os coeficientes automaticamente ! Quando se calcula uma matriz de coeficientes. Esta matriz pode ser examinada diretamente para determinar o grau de semelhança entre os objetos ou. o botão "Gravar" muda de cor e aparece um aviso que existem dados não gravados. primeiro. se desejado. mais comumente. que matrizes grandes produzem uma saída muito extensa que pode ocupar dezenas de páginas quando impressas – cuidado! 48 Pr rsã eli o m in ar Ve . calcular coeficientes apropriados para dados quantitativos com dados binários. O botão "Visualizar" permite inspecionar a matriz de coeficientes e. cálculo do coeficiente cofenético entre matrizes e teste de Mantel para associação entre matrizes. Caso queira. combinação de diferentes matrizes. 2) Calcular os coeficientes (Botão "Calcular") 3) Gravar os coeficientes. imprimi-la. enquanto um arquivo de dados somente binários terá disponível um outro conjunto de coeficientes. O módulo de cálculo de coeficientes é ativado apertando o botão "coef" ou o item do menu "Multivar/coefs" (disponíveis somente quando um arquivo do tipo FPM já foi aberto). Veja "coeficientes e distâncias usados em Fitopac para mais detalhes sobre coeficientes individuais. Modificações incluem cálculo de complemento da matriz. é necessário. Caso queira transformar ou modificar os dados antes de calcular os coeficientes. A tela Coefs Ao abrir a tela de cálculo de coeficientes. Os valores calculados são armazenados em arquivos do tipo "FPC" ("FitoPac Coeficientes") como uma matriz triangular –é necessário armazenar somente uma metade da matriz quadrada de semelhança/distância pois estas normalmente são simétricas ao redor do diagonal da matriz. A lista dos coeficientes disponíveis depende do tipo de dados na matriz de entrada sendo que arquivos de dados quantitativos ou mistos oferecem uma lista de coeficientes apropriados para dados quantitativos. o botão "Matriz" abre a planilha. porém. Note-se.Calculando Distâncias e Coeficientes de Semelhança Coeficientes de semelhança e distâncias em Fitopac Fitopac é capaz de calcular diversos coeficientes de semelhança ou distâncias entre objetos que estão representados pelas linhas de uma matriz retangular (tipo FPM) e descritos por descritores ou variáveis que são as colunas da matriz. usada como entrada para análises com Análise de Agrupamentos ou Análise de Coordenados Principais (PCO). converter os dados em dados quantitativos (veja transformações e conversões de dados). por algum motivo. Arquivos de coeficientes/distâncias já criados podem ser modificadas usando os comandos de modificação de matrizes de coeficientes disponíveis via o botão "Coefs" ou o item Dados/coeficientes no menu principal. mas o arquivo é gravado somente quando o usuário aperta o botão "Gravar" ou o escolha o item Arquivos/Gravar no menu.

ik Para dados binários.Modificando e manipulando arquivos de coeficients Coeficientes e distâncias usados em Fitopac Os coeficientes de semelhança e distâncias usados em Fitopac são definidos pelas seguintes fórmulas:- x x ik é o valor observado para variável k na amostra i. é a média das observações para amostra i. para variáveis contínuas. 49 . d ij = (b + c) para dados binários. para todas as variáveis de 1 a N. as formulas utilizam a seguinte tabela :UTO i + a Distância euclidiana quadrada 2 d ij=∑ ( xik − x jk ) 2 k =1 N Ve ij distâncias/coeficientes que utilizem dados quantitativos - Distância euclidiana simples d = d 2 2 ij Distância euclidiana quadrada média d d = N 2 ij ij Distância euclidiana média Pr rsã eli o m in ar c d U T O j + b d 2 ij = ( b + c) para dados binários. d 2 ij = ( b + c) N para dados binários.

espécie k. Morisita C Lij = (λi + λ j) N i N j 2 ∑ nik n jk nik = no.0 (veja Clifford e Stevenson. mas excluindo comparações onde ambos as amostras tem o valor 0.d ij = d N 2 ij d ij = (b + c) N para dados binários. (veja Clifford & Stephenson. 1975 para detalhes). Distância Manhattan total {"city block metric"} d Mij=∑ xik − x jk k =1 N d Mij =(b + c) para dados binários. para dados binários. Note que as duas formas da distância Canberra substituam valores de zero com um valor = menor valor na matriz/5. "Canberra metric" excluindo 0 duplo igual ao anterior. 50 Pr rsã eli o m in ar ik jk jk ∑ x −x N ) d BC = (b + c) [ 2a +(b + c)] para dados binários Ve ik ik − x jk + x jk ) d CANij = ( b + c) N para dados binários d CANij = ( b + c) (a + b + c) . de indivíduos em amostra i. 1975). Distância Manhattan média {"Mean Character Difference"} d Mij= 1 N ∑ − N k =1 xik x jk d Mij = (b + c) N para dados binários Bray . excluindo zero duplo onde λi = ∑ n (n − 1) N ( N − 1) ik ik i i .Curtis d BC = ∑ (x + x k =1 ik k =1 N "Canberra metric" incluindo zero duplo d CANij 1 = N x ∑( x N k =1 Forma original e mais comum deste coeficiente.

mas i i 2 ik 2 Distância corda d ij = 2(1 − cos θ ) cos θij = onde ∑x x k =1 ik M 2 M jk 2 ∑x ∑x k =1 ik k =1 M jk Diferença de tamanho Diferença de forma d ij = ou Correlação Ve d ij = ik i 2 N N 2 1 N 1 ∑ ( xik − x jk ) − N 2 (∑ xik − ∑ x jk )2 N k =1 k =1 k =1 N (b + c)−(b − c) 2 N2 para dados binários r ij = ∑ (x − x )(x − x ) ∑ (x − x ) ∑ (x − x ) jk j ik i jk j (dados binários) Marczewski-Steinhaus S St = 2∑ min( xik . x jk ) (∑ xik + ∑ x jk ) k =1 k =1 k =1 M M M coeficientes que utilizem dados binários - Pr rsã eli o m in ar ou 2 d ij = N N 1 (∑ xik − ∑ x jk ) 2 N 2 k =1 k =1 d ij = (b − c) 2 N 2 para dados binários r ij = ( ad − bc) ( a + b )( c + d )( a + c)(b + d ) ou = SSOR para dados binários 51 .e Ni = no. Morisita modificado por Horn ∑ λ= n N igual ao anterior. total de indivíduos em amostra i.

k.0 . então wk = 0.Concordância simples {"Simple matching"} S SM = ( a + d) N Jaccard S JAC = a (a + b + c ) Dice/Sorenson/Czekanowski S SOR = 2a (2 a + b + c ) Kulczynski S OCH KUL a a 1 = [ + ] 2 (a + b) (a + c) Ochiai S = a [(a + b)(a + c)] Baroni . Pr rsã eli o m in ar S H S = ( a + d) (a + d)+ 2(b + c) = (a + d) − (b + c) (a + b + c + d) ad − bc ad + bc χ 2 ij = N (ad − bc) 2 (a + b)(c + d)(a + c)(b + d) S para variáveis quantitativas : 52 k = 1− X (X ik − max k X −X jk min k )w k = 1. Para cada variável.quadrado com correção de Yates 2 Coeficients para misturas de varíaveis Coeficiente de Gower W é o peso para cada comparação.Urbani & Buser S RT BUB = ad + a ( ad + a + b + c) Rogers-Tanimoto Hamann Yule Ve Y S = Chi . se Xik ou Xjk está faltando.quadrado N ( ad − bc − N ) 2 χij = (a + b)(c + d)(a + c2)(b + d) Chi .0.

0 onde xik ou xjk = 1 (=SJAC) SG = ∑ wk S k =1 N k ∑w k =1 N k Pr rsã eli o m in ar 53 Ve .0 para variáveis binárias Sk = 1. e wk = 1.0 se Xik = Xjk wk = 1.0 se Xik = Xjk = 1.para variáveis multiestado Sk = 1.

