Université Mohammed V

Agdal
SVI –
Cours de
Microbiologie Générale
Préparé par
Laboratoire de Microbiologie et Biologie Moléculaire, B.P. 1014, Rabat
Tél. (212) 37 77 54 61, e-
Pr El Bekkay BERRAHO
Automne 2009
Faculté des Sciences
Rabat
– S3
Cours de
Microbiologie Générale
Préparé par
Laboratoire de Microbiologie et Biologie Moléculaire, B.P. 1014, Rabat – Maroc.
-mail: berrahobek@hotmail.com
Pr El Bekkay BERRAHO
Automne 2009
Introduction
I. Historique
Découverte rattachée à l'invention du microscope
Le hollandais Antony Van LEEUWENHOEK (1632 Le hollandais Antony Van LEEUWENHOEK (1632
1. L'époque pasteurienne Louis PASTEUR (1822
Chute de la théorie de la génération spontanée
Infusion de foin
fraîchement préparée
(milieu de culture)
Couder le col du ballon
Sous l’effet de la chaleur
Introduction
Découverte rattachée à l'invention du microscope
Le hollandais Antony Van LEEUWENHOEK (1632-1723) Le hollandais Antony Van LEEUWENHOEK (1632-1723)
Louis PASTEUR (1822-1895)
Chute de la théorie de la génération spontanée
Vapeur
Couder le col du ballon
Sous l’effet de la chaleur
Stérilisation du milieu
Par la chaleur
Poussière
Après un temps très long
(plusieurs années)
Refroidissement de l’infusion
Après un temps très cout
(quelques heures)
Contact entre poussière
et liquide stérile
(quelques heures)
- µ-organismes existent partout
- Stérilisation / chaleur humide
Conclusions:
Extrémité ouverte
Après un temps très long
(plusieurs années)
Liquide reste stérile
Après un temps très cout
(quelques heures) (quelques heures)
Développement des
microorganismes
existent partout
Stérilisation / chaleur humide
Pasteur et les fermentations
1857: f. lactique: sucre
Micro
plus petit qu'une levure
1860: f. alcoolique: sucre
1861: f. butyrique: sucre
1866-1876: Maladies du vin et de la bière
La bactériologie médicale
Louis Pasteur et Robert KOCH (1843 Louis Pasteur et Robert KOCH (1843
Maladie du charbon
Mise au point des techniques d'isolement et d'identification sur
milieu de culture solide
Pasteur et les fermentations (1857-1877)
Acide lactique
Micro-organisme globuleux
plus petit qu'une levure
Ethanol, glycérol
+ CO
2
levures
Acide butirique
Vibrions
(-O
2
)
anaérobiose
Maladies du vin et de la bière pasteurisation
La bactériologie médicale
Louis Pasteur et Robert KOCH (1843-1910) Louis Pasteur et Robert KOCH (1843-1910)
Mise au point des techniques d'isolement et d'identification sur
Bacillus anthracis
2. L’époque actuelle
La vaccination (1880 – 1885)
- 1885: la rage
- 1880: choléra des poules,
- 1881: maladie du charbon,
(Joseph Meister : 1er être humain vacciné contre la rage)
2. L’époque actuelle
Il y a longtemps: microbiologie = étude des microbes
Actuellement: microbiologie = étude de tous les micro
(les algues, les protozoaires, les champignons et les bactéries)
Reproduction rapide
naissance de la génie génétique
outil privilégié
- études génétiques
- études biochimiques
1885)
1880: choléra des poules,
1881: maladie du charbon,
(Joseph Meister : 1er être humain vacciné contre la rage)
Il y a longtemps: microbiologie = étude des microbes
Actuellement: microbiologie = étude de tous les micro-organismes
les protozoaires, les champignons et les bactéries)
populations énormes et homogènes
génétique et des biotechnologies
études génétiques
études biochimiques
II. Place des µ-organismes dans le monde vivant
les animaux
les végétaux
1. Classification contemporaine
les végétaux
les protistes: englobent tous les
• Protistes supérieurs ou eucaryotes
- les algues (sauf les algues bleu
Selon l'organisation cellulaire, les protistes
- les algues (sauf les algues bleu
• Protistes inférieurs ou procaryotes:
- Les algues bleu-vert ou Cyanophycées
- les protozoaires,
- les champignons
- les bactéries
organismes dans le monde vivant
1. Classification contemporaine
les protistes: englobent tous les µ-organismes
Protistes supérieurs ou eucaryotes ( cellules évoluées) :
(sauf les algues bleu-vert),
- les bactéries
- les algues,
- les protozoaires,
- les champignons,
protistes se subdivisent en:
(sauf les algues bleu-vert),
Protistes inférieurs ou procaryotes: (cellules de type rudimentaire)
vert ou Cyanophycées

phylogénétiquement
procaryotiques
les virus: organismes acellulaires
Archébactéries

procaryotiques
eucaryotiques
les virus: organismes acellulaires
Archéobactéries
parasites obligatoires
2. Comparaison entre cellules eucaryote et procaryote 2. Comparaison entre cellules eucaryote et procaryote
Propriétés Procaryotes
Groupes
Bactéries, archéobactéries
Taille Diamètre < 2 µm
Structure nucléaire:
Comparaison entre les cellules Procaryote et Eucaryote
Absente
Absents
- Membrane nucléaire
- Nucléoles
Unique - Chromosome
Association DNA-histones Non
- présence d'autre ADN Plasmidique
- Division cellulaire Amitose
- Recombinaison génétique Partielle
Structure membranaire et cytoplasmique:
- Membrane plasmique Présente
- Mitochondries
- Appareil de Golgi
- Chloroplastes
- Ergastoplasme
Absentes
Absent
Absentes
Absent
- Membrane plasmique Présente
- Ribosomes
70 S
Procaryotes Eucaryotes
Algues, champignons, protozoaires
plantes, animaux
Bactéries, archéobactéries
Diamètre < 2 µm 2 µm < diamètre < 100 µm
Comparaison entre les cellules Procaryote et Eucaryote
Présente
Présents
Plusieurs
Oui
Mitochondriale et chloroplastique
Mitose
Totale
Présente Présente
Présentes
Présentes
Présent
Présent
80 S
Propriétés Procaryotes
- Paroi
Présente
(composée de peptidoglycane) (composée de peptidoglycane)
Système respiratoire:
Membrane cytoplasmique
Photosynthèse:
chromatophores ou chlorosomes
(système membranaire interne)
Mobilité
- pas de mouvement amiboïde
(paroi rigide).
- mouvement flagellaire - mouvement flagellaire
Procaryotes Eucaryotes
Présente
(composée de peptidoglycane)
- Présente
- Absente
chez animaux et protozoaires;
(composée de peptidoglycane)
- Présente
chez plantes, champignons et algues
(polysaccharides)
Membrane cytoplasmique Membrane mitochondriale
chloroplastes
chromatophores ou chlorosomes
(système membranaire interne)
pas de mouvement amiboïde
(paroi rigide).
mouvement flagellaire
- Mouvement amiboïde
(eucaryotes sans paroi).
- Mouvement flagellaire.
mouvement flagellaire
- Mouvement flagellaire.
I. Morphologie bactérienne
1. Les coques (Cocci):
Selon le plan de division:
La cellule bactérienne
Selon le plan de division:
Streptocoques
diplocoques
1
Tetrades
1
2
I. Morphologie bactérienne
La cellule bactérienne
Streptococcus
Sarcina sp
Grappes
1 3
2
Grappes
de
raisin
Staphylococcus aureus
Staphylococcus
2. Les bâtonnets:
- Bâtonnets droits =
Bacilles
Regroupements: Regroupements:
Diplobacilles
Bacillus subtilis
Bacilles isolés
Streptobacilles
Rhodospirillum sodomense
Bacillus subtilis
Lactobacillus delbrueckii
- Bacilles incurvés:
3. Les formes spiralées: 3. Les formes spiralées:
Treponema pallidum Treponema pallidum
Vibrio cholerae
Spirochaeta zuelzerae
II. Paroi bactérienne
Enveloppe caractéristique des procaryotes
Rigide ≅ "exosquelette"
Maintient de la forme
Résistance à la forte P.O.i
Perméable à l'eau et aux Perméable à l'eau et aux
petites molécules
Peptidoglycane
Gram
Enveloppe caractéristique des procaryotes
"exosquelette"
Division cellulaire
Résistance à la forte P.O.i
Support de nombreux Support de nombreux
antigènes
Gram
+
Gram
-
1. Composition chimique
a- Les osamines (sucres aminés)
OLa N-acétylglucosamine
O
CH
2
OH
OH
OH
HO
NH C CH
3
H
H
H
O La galactosamine
NH C CH
3
O
H
Existe chez certaines espèces seulement et en faible quantité
OL'acide N-acétylmuramique
O
CH
2
OH
O
OH
HO
NH C CH
3
H
H
H
galactosamine:
CH COOH H
3
C
NH C CH
3
O
Existe chez certaines espèces seulement et en faible quantité
b- Les acides aminés
COOH
NH
2
C H
CH
3
COOH
C
H
CH
3
L-Alanine
COOH
NH
2
C H
CH
2
CH
2
COOH
C
CH
CH
NH
2
ou
D-Alanine
CH
2
CH
2
CH
2
NH
2
L-Lysine
Acide Diamino
COOH
CH
CH
CH NH
2
( Meso)
ou
COOH
NH
2
C
H
CH
2
CH2
COOH
COOH
NH
2
3
Acide D-Glutamique
COOH
C H
CH
2
CH
2
COOH
C H
CH
2
CH
2
NH
2
Alanine
Acide Diamino-Pimélique (DAP)
COOH
CH
2
CH
2
CH
( Meso)
COOH
CH
2
CH
2
CH NH
2
( L )
c- Les acides teichoïques
Glycine
Acide aspartique
c- Les acides teichoïques
uniquement chez les bactéries Gram+
localisés à l'extérieur de la paroi
peuvent avoir un rôle antigénique.
Staphylococcus aureus
Lactobacillus acidophilus
uniquement chez les bactéries Gram+
localisés à l'extérieur de la paroi
peuvent avoir un rôle antigénique.
O
CH
2
OH
OH
HO
NH
C
CH3
O
H
H
- Polyribitol phosphate
(Staphylococcus aureus)
CH3
N acétyl
Glucosamine
Ribitol
(liaison au peptidoglycane)
O
NH
CH3
O
H
CH
CH
2
HC OH
HC OH
CH
2
O
O
P OH
Ribitol
o=
CH3
P OH
O
CH2
HC OH
HC OH
HC O CO
CH
CH3
2
HN
CH2
O
P O = OH
D-Alanine
Glucosamine
Ribitol
o=
O
CH
2
O
OH
O
O
NH
CO
CH3 H
H
H
N-Acétylglucosamine
(liaison au peptidoglycane)
O
CH
2
OH
OH
O
HO
OH
H
H
H
O
b- Polyglycérol-phosphate
(Bacillus subtilis)
OH
H
O
O
Glycérol
Glucose
O
H
(liaison au peptidoglycane)
CH
CH
2
CH
2
O
O
P OH O
Glycérol
P OH O
O
CH
2
HC O CO
CH CH
3
2
HN
CH
2
O
P O OH
O
CH
2
D-Alanine
CH
2
O
OH
O
NH CO CH
3
H
H
N-Acétylglucosamine
(liaison au peptidoglycane)
d- Les oses simples
Glucose Galactose
Certains sont spécifiques (Rhamnose chez les
Leurs nature et type d’association
e- Les lipides
faibles quantité chez les Gram
-
presque absents chez les Gram
+
f- Les acides mycoliques
présents chez certaines espèces particulières (les mycobactéries) présents chez certaines espèces particulières (les mycobactéries)
acides gras à longues chaînes (C=
CH
3
(CH2)
17
CH CH
CH
(CH2)
10
CH
Mannose, etc…
(Rhamnose chez les Streptococcus du groupe A)
Leurs nature et type d’association spécificité des antigènes
-
(10 à 22%)
+
(1 à 2,5%).
présents chez certaines espèces particulières (les mycobactéries) présents chez certaines espèces particulières (les mycobactéries)
(C=60)
Ex. Acide α-mycolique
CH CH
CH
(CH2)
17,19
C
OH
H
CH C
OH
O
(CH2)
23
CH
3
g- Comparaison de la composition
les bactéries Gram
+
et
Gram
Abondants
24 - 35 %
4 à 10
Présent sans lysine
Présents
1. Osamines
2. Acides aminés
Nombre
DAP
Acides Teichoïques
20 à 60 %
1 à 2,5 %
Oses
Lipides
composition chimique globale de la paroi chez
et les bactéries Gram
-
Gram
+
Gram
-
Abondants Peu
35 %
≈ 50 %
4 à 10 16 à 17
Présent sans lysine Présent avec lysine
Présents Absents
20 à 60 % 20 à 60 %
1 à 2,5 % 10 à 22 %
2. Structure moléculaire
Le peptidoglycane
L’unité structurale du peptidoglycane, u
- Muréine
- Mucocomplexe
- mucopeptide
L’unité structurale du peptidoglycane, u
Glycane
La N-acétylglucosamine
O
CH
2
OH
OH
HO
H
H
O
β(1-4)
NH C CH
3
O
H
Acide D
L’unité structurale du peptidoglycane, un glucosaminopeptide
Muréine
Mucocomplexe
mucopeptide
L’unité structurale du peptidoglycane, un glucosaminopeptide
Glycane
L'acide N-acétylmuramique
O
4)
O
CH
2
OH
O
OH
H
H
H
CH
NH C CH
3
O
H
CH 3
C = O
L-Alanine
Acide D-Glutamique
D-Alanine
Lysine ou DAP
Chaînon peptidique
L'acide N-acétylmuramique joue un
des unités glycanes
Structure en réseau du peptidoglycane
rôle central dans la polymérisation
La N-acétylglucosamine La N-acétylglucosamine G
L'acide N-acétylmuramique M
Chaînon peptidique
Liaison interpeptidique
Structure en réseau du peptidoglycane
Cette structure de polymère en réseau, qui donne à la cellule sa
rigidité, est caractérisée par:
les ß (1,4) entre l'acide N-acétylmuramique et la N
l'ordre invariable des acides aminés qui forment le tétrapeptide
le pontage entre la D-alanine d'un
la liaison ß-glucosidique qui
teichoïque au résidu N-acétylglucosamine
le pontage entre la D-alanine d'un
le DAP d'un tétrapeptide voisin
Cette structure de polymère en réseau, qui donne à la cellule sa
acétylmuramique et la N-cétylglucosamine
l'ordre invariable des acides aminés qui forment le tétrapeptide
d'un tétrapeptide et la L-lysine ou
unie chez les Gram+, l'acide
acétylglucosamine
d'un tétrapeptide et la L-lysine ou
voisin
Le peptidoglycane peut différer selon
secondaires, en particulier par:
les acides aminés du tetrapeptide
la nature des ponts interpeptidiques
Cette dernère différence détermine un réseau plus ou moins serré (compact): Cette dernère différence détermine un réseau plus ou moins serré (compact):
Compact pour les forme bacillaires (liaisons interpeptidiques directes).

L-ala
D-glu
T
D-glu
D A P
D-ala
T
D
D-
DAP
L-
selon les cas par des constituants
les acides aminés du tetrapeptide
la nature des ponts interpeptidiques
Cette dernère différence détermine un réseau plus ou moins serré (compact): Cette dernère différence détermine un réseau plus ou moins serré (compact):
Compact pour les forme bacillaires (liaisons interpeptidiques directes).
Pont
Escherichia . Coli
D-ala
-glu
DAP
-ala
Lâche pour les formes sphériques

Pont
L-ala
D-glu
L-lys
D-ala
D-ala
D-glu
L-lys
L-ala
L-ala
D-glu
L-lys
D-ala
L-lys-
(Gly)
5

Staphylococcus aureus
sphériques (liaisons interpeptidiques longues),
D-ala
D-glu
L-lys
L-ala
L-lys-
D-ala – L-lys – D-glu – L-ala−
L-lys
Micrococcus lysodeikticus
3. Différences structurales entres les parois des bactéries
Gram + et Gram
En microscopie électronique:
Nette différence structurale entres les
parois des bactéries Gram + et Gram
Chez Gram + : paroi épaisse (15 à 80 nm), Chez Gram + : paroi épaisse (15 à 80 nm),
aspect homogène.
Chez Gram - : paroi fine (6 à 15 nm),
aspect stratifié et hétérogène.
3. Différences structurales entres les parois des bactéries
Gram + et Gram -
Nette différence structurale entres les
parois des bactéries Gram + et Gram -
Chez Gram + : paroi épaisse (15 à 80 nm), Chez Gram + : paroi épaisse (15 à 80 nm),
aspect homogène.
: paroi fine (6 à 15 nm),
aspect stratifié et hétérogène.
a. Chez les bactéries Gram+
Les acides teichoïques : deuxième composant
bactéries Gram+ ( 50% du PS de la paroi
Leur localisation exacte au niveau des enveloppes est mal connue.
Acides téchoïques
Représentation des acides téchoïques
Chez les Gram+ selon le modèle de
Van Driel et al. (1971)
Acides lipotéchoïques
composant essentiel de la paroi des
paroi et 10% du PS de la cellule totale).
Leur localisation exacte au niveau des enveloppes est mal connue.
P
a
r
o
i
P
a
r
o
i
M
e
m
;

c
y
t
b. Chez les bactéries Gram -
En plus du peptidoglycane, on insiste sur la présence de 2 autres couches
b.1. L’espace périplasmique ou périplasme
Exoenzymes bactéries Gram+ :
Périplasme retient les protéines élaborées
dans le cytoplasme:
Un rôle dans la dégradation des
(nucléases, phosphatases, pénicillinases
(Colicines) (Exotoxines)
Bactéries Gram- :
Un rôle dans le transport de certaines
l'intérieur de la cellule (protéines
certaines protéines peuvent être
En plus du peptidoglycane, on insiste sur la présence de 2 autres couches
b.1. L’espace périplasmique ou périplasme
(Protéases) (Pénicillinase)
Périplasme retient les protéines élaborées
dans le cytoplasme:
des molécules venant de l'extérieur
pénicillinases...);
certaines substances nutritives vers
(protéines de liaisons ou binding proteins);
être impliquées dans la chimiotaxie
b.2. La membrane externe
b.2.1. des protéines majeures:
70% des protéines de la membrane externe;
groupées pour former des pores
traversent toute la membrane externe et sont fortement liées au
peptidoglycane;
transport des molécules de PM
préférence les molécules neutres
b.2.2. des protéines mineures:
transport spécifique de petites transport spécifique de petites
travers les porines (ex. la vitamine
oligosaccharides comme le maltose)
servent aussi de récepteurs pour
spécifique au transport du maltose
70% des protéines de la membrane externe;
groupées pour former des pores
porines
traversent toute la membrane externe et sont fortement liées au
PM < à 600 da; sans spécificité mais de
neutres et les cations.
petites molécules incapables de passer à petites molécules incapables de passer à
vitamine B12, les nucléosides ou les
maltose);
pour des bactériophages (ex. Lam B est
maltose et à la fixation du phage ⋋ ⋋⋋ ⋋).
b.2.3. Les lipoprotéines
protéines lipidiques libres ou fortement liées au peptidoglycane
Ex. lipoprotéine de Braun
petite molécule polypeptidique
Chez E. coli 7.5 10
5
lipoprotéines/cellule dont les 2/3 sont à l'état
libre et le 1/3 sont liées au peptidoglycane.
petite molécule polypeptidique
extrémité N-terminale des constituants
La partie lipidique est enchâssée
des liaisons hydrophobes avec les
Les lipoprotéines assurent une cohésion solide de l'ensemble de la
structure.
des liaisons hydrophobes avec les
La partie protéinique est associée
liaisons covalentes au niveau du
protéines lipidiques libres ou fortement liées au peptidoglycane
de 58 acides aminés, portant à son
lipoprotéines/cellule dont les 2/3 sont à l'état
libre et le 1/3 sont liées au peptidoglycane.
de 58 acides aminés, portant à son
constituants lipidiques
enchâssée dans la membrane externe par
les phospholipides,
Les lipoprotéines assurent une cohésion solide de l'ensemble de la
les phospholipides,
associée au peptidoglycane par des
DAP du chaînon peptidique.
b.2.4. Les lipopolysaccharides (LPS)
α. lipide A:
LPS = Endotoxines
α. lipide A:
unités disaccharidiques de glucosamine reliées entre elles par des ponts
pyrophosphates;
-
considéré comme le support de la toxicité,
le lipide A est un glycophospholipide c
longues chaînes d'acides gras parmi
constante de l'acide β-hydroxymyristique
spécifique et caractéristique du
-
Les lipopolysaccharides (LPS)
LPS = Endotoxines
unités disaccharidiques de glucosamine reliées entre elles par des ponts
considéré comme le support de la toxicité,
le lipide A est un glycophospholipide c-à-d polymère composé de:
parmi lesquelles on note la présence
hydroxymyristique (un acide gras en C14)
du lipide A.
β. Le polysaccharide du LPS:
Composition en sucres variable selon les espèces. Cependant on y trouve
toujours un sucre particulier en C8, le cétodésoxyoctonate (KDO).
core (partie centrale du LPS),
Ex. chez Salmonella, le core est composé de
Chaîne latérale du LPS
chaque chaîne contient les mêmes séquences répétitives (jusqu’à 40);
chaque séquences est constituée de 3, 4 ou 5 sucres ;
chez les entérobactéries, cette chaîne latérale est appelée antigène O;
chaque séquences est constituée de 3, 4 ou 5 sucres ;
cet antigène O comprend quatre hexoses:
Composition en sucres variable selon les espèces. Cependant on y trouve
toujours un sucre particulier en C8, le cétodésoxyoctonate (KDO).
- cinq hexoses,
, le core est composé de
- cinq hexoses,
- deux heptoses
- trois KDO.
chaque chaîne contient les mêmes séquences répétitives (jusqu’à 40);
chaque séquences est constituée de 3, 4 ou 5 sucres ;
chez les entérobactéries, cette chaîne latérale est appelée antigène O;
chaque séquences est constituée de 3, 4 ou 5 sucres ;
cet antigène O comprend quatre hexoses:
- Galactose
- Glucose
- Rhamnose
- mannose.
Différences structurales entres les parois
des bactéries Gram
Peptidoglycane
Prot. Majeures
(Porines)
Acides téchoïques
P
a
r
o
i
M
e
m
b
r
a
n
e
Peptidoglycane
(Porines)
Lipoprotéine de
Braun
M
e
m
b
r
a
n
e
Phospholipides
Protéine
intégrale
Protéine
périphériques
Gram +
Différences structurales entres les parois
des bactéries Gram
+
et Gram
-
LPS
Antigène O
Sucre
Heptose
Cétodesoxy
Octanate (KDO)
LPS
Core
N-Acétyl
Glucosamine
Acides gras
Espace
Lipide A


