‫‪20/03/08‬‬

‫ביולוגיה מולקולרית – שיעור ‪8‬‬
‫מבנה רשת (‪ – )Network formation‬יכול להיווצר מצב בו גדילי ‪ DNA‬חד חוטיים‬
‫מתחברים לא בצורה שלמה בין שני גדילים‪,‬אלא אזורים שונים מתחברים לגדילים‬
‫שונים‪.‬‬
‫כדי למנוע את המצב הזה‪ ,‬חותכים את ה – ‪ DNA‬לחלקים קטנים (כ – ‪300‬‬
‫בסיסים) ‪.‬‬
‫ריאקצית החיבור‪:‬‬
‫‪C‬‬
‫‪1‬‬
‫=‬
‫‪CO 1 + kCO t‬‬

‫‪ – C‬ריכוז ‪ DNA‬חד גדילי‪.‬‬
‫‪ - C0‬ריכוז התחלתי של ‪ DNA‬חד גדילי‪.‬‬
‫‪ - k‬קבוע אנילינג‪ ,‬ריאקציה מסדר שני (תלוי בכל הגורמים המשתתפים בריאקציה)‪.‬‬
‫‪ - t‬זמן‪.‬‬
‫בשלב מסוים ‪ 50%‬מהגדילים החד חוטיים יהפכו לדו חוטיים‪ ,‬לכן ניתן להציב ‪-‬‬
‫‪C‬‬
‫‪1‬‬
‫‪= 0.5‬‬
‫ו ‪ , t = t 12 -‬נוכל לקבל ‪-‬‬
‫‪CO‬‬
‫‪k‬‬
‫‪1‬‬
‫צריך לזכור את המשוואה = ‪. CO t 12‬‬
‫‪k‬‬

‫= ‪ k( CO t‬ב ‪.) liters ( mole ) −1 sec −1 -‬‬

‫ידוע ש –‬

‫‪liter‬‬

‫‪µgr‬‬

‫‪2‬‬

‫‪1‬‬

‫‪. 1OD = 50‬‬

‫ככול שה ‪ CO t -‬הולך וגדל‪ ,‬ה – ‪ DNA‬של בעל החיים יותר מורכב‪.‬‬
‫‪2‬‬

‫‪1‬‬

‫יש אזורים ב – ‪ DNA‬שהם יחידנים ויש אזורים שחוזרים על עצמם‬
‫במקומות שונים ב – ‪.DNA‬‬
‫רצפים חוזרים יתנו ‪ CO t‬מהיר ורצף ייחודי ייתן ‪ CO t‬איטי‪.‬‬
‫‪2‬‬

‫‪1‬‬

‫‪2‬‬

‫‪1‬‬

‫יש ‪ DNA‬שיכולים לתת עקומות ‪ CO t‬שונות לפי רמת המורכבות‬
‫והחזרות ב – ‪.DNA‬‬
‫‪2‬‬

‫‪1‬‬

‫ניתן להשתמש ב ‪ CO t -‬כדי לדעת את מורכבות ‪ DNA‬מסוים כשמשווים אותו ל –‬
‫‪ DNA‬ידוע‪:‬‬
‫‪2‬‬

‫‪1‬‬

‫‪Complexity of any genome‬‬
‫‪4.2×106 bp‬‬

‫=‬

‫) ‪COt 12 ( DNA of any genome‬‬
‫)‪COt 12 ( E. coli DNA‬‬

‫‪-1-‬‬

‫‪20/03/08‬‬

‫ביולוגיה מולקולרית – שיעור ‪8‬‬

‫‪-2-‬‬

‫‪20/03/08‬‬

‫ביולוגיה מולקולרית – שיעור ‪8‬‬
‫לפי ה ‪ CO t -‬אפשר לדעת את מספר זוגות הנוקלאוטידים ב – ‪ DNA‬לא מוכר‬
‫כשבודקים אותו מול ‪ DNA‬מוכר‪.‬‬
‫‪2‬‬

‫‪1‬‬

‫אפשר לקחת את ה – ‪ DNA‬החתוך (לחלקים של ‪ 300‬בסיסים) ולסרכז אותו‬
‫בגרדיאנט של צזיום‪.‬‬
‫נקבל שני פיקים‪ ,‬אחד גדול ואחד קטן (מלווה ‪ ,)Satellite -‬הגדול הוא בעיקר יחידני‬
‫והקטן הוא של ‪ DNA‬בעל חזרות‪.‬‬
‫כשווירוס נכנס לתא הוא מייצר ‪ RNA‬חדש‪.‬‬
‫פאג' זוגי נקשר לתא החיידק ומחדיר את ה – ‪ DNA‬שלו‪ ,‬ה – ‪ DNA‬של הפאג'‬
‫הורס את ה – ‪ DNA‬של החיידק (‪ DNA‬הפאג' מוגן בגלל שהוא שונה במעט – יש לו‬
‫מטיל ציטוזיל במקום רק ציטוזיל)‪.‬‬
‫לאחר מכן‪ ,‬משוכפל ה – ‪ DNA‬של הפאג' בתוך החיידק‪ ,‬החיידק לא יכול לגדול‬
‫ולהשתכפל כי ה – ‪ DNA‬שלו הרוס‪.‬‬
‫לאחר מכן מסונתזים החלבונים‪ ,‬מורכבים פאג'ים חדשים ותא החיידק מתפוצץ‪.‬‬
‫תחרות היברידיזציה‬
‫נסתכל על ‪ 2‬גנים‪ ,‬לכל גן יש שני ‪ ,RNA‬אחד מסומן רדיואקטיבי ("קר") והשני לא‬
‫מסומן‪.‬‬
‫יש הרבה ‪ RNA‬לא מסומן ומעט מסומן‪.‬‬
‫נעשה היברידיזציה של ה – ‪ RNA‬עם הגנים‪ ,‬נתחיל עם‬
‫ה – ‪ RNA‬ה"חם" ונקבל רדיואקטיביות גבוהה‪.‬‬
‫לאחר מכן נוסיף ‪" RNA‬קר" וניצור תחרות על‬
‫ההיברידיזציה‪ ,‬הרדיואקטיביות יורדת מכיוון‬
‫שה – ‪ RNA‬ה"קר" תופס את כל המקום‪.‬‬

‫אם ניקח ‪" RNA‬חם" של גן אחד ונעשה תחרות עם‬
‫ה"קר" של הגן השני (בהנחה שאין הומולוגיה בין הגנים)‬
‫נראה שרק ה"חם" התחבר כי אין תחרות (ה"קר"‬
‫מתחבר אבל לא רואים את זה ברדיואקטיביות)‪.‬‬

‫בניסוי שלישי לוקחים ‪" RNA‬חם" של ‪ ,DNA 1‬שליש של‬
‫הכמות של ‪" RNA‬חם" של ‪ DNA 2‬והרבה ‪" RNA 2‬קר"‪.‬‬
‫בהתחלה מתחברים ה – ‪ RNA‬ה"חמים" ואח"כ‬
‫ה – ‪ RNA‬ה"קר" של ‪ 2‬מתחרה עם ה"חם" של ‪ 2‬ויש‬
‫ירידה ברדיואקטיביות‪.‬‬

‫‪-3-‬‬

‫‪20/03/08‬‬

‫ביולוגיה מולקולרית – שיעור ‪8‬‬

‫‪-4-‬‬

‫‪20/03/08‬‬

‫ביולוגיה מולקולרית – שיעור ‪8‬‬
‫לקחו תרבית עם ‪" RNA‬קר" שגדל בחיידק והוציאו דגימה כל ‪ 2‬דקות‪ ,‬בצורה זהה‬
‫עשו ל – ‪" RNA‬חם"‪.‬‬
‫עשו תחרויות בין דגימות מוקדמות ומאוחרות של ‪" RNA‬חם" ו"קר" על ‪ DNA‬חד‬
‫גדילי‪.‬‬
‫סיננו את החומר כך שרק ה – ‪ DNA‬הדו גדילי נתפס בו‪ ,‬שוטפים ומיבשים את‬
‫הפילטר‪ ,‬שמים אותו בכוסית ספירה ומודדים את הקרינה שיוצרת‪.‬‬
‫יש גנים שיתבטאו (ישועתקו ל ‪ )RNA -‬מוקדם וגנים שיתבטאו‬
‫מאוחר‪.‬‬
‫יש גנים שיתבטאו גם מאוחר וגם מוקדם‪.‬‬
‫אם נעשה תחרויות ביניהם‪ ,‬נראה שיש הבדל ברדיואקטיביות‬
‫בתחרות בין ‪ RNA‬חם וקר‪ ,‬מוקדם ומאוחר‪.‬‬
‫מדבר זה אנחנו לומדים שיש תוכנית מסודרת של עבודת‬
‫ה – ‪ DNA‬וה – ‪ RNA‬של הפאג'‪.‬‬
‫כך גילו שה – ‪ RNA‬מחזיק את התוכניות לייצור ולכן קראו‬
‫לו ‪.messenger‬‬
‫לדוגמה‪ ,‬יש חלבון שמונע אפופטוזיס של התא שצריך להיות מיוצר לאורך כל הזמן‪.‬‬

‫‪-5-‬‬

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful