MODIFIKASI ASETILKOLINESTERASE DENGAN MUTASI KOMBINASI SECARA IN SILICO UNTUK BIOSENSOR ORGANOFOSFAT

Sudarko, Devit Suwardiyanto, dan A.A. Istri Ratnadewi2) Jurusan Kimia, FMIPA, Universitas Jember ABSTRAK Pengawasan lingkungan dari pestisida yang mempengaruhi kesehatan manusia dan ekosistem, telah menjadi pusat perhatian karena penggunaan pestisida di dunia. Deteksi pestisida di lingkungan dapat dilakukan dengan biosensor yang menggunakan asetilkolinesterase. Dalam penelitian ini telah dilakukan modifikasi asetilkolinesterase Torpedo californica secara in silico (simulasi komputer). Modifikasi ini bertujuan untuk meningkatkan sensitifitas dan kespesifikan terhadap organofosfat. Modifikasi asetilkolinesterase dilakukan secara in silico dengan program Modeller 6.2 dan untuk mengetahui efek modifikasi terhadap sensitifitas dan kespesifikannya digunakan program AutoDock 3.0. Strategi yang digunakan untuk memperoleh mutan yaitu dengan kombinasi mutan tunggal yang diharapkan dapat meningkatkan sensitifitas enzim terhadap organofosfat. Dalam penelitian ini tidak dapat memperoleh asetilkolinesterase yang lebih sensitif dan spesifik terhadap organofosfat. Kesulitan prediksi efek mutasi terhadap inhibisi organofosfat terjadi karena adanya dua model pengikatan organofosfat yang dipengaruhi oleh konsentrasi. Namun dengan strategi ini diperoleh mutan yang lebih sensitif dan spesifik terhadap karbamat. Hasil terbaik untuk peningkatan sensitifitas dan kespesifikan karbamat terjadi pada mutan F330A dengan peningkatan ki sebesar 0,42 untuk karbaril dan 0,31 untuk karbofuran. Kata kunci: asetilkolinesterase, biosensor, insektisida, pemodelan homologi, docking.

1

we use AUTODOCK 3. we engineered Torpedo c. insecticide. The mutant made by homology program using MODELER 6. acetylcholinesterase (AChE) by in silico to increase its sensitivity and spesifity to organophosphate.2 modules of TRITON 3. Faculty of Mathematics and Natural Sciences University of Jember ABSTRACT To detect traces of insecticides in environment using biosensors. the use of these strategies allowed us to obtain AChE which more sensitive to carbamate. Carbamate will be use as comparator for looking specification AChE to organophosphate. biosensor. Istri Ratnadewi Department of Chemistry. Key words: Acetylcholinesterase. Nevertheless. Two types of insecticides that used in this research.MODIFICATION ACETYLCHOLINESTERASE WITH COMBINATION MUTATION BY IN SILICO FOR BIOSENSOR ORGANOPHOSPHATE Sudarko. 2 . The best result that increase sensitivity and specifity to carbamat are mutant F330A. The difficulty of predicting the effect mutation. In this research. AChE that more sensitive to organophosphate cannot be obtains. docking.A. because there are two binding models that influence by concentration. dan A. Devit Suwardiyanto.31 for carbofuran. Mutant ACHe was obtains through the combination of several mutations that increase sensitivity to organophosphate. homology modeling.0.42 for carbaryl and 0. Mutant F330A increase the inhibition constant about 0. To show the effect of modification.0 program. is organophosphate and carbamate.