• Phosphate
Espace
périplasmique
Gram -
c. Autre types de paroi
Chez les entérobactéries, les trois feuillets pariétaux sont
intimement soudés l'un à l'autre.
-
Par contre chez les bactéries spiralées
-
Par contre chez les bactéries spiralées
-
-
Chez les Archéobactéries, l'élément
pseudopeptidoglycane.
♣ N-acétyl D-glucosamine ou N
♣ N-acétyl D-Talosaminuronique
♣ Les tetrapeptides associées
Chez les mycobactéries -
♣ Les tetrapeptides associées
l'acide glutamique et la lysine
Mycobacterium
les acides mycoliques
Chez les entérobactéries, les trois feuillets pariétaux sont
spiralées
Spirochètes
spiralées
l'élément structural de la paroi est un
glucosamine ou N-acétyl D-galactosamine
Talosaminuronique
associées comprennent l'alanine (L et D),
Spirochètes
β-1,3
associées comprennent l'alanine (L et D),
lysine.
Mycobacterium tuberculosis
les acides mycoliques
4. Fonctions de la paroi
a. Maintient de la forme et résistance à la POi
Bacillus subtilis
Gram +
+
*
+
Lysozyme
( détruit les
Milieu
hypotonique
Gonflement et éclatement Gonflement et éclatement
de la cellule
NB. le protoplaste a perdu ses propriétés
ne fixe plus les bactériophages et ne
a. Maintient de la forme et résistance à la POi
subtilis
Gram +
Lyzosyme
Lysozyme
( détruit les β(1-4))
Milieu isotonique
(1 ‰ de saccharose)
Cellule sphérique sans
Paroi = Protoplaste
propriétés antigéniques,
ne se divise plus
Régénération
Escherichia
Gram -
+
Lyzosyme
( détruit les β(1
Milieu
*
( détruit les β(1
Milieu
hypotonique
Gonflement et éclatement
de la cellule
NB. le sphéroplaste conserve toutes
coli
Lyzosyme
(1-4))
Milieu isotonique
(1-4))
Milieu isotonique
(1 ‰ de saccharose)
Cellule sphérique avec fragments Cellule sphérique avec fragments
de paroi = Sphéroplaste
toutes les propriétés de la cellule initiale.
-différence entre protoplaste et sphéroplaste est logique: lysozyme agit au
niveau des ß (1,4) du peptidoglycane.
-rôle de la paroi: forme de la cellule et résistance à la POi -rôle de la paroi: forme de la cellule et résistance à la POi
-Le peptidoglycane ne joue aucun rôle
division cellulaire et la fixation des
b. Propriétés antigéniques
*Chez les bactéries Gram
+
:
les acides teichoïques ou leurs sous
principaux antigènes
Chez les streptocoques, deux catégories d'antigènes ont été isolés:
différence entre protoplaste et sphéroplaste est logique: lysozyme agit au
niveau des ß (1,4) du peptidoglycane.
rôle de la paroi: forme de la cellule et résistance à la POi rôle de la paroi: forme de la cellule et résistance à la POi
rôle dans les propriétés antigéniques, la
des bactériophages
les acides teichoïques ou leurs sous-unités osidiques constituent les
, deux catégories d'antigènes ont été isolés:
bDes antigènes de nature polyosidiques: appelés antigènes C
Classification antigénique de LANCE
groupes sérologiques: A, B, C, D,
Chaque groupe est caractérisé par
plusieurs polyosides différents. plusieurs polyosides différents.
Exemples:
- le groupe sérologique A
antigène C
- le groupe sérologique G
antigène C
Des antigènes de nature polyosidiques: appelés antigènes C
LANCE-FIELD qui a définit plusieurs
D, E, ... O
par un antigène C composé de un ou de
Le rhamnose
streptocoques pathogènes pour l'homme
La N-acétyl glucosamine
Le rhamnose
La N-acétyl galactosamine
bDes antigènes de nature protéiques: appelés antigènes M, T, R
La protéine M importante sur le plan
Elle permet de différencier à l'intérieur du groupe A, 56 types
sérologiques.
Donc
Un groupe sérologique = ensemble de Un groupe sérologique = ensemble de
Un type sérologique = ensemble de bactéries
et une protéine
Des antigènes de nature protéiques: appelés antigènes M, T, R
plan sérologique et physiopathologique.
Elle permet de différencier à l'intérieur du groupe A, 56 types
de bactéries ayant le même antigène C de bactéries ayant le même antigène C
bactéries ayant le même antigène C
protéine M identique
*Chez les bactéries Gram
-
:
La plus part des Enterobacteriaceae
Deux principaux antigènes:
un antigène somatique
un antigène flagellaire
La spécificité antigénique dépend de
leur mode de liaison.
En se basant sur la diversité des
WHITE ont pu classer les Salmonella
sérotypes.
un antigène flagellaire
WHITE ont pu classer les Salmonella
sérotypes.
Enterobacteriaceae, les Salmonella en particulier,
un antigène somatique O
un antigène flagellaire H
de la nature des sucres ainsi que de
des facteurs O et H, KAUFFMAN et
Salmonella en groupes sérologiques puis en
un antigène flagellaire H
Salmonella en groupes sérologiques puis en
Le groupe sérologique D regroupe
espèces de Salmonella ayant en commun
Exemple:
c. Fixation des bactériophages
Propriété liée à la paroi où sont localisés les récepteurs spécifiques.
Ce groupe sérologiques se subdivise
( selon la diversité de l’antigène
Propriété liée à la paroi où sont localisés les récepteurs spécifiques.
Chez les bactéries Gram-, les récepteurs sont en majorité des
protéines mineurs de la membrane externe.
Chez les bactéries Gram+, récepteurs localisés au niveau des acides
teichoïques.
regroupe toutes les souches de différentes
commun l'antigène O9.
Propriété liée à la paroi où sont localisés les récepteurs spécifiques.
subdivise à son tour en sérotypes
( selon la diversité de l’antigène H)
Propriété liée à la paroi où sont localisés les récepteurs spécifiques.
, les récepteurs sont en majorité des
protéines mineurs de la membrane externe.
Chez les bactéries Gram+, récepteurs localisés au niveau des acides
Fixation des phages est une propriété
lysotypes.
B 1
Φ1 Φ2 Φ3 Φ4 Φ5 Φ6
+ + - + + -
Un lysotype est groupe de bactéries
phages
B 1
B 2
B 3
B 4
B 5
+ + - + + -
- - + + + +
+ + - + + -
- - + + - +
+ + + + + +
d. Coloration de Gram
Gram, médecin danois (1884) une coloration
propriété utilisée pour identifier des
Φ7
Φ8
+ -
lysotype I =
lysotype II =
[B1, B3]
[B2]
bactéries capables de fixer le ou les mêmes
+ -
+ +
+ -
+ +
+ +
lysotype II =
lysotype III =
lysotype IV =
[B2]
[B4]
[B5]
coloration différentielle
Frottis
A
Coloration avec violet de Gentiane
( 60 secondes)
Rinçage suivi d’un traitement
avec le Luguol ( 30 s)
Traitement avec un mélange
d’alcool/acétone ( 30 s)
Coloration avec la fushine ou
safranine ( 60 s)
Gram +
Frottis
B
Coloration avec violet de Gentiane
( 60 secondes)
Rinçage suivi d’un traitement
avec le Luguol ( 30 s)
Traitement avec un mélange
d’alcool/acétone ( 30 s)
Coloration avec la fushine ou
safranine ( 60 s)
Gram -
III. Membrane cytoplasmique
1. Composition chimique et structure moléculaire
intégrales
Protéines
Phospholipides
30 à 40 % du PS Protéines 30 à 40 % du PS
a. Les phospholipides:
rareté des phosphatidyl-cholines
phosphatidyl-éthanolamine (PE)
phosphatidyl-glycérol (PG)
III. Membrane cytoplasmique
1. Composition chimique et structure moléculaire
périphériques
Protéines: 60 à 70 % du PS Protéines: 60 à 70 % du PS
cholines
- Brucella
- Agrobactérium tumefaciens
G -
G +
b. Les protéines:
Protéines extrinsèques (périphériques)
Protéines intrinsèques (intégrales)
c. Les glucides:
faiblement représentés (2 à 12
- Enzymes de la chaîne respiratoire c
- Coenzymes: cytochromes, les cytochromes oxydases ect…
faiblement représentés (2 à 12
on y trouve particulièrement: glucose
c. Les enzymes:
2. Fonctions de la membrane 2. Fonctions de la membrane
- Membrane cytoplasmique = support des enzymes de la respiratoire
- Elle est aussi le siège de la phosphorylation oxydative
(périphériques)
(intégrales)
12%),
Enzymes de la chaîne respiratoire c-à-d les déshydrogénases
Coenzymes: cytochromes, les cytochromes oxydases ect…
12%),
glucose et glucosamine.
Membrane cytoplasmique = support des enzymes de la respiratoire
Elle est aussi le siège de la phosphorylation oxydative ATP
Protéines
H
+ Lactose
H
+
Transport
+ + + + + + + + + +
Cytoplasme
Na
+
Substrat
- -
H
+
ADP + Pi
ATP
Membrane
Phosphorylation ATP-synthétase
F
0
F
1
H
+
Lactose
Respiration
+ + + + + + + + + +
Respiration
Substrat
NADH
2e
-
2e
-
2e
-
2e
-
2e
-
H
+
H
+
H
+
[H
+
int]
[H
+
ext]
- - - - - - - - - - -
ATP
2H
+
H
+
3H
2
O 3OH
-
2e
-
H
+
H
2
O 2H
+
+ 1/2 O
2
Phosphorylation
2.1. Respiration
circulation d'électrons le long d'une chaîne de transporteurs
source d'électrons: substance organique ou inorganique
récepteur terminal:
O
2
aérobiose
corps organique (fumarate)
Corps inorganique (nitrate)
corps organique (fumarate)

transporteurs d'électrons sont très diversifiés:
ubiquinones flavoprotéines
Métalloprotéines (Cu ou Mo)
conséquence de cette respiration : conséquence de cette respiration :
création de part et d'autre de la membrane d’une ddp
création de part et d'autre de la membrane d’une
gradient électrochimique de protons
=
force protomotrice
circulation d'électrons le long d'une chaîne de transporteurs
source d'électrons: substance organique ou inorganique
aérobiose
corps organique (fumarate)
anaérobiose
Corps inorganique (nitrate)
corps organique (fumarate)
transporteurs d'électrons sont très diversifiés:
flavoprotéines ferroprotéines
Métalloprotéines (Cu ou Mo)
cytochromes
hydrogénases
conséquence de cette respiration : conséquence de cette respiration :
création de part et d'autre de la membrane d’une ddp
création de part et d'autre de la membrane d’une ≠ de pH
gradient électrochimique de protons
force protomotrice
force protomotrice
=
Energie électrique transmembranaire
∆µ ∆µ ∆µ ∆µH
+
= F∆ψ ∆ψ ∆ψ ∆ψ - 2,3 RT
2. 2. Phosphorylation oxydative
Chez E. coli :
- Le ∆Ψ est à l’origine d’un champs
mV (l'extérieur étant le côté positif)
- Le ∆pH est d’environ 2 unités
2. 2. Phosphorylation oxydative
Au niveau de la membrane, l'ATP est
ATP-synthétase) utilisant la force
respiratoire.
Cette ATP-synthétase est constituée
force protomotrice
Energie électrique transmembranaire
2,3 RT ∆ ∆∆ ∆pH
champs électrostatique d’environ 70
positif).
(l'extérieur étant plus acide).
est synthétisée par une H
+
-ATPase (ou
force protomotrice crée par la chaîne
constituée de deux parties distinctes:
Ces ATP-synthétases sont aussi appelées
la partie F0: une protéine intégrale
membrane en créant un canal à protons
la partie F1: une protéine périphérique
côté du cytoplasme,

Conséquence de la respiration et de la phosphorylation oxydative
Ces ATP-synthétases sont aussi appelées
semblables chez les mitochondries,
Oune énergie chimique : ATP
Oune énergie électrique transmembranaire: ∆ µH
2. 3. Transport
appelées F1, F0-ATP-ase et sont toutes
intégrale (intrinsèque) qui traverse la
protons.
périphérique (extrinsèque) localisée du
Conséquence de la respiration et de la phosphorylation oxydative
appelées F1, F0-ATP-ase et sont toutes
mitochondries, les chloroplastes et les bactéries..
une énergie chimique : ATP
une énergie électrique transmembranaire: ∆ µH
+
Substances
liposolubles
Glycérol
B.P
Maltose
Glutamine
Glucose
Substances
liposolubles
Glycérol
Transport actif primaire
Maltose
Glutamine
Transport sensible
Au choc osmotique.
Transporteur mobile
(Binding protein)
Glucose
6-
Système PTS:
Protéines membranaires
Protéines cytoplasmiques
D~P
D+Pi
Simple
Facilité
Transport passif Transport passif
- -- - Pas d’accumulation de substrat
- -- - Pas besoin d’énergie
ATP
Transport actif primaire
ou chimio-osmotique
II
Glucose
Proline
Lactose
H
+
Mélibiose
Na
+
Transport actif primaire
III
Glucose-
-P
PEP
Pyruvate
Système PTS:
Protéines membranaires
Protéines cytoplasmiques
Transport actif secondaire
Proline
Lactose
H
+
Mélibiose
Na
+
Symport
Mélib/ Na+
Symport
Lact/ H+
Transport actif Transport actif
- -- - Accumulation de substrat
- -- - Besoin d’énergie
∆µH
+
Transport actif primaire
osmotique
Transport actif secondaire
ou osmo-osmotique
a. Transport passif
Suit le gradient de concentration avec
entre les concentrations intra et extracellulaires
Ne nécessite aucune énergie et n'entraîne

Transport simple:
b. Transport actif
Concerne les substances liposolubles
substances traversent la membrane

Transport simple:

Transport facilité:
Concerne les molécules de taille
travers une protéine membranaire(
b. Transport actif
Se fait contre le gradient de concentration
vers le plus concentré.
Nécessite une énergie et entraîne
avec la tendance d'établir un équilibre
extracellulaires d'un substrat donné.
n'entraîne aucune accumulation.
liposolubles et de petites tailles. Ces
membrane sans l'aide d'aucune protéine.
taille relativement importante et se fait à
membranaire( facilitateur).
concentration c-à-d du moins concentré
entraîne une forte accumulation du substrat

Transport actif primaire ou chimio osmotique
sensible au choc osmotique
fait intervenir l'ATP comme source d'énergie
et plusieurs protéines de transport différentes: et plusieurs protéines de transport différentes:
au moins une, traverse la membrane pour former un canal
les autres font partie soit
(porines et protéines mineures)
périplasmique (protéines de
encore des protéines solubles
chimio osmotique
fait intervenir l'ATP comme source d'énergie
plusieurs protéines de transport différentes: plusieurs protéines de transport différentes:
au moins une, traverse la membrane pour former un canal
soit de la membrane externe
mineures) soit de l'espace
liaison ou binding protein) ou
solubles du cytoplasme.
Ex.1. transport du maltose chez
Maltose
protéines
Mal F & G
Signal de
chimiotaxie
Hydrolyse et
métabolisme
Protéine Mal K
Ex.1. transport du maltose chez E. coli
Lam B
extérieur
membrane
externe
éspace
périplasmique
membrane
Mal E: Binding protein
Mal Tar
membrane
cytoplasqmique
cytoplasme
Signal de
chimiotaxie
Ex.2. transport des sucres par le système
PTS (= Systèmes Phosphotransférases)
- Un type de transport actif primaire (
- Concerne en particulier les sucres
mannitol, N-acétylglucosamine et
- La caractéristique de ce transport
qui a lieu au niveau de la membrane
- La source d'énergie chimique = phospho
Chez E. coli, le système PTS est composé
♣ Les protéines cytoplasmiques, communes
I et prot. Hpr, toutes les deux sont
♣ Les protéines membranaires :

Ex.2. transport des sucres par le système
PTS (= Systèmes Phosphotransférases)
Un type de transport actif primaire (≈ transport par translocation)
sucres (glucose, mannose, fructose,
et quelques ß-glucosides)
transport c’est la phosphorylation du substrat
membrane cytoplasmique
phospho-énol-pyruvate (PEP)
composé de deux types de protéines:
communes à tous les systèmes PTS, prot.
sont solubles dans le cytoplasme.
la prot. II
la prot. III
Protéines cytoplasmiques
Protéines membranaires
Transport des sucres par le système PTS
(= Systèmes Phosphotransférases)
Prot.II
(glucose)
Prot.III
Hpr
Prot.III-P
Mannitol
(glucose)
Hpr
Glucose
Protéines cytoplasmiques
Transport des sucres par le système PTS
(= Systèmes Phosphotransférases)
hpr
Prot.I
Hpr -P
Mannitol-1- phosphate
Métabolisme
PEP
Prot.I-P
Pyruvate
Hpr -P
Glucose–6-phosphate
Métabolisme
Glycolyse

Transport actif secondaire ou osmo osmotique
fait intervenir le (∆µH
+
) comme source d'énergie,
plus souvent une seule protéine de transport,
caractérisé par le fait que la pénétration du substrat est couplée
à celle d'un proton, à celle d'un proton,
Ex. Transport du lactose
Chez E. coli
extérieur
intérieur
les deux éléments sont véhiculés par une protéine intrinsèque (perméase lac y),
la synthèse de cette perméase est induite
milieu extracellulaire ( voir plus loin S6).
osmo osmotique
) comme source d'énergie,
plus souvent une seule protéine de transport,
caractérisé par le fait que la pénétration du substrat est couplée
Lactose
H
+
extérieur
intérieur
les deux éléments sont véhiculés par une protéine intrinsèque (perméase lac y),
induite par la présence du lactose dans le
Lactose
H
+

Méthodes d'étude du transport chez les bactéries
Bactérie
+
Substance X
14
C
t0 Filtration
+
Substance X
14
C
[C1]
t0 Filtration
t1 Filtration
t2 Filtration
.
.
.
.
.
.
.
.
tx
Filtration
. .
Méthodes d'étude du transport chez les bactéries
Filtration
Quantité de la radioactivité
dans la bactérie
Q0
Filtration
Filtration
Q1
Filtration
dans la bactérie
Q0
Q2
.
.
.
.
Filtration
Qx
.
Quantité de la radioactivité
dans la bactérie
Q max 1
[C1]
Q max 2
Temps
Q max 4
Q max 3
[C3]
Temps
Q max 3
[C3]
Q max 2 [C2]
Temps
Q max 4 [C4]
Temps
Q x
.
[
S
]

i
n
t
r
a
c
e
l
l
u
l
a
i
r
e
Transport actif
Q 1
Q 2
.
.
.
[
S
]

i
n
t
r
a
c
e
l
l
u
l
a
i
r
e
OU
[S] extracellulaire
Co C1 C2 . . .
Q 0
Transport actif
Transport passif
[S] extracellulaire
. . Cx
Comment distinguer entre les différents types de transport actif ?
inhibiteurs métaboliques : Ce sont
spécifique permettant d'éliminer une
déterminée. déterminée.
Les inhibiteurs de la chaîne respiratoire
cytochrome oxydase.


Les inhibiteurs de l'ATPase membranaire
(Dicyclohexylcarbodiimide) qui réagissent (Dicyclohexylcarbodiimide) qui réagissent
la composante F0 de l'ATPase.