Geralmente. Tela de Análise de Agrupamentos A tela de análise de agrupamentos permite escolher diversas opções antes de realizar uma análise de agrupamento. Consulte Sneath& Sokal () ou Dunn & Everitt para mais detalhes sobre os métodos. Para usar esta opção. produzindo uma "escada" que é pouca informativa e sem grupos bem formados. Por este motivo. mínima. é considerado talvez o menos útil de todos os métodos. que por sua vez abrem a tela de Análise de AgrupamentosTela_de_Análise_de_Agrupamentos. Fitopac é capaz de fazer análise de Agrupamentos utilizando os chamados métodos SAHN (Sequential. tornando o botão "Agrupar" ou opção Multivar/Agrupar disponível. Agglomerative.Análise de Agrupamentos (Cluster Analysis) Introdução a análise de Agrupamentos Análise de agrupamentos é um conjunto de métodos usados para detectar ou confirmar a presença de agrupamentos dentro de um conjunto de dados. Ligação completa (vizinho mais distante) – neste caso o critério é a maior distância/menor semelhança entre os membros dos grupos (P. Este método tende a formar grupos 54 Pr rsã eli o m in ar Ve .Q) e (R). vizinho mais próximo) – o critério usado para calcular a distância entre o grupo (P. No total são oito métodos e incluem – Ligação simples (lig. mas pode ser o método de escolha em situações onde sabe-se que existem grupos bem irregulares e estendidos. tendo um tendência de contrair o espaço de medição original. Tem uma forte tendência a encadeiamento. onde os objetos se ligam no dendrograma um a um. Estes métodos diferem no critério usado para calcular a distância/semelhança entre um grupo recém formado (P. A tela oferece os seguintes comandos: Tipo de Agrupamento– escolhe entre os métodos de agrupamento. Este método forma grupos bem irregulares e estendidas no espaço.Q) e (R). que pode ser gerada utilizando a opção "Coef". precisa primeiro gerar e carregar uma matriz de semelhança/distância (arquivo "FPC"). Hierarchic.Q) e (R) é a menor distância/maior semelhança entre os membros dos grupos (P. gerar dendrogramas e fornece algumas ferramentas para ajudar na interpretação dos resultados. Nonoverlapping – veja Sneath & Sokal 1973 para uma explicação detalhada). o ponto de partido para este tipo de análise é uma matriz de semelhança ou distância (arquivo "FPC").Q) e qualquer outro grupo na matriz (R).

uma versão ponderada do centróide. e expande o espaço. produzindo resultados semelhantes a ligação simples ( ß próximo a 1. Neste caso.Q)-(R) é obtida a partir do valor médio de todas as distâncias entre (R) e (P. examinando a estrutura dos dados de uma forma muito mais completa. ter uma pouco de cautela na interpretação. ??) não é válido para todas as combinações de coeficiente e método de agrupamento. via diferentes valores de ß. Este método tem propriedades intermediários. a responsabilidade para interpretação da bagunça resultante é inteiramente do usuário! (veja a seção "compatibilidade de coeficientes e métodos"). mesmo que o número de objetos em P for muito maior ou menor que aquele do Q (ao contrário de média do grupo onde a distância final é ponderado pelo número de objetos em cada). Tem propriedades semelhantes à ligação completa. é calculado o centróide de cada novo grupo e a distância entre grupos é simplesmente a distância entre centróides. porém.um dos métodos mais indicados por estudos de avaliação de metodologia de análise de agrupamento. mas uma transformação não muito bem definida da matriz original. Por outro lado.um dos mais úteis de todos os métodos de agrupamento.4 podem ser melhores quando existem muitos "outliers" nos dados (Milligan. Geralmente bem mais satisfatório que ligação simples. O principal problema com este método é a tentação de ficar "ajustando" a análise.0) ou ligação completa (ß próximo a -1. pois este método produzirá grupos aparentemente bem separados e dendrogramas visualmente atraentes.Q). Inversões podem ser evitados pela escolha da função objetiva em vez de distância. em situações de gradiente ecológico Método flexível .Q). mas evitando os efeitos mais extremos de encadeiamento encontrados no método de ligação simples. ligação média) . mas deve estar ciente que a análise resultante NÃO é uma realização daquele método de agrupamento com aquele coeficiente.25 é recomendado por muitos autores. mas pode dar resultados melhores em casos onde o número de objetos em diferentes grupos. mais uma vez. mesmo se um for muito maior que o outro. Este método. Um valor de ß = 0. Tem propriedades semelhantes a média de grupo. alegando que torna-se quase impossível a interpretação do dendrograma quando ocorrem muitos inversões. Isso não é um uso legítimo do método flexível! O algorítmo usado para calcular as matrizes intermediárias durante o processo de agrupamento (Wishart. Se quiser. e geralmente conserva o espaço de medição original. mesmo em situações onde não são justificáveis. criado a partir de dados aleatórios). É necessário. método de Gower) . Neste caso a distância (P. com níveis de fusão indicados por uma barra horizontal.Q) recebem pesos iguais. Um valor em torno de –0. os grupos (P. pode continuar a análise.0). o programa destaca as combinações que não são válidas em outra cor e emite um aviso caso o usuário opta por uma destas. é excelente como método para criar blocos relativamente homogêneos. a principal virtude do método é de permitir que se varia continuamente as propriedades de agrupamento. Pr rsã eli o m in ar Ve 55 . mesmo em casos onde não existem grupos bem distintos (por exemplo. ????). Em casos onde existe incompatibilidade. Enfim. até achar um agrupamento que concorda com as idéias preconcebidas do pesquisador. levando alguns autores a rejeitá-lo. mas a prática e estudos de avaliação de metodologia sugerem que este método geralmente produz agrupamentos relativamente fáceis de interpretar.0 ? β < 1. em formato "cladograma".0). Este método pode produzir inversões no dendrograma. Muito parecido em características com centróide.esféricos e compactos. onde. Média ponderada (WPGMA. produzindo grupos menos compactos.Através do parâmetro Beta (nos limites –1. Método de Ward (Variância mínima) . mas é mais indicado em casos onde tem grupos de tamanhos muito desiguais pois dá pesos iguais para os grupos (P. Mediano (WPGMC. portanto. mas estudos de simulação sugerem que valores mais próximos a –0. o usuαrio pode modificar o comportamento do método. deve ser usado com um certo grau de cautela Média de grupo (UPGMA. mas tem uma tendência de formar grupos.0 é idêntico ao WPGMA. Estilo de dendograma– permite escolher se quer o dendrograma em formato "normal (ou tradicional)". Centróide (UPGMC) – neste método. método de McQuitty) – tem propriedades muito semelhantes à média de grupo.

É um formato vetorial que permite usar toda a resolução da impressora. Quando de amplia. etc. "Dendrograma" grava o dendrograma no formato de arquivo do programa NY-SYSpc. ou "treeview" que é uma representação simplificado do dendrograma em formato de uma janela "treeview" do Windows. A Tela do Dendrograma A tela que abre quando se manda desenhar um dendrograma permite uma série de opções que modificam o dendrograma ou análises subsidiárias que ajudam a interpretar o dendrograma produzido. Opções de formato de arquivo são "Enhanced Windows Metafile" [. com resultados de boa qualidade.emf] – format usado pelo próprio windows e facilmente importada para MS Office.). Útil para alguns programas de gráficos que não aceitam metafiles. pode ser necessário para alguns programs que não são capazes de ler a versão "enhanced". As funções mais importantes são 1) as opções de dendrograma 2) análise de grupos escolhidos no dendrograma e a análise de qualidade da representação da matriz original via 3) correlação cofenética e 4) representação colorida das matrizes originais. O principal motivo para uso da função objetiva é que esta escala não produz inversões no dendrograma quando se utiliza os métodos centróide/WPMGC. 56 Pr rsã eli o m in ar Ve . e outros programas. "Windows Metafile" [. "Bitmap" [. O botão ver resultados– permite examinar o texto produzido pela análise (coeficiente de correlação cofenético. ou quando não é necessário ampliar muito a imagem. Estas opções e análises são controlados pelos botões e outros controles encontradas na barra de comandos acima do dendrograma. os "pixels" que formam a imagem podem ficar visíveis. por exemplo. Note que o que é produzido no formato "Cladograma" ainda é um dendrograma ou "fenograma" – não é um cladograma verdadeiro! Medida de fusão– permite optar pela distância (ou coeficiente) original ou a função objetiva como escala no dendrograma. dependendo da configuração. pois a função objetiva sempre cresce com sucessivas fusões e não produz as inversões comuns com estes métodos quando se usa a escala de distância. o primeiro conjunto de botões inclui: Gravar– grava uma cópia do dendrograma com arquivo no disco. quando as opções foram escolhidas. Com os outros métodos. Note que a resolução obtida é da tela do seu micro e pode variar de um micro para outro. que pode ser usado par desenhar ou analisar o dendrograma (por ex. com árvore de consenso que não está disponível em FITOPAC).bmp] – um formato bitmap padrão de Windows que tem tamanho e resolução fixos. Recomenda-se este formato. especialmente se pretende inserir o gráfico dentro de um documento Word.onde o nível de fusão é representado por um ponto e a aparência geral do dendrograma é semelhante a um cladograma. geralmente é preferível usar a escala de distância que é mais fácil de relacionar com a matriz original.wmf] – versão simplificada do anterior. O botão Dendrograma– manda desenhar o dendrograma.

Grupos– permite acesso às funções de análise dos grupos selecionados no dendrograma. Veja a seção "Analisando grupos em dendrogramas" para mais detalhes. sem a produção do gráfico. dependendo do tipo de dados e propósito da análise. Config. etc. mas permite modificar uma série de características que não são acessíveis no próprio FITOPAC. e valores menores podem ser aceitáveis. Esta matriz pode ser usada para calcular a correlação cofenética posteriormente (no módulo de manipulação de matrizes de distância/semelhança) ou para comparar com outros dendrogramas. as subopções disponíveis são : 1) calculo da "correlação cofenética com gráfico" – calcula a correlação e mostra um gráfico de dispersão dos valores de fusão no dendrograma vs. Neste caso. mas este número é arbitrário. valores de 0. Recomendo um pouco de cautela (grave uma cópia antes de modificar) no uso deste comando. pode arrastar o gráfico.[elação] cofen[ética]– calcula a correlação confenética do dendrograma. Modificando as dimensões do dendrograma na tela. Corr. da matriz de dados usada para gerá-la. não é possível colocar o dendrograma inteiro na tela e ainda ter espaço suficiente para separar os nomes dos objetos. e 3) gravar a matriz cofenética que corresponde ao dendrograma obtido. 2) cálculo sem gráfico – produz somente o cálculo da correlação (no arquivo de saída). o gráfico resultante pode ser insatisfatório por diversos motivos. Ajuda a avaliar melhor a qualidade da representação da matriz original fornecida pela dendrograma. Não se recomenda o uso direto deste coeficiente para escolher entre métodos de agrupamento. Um problema mais comum ocorre com análises onde o número de objetos sendo analisados é muito alto. até conseguir mostrar o dendrograma inteiro na tela.7 ou mais são considerados satisfatórios. sobreposição das variáveis originais. Pr rsã eli o m in ar Ve 57 . Este controle é relativamente complexo. Imprimir– abre uma janela de "visualização de impressão" de onde pode modificar as opções da impressora e imprimir o dendrograma.[urar] – permite configurar o dendrograma usando um controle do pacote "TeeChart" que foi utilizado para produzir os gráficos em FITOPAC.abre a tela de opções de dendrograma que permite escolher diversas modificações do dendrograma básico. Se for alto ou largo demais. Este gráfico permite examinar a qualidade da representação com maiores detalhes. Note que o dendrograma é copiado em formato "Enhanced Metafile". Em geral. os valores correspondentes na matriz original. se disponível. Alternativamente. pois é fácil fazer mudanças que alteram profundamente a imagem. É melhor utilizar este índice principalmente para indicar de a representação obtido no dendrograma é adequada. é provável que os nomes vão ficar ilegíveis. ordem dos objetos. Para ver as partes "escondidas". uma medida do grau de concordância entre dendrograma e a matriz de distância/coeficiente original. garantindo espaço suficiente para deixar os nomes legíveis e as linhas do gráfico bem separadas. mas neste caso. e o programa desenhará somente uma parte do dendrograma. usando o botão esquerdo do mouse e movimentando o mouse para a direta ou esquerda. pode ser reduzido usando os botões com setas para "encolher" o gráfico no sentido indicado pela seta. como representação da matriz original. Embora o programa tenta adaptar o dendrograma ao tamanho da tela. Note que o programa tenta ler o arquivo de dados que foi usado para calcular os coeficientes/distâncias usados no dendrograma (necessário para funcionamento de algumas opções) e dará mensagens de erro se não consegue ler este arquivo. Veja a seção "Colorindo matrizes" para mais detalhes. etc. incluindo cores.Copiar– copia o dendrograma para a área de transferência ("clipboard") e posteriormente pode ser "colada" em outros documentos. pode "encolher" o espaçamento entre os objetos usando o controle deslizante à direita dos botões de seta. Colorir matriz– produz uma representação colorida da matriz de distância/semelhança original e. [veja "tela de opções do dendrograma"]. pois pode ser demonstrado que alguns métodos sempre produzirão correlações maiores que os outros (pelo menos com alguns coeficientes). Opções .

2) "limpar" os grupos e/ou cores escolhidos anteriormente 3) fazer um "zoom" para o nó selecionado que fica como raiz da parte visível do dendrograma. porém. o grupo será mostrado na tela na cor escolhida e fica marcado até desligar o modo de seleção dos grupos ou até mandar "limpar" os grupos [botão direito do mouse]. você pode escolher um nome e a cor usada para mostrar o grupo na tela. determinar o que é que separa os grupos e como defini-los em termos das caracteres que foram medidos originalmente. É muito trabalhoso. ao clicar com o botão esquerda no nó que representa a "raiz" ou base do grupo desejado. Além de ligar/desligar o modo de seleção. nós" ou. Esta é uma outra maneiro de visualizar dendrogramas grandes que não cabem inteiros na tela 4) desfazer um "zoom" feito anteriormente. enquanto as linhas verticais são os "fios" flexíveis conectando as barras). primeiro. Para designar um grupo. o botão "Grupos" é ativada e os recursos do módulo de análise dos grupos ficam disponíveis. (veja a seção "Analisando grupos em dendrogramas " para mais informações). mudando somente a seqüência dos objetos dentro do grupo designado pelo no escolhido. A presença e composição dos grupos reconhecidos podem ser determinadas por inspeção do gráfico. trocar os ramos direito e esquerda do nó. Analisando grupos em dendrogramas Uma vez que algum grupo foi designado na tela de dendrograma. 58 Pr rsã eli o m in ar Ve . abre uma nova tela de análise de grupos. Quando se completa as escolhas de nome e cor. Para utilizar estes recursos é necessário. Esta mudança não afeta o dendrograma (que pode ser visualizado como um "mobile". clica no fundo do dendrograma com o botão direito do mouse e escolha "ligar marcar grupos". colocar a tela de dendrograma no modo de seleção de grupos e marcar os grupos que deseja analisar.Escolhendo grupos e o modo "seleção de grupo" O principal objetivo da análise de agrupamentos é a detecção e definição de agrupamentos nos dados. o botão "Grupos" torna-se disponível e quando acionado. Para ajudar neste processo. alternativamente. FITOPAC tem facilidades para marcar grupos e depois analisa-los usando diversas técnicas. Uma vez que foram escolhidos um ou mais grupos. com o botão direito do mouse você pode: 1) "girar" o nó – isto é. com as barras horizontais rígidas e capazes de girar. os nós do dendrograma são destacados com um círculo. Neste modo. O modo de seleção é ativado quando se clica na caixa "selec.

Ve Salvar Grupos – Grava o grupo a qual cada objeto pertence para uso em outras análises ou como variável marcadora para gráficos. 25% acima e 25% abaixo. Por grupo – fornece uma análise das variáveis originais (média. Neste caso. Pr rsã eli o m in ar As principais opções disponíveis são: 59 . cada variável é analisada dentro de cada grupo. Isso quer dizer que 50% das observações estão "dentro" da caixa. mínimo) dentro de cada grupo – isto é.Listar membros – Produzir uma listagem dos membros de cada grupo. Esta representação facilita a comparação entre grupos e mostra claramente se existe sobreposição entre grupos. com os grupos analisados individualmente dentro de cada variável. 2) Gravar os grupos dentro do arquivo de dados originais – particularmente útil quando se pretende usar a mesma matriz para ordenação e quer comparar os grupos obtidos com os resultados da ordenação. etc. criado com uma única variável chamado "Grupo" contendo os números que correspondem aos grupos marcados no dendrograma. Particularmente útil com análises grandes onde pode ser difícil identificar todos os membros de cada grupo. 3) Gravar os dados em alguma outra matriz. é importante que o número de linhas neste arquivo seja igual ao número de objetos na análise de agrupamento. Este gráfico mostra para cada grupo os limites extremos de variação (separados como pontos isolados no caso de valores realmente extremos – "outliers"). além de dar uma idéia do tipo de distribuição que tem dentro de cada grupo. máximo. mas organizados por variável. desvio padrão. Por variável – os mesmos dados que a opção anterior. Pode 1) gravar os grupos marcados num arquivo novo. num outro arquivo. Gráfico BW – produz um gráfico do tipo "Box and Whiskers" para cada variável escolhida. a mediana (linha horizontal central) e uma caixa cujos limites são os quartis.

são colocadas no centro da matriz. a matriz de dados pode ser reordenada. com agrupamentos bem separados e esta estrutura é fielmente representada pelo dendrograma. com pouca correlação com a sequência do dendrograma. Fitopac oferece esta opção para análise de matrizes nos módulos de análise de agrupamentos e ordenação. tendo os objetos (normalmente as linhas da matriz) na mesma seqüência que o dendrograma e. e valores baixas de semelhança (grandes distâncias) em azul. a matriz é reordenada de acordo com a seqüência de objetos no dendrograma. fica evidente na forma de uma série de blocos bem separados de alta semelhança ao longo do diagonal da matriz. 2) da matriz de dados originais – da mesma maneira. este processo é difícil e muito trabalhoso e sujeito a erros. Desta maneira. os valores são coloridos numa seqüência de azul até vermelha. especialmente quando a matriz for grande. Este processo pode ser facilitada por duas modificações: 1) rearranjo das linhas e colunas para refletir os resultados da análise – a ordem dos objetos no dendrograma em análise de agrupamentos ou a seqüência dos objetos/variáveis ao longo do primeiro (ou outro) eixo de uma ordenação. 2) colorir as células da matriz de acordo com os valores que contém. No caso de análise de agrupamento. no caso de análise de agrupamentos. Valores intermediários terão cores intermediários. os blocos são triangulares. refletindo valores baixos e altos respetivamente.Matriz – examinar a matriz de dados. De novo. Neste caso. as variáveis com maior correlação com o agrupamento obtido estão nos extremos (correlações negativas e positivas) e variáveis que são indiferentes. a coloração é aplicada individualmente dentro de cada variável 60 Ve Em alguns casos. facilitando o processo de avaliação. é necessário investigar o conteúdo de uma matriz de semelhança/distância ou uma matriz de dados para avaliar se uma análise foi bem-sucedida e reflete a estrutura da matriz satisfatoriamente. a estrutura da matriz pode ser visualizada diretamente. Embora seja possível fazer uma análise deste tipo por inspeção dos valores presentes na matriz original usada para a análise. dois tipos de visualização são possíveis: 1) da matriz de distância/semelhança – neste caso. Quando os grupos tem pouca sobreposição. As células são coloridas com valores altos de semelhança (baixas distâncias) em vermelho. Quando uma matriz tem estrutura bem-definida. Pr rsã eli o m in ar Colorindo matizes . as colunas ordenadas de acordo com a correlação entre os valores da variável e a seqüência de objetos – isto é. refletindo a alta semelhança dentro do grupo e a falta de semelhança com outros grupos.

No caso de ordenação. pode "desligar" a opção "por coluna". e as linhas e colunas estão ordenadas pelos escores correspondentes no primeiro eixo da ordenação (escores linhas/colunas na CA e escores/autovetores na PCA). bem representada por uma ordenação (neste caso. com estrutura de gradiente): Pr rsã eli o m in ar 61 Ve . Se desejar estandardizar dentro dos objetos (linhas). geralmente somente a segunda representação está disponível. Exemplos de matrizes com estrutura bem definida e bem representada pelo dendrograma: uma matriz com estrutura fraca.(coluna) – equivalente a estandardização por variável. mal-representada no dendrograma: matriz de dados com estrutura forte.

Opções para dendrogramas A tela de opções para dendrograms permite selecionar uma série de opções que modificam o dendrograma e ajudam a interpretar os resultados. Não deve haver duplicação de nomes das linhas da 62 Pr rsã eli o m in ar Ve . é possível verificar visualmente se eventuais agrupamentos na vegetação estão correlacionados com fatores externos como solo. É possível. utilizando a planilha Acrescentar dados – acrescenta dados de uma outra matriz num arquivo indicado pelo usuário. Por exemplo. usar uma outra matriz de dados para colorir o dendrograma pelos valores das variáveis que contém ou para ordenar os ramos do dendrograma por algum critério externo. também. Esta operação permite acrescentar variáveis que não foram usadas para produzir os coeficientes ou distâncias que formaram o dendrograma. Esta opção tem algumas limitações: idealmente. Os nomes das linhas devem corresponder exatamente com os nomes das UTOs. Algumas opções (especialmente a opção de colorir ou "pintar" o dendrograma com cores representado as variáveis originais) necessitam da matriz original de dados usados para calcular os coeficientes ou distâncias que deram origem ao dendrograma. Modificar – a matriz de dados. valores par variáveis de solo poderiam ser sobrepostos num dendrograma que foi construído utilizando somente dados de composição da vegetação. Desta maneira. a matriz sendo acrescentada deve ter o mesmo número de linhas que o número de UTOs no dendrograma.