Pada penelitian ini dilakukan modifikasi sisi aktif asetilkolinesterase secara in silico (simulasi komputer). Y370A. Organofosfat dan karbamat merupakan pestisida yang banyak digunakan dan memiliki kemampuan untuk menggantikan organoklorin seperti DDT. tetapi memiliki tingkat keracunan yang lebih tinggi (Kok et al.PENDAHULUAN Pengawasan lingkungan dari pestisida yang mempengaruhi manusia dan ekosistem. Mutasi yang sama dapat dilakukan pada asetilkolinesterase Torpedo c. telah menjadi pusat perhatian. 1998. yaitu pada F331 dan Y334 (Barril et al. 2005). mudah dan handal pada jumlah renik. Y330. Wolfbies and Li. Hal ini. 2001).. karena sistem sensor tersebut telah mampu memberikan cara analisis suatu polutan secara cepat.. penggunaan enzim sangat bermanfaat dan menjanjikan (Kuswandi and Narayanaswamy.. Pestisida ini memiliki persistansi lingkungan yang rendah dibanding organoklorin. Biosensor berdasar inhibisi pada aktifitas beberapa enzim telah digunakan untuk pengukuran polutan dalam lingkungan (Kuswandi and Mascini. menunjukkan bahwa mutasi F330L. dan F371I dapat meningkatkan sensitifitas enzim terhadap organofosfat. F338A dan Y337A (penomoran berdasarkan inhibisi asetilkolinesterase menghasilkan peningkatan konstanta organofosfat sebesar dua kali lipat. dan F331. lindane. Salah satu strategi untuk meningkatkan kinerja asetilkolinesterase untuk biosensor organofosfat adalah dengan meningkatkan kespesifikan dan sensitifitas enzim terhadap organofosfat. 1993). dan lain-lain. untuk deteksi insektisida yang dilakukan oleh Boublik et al (2002). Dari penelitian yang telah dilakukan Kovarik et al (2003) dapat diketahui bahwa subtitusi residu tikus). aldrin. Modifikasi asetilkolinesterase Drosophila m. 2002). Mutasi yang sama dapat dilakukan pada asetilkolinesterase Torpedo c. Subtitusi residu F371I menghasilkan sensitifitas yang lebih tinggi dibanding subtitusi residu F371A.. yaitu pada residu F290. Dalam pengembangan biosensor. selanjutnya untuk mengetahui kespesifikan dan sensitifitas enzim hasil modifikasi tersebut 3 .

Setelah itu dilakukan penghitungan batasan pada sequence target yang dihitung dari penataannya dengan struktur tiga dimensi template. komputer Intel Xeon 2. struktur 2D ligand digambar dengan ChemDraw Ultra (modul ChemOffice 200). struktur 3D diminimalisasi energinya dengan teori PM3 dalam MOPAC 7 (modul ChemOffice 200). Pertama.4 MHz dual prosessor dengan memori 512 MB dan system operasi Linux Debian Sarge Testing yang dilengkapi dengan program aplikasi AutoDockTools. Autodock 3.26 MHz dengan memori 128 MB dan sistem operasi Microsoft Windows XP Pro. struktur 2D diekspor ke struktur 3D dengan Chem3D.0. karbofuran. Pemodelan Homologi Struktur X-ray tunggal digunakan sebagai template untuk pemodelan homologi.05 dan TRITON 3. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. AutoDock 3. karbaril). Universitas Jember. Alat yang digunakan dalam penelitian ini antara lain.2 yang terdapat pada TRITON 3. Data struktur dimanipulasi menggunakan MODELLER 6.05. Preparasi Ligand dan Protein Ligand dibuat menggunakan ChemOffice 2000. dibuat dengan mutasi virtual dari pemodelan homologi. Struktur mutan dan wild type Torpedo c.dilakukan uji interaksi antara enzim hasil modifikasi dengan substrat maupun beberapa jenis inhibitor (heptenofos. Linux Debian Sarge Testing yang dilengkapi dengan program aplikasi AutoDockTools. 1993). serta komputer Intel Pentium 4 2. Pemodelan dimulai dengan penataan sequence yang akan dimodelkan (target) dengan struktur protein tiga dimensi yang telah diketahui (cetakan). Pymol dan ChemOffice 2000. Kemudian. Batasan tersebut diperoleh dari analisis statistik hubungan pasangan-pasangan protein homolog. Analisis ini berdasar pada database penataan 4 .0. METODE PENELITIAN Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Mei 2005 sampai Juni 2005 di Jurusan kimia.. MODELLER mengimplementasikan pendekatan pemodelan menggunakan perbandingan struktur protein (Sali et al. diklorfos. Struktur X-ray diperoleh dari protein data bank (E105).