Les inhibiteurs de l'ATP cellulaire
l'ATP intracellulaire.
Comment distinguer entre les différents types de transport actif ?
des substances chimiques à action
une source d'énergie cellulaire bien
respiratoire: cyanure qui inhibe la
membranaire : azoture (1mM) et le DCCD
réagissent de manière covalente avec réagissent de manière covalente avec
cellulaire: arséniate: analogue du Pi qui épuise

Les inhibiteurs du gradient électrochimique
composantes.
ionophores
substances chimiques qui s'intercalent dans la double couche
lipidique de la membrane, créant des pores à travers lesquels
vont passer des ions. vont passer des ions.
le 2,4-DNP (2,4-Dinitrophénol)
découple la phosphorylation
totalité.
la valinomycine et la monoactine
qui permettent à ce cation qui permettent à ce cation
entraîne un équilibre des
faces de la membrane, ce
la nigéricine: ionophore qui réduit le ∆pH en échangeant le K+
contre H+.
électrochimique (∆µH+) ou de l'une de ses
ionophores
substances chimiques qui s'intercalent dans la double couche
lipidique de la membrane, créant des pores à travers lesquels
vont passer des ions. vont passer des ions.
Dinitrophénol): ionophore à protons qui
phosphorylation oxydative et inhibe le ∆µH+ en
monoactine: ionophores à potassium (K+)
cation d’entrer dans la cellule, ce qui cation d’entrer dans la cellule, ce qui
des charges positives sur les deux
ce qui affecte spécifiquement le ∆ψ.
la nigéricine: ionophore qui réduit le ∆pH en échangeant le K+
IV. Cytoplasme
une solution de sels minéraux et de composés solubles de nature
lipoprotéique , de nucléoprotéines et de lipides
hydrogel colloïdal composé de:
lipoprotéique , de nucléoprotéines et de lipides
les ribosomes et les acides ribonucléiques qui leur sont associés
7 < pH < 7.2
Les principaux constituants du cytoplasme sont:
matériel héréditaire,
les substances de réserve
certains organites spécialisés
une solution de sels minéraux et de composés solubles de nature
lipoprotéique , de nucléoprotéines et de lipides lipoprotéique , de nucléoprotéines et de lipides
les ribosomes et les acides ribonucléiques qui leur sont associés
Les principaux constituants du cytoplasme sont:
certains organites spécialisés
1. Ribosomes
Granulations sphériques qui occupent tout le cytoplasme,
Coefficient de sédimentation est de 70 S, PM = 3.10
Constitués exclusivement d'ARN (63%) et de protéines (37%) Constitués exclusivement d'ARN (63%) et de protéines (37%)
Ces particules peuvent se dissocier
La grande sous unité 50 S de PM= 2.10
23 S et 5 S et de protéines L (Large = grande);
la petite sous-unité 30 S de PM= 10 la petite sous-unité 30 S de PM= 10
16 S et de protéine S (Small = petit).
Les deux sous unités sont reliées
liaisons ARN - protéine et protéine
Structure en chapelets qu'on appelle
Granulations sphériques qui occupent tout le cytoplasme,
Coefficient de sédimentation est de 70 S, PM = 3.10
6
daltons
Constitués exclusivement d'ARN (63%) et de protéines (37%) Constitués exclusivement d'ARN (63%) et de protéines (37%)
dissocier en deux sous-unités:
a grande sous unité 50 S de PM= 2.10
6
daltons, constituée d'ARN
23 S et 5 S et de protéines L (Large = grande);
unité 30 S de PM= 10
6
daltons, constituée d'ARN unité 30 S de PM= 10
6
daltons, constituée d'ARN
16 S et de protéine S (Small = petit).
reliées entre elles par l'intermédiaire de
protéine - protéine.
appelle polysomes.
2. Granulations et substances de réserve
Amidon et glycogène
Acide poly ß-hydroxybutirique
Granulations métachromatiques
- soufre chez les thiobactéries
- oxyde de fer (Fe
- fer chez les sidérobactéries
3. Chromatophores et pigments
inclusions de
Chez les bactéries photosynthétiques,
Dont l'ultrastructure est différente de celle des chloroplastes des
végétaux supérieurs.
Leurs pigments photosynthétiques = des bactériochlorophylles.
Granulations et substances de réserve
Corynebacterium diphterieae
hydroxybutirique
Granulations métachromatiques
soufre chez les thiobactéries
oxyde de fer (Fe
3
O
4
): bactéries << magnétiques >>.
fer chez les sidérobactéries
Chromatophores et pigments
Chez les bactéries photosynthétiques, chromatophores
Dont l'ultrastructure est différente de celle des chloroplastes des
végétaux supérieurs.
Leurs pigments photosynthétiques = des bactériochlorophylles.
Halobacterium halobium
vitamine K2 chez Bacillus subtilis
caroténoïde, protecteur anti-UV, chez les corynébactéries
bactériorhodopsine
Certains pigments confèrent aux colonies bactériennes une teinte
caractéristique:
Zeaxanthène, pigment jaune chez
pyocyanine, pigment ayant une activité antibiotique, chez
Chromatobacterium violaceum ;
pyocyanine bleue et pyoverdine bleu
aeruginosa.
Zeaxanthène, pigment jaune chez
Xantophylle, pigment rouge chez Sarcina
subtilis;
UV, chez les corynébactéries;
bactériorhodopsine
Certains pigments confèrent aux colonies bactériennes une teinte
caractéristique:
Zeaxanthène, pigment jaune chez Staphylococcus aureus;
pyocyanine, pigment ayant une activité antibiotique, chez
pyocyanine bleue et pyoverdine bleu-vert fluorescent chez Pseudomonas
Zeaxanthène, pigment jaune chez Staphylococcus aureus;
Sarcina;
V. Matériel héréditaire
1. Chromosome bactérien
filament unique, continu et circulaire, formé d'une double chaîne d'ADN
PM 3.10 da, avec environ 5.10 paires de bases
dans la cellule, la molécules d’ADN
et finement entrelacées, donnant une
nucléoïde.
toute l’information génétique est
forme d’un code bien déterminé / la
PM ≈ 3.10
9
da, avec environ 5.10
6
paires de bases
forme d’un code bien déterminé / la
Par le processus de la transcription,
fidèlement sous forme d'un ARN
processus de la traduction, en
formeront les protéines de structure
filament unique, continu et circulaire, formé d'une double chaîne d'ADN
paires de bases
d’ADN est formée de boucles resserrées
une structure compacte mais fragile =
stockée au niveau de l'ADN sous
succession des nucléotides,
paires de bases
succession des nucléotides,
transcription, le message est copié
messager puis exprimé, par le
séquences polypeptidiques qui
structure et les enzymes.
l'information génétique au
spontanément (faible fréquence) ou
Agents chimiques : acide nitreux
2. Plasmides
éléments génétiques extra-chromosomiques
petite taille (1/100ème environ da la taille du chromosome) petite taille (1/100ème environ da la taille du chromosome)
structure torsadée (super enroulée)
leur nombre varie de 1 à 100/ cellule
0.5 10
6
< PM < 400 10
6
,
niveau de l'ADN peut changer
ou artificiellement par mutagenèse
nitreux ou physique : UV
chromosomiques capables d'autoreproduction
petite taille (1/100ème environ da la taille du chromosome) petite taille (1/100ème environ da la taille du chromosome)
structure torsadée (super enroulée)
leur nombre varie de 1 à 100/ cellule
Rôles des plasmides:
Résistance aux antibiotiques (streptomycine, tétracycline,
chloramphénicol).
Résistance aux métaux lourds comme le Hg, cd, pb
Intervention dans la production des substances à rôle pathogène.
Intervention dans la production de bactériocines.
Résistance aux métaux lourds comme le Hg, cd, pb
Intervention dans la dégradation
Intervention dans la production de bactériocines.
Résistance aux antibiotiques (streptomycine, tétracycline,
Résistance aux métaux lourds comme le Hg, cd, pb
Intervention dans la production des substances à rôle pathogène.
Intervention dans la production de bactériocines.
Résistance aux métaux lourds comme le Hg, cd, pb
dégradation de certains composés aromatiques
Intervention dans la production de bactériocines.
VI. Eléments inconstants
1. Capsule
Couche organique visqueuse élaborée par certaines bactéries
dans certaines conditions de culture,
Généralement, elle entoure une cellule bactérienne. Généralement, elle entoure une cellule bactérienne.
a. Composition chimique
souvent polyholosidique, quelquefois polypeptidique,
chez le pneumocoque (Gram
-
), la capsule est polyholosidique
formée de longues chaînes d'acides aldobioniques,
Couche organique visqueuse élaborée par certaines bactéries
certaines conditions de culture,
Généralement, elle entoure une cellule bactérienne. Généralement, elle entoure une cellule bactérienne.
souvent polyholosidique, quelquefois polypeptidique,
), la capsule est polyholosidique
formée de longues chaînes d'acides aldobioniques,
Acide uronique
O
COOH
OH
H
OH
H
HO
H
O
β(1-4)
selon les espèces et les souches bactériennes, la nature chimique
de la capsule peut varier au niveau:
- acide glucuronique
des acides uroniques:
- acide galacturonique
Acide uronique
Acide aldobionique
- acide glucuronique
-acide cellobiuronique, …
des acides uroniques:
des oses: - galactose
- glucose
-rhamnose, …
O
4)
Ose
O
CH
2
OH
O
OH
OH
H
H
H
selon les espèces et les souches bactériennes, la nature chimique
de la capsule peut varier au niveau:
acide glucuronique
acide galacturonique
Ose
Acide aldobionique
acide glucuronique
acide cellobiuronique, …
galactose
glucose
rhamnose, …
La capsule est également de nature polyholosidique chez de
nombreuses bactéries Gram
-
:
Klebsiella pneumoniae E. Coli
Chez les Gram
+
, les constituants capsulaires sont de nature polypeptides,
constitués d'un seul acide aminé: l'acide D
Bacillus megaterium
Bacillus anthracis
constitués d'un seul acide aminé: l'acide D
b. fonctions
Support de propriétés physiopathologiques et immunologiques, Support de propriétés physiopathologiques et immunologiques,
véritables facteurs de virulence,
protège la bactérie contre la phagocytose,
La capsule est également de nature polyholosidique chez de
Klebsiella pneumoniae Hemophilus influenzae
, les constituants capsulaires sont de nature polypeptides,
l'acide D-glutamique.
Bacillus megaterium
Bacillus subtilis
l'acide D-glutamique.
Support de propriétés physiopathologiques et immunologiques, Support de propriétés physiopathologiques et immunologiques,
véritables facteurs de virulence,
protège la bactérie contre la phagocytose,
support d’antigénicité:
La nature des polyholosides constitutifs
leur enchaînement, déterminent la spécificité
70 types sérologiques sont actuellement
pneumocoques. pneumocoques.
dans environnement, la capsule protège la bactérie contre:
la dessiccation.
le pouvoir agressif des agents chimiques et physiques.
empêche la fixation des bactériophages sur la bactérie. empêche la fixation des bactériophages sur la bactérie.
2. Flagelles ou cils
2 types de mouvement:
constitutifs de la capsule et de
spécificité sérologique.
actuellement reconnus chez les
dans environnement, la capsule protège la bactérie contre:
le pouvoir agressif des agents chimiques et physiques.
empêche la fixation des bactériophages sur la bactérie. empêche la fixation des bactériophages sur la bactérie.
Chez les spirochètes, mouvement
Chez les myxobactéries: déplacement par glissement,
Chez les eubactéries et les
par des organes locomoteurs
Chez les spirochètes, mouvement
Spirochaeta zuelzerae
mouvement assuré par un filament axial.
Chez les myxobactéries: déplacement par glissement,
spirochètes, mouvement assuré
spécialisés,
mouvement assuré par un filament axial.
Spirochaeta zuelzerae
Invisibles en microscopie optique
évidence par des colorations spécifiques.
Chez les eubactéries, la mobilité est assurée par des flagelles.
Proteus mirabilis
Invisibles en microscopie optique, mais peuvent être mis en
évidence par des colorations spécifiques.
Chez les eubactéries, la mobilité est assurée par des flagelles.
En microscopie électronique, ils apparaissent
simples, filamenteux, sinueux, généralement
elle même, de l'ordre de 6 à 20 µm.
Methanococcus jannaschii
apparaissent sous forme d'organites
généralement plus long que la bactérie
Alcaligenes eutrophus
on distingue deux principaux types d'insertion:
Insertion polaire:

Le nombre et le mode d'insertion
constituent un critère de classification
Monotriche
Amphitriche
Lophotriche Lophotriche
Insertion péritriche :

on distingue deux principaux types d'insertion:
d'insertion des flagelles sur la bactérie,
classification.
Flagelle constitué d’une protéine,
flagelline qui fait partie de la famille
La croissance du flagelle est
base, mais par un prolongement base, mais par un prolongement
En effet les molécules de
cytoplasme, traversent la partie
s’additionnent à l’extrémité terminale
Ce processus de synthèse
lorsqu’une fraction de l’extrémité
La destruction de la paroi par
formation de protoplaste ou sphéroplaste
lorsqu’une fraction de l’extrémité
régénérée.
protéine, de PM de 30 à 40 Kda, la
famille des Kératomyosines.
assurée non pas à partir de la
prolongement de l’extrémité. prolongement de l’extrémité.
de flagelline formées dans le
partie centrale creuse du flagelle et
terminale.
est appelé auto-assemblage et
l’extrémité est brisée, elle est
par des lysozymes aboutit à la
sphéroplaste cilié.
l’extrémité est brisée, elle est
Lyzosyme
(détruit les
Bacille cilié
Origine du cil est au niveau du cytoplasme et non pas la paroi.
Microscopie électronique montre
paroi et prend racine dans le cytoplasme
basal de structure complexe, lié
Bacille cilié
Ce corps basal comprend deux
est lié à la membrane cytoplasmique,
chez les bactéries Gram
-
, est lié
* ** *
basal de structure complexe, lié
Lyzosyme
(détruit les β(1-4))
Protoplaste ou sphéroplaste
Origine du cil est au niveau du cytoplasme et non pas la paroi.
montre que le flagelle traverse la
cytoplasme au niveau d’un granule
lié à l’enveloppe bactérienne.
Protoplaste ou sphéroplaste
cilié
anneaux protéiques, le plus interne
cytoplasmique, le plus externe visible surtout
lié aux LPS et au peptidoglycane.
lié à l’enveloppe bactérienne.
*
Le déplacement est assuré par rotation du flagelle à la manière
d'une hélice.
L'énergie nécessaire au mouvement
électrochimique de protons.
*
*
Autres fonctions du flagelle
*
Autres fonctions du flagelle

Chimiotactisme
sucres et acides aminés les attirent
phénols, acides et bases les repoussent
La réponse cellulaire vis-à-vis de
gradient d'informations transmis de gradient d'informations transmis de
la cellule par l'intermédiaire de récepteurs
Les récepteurs par lesquels la bactérie
substance dans son environnement
pariétales et/ou périplasmiques.
Le déplacement est assuré par rotation du flagelle à la manière
mouvement provient du gradient
sucres et acides aminés les attirent
chimiotaxie positive
phénols, acides et bases les repoussent chimiotaxie négative
ces substances serait due à un
de l'extérieur vers l'intérieur de de l'extérieur vers l'intérieur de
récepteurs chimiques.
bactérie perçoit la présence d'une
environnement sont des protéines spécifiques

Propriétés antigéniques
La spécificité des antigènes flagellaires repose sur le nombre et la
séquence des acides aminés de la flagelline.
Ces différences ont été exploitées
immunologique des types bactériens
Salmonella par Kauffman & Withe) Salmonella par Kauffman & Withe)
3. Pili et fimbriae
fréquents chez les Gram
-
, rares chez les Gram

appendices filiformes différentes des flagelles,

les Pili communs (de type I)

les Pili communs (de type I)

grand nombre autour de la bactérie (100

courts, rigides et cassants,

rôle dans l'adhérence des bactéries Gram

La spécificité des antigènes flagellaires repose sur le nombre et la
séquence des acides aminés de la flagelline.
exploitées pour la caractérisation
bactériens (Ex. classification des
Withe). Withe).
, rares chez les Gram
+
.
appendices filiformes différentes des flagelles,
grand nombre autour de la bactérie (100
aine
),
rôle dans l'adhérence des bactéries Gram
-
sur les cellules eucaryotes.
les Pili sexuels

Sont plus longs, se terminent par un renflement.

Leur nombre varie de 1 à 4 /cellule.

jouent un rôle important dans le transfert du matériel héréditaire

jouent un rôle important dans le transfert du matériel héréditaire
entre deux bactéries par le phénomène de conjugaison

à l'extrémité renflée de ces pili, peuvent se fixer certains phages
et injecter leur matériel génétique par le canal du pili.
En fin, l’analyse chimique de ces pili a montré qu’ils sont constitués
d'une protéine appelée piline d'un PM ≈ 17000 daltons, associant des
Ces dernières se dissocient par chauffage ou par traitement acide,
et peuvent reformer à froid et à pH neutre la structure protéique
originale.
d'une protéine appelée piline d'un PM ≈ 17000 daltons, associant des
sous unités.
Sont plus longs, se terminent par un renflement.
Leur nombre varie de 1 à 4 /cellule.
jouent un rôle important dans le transfert du matériel héréditaire jouent un rôle important dans le transfert du matériel héréditaire
entre deux bactéries par le phénomène de conjugaison.
à l'extrémité renflée de ces pili, peuvent se fixer certains phages
et injecter leur matériel génétique par le canal du pili.
En fin, l’analyse chimique de ces pili a montré qu’ils sont constitués
d'une protéine appelée piline d'un PM ≈ 17000 daltons, associant des
Ces dernières se dissocient par chauffage ou par traitement acide,
et peuvent reformer à froid et à pH neutre la structure protéique
d'une protéine appelée piline d'un PM ≈ 17000 daltons, associant des
La nutrition La nutrition
bactérienne
La nutrition La nutrition
bactérienne
Pour vivre et se multiplier
Eléments nutritifs de base =
milieu minimum :
Eau
Source d'énergie
Source de carbone
Source d'azote
Eléments minéraux Eléments minéraux
Cependant, l'apport de nutriments supplémentaires est nécessaire
groupes nutritionnels = types trophiques
Eléments nutritifs de base = Besoins élémentaires
Eau
Source d'énergie
Source de carbone
Source d'azote
Eléments minéraux Eléments minéraux
Cependant, l'apport de nutriments supplémentaires est nécessaire
types trophiques
*La source de carbone
Selon la nature de cet élément
jusqu'à 50 % de la cellule,
O Besoins élémentaires
- Les autotrophes:
Bactéries capables de se développer en
(milieu minimum – source de carbone),
le CO2 étant l'unique source de carbone.
- Les hétérotrophes:
NB. Parmi les hétérotrophes, certaines
strictes. Ex. Pseudomonas methanica
le méthanol.
- Les hétérotrophes:
Bactéries exigeant des composés organiques
La source de carbone
élément essentiel pouvant constituer
Bactéries capables de se développer en milieu purement minéral
le CO2 étant l'unique source de carbone.
certaines espèces ont des exigences
methanica n'utilise que le méthane ou
composés organiques.
*La source d'énergie
- Les phototrophes ou photosynthétiques
Energie à partir des rayons lumineux Energie à partir des rayons lumineux
synthèse d'ATP à partir de l'ADP
- organes photosynthétiques =
- pigments = bactériochlorophylles,
- donneur d'électrons: minéral
Chez les végétaux, le donneur est H
Source d'Energie = oxydation de
- Les chimiotrophes ou chimiosynthétiques
photosynthétiques
lumineux : espèces photosynthétiques lumineux : espèces photosynthétiques
l'ADP et du Pi :
= chromatophores
bactériochlorophylles,
minéral ou organique (sans libération d ’O
2
).
Chez les végétaux, le donneur est H
2
O (avec libération d’O
2
).
de composés organiques ou minéraux.
chimiosynthétiques
* La source d’électrons
- Chez les phototrophes
Les photolithotrophes: Donneur
Bactéries sulfureuses vertes
et les bactéries pourpres (Thiorodaceae et les bactéries pourpres (Thiorodaceae
Les photoorganotrophes: Donneur
Bactéries pourpres non sulfureuses
- Chez les chimiotrophes
Les chimiolithotrophes:
Donneur
Les chimiolithotrophes:
Donneur
Bactéries vivant généralement
Exp. Nitrosomonas : oxydant
Nitrobacter : oxydant
Les chimioorganotrophes:
Donneur
La majorité des bactéries entrent
d’électrons
Donneur d'électrons minéral (milieu minéral)
vertes (Chlorobacteriaceae)
Thiorodaceae). Thiorodaceae).
Donneur d'électrons organique.
sulfureuses (Athiorodaceae).
Donneur d'électrons minéral Donneur d'électrons minéral
généralement dans le sol ou l'eau.
oxydant l'ammoniaque
oxydant les nitrites
Donneur d'électrons organique
entrent dans cette catégorie
* La source d'azote
Nécessaire à la synthèse des protéines (10% du poids sec).
L'azote peut être d'origine:
- minérale : - minérale :
* NH
4
+
et NO
3
-
utilisés par
* NO
2
-
utilisé par les bactéries
* N
2
utilisé par les bactéries
(Azotobacter) ou symbiotiques
- Organique : - Organique :
Protéines, acides aminés (R-
A partir de ces composés,
libérés après désamination
transamination.
Nécessaire à la synthèse des protéines (10% du poids sec).
la plupart des bactéries
bactéries du genre Nitrobacter
bactéries fixatrices d'azote libres
symbiotiques (Rhizobium)
-NH
2
).
composés, il y a incorporation des NH
4
+
ou utilisation du radical NH
2
par
* Le soufre et le phosphore
Le souffre se retrouve dans les
des groupements thiols (-SH)
cystéine).
Il est incorporé sous forme de sulfates ou sous forme organique.
Le phosphore, incorporé sous la forme
fait partie des acides nucléiques,
l'ATP.
*Autres éléments minéraux
Il est incorporé sous forme de sulfates ou sous forme organique.
Macro-éléments:
Co, Cu, Mo, Mn et autres: Cofacteurs ou activateurs d'enzymes.
Macro-éléments:
Na, K, Mg, Cl: rôle dans l’équilibre physicochimique
Micro-éléments:
Fe: pour les Cytochromes Mg: pour la Chlorophylle
Le soufre et le phosphore
protéines, précisément au niveau
SH) des AA souffrés (cystine et
Il est incorporé sous forme de sulfates ou sous forme organique.
forme de phosphate inorganique,
nucléiques, de certains coenzymes et de
Autres éléments minéraux
Il est incorporé sous forme de sulfates ou sous forme organique.
Co, Cu, Mo, Mn et autres: Cofacteurs ou activateurs d'enzymes.
Na, K, Mg, Cl: rôle dans l’équilibre physicochimique
Mg: pour la Chlorophylle
O Facteurs de croissance
Substances organiques, indispensables à la croissance, non synthétisées
Nature des facteurs de croissance :
Microorganismes dits auxotrophes
- Acide aminé: synthèse des protéines,
Propriétés des facteurs de croissance :
- Action à très faible concentration
- Base azotée puriques ou pyrimidiques: acides nucléiques,
- Vitamine: rôle de coenzyme ou de précurseurs de coenzyme.
25 mg/l dans le cas des acides aminés.
1 à 24 µg/ l pour les vitamines,
-Spécificité stricte:
10 mg/l pour les bases azotées,
25 mg/l dans le cas des acides aminés.
un simple changement de position d’un groupement ôte son rôle au facteur
de croissance.
Facteurs de croissance
Substances organiques, indispensables à la croissance, non synthétisées
Nature des facteurs de croissance :
par opposition aux prototrophes.
Acide aminé: synthèse des protéines,
Propriétés des facteurs de croissance :
Action à très faible concentration:
Base azotée puriques ou pyrimidiques: acides nucléiques,
Vitamine: rôle de coenzyme ou de précurseurs de coenzyme.
25 mg/l dans le cas des acides aminés.
1 à 24 µg/ l pour les vitamines,
10 mg/l pour les bases azotées,
25 mg/l dans le cas des acides aminés.
un simple changement de position d’un groupement ôte son rôle au facteur
La croissance La croissance
bactérienne
La croissance La croissance
bactérienne
O Définition de la Croissance
Généralement c’est l’accroissement
organisme.
Chez les organismes pluricellulaires, il y a augmentation de taille.
Chez les bactéries augmentation du nombre de cellules.
Cet accroissement est donc synonyme d'une Cet accroissement est donc synonyme d'une
Chez Escherichia coli , toutes les
naissance à 2 bactéries identiques
Définition de la Croissance
l’accroissement de tous les composants d'un
Chez les organismes pluricellulaires, il y a augmentation de taille.
augmentation du nombre de cellules.
Cet accroissement est donc synonyme d'une multiplication bactérienne. Cet accroissement est donc synonyme d'une multiplication bactérienne.
les 20 min environ, 1 bactérie donne
identiques
t0
Détermination du Nombre
ou de la masse bactérienne
O Méthodes de mesure de la croissance
1- Principe
Bactérie
t0
ou de la masse bactérienne
t1
t2
.
.
.
.
tn
.
Milieu de
culture
N.B. Durant la croissance la T°C et l’aération
Détermination du Nombre
ou de la masse bactérienne
N
0
Méthodes de mesure de la croissance
ou de la masse bactérienne
N
1
N
0
.
.
.
.
.
.
.
.
N
2
. .
N
n
l’aération doivent être respectées
2-1. Mesure du nombre de cellules
- Cellule de Thomas
Nombre de cellules totales
- Dispositif électronique (Compteur Coulter)
Nombre de cellules viables
2-2. Mesure de la masse
- Sur milieu liquide
- Sur milieu solide
Mesure du poids sec: (P. frais d'1 bact.= 1,5 10
Dosage de l'azote total (14% du poids sec).
La turbidimétrie: consiste à mesurer le trouble bactérien.
1. Mesure du nombre de cellules
Nombre de cellules totales
Dispositif électronique (Compteur Coulter)
viables
(P. frais d'1 bact.= 1,5 10
-12
g)
Dosage de l'azote total (14% du poids sec).
: consiste à mesurer le trouble bactérien.
La turbidimétrie
Une suspension cellulaire, traversée par un rayon lumineux, disperse la
lumière (absorbe) et la quantité transmise est réduite par rapport à la
quantité émise.
Ceci est mesuré à l'aide d'un spectrophotomètre.
La turbidimétrie
Une suspension cellulaire, traversée par un rayon lumineux, disperse la
lumière (absorbe) et la quantité transmise est réduite par rapport à la
Ceci est mesuré à l'aide d'un spectrophotomètre.
Cuve à
spectrophotomètre
I
0
I ……
……
……
.
.
.
.
.
. .
.
.
.
……
……
……
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
..
.
.
Source de
lumière
……
……
.
.
.
.
.
.
.
.
.
……
……
.
.
.
.
.
.
Lumière réfléchie
(absorbée)
∑ =
l = distance traversée par le rayon (1 cm) l = distance traversée par le rayon (1 cm)
∑ et l sont constantes, donc
La longueur d'onde utilisée pour la suspension bactérienne est
comprise entre 550 et 660 nm (
I < I
0
I < I
0
Toute suspension bactérienne
obéit à la Loi de Beer Lambert :
D.O = log I
0
/ I = ∑ l C = K C
∑ = constante d’absorbance
= distance traversée par le rayon (1 cm) = distance traversée par le rayon (1 cm)
∑ et l sont constantes, donc DO proportionnelle à C
La longueur d'onde utilisée pour la suspension bactérienne est
nm (spectre d'absorbance).
O Constantes et expression de la croissance
La croissance d'une bactérie est définie par 2 constantes:
Le temps de génération
C'est le temps qui sépare 2 C'est le temps qui sépare 2
nécessaire au doublement de
G = t/n
t = temps de croissance (connu) et n = nombre de divisions
Le taux de croissance Le taux de croissance
C'est le nombre de divisions par unité de temps.
µ= n/t donc
µ est exprimé en nombre de divisions/unité de temps
Constantes et expression de la croissance
La croissance d'une bactérie est définie par 2 constantes:
2 divisions successives (= temps 2 divisions successives (= temps
de la population).
G = t/n
(connu) et n = nombre de divisions
Ex. chez E. coli : G = 20 min
C'est le nombre de divisions par unité de temps.
donc µ= 1/G
est exprimé en nombre de divisions/unité de temps
Ex. chez E. coli : µ = 3 div /h
O Expression mathématique de la croissance
Temps nombre de Bactéries
t
0
N
0
= 1N
t
1
N
1
= 2N
.
.
.
.
.
.
N
1
= 2N
t
2
N
2
= 2
t
3
N
3
= 2
t
4
N
4
= 2
t
n
N
n
= 2
(n = nombre divisions et N
N = 2
n
N
0
(avec µ = n/t et
N
n
= 2
Expression mathématique de la croissance
nombre de Bactéries
= 1N
0
2
0
N
0
= 2N
0
2
1
N
0
= 2N
0
2
N
0
= 2 x 2 x N
0
2
2
N
0
= 2 x 2 x 2 x N
0
2
3
N
0
= 2 x 2 x 2 x 2 x N
0
2
4
N
0
2
n
N
0
= 2 x 2 x 2 x 2 x ….. N
0
(n = nombre divisions et N
0
= nombre de bactéries à t
0
)
et n = µt) donc N = 2
µt
N
0
2
N
0
= 2 x 2 x 2 x 2 x ….. N
0
n fois
O Représentation graphique de la Courbe de
croissance
La croissance bactérienne est représentée par un graphe :
N = f(t) ou DO = f(t) ou autres N = f(t) ou DO = f(t) ou autres
Représentation arithmétique
A t
0
correspond N
0
(ordre 10
5
A t
1
correspond N
1
= 2N
0
(2 10
A t
2
correspond N
2
= 4N
0
(4 10
Nombre élevés posent un problème pour une échelle arithmétique
A t
2
correspond N
2
= 4N
0
(4 10
Courbe:
Représentation graphique de la Courbe de
croissance
La croissance bactérienne est représentée par un graphe :
(t) ou autres (t) ou autres
arithmétique:
N = f (t)
à 10
6
)
5
à 2 10
6
) avec t
1
- t
0
= G
(4 10
5
à 4 10
6
) avec t
2
- t
1
= G
Nombre élevés posent un problème pour une échelle arithmétique
(4 10 à 4 10 ) avec t
2
- t
1
= G
Expression logarithmique
N = 2
n
N
0
(avec µ = n/t et
(n = µt)
log N = log 2
n
N
(n = µt)
log N = log 2
n
N
0
log N = log 2
µt
+ log N
0
Équation d’une droite
y = a x + b
P = a = µ log 2 Pente de la droite:
log N - log N
t log 2
µ =
logarithmique
et n = µt) donc N = 2
µt
N
0
log N = log 2
µt
N log N = log 2
µt
N
0
log N = µ t log 2 + log N
0
Constante
Équation d’une droite
P = a = µ log 2 µ = P / log 2
log N
0
t log 2
Représentation logarithmique
Courbe: log N = f (temps)
log N
log N
Echelle
logarithmique
log N
1
log N
x
.
.
to t1 t2
.
log N
0
OTracer la courbe sur un papier semi
logarithmique
Courbe: log N = f (temps)
Echelle
temps
. . .
tx
Echelle
arithmétique
Tracer la courbe sur un papier semi-logarithmique
Log N
·
·
·
·
·
·
· ·
Log 10
9
0 5 10 15 20 25 30 35 40 50 60
·
·
·
Log 10
8
Temps
en heure
(H)
Nombre bactéries/
ml
(H)
0 1,1 10
8
5 1,8 10
8
10 3,1 10
8
15 5,4 10
8
20 9,2 10
8
25 1,2 10
9
30 1,4 10
9
30 1,4 10
9
35 1,55 10
9
40 1,6 10
9
50 1,65 10
9
60 1,65 10
9
temps
O Détermination théorique des paramètres
log N
2
= 2 x log N
1
log N
log N
0
log N
1
log N
2
= 2 x log N
1
t 1
t 2
Eviter de prendre en considération le N
Pour calculer µ:
log N2 -
(t2 - t1)
µ =
t 1
t 2
Détermination théorique des paramètres
Pour G, prendre N2 = 2 N1
G = t2 - t1 on a alors G = t2 - t1
temps
Eviter de prendre en considération le N0.
log N1
1) log 2
temps
Ou
µ= 1/G
%La croissance n'est pas toujours exponentielle.
Justification:
E. coli, à 37°C, G est de 20 min
µ = 1/G = 1/20 = 0,05 div / min = 3 div / heure
Après 48 heures de croissance exponentielle et si on part
au t0 d'une seule bactérie (N
0
Log N = µt log 2 + log No
Le nombre de bactéries est: N = 2,2 10
(poids de la terre = 5 10
21
tonnes)
Le nombre de bactéries est: N = 2,2 10
Le poids 1 bactérie = 1,5 10
-12
la masse bactérienne = 3,3 10
La croissance n'est pas toujours exponentielle.
C, G est de 20 min
µ = 1/G = 1/20 = 0,05 div / min = 3 div / heure
Après 48 heures de croissance exponentielle et si on part
0
= 1):
Log N = 3 x 48 x 0,301 = 43,344
Le nombre de bactéries est: N = 2,2 10
43
bactéries.
tonnes)
Le nombre de bactéries est: N = 2,2 10 bactéries.
12
g
la masse bactérienne = 3,3 10
31
g soit 3,3 10
25
tonnes
O Les phases de croissance
log N
Phase exponentielle
Phase de latence
Les phases de croissance
Phase stationnaire
phase de déclin phase de déclin
Phase de déccélération
Phase d'accélération
temps
La phase de latence
Pas de croissance, N0 = Constant et
Causes:
- L'âge des bactéries
Causes:
- L'âge des bactéries
- La composition du milieu de culture
La phase d'accélération
Début de croissance, le nombre bactérien augmente Début de croissance, le nombre bactérien augmente
Causes:
début d'adaptation des bactéries au milieu
= Constant et donc :
L'âge des bactéries
µ = 0
L'âge des bactéries
La composition du milieu de culture
La phase d'accélération
Début de croissance, le nombre bactérien augmente µ > >> > 0 00 0
Début de croissance, le nombre bactérien augmente
début d'adaptation des bactéries au milieu
µ > >> > 0 00 0
La phase exponentielle
C'est la phase physiologique idéale pour la croissance
Le temps de génération G est minimal
Le taux de croissance
Sur papier semi logarithmique:
(relation proportionnelle entre le log N et le temps).
Log N = µt log 2 + log No
µ
La phase exponentielle dure
Log N = µt log 2 + log No
(équation d’une droite:
C'est la phase physiologique idéale pour la croissance
G est minimal
Sur papier semi logarithmique: phase exponentielle = droite
(relation proportionnelle entre le log N et le temps).
Log N = µt log 2 + log No
> 0, maximal et constant
dure généralement quelques heures.
Log N = µt log 2 + log No
(équation d’une droite: Y = ax + b)
La phase de ralentissement
Taux de croissance
L'augmentation de N dans le temps est
durant la phase exponentielle,
µ
durant la phase exponentielle,
Le milieu devient moins favorable à la croissance.
La phase stationnaire
Il n’y a plus de croissance
Nombre de cellules viables est constant
Equilibre entre cellules qui Equilibre entre cellules qui
ou même nombre de cellules
Causes:
- l'épuisement du milieu de culture,
- l'accumulation de métabolites toxiques,
- l'évolution défavorable des conditions physico
La phase de ralentissement
L'augmentation de N dans le temps est plus faible que
durant la phase exponentielle,
µ diminue
durant la phase exponentielle,
Le milieu devient moins favorable à la croissance.
l n’y a plus de croissance:
Nombre de cellules viables est constant:
qui meurent et celles qui apparaissent
µ = 0
qui meurent et celles qui apparaissent
cellules viables sans division ni disparition.
l'épuisement du milieu de culture,
l'accumulation de métabolites toxiques,
l'évolution défavorable des conditions physico-chimiques
La phase de déclin
Le taux de croissance est
Les bactéries ne se divisent plus Les bactéries ne se divisent plus
et certaines sont lysées
Cette phase est visible ou pas selon la méthode d’étude:
nb bactéries viables (toujours) /turbidimétrie (si lyse)
est négatif (µ < 0).
bactéries ne se divisent plus, beaucoup meurent bactéries ne se divisent plus, beaucoup meurent
Cette phase est visible ou pas selon la méthode d’étude:
nb bactéries viables (toujours) /turbidimétrie (si lyse)
Variation de µ pendant les
µ = f(t)
µ
( µ > 0)
( µ = max et Constant)
( µ = 0)
les phases de croissance
µ = f(t)
( µ > 0) mais en diminution
( µ = 0)
( µ < 0)
t
9.1. Cas de la diauxie
O Cas particuliers de croissance
Croissance dans 1 milieu synthétique en présence de 2 substrats carbonées.
Exemple: croissance d’E. coli en présence de glucose et de lactose
log N
Courbe de croissance diphasique (diauxie)
Glucose
9.1. Cas de la diauxie
Cas particuliers de croissance
Croissance dans 1 milieu synthétique en présence de 2 substrats carbonées.
en présence de glucose et de lactose
lactose
Synthèse d’enzymes
temps
Courbe de croissance diphasique (diauxie)
Synthèse d’enzymes
(Opéron lactose)
On peut amener les bactéries à se diviser au même moment, ce qui
donnerait une croissance synchrone.
9.2. Croissance synchrone
Par choc thermique chez Salmonella
incubées alternativement à une température incubées alternativement à une température
puis à 37°C pendant 8 min
log N
25°C
°
C
La courbe montre une série de paliers successifs
correspondant chacun à
28’ 8’ 8’ 28’ 28’
3
7
°
C
25°C
25°C
3
7
°
On peut amener les bactéries à se diviser au même moment, ce qui
donnerait une croissance synchrone.
9.2. Croissance synchrone
Salmonella typhimurium : les bactéries sont
température de 25°C pendant 28 min, température de 25°C pendant 28 min,
C
25°C
3
7
°
C
3
7
°
C
La courbe montre une série de paliers successifs
correspondant chacun à un doublement.
temps
8’ 8’ 28’ 28’
9.3. Croissance continue
Dans les conditions habituelles de croissance, la phase exponentielle
ne peut durer que quelques heures.
Expérimentalement, on peut maintenir
exponentielle pendant plusieurs heures
Pour cela, il faut renouveler constamment
en éliminant les produits résultant
C'est le principe des fermenteurs
9.3. Croissance continue
Dans les conditions habituelles de croissance, la phase exponentielle
ne peut durer que quelques heures.
maintenir une culture en croissance
heures voir plusieurs jours.
constamment le milieu de culture tout
résultant du métabolisme cellulaire.
fermenteurs industriels.
Fermenteur de laboratoire
Fermenteurs industriels
µ: taux de croissance maximal et N : population constante
N est choisi en phase exponentielle
renouvellement du milieu
log N
NB. régulation du taux de dilution qui doit être égal au taux de croissance
µ: taux de croissance maximal et N : population constante
exponentielle et µ est maintenu constant par
Milieu non renouvelé
Turbidostat
ou
Milieu renouvelé
régulation du taux de dilution qui doit être égal au taux de croissance
temps
Milieu renouvelé
10. Facteurs influençant la croissance bactérienne
- Composition du milieu de culture
- Facteurs physico-chimiques: pH, température, oxygène
- Agents antimicrobiens: les antibiotiques - Agents antimicrobiens: les antibiotiques
10.1. Composition du milieu de culture
Le taux de croissance d'une bactérie Le taux de croissance d'une bactérie
Ex. Bacillus subtilis: µ = 0,3 div/h
µ = 3 div/h
Facteurs influençant la croissance bactérienne
Composition du milieu de culture
chimiques: pH, température, oxygène
Agents antimicrobiens: les antibiotiques Agents antimicrobiens: les antibiotiques
10.1. Composition du milieu de culture
bactérie dépend du milieu de culture: bactérie dépend du milieu de culture:
div/h sur milieu synthétique
div/h sur bouillon nutritif.
µ
chez E. coli, µ augmente proportionnellement à la quantité de glucose
jusqu'à une valeur à partir de laquelle il est inutile d’augmenter la
concentration du glucose (C optimale).
Cas de l’effet de la concentration
µ max
0 C
1
C
2
C
3
C
4
NB: Un substrat fourni en concentration
bactériostatique (arrêt de croissance) ou
augmente proportionnellement à la quantité de glucose
jusqu'à une valeur à partir de laquelle il est inutile d’augmenter la
concentration du glucose (C optimale).
concentration du substrat carboné
[Glucose]
C
5
concentration trop élevée peut avoir un effet
ou bactéricide (mort des bactéries).
Substrat/rendement
En phase stationnaire, la biomasse
proportionnelle à la concentration
Cette biomasse détermine le rendement:
R = X -
C
avec: X0= P.S. des bact. à t
X = P.S. des bact. phase stat. X = P.S. des bact. phase stat.
C = Quantité substrat consommé
A la concentration optimale, le taux de croissance est optimal mais
le rendement peut continuer à augmenter
Substrat/rendement
biomasse cellulaire est directement
concentration de la source de carbone.
Cette biomasse détermine le rendement:
- X
0
x 100
C
= P.S. des bact. à t0 (en g)
X = P.S. des bact. phase stat. X = P.S. des bact. phase stat.
C = Quantité substrat consommé
A la concentration optimale, le taux de croissance est optimal mais
le rendement peut continuer à augmenter
*Effet du pH sur la croissance
La majorité des bactéries prolifèrent
légèrement alcalins. (tampons /exp
10.2. Facteurs physico-chimiques:
légèrement alcalins. (tampons /exp
Il existe des bactéries présentant
Certaines exigent des pH bas: on
cas de Thiobacillus thiooxydans qui
Inversement, les bactéries qui exigent
basophiles exp: Vibrio a un pH optimal
Inversement, les bactéries qui exigent
basophiles exp: Vibrio a un pH optimal
Les bactéries ne se développant
dites neutrophiles.
Effet du pH sur la croissance
prolifèrent en milieux neutres ou
/exp: K2HPO4 et KH2PO4).
chimiques:
/exp: K2HPO4 et KH2PO4).
présentant des tolérances particulières au pH:
on parle de bactéries acidophiles
qui a un pH optimal de l'ordre de 2
exigent un pH élevé sont dites des
optimal de 9
exigent un pH élevé sont dites des
optimal de 9
qu'au voisinage de la neutralité sont
Les limites de température entre lesquelles les organismes vivants
peuvent croître sont:
- 5°C : point de congélation de l'eau dans les cellules vivantes
*Effet de la température sur la croissance
- 5°C : point de congélation de l'eau dans les cellules vivantes
+ 80°C : thermolabilité des protéines et des acides nucléiques
Selon la température optimale de développement,
Types T° min
Psychrophiles -15°C Psychrophiles -15°C
Mésophiles 5 à 10°C
Thermophiles 40°C
A 37°C: G de E. coli est de 20 mn,
Les limites de température entre lesquelles les organismes vivants
C : point de congélation de l'eau dans les cellules vivantes
Effet de la température sur la croissance
C : point de congélation de l'eau dans les cellules vivantes
C : thermolabilité des protéines et des acides nucléiques
développement, on distingue:
T° opt T° max
+ 10°C + 20°C + 10°C + 20°C
30 à 37°C 40 à 43°C
42 à 55°C 60 à 80°C
mn, A 42°C: G devient 50 mn
*Effet de la pression osmotique sur la croissance
La bactérie accumule dans le cytoplasme une concentration élevée
en substrats
PO int > PO ext
Si forte augmentation de l'osmolarité du milieu extracellulaire
risque d’efflux d'eau
inhibition de processus vitaux: biosynthèse de macromolécules,
réplication de l'ADN etc… : arrêt de croissance,
pour éviter cela, la bactérie doit ajuster sa pression osmotique
interne à une valeur supérieure à celle du milieu externe,
C’est l’osmorégulation: accumulation de K+, d’acides aminés, sucres etc…
Effet de la pression osmotique sur la croissance
La bactérie accumule dans le cytoplasme une concentration élevée
en substrats
PO ext
forte augmentation de l'osmolarité du milieu extracellulaire
risque d’efflux d'eau
plasmolyse
inhibition de processus vitaux: biosynthèse de macromolécules,
réplication de l'ADN etc… : arrêt de croissance,
la bactérie doit ajuster sa pression osmotique
interne à une valeur supérieure à celle du milieu externe,
accumulation de K+, d’acides aminés, sucres etc…
Groupe Exemple
Selon ce pouvoir d’osmorégulation, on distingue 4 groupes de bactéries
Groupe Exemple
Non Halophiles E. coli
Halophiles Pseudomonas
Halophiles modérés Pediococcus
Halophiles extrêmes Halobacterium Halophiles extrêmes Halobacterium
Exemple [NaCl] tolérée
Selon ce pouvoir d’osmorégulation, on distingue 4 groupes de bactéries
Exemple [NaCl] tolérée
0 à 4 %
Pseudomonas marina 0,2 à 5 %
Pediococcus halophilus 2,3 à 20,5 %
Halobacterium 5 à 36 % Halobacterium 5 à 36 %
10.3. Agents antimicrobiens:
Au sens strict:
Agents chimiothérapeutiques:
Au sens strict:
Agent antimicrobien, produit par
d’autres microorganismes.
Au sens large:
Toute Toute molécule molécule de de faible faible PM PM d’origine d’origine Toute Toute molécule molécule de de faible faible PM PM d’origine d’origine
synthétique synthétique ou ou hémisynthétique hémisynthétique (les (les
létal létal (bactéricide) (bactéricide) ou ou statique statique ( ( bactériostatique) bactériostatique)
La toxicité est sélective
10.3. Agents antimicrobiens:
Agents chimiothérapeutiques:
des microorganisme, tue ou inhibe
d’origine d’origine naturelle naturelle (les (les antibiotiques),, d’origine d’origine naturelle naturelle (les (les antibiotiques),,
(les (les sulfamides) sulfamides) pouvant pouvant avoir avoir un un effet effet
bactériostatique) bactériostatique). .
1
0
9
Modalité d’action:
c
f
u
/
m
l
Temps (h) 24 h
1
0
5
Témoin
Bactériostatique
inhibe la croissance
1 mg / l
Temps (h) 24 h
2 mg / l
1
0
5
Témoin
Bactéricide
tue les bactéries
c
f
u
/
m
l
Témoin
Temps
1
0
2
2 mg / l
Concentration - dépendant
Temps (h) 24 h
1 mg / l
Temps - dépendant
2 mg / l
dépendant
Mode d’action
- Action sur la synthèse de la paroi
- Action sur la membrane cytoplasmique
- Action sur la synthèse des protéiques
- Action sur les acides nucléiques
Action sur la synthèse de la paroi
Action sur la membrane cytoplasmique
Action sur la synthèse des protéiques
Action sur les acides nucléiques
Action sur la synthèse de la paroi:
Ex. la Pénicilline = analogue structural
empêche son incorporation dans
Il y a multiplication mais éclatement
l’absence de la paroi.
Action pendant la phase active
l’absence de la paroi.
Action sur la membrane cytoplasmique:
Ex. la polymixine = Antibiotique
altèrent altèrent la la membrane membrane plasmique plasmique
Ex. la polymixine = Antibiotique
altèrent altèrent la la membrane membrane plasmique plasmique
seront seront àà l’origine l’origine de de perturbation perturbation
Action pendant et en dehors de la croissance.
Action sur la synthèse de la paroi:
structural du dipeptide D-alanine, il
dans le chaînon peptidique.
éclatement cellulaire par suite de
active de croissance: Effet bactéricide
Action sur la membrane cytoplasmique:
Antibiotique de nature polypeptidique qui qui
plasmique plasmique en en yy formant formant des des pores pores qui qui
Antibiotique de nature polypeptidique qui qui
plasmique plasmique en en yy formant formant des des pores pores qui qui
perturbation perturbation des des échanges échanges membranaires membranaires. .
Action pendant et en dehors de la croissance. Effet bactéricide
Action sur la synthèse des protéines:
Les antibiotiques agissent sur les
lecture du code ou la fausser.
Ex. 1: L’erythromycine se fixe au
Elle empêche la fixation du complexe
Action pendant la phase active de croissance
inhibition de la synthèse protéique
Ex. 2: La streptomycine se fixe au
Il y a des erreurs de lecture du Il y a des erreurs de lecture du
d’acides aminés ne correspondant
Il y a synthèse de protéines non sens
Action pendant la phase active de
Action sur la synthèse des protéines:
les ribosomes pour empêcher la
au niveau de l’unité 50 S du ribosome
complexe acides aminés-ARNt,
croissance. Effet bactériostatique
protéique.
au niveau de l’unité 30 S du ribosome
du code génétique et l’incorporation du code génétique et l’incorporation
pas à l’information des ARNm,
sens (léthales).
croissance. Effet bactéricide
Action sur les acides nucléiques
Action sur l’ADN:
Ex. la mitomycine forme des ponts entre les hélices de l’ADN Ex. la mitomycine forme des ponts entre les hélices de l’ADN
Elle empêche la réplication par la polymérase et bloque la croissance
Action pendant la phase active de croissance.
Action sur l’ARN:
Ex. l’actinomycine bloque l’ARN polymérase Ex. l’actinomycine bloque l’ARN polymérase
Action sur les acides nucléiques
Ex. la mitomycine forme des ponts entre les hélices de l’ADN Ex. la mitomycine forme des ponts entre les hélices de l’ADN
Elle empêche la réplication par la polymérase et bloque la croissance
Action pendant la phase active de croissance. Effet bactériostatique
Ex. l’actinomycine bloque l’ARN polymérase Ex. l’actinomycine bloque l’ARN polymérase
Taxonomie bactérienne Taxonomie bactérienne
Principe
- tout individu appartient à une espèce
- les espèces proches sont groupées - les espèces proches sont groupées
- les genres rapprochés sont réunis
- les familles présentant des similitudes
- les ordres apparentés sont rangés
- les classes semblables sont réunies
espèce,
groupées en un genre, groupées en un genre,
réunis en une famille,
similitudes forment un ordre,
rangés en une classe,
réunies en une division ou phylum.
Taxonomie = Systématique: science
êtres vivants ainsi que les relations
Elle consiste à:
Caractériser les bactéries, Caractériser les bactéries,
Les classer sur la base de leur similitude,
(genres, espèces...),
Appliquer le code international
pour les nommer (Exp: Escherichia
Identifier de nouveaux organismes
ou non à l’une des espèces connues
pour les nommer (Exp: Escherichia
science qui étudie la diversité des
relations qui existent entre eux.
similitude, en groupes ou taxons
de la nomenclature bactérienne
Escherichia coli),
organismes et déterminer leur appartenance
connues.
Escherichia coli),
L'unité taxonomique = l'espèce
• Une espèce biologique est un ensemble
un haut degré de ressemblance phénotypique
Chez les organismes supérieurs, la
l'interfécondité des individus: patrimoine
Or: bactéries = microorganismes
voie asexuée, généralement par division
Pour définir une espèce bactérienne Pour définir une espèce bactérienne
amenés à fixer une limite arbitraire
laquelle deux types doivent être
différentes .
ensemble d'individus qui présentent
phénotypique.
la notion d'espèce est fondée sur
patrimoine héréditaire.
microorganismes haploïdes, se reproduisant par
division binaire.
bactérienne les taxonomistes sont bactérienne les taxonomistes sont
arbitraire de différences à partir de
être classés en deux espèces
• LWOFF définit un biotype: "un
même patrimoine héréditaire
majorité de leurs caractères".
• Le biotype dérive du clone • Le biotype dérive du clone
bactérienne issue d'une même
multipliée par divisions binaires
• Cette population bactérienne issue
bactérienne. Les individus
identiques sauf en cas de mutation identiques sauf en cas de mutation
• Une espèce regroupe les
une grande similitude de caractères
"un groupe d'individus possédant le
héréditaire et ont en commun la grande
.
clone qui représente la population clone qui représente la population
même et unique cellule qui s'est
binaires.
issue d'un clone est appelée souche
d'une souche sont en principe
mutation. mutation.
souches bactériennes présentant
caractères.
OLa taxonomie classique
Critères morphologiques et structuraux
Insuffisants mais un premier
Cependant, certains caractères sont
Critères biochimiques
-Fermentation des glucides /exp
Voges Prauskauer)
Cependant, certains caractères sont
Exp: les Gram+ âgés prennent l'aspect
Cas particuliers: catalases (H
2
O
2
)
- Dégradation des protéines /exp
- Dégradation des lipides
classique
Critères morphologiques et structuraux
regroupement simple et pratique,
sont sujets à des variations:
la Fermentation du glucose (test
sont sujets à des variations:
l'aspect des Gram- (Bacillus subtilis)
et coagulases (plasma)
exp Dégradation de la peptone
Critères immunologiques
Chaque sérotype étant un groupe de
avec un même anticorps ou un groupe
L'établissement de la carte antigénique
Critères de lysotypie
Le site de fixation est une protéine
Les souches du même sérotype peuvent
La fixation des bactériophages
bactérienne.
Le site de fixation est une protéine
Deux souches capables de fixer les
cycles lytiques appartiennent au
appartenir à la même espèce.
Si phage virulent: lyse bactérienne
de souches présentant une réaction
groupe d'anticorps.
antigénique = sérotypage.
protéine spécifique d'un phage.
peuvent appartenir à la même espèce
est liée à des sites sur la paroi
protéine spécifique d'un phage.
les mêmes phages et développant des
au même lysotype et peuvent
(cycle lytique).
OLa taxonomie moléculaire
Dans la taxonomie classique, l'étude
qu'une information incomplète
morphologiques, biochimiques,
traduisent qu'une faible proportion traduisent qu'une faible proportion
C'est pourquoi une approche
taxonomie bactérienne. Elle concerne
chimique du génome bactérien.
Le %GC ou le coefficient de Chargaff
L'hybridation ADN / ADN
L’analyse et séquençage des ARN ribosomaux
moléculaire
l'étude des phénotypes ne donne
incomplète: les caractères
biochimiques, sérologiques etc… ne
proportion du génome. proportion du génome.
génétique est nécessaire en
concerne la nature physico-
Chargaff
L’analyse et séquençage des ARN ribosomaux
2.1. Le GC% ou le coefficient de Chargaff
La technique de Chargaff est basée
deux groupes de bases azotées (GC
UV (260 nm).
Pour que deux souches soient considérées
à la même espèce, il faut que la
UV (260 nm).
Le coefficient GC% = nombre de
100 couples de bases dans l'ADN de
Chez les bactéries, le GC% varie de 30 à 75 %
à la même espèce, il faut que la
leur ADN soit inférieur à 5%.
Chargaff
basée sur l'évaluation quantitative des
(GC et AT) en spectrophotométrie à
considérées comme appartenant
la différence entre les GC% de
de couples (guanine+cytosine) pour
de la bactérie étudiée.
Chez les bactéries, le GC% varie de 30 à 75 %
la différence entre les GC% de
Mais: si le %GC est une information
comporte des limites:
Deux bactéries peuvent avoir le même
les mêmes séquences nucléotidiques
très éloignées. très éloignées.
10 30 50
ADN bactérien : GC%
Steptococcus
Staphylococcus
information importante en taxonomie, il
même %GC mais ne pas présenter
nucléotidiques et être donc génétiquement
70 90%
ADN bactérien : GC%
Steptococcus
Staphylococcus
2.2. L’analyse des ADN ribosomaux
IGS
ADNr 16S
Promoteur
ADNr 23S
ADNr 16S
5’
ADNr 23S
Outil phylogénétique répondant aux
évolutive, en particulier la stabilité
Analyse du gène rDNA-16S
- Amplification et analyse du
de restriction: PCR/RFLP
- Séquençage total ou partiel
2.2. L’analyse des ADN ribosomaux
3’
IGS
5S
Terminaison
ADNr 23S
3’
5S
ADNr
ADNr 23S
aux critères nécessaires à une étude
stabilité
du polymorphisme des fragments
partiel
M
.
m
e
d
i
t
e
r
r
a
n
e
u
m
R
.
t
r
o
p
i
c
i
M