Caso ocorra algum problema. esta opção é ligada automaticamente. taxon. Quando se marca grupos desta maneira. com as cores variando continuamente de azul para o valor mínimo da variável até vermelho para o valor mais alta. etc. Ao escolher uma matriz a ser acrescentada. as cores refletem a freqüência dos estados 0 e 1 em cada ramo do dendrograma. mas pode ser desligada por outras opções e este comando permite recuperar esta coloração.). Difere da opção "por variável" por que espera dados discretos que podem ser tratados como marcadores de classes distintos e não contínuas. o programa fará uma operação de juntar matrizes lado ao lado. ou qualquer variável descontínua que pode ser considerada como um delimitador de grupos (tipo de solo. é possível representar visualmente a variação de uma variável escolhida no dendrograma inteiro. O efeito desta opção é de colorir os ramos que correspondem às UTOs com uma cor que corresponde ao valor da variável escolhida. por grupo em variável – difere da opção "por grupo" porque usa valores de grupo contido numa variável da matriz de dados. esta permite colorir o dendrograma de acordo com os valores de uma das variáveis na matriz de dados (com as variáveis originais ou com o acréscimo de outras variáveis – veja "Acrescentar dados". Assim. Variável para cores – escolhe a variável usada para colorir o dendrograma Pr rsã eli o m in ar Ve 63 . as mensagens de erro são aquelas do processo "juntar matrizes lado ao lado ". Estes grupos podem representar resultados de outros métodos de agrupamento já armazenados num arquivo ou métodos completamente diferentes como TWINSPAN. Colorir o dendrograma – o programa oferece diversas opções para colorir ou "pintar" os ramos do dendrograma:uniforme – deixa todos os ramos com a mesma cor por grupos – deixa os ramos coloridos de acordo com os grupos escolhidos no próprio dendrograma. enquanto valores intermediários recebem tonalidades variando de verde até amarelo e laranja. por variável – talvez o mais interessante das opções. Em casos onde foram utilizadas variáveis binárias. como na opção anterior. Note que as cores usados para demarcar os grupos também são descontínuas. acima).matriz ou das UTOs no dendrograma. os ramos posteriores que representam agrupamentos recebem uma cor que reflete a média aritmética dos membros do grupo. O valor numérico correspondendo à cor pode ser revelado se ligar as "etiquetas" dos nós com a opção "valor para cores". usando o recurso "marcar grupos". e os dados serão acrescentados como novas colunas da matriz.

Uma desvantagem desta análise é a sua sensibilidade a "outliers" ou dados mais extremos (por exemplo uma espécie relativamente rara que ocorre em abundância em poucas amostras). Para análises mais especializadas ou complexas. Comparada com PCA. Nestas circunstâncias. etc. arqueologia.Esta análise tenta produzir um novo sistema de eixos que maximiza a quantidade de variância do primeiro eixo em diante. nem as distâncias entre objetos. os resultados freqüentemente são melhores e mais fáceis de entender que aqueles produzidos por CA. geralmente representando a ocorrência de espécies dentro das amostras de um levantamento fitossociológico. geologia. desde análise de comunidades a taxonomia e muito além (inclusive análises de textos literários. CCA]. Análise de Componentes Principais (PCA) . PCO] e 2) análise direta de gradientes [RDA. e infere a natureza do(s) gradientes(s) presente(s) a partir das correlações entre as espécies (PCA) ou a relação entre espécies e amostras (CA). portanto. CA geralmente é preferível. Recomenda-se o uso desta análise em situações onde tem gradientes moderados e onde o efeito de "arco" ou "ferradura" pode dificultar a interpretação de uma análise PCA. Pressupõe que a relação entre espécies (descritores ) seja linear e é. geralmente com a intenção de explicar a estrutura de uma comunidade ou o padrão de variação observado dentro de um conjunto de observações morfológicos.Originalmente concebida para análise de tabelas de contingência. segundo a terminologia de ter Braak e Prentice (1988). e com diferentes nomes. que não muda o ângulo entre eixos.Ordenação Ordenação . mas onde é usada corretamente (ie. 64 Ve A) Análise indireta de gradientes - Pr rsã eli o m in ar . sendo pouco informativos para o conjunto de dados como um todo. pois a presença de um gradiente impõe uma estrutura no conjunto de dados que pode ser detectada por diversos métodos de ordenação. geografia. As técnicas usadas para ordenar dados variam de métodos relativamente simples a métodos extremamente complexos e difíceis de interpretar. Análise indireta de gradientes analisa uma única matriz. produzindo uma análise que não é tão sensível a relações curvilineares como PCA. ponderando as amostras pela quantidade de indivíduos em cada e as espécies pelo número de amostras onde ocorrem. que pode resultar em eixos que efetivamente separam somente uma única amostra/espécies do resto. tratando linhas e colunas da matriz da mesma maneira e em escalas diretamente comparáveis. são de aplicação muito ampla. Em estudos ecológicos.). sempre sujeito à limitação que os eixos são ortogonais – isso quer dizer que a rotação dos eixos encontrada por PCA é uma rotação rígida. Fitopac contém uma pequena seleção de métodos de ordenação que permite realizar algumas das analises mais simples. Esta é a análise mais simples de todo o conjunto de métodos de ordenação incluídos neste pacote. analisa os desvios das proporções esperadas a partir das somas marginais da matriz de dados. várias destas análises tem sido reinventadas mais que uma vez. sujeito a graves problemas quando os dados sendo analisados representam um gradiente longo e curvilinear. As análises fornecidas em Fitopac incluem 1) análise indireta de gradientes [PCA. sugiro o uso de "pacotes" específicos como "CANOCO" ou pacotes estatísticos como "SYSTAT" ou "Statistica". em gradientes relativamente curtos e lineares). Análise de Correspondências (CA) . mas altera o espaço de ordenação antes de procurar os eixos de variância (ou neste caso "inércia") máxima. podendo ser usados para diversos tipos de estudos em diferentes áreas de pesquisa. esta análise é simétrica. em geral. e se tem somente uma estimativa da semelhança ou distância entre objetos. A PCO é utilizada para investigar a estrutura de matrizes de semelhança ou distância.Introdução A ordenação consiste é um processo de ordenar amostras/objetos ou espécies/características de acordo com algum critério para realçar algum aspecto ou aspectos dos dados. Estes métodos. o uso mais freqüente de ordenação é na investigação de gradientes ambientais. Alguns autores tratam PCA como obsoleta para análise de dados ecológicos. quando uma matriz de abundância não está disponível. astronomia. em diferentes campos de estudo. sendo menos afetados por "outliers" (dados extremos) e interpretáveis em termos geométricas. Por causa da diversidade de áreas de aplicação. CA.

recomenda-se utilizar os escores LC (baseados nos dados ambientais). como uma forma de Análise de Correlação Canônica (CANCOR) onde se maximiza a variância explicada entre as matrizes e não a correlação. mas esta análise produz escores em escalas diferentes que representam melhor ou as amostras ou as espécies. Dual Scaling. esta análise é mais indicada em casos onde os gradientes sendo investigados são relativamente curtas e lineares. Compartilha as mesmas vantagens e desvantagens que a CA.estes não tem uma representação exata no espaço. Sujeito às mesmas limitações e vantagens que a PCA. RDA é menos sensível a "outliers" que a CCA.okstate. sejam combinações lineares das variáveis ambientais. CCA tornou-se uma das análises mais utilizadas em estudos de comunidades. Como PCA e CA. Esta é uma análise extremamente versátil. Os eixos correspondentes não podem ser interpretados e. Um problema sério pode ocorrer. porém. Pr rsã eli o m in ar Ve 65 . devido à complexidade dos resultados produzidos. Esta análise também é conhecido como "Classical Scaling" ou "metric Multidimension scaling". . sujeito à limitação que os escores obtidos sejam uma combinação linear das variáveis contidas numa segunda matriz contendo os dados ambientais. e podem levar a situações onde alguns autovalores são negativos.Analisa matrizes de distância ou semelhança. etc. a interpretação da ordenação é altamente duvidosa e deve ser tratado com muito cautela.Esta é uma análise canônica que tenta encontrar eixos que descrevem o máximo possível de variância na matriz de dados. alternativamente. A variância explicada desta maneira é chamada de redundância e é daí que vem o nome da análise. abre-se uma janela que permite escolher o tipo de ordenação e a configuração da ordenação.Também é conhecida como "Médias Reciprocas – Reciprocal Averaging (RA)" e diversos outros nomes (Correspondence Analysis. mas neste caso a PCA é substituída por CA. de novo. O programa oferece os dois tipos de escore como opções. se as variáveis ambientais tem uma relação linear com o gradiente. Biplot de Gabriel B) Análise direta de gradientes Análise de Redundâncias (RDA) .) Foi desenvolvida inicialmente para análise de tabelas de contingência e posteriormente ampliada para uso com outros dados quantitativos. Palmer http://ordination. os escores WA são preferíveis quando existe muito "ruído" no dados ambientais. pois pode utilizar quase qualquer distância ou coeficiente de semelhança. com o uso de coeficientes não métricos (??) . mas não existe consenso total sobre o melhor conjunto de escores (veja McCune 1997. As diferentes escalas e métodos de calcular os escores são explicados em detalhes em Legendre e Legerdre (1998). Em geral. e a análise é equivalente a CA com a restrição que os escores. Pode ser descrito como um PCA com restrições impostas pela matriz de dados ambientais ou.edu/ e Legendre e Legendre 1998). em casos onde o valor absoluto dos autovalores negativos chega próximo aos valores dos maiores autovalores positivos. Os escores das amostras também podem ser calculadas a partir dos escores das espécies (escores WA). As amostras e espécies são tratadas da mesma maneira como em CA. Análise Canônica de Correspondências (CCA) – Outra análise canônica. Analyse Factorielle des Correspondances. e os resultados refletem as propriedades da distância ou coeficiente escolhido. A Tela de Ordenação Ao escolher Ordenação. produzindo um sistema de eixos descrevendo as posições dos objetos no espaço de tal maneira de as distâncias entre os objetos reproduzem a matriz original. mas até um certo ponto pode remover o efeito de arco em gradientes mais longos. mas sua interpretação requer bastante cuidado. Análise de Coordenados Principais (PCO) . ou a partir das variáveis ambientais (escores LC). e segundo McCune.