105 famili yang termasuk 416 protein yang telah diketahui strukrur tiga dimensinya (Sali et al. kemudian melakukan translasi. batasan hubungan dan term energi CHARM memperkirakan stereokimia yang cocok. setiap variabel sesuai dengan genotip dan koordinat atom sesuai dengan fenotip. penataan ligand didefinisikan dengan sebuah set variabel keadaan yang mendefinisikan translasi..75 Å yang dipusatkan pada sisi aktif serin. atau sudut dihedral dari dua protein yang berhubungan. Dalam AutoDock. Dalam AG. dan konformasi baru 5 .2 Å dan tahap rotasi 5°.0 dapat menggunakan algoritma genetik (AG) Lamarckian sebagai fungsi pencarian untuk simulasi docking.. Pencarian lokal diturunkan dari sebuah algoritma oleh Solis dan Wets.Cα. 1994). AutoDock 3. seperti korelasi antara jarak ekivalen Cα . orientasi. dan konformasi ligand. Energi potensial setiap titik grid dihitung menggunakan program AUTOGRID. Tahap translasi yang digunakan sebesar 0. orientasi. Titik grid yang digunakan dalam penelitian ini sebesar 80x80 dengan spasi grid 3. Docking AutoDock merupakan program yang dikembangkan untuk memprediksi interaksi ligand dengan target biomakromolekul. dimana langkah-langkahnya ditentukan. Posisi awal dan sudut dihedral dipilih secara acak dan terakhir simulasi 150 docking dijalankan untuk memperoleh struktur kompleks dari ligand yang secara statistik diterima. Dari gen tersebut. Dalam simulasi docking. dan mengombinasikannya ke dalam fungsi objektif. fenotip ligand dapat dihitung energinya berdasar fungsi energi bebas. dan konformasi sampai sisi ideal ditemukan (Morris et al. Kemudian program AutoDock menghitung energi interaksi antara konformasi ligand fleksibel dan setiap titik grid melalui kombinasi algoritma pencarian. Program AUTOTORS menentukan ikatan yang mungkin berotasi pada molekul ligand. akan diperoleh tabel mengenai berbagai korelasi. ligand pada awalnya diacak diluar protein. 1998).. Dengan penelusuran database. Terakhir. AutoDock menggunakan AG sebagai metode pencarian global dan sebuah pencarian lokal (PL) adaptive. Konsep AG berdasar pada evolusi biologis. model diperoleh dengan mengoptimasi fungsi objektif dalam ruang kartesian (Sali et al. 2004). Selanjutnya.

Efek Mutasi Asetilkolinesterase pada Substrat Asetilkolin sebagai substrat didocking ke semua mutan dan dibandingkan hasilnya dengan asetilkolinesterase wild type. Pada beberapa mutan. F331I. Bertambahnya ukuran ruang menyebabkan energi internal ligand berkurang dan substrat lebih mudah ke sisi aktif. Dari hasil docking diketahui bahwa mutan tunggal dan kombinasinya meningkatkan k1 substrat (data hasil docking pada semua mutan tidak ditampilkan pada artikel ini).yang diperoleh dievaluasi dengan fungsi energi. Proses tersebut membutuhkan waktu kurang lebih 40 menit untuk tiap mutan. Ikatan asetilkolin seperti pada gambar 1. W84 dan 6 . Dari hasil docking. F330A. Jika perubahannya lebih disukai. beberapa mutan memilki probabilitas pengikatan substrat pada sisi periperal. perbesaran ruang gorge menyebabkan perubahan orientasi substrat. yang meliputi F288L. F290L. G119. HASIL DAN PEMBAHASAN Proses Mutasi in Silico Mutasi kombinasi mutan tunggal pada asetilkolinesterase. Gugus asetil asetilkolin terikat pada kantung oksi anion melalui ikatan hidrogen antara gugus karbonil asetilkolin dengan gugus NH peptida. Kombinasi kelima macam mutan tunggal tersebut menghasilkan tiga puluh dua macam mutan termasuk asetilkolinesterase asli (wild type) hasil optimasi MODELLER. Proses perhitungan docking membutuhkan waktu rata-rata delapan jam tiap perhitungan. Y130 dan E199. Kombinasi mutan tunggal yang dilakukan dalam penelitian ini menyebabkan bertambah besarnya ruang gorge asetilkolinesterase. distabilkan oleh kantung oksi anion yang terdiri dari residu G118. maka diterima dan sebalikknya jika tidak. dan A201. dan Y334A dilakukan dengan program MODELLER. 2001). Gugus ekor kuarterner trimetilamonium terikat pada sisi anionik yang terdiri dari residu W84. Perubahan energi antara dua konformasi dihitung seperti pada algoritma Monte Carlo. maka algoritma akan mengambil langkah yang berlawanan (Morris et al. sehingga k1 substrat meningkat.

00 12.00 8.00 14. 7 . Grafik K1 Substrat dengan Probabilitas Lebih Besar dari50% Efek Mutasi Asetilkolinesterase pada Inhibisi Organofosfat Data hasil perhitungan docking heptenofos dapat dibuat grafik seperti pada gambar 3 (grafik hanya menampilkan mutan yang orientasi substratnya ke sisi aktif serin). 20.00 2.00 16. sedangkan E199 melalui interaksi elektrostatik.00 Ty p F2 e 88 F3 L 30 A F2 F 88 33 L/ 1I F2 F 88 290 L F2 / F L 88 330 F2 L/ Y A 90 33 L 4A F2 / F3 90 30 F2 L/ F A 90 33 F3 L/ Y 1I 30 33 A 4A F2 F /Y 88 33 3 3 4A 1 L F2 / F3 I/ Y3 88 30 34 F2 L/ F A/Y A 90 33 33 4 1 L F2 / F3 I/Y3 A 90 30 3 L/ A/ 4A F3 Y3 31 34 I/Y A 33 4A ki (10 ) -5 W i ld Mutan Gambar 2.Y130 berikatan dengan bagian kation melalui interaksi kation-π dan interaksi hidrofobik.00 4. Model Pengikatan Substrat pada Sisi Aktif Serin Dari data probabilitas orientasi substrat dapat dikelompokkan substrat yang memiliki jumlah probabilitas orientasi substrat ke sisi aktif serin dengan nilai lebih besar dari 50% disajikan pada gambar 2.00 6. Gambar 1.00 18.00 10.00 0.

600 0.1.200 0.105 x 10-5 terhadap ki wild type. seperti pada gambar 4. Ikatan Heptenofos pada Mutan F290L/ F330A Data hasil perhitungan docking diklorfos dapat dibuat grafik seperti pada gambar 5 berikut: 8 . Grafik Konstanta Inhibisi Heptenofos Dari gambar di atas diketahui bahwa mutan F290L/F330A memilki ki yang lebih tinggi dari wild type. yaitu sebesar 4. Akan tetapi mutan tersebut tidak dapat digunakan karena terjadi peningkatan k1 substrat yang cukup besar. Ki heptenofos pada mutan F290L/F330A mengalami peningkatan ki sebesar 0.800 0.400 0.000 Ty p F2 e 88 F3 L 30 F2 A 88 F3 F2 L/ F 31I 88 29 F2 L/ F 0 L 88 3 F2 L/ Y 30A 90 33 F2 L/ F 4 A 9 33 F2 0L 0A 90 / F3 F3 L/ 31 30 Y3 I F2 A 34 88 F3 /Y3 A F2 L/ F 31I/ 34A 8 33 Y F2 8L/ 0 A 334 90 F3 /Y A 3 3 F2 L/F 1 I/ 3 4 90 33 Y3 A L/ 0 A 34 F3 /Y A 31 33 I/Y 4A 33 4A W i ld Mutan Gambar 3. Gambar 4. Heptenofos membentuk ikatan hidrogen dengan residu S122 dan terjadi interaksi dipol-dipol induksi antara gugus C=O residu N85 dan Y70 dengan gugus –CH3 organofosfat.44 x 10-5.200 1. Mutan F290L/F330A memiliki orientasi pengikatan heptenofos pada sisi periperal.000 ki (10 ) -5 0.

