You are on page 1of 8

PRAKTIKUM VIII Judul Tujuan : Simulasi Sintesis Protein : 1.

Mengetahui kode genetik yang didapatkan pada proses simulasi protein. 2. Mengetahui mekanisme sintesis protein dalam tubuhb makhluk hidup melalui simulasi. Hari/Tanggal Tempat I. : Senin/18 April 2011 : Laboratorium Biologi PMIPA FKIP UNLAM Banjarmasin

1. Menyiapkan alat dan bahan yang diperlukan. 2. Membentuk pola karton sesuai dengan bentuk yang diinginkan, diantaranya menggambar ribosom berupa lonceng yang besar dan kodonkodon pada potongan-potongan karton yang dibentuk berbeda-beda. 3. Memberikan tulisan atau keterangan untuk masing-masing karton, sebagai mRNA (warna biru, bentuk awan) dan tRNA (warna kuning, bentuk hati) serta membentuk sub unit besar (seperti lonceng) dan sub unit kecil (kotak). 4. Menyematkan masing-masing kode genetic dengan peniti kebaju untuk 11 orang mRNA dan 11 orang tRNA. 5. Melakukan proses simulas, sebagai berikut: a. Mahasiswa yang bertugas sebagai pembawa mRNA, mengambil potongan karton yang bertuliskan kodon-kodon, kemudian berbaris sambil bergandengan tangan sesuai dengan urutan masing-masing. b. Mahasiswa yang bertugas sebagai pembawa tRNA menghampiri mRNA di ribosom (sub unit besar dan kecil), terjadi penerjemahan kode genetik.

ALAT DAN BAHAN Alat yang digunakan sebagai berikut: 1. 2. 3. 4. 5. 6. Karton Spidol Peniti Alat tulis (pulpen, pensil dan penggaris) Gunting Lem

c. Pada proses pembentukan polipeptid, mahasiswa pertama yang


berperan sebagai tRNA menyematkan asam amino yang dibawa ke mRNA peserta lainnya, kemudian mahasiswa yang berperan sebagai tRNA yang kedua menyematkan asam aminonya pada rangkaian d. 7 orang sebagai pengamat e. Materi sintesis protein polipeptida yang terbentuk sebelumnya. Dalam hal ini berlangsung sampai mahasiswa terakhir. 1. Membuat rangkaian asam amino (merupakan polipetida yang terbentuk) bagi mahasiswa terakhir yang membawa stop kodon. 2. Pengamat mencatat dan menyimpulkan proses yang telah terjadi.

Bahan yang digunakan sebagai berikut: 1. Kertas karton warna 2. Peserta peraga, yaitu:

a. 11 orang sebagai mRNA b. 11 orang sebagai tRNA


c. 1 orang sebagai ribosom I. CARA KERJA

B. Kodon AUG disebut juga kodon permulaan, Karena kodon ini memulai II. TEORI DASAR Tempat basa nitrogen itu adalah U, C, A, G dapat sebagai alfabet dalam molekul DNA. Seperti yang kita ketahui sampai sekarang dikenal 20 macam asam amino, yang menjadi masalah dari kode genetik itu adalah bagaimanakah empat basa nitrogen itu dapat diterjemahkan dalam 20 macam asam amino yang menjadi bahan dasar protein. Telah diketahui bahwa ADN adalah bahan genetik yang memberi informasi genetik ari sel ke sel dan dari generasi ke generasi berikutnya. Sebuah pita molekul ADN terdiri dari tiga persenyawaan kimia, yaitu asam posfat, gula dioksiribosa dan basa nitrogen. Informasi genetik tergantung dari urutan basa nitrogen yang menyusun molekul ADN. Tetapi basa nitrogennya berbeda-beda, berhubungan dengan itu informasi genetik tergantung dari urutan basa nitrogen yang menyusun segmen molekul itu. Satu kelompok nukleotida yang memperinci suatu asam amino dinamakan kodon. Kemungkinan kode genetik yang paling sederhana ialah kode singlet, dimana sebuah nukleotida memberi kode untuk sebuah asam amino. Mengingat adanya 20 macam asam amino, maka baru 4 macam asam amino saja yang dapat diberi kode penyelidikan. Beberapa ahli seperti Nirenbang, dkk (1961) asam amino yang memiliki sifat structural hampir sama cenderung mempunyai kodon sekeluarga. Beberapa sifat dari kode triplet ialah: A. Tidak ada tumpang tindih, artinya tiada suatu basa tunggal pun yang dapat mengambil bagian dalam pembentukan lebih dari satu kodon sehingga enam empat kodon itu semua berbeda-beda nukleotidanya. I. HASIL PENGAMATAN Tabel Pengamatan Pasangan antara mRNA dan tRNA No. 1 mRNA AUG tRNA UAS Asam Amino Metionin sintesa rantai polipeptida. C. Kode genetik ini memiliki banyak sinonim sehingga hampir semua asam amino dinyatakan oleh lebih dari sebuah kodon, contohnya tiga asam amino, yaitu argenin, serin dan leusin masing-masing mempunyai enam kodon sinonim. Tetapi untuk banyak kodon sinonim yang menyatakan asam amino, dua basa permulaan dari triplet adalah tetap sedangkan basa yang ketiga dapat berlainan. D. Kode genetik dapat mempunyai dua arti yaitu kodon yang sama dapat diperinci lebih dari satu asam amino sebagai contoh kodon UUU biasanya merupakan kode untuk fenilalanin, tetapi bila ada Steptomisin dapat pula merupakan kode untuk isoleusin, leusin atau serin. E. Kode genetik itu ternyata universal, karena kode yang saam berlaku untuk semua macam makhluk hidup. F. Beberapa kodon dinamakan kodon non-sens karena kodon-kodon ini tidak merupakan kode untuk salah satu asam amino pun, misalnya UAA, UAG dan UGA.

2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 Keterangan: A G S U

AAG SUG AGS GAS GGU GCA GAA GAU GUS UGA

UUS GAS USG SUG SSA SGU SUU SUA SAG ASU

Lisin Leusin Serin Asam Aspartat Glisin Alanin Asam Glutamat Asam Aspartat Valine Stop/Berhenti

= Adenin = Guanin = Sitosin = Urasil Keterangan : Tabel hubungan antara kodon dengan macam asam amino yang dipesannya

Berdasarkan Literaur :

II. ANALISIS DATA

Sintesis protein merupakan polimer asam amino dimana jenis dan rangkaian asam amino penyususn protein berbeda-beda. Dari hasil percobaan yang telah dilakukan pada simulasi protein ini, dihasilkan rantai polipeptida berupa rangkaian asam amino seperti tampak pada tabel hasil pengamatan. Asam-asam amino yang terbentuk tersebut berasal dari kode genetik yang dibawa oleh mRNA dan diterjemahkan oleh tRNA sehingga dihasilkan asam-asam amino tertentu. Berdasarkan percobaan yang telah dilakukan yaitu salah satu mahasiswa (mahasiswa dengan urutan pertama) kemudian masuk ke ribosom. Hal ini menunjukkan bagian rangkaian mRNA yang memasuki ribosom. Setelah itu tRNA yang membawa asam amino masuk ke dalam ribosom sesuai dengan mRNA yang ada. Dimana mRNA adalah kodon dan tRNA antikodon. Untuk memulai sintesa Sumber : http://stemcells.nih.gov/StaticResources/info/scireport/ima ges/figurea6.jpg Tanggal Akses : 29 April 2011 protein tRNA yang memiliki antikodon UAC mengikat Methionin dan masuk ke dalam ribosom menempati bagian dari mRNA yang mempunyai kodon AUG. Proses ini nampak dari berpasangannya mahasiswa di dalam ribosom. Ketepatan kodon dan antikodonnya nampak dari kesesuaian kartu indeks. Bagian molekul tRNA yang berperan dalam mengikat molekul asam amino ialah lengan asam amino dan juga terdapat bagian penting lain yaitu lipatan antikodon yang mempunyai fungsi menemukan kodon yang menjadi pasangannya dalam mRNA yang terdapat di ribosom.

Selanjutnya tRNA yang kedua yaitu tRNA-Lysin masuk ke dalam ribosom dan menempati kodon UUC. Dengan cara ini Lysin yang menjadi asam amino awal membentuk ikatan peptida dengan Leusin. Hal ini nampak pada proses simulasi dimana mahasiswa tRNA pertama menyematkan asam amino yang dibawanya kepada mahasiswa tRNA kedua. Setelah terjadi ikatan peptida ini maka tRNA pertama dilepaskan dan keluar dari ribosom (Mahasiswa tRNA pertama pergi dari ribosom). Oleh karena dalam ribosom hanya dapat ditempati oleh dua tRNA, maka tRNA ketiga masuk setelah tRNA yang pertama keluar dari ribosom (Mahasiswa tRNA ketiga masuk setelah Mahasiswa pertama keluar). tRNA ketiga mempunyai antikodon GAC dan berpasangan pada kodon ketiga pada mRNA yaitu CUG. tRNA ketiga ini mengikat Leusin dan dengan masuknya tRNA-Leusin ke dalam ribosom, maka terjadi ikatan antara Lysin dengan Leusin. tRNA ke empat mempunyai antikodon UCG dan berpasangan pada kodon keempat pada mRNA yaitu AGC. tRNA keempat ini mengikat Serin dan dengan masuknya tRNA-Serin ke dalam ribosom, maka terjadi ikatan antara Leusin dengan Serin. tRNA kelima mempunyai antikodon CUG dan berpasangan pada kodon kelima pada mRNA yaitu GAC. tRNA kelima ini mengikat Aspartid acid dan dengan masuknya tRNA-Aspartid acid ke dalam ribosom, maka terjadi ikatan antara Serin dengan Aspartid acid.

tRNA keenam mempunyai antikodon CCA dan berpasangan pada kodon keenam pada mRNA yaitu GGU. tRNA keenam ini mengikat Glysin dan dengan masuknya tRNA-Glysin ke dalam ribosom, maka terjadi ikatan antara Aspartid acid dengan Glysin. tRNA ketujuh mempunyai antikodon CGU dan berpasangan pada kodon ketujuh pada mRNA yaitu GAC. tRNA ketujuh ini mengikat Alanin dan dengan masuknya tRNA-Alanin ke dalam ribosom, maka terjadi ikatan antara Glysin dengan Alanin. tRNA ke-8 mempunyai antikodon CUU dan berpasangan pada kodon ke-8 pada mRNA yaitu GAA. tRNA ke-8 ini mengikat Glutamin acid dan dengan masuknya tRNA-Glutamin acid ke dalam ribosom, maka terjadi ikatan antara Alanin dengan Glutamin acid. tRNA ke-9 mempunyai antikodon CUA dan berpasangan pada kodon ke-9 pada mRNA yaitu GAU. tRNA ke-9 ini mengikat Asam aspartat dan dengan masuknya tRNA-Asam aspartat ke dalam ribosom, maka terjadi ikatan antara Glutamin acid dengan Asam aspartat. tRNA ke-10 mempunyai antikodon CAG dan berpasangan pada kodon ke-10 pada mRNA yaitu GUC. tRNA ke-10 ini mengikat Valine dan dengan masuknya tRNA-Valine ke dalam ribosom, maka terjadi ikatan antara Asam aspartat dengan Valine. tRNA ke-11 dan yang terakhir ini mempunyai antikodon ACU dan berpasangan pada kodon ke-11 pada mRNA yaitu UGA. tRNA ke-11 ini mengikat Terminal dan dengan masuknya tRNA-Terminal ke dalam ribosom, maka terjadi ikatan antara Valine dengan terminal.

Berdasarkan hal tersebut, diketahui bahwa informasi yang disandikan dalam suatu gen menemukan ekspresi akhir pada runtutan asam-asam amino suatu polipeptida (Kimbal.1983;279). Asam-asam amino yang terbentuk berbeda satu dengan yang lain, selama sintesa protein asam-asam amino menjadi kovalen terikat oleh ikatan peptida yang dibentuk oleh hidrolisis dari kelompok-kelompok amino dan karboksil. Secara singkatnya, proses sintesa protein melalui tahapan: 1). Transkripsi, adalah percetakan mRNA oleh DNA. DNA 2). mencetak mRNA dalam nukleus, selanjutnya mRNA melepaskan diri dari DNA dan menuju ribosom dalam sitoplasma. Translasi, adalah penerjemahan kode yang dibawa mRNA oleh mRNA melekatkan diri pada ribosom, sementara tRNA yang memiliki 3 basa N dan asam amino membawa asam amino ke ribosom, 3 basa N berpasangan dengan 3 basa N mRNA yang sesuai. Proses akhir tRNA mulai menterjemahkan kode yang dibawa mRNA, mRNA bergeser-geser 3 basa-3 basa. tRNA melepaskan diri, datang tRNA yang selanjutnya, begitu terus menerus sampai kode pada mRNA habis. Tahapan-tahapan tersebut telah dipercobakan pada simulasi protein dengan bahan karton yang diberi berbagai kode genetik mRNA sebagai pembawa kode dan tRNA sebagai penerjemah sehingga tRNA.

terbentuk urutan asam amino dalam suatu polipeptida yang disebut struktur primer. Pada proses simulasi sintesa protein ini, sebenarnya tidak dilakukan secara lengkap dan hanya sederhana. Pada simulasi dimulai dengan mRNA yang terangkai (mahasiswa yang saling bergandengan) yang dikeluarkan dari nukleus (inti sel) ke sitoplasma, padahal seharusnya proses simulai dimulai pada saat DNA mencetak RNA di dalam inti sel. Jumlah mRNA paling sedikit diantara RNA yang diproduksi, yaitu kira-kira 5 % dari seluruh RNA di dalam sel. mRNA yang diproduksi dalam inti sel ini menggunakan molekul DNA sebagai molekul cetakan. Susunan basa pada mRNA merupakan komplemen salah satu rantai molekul DNA. Dengan demikian urutan basa purin dan pirimidin pada mRNA serupa dengan urutan purin dan pirimidin salah satu rantai molekul DNA, dengan perbedaan basa timin diganti. mRNA yang telah terbentuk dan berada di sitoplasma kemudian terikat pada ribosom. Urutan basa purin dan pirimidin inilah yang menentukan urutan asam amino dalam pembentukan protein. Kode genetika yang berupa urutan basa pada rantai nukleotida dalam molekul DNA, disalin pada urutan basa pada rantai nukleotida dalam molekul mRNA. Setiap tiga buah basa yang berurutan disebut kodon. Setiap mahasiswa yang berperan membawa informasi 3 buah basa ini yang berarti mereka membawa 1 kodon.

Proses sintesa protein ini terhenti saat mRNA mempunyai kodon UGA karena dalam sel normal tidak terdapat tRNA yang mempunyai antikodon komplementer terhadap kodon tersebut. Proses sintesa yang berlaku pada ribosom ini dimulai dari 3 ke 5. Reaksi pembentukan ikatan peptida antara molekul-molekul asam amino ini dapat berlangsung dengan ikut sertanya guanosintrifosfat (GTP) yang berubah menjadi guanosindifosfat (GDP), dengan melepaskan satu gugus fosfat dan energi. Hasil sintesa protein yang terbentuk ini kemudian lepas dari ribosom ke sitoplasma. Peristiwa lepasnya polipeptida ini terlihat dengan dilepaskannya rangkaian kartu indeks asam amino oleh mahasiswa tRNA terakhir.

3. Urutan basa purin dan pirimidin pada DNA menentukan urutan asam amino dalam pembentukan protein. 4. mRNA merupakan perantara dalam membawa informasi genetik dari DNA. 5. tRNA menerjemahkan informasi genetika, pada tahap ini asam-asam amino secara berurutan diikat satu dengan lain sesuai dengan informasi dari DNA melalui mRNA. 6. Bagian tRNA yang berperan penting dalam sintesa protein yaitu lengan asam amino dan lipatan antikodon. 7. Ikatan peptida antar asam amino berlangsung karena adanya ATP dari GTP yang menjadi GDP. 8. Sintesa protein berakhir dengan hadirnya asam amino Terminal.

III. KESIMPULAN

IV. DAFTAR PUSTAKA Bunda Halang dan H. M. Zaini. 2011. Penuntun Praktikum Genetika. FKIP UNLAM: Banjarmasin. Suryo. 1996. Genetika. Depdikbud Proyek Peningkatan Tenaga Akademik : Jakarta.

1. Sintesa protein merupakan reaksi kimia yang kompleks dan melibatkan beberapa senyawa penting terutama DNA dan RNA. 2. Proses sintesa protein terjadi di dalam sel, yaitu pada ribosom sub unit kecil dan sub unit besar dari 3-5.

Istamar Syamsuri, dkk. 2007. BIOLOGI 3A. Erlangga : Jakarta. Tim Penyusun. 2004. Biologi 3A. Intan Pariwara : Klaten.

http://stemcells.nih.gov/StaticResources/info/scireport/images/figure a6.jpg Tanggal Akses : 29 April 2011

You might also like