Não tem efeito para análises simples (PCA. aspecto. botão Modificar Matriz– fazer modificações da matriz principal como transformações. etc.Use a caixa "Tipo de análise" para escolher entre os principais tipos de ordenação. uma de dados de uma comunidade e a outra de dados ambientais. etc. Os tipos disponíveis nesta versão são: A) Análise indireta de gradientes - Análise de Componentes Principais (PCA) Análise de Correspondências (CA) Análise de Coordenados Principais (PCO) Biplot de Gabriel B) Análise direta de gradientes Análise de Redundâncias (RDA) Análise Canônica de Correspondências (CCA) Note que as opções RDA e CCA estarão disponíveis somente depois de indicar uma matriz de variáveis ambientais. após a configuração da análise. características de solo. PCO e Biplot). declividade. botão Modificar Dados Ambientais– fazer modificações da matriz secundária de dados ambientais.) para análises canônicas (RDA e CCA). eliminação de amostras e variáveis. CA. já que estas análises são utilizadas para investigar a relação entre pares de matrizes. antes de começar a análise. [veja usando a planilha] botão Dados Ambientais– usado para escolher um arquivo contendo a matriz de dados ambientais (por exemplo. Ativado somente quando uma matriz de dados ambientais já foi escolhida. botão Ordenar– executa a análise escolhida. elevação. [veja usando a planilha] 66 Pr rsã eli o m in ar Ve .

Isso quer dizer que o origem do sistema de coordenados é no centróide da nuvem de pontos que representam os dados no espaço multidimensional. Alguns autores sugerem que os eixos resultantes da análise não centrada são mais polarizados e fáceis de interpretar. e quando se deseja que variáveis com maiores variâncias fazem uma contribuição maior à variância total . o programa oferece as opções de 1) substituir os valores faltando pela média da variável 2) excluir a linha (objeto) 3) excluir a coluna (variável) e 4) abandonar a análise.e. sem qualquer estandardização. não há opções para este tipo de análise. Efetivamente. Após a escolha das opções. não há opções para este tipo de análise. ficam disponíveis duas escalas para apresentação dos resultados – tipo 1 e tipo 2 . Covariância/Centrada e Covariância/NãoCentrada. Biplot (Gabriel): No momento. Dados faltando não são permitidos nestas análises – ao detectar dados faltando.0 e desvio padrão = 1. com pouca sobreposição nas espécies presentes em cada (veja Grieg-Smith. e onde o total de variância é igual ao número de variáveis. 19?? par mais detalhes e discussão). no momento. e geralmente é mais fácil de interpretar. ao contrário. Pr rsã eli o m in ar 67 . e torna a análise mais sensível a abundância (tamanho) e da menos ênfase a proporção (forma). linhas que só tem dados faltando. Correlação/Não-Centrada. e é equivalente à utilização de dados estandardizados – i. escala tipo 1 é apropriada quando se deseja enfatizar as relações entre as amostras – neste caso os escores representam corretamente as distâncias Χ2 entre as amostras. CCA: Ao escolher CCA.As Opções PCA : Correlação/Covariância . a opção Covariância extrai os autovalores e autovetores de uma matriz de covariância e deve ser usada quando as variáveis tem escalas e unidades semelhantes. valores negativos em CA ou CCA. não há opções para este tipo de análise. 19?? e Pielou. A versão não centrada utiliza o zero da escala original de medição das variáveis como origem. RDA: No momento. Esta forma de PCA é relativamente pouco usada. A ação mais apropriada depende dos dados e da intenção do investigador. não há opções para este tipo de análise. "Scaling type 3" de Legendre e Legendre (1998) não está disponível. Por outro lado. A substituição pela média permite usar a Ve CA : No momento. Antes de executar a análise. Os resultados também podem ser interpretados em termos de riqueza e diversidade (veja ter Braak.por exemplo. – e elimina as linhas/colunas que estão causando o problema alem de tentar detectar condições que não são permitidas pelo método de análise escolhido – por exemplo. e tende a enfatizar proporções (ou forma) mais do que abundância (tamanho). Note que estes opções são independentes. espécies dominantes num levantamento) que tendem a dominar a análise quando se usa a matriz de covariância. peso em kg e altura em metros). 19?? para detalhes). pois os escores neste caso preservam corretamente as distâncias entre espécies. Esta opção produz uma análise onde toda as variáveis contribuem igualmente. cada variável tem média = 0. PCO: No momento. sendo possível escolher 4 combinações : Correlação/Centrada. ou quando se deseja reduzir o efeito de variáveis com variâncias maiores (ex.o uso da opção "correlação" extrai os autovalores e autovetores da matriz das correlações entre variáveis. utilize o botão "Ordenar" para realizar a análise. quando se trata de uma análise PCA de comunidades muito distintas. Esta é a forma de análise mais comum. é indicada para casos onde se deseja dar ênfase às espécies. o programa tenta detectar eventuais problemas – variáveis sem variação. Esta opção é equivalente ao uso das variáveis originais. etc. A escala tipo 2. uma análise de dados de abundância de espécies dentro de uma comunidade onde o foco principal de interesse é nas espécies dominantes.0.que correspondem aos "scaling 1" e "scaling 2" de Legendre e Legendre (1998). Centrada/Não Centrada – a opção "Centrada" utiliza um sistema de coordenados onde o origem de cada eixo está na média da variável correspondente. Disponível somente com matrizes de semelhança ou distância. Esta opção deve ser usada quando as variáveis incluídas na análise tem escalas de medição ou unidades muito diferentes (ex.

porém. CA.. "Genebra-CA-escores das linhas. PCO. Os arquivos gravados são determinados pelas caixas de seleção no painel "Gravar".por ex.botões: Vis. Opções 2 e 3 provavelmente são mais corretas.fpm".. Para análises não-canônicas (PCA. Note. 68 Pr rsã eli o m in ar Ve . Resultados – visualiza os resultados como texto no formulário de saída. Os nomes dos arquivos são gerados automaticamente pelo programa e consistem do nome do arquivo de dados original com o acréscimo de uma descrição do conteúdo . Arq(uivo) – visualizar um arquivo. mas envolvem a perda de pelo menos um objeto ou variável. uma alternativa é o cálculo de uma matriz de distâncias ou similaridades entre objetos (veja a seção Calculando Distâncias. introduz alguma distorção que pode ser severo se o número de valores faltando seja grande. Biplot) . inevitavelmente.FPM" onde o matriz de dados foi "genebra. Visualizando e interpretando resultados de uma ordenação A tela de resultados de ordenação varia com o tipo de ordenação realizada. causando problemas na interpretação dos resultados. que a presença de valores faltando pode tornar uma matriz que normalmente seria métrica numa matriz não-métrica. Gravar – gravar os arquivos contendo as tabelas de resultados (em formato Fitopac – FPM). Não é necessário gravar estes arquivos. Note que este saída NÃO é gravado automaticamente. Em casos onde é importante fazer a análise apesar da presença de dados faltando. especialmente para análises canônica e não-canônicas. mas são convenientes se pretende fazer outras análises usando os resultados obtidos ou se quiser usar algum outro programa para fazer gráficos dos resultados. 2) gravação dos resultados (tabelas) como arquivos Fitopac (FPM) que podem ser usados para outras análises ou com outros programas (por exemplo para produção de gráficos).) . que permite valores faltando.matriz inteira mas. seguido por uma análise PCO da matriz de distância/similaridade. mas somente quando o usuário manda gravar de dentro do formulário de resultados. 3) Gráficos mostrando os principais resultados.. mas ambos consistem de 3 partes principais – 1) visualização dos resultados na forma de tabelas e listagem.

etc.) d) Parar a análise. as opções disponíveis em Fitopac incluem: a) substituir o valor da média do variável no lugar do dados faltando. Nestes caos. Aceitável quando tem poucos valores faltado. A melhor opção quando os dados faltando são numerosos e tendem a ficar concentrados em poucas variáveis ( por exemplo alguma característica que é difícil de medir ou que falta freqüentemente em muitos espécimes) c) Eliminar a linha ou linhas contendo os dados faltando. etc. exceto a última! Nesta situação é preciso decidir se realmente vale a pena continuar com uma análise que inevitavelmente será muito pouco confiável. é provável que os resultados obtidos serão questionáveis com qualquer uma destas opções. A média usada é a média aritmética da coluna da matriz onde o dado faltando se encontra. eliminando este problema. b) Eliminar a coluna ou colunas contendo os dados faltando. Não deve ser usada quando faltam muitos dados – nesta situação. a matriz não pode ter dados faltando. ou se não seria mais prudente tentar completar a matriz com dados reais.Dados faltando em análises multivariadas Em diversos tipos de análise multivariada. a análise vai ser modificada de maneiras imprevisíveis e as estimativas não são confiáveis. Pr rsã eli o m in ar Em casos onde faltam muitos dados (>5% da matriz). Ve 69 . Melhor opção quando os valores faltando estão concentrados em uma ou poucas amostras que são particularmente incompletas (espécime faltando diversos órgãos. mas vai produzir estimativas viciadas de autovalores. escores em eixos.

sem alterar os valores preestabelecidos. mas não diretamente por FITOPAC ou diversos outros pacotes. Análise Distendia .Chamando outros programas janela decorana A janela DECORANA permite escolher diversas opções antes de executar o programa."XXXEscoresDasColunas. 70 Pr rsã eli o m in ar Ve . e os campos adicionais aparecerão. seria suficiente executar o programa. e para muitas análises. converte o arquivo "SCR" do DECORANA em dois arquivos FITOPAC .se for marcado (padrão). no formato descrito por Oksanen e Minchin. Recomenda-se uma leitura cuidadosa do manual do usuário deste programa antes de alterar as opções. "rescaling".Se esta caixa for marcada. Ao apertar este botão. Note que as amostras não são removidas do arquivo original. contendo os escores das Colunas e Linhas da matriz original respetivamente. Caso queira alterar estes valores.FPM". grava um arquivo "XXX. Veja "Eliminando ou Mascarando itens". aparece mais uma tela que permite escolher quais são as amostras que serão eliminadas. Saida Fitopac .determina se será utilizada DCA (valor preestabelecido) ou CA (se a caixa estiver em branco) Criar arquivo de saida . Em geral. de segmentos. a análise será feita utilizando os valores padrão (defaults) do DECORANA .no. Algumas destas opções são complexas e requerem um bom conhecimento do programa DECORANA para serem usadas corretamente.se for marcado (padrão). Pode ser usado por outros programas.FPM" e "XXXEscoresDasLinhas. etc.permite eliminar algumas amostras antes de executar a análise. Recomendo não alterar estes valores se não entende o que significam ! (veja o manual do usuário de DECORANA para mais detalhes). os valores pré-selecionados pelo FitopacShell correspondem aos valores "default" do programa como descrito por Hill. Utilizar "Análise Padrão" . Estes arquivos podem ser utilizados por outros programas do FITOPAC ou convertidos a outros formatos utilizando "MATRIZ" ou "Winmat" Eliminar Amostras .SCR" contendo escores para linhas e colunas da matriz original XXX. desmarca esta caixa.

embora produz os cálculos corretamente. janela twinspan Esta tela oferece um interface que permite usar a versão DOS do programa "TWINSPAN" a partir do Fitopac.ac. Download do site : http://www. aplica uma análise onde o peso das espécies raras é reduzido . e que a atual versão efetivamente é obsoleta. Recomenda-se uma leitura cuidadosa do manual do usuário deste programa antes de alterar as opções. A janela TWINSPAN permite escolher diversas opções antes de executar o programa.o botão executar vai executar o programa DECORANA. os valores pré-selecionados pelo FitopacShell correspondem aos valores "default" do programa como descrito por Hill. Em geral.se for escolhida esta opção.ceh.Reduzir peso de espécies raras . Ver resultado . Em muitos casos. pois permite utilizar as facilidades de Windows para responder às perguntas do programa DOS que não é muito "amigável" na sua forma original. É essencial que você entende este formato para utilizar esta opção. Em geral. será suficiente executar o programa. e para muitas análises. Executar . Estes resultados podem ser gravados como um arquivo rtf que pode ser importado diretamente por "Word" e diversos outros programas. sem alterar os valores preestabelecidos.provavelmente desejável na maioria de análises onde a matriz contem muitas espécies raras.Após a execução do programa. Algumas destas opções são complexas e requerem um bom conhecimento do programa TWINSPAN para serem usadas corretamente. e deve ser acionado quando tem feito todas as alterações que deseja fazer nas opções do programa.para cancelar a análise DCA antes de executá-la. Transformar dados . facilitando seu uso. aparece este botão que.com/wintwins.canodraw.uk/products/software/wintwins. utilizando o formato do próprio DECORANA. quando acionado. recomendo usar a versão Windows (gratis. mostra o arquivo de saída principal do programa contendo os resultados da análise.htm ou de http://www. (veja o manual do usuário de DECORANA par mais detalhes). porém. Deve ser notado. que já existe uma versão Windows do programa.quando marcada.html) – é provável que este interface não será mantido na próxima versão do Fitopac.este botão deve ser acionado para voltar ao programa FitopacShell quando termina a análise e exame dos arquivos de resultados está completa Ve 71 . pode ser mais interessante fazer transformações utilizando MATRIZ ou Winmat e gravando o resultado antes de usar DECORANA. Cancelar . Pr rsã eli o m in ar Sair . uma transformação dos dados é aplicada.

é meio reduzida. Normalmente deve ser igual ao número total de espécies. Eliminar Espécies e Eliminar Amostras . A utilidade desta opção. o programa imprime um diagrama para cada divisão. No. mas em levantamentos muito grandes. Note que esta remoção é temporário .controla quantas espécies vão aparecer na listagem da tabela final.este é um dos campos mais importantes pois determina como o programa utiliza dados quantitativas.controla o número máximo de espécies indicadoras selecionadas para cada divisão feita durante a análise. pode ser necessário usar 5 ou 6 níveis. Quer diagramas das divisões .opção do TWINSPAN para gravar os resultados da divisão dos grupos num arquivo que pode ser usado por outros programas.indica o número de níveis de subdivisão dos grupos. não será mais subdividido . via o mecanismo de criação de "pseudoespécies".se esta caixa for marcada. No momento. Assim. pode ser interessante limitar o número de espécies para evitar que a tabela fique muito extensa. 3 ou 4 níveis são suficientes. Veja o manual de TWINSPAN para maiores explicações. mostrando amostras mal-classificadas. uma alta densidade de uma dada espécie pode ser usada como indicador de um 72 Ve No. e não conheço programa com esta capacidade.indica o tamanho mínimo do grupo para subdivisão. A idéia é que diferentes densidades (ou outra medida) de uma espécie sejam representadas como se fossem espécies distintas (as "pseudoespécies") e estas podem ser usadas como indicadores e não somente a presença ou ausência da espécie. Se o grupo for menor que este valor. mas na maioria dos casos (especialmente quando a matriz não é muito grande).estes botões acionam uma tela que permite escolher quais espécies/amostras serão removidas da análise. máximo de espécies na tabela . máximo de níveis de divisão . Com matrizes grandes. etc. Gravar resultados em arquivo . Pseudoespécies . Pr rsã eli o m in ar Tamanho mínimo de grupo .não são removidas da matriz original. (Veja "Eliminando ou Mascarando itens"). portanto.No. FITOPAC não é capaz de ler estes arquivos. máximo de indicadores por divisão .

tipo de vegetação, mesmo que a espécie esteja presente em baixa densidade em todos os outros tipos de vegetação. Para definir as pseudoespécies, é necessário fornecer os níveis de corte para subdivisão das espécies. Três opções são oferecidas aqui 1) os valores "default" do programa TWINSPAN, com 5 níveis de corte de 0 2 5 10 20. Isso quer dizer que terá os seguintes pseudoespécies :valor x=0 0 < x <= 2 2 < x <= 5 5 < x <=10 10 < x <= 20 x > 20 pseudoespécie ausente (0) 1 2 3 4 5

2) um único nível de corte - 0. Tudo é tratado como presença ou ausência (isto é, qualquer valor diferente de 0 é tratado como "pseudoespécie 1") 3) valores definidos pelo usuário. São permitidos até 9 níveis de corte. Se escolher esta opção, é aberta uma caixa de dialogo onde o número de níveis é informado, e o programa então abre uma tabela onde pode inserir os níveis de corte, junto com os peso das pseudoespécies e seus potenciais indicadores. O peso (valor inteiro de 0 - 1000000) e potencial indicador (0 ou 1) da pseudoespécie determinam o peso que aquela pseudoespécie receberá nos cálculos e se pode ser usada como espécie indicadora, respetivamente. Normalmente estes valores seriam 1, mas se quiser dar, por exemplo, importância maior para pseudoespécies representando maiores valores, pode dar peso maior que 1. É comum querer que espécies indicadoras sejam espécies "reais" e não pseudoespécies e, neste caso, pode dar um potencial indicador de 1 para o primeiro nível e 0 para os outros. Os pseudoespécies devem estar em ordem crescente de abundância. Note que o FitopacShell não faz qualquer tipo de verificação dos valores e simplesmente passa tudo diretamente para o programa TWINSPAN. (Veja o manual do TWINSPAN para maiores detalhes sobre estas opções).

Executar - o botão executa o programa TWINSPAN, e deve ser acionado após a escolha de todos as opções da análise.

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Ver resultado - este botão aparece somente após de executar o programa e permite examinar o arquivo de resultados produzido e, se quiser, gravar como arquivo rtf que pode ser lido por Word, etc. Sair - voltar para FitopacShell depois de completar a análise Cancelar - cancelar e voltar para FitopacShell.

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Bibliografia
referências bibliográficas
Legendre e Legendre Sneath & Sokal 1973

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.................................................................................................................47 Calcular parâmetros fitossociológicos ..............................................................................................Introdução........................................................10 CLUSTER.................................................................................28 Examinando editando e imprimindo dados ..................................................................................10 Criando Gráficos ...............................................................................10 Arquivos FPD ...................65 A tela Coefs.......................................................................41 Diagramas de vetores ..Index A A Janela Ordenação ........7 Configuração do FITOPAC ........................................................................................................................................48 A Tela de Opções em Diagramas de Dispersão ..............................................................................................................................................................9 Agrupamentos ....................................................................................................................................................16 FPC .....................................................43 A Tela do Dendrograma.....................................................................................................................................................................................................................................................5 Formatos de Arquivo .........................................................................................................................................................................58 Análise multivariada ...............................................................................................................................49 Colorindo matizes ............................................10 Coeficientes de semelhança e distâncias em Fitopac ................10 Considerações gerais..........................................................................................................................................45 Distâncias ..................................................................................................28 Eliminando ou Mascarando......................15 F FitopacShell .............................................................56 A Tela Principal ..............................10 E eliminando linhas ou colunas .....................................................................................................................................................................................................................................................................................................60 Comando Arquivos ..................................................................................................................69 DECORANA ...........................................................................................10 Dados crus............................................................................12 Configuração............................................................................................................................................................................................................................................................................................39 Criando gráficos diretamente ........................................................................................10 Coeficientes.........................................................................................................................10 C CADERNO .............................................................10 Arquivos FPM.......................................................10 CRIAMAT ..................................................................................................................................................................................................................................18 Cornell.....10 76 Pr rsã eli o m in ar Ve ........................................................................................................................................................................39 D DAD................8 Convertendo dados crus em matriz .......................................................48 coeficientes e distâncias usados em Fitopac.......................................................10 Dendrogramas ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................10 Analisando grupos em dendrogramas ...........10 Dados faltando em análises multivariadas ..........10 Calculando Parâmetros Fitossociológicos...........10 COEF ...............................................45 Diagramas de dispersão.....................................................................................................................

.........................................................................5 Introdução a análise de Agrupamentos ....................................................70 Janela TWINSPAN ..................................35 Tela Nomes suspeitos........................................................................................................................19 TWINSPAN ........................................................................................................................................................................................................................................................................................21 Instalação ............................................10 Preparando dados ....................................................................................................................10 Nomes suspeitos..54 Tela Nomes duplicados ...............................................................................46 Gráficos de Barra .................G Gráficos 3D ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................49 NMS.........................................................................................................................................................................................................................................................................................71 L Lendo e convertendo dados num arquivo FPD ...................................................14 M MATRIZ ..........................................................................................32 Modificando e manipulando arquivos de coeficients ...........................45 Gráficos de caixa...............................................................................................................................................................................................34 Tipos de dados em matrizes ................................................................................................................................................10 R referências bibliográficas .........................................................................................................................................................................................................................7 Introdução ............................................................................................................................................................10 Os tipos de dados usados por Fitopac .....................................45 I Importando matrizes...........10 Ordenação ......................................................................33 O O formulário de resultados...............................................................8 P PARAMS .................................................................................................................................................46 Gráficos de linha .....................................................10 T Tela de Análise de Agrupamentos .........................................................................................................................................................................................................................10 Opções para dendrogramas ....................10 matriz espécies raras ...........10 U Usando a planilha.......................................................................................Introdução..........64 Os botões de funções...................................................................................................................................................................................................................75 S Similaridade ....................14 PREPARE ...........................22 Pr rsã eli o m in ar N Ve 77 ................................................................................................................................................................37 O Menu Principal .......................................................................................................................................................................54 J Janela DECORANA .......................................................................................................................................................62 Ordenação .............................................................................................................................................................................................................................

.................................................68 78 Pr rsã eli o m in ar Ve ...................................................................20 Visualizando e interpretando resultados de uma ordenação.........V Variáveis mascaradas e Marcadores .........................

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