Grafik Konstanta Inhibisi Diklorfos Dari gambar 5 diketahui bahwa mutan F290L/F330A/Y334A memiliki ki yang lebih tinggi dari wild type.45 40 35 30 25 20 15 10 5 0 Ty p F2 e 88 F3 L 30 A F2 88 F3 3 F2 L/ F 1I 88 29 F2 L/ F 0L 88 33 0 F2 L/ Y A 90 33 L/ 4A F2 F3 9 30 F2 0L/ A 90 F33 F3 L/ Y 1I 30 33 A/ 4A F2 88 F33 Y3 L 1 3 F2 / F3 I/ Y 4A 33 8 3 F2 8L/ 0A/ 4A 90 F3 Y3 3 L 3 F2 / F3 1I/Y 4A 90 30 33 L/ A 4A F3 /Y 31 33 I/Y 4A 33 4A W ild ki (10 ) -5 Mutan Gambar 5. Hal tersebut 9 . Akan tetapi pada mutan tersebut juga terjadi peningkatan k1 substrat yang cukup besar. Konstanta inhibisi diklorfos mutan F290L/F330A/Y334A mengalami peningkatan sebesar 4. Gambar 6. Ikatan diklorfos pada mutan F290L/F330A/Y334A Dari hasil docking diperoleh probabilitas terbesar pengikatan organofosfat terjadi pada sisi periperal dan hanya beberapa run (ulangan) yang menghasilkan orientasi organofosfat ke sisi aktif. Pada asetilkolinesterase wild type yang diinhibisi diklorfos. Sedangkan yang mengunakan inhibitor heptenofos diperoleh dua belas run dari 150 run. yaitu 65. diperoleh tiga belas run dari 150 run yang menunjukkan orientasi ligan ke sisi aktif.75 x 10-5.2 x 10-5 terhadap ki wild type. Model pengikatan diklorfos pada mutan F290L/F330A/Y334A seperti pada gambar 6. Probabilitas pada mutan lainnya juga menunjukkan kecenderungan pengikatan ke sisi periperal.

Konstanta kecepatan k+1 dan k-1 menjelaskan ikatan reversibel AB ke sisi periperal.menunjukkan bahwa organofosfat juga dapat langsung memfosforilasi sisi katalitik tanpa berikatan dengan sisi periperal terlebih dahulu walaupun dengan probabilitas yang kecil. Model kinetika inhibisi organofosfat pada sisi periperal asetilkolinesterase dapat diilustrasikan pada gambar 7. AB + AChE k -1 k +1 ki' ki AChE-A + B k3 AChE + A AB + AB AChE AB AChE-A + B k2 AB AChE Gambar 7. 1990). ki’ menunjukkan perubahan ki sebagai hasil adanya ikatan pada sisi periperal. Pengikatan organofosfat pada asetilkolinesterase juga dipengaruhi oleh konsentrasi organofosfat. 2000). Pada konsentrasi rendah organofosfat menyerang sisi periperal. dan dua titik sebelah kiri asetilkolinesterase menunjukkan ikatan reversibel AB ke sisi periperal. 2000). Ketika sisi periperal telah jenuh. AutoDock hanya dapat memprediksi probabilitas terbesar keadaan akhir model pengikatan suatu ligand pada makromolekul. Hal tersebut disebabkan inhibisi organofosfat memiliki lebih dari satu tahap inhibisi dan dipengaruhi oleh konsentrasi. Ada dua macam model inhibisi organofosfat. yaitu fosforilasi irreversibel pada sisi aktif dan interaksi reversibel pada sisi periperal (Friboult et al. Kinetika Inhibisi Organofosfat pada Asetilkolinesterase (Kardos and Sultatos. pemodelan inhibisi organofosfat pada asetilkolinesterase dengan AutoDock tidak dapat memprediksi pengaruh mutasi. Dengan mendocking ulang kompleks ligand yang telah terikat pada sisi periperal asestilkolinesterase akan diperoleh kompleks organofosfat yang terikat 10 . Sedangkan k3 menunjukkan reaktifasi enzim (Kardos and Sultatos. AutoDock memiliki keterbatasan tidak dapat memprediksi model inhibisi yang dipengaruhi oleh konsentrasi. Secara keseluruhan. 2000). organofosfat akan menyerang sisi aktif serin (Kardos and Sultatos.