I
I
I
M

I
I
I
R
.
e
t
l
i
B
.
j
a
p
o
n
i
c
u
m
R
.
m
e
l
i
l
o
t
i
M
.
c
i
c
e
r
i
R
c
h

2
4
R
c
h

9
8
6
8
R
c
h

9
8
1
3
R
c
h

9
8
4
1
R
c
h

9
8
6
5
R
c
h

9
8
5
R
c
h

9
8
4
21226 pb
1584 pb
3530 pb
21226 pb
Electrophorèse sur gel polyachrylamide
du 16 S amplifié
1
0
0

p
b
R
c
h

9
8
1
R
c
h

9
8
4
R
c
h

6
0
R
c
h

9
8
2
1
R
c
h

9
8
6
5
R
c
h

9
8
1
5
R
c
h

9
8
4
0
R
c
h

9
8
1
9
R
c
h

9
8
5
R
c
h

9
8
1
6
R
c
h

9
8
2
MspI
800 pb
200 pb
Gel des profils de restriction
du 16 S par MspI
2.3. L'hybridation ADN / ADN
- Le chauffage d'un ADN bicaténaire
à séquences complémentaires: c’est
- Un refroidissement entraîne
d'ADN: c'est la renaturation in vitro
Un refroidissement entraîne
d'ADN: c'est la renaturation in vitro
- Si on mélange deux ADN dénaturés
bactériennes, l'ADN monobrin d'une
réassocier avec le monobrin issu
former un ADN bicaténaire hybride
- Ainsi, plus deux espèces sont proches - Ainsi, plus deux espèces sont proches
séquences de bases se ressemblent
plus il est facile de former des ADN
- Chez les Enterobacteriaceae,
la même espèce si le taux d’hybridation
100%.
bicaténaire donne deux brins homologues
c’est la dénaturation.
un réappariement des deux brins
vitro.
un réappariement des deux brins
vitro.
dénaturés provenant de deux espèces
d'une espèce peut éventuellement se
issu de la deuxième bactérie pour
hybride: c'est l'hybridation.
proches génétiquement, càd plus leur proches génétiquement, càd plus leur
ressemblent (degré d'homologie important)
ADN hybrides.
on considère que 2 souches sont de
d’hybridation ADN/ADN est de 70 à
OLa taxonomie numérique
Pour construire une classification
phénotypiques et/ou moléculaires,
plus d'importance à certains d'entre
arbitraire et donc peu fiable.
Pour s'y soustraire, Adonson (botaniste)
tous les caractères le même poids.
numérique ou adansonnienne (Adonson
Principe: Tous les caractères phénotypiques
même valeur. même valeur.
Les distances taxonomiques entre
par un coefficient de similitude
caractères partagés par rapport
examinés.
Exp programme:
classification à l'aide des caractères
le chercheur est amené à donner
d'entre eux. Cette conception est
(botaniste) a proposé d'affecter à
. De ce fait on parle de taxonomie
Adonson).
phénotypiques d'un organisme ont la
entre deux organismes sont exprimées
similitude calculé d'après le nombre de
rapport au nombre total de caractères
Exp programme: UPGMA
48 souches de rhizobium:
nodulant le pois-chiche
► Performance symbiotique (nodulation et fixation d’azote) ► Performance symbiotique (nodulation et fixation d’azote)
► Croissance sur milieu YEM (taux de croissance)
► Tolérance à la salinité
► Tolérance aux pHs
► Tolérance à la température
(de 4 à 9,5)
► Tolérance à la température
► Résistance intrinsèque : antibiotiques, métaux lourds
► Analyse numérique :
► Assimilation de 49 carbohydrates
48 souches de rhizobium:
nodosités racinaires
13 régions du Maroc
≠ étages bioclimatiques
(nodulation et fixation d’azote) (nodulation et fixation d’azote)
(taux de croissance)
(NaCl, KCl, CaCl
2
, Na
2
SO
4
, K
2
SO
4
, CaSO
4
)
(de 4 à 9,5)
(de 5 à 45°C)
antibiotiques, métaux lourds
Assimilation de 49 carbohydrates
(de 5 à 45°C)
UPGMA
0,90 0,85 0,80 0,75 0,70 0,65 0,60
Niveau de similarité
Phénogramme représentant la similarité phénotypique entre les
rhizobia du pois chiche de différentes régions du Maroc.
Rch 9869
Rch 9868
Rch 9871
Rch 9813
Rch 9835
Rch 9832
1,00 0,95
Rch 984
Rch 985
Rch 9819
Rch 9820
Rch 9861
Rch 9862
Rch 9863
Rch 9865
GroupeIII
100%
Kalâa
Groupe II
100%
Ben Slimane
Rch 7
Rch 128
Rch 102
Rch 10
Rch 28
Rch 35
Rch 18
Rch 30
Rch 2
Rch 5
Rch 14
Rch 16
Rch 161
Rch 134
Rch 94
Rch 60
Rch 19
Rch 24
Rch 13
Rch 984
Rch 125
Rch
126
Groupe I
isolats de
différentes
régions
Rch 982
Rch 983
Rch 988
Rch 989
Rch 9821
Rch 9822
Rch 9840
Rch 9841
Rch 9842
Rch 8
Rch 9815
Rch 9816
Rch 2
Rch 981
Phénogramme représentant la similarité phénotypique entre les
rhizobia du pois chiche de différentes régions du Maroc.
M
.
m
e
d
i
t
e
r
r
a
n
e
u
m
R
.
t
r
o
p
i
c
i
M

I
I
I
M

I
I
I
R
.
e
t
l
i
B
.
j
a
p
o
n
i
c
u
m
R
.
m
e
l
i
l
o
t
i
M
.
c
i
c
e
r
i
R
c
h

2
4
R
c
h

9
8
6
8
R
c
h

9
8
1
3
R
c
h

9
8
4
1
R
c
h

9
8
6
5
R
c
h

9
8
5
R
c
h

9
8
4
21226 pb
1584 pb
3530 pb
21226 pb
Gel polyachrylamide
du 16 S amplifié
1
0
0

p
b
R
c
h

9
8
1
R
c
h

9
8
4
R
c
h

6
0
R
c
h

9
8
2
1
R
c
h

9
8
6
5
R
c
h

9
8
1
5
R
c
h

9
8
4
0
R
c
h

9
8
1
9
R
c
h

9
8
5
R
c
h

9
8
1
6
R
c
h

9
8
2
MspI
800 pb
200 pb
Gel des profils de restriction
du 16 S par MspI
0.006
Dendrogramme, basé sur la PCR/RFLP du
16S, montrant la position phylogénétique des
nodulant le pois chiche au Maroc, par rapport
souches de référence.
Groupe 4
Groupe 3
Rch9835
Rch9861
Rch9862
Rch9863
Rch9865
Rch9813
Rch9868
Rch9869
Rch9871
S. Meliloti GR4
S. fredii USDA 205
R. tropici IIb Ciat 899
R. etli CFN42
R. leguminosarum bv viciae VF 39
B. japonicum USDA 110
Agrobacterium sp. 348
M. mediterraneum IC60
Groupe 3
Groupe 2
Rch7
Rch8
Rch102
Rch128
Rch981
Rch982
Rch983
Rch988
Rch989
Rch9821
Rch9822
Rch9840
Rch9841
Rch9842
Rch984
Rch985
Rch9819
Rch9820
Rch9832
M. ciceri IC2091
M. loti
NZP2213
Groupe 1
Rch5
Rch10
Rch13
Rch14
Rch16
Rch18
Rch19
Rch24
Rch28
Rch30
Rch35
Rch60
Rch94
Rch125
Rch126
Rch134
Rch161
Rch9815
Rch9816
M. ciceri IC2091
gène rDNA
des rhizobia
rapport aux
A. caulinodans
88
100
100
58
100
100
73
98
100
100
96
61
88
0.01
96
50
100
97
100
Arbre phylogénétique basé sur le
G4
S
i
n
o
r
h
i
z
o
b
i
u
m
S. meliloti
A. caulinodans
S. medicae
Rch9813, Rch9868
S. terangae
S. saheli
S. fredii
S. xinjiangensis
R. giardinii
A. rhizogenes
R. tropici
R. etli
R. leguminosarum
R. hainanense
58
77
100
G1
+
G2
M
e
s
o
r
h
i
z
o
b
i
u
m
Rch9816
Rch2B, Rch10B, Rch19B
M. loti
A. vitis
R. hainanense
R. gallicum
R. mongolense
A. rubi
A. tumefaciens
R. galegae
R. huautlense
M. tianshanense
M. chacoense
M. ciceri
Rch981
99
85
100
100
G2
G3
M
e
s
o
r
h
i
z
o
b
i
u
m
M. mediterraneum
Rch9816
Rch9815
Rch7B
M. amorphae
M. huakuii
M. plurifarium
Rch984, Rch9865
B. elkanii
B. japonicum
100
97
68
Arbre phylogénétique basé sur le séquençage des rDNA-16
M. ciceri
M. loti
G 1: Rch 9816, 2, 10, 19
Espèces de référence Groupes et souches
Rch 9815
M. Mediterraneum
M. tianshanense
G 3: Rch 984, Rch 9865
M. Ciceri
M. Loti
G 2: Rch 7, 981
M. loti
S. Meliloti
Sinorhizobium sp
G 4: Rch 9813, Rch9868
% de similitude des séquences des ADNr 16S entre les groupes de rhizobia de pois chiche
et les espèces des genres Mesorhizobium
2 bases
4 bases
Nombre de bases différentes Taux de similitude
Espèces de référence
99.8%
99.6%
1 base
6 bases
99.9%
99.4%
Mediterraneum
2 bases
4 bases
99,8%
98.6%
3 bases
4 bases
99.7%
99.6%
% de similitude des séquences des ADNr 16S entre les groupes de rhizobia de pois chiche
Mesorhizobium et Sinorhizobium

Introduction
I. Historique
Découverte rattachée à l'invention du microscope Le hollandais Antony Van LEEUWENHOEK (1632 (1632-1723)

1. L'époque pasteurienne

Louis PASTEUR (1822 (1822-1895)
Vapeur

Chute de la théorie de la génération spontanée

Infusion de foin fraîchement préparée (milieu de culture)

Couder le col du ballon Sous l’effet de la chaleur

Stérilisation du milieu Par la chaleur

Poussière

Extrémité ouverte

Après un temps très long (plusieurs années)

Refroidissement de l’infusion

Liquide reste stérile

Après un temps très cout (quelques heures)

Contact entre poussière et liquide stérile

Développement des microorganismes

Conclusions:

- -organismes existent partout - Stérilisation / chaleur humide

Pasteur et les fermentations (1857-1877) 1857: f. glycérol + CO2 Acide butirique pasteurisation Vibrions (-O2 ) anaérobiose 1866-1876: Maladies du vin et de la bière La bactériologie médicale Louis Pasteur et Robert KOCH (1843 (1843-1910) Maladie du charbon Bacillus anthracis Mise au point des techniques d'isolement et d'identification sur milieu de culture solide . lactique: 1860: f. butyrique: sucre sucre sucre Micro-organisme globuleux Micro plus petit qu'une levure levures Acide lactique Ethanol. alcoolique: 1861: f.

1881: maladie du charbon.études génétiques . L’époque actuelle Il y a longtemps: microbiologie = étude des microbes Actuellement: microbiologie = étude de tous les micro micro-organismes (les algues.1880: choléra des poules.La vaccination (1880 – 1885) .études biochimiques naissance de la génie génétique et des biotechnologies . les protozoaires.1885: la rage (Joseph Meister : 1er être humain vacciné contre la rage 2. . . les champignons et les bactéries) Reproduction rapide outil privilégié populations énormes et homogènes .

Les algues bleu-vert ou Cyanophycées vert .les protozoaires.les protozoaires. Classification contemporaine les animaux les végétaux les protistes: englobent tous les -organismes .II. .les algues.les champignons • Protistes inférieurs ou procaryotes: (cellules de type rudimentaire) . .les bactéries Selon l'organisation cellulaire.les bactéries .les champignons.les algues (sauf les algues bleu bleu-vert). les protistes se subdivisent en: • Protistes supérieurs ou eucaryotes ( cellules évoluées) : . . Place des -organismes dans le monde vivant organismes 1. . .

phylogénétiquement procaryotiques eucaryotiques Archébactéries Archéobactéries les virus: organismes acellulaires parasites obligatoires .

Comparaison entre cellules eucaryote et procaryote .2.

.

.

Comparaison entre les cellules Procaryote et Eucaryote Propriétés Groupes Taille Procaryotes Bactéries.Membrane nucléaire .Nucléoles . animaux 2 m < diamètre < 100 m Présente Présents Plusieurs Oui Mitochondriale et chloroplastique Mitose Totale Présente Présentes Présentes Présent Présent 80 S Structure nucléaire: .présence d'autre ADN .Chloroplastes .Mitochondries .Chromosome Association DNA-histones .Division cellulaire .Ergastoplasme .Appareil de Golgi .Membrane plasmique . protozoaires plantes. champignons. archéobactéries Diamètre < 2 m Absente Absents Unique Non Plasmidique Amitose Partielle Présente Absentes Absentes Absent Absent 70 S Eucaryotes Algues.Ribosomes Structure membranaire et cytoplasmique: .Recombinaison génétique .

.mouvement flagellaire Membrane mitochondriale chloroplastes .Mouvement flagellaire. . .Propriétés Procaryotes Présente (composée de peptidoglycane) Eucaryotes .Paroi (polysaccharides) Système respiratoire: Photosynthèse: Mobilité Membrane cytoplasmique chromatophores ou chlorosomes (système membranaire interne) .Absente chez animaux et protozoaires.Présente chez plantes. . champignons et algues .pas de mouvement amiboïde (paroi rigide).Mouvement amiboïde (eucaryotes sans paroi).

Morphologie bactérienne 1. Les coques (Cocci): Selon le plan de division: 1 diplocoques Streptocoques Streptococcus 1 2 Tetrades .La cellule bactérienne I.

1 3 2 Grappes de raisin Staphylococcus aureus Staphylococcus .

Bâtonnets droits = Bacilles Rhodospirillum sodomense Regroupements: Bacilles isolés Diplobacilles Bacillus subtilis Streptobacilles Lactobacillus delbrueckii . Les bâtonnets: .2.

Bacilles incurvés: 3.. Les formes spiralées: Vibrio cholerae Treponema pallidum Spirochaeta zuelzerae .

i Perméable à l'eau et aux petites molécules Division cellulaire Support de nombreux antigènes Peptidoglycane Gram + Gram - .II.O. Paroi bactérienne Enveloppe caractéristique des procaryotes Rigide ≅ "exosquelette" Maintient de la forme Résistance à la forte P.

1. Composition chimique a.Les osamines (sucres aminés) La N-acétylglucosamine CH 2 OH H OH HO H NH H C O CH 3 H3C CH COOH O HO H NH C CH 3 O OH H O H L'acide N-acétylmuramique CH 2 OH O OH La galactosamine galactosamine: Existe chez certaines espèces seulement et en faible quantité .

b.Les acides aminés H COOH NH 2 C CH 3 H H COOH C CH 3 NH 2 COOH C CH 2 CH2 COOH NH2 L-Alanine D-Alanine Alanine Acide D-Glutamique COOH NH 2 C CH 2 CH 2 CH 2 CH 2 NH 2 H NH 2 COOH C CH2 H H COOH C CH 2 CH 2 CH 2 NH 2 CH COOH (L) NH 2 ou NH 2 CH2 CH2 CH COOH ( Meso) L-Lysine Acide Diamino Diamino-Pimélique (DAP) .

Glycine Acide aspartique Staphylococcus aureus Lactobacillus acidophilus c.Les acides teichoïques uniquement chez les bactéries Gram+ localisés à l'extérieur de la paroi peuvent avoir un rôle antigénique. .

.Polyribitol phosphate (Staphylococcus aureus) O CH 2OH CH2 O O H CH HC OH OH H HO HC OH H NH CH2 CO O CH3 o= P OH O Ribitol N acétyl Glucosamine Ribitol CH2 HC OH 2HN HC OH CH CH3 HC O CO CH2 O O =P OH O CH2 D-Alanine O H OH H O O H NH CO CH3 N-Acétylglucosamine (liaison au peptidoglycane) .

b.Polyglycérol-phosphate (Bacillus subtilis) O CH 2 OH H HO OH H OH O O H O CH 2 CH CH 2 O P OH O 2 HN CH 2 CH CO CH 3 HC CH 2 O O P O CH 2 H O OH H O O H NH CO CH 3 OH O Glycérol Glucose Glycérol D-Alanine N-Acétylglucosamine (liaison au peptidoglycane) .

5%).Les oses simples Glucose Galactose Mannose.Les acides mycoliques présents chez certaines espèces particulières (les mycobactéries) acides gras à longues chaînes (C= (C=60) CH3 (CH2)17 CH CH CH (CH2)10 Ex. f. etc… Certains sont spécifiques (Rhamnose chez les Streptococcus du groupe A) Leurs nature et type d’association spécificité des antigènes e.19 .d.(10 à 22%) presque absents chez les Gram+ (1 à 2.Les lipides faibles quantité chez les Gram. Acide α-mycolique OH C H CH C O OH (CH2)23 CH CH CH CH (CH2)17.

35 % 4 à 10 Présent sans lysine Présents 20 à 60 % Gram Peu ≈ 50 % 16 à 17 Présent avec lysine Absents 20 à 60 % 1 à 2.g. Acides aminés Nombre DAP Acides Teichoïques Oses Lipides Abondants 24 .5 % 10 à 22 % . Osamines 2.Comparaison de la composition chimique globale de la paroi chez les bactéries Gram + et les bactéries Gram - Gram + 1.

Mucocomplexe .mucopeptide L’unité structurale du peptidoglycane. Structure moléculaire Le peptidoglycane .2. u glucosaminopeptide un Glycane La N-acétylglucosamine CH2OH H HO OH H NH O H H L'acide N-acétylmuramique CH 2 OH O OH H O β(1-4) 4) O H CH CH 3 C=O L-Alanine NH C CH3 O C O CH 3 Acide D D-Glutamique Lysine ou DAP D-Alanine Chaînon peptidique .Muréine .

L'acide N-acétylmuramique joue un rôle central dans la polymérisation des unités glycanes G M La N-acétylglucosamine L'acide N-acétylmuramique Chaînon peptidique Liaison interpeptidique Structure en réseau du peptidoglycane .

4) entre l'acide N-acétylmuramique et la N acétylmuramique N-cétylglucosamine l'ordre invariable des acides aminés qui forment le tétrapeptide la liaison ß-glucosidique qui unie chez les Gram+. est caractérisée par: les ß (1.Cette structure de polymère en réseau. l'acide teichoïque au résidu N-acétylglucosamine acétylglucosamine le pontage entre la D-alanine d'un tétrapeptide et la L-lysine ou le DAP d'un tétrapeptide voisin . qui donne à la cellule sa rigidité.

Le peptidoglycane peut différer selon les cas par des constituants secondaires. Coli . Pont L-ala D-glu D-ala D DAP D-glu L-ala T DAP D-ala Escherichia . en particulier par: les acides aminés du tetrapeptide la nature des ponts interpeptidiques Cette dernère différence détermine un réseau plus ou moins serré (compact): Compact pour les forme bacillaires (liaisons interpeptidiques directes).

Pont L-ala D-glu L-lys (Gly) D-ala 5L-lys D-ala D-glu L-ala L-ala L-lys-D-glu L-lys − D-ala – L-lys – D-glu – L-ala−D-ala D-ala L-lys L-lys L-lys-D-glu L-ala Staphylococcus aureus Micrococcus lysodeikticus .Lâche pour les formes sphériques (liaisons interpeptidiques longues).

aspect stratifié et hétérogène. Chez Gram .: paroi fine (6 à 15 nm). aspect homogène. Différences structurales entres les parois des bactéries Gram + et Gram - En microscopie électronique: Nette différence structurale entres les parois des bactéries Gram + et Gram Chez Gram + : paroi épaisse (15 à 80 nm).3. .

Leur localisation exacte au niveau des enveloppes est mal connue. Chez les bactéries Gram+ Les acides teichoïques : deuxième composant essentiel de la paroi des bactéries Gram+ ( 50% du PS de la paroi et 10% du PS de la cellule totale). cyt Paroi Acides téchoïques . (1971) Mem. Acides lipotéchoïques Représentation des acides téchoïques Chez les Gram+ selon le modèle de Van Driel et al.a.

Chez les bactéries Gram En plus du peptidoglycane. certaines protéines peuvent être impliquées dans la chimiotaxie . Un rôle dans le transport de certaines substances nutritives vers l'intérieur de la cellule (protéines de liaisons ou binding proteins).1..: Périplasme retient les protéines élaborées dans le cytoplasme: Un rôle dans la dégradation des molécules venant de l'extérieur (nucléases. L’espace périplasmique ou périplasme bactéries Gram+ : Exoenzymes (Colicines) (Exotoxines) (Protéases) (Pénicillinase) Bactéries Gram.. pénicillinases pénicillinases. phosphatases.b. on insiste sur la présence de 2 autres couches b.).

groupées pour former des pores porines traversent toute la membrane externe et sont fortement liées au peptidoglycane. Lam B est spécifique au transport du maltose et à la fixation du phage ⋋). des protéines majeures: 70% des protéines de la membrane externe. servent aussi de récepteurs pour des bactériophages (ex. les nucléosides ou les oligosaccharides comme le maltose) maltose). transport des molécules de PM < à 600 da.b. La membrane externe b.2.2. . b.2. des protéines mineures: transport spécifique de petites molécules incapables de passer à travers les porines (ex. sans spécificité mais de préférence les molécules neutres et les cations.2. la vitamine B12.1.

b. . lipoprotéine de Braun petite molécule polypeptidique de 58 acides aminés.3. Les lipoprotéines protéines lipidiques libres ou fortement liées au peptidoglycane Ex. La partie lipidique est enchâssée dans la membrane externe par des liaisons hydrophobes avec les phospholipides. La partie protéinique est associée au peptidoglycane par des liaisons covalentes au niveau du DAP du chaînon peptidique.5 105 lipoprotéines/cellule dont les 2/3 sont à l'état libre et le 1/3 sont liées au peptidoglycane. Les lipoprotéines assurent une cohésion solide de l'ensemble de la structure.2. portant à son extrémité N-terminale des constituants lipidiques Chez E. coli 7.

4. lipide A: considéré comme le support de la toxicité. .b. longues chaînes d'acides gras parmi lesquelles on note la présence constante de l'acide β-hydroxymyristique (un acide gras en C14) hydroxymyristique spécifique et caractéristique du lipide A.2. le lipide A est un glycophospholipide c c-à-d polymère composé de: unités disaccharidiques de glucosamine reliées entre elles par des ponts pyrophosphates. Les lipopolysaccharides (LPS) LPS = Endotoxines α.

mannose.Galactose .Rhamnose .deux heptoses . .Glucose . Cependant on y trouve toujours un sucre particulier en C8.β. Ex.trois KDO. le cétodésoxyoctonate (KDO). cette chaîne latérale est appelée antigène O. Composition en sucres variable selon les espèces. . Le polysaccharide du LPS: core (partie centrale du LPS).cinq hexoses. 4 ou 5 sucres . chez Salmonella. cet antigène O comprend quatre hexoses: . chez les entérobactéries. Chaîne latérale du LPS chaque chaîne contient les mêmes séquences répétitives (jusqu’à 40). le core est composé de . chaque séquences est constituée de 3.

Différences structurales entres les parois des bactéries Gram + et Gram Acides téchoïques Antigène O Prot. Majeures (Porines) Lipoprotéine de Braun Sucre Heptose Cétodesoxy Octanate (KDO) • Core Lipide A • • Peptidoglycane LPS Phosphate N-Acétyl Glucosamine Acides gras Membrane Paroi Espace périplasmiq Phospholipides Protéine intégrale Protéine périphériques Gram + Gram - .

trois feuillets pariétaux sont Par contre chez les bactéries spiralées Spirochètes Chez les Archéobactéries. les intimement soudés l'un à l'autre. Chez les mycobactéries Mycobacterium tuberculosis les acides mycoliques . l'élément structural de la paroi est un pseudopeptidoglycane.3 ♣ Les tetrapeptides associées comprennent l'alanine (L et D).c. ♣ N-acétyl D-glucosamine ou N glucosamine N-acétyl D-galactosamine ♣ N-acétyl D-Talosaminuronique Talosaminuronique β-1. Autre types de paroi Chez les entérobactéries. l'acide glutamique et la lysine lysine.

4. Fonctions de la paroi a. le protoplaste a perdu ses propriétés antigéniques. ne fixe plus les bactériophages et ne se divise plus Régénération . Maintient de la forme et résistance à la POi Bacillus subtilis Gram + Lyzosyme + Lysozyme ( détruit les β(1-4)) Milieu hypotonique Milieu isotonique (1 ‰ de saccharose) Gonflement et éclatement de la cellule Cellule sphérique sans Paroi = Protoplaste NB.

Escherichia coli Gram - Milieu hypotonique + Lyzosyme ( détruit les β(1 (1-4)) Milieu isotonique (1 ‰ de saccharose) Gonflement et éclatement de la cellule Cellule sphérique avec fragments de paroi = Sphéroplaste NB. . le sphéroplaste conserve toutes les propriétés de la cellule initiale.

la division cellulaire et la fixation des bactériophages b. deux catégories d'antigènes ont été isolés: .différence entre protoplaste et sphéroplaste est logique: lysozyme agit au niveau des ß (1.4) du peptidoglycane. Propriétés antigéniques Chez les bactéries Gram+: les acides teichoïques ou leurs sous sous-unités osidiques constituent les principaux antigènes Chez les streptocoques. rôle de la paroi: forme de la cellule et résistance à la POi Le peptidoglycane ne joue aucun rôle dans les propriétés antigéniques.

E. B. Exemples: le groupe sérologique A antigène C le groupe sérologique G antigène C Le rhamnose La N-acétyl galactosamine streptocoques pathogènes pour l'homme Le rhamnose La N-acétyl glucosamine .. .. O Chaque groupe est caractérisé par un antigène C composé de un ou de plusieurs polyosides différents.b Des antigènes de nature polyosidiques: appelés antigènes C Classification antigénique de LANCE LANCE-FIELD qui a définit plusieurs groupes sérologiques: A. D. C.

T. Elle permet de différencier à l'intérieur du groupe A. R La protéine M importante sur le plan sérologique et physiopathologique.b Des antigènes de nature protéiques: appelés antigènes M. Donc Un groupe sérologique = ensemble de bactéries ayant le même antigène C Un type sérologique = ensemble de bactéries ayant le même antigène C et une protéine M identique . 56 types sérologiques.

: La plus part des Enterobacteriaceae. KAUFFMAN et WHITE ont pu classer les Salmonella en groupes sérologiques puis en sérotypes. . Deux principaux antigènes: un antigène somatique O un antigène flagellaire H La spécificité antigénique dépend de la nature des sucres ainsi que de leur mode de liaison.Chez les bactéries Gram . En se basant sur la diversité des facteurs O et H. les Salmonella en particulier.

Chez les bactéries Gram+. Ce groupe sérologiques se subdivise à son tour en sérotypes ( selon la diversité de l’antigène H) c. . récepteurs localisés au niveau des acides teichoïques. les récepteurs sont en majorité des .Exemple: Le groupe sérologique D regroupe toutes les souches de différentes espèces de Salmonella ayant en commun l'antigène O9. Chez les bactéries Gram-. protéines mineurs de la membrane externe. Fixation des bactériophages Propriété liée à la paroi où sont localisés les récepteurs spécifiques.

Un lysotype phages Φ1 B1 + B2 B3 + B4 B5 + est groupe de bactéries capables de fixer le ou les mêmes Φ2 Φ3 Φ4 Φ5 Φ6 Φ7 Φ8 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + lysotype I = [B1. B3] lysotype II = [B2] lysotype III = [B4] lysotype IV = [B5] d. médecin danois (1884) une coloration différentielle .Fixation des phages est une propriété utilisée pour identifier des lysotypes. Coloration de Gram Gram.

A Frottis B Coloration avec violet de Gentiane ( 60 secondes) Rinçage suivi d’un traitement avec le Luguol ( 30 s) Traitement avec un mélange d’alcool/acétone ( 30 s) Coloration avec la fushine ou safranine ( 60 s) Gram + Gram - .

III. Membrane cytoplasmique 1. Les phospholipides: rareté des phosphatidyl-cholines cholines phosphatidyl-éthanolamine (PE) phosphatidyl-glycérol (PG) .Brucella .Agrobactérium tumefaciens GG+ . Composition chimique et structure moléculaire Phospholipides intégrales périphériques 30 à 40 % du PS Protéines: 60 à 70 % du PS a.

c.Elle est aussi le siège de la phosphorylation oxydative ATP . Fonctions de la membrane . Les glucides: faiblement représentés (2 à 12 12%).Enzymes de la chaîne respiratoire c c-à-d les déshydrogénases . on y trouve particulièrement: glucose et glucosamine. Les enzymes: .b. les cytochromes oxydases ect… 2. Les protéines: Protéines extrinsèques (périphériques) Protéines intrinsèques (intégrales) c.Coenzymes: cytochromes.Membrane cytoplasmique = support des enzymes de la respiratoire .

Transport Protéines H+ H+ Lactose ++++++++++ ------------Na+ Substrat Cytoplasme H+ ADP + Pi 3H2O Respiration 2e2e2H+ H+ H+ NADH 3OH- 2e2e2e- ATP H2O H+ [H+int] 2H+ + 1/2 O2 [H+ext] H+ F1 Membrane ATP-synthétase F0 H+ Phosphorylation .

2.1. Respiration circulation d'électrons le long d'une chaîne de transporteurs source d'électrons: substance organique ou inorganique récepteur terminal: aérobiose O2 corps organique (fumarate) Corps inorganique (nitrate) anaérobiose transporteurs d'électrons sont très diversifiés: ubiquinones flavoprotéines ferroprotéines Métalloprotéines (Cu ou Mo) hydrogénases cytochromes conséquence de cette respiration : création de part et d'autre de la membrane d’une ddp création de part et d'autre de la membrane d’une ≠ de pH gradient électrochimique de protons = force protomotrice .

3 RT ∆pH ∆ψ Chez E.Le ∆pH est d’environ 2 unités (l'extérieur étant plus acide).Le ∆Ψ est à l’origine d’un champs électrostatique d’environ 70 mV (l'extérieur étant le côté positif) positif). 2. 2. l'ATP est synthétisée par une H+-ATPase (ou ATP-synthétase) utilisant la force protomotrice crée par la chaîne respiratoire. Cette ATP-synthétase est constituée de deux parties distinctes: . . Phosphorylation oxydative Au niveau de la membrane.2. coli : .force protomotrice = Energie électrique transmembranaire ∆µH ∆µ + = F∆ψ .

. les chloroplastes et les bactéries. 3. Ces ATP-synthétases sont aussi appelées F1.la partie F0: une protéine intégrale (intrinsèque) qui traverse la membrane en créant un canal à protons protons. Conséquence de la respiration et de la phosphorylation oxydative une énergie chimique : ATP une énergie électrique transmembranaire: ∆ H+ 2. F0-ATP-ase et sont toutes semblables chez les mitochondries. la partie F1: une protéine périphérique (extrinsèque) localisée du côté du cytoplasme. Transport .

Substances liposolubles Glycérol Maltose Glutamine B.P Glucose Na+ Mélibiose H+ Proline Lactose II D~P D+Pi III Na+ Mélibiose H+ Proline Lactose Substances liposolubles Glycérol Maltose Glutamine Transport sensible Au choc osmotique. Transporteur mobile (Binding protein) GlucoseGlucose 6-P Symport Mélib/ Na+ Pyruvate Symport Lact/ H+ PEP Système PTS: Protéines membranaires Protéines cytoplasmiques Simple Facilité Transport actif primaire ou chimio-osmotique osmotique Transport actif secondaire ou osmo-osmotique ATP Transport passif Pas d’accumulation de substrat Pas besoin d’énergie ∆µH+ Transport actif Accumulation de substrat Besoin d’énergie .

. Nécessite une énergie et entraîne une forte accumulation du substrat ♠ ♠ Transport simple: Concerne les substances liposolubles et de petites tailles. Ne nécessite aucune énergie et n'entraîne aucune accumulation. Ces substances traversent la membrane sans l'aide d'aucune protéine. ♠ Transport facilité: Concerne les molécules de taille relativement importante et se fait à travers une protéine membranaire( facilitateur). Transport passif Suit le gradient de concentration avec la tendance d'établir un équilibre entre les concentrations intra et extracellulaires d'un substrat donné. Transport actif Se fait contre le gradient de concentration c-à-d du moins concentré vers le plus concentré. b.a.

Transport actif primaire ou chimio osmotique sensible au choc osmotique fait intervenir l'ATP comme source d'énergie et plusieurs protéines de transport différentes: au moins une, traverse la membrane pour former un canal les autres font partie soit de la membrane externe (porines et protéines mineures) soit de l'espace périplasmique (protéines de liaison ou binding protein) ou encore des protéines solubles du cytoplasme.

Ex.1. transport du maltose chez E. coli
Maltose

Lam B

extérieur

Mal E: Binding protein protéines Mal F & G Mal Tar

membrane externe

éspace périplasmique

membrane cytoplasqmiqu
Protéine Mal K Hydrolyse et métabolisme Signal de chimiotaxie

cytoplasme

Ex.2. transport des sucres par le système PTS (= Systèmes Phosphotransférases) Un type de transport actif primaire (≈ transport par translocation) Concerne en particulier les sucres (glucose, mannose, fructose, mannitol, N-acétylglucosamine et quelques ß-glucosides) La caractéristique de ce transport c’est la phosphorylation du substrat qui a lieu au niveau de la membrane cytoplasmique La source d'énergie chimique = phospho phospho-énol-pyruvate (PEP) Chez E. coli, le système PTS est composé de deux types de protéines:

♣ Les protéines cytoplasmiques, communes à tous les systèmes PTS, prot.
I et prot. Hpr, toutes les deux sont solubles dans le cytoplasme.

♣ Les protéines membranaires :

la prot. II la prot. III

I-P Prot.Transport des sucres par le système PTS (= Systèmes Phosphotransférases) Protéines membranaires Protéines cytoplasmiques Mannitol-1.I Pyruvate PEP Glycolyse Prot.II (glucose) Prot.phosphate Mannitol Métabolisme Prot.III-P hpr Hpr -P Prot.III Glucose–6-phosphate Glucose Métabolisme .

coli extérieur Lactose intérieur H+ Lactose . la synthèse de cette perméase est induite par la présence du lactose dans le milieu extracellulaire ( voir plus loin S6). ♠ Transport actif secondaire ou osmo osmotique fait intervenir le (∆ H+) comme source d'énergie.les deux éléments sont véhiculés par une protéine intrinsèque (perméase lac y). Transport du lactose Chez E. caractérisé par le fait que la pénétration du substrat est couplée à celle d'un proton. H+ Ex. plus souvent une seule protéine de transport.

. . . . . tx Filtration Qx . Q1 Q2 .Bactérie + 14 Substance X C ♠ Méthodes d'étude du transport chez les bactéries t0 t1 t2 Filtration Filtration Filtration Quantité de la radioactivité dans la bactérie Q0 [C1] . . . . . .

Quantité de la radioactivité dans la bactérie Q max 1 [C1] Q max 2 [C2] Temps Temps Q max 4 Q max 3 [C4] [C3] .

. .[S] intracellulaire Qx Transport actif . . . . Cx [S] extracellulaire . Q2 Q1 Q0 Co C1 C2 OU Transport passif . .

respiratoire: ☛ Les inhibiteurs de la chaîne respiratoire cyanure qui inhibe la cytochrome oxydase.Comment distinguer entre les différents types de transport actif ? inhibiteurs métaboliques : Ce sont des substances chimiques à action spécifique permettant d'éliminer une source d'énergie cellulaire bien déterminée. cellulaire: ☛ Les inhibiteurs de l'ATP cellulaire arséniate: analogue du Pi qui épuise l'ATP intracellulaire. . ☛ Les inhibiteurs de l'ATPase membranaire : azoture (1mM) et le DCCD (Dicyclohexylcarbodiimide) qui réagissent de manière covalente avec la composante F0 de l'ATPase.

ionophores substances chimiques qui s'intercalent dans la double couche lipidique de la membrane. la valinomycine et la monoactine ionophores à potassium (K+) monoactine: qui permettent à ce cation d’entrer dans la cellule. la nigéricine: ionophore qui réduit le ∆pH en échangeant le K+ contre H+. ce qui entraîne un équilibre des charges positives sur les deux faces de la membrane. . créant des pores à travers lesquels vont passer des ions. le 2.4-DNP (2.☛ Les inhibiteurs du gradient électrochimique (∆ H+) ou de l'une de ses composantes.4-Dinitrophénol) ionophore à protons qui Dinitrophénol): découple la phosphorylation oxydative et inhibe le ∆ H+ en totalité. ce qui affecte spécifiquement le ∆ψ.

les substances de réserve certains organites spécialisés . Cytoplasme hydrogel colloïdal composé de: une solution de sels minéraux et de composés solubles de nature lipoprotéique .IV.2 Les principaux constituants du cytoplasme sont: les ribosomes et les acides ribonucléiques qui leur sont associés matériel héréditaire. de nucléoprotéines et de lipides 7 < pH < 7.

protéine et protéine .106 daltons. .106 daltons Constitués exclusivement d'ARN (63%) et de protéines (37%) Ces particules peuvent se dissocier en deux sous-unités: La grande sous unité 50 S de PM= 2. constituée d'ARN unité 16 S et de protéine S (Small = petit). Coefficient de sédimentation est de 70 S. la petite sous-unité 30 S de PM= 106 daltons. Les deux sous unités sont reliées entre elles par l'intermédiaire de liaisons ARN . PM = 3.1. Structure en chapelets qu'on appelle polysomes.protéine. constituée d'ARN a 23 S et 5 S et de protéines L (Large = grande). Ribosomes Granulations sphériques qui occupent tout le cytoplasme.

chromatophores Dont l'ultrastructure est différente de celle des chloroplastes des végétaux supérieurs. Granulations et substances de réserve Amidon et glycogène Acide poly ß-hydroxybutirique hydroxybutirique Granulations métachromatiques Corynebacterium diphterieae .oxyde de fer (Fe3O4): bactéries << magnétiques >>. .2.soufre chez les thiobactéries inclusions de . 3.fer chez les sidérobactéries . Leurs pigments photosynthétiques = des bactériochlorophylles. Chromatophores et pigments Chez les bactéries photosynthétiques.

pigment rouge chez Sarcina. pyocyanine.Halobacterium halobium bactériorhodopsine vitamine K2 chez Bacillus subtilis. chez Chromatobacterium violaceum . protecteur anti-UV. caroténoïde. pigment jaune chez Staphylococcus aureus. pigment ayant une activité antibiotique. Certains pigments confèrent aux colonies bactériennes une teinte caractéristique: Zeaxanthène. . chez les corynébactéries. pyocyanine bleue et pyoverdine bleu bleu-vert fluorescent chez Pseudomonas aeruginosa. Xantophylle. UV.

109 da. avec environ 5. par le processus de la traduction. donnant une structure compacte mais fragile = nucléoïde. toute l’information génétique est stockée au niveau de l'ADN sous forme d’un code bien déterminé / la succession des nucléotides. formé d'une double chaîne d'ADN PM ≈ 3. Par le processus de la transcription. continu et circulaire. la molécules d’ADN est formée de boucles resserrées et finement entrelacées. Matériel héréditaire 1. . en séquences polypeptidiques qui formeront les protéines de structure et les enzymes. le message est copié fidèlement sous forme d'un ARN messager puis exprimé. Chromosome bactérien filament unique.V.106 paires de bases dans la cellule.

l'information génétique au niveau de l'ADN peut changer spontanément (faible fréquence) ou artificiellement par mutagenèse Agents chimiques : acide nitreux ou physique : UV 2. Plasmides éléments génétiques extra-chromosomiques capables d'autoreproduction chromosomiques petite taille (1/100ème environ da la taille du chromosome) structure torsadée (super enroulée) 0. leur nombre varie de 1 à 100/ cellule .5 106 < PM < 400 106.

Rôles des plasmides: Résistance aux antibiotiques (streptomycine. tétracycline. cd. Intervention dans la production de bactériocines. Résistance aux métaux lourds comme le Hg. chloramphénicol). pb Intervention dans la dégradation de certains composés aromatiques Intervention dans la production des substances à rôle pathogène. .

VI. Eléments inconstants

1. Capsule
Couche organique visqueuse élaborée par certaines bactéries dans certaines conditions de culture, Généralement, elle entoure une cellule bactérienne.

a. Composition chimique
souvent polyholosidique, quelquefois polypeptidique, chez le pneumocoque (Gram-), la capsule est polyholosidique formée de longues chaînes d'acides aldobioniques,

COOH HO H OH H OH O H H

CH 2 OH O O H OH OH H

O β(1-4) 4)

Acide uronique Acide aldobionique

Ose

selon les espèces et les souches bactériennes, la nature chimique de la capsule peut varier au niveau: - acide galacturonique - acide glucuronique -acide cellobiuronique, … acide - glucose - galactose -rhamnose, … rhamnose,

des acides uroniques:

des oses:

fonctions Support de propriétés physiopathologiques et immunologiques. Coli Klebsiella pneumoniae Hemophilus influenzae Chez les Gram+.: E. véritables facteurs de virulence. Bacillus anthracis Bacillus megaterium Bacillus subtilis b. protège la bactérie contre la phagocytose. constitués d'un seul acide aminé: l'acide D D-glutamique. les constituants capsulaires sont de nature polypeptides.La capsule est également de nature polyholosidique chez de nombreuses bactéries Gram. .

la capsule protège la bactérie contre: la dessiccation. 70 types sérologiques sont actuellement reconnus chez les pneumocoques. empêche la fixation des bactériophages sur la bactérie. le pouvoir agressif des agents chimiques et physiques. Flagelles ou cils 2 types de mouvement: . déterminent la spécificité sérologique. dans environnement.support d’antigénicité: La nature des polyholosides constitutifs de la capsule et de leur enchaînement. 2.

mouvement assuré par des organes locomoteurs spécialisés.Chez les myxobactéries: déplacement par glissement. mouvement assuré par un filament axial. Chez les spirochètes. Chez les eubactéries et les spirochètes. Spirochaeta zuelzerae .

la mobilité est assurée par des flagelles. Invisibles en microscopie optique mais peuvent être mis en optique. évidence par des colorations spécifiques. Proteus mirabilis .Chez les eubactéries.

Methanococcus jannaschii Alcaligenes eutrophus . ils apparaissent sous forme d'organites simples. généralement plus long que la bactérie elle même. filamenteux. de l'ordre de 6 à 20 m.En microscopie électronique. sinueux.

Le nombre et le mode d'insertion des flagelles sur la bactérie. on distingue deux principaux types d'insertion: Insertion polaire: Monotriche Amphitriche Lophotriche Insertion péritriche : . constituent un critère de classification classification.

. La croissance du flagelle est assurée non pas à partir de la base. En effet les molécules de flagelline formées dans le cytoplasme.Flagelle constitué d’une protéine. Ce processus de synthèse est appelé auto-assemblage et lorsqu’une fraction de l’extrémité est brisée. la flagelline qui fait partie de la famille des Kératomyosines. elle est régénérée. mais par un prolongement de l’extrémité. de PM de 30 à 40 Kda. traversent la partie centrale creuse du flagelle et s’additionnent à l’extrémité terminale terminale. La destruction de la paroi par des lysozymes aboutit à la formation de protoplaste ou sphéroplaste cilié.

. Ce corps basal comprend deux anneaux protéiques. Microscopie électronique montre que le flagelle traverse la paroi et prend racine dans le cytoplasme au niveau d’un granule basal de structure complexe.Lyzosyme (détruit les β(1-4)) Bacille cilié Protoplaste ou sphéroplaste cilié Origine du cil est au niveau du cytoplasme et non pas la paroi. le plus interne est lié à la membrane cytoplasmique. est lié aux LPS et au peptidoglycane. le plus externe visible surtout chez les bactéries Gram. lié à l’enveloppe bactérienne. .

.

. acides et bases les repoussent chimiotaxie positive chimiotaxie négative La réponse cellulaire vis-à-vis de ces substances serait due à un gradient d'informations transmis de l'extérieur vers l'intérieur de la cellule par l'intermédiaire de récepteurs chimiques. provient du gradient Autres fonctions du flagelle Chimiotactisme sucres et acides aminés les attirent phénols. Les récepteurs par lesquels la bactérie perçoit la présence d'une substance dans son environnement sont des protéines spécifiques pariétales et/ou périplasmiques. L'énergie nécessaire au mouvement électrochimique de protons.Le déplacement est assuré par rotation du flagelle à la manière d'une hélice.

courts.Propriétés antigéniques La spécificité des antigènes flagellaires repose sur le nombre et la séquence des acides aminés de la flagelline. rôle dans l'adhérence des bactéries Gram. classification des Salmonella par Kauffman & Withe) Withe). rigides et cassants. Ces différences ont été exploitées pour la caractérisation immunologique des types bactériens (Ex. rares chez les Gram+. Pili et fimbriae appendices filiformes différentes des flagelles. fréquents chez les Gram-. . 3.sur les cellules eucaryotes. ☛ les Pili communs (de type I) grand nombre autour de la bactérie (100aine).

☛ les Pili sexuels Sont plus longs. . Ces dernières se dissocient par chauffage ou par traitement acide. peuvent se fixer certains phages et injecter leur matériel génétique par le canal du pili. jouent un rôle important dans le transfert du matériel héréditaire entre deux bactéries par le phénomène de conjugaison conjugaison. à l'extrémité renflée de ces pili. et peuvent reformer à froid et à pH neutre la structure protéique originale. associant des sous unités. En fin. se terminent par un renflement. l’analyse chimique de ces pili a montré qu’ils sont constitués d'une protéine appelée piline d'un PM ≈ 17000 daltons. Leur nombre varie de 1 à 4 /cellule.

La nutrition bactérienne .

Pour vivre et se multiplier Eléments nutritifs de base = Besoins élémentaires milieu minimum : Eau Source d'énergie Source de carbone Source d'azote Eléments minéraux Cependant. l'apport de nutriments supplémentaires est nécessaire groupes nutritionnels = types trophiques .

Ex. Les hétérotrophes: Bactéries exigeant des composés organiques organiques. Parmi les hétérotrophes.Besoins élémentaires La source de carbone Selon la nature de cet élément essentiel pouvant constituer jusqu'à 50 % de la cellule. Pseudomonas methanica n'utilise que le méthane ou le méthanol. le CO2 étant l'unique source de carbone. Les autotrophes: Bactéries capables de se développer en milieu purement minéral (milieu minimum – source de carbone). NB. certaines espèces ont des exigences strictes. .

organes photosynthétiques = chromatophores . Les chimiotrophes ou chimiosynthétiques Source d'Energie = oxydation de composés organiques ou minéraux. Chez les végétaux.pigments = bactériochlorophylles.La source d'énergie Les phototrophes ou photosynthétiques Energie à partir des rayons lumineux : espèces photosynthétiques synthèse d'ATP à partir de l'ADP et du Pi : .donneur d'électrons: minéral ou organique (sans libération d ’O2). . le donneur est H2O (avec libération d’O2). .

La source d’électrons Chez les phototrophes Les photolithotrophes: Donneur d'électrons minéral (milieu minéral) Bactéries sulfureuses vertes (Chlorobacteriaceae) et les bactéries pourpres (Thiorodaceae). Nitrosomonas : oxydant l'ammoniaque Nitrobacter : oxydant les nitrites Les chimioorganotrophes: Donneur d'électrons organique La majorité des bactéries entrent dans cette catégorie . Chez les chimiotrophes Les chimiolithotrophes: Donneur d'électrons minéral Bactéries vivant généralement dans le sol ou l'eau. Exp. Bactéries pourpres non sulfureuses (Athiorodaceae). Les photoorganotrophes: Donneur d'électrons organique.

acides aminés (R-NH2). il y a incorporation des NH4+ libérés après désamination ou utilisation du radical NH2 par transamination. A partir de ces composés.utilisé par les bactéries du genre Nitrobacter * N2 utilisé par les bactéries fixatrices d'azote libres (Azotobacter) ou symbiotiques (Rhizobium) Organique : Protéines. . L'azote peut être d'origine: minérale : * NH4+ et NO3.La source d'azote Nécessaire à la synthèse des protéines (10% du poids sec).utilisés par la plupart des bactéries * NO2.

Il est incorporé sous forme de sulfates ou sous forme organique. Mn et autres: Cofacteurs ou activateurs d'enzymes. fait partie des acides nucléiques. Mo. Mg. . Cl: rôle dans l’équilibre physicochimique Fe: pour les Cytochromes Mg: pour la Chlorophylle Micro-éléments: Co.Le soufre et le phosphore Le souffre se retrouve dans les protéines. Le phosphore. Cu. incorporé sous la forme de phosphate inorganique. K. de certains coenzymes et de l'ATP. Autres éléments minéraux Macro-éléments: Na. précisément au niveau des groupements thiols (-SH) des AA souffrés (cystine et SH) cystéine).

.Facteurs de croissance Substances organiques. Base azotée puriques ou pyrimidiques: acides nucléiques. indispensables à la croissance. -Spécificité stricte: un simple changement de position d’un groupement ôte son rôle au facteur de croissance. Nature des facteurs de croissance : Acide aminé: synthèse des protéines.Action à très faible concentration concentration: 25 mg/l dans le cas des acides aminés. 10 mg/l pour les bases azotées. Propriétés des facteurs de croissance : . 1 à 24 g/ l pour les vitamines. non synthétisées Microorganismes dits auxotrophes par opposition aux prototrophes. Vitamine: rôle de coenzyme ou de précurseurs de coenzyme.

La croissance bactérienne .

Chez les organismes pluricellulaires. Chez les bactéries augmentation du nombre de cellules. il y a augmentation de taille. Cet accroissement est donc synonyme d'une multiplication bactérienne. Chez Escherichia coli . 1 bactérie donne naissance à 2 bactéries identiques .Définition de la Croissance Généralement c’est l’accroissement de tous les composants d'un organisme. toutes les 20 min environ.

. . . . . N2 . . .Méthodes de mesure de la croissance 1. tn Milieu de culture Nn N. .B. Durant la croissance la T°C et l’aération doivent être respectées .Principe t0 Bactérie Détermination du Nombre ou de la masse bactérienne N0 N1 t1 t2 . . .

La turbidimétrie: consiste à mesurer le trouble bactérien. : . frais d'1 bact.= 1. Mesure de la masse Mesure du poids sec: (P. Nombre de cellules totales Cellule de Thomas Dispositif électronique (Compteur Coulter) Nombre de cellules viables Sur milieu solide Sur milieu liquide 2-2.2-1. Mesure du nombre de cellules 1.5 10-12 g) Dosage de l'azote total (14% du poids sec).

La turbidimétrie
Une suspension cellulaire, traversée par un rayon lumineux, disperse la lumière (absorbe) et la quantité transmise est réduite par rapport à la quantité émise.

Ceci est mesuré à l'aide d'un spectrophotomètre.

Cuve à spectrophotomètre

I0
Source de lumière

…… .. …… .... .. ..…… . . …… .…… ... .. .……. . . .…… . .. ……

I

I < I0
Toute suspension bactérienne obéit à la Loi de Beer Lambert :

Lumière réfléchie (absorbée)

D.O = log I0 / I = ∑ l C = K C
∑ = constante d’absorbance l = distance traversée par le rayon (1 cm)

∑ et l sont constantes, donc DO proportionnelle à C La longueur d'onde utilisée pour la suspension bactérienne est comprise entre 550 et 660 nm ( (spectre d'absorbance).

Constantes et expression de la croissance
La croissance d'une bactérie est définie par 2 constantes:

Le temps de génération
C'est le temps qui sépare 2 divisions successives (= temps nécessaire au doublement de la population).

G = t/n
t = temps de croissance (connu) et n = nombre de divisions Ex. chez E. coli : G = 20 min

Le taux de croissance
C'est le nombre de divisions par unité de temps.

µ= n/t

donc

µ= 1/G

est exprimé en nombre de divisions/unité de temps

. . . . .Expression mathématique de la croissance Temps t0 t1 t2 t3 t4 . N0 n fois 2n N0 (n = nombre divisions et N0= nombre de bactéries à t0) N = 2n N0 (avec µ = n/t et n = µt) donc N = 2µt N0 .. nombre de Bactéries N0 = 1N0 N1 = 2N0 N2 = 2 x 2 x N0 N3 = 2 x 2 x 2 x N0 N4 = 2 x 2 x 2 x 2 x N0 20 N0 21 N0 22 N0 23 N0 24 N0 tn Nn = 2 x 2 x 2 x 2 x ….

t1= G Courbe: Nombre élevés posent un problème pour une échelle arithmétique .t0= G A t2 correspond N2 = 4N0 (4 105 à 4 106) avec t2 .Représentation graphique de la Courbe de croissance La croissance bactérienne est représentée par un graphe : N = f(t) ou DO = f(t) ou autres Représentation arithmétique arithmétique: A t0 correspond N0 (ordre 105 à 106) N = f (t) A t1 correspond N1= 2N0 (2 105 à 2 106) avec t1 .

Expression logarithmique N = 2n N0 (avec µ = n/t et n = µt) donc N = 2µt N0 log N = log 2n N0 (n = µt) log N = log 2µt N0 log N = µ t log 2 + log N0 Constante log N = log 2µt + log N0 y=ax+b Pente de la droite: Équation d’une droite P = a = µ log 2 µ = P / log 2 log N .log N0 µ= t log 2 .

. .Représentation logarithmique Courbe: log N = f (temps) Echelle logarithmique . . tx temps Tracer la courbe sur un papier semi semi-logarithmique . log N log Nx log N1 log N0 to t1 t2 Echelle arithmétique . .

6 109 1.2 108 1.2 109 1.1 108 5 10 15 20 25 30 35 40 50 60 1.4 109 1.1 108 5.Log N Log 109 · · · · · · · · · · Temps Nombre bactéries ml en heure (H) 0 1.65 109 Log 108 · .65 109 1.4 108 9.55 109 1.8 108 3.

. prendre N2 = 2 N1 log N2 = 2 x log N1 on a alors G = t2 .log N1 (t2 .t1 log N1 log N0 t1 Pour calculer µ: µ = t2 log N2 .t1) log 2 temps Ou µ= 1/G Eviter de prendre en considération le N0.Détermination théorique des paramètres log N Pour G.

La croissance n'est pas toujours exponentielle. = 1/G = 1/20 = 0. coli.05 div / min = 3 div / heure Après 48 heures de croissance exponentielle et si on part au t0 d'une seule bactérie (N0= 1): Log N = µt log 2 + log No Log N = 3 x 48 x 0.344 Le nombre de bactéries est: N = 2.3 1025 tonnes (poids de la terre = 5 1021 tonnes) . 12 Le poids 1 bactérie = 1. G est de 20 min C.3 1031g soit 3. à 37°C.5 10-12 g la masse bactérienne = 3.2 1043 bactéries.301 = 43. Justification: E.

Les phases de croissance log N Phase stationnaire phase de déclin Phase exponentielle Phase de déccélération Phase de latence Phase d'accélération temps .

L'âge des bactéries . N0 = Constant et donc : =0 Causes: .La composition du milieu de culture La phase d'accélération Début de croissance.La phase de latence Pas de croissance. le nombre bactérien augmente > 0 Causes: début d'adaptation des bactéries au milieu .

maximal et constant Sur papier semi logarithmique: phase exponentielle = droite (relation proportionnelle entre le log N et le temps).La phase exponentielle C'est la phase physiologique idéale pour la croissance Le temps de génération G est minimal Le taux de croissance > 0. . Log N = µt log 2 + log No (équation d’une droite: Y = ax + b) La phase exponentielle dure généralement quelques heures.

l'accumulation de métabolites toxiques. Causes: l'épuisement du milieu de culture. Le milieu devient moins favorable à la croissance. La phase stationnaire Il n’y a plus de croissance: l = 0 Nombre de cellules viables est constant constant: Equilibre entre cellules qui meurent et celles qui apparaissent ou même nombre de cellules viables sans division ni disparition. l'évolution défavorable des conditions physico physico-chimiques .La phase de ralentissement Taux de croissance diminue L'augmentation de N dans le temps est plus faible que durant la phase exponentielle.

et certaines sont lysées Cette phase est visible ou pas selon la méthode d’étude: nb bactéries viables (toujours) /turbidimétrie (si lyse) .La phase de déclin Le taux de croissance est négatif ( < 0). Les bactéries ne se divisent plus beaucoup meurent plus.

Variation de pendant les phases de croissance µ µ = f(t) ( µ = max et Constant) ( µ > 0) mais en diminution ( µ > 0) ( µ = 0) ( µ = 0) ( µ < 0) t .

coli en présence de glucose et de lactose log N lactose Synthèse d’enzymes (Opéron lactose) Glucose temps . Cas de la diauxie Croissance dans 1 milieu synthétique en présence de 2 substrats carbonées. Exemple: croissance d’E.1.Cas particuliers de croissance 9.

Croissance synchrone On peut amener les bactéries à se diviser au même moment.2.9. puis à 37°C pendant 8 min log N 37°C 25°C 37° °C 25°C C 37°C 25°C 25°C 28’ 8’ 28’ 8’ 28’ 8’ 28’ 8’ 37°C temps La courbe montre une série de paliers successifs . ce qui donnerait une croissance synchrone. Par choc thermique chez Salmonella typhimurium : les bactéries sont incubées alternativement à une température de 25°C pendant 28 min.

Pour cela. on peut maintenir une culture en croissance exponentielle pendant plusieurs heures voir plusieurs jours.9.3. Croissance continue Dans les conditions habituelles de croissance. il faut renouveler constamment le milieu de culture tout en éliminant les produits résultant du métabolisme cellulaire. Expérimentalement. C'est le principe des fermenteurs industriels. . la phase exponentielle ne peut durer que quelques heures.

Fermenteur de laboratoire Fermenteurs industriels .

: taux de croissance maximal et N : population constante N est choisi en phase exponentielle et renouvellement du milieu log N est maintenu constant par Milieu non renouvelé Turbidostat ou Milieu renouvelé temps NB. régulation du taux de dilution qui doit être égal au taux de croissance .

.10. Bacillus subtilis: = 0. température.3 div/h sur milieu synthétique = 3 div/h sur bouillon nutritif. Facteurs influençant la croissance bactérienne Composition du milieu de culture Facteurs physico-chimiques: pH.1. Composition du milieu de culture Le taux de croissance d'une bactérie dépend du milieu de culture: Ex. oxygène chimiques: Agents antimicrobiens: les antibiotiques 10.

augmente proportionnellement à la quantité de glucose jusqu'à une valeur à partir de laquelle il est inutile d’augmenter la concentration du glucose (C optimale). .Cas de l’effet de la concentration du substrat carboné chez E. µ µ max 0 C1 C2 C3 C4 C5 [Glucose] NB: Un substrat fourni en concentration trop élevée peut avoir un effet bactériostatique (arrêt de croissance) ou bactéricide (mort des bactéries). coli.

des bact. le taux de croissance est optimal mais le rendement peut continuer à augmenter .Substrat/rendement En phase stationnaire. à t0 (en g) X = P.S. C = Quantité substrat consommé A la concentration optimale.X0 x 100 C avec: X0= P.S. la biomasse cellulaire est directement proportionnelle à la concentration de la source de carbone. Cette biomasse détermine le rendement: R = X . des bact. phase stat.

10. (tampons /exp K2HPO4 et KH2PO4). Facteurs physico-chimiques: chimiques: Effet du pH sur la croissance La majorité des bactéries prolifèrent en milieux neutres ou légèrement alcalins.2. les bactéries qui exigent un pH élevé sont dites des basophiles exp: Vibrio a un pH optimal de 9 Les bactéries ne se développant qu'au voisinage de la neutralité sont dites neutrophiles. . /exp: Il existe des bactéries présentant des tolérances particulières au pH: Certaines exigent des pH bas: on parle de bactéries acidophiles cas de Thiobacillus thiooxydans qui a un pH optimal de l'ordre de 2 Inversement.

Effet de la température sur la croissance
Les limites de température entre lesquelles les organismes vivants peuvent croître sont: - 5°C : point de congélation de l'eau dans les cellules vivantes C + 80°C : thermolabilité des protéines et des acides nucléiques C Selon la température optimale de développement, on distingue: Types Psychrophiles Mésophiles Thermophiles T° min -15°C 5 à 10°C 40°C T° opt + 10°C 30 à 37°C 42 à 55°C T° max + 20°C 40 à 43°C 60 à 80°C

A 37°C: G de E. coli est de 20 mn, A 42°C: G devient 50 mn

Effet de la pression osmotique sur la croissance
La bactérie accumule dans le cytoplasme une concentration élevée en substrats PO int

> PO ext
plasmolyse

Si forte augmentation de l'osmolarité du milieu extracellulaire risque d’efflux d'eau

inhibition de processus vitaux: biosynthèse de macromolécules, réplication de l'ADN etc… : arrêt de croissance,

pour éviter cela, la bactérie doit ajuster sa pression osmotique interne à une valeur supérieure à celle du milieu externe, C’est l’osmorégulation: accumulation de K+, d’acides aminés, sucres etc…

Selon ce pouvoir d’osmorégulation, on distingue 4 groupes de bactéries

Groupe Non Halophiles Halophiles Halophiles modérés Halophiles extrêmes

Exemple

[NaCl] tolérée
0à4% 0,2 à 5 % 2,3 à 20,5 % 5 à 36 %

E. coli Pseudomonas marina Pediococcus halophilus Halobacterium

synthétique ou hémisynthétique (les sulfamides) pouvant avoir un effet létal (bactéricide) ou statique ( bactériostatique). La toxicité est sélective . Agents antimicrobiens: Agents chimiothérapeutiques: Au sens strict: Agent antimicrobien. bactériostatique).10.3. tue ou inhibe d’autres microorganismes. produit par des microorganisme. Au sens large: Toute molécule de faible PM d’origine naturelle (les antibiotiques).

Modalité d’action: 109 Bactériostatique inhibe la croissance Témoin cfu/ml 1 mg / l 105 2 mg / l Temps (h) 24 h .

dépendant 102 1 mg / l 2 mg / l Concentration .Bactéricide tue les bactéries 105 Témoin cfu/ml Temps (h) 24 h Temps .dépendant .

Mode d’action Action sur la synthèse de la paroi Action sur la membrane cytoplasmique Action sur la synthèse des protéiques Action sur les acides nucléiques .

Action pendant la phase active de croissance: Effet bactéricide Action sur la membrane cytoplasmique: Ex.Action sur la synthèse de la paroi: Ex. Effet bactéricide . la Pénicilline = analogue structural du dipeptide D-alanine. Il y a multiplication mais éclatement cellulaire par suite de l’absence de la paroi. il empêche son incorporation dans le chaînon peptidique. Action pendant et en dehors de la croissance. membranaires. la polymixine = Antibiotique de nature polypeptidique qui altèrent la membrane plasmique en y formant des pores qui seront à l’origine de perturbation des échanges membranaires.

2: La streptomycine se fixe au niveau de l’unité 30 S du ribosome Il y a des erreurs de lecture du code génétique et l’incorporation d’acides aminés ne correspondant pas à l’information des ARNm. Action pendant la phase active de croissance. Il y a synthèse de protéines non sens (léthales).Action sur la synthèse des protéines: Les antibiotiques agissent sur les ribosomes pour empêcher la lecture du code ou la fausser. Effet bactéricide . Ex. inhibition de la synthèse protéique protéique. Ex. 1: L’erythromycine se fixe au niveau de l’unité 50 S du ribosome Elle empêche la fixation du complexe acides aminés-ARNt. Action pendant la phase active de croissance Effet bactériostatique croissance.

Action sur les acides nucléiques Action sur l’ADN: Ex. la mitomycine forme des ponts entre les hélices de l’ADN Elle empêche la réplication par la polymérase et bloque la croissance Action pendant la phase active de croissance. l’actinomycine bloque l’ARN polymérase . Effet bactériostatique Action sur l’ARN: Ex.

Taxonomie bactérienne .

les familles présentant des similitudes forment un ordre.Principe tout individu appartient à une espèce espèce. les classes semblables sont réunies en une division ou phylum. les espèces proches sont groupées en un genre. . les genres rapprochés sont réunis en une famille. les ordres apparentés sont rangés en une classe.

Identifier de nouveaux organismes et déterminer leur appartenance ou non à l’une des espèces connues connues.. Appliquer le code international de la nomenclature bactérienne pour les nommer (Exp: Escherichia coli). Les classer sur la base de leur similitude.Taxonomie = Systématique: science qui étudie la diversité des êtres vivants ainsi que les relations qui existent entre eux. Elle consiste à: Caractériser les bactéries. . en groupes ou taxons (genres. espèces.)..

généralement par division binaire. Pour définir une espèce bactérienne les taxonomistes sont amenés à fixer une limite arbitraire de différences à partir de laquelle deux types doivent être classés en deux espèces différentes . la notion d'espèce est fondée sur l'interfécondité des individus: patrimoine héréditaire. . Chez les organismes supérieurs. Or: bactéries = microorganismes haploïdes. se reproduisant par voie asexuée.L'unité taxonomique = l'espèce • Une espèce biologique est un ensemble d'individus qui présentent un haut degré de ressemblance phénotypique phénotypique.

. Les individus d'une souche sont en principe identiques sauf en cas de mutation mutation. • Le biotype dérive du clone qui représente la population bactérienne issue d'une même et unique cellule qui s'est multipliée par divisions binaires binaires. • Une espèce regroupe les souches bactériennes présentant caractères. une grande similitude de caractères .• LWOFF définit un biotype: "un groupe d'individus possédant le même patrimoine héréditaire et ont en commun la grande majorité de leurs caractères". • Cette population bactérienne issue d'un clone est appelée souche bactérienne.

Cependant.La taxonomie classique Critères morphologiques et structuraux Insuffisants mais un premier regroupement simple et pratique.(Bacillus subtilis) Critères biochimiques Fermentation des glucides /exp la Fermentation du glucose (test Voges Prauskauer) Dégradation des protéines /exp Dégradation de la peptone exp Dégradation des lipides Cas particuliers: catalases (H2O2) et coagulases (plasma) . certains caractères sont sujets à des variations: Exp: les Gram+ âgés prennent l'aspect des Gram.

Chaque sérotype étant un groupe de souches présentant une réaction avec un même anticorps ou un groupe d'anticorps.Critères immunologiques L'établissement de la carte antigénique = sérotypage. Le site de fixation est une protéine spécifique d'un phage. Les souches du même sérotype peuvent appartenir à la même espèce Critères de lysotypie La fixation des bactériophages est liée à des sites sur la paroi bactérienne. Si phage virulent: lyse bactérienne (cycle lytique). . Deux souches capables de fixer les mêmes phages et développant des cycles lytiques appartiennent au même lysotype et peuvent appartenir à la même espèce.

biochimiques. sérologiques etc… ne traduisent qu'une faible proportion du génome.La taxonomie moléculaire Dans la taxonomie classique. C'est pourquoi une approche génétique est nécessaire en taxonomie bactérienne. Elle concerne la nature physicochimique du génome bactérien. l'étude des phénotypes ne donne qu'une information incomplète: incomplète les caractères morphologiques. Le %GC ou le coefficient de Chargaff L’analyse et séquençage des ARN ribosomaux L'hybridation ADN / ADN .

Le coefficient GC% = nombre de couples (guanine+cytosine) pour 100 couples de bases dans l'ADN de la bactérie étudiée.2. il faut que la différence entre les GC% de leur ADN soit inférieur à 5%. le GC% varie de 30 à 75 % Pour que deux souches soient considérées comme appartenant à la même espèce.1. Chez les bactéries. Le GC% ou le coefficient de Chargaff La technique de Chargaff est basée sur l'évaluation quantitative des deux groupes de bases azotées (GC et AT) en spectrophotométrie à UV (260 nm). .

il comporte des limites: Deux bactéries peuvent avoir le même %GC mais ne pas présenter les mêmes séquences nucléotidiques et être donc génétiquement très éloignées.Mais: si le %GC est une information importante en taxonomie. ADN bactérien : GC% 10 30 70 Steptococcus Staphylococcus 50 90% .

2. L’analyse des ADN ribosomaux Promoteur IGS ADNr 23S IGS 5S ADNr Terminaison 5’ ADNr 16S 3’ Outil phylogénétique répondant aux critères nécessaires à une étude évolutive. en particulier la stabilité Analyse du gène rDNA-16S Amplification et analyse du polymorphisme des fragments de restriction: PCR/RFLP Séquençage total ou partiel .2.

ciceri 530 pb R.etli B.584 pb 226 pb M III Rch 985 Rch 984 Rch 9865 Rch 9841 Rch 9813 Rch 9868 Rch 24 M.japonicum M III Electrophorèse sur gel polyachrylamide du 16 S amplifié Rch 981 MspI Rch 984 Rch 60 Rch 9821 Rch 9865 Rch 9815 Rch 9840 Rch 9819 100 pb Rch 985 Rch 9816 Rch 982 200 pb 800 pb Gel des profils de restriction du 16 S par MspI .mediterraneum R.tropici R.meliloti M.

. Si on mélange deux ADN dénaturés provenant de deux espèces bactériennes.2. on considère que 2 souches sont de la même espèce si le taux d’hybridation ADN/ADN est de 70 à 100%. càd plus leur séquences de bases se ressemblent (degré d'homologie important) plus il est facile de former des ADN hybrides. hybride: Ainsi. plus deux espèces sont proches génétiquement. Chez les Enterobacteriaceae. L'hybridation ADN / ADN Le chauffage d'un ADN bicaténaire donne deux brins homologues à séquences complémentaires: c’est la dénaturation. Un refroidissement entraîne un réappariement des deux brins d'ADN: c'est la renaturation in vitro. l'ADN monobrin d'une espèce peut éventuellement se réassocier avec le monobrin issu de la deuxième bactérie pour former un ADN bicaténaire hybride c'est l'hybridation.3.

La taxonomie numérique Pour construire une classification à l'aide des caractères phénotypiques et/ou moléculaires. Principe: Tous les caractères phénotypiques d'un organisme ont la même valeur. numérique ou adansonnienne (Adonson Adonson). Les distances taxonomiques entre deux organismes sont exprimées par un coefficient de similitude calculé d'après le nombre de caractères partagés par rapport au nombre total de caractères examinés. Cette conception est arbitraire et donc peu fiable. De ce fait on parle de taxonomie . Pour s'y soustraire. le chercheur est amené à donner plus d'importance à certains d'entre eux. Exp programme: UPGMA . Adonson (botaniste) a proposé d'affecter à tous les caractères le même poids.

5) (de 5 à 45°C) ► Résistance intrinsèque : antibiotiques. CaCl2. K2SO4.nodosités racinaires 48 souches de rhizobium: nodulant le pois-chiche 13 régions du Maroc ≠ étages bioclimatiques ► Performance symbiotique (nodulation et fixation d’azote) ► Croissance sur milieu YEM (taux de croissance) ► Tolérance à la salinité ► Tolérance aux pHs ► Tolérance à la température (NaCl. KCl. métaux lourds ► Assimilation de 49 carbohydrates ► Analyse numérique : UPGMA . Na2SO4. CaSO4) (de 4 à 9.

80 0. .Niveau de similarité 0.65 0.75 0.85 0.60 0.70 0.90 0.95 1.00 Rch 9869 Rch 9868 Rch 9871 Rch 9813 Rch 9835 Rch 9832 Rch 9865 Rch 9862 Rch 9863 Rch 9861 Rch 9820 Rch 9819 Rch 985 Rch 984 Rch 128 Rch 102 Rch 7 Rch 161 Rch 134 Rch 19 Rch 28 Rch 30 Rch 18 Rch 94 Rch 60 Rch 126 Rch 125 Rch 35 Rch 24 Rch 16 Rch 14 Rch 13 Rch 10 Rch 5 Rch 2 Rch 9816 Rch 9815 Rch 989 Rch 9822 Rch 9842 Rch 9841 Rch 9840 Rch 9821 Rch 8 Rch 988 Rch 982 Rch 983 Rch 981 GroupeIII 100% Kalâa Groupe II 100% Ben Slimane Groupe I isolats de différentes régions Phénogramme représentant la similarité phénotypique entre les rhizobia du pois chiche de différentes régions du Maroc.

meliloti M.584 pb 226 pb M III Rch 985 Rch 984 Rch 9865 Rch 9841 Rch 9813 Rch 9868 Rch 24 M.mediterraneum R.tropici R.japonicum M III Rch 981 Rch 984 Rch 60 Rch 9821 Rch 9865 Rch 9815 Rch 9840 Rch 9819 100 pb Rch 985 Rch 9816 Rch 982 200 pb 800 pb Gel des profils de restriction du 16 S par MspI .etli B.ciceri 530 pb Gel polyachrylamide du 16 S amplifié MspI R.

par rapport aux souches de référence. mediterraneum IC60 Groupe 3 M. japonicum USDA 110 Agrobacterium sp. leguminosarum bv viciae VF 39 R. ciceri IC2091 Dendrogramme. tropici IIb Ciat 899 S. basé sur la PCR/RFLP du gène rDNA 16S. 348 R. etli CFN42 R. Meliloti GR4 Rch9871 Rch9869 Rch9868 Rch9813 Rch9865 Rch9863 Rch9862 Rch9861 Rch9835 Rch9832 Rch9820 Rch9819 Rch985 Rch984 Rch9842 Rch9841 Rch9840 Rch9822 Rch9821 Rch989 Rch988 Rch983 Rch982 Rch981 Rch128 Rch102 Rch8 Rch7 Rch9816 Rch9815 Rch161 Rch134 Rch126 Rch125 Rch94 Rch60 Rch35 Rch30 Rch28 Rch24 Rch19 Rch18 Rch16 Rch14 Rch13 Rch10 Rch5 Groupe 4 M.006 B. fredii USDA 205 S.0. loti NZP2213 Groupe 2 M. Groupe 1 . montrant la position phylogénétique des rhizobia nodulant le pois chiche au Maroc.

mongolense A. Rch19B Rch981 Rch9816 Rch9815 Rch7B M. rhizogenes R.01 Arbre phylogénétique basé sur le séquençage des rDNA-16 Mesorhizobium A. tianshanense M. elkanii B. meliloti . Rch10B. Rch9865 B. caulinodans S. etli R. ciceri Sinorhizobium A. huautlense M. Rch9868 R. leguminosarum 77 R.88 Rch9813. tumefaciens A. medicae 100 S. giardinii 100 G4 73 98 100 88 61 100 96 Rch2B. huakuii 68 M. vitis R. fredii 100 S. japonicum G3 100 0. gallicum 99 R. tropici R. plurifarium 50 M. terangae S. saheli 58 100 S. amorphae M. chacoense M. rubi 85 A. loti 100 M. xinjiangensis 100 S. hainanense R. galegae 100 R. mediterraneum 100 97 G1 + G2 Rch984.

2.Groupes et souches Espèces de référence Taux de similitude Nombre de bases différentes M.6% 99.8% 2 bases 99. Loti M.8% 4 bases 2 bases 4 bases G 2: Rch 7.6% 4 bases % de similitude des séquences des ADNr 16S entre les groupes de rhizobia de pois chiche et les espèces des genres Mesorhizobium et Sinorhizobium .4% 99. 981 M.9% 1 base G 3: Rch 984. Mediterraneum 98. loti M. 19 99.7% 6 bases 3 bases G 4: Rch 9813.6% 99. Ciceri G 1: Rch 9816. tianshanense S. Rch 9865 M. Meliloti Sinorhizobium sp 99. ciceri Rch 9815 M. Rch9868 99. 10.

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful