LA STRUCTURE DES PROTÉINES

I) Introduction

Les peptides et les protéines sont formés par des enchaînements d'acides aminés liés entre eux par des liaisons peptidiques. Cette liaison à lieu entre le groupement acide carboxylique -COOH d'un acide aminé et la fonction amine -NH2 d'un autre acide aminé. Par convention, chez une protéine on place toujours à gauche l'acide aminé qui a son - NH2 libre et à droite l'acide aminé qui a son -COOH libre. En général on distingue, lorsque plusieurs acides aminés sont assemblés : - les oligopeptides (les dipeptides : 2 acides aminés, et les tripeptides : 3 acides aminés). Ils ne permettent pas la réaction du biuret. - les polypeptides (4 à 100 acides aminés) - les protéines (plus de 100 acides aminés) Lorsque l'on isole une nouvelle protéine il faut en déterminer la structure. En effet ces molécules ont une structure dans l'espace qui va être due a plusieurs niveaux d'organisation. On va parler de structure primaire et de structure spatiale. La structure spatiale est divisée en 3 niveaux d'organisation : - structure secondaire - structure tertiaire - structure quaternaire

II) La structure primaire
1) La composition en acides aminés
La structure primaire des protéines est représenté par la séquence en acides aminés. La première étape de la détermination de cette structure passe par l'identification des différents acides aminés et la détermination de leur nombre. Pour cela on va rompre les liaisons peptidiques échangées entre les acides aminés. On va effectuer une hydrolyse acide en utilisant du HCl à 6 mol/L à 110 °C pendant 2 à 3 jours sous atmosphère d'azote. Attention ce traitement détruit le tryptophane et transforme l'asparagine et la glutamine en acide aspartique et en acide glutamique. L'identification du mélange obtenu peut se faire par électrophorèse ou par chromatographie en utilisant une coloration.

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2 . par exemple.La méthode de Sanger Pour identifier le premier acide aminé d'une chaîne on va utiliser un colorant des acides aminés. En réalisant une hydrolyse acide les acides aminés sont séparés et seul le premier est coloré. La liaison covalente entre cette molécule et le premier acide aminé est plus résistante que la liaison peptidique. Détermination des groupements α aminés terminaux libres .2) La séquence en acides aminés a) Les groupements terminaux libres Forme de la protéine Nombre d'extrémité Forme 0 Cyclique 1 Semi-cyclique 2 Linéaire 4 2 chaînes linéaires reliées par un pont dissulfure L'existence et le nombre des extrémités permet d'avoir une idée de la forme de la molécules. On peut l'identifier par chromatographie. le DNFB.

La méthode d'Edmann 3 ..

Il se fixe sur le premier acide aminé puis par une variation de pH on est capable de décrocher le premier acide aminé coloré tout en respectant le reste de la protéines. un prélèvement est réalisé et on regarde quel est l'acide aminé marqué. En répétant cette opération on va pouvoir déterminer l'ordre des premiers acides aminés mais comme les réactions ne sont pas totales on aura un phénomène de désynchronisation qui brouille les résultats ce qui empêche de déterminer plus de 20 à 30 acides aminés successifs. La molécule utilisé est le phénylthiocyanate.Cette méthode à l'avantage de permettre une analyse par récurrence. Elle à été automatisée dans un appareil appelé Sequenator permettant de séquencer les petits polypeptides. on peut identifier ce premier acide aminé et réappliqué la méthode au reste de la protéine. Par chromatographie. par exemple. 4 . Exemple : soit un tripeptide H2N-Asp-Lys-Val-COOH Après réaction avec la PTH. Ce sera le premier de la chaîne.

Une fois que la protéines à été traité par le BrCN il faut visualiser et isoler les morceaux générés. liaisons ioniques. Cette analyse passera également par leur fragmentation. toutes les liaisons peptidiques sont détruites et tout les acides aminés sont modifié sous forme d'hydrazides sauf un. . Cette enzyme va travailler également par récurrence. On va préférer des hydrolyses partielles en utilisant la voie chimique ou enzymatique.Dégradation enzymatique à l'aide d'une carboxypeptidase C'est une enzyme du pancréas qui hydrolyse la liaison peptidique où est engagé l'acide aminé de l'extrémité C-terminal de la protéine. En effet l'utilisation de bromure de cyanogène (BrCN) va permettre de couper toutes les liaisons peptidiques d'une protéine après la méthionine. .Hydrazinolyse Si l'on traite une protéine avec de l'hydrazine ( H2N-NH2) à 100 °C. Détermination des groupements α carboxyliques terminaux libres .Il faut donc préalablement fragmenter les protéines pour analyser chaque morceau. Séparation des chaînes Si les liaisons à casser sont des liaisons de faibles énergies (liaisons hydrogènes. Si l'on doit casser des ponts disulfures (liaisons covalentes) échangés entre 2 cystéines on va utiliser du β -mercaptoéthanol ou du DTT (dithiotritol). Fragmentation d'une chaîne polypeptidiques La fragmentation des chaînes peut être réalisée par des hydrolyses partielles utilisant un acide concentré mais en le laissant agir peu de temps. Une fois le premier acide aminé couper c'est au tour du second. Pour cela on fait une électrophorèse. liaisons de Van der Waals) elles peuvent être rompues par une modification du pH ou par une modification de la force ionique du milieu.Dégradation enzymatique à l'aide d'aminopeptidase Le rôle de cette enzyme est d'hydrolyser la liaison peptidique dans laquelle est engagé l'acide aminé en position N-terminal. Si dans la protéine on avait n méthionine on aura généré n+1 fragments de protéine. 5 . etc. C'est donc l'acide aminé en C-terminal qui sera à l'état libre et identifiable. On dispose donc d'une méthode récurrente. celui dont la fonction -COOH n'est pas utilisé dans une liaison peptidique. b) Problème du nombre de chaînes peptidiques et de la désynchronisation des méthodes récurrente Pour résoudre ce type de problème on est obligé de séparer les différentes chaînes constituant une protéines pour les analyser séparément. Le risque est de générer des coupures de manières aléatoires. étant donné que toutes les liaisons peptidiques n'ont pas la même résistance on va observer un phénomène de désynchronisation.

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Par exemple la trypsine va couper les liaisons peptidiques après l'Arg et la Lys. Ces liaisons peuvent être interchaînes ou intrachaînes. Cette liaison peut avoir lieu au sein d'une même chaîne ou entre 2 chaînes différentes. En effet sa forme tridimensionnelle va être spécifique de la protéine. 1) Liaisons intervenant dans la structure spatiale des protéines a) Les liaisons disulfures Le pont disulfure est une liaison covalente qui va s'établir entre 2 cystéines appartenant soit à la même chaîne soit à 2 chaînes différentes ===> contribue à la grande stabilité de la structure spatiale.BrCN : il coupe après la méthionine La pepsine : elle coupe avant les acides aminés aromatiques (Tyr. etc. tertiaire et quaternaire. b) Les liaisons ioniques C'est une liaison de faible énergie. leucine. Ces liaisons peuvent s'établir entre les fonctions -C==O et -N – H que l'on trouve au niveau de la liaison peptidique ainsi qu'avec les radicaux de certains acides aminés. Lorsque 2 atomes non-chargés sont proches l'un de l'autre leur nuages électroniques vont s'influencer ce qui va créer un déséquilibre transitoire et la formation de dipôles qui vont s'attirer. c) Les liaisons hydrogènes Ce sont des liaisons de très faible énergie qui vont apparaître lorsque l'on a à proximité l'un de l'autre un atome d'hydrogène lié à un oxygène ou à un azote et un doublet électronique non-partagé d'un autre azote ou d'un autre oxygène. Trp. La protéine va présenter une structure secondaire. valine. III) La structure spatiale La structure primaire d'une protéine est insuffisante pour rendre compte de sa forme dans l'espace. Phe) La trypsine : elle coupe après l'arginine et la lysine La chymotrypsine : elle coupe après les acides aminés aromatiques X – Met – Y X – Phe – Y X – Arg – Y X – Tyr – Y L'hydrolyse de site spécifique peut se faire en utilisant des enzymes : les endopeptidases.). Cette forme dans l'espace va faire intervenir un type de liaison autre que la liaison peptidique. elle va s'établir entre un radical chargé positivement (-NH3+) et un radical chargé négativement (-COO-). d) Les liaisons hydrophobes Un certains nombre d'acides aminés vont porter sur leur radical des zones hydrophobes (exemple : alanine. Ces chaînes latérales vont interagir entre elles pour faire des liaisons hydrophobes dites de Van der Waals. 8 .

des ponts disulfures. l'azote. Sur cette représentation (Cf doc) on voit que l'on à 2 chaînes anti-parallèles qui échange entre elles des liaisons hydrogènes. Les protéines de type kératine. Dans ce cas elle tourne dans le sens des aiguilles d'une montre quand on va de l'extrémité N-terminal vers l'extrémité C-terminal. etc. que l'on rencontre en particulier dans la laine.les plans successifs vont alterner l'un par rapport à l'autre : structure en feuilles plissés (feuillet β ) . Il y aura formation de fibres très résistantes et volumineuses qui seront stabilisées par des liaisons hydrogènes. Pour définir une telle hélice il faut calculer combien de résidus on va trouver par spire. c) La pelote statistique Cette structure n'est pas une structure ordonnée contrairement au 2 états précédents. Plusieurs hélice α peuvent s'enrouler les unes autour des autres à la manière d'un câble torsadé. b) État hélicoïdal (hélice α ) Lorsque l'on a à faire à une hélice α on voit qu'il y a formation de très nombreuses liaisons hydrogènes intrachaînes. sont essentiellement constitué d'hélice α .les plans successifs vont tourner régulièrement dans le même sens : structure hélicoïdale (hélice α ) . l'oxygène et l'hydrogène sont dans le même plan. Cette propriété va se traduire par 3 organisations possibles : . En effet elles présentent un caractère de double liaison ce qui ce traduit par le fait que les 3 carbones. 9 . On doit également déterminer le degré d'angle entre 2 plans successifs. L'hélice sera également caractérisée par son diamètre.2) Structure secondaire des protéines La liaison peptidique peut en fait s'écrire de 2 façons extrêmes : on appelle ces 2 formes des formes mésomères. C'est comme cela que se constituent les protéines fibreuses.les plans se succèdent de façon aléatoires : la structure est dite en pelote statistique a) La structure en feuillets plissés (feuillet β ) Cette structure se rencontre essentiellement dans les protéines dites de structure comme la fibroïne de soie. Les structures les plus répandus sont les hélices α droite. Dans cette structure les chaînes latérales R sont tournées vers l'extérieur et peuvent interagir entre elles et avec le milieu extérieur. ceci donne une forme dans l'espace qui n'est pas régulière.

l'urée. Ce n'est donc pas une hydrolyse. Ces sous-unités peuvent être de même nature ou de nature différente. la chaîne peptidique va prendre une conformation dans l'espace avec des zones densément organisées (hélice α et feuillet β ) = zones de reploiement et des zones plus lâches où ont lieu les changements de direction. Cette dénaturation peut être provoquée par différents agents physiques ou chimiques. Le respect de cette structure tertiaire est capital pour l'activité biologique de la molécule. Certaines molécules vont pouvoir se fixer sur la protéine ce qui modifiera sa forme et permettra de réguler l'activité enzymatique. liaisons de Van der Waals. liaisons ioniques). lorsqu'elle est ajouté à une solution protéique. sans modification de la composition chimique. Chacun d'eux va agir selon un mode qui lui est propre : . IV) La dénaturation des protéines C'est une désorganisation de la structure tridimensionnelle des édifices protéiques sans cassure des liaisons peptidiques. Une telle protéine est dite oligomérique et les sous-unités qui la composent sont appelés protomères. et de son activité si c'est une enzyme. 4) Structure quaternaire des protéines La structure quaternaire des protéines correspond à l'association spécifique de plusieurs chaînes peptidiques en une unité d'ordre supérieur seule capable d'assurer la fonction biologique. Ceci a permettre à la protéine de réagir avec différents composés par l'intermédiaire des radicaux exposés à conditions qu'il y ait une complémentarité de forme. En effet les acides aminés placés très loin les uns des autres dans la structure primaire vont pouvoir être très proches dans l'espace et travailler ensemble pour catalyser une réaction. L'hémoglobine est constitué de 2 chaînes α et de 2 chaînes β . 10 . Cette structure dans l'espace va être plus stable que la structure secondaire.3) Structure tertiaire des protéines Chez une protéine globulaire.une augmentation de la température se traduit par une augmentation de l'agitation moléculaire et donc par une rupture des liaisons de plus faible énergie Tout cela entraîne une modification de la forme de la molécule. détruit les liaisons hydrogènes . C'est l'exemple de l'hémoglobine. Dans cette structure tridimensionnelle les chaînes latérales polaires sont souvent regroupées en surface et les radicaux hydrophobes sont souvent rejetés à l'intérieur de la structure.les acides et les bases vont changer la charge de certains radicaux des acides aminés et faire disparaître certaines liaisons ioniques . Elle est possible grâce à des liaisons covalentes quand ce sont des ponts disulfures ou grâce à des liaisons de faible énergie (liaisons hydrogènes. l'assemblage est assuré par les liaisons de faibles énergie vu précédemment.

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