Efek Mutasi Asetilkolinesterase pada Inhibisi Karbamat Dari hasil docking karbaril dan karbofuran pada semua asetilkolinesterase mutan dan wild type dapat dibuat grafik seperti pada gambar 8. Model pengikatan karbaril pada mutan F331I ditunjukkan pada gambar 9. Mutan yang memiliki peningkatan konstanta inhibisi yang hampir sama bersifat spesifik untuk karbamat. Orientasi ligan berubah dari sisi esterase ke sisi periperal. Hal tersebut sesuai dengan asumsi Kardos and Sultatos (2000) bahwa organofosfat dapat membentuk kompleks AB--AChE-A.31 x 10-5 untuk heptenofos dan 4.5 2 ki (10 ) -5 1. Atom oksigen karbonil karbaril berikatan hidrogen dengan residu S200 dan gugus benzil mengarah pada sisi anionik.78 x10-5 dan k1 karbofuran meningkat dari 1. 3 2.di sisi periperal dan sisi aktif sekaligus. Perubahan tersebut disebabkan perbesaran ruang 11 . Inhibisi karbofuran mengalami perubahan orientasi ligan. Pada mutan F331I k1 karbaril meningkat dari 1. perlu dibandingkan konstanta inhibisi karbaril dengan karbofuran.45x10-5. Organofosfat kedua memiliki probabilitas 100% masuk ke sisi aktif asetilkolinesterase dengan nilai ki sebesar 1. Grafik Perbandingan Konstanta Inhibisi Karbaril dengan Karbofuran Jika dibandingkan dengan k1 substrat maka mutan yang paling bagus adalah F330A dan F331I.5 0 Ty p F2 e 88 F3 L 30 A F2 88 F3 3 F2 L/F 1I 88 29 0 F2 L/F L 88 33 0 F2 L/Y A 9 0 33 L/ 4A F3 F2 90 30 F2 L/F A 90 33 L F3 /Y 1I 3 0 33 A/ 4A F2 88 F3 Y3 L/ 31 34 F2 F 3 I /Y A 88 30 33 F2 L/F A/Y 4A 90 33 33 L 4 1 F2 /F 3 I/Y A 9 0 3 0 33 A/ 4A L/ F 3 Y3 31 34 I/Y A 33 4A Karbaril Karbofuran W i ld Mutan Gambar 8.14 x 10-5 untuk diklorfos. seperti ditunjukkan pada gambar 10.5 1 0. Untuk memperoleh mutan yang spesifik untuk karbamat.42x10-5 ke 1.02x10-5 ke 1.

Gugus CH3 karbofuran berinteraksi dengan gugus A330 melalui interaksi hidrofobik. Mutan F330A bersifat lebih spesifik untuk karbamat dibandingkan dengan mutan F331I. orientasi karbamat tetap pada sisi aktif serin dan tidak menyebabkan perubahan yang besar pada aktifitas asetilkolinesterase terhadap substrat. Inhibisi Karbofuran pada Mutan F331I Subtitusi residu F330A menghasilkan k1 yang hampir sama dengan mutan F331I.42x10-5 ke 1. Seperti pada gambar 11 dan 12. Peningkatan k1 ini sesuai dengan eksperimen secara in vitro yang dilakukan oleh Boublik et al (2002) pada Drosophila m.33x10-5.kantung asil dan perubahan kepolaran residu 331.02x10-5 ke 1. Gugus benzil karbaril dan karbofuran mengarah pada sisi anionik. Gambar 9. Subtitusi F331I menyebabkan berkurangnya kepolaran residu tersebut. 12 .84 x10-5 dan konstanta inhibisi karbofuran meningkat dari 1. Subtitusi F330A tidak mempengaruhi ruang kantung asil. Konstanta inhibisi karbaril meningkat dari 1. Inhibisi Karbaril pada Mutan F331I Gambar 10.

2:27-36. yaiutu dengan subtitusi residu F330A. 13 . Mutan yang spesifik untuk karbamat yaitu mutan F330A. Oleh sebab itu perlu dilakukan penelitian lebih lanjut untuk mempelajari mekanisme inhibisi organofosfat. Kalko. Orozco..0 karena organofosfat memiliki dua model pengikatan.. Mini Review in Medicinal Chemistry. X. Inhibisi Karbaril pada Mutan F330A Gambar 12.Gambar 11.. S. G. Rational Design of Reversible Acetylcholinesterase Inhibitors. 2002. Mutan F330A memiliki konstanta inhibisi satu setengah kali lebih besar dibanding dengan asetilkolinesterase wild type. J. and Luque. Referensi Barril. Dari hasil penelitian ini perlu dilakukan eksperimen lebih lanjut untuk memperoleh asetilkolinesterase yang lebih spesifik dan sensitif untuk karbamat. M. F. Inhibisi Karbofuran pada Mutan F330A KESIMPULAN DAN SARAN Pengaruh modifikasi asetilkolinesterase terhadap inhibisi organofosfat tidak dapat diprediksi menggunakan AutoDock 3. yaitu pengikatan ligand pada sisi periperal dan sisi aktif serin.

E. E. B. Flourescence Optical Urea Biosensor with an Ammonium Optrode as Transducer. 19: 1639-1662. A Simple Optical Flow Injection Ammonia sensors. Huey. P.Lett. M. Yerkovich... and Sultatos. 31: 395-410. 2000..S. J.. 8: 161166 14 . Sali. S. 2002. O. Halliday. Webb. W.Y. M. Eswar. Madhusudhan. V. B. 2001. Morris. R. Current Enzyme Inhibition. F. and Feyfant. F. Arnaud. S. D.J. 373: 33-40. Hart. Mondacca. Melo. A.. Amitai.Boublik..G. Belew. G. M. Acetylcholinesterase engineering for detection of insecticide residues. Renom. Kuswandi. Kovarik. P. Constustion of an Acethylcholinesterase-Choline oxidase biosensor for aldicarb detection. F. S. A. B and Mascini. Anal. D.. S. and Overington. 29: 914-920. D... S.. 1998.. 58: 118-126. Friboult. A. D. B. S. G.. Acetylcholinesterase Active Center and Gorge Conformation Analised by Combinatorial mutations and Enantiomeric Phosphonates... F. Alber.. R. and Taylor. 3: 1582-1596.... A. Y. H. E...A.. Aguet. Interaction of an organophosphate with peripheral site on acetylcholinesterase. Morris. R. R. and Narayanaswamy.. Kuswandi.. Protein Eng. Wolfbies. Radic. Derivation of rules for comparative protein modeling from a databse of protein structure aligments. 15: 43-50.0.A. 1994. Berman.. Oliva. 2004 Manual : MODELLER (A Program for Protein Structure Modeling). Goodsell.5.... J.. Biosensors and Bioelectronics. and Olson.. M. E.. Biochemistry. Biosensors&Bioelectronics. R. 2003. J. F. Automated Docking Using a Lamarkian Genetic Algorithm and an Empirical Binding Free Energy Function. Bentham Science Publisher Ltd. Villatte. Fiser. and Hasirci. A. Interactions of the Organophosphates Paraoxon and Methyl Paraoxon with Mouse Brain Asetilkolinesterase. L. 2000. B. 1: 11-20... Chem. V.1993. and Fournier.. Toxicological Sciences. H.A. 17: 531-539. G. Bozoglu. Andrej.P. Comp. S. Z. Sanchez. F. Goodsell. 2005.. Shen.. A. Goudou. M. Sali.. and Olson.. 2002. N.. A. R. Belew. W. Rieger.. Z. J.N.. Overington.M. P. Release 7v7.. R. M. Badretdinov. M. P.S and Li. Hart. 1998. J. E. and Taylor. Biochem. Lougarre. User’s Guide : AutoDock Version 3. Protein Science. Enzyme Inhibition Based Biosensor for Environmental Monitoring. Kok. Halliday. K. Huey. Reiner. Kardos. Simeon-rudolf..

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful